包括厌氧培养的人类肠道微生物群的组合物的制作方法【专利摘要】本发明涉及一种厌氧微生态系统、一种用于疾病的治疗或预防的包括厌氧培养的人类肠道微生物群的组合物，并且其中该组合物中的微生物群没有接触1995年之后使用的抗生素。本发明进一步涉及该组合物用于疾病的预防和治疗的应用，以及制备该组合物的方法。【专利说明】包括厌氧培养的人类肠道微生物群的组合物【
技术领域：
】[0001]本发明涉及厌氧微生态系统，所述厌氧微生态系统包括厌氧培养的人类肠道微生物群。本发明还涉及构成功能性接种培养的厌氧培养的微生物群的组合物，所述功能性接种培养是用于使被扰乱的人类微生物组(miCTobiome)和胃肠功能重新恢复正常。[0002]本发明进一步涉及用于预防和治疗疾病的组合物的应用以及用于制备该组合物的方法。【
背景技术：
】[0003]肠胃微生物群(microbiota)由几种复杂的微生态系统构成，其中发生在单个微生物菌株之间以及微生物群和宿主之间的相互作用。通过与粘膜壁直接接触和非直接地(例如，通过代谢产物和信号传递物质)发生与宿主的相互作用。[0004]本肠道生态平衡可被外部和内部的物理、化学和生物因子或剂干扰，其后果可以是局部的(例如，被干扰的新陈代谢、胃肠运动性改变、改变的功能/串扰(crosstalk))和/或导致包括其他器官系统的系统性效果。[0005]艰难梭菌相关性腹湾(clostridiumdifficileassociateddiarrhoea,CDAD)最早在约三分之一个世纪以前被描述。然而，尽管在PubMed上有数以千计的病理学、流行病学、临床诊断和多种治疗方法的文献，CDAD仍然继续坚持作为感染性医疗护理相关的肠胃疾病的昂贵的主要原因，并且此困难被认为会在全球增加。最近宣称，如今我们在欧洲、美国和加拿大遭受到十倍增长的CDAD。据报道，灭滴灵和万古霉素治疗的治疗失败率增加，新的抗生素，例如非达霉素(fidaxomicin)、奥利万星(oritavancin)、硝唑尼特(nitazoxanide)、REP3123和NVB303将要上市。然而，需要承认，即使在这些药物被使用之前，某些数量的艰难梭菌(Clostridiumdifficile)菌株对这些药物正在表达减弱的敏感性。此外，无论它们的临床疗效结果如何，它们在使用中一定是昂贵的。`[0006]已宣称，一些病人在完成使用新药物的治疗之后继续显示复发性腹泻，因此，其他策略集中于例如从近亲或包括不同细菌的混合物的合成的组合物而来的粪便移植。[0007]W002/07741描述了包括用于治疗肠胃失调的预定的菌群的制备的合成组合物。W0201I/033310描述了用于肠胃失调的治疗的、包括从粪便提取的菌群的胶囊剂量。[0008]粪便移植是一种已知的方法，但不是没有风险的。迄今，来自近亲的捐献者的粪便材料已被使用。关于这种程序的主要问题是对于某些抗生素有抗性的基因的传播的风险。当将来需要抗生素治疗时，这些基因的传播可以对病人造成严重后果。这种疗法的另一个主要问题是在捐献者的粪便中存在的潜在传染性剂的传播的风险，其支持对于要施用的粪便进行精心筛选。这种筛选费时费钱。进一步地，这种类型的治疗被许多人认为是极度丑陋的。[0009]以前发表的提到粪便移植的文献:[0010]-JohanS.BakkenFecalbacteriotherapyforrecurrentClostridiumdifficileinfectionAnaerobel5(2009)285-289.[0011]-CJorup-Ronstrom,AHakansson，A-KPerson,TMidtvedt,ENorin.FeceskulturframgangsrikterapividClostridiumdifficile-diarre.Lakartidningennr462006volym103，3603-3605.[0012]-A.Gustafsson，A.Berstad,S.Lund-T0nncscn,T.Midtvedt，E.Norin.TheEffectofFaecalEnemaonFiveMicrof1ra-AssociatedCharacteristicsinPatientswithAntibiotic-AssociatedDiarrhoea.ScandJGastroenterol1999；34:580-586.[0013]-A.Gustavsson，S.Lund-T0rmescn，A.Berstad,T.Midtvedt&E.Norin.FaecalShort-ChainFattyAcidsinPatientswithAntibiotic-AssociatedDiarrhoea,beforeandafterFaecalEnemaTreatment.ScandJGastroenterol1998；33:721-727.【
发明内容】[0014]本发明涉及厌氧培养的微生态系统，所述厌氧培养的微生态系统包括厌氧培养的人类肠道微生物群。[0015]本发明还涉及用于疾病的药物治疗和预防的包括所述微生物群的组合物，以及制备该组合物的方法。本发明还包括将本发明的治疗或预防的量施用给人。[0016]本发明还涉及一种组合物，其包括厌氧培养的肠道微生物群，所述肠道微生物群构成用于使被扰乱的人类微生物群和胃肠功能恢复正常的功能性接种培养物，以及这种组合物用于疾病的预防和治疗的应用。[0017]本发明还涉及用于胃肠和/或系统性/新陈代谢失调的药物治疗的厌氧培养的人类肠道微生物群，所述胃肠和/或系统性/新陈代谢失调起源于被扰乱的或不正常的胃肠生态系统。[0018]本发明还涉及这种厌氧培养的人类微生物群用于疾病的药物治疗或预防的应用。所述组合物还可包括活性抗病的其他微生物因子(例如噬菌体)或信号物质。【具体实施方式】[0019]本发明的第一个方面是一种厌氧的微生态系统，所述微生态系统包括厌氧培养的人类肠道微生物群。`[0020]本发明的另一方面是一种组合物，所述组合物包括厌氧培养的人类肠道微生物群。[0021]在本发明中，术语“微生物群”用于描述典型地生存于胃肠系统的微生物群，即一些微生物。[0022]根据本发明的组合物构成用于使被扰乱的人类微生物群和胃肠功能重新恢复正常的功能性培养物。出乎意料的是，该组合物已显示在基本的治疗和预防中有用。[0023]根据本发明的组合物以协同方式与受损的肠道微生物群相互作用，并且重新建立其生理和新陈代谢功能。本发明还可用作预防药物以首先避免肠道微生物群的紊乱。[0024]根据一个实施方式，本组合物包括下列四门中的至少三种的厌氧菌:拟杆菌门(Bacterioidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。[0025]根据另一个实施方式，本组合物不含下列微生物:甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨细胞病毒、EB病毒(Epstein-Barrvirus)、人类免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)、杯状病毒(Calicivirus)和轮状病毒(Rotavirus)、沙门氏菌(Salmonella)、志贺氏菌(Shigella)、弯曲杆菌(Campylobacter)、耳尔森菌(Yersinia)和原生动物孢囊。优选地，它也不含选自于超广谱-β-内酰胺酶和金属-内酰胺酶、药物的代谢物和生物异源物质的物料。[0026]根据本发明的组合物中的微生物群优选未接触过1995年之后开始临床使用的抗生素。[0027]本发明包括用于胃肠和/或系统性/新陈代谢失调的药物治疗的厌氧培养的人类肠道微生物群，所述胃肠和/或系统性/新陈代谢失调起源于不正常的胃肠生态系统。[0028]根据本发明的组合物的一个优势在于，其包括在15年的培养期间稳定且同源的功能性微生态系统。在培养期间没有其他细菌菌株进入系统。在微生态系统中的微生物菌株彼此间互相作用和交流。微生态系统是同源的。[0029]根据本发明的功能性生态系统具有重新建立和/或稳定肠道微生物群和/或正常肠道功能的能力。[0030]本发明的另一方面是一种包括微生态系统的组合物，所述微生态系统包括用于疾病的治疗或预防的厌氧培养的人类肠道微生物群。[0031]组合物的细菌含量优选地为多于每毫升培养基IO6个，更优选地为多于每毫升培养基IO9个。[0032]在本发明的一个实·施方式中，组合物包括从来自于单一捐献者的粪便中获得的厌氧的微生态系统。源自于健康的单一捐献者的粪便的培养对于获得在一段时间内稳定的功能性微生态系统来说是必需的。[0033]捐献者优选为具有良好功能的胃肠系统的健康的个体。[0034]优选地，粪便从单次排便样品中获得。还优选的是，粪便在1995年之前获得。[0035]在本发明的一个优选的实施方式中，组合物保持在严格的厌氧条件下直到最后施用。并且，优选该组合物在最后施用过程中保持在厌氧条件下。[0036]本发明的另一方面为一种制备包括厌氧微生态系统的组合物的方法，所述厌氧微生态系统包括厌氧培养的人类肠道微生物群。[0037]根据本发明的组合物在严格的厌氧条件下培养。通过厌氧培养，促进了厌氧菌的增殖，并且抑制了需氧菌的进一步增殖。[0038]在本发明的一个优选的实施方式中，通过培养从健康个体获得的排便样品来制备本组合物。优选地，所述健康个体具有正常的功能值的粪留醇(coprostanol)、尿胆素、黏蛋白、粪便胰蛋白酶活性、短链脂肪酸和β-天门冬氨酰甘氨酸(beta-aspartylglycine)。样品还优选地应在1995年之前获取。更加优选地，所述排便样品被调查为不含甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨细胞病毒、EB病毒(Epstein-Barrvirus)、人类免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)、杯状病毒(Calicivirus)和轮状病毒(Rotavirus)。此外，排便样品被筛选为不含沙门氏菌(Salmonella)、志贺氏菌(Shigella)、弯曲杆菌(Campylobacter)、耶尔森菌(Yersinia)、艰难梭菌和原生动物孢囊的存在。[0039]用于根据本发明的方法中的培养基优选地促进了下列四门中的至少三种的厌氧菌的增殖:拟杆菌门(Bacterioidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。[0040]在一个实施方式中，培养基是基于酵母的培养基,优选为基于细菌学蛋白胨酵母的培养基(bacteriologicalpeptoneyeastbasedmedium)。该培养基包括添加的胆固醇，优选为动物来源的胆固醇。更加优选该培养基包括优选以从0.5至5%(w/v(每体积重量))的量、更优选以1.25%(w/v)的量添加的冻干母鸡卵黄。[0041]优选地，所述培养包括厌氧指示器，优选为刃天青。[0042]在根据本发明的方法中使用的培养基促进了下列四门中的至少三种的厌氧菌在一个并且相同的样品中的增殖:拟杆菌门(Bacterioidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。进一步地,优选的培养条件抑制了需氧菌的增殖。[0043]在一个优选的实施方式中，将组合物在严格的厌氧条件下再培养，优选每两周在氮气流中再培养。[0044]优选地，粪便样品厌氧培养至少15年。[0045]根据本发明的方法，在一段时间内培养粪便样品促进了所需细菌的增殖，而抑制了需氧菌。[0046]根据本发明的方法的一个优势在于，它使得所有所需的细菌在一个且相同的样品中能够繁殖。因此，不需要混合不同的培养物。这具有这样的优势:获得的组合物包括对肠道微生物群具有稳定效果、并且能够重新建立宿主和肠之间的联系的微生态系统。进一步地，通过在一个样品中厌氧培养微生物群，根据所主张的发明，在每个组合物中再生产在一段长时间(例如超过至少15年)内具有保持的生理和/或药学效果的相同的微生态系统。[0047]进一步地，根据本发明的微生态系统在严格厌氧的条件下培养。`[0048]人类肠道菌群由数百种不同的微生物构成，其中大部分是严格厌氧的。[0049]在本发明的一个实施方式中，下列细菌种类一起构成超过1%、优选地超过20%、更优选地超过50%的组合物的总菌含量；[0050]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；柯林斯氏菌属，[0051]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；伊格尔兹氏菌属，[0052]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；欧陆森氏菌属，[0053]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“紫单胞菌科”；parabacteroides属，[0054]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌属，[0055]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“理研菌科”；别许旺氏菌属，[0056]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“拟杆菌科”;拟杆菌属，[0057]细菌界；“厚壁菌门”；“芽孢杆菌纲”；“乳杆菌目”；“肠球菌科”;肠球菌属，[0058]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;优杆菌属，[0059]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;未分类的“优杆菌科”，[0060]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌属，[0061]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea属，[0062]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”；罗氏菌属，[0063]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;未分类的“毛螺菌科”，[0064]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“消化链球菌科”;Sporacetigenium属，[0065]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；“消化链球菌科”;未分类的“消化链球菌科”，[0066]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;厌氧细杆菌属，[0067]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus属，[0068]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;颤杆菌克属，[0069]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;未分类的“瘤胃菌科”，[0070]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”梭菌科I”;梭菌属，[0071]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”；八联球菌属，[0072]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;未分类的“梭菌科1，，，[0073]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI；Anaerococcus属，·[0074]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;芬戈尔德菌属，[0075]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XI；Peptoniphilus属，[0076]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;未分类的未确定的分类位置XI，[0077]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XIII；Anaerovorax属，[0078]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIII；Mogibacterium属，[0079]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIV;Blautia属，[0080]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未分类的梭菌目，[0081]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；韦荣球菌科；韦荣球菌属，[0082]细菌界；“厚壁菌门”；“Erysipelotrichi纲”；“Erysipelotrichales目”；丹毒丝菌科；holdemania,[0083]细菌界；“变形菌门”；俘一变形菌纲；伯克氏菌目；产碱菌科；Parasutterella属，[0084]根据本发明的一个实施例，细菌含量包括上述提到的细菌种类的一种或多种。[0085]通过本发明可以被治疗或预防的疾病为例如抗生素治疗之后的腹泻，尤其是由艰难梭菌导致的腹泻，所述由艰难梭菌导致的腹泻可能持续很久，并且难以通过常规方法来治疗，并且可能在罕有情况下导致死亡。其他的治疗领域为肠道易激综合症(IrritableBowelSyndrome,IBS)、鉄质过敏症(CeliacDisease)和炎性肠疾病(InflammatoryBowelDiseases)，例如溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、显微镜结肠炎和Pauchitis。另一个治疗领域是肠道微生物组的医源性障碍/生态失调，例如在放射治疗、化疗和与移植相关之后。其他可以用本发明来治疗或预防的疾病的例子有神经疾病，例如帕金森氏病、早老性痴呆病、路格里克氏病(LouGehrig’sDisease)肌萎缩性脊髓侧索硬化症(AmyotrophicLateralSclerosis,ALS)、多发性硬化；行为/精神障碍，例如自闭症、艾斯伯格综合症、注意缺陷多动障碍(AttentionDeficitHyperactivityDisorder,ADHD)和抑郁症；风湿疾病，例如风湿性关节炎；以及系统性/新陈代谢失调，例如高血压、肥胖症和2型糖尿病，以及胃肠道的瘤/肿瘤疾病。本发明还可用于慢性疲劳综合征的治疗。本发明还可用于皮肤疾病的治疗，例如寻常痤疮。[0086]本发明还涉及该厌氧培养的人类微生物群用于疾病的药物治疗或预防的生产的应用。[0087]根据本发明的组合物可通过选自于鼻十二指肠管、胃镜、结肠镜/乙状结肠镜和灌肠器的仪器或者以冷冻干燥形式以合适的盖仑制剂来给人施用，所述盖仑制剂例如抗胃酸胶囊、纳米胶囊或栓剂。[0088]在一个实施方式中，该组合物还可包括活性抗病的其他微生物因子(例如噬菌体)或信号物质。_9]制剂的形式[0090]组合物可以下列形式的制式的制剂来提供:[0091]1.从冰冻状态新解冻的溶液[0092]2.冷冻干燥的培养产物[0093]3.新鲜培养物[0094]4.活的微胶囊培养·物[0095]逝量[0096]根据问题的性质、原因和严重程度，在一段时间阶段(例如1-30天)内，将本发明每天至少一次应用于人类胃肠道。每次施用1-1OOml的本产物，优选20-40ml，或在冻干形式下的等同量。[0097]施用的方式[0098]本产物可优选地根据下列非限制性实施例来施用:以溶液形式，通过例如鼻十二指肠管、胃镜、结肠镜/乙状结肠镜和灌肠器，或者以冷冻干燥形式以合适的盖仑制剂，例如抗胃酸胶囊、纳米胶囊或栓剂来施用。[0099]其他组分(载体)[0100]可将促进本发明的施用或支持本发明的效果的其他物质和组分添加入本组合物中。[0101]本发明的治疗可以在抗生素治疗和/或运动减少物质之后，或者可以不在其之后。[0102]本发明通过下列非限制性实施例来描述。[0103]实施例1[0104]根据本发明的微生物群从在1995年前源自健康的单一捐献者的排便样品中获得。捐献者和粪便都被仔细检查过。发现捐献者的肠道微生物群的功能状况具有正常功能值的粪留醇、尿胆素、黏蛋白、粪便胰蛋白酶活性、短链脂肪酸和天门冬氨酰甘氨酸。甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨细胞病毒、EB病毒、人类免疫缺陷病毒(HIV)、杯状病毒和轮状病毒的检测的结果都呈阴性。此外，还针对沙门氏菌、志贺氏菌、弯曲杆菌、耶尔森菌、艰难梭菌和原生动物孢囊的存在对粪便进行了筛选，并且所用这些调查研究都呈阴性。[0105]来自排便样品的内部的粪便的样品(Bristo标准2型)取自上述健康的捐献者，并立即悬浮在30ml预还原的无菌的基于细菌学蛋白胨酵母的培养基(美国Difco公司)，并添加1.25%(w/V)冻干母鸡卵黄(瑞典Fresenius-Kabi公司)，以刃天青作为厌氧指示剂。每两周该组合物在氮气流下重新培养。发现培养产物的细菌含量为每毫升培养基大于IO9个。[0106]本产品包括下列种类:[0107]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；柯林斯氏菌属，[0108]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；伊格尔兹氏菌属，[0109]细菌界；“放线菌门”；放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；欧陆森氏菌属，[0110]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“紫单胞菌科”；parabacteroides属，[0111]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌属，[0112]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“理研菌科”；别许旺氏菌属，[0113]细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“拟杆菌科”;拟杆菌属，[0114]细菌界；“厚壁菌门”；“芽孢杆菌纲”；“乳杆菌目”；“肠球菌科”;肠球菌属，[0115]细菌界；“厚壁菌门”；`“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;优杆菌属，[0116]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;未分类的“优杆菌科”，[0117]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌属，[0118]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea属，[0119]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”；罗氏菌属，[0120]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;未分类的“毛螺菌科”，[0121]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“消化链球菌科”;Sporacetigenium属，[0122]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；“消化链球菌科”;未分类的“消化链球菌科”，[0123]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;厌氧细杆菌属，[0124]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus属，[0125]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;颤杆菌克属，[0126]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“瘤胃菌科”;未分类的“瘤胃菌科”，[0127]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;梭菌属，[0128]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”；八联球菌属，[0129]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;未分类的“梭菌科1，，，[0130]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI；Anaerococcus属，[0131]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;芬戈尔德菌属，[0132]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XI；Peptoniphilus属，[0133]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;未分类的未确定的分类位置XI，[0134]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XIII；Anaerovorax属，[0135]细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIII；Mogibacterium属，[0136]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIV;Blautia属，[0137]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未分类的梭菌目，[0138]细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；韦荣球菌科；韦荣球菌属，[0139]细菌界厚壁菌门”；“Erysipelotrichi纲”；“Erysipelotrichales目”；丹毒丝菌科；holdemania,以及[0140]细菌界；“变形菌门”；俘一变形菌纲；伯克氏菌目；产碱菌科;Parasutterella属，[0141]在添加10%的甘油后，该组合物可保存在_70°C下。[0142]实施例2[0143]将来自于没有接触抗生素或抗生素抗性基因(例如，通过细菌感染)的个体的新鲜或冷冻的排便样品在厌氧·条件下接种于30ml蛋白胨酵母培养基(美国Difco公司)中，所述蛋白胨酵母培养基包括动物来源的胆固醇(例如，1.25%冻干母鸡卵黄，瑞典Fresenius-Kabi公司)，以刃天青作为厌氧指示剂。每两周将该组合物重新培养。培养的产物的细菌含量应为每毫升培养基大于IO6个,优选大于IO9个。在添加10%的甘油后,该组合物可保存在-70°C下。[0144]实施例3[0145]用根据本发明的组合物治疗32位年龄在27-94岁之间的一组病人(20位女性，年龄的中位数为78岁；12位男性，年龄的中位数为75岁)。在这些病人中，22位有潜在的慢性疾病，例如癌症(乳腺癌、结肠癌、前列腺癌)和心血管疾病或肺病。当首次检查到复发性艰难梭菌感染(RecurrentClostridiumDifficileInfection,RCDI)时，11位病人服用头孢菌素，9为病人服用氯林可霉素，4位病人服用环丙沙星，2位病人服用异恶唑青霉素，另外3位病人服用某些其他抗生素，最后，I位病人服用阿奇霉素。在接受根据本发明的组合物之前，2位病人没有得到特定抗生素预治疗。[0146]常规地，将30ml体积的根据实施例1的本发明通过在乙状结肠中的经直肠引入导管或通过结肠镜来直肠施用。根据在瑞典Huddinge的Karolinska医院的一般操作来进行梭菌毒素的分析。在接受本发明的32位病人中，22位病人被治愈。这22位病人经历了生活质量方面的极大的改善，从在几个月期间患有腹泻到在某几天中具有正常排便习惯的生活。这些病人中的15位仅仅接受了一次本发明，其余的接受了多出一次至两次的本发明。还有四位病人经历了显著的改善，并且在剩余的4位病人中，必须施用重复的抗生素治疗。不知道腹泻原因的另2位病人也被治愈了。跟踪调查时间为5-68个月，中位数为26个月。没有观察到通过本程序导致的负面效果。[0147]实施例4[0148]具有与肠兰伯氏鞭毛虫相关的感染后肠胃炎的病人遭受与IBS类似的问题。传统的IBS治疗并不成功。经决定，这些病人应该接受根据本发明的组合物。在连续的三天，使用胃-空肠管来施用30ml的一剂本组合物。出乎意料的是，所有的病人在施用本发明之后很快就恢复了，并且在很长的时间内保持没有病`症。【权利要求】1.厌氧微生态系统，所述厌氧微生态系统包括厌氧培养的人类肠道微生物群。2.根据权利要求1所述的厌氧微生态系统，其包括从源自单个捐献者的样品得到的厌氧微生态系统。3.包括根据权利要求1所述的厌氧微生态系统的组合物，其用于疾病的治疗或预防。4.根据权利要求3所述的组合物，其没有超广谱-β-内酰胺酶和金属-β-内酰胺酶、药物的代谢物或生物异源物质。5.根据权利要求3和4中任意一项所述的组合物，其中，组合物中的微生物群没有接触在1995年之后进入临床使用的抗生素。6.根据权利要求3-5中任意一项所述的组合物，其特征在于，所述组合物包括下列四门中的至少三种的厌氧菌:拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和放线菌门。7.根据权利要求3-6中任意一项所述的组合物，其特征在于，所述组合物不含下列微生物:甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、巨细胞病毒、EB病毒、人类免疫缺陷病毒(HIV)、杯状病毒和轮状病毒、沙门氏菌、志贺氏菌、弯曲杆菌、耶尔森菌和原生动物孢囊。8.根据权利要求3-7中任意一项所述的组合物，其特征在于，下列细菌种类一起构成超过本发明的总菌含量的1%:细菌界；“放线菌门”;放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；柯林斯氏菌属，细菌界；“放线菌门”;放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；伊格尔兹氏菌属，细菌界；“放线菌门”;放线菌纲；红蝽菌亚纲；红蝽菌目；“红蝽菌亚目”；红蝽菌科；欧陆森氏菌属，细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“紫单胞菌科”^arabacteiOides属，细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“普雷沃氏菌科”;普氏菌属，细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“理研菌科”;别许旺氏菌属，细菌界；“拟杆菌门”；“拟杆菌属纲”；“拟杆菌属目”；“拟杆菌科”;拟杆菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“芽孢杆菌纲”；“乳杆菌目”；“肠球菌科”;肠球菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;优杆菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“优杆菌科”;未分类的“优杆菌科”，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;丁酸弧菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“毛螺菌科”;D0rea属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目毛螺菌科”；罗氏菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目毛螺菌科”;未分类的“毛螺菌科”，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；“消化链球菌科”fporacetigenium属，细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；“消化链球菌科”;未分类的“消化链球菌科”，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目瘤胃菌科”;厌氧细杆菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；“瘤胃菌科”；Anaerotruncus属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目瘤胃菌科”;颤杆菌克属，细菌界厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目瘤胃菌科”;未分类的“瘤胃菌科”，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;梭菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”；“梭菌科I”;八联球菌属，细菌界；“厚壁菌门”;“梭菌纲”;梭菌目；“梭菌科”;“梭菌科I”;未分类的“梭菌科1”，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XI;AnaeiOC0CCuS属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;芬戈尔德菌属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XI;P^)t0niphilus属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XI;未分类的未确定的分类位置XI，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”；梭菌目；未确定的分类位置XIII；Anaerovorax属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIII;M0gibaCterium属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未确定的分类位置XIV5Blautia属，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；未分类的梭菌目，细菌界；“厚壁菌门”；“梭菌纲”;梭菌目；韦荣球菌科；韦荣球菌属，细菌界；“厚壁菌门”;“Erysipelotrichi纲”;“Erysipelotrichales目”;丹毒丝菌科；holdemania,以及细菌界；“变形菌门”;俘一变形菌纲；伯克氏菌目；产碱菌科;Parasutterella属。9.根据权利要求3-7中任意一项所述的组合物，其特征在于，所述组合物的细菌内含物包括权利要求8所述的细菌种类的一种或多种。10.根据权利要求3-9中任意一`项所述的组合物，其特征在于，所述组合物进一步包括其他活性抗病的微生物因子或信号物质。11.根据权利要求3-10中任意一项所述的组合物，其特征在于，所述组合物进一步包括促进本发明的施用或支持本发明的效果的其他物质和组分。12.根据权利要求3-11中任意一项所述的组合物，其用于作为药物的应用。13.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其用于位于胃肠系统中的疾病的治疗的应用，所述位于胃肠系统中的疾病例如肠道易激综合症(IBS)、麸质过敏症和炎性肠疾病，例如溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、显微镜结肠炎和Pauchitis，还有与放射治疗、化疗和移植或抗生素相关腹泻相关的医源性障碍/生态失调，尤其是与艰难梭菌相关的疾病(艰难梭菌相关腹泻和复发性艰难梭菌感染)。14.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于神经失调的治疗，所述神经失调例如为帕金森氏病、早老性痴呆病、路格里克氏病肌萎缩性脊髓侧索硬化症和多发性硬化。15.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于行为/精神障碍的治疗，所述行为/精神障碍例如为自闭症、艾斯伯格综合症、注意缺陷多动障碍(ADHD)和抑郁症。16.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于风湿疾病的治疗，所述风湿疾病例如为风湿性关节炎。17.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于系统性/新陈代谢疾病的治疗，所述系统性/新陈代谢疾病例如为肥胖症、高血压和2型糖尿病。18.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于胃肠道的瘤/肿瘤疾病的治疗。19.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于慢性疲劳综合征的治疗。20.根据权利要求3-12中任意一项所述的组合物，其中，所述组合物用于诸如寻常痤疮的皮肤疾病的治疗。21.根据权利要求3-20中任意一项所述的组合物，其用于通过选自于鼻十二指肠管、胃镜、结肠镜/乙状结肠镜和灌肠器的仪器或者以冷冻干燥形式以合适的盖仑制剂来给人施用的应用，所述合适的盖仑制剂例如为抗胃酸胶囊、纳米胶囊或栓剂。22.—种用于制备包括包含厌氧人类肠道微生物群的厌氧微生态系统的组合物的方法，所述方法的特征在于，在培养基中厌氧培养粪便样品，所述培养基能促进下列四门中的至少三种的厌氧菌的增殖:拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和放线菌门。23.根据权利要求22所述的方法，其特征在于，在培养期间，需氧菌被抑制。24.包括包含厌氧人类肠道微生物群的厌氧微生态系统的组合物用于疾病的治疗或预防的应用。·【文档编号】A61P1/00GK103857402SQ201280049908【公开日】2014年6月11日申请日期:2012年10月11日优先权日:2011年10月11日【发明者】阿诺德·伯斯泰德,托尔·米德威迪特,伊丽莎白·诺林,彼得·本诺,阿蒂拉·达尔格林申请人:阿基姆医药公司