使用毛螺菌科细菌治疗免疫病症的组合物和方法与流程

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年1月31日提交的美国临时专利申请序列号62/624,504、2018年2月28日提交的美国临时专利申请序列号62/636,539以及2018年3月15日的提交的美国临时专利申请序列号62/643,515的优先权的权益，这些申请中的每一个的内容通过引用以其全文特此并入。

技术实现要素：

在某些方面，本文提供了与受试者(例如，人类受试者)的疾病(例如，癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病、代谢性疾病)的治疗和/或预防有关的方法和组合物(例如，细菌组合物、药物组合物)，包括施用包含毛螺菌科(lachnospiraceae)细菌和/或此类细菌的产物(例如，细胞外囊泡(ev)和/或药物活性生物质(phab))的细菌组合物；以及制造和/或鉴别此类细菌的方法。在一些实施例中，本文提供包含此类细菌的生物反应器。在一些实施例中，细菌是表1所列的细菌的菌株。在一些实施例中，细菌是与表1所列的细菌菌株的核苷酸序列(例如基因组序列、16s序列、crispr序列)包含至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，施用细菌组合物治疗受试者的免疫病症。在一些实施例中，免疫病症是自身免疫性疾病。在一些实施例中，免疫病症是炎性疾病。在一些实施例中，免疫病症是过敏。

在一些实施例中，本文提供了由本文提供的毛螺菌科细菌生产和/或生成和/或自其分离的细胞外囊泡(ev)。在一些实施例中，细菌组合物包含毛螺菌科ev及完整毛螺菌科细菌(例如活细菌、经杀灭细菌、经减毒细菌)两者。在某些实施例中，本文提供了包含毛螺菌科细菌而不存在毛螺菌科ev的细菌组合物。在一些实施例中，药物组合物包含毛螺菌科ev而不存在毛螺菌科细菌。

在某些实施例中，本文提供了治疗患有免疫病症(例如自身免疫性疾病、炎性疾病、过敏)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用包含毛螺菌科细菌(例如，经杀灭细菌、活细菌和/或经减毒细菌)的细菌组合物。在某些实施例中，本文提供治疗患有代谢性疾病的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文所述的细菌组合物。在一些实施例中，细菌是表1所列的细菌的菌株。在一些实施例中，细菌是与表1所列的细菌菌株的相应核苷酸序列包含至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、或至少99％序列同一性(例如基因组序列同一性、16s序列同一性、crispr序列同一性)(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，细菌组合物中至少50％、60％、70％、80％、85％、90％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的细菌是表1所列的细菌菌株。在一些实施例中，细菌配制品中所有或基本上所有细菌都是表1所列的细菌菌株。在一些实施例中，细菌配制品包含至少1×10⁵、5×10⁵、1×10⁶、2×10⁶、3×10⁶、4×10⁶、5×10⁶、6×10⁶、7×10⁶、8×10⁶、9×10⁶、1×10⁷、2×10⁷、3×10⁷、4×10⁷、5×10⁷、6×10⁷、7×10⁷、8×10⁷、9×10⁷、1×10⁸、2×10⁸、3×10⁸、4×10⁸、5×10⁸、6×10⁸、7×10⁸、8×10⁸、9×10⁸或1×10⁹集落形成单位的毛螺菌科细菌(例如表1所列的细菌的菌株)。

在某些实施例中，本文提供治疗患有癌症的受试者的方法，这些方法包括向该受试者施用本文所述的细菌组合物。

在一些实施例中，该方法进一步包括向受试者施用抗生素。在一些实施例中，该方法进一步包括向该受试者施用一种或多种其他癌症治疗(例如，手术移除肿瘤、施用化学治疗剂、施用放射疗法和/或施用癌症免疫疗法，如免疫检查点抑制剂、癌症特异性抗体、癌症疫苗、经引发的抗原呈现细胞(primedantigenpresentingcell)、癌症特异性t细胞、癌症特异性嵌合抗原受体(car)t细胞、免疫活化蛋白和/或佐剂)。在一些实施例中，该方法进一步包括施用另一种治疗性细菌和/或ev。在一些实施例中，该方法进一步包括施用免疫抑制剂和/或抗炎剂。在一些实施例中，该方法进一步包括施用代谢性疾病治疗剂。

在某些实施例中，本文提供了细菌组合物，该细菌组合物包含表1所列的细菌菌株(例如，经杀灭细菌、活细菌和/或经减毒细菌)和/或此类细菌的产物(例如，细胞外囊泡(ev)和/或药物活性生物质(phab)。在一些实施例中，细菌组合物中至少50％、60％、70％、80％、85％、90％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的细菌是表1所列的细菌的菌株。在一些实施例中，细菌是表1所列的细菌的菌株。在一些实施例中，细菌是与表1所列的细菌的菌株的核苷酸序列包含至少99％序列同一性(例如基因组序列同一性、16s序列同一性、crispr序列同一性)(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，细菌配制品中所有或基本上所有细菌都是表1所列的细菌菌株。在一些实施例中，细菌配制品包含至少1×10⁵、5×10⁵、1×10⁶、2×10⁶、3×10⁶、4×10⁶、5×10⁶、6×10⁶、7×10⁶、8×10⁶、9×10⁶、1×10⁷、2×10⁷、3×10⁷、4×10⁷、5×10⁷、6×10⁷、7×10⁷、8×10⁷、9×10⁷、1×10⁸、2×10⁸、3×10⁸、4×10⁸、5×10⁸、6×10⁸、7×10⁸、8×10⁸、9×10⁸或1×10⁹集落形成单位的表1所列的细菌菌株。在一些实施例中，细菌组合物包含自表1所列的细菌菌株制得的ev和/或phab(例如，全细胞、细胞部分、来自发酵的上清液、上清液部分和/或细胞外囊泡)。

在一些实施例中，经口、经静脉内、经肿瘤内或经皮下施用细菌组合物。在一些实施例中，以2个或更多个(例如3个或更多个、4个或更多个或5个或更多个)剂量来施用细菌组合物。在一些实施例中，向受试者施用该两个或更多个剂量相隔至少1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、13小时、14小时、15小时、16小时、17小时、18小时、1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天或21天。在一些实施例中，作为生态聚生体的一部分来施用第二细菌。

在某些实施例中，该组合物包含特定比率的毛螺菌科细菌与毛螺菌科ev粒子。例如，在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含至少1个毛螺菌科细菌。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含约1个毛螺菌科细菌。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含不超过1个毛螺菌科细菌。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含至少1个毛螺菌科ev粒子。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含约1个毛螺菌科ev粒子。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含不超过1个毛螺菌科ev粒子。

在一些实施例中，本文提供了包含本文提供的毛螺菌科菌株和/或自其制得的phab。在一些实施例中，phab包括自本文所述细菌制得的全细胞、细胞部分、来自发酵的上清液、上清液部分和/或细胞外囊泡。在一些实施例中，本文提供的细菌组合物包含本文提供的毛螺菌科菌株phab。

在某些实施例中，细菌组合物以迟发型超敏反应(dth)抑制免疫应答。在某些实施例中，细菌组合物诱导调节性t细胞或抗炎反应。在某些实施例中，细菌组合物抑制抗原特异性免疫应答。在某些实施例中，细菌组合物治疗过敏性接触性皮炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗自身免疫性心肌炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗1型糖尿病。在某些实施例中，细菌组合物治疗肉芽肿。在某些实施例中，细菌组合物治疗周围神经病。在某些实施例中，细菌组合物治疗桥本甲状腺炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗多发性硬化。在某些实施例中，细菌组合物治疗类风湿性关节炎。

在某些实施例中，细菌组合物治疗结肠发炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗结肠炎。结肠炎可能是急性的、自限性的或长期的。在某些实施例中，细菌组合物治疗溃疡性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗消化系统疾病。在某些实施例中，细菌组合物治疗克罗恩病。在某些实施例中，细菌组合物治疗炎性肠病(ibd)。在某些实施例中，细菌组合物治疗显微镜下结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗胶原性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗转移性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗化学性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗缺血性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗不确定性结肠炎。在某些实施例中，细菌组合物治疗非典型性结肠炎。在一些实施例中，该方法还包括向受试者施用额外治疗剂(例如，抗生素免疫抑制剂、抗炎剂)。在一些实施例中，该方法还包括向受试者施用第二治疗性细菌。

在一些实施例中，本文所述的方法及组合物可用以治疗代谢障碍及代谢综合征。此类病症包括但不限于ii型糖尿病、脑病、泰萨二氏病(tay-sachsdisease)、克拉伯病(krabbedisease)、半乳糖血症、苯丙酮酸尿症(pku)及枫糖浆尿病。

在一些实施例中，本文所述的方法及组合物可用以治疗神经退化性及神经性疾病。此类病状包括但不限于帕金森病、阿兹海默氏病、朊病毒病、亨廷顿氏病(huntington’sdisease)、运动神经元疾病(mnd)、脊髓小脑失调、脊髓性肌萎缩、肌张力障碍、特发性颅内高血压、癫痫症、神经系统疾病、中枢神经系统疾病、运动障碍、多发性硬化、脑病、周围神经病及术后认知功能障碍。

在一些实施例中，受试者是哺乳动物。在一些实施例中，受试者是人类。在一些实施例中，受试者是非人类哺乳动物(例如狗、猫、牛、马、猪、驴、山羊、骆驼、小鼠、大鼠、天竺鼠、绵羊、骆马、猴、大猩猩或黑猩猩)。

在一些实施例中，使用使细菌的疾病调节性活性保持完整的方法杀灭本文所述的组合物中的细菌，并且将所得的细菌组分用于本文所述的方法和组合物中。在一些实施例中，使用抗生素(例如，使用本文所述的抗生素)杀灭本文所述的组合物中的细菌。在一些实施例中，使用uv辐射杀灭本文所述的组合物中的细菌。

附图说明

图1显示在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌(ruminococcusgnavus)菌株的功效与经腹膜内(i.p.)施用的抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图2显示在第7天，在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌菌株的功效与经腹膜内(i.p.)施用的抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图3显示在第9天，在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌菌株的功效与经腹膜内(i.p.)施用的抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图4显示在第11天，在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌菌株的功效与经腹膜内(i.p.)施用的抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图5显示在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌菌株与抗pd-1组合的功效与经腹膜内(i.p.)施用的单独抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图6显示在第21天，在小鼠结直肠癌模型中，示例性活泼瘤胃球菌菌株与抗pd-1组合的功效与经腹膜内(i.p.)施用的单独抗pd-1或媒剂的功效的比较。

图7显示在第11天，在小鼠结直肠癌模型中，示例性纳西利斯泰泽菌(tyzzerellanexilis)菌株的功效与经腹膜内(i.p.)施用的抗pd-1或媒剂的功效的比较。

具体实施方式

概述

在某些方面，本文提供了治疗受试者的免疫病症(例如，自身免疫性疾病、炎性疾病、过敏)的方法，这些方法包括向该受试者施用包含毛螺菌科细菌(例如表1所列的细菌的菌株)的细菌组合物。

定义

“佐剂”或“辅助疗法”在广义上是指影响患者或受试者中的免疫学或生理学反应的药剂。例如，佐剂可增加抗原随时间或在目的区域(如肿瘤)中的存在，帮助吸收抗原呈递细胞抗原，活化巨噬细胞及淋巴细胞并且支持细胞因子的产生。通过改变免疫应答，佐剂可允许使用较小剂量的免疫相互作用剂以增加特定剂量的免疫相互作用剂的有效性或安全性。例如，佐剂可能会阻止t细胞衰竭。

“施用”在广义上是指组合物在受试者中的施用途径。施用途径的实例包含口服施用、直肠施用、局部施用、吸入(经鼻)或注射。注射施用包含静脉内(iv)、肌内(im)、肿瘤内(it)及皮下(sc)施用。本文所述的药物组合物可以任一形式通过任一有效途径来施用，这些途径包括但不限于：肿瘤内、口服、非经肠、经肠、静脉内、腹膜内、局部、经皮(例如使用任一标准贴剂)、真皮内、眼部、经鼻(内)、局部、非经口(例如气溶胶、吸入、皮下、肌内、经颊、舌下、(经)直肠、阴道、动脉内及鞘内)、经黏膜(例如舌下、经舌、(经)颊、(经)尿道、阴道(例如经阴道及经阴道周围)、膀胱内、肺内、十二指肠内、胃内及支气管内。在优选的实施例中，通过以下形式施用本文所述的药物组合物：经口、经直肠、经肿瘤内、经局部、经膀胱内、通过注射至引流淋巴结中或毗邻引流淋巴结处、经静脉内、通过吸入或气溶胶或经皮下。

如本文中所使用，术语“抗体”可指完整抗体及其抗原结合片段二者。完整抗体是包含由二硫键相互连接的至少两条重(h)链及两条轻(l)链的糖蛋白。每条重链包含重链可变区(在本文中缩写为vh)及重链恒定区。每条轻链包含轻链可变区(在本文中缩写为vl)及轻链恒定区。vh及vl区可进一步细分成超变区(称为互补决定区(cdr))及更保守区(称为框架区(fr))，二者散布排列。每个vh及vl由三个cdr及四个fr构成，其自氨基-末端至羧基-末端按下列顺序排列：fr1、cdr1、fr2、cdr2、fr3、cdr3、fr4。重链及轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合结构域。术语“抗体”包含(例如)单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人类抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、单链抗体及抗原结合抗体片段。

如本文中所使用，术语抗体的“抗原结合片段”及“抗原结合部分”是指抗体中保留结合抗原的能力的一个或多个片段。术语抗体的“抗原结合片段”内所涵盖结合片段的实例包含fab、fab’、f(ab')2、fv、scfv、二硫化物连接的fv、fd、双抗体、单链抗体、经分离cdrh3及其他保留完整抗体的至少一部分可变区的抗体片段。这些抗体片段可使用常规重组和/或酶促技术来获得且可以与完整抗体相同的方式针对抗原结合进行筛选。

“癌症”在广义上是指宿主自有细胞的不受控、异常生长，其会侵袭宿主中的环绕组织及潜在地远离异常细胞生长初始位点的组织。主要种类包含是上皮组织(例如皮肤、鳞状细胞)癌症的癌瘤；是结缔组织(例如骨、软骨、脂肪、肌肉、血管等)癌症的肉瘤；是血液形成组织(例如骨髓组织)癌症的白血病；是免疫细胞癌症的淋巴瘤及骨髓瘤；及包含脑及脊柱组织癌症的中枢神经系统癌症。“癌症”、“赘瘤”及“肿瘤”本文中可互换使用。如本文中所使用，“癌症”是指所有类型的新或复发癌症或赘瘤或恶性肿瘤，包含白血病、癌瘤及肉瘤。癌症的具体实例是：癌瘤、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合型肿瘤。癌症的非限制性实例是以下新或复发癌症：脑癌、黑色素瘤、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、头颈癌、肾癌、肺癌、非小细胞肺癌、间皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌及髓母细胞瘤。

“细胞增强”广泛地指细胞的流入或细胞在环境中的扩增，这些细胞在施用组合物之前大体上不存在于该环境中且不存在于该组合物本身中。增强环境的细胞包括免疫细胞、基质细胞、细菌及真菌细胞。特别受关注的环境是其中癌细胞驻留或定位的微环境。在一些实例中，该微环境是肿瘤微环境或肿瘤引流淋巴结。在其他实例中，该微环境是癌前组织位点或组合物的局部施用位点或其中该组合物在远程施用后将积聚的位点。

“进化枝”指系统发育树的otu或成员，它们是系统发育树中的统计有效节点的下游。进化枝包含系统发育树中的一组末端叶，其是不同的单系进化单元且在某种程度上共享序列相似性。“运算分类单元”、“otu”(或复数“otus”)是指系统发育树中的末端叶且通过核酸序列(例如，整个基因组，或特定基因序列，及在物种层面下与此核酸序列共享序列同一性的所有序列)定义。在一些实施例中，特定基因序列可为16s序列或16s序列的一部分。在其他实施例中，对两种实体的整个基因组进行测序并进行比较。在另一个实施例中，可以基因方式比较所选区域(例如多基因座序列标签(mlst)、特定基因或基因集)。在16s实施例中，在整个16s或该16s的一些可变区上共享≥97％平均核苷酸同一性的otu被视为相同otu(参见，例如，claessonmj、wangq、o'sullivano、greene-dinizr、colejr、rosrp及o'toolepw.2010.comparisonoftwonext-generationsequencingtechnologiesforresolvinghighlycomplexmicrobiotacompositionusingtandemvariable16srrnageneregions[使用串联可变16srrna基因区解析高度复杂的微生物群组成的两种下一代测序技术的比较].nucleicacidsres[核酸研究]38:e200.konstantinidiskt、ramettea及tiedjejm.2006.thebacterialspeciesdefinitioninthegenomicera[基因组时代的细菌种类定义].philostransrsoclondbbiolsci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940)。在涉及完整基因组、mlst、特定基因或基因组的实施例中，共享≥95％平均核苷酸同一性的otu被视为相同otu(参见，例如，achtmanm及wagnerm.2008.microbialdiversityandthegeneticnatureofmicrobialspecies[微生物多样性和微生物物种的遗传性质].nat.rev.microbiol.[微生物自然评论]6:431-440.konstantinidiskt、ramettea及tiedjejm.2006.thebacterialspeciesdefinitioninthegenomicera[基因组时代的细菌种类定义].philostransrsoclondbbiolsci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940)。通常通过比较生物体之间的序列来定义otu。通常，具有小于95％序列同一性的序列并不视为形成相同otu的一部分。还可通过核苷酸标志或基因、尤其高度保守基因(例如“管家”基因)或其组合的任一组合来表征otu。此表征采用(例如)wgs数据或全基因组序列。

两种或更多种单克隆微生物菌株的“组合”包括两种微生物菌株的物理共存(在相同材料或产品中或在物理连接的产品中)，及来自单克隆微生物菌株的时间共施用或共定位。

术语“降低”或“消耗”意指变化，从而取决于治疗后状态与治疗前状态相比的差异为至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可检测。

术语“生态聚生体(ecologicalconsortium)”是交换代谢物且彼此正性共调控的一组细菌，这与经由活化互补宿主通路来诱导宿主协同作用以改进功效的两种细菌形成对比。

术语“表位”意指能够特异性结合至抗体的蛋白质决定子。表位通常由如氨基酸或糖侧链等分子的化学活性表面分组组成。某些表位可通过抗体能够结合的氨基酸的特定序列来定义。

如本文中所使用，“工程细菌”是通过人为干预已在遗传上自天然状态改变的任何细菌及任何这类细菌的继代。工程细菌包括(例如)靶向遗传修饰的产物、随机诱变筛选的产物及定向演化的产物。

术语“基因”在广义上用于指与生物功能有关的任一核酸。术语“基因”适用于特定基因组序列以及由该基因组序列编码的cdna或mrna。

两种核酸分子的核酸序列之间“同一性”可使用已知计算机算法(例如“fasta”程序)使用(例如)如pearson等人(1988)proc.natl.acad.sci.usa[美国国家科学院院刊]85:2444中的预设参数测定为同一性百分比(其他程序包含gcg程序包(devereux,j.等人，nucleicacidsresearch[核酸研究]12(i):387(1984))、blastp、blastn、fastaatschul,s.f.等人,jmolecbiol[分子生物学杂志]215:403(1990)；guidetohugecomputers[巨型计算机指南],mrtinj.bishop编辑,academicpress[学术出版社],sandiego[圣地亚哥],1994及carillo等人(1988)siamjappliedmath[工业和应用数学学会应用数学杂志]48:1073)。例如，可使用国家生物技术信息中心数据库(nationalcenterforbiotechnologyinformationdatabase)的blast功能来测定同一性。其他可商业或公开获得的程序包含dnastar“megalign”程序(威斯康星州麦迪逊市(madison,wis.))及威斯康星大学遗传学计算机集团(universityofwisconsingeneticscomputergroup)(uwg)“gap”程序(威斯康星州麦迪逊市(madison,wis.))。

如本文中所使用，术语“免疫病症”是指由免疫系统的活动引起的任何疾病、病症或疾病症状，包括自身免疫性疾病、炎性疾病及过敏。免疫病症包括但不限于自身免疫性疾病(例如，狼疮、硬皮病、溶血性贫血、血管炎、一型糖尿病、格雷夫斯病(grave’sdisease)、类风湿性关节炎、多发性硬化、古德帕斯丘综合征(goodpasture’ssyndrome)、恶性贫血和/或肌病)、炎性疾病(例如，寻常型痤疮、哮喘、乳糜泻、慢性前列腺炎、肾小球性肾炎、炎性肠病、盆腔炎、再灌注损伤、类风湿性关节炎、结节病、移植排斥、血管炎和/或间质性膀胱炎)，和/或过敏(例如，食物过敏、药物过敏和/或环境过敏)。

术语“增加”意指变化，从而取决于治疗后状态大于治疗前状态至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍和/或10^7倍的差别。可增加的性质包含免疫细胞、细菌细胞、基质细胞、髓源性抑制细胞、成纤维细胞、代谢物及细胞因子。

“内转录间隔区”或“its”是位于通常用于识别真核物种(特别地，真菌)的共同前体转录本上的结构核糖体rna(rrna)之间的一段非功能性rna。形成核糖体的核的真菌的rrna经转录为信号基因且由8s、5.8s及28s区域及分别在8s与5.8s之间及5.8s与28s区域之间的its4及5组成。如先前描述，在18s与5.8s之间及5.8s与28s区域之间的这类两个双译基因嵌段(intercistronicsegment)通过剪接移除且出于条形码的目的在物种之间含有显著变化(schoch等人，nuclearribosomalinternaltranscribedspacer(its)regionasauniversaldnabarcodemarkerforfungi.[核糖体内转录间隔区(its)是真菌的通用dna条形码标记]pnas[美国国家科学院院刊]109:6241-6246.2012)。18srdna传统上用于系统发育重建，然而its可发挥此功能，因为其通常是高度保守的，但含有高变区，这些高变区具有足够的核苷酸多样性来区分大多数真菌的属及物种。

术语“分离”或“富集”涵盖具有以下特征的微生物、细菌或其他实体或物质：(1)与在最初产生(不论在自然界中或在实验环境中)时与其缔合的至少一些组分分离，和/或(2)人工产生、制备、纯化和/或制造。经分离微生物可与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的其最初缔合的其他组分分离。在一些实施例中，经分离微生物是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。如本文中所使用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify、purifying及purified)”是指已与在最初产生或生成(例如不论在自然界中或在实验环境中)时或在其初始产生之后的任一时间期间与其缔合的至少一些组分分离的微生物或其他材料。如果在产生时或在产生之后(例如)自含有微生物或微生物群体的材料或环境分离，则该微生物或微生物群体可视为经纯化，且经纯化微生物或微生物群体可含有最高约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％的其他材料且仍视为“经分离”。在一些实施例中，经纯化微生物或微生物群体是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。在本文所提供微生物组合物的情况下，存在于该组合物中的一种或多种微生物类型可与独立于一种或多种产生和/或存在于含有该微生物类型的材料或环境中的其他微生物来纯化。通常自残余生境产物来纯化微生物组合物及其微生物组分。

如本文中所使用的“代谢物”是指在任何细胞或微生物代谢反应中用作底物或作为产物化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素产生自任何细胞或微生物代谢反应的任何及所有分子化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素。

“微生物”是指表征为细菌、真菌、微观藻类、原生动物及与该生物体相关的发育阶段或生命周期阶段(例如，植物、孢子(包括孢子形成、休眠及萌发)、潜伏、生物膜)的任何天然或经改造的生物体。肠道微生物的实例包括：葛氏放线菌(actinomycesgraevenitzii)、龋齿放线菌(actinomycesodontolyticus)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansiamuciniphila)、粪拟杆菌(bacteroidescaccae)、脆弱拟杆菌(bacteroidesfragilis)、腐败拟杆菌(bacteroidesputredinis)、多形拟杆菌(bacteroidesthetaiotaomicron)、普通拟杆菌(bacteroidesvultagus)、青春双歧杆菌(bifidobacteriumadolescentis)、两歧双歧杆菌(bifidobacteriumbifidum)、对沃氏嗜胆菌(bilophilawadsworthia)、乳酸乳球菌(lactococcuslactis)、丁酸弧菌(butyrivibrio)、纤细弯曲杆菌(campylobactergracilis)、梭菌群iii(clostridiaclusteriii)、梭菌群iv(clostridiaclusteriv)、梭菌群ix(clostridiaclusterix)(氨基酸球菌科群(acidaminococcaceaegroup))、梭菌群xi(clostridiaclusterxi)、梭菌群xiii(clostridiaclusterxiii)(消化链球菌群(peptostreptococcusgroup))、梭菌群xiv(clostridiaclusterxiv)、梭菌群xv(clostridiaclusterxv)、产气柯林斯菌(collinsellaaerofaciens)、粪球菌(coprococcus)、桑氏棒状杆菌(corynebacteriumsunsvallense)、猪脱硫单胞菌(desulfomonaspigra)、产甲酸多尔氏菌(doreaformicigenerans)、长链多尔氏菌(dorealongicatena)、大肠杆菌(escherichiacoli)、庞大真杆菌(eubacteriumhadrum)、直肠真杆菌(eubacteriumrectale)、普拉梭菌(faecalibacteriaprausnitzii)、孪生球菌(gemella)、乳球菌(lactococcus)、兰氏螺菌(lanchnospira)、柔膜细菌群xvi(mollicutesclusterxvi)、柔膜细菌群xviii(mollicutesclusterxviii)、普雷沃菌(prevotella)、黏滑罗氏菌(rothiamucilaginosa)、伶俐瘤胃球菌(ruminococcuscallidus)、活泼瘤胃球菌(ruminococcusgnavus)、扭链瘤胃球菌(ruminococcustorques)及链球菌(streptococcus)。

“微生物群系”广泛地指栖居于受试者或患者的身体部位上或中的微生物。微生物群系中的微生物可包括细菌、病毒、真核微生物和/或病毒。微生物群系中的个别微生物可以是代谢活性、休眠、潜伏或作为孢子存在，可以浮游形式存在或存在于生物膜中，或可以可持续或短暂的方式存在于该微生物群系中。该微生物群系可以是共生或健康状态微生物群系或疾病状态微生物群系。该微生物群系对受试者或患者而言可以是天然的，或该微生物群系的组分可因健康状态(例如，癌前状态或癌状态)或处理条件(例如，抗生素治疗、暴露于不同微生物)的变化而经调整、引入或消除。在一些方面，该微生物群系出现于黏膜表面。在一些方面，该微生物群系是肠道微生物群系。在一些方面，该微生物群系是肿瘤微生物群系。

组织或样本的“微生物群系概况(microbiomeprofile)”或“微生物群系特征(microbiomesignature)”是指微生物群系的细菌组成的至少部分表征。在一些实施例中，微生物群系概况指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个细菌菌株存在于微生物群系中或不存在于微生物群系中。

关于细菌的“经修饰”广泛地指自野生型形式已经变化的细菌。细菌修饰的实例包括遗传修饰、基因表现、表型修饰、配制、化学修饰及剂量或浓度。经改善的性质的实例描述于整个说明书中且包括(例如)减毒、营养缺陷、归巢或抗原性。表型修饰可包括(以实例说明的)细菌于修饰细菌的表型的培养基中生长以增加或降低毒力。

如本文中所使用，如果基因在至少一些条件下在工程细菌中的表达程度高于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达程度，则该基因在细菌中“过度表达”。类似地，如果基因在至少一些条件下在工程细菌中的表达程度低于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达程度，则该基因在细菌中“表达不足”。

术语“多核苷酸”及“核酸”可互换使用。它们是指任何长度的核苷酸的聚合形式(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)或其类似物。多核苷酸可具有任何三维结构，且可实施任何功能。多核苷酸的非限制性实例如下：基因或基因片段的编码区或非编码区、由连锁分析限定的基因座、外显子、内含子、信使rna(mrna)、转移rna、核糖体rna、核酶、cdna、重组多核苷酸、支化型多核苷酸、质粒、载体、具有任何序列的经分离dna、具有任何序列的经分离rna、核酸探针及引物。多核苷酸可包括经修饰核苷酸，例如甲基化核苷酸及核苷酸类似物。如果存在，则可在组装聚合物之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。多核苷酸可通过(例如)与标记组分缀合而经进一步修饰。在本文提供的所有核酸序列中，u核苷酸可与t核苷酸互换。

“运算分类单元”及“otu”是指系统发生树中的末端叶且通过核酸序列(例如整个基因组或特定基因序列及所有与此核酸序列在物种层面共享序列同一性的序列)来定义。在一些实施例中，特定基因序列可为16s序列或16s序列的一部分。在其他实施例中，对两种实体的整个基因组进行测序并进行比较。在另一个实施例中，可以基因方式比较所选区域(例如多基因座序列标签(mlst)、特定基因或基因集)。对于16s而言，整个16s或一些16s可变区中共有≥97％平均核苷酸同一性的otu可视为相同otu。参见，例如，claessonmj、wangq、o’sullivano、greene-dinizr、colejr、rossrp及o’toolepw.2010.comparisonoftwonext-generationsequencingtechnologiesforresolvinghighlycomplexmicrobiotacompositionusingtandemvariable16srrnageneregions[使用串联可变16srrna基因区解析高度复杂的微生物群组成的两种下一代测序技术的比较].nucleicacidsres[核酸研究]38:e200.konstantinidiskt,ramettea及tiedjejm.2006.thebacterialspeciesdefinitioninthegenomicera[基因组时代的细菌种类定义].philostransrsoclondbbiolsci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。对于完整基因组、mlst、特定基因(除16s外)或基因集而言，共有≥95％平均核苷酸同一性的otu可视为相同otu。例如参见achtmanm及wagnerm.2008.microbialdiversityandthegeneticnatureofmicrobialspecies[微生物多样性和微生物物种的遗传性质].nat.rev.microbiol.[微生物自然评论]6:431-440.konstantinidiskt,ramettea及tiedjejm.2006.thebacterialspeciesdefinitioninthegenomicera[基因组时代的细菌种类定义].philostransrsoclondbbiolsci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。通常通过比较生物体之间的序列来定义otu。通常，具有小于95％序列同一性的序列并不视为形成相同otu的一部分。还可通过核苷酸标志或基因、尤其高度保守基因(例如“管家”基因)或其组合的任一组合来表征otu。本文提供可分配(例如)属、物种及系统发育进化枝的运算分类单元(otu)。

如本文中所使用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify或purifying)”及“经纯化”是指ev或其他材料已与最初产生或形成(例如，无论在自然中或在实验环境中)时或在初始产生后的任何时间期间与的相关的至少一些组分分离。若ev在产生时或产生后与(如)一种或多种其他细菌组分分离，则该ev可被视为经纯化，及经纯化的微生物或微生物种群可含有其他材料多达约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或超过约90％且仍被视为“经纯化”。在一些实施例中，经纯化的ev超过约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或超过约99％纯。ev组合物及其微生物组分是(例如)纯化自残余生境产物。

如本文中所使用，术语“经纯化的ev组合物”或“ev组合物”是指如下的制剂：其包括已与源材料或在用以产生该制剂的任何方法中与ev相关的任何材料中发现的至少一种相关物质分离(例如，与至少一种其他细菌组分分离)的ev。它还指已经显著富集或浓缩的组合物。在一些实施例中，这些ev经浓缩2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、100倍、1000倍、10,000倍或超过10,000倍。

如本文中所使用，“特异性结合”是指抗体能够结合至预定抗原或多肽能够结合至其预定结合配偶体。通常，抗体或多肽以对应于约10-7m或更小kd的亲和力特异性结合至其预定抗原或结合配偶体，且以相对于结合至非特异性及不相关抗原/结合配偶体(例如bsa、酪蛋白)小至少10倍、小至少100倍或小至少1000倍的其亲和力的亲和力(如通过kd所表示)结合至预定抗原/结合配偶体。可替代地，特异性结合更广泛地适用于二组分系统，其中一种组分是蛋白质、脂质或碳水化合物或其组合且与是蛋白质、脂质、碳水化合物或其组合的第二组分以特定方式接合。

术语“受试者”或“患者”是指任何动物。描述为“有需要”的受试者或患者是指需要治疗疾病的人。哺乳动物(即哺乳类动物)包括人类、实验室动物(例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、绵羊、山羊、猪)及家庭宠物(例如狗、猫、啮齿类动物)。例如，受试者可为非人类哺乳动物，包括但不限于：狗、猫、牛、马、猪、驴、山羊、骆驼、小鼠、大鼠、天竺鼠、绵羊、骆马、猴、大猩猩或黑猩猩。受试者或患者可以是健康的，或者可以是患有处于任何发展阶段的免疫病症。

“菌株”是指具有基因印记的细菌物种的成员，从而其可与相同细菌物种的密切相关成员区分开来。基因印记可为不存在至少一种基因的全部或一部分、不存在至少一个调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)的全部或一部分、不存在(“消除”)至少一种天然质粒、存在至少一种重组基因、存在至少一种突变基因、存在至少一种外来基因(衍生自另一物种的基因)、存在至少一种突变调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)、存在至少一种非天然质粒、存在至少一种抗生素抗性盒或其组合。可通过pcr扩增且任选地随后进行目的基因组区域或全基因组的dna测序来鉴别不同菌株之间的基因印记。如果一种菌株(与相同物种的另一种菌株相比)已获得或失去抗生素抗性或获得或失去生物合成能力(例如营养缺陷型菌株)，则可通过选择或反选择分别使用抗生素或营养物/代谢物来区分菌株。

如本文中所使用，术语“治疗”受试者疾病或“治疗”患有或怀疑患有疾病的受试者是指对受试者实施医药治疗(例如施用一种或多种药剂)，从而降低至少一种疾病症状或预防其恶化。因此，在一个实施例中，“治疗”尤其是指延迟进展、促进缓解、诱导缓解、增大缓解、加速恢复、增加功效或降低替代治疗的抗性，或其组合。

细菌

在某些方面，本文提供了使用细菌组合物的方法，该细菌组合物包含毛螺菌科细菌和/或此类细菌的产物(例如，细胞外囊泡(ev)和/或药物活性生物质(phab))。在一些实施例中，细菌是表1所列的细菌的菌株。

表1：细菌菌株

在一些实施例中，细菌是与表1所列的细菌菌株的核苷酸序列(例如基因组、16s或crispr核苷酸序列)包含至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。

在一些实施例中，对本文所述的细菌进行修饰以改善哺乳动物胃肠道中的定殖和/或植入(例如经修饰代谢，例如改善的黏蛋白降解、增强的竞争特征、增加的运动性、增加的肠上皮细胞粘附、经修饰趋化性)。在一些实施例中，对本文所述的细菌进行修饰以增强其免疫调节和/或治疗效果(例如单独或与另一种治疗剂组合)。在一些实施例中，对本文所述的细菌进行修饰以增强免疫活化(例如经由多糖、菌毛、纤毛、黏附素、外膜囊泡的修饰产生)。在一些实施例中，对本文所述的细菌进行修饰以改善细菌制造(例如较高耐氧性、改善的冷冻-解冻耐受性、较短生成时间)。

毛螺菌科细菌(例如表1所列的细菌菌株)可以根据本领域已知的方法培养。例如，可以使用例如在caballero等人,2017.“cooperatingcommensalsrestorecolonizationresistancetovancomycin-resistantenterococcusfaecium”[合作共生恢复耐万古霉素粪肠球菌的定植抗性]cellhost&microbe[细胞宿主与微生物]21:592-602(该文献通过引用以其全文特此并入)中披露的方法，在atcc培养基2722、atcc培养基1490或其他培养基中使毛螺菌科细菌(例如表1所列的细菌的菌株)生长。

ev的产生

在某些方面，可以使用本领域已知的任何方法来制备本文所述的毛螺菌科细菌ev。

在一些实施例中，无需ev纯化步骤即可制备毛螺菌科细菌ev。例如，在一些实施例中，使用使疾病调节性毛螺菌科细菌ev保持完整的方法杀灭包含本文所述的ev的毛螺菌科细菌，且将所得细菌组分(包括ev)用于本文所述的方法及组合物中。在一些实施例中，使用抗生素(例如使用本文所述的抗生素)杀灭毛螺菌科细菌。在一些实施例中，使用uv辐射杀灭毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，本文所述的ev纯化自一种或多种其他细菌组分。用于自细菌纯化ev的方法为本领域中已知。在一些实施例中，使用s.binpark等人plosone[公共科学图书馆·综合].6(3):e17629(2011)或g.norheim等人plosone[公共科学图书馆·综合].10(9):e0134353(2015)中所述的方法从细菌培养物制备ev，这些文献中的每一个通过引用以其全文特此并入。在一些实施例中，这些细菌经培养至高光密度及然后经离心以使细菌集结成粒(例如，在4℃下以10,000xg离心30min，在4℃下以15,500xg离心15min)。在一些实施例中，然后使培养上清液通过过滤器以排除完整细菌细胞(例如，0.22μm过滤器)。在一些实施例中，然后对上清液进行切向流过滤，在此过程中，将上清液浓缩，除去小于100kda的物质，并用pbs对培养基进行部分交换。在一些实施例中，经过滤的上清液经离心以使细菌ev集结成粒(例如，在4℃下以100,000至150,000xg离心1至3小时，在4℃下以200,000xg离心1至3小时)。在一些实施例中，这些ev通过重悬浮所得ev集结粒(例如，于pbs中)，并将重悬浮的ev施用至optiprep(碘克沙醇)梯度或梯度(例如30％至60％不连续的梯度、0-45％不连续的梯度)，接着离心(例如，在4℃下以200,000xg离心4至20小时)加以进一步纯化。可以收集ev带，用pbs稀释并离心以使ev集结成粒(例如，在4℃下以150,000xg离心3小时，在4℃下以200,000xg离心1小时)。经纯化的ev可经储存(例如，在-80℃或-20℃下)直至使用。在一些实施例中，这些ev通过用dna酶和/或蛋白酶k处理加以进一步纯化。

例如，在一些实施例中，本文披露的疾病调节性毛螺菌科细菌的培养物可在4℃下以11,000xg离心20至40分钟以使细菌集结成粒。可使培养上清液通过0.22μm过滤器以排除完整细菌细胞。然后可使用可包括但不限于硫酸铵沉淀、超离心或过滤的方法浓缩经过滤的上清液。例如，就硫酸铵沉淀而言，可将1.5-3m硫酸铵缓慢添加至经过滤的上清液，同时在4℃下搅拌。可在4℃下将沉淀培养8至48小时及然后在4℃下以11,000xg离心20至40分钟。所得集结粒含有疾病调节性毛螺菌科细菌ev和其他碎片。可使用超离心，经过滤的上清液在4℃下以100,000至200,000xg离心1至16小时。此离心的集结粒含有疾病调节性毛螺菌科细菌ev和其他碎片(例如大蛋白复合物)。在一些实施例中，使用过滤技术，如通过使用amicon超自旋过滤器或通过切向流过滤，上清液可经过滤以便于保留分子量>50或100kda的物质。

可替代地，例如通过将生物反应器连接至细胞培养交替切向流(atf)系统(例如来自repligen的xcellatf)，可在生长期间或在生长期间的选定时间点，从疾病调节性毛螺菌科细菌培养物连续获得ev。该atf系统保留完整细胞(>0.22μm)于生物反应器中，及容许较小组分(例如，ev、游离蛋白质)通过过滤器以供收集。例如，该系统可经结构设计使得<0.22μm滤液然后通过100kda的第二过滤器，容许收集如在0.22μm与100kda之间的ev的物质，并将小于100kda的物种泵送回生物反应器中。可替代地，该系统可经结构设计以容许生物反应器中的培养基在培养物的生长期间得到补充和/或修饰。通过此方法收集的ev可通过如上文描述用于经过滤的上清液的超离心或过滤进行进一步纯化和/或浓缩。

通过本文提供的方法获得的ev可通过基于尺寸的柱色谱法、通过亲和色谱法、通过离子交换色谱法及通过梯度超离心，使用可包括但不限于使用蔗糖梯度或optiprep梯度的方法加以进一步纯化。简言之，在使用蔗糖梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，将集结粒再悬浮于60％蔗糖、30mmph8.0tris中。如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用amiconultra柱将浓缩物缓冲液交换至60％蔗糖、30mmph8.0tris中。将样本施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000×g离心持续3-24小时。简而言之，在使用optiprep梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，则将集结粒悬浮于pbs中并向样本中添加3体积的60％optiprep。在一些实施例中，如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用60％optiprep将浓缩物稀释至最终浓度为35％optiprep。将样本施加至0-45％不连续的optiprep梯度，并在4℃下以200,000xg离心3至24小时，例如，在4℃下离心4至24小时。

在一些实施例中，为证实ev制剂的无菌性及分离，将ev连续稀释至琼脂培养基(其用于测试中的细菌的例行培养)上，并使用例行条件进行培养。使未经灭菌的制剂通过0.22μm过滤器以去除完整细胞。为进一步增加纯度，经分离的ev可用dna酶或蛋白酶k处理。

在一些实施例中，为制备用于活体内注射的ev，经纯化的ev如先前描述进行处理(g.norheim等人,plosone.[公共科学图书馆·综合]10(9):e0134353(2015))。简而言之，在蔗糖梯度离心后，将含有ev的带于含有3％蔗糖的溶液中或本领域技术人员已知的适用于活体内注射的其他溶液中重悬浮至50μg/ml的终浓度。此溶液还可含有浓度为0-0.5％(w/v)的佐剂(例如氢氧化铝)。在一些实施例中，为了制备用于体内注射的ev，将pbs中的ev无菌过滤至＜0.22μm。

在某些实施例中，为制备与其他测试(例如用以在tem成像或活体外分析之前去除蔗糖)兼容的样本，使用过滤(例如amiconultra柱)将样本缓冲液交换至pbs或30mmph8.0tris中，透析，或超离心(200,000×g，≥3小时，4℃)并再悬浮。

在一些实施例中，ev制剂的无菌性可通过将一部分ev接种至琼脂培养基(其用于用以产生ev的细菌的标准培养)上及使用标准条件进行培养加以证实。

在一些实施例中，所选ev通过色谱法分离及富集并结合ev的表面部分。在其他实施例中，所选ev通过荧光细胞分选通过使用亲和试剂、化学染料、重组蛋白的方法或本领域技术人员已知的其他方法分离和/或富集。

细菌组合物

在某些方面，本文提供了细菌组合物，该细菌组合物包含毛螺菌科细菌和/或此类细菌的产物(例如，细胞外囊泡(ev)和/或药物活性生物质(phab))。在一些实施例中，细菌是表1所列的细菌的菌株。在一些实施例中，细菌是与表1所列的细菌菌株的核苷酸序列包含至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，细菌配制品包含本文所述的细菌和/或细菌的组合、以及药学上可接受的载体(例如，药物组合物)。

在某些实施例中，细菌组合物中至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的细菌是表1所列的细菌菌株。在某些实施例中，该细菌组合物中基本上全部的细菌都是表1所列的细菌菌株。在某些实施例中，细菌组合物包含至少1×10³集落形成单位(cfu)、1×10⁴集落形成单位(cfu)、1×10⁵集落形成单位(cfu)、5×10⁵集落形成单位(cfu)、1×10⁶集落形成单位(cfu)、2×10⁶集落形成单位(cfu)、3×10⁶集落形成单位(cfu)、4×10⁶集落形成单位(cfu)、5×10⁶集落形成单位(cfu)、6×10⁶集落形成单位(cfu)、7×10⁶集落形成单位(cfu)、8×10⁶集落形成单位(cfu)、9×10⁶集落形成单位(cfu)、1×10⁷集落形成单位(cfu)、2×10⁷集落形成单位(cfu)、3×10⁷集落形成单位(cfu)、4×10⁷集落形成单位(cfu)、5×10⁷集落形成单位(cfu)、6×10⁷集落形成单位(cfu)、7×10⁷集落形成单位(cfu)、8×10⁷集落形成单位(cfu)、9×10⁷集落形成单位(cfu)、1×10⁸集落形成单位(cfu)、2×10⁸集落形成单位(cfu)、3×10⁸集落形成单位(cfu)、4×10⁸集落形成单位(cfu)、5×10⁸集落形成单位(cfu)、6×10⁸集落形成单位(cfu)、7×10⁸集落形成单位(cfu)、8×10⁸集落形成单位(cfu)、9×10⁸集落形成单位(cfu)、1×10⁹集落形成单位(cfu)、5×10⁹集落形成单位(cfu)、1×10¹⁰集落形成单位(cfu)、5×10¹⁰集落形成单位(cfu)、1×10¹¹集落形成单位(cfu)、5×10¹¹集落形成单位(cfu)、1×10¹²集落形成单位(cfu)、5×10¹²集落形成单位(cfu)、1×10¹³集落形成单位(cfu)的表1所列的细菌菌株。

在一些实施例中，组合物中至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的细菌选自本文所述的细菌物种。组合物中至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的细菌选自本文所述的细菌菌株。

在一些实施例中，本文所述的组合物可仅包含本文所述的细菌的一个物种，或可包含本文所述的细菌的两个或更多个物种。例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种本文所述的物种能以任何组合包含在本文提供的组合物中。

在一些实施例中，细菌组合物包含经杀灭细菌、活细菌、和/或经减毒细菌。细菌可以通过巴氏杀菌、灭菌、高温处理、喷雾蒸煮和/或喷雾干燥进行热杀灭(可以在500c、650c、850c或各种其他温度和/或以不同的时间量进行热处理)。细菌也可以使用γ射线辐射(gamma射线辐射)、暴露于紫外线、福尔马林灭活和/或冷冻方法或其组合进行杀灭或灭活。例如，在施用之前，细菌可以暴露于1、2、3、4、5、10、15、20、25、30、35、40或50kgy的辐射。在一些实施例中，使用γ射线杀灭细菌。在一些实施例中，使用电子辐射(例如，β辐射)或x射线辐射杀灭或灭活细菌。

在一些实施例中，使用使细菌的疾病调节性活性保持完整的方法杀灭本文所述的组合物中的细菌，并且将所得的细菌组分用于本文所述的方法和组合物中。在一些实施例中，使用抗生素(例如，使用本文所述的抗生素)杀灭本文所述的组合物中的细菌。在一些实施例中，使用uv辐射杀灭本文所述的组合物中的细菌。

细菌可以生长到不同的生长期，并以不同稀释度和在生长期的不同点测试功效。例如，能以稳定期(包括早期或晚期稳定期)或以指数期的各个时间点施用后，测试细菌的功效。除了通过各种方法灭活外，还可以使用不同比例的活细胞与灭活细胞、或不同比例的处于不同生长期的细胞来测试细菌的功效。

在某些实施例中，本文提供了包含本文提供的毛螺菌科ev和/或毛螺菌科细菌的药物组合物(例如，ev组合物)，例如美国临时专利申请号62/578,559中披露的那些(该文献通过引用以其全文特此并入)。在一些实施例中，ev组合物包含本文所述的ev和/或ev的组合、以及药学上可接受的载体。

在一些实施例中，药物组合物包含基本上或完全不含细菌的毛螺菌科ev。在一些实施例中，药物组合物包含毛螺菌科ev及完整毛螺菌科细菌(例如活细菌、经杀灭细菌、经减毒细菌)两者。在某些实施例中，药物组合物包含基本上或完全不含ev的毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含至少1个毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含约1个毛螺菌科细菌。

在某些实施例中，药物组合物包含特定比率的毛螺菌科细菌粒子与毛螺菌科ev粒子。毛螺菌科细菌粒子的数目可基于实际粒子数或(如果细菌为活的)cfu数目。粒子数可以通过将一定数量的纯化的毛螺菌科ev与一定数量的纯化的毛螺菌科细菌组合、通过改变培养毛螺菌科细菌的生长条件或通过修饰毛螺菌科细菌本身(以产生更多或更少的毛螺菌科ev)来确定。

在一些实施例中，为了定量细菌样本中存在的毛螺菌科ev和/或毛螺菌科细菌的数量，可以使用电子显微法(例如超薄冷冻切片的em)来观测囊泡及细菌且对其相对数目进行计数。可替代地，可使用纳米颗粒跟踪分析(nta)、库尔特计数及动态光散射(dls)的组合或这类技术的组合。nta及库尔特计数器计数颗粒并显示它们的尺寸。dls给出颗粒的粒度分布，而非浓度。细菌通常具有1至2μm的直径。完整范围是0.2至20μm。来自库尔特计数及nta的组合结果可揭示给定样本中的细菌数量。库尔特计数揭示具有0.7至10μm的直径的颗粒的数量。nta揭示具有50至1400nm的直径的颗粒的数量。就大多数细菌样本而言，库尔特计数器单独可揭示样本中的细菌数量。ev的直径是20至250nm。nta将容许我们计数直径为50至250nm的颗粒的数量。dls揭示具有于1nm至3μm的近似范围内的不同直径的颗粒的分布。

在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科ev粒子包含不超过1个毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含至少1个毛螺菌科ev粒子。

在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含约1个毛螺菌科ev粒子。在一些实施例中，药物组合物每1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8.1.9、2、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8.2.9、3、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8.3.9、4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8.4.9、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8.5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8.6.9、7、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8.7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8.8.9、9、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8.9.9、10、11、12、13、14、15、16、17、18.19、20、21、22、23、24、25、26、27、28.29、30、31、32、33、34、35、36、37、38.39、40、41、42、43、44、45、46、47、48.49、50、51、52、53、54、55、56、57、58.59、60、61、62、63、64、65、66、67、68.69、70、71、72、73、74、75、76、77、78.79、80、81、82、83、84、85、86、87、88.89、90、91、92、93、94、95、96、97、98.99、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1x10³、2x10³、3x10³、4x10³、5x10³、6x10³、7x10³、8x10³、9x10³、1x10⁴、2x10⁴、3x10⁴、4x10⁴、5x10⁴、6x10⁴、7x10⁴、8x10⁴、9x10⁴、1x10⁵、2x10⁵、3x10⁵、4x10⁵、5x10⁵、6x10⁵、7x10⁵、8x10⁵、9x10⁵、1x10⁶、2x10⁶、3x10⁶、4x10⁶、5x10⁶、6x10⁶、7x10⁶、8x10⁶、9x10⁶、1x10⁷、2x10⁷、3x10⁷、4x10⁷、5x10⁷、6x10⁷、7x10⁷、8x10⁷、9x10⁷、1x10⁸、2x10⁸、3x10⁸、4x10⁸、5x10⁸、6x10⁸、7x10⁸、8x10⁸、9x10⁸、1x10⁹、2x10⁹、3x10⁹、4x10⁹、5x10⁹、6x10⁹、7x10⁹、8x10⁹、9x10⁹、1x10¹⁰、2x10¹⁰、3x10¹⁰、4x10¹⁰、5x10¹⁰、6x10¹⁰、7x10¹⁰、8x10¹⁰、9x10¹⁰、1x10¹¹、2x10¹¹、3x10¹¹、4x10¹¹、5x10¹¹、6x10¹¹、7x10¹¹、8x10¹¹、9x10¹¹和/或1×10¹²个毛螺菌科细菌包含不超过1个毛螺菌科ev粒子。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科ev。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科ev。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科ev。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％粒子为毛螺菌科细菌。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白为毛螺菌科ev蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的蛋白为毛螺菌科细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％蛋白为毛螺菌科ev蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％蛋白为毛螺菌科细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％蛋白为毛螺菌科ev蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％蛋白为毛螺菌科细菌蛋白。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质为毛螺菌科ev脂质。

在一些实施例中，药物组合物中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的脂质为毛螺菌科细菌脂质。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％脂质为毛螺菌科ev脂质。

在一些实施例中，药物组合物中不超过1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％脂质为毛螺菌科细菌脂质。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％脂质为毛螺菌科ev脂质。

在一些实施例中，药物组合物中约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％脂质为毛螺菌科细菌脂质。

在一些实施例中，自一种或多种其他细菌组分纯化药物组合物中的毛螺菌科ev。在一些实施例中，该药物组合物进一步包含其他细菌组分。在一些实施例中，该药物组合物包含细菌细胞。

如以下详细描述的，本文披露的药物组合物可以专门配制用于以固体或液体形式施用，所述固体或液体形式包括适于口服或直肠施用的那些。

在一些实施例中，本文所述的组合物可以是药物组合物、饮食补充剂或食品(例如食物或饮料)。在一些实施例中，食品是动物饲料。

在某些实施例中，本文所述的用于口服施用的药物组合物包含能够将细菌有效递送至结肠的额外组分。在一些实施例中，可以使用能够将细菌递送至结肠的药物制剂。这样的配制品的实例包括ph敏感性组合物，例如缓冲小袋配制品或肠溶聚合物(其在肠溶聚合物通过胃后当ph变为碱性时释放其内容物)。当将ph敏感性组合物用于配制药物制剂时，ph敏感性组合物可以是组合物分解的ph阈值在约6.8至约7.5之间的聚合物。

可用于将细菌递送至结肠的药物组合物的另一实施例是通过将细菌的释放延迟约3至5小时(这相当于小肠通过时间)来确保递送至结肠。在一些实施例中，用于延迟释放的药物组合物包含水凝胶壳。水凝胶在与胃肠液接触时被水化并溶胀，结果内容物被有效释放(主要在结肠中释放)。延迟释放剂量单位包括含细菌的组合物，其具有涂覆或选择性涂覆细菌的材料。这样的选择性包衣材料的实例包括体内可降解的聚合物、逐渐可水解的聚合物、逐渐水溶的聚合物和/或酶可降解的聚合物。有许多种有效延迟释放的包衣材料，包括例如基于纤维素的聚合物(例如羟丙基纤维素)、丙烯酸聚合物和共聚物(如甲基丙烯酸聚合物和共聚物)以及乙烯基聚合物和共聚物(如聚乙烯吡咯烷酮)。

能够递送至结肠的组合物的实例还包括特异性粘附至结肠黏膜的生物粘附性组合物(例如，在美国专利号6,368,586的说明书中描述的聚合物，该文献通过引用特此并入)和其中掺入有蛋白酶抑制剂(可特别保护胃肠道中的生物药物制剂不因蛋白酶的活性而分解)的组合物。

能够递送至结肠的系统的一个实例是通过压力变化(使得通过利用由细菌发酵在胃远端产生的气体引起生的压力变化来释放内容物)将组合物递送到结肠的系统。这样的系统没有特别限制，并且其更具体的实例是具有分散在栓剂基质中的内容物并且用疏水聚合物(例如，乙基纤维素)包衣的胶囊。

能够递送至结肠的系统的另一个实例是将组合物递送至结肠的系统，该系统被结肠中存在的酶(例如，碳水化合物水解酶或碳水化合物还原酶)特异性地分解。这样的系统没有特别限制，并且其更具体的实例包括使用食品成分例如非淀粉多糖、直链淀粉、黄原胶和偶氮聚合物的系统。

在一些实施例中，提供含表1所列的细菌菌株的益生菌配制品，其呈囊封、肠溶包衣或粉剂形式，且剂量范围为高达10¹¹cfu(例如高达10¹⁰cfu)。在一些实施例中，组合物在胶囊中包含5×10¹¹cfu的表1所列的细菌菌株及10％(w/w)玉米淀粉。对胶囊进行肠溶包衣以用于ph5.5下的十二指肠释放。在一些实施例中，对胶囊进行肠溶包衣以用于ph5.5下的十二指肠释放。在一些实施例中，组合物包含冻干的表1所列的细菌菌株(其被视为“安全资格认定(qualifiedpresumptionofsafety)”(qps)状态)的粉剂。在一些实施例中，组合物在冷冻或冷藏温度下稳定。

用于产生微生物组合物的方法可包括三个主要处理步骤。这些步骤是：生物体贮藏、生物体产生及保存。在某些实施例中，可通过省略分离步骤来培养含有一定丰度的细菌菌株(例如表1所列的细菌的菌株)的样本。

对于贮藏而言，微生物组合物中所包含的菌株可：(1)直接自样本分离或自贮藏储备液获取，(2)任选地培养于支持生长的营养琼脂或培养液中以生成存活的生物质，且(3)任选地以多个等分试样保存生物质且长期储存。

在使用培养步骤的实施例中，琼脂或培养液可含有提供必需元素及使得能够生长的特定因子的营养物。一个实例由以下成分构成的培养基：20g/l葡萄糖、10g/l酵母提取物、10g/l大豆蛋白胨、2g/l柠檬酸、1.5g/l磷酸二氢钠、100mg/l柠檬酸铁铵、80mg/l硫酸镁、10mg/l氯化血红素、2mg/l氯化钙、1mg/l甲萘醌。可替代地，由以下成分构成ph6.8的培养基：10g/l牛肉提取物、10g/l蛋白胨、5g/l氯化钠、5g/l右旋糖、3g/l酵母提取物、3g/l乙酸钠、1g/l可溶性淀粉及0.5g/ll-半胱氨酸hcl。多种微生物培养基及变化形式在本领域内已众所周知(例如r.m.atlas,handbookofmicrobiologicalmedia[微生物培养基手册](2010)crcpress[crc出版公司])。培养基可在开始时添加至培养物中，可在培养期间添加，或可间歇性地/连续流经培养物。细菌组合物中的菌株可单独、作为微生物组合物的子集或作为包括微生物组合物的整个集合体形式来进行培养。作为一实例，可以混合连续培养来培养第一菌株以及第二菌株，稀释速率低于任一细胞的最大生长速率以防止在培养中洗掉培养物。

将经接种培养物在有益条件下培育足以构筑生物质的时间。对于用于人类使用的微生物组合物而言，此过程通常在37℃温度下、类似于正常人类生态位的ph值及其他参数下进行。环境可主动控制、被动控制(例如经由缓冲液)、或容许其偏离。例如，对于厌氧细菌组合物而言，可采用缺氧/还原环境。此可通过向培养液中添加还原剂(例如半胱氨酸)和/或去除氧来完成。作为一实例，可使细菌组合物的培养物在37℃、ph7下于上述经1g/l半胱氨酸-hcl预还原的培养基中生长。

在培养物已生成足够生物质时，可保存以用于贮藏。可将生物体置于防止冷冻(添加“冷冻保护剂”)、干燥(“冻干保护剂”)和/或渗透冲击(“渗透保护剂”)的化学环境中，分配至多个(任选地相同)容器中以产生均匀库，且然后处理培养物以用于保存。容器通常不可渗透且具有确保与环境隔离的密封件。通过在超低温度(例如在-80℃或低于-80℃下)冷冻液体来完成冷冻保存处理。干燥保存通过蒸发(在喷雾干燥或“冷却干燥”的情形下)或通过升华(例如对于冷冻干燥、喷雾冷冻干燥)从培养物中去除水。去除水可改善在高于低温条件的温度下的长期微生物组合物储存稳定性。如果微生物组合物包括(例如)孢子形成物种且使得产生孢子，则可通过其他方式(例如密度梯度离心)纯化最终组合物且使用[？]上述[？]技术保存。可通过个别地培养及保存菌株或通过一起混合菌株以产生组合库来进行微生物组合物贮藏。作为冷冻保存的实例，可通过离心来收获微生物组合物培养物以使来自培养基的细胞集结成粒，倾析上清液并更换为含有15％甘油的新鲜培养液。然后可将培养物等分至1ml冷冻管中，密封，并置于-80℃下以用于长期存活保留。在从冷冻储存回收时，此程序达成可接受的存活率。

可使用类似于贮藏的培养步骤(包含上述培养基组合物及培养条件)来实施微生物产生。其可以较大操作规模来实施，尤其对于临床研发或商业生产而言。在较大规模下，在最终培养之前可存在微生物组合物的若干子培养。在培养结束时，收获培养物以使得能够进一步配制成用于施用的剂型。此过程可涉及浓缩，去除不期望培养基组分，和/或引入保存微生物组合物且致使其可接受经由所选途径进行施用的化学环境中。例如，可将微生物组合物培养至浓度为10¹⁰cfu/ml，然后通过切向流微过滤浓缩20倍；可通过由2％明胶、100mm海藻糖及10mm磷酸钠缓冲液组成的保存培养基进行渗滤来交换所消耗培养基。可然后将悬浮液冻干成粉剂并滴定。

在干燥之后，可将粉剂掺和至适当功效，并与其他培养物和/或填充剂(例如微晶纤维素)混合以达成稠度且易于处置，且配制为如本文提供的细菌组合物。

在某些方面，提供用于施用受试者的细菌组合物。在一些实施例中，将细菌组合物与其他活性和/或惰性材料组合以产生最终产物，该最终产物可呈单一剂量单位或多剂量形式。

在一些实施例中，组合物包括至少一种碳水化合物。“碳水化合物”是指糖或糖聚合物。术语“糖”、“多糖”、“碳水化合物”及“寡糖”可互换使用。大部分碳水化合物是具有许多羟基的醛或酮，通常在分子的每一碳原子上具有一个羟基。碳水化合物通常具有分子式cnh2non。碳水化合物可为单糖、二糖、三糖、寡糖或多糖。最基本的碳水化合物是单糖，例如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二糖是两个接合的单糖。示例性二糖包含蔗糖、麦芽糖、纤维二糖及乳糖。通常，寡糖包含3至6个单糖单元(例如棉子糖、水苏糖)，且多糖包含6个或更多个单糖单元。示例性多糖包含淀粉、糖原及纤维素。碳水化合物可含有经修饰糖单元，例如2’-脱氧核糖，其中去除羟基，2’-氟核糖，其中羟基经氟代替；或n-乙酰基葡萄糖胺，其为葡萄糖的含氮形式(例如2’-氟核糖、脱氧核糖及己糖)。碳水化合物可以许多不同形式存在，例如构象异构体、环状形式、非环状形式、立体异构体、互变异构体、端基差向异构体及异构体。

在一些实施例中，组合物包括至少一种脂质。如本文中所使用，“脂质”包含脂肪、油、甘油三酯、胆固醇、磷脂、任一形式的脂肪酸(包含游离脂肪酸)。脂肪、油及脂肪酸可为饱和、不饱和(顺式或反式)或部分不饱和(顺式或反式)。在一些实施例中，脂质包括至少一种选自以下的脂肪酸：月桂酸(12:0)、肉豆蔻酸(14:0)、棕榈酸(16:0)、棕榈油酸(16:1)、珍珠酸(17:0)、十七碳烯酸(17:1)、硬脂酸(18:0)、油酸(18:1)、亚油酸(18:2)、亚麻酸(18:3)、十八碳四烯酸(18:4)、花生酸(20:0)、二十碳烯酸(20:1)、二十碳二烯酸(20:2)、二十碳四烯酸(20:4)、二十碳五烯酸(20:5)(epa)、二十二烷酸(22:0)、二十二碳烯酸(22:1)、二十二碳五烯酸(22:5)、二十二碳六烯酸(22:6)(dha)及二十四烷酸(24:0)。在一些实施例中，组合物包括至少一种经修饰脂质，例如已通过蒸煮修饰的脂质。

在一些实施例中，组合物包括至少一种补充矿物质或矿物质源。矿物质的实例包括但不限于：氯化物、钠、钙、铁、铬、铜、碘、锌、镁、锰、钼、磷、钾及硒。任一前述矿物质的合适形式包含可溶性矿物质盐、微溶性矿物质盐、不溶性矿物质盐、螯合矿物质、矿物质复合物、非反应性矿物质(例如羰基矿物质及经还原矿物质)及其组合。

在一些实施例中，组合物包括至少一种补充维生素。至少一种维生素可为脂肪可溶性或水可溶性维生素。合适维生素包括但不限于维生素c、维生素a、维生素e、维生素b12、维生素k、核黄素、烟酸(niacin)、维生素d、维生素b6、叶酸、吡哆醇(pyridoxine)、硫胺素、泛酸及生物素。任一前述物质的合适形式是维生素盐、维生素衍生物、与维生素具有相同或类似活性的化合物及维生素代谢物。

在一些实施例中，组合物包括赋形剂。合适赋形剂的非限制性实例包含缓冲剂、防腐剂、稳定剂、粘合剂、压实剂、润滑剂、分散增强剂、崩解剂、矫味剂、甜味剂及着色剂。

在一些实施例中，赋形剂是缓冲剂。合适缓冲剂的非限制性实例包含柠檬酸钠、碳酸镁、碳酸氢镁、碳酸钙及碳酸氢钙。

在一些实施例中，赋形剂包括防腐剂。合适防腐剂的非限制性实例包含抗氧化剂(例如α-生育酚及抗坏血酸盐)及抗微生物剂(例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇及苯酚)。

在一些实施例中，组合物包括粘合剂作为赋形剂。合适粘合剂的非限制性实例包含淀粉、预胶凝淀粉、明胶、聚乙烯基吡咯烷酮、纤维素、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠、乙基纤维素、聚丙烯酰胺、聚乙烯基噁唑烷酮、聚乙烯醇、c12-c18脂肪酸醇、聚乙二醇、多元醇、糖、寡糖及其组合。

在一些实施例中，组合物包括润滑剂作为赋形剂。合适润滑剂的非限制性实例包含硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸锌、氢化植物油、sterotex(氢化蓖麻油)、聚氧乙烯单硬脂酸酯、滑石粉、聚乙二醇、苯甲酸钠、月桂基硫酸钠、月桂基硫酸镁及轻质矿物油。

在一些实施例中，组合物包括分散增强剂作为赋形剂。合适分散剂的非限制性实例包含淀粉、海藻酸、聚乙烯基吡咯烷酮、瓜尔胶、高岭土、膨润土、经纯化木质纤维素、羟乙酸淀粉钠、异非晶形硅酸盐及微晶纤维素(作为高hlb乳化剂表面活性剂)。

在一些实施例中，组合物包括崩解剂作为赋形剂。在一些实施例中，崩解剂是非泡腾崩解剂。合适非泡腾崩解剂的非限制性实例包含淀粉(例如玉米淀粉、马铃薯淀粉、其预胶凝及改性淀粉)、甜味剂、黏土(例如膨润土)、微晶纤维素、海藻酸盐、羟乙酸淀粉钠、树胶(例如琼脂、瓜尔胶、刺槐豆胶、刺梧桐胶、果胶及黄蓍胶)。在一些实施例中，崩解剂是泡腾崩解剂。合适泡腾崩解剂的非限制性实例包含碳酸氢钠与柠檬酸的组合，以及碳酸氢钠与酒石酸的组合。

在一些实施例中，细菌配制品包括肠溶包衣或微胶囊。在某些实施例中，肠溶包衣或微胶囊改善了至期望胃肠道区域的靶向。例如，在某些实施例中，细菌组合物包括在与特定胃肠道区域有关的ph下溶解的肠溶包衣和/或微胶囊。在一些实施例中，肠溶包衣和/或微胶囊在约5.5-6.2的ph下溶解以释放于十二指肠中，在约7.2-7.5的ph值下溶解以释放于回肠中，和/或在约5.6-6.2的ph值下溶解以释放于结肠中。示例性肠溶包衣及微胶囊描述于(例如)美国专利公开号2016/0022592中，该文献通过引用以其全文特此并入。

在一些实施例中，组合物是食物产品(例如食物或饮料)，例如健康食物或饮料、婴儿用食物或饮料、用于孕妇、运动员、老年人或其他特定人群的食物或饮料、功能食物、饮料、用于指定健康应用的食物或饮料、膳食补充剂、患者用食物或饮料或动物饲料。食物及饮料的具体实例包含多种饮料，例如果汁、清凉饮料、茶饮料、饮料制剂、果冻饮料及功能饮料；酒精性饮料，例如啤酒；含有碳水化合物的食物，例如粳米食物产品、面条、面包及面团；膏产品，例如鱼火腿、香肠、海鲜膏产品；蒸煮袋产品，例如咖喱、敷有厚淀粉酱的食品及中国炖汤；汤；乳制产品，例如乳液、乳制饮料、冰激凌、奶酪及酸乳；发酵产品，例如发酵豆瓣酱膏、酸乳、发酵饮料及泡菜；豆产品；多种糖果产品，包含饼干、曲奇等；冰糖、口香糖、软糖；冷甜点，包含果胶、焦糖布丁及速冻点心；速熟食物，例如速溶汤料及速溶大豆汤料；可微波食物；等等。另外，实例还包含以粉剂、粒剂、锭剂、胶囊、液体、膏及果胶的形式制得的健康食物及饮料。

在某些实施例中，将本文披露的细菌与益生元联合施用至受试者。益生元是通常不能由宿主动物消化且由细菌选择性发酵或代谢的碳水化合物。益生元可为短链碳水化合物(例如寡糖)和/或简单糖(例如单糖及二糖)和/或黏蛋白(重度糖基化蛋白)，其可改变微生物群系在宿主中的组成或代谢。短链碳水化合物又称为寡糖，且通常含有2或3及最多8、9、10、15或更多个糖部分。在将益生元引入宿主中时，益生元影响宿主内的细菌且并不直接影响宿主。在某些方面，益生元组合物可选择性刺激有限数量细菌中的一者在宿主中的生长和/或活性。益生元包含寡糖，例如果寡糖(fos)(包含菊糖)、半乳寡糖(gos)、反式半乳寡糖、木寡糖(xos)、几丁寡糖(cos)、大豆寡糖(例如水苏糖及棉子糖)、龙胆寡糖、异麦芽寡糖、甘露寡糖、麦芽寡糖及甘露聚糖寡糖。寡糖未必是单一组分，且可为含有具有不同寡聚程度的寡糖的混合物，有时包含母体二糖及单体糖。各种类型的寡糖作为天然组分发现于许多常用食物(包括水果、植物、乳及蜂蜜)中。寡糖的具体实例是乳果糖、乳蔗糖、帕拉金糖、糖基蔗糖、瓜尔胶、阿拉伯胶、塔格酮糖(tagalose)、直链淀粉、支链淀粉、果胶、木聚糖及环糊精。还可纯化益生元或以化学方式或以酶促方式合成益生元。

phab的产生

在某些方面，可使用本领域内已知的任一方法来制备本文所述的phab。

在一些实施例中，通过分级分离来制备本文所述的phab。将细菌细胞和/或来自经培养细菌细胞的上清液分级分离成各种药理学活性生物质(phab)和/或自其衍生的产物。使用本领域内已知的材料及方法来分级分离细菌细胞和/或上清液(例如参见sandrini等人，fractionationbyultracentrifugationofgramnegativecytoplasmicandmembraneproteins[革兰氏阴性细胞质和膜蛋白超速离心分级分离].2014.bio-protocol.4(21)；scholler等人，protoplastandcytoplasmicmembranepreparationsfromstreptococcussanguisandstreptococcusmutans[血链球菌和变形链球菌的原生质体和细胞质膜制剂].1983.jgenmicro[遗传微生物学期刊].129:3271-3279；thein等人，efficientsubfractionationofgram-negativebacteriaforproteomicsstudies[用于蛋白质组学研究的革兰氏阴性细菌的有效细分].2010.amchemsociety[美国化学学会].9:6135-6147；hobb等人，evaluationofproceduresforoutermembraneisolationfromcampylobacterjejuni[空肠弯曲杆菌外膜分离程序的评价].2009.155(pt.3):979-988)。

另外，可通过基于尺寸的柱色谱法、通过亲和色谱法及通过梯度超离心使用可包括但不限于使用蔗糖梯度或optiprep梯度的方法来进一步纯化通过本文所提供方法所获得的phab。简言之，在使用蔗糖梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，将集结粒再悬浮于60％蔗糖、30mmph8.0tris中。如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用amiconultra柱将浓缩物缓冲液交换至60％蔗糖、30mmph8.0tris中。将样本施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000×g离心持续3-24小时。简言之，在使用optiprep梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，则将集结粒悬浮于pbs中的35％optiprep中。在一些实施例中，如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用60％optiprep将浓缩物稀释至最终浓度为35％optiprep。将样本施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000×g离心持续3-24小时。

在一些实施例中，为了证实无菌性且分离phab制剂，将phab连续稀释于用于常规培养所测试细菌的琼脂培养基中，并使用常规条件进行培育。使未经灭菌的制剂通过0.22μm过滤器以去除完整细胞。为进一步增加纯度，可使用dna酶或蛋白酶k处理经分离phab。

在一些实施例中，为制备用于活体内注射的phab，如先前所描述来处理经纯化phab(g.norheim等人，plosone[公共科学图书馆·综合].10(9):e0134353(2015))。简言之，在蔗糖梯度离心之后，将含有phab的条带在含有3％蔗糖的溶液或本领域技术人员所已知其他适于活体内注射的溶液中再悬浮至最终浓度为50μg/ml。此溶液还可含有浓度为0-0.5％(w/v)的佐剂(例如氢氧化铝)。

在某些实施例中，为制备与其他测试(例如用以在tem成像或活体外分析之前去除蔗糖)兼容的样本，使用过滤(例如amiconultra柱)将样本缓冲液交换至pbs或30mmph8.0tris中，透析，或超离心(200,000×g，≥3小时，4℃)并再悬浮。

在一些实施例中，可通过将一部分phab平铺于用于生成phab的标准细菌培养用琼脂培养基上并使用标准条件培育来证实phab制剂的无菌性。

在一些实施例中，通过色谱法及phab上的结合表面部分来分离所选phab并富集。在其他实施例中，通过荧光细胞分选且通过使用亲和试剂、化学染料、重组蛋白的方法或本领域技术人员已知的其他方法来分离和/或富集所选phab。

施用

在某些方面，本文提供将本文所述的细菌和/或细菌组合物递送至受试者的方法。在本文所提供方法的一些实施例中，施用细菌且联合施用额外治疗剂。在一些实施例中，将细菌与额外治疗剂共配制于药物组合物中。在一些实施例中，共施用细菌与额外治疗剂。在一些实施例中，在施用细菌之前(例如之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟、之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时或之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天)，向受试者施用额外治疗剂。在一些实施例中，在施用细菌之后(例如之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟、之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时或之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天)，向受试者施用额外治疗剂。在一些实施例中，使用相同递送模式来递送细菌及额外治疗剂。在一些实施例中，使用不同递送模式来施用细菌及额外治疗剂。例如，在一些实施例中，经口施用细菌，而经由注射(例如静脉内、肌内和/或肿瘤内注射)施用额外治疗剂。

在某些实施例中，本文所述的药物组合物、剂型和试剂盒可以与任何其他常规的抗免疫病症治疗联合施用。这些治疗可在需要和/或指示时施加且可发生于施用本文所述的药物组合物、剂型及试剂盒之前、同时或之后。

剂量方案可为各种方法及量中的任一者，且可通过本领域技术人员根据已知临床因素来确定。如医学技术中已知，任一患者的剂量可取决于许多因素，包含受试者物种、大小、体表面积、年龄、性别、免疫活性及总体健康状况、有待施用的特定微生物、持续时间及施用途径、疾病种类及阶段(例如肿瘤大小)及其他化合物(例如同时施用的药物)。除上述因素外，这些水平可受微生物感染性及微生物性质影响，如可由本领域技术人员所测定。在本发明的方法中，微生物的适当最小剂量程度可为足够使微生物存活、生长及复制的程度。本文所述的治疗方法可以适合于治疗免疫病症(例如自身免疫性疾病、炎性疾病、过敏)。可根据剂型、施用途径、靶疾病的程度或阶段等来适当地设定或调节本文所述药物组合物的剂量。例如，药剂的一般有效剂量范围可为0.01mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.1mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.5mg/kg体重/天至500mg/kg体重/天、1mg/kg体重/天至100mg/kg体重/天或5mg/kg体重/天至50mg/kg体重/天。有效剂量可为0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000mg/kg体重/天或更高，但剂量并不限于此。

在一些实施例中，施用于受试者的剂量足以预防免疫病症、延迟其发作、或减慢或停止其进展或预防免疫病症的复发。本领域技术人员将认识到，剂量将取决于多种因素，包含所采用特定化合物的强度以及受试者的年龄、物种、病症及体重。还根据以下因素来确定剂量大小：施用途径、时机及频率以及可伴随施用特定化合物的任何不良副作用的存在、性质及程度及期望的生理学效果。

可通过本领域技术人员已知的常规范围探测技术来确定合适的剂量及剂量方案。通常，以较小剂量开始治疗，该剂量小于化合物的最佳剂量。然后，以小增量增加剂量直至达到该状况下的最佳效果为止。有效剂量及治疗方案可通过常规及常规方式来确定，例如，其中在实验室动物中以低剂量开始且然后增加剂量，同时监测效果，且还系统地改变剂量方案。通常使用动物研究来测定每公斤重量的生物活性药剂的最大可耐受剂量(“mtd”)。本领域技术人员通常在其他物种(包含人类)中外推剂量以达成功效，同时避免毒性。

根据上文，在治疗应用中，与影响所选剂量的其他因素相比，用于本发明的活性剂的剂量尤其取决于以下因素有所变化：活性剂、年龄、体重及接受患者的临床状况及施用疗法的临床医师或从业人员的经历及判断。通常，该剂量应足以导致免疫病症的减缓并且优选地消退其进展。

分开施用可包含两个或更多个施用(例如剂量)中的任一者，包含2、3、4、5或6个施用。根据监测治疗方法技术中已知的方法及本文提供的其他监测方法，本领域技术人员可易于确定有待实施的施用数量或实施一个或多个额外施用的需求性。在一些实施例中，这些剂量可相隔至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天或1、2、3、或4周。因此，本文提供的方法包含向受试者提供一个或多个细菌施用的方法，其中可通过监测受试者且基于监测结果测定是否提供一个或多个额外施用来测定施用数量。可基于各种监测结果来决定是否提供一个或多个额外施用，包括但不限于肿瘤生长的指示或肿瘤生长抑制、新转移的出现或转移抑制、受试者的抗细菌抗体效价、受试者的抗肿瘤抗体效价、受试者的整体健康状况和/或受试者体重。

施用间的时间段可为各个时间段中的任一者。施用间的时间段可随各种因素中的任一者而变化，包含监测步骤(如关于施用数量所描述)、受试者建立免疫应答的时间段和/或受试者自正常组织清除细菌的时间段。在一个实例中，时间段可随受试者建立免疫应答的时间段而变化；例如，时间段可大于受试者建立免疫应答的时间段，例如大于约一周、大于约10天、大于约两周或大于约一个月；在另一个实例中，时间段可小于受试者建立免疫应答的时间段，例如小于约一周、小于约10天、小于约两周或小于约一个月。在另一个实例中，时间段可随受试者自正常组织清除细菌的时间段而变化；例如，时间段可大于受试者自正常组织清除细菌的时间段，例如大于约一天、大于约两天、大于约三天、大于约五天或大于约一周。

在一些实施例中，递送免疫病症治疗剂与本文所述的细菌的组合减少不良作用和/或改善免疫病症治疗剂的功效。

本文所述的免疫病症治疗剂的有效剂量是针对特定患者、组合物及施用模式有效达成所需治疗剂反应且对患者的毒性最小的治疗剂的量。可使用本文所述的方法来鉴别有效剂量水平且将取决于多种药物动力学因素，包含所施用特定组合物的活性、施用途径、施用时间、所采用特定化合物的排泄速率、治疗持续时间、与所采用特定组合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、所治疗患者的年龄、性别、体重、病症、总体健康状况及先前医学史以及医学技术中熟知的类似因素。一般而言，免疫病症治疗的有效剂量将是治疗剂的量，其为有效产生治疗效应的最低剂量。通常这样的有效剂量将取决于上文所述的这些因素。

免疫病症治疗的毒性是受试者在治疗期间及治疗之后经受的不利效应的程度。与免疫病症疗法毒性相关的不良事件包括但不限于：腹痛、酸消化不良、酸回流、过敏反应、秃发、全身性过敏反应、贫血、焦虑、食欲不振、关节痛、乏力、运动失调、氮质血症、失去平衡、骨痛、出血、血凝块、低血压、血压升高、呼吸困难、支气管炎、淤血、白血球计数降低、红血球计数降低、血小板计数降低、心脏毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律不整、心瓣膜疾病、心肌病、冠状动脉疾病、白内障、中枢神经毒性、认知障碍、意识模糊、结膜炎、便秘、咳嗽、痉挛、膀胱炎、深层静脉栓塞、脱水、抑郁、腹泻、眩晕、口干、皮肤干燥、消化不良、呼吸困难(dyspnea)、水肿、电解质不平衡、食道炎、疲乏、生育力丧失、发烧、胃肠积气、面红、胃逆流、胃食道逆流病、生殖器疼痛、粒细胞减少症、男子女乳症、青光眼、脱发、手足综合征、头痛、听觉损失、心脏衰竭、心悸、胃灼热、血肿、出血性膀胱炎、肝毒性、高淀粉酶血症、高钙血症、高氯血症、高糖血症、高钾血症、高脂血症、高镁血症、高钠血症、高磷酸盐血症、色素过多、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低白蛋白血症、低钙血症、低氯血症、低血糖症、低钾血症、低镁血症、低钠血症、低磷酸盐血症、阳萎、感染、注射部位反应、失眠、缺铁、瘙痒、关节痛、肾衰竭、白细胞减少症、肝功能障碍、失忆、闭经、口疮、黏膜炎、肌肉痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、嗜中性白血球减少性发烧、恶心、肾毒性、嗜中性白血球减少症、流鼻血、麻木、耳毒性、疼痛、手足综合征(palmar-plantarerythrodysesthesia)、全部血球减少症、心包炎、周边神经病变、咽炎、畏光、光敏感、肺炎(pneumonia)、局限性肺炎(pneumonitis)、蛋白尿、肺血栓、肺性纤维化、肺毒性、皮疹、心跳加快、直肠出血、坐立不安、鼻炎、癫痫、呼吸短促、鼻窦炎、血小板减少症、耳鸣、泌尿道感染、阴道出血、阴道干燥、眩晕、水滞留(waterretention)、无力、体重减轻、体重增加及口干症(xerostomia)。一般而言，如果经由疗法所达成的受试者益处胜过受试者因疗法所经历的不良事件，则毒性是可接受的。

在一些实施例中，施用细菌组合物可治疗免疫病症。

治疗剂

在某些方面，本文提供的方法包括单独或与另一种治疗剂组合向受试者施用本文所述的细菌和/或细菌组合物(例如含表1所列细菌菌株的细菌组合物)。在一些实施例中，细菌组合物及另一种疗法可以任一顺序施用至受试者。在一些实施例中，联合施用细菌组合物及另一种疗法。

在一些实施例中，在施用额外治疗剂之前(例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用细菌。在一些实施例中，在施用额外治疗剂之后(例如至少之后1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用细菌。在一些实施例中，同时或接近同时(例如，施用彼此发生于一小时内)向受试者施用细菌及额外治疗剂。在一些实施例中，在向受试者施用细菌之前(例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用抗生素。在一些实施例中，在向受试者施用细菌之后(例如之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用抗生素。在一些实施例中，同时或接近同时(例如，施用彼此发生于一小时内)向受试者施用细菌及抗生素。

在某些实施例中，受试者可经受手术。手术类型包括但不限于预防性手术、诊断性或分期性手术、治愈性手术及姑息性手术。

在一些实施例中，额外治疗剂是抗生素。例如，如果根据本文提供的方法来检测免疫病症相关细菌和/或免疫病症相关微生物群系特征的存在，则可施用抗生素以从受试者消除免疫病症相关细菌。“抗生素”在广义上是指能够抑制或预防细菌感染的化合物。抗生素可以诸多方式(包含根据其用于特定感染的用途、其作用机制、其生物可用性或其靶微生物范围(例如革兰氏阴性细菌对革兰氏阳性细菌、好氧细菌对厌氧细菌等))进行分类且可使用这些方式来杀死宿主的特定区域(“生态位”)中的特定细菌(leekha等人，2011.generalprinciplesofantimicrobialtherapy[抗微生物疗法的一般原则].mayoclinproc.[梅欧医院院刊]86(2):156-167)。在某些实施例中，可使用抗生素来选择性靶向特定生态位的细菌。在一些实施例中，可使用已知治疗包含免疫病症生态位的特定感染的抗生素来靶向免疫病症相关微生物(包含该生态位中非免疫病症相关细菌)。在其他实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素。在一些实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素以去除植入。

在一些方面，可基于杀细菌或细菌抑制性质来选择抗生素。杀细菌抗生素包含破坏细胞壁(例如β-内酰胺)、细胞膜(例如达托霉素(daptomycin))或细菌dna(例如氟喹诺酮(fluoroquinolone))的作用机制。细菌抑制剂抑制细菌复制且包含磺酰胺、四环素(tetracycline)及巨环内酯并通过抑制蛋白质合成来发挥作用。另外，尽管一些药物可在某些生物体中具有杀细菌性且在其他生物体中具有细菌抑制性，但知晓靶生物体使得本领域技术人员可选择具有适当性质的抗生素。在某些治疗条件中，细菌抑制抗生素抑制杀细菌抗生素的活性。因此，在某些实施例中，并不组合杀细菌抗生素及细菌抑制抗生素。

抗生素包括但不限于氨基糖苷、安莎霉素(ansamycin)、碳头孢烯(carbacephem)、碳青霉烯(carbapenem)、头孢菌素(cephalosporin)、糖肽、林可酰胺(lincosamide)、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素(monobactam)、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素(penicillin)、多肽抗生素、喹诺酮(quinolone)、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素及抗分枝杆菌化合物及其组合。

氨基糖苷包括但不限于阿米卡星(amikacin)、庆大霉素(gentamicin)、卡那霉素(kanamycin)、新霉素(neomycin)、奈替米星(netilmicin)、妥布霉素(tobramycin)、巴龙霉素(paromomycin)及大观霉素(spectinomycin)。氨基糖苷可有效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌(例如大肠杆菌、克雷伯氏菌(klebsiella)、铜绿假单胞菌(pseudomonasaeruginosa)及土伦病弗朗西斯氏菌(francisellatularensis))且抵抗某些好氧细菌，但对于专性/兼性厌氧菌具有较小有效性。据信，氨基糖苷结合至细菌30s或50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

安莎霉素包括但不限于格尔德霉素(geldanamycin)、除莠霉素(herbimycin)、利福霉素(rifamycin)及曲张链菌素(streptovaricin)。据信，格尔德霉素及除莠霉素抑制或改变热休克蛋白90的功能。

碳头孢烯包括但不限于氯碳头孢(loracarbef)。据信，碳头孢烯抑制细菌细胞壁合成。

碳青霉烯包括但不限于厄他培南(ertapenem)、多尼培南(doripenem)、亚胺培南(imipenem)/西司他丁(cilastatin)及美罗培南(meropenem)。碳青霉烯作为宽谱抗生素对革兰氏阳性细菌及革兰氏阴性细菌均具有杀细菌性。据信，碳青霉烯抑制细菌细胞壁合成。

头孢菌素包括但不限于头孢羟氨苄(cefadroxil)、头孢唑啉(cefazolin)、头孢噻吩(cefalotin)、头孢金素(cefalothin)、头孢氨苄(cefalexin)、头孢克洛(cefaclor)、头孢孟多(cefamandole)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢丙烯(cefprozil)、头孢呋辛(cefuroxime)、头孢克肟(cefixime)、头孢地尼(cefdinir)、头孢托仑(cefditoren)、头孢哌酮(cefoperazone)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢泊肟(cefpodoxime)、头孢他啶(ceftazidime)、头孢布烯(ceftibuten)、头孢唑肟(ceftizoxime)、头孢曲松(ceftriaxone)、头孢吡肟(cefepime)、头孢他洛林酯(ceftarolinefosamil)及头孢比普(ceftobiprole)。所选头孢菌素可效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌及革兰氏阳性细菌(包含假单胞菌(pseudomonas))，某些头孢菌素可有效抵抗甲氧西林(methicillin)抗性金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)(mrsa)。据信，头孢菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

糖肽包括但不限于替考拉宁(teicoplanin)、万古霉素(vancomycin)及特拉万星(telavancin)。糖肽可有效抵抗(例如)好氧及厌氧革兰氏阳性细菌(包含mrsa及艰难梭菌(clostridiumdifficile))。据信，糖肽通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

林可酰胺包括但不限于克林达霉素(clindamycin)及林可霉素(lincomycin)。林可酰胺可有效抵抗(例如)厌氧细菌以及葡萄球菌(staphylococcus)及链球菌(streptococcus)。据信，林可酰胺结合至细菌50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

脂肽包括但不限于达托霉素。脂肽可有效抵抗(例如)革兰氏阳性细菌。据信，脂肽结合至细菌膜并引起快速去极化。

巨环内酯包括但不限于阿奇霉素(azithromycin)、克拉霉素(clarithromycin)、地红霉素(dirithromycin)、红霉素(erythromycin)、罗红霉素(roxithromycin)、醋竹桃霉素(troleandomycin)、泰利霉素(telithromycin)及螺旋霉素(spiramycin)。巨环内酯可有效抵抗(例如)链球菌及支原体(mycoplasma)。据信，巨环内酯结合至细菌或50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

单酰胺菌素包括但不限于胺曲南(aztreonam)。单酰胺菌素可有效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌。据信，单酰胺菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

硝基呋喃包括但不限于呋喃唑酮(furazolidone)及呋喃妥因(nitrofurantoin)。

噁唑烷酮包括但不限于利奈唑胺(linezolid)、泼斯唑来(posizolid)、雷得唑来(radezolid)及特地唑胺(torezolid)。据信，噁唑烷酮是蛋白质合成抑制剂。

青霉素包括但不限于阿莫西林(amoxicillin)、氨苄西林(ampicillin)、阿洛西林(azlocillin)、羧苄青霉素(carbenicillin)、氯噻青霉素(cloxacillin)、二氯噻青霉素(dicloxacillin)、氟氯西林(flucloxacillin)、美洛西林(mezlocillin)、甲氧西林、萘夫西林(nafcillin)、苯唑西林(oxacillin)、青霉素g、青霉素v、哌拉西林(piperacillin)、替莫西林(temocillin)及替卡西林(ticarcillin)。青霉素可有效抵抗(例如)革兰氏阳性细菌、兼性厌氧菌(例如链球菌、疏螺旋体(borrelia)及密螺旋体(treponema))。据信，青霉素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。

青霉素组合包括但不限于阿莫西林/克拉维酸盐(clavulanate)、氨苄西林/舒巴坦(sulbactam)、哌拉西林/三唑巴坦(tazobactam)及替卡西林/克拉维酸盐。

多肽抗生素包括但不限于杆菌肽(bacitracin)、黏菌素(colistin)及多黏菌素(polymyxin)b及e。多肽抗生素可有效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌。据信，某些多肽抗生素抑制涉及细菌细胞壁的肽聚糖层的合成的焦磷酸异戊二烯基酯，而其他多肽抗生素通过置换细菌相对离子来去稳定细菌外膜。

喹诺酮及氟喹诺酮包括但不限于环丙沙星(ciprofloxacin)、依诺沙星(enoxacin)、加替沙星(gatifloxacin)、吉米沙星(gemifloxacin)、左氧氟沙星(levofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)、莫西沙星(moxifloxacin)、萘啶酮酸(nalidixicacid)、诺氟沙星(norfloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、曲伐沙星(trovafloxacin)、格帕沙星(grepafloxacin)、司帕沙星(sparfloxacin)及替马沙星(temafloxacin)。喹诺酮/氟喹诺酮可有效抵抗(例如)链球菌(streptococcus)及奈瑟菌(neisseria)。据信，喹诺酮/氟喹诺酮抑制细菌dna旋转酶或拓扑异构酶iv，由此抑制dna复制及转录。

磺酰胺包括但不限于磺胺米隆(mafenide)、磺胺醋酰(sulfacetamide)、磺胺嘧啶(sulfadiazine)、磺胺嘧啶银、磺胺地索辛(sulfadimethoxine)、磺胺甲噻二唑(sulfamethizole)、磺胺甲噁唑(sulfamethoxazole)、磺胺亚胺基(sulfanilimide)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、磺胺异噁唑(sulfisoxazole)、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑(trimethoprim-sulfamethoxazole)(复方磺胺甲噁唑(co-trimoxazole))及磺酰胺基柯衣汀(sulfonamidochrysoidine)。据信，磺酰胺通过竞争性抑制二氢蝶酸合成酶来抑制叶酸合成，由此抑制核酸合成。

四环素类包括但不限于地美环素(demeclocycline)、强力霉素(doxycycline)、米诺环素(minocycline)、土霉素(oxytetracycline)及四环素。四环素可有效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌。据信，四环素结合至细菌30s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。

抗分枝杆菌化合物包括但不限于氯法齐明(clofazimine)、胺苯砜(dapsone)、卷曲霉素(capreomycin)、环丝氨酸(cycloserine)、乙胺丁醇(ethambutol)、乙硫异烟酰胺(ethionamide)、异烟酸肼(isoniazid)、吡嗪酰胺(pyrazinamide)、利福平(rifampicin)、利福布汀(rifabutin)、利福喷丁(rifapentine)及链霉素(streptomycin)。

合适的抗生素还包含胂凡纳明(arsphenamine)、氯霉素(chloramphenicol)、磷霉素(fosfomycin)、夫西地酸(fusidicacid)、甲硝唑(metronidazole)、莫匹罗星(mupirocin)、平板霉素(platensimycin)、奎奴普汀(quinupristin)/达福普汀(dalfopristin)、替吉环素(tigecycline)、替硝唑(tinidazole)、甲氧苄啶-阿莫西林(trimethoprimamoxicillin)/克拉维酸盐、氨苄西林/舒巴坦、安福霉素-利托菌素(amphomycinristocetin)、阿奇霉素、杆菌肽、卜福林(buforin)ii、卡波霉素(carbomycin)、杀菌肽(cecropin)pl、克拉霉素、红霉素、呋喃唑酮、夫西地酸、夫西地钠、短杆菌素(gramicidin)、亚胺培南、吲哚菌素(indolicidin)、交沙霉素(josamycin)、马盖纳尼(magainan)ii、甲硝唑(metronidazole)、硝基咪唑、米卡霉素(mikamycin)、变链素(mutacin)b-ny266、变链素b-jhl140、变链素j-t8、乳链球菌素(nisin)、乳链球菌素a、新生霉素(novobiocin)、竹桃霉素(oleandomycin)、奥斯立星(ostreogrycin)、哌拉西林/三唑巴坦、普那霉素(pristinamycin)、雷莫拉宁(ramoplanin)、牛蛙皮肤抗菌肽(ranalexin)、罗伊氏素(reuterin)、利福昔明(rifaximin)、蔷薇霉素(rosamicin)、罗沙米星(rosaramicin)、大观霉素、螺旋霉素、葡萄霉素(staphylomycin)、链霉杀阳素(streptogramin)、链霉杀阳素a、协同菌素(synergistin)、牛磺罗定(taurolidine)、替考拉宁、泰利霉素、替卡西林/克拉维酸(clavulanicacid)、三乙酰基竹桃霉素(triacetyloleandomycin)、泰洛星(tylosin)、短杆菌酪肽(tyrocidin)、短杆菌素(tyrothricin)、万古霉素、维马霉素(vemamycin)及维吉霉素(virginiamycin)。

在一些实施例中，额外治疗剂是免疫抑制剂、dmard、止痛药、类固醇、非类固醇抗炎药(nsaid)或细胞因子拮抗剂，及其组合。代表性药剂包括但不限于环孢菌素、类视黄醇、皮质类固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、cox-2抑制剂、鲁美昔布(lumiracoxib)、布洛芬(ibuprophen)、水杨酸胆碱镁(cholinmagnesiumsalicylate)、非诺洛芬(fenoprofen)、双水杨酯(salsalate)、二氟苯水杨酸(difunisal)、托美汀(tolmetin)、酮洛芬(ketoprofen)、氟比洛芬(flurbiprofen)、奥沙普秦(oxaprozin)、吲哚美辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、依托度酸(etodolac)、酮咯酸(ketorolac)、萘丁美酮(nabumetone)、萘普生(naproxen)、伐地考昔(valdecoxib)、依托考昔(etoricoxib)、mk0966；罗非昔布(rofecoxib)、对乙酰胺基酚(acetominophen)、塞来昔布(celecoxib)、双氯芬酸(diclofenac)、曲马多(tramadol)、吡罗昔康(piroxicam)、美洛昔康(meloxicam)、替诺昔康(tenoxicam)、屈昔康(droxicam)、氯诺昔康(lornoxicam)、伊索昔康(isoxicam)、甲芬那酸(mefanamicacid)、甲氯芬那酸(meclofenamicacid)、氟芬那酸(flufenamicacid)、托芬那酸(tolfenamic)、伐地考昔(valdecoxib)、帕瑞昔布(parecoxib)、依托度酸(etodolac)、吲哚美辛(indomethacin)、阿司匹林(aspirin)、布洛芬(ibuprophen)、非罗考昔(firocoxib)、氨甲喋呤(methotrexate(mtx))、抗疟疾药物(例如，羟基氯喹(hydroxychloroquine)及氯喹(chloroquine))、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、来氟米特(leflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、环孢菌素(cyclosporin)、金盐(goldsalt)、米诺环素(minocycline)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、d-青霉胺(d-penicillamine)、米诺环素(minocycline)、金诺芬(auranofin)、他克莫司(tacrolimus)、硫代苯酸金钠(myocrisin)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、tnfα拮抗剂(例如，tnfα拮抗剂或tnfα受体拮抗剂)，例如，阿达木单抗依那西普英夫利昔单抗(ta-650)、聚乙二醇赛妥珠单抗(cdp870)、戈利木单抗(cnto148)、阿那白滞素利妥昔单抗阿巴西普托珠单抗(roactemra)、整合素拮抗剂((那他珠单抗))、il-1拮抗剂(acz885(ilaris))、阿那白滞素)、cd4拮抗剂、il-23拮抗剂、il-20拮抗剂、il-6拮抗剂、blys拮抗剂(例如，阿塞西普、/lymphostat-(贝利木单抗))、p38抑制剂、cd20拮抗剂(奥瑞珠单抗(ocrelizumab)、奥法木单抗)、干扰素γ拮抗剂(芳妥珠单抗(fontolizumab))、泼尼松龙(prednisolone)、强的松(prednisone)、地塞米松(dexamethasone)、皮质醇(cortisol)、可的松(cortisone)、氢化可的松(hydrocortisone)、甲基泼尼松龙(methylprednisolone)、倍他米松(betamethasone)、曲安奈德(triamcinolone)、倍氯米松(beclometasome)、氟氢可的松(fludrocortisone)、脱氧皮质酮(deoxycorticosterone)、醛固酮(aldosterone)、强力霉素(doxycycline)、万古霉素(vancomycin)、吡格列酮(pioglitazone)、sbi-087、scio-469、cura-100、oncoxin+viusid、twhf、甲氧沙林(methoxsalen)、维生素d-麦角钙化醇(vitamind-ergocalciferol)、米那普仑(milnacipran)、紫杉醇(paclitaxel)、罗西格塔松(rosigtazone)、他克莫司(tacrolimus)radool、拉帕蒙(rapamune)、雷帕霉素(rapamycin)、福斯马替尼(fostamatinib)、芬太尼(fentanyl)、xoma052、福斯马替尼二钠(fostamatinibdisodium)、罗格列酮(rosightazone)、姜黄素(curcumin)(longvida^tm)、瑞舒伐他汀(rosuvastatin)、马拉韦罗(maraviroc)、雷米普利(ramipnl)、米那普仑(milnacipran)、考前列酮(cobiprostone)、生长激素(somatropin)、tgaac94基因治疗媒剂、mk0359、gw856553、埃索美拉唑(esomeprazole)、依维莫司(everolimus)、曲妥珠单抗(trastuzumab)、jakl及jak2抑制剂、泛jak抑制剂，例如，四环吡啶酮6(p6)、325、pf-956980、狄诺塞麦(denosumab)、il-6拮抗剂、cd20拮抗剂、ctla4拮抗剂、il-8拮抗剂、il-21拮抗剂、il-22拮抗剂、整合素拮抗剂((那他珠单抗))、vgef拮抗剂、cxcl拮抗剂、mmp拮抗剂、防御素拮抗剂、il-1拮抗剂(包括il-1β拮抗剂)，及il-23拮抗剂(例如，受体诱捕物、拮抗性抗体等)。

在一些实施例中，该药剂是免疫抑制剂。免疫抑制剂的实例包括但不限于皮质类固醇激素、美色拉嗪(mesalazine)、美色拉明(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制药物、环孢菌素a、巯基嘌呤、硫唑嘌呤(azathiopurine)、强的松、氨甲喋呤、抗组胺药、糖皮质激素、肾上腺素、茶碱、色甘酸钠、抗白三烯、用于鼻炎的抗胆碱能药物、tlr拮抗剂、发炎体抑制剂、抗胆碱能解充血剂、肥大细胞稳定剂、单克隆抗ige抗体、疫苗(例如，用于其中使过敏原的量逐渐增加的接种疫苗的疫苗)、细胞因子抑制剂(如抗il-6抗体)、tnf抑制剂(如英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇赛妥珠单抗、戈利木单抗或依那西普及其组合)。

在一些实施例中，免疫病症疗法包括向受试者施用治疗性细菌和/或治疗性细菌组合，从而可在受试者中重构健康微生物群系。在一些实施例中，治疗性细菌是非免疫病症相关细菌。在一些实施例中，治疗性细菌是益生菌细菌。

在一些实施例中，该额外治疗剂是癌症治疗剂。在一些实施例中，癌症治疗剂是化学治疗剂。这些化学治疗剂的实例包含(但不限于)烷基化剂，例如噻替哌(thiotepa)及环磷酰胺(cyclosphosphamide)；磺酸烷基酯，例如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，例如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米得哌(meturedopa)及乌得哌(uredopa)；乙撑亚胺及甲基密胺，包含六甲密胺(altretamine)、三乙撑密胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫化磷酰胺及三羟甲基密胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包含合成类似物托泊替康(topotecan))；苔藓虫素(bryostatin)；卡利抑制素(callystatin)；cc-1065(包含其合成类似物阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)及比折来新(bizelesin))；念珠藻素(cryptophycin)(尤其念珠藻素1及念珠藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；多卡米星(duocarmycin)(包含合成类似物kw-2189及cb1-tm1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥(nitrogenmustard)，例如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸甲氧氮芥、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯乙酸氮芥胆甾醇酯(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfmaide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，例如烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)，尤其卡奇霉素γli及卡奇霉素ωl1；达内霉素(dynemicin)，包含达内霉素a；双膦酸盐类，例如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团(neocarzinostatinchromophore)及相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、氮杂丝氨酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素c(cactinomycin)、卡拉霉素(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素d(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-l-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包含吗啉基-多柔比星、氰吗啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycin)(例如丝裂霉素c)、霉酚酸(mycophenolicacid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲菌素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，例如氨甲蝶呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil，5-fu)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、氨甲喋呤、蝶罗呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-阿扎尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素，例如卡普睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯酮(testolactone)；抗肾上腺素，例如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如亚叶酸；乙酰葡醛酸内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinicacid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；百思布什(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟氨酸(eflornithine)；依利乙铵(elliptiniumacetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；类美坦辛(maytansinoid)，例如美坦辛(maytansine)及柄型菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；尼群克林(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；psk多糖复合物；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其t-2毒素、疣疱菌素(verrucarin)a、杆孢菌素(roridin)a及蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达喀尔巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；噶萨托辛(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside)(“ara-c”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷(taxoid)，例如太平洋紫杉醇(paclitaxel)及多西紫杉醇(doxetaxel)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；氨甲喋呤；铂配位错合物，例如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)及卡铂(carboplatin)；长春花碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(vp-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；诺安托(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙；道诺霉素(daunomycin)；氨蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)(例如cpt-11)；拓扑异构酶抑制剂rfs2000；二氟甲基鸟氨酸(dmfo)；类视黄醇，例如视黄酸；卡培他滨(capecitabine)；以及上述任何一种的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

在一些实施例中，癌症治疗剂是癌症免疫疗法药剂。免疫疗法是指使用受试者的免疫系统来治疗癌症的治疗，例如检查点抑制剂、癌症疫苗、细胞因子、细胞疗法、car-t细胞及树突状细胞疗法。检查点抑制剂免疫疗法的非限制性实例包含尼沃鲁单抗(nivolumab)(bms，抗pd-1)、派姆单抗(pembrolizumab)(merck，抗pd-1)、伊匹单抗(ipilimumab)(bms，抗ctla-4)、medi4736(阿斯利康公司(astrazeneca)，抗pd-l1)及mpdl3280a(罗氏公司(roche)，抗pd-l1)。其他免疫疗法可为肿瘤疫苗，例如gardail、cervarix、bcg、西普赛尔-t(sipulencel-t)、gp100:209-217、ags-003、dcvax-l、阿尔土赛尔-l(algenpantucel-l)、特尔土赛尔-l(tergenpantucel-l)、tg4010、prostatak、prostvac-v/r-tricom、林多穆尔(rindopepimul)、e75乙酸肽、ima901、pol-103a、贝拉土赛尔-l(belagenpumatucel-l)、gsk1572932a、mdx-1279、gv1001及替西泰德(tecemotide)。免疫疗法可经由注射(例如经静脉内、经肿瘤内、经皮下或注射至淋巴结中)来施用，但还可经口、经局部或经由气溶胶来施用。免疫疗法可包括佐剂(例如细胞因子)。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是免疫检查点抑制剂。免疫检查点抑制在广义上是指抑制癌细胞可产生的检查点以预防或下调免疫应答。免疫检查点蛋白的实例包括但不限于ctla4、pd-1、pd-l1、pd-l2、a2ar、b7-h3、b7-h4、btla、kir、lag3、tim-3或vista。免疫检查点抑制剂可为结合至并抑制免疫检查点蛋白的抗体或其抗原结合片段。免疫检查点抑制剂的实例包括但不限于尼沃鲁单抗、派姆单抗、匹利珠单抗(pidilizumab)、amp-224、amp-514、sti-a1110、tsr-042、rg-7446、bms-936559、medi-4736、msb-0020718c、aur-012及sti-a1010。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是(例如)结合至癌症相关抗原的抗体或其抗原结合片段。癌症相关抗原的实例包括但不限于亲脂素(adipophilin)、aim-2、aldh1a1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“afp”)、artc1、b-raf、bage-1、bclx(l)、bcr-abl融合蛋白b3a2、β-链蛋白、bing-4、ca-125、calca、癌胚抗原(“cea”)、casp-5、casp-8、cd274、cd45、cdc27、cdk12、cdk4、cdkn2a、cea、clpp、coa-1、cpsf、csnk1a1、ctag1、ctag2、细胞周期蛋白d1、细胞周期蛋白-a1、dek-can融合蛋白、dkk1、eftud2、延长因子2、enah(hmena)、ep-cam、epcam、epha3、上皮肿瘤抗原(“eta”)、etv6-aml1融合蛋白、ezh2、fgf5、flt3-itd、fn1、g250/mn/caix、gage-1,2,8、gage-3,4,5,6,7、gas7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、gntv、gp100/pmel17、gpnmb、haus3、海普森(hepsin)、her-2/neu、herv-k-mel、hla-a11、hla-a2、hla-dob、hsp70-2、ido1、igf2b3、il13rα2、肠羧基酯酶、k-ras、激肽释放素4、kif20a、kk-lc-1、kklc1、km-hn-1、kmhn1(又称为ccdc110)、lage-1、ldlr-岩藻糖基转移酶as融合蛋白、莱格西因(lengsin)、m-csf、mage-a1、mage-a10、mage-a12、mage-a2、mage-a3、mage-a4、mage-a6、mage-a9、mage-c1、mage-c2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-a、mart2、matn、mc1r、mcsp、mdm-2、me1、melan-a/mart-1、meloe、中期因子、mmp-2、mmp-7、muc1、muc5ac、黏蛋白、mum-1、mum-2、mum-3、肌凝蛋白、i类肌凝蛋白、n-raw、na88-a、新-pap、nfyc、ny-br-1、ny-eso-1/lage-2、oa1、ogt、os-9、p多肽、p53、pap、pax5、pbf、pml-rarα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“pem”)、ppp1r3b、prame、prdx5、psa、psma、ptprk、rab38/ny-mel-1、rage-1、rbaf600、rgs5、rhoc、rnf43、ru2as、sage、分离蛋白1、sirt2、snrpd1、sox10、sp17、spa17、ssx-2、ssx-4、steap1、存活蛋白、syt-ssx1或-ssx2融合蛋白、tag-1、tag-2、端粒酶、tgf-βrii、tpbg、trag-3、磷酸丙糖异构酶、trp-1/gp75、trp-2、trp2-int2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“tyr”)、vegf、wt1、xage-1b/gaged2a。在一些实施例中，抗原是新抗原。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是癌症疫苗和/或癌症疫苗的组分(例如抗原性肽和/或蛋白质)。癌症疫苗可为蛋白质疫苗、核酸疫苗或其组合。例如，在一些实施例中，癌症疫苗包括含有癌症相关抗原的表位的多肽。在一些实施例中，癌症疫苗包括编码癌症相关抗原的表位的核酸(例如dna或rna(例如mrna))。癌症相关抗原的实例包括但不限于亲脂素(adipophilin)、aim-2、aldh1a1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“afp”)、artc1、b-raf、bage-1、bclx(l)、bcr-abl融合蛋白b3a2、β-链蛋白、bing-4、ca-125、calca、癌胚抗原(“cea”)、casp-5、casp-8、cd274、cd45、cdc27、cdk12、cdk4、cdkn2a、cea、clpp、coa-1、cpsf、csnk1a1、ctag1、ctag2、细胞周期蛋白d1、细胞周期蛋白-a1、dek-can融合蛋白、dkk1、eftud2、延长因子2、enah(hmena)、ep-cam、epcam、epha3、上皮肿瘤抗原(“eta”)、etv6-aml1融合蛋白、ezh2、fgf5、flt3-itd、fn1、g250/mn/caix、gage-1,2,8、gage-3,4,5,6,7、gas7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、gntv、gp100/pmel17、gpnmb、haus3、海普森(hepsin)、her-2/neu、herv-k-mel、hla-a11、hla-a2、hla-dob、hsp70-2、ido1、igf2b3、il13rα2、肠羧基酯酶、k-ras、激肽释放素4、kif20a、kk-lc-1、kklc1、km-hn-1、kmhn1(又称为ccdc110)、lage-1、ldlr-岩藻糖基转移酶as融合蛋白、莱格西因(lengsin)、m-csf、mage-a1、mage-a10、mage-a12、mage-a2、mage-a3、mage-a4、mage-a6、mage-a9、mage-c1、mage-c2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-a、mart2、matn、mc1r、mcsp、mdm-2、me1、melan-a/mart-1、meloe、中期因子、mmp-2、mmp-7、muc1、muc5ac、黏蛋白、mum-1、mum-2、mum-3、肌凝蛋白、i类肌凝蛋白、n-raw、na88-a、新-pap、nfyc、ny-br-1、ny-eso-1/lage-2、oa1、ogt、os-9、p多肽、p53、pap、pax5、pbf、pml-rarα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“pem”)、ppp1r3b、prame、prdx5、psa、psma、ptprk、rab38/ny-mel-1、rage-1、rbaf600、rgs5、rhoc、rnf43、ru2as、sage、分离蛋白1、sirt2、snrpd1、sox10、sp17、spa17、ssx-2、ssx-4、steap1、存活蛋白、syt-ssx1或-ssx2融合蛋白、tag-1、tag-2、端粒酶、tgf-βrii、tpbg、trag-3、磷酸丙糖异构酶、trp-1/gp75、trp-2、trp2-int2、酪氨酸酶、酪氨酸酶(“tyr”)、vegf、wt1、xage-1b/gaged2a。在一些实施例中，抗原是新抗原。在一些实施例中，将癌症疫苗与佐剂一起施用。佐剂的实例包括但不限于免疫调节蛋白、佐剂65、α-galcer、磷酸铝、氢氧化铝、磷酸钙、β-葡聚糖肽、cpgodndna、gpi-0100、脂质a、脂多糖、利波夫(lipovant)、蒙塔尼(montanide)、n-乙酰基-胞壁酰基-l-丙胺酰基-d-异谷氨酰胺、pam3csk4、quila、霍乱毒素(ct)及来自肠毒性大肠杆菌(escherichiacoli)的不耐热毒素(lt)，包括这类的衍生物(ctb、mmct、cta1-dd、ltb、ltk63、ltr72、dmlt)及海藻糖二霉菌酸酯。

在一些实施例中，免疫疗法药剂是用于受试者的免疫调节蛋白。在一些实施例中，该免疫调节蛋白是细胞因子或趋化因子。免疫调节蛋白的实例包括但不限于b淋巴细胞化学引诱物(“blc”)、c-c基序趋化因子11(“嗜酸性粒细胞趋化因子(eotaxin)-1”)、嗜酸性粒细胞趋化蛋白2(“嗜酸性粒细胞趋化因子-2”)、粒细胞群落刺激因子(“g-csf”)、粒细胞巨噬细胞群落刺激因子(“gm-csf”)、1-309、细胞间黏附分子1(“icam-1”)、干扰素α(“ifn-α”)、干扰素β(“ifn-β”)、干扰素γ(“ifn-γ”)、白细胞介素-1α(“il-1α”)、白细胞介素-1β(“il-1β”)、白细胞介素1受体拮抗剂(“il-1ra”)、白细胞介素-2(“il-2”)、白细胞介素-4(“il-4”)、白细胞介素-5(“il-5”)、白细胞介素-6(“il-6”)、白细胞介素-6可溶性受体(“il-6sr”)、白细胞介素-7(“il-7”)、白细胞介素-8(“il-8”)、白细胞介素-10(“il-10”)、白细胞介素-11(“il-11”)、白细胞介素-12的亚基β(“il-12p40”或“il-12p70”)、白细胞介素-13(“il-13”)、白细胞介素-15(“il-15”)、白细胞介素-16(“il-16”)、白细胞介素17a-f(“il-17a-f”)、白细胞介素-18(“il-18”)、白细胞介素-21(“il-21”)、白细胞介素-22(“il-22”)、白细胞介素-23(“il-23”)、白细胞介素-33(“il-33”)、趋化因子(c-c基序)配体2(“mcp-1”)、巨噬细胞群落刺激因子(“m-csf”)、由γ干扰素诱导的单核因子(“mig”)、趋化因子(c-c基序)配体2(“mip-1α”)、趋化因子(c-c基序)配体4(“mip-1β”)、巨噬细胞炎症蛋白-1-δ(“mip-1δ”)、血小板源生长因子亚基b(“pdgf-bb”)、趋化因子(c-c基序)配体5、调控活化正常t细胞表达及分泌蛋白(“rantes”)、timp金属肽酶抑制剂1(“timp-1”)、timp金属肽酶抑制剂2(“timp-2”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-α(“tnfα”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-β(“tnfβ”)、1型可溶性tnf受体(“stnfri”)、stnfriiar、脑源神经营养因子(“bdnf”)、碱性成纤维细胞生长因子(“bfgf”)、骨成形性蛋白4(“bmp-4”)、骨成形性蛋白5(“bmp-5”)、骨成形性蛋白7(“bmp-7”)、神经生长因子(“b-ngf”)、表皮生长因子(“egf”)、表皮生长因子受体(“egfr”)、内分泌腺源血管内皮生长因子(“eg-vegf”)、成纤维细胞生长因子4(“fgf-4”)、角质细胞生长因子(“fgf-7”)、生长分化因子15(“gdf-15”)、神经胶细胞源神经营养因子(“gdnf”)、生长激素、结合肝素的egf样生长因子(“hb-egf”)、肝细胞生长因子(“hgf”)、胰岛素样生长因子结合蛋白1(“igfbp-1”)、胰岛素样生长因子结合蛋白2(“igfbp-2”)、胰岛素样生长因子结合蛋白3(“igfbp-3”)、胰岛素样生长因子结合蛋白4(“igfbp-4”)、胰岛素样生长因子结合蛋白6(“igfbp-6”)、胰岛素样生长因子1(“igf-1”)、胰岛素、巨噬细胞群落刺激因子(“m-csfr”)、神经生长因子受体(“ngfr”)、神经营养因子-3(“nt-3”)、神经营养因子-4(“nt-4”)、破骨细胞发生抑制因子(“护骨素(osteoprotegerin)”)、血小板源生长因子受体(“pdgf-aa”)、磷脂酰肌醇-聚糖生物合成蛋白(“pigf”)、skp、cullin、含有f-盒的复合物(“scf”)、干细胞因子受体(“scfr”)、转形生长因子α(“tgfα”)、转形生长因子β-1(“tgfβ1”)、转形生长因子β-3(“tgfβ3”)、血管内皮生长因子(“vegf”)、血管内皮生长因子受体2(“vegfr2”)、血管内皮生长因子受体3(“vegfr3”)、vegf-d6ckine、酪氨酸蛋白激酶受体ufo(“axl”)、β细胞素(betacellulin)(“btc”)、黏膜相关上皮趋化因子(“ccl28”)、趋化因子(c-c基序)配体27(“ctack”)、趋化因子(c-x-c基序)配体16(“cxcl16”)、c-x-c基序趋化因子5(“ena-78”)、趋化因子(c-c基序)配体26(“嗜酸性粒细胞趋化因子-3”)、粒细胞趋化蛋白2(“gcp-2”)、gro、趋化因子(c-c基序)配体14(“hcc-l”)、趋化因子(c-c基序)配体16(“hcc-4”)、白细胞介素-9(“il-9”)、白细胞介素-17f(“il-17f”)、白细胞介素-18结合蛋白(“il-18bpa”)、白细胞介素-28a(“il-28a”)、白细胞介素29(“il-29”)、白细胞介素31(“il-31”)、c-x-c基序趋化因子10(“ip-10”)、趋化因子受体cxcr3(“i-tac”)、白血病抑制因子(“lif”)、light、趋化因子(c基序)配体(“淋巴细胞趋化因子(lymphotactin)”)、单核细胞化学吸引蛋白2(“mcp-2”)、单核细胞化学吸引蛋白3(“mcp-3”)、单核细胞化学吸引蛋白4(“mcp-4”)、巨噬细胞源趋化因子(“mdc”)、巨噬细胞迁移抑制因子(“mif”)、趋化因子(c-c基序)配体20(“mip-3α”)、c-c基序趋化因子19(“mip-3β”)、趋化因子(c-c基序)配体23(“mpif-1”)、巨噬细胞刺激蛋白α链(“mspα”)、核小体组装蛋白1样4(“nap-2”)、分泌磷蛋白1(“骨桥蛋白(osteopontin)”)、肺及活化调控细胞因子(“parc”)、血小板因子4(“pf4”)、基质细胞源因子-1α(“sdf-1α”)、趋化因子(c-c基序)配体17(“tarc”)、胸腺表达的趋化因子(“teck”)、胸腺基质淋巴生成素(“tslp4-ibb”)、cd166抗原(“alcam”)、分化簇80(“b7-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员17(“bcma”)、分化簇14(“cd14”)、分化簇30(“cd30”)、分化簇40(“cd40配体”)、癌胚抗原相关细胞黏附分子1(胆管糖蛋白)(“ceacam-1”)、死亡受体6(“dr6”)、脱氧胸苷激酶(“dtk”)、1型膜糖蛋白(“内皮糖蛋白(endoglin)”)、受体酪氨酸蛋白激酶erbb-3(“erbb3”)、内皮-白血球黏附分子1(“e-选择素(selectin)”)、细胞凋亡抗原1(“fas”)、fms样酪氨酸激酶3(“flt-3l”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员1(“gitr”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员14(“hvem”)、细胞间黏附分子3(“icam-3”)、il-1r4、il-1ri、il-10rβ、il-17r、il-2rγ、il-21r、溶酶体膜蛋白2(“limpii”)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(“脂质运载蛋白-2”)、cd62l(“l-选择素”)、淋巴内皮(“lyve-1”)、i类mhc多肽相关序列a(“mica”)、i类mhc多肽相关序列b(“micb”)、nrgl-βl、β-型血小板源生长因子受体(“pdgfrβ”)、血小板内皮细胞黏附分子(“pecam-1”)、rage、a型肝炎病毒细胞受体1(“tim-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员ioc(“trailr3”)、特拉平(trappin)蛋白转谷氨酰胺酶结合结构域(“特拉平-2”)、尿激酶受体(“upar”)、血管细胞黏附蛋白1(“vcam-1”)、xedar活化素a、野鼠色相关蛋白(“agrp”)、核糖核酸酶5(“血管生成素(angiogenin)”)、血管生成素(angiopoietin)1、血管抑素(angiostatin)、卡色谱因(catheprin)s、cd40、隐藏家族蛋白ib(“cripto-1”)、dan、dickkopf相关蛋白1(“dkk-1”)、e-钙黏蛋白、上皮细胞黏附分子(“epcam”)、fas配体(fasl或cd95l)、fcgriib/c、fouistatin、半乳糖凝集素-7、细胞间黏附分子2(“icam-2”)、il-13rl、il-13r2、il-17b、il-2ra、il-2rb、il-23、lap、神经元细胞黏附分子(“nrcam”)、纤维蛋白溶酶原活化抑制剂-1(“pai-1”)、血小板源生长因子受体(“pdgf-ab”)、抵抗素(resistin)、基质细胞源因子1(“sdf-1β”)、sgpl30、分泌型卷曲相关蛋白2(“shhn”)、唾液酸结合免疫球蛋白型凝集素(“siglec-5”)、st2、转形生长因子-β2(“tgfβ2”)、tie-2、血小板生成素(“tpo”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10d(“trailr4”)、表达于骨髓性细胞上的触发受体1(“trem-1”)、血管内皮生长因子c(“vegf-c”)、vegfrl脂联素、脂素(adipsin)(“and”)、α-胎蛋白(“afp”)、血管生成素样4(“angptl4”)、β-2-微球蛋白(“b2m”)、基底细胞黏附分子(“bcam”)、碳水化合物抗原125(“ca125”)、癌症抗原15-3(“ca15-3”)、癌胚抗原(“cea”)、camp受体蛋白(“crp”)、人类表皮生长因子受体2(“erbb2”)、滤泡抑素、滤泡刺激素(“fsh”)、趋化因子(c-x-c基序)配体1(“groα”)、人类绒毛膜促性腺激素(“βhcg”)、胰岛素样生长因子1受体(“igf-1sr”)、il-1srii、il-3、il-18rb、il-21、瘦素(leptin)、基质金属蛋白酶-1(“mmp-1”)、基质金属蛋白酶-2(“mmp-2”)、基质金属蛋白酶-3(“mmp-3”)、基质金属蛋白酶-8(“mmp-8”)、基质金属蛋白酶-9(“mmp-9”)、基质金属蛋白酶-10(“mmp-10”)、基质金属蛋白酶-13(“mmp-13”)、神经细胞黏附分子(“ncam-1”)、巢蛋白(entactin)(“巢蛋白(nidogen)-1”)、神经元特异性烯醇酶(“nse”)、抑瘤素(oncostatin)m(“osm”)、原降钙素(procalcitonin)、泌乳素(prolactin)、前列腺特异性抗原(“psa”)、结合唾液酸的ig样凝集素9(“siglec-9”)、adam17内肽酶(“tace”)、甲状腺球蛋白(thyroglobulin)、金属蛋白酶抑制剂4(“timp-4”)、tsh2b4、含有去整合素(disintegrin)及金属蛋白酶结构域的蛋白质9(“adam-9”)、血管生成素2、肿瘤坏死因子配体超家族成员13/富酸性白氨酸核磷蛋白32家族成员b(“april”)、骨成形性蛋白2(“bmp-2”)、骨成形性蛋白9(“bmp-9”)、补体组分5a(“c5a”)、细胞自溶酶l、cd200、cd97、趋化素(chemerin)、肿瘤坏死因子受体超家族成员6b(“dcr3”)、脂肪酸结合蛋白2(“fabp2”)、成纤维细胞活化蛋白、α(“fap”)、成纤维细胞生长因子19(“fgf-19”)、半乳糖凝集素-3、肝细胞生长因子受体(“hgfr”)、ifn-γα/βr2、胰岛素样生长因子2(“igf-2”)、胰岛素样生长因子2受体(“igf-2r”)、白细胞介素-1受体6(“il-1r6”)、白细胞介素24(“il-24”)、白细胞介素33(“il-33”)、激肽释放素(kallikrein)14、天门冬酰胺酰基内肽酶(“天门冬酰胺内肽酶(legumain)”)、氧化型低密度脂蛋白受体1(“lox-1”)、甘露糖结合凝集素(“mbl”)、脑啡肽酶(neprilysin)(“nep”)、notch同系物1、易位相关(果蝇(drosophila))(“notch-1”)、肾胚细胞瘤过度表达的蛋白(“nov”)、骨活化素(osteoactivin)、程序化细胞死亡蛋白1(“pd-1”)、n-乙酰基胞壁酰基--l-丙氨酸酰胺酶(“pgrp-5”)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)a4、分泌型卷曲相关蛋白3(“sfrp-3”)、血栓调节蛋白(thrombomodulin)、toll样受体2(“tlr2”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10a(“trailrl”)、运铁蛋白(“trf”)、wif-lace-2、白蛋白、amica、血管生成素4、b细胞活化因子(“baff”)、碳水化合物抗原19-9(“ca19-9”)、cd163、丛生蛋白(clusterin)、crtam、趋化因子(c-x-c基序)配体14(“cxcl14”)、胱抑素(cystatin)c、核心蛋白聚糖(decorin)(“dcn”)、dickkopf相关蛋白3(“dkk-3”)、δ样蛋白质1(“dll1”)、胎球蛋白(fetuin)a、肝素结合生长因子1(“afgf”)、叶酸受体α(“folr1”)、弗林蛋白酶(furin)、gpcr相关分选蛋白1(“gasp-1”)、gpcr相关分选蛋白2(“gasp-2”)、粒细胞群落刺激因子受体(“gcsfr”)、丝氨酸蛋白酶海普森(“hai-2”)、白细胞介素-17b受体(“il-17br”)、白细胞介素27(“il-27”)、淋巴细胞活化基因3(“lag-3”)、缺脂脂蛋白a-v(“ldlr”)、胃蛋白酶原i、视黄醇结合蛋白4(“rbp4”)、sost、类肝素硫酸蛋白聚糖(“共结合蛋白聚糖-1(syndecan-1)”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员13b(“taci”)、组织因子通路抑制剂(“tfpi”)、tsp-1、肿瘤坏死因子受体超家族成员10b(“trailr2”)、trance、肌钙蛋白i(troponini)、尿激酶纤维蛋白溶酶原活化剂(“upa”)、钙黏蛋白5、2型或ve-钙黏蛋白(血管内皮)(还称为cd144，“ve-钙黏蛋白”)、wntl可诱导型信号传导通路蛋白1(“wisp-1”)及核因子κb的受体活化剂(“rank”)。

在一些实施例中，该癌症治疗剂是抗癌症化合物。示例性抗癌症化合物包括但不限于阿仑单抗阿利维a酸阿那曲唑贝伐单抗贝沙罗汀硼替佐米博舒替尼本妥昔单抗卡巴坦尼卡菲佐米西妥昔单抗克里唑蒂尼达沙替尼地尼介白素盐酸埃罗替尼依维莫司依西美坦氟维司群吉非替尼替坦异贝莫单抗甲磺酸伊马替尼伊匹单抗二对甲苯磺酸拉帕替尼来曲唑尼洛替尼奥法木单抗帕尼单抗盐酸帕唑帕尼帕妥珠单抗普拉曲沙瑞戈非尼利妥昔单抗罗米地辛甲苯磺酸索拉非尼苹果酸舒尼替尼他莫昔芬、西罗莫司托瑞米芬托西莫单抗及131i-托西莫单抗曲妥珠单抗维甲酸凡德他尼威罗菲尼伏立诺他及阿柏西普

修饰调节基因表现及其他细胞功能的蛋白质的功能的示例性抗癌症化合物(例如，hdac抑制剂，类视黄醇受体配体)是伏立诺他贝沙罗汀及罗米地辛阿利维a酸及维甲酸

诱导细胞凋亡的示例性抗癌症化合物(例如，蛋白酶体抑制剂，叶酸拮抗剂)是硼替佐米卡菲佐米(kyprolis^tm)及普拉曲沙

增加抗肿瘤免疫应答的示例性抗癌化合物(例如抗cd20、抗cd52；抗细胞毒性t淋巴细胞相关抗原-4)为利妥昔单抗阿仑单抗奥法木单抗及伊匹单抗(yervoy^tm)。

将毒剂递送至癌细胞的示例性抗癌症化合物(例如，抗cd20-放射性核素融合物；il-2-白喉毒素融合物；抗cd30-单甲基澳瑞他汀e(mmae)-融合物)是托西莫单抗及131i-托西莫单抗及替坦异贝莫单抗地尼介白素及本妥昔单抗

其他示例性抗癌症化合物是小分子抑制剂及其结合物，例如，janus激酶、alk、bcl-2、parp、pi3k、vegf受体、braf、mek、cdk及hsp90。

示例性基于铂的抗癌症化合物包括(例如)顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂、吡铂、奈达铂、三铂(triplatin)及脂铂(lipoplatin)。适用于治疗的其他基于金属的药物包括但不限于基于钌的化合物、二茂铁衍生物、基于钛的化合物及基于镓的化合物。

在一些实施例中，癌症治疗剂是包括放射性核素的放射性部分。示例性放射性核素包括但不限于cr-51、cs-131、ce-134、se-75、ru-97、i-125、eu-149、os-189m、sb-119、i-123、ho-161、sb-117、ce-139、in-111、rh-103m、ga-67、tl-201、pd-103、au-195、hg-197、sr-87m、pt-191、p-33、er-169、ru-103、yb-169、au-199、sn-121、tm-167、yb-175、in-113m、sn-113、lu-177、rh-105、sn-117m、cu-67、sc-47、pt-195m、ce-141、i-131、tb-161、as-77、pt-197、sm-153、gd-159、tm-173、pr-143、au-198、tm-170、re-186、ag-111、pd-109、ga-73、dy-165、pm-149、sn-123、sr-89、ho-166、p-32、re-188、pr-142、ir-194、in-114m/in-114及y-90。

在一些实施例中，癌症治疗剂是抗生素。例如，如果根据本文提供的方法来检测癌症相关细菌和/或癌症相关微生物群系特征的存在，则可施用抗生素以从受试者消除癌症相关细菌。“抗生素”在广义上是指能够抑制或预防细菌感染的化合物。抗生素可以诸多方式(包含根据其用于特定感染的用途、其作用机制、其生物可用性或其靶微生物范围(例如革兰氏阴性细菌对革兰氏阳性细菌、好氧细菌对厌氧细菌等))进行分类且可使用这些方式来杀死宿主的特定区域(“生态位”)中的特定细菌(leekha等人，2011.generalprinciplesofantimicrobialtherapy[抗微生物疗法的一般原则].mayoclinproc.[梅欧医院院刊]86(2):156-167)。在某些实施例中，可使用抗生素来选择性靶向特定生态位的细菌。在一些实施例中，可使用已知治疗包含癌症生态位的特定感染的抗生素来靶向癌症相关微生物(包含该生态位中非癌症相关细菌)。在其他实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素。在一些实施例中，在细菌治疗之后施用抗生素以去除植入。

免疫病症

在一些实施例中，本文所述的方法及组合物涉及治疗或预防与病理学免疫应答相关的疾病或病症(如自身免疫性疾病、过敏反应和/或炎性疾病)。在一些实施例中，该疾病或病症是炎性肠病(例如，克罗恩病或溃疡性结肠炎)。在一些实施例中，本文所述的方法和组合物涉及治疗或预防迟发型超敏反应、自身免疫性心肌炎、肉芽肿、周围神经病、桥本甲状腺炎、结肠发炎、结肠炎、显微镜下结肠炎、胶原性结肠炎、转移性结肠炎、化学性结肠炎、缺血性结肠炎、不确定性结肠炎、非典型性结肠炎。

本文所述的方法可用以治疗有此需要的任何受试者。如本文中所使用，“有此需要的受试者”包括患有与病理学免疫应答相关的疾病或病症(例如，炎性肠病)的任何受试者，及具有增加获得此疾病或病症的可能性的任何受试者。

本文所述的组合物可(例如)用作预防或治疗(部分或完全减少以下疾病的不利影响)自身免疫性疾病，如慢性炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、穆-韦二氏综合征、类风湿性关节炎、多发性硬化或桥本病(hashimoto’sdisease)；过敏性疾病，如食物过敏、花粉热或哮喘；传染性疾病，如艰难梭菌感染；炎性疾病，如tnf介导的炎性疾病(例如，胃肠道炎性疾病，如结肠袋炎(pouchitis)；心血管炎性疾病，如动脉粥样硬化；或炎性肺病，如慢性阻塞性肺疾病)的药物组合物；用作用于抑制器官移植中的排斥或其中可能发生组织排斥的其他情况的药物组合物；用作用于改善免疫功能的补充物、食物或饮料；或用作用于抑制免疫细胞的增殖或功能的试剂。

在一些实施例中，本文提供的方法适用于治疗炎症。在某些实施例中，身体的任何组织及器官的炎症，包括肌肉骨骼炎症、血管炎症、神经炎症、消化系统炎症、眼部炎症、生殖系统炎症及其他炎症，如下文讨论。

肌肉骨骼系统的免疫病症包括但不限于那些影响骨骼关节(包括手、手腕、肘部、肩部、下巴、脊柱、颈部、臀部、膝盖、踝部及足部的关节)的病症，及影响将肌肉连接至骨头的组织(如肌腱)的病症。可用本文所述的方法及组合物治疗的这类免疫病症的实例包括但不限于关节炎(包括，例如，骨关节炎、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、强直性脊柱炎、急性及慢性感染性关节炎、与痛风和假痛风相关的关节炎及幼年特发性关节炎)、肌腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑囊炎、纤维组织炎(纤维肌痛)、上髁炎、肌炎及骨炎(包括，例如，佩吉特氏病(paget'sdisease)、耻骨炎及囊性纤维性骨炎)。

眼部免疫病症是指影响眼睛的任何结构(包括眼睑)的免疫病症。可用本文所述的方法及组合物治疗的眼部免疫病症的实例包括但不限于睑缘炎、眼睑皮肤松垂症、结膜炎、泪腺炎、角膜炎、干燥性角膜结膜炎(干眼症)、巩膜炎、倒睫及葡萄膜炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的神经系统免疫病症的实例包括但不限于脑炎、格林-巴利综合征(guillain-barresyndrome)、脑膜炎、神经性肌强直、发作性睡病、多发性硬化、脊髓炎及精神分裂症。可用本文所述的方法及组合物治疗的脉管系统或淋巴系统炎症的实例包括但不限于关节硬化、关节炎、静脉炎、血管炎及淋巴管炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的消化系统免疫病症的实例包括但不限于胆管炎、胆囊炎、肠炎、小肠结肠炎、胃炎、肠胃炎、炎性肠病、回肠炎及直肠炎。炎性肠病包括(例如)一组相关病症的某些本领域公认的形式。已知炎性肠病的几种主要形式，这类病症中最常见的为克罗恩病(区域性肠病，例如，非活性及活性形式)及溃疡性结肠炎(例如，非活性及活性形式)。另外，炎性肠病涵盖肠易激综合征、显微镜下结肠炎、淋巴细胞性-浆细胞性肠炎、乳糜泻、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎及嗜酸性小肠结肠炎。ibd的其他不常见形式包括不确定性结肠炎、假膜性结肠炎(坏死性结肠炎)、缺血性炎性肠病、白塞氏病(behcet’sdisease)、结节病、硬皮病、ibd相关性发育不良、与发育不良相关的肿块或病变及原发性硬化性胆管炎。

可用本文所述的方法及组合物治疗的生殖系统免疫病症的实例包括但不限于子宫颈炎、绒毛膜羊膜炎、子宫内膜炎、附睾炎、脐炎、卵巢炎、睾丸炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、尿道炎、阴道炎、外阴炎及外阴痛。

本文所述的方法及组合物可用以治疗具有发炎成分的自身免疫性疾病。此病症包括但不限于全身性急性播散性秃头症、白塞氏病、恰加斯氏病(chagas'disease)、慢性疲劳综合征、自主神经失调、脑脊髓炎、强直性脊柱炎、再生障碍性贫血、化脓性汗腺炎、自身免疫性肝炎、自身免疫性卵巢炎、乳糜泻、克罗恩病、1型糖尿病、巨细胞动脉炎、古德帕斯丘综合征、格雷夫斯病、格林-巴利综合征、桥本病、亨诺-许兰二氏紫斑症(henoch-schonleinpurpura)、川崎病(kawasaki'sdisease)、红斑狼疮、显微镜下结肠炎、显微镜下多动脉炎、混合结缔组织病、穆-韦二氏综合征(muckle-wellssyndrome)、多发性硬化、重症肌无力、眼阵挛肌阵挛综合征、视神经炎、奥德氏甲状腺炎、天疱疮、结节性多动脉炎、多肌痛、类风湿性关节炎、莱特尔氏综合征(reiter'ssyndrome)、休格伦氏综合征(sjogren'ssyndrome)、颞动脉炎、韦格纳肉芽肿病(wegener'sgranulomatosis)、温热自身免疫性溶血性贫血、间质性膀胱炎、莱姆病(lymedisease)、局限性硬皮病、银屑病、结节病、硬皮病、溃疡性结肠炎及白癜风。

本文所述的方法及组合物可用以治疗具有发炎成分的t细胞介导的超敏性疾病。此类病症包括但不限于接触性超敏反应、接触性皮炎(包括由于毒葛引起的接触性皮炎)、荨麻疹、皮肤过敏、呼吸道过敏(花粉热、过敏性鼻炎、屋尘螨过敏)及麸胶敏感性肠病(乳糜泻)。

可用本发明的方法及组合物治疗的其他免疫病症包括(例如)阑尾炎、皮炎、皮肌炎、心内膜炎、纤维组织炎、齿龈炎、舌炎、肝炎、化脓性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、肾炎、耳炎、胰脏炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎(peritonoitis)、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症(prostatistis)、肾盂肾炎及口炎(stomatisi)、移植排斥(涉及如肾、肝、心脏、肺、胰脏(例如，胰岛细胞)、骨髓、角膜、小肠的器官，同种异体皮肤移植、皮肤同种移植物及心脏瓣膜异种移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰脏炎、慢性胰脏炎、急性呼吸窘迫综合征、西扎利氏综合征(sexary'ssyndrome)、先天性肾上腺增生、非化脓性甲状腺炎、高钙血症相关癌症、天疱疮、大疱性疱疹样皮炎、重度多形红斑、剥脱性皮炎、脂溢性皮炎、季节性或常年性过敏性鼻炎、支气管哮喘、接触性皮炎、特应性皮炎、药物超敏反应、过敏性结膜炎、角膜炎、眼带状疱疹、虹膜炎及虹膜睫状体炎、脉络膜视网膜炎、视神经炎、结节病性结节病、暴发性或散播性肺结核化学疗法、成人特发性血小板减少性紫癜、成人继发性血小板减少症、获得性(自身免疫性)溶血性贫血症、成人白血病及淋巴瘤、儿童急性白血病、局限性肠炎、自身免疫性血管炎、多发性硬化、慢性阻塞性肺疾病、实体器官移植排斥反应、败血症。优选治疗包括以下的治疗：移植排斥、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、多发性硬化、1型糖尿病、哮喘、炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、慢性阻塞性肺疾病及伴随感染病症的炎症(例如，败血症)。

癌症

在一些实施例中，本文所述的方法及组合物涉及癌症治疗。在一些实施例中，任何癌症可使用本文所述的方法治疗。可通过本文所述的方法及组合物治疗的癌症的实例包括但不限于来自以下的癌细胞：膀胱、血液、骨头、骨髓、脑、乳房、结肠、食道、胃肠、牙龈、头、肾、肝、肺、鼻咽、颈、卵巢、前列腺、皮肤、胃、睾丸、舌头或子宫。另外，该癌症可特定地是下列组织学类型，但其不限于这类类型：赘瘤，恶性；癌；癌，未分化；巨大及梭细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌(basalcellcarcinoma)；毛发基质(pilomatrix)癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性；胆管癌；肝细胞癌；肝细胞癌合并胆管癌；小梁腺癌；腺样囊性癌；腺瘤息肉的腺癌；腺癌，家族性结肠息肉；实体癌；类癌瘤，恶性；细支气管肺泡(branchiolo-alveolar)腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸性细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱性粒细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡性腺癌；乳头状及滤泡性腺癌；非包膜性硬化性癌；肾上腺皮质癌；子宫内膜样癌；皮肤附器癌；顶浆(apocrine)腺癌；皮脂腺癌；耵聍(ceruminous)腺癌；黏液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；戒环细胞癌；浸润性管状癌；髓样癌；小叶癌；发炎癌；佩吉特氏病，乳房；腺泡细胞癌；腺鳞癌；腺癌与鳞状转移瘤(adenocarcinomaw/squamousmetaplasia)；胸腺瘤，恶性；卵巢间质瘤，恶性；卵泡膜细胞瘤(thecoma)，恶性；粒层细胞瘤，恶性；及成釉细胞瘤，恶性；赛特利氏(sertoli)细胞癌；睾丸间质细胞(leydigcell)瘤，恶性；脂质细胞瘤，恶性；副神经节瘤，恶性；乳房外副神经节瘤，恶性；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤(glomangiosarcoma)；恶性黑色素瘤；无色素性黑色素瘤；浅表扩散黑色素瘤；巨大色素痣中的恶性黑色素瘤；上皮样细胞黑色素瘤；蓝痣，恶性；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性；黏液肉瘤；脂肉瘤(liposarcoma)；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；肺泡横纹肌肉瘤；基质肉瘤；混合瘤，恶性；苗勒氏混合瘤(mullerianmixedtumor)；肾母细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间质瘤，恶性；布伦纳瘤(brennertumor)，恶性；叶状瘤，恶性；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性；无性细胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性；卵巢甲状腺瘤，恶性；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性；卡波西肉瘤(kaposi'ssarcoma)；血管外皮细胞瘤，恶性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮质骨肉瘤；软骨肉瘤；软骨胚细胞瘤，恶性；间叶细胞软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因肉瘤(ewing'ssarcoma)；齿源性肿瘤，恶性；釉质母细胞齿源性瘤；釉质母细胞瘤，恶性；釉质母细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性；脊索瘤；神经胶质瘤，恶性；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆性星形细胞瘤；纤维性星形细胞瘤；星形母细胞瘤；胶质母细胞瘤；少突神经胶质瘤；少突胶质母细胞瘤；原始神经外胚叶肿瘤；小脑肉瘤；节细胞母细胞瘤；神经母细胞瘤；视网膜母细胞瘤；嗅神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；恶性淋巴瘤；霍奇金病(hodgkin’sdisease)；霍奇金淋巴瘤；副肉芽肿；小淋巴细胞性恶性淋巴瘤；弥漫性大细胞恶性淋巴瘤；滤泡型恶性淋巴瘤；蕈样真菌病；其他指定非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增生症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增殖性小肠病；白血病；淋巴样白血病；浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓样白血病；嗜碱性白血病；嗜酸性粒细胞白血病；单核细胞白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞性白血病；髓样肉瘤；毛细胞白血病、浆细胞瘤、结直肠癌、直肠癌、梅克尔细胞癌及唾腺癌。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及白血病的治疗。术语“白血病”在广义上意指造血器官/系统的进展性、恶性疾病且其特征通常在于白血球及其前体在血液及骨髓中的异常增殖及发育。白血病疾病的非限制性实例包含急性非淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、慢性粒细胞性白血病、急性前骨髓细胞性白血病、成人t细胞白血病、非白血性白血病、白血球增多性白血病、嗜碱粒细胞白血病、胚细胞白血病、牛白血病、慢性骨髓细胞性白血病、皮肤白血病、胚细胞性白血病、嗜酸性粒细胞性白血病、格罗斯氏白血病(gross'leukemia)、里德尔细胞白血病(riedercellleukemia)、希林氏白血病(schilling'sleukemia)、干细胞白血病、亚白血病性白血病、未分化细胞白血病、毛细胞白血病、成血细胞性白血病(hemoblasticleukemia)、成血胚细胞性白血病(hemocytoblasticleukemia)、组织细胞性白血病、干细胞白血病、急性单核细胞性白血病、白血球减少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母细胞性白血病、淋巴细胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴样白血病、淋巴肉瘤细胞白血病、肥大细胞白血病、巨核细胞性白血病、小骨髓母细胞性白血病、单核细胞性白血病、骨髓母细胞性白血病、骨髓细胞性白血病、骨髓性粒细胞性白血病、骨髓单核细胞性白血病、内格利白血病(naegelileukemia)、浆细胞白血病、浆细胞性白血病及前骨髓细胞性白血病。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及癌治疗。术语“癌”是指上皮细胞的恶性生长，这些上皮细胞往往浸润环绕组织和/或抑制生理学及非生理学细胞死亡信号并产生转移。癌的非限制性示例性类型包含腺泡癌、腺泡样癌、腺囊样癌、腺样囊性癌、腺癌(carcinomaadenomatosum)、肾上腺皮质癌、肺泡癌、肺泡细胞癌、基底细胞癌(basalcellcarcinoma)、基底细胞癌(carcinomabasocellulare)、基底细胞样癌、基底鳞状细胞癌、支气管肺泡癌、细支气管癌、支气管癌、脑状癌、胆管细胞癌、绒毛膜癌、胶状癌、粉刺癌、子宫体癌、筛状癌、铠甲状癌、皮肤癌、柱状癌、柱状细胞癌、导管癌、硬癌(carcinomadurum)、胚胎性癌、脑状癌(encephaloidcarcinoma)、表皮样癌、腺样上皮细胞癌、外植癌、溃疡性癌、纤维癌、胶状癌(gelatiniformcarcinoma)、胶样癌(gelatinouscarcinoma)、巨细胞癌(giantcellcarcinoma)、印戒细胞癌(signet-ringcellcarcinoma)、单纯癌、小细胞癌、马铃薯状癌、球状细胞癌、梭形细胞癌、髓状癌、鳞状癌、鳞状细胞癌、绳捆癌(stringcarcinoma)、毛细管扩张癌(carcinomatelangiectaticum)、毛细管扩张性癌(carcinomatelangiectodes)、移行细胞癌、块状癌、结节性皮癌、疣状癌、绒毛状癌、巨细胞癌(carcinomagigantocellulare)、腺体癌(glandularcarcinoma)、粒层细胞癌、毛基质细胞癌(hair-matrixcarcinoma)、血样癌、肝细胞癌、许特耳细胞癌(hurthlecellcarcinoma)、玻质状癌、肾上腺样癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮内癌、上皮内癌、克罗姆佩柯赫尔氏肿瘤(krompecher'scarcinoma)、库尔契茨基氏细胞癌(kulchitzky-cellcarcinoma)、大细胞癌、豆状癌(lenticularcarcinoma)、豆样癌(carcinomalenticulare)、脂瘤样癌、淋巴上皮癌、髓样癌、髓质癌、黑色素癌、软癌、黏液性癌(mucinouscarcinoma)、黏液癌(carcinomamuciparum)、黏液细胞癌(carcinomamucocellulare)、黏液表皮样癌、黏膜癌(carcinomamucosum)、黏膜性癌(mucouscarcinoma)、黏液瘤样癌、鼻咽癌、燕麦状细胞癌、骨化性癌、骨质癌(osteoidcarcinoma)、乳头状癌、门静脉周癌、浸润前癌、棘细胞癌、糜烂性癌、肾脏的肾细胞癌、储备细胞癌、肉瘤样癌、施奈德氏癌(schneideriancarcinoma)、硬性癌(scirrhouscarcinoma)及阴囊癌(carcinomascroti)。

在一些实施例中，本文提供的方法及组合物涉及肉瘤的治疗。术语“肉瘤”通常是指如胚胎结缔组织等物质组成的肿瘤且通常由包埋于原纤维、异质或均质物质中的紧密堆积细胞构成。肉瘤包括但不限于软骨肉瘤、纤维肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宫内膜肉瘤、基质肉瘤、尤文氏肉瘤(ewing'ssarcoma)、筋膜肉瘤、成纤维细胞性肉瘤、巨细胞肉瘤、艾伯内西氏肉瘤(abemethy'ssarcoma)、脂肪肉瘤、脂肉瘤、软组织腺泡状肉瘤、釉质母细胞肉瘤、葡萄形肉瘤、绿色肉瘤、绒毛膜癌、胚胎性肉瘤、维尔姆斯氏肿瘤肉瘤(wilms'tumorsarcoma)、粒细胞肉瘤、何杰金氏肉瘤(hodgkin'ssarcoma)、特发性多发性色素沉着出血性肉瘤、b细胞免疫母细胞肉瘤、淋巴瘤、t细胞免疫母细胞肉瘤、晏森氏肉瘤(jensen'ssarcoma)、卡波西氏肉瘤(kaposi'ssarcoma)、库普弗细胞肉瘤(kupffercellsarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、恶性间叶瘤肉瘤、骨周肉瘤、网状细胞肉瘤、劳斯肉瘤(roussarcoma)、浆液囊性肉瘤、滑膜肉瘤及毛细血管扩张性肉瘤。

可使用本文所述的方法及组合物治疗的其他示例性赘瘤形成包含何杰金氏病(hodgkin'sdisease)、非何杰金氏淋巴瘤(non-hodgkin'slymphoma)、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、横纹肌肉瘤、原发性血小板增多、原发性巨球蛋白血症、小细胞肺肿瘤、原发性脑肿瘤、胃癌、结肠癌、恶性胰脏胰岛素瘤、恶性类癌、癌前皮肤病灶、睾丸癌、淋巴瘤、甲状腺癌、神经母细胞瘤、食管癌、泌尿生殖道癌、恶性高钙血症、子宫颈癌、子宫内膜癌及肾上腺皮质癌。

在一些实施例中，所治疗的癌是黑色素瘤。术语“黑色素瘤”意指源自皮肤及其他器官的黑色素细胞系统的肿瘤。黑色素瘤的非限制性实例是哈-巴二氏黑色素瘤(harding-passeymelanoma)、幼年型黑色素瘤、恶性小痣性痣黑色素瘤、恶性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、无黑色素性黑色素瘤、良性幼年型黑色素瘤、克劳德曼氏黑色素瘤(cloudman'smelanoma)、s91黑色素瘤、结节性黑色素瘤甲下黑色素瘤及浅表扩展性黑色素瘤。

可使用本文所述的方法及组合物治疗的肿瘤的特定类别包括淋巴组织增生性疾病、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、子宫内膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、结肠癌、胰腺癌、甲状腺癌、头颈癌、中枢神经系统的癌症、外周神经系统的癌症、皮肤癌、肾癌、及所有上述的转移。特定类型的肿瘤包含肝细胞癌、肝细胞瘤、肝母细胞瘤、横纹肌肉瘤、食管癌、甲状腺癌、恶性神经节瘤、纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、软骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、尤文氏肿瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌内皮肉瘤、侵袭性导管癌、乳头状腺癌、黑色素瘤、肺鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌(充分分化、中等分化、分化不良或未分化)、支气管肺泡癌、肾细胞癌、肾上腺样瘤、肾上腺样腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯氏肿瘤、睾丸肿瘤、肺癌(包含小细胞肺癌、非小细胞肺癌及大细胞肺癌)、膀胱癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、视网膜母细胞瘤、神经母细胞瘤、结肠癌、直肠癌、血液系统恶性肿瘤(包含所有类型的白血病及淋巴瘤，包含：急性骨髓性白血病、急性骨髓细胞性白血病、急性淋巴细胞性白血病、慢性骨髓性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、肥大细胞白血病、多发性骨髓瘤、骨髓性淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤)。

某些实施例中所治疗的癌症还包含癌症前期病灶，例如光化性角化病(日旋光性角化病)、莫耳痣(发育异常痣)、光化性唇炎(农夫唇)、皮角、巴瑞特氏食管症(barrett'sesophagus)、萎缩性胃炎、先天性角化不良、缺铁性咽下困难、扁平苔藓、口腔黏膜下纤维化、光化性(日旋光性)弹性组织变性及子宫颈发育不良。

一些实施例中所治疗的癌症包含非癌性或良性肿瘤，例如内胚层、外胚层或间质起源的肿瘤，包括但不限于胆管瘤、结肠息肉、腺瘤、乳头瘤、囊腺瘤、肝细胞腺瘤、葡萄胎、肾小管腺瘤、鳞状细胞乳头瘤、胃息肉、血管瘤、骨瘤、软骨瘤、脂肪瘤、纤维瘤、淋巴管瘤、平滑肌瘤、横纹肌瘤、星形细胞瘤、痣、脑膜瘤及神经节瘤。

实例

实例1：人类共生细菌在基于klh的迟发型超敏反应模型中的免疫调节

迟发型超敏反应(dth)为异位性皮肤炎(或过敏性接触性皮炎)的动物模式，如petersen等人综述(invivopharmacologicaldiseasemodelsforpsoriasisandatopicdermatitisindrugdiscovery.[银屑病和特应性皮炎的体内药理疾病模型在药物开发中的应用]basic&clinicalpharm&toxicology.[基础临床药理学和毒理学]2006.99(2):104-115；还参见irvingc.allen(编)mousemodelsofinnateimmunity:methodsandprotocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],methodsinmolecularbiology[分子生物学方法],2013.，第1031卷，doi10.1007/978-1-62703-481-4_13)。其可使用各种半抗原或抗原(例如，用佐剂乳化的抗原)在各种小鼠及大鼠品系中诱导。dth的特征在于敏化作用及抗原特异性t细胞介导的反应，其导致红斑、浮肿及尤其抗原呈现细胞(apc)、嗜酸性粒细胞、经活化的cd4+t细胞及细胞因子表现的th2细胞的浸润。

制备测试配制物以用于基于klh的迟发型超敏反应模型。迟发型超敏反应(dth)模型提供活体内机制以研究细胞介导的免疫应答，并在暴露于小鼠已经致敏的特异性抗原后，引起炎症。已使用dth模型的几种变化且它们为本领域中熟知(irvingc.allen(编).mousemodelsofinnateimmunity:methodsandprotocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],methodsinmolecularbiology.[分子生物学方法],第1031卷,doi10.1007/978-1-62703-481-4_13,springerscience+businessmedia,llc[施普林格科学与商业媒体公司]2013)。例如，匙孔血蓝蛋白(klh)及完全弗氏佐剂(cfa)的乳化液是在免疫当天(第0天)新鲜制备。为此，将8mgklh粉末称重并完全重悬浮于16ml生理盐水中。乳化液是通过使用注射器及鲁尔锁连接器(luerlockconnector)混合klh/生理盐水及等体积的cfa溶液(例如，10mlklh/生理盐水+10mlcfa溶液)进行制备。将klh及cfa用力混合几分钟以形成白色乳化液以获得最大稳定性。进行滴落测试以检查是否获得均质乳化液，继续混合直至在水中可见完整液滴。

在第0天，c57bl/6j雌性小鼠(约7周龄)是用含于cfa中的klh抗原通过皮下免疫(4个位置，每个位置50μl)引发。

地塞米松(皮质类固醇)是已知抗炎剂，其改善小鼠中的dth反应，并充当阳性对照用于在此模型中抑制炎症(taube及carlsten,actionofdexamethasoneinthesuppressionofdelayed-typehypersensitivityinreconstitutedscidmice.[地塞米松在抑制scid小鼠迟发型超敏反应中的作用]inflammres.[炎症研究]2000.49(10):548-52)。就阳性对照组而言，通过将6.8mg地塞米松稀释于400μl96％乙醇中制备地塞米松的17mg/ml储备溶液。就给药的每天而言，通过将储备溶液100x稀释于无菌pbs中以在隔膜小瓶中获得0.17mg/ml的最终浓度制备用于腹膜内给药的工作溶液。经地塞米松治疗的小鼠i.p.接受100μl地塞米松(5ml/kg的0.17mg/ml溶液)。冷冻蔗糖充当阴性对照(媒剂)。细菌以1x10^10cfu/ml的100ul细菌细胞每日口服给药。地塞米松(阳性对照)、媒剂(阴性对照)及细菌的细菌菌株是每天给药。

在第8天，用于生理盐水(以10μl的体积)中的10μgklh皮内(i.d.)激发小鼠的右耳，使用对照激发左耳。炎症反应是使用本领域中已知的方法进行量测。耳廓厚度是在抗原激发后的48小时进行量测。

细菌的功效可使用不同时序及不同剂量进行进一步研究。例如，使用含表中细菌菌株的细菌组合物的治疗可在某一时间点(在引发的时间附近或在dth激发的时间附近)下开始。例如，细菌(每只小鼠每天1x10⁹cfu)可在皮下注射(第0天)时同时施用，或在皮内注射之前或在皮内注射后施用。细菌组合物是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的范围静脉内注射细菌组合物。虽然一些小鼠将通过i.v.注射接受细菌，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲、局部施用、皮内(i.d.)注射或其他施用方式接受细菌。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受细菌，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与表1所列的细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株(例如表1所列的细菌的菌株)施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株(例如表1所列的细菌的菌株)一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、局部施用或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用抗炎剂(例如，抗cd154(tnf家族的成员的阻滞剂)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

在co2/o2麻醉下，可从眼眶丛放血然后在第10天进行颈脱位处死研究动物。对于血清制备，在离心之前使血样凝结。将血清转移到干净的试管中，每只动物的血清放在单独的试管中。放血后，将所有动物的两只耳(每只耳朵放在一个单独的小瓶中)、脾、肠系膜淋巴结(mln)、整个小肠和结肠收集在冷冻管中，速冻并在<-70℃下保存。

组织可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。

实例2：评价测试制品在c57bl/6小鼠中对dss诱导的结肠炎的调节作用

葡聚糖硫酸钠(dss)诱导的结肠炎是经充分研究的结肠炎动物模型，如由randhawa等人，(areviewonchemical-inducedinflammatoryboweldiseasemodelsinrodents.[化学诱导的啮齿类动物炎性肠病模型综述]koreanjphysiolpharmacol.[韩国生理学和药理学杂志]2014.18(4):279-288；还参见chassaing等人，dextransulfatesodium(dss)-inducedcolitisinmice.[硫酸葡聚糖钠(dss)诱导的小鼠结肠炎]currprotocimmunol.[免疫学实验指南]2014年2月4日；104:15.25单元)。在此模型中，用饮用水中的dss处理小鼠，导致腹泻和体重减轻。

如本领域中已知，各组小鼠是用dss处理以诱导结肠炎(randhawa等人，2014；chassaing等人，2014；还参见kim等人，investigatingintestinalinflammationindss-inducedmodelofibd.[在dss诱导的ibd模型中调查肠道炎症]jvisexp.[可视实验杂志]2012.60:3678)。例如，通过从第0天到第5天暴露于3％dss处理的饮用水来诱发小鼠结肠炎。一组没有接受dss，而是作为未经治疗的对照。给予动物蔗糖媒剂(阴性对照)、细菌菌株(每只小鼠每天1x10⁹cfu)、或抗p40阳性对照(在第0、3、7和10天i.p.施用)。每天对所有动物称重。

在其他研究中，含细菌菌株(例如表1所列的细菌的菌株)的细菌组合物的治疗是在某一时间点(在dss施用的第1天，或在之后的某一时刻)开始。例如，细菌菌株a可在dss开始(第1天)时同时施用，或可将它们在出现疾病的第一迹象(例如，体重减轻或腹泻)后施用，或在严重的结肠炎的整个阶段期间施用。每天观察小鼠的重量、发病率、存活、腹泻和/或血便的存在。

细菌菌株以不同的剂量、不同的间隔和/或不同的施用途径施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的剂量静脉内注射细菌菌株。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

可测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎剂)在dss诱导的结肠炎的小鼠模型中的功效。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用额外的抗炎剂(例如，抗cd154(tnf家族的成员的阻滞剂)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些小鼠接受dss而未预先接受抗生素。

在各种时间点下，使用小动物内窥镜(卡尔史托斯公司(karlstorzendoskipe)德国)在异氟烷麻醉下使小鼠经历视讯内窥镜检查。记录静止影像及视讯以评估结肠炎的程度及对治疗的反应。使用本领域中已知的标准对结肠炎进行评分。收集粪便材料用于研究。

可移除胃肠(gi)道、淋巴结和/或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，获取组织且可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+gi道-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物再激发。分析小鼠在再激发后对结肠炎的易感性。

处死后，可从所有动物收集结肠、小肠、脾和肠系膜淋巴结，并收集血液用于分析。

实例3：实验性自身免疫性脑脊髓炎(eae)的小鼠模型

eae是经充分研究的多发性硬化动物模型，如由constantinescu等人评审(experimentalautoimmuneencephalomyelitis(eae)asamodelformultiplesclerosis(ms).[实验性自身免疫性脑脊髓炎(eae)作为多发性硬化(ms)的模型]brjpharmacol.[英国药理学杂志]2011年10月；164(4):1079-1106)。其可使用不同髓磷脂相关肽，通过经活化的致脑炎t细胞的过继转移，或使用易受eae影响的tcr转基因小鼠在各种小鼠及大鼠品系中诱导，如于mangalam等人(twodiscreetsubsetsofcd8+tcellsmodulateplp91-110inducedexperimentalautoimmuneencephalomyelitisinhla-dr3transgenicmice[cd8+t细胞的两个离散亚群调节hla-dr3转基因小鼠中plp91-110诱导的实验性自身免疫性脑脊髓炎].jautoimmun.[自身免疫性杂志]2012年6月；38(4):344-353)中讨论。

测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在eae的啮齿动物模型中的功效。例如，雌性6至8周龄c57bl/6小鼠获得自taconic(日耳曼敦，纽约州)。对各组小鼠的背部两个位置(上方及下方)施用两次皮下(s.c.)注射0.1ml髓磷脂少突胶质细胞糖蛋白35-55(mog35-55；每次注射100μg；每只小鼠200μg(每只小鼠总计0.2ml))，其乳化于完全弗氏佐剂中(cfa；2-5mg经杀灭的结核分枝杆菌h37ra/ml乳剂)。在上文发生后约1至2小时，对小鼠腹膜内(i.p.)注射含于0.1mlpbs(2μg/ml)中的200ng百日咳毒素(ptx)。ptx的额外ip注射是在第2天施用。可替代地，使用适当量的代替髓磷脂肽(例如，蛋白脂质蛋白(plp))以诱导eae。一些动物充当未经治疗的对照(control)。评估eae严重程度并自第4天开始根据本领域中已知的方法每天分配残疾分数(mangalam等人，2012)。

使用含细菌菌株的细菌组合物的治疗是在某一时间点(在免疫的时间附近或在eae免疫之后)开始。例如，含细菌菌株的细菌组合物可在免疫(第1天)时同时施用，或可将它们在出现残疾的第一迹象(例如，跛尾)后施用，或在严重的eae期间施用。含细菌菌株的细菌组合物是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠静脉内注射有效剂量的细菌菌株。例如，小鼠可以接受每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株(例如表1所列的细菌的菌株)一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点及有效剂量下，用额外抗炎剂或eae治疗剂(例如，抗cd154(tnf家族的成员的阻滞剂)、维生素d或其他治疗)和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

在各种时间点下，将小鼠处死并可移除发炎的位置(例如，脑及脊髓)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或在离体获得的经纯化的cd45+中枢神经系统(cns)-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物(例如，经活化的致脑炎t细胞或eae诱导肽的回注)再激发。分析小鼠在再激发后对疾病及eae严重程度的易感性。

实例4：胶原诱导的关节炎(cia)的小鼠模型

胶原诱导的关节炎(cia)是常用以研究类风湿性关节炎(ra)的动物模型，如由caplazi等人,(mousemodelsofrheumatoidarthritis.[类风湿关节炎的小鼠模型]veterinarypathology.[兽医病理学]2015年9月1日.52(5):819-826)描述(还参见brand等人,collagen-inducedarthritis.[胶原诱导的关节炎]natureprotocols.[自然实验手册]2007.2:1269-1275；pietrosimone等人,collagen-inducedarthritis:amodelformurineautoimmunearthritis.[胶原诱导的关节炎：小鼠自身免疫性关节炎的模型]bioprotoc.[生物实验手册]2015年10月20日；5(20):e1626)。

在cia啮齿动物模型的其他形式中，一种模型涉及用鸡ii型胶原蛋白对hla-dq8tg小鼠进行免疫接种，如taneja等人所述(j.immunology.[免疫学杂志]2007.56:69-78；还参见taneja等人j.immunology[免疫学杂志]2008.181:2869-2877；及taneja等人arthritisrheum.[关节炎与风湿病],2007.56:69-78)。鸡cii的纯化已由taneja等人描述(arthritisrheum.[关节炎与风湿病],2007.56:69-78)。监测小鼠在免疫后的cia疾病发作及进展，及评估疾病的严重程度并如由wooley,j.exp.med.[实验医学杂志]1981.154:688-700描述进行“评级”。

针对cia诱导使小鼠免疫并将小鼠分为各种治疗组。测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在cia中的功效。

使用含细菌菌株的细菌组合物的治疗是在用胶原免疫的时间附近或在免疫之后开始。例如，在一些组中，细菌菌株可在免疫(第1天)的同时施用，或细菌菌株可在出现残疾的第一迹象后施用，或在严重症状发作后施用。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。

例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的剂量静脉内注射细菌菌株。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但其他组的小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、皮下(s.c.)注射、皮内(i.d.)注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点及有效剂量下，用额外抗炎剂或cia治疗剂(例如，抗cd154(tnf家族的成员的阻滞剂)、维生素d或其他治疗)和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

在各种时间点下，获得血清样本以使用标准elisa评估抗小鸡及抗小鼠ciiigg抗体的浓度(batsalova等人，comparativeanalysisofcollagentypeii-specificimmuneresponsesduringdevelopmentofcollagen-inducedarthritisintwob10mousestrains.[两种b10小鼠品系胶原诱导的关节炎发展过程中ii型胶原特异性免疫应答的比较分析]arthritisresther.[关节炎研究与治疗]2012.14(6):r237)。同样地，将一些小鼠处死且可移除发炎的位置(例如，滑膜)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。使用本领域中已知的技术分析滑膜及滑液中的浆细胞浸润及抗体的存在。另外，使用解离酶根据制造商的使用说明解离组织以检查细胞浸润物的概况。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+滑膜-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物(例如，cia诱导的肽的活化回注)再激发。分析小鼠在再激发后对疾病及cia严重程度的易感性。

实例5：1型糖尿病(t1d)的小鼠模型

1型糖尿病(t1d)是一种自身免疫性疾病，其中免疫系统靶向胰脏的胰岛，藉此破坏身体产生胰岛素的能力。

存在t1d的动物模型的各种模型，如由belle等人,(mousemodelsfortype1diabetes.[1型糖尿病的小鼠模型]drugdiscovtodaydismodels.[今日药物发现：疾病模型]2009；6(2):41-45；还参见aileenjfking.theuseofanimalmodelsindiabetesresearch.[动物模型在糖尿病研究中的应用]brjpharmacol.[英国药理学杂志]2012年6月；166(3):877-894。存在用于化学诱导的t1d、病原体诱导的t1d的模型及其中小鼠自发发展t1d的模型。

测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在t1d的小鼠模型中的功效。

取决于t1d诱导的方法和/或t1d发展是否为自发性的，细菌菌株的治疗是在某一时间点(在诱导的时间附近或在诱导后，或在自发出现t1d发作之前(或发作后))下开始。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的剂量静脉内注射细菌菌株。其他小鼠可接受25、50或100mg的细菌菌株/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用额外的治疗和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

血糖是在实验开始前两周一次进行监测。在此后的各种时间点下，量测非空腹血糖。在各种时间点下，将小鼠处死且可移除胰脏、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的组织-浸润性免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。抗体产生也可通过elisa进行评估。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可用疾病触发物再激发，或针对复发的易感性进行评估。分析小鼠在再激发(或自发出现复发)对糖尿病发作及严重程度的易感性。

实例6：原发性硬化性胆管炎(psc)的小鼠模型

原发性硬化性胆管炎(psc)是缓慢损害胆管并导致末期肝硬化的慢性肝疾病。它与炎性肠病(ibd)相关。

存在用于psc的各种动物模型，如由fickert等人，(characterizationofanimalmodelsforprimarysclerosingcholangitis(psc).[原发性硬化性胆管炎(psc)动物模型的表征]jhepatol.[肝病学杂志]2014年6月60(6):1290-1303；还参见pollheimer及fickert.animalmodelsinprimarybiliarycirrhosisandprimarysclerosingcholangitis.[原发性胆汁性肝硬化和原发性硬化性胆管炎的动物模型]clinrevallergyimmunol.[过敏与免疫学临床评论]2015年6月48(2-3):207-17)。psc模型中疾病的诱导包括化学诱导(例如，3,5-二乙氧基羰基-1,4-二氢可力丁(ddc)诱导的胆管炎)、病原体诱导(例如，小球隐孢子虫)、实验性胆管梗阻(例如，胆总管结扎术(cbdl))及抗原驱动的胆管损伤的转基因小鼠模型(例如，ova-bil转基因小鼠)。例如，胆管结扎术是如由georgiev等人，(characterizationoftime-relatedchangesafterexperimentalbileductligation.[实验性胆管结扎后与时间相关的变化]brjsurg.[英国外科学杂志]2008.95(5):646-56)描述进行，或疾病是通过dcc暴露如由fickert等人，(anewxenobiotic-inducedmousemodelofsclerosingcholangitisandbiliaryfibrosis.[一种新的异种生物诱导的硬化性胆管炎和胆汁纤维化小鼠模型]amjpath.[美国病理学杂志]，第171(2)卷:525-536描述诱导。

测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加某一其他治疗剂)在psc的小鼠模型中的功效。

dcc诱导的胆管炎

例如，6至8周龄c57bl/6小鼠获得自taconic或其他供货商。给小鼠喂食0.1％dcc补充饮食，持续各种持续时间。一些组接受dcc补充食物，历时1周，其他历时4周，其他历时8周。一些组的小鼠可在一段时间内接受dcc补充饮食及然后容许恢复，此后接受正常饮食。可研究这类小鼠自疾病恢复的能力和/或它们的一经后续暴露于dcc则复发的易感性。使用细菌菌株的治疗是在某一时间点(在dcc喂养的时间附近或在开始暴露于dcc之后)开始。例如，细菌菌株可在第1天施用，或可将它们在此后的某一时刻施用。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的范围静脉内注射细菌菌株。其他小鼠可接受25、50、100mg的细菌菌株/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取，及施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用额外的药剂和/或适当的对照(例如，媒剂或抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。在各种时间点下，分析血清样本中的alt、ap、胆红素及血清胆汁酸(ba)浓度。

在各种时间点下，将小鼠处死，记录体重及肝重量，且移除发炎的位置(例如，肝、小肠及大肠、脾脏)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织形态学表征、细胞因子和/或流式细胞术分析(参见，fickert等人，characterizationofanimalmodelsforprimarysclerosingcholangitis(psc)).[原发性硬化性胆管炎(psc)动物模型的表征]jhepatol.[肝病学杂志]2014.60(6):1290-1303)。例如，染色胆管以表现icam-1、vcam-1、madcam-1。一些组织是经染色用于组织学检查，而其他组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)，及黏附分子表现(icam-1、vcam-1、madcam-1)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+胆管-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。

制备肝组织以用于组织学分析，例如，使用天狼星红染色，接着对纤维化区域定量。在治疗结束时，收集血液用于肝酶(例如，ast或alt)的血浆分析，及用以测定胆红素浓度。羟脯胺酸的肝含量可使用预定方案量测。炎症及纤维化标志物的肝基因表现分析可通过qrt-pcr使用经验证的引子进行。这类标志物可包括但不限于mcp-1、α-sma、coll1a1及timp-。血浆、组织及粪便样本中的代谢物量测可使用预定代谢组学方法进行。最后，对肝切片进行免疫组织化学以量测中性粒细胞、t细胞、巨噬细胞、树突细胞或其他免疫细胞浸润物。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可稍后用dcc再激发。分析小鼠在再激发后对胆管炎及胆管炎严重程度的易感性。

bdl诱导的胆管炎

可替代地，测试含细菌菌株的细菌组合物在bdl诱导的胆管炎中的功效。例如，6至8周龄c57bl/6j小鼠获得自taconic或其他供货商。在适应期后，使这些小鼠经受手术程序以进行胆管结扎术(bdl)。一些对照动物接受假手术。bdl程序在7至21天内导致肝损伤、炎症及纤维化。

使用细菌菌株的治疗是在某一时间点(在手术的时间附近或在手术后的某一时刻)下开始。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的范围静脉内注射细菌菌株。其他小鼠可接受25、50或100mg的细菌菌株/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过i.p.注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取，及施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用额外的药剂和/或适当的对照(例如，媒剂或抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。在各种时间点下，分析血清样本中的alt、ap、胆红素及血清胆汁酸(ba)浓度。

在各种时间点下，将小鼠处死，记录体重及肝重量，且移除发炎的位置(例如，肝、小肠及大肠、脾脏)、淋巴结或其他组织以使用本领域中已知的方法进行离体组织形态学表征、细胞因子和/或流式细胞术分析(参见，fickert等人，characterizationofanimalmodelsforprimarysclerosingcholangitis(psc)).[原发性硬化性胆管炎(psc)动物模型的表征]jhepatol.[肝病学杂志]2014.60(6):1290-1303)。例如，染色胆管以表现icam-1、vcam-1、madcam-1。一些组织是经染色用于组织学检查，而其他组织是使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)，及黏附分子表现(icam-1、vcam-1、madcam-1)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+胆管-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。

制备肝组织以用于组织学分析，例如，使用天狼星红染色，接着对纤维化区域定量。在治疗结束时，收集血液用于肝酶(例如，ast或alt)的血浆分析，及用以测定胆红素浓度。羟脯胺酸的肝含量可使用预定方案量测。炎症及纤维化标志物的肝基因表现分析可通过qrt-pcr使用经验证的引子进行。这类标志物可包括但不限于mcp-1、α-sma、coll1a1及timp-。血浆、组织及粪便样本中的代谢物量测可使用预定代谢组学方法进行。最后，对肝切片进行免疫组织化学以量测中性粒细胞、t细胞、巨噬细胞、树突细胞或其他免疫细胞浸润物。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可针对恢复进行分析。

实例7：非酒精性脂肪性肝炎(nash)的小鼠模型

非酒精性脂肪性肝炎(nash)是非酒精性脂肪性肝病(nafld)的严重形式，其中肝脂肪(脂肪变性)及炎症的逐步发展导致肝损伤及肝细胞细胞死亡(鼓胀)。

存在不同nash动物模型，如ibrahim等人综述(animalmodelsofnonalcoholicsteatohepatitis:eat,delete,andinflame.[非酒精性脂肪性肝炎的动物模型：进食，删除和发炎]digdissci.[消化疾病与科学]2016年5月.61(5):1325-1336；还参见lau等人,animalmodelsofnon-alcoholicfattyliverdisease:currentperspectivesandrecentadvances[非酒精性脂肪肝疾病的动物模型：当前观点和最新进展]2017年1月241(1):36-44)。

测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加另一治疗剂)在nash的小鼠模型中的功效。例如，将8至10周龄c57bl/6j小鼠(获得自taconic(纽约州日耳曼敦(germantown,ny))或其他供货商)放置于缺乏甲硫胺酸胆碱(mcd)的饮食上，历时4至8周的周期，在此期间nash特征发展，包括脂肪变性、炎症、鼓胀及纤维化。

使用细菌菌株的治疗是在某一时间点(在饮食开始时，或在饮食开始后的某一时刻(例如，一周后))开始。例如，细菌菌株可在开始mcd饮食的同一天施用。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的剂量静脉内注射细菌菌株。其他小鼠可接受25、50或100mg的细菌菌株/小鼠。虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径施用。一些组的小鼠可在各种时间点及有效剂量下，用额外的nash治疗剂(例如，fxr激动剂、ppar激动剂、ccr2/5拮抗剂或其他治疗)和/或适当的对照进行处理。

在各种时间点下和/或在治疗结束时，将小鼠处死并可移除肝、肠、血液、排泄物或其他组织用于使用本领域中已知的方法进行离体组织学、生物化学、分子或细胞因子和/或流式细胞术分析。例如，称重并制备肝组织用于组织学分析，其可包含用h&e、天狼星红染色，及测定nash活动分数(nas)。在各种时间点下，收集血液用于肝酶(例如，ast或alt)的血浆分析，使用标准分析。另外，胆固醇、三酸甘油酯或脂肪酸的肝含量可使用预定方案进行量测。炎症、纤维化、脂肪变性、er压力或氧化压力标志物的肝基因表现分析可通过qrt-pcr使用经验证的引子进行。这类标志物可包括但不限于il-6、mcp-1、α-sma、coll1a1、chop及nrf2。血浆、组织及粪便样本中的代谢物量测可使用预定的基于生物化学及质谱的代谢组学方法进行。分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+胆管-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对肝或肠切片进行免疫组织化学以量测中性粒细胞、t细胞、巨噬细胞、树突细胞或其他免疫细胞浸润物。

为检查疾病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可针对恢复进行分析。

实例8：银屑病的小鼠模型

银屑病是t细胞介导的慢性炎症皮肤疾病。所谓的“斑块型”银屑病是银屑病的最常见形式且特征是干鳞、红色斑块、及皮肤因免疫细胞浸润至真皮及表皮内而增厚。数种动物模型有助于了解此疾病，如由gudjonsson等人，(mousemodelsofpsoriasis.[银屑病的小鼠模型]jinvestderm.[皮肤病学研究杂志]2007.127:1292-1308；还参见vanderfits等人，imiquimod-inducedpsoriasis-likeskininflammationinmiceismediatedviatheil-23/il-17axis.[咪喹莫特诱导的小鼠银屑病样皮肤炎症是通过il-23/il-17轴介导的]j.immunol.[免疫学杂志]2009年5月1日.182(9):5836-45)。

银屑病可于各种小鼠模型中诱导，包括那些使用转基因、敲除或异种移植模型，并局部施用咪喹莫特(imq)(一种tlr7/8配体)模型。

测试含细菌菌株的细菌组合物(单独或与完整细菌细胞组合，添加或未添加其他抗炎治疗)在银屑病的小鼠模型中的功效。例如，6至8周龄c57bl/6或balb/c小鼠获得自taconic(日耳曼敦，纽约州)或其他供货商。将小鼠的背部及右耳剃光。各组小鼠接受每天62.5mg局部剂量的市售imq乳膏(5％)(咪喹莫特(aldara)；3m药物公司(3mpharmaceuticals))。将该剂量施用至经剃毛的区域，历时连续5或6天。每隔一定时间，对小鼠的红斑、结垢及增厚按自0至4的标度进行评分，如由derfits等人，(2009)描述。使用mitutoyo千分尺监测小鼠的耳厚度。

使用细菌菌株的治疗是在某一时间点(在第一次施用imq的时间附近，或之后的某一时刻)开始。例如，细菌菌株可在皮下注射(第0天)的同时施用，或可将它们在施用之前或在施用后施用。细菌菌株是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用。例如，对一些小鼠以每只小鼠1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞的剂量静脉内注射细菌菌株。其他小鼠可接受25、50或100mg的细菌菌株/小鼠。虽然一些小鼠将通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、鼻途径施用、经口强饲、局部施用、皮内(i.d.)注射、皮下(s.c.)注射或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。额外组的小鼠可接受一定比率的细菌细胞与细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。

例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射、i.d.注射、s.c.注射、局部施用或鼻途径施用。

一些组的小鼠可在各种时间点下及在有效剂量下，用抗炎剂(例如，抗cd154(tnf家族的成员的阻滞剂)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。

另外，在治疗之前使用抗生素治疗一些小鼠。例如，将万古霉素(0.5g/l)、氨苄西林(1.0g/l)、庆大霉素(1.0g/l)及两性霉素b(0.2g/l)添加至饮用水中，且在治疗时或在治疗之前数天停止抗生素治疗。一些免疫小鼠是经治疗而不接受抗生素。

在各种时间点下，采集来自背部及耳朵皮肤的样本用于使用本领域中已知的方法进行冰冻切片染色分析。将其他组的小鼠处死且可移除淋巴结、脾脏、肠系膜淋巴结(mln)、小肠、结肠及其他组织用以使用本领域中已知的方法进行组织学研究、离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。一些组织可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。冰冻切片样本、组织样本或离体获得的细胞是经染色用于通过流式细胞术使用本领域中已知的技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突状细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、roryt、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45+皮肤-浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表现。

为检查银屑病保护的影响及寿命，一些小鼠不被处死而是可经研究以评估恢复，或可将它们用imq再激发。分析经再激发的小鼠对银屑病及反应的严重程度的易感性。

实例9：小鼠肿瘤模型

癌症的小鼠模型是通过皮下注射肿瘤细胞系或患者衍生的肿瘤样本并容许将其移植至6至8周龄的c57bl/6雌性小鼠内而产生。使用数种肿瘤细胞系重复本文提供的方法，这些肿瘤细胞系包括：b16-f10或b16-f10-siy细胞(作为黑色素瘤的原位模型)；panc02细胞(作为胰腺癌的原位模型)，以1x10⁶个细胞的浓度注射于右胁腹内(maletzki等人，2008.gut[内脏]57:483-491)；llc1细胞(作为肺癌的原位模型)；ct-26(作为结直肠癌的原位模型)及rm-1(作为前列腺癌的原位模型)。作为一项实例，本文深入提供用于b16-f10模型的方法。

使用具有极高转移频率的自发性黑色素瘤的同基因小鼠模型以测试细菌减少肿瘤生长及转移的扩散的能力。小鼠黑色素瘤细胞系b16-f10获得自atcc。将细胞作为单层在37℃及5％co2/空气的气氛下活体外培养于rpmi培养基中，该rpmi培养基用10％热灭活的胎牛血清及1％青霉素/链霉素补充。指数生长的肿瘤细胞是通过胰蛋白酶化获取，用冷1xpbs清洗三次，并制备5e6个细胞/ml的悬浮液用于施用。此实验使用雌性c57bl/6小鼠。这些小鼠是6至8周龄且重约16至20g。就肿瘤发展而言，于各小鼠的胁腹内皮下注射100μl的b16-f10细胞悬浮液。这些小鼠是在细胞移植之前通过克他命(ketamine)及甲苯噻嗪麻醉。实验中使用的动物可经由自第2天至第5天滴注卡那霉素(0.4mg/ml)、庆大霉素(0.035mg/ml)、黏菌素(850u/ml)、甲硝唑(0.215mg/ml)及万古霉素(0.045mg/ml)于饮用水中的混合物，并在肿瘤注射后第7天腹膜内注射克林霉素(10mg/kg)而开始抗生素治疗。

原发性胁腹肿瘤的尺寸是用卡尺每隔2至3天量测及肿瘤体积是使用下式计算：肿瘤体积＝肿瘤宽度2×肿瘤长度×0.5。在原发性肿瘤达成约100mm3后，基于动物的体重将它们分选成数组。然后，自各组随机挑选小鼠并分配至治疗组。给小鼠口服接种本文披露的细菌菌株(例如表1的细菌菌株)。每天、每周、每两周、每月、每两个月或在整个治疗周期的任何其他给药时间表经口强饲小鼠相同数量的细菌。小鼠是经iv注射于尾静脉中或直接注射于肿瘤内。可以给小鼠注射细菌或灭活细菌。小鼠可每周或每月一次注射。所有小鼠是在无特定病原体的条件下遵循经批准的方案饲养。每隔3至4天监测肿瘤尺寸、小鼠体重及体温并在b16-f10小鼠黑色素瘤细胞注射后6周内或当原发性肿瘤体积达成1000mm3时人道处死这些小鼠。每周抽血并在方案终止时在无菌条件下进行完全尸检。

可在小鼠b16-f10黑色素瘤模型中轻易地观测到癌细胞，因为其产生黑色素。遵循标准方案，收集来自淋巴结的组织样本及来自颈部及胸部区域的器官且使用下列分类规则分析微转移及巨转移的存在。若在每个淋巴结或器官中发现至少两个微转移及一个巨转移病变，则将器官归类为转移阳性。微转移是通过用苏木精-曙红遵循本领域技术人员已知的标准方案染色石蜡包埋的淋巴组织切片进行检测。转移的总数量是与原发性肿瘤的体积相关且发现肿瘤体积与肿瘤生长时间及淋巴结及内脏器官中巨转移及微转移的数量及亦与所有可见转移的总数显著相关。如先前所述鉴别出二十五个不同转移部位(bobekv.等人,syngeneiclymph-node-targetingmodelofgreenfluorescentprotein-expressinglewislungcarcinoma[表达绿色荧光蛋白的lewis肺癌的同基因淋巴结靶向模型],clin.exp.metastasis[临床与实验转移],2004；21(8):705-8)。

进一步分析肿瘤组织样本的肿瘤浸润性淋巴细胞。可通过facs(参见实例17)分离cd8+细胞毒性t细胞，且可随后使用定制p/mhci类微数组对这些细胞进行进一步分析以展现其抗原特异性(参见例如，devireng.等人,detectionofantigen-specifictcellsonp/mhcmicroarrays[在p/mhc微阵列上检测抗原特异性t细胞],j.mol.recognit.[分子识别杂志],2007年1月至2月；20(1):32-8)。cd4+t细胞可使用定制p/mhcii类微数组进行分析。

对多发性肺黑色素瘤转移的小鼠模型亦进行相同实验。小鼠黑色素瘤细胞系b16-bl6获得自atcc且细胞是如上文描述活体外培养。此实验使用雌性c57bl/6小鼠。这些小鼠是6至8周龄且重约16至20g。就肿瘤发展而言，将100μl的2e6个细胞/mlb16-bl6细胞悬浮液注射于各小鼠的尾静脉中。iv注射后植入的肿瘤细胞最终进入肺中。

9天后将小鼠人道杀死。将肺称重并分析肺表面上的肺结节的存在。经提取的肺是用费可特溶液(fekete’ssolution)漂白，该溶液因为b16细胞中的黑色素而不漂白肿瘤结节，虽然一小部分结节是无黑色素的(即，白色)。仔细计数肿瘤结节的数量以确定小鼠中的肿瘤负荷。通常，在对照组小鼠(即，pbs强饲)的肺上发现200至250个肺结节。

针对三个治疗组计算百分率肿瘤负荷。将此量测值定义为属于治疗组的小鼠的肺表面上的肺结节的平均数量除以对照组小鼠的肺表面上的肺结节的平均数量。

用h-nmr1测定代谢内容物

使用sartoriuscentrisarti过滤器(截留点10kda)对细菌调节后及肿瘤生长后的培养基及用过的培养基样本的生物三联体进行脱蛋白。在使用之前，该过滤器是通过水离心清洗两次以移除甘油并将少量体积(20μl)于d2o中的20.2mm三甲基甲硅烷基-2,2,3,3-四氘化丙酸(tsp，钠盐)添加至700ul超滤液，提供化学位移参照(0.00ppm)及氘锁信号。将650μl样本放置于5mmnmr管中。单脉冲1h-nmr光谱(500mhz)是于brukerdmx-500分光仪或堪比如先前描述的仪器上获得(由engelke等人，2006nmrspectroscopicstudiesonthelateonsetformof3-methylutaconicaciduriatypeiandotherdefectsinleucinemetabolism.[核磁共振波谱学研究i型3-甲基乌头酸尿症的晚期发作形式和亮氨酸代谢中的其他缺陷]nmrbiomed.[生物医学中的核磁共振]19:271-278)。手动校正相位及基线。将所有光谱缩放至tsp并使代谢物信号与洛兰兹线形半自动拟合。用过的培养基中的代谢物浓度是相对于标准培养基中的已知浓度计算并以mm的单位相应地表示。特定代谢物的浓度是通过在1.04ppm下或在适当的标准下，相应峰的面积相对于缬胺酸双峰的面积进行计算。

用lcms测定代谢内容物

样本的代谢内容物是使用液体色谱法与质谱法的组合确定。存在测定各种样本的代谢内容物且为本领域技术人员已知的各种技术，这些技术涉及溶剂萃取、层析分离及耦合至质量测定的各种电离技术(roberts等人，2012targetedmetabolomics.[靶向代谢组学]currprotocmolbiol.[当代分子生物学方案]30:1-24；dettmer等人2007,massspectrometry-basedmetabolomics.[基于质谱的代谢组学]massspectromrev.[质谱综述]26(1):51-78)。作为一项非限制性实例，lc-ms系统包括与1100系列泵(安捷伦公司(agilent))及htspal自动进样器(leaptechnologies)组合的4000qtrap三重四级杆质谱仪(absciex)。培养基样本或其他复杂代谢混合物(约10μl)是使用九体积的含有稳定的同位素标记内标物(缬胺酸-d8，isotec；及苯丙胺酸-d8，剑桥同位素实验室(cambridgeisotopelaboratories))的74.9:24.9:0.2(v/v/v)乙腈/甲醇/甲酸进行萃取。标准物可取决于受关注的代谢物进行调整或修饰。样本是经离心(10分钟，9,000g，4℃)，及上清液(10μl)是通过将溶液注射于hilic管柱(150×2.1mm,3μm粒度)上而呈递至lcms。管柱通过使5％流动相[10mm甲酸铵，0.1％甲酸于水中]以250μl/分钟的速率流动1分钟，接着线性梯度历时10分钟至40％流动相的溶液[具有0.1％甲酸的乙腈]进行溶离。将离子喷雾电压设定至4.5kv及源温度是450℃。

数据是使用市售软件(如来自absciex的multiquant1.2)进行分析以用于质谱峰积分。受关注的峰手动控制并与标准进行比较来证实该峰的同一性。用适当的标准物进行定量以确定在细菌调节后及在肿瘤细胞生长后，初始培养基中存在的代谢物的量。

呈递肿瘤活检及血液样本用于经由本文所述的lcms技术的代谢分析。测试组之间的氨基酸、糖、乳酸盐及其他代谢物的不同浓度证实微生物组合物破坏肿瘤代谢状态的能力。

rna测序以确定作用机制

树突细胞纯化自肿瘤、伊尔氏斑(peyerspatch)及肠系膜淋巴结，如实例12中描述。进行rnaseq分析并根据本领域技术人员已知的标准技术进行分析(z.hou.scientificreports.[科技报告]5(9570):doi:10.1038/srep09570(2015))。在该分析中，特别关注先天性发炎通路基因，它们包括tlr、clr、nlr及sting、细胞因子、趋化因子、抗原处理及呈递通路、交叉呈递及t细胞共刺激。

实例10：施用细菌与pd-1或pd-l1抑制的组合以治疗同基因小鼠肿瘤模型

为了测定本文披露的细菌菌株在同基因肿瘤小鼠模型中的功效，使用结直肠癌(ct-26)或其他癌症模型。简言之，在37℃下在含5％co2的空气氛围中在补充有10％热不活化胎牛血清的rpmi-1640或dmem中以单层形式活体外培养ct-26(目录号crl-2638)肿瘤细胞。收集指数生长的细胞且在肿瘤接种之前进行计数。将6至8周龄雌性balb/c小鼠用于此实验。对于肿瘤发展，在一个或两个背侧腹处用于0.1ml1×pbs中的5×10⁵个ct-26肿瘤细胞对各小鼠进行皮下注射。一些小鼠可接受抗生素预处理。每周至少三次在非连续日监测肿瘤尺寸及小鼠重量。

测试细菌菌株在小鼠肿瘤模型中的功效，该测试在存在或不存在抗pd-1或抗pd-l1下进行。在不同时间点且以不同剂量施用细菌细胞和/或抗pd-1或抗pd-l1。例如，在肿瘤注射之后第10天或肿瘤体积达至100mm³之后，用单独或与抗pd-1或抗pd-l1组合的细菌菌株处理小鼠。

虽然一些小鼠通过i.v.注射接受细菌菌株，但另一些小鼠可通过腹膜内(i.p.)注射、皮下(s.c.)注射、鼻途径施用、经口强饲或其他施用方式接受细菌菌株。一些小鼠可每天(例如，起始自第1天)接受细菌菌株，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受细菌菌株。这些细菌细胞可以是活的、死的或弱的。这些细菌细胞可新鲜(或冷冻)获取并施用，或可将它们在施用前经辐射或热灭活。例如，一些组的小鼠可以与细菌菌株施用分开或组合的施用接受1x10⁴至5x10⁹个细菌细胞。如与细菌菌株一起施用，则细菌细胞施用可通过施用途径、剂量及给药方案改变。此可包括经口强饲、i.v.注射、i.p.注射或鼻途径注射。一些组的小鼠亦可注射有效剂量的检查点抑制剂。例如，小鼠接受于100μlpbs中的100μg抗pd-l1mab(克隆10f.9g2,欣博盛公司(bioxcell))或另一抗pd-1或抗pd-l1mab，及一些小鼠接受媒剂和/或其他适当的对照(例如，对照抗体)。在初始注射后的第3、6及9天，对小鼠注射mab。为评估检查点抑制及细菌菌株免疫疗法是否具有额外的抗肿瘤效应，将接受抗pd-1或抗pd-l1mab的对照小鼠计入标准对照组。评估原发性(肿瘤尺寸)及继发性(肿瘤浸润性淋巴细胞及细胞因子分析)端点，及一些组的小鼠是经后续肿瘤细胞接种再激发以评估治疗对记忆反应的影响。

实例11：经口施用的活泼瘤胃球菌菌株抑制结直肠癌肿瘤生长

从taconic(纽约州日耳曼敦(germantown,ny))获得雌性6-8周龄balb/c小鼠。将100,000个ct-26结肠直肠肿瘤细胞(atcccrl-2638)再悬浮于无菌pbs中并在50％基质胶(matrigel)存在下接种。将ct-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)抗pd-1抗体；及3)活泼瘤胃球菌。以200ug/小鼠(100μl最终体积)自第1天开始每4天经腹膜内(i.p.)施用抗体，且自第1天开始每天通过经口强饲(p.o.)施用活泼瘤胃球菌细菌(6.7x10⁸)直至结束研究为止。活泼瘤胃球菌组显示肿瘤生长抑制堪比抗pd-1组中可见的肿瘤生长抑制(图1、2、3及4)。

测试了组合疗法的作用，该组合疗法包括同时施用活泼瘤胃球菌和抗pd-1抗体。从taconic(纽约州日耳曼敦(germantown,ny))获得雌性6-8周龄balb/c小鼠。将100,000个ct-26结肠直肠肿瘤细胞(atcccrl-2638)再悬浮于无菌pbs中并在50％基质胶(matrigel)存在下接种。将ct-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)抗pd-1抗体；及3)活泼瘤胃球菌和抗pd-1抗体。以200ug/小鼠(100μl最终体积)自第1天开始每4天经腹膜内(i.p.)施用抗体，且自第1天开始每天通过经口强饲(p.o.)施用活泼瘤胃球菌细菌(6.7x10⁸)直至结束研究为止。活泼瘤胃球菌组显示肿瘤生长抑制堪比抗pd-1组中可见的肿瘤生长抑制(图5及6)。

实例12：经口施用的纳西利斯泰泽菌菌株抑制结直肠癌肿瘤生长

从taconic(纽约州日耳曼敦(germantown,ny))获得雌性6-8周龄balb/c小鼠。将100,000个ct-26结肠直肠肿瘤细胞(atcccrl-2638)再悬浮于无菌pbs中并在50％基质胶(matrigel)存在下接种。将ct-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)抗pd-1抗体；及3)纳西利斯泰泽菌。以200ug/小鼠(100μl最终体积)自第1天开始每4天经腹膜内(i.p.)施用抗体，且自第1天开始每天通过经口强饲(p.o.)施用纳西利斯泰泽菌细菌(6.7x10⁸)直至结束研究为止。纳西利斯泰泽菌组显示肿瘤生长抑制堪比抗pd-1组中可见的肿瘤生长抑制(图7)。

测试了组合疗法的作用，该组合疗法包括同时施用纳西利斯泰泽菌和抗pd-1抗体。从taconic(纽约州日耳曼敦(germantown,ny))获得雌性6-8周龄balb/c小鼠。将100,000个ct-26结肠直肠肿瘤细胞(atcccrl-2638)再悬浮于无菌pbs中并在50％基质胶(matrigel)存在下接种。将ct-26肿瘤细胞经皮下注射至每只小鼠的一个后侧腹中。在肿瘤体积平均达到100mm³时(在肿瘤细胞接种后大约10-12天)，将动物分配至下列各组中：1)媒剂；2)抗pd-1抗体；及3)纳西利斯泰泽菌和抗pd-1抗体。以200ug/小鼠(100μl最终体积)自第1天开始每4天经腹膜内(i.p.)施用抗体，且自第1天开始每天通过经口强饲(p.o.)施用纳西利斯泰泽菌细菌(6.7x10⁸)直至结束研究为止。纳西利斯泰泽菌组显示肿瘤生长抑制堪比抗pd-1组中可见的肿瘤生长抑制。

实例13：制造条件

使用经富集的培养基以使细菌生长并制备细菌用于活体外及活体内用途。例如，培养基可含有糖、酵母提取物、基于植物的蛋白胨、缓冲液、盐、微量元素、表面活性剂、消泡剂及维生素。复杂组分(如酵母提取物及蛋白胨)的组成可未经定义或经部分定义(包括氨基酸、糖等的近似浓度)。微生物代谢可取决于资源(如碳及氮)的可用性。可测试各种糖或其他碳源。可替代地，可制备培养基并使所选细菌生长，如由saarela等人,j.appliedmicrobiology.[应用微生物学杂志]2005.99:1330-1339所示，该文献通过引用特此并入。发酵时间、冷冻保护剂及细胞浓缩物的中和对冷冻干燥存活、储存稳定性及无基于牛奶的成分所产生的所选细菌的酸及胆汁暴露的影响。

对培养基大规模灭菌。可通过超高温(uht)处理来灭菌。在极高温下实施短时间段的uht处理。uht范围可为135℃-180℃。例如，可在135℃下将培养基灭菌10至30秒。

可在烧瓶或较小生物反应器中制备接种物且监测生长。例如，接种物大小可为总生物反应器体积的大约0.5％至3％。取决于应用及材料需要，生物反应器体积可为至少2l、10l、80l、100l、250l、1000l、2500l、5000l、10,000l。

在接种之前，生物反应器为使用培养基在所需的ph、温度及氧浓度下进行制备。培养基的初始ph可不同于制程设定点。ph压力在低细胞浓度下可以是不利的；初始ph可在ph7.5与制程设定点之间。例如，ph可设定于4.5与8.0之间。在发酵期间，ph可通过使用氢氧化钠、氢氧化钾或氢氧化铵进行控制。温度可控制于25℃至45℃，例如在37℃下。通过将培养液中的氧含量从约8mg/l降低至0mg/l来产生厌氧条件。例如，可使用氮或气体混合物(n2、co2及h2)来确立厌氧条件。可替代地，不使用气体且通过消耗来自培养基的剩余氧的细胞来确立厌氧条件。取决于菌株及接种物大小，生物反应器发酵时间可有所变化。例如，发酵时间可从大约5小时至48小时有所变化。

自冷冻状态恢复微生物可需具体考虑。产生培养基可在解冻后对细胞产生压力；可能需要特定解冻培养基以自始至终地自经解冻的材料开始菌种培养。出于增加菌种体积或维持微生物生长状态的目的，种材料至新鲜培养基的转移或传代的动力学可受微生物的当前状态(例如，指数生长、静止生长、无压力、受压力)影响。

产生发酵器的接种可影响生长动力学及细胞活性。生物反应器系统的初始状态必须经优化以促进成功且始终如一的产生。种培养物相对于总培养基的分率(例如，百分率)对生长动力学有显著影响。范围可以是发酵器工作体积的1％至5％。培养基的初始ph可不同于制程设定点。ph压力在低细胞浓度下可以是不利的；初始ph可在ph7.5与制程设定点之间。在接种期间，搅动及气体流入系统内可不同于制程设定点。在低细胞浓度下，物理及化学压力因两个条件而可以是不利的。

处理条件及对照设定可影响微生物生长及细胞活性的动力学。处理条件的变化可改变膜组成、代谢物的产生、生长速率、细胞压力等。用于生长的优化温度范围可随菌株改变。该范围可以是20℃至40℃。用于细胞生长及下游活性表现的最佳ph可随菌株改变。该范围可以是ph5至8。溶解于培养基中的气体可被细胞用于代谢。可能需要在整个过程期间调节o2、co2及n2浓度。营养素的可用性可改变细胞生长。当可获得过量的营养素时，微生物可具有替代动力学。

微生物在发酵结束时及在获取期间的状态可影响细胞存活及活性。微生物可在获取前不久进行预处理以更好地制备它们用于涉及分离及下游处理的物理及化学压力。当自发酵器移除时，温度的变化(通常减小至20℃至5℃)可减少细胞代谢、减缓生长(和/或死亡)及生理变化。离心浓度的有效性可受培养ph影响。ph上升1至2点可改善浓度的有效性但对细胞也可以是不利的。微生物可通过增加盐和/或糖在培养基中的浓度而在获取前不久即受压力。以此方式受压力的细胞可在下游期间更好地在冷冻及冻干中存活。

分离方法及技术可影响自培养基分离微生物的效率。固体可使用离心技术移除。离心浓度的有效性可受培养ph或由利用絮凝剂影响。ph上升1至2点可改善浓度的有效性但对细胞也可以是不利的。微生物可通过增加盐和/或糖在培养基中的浓度而在获取前不久即受压力。以此方式受压力的细胞可在下游期间更好地在冷冻及冻干中存活。另外，微生物也可经由过滤进行分离。若细胞需过量的g分钟以成功离心，则就纯化而言，过滤优于离心技术。可在分离之前之后添加赋形剂。可添加赋形剂以用于冷冻保护或用于冻干期间的保护。赋形剂可包括但不限于蔗糖、海藻糖或乳糖，且可替代地这些赋形剂可与缓冲剂及抗氧化剂混合。在冻干之前，将与赋形剂混合的细胞集结粒液滴浸没于液氮中。

可通过连续离心实施收获。产品可用各种赋形剂重悬浮至所需的最终浓度。可添加赋形剂以用于冷冻保护或用于冻干期间的保护。赋形剂可包括但不限于蔗糖、海藻糖或乳糖，且可替代地这些赋形剂可与缓冲剂及抗氧化剂混合。在冻干之前，将与赋形剂混合的细胞集结粒液滴浸没于液氮中。

自一级干燥开始来冻干材料(包含活细菌)。在一级干燥期期间，去除冰。在此处，生成真空且将适当量的热量供应至材料以使冰升华。在二级干燥期期间，去除结合产物的水分子。在此处，将温度升至高于一级干燥期以裂解已在水分子与产物材料之间形成的任何物理-化学相互作用物。还可进一步降低压力以增强此阶段期间的解吸。在冷冻干燥制程完成之后，可使用惰性气体(例如氮)填充室。可将产物在干燥条件下密封于冷冻干燥器内，从而防止暴露于大气水及污染物。

通过引用并入

在本文中提及的所有出版物、专利申请都通过引用以其全文特此并入，如同各个单独的出版物或专利申请被确切地并且单独地指明为通过引用并入。如果出现冲突，则以本申请(包含本文的任何定义)为准。

等效形式

本领域技术人员仅使用常规实验将认识到或能确定本文所述本发明的具体实施例的许多等效形式。此类等效形式旨在为下列权利要求所涵盖。