涉及支气管癌前病变严重性和进展的方法

相关申请的交叉引用根据35u.s.c.§119(e)，本申请要求2018年8月20日递交的美国临时申请no.62/765,264的权益，以引用的方式将它们的内容整体并入本文。政府支持本发明是在由美国国立卫生研究院资助的合同no.ca196408的政府支持下完成的。美国政府对本发明拥有一定的权利。本文所述的技术涉及支气管癌前病变的治疗、诊断和监测。
背景技术：
：肺鳞状细胞癌由称为支气管癌前病变的气道中的非癌性病变发展而来。持续性或进行性发育异常(dysplasia)支气管癌前病变的存在是病变部位(在该处它们是鳞状细胞肺癌的推定的前体)和肺其它部位的增高的肺癌风险的标志物。并非所有的支气管癌前病变都会发展为浸润性癌症，而那些发展为浸润性癌症的病变以不同的速率发展并具有不同的结果。当前，临床上没有可用的工具来识别何种病变将发展为癌症而何种病变不会发展为癌症。此外，用于检测支气管癌前病变的当前技术是通过自发荧光和白光支气管镜检术。支气管镜检术程序是侵入性的，并且因为需要对病变进行可视化，它在检测小的支气管癌前病变时仅具有中等敏感性和特异性。最后，迄今为止，针对支气管癌前病变的唯一治疗方法是通过手术或支气管镜检术去除病变。技术实现要素：发明人现已开发出：1)对支气管癌前病变的存在的测试(其中一些不需要支气管镜检术，并使用如下令人惊讶的发现：气道其它部位的正常组织表现出生物标志物，表明受试者中的支气管癌前病变的存在)；2)用于确定支气管癌前病变是否可能发展为癌症的方法；3)对支气管癌前病变的新疗法，其靶向表征支气管癌前病变的潜在分子变化。因此，本文提供的一个方面是治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：(i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；(ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或(iii)至少一种抗增殖药物；所述受试者被确定具有以下中的至少一种：(a)与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及(b)与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在本文提供的此方面和所有其它方面的一个实施方式中，所述至少一种模块5基因选自于由racgap1和tpx2所组成的组；并且所述至少一种模块6基因选自于由nek11和ift88所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，进一步确定受试者具有增高水平的至少一种模块7基因或模块4基因的表达。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块7基因或模块4基因选自于由以下所组成的组：cox6a1；cox7a2；rpl26；以及rpl23。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，确定表15的每个基因的表达水平。如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中，所述至少一种抗增殖药物选自于由以下所组成的组：乙酰胆碱受体拮抗剂；乙酰胆碱酯酶抑制剂；腺苷受体拮抗剂；肾上腺素能受体拮抗剂；akt抑制剂；血管紧张素受体拮抗剂；凋亡刺激剂；aurora激酶抑制剂；cdk抑制剂；环氧合酶抑制剂；细胞因子产生抑制剂；脱氢酶抑制剂；dna蛋白激酶抑制剂；粘着斑抑制剂；多巴胺受体拮抗剂；egfr抑制剂；erk1和erk2磷酸化抑制剂；雌激素受体激动剂；ezh2抑制剂；flt3抑制剂；糖皮质激素受体激动剂；谷氨酸受体拮抗剂；hdac抑制剂；组胺受体拮抗剂；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂；hsp抑制剂；ikk抑制剂；离子通道拮抗剂；jak抑制剂；jnk抑制剂；kit抑制剂；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂；mdm抑制剂；介质释放抑制剂；mek抑制剂；mtor抑制剂；单胺氧化酶抑制剂；nfkb途径抑制剂；核仁磷酸蛋白抑制剂；parp抑制剂；ppar受体激动剂；pi3k抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；磷酸二酯酶抑制剂；蛋白激酶抑制剂；raf抑制剂；rna聚合酶抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；rna合成抑制剂；sirt抑制剂；钠通道阻滞剂；vegfr抑制剂；以及维生素d受体激动剂。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，抗增殖药物作为吸入制剂或局部制剂给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，抗增殖药物在基于支气管镜检术的程序期间给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，将抗增殖药物全身性地给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，抗增殖药物在基于支气管镜检术的程序期间全身性地给予。本文提供的另一方面涉及治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：(i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；(ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或(iii)至少一种抗增殖药物；所述受试者被确定具有以下中的至少一种：(a)与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及(b)与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低，其中所述受试者进一步被确定具有与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块10基因的增高的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的一个实施方式中，向确定具有至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或至少一种模块10基因的增高的表达水平的受试者给予以下中的至少一种：i.胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；ii.至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；和/或iii.至少一种免疫刺激药物。在另一方面，本文还提供了一种治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括向受试者给予以下中的至少一种：(i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；(ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种，所述程序中所述病变经活检以移除异常组织；和/或(iii)至少一种免疫刺激药物；所述受试者被确定为具有与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块10基因的增高的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的一个实施方式中，所述模块9基因选自于由以下所组成的组：epsti1；ube2l6；b2m和tap1。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种基因模块9基因选自表16。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述模块10基因选自于由cacnb3和mapk10所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种免疫刺激药物选自于由以下所组成的组：免疫检查点抑制剂(例如针对pd-1、pd-l1、ctla4和lag3的抑制剂)；刺激干扰素信号传导的药物(例如改善干扰素信号传导的抗病毒药物)；dna合成抑制剂；imdh抑制剂；cdk抑制剂；核糖核苷酸还原酶抑制剂；二氢叶酸还原酶抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；flt3抑制剂；igf-1抑制剂；mek抑制剂；aurora激酶抑制剂；pkc抑制剂；raf抑制剂；pdfgr/kit抑制剂；vegfr抑制剂；src抑制剂；维甲酸受体激动剂；hdac抑制剂；dna甲基转移酶抑制剂；以及ezh2抑制剂。本文提供的另一方面涉及治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：(i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；(ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或(iii)至少一种抗炎药物；所述受试者被确定具有以下中的至少一种：(a)与非炎性参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；以及(b)与非炎性参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在本文提供的此方面和所有其它方面的一个实施方式中，所述至少一种模块2基因选自于由msantd2、ccnl2和luc7l所组成的组；并且所述至少一种模块6基因选自于由nek11和ift88所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，进一步确定所述受试者具有至少一种模块7基因、模块1基因或模块8基因的增高的表达水平和/或至少一种模块4基因或至少一种模块5基因的降低的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块7基因选自于由rpl26和rpl23所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块1基因选自于由kirrel、phldb1和marveld1所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块8基因选自于由doc2、cd53和laptm所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块4基因选自于由cox6a1和cox7a2所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种模块5基因选自于由racgap1和tpx2所组成的组。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，确定表15的每个基因的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一种抗炎药物选自于由以下所组成的组：乙酰胆碱受体拮抗剂；乙酰胆碱酯酶抑制剂；腺苷受体拮抗剂；肾上腺素能受体拮抗剂；血管紧张素受体拮抗剂；抗il1b抗体；凋亡刺激剂；aurora激酶抑制剂；cdk抑制剂；环氧合酶抑制剂；细胞因子产生抑制剂；脱氢酶抑制剂；多巴胺受体拮抗剂；egfr抑制剂；erk1和erk2磷酸化抑制剂；雌激素受体激动剂；flt3抑制剂；糖皮质激素受体激动剂；谷氨酸受体拮抗剂；hdac抑制剂；组胺受体拮抗剂；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂；hsp抑制剂；ikk抑制剂；离子通道拮抗剂；kit抑制剂；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂；mek抑制剂；mdm抑制剂；磷酸二酯酶抑制剂；单胺氧化酶抑制剂；mtor抑制剂；nfkb途径抑制剂；核仁磷酸蛋白抑制剂；parp抑制剂；pi3k抑制剂；ppar受体激动剂；蛋白质合成抑制剂(例如氯霉素)；raf抑制剂；sirt抑制剂；钠通道阻滞剂；tgfβ受体抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；vegfr抑制剂；以及维生素d受体激动剂。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，抗炎药物在基于支气管镜检术的程序期间给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，将抗炎药物全身性地给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，抗炎药物在基于支气管镜检术的程序期间全身性地给予。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，所述至少一个基因选自表14。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，确定表14的每个基因的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，肺癌或肺鳞状细胞癌的发展由此被预防、迟滞或减缓。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，其中肺癌是肺鳞状细胞癌。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，表达水平是以下中的表达水平：获取自患者的支气管内活检、支气管内刷检(brushing)样品、大的气道活检、大的气道刷检样品、鼻上皮细胞、痰或血液。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，表达水平是获取自右主干支气管或左主干支气管的支气管刷检中的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，活检或刷检样品包含形态正常的组织或细胞。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，活检或刷检样品由形态正常的组织或细胞组成。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，表达水平是包含支气管癌前病变细胞的样品中的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，表达水平是包含形态正常细胞的样品中的表达水平。在本文提供的此方面和所有其它方面的另一实施方式中，受试者是吸烟者或前吸烟者。附图说明图1a-图1e表明支气管内活检分为与临床和分子表型相关的四种不同的分子亚型。(图1a)使用共识聚类，将组织成9基因共表达模块的基因(n＝3,936)用于发现190份dc活检中的四种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)。热图示出了3,936个基因和190份dc活检中的经z分数归一化的基因表达的半监督层次聚类。顶部的条形代表四种分子亚型：增殖性(n＝52个样品)、炎性(n＝37个样品)、分泌性(n＝61个样品)和正常样(n＝40个样品)。在所有图中，该四种分子亚型由四种灰色阴影表示，其亮度分别对应于上一句中给出的顺序而增加。在热图的左侧，为每个亚型绘制了跨模块基因计算出的第一主成分的平均值。在热图的右侧，列出了每个模块的富集的生物途径的概要。(图1b)气泡图示出了分子亚型与吸烟状况、活检组织学等级和预测的lusc肿瘤分子亚型之间的显著关联(根据fisher精确检验，p＜0.01)。列代表4种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)，并且圆圈的直径与每个亚型中具有行表型的样品数量成比例。(图1c)具有正常或增生组织学的活检中mki67表达值的箱线图(增殖性、炎性、分泌性和正常样亚型分别为n＝8、16、26、18)。增殖性亚型的mki67表达水平显著高于非增殖性亚型样品(fdr＝3.4e-10)。(图1d)具有发育异常组织学的活检中mki67表达值的箱线图(增殖性、炎性、分泌性和正常亚型中分别为n＝33、11、19、9)。增殖性亚型的mki67表达水平显著高于非增殖性亚型样品(fdr＝3.1e-8)。(图1e)免疫荧光染色表明增殖性亚型中mki67和krt5染色增加，而tub1a1染色减少，与相应标志物基因的表达一致。对于增殖性和炎性亚型所示出的代表性样品具有发育异常的组织学，而对于分泌性和正常样亚型所示出的样品具有正常的组织学(放大倍数200×)。图2a-图2d表明在独立的样品集中证实了与分子亚型的表型关联。(图2a)使用190份dc活检和3，936个基因来构建22基因最近质心分子亚型分类器。对22个分类器基因和190份dc活检训练样品的经z分数归一化的基因表达进行的半监督层次聚类。(图2b)使用22基因最近质心分子亚型分类器来预测105份vc活检的分子亚型。绘制了对22个基因和105份vc中经z分数归一化的基因表达进行的半监督层次聚类。热图各行给出了基因名称和模块成员身份，并且列的色带显示了分子亚型成员身份。(图2c)示出vc分子亚型与吸烟状况、活检组织学等级和所预测的lusc肿瘤分子亚型之间的显著关联的气泡图(根据fisher精确检验，p＜0.01)。列代表4种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常)，并且圆圈的半径与每个亚型内具有行表型的样品数量成正比。(图2d)示出vc分子亚型与吸烟状况、活检组织学等级和预测的lusc肿瘤分子亚型之间的显著关联的气泡图(根据fisher精确检验，p＜0.01)。列代表4种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)，并且圆圈的半径与每个亚型中具有行表型的样品数量成正比。图3a-图3c表明了在来自与支气管内活检同时采集的表现正常的上皮的大的气道刷检中分子亚型分类器的性能。(图3a)dc(左)和vc(右)同生群，显示预测为对增殖性亚型呈阳性的刷检的数量(v轴)，其在刷检取样时具有至少一份活检(y轴)，该活检具有增殖性亚型的分类。(图3b)每个同生群(x轴)的四个分子亚型中的模块4、5、6和7(y轴)的pc1箱型图。星号表示增殖性亚型与所有其它样品之间的显著差异(fdr＜0.05)。(图3c)每个同生群(x轴)的四个分子亚型中的模块4、5、6和7(y轴)的pc1箱型图。星号表示增殖性亚型与所有其它样品之间的显著差异(fdr＜0.05)。图4a-图4h表明为了干扰素信号传导和抗原处理而富集的模块与增殖性亚型的先天性和适应性免疫细胞的消耗以及活检进行性/持续性有关。(图4a和图4f)增殖性亚型内的dc活检中的模块9基因的metagene表达(进行性/持续性活检与退行性活检之间的p＝0.002)。根据活检的组织学和将来在同一肺解剖位置记录的最差的组织学，为每个活检定义活检的进行性/退行性。正常、增生和化生之间的组织学变化被分类为“正常稳定”，组织学发育异常等级的降低或从发育异常组织学到正常/增生/化生的变化被分类为“退行性”，缺乏未来的组织学数据被分类为“未知”，而其它所有都分类为“进行性/持续性”。(图4b和图4g)在进行性/持续性活检和退行性活检之间的cd68和cd163、cd68、cd163、cd4和cd8阳性染色细胞的百分比的箱型图(对于所有比较，p＜0.001)。x轴标签指示箱型图中描绘的每个染色和结果组的(p)受试者中计数的区域(r)的数量。如果活检的临床结果与模块9分数一致，则将其包括在分析中。(图4b)增殖性亚型内的vc活检中的模块9基因的metagene表达(进行性/持续性活检与退行性活检之间的p＝0.03)。(图4c)顶部：dc活检(左)和vc活检(右)以及模块9中的112个基因的经z分数归一化的基因表达。根据模块9gsva分数对每个热图进行监督。顶部的条形表示活检的组织学等级及其进展状态。底部：表明dc活检(左)和vc活检(右)中的免疫细胞类型的相对丰度的xcell结果。所显示的免疫细胞类型与病变的进行性/持续性显著相关(在对上皮细胞含量的差异进行调整后，dc和vc中的fdr＜0.05)。(图4d)代表性组织学，其中虚线表示单独的上皮和基质区室。上部子图：进行性严重发育异常具有减少的由m2巨噬细胞(cd68/163染色，箭头指示的双阳性细胞)和cd8t细胞表达的显著降低示出的免疫细胞的存在(样品对应于图4c中的*p。)底部子图：退行性中度发育异常具有增加的免疫细胞的存在，所述免疫细胞包括m2巨噬细胞(箭头指示的cd68/163染色双阳性细胞)和cd8t细胞(样品对应于图4c中的*r)。(图4e和图4h)在进行性/持续性活检和退行性活检之间的cd68和cd163、cd68、cd163、cd4和cd8阳性染色细胞的百分比的箱型图(对于所有比较，p＜0.001)。x轴标签指示箱型图中描绘的每个染色和结果组的(p)受试者的计数的区域(r)的数量。如果活检的临床结果与模块9分数一致，则将其包括在分析中。图5描绘了发现同生群和验证同生群二者中样品的批次信息和比对统计信息。使用用于分类变量的fisher精确检验以及使用用于连续变量的学生t检验进行发现同生群和验证同生群之间的统计检验。对于分类变量，报告百分比；并且对于连续变量，报告均值和标准差。图6描绘了基因模块的概要。报告了模块数量、模块中基因的数量、与模块相关的生物学途径和选择基因、以及分子亚型之间的模块的gsva分数差异的fdr值。图7描绘了用于免疫荧光研究的样品列表。图8描绘了受试者的分子亚型分布。列代表4种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)，并且圆圈的半径与每种亚型内的样品数量成正比。图9描绘了跨分子亚型的增殖、基底细胞和纤毛细胞标志物的免疫荧光染色定量图。来自每种分子亚型(增殖性n＝4，炎性n＝3，分泌性n＝1，正常样n＝1)的代表性样品中的ki67(增殖)、krt5(基底细胞)和tub1a1(纤毛细胞)的免疫荧光染色定量箱型图。增殖性亚型的样品中的ki67和krt5染色显著更高(对于增殖性亚型和其它亚型之间的样品差异，分别为p＝0.02和p＝0.01)。tub1a1在增殖性亚型和炎性亚型的样品中较低，但未达到统计学显著性(对于增殖性亚型和炎性亚型相比于炎性亚型和分泌性亚型之间的样品差异，p＝0.07)。图10a-10h描绘了根据分子亚型的发现同生群和验证同声群中的选择基因和细胞类型反卷积结果的箱型图。(图10a-图10d)发现同生群活检。(图10e-图10h)验证同生群活检。(图10a)和(图10e)示出了跨分子亚型的通过tcga鉴定的lusc驱动基因的基因表达水平的箱型图。(图10b)和(图10f)示出了跨分子亚型的细胞类型标志物基因的基因表达水平的箱型图。(图10c)和(图10g)示出了跨分子亚型的使用dvorak等的基因集合计算的gsva分数的箱型图。(图10d)和(图10h)示出了跨分子亚型的estimate算法分数的箱型图。estimate算法估计每个样品中的基质细胞(stromalscore)、免疫细胞(immunescore)和上皮细胞(estimatescore)比例。高免疫和基质分数表明基质细胞和免疫细胞的比例高，而低上皮分数表明上皮细胞的比例高。图11描绘了发现同生群和验证同生群活检中的22基因分子亚型分类器的热图。22个分类器基因和190份dc活检训练样品(左)和105份vc活检(右)的经z分数归一化的残留基因表达的半监督层次聚类。热图的行示出了基因模块成员身份。第一列色带示出了dc中的分子亚型成员身份和vc中的22基因预测亚型成员身份。第二列色带描绘了dc中使用22基因分类器的正确和不正确的预测以及通过在vc中进行共识聚类派生的分子亚型。图12描绘了发现同生群和验证同生群活检中的分子亚型的基因模块行为的图。对于每种分子亚型，绘制了跨模块基因计算的第一主成分的平均值。图13描述了模块9与两个细胞类型反卷积分析之间的一致性。顶部：在dc活检(左)和vc活检(右)以及模块9中的112个基因的经z分数归一化的基因表达的层次聚类。每个热图根据模块9gsva分数进行监督。顶部的条形表示活检的组织学等级及其进展状态。bindea等(底部)描述的基因集合的xcell结果(中间)和gsva分数，表明dc活检(左)和vc活检(右)中的免疫细胞类型的相对丰度。所显示的免疫细胞类型与病变进行性/持续性显著相关(dc和vc二者中fdr＜0.05)。图14描绘了通过支气管内活检取样的位点的位置的气管支气管图。图15描绘了四种分子亚型的发现同生群支气管内活检之间的受试者的分布。使用共识聚类，将组织成9基因共表达模块的基因(n＝3,936)用于发现190个发现同生群(dc)活检中的四种分子亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)。热图示出了3936个基因和190份dc活检中的经z分数归一化的基因表达的半监督层次聚类。顶部的色带代表样品来源的受试者和分子亚型成员身份：增殖性(n＝52个样品)、炎性(n＝37个样品)、分泌性(n＝61个样品)和正常样(n＝40个样品)。在热图的左侧，对于每种亚型绘制了平均模块gsva分数。图16描绘了在支气管镜检术程序中的每个受试者的分子亚型分布。条形图示出了对于每个受试者和每个支气管镜检术程序所采样的活检数量及其相应的分子亚型。y轴表示受试者人数以及该受试者是否具有肺鳞状细胞癌(lusc)或其它类型的肺癌(其它)的既往史。发现同生群包含受试者1至32，而验证同生群包含受试者33至52。我们基于肺癌的既往史没有检测到受试者中的亚型分类的多样性的差异(具有肺癌史的患者中的亚型分类的平均shannon熵＝1.12，n＝32，而无肺癌史的患者＝1.25，n＝17；wilcoxon秩和检验p值＝0.43)。具体实施方式如本文所述，发明人已经发现受试者气道中的癌前病变可以被表征为以下五种类型之一：正常样、分泌性、炎性、进行性增殖性和持续性增殖性。将癌前病变识别为这些类型中的一种使得能够对受试者更有效的治疗，因为不同类型的病变将响应于不同的治疗，并需要不同的治疗和监测方案。因此，本文提供了涉及受试者中的支气管癌前病变治疗的治疗方法。此类方法可以包括对病变类型的测定、测试和/或鉴别以及给予适合于该病变类型的治疗方案。本文所使用的“癌前病变”是指上皮病变或发育异常，其为癌症的前体或可为癌症的前体。与癌症相反，基底膜是完整的而没有转移扩散的可能性。支气管癌前病变是存在于受试者的支气管上皮中的癌前病变。支气管癌前病变通常是小的，并且使用常规的白光支气管镜检术可能很难可视化。支气管癌前病变可表现出本文所述的五种表型之一，即进行性增殖性、持续性增殖性、分泌性、炎性和正常样。亚型名称参考了将亚型彼此区分的分子途径活性的关键差异。通过使用本文所述的基因表达模式，可以将病变的不同表型彼此区分，并且可以与正常组织区分开。如本文其它地方所详细解释的，本文鉴定的基因表达模式涉及10个基因模块，其中每个模块是在不同的支气管癌前病变亚型中具有相似的表达模式的一组基因。本文表13中提供了每个模块的标识(例如包括每个模块的基因)。简而言之，增殖性病变(进行性和持续性二者)的特征在于具有增高的模块4、5和7的表达以及降低的模块6的表达。因为进行性增殖性病变具有降低的模块9表达和/或增高的模块10表达，可将它们与持续性增殖性病变区分开。分泌性病变的特征在于模块6的表达的增高和模块1的表达的降低、以及任选的模块8的表达的增高和模块2、5和7的表达的降低。正常样亚型的特征在于模块6表达的增高和模块9表达的降低、以及任选的模块1表达的增加和模块8表达的降低。对于处于肺癌风险中或已被鉴别为具有支气管癌前病变的受试者的标准处理是每年筛查肺癌(例如，支气管镜检术和/或胸部ct扫描)。当受试者患有增殖性支气管癌前病变时，此类处理不再足够，并应该更积极地处理受试者。因此，在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；和/或iii)至少一种抗增殖药物，所述受试者被确定为具有以下中的至少一种：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括确定受试者具有以下中的至少一种：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低，并且向该受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少大约每6个月(例如，至少每1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月)，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；和/或iii)至少一种抗增殖药物。在任何方面的一些实施方式中，参比水平是非增殖性参比水平。在一些实施方式中，如果受试者确定为不具有以下中的至少一种，则不向受试者给予抗增殖药物，而是给予胸部ct扫描和/或用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序，频率不超过每6个月一次(例如，频率不超过每6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月一次)：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在一些实施方式中，如果受试者被确定为不具有如下，则不向受试者给予抗增殖药物，而是给予胸部ct扫描和/或用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序，频率不超过每6个月一次(例如，频率不超过每6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月一次)：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在支气管刷检样品中，模块5和6基因表达足以鉴别具有增殖性亚型病变的受试者。这避免了对实际病变进行可视化和/或采样的需求。因此，在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；以及ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；和/或iii)至少一种抗增殖药物，所述受试者以支气管刷检样品被确定为具有：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括以获取自受试者的支气管刷检样品确定受试者具有：a)与参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低，并且向该受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；和/或iii)至少一种抗增殖药物。在任何方面的一些实施方式中，参比水平是非增殖性参比水平。在任何方面的一些实施方式中，支气管刷检取自右主干支气管或左主干支气管中的形态学上正常的位置。在任何方面的一些实施方式中，支气管刷检取自右主干支气管或左主干支气管中的视觉上正常的位置。表13提供了模块5和模块6基因。所述至少一种模块5基因和/或模块6基因可以是表13中列出的模块5和模块6基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块5基因或至少一种模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块5基因或两个以上的模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块5基因或每个模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块5基因和至少一种模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块5基因和两个以上的模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块5基因和每个模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块5基因包含racgap1或tpx2、或者为racgap1或tpx2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块5基因包含racgap1和tpx2、或者为racgap1和tpx2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块6基因包含nek11或ift88、或者为nek11或ift88。在任何方面的一些实施方式中，至少一种模块6基因包含nek11和ift88、或者为nek11和ift88。所述增殖性亚型的进一步特征在于模块7和/或模块4的表达增高。因此，在任何方面的一些实施方式中，进一步确定受试者具有与参比水平相比的增高水平的至少一种模块7或/或模块4基因的表达。在任何方面的一些实施方式中，进一步确定受试者具有与参比水平相比的增高水平的至少一种模块7基因和至少一种模块4基因的表达。在任何方面的一些实施方式中，参比水平是非增殖性参比水平。表13提供了模块4和7基因。所述至少一种模块4基因和/或模块7基因可以是表13中列出的模块4和7基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块4基因或至少一种模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块4基因或两个以上的模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块4基因或每个模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块4基因和至少一种模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块4基因和两个以上的模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块4基因和每个模块7基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块4基因包含cox6a1或cox7a2、或者为cox6a1或cox7a2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块4基因包含cox6a1和cox7a2、或者为cox6a1和cox7a2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块7基因包含rpl26或rpl23、或者为rpl26或rpl23。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块7基因包含rpl26和rpl23、或者为rpl26和rpl23。当受试者具有进行性增殖性支气管癌前病变时，可以指出积极的治疗、甚至超出针对增殖性支气管癌前病变所提供的治疗。因此，在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；iii)至少一种免疫刺激药物；和/或iv)至少一种免疫刺激药物和至少一种抗增殖药物，所述受试者被确定为具有与参比水平相比的降低水平的至少一种模块9基因表达和/或与参比水平相比的增高水平的至少一种模块10基因的表达。在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括：a)确定受试者具有与参比水平相比的降低水平的至少一种模块9基因的表达；和/或与参比水平相比的增高水平的至少一种模块10基因的表达，以及b)向受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；iii)至少一种免疫刺激药物；和/或iv)至少一种免疫刺激药物和至少一种抗增殖药物。在任何方面的一些实施分数中，参比水平是非增殖性参比水平。在任何方面的一些实施方式中，基于支气管镜检术的程序还包括对病变进行活检以移除异常组织。在一些实施方式中，如果受试者被确定为不具有与参比水平相比的降低水平的至少一种模块9基因的表达和/或不具有与参比水平相比的增高水平的至少一种模块10的表达，则受试者i)不被给予免疫刺激药物，ii)不被给予免疫刺激药物和抗增殖药物，iii)被给予胸部ct扫描和/或基于支气管镜检术的程序，频率不超过每6个月一次(例如，频率不超过每6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月一次)；和/或iv)不被给予用于对病变进行活检以移除异常组织的基于支气管镜检术的程序。表13中提供了模块9基因。所述至少一种模块9基因可以是表13中列出的模块9基因中的任何一个或多个。表16中提供了模块9基因。所述至少一种模块9基因可以是表16中列出的模块9基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块9基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块9基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表16的每个模块9基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块9基因包含epsti1、ube2l6、b2m和/或tap1，或者为epsti1、ube2l6、b2m和/或tap1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块9基因包含epsti1、ube2l6、b2m和tap1，或者为epsti1、ube2l6、b2m和tap1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块9基因包含以下的任意的成对组合、或为以下中的任意的成对组合：epsti1和ube2l6，epsti1和b2m，epsti1和tap1，ube2l6和b2m，ube2l6和tap1，b2m和tap1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块9基因包含以下的任意的三方组合、或为以下的任意的三方组合：epsti1、ube2l6和b2m，epsti1、ube2l6和tap1，epsti1、b2m和tap1，tap1、ube2l6和b2m。表13中提供了模块10基因。所述至少一种模块10基因可以是表13中列出的模块9基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定两种模块10基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块10基因包含cacnb3或mapk10、或者为cacnb3或mapk10。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块10基因包含cacnb3和mapk10、或者为cacnb3和mapk10。当受试者患有炎性支气管癌前病变时，积极的和/或抗炎的治疗可能是有益的。因此，在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的至少一种；和/或iii)至少一种抗炎药物，所述受试者确定为具有以下中的至少一种：a)与参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在任何实施方式的一个方面，本文提供了治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括将受试者确定为具有以下中的至少一种：a)与参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低，并且向该受试者给予以下中的至少一种：i)胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii)至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或iii)至少一种抗炎药物。在任何方面的一些实施方式中，参比水平是非炎性参比水平。在一些实施方式中，如果受试者被确定为不具有以下中的至少一种，则不向该受试者给予抗炎药物，而是向其给予用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序和/或胸部ct扫描，频率不超过每6个月一次(例如，频率不超过每6、7、8、9、10、11或12个月一次)：a)与参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；以及b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。在一些实施方式中，如果确定受试者不具有如下，则不向该受试者给予抗炎药物，而是向其给予胸部ct扫描和/或用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序，频率不超过每6个月一次(例如，频率不超过每6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月一次)：a)与参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；b)与参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。表13中提供了模块2和6基因。所述至少一种模块2基因和/或模块6基因可以是表13中列出的模块5和模块6基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块2基因或至少一种模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块2基因或两个以上的模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块2基因或每个模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定至少一种模块2基因和至少一种模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定两个以上的模块2基因和两个以上的模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块2基因和每个模块6基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块2基因包含msantd2、ccnl2或luc7l，或者为msantd2、ccnl2或luc7l。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块2基因包含msantd2和luc7l，或者为msantd2和luc7l。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块2基因包含msantd2和ccnl2，或者为msantd2和ccnl2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块2基因包含ccnl2和luc7l，或者为ccnl2和luc7l。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块2基因包含msantd2、ccnl2和luc7l，或者为msantd2、ccnl2和luc7l。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块6基因包含nek11或ift88，或者为nek11或ift88。在任何方面的一些实施方式中，至少一种模块6基因包含nek11和ift88，或者为nek11和ift88。炎性亚型的进一步特征在于模块7、模块1和/或模块8的表达增高和/或模块4和/或模块5的表达降低。因此，在任何方面的一些实施方式中，进一步确定受试者具有以下中的至少一种：与参比水平相比，i)至少一种模块7、模块1和/或模块8基因的表达水平增高，以及ii)至少一种模块4或模块5基因的表达水平降低。在任何方面的一些实施方式中，进一步确定受试者具有以下中的至少一种：与参比水平相比，i)至少一种模块7、模块1和/或模块8基因的表达水平增高，以及ii)至少一种模块4或模块5基因的表达水平降低。在任何方面的一些实施方式中，参比水平是非炎性参比水平。表13中提供了模块7、模块1、模块8、模块4和模块5的基因。至少一种模块7、模块1、模块8、模块4和/或模块5的基因可以是表13中列出的模块7、模块1、模块8、模块4和模块5的基因中的任何一个或多个。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块7、模块1、模块8、模块4和/或模块5基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表13的每个模块7、模块1、模块8、模块4和模块5基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块4基因包含cox6a1或cox7a2，或者为cox6a1或cox7a2。在任何方面的一些实施方式中，至少一种模块4基因包含cox6a1和cox7a2，或者为cox6a1和cox7a2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块7基因包含rpl26或rpl23，或者为rpl26或rpl23。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块7基因包含rpl26和rpl23，或者为rpl26和rpl23。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块5基因包含racgap1或tpx2，或者为racgap1或tpx2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块5基因包含racgap1和tpx2，或者为racgap1和tpx2。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块1基因包含kirrel、phldb1或marveld1，或者为kirrel、phldb1或marveld1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块1基因包含phldb1和marveld1，或者为phldb1和marveld1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块1基因包含kirrel和phldb1，或者为kirrel和phldb1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块1基因包含kirrel和marveld1，或者为kirrel和marveld1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块1基因包含kirrel、phldb1和marveld1，或者为kirrel、phldb1和marveld1。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块8基因包含dco2、cd53或laptm，或者为dco2、cd53或laptm。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块8基因包含cd53和laptm，或者为cd53和laptm。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块8基因包含dco2和cd53，或者为dco2和cd53。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块8基因包含dco2和laptm，或者为dco2和laptm。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种模块8基因包含dco2、cd53和laptm，或者为dco2、cd53和laptm。在任何方面的一些实施方式中，确定表15的每个基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，测定支气管刷检样品中的表15的每个基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定表14的每个基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定支气管刷检样品中的表14的每个基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，本文描述的方法可以进一步包括确定以下任何基因的表达水平：sox2、nfe2l2、pik3ca(其为鳞状细胞癌标志物基因)、krt5、muc5ac、tub1a1、scgb1a1和foxk1(其为上皮标志物基因)。如本文所述，在具有不同亚型的癌前病变的受试者中，基因表达的水平可被调节(例如，增高或降低)。在任何方面的一些实施方式中，该方法包括向先前确定为具有本文所述的表达水平的受试者给予本文所述的治疗。在任何方面的一些实施方式中，本文描述了在有需要的受试者中治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括：a)首先确定获取自受试者的样品中的至少一种基因的表达水平；以及b)如果表达水平以本文所述的方式相对于参比进行调节，则向受试者给予本文所述的治疗。在任何实施方式的一个方面，本文描述了一种在有需要的受试者中治疗支气管癌前病变的方法，该方法包括：a)确定受试者是否具有本文所述的表达水平的调节，以及b)对于所确定的具体的表达调节，指示或指导向受试者给予本文所述的适当治疗。在任何方面的一些实施方式中，确定受试者是否具有表达水平的调节的步骤可以包括：i)从受试者获得或已经获得样品，以及ii)对获取自受试者的样品进行或已经进行测定来确定/测量受试者中的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定受试者是否具有表达水平的调节的步骤可以包括对获取自受试者的样品进行或已经进行测定以确定/测量受试者中的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定受试者是否具有表达水平的调节的步骤可以包括对获取自受试者的样品要求或请求测定，以确定/测量受试者中的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定受试者是否具有表达水平的调节的步骤可以包括接收针对获取自受试者的样品的测定结果以确定/测量受试者中的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，确定受试者是否具有表达水平的调节的步骤可以包括接收将受试者识别为具有表达水平的调节的受试者的报告、结果或其它方式。在任何方面的一些实施方式中，指示或指导向受试者给予特定治疗的步骤可包括提供测定结果的报告。在任何方面的一些实施方式中，指示或指导向受试者给予特定治疗的步骤可以包括鉴于测定结果来提供测定结果和/或治疗建议的报告。在任何方面的一些实施方式中，例如，对靶标(例如表达产物(本文所述基因之一的核酸或多肽)或突变)水平的测量和/或对靶标水平或存在的检测可包含转化。本文所使用的术语“转化”是指将客体或物质(例如生物样品、核酸或蛋白质)改变为另一物质。转化可以是物理的、生物的或化学的。示例性的物理转化包括但不限于生物样品的预处理，例如通过差速离心从全血到血清。生物/化学转化可涉及反应中的至少一种酶和/或化学试剂的作用。例如，dna样品可以被一种或多种限制酶消化成片段，或者外源分子可以用连接酶连接至片段化的dna样品上。在任何方面的一些实施方式中，dna样品可以例如通过聚合酶链式反应(pcr)而经历酶促复制。靶分子(例如mrna或多肽)的转化、测量和/或检测可包括将获取自受试者的样品与对靶标具有特异性的试剂、例如靶特异性试剂(例如，检测试剂)接触。在任何方面的一些实施方式中，靶特异性试剂被可检测地标记。在任何方面的一些实施方式中，靶特异性试剂能够产生可检测的信号。在任何方面的一些实施方式中，当存在靶分子时，靶特异性试剂产生可检测的信号。测量基因表达产物的方法是技术人员已知的。测量基因表达产物(例如蛋白质水平)的此类方法包括使用检测试剂(例如抗体或蛋白质结合剂)的免疫荧光、elisa(酶联免疫吸附测定)、蛋白质印迹和免疫沉淀。或者，可以通过将经标记的抗肽抗体和其它类型的检测剂引入受试者中来在受试者中检测肽。例如，抗体可以用可检测的标志物进行标记，所述标志物在受试者中的存在和位置可通过标准成像技术检测。例如，用于本文所述的各种靶标的抗体可商购得到，并且可用于本发明的目的以测量蛋白质表达水平。或者，由于本文所述靶标的氨基酸序列是已知的并且可在ncbi网站上公开获得，因此出于本文所述方法的目的，本领域技术人员可以产生针对这些感兴趣的多肽本身的抗体。本文所述多肽的氨基酸序列已分配不同物种(例如人、小鼠和大鼠)的ncbi和ensbl登录号。本领域普通技术人员可以容易地从任一数据库索取本文所述的任何基因的序列。在任何方面的一些实施方式中，本文描述的基因、转录物或多肽的序列是自本申请提交日起在ncbi或ensmbl数据库中可获得的序列。在任何方面的一些实施方式中，可以使用免疫组织化学(“ihc”)和免疫细胞化学(“icc”)技术。ihc是免疫化学在组织切片中的应用，而icc是免疫化学在经历特定的细胞学制备(例如基于液体的制备)后的细胞或组织印记中的应用。免疫化学是基于抗体的使用的技术家族，其中所述抗体用于特异性地靶向细胞内部或表面上的分子。抗体通常包含会在遇到靶标分子时经受生化反应并因此经历颜色变化的标志物。在一些情况下，可将信号放大整合到具体的方案中，其中，包括标志物染色或标志物信号的第二抗体跟随在第一特异性抗体的应用之后。在任何方面的一些实施方式中，所述测定可以是蛋白质印迹分析。或者，可以通过二维凝胶电泳系统分离蛋白质。二维凝胶电泳在本领域中是公知的，并且通常涉及沿第一维的等电聚焦，随后是沿第二维的sds-page电泳。这些方法也需要相当大量的细胞材料。二维sds-page凝胶的分析可以通过确定凝胶上的蛋白质斑点的强度来进行，也可以使用免疫检测来进行。在其它实施方式中，蛋白质样品通过质谱进行分析。免疫学测试可以与本文所述的方法和测定法一起使用，并且包括例如使用如下技术的竞争性或非竞争性测定系统：蛋白质印迹、放射免疫测定法(ria)、elisa(酶联免疫吸附测定法)、“夹心”免疫测定、免疫沉淀测定、免疫扩散测定、凝集测定(例如胶乳凝集)、补体结合测定、免疫放射测定、荧光免疫测定(例如fia(荧光连锁免疫测定))、化学发光免疫测定(clia)、电化学发光免疫测定(eclia)、计数免疫测定(cia)、侧流试验或免疫测定(lfia)、磁免疫测定(mia)和蛋白a免疫测定。假定可以获得合适的抗体试剂，进行此类测定的方法是本领域已知的。在任何方面的一些实施方式中，免疫测定可以是定量或半定量免疫测定。免疫测定法是使用一种或多种抗体与其抗原的相互作用来测量生物样品中的物质的浓度的生物化学测试，所述生物样品通常为流体样品，如血液或血清。该测定法利用抗体与其抗原的高度特异性结合。对于本文所述的方法和测定，在免疫测定中发生靶多肽与本文所述的相应蛋白质或蛋白质片段、或分离的肽或融合蛋白的特异性结合，以形成靶蛋白质/肽复合物。然后，通过本领域已知的多种方法检测复合物。免疫测定法通常还涉及检测抗体的使用。酶联免疫吸附测定法，也称为elisa、酶免疫测定法或eia，是主要用于免疫学中以检测样品中的抗体或抗原的存在的生化技术。elisa已被用作医学和植物病理学的诊断工具，以及各种行业中的质量控制检查。在一个实施方式中，还可以进行elisa，所述elisa涉及对特定的期望的抗原(例如，本文所述的任何靶标)具有特异性的至少一种抗体。将已知量的样品和/或抗原固定在固相支持物(通常是聚苯乙烯微量滴定板)上。固定可以是非特异性的(例如，通过吸附至表面)或特异性的(例如，其中使用固定在表面上的另一种抗体捕获抗原或第一抗体)。固定抗原后，添加检测抗体，与抗原形成复合物。检测抗体可与酶共价连接、或者可以通过经由生物缀合连接到酶的第二抗体来检测抗体自身。在各步骤之间，通常用温和的洗涤剂溶液洗涤板，以移除未特异性地结合的任何蛋白或抗体。在最后的洗涤步骤之后，通过添加酶底物对板进行显色以产生可见信号，这表明样品中抗原的量。过去的elisa利用发色底物，然而较新的测定法采用具有高得多的灵敏度的荧光底物。在另一实施方式中，使用竞争性elisa。将针对靶多肽或其片段的纯化抗体包被在多孔板的固相上，即缀合至固相表面。还需要第二批未缀合在任何固体支持物上的纯化抗体。这些非缀合的纯化抗体出于检测目的而被标记，例如，用辣根过氧化物酶进行标记以产生可检测的信号。将来自受试者的样品(例如血液样品)与已知量的期望的抗原(例如包含靶多肽的已知体积或浓度的样品)和经辣根过氧化物酶标记的抗体一起进行混合，然后将混合物添加到经包被的孔以形成竞争性结合。孵育后，如果样品中的多肽水平高，则将形成经标记的抗体试剂-抗原的复合物。该复合物在溶液中游离，并可以洗去。洗涤孔将去除复合物。然后，将孔与tmb(3，3’，5，5’-四甲基联苯胺)显色底物一起孵育，以在孔中定位辣根过氧化物酶缀合的抗体。如果样品中的靶多肽水平高，则不会有颜色变化或几乎没有颜色变化。如果样品中几乎没有靶多肽或没有靶多肽存在，则形成不同的复合物，固体支持物结合的抗体试剂-靶多肽的复合物。该复合物固定在培养板上，并在洗涤步骤中不被洗掉。随后与tmb一起孵育会产生明显的颜色变化。此类竞争性的elsa测试具有特异性、灵敏性、可重复性且易于操作。还有其它不同形式的elisa，它们是本领域技术人员所公知的。elisa领域中已知的标准技术描述于″methodsinimmunodiagnosis″，第二版，rose和bigazzi编，johnwiley&sons，1980；以及oellerich，m.，1984，j.clin.chem.clin.biochem.22：895-904。这些参考文献引用的方式将其整体并入本文。在一个实施方式中，可以通过侧流免疫测定法测试(lfia)(也被称为免疫层析测定法)或试纸条测试来检测样品中的多肽的水平。lfia是旨在检测流体样品中抗原(例如多肽)存在(或不存在)的简单装置。目前存在用于医疗诊断的许多lfia测试，该医疗诊断为了家庭测试、即时检验或实验室应用。lfia测试是免疫测定法的一种形式，其中，测试样品借助毛细作用沿固体基底流动。在将样品施加至试纸条之后，样品遇见结合至微粒的着色的试剂(通常包含对测试靶抗原而言特异性的抗体)，所述微粒与样品混合，并且运送至用另一抗体或抗原预处理的基底相遇线或区带。根据存在于样品中的靶多肽水平，着色的试剂可以在测试线或区带处被捕获并结合。lfia实质上是适合于沿单轴操作以适应试纸条形式或浸量条带(dipstick)形式的免疫测定法。试纸条测试是极其多用途的，并且可以由本领域技术人员容易地进行修改以用于测定来自流体样品(如尿液、血液、水和/或均质化组织样品等)的大范围的抗原。试纸条测试也被称为浸量条带测试，其名称来自于将试纸条“浸渍”入待测试的流体样品的字面行动。lfia试纸条测试易于使用，需要非常少的培训，并且可以容易地被包括作为待用于现场实地的即时检验(poct)诊断的组成部分。lfia测试可作为竞争性或夹心测定法进行操作。夹心lfia类似于夹心elisa。样品首先遇到用针对靶抗原的抗体标记的着色颗粒。测试线还将包含针对同一靶标的抗体，尽管它可能结合至抗原上的不同表位。在阳性样品中，测试线将显示为着色带。在任何方面的一些实施方式中，侧流免疫测定法可以是双抗体夹心测定法、竞争性测定法、定量测定法或它们的变型。竞争性lfia类似于竞争性elisa。样品首先遇到用靶抗原或类似物标记的着色颗粒。测试线包含针对靶标/其类似物的抗体。样品中未标记的抗原将阻断抗体上的结合位点，从而阻止着色颗粒的摄取。在阴性样品中，测试线将显示为着色带。存在侧流技术的大量变型。也可以利用多个捕获区以产生多重测试。“浸量条带”或lfia试纸条和其它固体支持物的使用已在本领域中在针对大量抗原生物标志物的免疫测定法的情况下描述。美国专利号4,943,522、6,485,982、6,187,598、5,770,460、5,622,871、6,565,808；美国专利申请系列号10/278,676、美国专利申请系列号09/579,673和美国专利申请系列号10/717,082(以引用的方式将它们整体并入本文)是此类侧流测试装置的非限制性实例。描述使用“浸量条带”技术通过免疫化学测定法来检测可溶性抗原的专利的实例包括但不限于美国专利号4,444,880；4,305,924；和4,135,884；以引用的方式将其整体并入本文。这三项专利的设备和方法大体上描述了：在测定条带上的成分-抗原复合物之前，将第一成分固定至“浸量条带”上的固体表面，所述“浸量条带”暴露至含有可溶性抗原的溶液，所述可溶性抗原结合至固定在“浸量条带”上的成分。对这些“浸量条带”技术的教导进行修饰以用于使用本文所述的抗体测定多肽在本领域技术人员的技能范围之内。可使用其它技术检测样品中多肽的水平。一种此类的技术是斑点印迹，其为蛋白质印迹的改编(towbin等，proc.nat.acad.sci.76：4350(1979))。在蛋白质印迹中，可将多肽或其片段用去污剂解离并加热，并在转移至固体支持物(如硝酸纤维素膜或pvdf膜)之前在sds-page凝胶上进行分离。将该膜与对靶多肽或其片段具有特异性的抗体试剂一起孵育。然后洗涤膜以除去未结合的蛋白质和具有非特异性结合的蛋白质。然后将经可检测地标记的酶联二抗或检测抗体用于检测和评价待测样品中多肽的量。斑点印迹将蛋白质样品固定在支持物的限定区域上，然后像蛋白质印迹中一样用抗体和经标记的第二抗体进行探测。来自任一种形式的可检测标记的信号强度对应于存在的酶的量，并因此对应于多肽的量。可以例如通过光密度测定法来定量水平。在任何方面的一些实施方式中，作为非限制性实例，可以通过以下来测量靶标的水平：蛋白质印迹；免疫沉淀；酶联免疫吸附试验(elisa)；放射免疫测定(ria)；夹心测定；荧光原位杂交(fish)；免疫组织学染色；放射免疫测定；免疫荧光测定；质谱术和/或免疫电泳测定。在某些实施方式中，本文所述的基因表达产物可以替代地通过确定本文所述的基因的信使rna(mrna)表达的水平进行确定。可以从生物样品(如血液样品)中分离、衍生或扩增此类分子。检测mrna表达的技术是本领域技术人员已知的，并且可以包括但不限于pcr程序、rt-pcr、定量rt-pcr、northern印迹分析、差异基因表达、rnase保护测定、基于微阵列的分析、下一代测序；杂交方法等通常，pcr程序描述了基因扩增的方法，该方法由如下组成：(i)引物与核酸样品或文库中的特定基因或序列的序列特异性杂交，(ii)涉及使用热稳定的dna聚合酶的多轮次的退火、延伸和变性的后续扩增，以及(iii)对pcr产物筛选正确大小的条带。所使用的引物是具有足够长度和适当序列以提供聚合起始的寡核苷酸，即，每个引物被专门设计为与待扩增的基因座的链互补。在一个替代实施方式中，本文所述的基因表达产物的mrna水平可以通过逆转录(rt)pcr和定量rt-pcr(qrt-pcr)或实时pcr方法进行确定。rt-pcr和qrt-pcr的方法是本领域公知的。在任何方面的一些实施方式中，mrna的水平可以通过定量测序技术(例如下一代定量测序技术)进行测量。核酸序列的测序方法是本领域公知的。简而言之，可将获取自受试者的样品与一种或多种引物接触，所述引物特异性杂交至靶基因序列侧翼的单链核酸序列，并合成互补链。在一些下一代技术中，将衔接子(双链的或单链的)连接至样品中的核酸分子，然后从衔接子或衔接子兼容的引物进行合成。在一些第三代技术中，可以通过例如确定探针杂交的位置和模式，或测量单个分子穿过传感器时的一个或多个特征(例如，当核酸分子穿过纳米孔时电场的调制)来确定序列。测序的示例性方法包括但不限于sanger测序、双脱氧链终止、高通量测序、下一代测序、454测序、solid测序、polony测序、illumina测序、离子激流测序、杂交测序、纳米孔测序、helioscope测序、单分子实时测序、rnap测序等。用于执行这些测序方法的方法和方案在本领域中是已知的，参见例如“nextgenerationgenomesequencing”，michaljanitz编，wiley-vch；“high-throughputnextgenerationsequencing”，kwon和ricke编，humannapress，2011；以及sambrook等，molecularcloning：alaboratorymanual(第四版)，coldspringharborlaboratorypress，coldspringharbor，n.y.，usa(2012)；以引用的方式将其整体并入本文。本文所述基因的核酸序列已分配不同物种(例如人、小鼠和大鼠)的ncbi和ensbl登录号。本领域普通技术人员可以容易地从任一数据库索取本文所述的任何基因的序列。在任何方面的一些实施方式中，本文描述的基因、转录物或多肽的序列是自本申请提交日起在ncbi或ensmbl数据库中可获得的序列。因此，本领域技术人员可以基于已知序列设计合适的引物来确定相应基因的mrna水平。可以使用本领域中公知的多种方法中的任何一种从特定的生物样品中分离核酸和核糖核酸(rna)分子，所选择的特定分离方法适用于该特定的生物样品。例如，冻融和碱裂解程序可用于从固体材料中获得核酸分子；加热和碱裂解程序可用于从尿液中获取核酸分子；并且蛋白酶k提取可用于从血液中获得核酸(roiff，a等，pcr：clinicaldiagnosticsandresearch，springer(1994))。在任何方面的一些实施方式中，本文所述的一种或多种试剂(例如抗体试剂和/或核酸探针)可包含可检测的标记和/或包括产生可检测信号的能力(例如，通过催化将化合物转化为可检测产物的反应)。可检测标记可以包括例如：吸光染料、荧光染料或放射性标记。可检测标记、检测可检测标记的方法以及将可检测标记纳入试剂(例如抗体和核酸探针)中的方法在本领域中是公知的。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记可以包括可通过如下检测的标记：光谱手段；光化学手段；生物化学手段；免疫化学手段；电磁手段；放射化学手段；或化学手段，例如荧光手段、化学荧光手段或化学发光手段；或任何其它适当的手段。本文所述方法中使用的可检测标记可以是一级标记(其中，标记包含可被直接检测的部分或产生可被直接检测部分的部分)或二级标记(其中，可检测标记结合至另一部分以产生可检测信号，例如，如同在免疫标记中使用二抗和三抗一样常见)。可检测标记可通过共价或非共价手段连接至试剂。或者，可检测标记可以例如通过直接标记这样的分子而得以连接：该分子通过配体-受体结合对布置(arrangement)或其它此类特异性识别分子来实现与试剂结合。可检测标记可以包括但不限于：放射性同位素、生物发光化合物、发色团、抗体、化学发光化合物、荧光化合物、金属螯合物和酶。在其它实施方式中，将检测试剂用荧光化合物进行标记。当荧光标记的试剂暴露至具有适当波长的光时，由于荧光，荧光标记的试剂的存在可以被检测。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记可以是荧光染料分子或荧光团，包括但不限于：荧光素、藻红蛋白、藻蓝蛋白、邻苯二醛、荧光胺、cy3tm、cy5tm、别藻蓝蛋白(allophycocyanine)、德克萨斯红、perideninchlorophyll、青色素、串联缀合物如藻红蛋白-cy5tm、绿色荧光蛋白、罗丹明、异硫氰酸荧光素(fitc)和oregongreentm、罗丹明及衍生物(例如德克萨斯红和四罗丹明异硫氰酸酯(tetrarhodimineisothiocynate，tritc))、生物素、藻红蛋白、amca、cydyestm、6-羧基荧光素(6-carboxyfhiorescein；通常以缩写fam和f被知晓)、6-羧基-2’，4’，7’，4，7-六氯荧光素(6-carboxy-2’，4’，7’，4，7-hexachlorofiuorescein，hex)、6-羧基-4’，5’-二氯-2’，7’-二甲氧基荧光素(joe或j)、n，n，n’，n’-四甲基-6羧基罗丹明(tamra或t)、6-羧基-x-罗丹明(rox或r)、5-羧基罗丹明-6g(r6g5或g5)、6-羧基罗丹明-6g(r6g6或g6)和罗丹明110；青色素染料，例如cy3、cy5和cy7染料；香豆素，例如伞形酮；苯甲亚胺染料，例如hoechst33258；菲啶染料，例如德克萨斯红；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩噁嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料，例如青色素染料如cy3、cy5等；bodipy染料和喹啉染料。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记可以是放射性标记，包括但不限于：3h、125i、35s、14c、32p和33p。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记可以是酶，包括但不限于：辣根过氧化物酶和碱性磷酸酶。酶标记可以产生例如化学发光信号、有色信号或荧光信号。考虑用于可检测地标记抗体试剂的酶包括但不限于：苹果酸脱氢酶、葡萄球菌核酸酶、δ-v-类固醇异构酶、酵母醇脱氢酶、α-磷酸甘油脱氢酶、磷酸丙糖异构酶、辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、天冬酰胺酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶、核糖核酸酶、脲酶、过氧化氢酶、葡萄糖-vi-磷酸脱氢酶、葡萄糖淀粉酶和乙酰胆碱酯酶。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记是化学发光标记，包括但不限于：光泽精、鲁米诺、萤光素、异鲁米诺、芳香吖啶酯(theromaticacridiniumester)、咪唑、吖啶盐和草酸酯。在任何方面的一些实施方式中，可检测标记可以是光谱比色标记，包括但不限于：胶体金或着色玻璃或塑料(例如聚苯乙烯、聚丙烯和胶乳)珠。在任何方面的一些实施方式中，检测试剂还可用可检测标签(例如c-myc、ha、vsv-g、hsv、flag、v5、his或生物素)进行标记。还可使用其它检测系统，例如生物素-链霉亲和素系统。在这一系统中，与感兴趣的生物标志物具有免疫反应性(即具有特异性)的抗体是生物素化的。使用链霉亲和素-过氧化物酶缀合物和显色底物对结合至生物标志物的生物素化抗体的量进行确定。此类链霉亲和素过氧化物酶检测试剂盒是可商购得到的，例如来自dako，carpinteria，ca。抗体试剂还可以使用荧光发射金属(例如152eu或镧系的其它金属)可检测地标记。可以使用此类金属螯合基团将这些金属连接至试剂，所述金属螯合基团如二乙烯三胺五乙酸(dtpa)或乙二胺四乙酸(edta)。在任何方面的一些实施方式中，表达水平是从受试者获取的样品中的水平。本文所使用的术语“样品”或“测试样品”是指从生物体获取或分离的样品，例如来自受试者的血液或组织样品。在任何方面的一些实施方式中，本发明涵盖生物样品的数个实例。在任何方面的一些实施方式中，生物样品是细胞、或组织、或外周血、或体液。示例性的生物学样品包括但不限于活检、肿瘤样品、生物流体样品；血液；血清；血浆；尿；精液；黏液；组织活检；器官活检；滑液；胆汁；脑脊液；粘膜分泌物；积液；汗液；唾液；和/或组织样品等。该术语还包括上述样品的混合物。术语“测试样品”还包括未经处理或经预处理的(或经预加工的)生物样品。在任何方面的一些实施方式中，测试样品可以包含来自受试者的细胞。在任何方面的一些实施方式中，从受试者获取的样品可以是活检样品。在任何方面的一些实施方式中，从受试者获取的样品可以是血液或血清样品。在任何方面的一些实施方式中，样品是从受试者获取的支气管内活检、支气管刷检样品、支气管活检、支气管内刷检样品、大的气道活检、大的气道刷检样品、鼻上皮细胞、痰和/或血液。在任何方面的一些实施方式中，样品是从右主干支气管或左主干支气管获取的支气管刷检样品。测试样品可通过从受试者中移除样品而获得，但也可以通过使用先前分离的样品(例如，在之前的时间点分离以及由同一人或另一人分离)来完成。在任何方面的一些实施方式中，测试样品可以是未经处理的测试样品。本文所使用的短语“未经处理的测试样品”是指这样的测试样品：该测试样品除了稀释和/或悬浮在溶液中外没有进行任何预先的样品前处理。用于处理测试样品的示例性方法包括但不限于：离心、过滤、超声、匀浆、加热、冷冻和解冻以及它们的组合。在任何方面的一些实施方式中，测试样品可以是冷冻测试样品，例如冷冻组织。在采用本文所述的方法、测定法和系统之前，可将冷冻样品解冻。解冻后，冷冻样品可被离心，然后使其接受本文所述的方法、测定法和系统。在任何方面的一些实施方式中，测试样品是通过例如离心和采集包含澄清测试样品的上清液而澄清的测试样品。在任何方面的一些实施方式中，测试样品可以是预加工的测试样品，例如，从选自于由如下处理所组成的组中的处理产生的上清液或滤液：离心、过滤、解冻、纯化以及它们的任意组合。在任何方面的一些实施方式中，测试样品可以用化学和/或生物试剂处理。化学和/或生物试剂可用于在加工过程中保护和/或保持样品、包括样品中的生物分子(例如核酸和蛋白)的稳定性。一种示例性试剂是蛋白酶抑制剂，通常用于在加工过程中保护或保持蛋白的稳定性。本领域技术人员熟知适合对用于确定本文所述表达产物的水平所需要的生物学样品进行预加工的方法和过程。在任何方面的一些实施方式中，本文所述的方法、测定法和系统可以进一步包括从受试者获得测试样品的步骤。在任何方面的一些实施方式中，受试者可以是人类受试者。在任何方面的一些实施方式中，如本文其它地方所述，受试者可以是需要治疗(例如具有或被诊断为具有)癌前病变的受试者，或处于发展出支气管癌前病变的风险中或处于发展出支气管癌前病变的增高的风险中的受试者。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品包括形态正常的组织或细胞，例如，组织或细胞并不来自病变并且对于它们的体内位置显示正常的形态。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品基本上由形态正常的组织或细胞组成。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品由形态正常的组织或细胞组成。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品包括视觉上正常的组织或细胞，例如，所述组织或细胞不来自病变，并且对于人类肉眼而言，其对于它们的体内位置具有正常的外观。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品基本上由视觉上正常的组织或细胞组成。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品由视觉上正常的组织或细胞组成。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品包括支气管癌前病变细胞。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品基本上由支气管癌前病变细胞组成。在任何方面的一些实施方式中，活检或刷检样品由支气管癌前病变细胞组成。小于参比水平的水平可以是相对于参比水平少至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约60％、至少约80％、至少约90％或更少的水平。在任何方面的一些实施方式中，小于参比水平的水平可以是统计学上显著小于参比水平的水平。大于参比水平的水平可以是相对于参比水平多至少约10％、至少约20％、至少约50％、至少约60％、至少约80％、至少约90％、至少约100％、至少约200％、至少约300％、至少约500％或更多的水平。在任何方面的一些实施方式中，大于参比水平的水平可以是统计学上显著大于参比水平的水平。在任何方面的一些实施方式中，参比可以是在不具有或没有被诊断为具有支气管癌前病变、和/或不表现出支气管癌前病变迹象或症状的受试者群体中的靶分子的水平。在任何方面的一些实施方式中，参比还可以是对照样品、对照个体的合并样品中的靶分子的表达水平或基于它们的数值或数值范围。在任何方面的一些实施方式中，参比可以是在较早的时间点获取自相同受试者的样品中的靶分子的水平，例如，本文所述的方法可以用于确定受试者对给定疗法的敏感性或应答是否随时间变化，或者其病变亚型是否变化。在任何方面的一些实施方式中，确定不超过200个其它基因的表达产物的水平。在任何方面的一些实施方式中，确定不超过100个其它基因的表达产物的水平。在任何方面的一些实施方式中，确定不超过20个其它基因的表达产物的水平。在任何方面的一些实施方式中，确定不超过10个其它基因的表达产物的水平。在前述方面的一些实施方式中，可以相对于一种或多种参比基因或参比蛋白的表达水平对给定基因的表达水平进行归一化。在一些实施方式中，参比水平可以是与待确定表达水平的样品/受试者具有相似细胞类型、样品类型、样品处理的样品中的水平，和/或获取自年龄、性别和其它人口统计学参数相似的受试者的样品中的水平。在一些实施方式中，测试样品和对照参比样品是相同类型的，即，获取自相同的生物来源，并且包含相同的组成(例如，相同数量和类型的细胞)。在任何方面的一些实施方式中，参比水平可以是非增殖性参比水平，例如，不包含增殖性病变或来自不具有增殖性病变的受试者的组织或细胞中的水平。例如，该水平可以是炎性、分泌性或正常样病变亚型的水平或其平均或合并。在一些实施方式中，本文所述的方法涉及治疗具有或被诊断为具有支气管癌前病变的受试者。医师可以使用诊断支气管癌前病变的当前方法来鉴别具有支气管癌前病变的受试者。可能有助于诊断例如支气管癌前病变的测试包括但不限于支气管镜检术、自发荧光支气管镜检术等。支气管癌前病变的家族病史或暴露于支气管癌前病变的风险因素(例如香烟烟雾)也可以帮助确定受试者是否可能具有支气管癌前病变或帮助进行支气管癌前病变的诊断。可向患有或被诊断为患有支气管癌前病变的受试者给予本文描述的组合物和方法。在一些实施方式中，本文描述的方法包括向受试者给予有效量的本文所述的组合物以减轻支气管癌前病变的症状。如本文所使用的，“减轻支气管癌前病变的症状”是改善支气管癌前病变相关的任何病症或症状。与等同的未处理的对照相比，通过任何标准技术进行测量，这种降低为至少5％、10％、20％、40％、50％、60％、80％、90％、95％、99％或者更多。本领域技术人员已知将本文描述的组合物给予至受试者的各种方法。这些方法可以包括但不限于口服给予、肠胃外给予、静脉内给予、肌内给予、皮下给予、透皮给予、呼吸道(气雾剂)给予、肺部给予、皮肤给予、局部给予、注射给予或瘤内给予。给予可以是局部的或全身的。本文所述的方法可以预防、延迟或减缓肺癌(例如肺鳞状细胞癌)的发展。在任何方面的一些实施方式中，根据本发明方法进行治疗的受试者不是患有肺癌的受试者。在任何方面的一些实施方式中，根据本发明方法进行治疗的受试者是不患有肺癌的受试者。在任何方面的一些实施方式中，根据本发明方法进行治疗的受试者是不患有或未患有过肺癌的受试者。在任何方面的一些实施方式中，根据本发明方法进行治疗的受试者处于患肺癌的风险中。在任何方面的一些实施方式中，受试者是具有支气管癌前病变的受试者。在任何方面的一些实施方式中，受试者是吸烟者。在任何方面的一些实施方式中，受试者是前吸烟者。在任何方面的一些实施方式中，所述受试者是不吸烟者。本文所述的治疗(例如抗增殖药物、抗炎药物或免疫刺激药物)可以全身性给予、通过吸入和/或局部给予至受试者的气道的任何部分(包括鼻和口)。在任何方面的一些实施方式中，本文所述的治疗(例如抗增殖药物、抗炎药物或免疫刺激药物可以在支气管镜检术或刷检过程中i)全身性给予、以及ii)通过吸入或局部给予至受试者气道的任何部位(包括鼻和口)。抗增殖药物是抑制细胞生长和/或分裂的药物，例如细胞抑制剂，其中这是化合物在相关情况下的主要活性。抗增殖药物的非限制性实例可包括cdk抑制剂(例如，purvalanol-a、帕博西尼、ribociclib、abemaciclib和olomoucineii)；hdac抑制剂(例如，thm-i-94、伏立诺他、givinostat)；parp抑制剂(例如，ag-14361、奥拉帕尼、rucaparib、尼拉帕尼、talazoparib、veliparib、pamiparib、cep9722、e7016、iniparib、3-氨基苯甲酰胺)；jak抑制剂(例如，jak3-抑制剂-vi、芦可替尼、托法替尼、奥拉替尼、巴瑞克替尼、peficitinib、非戈替尼、cerdulatinib、gandotinib、lestaurtinib、momelotinib、pacritinib、pf-04965842、upadacitinib、fedratinib、葫芦素、chz868)；jnk抑制剂(例如，zg-10、as-601245、am-111)；mtor抑制剂(例如，azd-8055、pi-103、雷帕霉素、替西罗莫司、依维莫司、ridaforolimus、雷帕霉素类似物(rapalogs)、西罗莫司)；flt3抑制剂(例如，lestaurtinib、tg-101348、吉瑞替尼、奎扎替尼、米哚妥林、索拉非尼、舒尼替尼)；pi3k抑制剂(例如，gdc-0941、pi-828、渥曼青霉素、ly294002、hibisconec、idelalisib、copanlisib、duvelisib、alpelisib、taselisib、哌立福新、buparlisib、umbralisib、px-866、dactolisib、cudc-907、voxtalisib、me-401、ipi-549、sf1126、pr6530、ink1117、pictilisib、xl147、palmoid529、gsk1059615、zstk474、pwt33597、ic87114、tg100-115、cal263、rp6503、pi-103、gne-477、aezs-136)；akt抑制剂(例如，a-443644、扑蛲灵、vqd-002、哌立福新、米替福新、mk-2206、azd5363、ipataseritib)；酪氨酸激酶抑制剂(例如，aminopurvalanol-a、su-11652、伊马替尼、吉非替尼、厄洛替尼、舒尼替尼、adavosertib、拉帕替尼)；蛋白激酶抑制剂(例如，hg-5-113-01、adavosertib、阿法替尼、阿昔替尼、bosuntinib、西妥昔单抗、conbimetinib、克唑替尼、卡博替尼、达沙替尼、恩曲替尼、厄达替尼、厄洛替尼、fostamatinib、吉非替尼、依鲁替尼、伊马替尼、拉帕替尼、乐伐替尼、mubritinib、尼洛替尼、帕唑帕尼、哌加他尼(pegaptanib)、鲁索替尼、索拉非尼、舒尼替尼、su6656、凡德他尼、维罗非尼)；rna聚合酶抑制剂(例如，放线菌素d、雷公藤内酯醇(triptolide))；拓扑异构酶抑制剂(例如，pidorubicine、阿霉素、喜树碱(campothecins)、茚并异喹啉、indotecan、imdimitecan、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、icrf-193、染料木素)；hsp抑制剂(例如，hsp90-抑制剂、17-n-烯丙基氨基-17-去甲氧基格尔德霉素(17aag)、gamitrinib)；dna蛋白激酶抑制剂(例如，pik-75)；粘着斑激酶抑制剂(例如，pf-562271、pf573，228、pf-271、nvp-226、y15、pnd-1186、gsk2256098、vs-6062、vs-6063、vs-4718)；rna合成抑制剂(柔红霉素)；介质释放抑制剂(例如，er-27319)；以及ezh2抑制剂(dznep、epz005687、ei1、gsk126、unc1999、epz-6438、他泽司他(tazemetostat))。抗增殖药物的进一步非限制性实例包括乙酰胆碱受体拮抗剂(例如，氯氮平、喹硫平、阿托品、苯托品、比哌立登、扑尔敏、西酞普兰、dycyclomine、dimenthydrinate、苯海拉明、多塞平、多西拉敏、胃长宁、glycopyrronium、天仙子胺、ipratropium、奥芬那君、oxitropium、奥昔布宁、异丙嗪、溴丙胺太林、东莨菪碱、索利那新、索利那新、托特罗定、噻托溴铵、苯海索、托吡卡胺、筒箭毒碱、美加明、六甲铵、doxacurium、右美沙芬、bupriopion)；乙酰胆碱酯酶抑制剂(例如，毒扁豆碱、新斯的明、吡斯的明、ambenonium、demecarium、卡巴拉汀、菲衍生物、加兰他敏、α-蒎烯-非竞争性可逆、吡啶类、多奈哌齐、他克林、edrophonium、石杉碱甲、ladostigil、恩其明、山莴苣苦素和阿考替胺)；腺苷受体拮抗剂(例如，茶碱和可可碱)；肾上腺素能受体拮抗剂(例如，酚妥拉明、苯氧苄胺、普萘洛尔、nebivilol、阿替洛尔、心得平、美托洛尔、噻吗洛尔、吲哚洛尔、纳多洛尔、吲哚洛尔、艾司洛尔、醋丁洛尔、索他洛尔、他林洛尔、倍他洛尔、拉贝洛尔和卡维地洛)；血管紧张素受体拮抗剂(例如，坎地沙坦、依普沙坦、厄贝沙坦、氯沙坦、奥美沙坦、替米沙坦、缬沙坦)；凋亡刺激物(例如，积雪草酸、glycodeoxychoicacid)；环氧合酶抑制剂(例如，塞来昔布、罗非昔布)；细胞因子产生抑制剂(例如，西罗莫司、巴利昔单抗、达利珠单抗)；脱氢酶抑制剂(例如，霉酚酸酯、霉酚酸)；多巴胺受体拮抗剂(例如，苯哌利多、氯丙嗪、氯噻吨、氟哌利多、氟哌啶醇、氟奋乃静、三氟噻吨、氟司必林、五氟利多、甲哌丙嗪、奋乃静、匹莫齐特、螺环哌丁苯、舒必利、硫利达嗪、氨磺必利、aseanapine、阿立哌唑、氯氮平、洛沙平、奈莫必利、奥氮平、喹硫平、帕利哌酮、瑞莫必利、利培酮、泰必利、齐拉西酮、多潘立酮、溴必利、甲氧氯普胺、eticlopride、那法道曲、雷氯必利)；egfr抑制剂(例如，吉非替尼、厄洛替尼、iapatinib、奥希替尼、西妥昔单抗、来那替尼、pnaitumumab、凡德他尼、necitumumab、达可替尼)；erk1和erk2磷酸化抑制剂(例如，raf、ras或mek抑制剂)；雌激素受体激动剂(例如，炔雌醇、己烯雌酚、植物雌激素、他莫昔芬、氯米芬、雷洛昔芬)；谷氨酸受体拮抗剂(例如，ap5、巴比妥酸盐、右美沙芬、去甲右美沙芬、dizoclipin、伊波加因、艾芬地尔、氯胺酮、犬尿喹啉酸、美金刚、吡仑帕奈、苯环利定)；组胺受体拮抗剂(例如，西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁、尼扎替丁、罗沙替丁、拉呋替丁)；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂(epz004777、epz5676、bix01294)；ikk抑制剂(例如，姜黄素、酸藤子酚、金诺芬(auranofine)、紫铆因、imd0354、ikk16、sc514、bay11-7082、mrt67307、bms-345541、氨来呫诺、mln120b)；离子通道拮抗剂(例如，erastin)；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂(例如，mli-2、pf-06447475、gsk2578215、lrkk2-in1、hg10/102/01、czc-25146)；mdm抑制剂(例如，tenovin-2、idasanutlin、sp141mi-773、ro8994、amg232、nutlin-3)；单胺氧化酶抑制剂(例如，联氨、异卡波肼、烟肼酰胺、苯乙肼、肼卡巴嗪、tnrylcypromine、二苯美仑(befemelane)、吗氯贝胺、吡吲哚、托洛沙酮、雷沙吉兰、司来吉兰、沙芬酰胺)；核仁磷酸蛋白抑制剂(例如，eapb0503、nsc348884、rev37-47cigb-300、avrainvillamide、鱼藤素、eptg、ytr107)；ppar受体激动剂(例如，氯贝丁酯、吉非罗齐、环丙贝特、苯扎贝特、非诺贝特、噻唑烷二酮类、bw501516、阿格列扎、muraglitizar、tesaglitzar)；磷酸二酯酶抑制剂(例如，长春西汀、enha、bay60-7550、氧化吲哚、pdp、ibmx、氨茶碱、praxanthine、己酮可可碱、可可碱、氨力农(inamrinone)、米力农、依诺昔酮、阿那格雷、西洛他唑、匹莫苯)；sirt抑制剂(例如，(s)-2-phentyl-6-氯、8-溴-色满-4-酮、3’-苯乙氧基-2-苯胺苯甲酰胺)；钠通道阻滞剂(例如，普鲁卡因胺、奎尼丁、丙吡胺、利多卡因、美西律、妥卡尼、苯妥英、恩卡尼、氟卡尼、莫雷西嗪、普罗帕酮)；以及维生素d受体激动剂(例如，eb1089、bxl-01-0029、elocalcitol)。在一些实施方式中，在本文所述的任何情况下缺乏抗炎活性的抗增殖药物可包括jak抑制剂、jnk抑制剂、akt抑制剂、蛋白激酶抑制剂、rna聚合酶抑制剂、hsp抑制剂、dna蛋白激酶抑制剂、粘着斑抑制剂、rna合成抑制剂和介质释放抑制剂本文所使用的术语“抗炎”是指能够减轻或抑制炎症的化合物，其中这是该化合物在相关背景下的主要活性。本文所使用的术语“抗炎药物”或“抗炎剂”用于描述可用于减轻或抑制炎症的任何化合物(包括其类似物、衍生物、前药和药学上的盐)。抗炎药物的非限制性实例可包括nfkb途径抑制剂(例如9-甲基-5h-6-硫杂-4，5-二氮杂--6，6-二氧化物、地诺单抗、双硫仑、奥美沙坦、二硫代氨基甲酸酯、新烟草碱、bay11-7082、棕榈酰乙醇胺、iguartimod)；蛋白质合成抑制剂(例如氯霉素)；抗il1b抗体(例如canakinumab)；糖皮质激素受体激动剂(例如地塞米松、米非司酮)；以及tgfβ受体抑制剂(例如ly-364947、gw-755.55、ly-2109761、galunisertib、sb431542、sb-525334)。抗增殖药物的进一步的非限制性实例包括乙酰胆碱受体拮抗剂；乙酰胆碱酯酶抑制剂；腺苷受体拮抗剂；肾上腺素能受体拮抗剂；血管紧张素受体拮抗剂；凋亡刺激剂；环氧合酶抑制剂；细胞因子产生抑制剂；脱氢酶抑制剂；多巴胺受体拮抗剂；egfr抑制剂；erk1和erk2磷酸化抑制剂；雌激素受体激动剂；谷氨酸受体拮抗剂；组胺受体拮抗剂；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂；ikk抑制剂；离子通道拮抗剂；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂；mdm抑制剂；单胺氧化酶抑制剂；核仁磷酸蛋白抑制剂；ppar受体激动剂；磷酸二酯酶抑制剂；sirt抑制剂；钠通道阻滞剂和维生素d受体激动剂。在一些实施方式中，在本文所述的任何情况下缺乏抗增殖活性的抗炎药物可包括蛋白质合成抑制剂和tgfβ受体抑制剂。在本文中应注意，例如取决于背景，单个化合物可表现出多种活性。取决于背景(例如，与试剂接触/给予试剂的细胞或受试者)，可主要表现出抗炎活性和/或抗增殖活性的试剂的非实例可以包括乙酰胆碱受体拮抗剂、乙酰胆碱酯酶抑制剂、腺苷受体拮抗剂、肾上腺素能受体拮抗剂、血管紧张素受体拮抗剂、细胞凋亡刺激剂、aurora激酶抑制剂、cdk抑制剂、环氧合酶抑制剂、细胞因子产生抑制剂、脱氢酶抑制剂、多巴胺受体拮抗剂、egfr抑制剂、erk1和erk2磷酸化抑制剂、雌激素受体激动剂、flt3抑制剂、糖皮质激素受体激动剂、谷氨酸受体拮抗剂、hdac抑制剂、组胺受体拮抗剂、组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂、hsp抑制剂、ikk抑制剂、离子通道拮抗剂、kit抑制剂、富亮氨酸重复序列激酶抑制剂、mek抑制剂、mdm抑制剂、磷酸二酯酶抑制剂、单胺氧化酶抑制剂、mtor抑制剂、nfkb途径抑制剂、核仁磷酸蛋白抑制剂、parp抑制剂、pi3k抑制剂、ppar受体激动剂、raf抑制剂、sirt抑制剂、钠通道阻滞剂、拓扑异构酶抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂、vegfr抑制剂和维生素d受体激动剂。免疫刺激药物是增高免疫系统的活性(优选针对癌细胞或发育异常的细胞)的药物，其中这是化合物在相关背景下的主要活性。本文所使用的术语“免疫刺激药物”或“抗炎剂”用于描述可用于刺激免疫系统的任何化合物(包括其类似物、衍生物、前药和药学上的盐)。免疫刺激药物的非限制性实例可包括免疫检查点抑制剂(例如针对pd-1、pd-l1、ctla4和lag3的抑制剂)；刺激干扰素信号传导的药物(例如改善干扰素信号传导的抗病毒药物，如pegintron、派罗欣、referona、uniferon、multiferon、rebif、avonex、cinnovex、betaseron、actimmune、reiferon、pegetron)；dna合成抑制剂(例如，tas-102、nc-6004、更昔洛韦)；cdk抑制剂(例如，purvalanol-a、帕博西尼、ribociclib、abemaciclib和olomoucineii)；核糖核苷酸还原酶抑制剂(例如，motexafin、羟基脲、氟达拉滨、克拉屈滨、吉西他滨、tezacitabine、triapine、麦芽酚镓、硝酸镓)；二氢叶酸还原酶抑制剂(例如，氨甲蝶呤、piritrexam、环氯胍、jpc-2056)；拓扑异构酶抑制剂((例如，pidorubicine、阿霉素、喜树碱、茚并异喹啉、indotecan、imdimitecan、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、icrf-193、染料木素)；flt3抑制剂(例如，lestaurtinib、tg-101348、吉瑞替尼、奎扎替尼、米哚妥林、索拉非尼、舒尼替尼)；igf-1抑制剂；mek抑制剂(例如，曲美替尼、cobimetinib、贝美替尼、司美替尼、pd-325901、tak-733)；aurora激酶抑制剂(例如，zm447439、橙皮苷、vx-680)；pkc抑制剂(例如，ruboxistaurin、白屈菜红碱、宫部苔草酚c、杨梅苷、棉酚、毛蕊花苷、bim-1、bryostate1、他莫昔芬)；raf抑制剂(例如，维罗非尼、gdc-0879、plx-4720、索拉非尼、达拉非尼、lgx818)；pdfgr/kit抑制剂(例如，伊马替尼、舒尼替尼、索拉非尼、帕唑帕尼、尼洛替尼、motesanib、linifenib)；vegfr抑制剂(例如，阿昔替尼、卡博替尼、乐伐替尼、帕唑帕尼、凡德他尼)；src抑制剂(例如，kx2-391、伯舒替尼、塞卡替尼、pp1、pp2、槲皮素、dastabinib)；维甲酸受体拮抗剂(例如，阿利维甲酸、异维甲酸)；hdac抑制剂(例如，thm-i-94、伏立诺他、givinostat)；dna甲基转移酶抑制剂(例如，氮杂胞苷、地西他滨、zeublarine)；以及ezh2抑制剂(dznep、epz005687、ei1、gsk126、unc1999、epz-6438、他泽司他)。在一些实施方式中，在本文所述的任何情况下缺乏抗增殖/炎性活性的免疫刺激药物可包括免疫检查点抑制剂(例如，针对pd-1、pd-l1、ctla4和lag3的抑制剂)；刺激干扰素信号传导的药物(例如改善干扰素信号传导的抗病毒药物)；dna合成抑制剂；imdh抑制剂；核糖核苷酸还原酶抑制剂；二氢叶酸还原酶抑制剂；src抑制剂；维甲酸受体激动剂；hdac抑制剂和dna甲基转移酶抑制剂。本文所使用的术语“有效量”是指减轻疾病或病症的至少一种或多种症状所需的组合物的量，并且涉及足以提供期望效果的药理学组合物的量。因此，术语“治疗有效量”是指当给予典型受试者时足以提供特定治疗效果的组合物的量。在各种情况下，本文所使用的有效量还将包括足以延迟疾病症状的发展、改变疾病症状的进程(例如但不限于减缓疾病症状的进展)或逆转疾病症状的量。因此，指定确切的“有效量”通常是不实际的。然而，对于任何给定的情况，本领域普通技术人员可以仅使用常规实验来确定合适的“有效量”。有效量、毒性和治疗效果可以通过细胞培养或实验动物中的标准药学程序来确定，例如用于确定ld50(对群体的50％而言致死的剂量)和ed50(在群体的50％中治疗有效的剂量)的程序。剂量可以根据使用的剂型和使用的给予途径而变化。毒性和治疗效果之间的剂量比是治疗指数，并且可以表示为比值ld50/ed50。表现出大的治疗指数的组合物和方法是优选的。治疗有效剂量可以从细胞培养物测定开始估算。另外，可以在动物模型中制定剂量以达到包括在细胞培养中或合适的动物模型中确定的ic50(即活性成分的浓度，其达到症状的半数最大抑制)的循环血浆浓度范围。例如，可以通过高效液相色谱测量血浆中的水平。任何特定剂量的效果可以通过合适的生物测定法来监测，例如本文所述的基因表达的测定等。该剂量可以由医生确定，并根据需要进行调整以适应观察到的治疗效果。在一些实施方式中，本文所述的技术涉及包含如本文所述的药物和任选的药学上可接受的载体的药物组合物。在一些实施方式中，药物组合物的活性成分包含如本文所述的药物。在一些实施方式中，药物组合物的活性成分基本上由如本文所述的药物组成。在一些实施方式中，药物组合物的活性成分由如本文所述的药物组成。药学上可接受的载体和稀释剂包括生理盐水、缓冲水溶液、溶剂和/或分散介质。这些载体和稀释剂的使用在本领域中是众所周知的。可用作药学上可接受的载体的材料的一些非限制性实例包括：(1)糖，如乳糖、葡萄糖和蔗糖；(2)淀粉，如玉米淀粉和马铃薯淀粉；(3)纤维素及其衍生物，如羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、乙基纤维素、微晶纤维素和纤维素乙酸酯；(4)粉末状黄蓍胶；(5)麦芽；(6)明胶；(7)润滑剂，如硬脂酸镁、月桂基硫酸钠和滑石；(8)赋形剂，如可可脂和栓剂蜡；(9)油，如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；(10)二醇类，如丙二醇；(11)多元醇，如甘油、山梨醇、甘露醇和聚乙二醇(peg)；(12)酯，如油酸乙酯和月桂酸乙酯；(13)琼脂；(14)缓冲剂，如氢氧化镁和氢氧化铝；(15)海藻酸；(16)无热原水；(17)等渗盐水；(18)林格氏溶液；(19)乙醇；(20)ph缓冲溶液；(21)聚酯，聚碳酸酯和/或聚酐；(22)膨胀剂，如多肽和氨基酸(23)血清组分，如血清白蛋白、hdl和ldl；(22)c2-c12醇，如乙醇；以及(23)药学制剂中使用的其它无毒相容性物质。润湿剂、着色剂、脱模剂、包衣剂、甜味剂、调味剂、芳香剂、防腐剂和抗氧化剂也可以存在于制剂中。术语如“赋形剂”、“载体”、“药学上可接受的载体”等在本文中可互换使用。在一些实施方式中，载体抑制活性剂的降解。在一些实施方式中，包含如本文所述的药物的药物组合物可以是肠胃外剂型。由于肠胃外剂型的给予通常绕过患者对抗污染物的天然防御，肠胃外剂型优选是无菌的或能够在给予患者之前被灭菌。肠胃外剂型的实例包括但不限于准备好用于注射的溶液、准备好被溶解或悬浮于药学上可接受的溶媒中的用于注射的干燥产品、准备好用于注射的悬浮液和乳剂。另外，可以制备用于给予至患者的控释肠胃外剂型，包括但不限于型剂型和剂量倾卸。可用于提供如本文所公开的药物的肠胃外剂型的合适溶媒对本领域技术人员是众所周知的。实例包括但不限于：无菌水；注射用水usp；生理盐水；葡萄糖溶液；水性溶媒，例如但不限于氯化钠注射液、林格氏注射液、右旋糖注射液、右旋糖和氯化钠注射液以及乳酸盐林格氏注射液；与水混溶的溶媒，例如但不限于乙醇、聚乙二醇和丙二醇；以及非水性溶媒，例如但不限于玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、油酸乙酯、肉豆蔻酸异丙酯以及苯甲酸苄酯。改变或修改本文公开的药物的药学上可接受的盐的溶解度的化合物也可以被掺入本公开的肠胃外剂型(包括常规的和控释的肠胃外剂型)中。例如，还可以将包含药物的药物组合物配制成适于口服给予的分散剂型，例如但不限于片剂(包括但不限于刻痕片剂或包衣片剂)、丸剂、囊片、胶囊、可咀嚼片剂、粉末包装、扁囊剂、锭剂、糯米纸囊剂、气溶胶喷雾剂或液体，例如但不限于糖浆剂、酏剂、处于水性溶液中的悬液剂或溶液剂、非水性液体、水包油乳剂或油包水乳剂。这样的组合物含有预定量的所公开的化合物的药学上可接受的盐，并且可以通过本领域技术人员熟知的药学方法制备。通常参见remington：thescienceandpracticeofpharmacy，第21版，lippincott，williams，andwilkins，philadelphiapa(2005)。常规剂型通常提供从制剂的快速或即时的药物释放。根据药物的药理学和药代动力学，常规剂型的使用会导致患者血液和其它组织中的药物浓度的大幅波动。这些波动可能影响许多参数，例如剂量频率、作用开始、功效持续时间、治疗血液水平的维持、毒性、副作用等。有利地，控释制剂可用于控制药物的作用开始、作用持续时间、治疗窗内的血浆水平和血液峰值水平。具体而言，可以使用控释或缓释剂型或制剂来确保实现药物的最大有效性，同时使潜在的不利影响和安全性问题最小化，这在药物剂量不足(即低于最低治疗水平)以及超过药物的毒性水平时都可能会发生。在一些实施方式中，药物能够以持续释放制剂给予。控释药学产品具有改善药物治疗的共同目标，这优于其非控释对应物所达到的目标。理想的是，在药物治疗中使用最佳设计的控释制剂的特征在于在最短的时间内通过使用最少量的药物物质来治愈或控制病症。控释制剂的优势包括：1)药物活性的延长；2)减少的剂量频率；3)增加的患者依从性；4)使用总量较少的药物；5)减少局部或全身性副作用；6)药物积累的最小化；7)血液水平波动的减少；8)治疗功效的改善；9)增强作用的减小或药物活性的丧失；以及10)改善疾病或病症的控制速度。kim，cherng-ju，controlledreleasedosageformdesign，2(technomicpublishing，lancaster，pa.：2000)。大多数控释制剂被设计为开始释放一定量的药物(活性成分)，及时产生期望的治疗效果，然后逐渐并持续地释放另外量的药物以维持该水平的治疗或预防效果至延长的一段时间。为了在体内维持这种恒定的药物水平，药物必须从剂型中以代替从机体代谢和排泄的药物量的速度被释放。可以通过各种条件来刺激活性成分的控释，所述条件包括但不限于ph、离子强度、渗透压、温度、酶、水以及其它生理条件或化合物。各种已知的控释或缓释剂型、配方和装置可适用于本公开的盐和组合物。实例包括但不限于在美国专利号：3,845,770、3,916,899、3,536,809、3,598,123、4,008,719、5,674,533、5,059,595、5,591,767、5,120,548、5,073,543、5,639,476、5,354,556、5,733,566以及6,365,185b1中描述的那些。将其各自通过引用的方式并入本文。这些剂型可以使用例如羟丙基甲基纤维素、其它聚合物基质、凝胶、可渗透膜、渗透系统(例如(alzacorporation，mountainview，calif.usa))或者使用处于不同比例的提供期望的释放曲线的上述物质的组合物，而被用于提供一种或多种活性成分的缓慢释放或控释。在任何方面的一些实施方式中，本文所述的药物作为单一疗法给予，例如，不向受试者给予用于支气管癌前病变的另一治疗。在任何方面的一些实施方式中，本文所述的方法可以进一步包括向受试者给予第二试剂和/或治疗，例如作为组合疗法的一部分。在某些实施方式中，可以向患者给予一次有效剂量的组合物，所述组合物包含本文所述的药物。在某些实施方式中，可以重复向患者给予有效剂量的组合物，所述组合物包含本文所述的药物。对于系统性给予，可以向受试者给予治疗量的包含药物的组合物，例如0.1mg/kg、0.5mg/kg、1.0mg/kg、2.0mg/kg、2.5mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、40mg/kg、50mg/kg或更多。在一些实施方式中，在初始治疗方案(initialtreatmentregimen)之后，可以基于较低频率给予治疗。例如，每两周治疗进行三个月后，可以每月重复一次治疗，持续六个月或一年或更长时间。根据本文所述方法的治疗可以使病症的症状或标志物的水平降低例如至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％或更多。本文所述组合物的剂量可以由医师确定，并可根据需要进行调整以适合所观察到的治疗效果。关于治疗的持续时间和频率，熟练的临床医生通常会监测受试者，以确定治疗何时提供治疗益处，并确定是否增加或减少剂量、增加或减少给药频率、中止治疗、恢复治疗或对治疗方案进行其它更改。取决于许多临床因素(例如受试者对活性成分的敏感性)，给药时间表(dosingschedule)可以从一周一次到每天一次。期望的激活的剂量或量可以一次给予，或分为亚剂量(例如2-4个亚剂量)并在一段时间内(例如以一天中的适当间隔或其它合适的时间表)给予。在一些实施方式中，给予可以是长期的，例如在数周或数月的时间内每天给予一次或多次剂量和/或治疗。给药和/或治疗时间表的实例是在1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月或6个月或更长的时间段内每天、每天两次、每天三次或每天四次或更多次给予。可以在一段时间内(例如在5分钟、10分钟、15分钟、20分钟或25分钟的时间段内)给予包含本文所述的药物的组合物。根据本文所述的方法，药物的给药剂量范围取决于例如药物的形式、其效力以及期望将本文所述病症的症状、标志物或指标减少的程度(例如就病变大小而言的期望的减少百分比或例如期望诱导的病变亚型改变的程度)。剂量不应太大以致引起不良副作用。通常，剂量将随患者的年龄、状况和性别而变化，并且可以由本领域技术人员确定。在任何并发症的情况下，剂量也可以由个体医生进行调整。熟练的临床医生可以确定药物在例如治疗本文所述病症或诱导本文所述应答(例如病变大小的减少)中的功效。然而，如果在根据本文所述方法的治疗后，本文所述病症的一种或多种症状或迹象(signs)以有益的方式改变、其它临床上可接受的症状改善或甚至缓解、或诱导了期望的应答(例如至少10％)，则如本文所使用的术语，该治疗被视为“有效治疗”。可以例如通过测量根据本文所述方法治疗的病症的发生率、标志物、指标和/或症状或任何其它合适的可测量参数来评估功效。通过住院治疗或需要医学干预评估的个体恶化的失败(即疾病进展停止)，也可以测量功效。测量这些指标的方法是本领域技术人员已知的和/或在本文中描述。治疗包括对个体或动物(一些非限制性实例包括人或动物)的疾病的任何治疗，并且包括：(1)抑制疾病，例如防止症状(例如疼痛或炎症)恶化；或(2)减轻疾病的严重程度，例如引起症状消退。对于疾病治疗而言的有效量是指当给予有需要的受试者时足以产生对该疾病而言的如本文所定义的术语的有效治疗的量。可以通过评估期望的应答或病症的物理指标来确定试剂的功效。通过测量这些参数中的任何一个或参数的任何组合来监测给药和/或治疗的功效完全在本领域技术人员的能力范围内。可以在本文所述病症的动物模型中评估功效，例如支气管癌前病变的小鼠模型的治疗。当使用实验动物模型时，当观察到标志物(例如病变大小或基因表达)的统计学显著变化时，治疗的功效得以证明。本文所使用的“基于支气管镜检术的程序”是指允许检查支气管和/或肺的任何内窥镜检查技术。基于支气管镜检术的程序可以包括白光支气管镜检术、自发荧光支气管镜检术、可曲式支气管镜检术、硬式支气管镜检术、支气管肺泡灌洗术等。基于支气管镜检术的程序可以进一步包括活检、刷检或组织采样。除了治疗方法之外，本文描述的方法和生物标志物标签可被应用于预测受试者中的肺癌的风险和/或确定治疗功效或对进一步治疗的需要的方法。例如，从增殖性或炎性亚型向正常样或分泌性亚型的转变将表明治疗已有效或可以中断治疗。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块5基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言增高；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块5基因的表达水平随时间增高；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平随时间降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块9基因和/或至少一种模块10基因的表达水平，其中，所述至少一种模块10基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言增高；和/或所述至少一种模块9基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块10基因和/或至少一种模块9基因的表达水平，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块9基因和/或至少一种模块10基因的表达水平，其中，所述至少一种模块10基因的表达水平随时间增高；和/或所述至少一种模块9基因的表达水平随时间降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或的至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块2基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言增高；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平与非增殖性病变参比水平相比而言降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了预测受试者发展至肺癌的风险或可能性的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块2基因的表达水平随时间增高；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平随时间降低，表明发展至肺癌的增高的风险或可能性。在任何实施方式的一个方面，本文描述了确定治疗功效的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，给予治疗或候选治疗，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块5基因的表达水平随时间降低；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平随时间增高，表明该治疗有效。在任何实施方式的一个方面，本文描述了确定治疗功效的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块10基因和/或至少一种模块9基因的表达水平，给予治疗或候选治疗，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块9基因和/或至少一种模块10基因的表达水平，其中，所述至少一种模块10基因的表达水平随时间降低；和/或所述至少一种模块9基因的表达水平随时间增高，表明该治疗有效。在任何实施方式的一个方面，本文描述了确定治疗功效的方法，该方法包括：检测在第一时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，给予治疗或候选治疗，并检测在随后的第二时间点获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中，所述至少一种模块2基因的表达水平随时间降低；和/或所述至少一种模块6基因的表达水平随时间增高，表明该治疗有效。在任何实施方式的一个方面，本文描述的方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块5基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中确定不超过1,000个(例如，不超过500个、400个、300个、200个或100个)基因的表达水平。在任何实施方式的一个方面，本文描述了如下方法，该方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块9基因和/或至少一种模块10基因的表达水平，其中确定不超过1,000个(例如，不超过500个、400个、300个、200个或100个)基因的表达水平。在任何实施方式的一个方面，本文描述的方法包括：检测获取自受试者的样品中的至少一种模块2基因和/或至少一种模块6基因的表达水平，其中确定不超过1,000个(例如，不超过500个、400个、300个、200个或100个)基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，样品是支气管刷检样品。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一个基因选自表14或表15。表13.表14.从3,936个中选择22个基因来预测验证同生群(支气管内活检)中的分子亚型表15.从22个基因(表14)中选择8个基因以预测支气管刷检中是否为增殖性亚型表16.用于预测分类为增殖性亚型的支气管内活检中的进行性/持续性与退行性的112个基因。模块9中与进行性/退行性相关的基因。这些基因包含在表13中。本文描述的方法涉及确定至少一种基因的表达水平。在任何方面的一些实施方式中，所述至少一种基因可以是选自表13、表14、表15和/或表16的一个或多个基因。在任何方面的一些实施方式中，表13、表14和表16的基因列表与组织学范围从正常到癌前的支气管内活检样品有关。在任何方面的一些实施方式中，当所述样品是支气管内活检样品，所述一个或多个基因选自表13、表14和/或表16。在任何方面的一些实施方式中，表15与正常的支气管刷检有关。在任何方面的一些实施方式中，当样品是支气管刷检样品(例如，正常组织的刷检样品)，所述一个或多个基因选自表15。在任何方面的一些实施方式中，选自表13或表16的一个或多个基因不是b2m、hla-dra、hla-drb1或hla-dpa1。在任何方面的一些实施方式中，如果选自表13或表16的一个或多个基因包括b2m、hla-dra、hla-drb1和/或hla-dpa1，则选择来自表13或表16的至少一个额外的基因。为了方便起见，以下提供说明书、实施例和所附权利要求中使用的一些术语和短语的含义。除非另有说明或从上下文暗示，否则以下术语和短语包含下面提供的含义。提供这些定义是为了帮助描述特定实施方式，并且不旨在限制要求保护的发明，因为本发明的适用范围仅由权利要求限制。除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。如果本领域术语的使用与本文提供的定义之间存在明显差异，以说明书中提供的定义为准。为了方便起见，在此收集本文、说明书、实施例和所附权利要求中使用的某些术语。如本文所使用的，术语“癌症”通常涉及一类疾病或病症，其中异常细胞不受控制的分裂并且可以侵袭邻近的组织。癌症细胞也可以通过血液系统和淋巴系统扩散到机体的其它部分。存在多种主要类型的癌症。癌是起始于皮肤或者内衬或覆盖内脏器官的组织中的癌症。肉瘤是起始于骨、软骨、脂肪、肌肉、血管或其它结缔组织或支持组织的癌症。白血病是始于例如骨髓的造血组织并且引起大量的异常血细胞产生并进入血液的癌症。淋巴瘤和多发性骨髓瘤是起始于免疫系统的细胞的癌症。中枢神经系统癌症是起始于脑组织和脊髓组织的癌症。在任何方面的一些实施方式中，癌症是原发性癌症。在任何方面的一些实施方式中，癌症是恶性癌症。如本文所使用的术语“恶性的”是指其中的一群肿瘤细胞显示出一种或多种不受控制的生长(例如超出正常限度的分裂)、侵袭(例如侵入并破坏邻近的组织)和转移(例如通过淋巴和血液扩散到机体的其它位置)的癌症。如本文所使用的术语“转移”是指癌症从机体的一个部分扩散到另一部分。由已扩散的细胞形成的肿瘤称为“转移性肿瘤”或“转移瘤”。转移性肿瘤含有与原始(原发性)肿瘤中的细胞相似的细胞。如本文所使用的术语“良性的”或“非恶性的”是指可以长的更大但不会扩散到机体其它部分的肿瘤。良性肿瘤是自限性的并且通常不会侵袭或转移。“癌症细胞”或“肿瘤细胞”是指癌性生长物或组织的单个细胞。肿瘤通常是指由细胞的异常生长形成的肿块或病变，其可以是良性的、癌前病变的或者恶性的。大多数癌症细胞形成肿瘤，但一些(例如白血病)并不必然形成肿瘤。对于形成肿瘤的那些癌症细胞，术语癌症(细胞)和肿瘤(细胞)可互换使用。本文所使用的术语“赘生物(neoplasm)”是指组织(例如异常的组织块)的任何新的和异常的生长，其生长超过正常组织并且与正常组织不协调。因此，赘生物可以是良性赘生物、癌前赘生物或恶性赘生物。患有癌症或肿瘤的受试者是具有存在于受试者体内的客观上可测量的癌症细胞的受试者。此定义包括恶性、活跃增殖性癌症，以及潜在的休眠肿瘤或微转移。从其原始位置迁移并播种另外的重要器官的癌症通过受影响的器官的功能恶化而最终导致受试者死亡。癌症的实例包括但不限于恶性上皮肿瘤(carcinoma)、淋巴瘤、胚细胞瘤、肉瘤、白血病、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑和cns癌症、乳腺癌、腹膜癌、宫颈癌、绒毛膜癌、结肠和直肠癌、结缔组织癌症、消化系统的癌症、子宫内膜癌、食管癌、眼癌、头颈癌、胃癌(包括胃肠癌)、胶质母细胞瘤(gbm)、肝癌、肝细胞瘤、上皮内赘生物、肾癌或肾脏癌、喉癌、白血病、肝癌、肺癌(例如，小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺的腺癌和肺的鳞状癌)、淋巴瘤(包括霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、黑色素瘤、骨髓瘤、神经母细胞瘤、口腔癌(例如唇、舌、口和咽)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、直肠癌、呼吸系统的癌症、唾液腺癌、肉瘤、皮肤癌、鳞状细胞癌、胃癌、睾丸癌、甲状腺癌、子宫或子宫内膜癌、泌尿系统的癌症、外阴癌以及其它恶性上皮肿瘤和肉瘤、以及b细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(nhl)、小淋巴细胞性(sl)nhl、中间级/滤泡性nhl、中间级扩散性nhl、高级成免疫细胞性nhl、高级成淋巴细胞性nhl、高级小型非裂化细胞nhl、大肿块病nhl、套细胞淋巴瘤、aids相关淋巴瘤、以及waldenstrom巨球蛋白血症、慢性淋巴细胞白血病(cll)、急性淋巴细胞白血病(all)、毛细胞白血病、慢性髓细胞白血病、以及移植后淋巴细胞增殖性紊乱(ptld)；以及与斑痣病、水肿(如与脑肿瘤相关的水肿)以及meigs综合征相关的异常的血管增殖。“癌细胞”是体内、离体或组织培养中的癌性的、癌前的或转化的细胞，其具有并不必然涉及新的遗传物质的摄取的自发的或诱导的表型改变。虽然转化可以产生自转化病毒的感染以及新基因组核酸的整合或外源核酸的摄取，但也可以自发地或暴露于致癌物后产生，从而使内源基因突变。转化/癌症与以下有关，例如，形态学改变、细胞永生化、异常的生长控制、集落形成、锚定非依赖性、恶性、失去接触抑制和生长密度限制、生长因子或血清独立性、肿瘤特异性标志物、侵袭性或转移以及在合适的动物宿主(例如裸鼠)中的肿瘤生长。术语“减少”、“降低”、“下降”或“抑制”在本文中全部用于意指统计学上显著的量的减少。在一些实施方式中，“降低”、“下降”或“减少”或“抑制”通常表示与参比水平相比(例如不存在给定治疗或试剂)，降低至少10％，并且可以包括例如，减少至少约10％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约98％、至少约99％或更多。如本文所使用的“减少”或“抑制”不包括与参比水平相比完全的抑制或减少。“完全抑制”是与参比水平相比的100％抑制。降低可以优选降低至在对没有给定紊乱的个体而言的正常范围内的可接受的水平。术语“增加的”、“增加”、“增强”或“激活”在本文中全部用于意指统计学上显著的量的增加。在一些实施方式中，术语“增加的”、“增加”、“增强”或“激活”可以表示与参比水平相比增加至少10％，例如增加至少约20％或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或直到并包括100％的增加、或与参比水平相比在10％至100％之间的任何增加，或者至少约2倍、或者至少约3倍、或者至少约4倍、或者至少约5倍、或至少约10倍的增加、或者与参比水平相比，在2倍至10倍或更大之间的任何增加。在标志物或症状的背景中，“增加”是这种水平的统计学上显著的增加。如本文所使用的“受试者”是指人或动物。通常动物是脊椎动物，如灵长类动物、啮齿动物、家畜或狩猎动物。灵长类动物包括黑猩猩、食蟹(cynomologous)猴、蜘蛛猴和猕猴，例如恒河猴。啮齿动物包括小鼠、大鼠、土拨鼠、雪貂、兔子和仓鼠。家畜和狩猎动物包括奶牛、马、猪、鹿、野牛、水牛；猫科动物，例如家猫；犬科动物，例如狗、狐狸、狼；禽类，例如鸡、鸸鹋、鸵鸟；以及鱼类，如鳟鱼、鲶鱼和鲑鱼。在一些实施方式中，受试者是哺乳动物，例如灵长类动物(例如人)。术语“个体”、“患者”和“受试者”在本文中可互换使用。优选地，受试者是哺乳动物。哺乳动物可以是人、非人灵长类动物、小鼠、大鼠、狗、猫、马或牛，但不限于这些实例。除人以外的哺乳动物可以有利地用作代表支气管癌前病变动物模型的受试者。受试者可以是雄性或雌性。受试者可以是先前已经诊断为或被认定正在遭受或患有需要治疗的病症(例如支气管癌前病变)或者一种或多种与这种病症相关的并发症，并且任选已经接受了支气管癌前病变或者与支气管癌前病变相关的一种或多种并发症的治疗。或者，受试者也可以是先前未被诊断为患有支气管癌前病变或者与支气管癌前病变相关的一种或多种并发症的受试者。例如，受试者可以是显示出支气管癌前病变或者与支气管癌前病变有关的一种或多种并发症的一种或多种危险因素的受试者，或不表现出危险因素的受试者。针对特定病症的“需要治疗的受试者”可以是患有该病症的受试者、被诊断为患有该病症的受试者或处于发展出该病症的风险中的受试者。如本文所使用的在本文中可以互换使用的术语“蛋白质”和“多肽”指代通过相邻残基的α-氨基和羧基之间的肽键彼此连接的一系列氨基酸残基。术语“蛋白质”和“多肽”是指氨基酸的聚合物，包括经修饰的氨基酸(例如磷酸化、糖化、糖基化等)和氨基酸类似物，不管其大小或功能。“蛋白质”和“多肽”通常用于提及相对大的多肽，而术语“肽”通常用于提及小的多肽，但是本领域中这些术语的使用重叠。当提及基因产物及其片段时，术语“蛋白质”和“多肽”在本文中可互换使用。因此，示例性的多肽或蛋白质包括前述的基因产物、天然存在的蛋白质、同系物、直系同源物、旁系同源物、片段和其它等价物、变体、片段和类似物。在本文所述的多种实施方式中，在进一步考虑之列的是涵盖所描述的任何具体多肽的变体(天然存在的或其它的变体)、等位基因、同源物、保守修饰变体和/或保守置换变体。对于氨基酸序列，本领域技术人员将认识到，当改变引起将氨基酸置换为化学上类似的氨基酸并保留了多肽的期望活性时，对经编码的序列中的单个氨基酸或少部分氨基酸进行改变的核酸、肽、多肽或蛋白序列的各个置换、缺失或添加是“保守修饰变体”。此类保守修饰变体在与本公开相一致的多态变体、种间同源物和等位基因的基础之上另外存在，并且不排除与本公开相一致的多态变体、种间同源物和等位基因。给定氨基酸可以被具有相似理化特性的残基替代，例如，将一个脂肪族残基置换为另一脂肪族残基(例如用ile、val、leu或ala互相置换)，或将一个极性残基置换为另一极性残基(例如lys和arg之间；glu和asp之间；或gln和asn之间)。其它这样的保守置换(例如置换具有类似疏水性特征的整个区域)是公知的。可以通过本文所述的任何一种测定法对包含保守氨基酸置换的多肽进行测试，以确认保留了期望活性(例如天然或参考多肽的活性和特异性)。氨基酸可以根据其侧链性质的相似性进行分组(在a.l.lehninger，biochemistry，第二版，pp.73-75，worthpublishers，newyork(1975)中)：(1)非极性：ala(a)、val(v)、leu(l)、ile(i)、pro(p)、phe(f)、trp(w)、met(m)；(2)不带电的极性：gly(g)、ser(s)、thr(t)、cys(c)、tyr(y)、asn(n)、gln(q)；(3)酸性：asp(d)、glu(e)；(4)碱性：lys(k)、arg(r)、his(h)。或者，可基于共同的侧链特性将天然存在的残基分为如下的组：(1)疏水的：正亮氨酸、met、ala、val、leu、ile；(2)中性亲水的：cys、ser、thr、asn、gln；(3)酸性的：asp、glu；(4)碱性的：his、lys、arg；(5)影响链取向的残基：gly、pro；(6)芳香的：trp、tyr、phe。非保守置换牵涉到将这些类别之一的成员更换为另一类别。具体的保守置换包括例如：将ala置换为gly或置换为ser；将arg置换为lys；将asn置换为gln或置换为his；将asp置换为glu；将cys置换为ser；将gln置换为asn；将glu置换为asp；将gly置换为ala或置换为pro；将his置换为asn或置换为gln；将ile置换为leu或置换为val；将leu置换为ile或置换为val；将lys置换为arg、置换为gln或置换为glu；将met置换为leu、置换为tyr或置换为ile；将phe置换为met、置换为leu或置换为tyr；将ser置换为thr；将thr置换为ser；将trp置换为tyr；将tyr置换为trp；和/或将phe置换为val、置换为ile或置换为leu。在一些实施方式中，本文所述的多肽(或编码此类多肽的核酸)可以是本文所述的氨基酸序列之一的功能片段。本文所使用的“功能片段”是根据本文在下文所述的测定法保留了至少50％的野生型参考多肽的活性的肽的片段或节段。功能片段可包含本文公开的序列的保守置换。在一些实施方式中，本文所述的多肽可以是本文所述的序列的变体。在一些实施方式中，变体是保守修饰变体。保守置换变体可以通过例如天然核苷酸序列的突变获得。本文所指的“变体”是与天然多肽或参考多肽实质上同源的多肽，但是该多肽由于一个或多个缺失、插入或置换而具有与天然多肽或参考多肽的氨基酸序列不同的氨基酸序列。编码变体多肽的dna序列涵盖这样的序列：当与天然dna序列或参考dna序列相比时，所述序列包含一个或多个核苷酸的添加、缺失或置换，但是编码保留活性的变体蛋白或其片段。多种基于pcr的位点特异性诱变方法在本领域中是已知的，并且可以被普通技术人员应用。变体氨基酸或dna序列可以与天然或参考序列具有至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更高的同一性。天然序列和突变序列之间的同源性程度(同一性百分比)可以通过例如使用万维网上通常用于此目的的免费可用的计算机程序(例如具有默认设置的blastp或blastn)对两个序列进行比较来确定。天然氨基酸序列的改变可通过本领域技术人员已知的多种技术的任一种来完成。例如，可通过合成含有突变序列的寡核苷酸(其侧翼具有允许与天然序列的片段连接的限制性位点)而在特定基因座处引入突变。连接后，所得到的重构序列编码具有期望的氨基酸插入、置换或缺失的类似物。或者，可使用寡核苷酸指导的位点特异性诱变方法来提供具有根据所需的置换、缺失或插入而改变的特定密码子的改变的核苷酸序列。用于进行此类改变的技术已经充分建立，并包括例如由walder等(gene42：133，1986)；bauer等(gene37：73，1985)；craik(biotechniques，1985年1月，12-19)；smith等(geneticengineering：principlesandmethods，plenumpress，1981)；以及美国专利号4,518,584和4,737,462所公开的技术，通过引用将它们整体并入本文。通常，还可用丝氨酸对不参与维持多肽的适当构象的任何半胱氨酸残基进行置换，以改进分子的氧化稳定性并防止异常交联。相反，可将半胱氨酸键添加至多肽，以改进多肽的稳定性或促进寡聚化。本文所使用的术语“核酸”或“核酸序列”是指掺入核糖核酸、脱氧核糖核酸或它们的类似物的单元的任何分子，优选聚合物分子。核酸可为单链或双链的。单链核酸可为变性双链dna的一条核酸链。或者，单链核酸可为不源自任何双链dna的单链核酸。在一方面，核酸可为dna。在另一方面，核酸可为rna。合适的dna可包括例如基因组dna或cdna。合适的rna可包括例如mrna。术语“表达”是指在产生rna和蛋白质以及适当时产生分泌蛋白质中涉及的细胞进程，包括但不限于可应用至例如转录、转录加工、翻译和蛋白质折叠、修饰和加工。表达可以指源自本发明的一个或多个核酸片段的有义(mrna)或反义rna的转录和稳定积累，和/或指mrna翻译成多肽。在一些实施方式中，本文描述的生物标志物、靶标或基因/多肽的表达是组织特异性的。在一些实施方式中，本文描述的生物标志物、靶标或基因/多肽的表达是全局的。在一些实施方式中，本文描述的生物标志物、靶标或基因/多肽的表达是全身性的。“表达产物”包括从基因转录的rna和通过翻译从基因转录的mrna获得的多肽。术语“基因”是指当与合适的调控序列可操作地连接时，在体外或体内转录(dna)为rna的核酸序列。该基因可能包含或可能不包含编码区之前和之后的区域，例如，5′非翻译(5′utr)或“前导”序列和3′utr或“尾”序列，以及各个编码区段(外显子)之间的插入序列(内含子)。在本发明的上下文中，“标志物”是指例如核酸或多肽的表达产物，与取自对照受试者(例如健康受试者)的可比较的样品相比，所述表达产物在获取自具有特定亚型的支气管癌前病变的受试者的样品中差异地存在。术语“生物标志物”与术语“标志物”可互换使用。在一些实施方式中，本文描述的方法涉及测量、检测或确定至少一种标志物的水平。如本文所使用的，术语“检测”或“测量”是指观察来自例如探针、标签或靶分子的信号，以指示样品中分析物存在。可以使用本领域已知的用于检测特定标记部分的任何方法进行检测。示例性的检测方法包括但不限于光谱方法、荧光方法、光化学方法、生物化学方法、免疫化学方法、电学方法、光学方法或化学方法。在任何方面的一些实施方式中，测量可以是定量观察。如本文所使用的术语“治疗”、“疗法”、“处理”或“改善”是指治疗性的处理，其中目的是逆转、缓解、改善、抑制、减缓或停止与疾病或紊乱(例如，支气管癌前病变)有关的病症的进展或严重程度。术语“治疗”包括减轻或缓解与支气管癌前病变相关的病症、疾病或紊乱的至少一种不利作用或症状。如果一种或多种症状或临床标志物减少，治疗通常是“有效的”。或者，如果疾病的进展减缓或停止，则治疗是“有效的”。也就是说，“治疗”不仅包括症状或标志物的改善，还包括与没有治疗时预期的相比，停止或至少减缓症状的进展或恶化。有益或期望的临床结果包括但不限于，减轻一种或多种症状、减少疾病的程度、稳定(即不恶化)疾病状态、延迟或减缓疾病进展、改善或缓和疾病状态、缓解(不论部分或全部)和/或降低死亡率，无论是可检测的或不可检测的。术语疾病的“治疗”还包括缓解疾病的症状或副作用(包括姑息治疗)。本文所使用的术语“药物组合物”是指活性剂与药学上可接受的载体(例如药学工业中常用的载体)联合。短语“药学上可接受的”在本文中用于指在合理的医学判断范围内，适用于与人类和动物的组织接触而没有过多的毒性、刺激性、过敏反应或其它问题或并发症，与合理的利益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。在任何方面的一些实施方式中，药学上可接受的载体可以是水以外的载体。在任何方面的一些实施方式中，药学上可接受的载体可以是乳膏(cream)、乳液、凝胶、脂质体、纳米颗粒和/或软膏(ointment)。在任何方面的一些实施方式中，药学上可接受的载体可以是人工载体或工程化载体，例如，不会发现活性成分天然存在的载体。如本文所使用的术语“给予”是指通过引起药剂在期望部位的至少部分递送的方法或途径将本文公开的化合物置于受试者中。包含本文公开的化合物的药物组合物可以通过任何产生受试者的有效治疗的适当的途径给予。在一些实施方式中，给予包括人类的身体活动，例如注射、摄入动作、施加动作和/或对输送装置或机器的操纵。此类活动可以例如由医学专业人员和/或受治疗的受试者来进行。本文所使用的“接触”是指用于将试剂递送或暴露于至少一个细胞的任何合适的方式，示例性的递送方法包括但不限于直接递送至细胞培养基、灌注、注射或本领域技术人员公知的其它递送方法。在一些实施方式中，接触包括人类的身体活动，例如注射；分配、混合和/或倾倒的动作；和/或对输送装置或机器的操纵。本文所使用的术语“抑制剂”是指可以使活性或过程或靶分子的表达和/或活性降低例如至少10％或更多，例如降低10％或更多、50％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多、95％或更多或98％或更多。本文所使用的术语“药物”、“化合物”或“试剂”可互换使用，并且是指分子和/或组合物。化合物/试剂包括但不限于化学化合物和化学化合物的混合物，例如小的有机或无机分子；糖精(saccharines)；寡糖；多糖；生物大分子(例如肽、蛋白质以及肽类似物和衍生物)；拟肽；核酸；核酸类似物和衍生物；由生物材料(例如细菌、植物、真菌或动物细胞或组织)制成的提取物；天然存在或合成的组合物；肽；适体；以及抗体和内抗体(intrabodies)，或它们的片段。在一些实施方式中，本文使用的“药物”是指例如由fda批准用于医学用途的试剂。术语“统计学上显著”或“显著”是指统计显著性，并且通常意指两个标准偏差(2sd)或更大的差异。除了在操作实例中或另有指示的情况下，本文所使用的表示成分的量或反应条件的所有数字应理解为在所有情况下均由术语“约”修饰。当与百分率相连时，术语“约”可以表示±1％。本文所使用的术语“包含/包括/含有(comprising)”表示除了所存在的限定的要素之外，其它要素也可存在。“包含/包括/含有”的使用表明包括而非限制。术语“由......组成”是指如本文所述的组合物、方法及其相应组件，其排除了在该实施方式的描述中没有列举的任何元素。如本文所使用的术语“基本上由......组成”是指给定的实施方式所需的那些元素。该术语允许存在不实质影响本发明的实施方式的基础和新颖性或功能性特征的额外的要素的存在。除非上下文另外明确指出，否则单数术语“一”、“一个”和“该”包括复数指代。类似地，除非上下文另有明确指示，词语“或”旨在包括“和”。尽管可以在本公开的实践或测试中使用与本文描述的方法和材料类似或等同的方法和材料，但是下面描述了合适的方法和材料。缩写“e.g.”源自拉丁文exempligratia，并在此用于表示非限制性实例。因此，缩写“e.g.”与术语“例如”同义。本文所公开的本发明的替代性要素或实施方式的分组不应解释为限制。各组成员可单独地提及和请求保护或者与该组其它成员或本文出现的其它要素任意组合地来提及和请求保护。出于方便和/或专利性的原因，组的一个或多个成员可被包含在组中或从组中删除。当任何此类包含或删除发生时，本文认为本申请文件包含经修饰的组，从而满足所附权利要求中使用的所有马库什组的书面描述。除非本文另有明确定义，与本申请相关使用的科学和技术术语应具有本公开所属领域的普通技术人员所通常理解的含义。应理解的是，本发明不限于本文所述的特定的方法学、方案和试剂等，并且这些可能会变化。本文所使用的术语仅用于描述特定实施方式的目的，并且不打算限制本发明的范围，本发明的范围仅由权利要求书所定义。免疫学和分子生物学常用术语的定义可以参见themerckmanualofdiagnosisandtherapy，第20版，由mercksharp&dohmecorp.出版，2018(isbn0911910190，978-0911910421)，roberts.porter等(编)；theencyclopediaofmolecularcellbiologyandmolecularmedicine，blackwellscienceltd.出版，1999-2012(isbn9783527600908)；以及roberta.meyers(编)，molecularbiologyandbiotechnology：acomprehensivedeskreference，由vchpublishers，inc.出版，1995(isbn1-56081-569-8)；immunologybywernerluttmann，由elsevier出版，2006；janeway′simmunobiology，kennethmurphy，allanmowat，caseyweaver(编)，w.w.norton&company，2016(isbn0815345054，978-0815345053)；lewin′sgenesxi，由jones&bartlettpublishers出版，2014(isbn-1449659055)；michaelrichardgreenandjosephsambrook，molecularcloning：alaboratorymanual，第4版，coldspringharborlaboratory出版社，coldspringharbor，n.y.，usa(2012)(isbn1936113414)；davis等，basicmethodsinmolecularbiology，elseviersciencepublishinginc.，newyork，usa(2012)(isbn044460149x)；laboratorymethodsinenzymology：dna，jonlorsch(编)，elsevier，2013(isbn0124199542)；currentprotocolsinmolecularbiology(cpmb)，frederickm.ausubel(编)，johnwileyandsons，2014(isbn047150338x，9780471503385)；currentprotocolsinproteinscience(cpps)，johne.coligan(编)，johnwileyandsons，inc.，2005；以及currentprotocolsinimmunology(cpi)(johne.coligan，adamkruisbeek，davidhmargulies，ethanmshevach，warrenstrobe，(编)johnwileyandsons，inc.，2003(isbn0471142735，9780471142737)；以引用的方式将其内容全部整体并入本文。本文在本发明的各个方面的描述内定义了其它术语。出于描述和公开的目的，将本申请全文中引用的所有专利和其它出版物，包括参考文献、授权专利、公开的专利申请以及共同未决的专利申请以引用的方式明确地并入本文，例如，在此类出版物中描述的可与本文所述技术关联使用的方法学。这些出版物仅由于它们的公开早于本申请的申请日而提供。在这一方面没有任何内容应被视作承认本发明人没有资格借助于先前的发明或因为任何其它原因而将此类的公开提前。所有关于这些文件的日期的声明或关于这些文件的内容的表述是基于申请人可获得的信息，并不构成关于这些文件的日期或内容的正确性的任何承认。本公开的实施方式的描述并非旨在穷举或将本公开限制为所公开的精确形式。虽然本文中出于说明的目的描述了本公开的具体实施方式和实例，但是相关领域的技术人员将认识到，在本公开的范围内的各种等同的修改是可能的。例如，虽然方法步骤或功能以给定的顺序呈现，但替代实施方式可以以不同的顺序执行功能，或者可以基本上同时执行功能。本文提供的公开的教导可适当地应用于其它程序或方法。本文描述的各种实施方式可以组合以提供进一步的实施方式。如果需要，可以修改本公开的各方面以使用上述参考文献和申请的组合物、功能和概念来提供本公开的进一步的实施方式。可以根据具体的描述对本公开做出这些改变以及其它改变。所有这些修改旨在被包括在所附的权利要求的范围内。任何前述实施方式的特定元件可以被其它实施方式中的元素结合或替代。此外，尽管已经在这些实施方式的上下文中描述了与本公开的某些实施方式相关的益处，其它实施方式也可以表现出这样的益处，并且并非所有的实施方式都需要必须展现出落入本公开的范围内的益处。通过以下实例进一步说明本文所述的技术，所述实例决不应被解释为进一步限制。本文所描述的技术的一些实施方式可以根据以下编号的段落中的任一者定义：1.一种治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i.胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii.至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或iii.至少一种抗增殖药物；所述受试者被确定具有以下中的至少一种：与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块5基因的表达水平增高；以及与非增殖性病变参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。2.如段落1所述的方法，其中，所述至少一种模块5基因选自于由racgap1和tpx2所组成的组；并且所述至少一种模块6基因选自于由nek11和ift88所组成的组。3.如段落1-2中任一段所述的方法，其中，进一步确定所述受试者具有增高水平的至少一种模块7基因或模块4基因的表达。4.如段落3所述的方法，其中，所述至少一种模块7基因或模块4基因选自于由以下所组成的组：cox6a1；cox7a2；rpl26和rpl23。5.如段落1-4中任一段所述的方法，其中，确定表15的每个基因的表达水平。6.如段落1-5中任一段所述的方法，其中，所述至少一种抗增殖药物选自于由以下所组成的组：乙酰胆碱受体拮抗剂；乙酰胆碱酯酶抑制剂；腺苷受体拮抗剂；肾上腺素能受体拮抗剂；akt抑制剂；血管紧张素受体拮抗剂；凋亡刺激剂；aurora激酶抑制剂；cdk抑制剂；环氧合酶抑制剂；细胞因子产生抑制剂；脱氢酶抑制剂；dna蛋白激酶抑制剂；粘着斑抑制剂；多巴胺受体拮抗剂；egfr抑制剂；erk1和erk2磷酸化抑制剂；雌激素受体激动剂；ezh2抑制剂；flt3抑制剂；糖皮质激素受体激动剂；谷氨酸受体拮抗剂；hdac抑制剂；组胺受体拮抗剂；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂；hsp抑制剂；ikk抑制剂；离子通道拮抗剂；jak抑制剂；jnk抑制剂；kit抑制剂；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂；mdm抑制剂；介质释放抑制剂；mek抑制剂；mtor抑制剂；单胺氧化酶抑制剂；nfkb途径抑制剂；核仁磷酸蛋白抑制剂；parp抑制剂；ppar受体激动剂；pi3k抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；磷酸二酯酶抑制剂；蛋白激酶抑制剂；raf抑制剂；rna聚合酶抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；rna合成抑制剂；sirt抑制剂；钠通道阻滞剂；vegfr抑制剂；以及维生素d受体激动剂。7.如段落1-6中任一段所述的方法，其中，所述抗增殖药物作为吸入制剂或局部制剂给予。8.如段落1-7中任一段所述的方法，其中，所述抗增殖药物在基于支气管镜检术的程序期间给予。9.如段落1-8中任一段所述的方法，其中，所述抗增殖药物全身性地给予。10.如段落1-9中任一段所述的方法，其中，所述抗增殖药物在基于支气管镜检术的程序期间全身性地给予。11.如段落1-10中任一段所述的方法，其中，进一步确定所述受试者具有与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块10基因的增高的表达。12.如段落11所述的方法，其中，向确定为具有至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或至少一种模块10基因的增高的表达水平的所述受试者给予以下中的至少一种：i.胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；ii.至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；和/或iii.至少一种免疫刺激药物。13.一种治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i.胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；ii.至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种，在所述程序中将所述病变进行活检以移除异常组织；和/或iii.至少一种免疫刺激药物；所述受试者被确定为具有与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块9基因的降低的表达水平和/或与非增殖性病变参比水平相比的至少一种模块10基因的增高的表达水平。14.如段落11-13中任一段所述的方法，其中，所述模块9基因选自于由以下所组成的组：epsti1；ube2l6；b2m和tap1。15.如段落11-14中任一段所述的方法，其中，所述至少一种基因模块9基因选自表16。16.如段落11-15中任一段所述的方法，其中，所述模块10基因选自于由cacnb3和mapk10所组成的组。17.如段落11-16中任一段所述的方法，其中，所述至少一种免疫刺激药物选自于由以下所组成的组：免疫检查点抑制剂(例如针对pd-1、pd-l1、ctla4和lag3的抑制剂)；刺激干扰素信号传导的药物(例如改善干扰素信号传导的抗病毒药物)；dna合成抑制剂；imdh抑制剂；cdk抑制剂；核糖核苷酸还原酶抑制剂；二氢叶酸还原酶抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；flt3抑制剂；igf-1抑制剂；mek抑制剂；aurora激酶抑制剂；pkc抑制剂；raf抑制剂；pdfgr/kit抑制剂；vegfr抑制剂；src抑制剂；维甲酸受体激动剂；hdac抑制剂；dna甲基转移酶抑制剂；以及ezh2抑制剂。18.一种治疗支气管癌前病变的方法，所述方法包括向受试者给予以下中的至少一种：i.胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序二者；ii.至少每6个月，胸部ct扫描和用以调查中央气道的基于支气管镜检术的程序中的一种；和/或iii.至少一种抗炎药物；所述受试者被确定具有以下中的至少一种：与非炎性参比水平相比，至少一种模块2基因的表达水平增高；以及与非炎性参比水平相比，至少一种模块6基因的表达水平降低。19.如段落17所述的方法，其中，所述至少一种模块2基因选自于由msantd2、ccnl2和luc7l所组成的组；并且所述至少一种模块6基因选自于由nek11和ift88所组成的组。20.如段落17-18中任一段所述的方法，其中，进一步确定所述受试者具有至少一种模块7基因、模块1基因或模块8基因的增高的表达水平和/或至少一种模块4基因或至少一种模块5基因的降低的表达水平。21.如段落19所述的方法，其中，所述至少一种模块7基因选自于由rpl26和rpl23所组成的组。22.如段落19所述的方法，其中，所述至少一种模块1基因选自于由kirrel、phldb1和marveld1所组成的组。23.如段落19所述的方法，其中，所述至少一种模块8基因选自于由doc2、cd53和laptm所组成的组。24.如段落19所述的方法，其中，所述至少一种模块4基因选自于由cox6a1和cox7a2所组成的组。25.如段落19所述的方法，其中，所述至少一种模块5基因选自于由racgap1和tpx2所组成的组。26.如段落17-24中任一段所述的方法，其中，确定表15的每个基因的表达水平。27.如段落17-25中任一段所述的方法，其中，所述至少一种抗炎药物选自于由以下所组成的组：乙酰胆碱受体拮抗剂；乙酰胆碱酯酶抑制剂；腺苷受体拮抗剂；肾上腺素能受体拮抗剂；血管紧张素受体拮抗剂；抗il1b抗体；凋亡刺激剂；aurora激酶抑制剂；cdk抑制剂；环氧合酶抑制剂；细胞因子产生抑制剂；脱氢酶抑制剂；多巴胺受体拮抗剂；egfr抑制剂；erk1和erk2磷酸化抑制剂；雌激素受体激动剂；flt3抑制剂；糖皮质激素受体激动剂；谷氨酸受体拮抗剂；hdac抑制剂；组胺受体拮抗剂；组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂；hsp抑制剂；ikk抑制剂；离子通道拮抗剂；kit抑制剂；富亮氨酸重复序列激酶抑制剂；mek抑制剂；mdm抑制剂；磷酸二酯酶抑制剂；单胺氧化酶抑制剂；mtor抑制剂；nfkb途径抑制剂；核仁磷酸蛋白抑制剂；parp抑制剂；pi3k抑制剂；ppar受体激动剂；蛋白质合成抑制剂(例如氯霉素)；raf抑制剂；sirt抑制剂；钠通道阻滞剂；tgfβ受体抑制剂；拓扑异构酶抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；vegfr抑制剂；以及维生素d受体激动剂。28.如段落17-26中任一段所述的方法，其中，所述抗炎药物在基于支气管镜检术的程序期间给予。29.如段落17-27中任一段所述的方法，其中，所述抗炎药物全身性地给予。30.如段落17-28中任一段所述的方法，其中，所述抗炎药物在基于支气管镜检术的程序期间全身性地给予。31.如段落1-29中任一段所述的方法，其中，所述至少一种基因选自表14。32.如段落1-30中任一段所述的方法，其中，确定表14的每个基因的表达水平。33.如段落1-31中任一段所述的方法，其中，肺癌或肺鳞状细胞癌的发展被预防、迟滞或减缓。34.如段落1-32中任一段所述的方法，其中，所述肺癌是肺鳞状细胞癌。35.如段落1-33中任一段所述的方法，其中，所述表达水平是以下中的表达水平：获取自患者的支气管内活检、支气管内刷检样品、大的气道活检、大的气道刷检样品、鼻上皮细胞、痰或血液。36.如段落1-34中任一段所述的方法，其中，所述表达水平是获取自右主干支气管或左主干支气管的支气管刷检中的表达水平。37.如段落34-35中任一段所述的方法，其中，所述活检或刷检样品包含形态正常的组织或细胞。38.如段落34-35中任一段所述的方法，其中，所述活检或刷检样品由形态正常的组织或细胞组成。39.如段落1-34中任一段所述的方法，其中，所述表达水平是包含支气管癌前病变细胞的样品中的表达水平。40.如段落1-35中任一段所述的方法，其中，所述表达水平是包含形态正常细胞的样品中的表达水平。41.如段落1-36中任一段所述的方法，其中，所述受试者是吸烟者或前吸烟者。实施例实施例1：分子亚型分析揭示了与支气管癌前病变进展相关的免疫改变本文描述了可用于开发肺癌风险生物标志物和拦截策略的支气管癌前病变的分子表征和气道损伤区域，其用与进行性/持续性支气管发育异常相关的上皮和免疫改变鉴别。支气管癌前病变(pml)是肺鳞状细胞癌的前体，但具有可变的结果，并且缺乏对处于发展为浸润性癌症的最高风险中的pml进行鉴定和治疗的工具。通过rna-seq对获取自高危吸烟者的pml支气管内活检进行谱分析，鉴别出具有不同上皮和免疫过程的四种pml亚型。一种分子亚型(增殖性)富集有发育异常的病变，并表现出代谢和细胞周期途径的上调和纤毛过程的下调。来自表现正常的未受累的大的气道刷检的rna-seq图谱可以鉴别出具有高特异性的增殖性病变的受试者。在进行性/持续性增殖性病变中，干扰素信号传导和抗原加工/呈递途径的表达降低，并且免疫荧光指示出这些病变中的先天性和适应性免疫细胞的耗竭。在pml或未受累的气道中测量的分子生物标志物可以增强组织病理学分级，并表明免疫预防策略可能在拦截pml向肺癌的进展中有效。简介肺癌(lc)是导致癌症死亡的主要原因，每年夺走约160,000条美国的生命，多于结直肠癌、胰腺癌、乳腺癌和前列腺癌的总和。为了降低死亡率，需要创新的策略来通过在疾病的最早和潜在的最可治愈的阶段进行诊断来拦截癌症的发展。基于来自国家肺部筛查试验(1)结果的最新进展极大地改变了早期lc检测的面貌，因为对高危个体进行计算机断层扫描(ct)筛查显著降低了死亡率。尽管有着这一进展，但仍需要生物标志物来选择要进行lc筛查的个体，因为合格标准仅占美国诊断为患有lc的个体的少于27％(2)，并且在筛查时区分良性或癌性不确定性肺结节具有很高的假阳性率(＞90％)。在这一高风险人群中，存在迫切且并未满足的在疾病过程的更早期开发个性化治疗方法的需求，以在lc发病之前“拦截”lc。lc风险生物标志物和lc拦截策略的开发需要对呼吸上皮中发生的与肺癌变有关的最早的分子变化的详细理解(3，4)。暴露至香烟烟雾通过引起各种基因组改变在整个呼吸道中产生损伤区域，这可导致发展出癌前病变(pml)和lc的“处于风险中的”气道。肺鳞状细胞癌(lusc)发生在支气管气道的上皮层，并通常在此前通过从正常上皮到增生、鳞状化生、发育异常(轻度、中度和重度)、原位癌(cis)的逐步组织学进展而发展为pml，并且最后发展为浸润性然后转移的lusc(5)。实际上，尽管许多发育异常病变的确具有不同的结果，但高度持续性或进行性发育异常(中度或重度)的存在是在病变部位(推测在它们在该处是鳞状细胞肺癌的前体)和肺其它部位二者中lc风险增加的标志物(6)。但是，目前缺乏鉴别处于发展为浸润性癌的最高风险的pml的有效工具(7)。疾病进展标志物的开发将鉴别出处于高风险中的患者，建议新的肺癌化学预防剂，并提供用以监测肺癌预防试验结果的分子生物标志物。本文假设包含上皮细胞和免疫细胞的混合物的支气管活检的分子表征将使我们能够鉴别与高等级组织学和癌前病变进展相关的转录组改变。在这项研究中，mrna测序用于对通过连续支气管镜检术获取自高风险吸烟者的支气管内活检和刷检进行谱分析，所述高风险吸烟者通过自发荧光支气管镜检术和胸部ct经受肺癌筛查。使用支气管活检，鉴别了与临床表型和生物学过程相关的四种分子亚型。一种亚型(增殖性亚型)富集有具有发育异常组织学、高基底细胞和低纤毛细胞信号、以及与增殖相关通路的表达的活检。与退行性病变相比，增殖性亚型中的进行性/持续性病变中的与干扰素信号传导和t细胞介导的免疫有关的基因被下调，并且这些途径与先天性和适应性免疫细胞类型二者的减少相关。分入高级/进行性疾病组的活检的分子分类可用于将患者分为预防试验和监测治疗效果。结果还表明，针对特定癌症相关途径或免疫系统的个性化肺癌化学预防可能具有潜在的治疗益处。结果受试者群体在这项研究中，使用mrna测序对通过连续支气管镜检术获取自高风险吸烟者的支气管内活检和刷检进行谱分析，所述高风险吸烟者在ny，buffalo的roswellpark综合癌症中心(roswell)通过自发荧光支气管镜检术和胸部ct经受肺癌筛查。发现同生群样品在2010年至2012年间获取自roswell受试者(dc；n＝29位患者，n＝191份活检，n＝91份刷检)，而验证同生群样品则在2012年至2015年间获取(vc；n＝20位患者，n＝111份活检和49份刷检)。受试者主要是年龄较大的吸烟者，其中许多人有引起罹患肺癌的高风险的职业暴露、慢性阻塞性肺疾病(copd)和肺癌的病史。在这两个同生群中，基线时报告的临床特征，例如性别、年龄、基线访视时报告的吸烟状况(有或从未)、包-年、肺癌的既往史、copd状况和职业暴露均无显著差异(表1)。根据数个质量度量对样品进行过滤后，dc具有190份活检和89份刷检，而vc具有105份活检和48份刷检。94％的受试者通过支气管内活检对至少一个肺部解剖部位采样了2次以上。dc和vc分别包含37.9％和35.2％的具有发育异常或更高的组织学等级的活检，以及23.1％和19.0％分别具有进行性/持续性发育异常(表2)。由于吸烟状况仅在基线时可得，因此先前描述的与吸烟相关的标签(8)被用于预测每个样品的吸烟状况，并且发现与vc相比(36.2％)，dc具有更高百分比的被预测为当前吸烟者的活检(62.6％)。因为每个时间点仅收集了1份刷检，在两个同生群之间的支气管刷检中的吸烟状况没有显著差异。分别对于63％和70％的dc和vc受试者，在所有程序中的预测的吸烟状况是一致的。就rna测序质量而言，活检中dc具有比vc显著更多的总读段、唯一映射读段百分比和转录本完整性中位数分数，但同生群之间的这些差异并未反映在刷检中(图5)。发现同生群中的luscpml分为不同的分子亚型为了使用支气管内活检来鉴别与luscpml组织学严重性相关的基因表达差异，将基于发现的方法用于基于基因共表达的不同模式(基因模块)来鉴别从头分子亚型。考虑到活检中存在组织学异质性，并且使用与通过mrna-seq进行谱分析的活检邻近的活检进行了病理分析，因此选择该方法。首先，寻求选择在不同的lusc数据集合中存在的一组基因模块。使用加权基因共表达网络分析(9)(wgcna)，基因模块源自以下中：dc活检(n＝190个样品，n＝16653个基因，n＝15个基因模块)、dc刷检(n＝89个样品，n＝16058个基因，n＝47个基因模块)、tcga鳞状细胞癌(lusc)肿瘤(10)(n＝471个样品，n＝17887个基因，n＝55个基因模块)、以及来自经n-亚硝基三-(2-氯乙基)脲(ntcu)处理的小鼠的气管支气管样品(n＝25个样品，n＝14897个基因，n＝40个基因模块)。选择在4个数据集合的每个数据集合中与至少一个其它非dc活检模块高度相关(绝对pearson相关系数r＞0.85)的dc活检基因模块。通过要求每个基因也存在于至少一个相关的非dc活检模块中来过滤所选模块中的基因，从而得到总共由3936个基因组成的9个基因模块的集合(图6)。这些基因模块通过共识聚类在dc活检中鉴别出4种分子亚型：增殖性(深蓝色，n＝52个样品，27.4％)，炎性(深绿色，n＝37个样品，19.5％)，分泌性(浅蓝色，n＝61个样品，32.1％)和正常样(浅绿色，n＝40个样品，21.1％)(图1a，表3)。为了表征每种分子亚型，第一重点在于鉴别在构成每种基因模块的基因中过量表达的生物途径，因为基因模块表达的模式定义了每种pml亚型。发现每个基因模块都与不同的上皮和免疫生物学过程相关(图1a、图6和表5)。增殖性亚型的具体特征在于参与能量代谢和细胞周期途径的基因表达增加(模块4和模块5)。分泌性和正常样亚型二者都具有纤毛相关途径中的基因的增高的表达(模块6)，但是正常样亚型尤其具有参与炎症、淋巴细胞和白细胞调节以及抗原加工和呈递途径的基因的降低的表达(模块8和模块9)。分泌性亚型显示出参与蛋白质翻译的基因的降低的表达(模块7)，而rna加工基因(模块2)在炎性亚型中表达更高。通过与临床表型的关联和已建立的lusc肿瘤分子亚型来进一步表征分子亚型(11、12)。样品吸烟状况、样品所源自的受试者以及样品组织学表明与亚型的显著关联(p＜0.01，图1b，表6，图8)。对于当前的吸烟者来说，增殖性和分泌性亚型富集，并且这种关联推动了受试者的富集，因为在整个研究过程中，79％的受试者保持了吸烟状况。此外，对于具有发育异常组织学的活检，增殖性亚型富集(图1b)。增殖性亚型具有参与细胞周期过程的基因(包括增殖标志物mki67)的高表达，与其它亚型的样品相比，mki67在该亚型的样品中显著上调(fdr＝1.0e-30，线性模型，基于所有基因中的增殖性与非增殖性亚型样品之间的差异表达分析)。在具有正常/增生组织学的样品(fdr＝3.4e-10，线性模型)和具有发育异常组织学的样品(fdr＝3.1e-8，线性模型)中，该基因在增殖性亚型中仍显著上调，并且通过代表性样品中蛋白质表达的增加(p＝0.02)支持了这些观察结果(图1c-图1e和图9)。增殖性亚型样品也与lusc-经典亚型具有高度一致(图1b)。在tcgalusc肿瘤中，lusc-经典亚型与keap1和nfe2l2的改变和过表达以及具有sox2、tp63和pik3ca的过表达的3q26的扩增有关(11)。类似地，我们的增殖性pml具有keap1、nfe2l2、tp63和pik3ca的增高的表达(分别为fdr＝1.4e-6、4.5e-12、1.4e-9和0.03，线性模型)(图10a)。此外，发现lusc-经典亚型与参与能量代谢的基因的增高的表达增有关，而我们的增殖性亚型部分地由模块4的高表达所定义，所述模块4富集与氧化磷酸化和电子传递链相关的基因。相比之下，炎性和分泌性pml亚型表现出lusc-分泌亚型的富集。lusc-分泌亚型与涉及免疫应答的过程相关，而炎性和分泌性pml具有富集这些相同途径中的基因的模块8的最高表达。最后，通过评价多种典型细胞类型标志物的表达，检查了由上皮细胞和免疫细胞类型组成的差异驱动的pml分子亚型的程度。炎性和分泌性亚型具有更高水平的白细胞标志物ptprc(cd45)的表达，与lusc-分泌亚型的富集一致(图10b，fdr分别为0.12和0.01，线性模型)。与模块6中富集的途径和行为一致，炎性和增殖性亚型中的纤毛细胞标志物tub1a1表达降低(分别为fdr＝1.1e-4和3.5e-19，线性模型)，并且代表性组织学样品中的乙酰化的α-微管蛋白染色减少也显示了这一点(图1e，图9)。增殖性亚型具有基底细胞标志物(krt5)的最高表达(fdr＝2.4e-15，1线性模型)，表明与代表性组织学样品中的蛋白表达紧密相关的具有高等级组织学的病变富集(p＝0.01)(图1e，图9，图10b，表7)。此外，杯状上皮细胞的标志物muc5ac的基因表达在对于当前吸烟者富集的亚型(增殖性和分泌性)中增加，但在分泌性亚型中最显著增加(fdr＝3.4e-5，线性模型)。相对地，club细胞标志物scgb1a1的基因表达在增殖性亚型中最低(fdr＝6.1e-5，线性模型)。正常样亚型受所有上皮细胞类型的表达的支持，并且具有最低的cd45表达(fdr＝7.6e-4，线性模型)。这些标志物基因的表达水平与用以检查上皮细胞和免疫细胞的含量的细胞类型反卷积方法一致(图10c-图10d)。这些特征的总和突出了通过吸烟和pml组织学所调节的上皮细胞和免疫细胞相关途径，并将增殖性亚型鉴别为表达增殖性途径和细胞周期相关途径的高等级pml的子集。在验证同生群中证实了与分子亚型的表型关联接下来，期望确定在源自dc活检的分子亚型中捕获的异质性在vc中是否可再现。通过选择代表9个基因模块中的每个模块的基因，开发了22基因最近质心分子亚型预测器。预测器在dc活检中具有84.7％的准确度(训练集，图2a和图11)，并在每个亚型具有以下的误分类率：增殖性中5/52(9.6％)，炎性中7/37(18.9％)，分泌性中9/61(14.8％)，以及正常样中8/40(20％)。使用22基因分类器来预测105份vc活检的分子亚型(图2b)。通过检查与dc亚型相比的所预测的vc亚型之间的9个模块(使用每个模块的完整基因集合)中每个模块的metagene得分的一致性，来评价vc亚型的预测。主成分1(pc1)跨亚型的平均行为高度相似(图12)，只有少数例外(即，具有最少基因的模块3)。此外，使用与用于派生dc亚型相同的方法，将22基因分类器的vc亚型预测结果与vc活检中派生的亚型进行比较，并且发现显著的一致性(p＝1.0e-7，增殖性亚型在预测结果之间具有最大的一致性，图11)。跨vc活检的vc亚型(通过22基因分类器)与临床和分子表型之间的统计关联类似于跨dc活检所观察到的那些统计关联(图2c，表6，图8和图10a-图10h)。简而言之，对于当前的吸烟者、具有发育异常组织学的活检和lusc-经典肿瘤亚型，增殖性亚型富集(图2c，表6)。vc活检中的上皮细胞和白细胞标志物基因表达显示出炎性亚型(fdr＝0.002)中更高水平的白细胞标志物ptprc(cd45表达)，这与lusc-分泌性亚型的富集相一致(图i0f)。炎性和增殖性亚型具有降低的纤毛细胞标志物表达(foxj1)，这与模块6相一致(分别为foxj1fdr＝0.0005和fdr＝2.62e-6和模块6fdr＝5.73e-6和fdr＝4.34e-10)。增殖性亚型具有最高的基底细胞标志物krt5(fdr＝1.67e-7)、增殖标志物mki67(fdr＝3.03e-10)以及与细胞周期相关的模块5(fdr＝1.23e-18)的表达，表明表达与高等级组织学有关的特征的病变的富集。club细胞标志物scgb1a1的基因表达在增殖性亚型中最低(fdr＝1.8e-4)。在当前的吸烟者中，杯状上皮细胞的标志物muc5ac的基因表达增加，并且在dc活检中的分泌性亚型中最为显著。但是，在vc活检中，由于当前的吸烟者在分泌性亚型中不富集，这种趋势并未得到保留。这些标志物基因的表达水平与用以检查上皮细胞和免疫细胞的含量的其它反卷积方法一致(图10e-图10h)。表现正常的气道区刷检反映了活检分子亚型以前已经显示出，来自主干支气管的表现正常区域的支气管刷检可以预测pml的存在(13)；但是，该研究缺乏来自同一受试者的活检和刷检。上文，在dc和vc活检二者中，增殖性亚型代表了富集表达代谢和增殖性途径的发育异常组织学的不同的pml亚型。分类为增殖性亚型的活检可能代表需要密切监测和干预的pml的组。结果，试图探索是否有可能使用刷检预测增殖性亚型活检的存在。增殖性亚型由模块4、5、6和7的行为所限定(表3)，并因此，使用与这些模块相对应的8个基因(来自22基因预测器)的子集来预测dc和vc活检和刷检中增殖性亚型的存在。对于指示在同一时间点检测的至少一种增殖性pml的存在，刷检中增殖性亚型的预测是特异性的(dc和vc活检中分别为91％和92％)，但不敏感(dc和vc活检分别为39％和32％)(图3a)。为了了解分类器在预测刷检中的增殖性亚型中的表现，对在dc和vc刷检中限定增殖性亚型的模块4、5、6和7检查了基因集合变异分析(gsva)(14)分数(图3b)。在dc和vc刷检中，仅对模块5和模块6来说，增殖性亚型的gsva分数与所有其它样品相比有显著差异(fdr＜0.05)，并因此，这些可能对刷检中的增殖性亚型分类贡献最大。模块5包含与细胞周期和增殖相关的基因，而模块6包含与纤毛组装和组织相关的基因。刷检中模块5和模块6的下调特异性地预测增殖性亚型pml的存在；然而，在气道损伤区中缺乏这些信号并不妨碍增殖性pml亚型的发展。免疫相关基因将增殖性亚型进行性/持续性和退行性pml分开。先前对支气管pml的研究表明，高等级病变(在当前吸烟者中更常见)更可能发展为浸润性癌(6)。因此，寻求在增殖性亚型dc活检中鉴别相比于退行性(n＝15)与随后的pml进行性/持续性(n＝15)相关的分子改变，因为这些在临床上可能与鉴别合适的拦截策略有关。使用对9个模块中的每个模块在所有dc活检中计算出的gsva分数，计算出在属于增殖性亚型的样品中，进行性/持续性疾病与退行性疾病之间哪些分数存在统计学差异(图7)。已经发现，与进行性/持续性增殖性pml相比，模块9的dc活检gsva模块分数在退行性增殖性pml中显著更高(p＝0.002，线性模型图4a)。在vc活检中复制了低的模块9分数与进行性/持续性之间的关联(n＝7进行性/持续性活检和n＝13退行性活检；p＝0.03，线性模型图4b)。dc和vc活检中，通过接受者工作特征(roc)下面积测量的模块9gsva分数区分退行性和进行性/持续性活检的能力分别为0.809和0.802。模块9中的基因包括编码参与干扰素信号传导以及抗原加工和呈递的蛋白质的多种基因(sp100、ciita、cxcl10、socs1、gbp1、gbp4、b2m、tap1、tapbp、trim14、trim21、trim22、stat1、pml、oas2、oas3、mx1、adar、isg15、ifi35、ifit3、ifi27、psmb8、psmb9、bst2、irf1、irf9、cd74、psme1、psme2、hla-dqa1/dpa1/dpb1/dra/dqb2/drb1/dqb1/dma/dmb/doa、hla-a/b/c/e/f)并包含抑制性受体lag3。结果，希望评价先天性或适应性免疫细胞的存在或不存在是否与增殖性亚型中的模块9表达有关。为了对潜在的免疫细胞类型的存在进行反卷积，对dc和vc活检二者使用先前描述的免疫细胞标签(15)生成了gsva分数，并使用xcell算法(16)分别生成了64种不同细胞类型的分数。在dc和vc活检(图13)以及(通过xcell)鉴别的8种细胞类型之间共有的模块9和细胞类型分数之间鉴别出了显著(fdr＜0.05)关联，所述8种细胞包括树突状细胞、激活的树突状细胞、浆细胞样树突状细胞、巨噬细胞、m1巨噬细胞以及cd8+效应记忆t细胞、cd8+中央记忆t细胞和调节性t细胞(图4c)。综上，与退行性活检相比，增殖性亚型的进行性/持续性活检具有下调的模块9表达，这与来自先天和适应性免疫细胞群的信号减少相关。免疫荧光揭示增殖性pml中的巨噬细胞和t细胞的与进展相关的调节为了证实与模块9相关的免疫细胞类型同增殖性亚型中的pml的组织学进行性/持续性之间的关系，进行了巨噬细胞/单核细胞(从n＝16个受试者中列举的n＝52个区域)、cd4t细胞(从n＝17个受试者中列举的n＝50个区域)以及cd8t细胞(从n＝16个受试者中列举的n＝47个区域)的免疫荧光染色(表7)。在增殖性亚型内测定的所有受试者中以及病灶结果(进行性/持续性的相对退行)与模块9gsva分数一致的受试者子集(表示为一致集)中，对结果进行了分析。在进行性/持续性病变中，泛巨噬细胞(以及肿瘤相关的巨噬细胞)标志物cd68的染色增加，提示m1型巨噬细胞(一致集之中p＜＜0.001)。相比之下，在增殖性亚型的进行性/持续性病变中，被认为提示m2型巨噬细胞的cd163和cd68的染色减少(分别为使用所有受试者为p＜＜0.001，并且在一致集之中为p＝0.0007，线性模型)(图4d-图4e)。此外，在进行性/持续性的pml中，cd4t细胞增加(在一致集之中p＜＜0.001，线性模型)，而cd8t细胞减少(在一致集之中p＜＜0.001)。有趣的是，在进行性/持续性病变中，cd8t细胞具有独特的定位模式(在一致集之中p＝0.07，线性模型)，其中cd8t细胞在存在发育异常处既内衬又嵌于上皮内(图4d)。除cd163外，当仅使用病变结果而不考虑模块9分数时，免疫荧光结果没有达到显著。讨论肺鳞状细胞癌(lusc)是第二最常见的肺癌形式，并出现在支气管气道的上皮层中。通常在其之前的是肺鳞状癌前病变(pml)的发展。发育异常的持续性和/或进行性pml的存在是lusc风险增高的标志物(6)。但是，目前缺乏有效的工具来鉴别处于发展为浸润性癌最高风险中的pml(7)。预测疾病进展的标志物的开发对于鉴别处于lusc发展的最高风险中的患者以及鉴别可用于lusc化学预防的生物学途径非常重要。为了该目标，本文描述了通过rna-seq支气管刷检和从通过胸部计算机断层摄影术(ct)和自发荧光支气管镜检术经受纵向肺癌筛查的受试者获取的支气管内活检进行谱分析。鉴别出四个在转录上不同的活检的组，其中一组标记为增殖性，并发现其与高等级发育异常有关。具有增殖性pml的患者也可以通过从未累及的大的气道上皮的细胞中测量的基因表达来进行鉴别。进一步发现，持续性/进行性增殖性pml的特征在于参与干扰素信号传导和抗原加工/呈递途径的基因表达降低。与这些基因表达的发现相一致，通过免疫荧光发现进行性/持续性增殖性pml对于cd68+/cd163+巨噬细胞和cd8t细胞而言耗竭。总体而言，这些数据表明，根据气道基因表达鉴别进行性/持续性luscpml患者的子集的潜力，所述患者处于发展为侵袭性肺癌的风险中；以及通过增强与退行相关的免疫应答来降低这些患者中进展的风险的潜力。先前的研究表明与支气管发育异常有关的基因组改变的范围。egfr的表达增加和上皮细胞的ki67染色与组织学严重程度的提高和随后的组织学进展有关(6，17)。tp53、ccnd1、ccne1、bax和bcl2的蛋白水平改变与cis或肺癌的发生有关，而与组织学等级无关(18)。在早期增生/化生病变(20-22)中观察到端粒缩短和维持(19)以及在肺癌中经常检测到的区域(3p、5q、9p、13q、17p)中的杂合性的丧失，并且发现其频率和大小在较高等级的发育异常中增加。含有sox2、tp63、egfr、myc、cep3和cep5的基因座中的基因组增益也与高等级发育异常的进展相关(23)。尽管有许多与pml组织学等级和进展相关的基因组改变，但缺乏完善的pml分子分类系统来补充pml的病理学分类。使用无监督的类发现方法鉴别出四种不同的分子pml亚型(增殖性、炎性、分泌性和正常样)。区分pml亚型的转录模式是稳健的，并且在发现同生群中鉴别的22基因组合可用于在独立的验证同生群中区分不同的分子亚型。有趣的是，虽然肺癌既往史可能会影响气道基因的表达，并且大约三分之二的受试者具有肺癌的既往史，但我们并未检测到肺癌史与分子亚型之间的显著关联，并且收集自有或没有肺癌病史的受试者中的活检之间存在分子亚型的相似的多样性。增殖性亚型富集来自当前吸烟者的发育异常的pml，并且其特征在于细胞周期途径和代谢(oxphos/etc/tca)的上调以及纤毛相关途径的下调。先前的工作表明，具有发育异常病变的受试者的气道中、与lusc肿瘤相邻的pml中(24)以及处于肺癌的高风险的吸烟者中(25)的代谢途径增加(13)，以及已被用作肺癌化学预防的终点的增殖的增加(通过ki67水平，如上所述)(26、27)。鉴别具有增殖性病变的患者有助于富集具有高风险的受试者的肺癌化学预防试验，或有助于鉴别将从更频繁的肺癌筛查中受益的患者。炎性亚型主要为来自前吸烟者的pml，但是有趣的是，尽管纤毛相关途径的类似的表达下降，提示上皮异常，但炎性亚型对发育异常并未显著富集。炎性亚型还显示出增加的基因模块的表达，所述模块富集参与炎症以及淋巴细胞和白细胞调节的基因(模块8)。该基因模块在以来自当前吸烟者的病变为主的分泌性病变中也升高，并且显示出杯状细胞标志物的表达增高。有趣的是，il1b是该炎症相关基因模块的一部分，其由于最近已显示出对il1b的抑制作用以降低肺癌的发生率而受到了极大的关注(28)。我们先前的工作已经通过在支气管镜检术期间主干支气管的刷检获得的细胞进行谱分析而对表现正常的气道上皮中的基因表达改变进行了广泛的研究(8，29，35)。作为这项工作的一部分，描述了反映支气管发育异常的存在的基因表达改变(31)。在当前的研究中，第一次在同一程序中同时收集了支气管刷检和支气管内活检样品，使得能够从表现正常的气道中鉴别支气管刷检中基因表达的差异，所述差异表明增殖性亚型pml的存在。在发现同生群和验证同生群中，将用于鉴别增殖性亚型pml(基于pml活检基因表达)的预测器应用于来自表现正常的气道刷检的基因表达数据产生对增殖性亚型的预测，该预测是非常特异性的(91％)，但不灵敏(31-38％)。分类为增殖性的刷检具有增高的细胞周期途径的表达和降低的纤毛相关基因的表达，表明比起正常上皮，它们与鳞状上皮化生更相似。潜在地，患者的子集可能具有充当这种高等级pml的存在的标志物的广泛的气道损伤，引起中等灵敏性，但高的特异性。在其它情况下，引起这些增殖性pml的损伤区域可能更局限，并因此可能更难通过促成降低的灵敏性的刷检来检测。这些发现表明，在一些受试者中可能需要针对整个气道上皮的变化进行治疗的疗法，然而在某些情况下，更具位点特异性的摘除(例如光动力疗法)可能更有效。未来研究的另一种可能性和领域是增殖性亚型刷检作为lusc发生的预测物。pml的分子谱分析和基因共表达模块的鉴别也提供了鉴别随后的pml进展的分子决定因素的机会。在dc和vc同生群二者中，用于定义分子亚型的九种基因共表达模块之一在与增殖性亚型内退行的活检相比的进行或持续的活检之间显著不同。该模块包含在干扰素信号传导、抗原加工和呈递中涉及的持续性/进行性活检中表达降低的基因。通过计算预测，这些基因表达的变化与先天性和适应性免疫细胞丰度的降低相关。通过对ffpe活检切片进行免疫荧光染色，证实具有低的模块9gsva分数的进行性/持续性增殖性病变具有较少的cd163+巨噬细胞和cd8+t细胞，并且cd8+t细胞具有独特的定位模式。这些病变还包含更大量的cd4+t细胞，这将在评估这些细胞是否为促进免疫抑制环境的调节性t细胞的未来的工作中非常重要。具有极化表型的肿瘤相关的巨噬细胞(m1为促炎性或m2为抗炎性)的存在与肺癌的预后相关。以cd163表达为标志的m2巨噬细胞的主要存在与较差的存活有关。但是，在肺部pml的情况下，这种关系尚未进行良好研究。目前的发现，退行性增殖性pml具有更多的cd163+细胞和涉及ifng信号传导的基因的增高的表达，这与口腔鳞状细胞癌之前的pml中所观察到的一致，其中具有激活ifng信号传导的cd163+巨噬细胞的存在与更好的结果相关(36)。此外，在增殖性亚型内的进行性/持续性病变中观察到较少的cd8+t细胞和较低的hlai类基因和b2m的表达。数项研究描述了适当的t细胞介导的免疫监视的破坏，表明hlai类抗原加工和呈递受损(包括肺肿瘤中的b2m(37、38)和干扰素信号传导(39)的下调或丢失)影响应答和对检查点抑制剂的获得性耐受。缺乏hla-i复合物的肺肿瘤具有较低的细胞毒性cd8+淋巴细胞浸润，这也与较低的pd-l1水平相关。此外，研究还表明了对检查点抑制剂的疗效以及患有lc的患者的生存的负面影响，所述患者具有表达的t调节标志物(foxp3，cd25)的cd4+t细胞增多的肿瘤，引起表明阻碍cd8+t细胞的募集和效应功能的免疫抑制状态(40，41)。此处描述的pml的未来dna测序数据可能表明b2m的杂合或纯合丧失或干扰素和抗原加工及呈递途径中的其它基因的突变；然而，即使在获得性耐受的情况下，突变和拷贝数变化也不能解释这些途径在所有受试者中的下调，表明其它表观遗传学改变或信号传导途径可能起作用。事实上，表观遗传疗法(特别是dna甲基转移酶抑制剂)(42)已显示出增强对免疫检查点疗法的应答，以及对增殖性亚型内的进行性/持续性病变中下调的许多基因上调，所述基因包括hlai类基因(hla-b和hla-c)、b2m、cd58、tap1、免疫蛋白酶体亚基psmb9和psmb8以及转录因子irf9。揭示在pml的这个子集中的先天性和适应性免疫下调的机制将对于鉴别潜在的免疫预防疗法而言重要。本数据表明，存在预示随后的lusc癌前病变进展的亚型特异性转录组学改变，所述进展是病变微环境中缺乏浸润性免疫细胞的结果。这些数据表明，用于确定pml亚型和评估免疫浸润的生物标志物可能具有检测需要更集中的临床管理的侵袭性pml的效用，并且这些pml中改变的基因可充当肺化学预防候选物。这些生物标志物可以直接在pml组织中进行测量，也可以如本数据所示，它们可以在替代组织(如支气管气道上皮)中进行测量。在替代组织中测得生物标志物预测侵袭性pml行为的好处在于以下的潜力：这些生物标志物还可以预测在支气管镜检术过程中未直接观察到的pml的行为。材料和方法受试者群体和样品收集通过白光支气管镜检术和自发荧光支气管镜检术以及在roswell进行的计算机断层摄影术，以约1年的间隔从经受肺癌筛查的高风险受试者中获取支气管内活检和刷检。支气管镜检术包括对声带、气管、主隆突和可见的亚节段支气管的孔目测，而不会对支气管壁造成创伤。对所有异常和可疑区域进行两次活检，并记录肺部解剖位置(图14，表8)。一份活检用于常规病理评价，而另一份用于分子谱分析。此外，从左主干支气管或右主干支气管的表现正常区域获得刷检以进行研究。用于评价活检的形态学标准符合世界卫生组织(who)指南(43)。筛查的资格包括上呼吸消化道癌症的既往史以及入组时无疾病或年龄大于50岁；当前或先前的吸烟史(最小暴露为20包-年)以及至少一种额外的危险因素(包括中度慢性阻塞性肺疾病(copd)，定义为用力呼气量(fev1)＜70％)，已确认的石棉相关性肺病或肺癌的强烈的家族史(至少1-2名一级亲属)。所有研究标本均存储在rnaallprotect(qiagen)，并在-80摄氏度下存储。选择具有通过连续的支气管镜检术在重复位置收集的活检的受试者；但是，分离rna后，来自3位受试者的样品进行了一次活检，而1位受试者进行了一次刷检。针对2010年至2012年间收集的包括支气管内活检和刷检的样品的发现同生群(dc)，进行了mrna测序(n＝30名受试者，n＝197份活检和n＝91份刷检)。随后对包含2012年至2015年间收集的包含支气管内活检和刷检的样品的验证同生群(vc)进行mrna测序(n＝20名受试者，n＝111份活检，n＝49份刷检)。刷检组织学由在同一时间点观察到的最差的活检组织学所限定。根据活检的组织学和将来在同一肺解剖位置记录的最差的组织学，对每个活检限定活检的进展/退行。正常、增生和化生之间的组织学变化被分类为“正常稳定的”，组织学发育异常等级的降低或从发育异常组织学到正常/增生/化生的变化被分类为“退行性”，缺乏未来的组织学数据被分类为“未知”，并且其它所有都分类为“进行性/持续性”。波士顿大学医学中心和roswell的机构审查委员会批准了这项研究，所有受试者均提供了书面知情同意书。rna-seq文库的制备、测序和数据处理使用mirneasytmmini试剂盒或allpreptmdna/rna/mirna通用试剂盒(qiagen)从支气管内活检和支气管刷检中提取总rna。使用illuminatruseqtmrna试剂盒v2从总rna样品中制备测序文库，并使用illuminatruseqtm配对末端簇试剂盒以四个一组的形式进行多重化(multiplexed)。在illuminahiseqtm2500上对每个样品进行测序，以产生配对末端的100-核苷酸读段。使用illuminacasavatm1.8.2或basespace进行去多重化和fastq文件的创建。使用hg19和2-passstar(44)比对来对样品进行比对。使用ensembltmv74注释，用rsem(45)计算基因和转录本水平计数。质量度量由star和rseqc计算得出(46)。当性别注释与cyorf15a(ensg00000131002)、ddx3y(ensg00000067048)、kdm5d(ensg00000012817)、rps4y1(ensg00000129824)、usp9y(ensg00000114374)和uty(ensg00000183878)中的基因表达不相关，则排除样品(n＝4个样品)。使用peddytm软件(47)确认患者内的样品相关性。从进一步的分析中去除具有高杂合率的样品(高于中值3个标准差)或与来自同一患者的样品具有低相关性的样品(低于中值多于3个标准差)(n＝11个样品，2份刷检和9份活检)。随后将样品分为发现同生群和验证同生群(如上所述)并通过组织类型分开(活检或刷检)。随后对每个集合分别进行如下的样品和基因过滤：首先，使用edgertm(48)计算归一化数据(使用tmm(经修剪的m值平均值)和所计算的log2每百万计数归一化的库大小)，并排除四分位范围等于0或样品之间的总和等于或小于1的基因。根据比以下标准中的多于一项的均值大于2个标准差的值排除样品：1)与在所有过滤的基因中计算出的所有其它样品的平均pearson相关性，2)使用过滤的基因表达矩阵计算的第一或第二主成分，3)转录本完整性数量(tin，由rseqc计算)。样品过滤后，如上所述对最终的高质量样品集合重新计算基因过滤。数据可从ncbi的geneexpressionomnibus使用登录号gse109743获得。分子亚型的派生dc活检(n＝190个样品，n＝16653个基因)和刷检(n＝89个样品，n＝16058个基因)被用于派生分子亚型。在分子亚型的派生过程中，还使用了两个额外的rna-seq数据集合：tcga鳞状细胞癌(lusc)肿瘤(10)(n＝471个样品，n＝17887个基因)和来自经n-亚硝基三-(2-氯乙基)脲(ntcu)处理的小鼠的气管支气管样品的数据集合(n＝25个样品，n＝14897个基因)。小鼠发展出在组织学和分子学上均与人病变相当的病变，并且进展为lusc，并且样品代表了组织学的范围(正常、轻度发育异常、中度发育异常、重度发育异常、原位癌(cis)和lusc肿瘤)。小鼠数据可从ncbi的geneexpressionomnibus使用登录号gse111091获得。如本文其它地方所述，对来自tcgalusc肿瘤和小鼠组织的样品和基因过滤进行处理。使用加权相关网络分析(9)(wgcna)以默认参数来派生跨越上述4个数据集合的基因共表达模块。对于活检和刷检数据集合，将针对rna质量(中位tin)和批次(illumina流式细胞)调整的残留基因表达值用作wgcna的输入。对于小鼠数据集合，将对rna质量(中位tin)、小鼠品系和样品类型(激光捕获显微解剖相比于整个组织)进行调整的残留基因表达值用作wgcna的输入。log2每百万计数(cpm)值用作lusc肿瘤样品的wgcna的输入。为每个数据集合的每个共表达模块创建基因集合，然后组合以创建从4个数据集合的每个生成的基因集合的统编(compendium)。对于统编中的每个基因集合，在每个经z分数归一化数据集合中计算了第一主要成分(pc1)。对于每个数据集合，计算统编中的所有基因集合的pc1值的pearson相关矩阵，并将阈值设置如下：r＞0.85设置为1，并将r＜＝0.85设置为0。随后将这四个矩阵求和，并保留了源自活检共表达模块的基因集合，其与所有数据集合中的另一源自非活检的基因集合相关(保留n＝9个模块)。对保留的活检模块进行限定的基因需要存在于活检模块中，并且至少存在于相关的基因集合中的一种。以上的过滤过程产生了用于限定活检数据中的分子亚型的缩减的基因的集合(n＝3,936)。发现活检的缩减的基因集合的残留基因表达值用作共识聚类的输入(49)。通过将k(组数)设置为10，将迭代数设置为1000，将子采样设置为80％，将聚类算法设置为围绕中心点划分(partitioningaroundmedoids)，以及将距离度量设置为pearson相关性，进行共识聚类。基于对每个k的共识矩阵计算的累积分布函数下面积的相对变化，k的最佳值为4。分子亚型预测器将跨过滤的基因的dc活检用于派生分子亚型预测器。首先，确定每个基因与模块特征基因(eigengene)(9个模块中每个模块的pc1)之间的pearson相关度量。如果相关值对于其被分配的模块而言最高，则将基因保留为模块的一部分。计算保留的基因与模块特征基因的平均pearson相关性，并且从每个模块中为预测器而选择的基因数量与该度量成反比。其次，选择与模块特征基因最相关的基因来代表预测器中的模块。从跨dc活检数据的这种分析中产生的22个基因被用于使用阈值为零的pamr包来训练最近质心预测器，并预测vc活检中的分子亚型。在预测这些测试集的分子亚型之前，对训练集和测试集进行了combat(50)调整，并在组合的训练和测试数据中进行z分数归一化。使用上述方法，我们在vc活检中使用共识聚类派生了分子亚型，并将其与预测的亚型进行比较。鉴别与基因模块和分子亚型相关的生物过程使用enrichr(51)鉴别了用于发现dc中的分子亚型的九个模块的每一个中富集的生物过程和途径。将每个模块分为与模块特征基因正相关或负相关的基因，使用biomart将ensemblid转换为基因符号，并查询以下数据库：gobiologicalprocess2015、kegg2016、wikipathways2016、targetscanmicrorna、transcriptionfactorppis、transfacandjasparpwms、omimdisease、reactome2016和biocarta2016。fdr＜0.05的过程/途径被认为是显著富集。通过以下对每个基因模块对dc活检分子亚型的贡献进行评价：通过limma使用将患者作为随机效应的线性混合效应模型，测试每个模块的gsva(14)分数是否与该分子亚型显著相关(fdr＜0.05)。鉴别与分子亚型关联的临床和生物学表型通过以下根据每个基因模块的行为注释dc活检中的分子亚型：通过limma使用将患者作为随机效应的线性混合效应模型，计算每个模块的gsva(14)分数在特定分子亚型中是否相对所有其它样品显著上调或下调(fdr＜0.05)。此外，使用gsea(52)和msigdb(53)基因集合，利用按其与每种亚型的关联的t统计量排序的基因，鉴别了与每种亚型相关的生物学途径和转录因子。使用limma(54)和edger(48)包创建排序的列表，以鉴别与亚型成员身份相关的差异表达的基因。每个线性模型使用经voom转换(55)数据，并包括感兴趣的亚型的成员身份、批次和rna质量(tin)作为协变量，而患者作为随机效应。使用在排序的列表中富集的途径(fdr＜0.05)来注释分子亚型。仅使用正常/增生组织学或发育异常组织学的样品，从该分析或类似模型中派生出单个基因的fdr值。对于dc和vc活检，将残留基因表达值用于预测每个样品的吸烟状况、lusc肿瘤亚型以及上皮细胞和免疫细胞的相对丰度。如前所述，对每个样品的吸烟状况(当前与先前/从未)进行了预测(13)。通过计算采样的所有活检和刷检的预测分数的平均值(当前预测为＞0，先前/从未预测为＜0)，确定每个受试者在每个时间点的吸烟状况。如前所述(11)，lusc分子亚型的基因预测(12)确定了lusc肿瘤亚型。estimate算法(56)用于推断相对的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞的含量。使用来自bindea等的免疫细胞类型特异性标签(15)和来自dvorak等的上皮细胞类型特异性标签(50)来生成样品中每个标签的gsva(14)分数。此外，将使用对数rpkm值计算的残留基因表达值输入到xcell(16)中，以推断64种不同细胞类型的相对丰度。使用fisher精确检验，将上述分类表型以及额外的临床变量(例如活检组织学、受试者、肺癌既往史、性别和活检进行性/退行性状态)与分子亚型关联。通过limma使用线性模型将连续变量与分子亚型相关联。为了表征与病变结果相关的分子改变，通过limma将患者作为随机效应，使用线性混合效应模型来评估每个分子亚型内进行性/持续性与退行性病变之间的模块gsva分数的差异。通过将患者作为随机效应以及对上皮细胞含量(xcell中的“上皮”和bindea等中的“正常粘膜”)进行校正的线性混合效应模型，我们评估了增殖性亚型中进行性/持续性病变与退行性病变之间的免疫细胞含量的差异(分别对xcell和bindea等)。我们着眼于发现同生群和验证同生群中增殖性亚型的进行性/持续性病变与退行性病变之间显著不同(fdr＜0.05)的细胞类型。活检和刷检之间的关系相对于增殖性亚型的活检的存在，期望对刷检的预测性能进行定量。使用22基因分子亚型预测器的子集来预测dc和vc刷检和活检中的增殖性亚型的存在或不存在。具体而言，使用了对应于模块4至模块7(在增殖性亚型中显著上调或下调)的(22个基因中的)8个基因，使用与上述分子亚型预测器相同的方法将样品分类为增殖性与否。基于dc或vc刷检中增殖性亚型预测来表明至少一个增殖性性亚型活检的存在的能力计算灵敏性和特异性性能度量。为了进一步了解刷检中的增殖性亚型的预测，在dc和vc刷检中分析了限定dc活检中的增殖性亚型的模块的行为(基于上述方法)。免疫荧光染色和定量在roswell使用标准的福尔马林固定和包埋技术，其中从用于在roswell进行常规病理评价的ffpe样品切下5微米的切片(表7)。在染色之前，将样品用二甲苯脱蜡并通过一系列分级的乙醇溶液重新水化。使用ar或柠檬酸盐缓冲液进行抗原修复，将组织与一抗在4℃下孵育过夜，并在室温下用带有荧光缀合物(invitrogenalexafluor488、594、647)的二抗探测1小时。使用表9中列出的第一抗体进行免疫染色。使用aperioslidescanner进行成像用于评分，并使用carlzeissaxio(20×和40×物镜)和carlzeisslsm710nlo共聚焦显微镜用于捕获额外的图像。用definienstissuestudio(definiensinc.)分析数字化载玻片，以进行免疫荧光染色的计算。免疫荧光的计算对包括dapi阳性细胞在内的每个染色进行评分。对于每份活检，对载玻片上存在的不同区域(组织的独立区域)进行计算(1-5个区域/活检)。对于每个区域，通过将阳性染色的细胞数除以dapi阳性细胞的总数，计算出给定蛋白质的阳性染色细胞的百分比。使用每个区域中染色的总细胞作为权重并对载玻片数作为随机效应进行调整，使用通过lme4r包的二项式混合效应模型，评价进行性/持续性活检和退行性活检之间每个区域中的给定蛋白质的染色阳性的细胞的百分比差异。该模型用于来自增殖性亚型的样品中以及来自其中的活检结果(进行性/持续性相对于退行性)与模块9gsva分数一致(分数小于0与进行性/持续性相关，而分数大于0与退行性相关联)的增殖性亚型的样品中。每个区域也因对具有独特的cd8t细胞定位模式(其中细胞内衬并嵌入上皮内)而言阳性或阴性而定量评分。参考文献1.nationallungscreeningtrialresearchteam，d.r.aberle，a.m.adams，c.d.berg，w.c.black，j.d.clapp，r.m.fagerstrom，i.f.gareen，c.gatsonis，p.m.marcus，j.d.sicks，reducedlung-cancermortalitywithlow-dosecomputedtomographicscreening，n.engl.j.med.365，395-409(2011).2.p.f.pinsky，c.d.berg，applyingthenationallungscreeningtrialeligibilitycriteriatotheuspopulation：whatpercentofthepopulationandofincidentlungcancerswouldbecovered？jmedscreen19，154-156(2012).3.j.d.campbell，s.a.mazzilli，m.e.reid，s.s.dhillon，s.platero，j.beane，a.e.spira，thecaseforapre-cancergenomeatlas(pcga)，cancerprevres(phila)9，119-124(2016).4.j.beane，j.d.campbell，j.lel.j.vick，a.spira，genomicapproachestoacceleratecancerinterception，lancetoncol.18，e494-e502(2017).5.o.auerbach，a.p.stout，e.c.hammond，l.garfinkel，changesinbronchialepitheliuminrelationtocigarettesmokingandinrelationtolungcancer，n.engl.j.med.265，253-267(1961).6.d.t.merrick，d.gao，y.e.miller，r.l.keith，a.e.baron，w.feser，t.c.kennedy，p.j.blatchford，s.braudrick，f.r.hirsch，l.heasley，p.a.bunn，w.a.franklin，persistenceofbronchialdysplasiaisassociatedwithdevelopmentofinvasivesquamouscellcarcinoma，cancerpreventionresearch9，96-104(2016).7.t.ishizumi，a.mcwilliams，c.macaulay，a.gazdar，s.lam，naturalhistoryofbronchialpreinvasivelesions，cancermetastasisrev.29，5-14(2010).8.j.beane，p.sebastiani，g.liu，j.s.brody，m.e.lenburg，a.spira，reversibleandpermanenteffectsoftobaccosmokeexposureonairwayepithelialgeneexpression，genomebiol8，r201(2007).9.p.langfelder.s.horvath，wgcna：anrpackageforweightedcorrelationnetworkanalysis，bmcbioinformatics9，559(2008).o.j.d.campbell，a.alexandrov，j.kim，j.wala，a.h.berger，c.s.pedamallu，s.a.shukla，g.guo，a.n.brooks，b.a.murray，m.imieliuski，x.hu，s.ling，r.akbani，m.rosenberg，c.cibulskis，a.ramachandran，e.a.collisson，d.j.kwiatkowski，m.s.lawrence，j.n.weinstein，r.g.w.verhaak，c.j.wu，p.s.hammerman，a.d.cherniack，g.getz，cancergenomeatlasresearchnetwork，m.n.artyomov，r.schreiber.r.govindan.m.meyerson，distinctpatternsofsomatic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namicbronchialairwaygeneexpressionsignatureofchronicobstructivepulmonarydiseaseandlungfunctionimpairment，am.j.respircrit.caremed.187，933-942(2013).31.j.beane，s.a.mazzilli，a.m.tassinari，g.liu，x.zhang，h.liu，a.dybuncio，s.s.dhillon，s.platero，m.leaburg，m.e.reid，s.lam，a.spira，detectingthepresenceandprogressionofpremalignantlunglesionsviaairwaygeneexpression，clinicalcancerresearch.32.a.spira，j.e.beane，v.shah，k.steiling，g.liu，f.schembri，s.gilman，y.-m.dumas，p.calner，p.sebastiani，s.sridhar，j.beamis，c.lamb，t.anderson，n.gerry，j.keane，m.elenburg，j.s.brody，airwayepithelialgeneexpressioninthediaghosticevaluationofsmokerswithsuspectlungcancer，nat.med.13，361-366(2007).33.d.h.whitney，m.r.elashoff，k.portasmith，a.c.gower，a.vachani，j.s.ferguson，g.a.silvestri，j.s.brody，m.e.lenburg，a.spira，derivationofabronchialgenomicclassifierforlungcancerinaprospectivestudyofpatientsundergoingdiagnosticbronchoscopy，bmcmedcenomics8，18(2015).34.g.a.silvestri，a.vachani，d.whitney，m.elashoff，k.portasmith，j.s.ferguson，e.parsons，n.mitra，j.brody，m.e.lenburg，a.spira，aegisstudyteam，abronchialgenomicclassifierforthediagnosticevaluationoflungcancer，n.engl.j.med.(2015)，doi：10.1056/nejmoa1504601.35.j.beane，p.sebastiani，t.h.whitfield，k.steiling，y.-m.dumas，m.e.lenburg，a.spira，apredictionmodelforlungcancerdiagnosisthatintegratesgenomicandclinicalfeatures，cancerprevres(phila)1，56-64(2008).36.s.wang，m.sun，c.gu，x.wang，d.chen，e.zhao，x.jiao，j.zheng，expressionofcd163，interleukin-10，andinterferon-gammainoralsquamouscellcarcinoma：mutualrelationshipsandprognosticimplications，eur.j.oalsci.122，202-209(2014).37.s.gettinger，j.choi，k.hastings，a.truini，i.datar，r.sowell，a.wurtz，w.dong，g.cai，m.a.melnick，v.y.du，j.schlessinger，s.b.goldberg，a.chiang，m.f.sanmamed，i.melero，j.agorreta，l.m.montuenga，r.lifton，s.ferrone，p.kavathas，d.l.rimm，s.m.kaech，k.schalper，r.s.herbst，k.politi，impairedhlaclassiantigenprocessingandpresentationasamechanismofacquiredresistancetoimmunecheckpointinhibitorsinlungcancer，cancerdiscov7，1420-1435(2017).38.c.pereira，p.gimenez-xavier，e.pros，m.j.pajares，m.moro，a.gomez，a.navarro，e.condom，s.moran，g.gomez-lopez，o.m.rubio-camarillo，a.martinez-martí，j.yokota，j.carretero，j.m.galbis，e.nadal，d.pisano，g.sozzi，e.felip，l.m.montuenga，l.roz，a.villanueva，m.sanchez-cespedes，genomicprofilingofpatient-derivedxenograftsforlungcanceridentifiesb2minactivationimpairingimmunorecognition，clin.cancerres.23，3203-3213(2017).39.j.gao，l.z.shi，h.zhao，j.chen，l.xiong，q.he，t.chen，j.roszik，c.bernatchez，s.e.woodman，p.-l.chen，p.hwu，j.p.allison，a.futreal，j.a.wargo，p.sharma，lossofifn-γpathwaygenesintumorcellsasamechanismofresistancetoanti-ctla-4therapy，cell167，397-404.e9(2016).40.a.kotsakis，f.koinis，a.katsarou，m.gioulbasani，d.aggouraki，n.kentepozidis，v.georgoulias，e.-k.vetsika，prognosticvalueofcirculatingregulatorytcellsubsetsinuntreatednon-smallcelllungcancerpatients，scirep6，39247(2016).41.s.-p.wu，r.-q.liao，h.-y.tu，w.-j.wang，z.-y.dong，s-m.huang，w.-b.guo，l.-y.gou，h.-w.sun，q.zhang，z.xie，l-x.yan，j.su，j.-j.yang，w.-z.zhong，x.-c.zhang，y.-l.wu，stromalpd-l1-positiveregulatorytcellsandpd-1-positivecd8-positivetcellsdefinetheresponseofdifferentsubsetsofnon-smallcelllungcancertopd-1/pd-l1blockadeimmunotherapy，jthoraconcol13，521-532(2018).42.h.li，k.b.chiappinelli，a.a.guzzetta，h.easwaran，r.-w.c.yen，r.vatapalli，m.j.topper，j.luo，r.m.connolly，n.s.azad，v.steams，d.m.pardoll，n.davidson，p.a.jones，d.j.slamon，s.b.baylin，c.a.zahnow，n.ahuja，immuneregulationbylowdosesofthednamethyltransferaseinhibitor5-azacitidineincommonhumanepithelialcancers，oncotarget5，587-598(2014).43.internationalagencyforresearchoncancer，whoclassificationoftumoursofthelung，pleura，thymusandheart(worldhealthorganization，2015).44.a.dobin，c.a.davis，f.schlesinger，j.drenkow，c.zaleski，s.jha，p.batut，m.chaisson，t.r.gingeras，star：ultrafastuniversalrna-seqaligner，bioinformatics29，15-21(2013).45b.li，c.n.dewey，rsem：accuratetranscriptquantificationfromrna-seqdatawithorwithoutareferencegenome，bmcbioinformatics12，323(2011).46.l.wang，s.wang，w.li，rseqc：qualirycontrolofrna-seqexperiments，bioinformatics28，2184-2185(2012).47.b.s.pedersen，a.r.quinlan，who′swho？detectingandresolvingsampleanomaliesinhumandnasequencingstudieswithpeddy，am.j.hum.genet.100，406-413(2017).48.m.d.robinson，d.j.mccarthy，g.k.smyth，edger：abioconductorpackagefordifferentialexpressionanalysisofdigitalgeneexpressiondata，bioinformatics26，139-140(2010).49.m.d.wilkerson，d.n.hayes，consensusclusterplus：aclassdiscoverytoolwithconfidenceassessmentsanditemtracking，bioinformaiics26，1572-1573(2010).50.j.t.leek，w.e.johnson，h.s.parker，a.e.jaffe，j.d.storey，thesvapackageforremovingbatcheffectsandotherunwantedvariationinhigh-throughputexperiments，bioinformatics28，882-883(2012).51.e.y.chen，c.m.tan，y.kou，q.duan，z.wang，g.v.meirelles，n.r.clark，a.ma′ayan，enrichr：interactiveandcollaborativehtml5genelistenrichmentaialysistool，bmcbioinformatics14，128(2013).52.a.subramanian，p.tamayo，v.k.mootha，s.mukherjee，b.l.ebert，m.a.gillette，a.paulovich，s.l.pomeroy，t.r.golub，e.s.lander，j.p.mesirov，genesetenrichmentanalysis：aknowledge-basedapproachforinterpretinggenome-wideexpressionprofiles，proc.natl.acad.sci.u.s.a.102，15545-15550(2005).53.a.liberzon，c.birger，h.thorvaldsdottir，m.ghandi，j.p.mesirov，p.tamayo，themolecularsignaturesdatabase(msigdb)hallmarkgenesetcollection，cellsyst1，417-425(2015).54.m.e.ritchie，b.phipson，d.wu，y.hu，c.w.law，w.shi，g.k.smyth，limmapowerdifferentialexpressionanalysesforrna-sequencingandmicroarraystudies，nucleicacidsres.43，e47(2015).55.c.w.law，y.chen，w.shi，g.k.smyth，voom：precisionweightsunlocklinearmodelanalysistoolsforrna-seqreadcounts，genomebiol.15，r29(2014).56.k.yoshihara，m.shahmoradgoli，e.martinez，r.vegesna，h.kim，w.torres-garcia，v.h.shen，p.w.laird，d.a.levine，s.l.carter，g.getz，k.stemke-hale，g.b.mills，r.g.w.verhaak，inferringtumourpurityandstromalandimmunecelladmixturefromexpressiondata，natcommun4，2612(2013).表1发现同生群和验证同生群二者中的受试者的人口统计学和临床注释。对于分类变量，使用fisher精确检验，对于连续变量，使用学生t检验，进行发现同生群和验证同生群之间的统计检验。对于分类变量，报告百分比，对于连续变量，报告均值和标准差。表2.发现同生群和验证同生群二者中对样品的临床注释。使用fisher精确检验在活检或刷检内的发现同生群和验证同生群之间进行统计检验，并报告百分比。表3发现同生群中分子亚型特征的总结。对于每种分子亚型，报道了与临床特征、典型细胞类型上皮细胞和白细胞基因标志物、途径、9个基因模块中的每个的显著关联分泌性上调模块6、8下调模块1、2、5、7临床特征当前吸烟(63％)，非发育异常活检(66％)生物学特征scc亚型-分泌性；cd45、muc5ac、tub1a1上调；ki67、krt5下调途径细胞外基质、黏着斑、整合素途径下调tfe2f下调正常上调模块1、6下调模块8、9临床特征先前吸烟(65％)，非发育异常活检(75％)生物学特征cd45、muc5ac、ki67下调；scgb1a1、krt5、tub1a1上调途径核心细胞外基质基因：胶原蛋白和层粘连蛋白基因、wisp1/2先天和适应性免疫下调：hla基因、irf1/4/7/8、tlr2/4/6/8/10、ikbkbtfpea3、irf、nfkb下调分泌性上调模块6、8下调模块1、2、5、7临床特征当前吸烟(77％)，非发育异常活检(66％)生物学特征lusc亚型-分泌性；cd45、muc5ac、tub1a1上调；ki67、krt5下调途径细胞外基质、黏着斑、整合素途径下调转录因子e2f下调正常样上调模块1、6下调模块8、9临床特征先前吸烟(65％)，非发育异常活检(75％)生物学特征cd45、muc5ac、ki67下调；scgb1a1、krt5、tub1a1上调途径核心细胞外基质基因：胶原蛋白和层粘连蛋白基因、wisp1/2先天和适应性免疫下调：hla基因、irf1/4/7/8、tlr2/4/6/8/10、ikbkb转录因子pea3、irf、nfkb下调实施例2：实施例1的补充材料材料和方法n-亚硝基三-(2-氯乙基)脲(ntcu)小鼠样品收集和文库制备。我们先前已经从来自经ntcu处理的swr/j和a/j小鼠的40个新鲜的冷冻全肺切片(卷)和用acrutuspixcelltmii分离的激光显微解剖(lcm)组织收集和保存了rna。作为根据rpcc的iacuc批准的方案进行的研究的一部分，用15μmol或25μmolntcu(25μl的40mmntcu进行了15周或25周)对小鼠进行局部处理。样品包括以下实例：正常(swr/jn＝3lcm&3卷&a/jn＝2lcm&1卷)，化生/轻度发育异常(swr/jn＝5lcm&2卷)，中度发育异常(swr/jn＝7lcm&4卷&a/jn＝2lcm&1卷)，以及重度发育异常(swr/jn＝3lcm&2卷)和原位癌/lusc(a/jn＝2lcm&2卷)。根据制造商的方案，使用qiagenmi-rnaeasy试剂盒提取样品。将使用rna样品制备试剂盒v2从总rna样品制备测序文库。每个样品在hiseq2500上每个泳道进行5次测序，以产生单末端50-核苷酸的读段。ntcu小鼠数据处理。使用illuminacasava1.8.2进行去多重化和创建fastq文件。trimmomatic用于修剪衔接子序列以及使用以下参数修剪质量较差的读段：illuminaclip：truseq3-se.fa：2：30：10、leading：20、trailing：20、slidingwindow：4：20和minlen：20。修剪后，所有样品中保留了超过99％的读段。随后使用mm9和2遍star(44)比对来比对样品。使用ensembl注释，用rsem(45)计算基因和转录本水平计数。质量度量由star和rseqc计算得出(46)。最初，基于唯一比对的读段(与总读段相比)小于15％的百分比，移除了15个样品。随后对每个集合分别进行如下的样品和基因过滤：首先，使用edger(48)计算归一化数据(使用tmm(经修剪的m值平均值)和所计算的log2每百万计数归一化库大小)，并排除四分位范围等于0或样品之间的总和等于或小于1的基因。根据与以下的均值大于2个标准差的值排除样品：1)与在所有过滤的基因中计算出的所有其它样品的平均pearson相关性，2)使用过滤的基因表达矩阵计算的第一或第二主成分，3)转录本完整性数(tin，由rseqc计算)。样品过滤后，如上所述对最终的高质量样品集合重新计算基因过滤。数据可从ncbi的geneexpressionomnibus使用登录号gse111091获得。细胞类型和增殖性标志物的免疫荧光定量。参照dapi染色，为活检中的所有上皮手动计算基底细胞和纤毛细胞类型标志物(krt5和tub1a1)和增殖性标志物(ki67)，每份活检至少计数500个细胞。对于每份活检，对载玻片上存在的不同区域(组织的独立区域)进行计算(1-4个区域/活检)。算出关于经计算的每个区域中每个标志物呈阳性染色的细胞百分比。使用通过lme4r包的二项式混合效应模型来评价分子亚型之间每个区域中关于给定蛋白质呈染色阳性的细胞百分比的差异，使用每个区域中染色的总细胞作为权重，并根据患者作为随机效应进行调整。tcgascc肿瘤数据处理。从campbell(10)等获得来自476个lusc肿瘤的20,500个基因中的log2每百万数据的转录本。排除四分位范围等于0或样品中的总和等于或小于1的基因。基于与以下标准中的多于一种的平均值大于2个标准差的值来排除样品：1)与在所有过滤的基因中计算出的所有其它样品的平均pearson相关性，2)使用过滤的基因表达矩阵计算的第一或第二主成分，3)转录本完整性数(tin，由rseqc计算)。样品过滤后，如上所述对最终高质量样品集合(n＝471个肿瘤)重新计算基因过滤(n＝17,887个基因)。表5描述了在基因模块中富集的途径。与每个基因模块相关的选定途径的富集结果(fdr＜0.05)。表6.发现同生群(dc)和验证同生群(vc)内的临床特征和生物学特征与分子亚型的关联。发现同生群和验证同生群中的统计测试使用fisher精确检验进行。表7每个基因模块的同生群(dc和vc)和每个分子亚型内的进行性/持续性和退行性之间的统计关联。报告小于0.05的p值。ns＝不显著，并且n/a＝每组中的样品不足以进行分析。对于分子亚型，n＝正常，s＝分泌性，i＝炎性，并且p＝增殖性。表8.获得支气管内活检的肺位点。报告每个位点的位点编码、名称和描述。表9.用于免疫荧光研究的抗体。表10.按受试者的随时间推移的基因组吸烟状况。根据先前发表的与吸烟相关的基因标签6，计算每个时间点每个受试者的吸烟状况(详细信息参见方法)。行指示对每个患者采样的所有时间点的吸烟状况。->符号表示吸烟状况随时间的变化。通过双向fisher精确检验，发现同生群和验证同生群之间的吸烟状况类别中受试者的分布之间没有统计学差异(p＝0.90)。源数据作为源数据文件提供。表12分子亚型与肺癌既往史的关联。肺癌(lc)既往史分类如下：无历史(无lc史)、包括肺鳞状细胞癌的lc既往史(lc史-lusc)、以及不包括肺鳞状细胞癌的lc既往史(lc史-其它)。发现同生群和验证同生群中的统计检验使用双向fisher精确检验进行。当前第1页12