一种短花柱番茄的创制方法与流程

本发明属于作物育种
技术领域：
，涉及一种短花柱番茄的创制方法，特别涉及一种用crispr/cas9系统敲除ps-2基因创制番茄短花柱种质的方法。
背景技术：
：番茄(solanumlycopersicum)为完全花，为自花授粉作物，而生产上销售的番茄种子均为杂种一代(f1代)。生产番茄杂交种子时，必须经过人工去雄操作。去雄时，一般操作为用镊子等工具将花蕾花瓣分开，然后将雄蕊去除。由于番茄花器较小，操作困难，费时费力。提高番茄去雄效率，即可很大程度上提高番茄杂交制种效率，降低制种成本。缩短柱头有助于提高去雄效率。如果将柱头短缩，在去雄时可用手直接捏住花蕾顶端，将花瓣和花药快速拔出而不会伤害柱头(野生型番茄柱头一般与花药筒平齐或略低，这种操作会将柱头损伤而导致无法授粉结籽)。参考文献：ldeng,hwang,etal.,2017.efficientgenerationofpink-fruitedtomatoesusingcrispr/cas9system.journalofgeneticsandgenomics.1-4.doi.org/10.1016/j.jgg.2017.10.002.benoitgorguet,etal.,2017.ps-2,thegeneresponsibleforfunctionalsterilityintomato,duetonon-dehiscentanthers,istheresultofamutationinanovelpolygalacturonasegene.theorapplgenet(2009)118:1199–1209.doi10.1007/s00122-009-0974-9.技术实现要素：本发明通过crispr/cas9技术敲除ps-2基因获得了花柱变短的番茄突变体。较为具体地，本发明第一方面提供了一种短花柱番茄的创制方法，所述方法为敲除番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因。在一些实施方式中，所述番茄种质为：tb0993。在一些实施方式中，所述番茄ps-2基因的编码序列如seqidno.1所示。本发明所述保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因包括但不限于：在包括番茄tb0993品种在内的番茄品种中与编码序列如seqidno.1所示的基因或genbank登录号为：eu111748的ps-2基因同源且保持多聚半乳糖醛酸酶活性的编码能力的同源基因，或者保持多聚半乳糖醛酸酶活性的编码能力的前述同源基因的突变体(突变类型包括但不限于：插入、缺失、变异、片段易位、片段融合；突变途径包括但不限于杂交种、天然突变株/种或人工突变株/种；突变位点或区域包括但不限于内含子区、外显子区、非编码区)。在一些实施方式中，所述番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因编码的蛋白质序列如seqidno.3所示。在一些实施方式中，所述方法为将敲除所述番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因的番茄突变体制备成突变纯合体。在一些实施方式中，所述方法为敲除番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因的第5外显子。在一些实施方式中，所述方法为敲除番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因的第6外显子。在一些实施方式中，所述方法为将所述番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因的核酸编码序列突变成如seqidno.6、seqidno.8、seqidno.10中任一种所示的核酸序列或其组合。在一些实施方式中，所述方法为将所述番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因编码的蛋白序列突变成如seqidno.7、seqidno.9、seqidno.11中任一种所示的蛋白序列或其组合。在一些实施方式中，敲除所述番茄ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因是使用crispr/cas9系统实现的。在一些实施方式中，所述crispr/cas9系统中表达sgrna的载体中靶序列如seqidno.4和/或seqidno.5所示。本发明第二方面提供了一种用于实现如本发明第一方面所述的创制方法或制备通过本发明第一方面所述的创制方法制备得到的番茄品种的sgrna。本发明第三方面提供了一种用于实现如本发明第一方面所述的创制方法，或制备通过本发明第一方面所述的创制方法制备得到的番茄品种的表达sgrna的载体。本发明第四方面提供了一种试剂盒，所述试剂盒中含有本发明第二方面所述的sgrna，或本发明第三方面所述的表达sgrna的载体。本发明第五方面提供了一种突变蛋白，所述突变蛋白为通过本发明第一方面的创制方法制备的突变株中突变后ps-2基因或其保持多聚半乳糖醛酸酶活性编码能力的同源基因编码的突变蛋白。在一些实施方式中，所述突变蛋白的氨基酸序列如seqidno.6、seqidno.8、seqidno.10中任一种所示或其组合。本发明第六方面提供了一种基因，所述基因的编码序列能够编码如本发明第五方面所述的突变蛋白。在一些实施方式中，所述基因的编码序列如seqidno.7、seqidno.9、seqidno.11中任一种所示或其组合。本发明第七方面提供了本发明第一方面所述的创制方法、如本发明第二方面所述的sgrna、如本发明第三方面所述的表达sgrna的载体、如本发明第四方面所述的试剂盒、本发明第五方面所述的突变蛋白或如本发明第六方面所述的基因在构建番茄花柱缩短的制种中的用途。相比现有技术，本发明的有益效果如下：本发明通过crispr/cas9敲除番茄ps-2基因，创制出短柱头突变体材料。这种创制短柱头突变体材料的方法将在番茄制种中具有应用前景。本发明通过crispr/cas9敲除ps-2基因获得短柱头材料，可以简化人工去雄操作，提高制种效率，降低制种成本。这种获得突变体材料的技术方法可快速有效地创制短柱头突变体，有望在制种上获得广泛应用。附图说明图1为本发明的ps-2基因上的crispr/cas9敲除靶点序列guide1和guide2示意图。图2为crispr/cas9敲除ps-2基因靶点序列guide1和guide2获得的突变体序列示意图。图3为野生型材料tb0993初开期花朵照片。图4为突变体#1初开期花朵照片。图5中左图为野生型材料tb0993盛开期花朵照片，右图为突变体#1盛开期花朵照片。图6中左图为野生型材料tb0993盛开期花朵照片，右图为突变体#1盛开期花朵照片。图7为野生型材料tb0993植株照片。图8为突变体#1植株照片。图9中左图为野生型材料tb0993叶片照片。右图为突变体#1叶片照片。图10为野生型番茄花去雄方法示意图。图11为突变体#1番茄花去雄方法示意图。具体实施方式为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合附图对本发明实施方式作进一步地详细描述。1.番茄材料所用番茄品种tb0993。tb0993由2009年荷兰纽内姆公司的杂交品种群体bf001，经8代定向纯化系统选育(单株法选择具有抗番茄黄化曲叶病毒病ty1和ty3a位点、座果率高植株)而成的粉果番茄优良自交系。本发明对tb0993番茄进行了全基因组测序，测序由北京天一辉远生物科技有限公司公司完成，测序结果未公开。2.基因简介根据benoitgorguet等人2009年的文献报道：ps-2基因(genbank号为：eu111748)编码多聚半乳糖醛酸酶。包括9个外显子，该序列包括6877个核苷酸(其中32-6748为编码区，32-130,1838-1969,2686-2853,3409-3429,3565-3772,192-5273,5619-5727,5819-5938,6509-6748位分别为外显子)，成熟蛋白包括392个氨基酸残基，可控制花药开裂。根据前述番茄品种tb0993测序结果，番茄品种tb0993的ps-2基因的核酸编码区dna编码序列为(命名为seqidno.1)：atggagaaattcaatgaagaagaagatcaagctaaggttacaacaattaatgtggatagctttggagctaaaggtgatggaagtatagatgatacaaatgcatttcaaaaagcatggaaagaagcttgttcatcttcacatgttgtgaattttgtggtgtcccagaacaagaaatatcttctcaaaccaatcaaattttatgggccatgcaaatcttccattacaatgcagatttatggaaccctattagcatctgatgatacttcagattacaagaaggatagtaggcactggcttatttttgatagtgttcaaaaattggttgttggaggagctggagttatcaatggcaatggcaaaatttggtggcaacattcttgcaaaattaataaaaaattgccatgcaaggtagcacccacggccctgacattttacaagtgtaacaacttgaaagtgaaggaccttaaaatagaaaatgcacaacaaatacatttgctaattgagaagtgtgttggtgttgaagttacaaaattggtagtgacttctccagaaaatagccctaatactgatggaatccatataactagcactcaaaatattcaaatttctgattccaccattgccacaggtgatgattgcatctcaattgtggatggatctcagaaggtcttagccactggcattacttgtggaccaggtcatggaattagtattggaagtttgggaggtggaaattcagaagctcatgtgtctgatattcatgtaaatggagctaagctttatgaaactacaaatggacttaggattaagacttggccgggaggatttggaagtgcaagcaatattaagtatcaaaatgtggttatgaataatgtcaaaaatccaataattatagaccaaaattattgtgatcaagctgatggtccatgcaaagctgagactgactcggcagttgaagtgaaaaatgtgatttatcaaaatatcaaaggcacaagtgcaacaaatgatgcaataagtatcaagtgcagcaaaaaaattccatgtgaaggaattttgatggagaatgtgaaattgttaggaggaaatggtgaaactccaaatggtatttggggaaatatcaataatcttacgtgcaaaaatgttttaccagaatgtcaaaaaaactcaaaaattgtataa番茄品种tb0993的ps-2基因的成熟mrna核酸编码序列为(命名为seqidno.2)：auggagaaauucaaugaagaagaagaucaagcuaagguuacaacaauuaauguggauagcuuuggagcuaaaggugauggaaguauagaugauacaaaugcauuucaaaaagcauggaaagaagcuuguucaucuucacauguugugaauuuuguggugucccagaacaagaaauaucuucucaaaccaaucaaauuuuaugggccaugcaaaucuuccauuacaaugcagauuuauggaacccuauuagcaucugaugauacuucagauuacaagaaggauaguaggcacuggcuuauuuuugauaguguucaaaaauugguuguuggaggagcuggaguuaucaauggcaauggcaaaauuugguggcaacauucuugcaaaauuaauaaaaaauugccaugcaagguagcacccacggcccugacauuuuacaaguguaacaacuugaaagugaaggaccuuaaaauagaaaaugcacaacaaauacauuugcuaauugagaaguguguugguguugaaguuacaaaauugguagugacuucuccagaaaauagcccuaauacugauggaauccauauaacuagcacucaaaauauucaaauuucugauuccaccauugccacaggugaugauugcaucucaauuguggauggaucucagaaggucuuagccacuggcauuacuuguggaccaggucauggaauuaguauuggaaguuugggagguggaaauucagaagcucaugugucugauauucauguaaauggagcuaagcuuuaugaaacuacaaauggacuuaggauuaagacuuggccgggaggauuuggaagugcaagcaauauuaaguaucaaaaugugguuaugaauaaugucaaaaauccaauaauuauagaccaaaauuauugugaucaagcugaugguccaugcaaagcugagacugacucggcaguugaagugaaaaaugugauuuaucaaaauaucaaaggcacaagugcaacaaaugaugcaauaaguaucaagugcagcaaaaaaauuccaugugaaggaauuuugauggagaaugugaaauuguuaggaggaaauggugaaacuccaaaugguauuuggggaaauaucaauaaucuuacgugcaaaaauguuuuaccagaaugucaaaaaaacucaaaaauuguauaa本发明的如下载体设计与基因敲除操作是基于前述核酸编码序列进行的。番茄品种tb0993的ps-2基因的蛋白序列为(命名为：seqidno.3)：mekfneeedqakvttinvdsfgakgdgsiddtnafqkawkeacssshvvnfvvsqnkkyllkpikfygpckssitmqiygtllasddtsdykkdsrhwlifdsvqklvvggagvingngkiwwqhsckinkklpckvaptaltfykcnnlkvkdlkienaqqihlliekcvgvevtklvvtspenspntdgihitstqniqisdstiatgddcisivdgsqkvlatgitcgpghgisigslgggnseahvsdihvngaklyettnglriktwpggfgsasnikyqnvvmnnvknpiiidqnycdqadgpckaetdsavevknviyqnikgtsatndaisikcskkipcegilmenvkllggngetpngiwgninnltcknvlpecqknskiv3.基因敲除系统载体简介载体为crispr/cas9双载体系统ptx041，由中国科学院遗传与发育生物学研究所李传友实验室馈赠。其中用番茄u6启动子表达sgrna,用2×camv35s启动子表达玉米密码子优化的cas9。载体系统具体特性请参考dengetal.(2017)。4.敲除靶点选择与重组ptx041载体的构建敲除靶点序列在ps-2基因上的位置与序列参见图1。(1)在ps-2基因第5和第6外显子分别选一个靶点，依次分别称为guide1和guide2，序列参见图1中target所示序列。如下引物中，guide1及guide2前后加上接头(大写字母的为靶序列，小写的为接头序列，含有bal1酶切位点以及pcbc-dt1t2_tomatou6载体序列，便于pcr扩增以及后续的酶切连接)形成引物对：guide1f：atatatggtctcgtttggtgtaacaacttgaaagtgagttttagagctagaaatagc(命名为seqidno.12)guide2r：attattggtctcgaaacgattgcatctcaattgtggaccaaactacactgttagattc(命名为seqidno.13)；其中，针对第5外显子的靶序列为：gtgtaacaacttgaaagtga，命名为：seqidno.4，针对第6外显子的靶序列为：gattgcatctcaattgtgga，命名为：seqidno.5。(2)将上述引物guide1f和guide2r以质粒pcbc-dt1t2_tomatou6为模板进行pcr扩增，以便使得到的扩增产物中同时包含针对guide1及guide2两个靶点的序列，当该序列在靶细胞中表达后，能够表达同时敲除两个靶点，以便提高敲除效率。因此可同时造成双突变。扩增产物的序列为(黑色斜体下划线为靶点或其反向互补序列)(命名为seqidno.14)：(3)将扩增产物和ptx-041载体(双启动子表达载体，可同时转录两个独立的sgrna,dengetal.2017)同时用bsai酶切并用t4连接酶连接，形成连接产物，称作ptx-guide1,2，即重组载体。该重组载体包含两个靶点，两个启动子，可同时转录两个独立的sgrna。该重组载体还同时转录cas9。(4)将ptx-guide1,2转化大肠杆菌dh5α感受态细胞，挑取单菌落，于含50mg/l卡那霉素(kan)的液体lb培养基中，37℃，200rpm振荡培养过夜。用引物tst1：agcggataacaatttcacacagga(命名为seqidno.15)进行测序验证阳性克隆，提取阳性质粒转化农杆菌agl0。(5)利用“叶盘法”通过agl0农杆菌侵染普通番茄子叶，分别获得转化ptx-guide1,2敲除载体涉载体的抗性芽系，移栽后获得相应植株。5.转化植株的验证针对第5外显子基因敲除植株ps-2基因突变情况检测的引物为：上游引物pu1(命名为seqidno.16)：ccatgcaaggtagcacccacg；下游引物pd1(命名为seqidno.17)：cctgtggcaatggtggaatcag。针对第6外显子基因敲除植株ps-2基因突变情况检测的引物为：上游引物pu2(命名为seqidno.18)：cacaccgaaaatcttgaaagtgtag；下游引物pd2(命名为seqidno.19)：gagcttctgaatttccacctccc。使用dna提取试剂盒(天根生化科技(北京)有限公司的高效植物基因组dna提取试剂盒，货号为:dp350-03)提取植株基因组dna。使用takara公司takaraprimerstarmaxdna聚合酶以及引物pu1、pd1以及pu2、pd2对基因组dna进行pcr扩增。反应条件为98℃30s；98℃15s,60℃15s,72℃30s,进行30个循环；72℃5min。对pcr产物进行测序(交给北京天一辉远生物科技有限公司进行的测序)，对多个突变株中ps-2基因进行测序拼接。最终发现突变株#1-2中ps-2第5外显子发生了突变，突变株#3中ps-2第6外显子发生了突变，所述突变株均为突变纯合子。突变位置测序结果参见图2。突变后的编码序列和氨基酸序列分别如下：突变株#1编码序列突变后的核酸编码序列为(其中，下划线表示突变后的核酸序列到新形成的终止密码子)(命名为：seqidno.6):atggagaaattcaatgaagaagaagatcaagctaaggttacaacaattaatgtggatagctttggagctaaaggtgatggaagtatagatgatacaaatgcatttcaaaaagcatggaaagaagcttgttcatcttcacatgttgtgaattttgtggtgtcccagaacaagaaatatcttctcaaaccaatcaaattttatgggccatgcaaatcttccattacaatgcagatttatggaaccctattagcatctgatgatacttcagattacaagaaggatagtaggcactggcttatttttgatagtgttcaaaaattggttgttggaggagctggagttatcaatggcaatggcaaaatttggtggcaacattcttgcaaaattaataaaaaattgccatgcaaggtagcacccacggccctgacattttacaagtgtaacaacttgaaagaaggaccttaa突变株#1编码序列突变后的蛋白序列为(其中，下划线表示突变后的氨基酸序列)(命名为：seqidno.7):mekfneeedqakvttinvdsfgakgdgsiddtnafqkawkeacssshvvnfvvsqnkkyllkpikfygpckssitmqiygtllasddtsdykkdsrhwlifdsvqklvvggagvingngkiwwqhsckinkklpckvaptaltfykcnnlkegp突变株#2编码序列突变后的核酸编码序列为(其中，下划线表示突变后的核酸序列到新形成的终止密码子)(命名为：seqidno.8):atggagaaattcaatgaagaagaagatcaagctaaggttacaacaattaatgtggatagctttggagctaaaggtgatggaagtatagatgatacaaatgcatttcaaaaagcatggaaagaagcttgttcatcttcacatgttgtgaattttgtggtgtcccagaacaagaaatatcttctcaaaccaatcaaattttatgggccatgcaaatcttccattacaatgcagatttatggaaccctattagcatctgatgatacttcagattacaagaaggatagtaggcactggcttatttttgatagtgttcaaaaattggttgttggaggagctggagttatcaatggcaatggcaaaatttggtggcaacattcttgcaaaattaataaaaaattgccatgcaaggtagcacccacggccctgacattttacaagtgtaacaacttgaaaggtgaaggaccttaa突变株#2编码序列突变后的蛋白序列为(其中，下划线表示突变后的氨基酸序列)(命名为：seqidno.9):mekfneeedqakvttinvdsfgakgdgsiddtnafqkawkeacssshvvnfvvsqnkkyllkpikfygpckssitmqiygtllasddtsdykkdsrhwlifdsvqklvvggagvingngkiwwqhsckinkklpckvaptaltfykcnnlkgegp突变株#3编码序列突变后的核酸编码序列为(其中，下划线表示突变后的核酸序列到新形成的终止密码子)(命名为：seqidno.10):atggagaaattcaatgaagaagaagatcaagctaaggttacaacaattaatgtggatagctttggagctaaaggtgatggaagtatagatgatacaaatgcatttcaaaaagcatggaaagaagcttgttcatcttcacatgttgtgaattttgtggtgtcccagaacaagaaatatcttctcaaaccaatcaaattttatgggccatgcaaatcttccattacaatgcagatttatggaaccctattagcatctgatgatacttcagattacaagaaggatagtaggcactggcttatttttgatagtgttcaaaaattggttgttggaggagctggagttatcaatggcaatggcaaaatttggtggcaacattcttgcaaaattaataaaaaattgccatgcaaggtagcacccacggccctgacattttacaagtgtaacaacttgaaagtgaaggaccttaaaatagaaaatgcacaacaaatacatttgctaattgagaagtgtgttggtgttgaagttacaaaattggtagtgacttctccagaaaatagccctaatactgatggaatccatataactagcactcaaaatattcaaatttctgattccaccattgccacaggtgatgattgcatctcaattgttggatggatctcagaaggtcttagccactggcattacttgtggaccaggtcatggaattag突变株#3编码序列突变后的蛋白序列为:(其中，下划线表示突变后的氨基酸序列)(命名为：seqidno.11).mekfneeedqakvttinvdsfgakgdgsiddtnafqkawkeacssshvvnfvvsqnkkyllkpikfygpckssitmqiygtllasddtsdykkdsrhwlifdsvqklvvggagvingngkiwwqhsckinkklpckvaptaltfykcnnlkvkdlkienaqqihlliekcvgvevtklvvtspenspntdgihitstqniqisdstiatgddcisivgwiseglshwhylwtrswn6.敲除植株的表型表征将获得的番茄#1-3纯合突变体自交留种，种植于北京市农林科学院农场，同时种植对照野生型材料tb0993,栽培管理条件基本一致，均为常规操作，每份自交系材料种植3株。取无病变且处于花初开期(花萼张开，花瓣黄白色)的花测量其花柱长度，每株取5个花，记录计算平均值。该番茄野生型及突变体自交系柱头性状具体参见表1，野生型材料tb0993与突变体#1照片参见图3-6，记录时期为番茄的花初开期和盛开期。表1野生型材料tb0993与突变体#1-3番茄性状对照花柱长度(mm)tb0993(野生型)7.08±0.25突变体#16.05±0.17突变体#26.01±0.15突变体#36.11±0.18过田间性状调查，如图7-9所示，野生型材料tb0993与突变体#1的植株整体以及叶片未见明显的差别，3个突变体材料主要经济性状未发生显著变化。但突变体材料均出现柱头明显短缩(花柱变短)现象，与tb0993野生型番茄材料柱头相比，其平均花柱长度要短约1mm。7.潜在脱靶位点分析根据guide1和guide2靶点序列对番茄全基因组序列进行blast搜索,同时结合网站http://www.genome.arizona.edu/crispr/crisprsearch.html对脱靶位点进行评估，未发现潜在理论上脱靶位点。8.人工去雄与制种应用由于突变体材料柱头短缩，在去雄时可用手直接捏住花蕾顶端，将花瓣和花药快速拔出而不会伤害柱头(野生型番茄柱头一般与花药筒平齐或略低，这种操作会将柱头损伤而导致无法授粉结籽)。柱头缩短情况下，可用手捏住花瓣与雄蕊，一次取下，相比之前需要用镊子依次取花瓣和雄蕊，效率要高得多。借助图10来理解，野生型番茄花去雄需要用镊子将花瓣和雄蕊一一去除；借助图11来理解，突变体可徒手将花瓣与雄蕊一次性快速去除。因此，本发明所制备得到的花柱缩短的番茄有助于提高人工去雄效率，提高番茄育种效率。由技术常识可知，本发明可以通过其它的不脱离其精神实质或必要特征的实施方案来实现。因此，上述公开的实施方案，就各方面而言，都只是举例说明，并不是仅有的。所有在本发明范围内或在等同于本发明的范围内的改变均被本发明包含。序列表<110>北京市农林科学院中国科学院遗传与发育生物学研究所<120>一种短花柱番茄的育种方法<130>c1cncn190786<160>19<170>siposequencelisting1.0<210>1<211>1179<212>dna<213>西红柿(tomato)<400>1atggagaaattcaatgaagaagaagatcaagctaaggttacaacaattaatgtggatagc60tttggagctaaaggtgatggaagtatagatgatacaaatgcatttcaaaaagcatggaaa120gaagcttgttcatcttcacatgttgtgaattttgtggtgtcccagaacaagaaatatctt180ctcaaaccaatcaaattttatgggccatgcaaatcttccattacaatgcagatttatgga240accctattagcatctgatgatacttcagattacaagaaggatagtaggcactggcttatt300tttgatagtgttcaaaaattggttgttggaggagctggagttatcaatggcaatggcaaa360atttggtggcaacattcttgcaaaattaataaaaaattgccatgcaaggtagcacccacg420gccctgacattttacaagtgtaacaacttgaaagtgaaggaccttaaaatagaaaatgca480caacaaatacatttgctaattgagaagtgtgttggtgttgaagttacaaaattggtagtg540acttctccagaaaatagccctaatactgatggaatccatataactagcactcaaaatatt600caaatttctgattccaccattgccacaggtgatgattgcatctcaattgtggatggatct660cagaaggtcttagccactggcattacttgtggaccaggtcatggaattagtattggaagt720ttgggaggtggaaattcagaagctcatgtgtctgatattcatgtaaatggagctaagctt780tatgaaactacaaatggacttaggattaagacttggccgggaggatttggaagtgcaagc840aatattaagtatcaaaatgtggttatgaataatgtcaaaaatccaataattatagaccaa900aattattgtgatcaagctgatggtccatgcaaagctgagactgactcggcagttgaagtg960aaaaatgtgatttatcaaaatatcaaaggcacaagtgcaacaaatgatgcaataagtatc1020aagtgcagcaaaaaaattccatgtgaaggaattttgatggagaatgtgaaattgttagga1080ggaaatggtgaaactccaaatggtatttggggaaatatcaataatcttacgtgcaaaaat1140gttttaccagaatgtcaaaaaaactcaaaaattgtataa1179<210>2<211>1179<212>rna<213>西红柿(tomato)<400>2auggagaaauucaaugaagaagaagaucaagcuaagguuacaacaauuaauguggauagc60uuuggagcuaaaggugauggaaguauagaugauacaaaugcauuucaaaaagcauggaaa120gaagcuuguucaucuucacauguugugaauuuuguggugucccagaacaagaaauaucuu180cucaaaccaaucaaauuuuaugggccaugcaaaucuuccauuacaaugcagauuuaugga240acccuauuagcaucugaugauacuucagauuacaagaaggauaguaggcacuggcuuauu300uuugauaguguucaaaaauugguuguuggaggagcuggaguuaucaauggcaauggcaaa360auuugguggcaacauucuugcaaaauuaauaaaaaauugccaugcaagguagcacccacg420gcccugacauuuuacaaguguaacaacuugaaagugaaggaccuuaaaauagaaaaugca480caacaaauacauuugcuaauugagaaguguguugguguugaaguuacaaaauugguagug540acuucuccagaaaauagcccuaauacugauggaauccauauaacuagcacucaaaauauu600caaauuucugauuccaccauugccacaggugaugauugcaucucaauuguggauggaucu660cagaaggucuuagccacuggcauuacuuguggaccaggucauggaauuaguauuggaagu720uugggagguggaaauucagaagcucaugugucugauauucauguaaauggagcuaagcuu780uaugaaacuacaaauggacuuaggauuaagacuuggccgggaggauuuggaagugcaagc840aauauuaaguaucaaaaugugguuaugaauaaugucaaaaauccaauaauuauagaccaa900aauuauugugaucaagcugaugguccaugcaaagcugagacugacucggcaguugaagug960aaaaaugugauuuaucaaaauaucaaaggcacaagugcaacaaaugaugcaauaaguauc1020aagugcagcaaaaaaauuccaugugaaggaauuuugauggagaaugugaaauuguuagga1080ggaaauggugaaacuccaaaugguauuuggggaaauaucaauaaucuuacgugcaaaaau1140guuuuaccagaaugucaaaaaaacucaaaaauuguauaa1179<210>3<211>392<212>prt<213>西红柿(tomato)<400>3metglulyspheasngluglugluaspglnalalysvalthrthrile151015asnvalaspserpheglyalalysglyaspglyserileaspaspthr202530asnalapheglnlysalatrplysglualacysserserserhisval354045valasnphevalvalserglnasnlyslystyrleuleulysproile505560lysphetyrglyprocyslysserserilethrmetglniletyrgly65707580thrleuleualaseraspaspthrserasptyrlyslysaspserarg859095histrpleuilepheaspservalglnlysleuvalvalglyglyala100105110glyvalileasnglyasnglylysiletrptrpglnhissercyslys115120125ileasnlyslysleuprocyslysvalalaprothralaleuthrphe130135140tyrlyscysasnasnleulysvallysaspleulysilegluasnala145150155160glnglnilehisleuleuileglulyscysvalglyvalgluvalthr165170175lysleuvalvalthrserprogluasnserproasnthraspglyile180185190hisilethrserthrglnasnileglnileseraspserthrileala195200205thrglyaspaspcysileserilevalaspglyserglnlysvalleu210215220alathrglyilethrcysglyproglyhisglyileserileglyser225230235240leuglyglyglyasnserglualahisvalseraspilehisvalasn245250255glyalalysleutyrgluthrthrasnglyleuargilelysthrtrp260265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