一种与二花脸母猪产仔性状相关的snp标记的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物学技术领域，涉及与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记、 其检测方法及应用。
【背景技术】
[0002] 猪产仔数是重要的经济性状，产仔数的提高将会大大地增加商品猪肉的供应量， 给现代养猪生产带来巨大的经济效益。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐 提高，对猪肉的需求量也越来越大。2014年12月底我国能繁母猪存栏数4300万头，如果母 猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为整个行业多提供约9000 万头猪。因此，人们也越来越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，产仔数为复杂多基因控 制的经济性状，遗传力低，通过传统的选育方法提高猪产仔数收效甚微，所以开发和利用新 的分子选育标记来提高猪的繁殖性能倍受重视。
[0003] 二花脸是位于我国太湖流域的国家级畜禽遗传资源保护品种，是我国劳动人民 千百年来选育的产仔性能极其优秀的地方猪种资源。根据发明人所在单位对二花脸猪群 最大基地"焦溪二花脸猪专业合作社"内177头二花脸约1000窝产仔数据分析来看，二花 脸群体内产仔性能已出现显著分离，尤其是初产总产仔数和产活仔数变异系数分别达到 22. 14%和26. 97% ;经产也分别为19. 87%和22. 14%。然而目前导致二花脸猪品种内产 仔数变异的遗传机理尚不清楚。
[0004] 多年以来虽然国内已有大量的研宄机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力 的遗传机理，但限于研宄方法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花 脸猪种高繁殖力遗传机制并没有得到充分的揭示和有效的利用。因此，为保护好我国人民 千百年来选育的二花脸品种的高产仔性能，我们急需鉴别出影响二花脸猪品种内产仔数变 异的基因和标记，通过分子标记选择技术加快恢复和提升二花脸猪种的产仔性能，培育性 能相对稳定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势。
[0005] 发明人利用一个177头纯种二花脸母猪的群体，开展了全基因组QTL定位研宄，并 在8号染色体上定位到了一个品种内群体间遗传分化显著的QTL。从国际猪QTL数据库网 站（http://www.animalgenome.org/cgi -bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在猪除 10、11 号染色体及性染色体上没有定位到影响总产仔数的QTL，其它常染色体上都已定位到影响 总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10 -20cM，无法确定 真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝总产仔 数相关的SNP标记。
[0007] 本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。
[0008] 本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。
[0009] -种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于猪8号染色体上 的UCHL1基因和UMCH1基因的基因之间的间隔区，所述SNP标记的位点为国际猪基因组 10. 2版本参考序列猪8号染色体上g. 33985796核苷酸位点，且具有T/C多态性，所述SNP 标记与二花脸母猪窝产总仔数极显著相关。该SNP位点具有TT基因型的二花脸个体母猪 窝总产仔数显著高于具有CC基因型的二花脸个体母猪窝总产仔数。
[0010] 一种基于本发明所述的SNP开发分子标记的方法，以含有本发明所述的SNP标记 的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以二花脸母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使 本发明所述的SNP标记转化为分子标记。
[0011] 其中，所述的引物对序列优选为上游引物：SEQIDN0 :2,下游引物：SEQIDN0 :3 ; 所述的分子标记序列优选如SEQIDNO:1所示，所述的SNP位点位于第806位，存在T/C多 态性。
[0012] 按照本发明所述的方法得到的分子标记。
[0013] 所述的分子标记序列优选如SEQIDN0 :1所示，所述的SNP位点位于第806位，存 在T/C多态性。
[0014] 一种用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQIDN0 :2,下 游引物为：SEQIDNO:3。
[0015] 一种检测本发明所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增二花脸母猪基因组中含有 本发明所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的T/C多态性。
[0016] 本发明所述的检测本发明所述的SNP标记的方法优选包括以下步骤：
[0017] (1)取一头二花脸母猪的耳组织样品并提取总DNA;
[0018] (2)用已提取的二花脸母猪基因组DNA为模板，使用本发明所述的引物进行PCR扩 增；
[0019] (3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQIDN0 :1第806位的T/C多态 性。
[0020] 其中，步骤（2)所述的PCR扩增反应体系为：DNA模板2. 5yL、SEQIDN0 :2和SEQ IDNO:3所示的引物各1. 25yL、PCRMix试剂25yL、双蒸水20yL;其中所述DNA模板浓 度为30ng/yL，所述引物的浓度为10m〇l/L，所述PCRMix试剂为南京欧科生物技术有限公 司的P394961L型号试剂；PCR扩增的反应程序为：预变性96°C2min;变性96°C20s;退火 62°〇3〇8，延伸72°0 458,35个循环；延伸72°0 1〇111111。
[0021] 本发明所述的SNP标记、所述的分子标记、所述的引物在筛选高产二花脸母猪品 系中的应用。
[0022] -种筛选高产二花脸母猪品系的方法，包括检测二花脸母猪g. 33985796核苷酸 位点的基因型，选育g. 33985796核苷酸位点的TT型个体作为种猪。
[0023] 有益效果：
[0024] 本发明提供的SNP标记与二花脸母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP 标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社 会价值。
【附图说明】
[0025] 图1为高产与相对低产二花脸群体间染色体上SNP标记Fst值的分布情况。其中， 猪的18条常染色体及X染色体信息标识于X轴。
[0026] 图2为使用本发明的引物扩增g.33985796的电泳图。
[0027] 图3为g.33985796的突变位点不同基因型的DNA测序结果峰图。
【具体实施方式】
[0028] 以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神 和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
[0029] 实施例1
[0030] 1、实验动物来源
[0031] 江苏常州焦溪二花脸猪专业合作社。
[0032] 计算177头二花脸母猪的育种值，计算模型为
[0033]Y(窝产总仔数）=parity(胎次）+farm(场）+year(年度）+season(季 节）+age(母猪分娩年龄）+sire(与配公猪）+permanenteffect(母猪的永久效 应）+additiveeffect(个体的加性效应）+e(残差），
[0034] 其中包括固定效应-胎次、母猪分娩的场/年/季，协变量-母猪分娩的年龄，随 机
[0035] 效应-与配公猪，永久效应-母猪，个体加性遗传值。选择育种值排在前10%与后 10%的个体。
[0036] 2、提取基因组DNA
[0037]采集36头母猪的耳组织样品，放置于装有70%酒精的离心管内，-20°C冰箱保
[0038] 存备用。
[0039] 使用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，所需试剂包括：
[0040] 裂解液实验室配备
[0041] 蛋白酶K(德国MERCK生物科技有限公司）
[0042]Tris饱和酚（北京索莱宝生物科技有限公司）
[0043]Tris饱和酚：氯仿：异戊醇（25 :24 :1)(北京索莱宝生物科技有限公司）
[0044] 氯仿（江苏永华精细化学品有限公