长链非编码rna以及检测细胞系及组织中该长链非编码rna表达水平的引物对及试剂盒的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及一种长链非编码RNA以及用于检测细胞系及组织中该长链非编码RNA 表达水平的引物对及试剂盒。
【背景技术】
[0002] 结肠癌是全球范围内常见肿瘤之一。结直肠癌的发生在男性中位于第三位，女性 中位于第二位。2008年的一项全球癌症数据统计中，新增结肠癌病例和死亡病例分别为120 万和608700例。以澳大利亚、新西兰、欧洲和北美为高发区。（Ahmedinjemal，DVM，Freddie Bray jMelissa M. Center. Global Cancer Statistics. CA CANCER J CLIN 2011.61:69 -90)在我国，结肠癌同样是常见肿瘤之一，其发病率和死亡率均位于前五名。（Wanqing Chen, RongshouZhengj Siwei Zhang, Ping Zhao.The incidences and mortalities of major cancers in China，2009. Chin J Cancer. 2013. 32(3) :106-112)近年来， 结肠癌的研究取得了实质性的进展。同时结肠癌早期筛查及诊断方法的研究，结肠癌 病人的发病率和死亡率都有所下降，改善了结肠癌病人的预后。（Wendy S Atkin, Rob Edwards, Ines Kralj-Hans et al. . 0nce-〇nly flexiblesigmoidoscopy screening in prevention of colorectal cancer:a multicentrerandomised controlled trial. Lancet. 2010. 375:1624 - 33)靶向治疗结合常规化疗手段可以延长转移的结肠癌病人的 生存时间° (UzmaAsghar, Eliza Hawkes, David Cunningham. Predictive and Prognostic Biomarkers for Targeted Therapy in Metastatic Colorectal Cancer. Clin Colorectal Cancer. 2010. 9(5) :274-281.)对于结肠癌分子水平的研宄和理解为患者的筛查提供了方 向。结直肠癌发生发展相关的分子标志物能够协助早期诊断和选择适当的化疗药物，对于 提高结肠癌的早期诊断、合理治疗及预后评估都具有重要的意义。
[0003] 胃癌是全球恶性肿瘤之一，2011年的全球癌症数据分析中可以看出，2008年约有 989600例新生胃癌病例和738000死亡病例发生，占到了全球癌症发病总数中的8%和死 亡总数的10%。同时超过70%的新发病例和死亡病例出现在发展中国家。中国胃癌的发 生率和死亡率在恶性肿瘤中均位于第二位。（Ahmedinjemal, DVM, Freddie Bray, Melissa M. Center. Global Cancer Statistics. CA CANCER J CLIN 2011 ；61:69 - 90. Wanqing Chen, RongshouZheng, Siwei Zhang, Ping Zhao.The incidences and mortalities of major cancers in China, 2009. Chin J Cancer. 2013. 32(3) :106-112.)目前临床上对 于胃癌的治疗主要以手术为主。?M分期I期患者的5年生存率为60-70%，而III、 IV期患者的5年生存率甚至不超过20 %。（Hundahl SA, Phillips几 ，Menck HR. The National Cancer Data Base Report on poor survival of U. S. gastric carcinoma patients treated with gastrectomy:Fifth Edition American Joint Committee on Cancer staging, proxima I disease, and the "different disease"hypothesis. Cancer. 2000. 88:921 - 932.)，预后较差。因此探寻胃癌的早期诊断标志物对于胃癌的早期 诊断及预后评估具有重要的作用。
[0004] 自1939年Waddington提出表观遗传学（Epigenetics)的概念以来，其已逐渐成 为生命科学研宄领域的前沿。表观遗传学是指不依赖于DNA序列改变的可遗传的基因表达 变化的学科。表观遗传学包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调控的范畴。近年来， 越来越多的研宄表明，非编码RNA调控在肿瘤发生发展中具有重要的作用。
[0005] 人类基因组中研宄最多最好的是编码蛋白的基因，但这部分基因只占据了人类 基因组的1. 5-2%。基因组中约70-90 %的基因组DNA被转录但是不编码蛋白质，其转 录产物被认为是"暗物质"或"垃圾"。（Johnny T.Y.Kung, David Colognori, Jeannie T. Lee. Long Noncoding RNAs:Past, Present, and Future. Genetics. 2013. 193:651 - 669. Manel Esteller. Non-coding RNAs in human disease. NATURE REVIEWS|GENETI CS. 2011. 12:861-874.)近些年越来越多的研宄发现这些转录产物可以参与到细胞分裂、分 化等生命活动，具有重要的生物学功能。这些不编码蛋白的转录本被称为非编码RNA。非 编码RNA包括小非编码RNA和长链非编码RNA两大部分。根据长度和生源分类，小非编 码RNA包括miRNA、siRNA、piRNA等。长链非编码RNA是长度大于200nt并且不能编码功 能性蛋白的一类转录本。大多数的非编码RNA具有poly (A)尾。（Tim R. Mercer, Marcel E. Dinger and John S. Mattick. Long non-coding RNAs: insights into functions. NATURE REVIEWS I GENETICS. 2009. 10(3):155-159. ManelEsteller. Non-coding RNAs in human disease. NATURE REVIEWS|GENETICS. 2011. 12:861-874. Carl Ernst. Cynthia C. Morton. Identification and function of long non-coding RNA. Frontiers in Cellular Neuroscience. 2013. 7 (168) : 1-9.)越来越多的研宄显示，长链非编码RNA参与到了染色 体的修饰、转录调控、转录后调控等重要的生物学过程，同时对于疾病的发生发展有着重要 的调控作用 ° (Tim R. Mercer, Marcel E. Dinger and John S. Mattick. Long non-coding RNAs: insights into functions. NATURE REVIEWS I GENETICS. 2009. 10(3):155-159.)
[0006] 随着研宄技术的发展，尤其是二代测序技术和芯片技术的日臻成熟。越来越多的 长链非编码RNA被发现，但是其功能的研宄仍不是很清楚。（John R Prensner, Matthew K Iyer, 0 Alejandro Balbin et al. transcriptome sequencing across a prostate cancer cohort identifies PCAT-I，an unannotated IincRNA implicated in disease progression. 2011. 29 (8) :742-750.Jiagen Li, IZhaoliChenj LiqingTian. LncRNA profile study reveals a three-lncRNA signature associated with the survival of patients with oesophageal squamous cell carcinoma. Gut 2014.0:1 - 11.)有 研究显示，长链非编码RNA参与到了细胞的增殖、细胞周期、细胞衰老和凋亡等生物学 过程。（Maruyama，R. and H. Suzuki, Long noncoding RNA involvement in cancer. BMB Rep.2012. 45(11):604-611.)在疾病的发生发展过程中具有重要的作用。与肿瘤 研究相关且比较成熟的LncRNA主要有PCAT-I、MLATl、HOTAIR等。PCAT-I (prostate cancer associated transcript-1)是在前列腺癌病例及细胞系中通过高通量转录 组测序技术发现并命名。PCAT-I在前列腺癌组织中特异性高表达，可能成为临床检 测的标志物D 另外 LncRNA PCA3 (The prostate cancer antigen-3 gene)是前列腺 癌研究中另一个很重要的长链非编码RNA，并且于2012年已被美国食品和药品管理 局（FDA)批准用于前列腺癌的早期检测和预后评估a (John R Prensner，Matthew K Iyer,O Alejandro Balbin et al. transcriptome sequencing across a prostate cancer cohort identifies PCAT-Ij an unannotatedlincRNA implicated in disease progression.2011. 29 (8):742-750. Porpigliaj F. , et al., The roles of multiparametric MRIj PCA3, and PHI:which is the best predictor of prostate cancer after a negative biopsy ? Results of a prospective study. J Urol, 2014.) MLATl (Metastasis-Associated Lung Adenocarcinoma Transcript I)在多种恶性肿瘤 如肝癌、子宫内膜间质肉瘤及肺癌中均表达上调，在转移的肺癌中MALATl的表达量