内脏脂肪蓄积易感性的判定方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及使用与人的内脏脂肪蓄积关联的基因对人的内脏脂肪蓄积进行易感 性判定。
【背景技术】
[0002] 肥胖的原因各种各样，其中多认为是生活习惯或者饮食生活带来的。例如，可以举 出饮食生活欧美化带来的高卡路里的食物、吃饭时间和吃饭方法不规则、断食、进食过快、 晚饭过迟或者运动不足等助长肥胖。肥胖，与糖尿病、高血压症、脂肪异常症等的生活习惯 病、代谢综合征等密切相关。肥胖是引起代谢综合征、生活习惯病或使其恶化的原因，并且 由于这些疾病使得血管受伤变脆，引起动脉硬化，其结果是成为发展到心肌梗塞或者脑溢 血等的重大疾病的原因。
[0003] 作为肥胖的指标，已知有身体质量指数（BMI :kg/cm3)。BMI是从身高和体重的值 能够计算出的最简单的肥胖指标。但是，从BMI无法知道身体的组成和身体脂肪分布（非 专利文献1)。另一方面，很多文献报告有内脏脂肪蓄积，与耐糖能力、脂质代谢异常、高血压 的病症相关（非专利文献2~4)。现在，反映内脏脂肪量的腹围径，在日本作为代谢综合征 的诊断的第一基准（非专利文献5)。由此，比起单单降低BMI，预防或者改善内脏脂肪的蓄 积，对于预防和改善肥胖和其产生的各种疾病很重要。
[0004] 近年来的染色体分析技术得到了飞跃发展，疾病和遗传因素的关联性渐渐明确 了。特别是最近，不仅是起因于一个基因的变异或异常的遗传性疾病，包括以糖尿病、高血 压等的生活习惯病为首的频率高的常见疾病（Common Disease)，具有外显率（Penetrance : 某基因具有变异的个体的某疾病发病的比例）低特征的多基因性疾病，也频繁进行了使 用同胞对连锁分析等的非参数连锁分析方法的原因基因的探索（例如，参照非专利文献 6)。并且，基于常见疾病的疾病关联基因的变异频率高的基因多态性（常见变异：Common Variant)，该变异在健康人群中也存在，但是在患者中的保有率格外高这个假说（常见疾 病-常见变异：Common Disease-Common Variant假说），世界范围内，在使用单核苷酸多态 性（Single Nucleotie Polymorphism :SNP)等的基因多态性的连锁不平衡分析中的常见疾 病换的原因基因的探索中花费了很多精力（例如，参照非专利文献7)。
[0005] 如上所述，肥胖的发病有各种各样的原因，但是，近年来有报告指出生活习惯导致 的肥胖，与肥胖基因密切相关（非专利文献8~11)。例如，FTO(肥胖相关基因 ：fat mass and obesity associated gene)、MCR4 (黑素皮质素受体 _4 :melanocortin_4receptor)、 LEPR(瘦素受体：Leptin receptor)、|3 3AR(|3 3 肾上腺素能受体：beta 3adrenergic rec印tor)等的若干的基因，与BMI、臀部径、体重相关的报告。即，肥胖的原因大部分为生 活习惯或者饮食习惯，但是，即使具有相同的生活习惯或饮食习惯，具有肥胖基因的人则更 容易肥胖。因此，把握自身的肥胖基因的状态，与其配合，重新认识生活习惯或者饮食习惯， 能够更有效的实施肥胖的预防和改善。
[0006] GIP(抑胃肽Gastric inhibitory polypeptide或者葡萄糖依赖性促胰岛素多 肽 Glucose-dependent insulinotropic polypeptide)为属于胰高血糖素?促胰液素科 (Glucagon ?Secretin family)的消化管激素之一。GIP作为肠促胰岛素已知，脂质或者糖 质的摄取时由存在于小肠的K细胞分泌，在胰脏β细胞中通过葡萄糖促进胰岛素的分泌， 在脂肪组织中，使得糖质或者脂质的摄取亢进（非专利文献12、13)。使用高脂肪食物喂养 GIP受体缺陷的小鼠的情况下，报告可以抑制高脂肪食物导致的肥胖（非专利文献12)、GIP 阻碍剂的给药或GIP产生阻碍会抑制肥胖（非专利文献14、15)。因此，认为GIP或GIP受 体与肥胖相关联，丧失GIP的产生或者功能，能够实现肥胖的改善或者能量代谢的提高。
[0007] GIP受体基因，在rsll671644(非专利文献16)、rsl800437(非专利文献17)和 rs2287019(非专利文献18、19)中，有多态性和肥胖的关联性报告。另一方面，专利文献1 中记载有，GIP基因上的SNP、rs2291725、rs937301和rs3809770能够在肥胖的诊断中使 用。
[0008] 现有技术文献
[0009] 专利文献
[0010] 专利文献1 :国际公开公报第2005/090600号
[0011] 非专利文献
[0012] 非专利文献 I :0besity 〖Preventing and Managing the Global Epidemic， Reprot of a WHO Consultation on Obesity, Genava,3-5June 1997, World Health Organizaion，1998
[0013] 非专利文献 2 :Diabetes，38:304-309, 1989
[0014] 非专利文献 3 Metabolism，36:54-59, 1987
[0015] 非专利文献 4 :Hypertension，I6:484_49〇, I99O
[0016] 非专利文献5 :厚生劳动省主页（www. mhlw. go. jp/)
[0017] 非专利文献 6 :Nature Genetics，13:161-166, 1996
[0018] 非专利文献 7 :Nature Genetics，26:76-80, 2000
[0019] 非专利文献 8 :Nature Genetics，40:768-775, 2008
[0020] 非专利文献 9 :PLoS Genetics, 3:1200-1210, 2007
[0021] 非专利文献 10 :PLoS ONE 2, art. no. el361, 2007
[0022] 非专利文献 11 :Biochem. Biophys. Res. Comm. , 295:207-222, 2002
[0023] 非专利文献 12 :Nature Medicine，8:738-742, 2002
[0024] 非专利文献 13 :Diabetes Metab. Rev.，13:3-13, 1997
[0025] 非专利文献 14 :Diabotologia，50:1752-1762, 2007
[0026] 非专利文献 15 :J. Biol. Chem.，283:18365-18376, 2008
[0027] 非专利文献 16 :Nature Genetics，44:302-306, 2012
[0028] 非专利文献 I7 :European Journal of Endocrinology，I63:259_264, 2〇10
[0029] 非专利文献 18 :Nature Genetics 42:937-948, 2010
[0030] 非专利文献 I9 :International Journal of Obesity, 36:159-I63, 2〇12
【发明内容】
[0031] 本发明涉及与人的内脏脂肪蓄积关联的内脏脂肪蓄积易感性基因、以及将该基因 作为指标的人的内脏脂肪蓄积的遗传易感性、或者内脏脂肪量增大或起因于此的疾病的发 病的危险性的判定。
[0032] 本发明者研宄决定人的内脏脂肪的蓄积状态的遗传因素的结果，发现特定的 SNP (rs9904288和rs2287019)的类型，与内脏脂肪蓄积相关，将该SNP作为指标，能够对人 的内脏脂肪蓄积的遗传易感性进行判定。
[0033] 即，本发明提供一种从对内脏脂肪蓄积的遗传易感性高的被试验者采取的DNA 含有试样的判定方法，包括检测出从被试验者采取的DNA含有材料中包含的DNA上的 dbSNP: ID rs9904288 表示的 SNP 的类型。
[0034] 另外，本发明提供一种从内脏脂肪量增大的危险性高的被试验者采取的DNA含有 试样的判定方法，包括检测出从被试验者采取的DNA含有材料中包含的DNA上的dbSNP: ID rs9904288表示的SNP的类型。
[0035] 另外，本发明提供一种从属于起因于内脏脂肪蓄积的疾病或者状态的发病的危险 群的被试验者采取的DNA含有试样的判定方法，包括检测出从被试验者采取的DNA含有材 料中包含的DNA上的dbSNP: ID rs9904288表示的SNP的类型。
[0036] 发明效果
[0037] 本发明提供能够反映人的内脏脂肪的蓄积状态，作为对内脏脂肪蓄积的遗传易感 性进行判定时的指标使用的基因多态性。本发明提供一种用于对人的内脏脂肪蓄积的遗传 易感性、内脏脂肪量增大的危险性进行判定的新型方法。
【附图说明】
[0038] 图1为表示2222名被试验者中，rs9904288和rs2287019中内脏脂肪增加等位基 因保有数的分布、各保有数群中内脏脂肪面积。柱状图表示各保有数群的人数。内脏脂肪 面积由平均值和其标准误差表示。
【具体实施方式】
[0039] 本说明书中，"生活习惯病"是指，按照厚生劳动省的基准，定义为"饮食习惯、运动 习惯、休息、吸烟、饮酒等生活习惯参与其发病?发展的疾病群"的疾病。作为生活习惯病， 可以举出糖尿病、胰岛素抵抗性、高血压症、高血脂症、脂肪肝等的脂质代谢异常，肥胖症， 以及动脉硬化症、心肌梗塞、脑梗塞、脑溢血、心脏病等的心血管疾病等。
[0040] 代谢综合征（内脏脂肪症候群）为内脏脂肪的过剩蓄积引起的高血糖、高血压或 者脂质异常等的状态，厚生劳动省的基准中，定义为"除了内脏脂肪型肥胖，一并还有高血 糖、高血压、脂质异常中任意2个以上的状态"。因此，日本的代谢综合征的诊断，是以作为 内脏脂肪蓄积的指标的腹围径作为第一基准。腹围径超过基准值，并且有脂质异常、高血压 和高血糖中的2个以上的情况下，患者被诊断为代谢综合征。代谢综合征的患者，为生活习 惯病发病的尚危人群。
[0041] 本说明书中的碱基序列（核苷酸序列）、核酸等的缩写，是用IUPAC-IUB 规定(IUPAC-IUB communication on Biological Nomenclature, Eur. J. Biochem.，138:9-37, 1984)、《用于制作包含碱基序列或者氨基酸序列的说明书等的指导 原则》（日本特许厅编）等的本领域惯用的符号记载。
[0042] 另外，本说明书中的"脱氧核糖核酸（DNA) "不仅包括双链DNA，还包括构成双链 DNA的有义链和反义链的各单链DNA"。本说明书中的"基因"如果没有特别指明，包括：含 有人基因组的双链DNA、单链DNA (有义链）和具有与该有义链互补的序列的单链DNA (反义 链）、以及它们的片断中任意种。此外，本说明书中的"基因"，如果没有特别指明，没有区别 的表示调控区域、编码区域、外显子以及内含子。
[0043] 在此，本说明书中"核苷酸"、"寡核苷酸"以及"多核苷酸"与核酸同义，包括DNA、 RNA这两者。该DNA中含有cDNA、基因组DNA以及合成DNA中的任意种。另外，该RNA中包 含总RNA(total RNA)、mRNA、rRNA、以及合成的RNA中的任意种。另外，"核苷酸"、"寡核苷 酸"、以及"多核苷酸"可以为双链也可以为单链，在称作具有某序列的"核苷酸"（或者"寡 核苷酸"、"多核苷酸"）的情况下，如果没有特别限制，包括具有与其互补的序列的"核苷 酸"（或者"寡核苷酸"、"多核苷酸"）。并且，在"核苷酸"（或者"寡核苷酸"、"多核苷酸"） 为RNA的情况下，序列表中表示的碱基记号"T"替换为"U"。
[0044] 本说明书中，碱基序列和氨基酸序列的序列同一性，通过Lipman-Pearson 法（Science，1985, 227:1435-41)计算。具体来说，使用遗传信息处理软件 Genetyx-Win(Ver. 5. I. I ;Software 开发）的同源分析（Search homology)程序，并使参数 Unit size to compare (ktup)为2进行分析而计算得到的。
[0045] 本说明书中，碱基序列上的"相当位置"的特定，通过决定碱基序列来特定。作 为方法，有利用特异性碱基的化学切断的Maxam-Gilbert法，或者通过核苷酸类似物 (Nucleotide analog)抑制采用酶的DNA链合成使碱基序列明确的双脱氧法（Sanger法）。
[0046] 本说明书中，"基因多态性"是指某基因座中存在的碱基序列不同的2个以上的 遗传所决定的等位基因。具体来说，在人的群体之中，以某个个体的基因组序列作为基准， 在其它的一个或多个个体基因组中的特定部位上，存在一个或多个核苷酸的取代、缺失、插 入、转位、反位等变异的时候，此变异在统计学上确实不是在该1个或者多个个体内产生的 突然变异，或者不是该个体内的特异变异，而是在遗传学上证明以1 %以上的频率在群体内 存在的情况，将该变异作为"基因多态性"。"基因多态性"中，1个碱基被其他碱基取代的多 态性为单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism :SNP) 〇
[0047] 本说明书中记载的SNP，通过NCBI的SNP数据库（dbSNP)的ID序号（rs#)标记。 本说明书中记载的SNP相关的信息（基因组上的座位、附近的基因、多态性的类型、周边的 碱基序列等）都能够从dbSNP的网页上得到（www. ncbi. nlm. mih. gov/SNP/)。
[0048] 本发明者的目的在于发现决定人的内脏脂肪的蓄积状态的遗传因素，以2222 名为对象进行基因组分析。其结果，发现GIP(Gastric inhibitory polypeptide、或者 Glucose-dependent insulinotropic polypeptide)基因附近的dbSNP :ID rs9904288表不 的SNP和GIP受体（以下，也称为GIPR)基因附近的dbSNP :ID rs2287019表示的SNP类型， 分别具有与个体的内脏脂肪量的相关性。本发明者根据上述分析