1.一种方法,包括:
接收表示感染隔离序列的电子数据;
将表示所述感染隔离序列的所述电子数据与被存储在数据库中的至少一个参考序列进行比较,以确定所述感染隔离序列与所述至少一个参考序列之间的变异;
至少部分地基于所述变异来确定感染隔离的演变历史的至少部分;
至少部分地基于所述演变历史的所述部分来计算所述感染隔离的种系发生学度量;
将所述感染隔离的所述种系发生学度量与所述至少一个参考序列的种系发生学度量进行比较;
至少部分地基于所述感染隔离的所述种系发生学度量与所述至少一个参考序列的所述种系发生学度量之间的差异来确定所述感染隔离是否是由第一存储库还是由第二存储库传送的;并且
提供对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的指示。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,提供的所述指示用于至少部分地基于对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定来对所述第一存储库或所述第二存储库进行隔离检疫。
3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述指示是在电子显示器上的文本。
4.根据权利要求1所述的方法,其中,确定所述演变历史的至少部分包括计算演变距离。
5.根据权利要求4所述的方法,其中,所述演变距离是通过Jukes-Cantor方法计算的。
6.根据权利要求1所述的方法,其中,所述种系发生学度量是通过平均路径长度方法计算的突变率。
7.一种方法,包括:
利用至少一个处理单元将被存储在能由所述至少一个处理单元访问的存储器中的感染隔离的序列与被存储在能由所述至少一个存储单元访问的数据库中的至少一个参考序列进行比较,以确定感染隔离序列与所述至少一个参考序列之间的变异;
利用所述至少一个处理单元至少部分地基于所述变异来确定所述感染隔离的复制速率;
利用所述至少一个处理单元将所述感染隔离的所述复制速率与所述至少一个参考序列的复制速率进行比较,以至少部分地基于所述感染隔离的所述复制速率与所述至少一个参考序列的所述复制速率的差异来确定所述感染隔离是否是由第一存储库还是由第二存储库传送的;并且
利用显示器向用户提供对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定。
8.根据权利要求7所述的方法,其中,所述第一存储库是活体有机体并且所述第二存储库是非活体域。
9.根据权利要求8所述的方法,还包括向所述用户提供通知,以在所述确定是所述感染隔离为由所述非活体域传送的情况下对装备的件进行消毒。
10.根据权利要求8所述的方法,还包括向所述用户提供通知,以在所述确定是所述感染隔离为由所述非活体域传送的情况下针对所述感染隔离来测试装备的件。
11.根据权利要求8所述的方法,还包括向所述用户提供通知,以在所述确定是所述感染隔离为由所述活体有机体传送的情况下针对所述感染隔离来测试患者。
12.根据权利要求8所述的方法,还包括向所述用户提供通知,以在所述确定是所述感染隔离为由所述活体有机体传送的情况下隔离检疫所述患者。
13.根据权利要求7所述的方法,还包括生成所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定的报告,以用于传送到感染跟踪代理。
14.一种方法,包括:
利用至少一个处理单元将被存储在能由所述至少一个处理单元访问的存储器中的感染隔离的序列与被存储在能由所述至少一个存储单元访问的数据库中的至少一个参考序列进行比较,以确定感染隔离序列与所述至少一个参考序列之间的变异;
利用所述至少一个处理单元至少部分地基于所述变异来确定所述感染隔离距所述至少一个参考序列的演变距离;
利用所述至少一个处理单元将所述感染隔离的所述演变距离与被存储在所述数据库中的多个序列距所述至少一个参考序列的演变距离的分布进行比较,以至少部分地基于所述感染隔离的所述演变距离与所述多个序列的演变距离的所述分布的差异来确定所述感染隔离是否是由第一存储库还是由第二存储库传送的;并且
利用显示器向用户提供对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定。
15.根据权利要求14所述的方法,其中,对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定至少部分地基于所述感染隔离的所述演变距离是否落在所述多个序列的演变距离的所述分布的期望置信区间内。
16.根据权利要求15所述的方法,其中,所述置信区间是95%。
17.根据权利要求14所述的方法,其中,所述多个序列的演变距离的所述分布是基于所述多个序列的演变距离的多个分布。
18.根据权利要求17所述的方法,其中,基于所述多个序列的演变距离的所述多个分布中的第一分布对应于所述第一存储库,并且基于所述多个序列的演变距离的所述多个分布中的第二分布对应于所述第二存储库。
19.根据权利要求18所述的方法,其中,对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定至少部分地基于所述感染隔离的所述演变距离被包括在基于所述多个序列的演变距离的所述多个分布中的所述第一分布还是所述第二分布中的概率。
20.根据权利要求14所述的方法,还包括将所述感染隔离序列存储在所述数据库中,作为所述多个序列中的一个序列,用于对新的感染隔离是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的将来确定中。
21.一种系统,包括:
处理单元;
存储器,其能由所述处理单元访问;
数据库,其能由所述处理单元访问;以及
显示器,其被耦合到所述处理单元;
其中,所述处理单元被配置为:
将被存储在所述存储器中的感染隔离的序列与被存储在所述数据库中的至少一个参考序列的进行比较,以确定感染隔离序列与所述至少一个参考序列之间的变异;
至少部分地基于所述变异来确定所述感染隔离的复制速率;
将所述感染隔离的所述复制速率与所述至少一个参考序列的复制速率进行比较,以至少部分地基于所述感染隔离所述复制速率与所述至少一个参考序列的所述复制速率的差异来确定所述感染隔离是否是由第一存储库还是由第二存储库传送的;并且
向所述显示器提供对所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定。
22.根据权利要求21所述的系统,还包括能由所述处理单元访问的计算机系统,其中,所述处理单元被配置为提供所述感染隔离是否是由所述第一存储库还是由所述第二存储库传送的所述确定。
23.根据权利要求21所述的系统,还包括测序单元,所述测序单元被配置为将所述感染隔离的所述序列提供到所述存储器。
24.根据权利要求21所述的系统,其中,所述处理单元包括多个处理单元。