详细试验协议规范的制作方法

本公开涉及试验设备，并且更具体地涉及用于进行详细试验配置的技术。

相关技术的说明

试验设备通常用来确定测试样本的特性，例如使用聚合酶链式反应(pcr)、脱氧核糖核酸(dna)熔解技术、或免疫测定技术。通常，试验设备具有被配置成用于进行仪器控制(例如，运转电机、光学器件、加热器等)并运行试验协议的软件/电路。然而，这会使得难以研发新的或经修改的试验，因为试验协议的改变可能会要求对试验设备软件或至少经重新配置的部分进行全面的重新验证。这会提高成本并延迟出售需要监管当局批准或审批的新的或经修改诊断试验的时间。另外，如果需要试验设备软件变化的话，试验设备用户和第三方研发者可能没有能力或仅有有限能力来创建新的或自定义的试验协议并基于用户规定的信息生成自定义的报告。

技术实现要素：

本发明的各实施例通过例如提供一种系统来提供对上述问题的解决方案，在所述系统中，试验设备软件与试验配置软件分开。这样，每个试验协议可以被设计用于特定测试并且限定例如样本制备步骤、热学步骤、信号处理、调用逻辑评估、以及报告功能。试验协议文件可以被创建和保存在试验设备上或被导入和保存在试验设备上。所述试验设备可以是对试验配置软件不可知的。相应地，新的试验协议或对现有试验协议的改变更容易进行并且不要求对试验设备的软件和/或硬件进行全面重新验证。这可以促进便于制造商以及最终用户或第三方试验研发者对新的或经修改的试验的研发。这应该减少出售试验的时间并提高试验设备对最终用户的实用性。

根据一个实施例，一种非瞬态计算机可读介质具有存储于其上的指令，所述指令可由计算设备执行从而进行以下操作。在本实施例中，所述操作包括：呈现用于试验设备的用户配置工具。在本实施例中，所述操作包括：生成第一配置信息和第二配置信息。在本实施例中，所述第一配置信息针对有待由所述试验设备进行的试验规定操作序列并针对所述操作序列规定参数集合。在本实施例中，所述第二配置信息规定用于从所述试验的多个可能结果当中选择结果的规则集合，并且所述用户输入针对所述规则集合规定至少一条新规则。在本实施例中，所述第一配置信息可由所述试验设备使用以基于所述参数集合执行所述操作序列，从而生成针对样本的数据。所述数据可以例如是荧光数据(例如，波长、密度等)、电化学数据(例如，电流、电压等)、化学发光数据、生物发光数据、或质谱分析数据。在本实施例中，所述第二配置信息可用于基于所述规则集合处理所述数据，以便生成针对所述试验的结果。

根据第二实施例，一种计算机实现的方法包括：使得用于试验设备的用户配置工具被显示。在本实施例中，所述方法进一步包括：生成第一和第二配置信息。在本实施例中，所述第一配置信息针对有待由所述试验设备进行的试验规定操作序列并针对所述操作序列规定参数集合。在本实施例中，所述第二配置信息规定用于从所述试验的多个可能结果当中选择结果的规则集合，并且所述用户输入针对所述规则集合规定至少一条新规则。在本实施例中，所述第一配置信息可由所述试验设备使用以基于所述参数集合执行所述操作序列，从而生成针对样本的数据，并且所述第二配置信息可用于基于所述规则集合处理所述数据以便生成针对所述试验的结果。所述数据可以例如是荧光数据(例如，波长、密度等)、电化学数据(例如，电流、电压等)、化学发光数据、生物发光数据、或质谱分析数据。

在一个实施例中，所述方法包括：为所述试验设备装载包括核酸的样本。在本实施例中，所述试验设备基于所述参数集合执行所述操作序列，从而在所述样本中生成扩增的核酸。在本实施例中，所述方法可以包括：基于所述规则集合对由所述操作序列所生成的数据(例如，荧光数据)进行处理，以便生成针对所述试验的结果。可以在将所述第二配置信息传送至所述试验设备之前或之后装载所述样本。

根据第三实施例，一种系统包括一个或多个处理器以及一个或多个存储器。在本实施例中，所述一个或多个存储器具有存储于其上的指令，所述指令可由所述一个或多个处理器执行以使得所述装置进行以下操作。在本实施例中，所述操作包括：呈现用于试验设备的用户配置工具。在本实施例中，所述操作包括：生成第一和第二配置信息。在本实施例中，所述第一配置信息针对有待由所述试验设备进行的试验规定操作序列并针对所述操作序列规定参数集合。在本实施例中，所述第二配置信息规定用于从所述试验的多个可能结果当中选择结果的规则集合，其中，所述用户输入针对所述规则集合规定至少一条新规则。在本实施例中，所述第一配置信息可由所述试验设备使用以基于所述参数集合执行所述操作序列，从而生成针对样本的数据，并且所述第二配置信息可用于基于所述规则集合处理所述数据以便生成针对所述试验的结果。所述数据可以例如是荧光数据(例如，波长、密度等)、电化学数据(例如，电流、电压等)、化学发光数据、生物发光数据、或质谱分析数据。

根据第四实施例，一种系统包括第一计算设备和第二计算设备，其中，所述第二计算设备与所述第一计算设备不同并且包括在所述试验设备中。在本实施例中，所述第一计算设备被配置成用于呈现用于所述试验设备的用户配置工具。在本实施例中，所述第一计算设备被配置成用于：基于用户输入生成第一配置信息，所述第一配置信息针对有待由所述试验设备进行的试验规定操作序列并针对所述操作序列规定参数集合。在本实施例中，所述第一计算设备被配置成用于：基于用户输入生成第二配置信息，所述第二配置信息规定用于从所述试验的多个可能结果当中选择结果的规则集合。在本实施例中，所述用户输入针对所述规则集合规定至少一条新规则。在本实施例中，所述第二计算设备被配置成用于：接收所述第一和第二配置信息，使得所述试验设备基于所述参数集合执行所述操作序列以便生成针对样本的数据，并且基于所述规则集合处理所述数据以便生成针对所述试验的结果。所述数据可以例如是荧光数据(例如，波长、密度等)、电化学数据(例如，电流、电压等)、化学发光数据、生物发光数据、或质谱分析数据。

附图说明

图1示出了pcr设备的实施例的示意图。

图2根据一个实施例示出了展示了试验的信息流的框图。

图3示出了可用于输入试验设置的用户界面的一个实施例。

图4示出了可用于输入热学参数的用户界面的一个实施例。

图5示出了可用于输入分析参数的用户界面的一个实施例。

图6a示出了可用于指定用于检测tm、ct、和/或rfu条件的参数的用户界面的一个实施例。

图6b示出了可用于指定用户定义的变量的用户界面的一个实施例。

图7示出了可用于增加和/或配置调用逻辑规则的用户界面的一个实施例。

图8a示出了可用于输入报告规则的用户界面的一个实施例。

图8b示出了可用于输入图形规则的用户界面的一个实施例。

图9示出了基于调用规则逻辑生成的真值表的一个实施例。

图10示出了试验报告的一个实施例。

图11是一种用于配置试验的方法的一个实施例的流程图。

图12示出了展示计算设备的一个实施例的示意图。

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术语。以下段落提供了本公开(包括所附权利要求书)中发现的术语的定义和/或背景。

“实施例”。本说明书包括对“一个实施例(oneembodiment)”或“实施例(anembodiment)”的引用。短语“在一个实施例中”或“在实施例中”的出现不一定都表示同一个实施例。具体特征、结构、或特性可以通过与本公开一致的任何合适的方式组合。

“基于”。如在此所使用的，这个术语用来描述影响进行确定的一种或多种因素。这个术语不排除可以影响进行确定的附加因素。即，可以单独地基于那些因素或仅部分基于那些因素进行确定。考虑短语“基于b确定a。”这个短语表示b是影响对a进行确定的因素，但不排除对a的确定还基于c。在其他情况下，可以单独地基于b确定a。

“被配置成用于”或“可操作用于”。各种单元、电路、或其他部件可以被描述或声称为“被配置成用于”执行一种或多种任务。在此类背景下，短语“被配置成用于”或“可操作用于”可以用来通过指示所述单元/电路/部件包括在运行过程中进行所述一种或多种任务的结构(例如，电路)来包含结构。这样，可以说所述单元/电路/部件被配置成用于执行所述任务，甚至当规定的单元/电路/部件目前不运行(例如，未打开)时。与“被配置成用于”语言一起使用的单元/电路/部件包括硬件——例如电路、存储可执行以实现操作的程序指令的存储器等。叙述单元/电路/部件“被配置成用于”执行一种或多种任务明确地不旨在针对这个单元/电路/部件35援引u.s.c.§112(f)。

要理解的是，本公开并不限于具体设备或方法，所述设备或方法当然可以变化。还应当理解的是，本文中所使用的术语仅出于对特定实施例进行描述的目的，而并不旨在进行限制。如在此所使用的，单数形式“一个”、“一种”以及“所述”包括单数和复数的指代，除非上内容清楚地另外指明。而且，词语“可以”贯穿本说明书用于可允许的意义(即，有可能、能够)，不是强制性意义(即，必须)。术语“包括”、及其派生词意思为“包括但不限于”。术语“耦合”意思是直接或间接连接。

具体实施方式

本公开最初参照图1描述了一种示例性pcr系统。图2根据一个实施例示出了用于对试验程序和/或分析进行规范的信息流。参照图3至图9描述了用于对各参数进行规范的示例性用户界面。参照图10描述了一种试验报告输出，同时参照图11描述了一种用于进行试验参数规范的方法。参照图12描述了示例性计算设备。

本公开包括根据各实施例的可以应用于不同情形的具有普遍适用性的技术。例如，本公开包括可以可用于单管聚合酶链式反应(pcr)或dna熔解分析的技术(pcr或熔解数据来自多孔板或其他多孔安排的相邻孔)、毛细管电泳数据(例如，dna测序)、气相色谱分析、多光谱成像、双色荧光相关光谱法、免疫测定等。

示例性pcr实施例的综述

现在转至图1，示出了根据本公开展示聚合酶链式反应(pcr)成像系统10的一个实施例的框图。本公开当然不限于pcr设备，但提供图1是为了给出一个示例性实施例的背景。在所展示的实施例中，此系统包括光源12、输入透镜14、输入滤光器16、pcr管18(可以是被配置成用于固定样本并被插入pcr设备的加热块中的可消耗元件)、输出滤光器20、输出透镜22、检测器24、以及分析硬件26。

pcr设备的许多实施例在本领域中是众所周知的，并且本公开可以适用于任何合适的系统。例如，本公开可以结合实时pcr系统、单管pcr系统、多孔pcr系统、定量pcr系统、其他实验系统和设备等使用。

要注意的是，本公开的一些方面引用了其中荧光信号随着时间(或随着周期数量)降低的pcr实施例。这是由于在一些实施例中使用了淬火反应。本领域普通技术人员将意识到在pcr反应的情况下可以进行的修改，其中，荧光随着时间提高而非降低。

在pcr成像系统10中，光源12提供照明以刺激pcr管18内的各种荧光种类(例如，荧光基团)。在贯穿本公开的各个位置中，可以被称为荧光基团fam；然而，许多荧光种类在本领域中是众所周知的，并且这两种仅是出于示意性目的而提供的。

来自光源12的照明可以由输入透镜14聚焦或准直，并且由输入滤光器16进行波长过滤。在一些实施例中，光源12可以是广谱源(例如，白光)，其中，由输入滤光器16提供波长选择性。然而，在其他实施例中，光源12本身可以是窄谱的(例如，led或激光源)。在这些实施例中，有可能可以省略输入滤光器16。

在pcr管18中实施的反应过程中，可以由检测器24捕捉pcr管18中的各种荧光种类所发射的荧光。在一些实施例中，在检测器24处被检测之前，所述荧光可以首先在输出滤光器20被进行波长过滤和/或在输出透镜22处被聚焦。检测器24可以是任何合适的光检测器，比如光电检测器、电荷耦合器件(ccd)检测器、光电倍增管等。分析硬件26然后从检测器24接收数据。分析硬件26可以包括本领域中已知的任何合适计算设备，并且可以包括一个或多个处理器、存储器、和/或非瞬态计算机可读介质。pcr成像系统10的元件可以被整合到单个设备中，或者它们可以由单独的元件连接在一起。分析硬件26可以用来执行在此所公开的方法中的任何一种。

示例性试验协议规范

在此所公开的技术可以允许用户创建或修改试验。在下文参照图3至图10所讨论的示例性实施例中，描述了用于检测单纯性疱疹病毒(hsv)的示例试验，但类似的技术可以用于各种试验类型中的任何一种。在hsv示例中，试验的结果可以基于试验中针对pcr阶段的所检测到的周期阈值以及针对熔解阶段的所检测到的熔解温度来指示患者是否具有hsv。

在hsv示例中，试验通常包括以下步骤：样本制备、循环(例如，pcr热循环或熔解热循环)、信号处理、调用逻辑评估、以及报告。用户可以将包括核酸的样本插入试验设备，并且试验的执行可以在样本中生成扩增的核酸以用于分析和报告。

现在参照图2，示出了根据一个实施例的信息流的框图。在所展示的实施例中，试验设备220被配置成用于对一个或多个样本进行一次或多次试验并将结果提供给数据处理单元230。在一些实施例中，试验设备220和/或数据处理单元230对应于上文参照图1所讨论的pcr成像系统10。

在所展示的实施例中，数据处理单元230被配置成用于基于所述结果生成报告290(图10中示出了示例性hsv报告)。在所展示的实施例中，可以由用户添加和/或修改以下各项中的一项或多项：协议脚本210、试验设置240、热学参数250、分析参数260、调用逻辑270、以及报告设置280。

参照hsv示例，用户可以创建和/或修改：试验设置240，比如如图3中所示的用于hsv的染料和通道；热学参数250，比如如图4中所示的变性或退火温度；如下面进一步详细讨论的协议脚本210；分析参数260，比如如图5中所示的信号处理参数；如图6a至图6b中所示用于检测/命名试验特性(比如检测具体窗口中例如高于规定峰值的熔解温度)的参数；如图7中所示用于确定试验结果(比如患者是否有hsv)的调用逻辑规则270；和/或如图8a至图8b中所示用于配置报告什么信息的报告规则。

例如，通过设计新的调用逻辑规则(和/或调用逻辑规则之间的依赖性)来提高试验测试准确度，用户可以修改预先存在的hsv试验。作为另一示例，用户可以指定附加调用逻辑规则，比如样本类型或人口统计信息。换言之，用户可以指定需要什么(如果存在的话)附加信息来针对给定试验进行调用，同时允许试验设备保持对试验文件的细节不可知。所公开的技术还可以允许不提供试验设备的各方对试验的研发。例如，考虑仅包括pcr步骤并且不包括熔解步骤的hsv试验。对于这个试验，用户可以添加熔解步骤，并指定只有在检测到pcr步骤的期望周期计数和期望熔解温度两者(逻辑“与”依赖性)时才返回hsv阳性结果。

所公开的技术可以减小配置试验协议时的验证要求。例如，在一些实施例中，在单独的计算设备而非试验设备和/或数据处理单元上规定参数，从而允许试验配置软件与试验设备软件/硬件之间的分离。因而，改变试验参数可以不要求对试验设备或试验设备软件的重新验证。

在使用与试验设备220不同的计算系统生成用于试验的用户规定信息的实施例中，被配置成用于生成此信息的计算机程序可以与试验设备220和/或数据处理单元230上运行的任何程序无关。在本实施例中，协议脚本210、试验设置240、热学参数250、分析参数260、调用逻辑270、和/或报告设置280可以由不同的计算系统生成并被下载至试验设备220(所述试验设备可以或可以不包括数据处理单元230)。

在本实施例中，试验设备220可以包括软件和/或电路，所述软件和/或电路被配置成用于：(1)执行仪器特定的校准例程，(2)基于所述校准例程进行预处理(例如，将原始数据标准化)，并且(3)进行仪器控制。被配置成用于进行仪器控制的软件/电路可以提供用户规定的试验信息(所述试验信息可以基于与不同计算系统的用户交互生成，如上文所讨论的，而非由试验设备220)与试验设备220的被配置成用于运转电机、光学器件、加热器等的其他部分之间的接口。因而，试验设备220可以进行一次或多次试验并基于所述用户规定信息生成一个或多个报告。在本实施例中，对各种用户规定信息的改变可以不要求对试验设备220的软件和/或硬件进行重新验证。这可以允许第三方研发新的或经修改的试验和/或促进由试验设备220的销售商研发新的试验。这可以减少在市场上销售试验的时间并提高试验设备220对最终用户的实用性。

下面参照图3至图8描述了用于配置各不同参数的界面的示例性实施例。然而，在此所述的各种参数组合仅仅是示意性的。在其他实施例中，可以规定附加参数和/或所公开的参数可以省略。图3至图8中所示的各界面可以例如是图形用户界面(gui)，并且可以被与试验设备220分开的计算设备显示。

示例性试验设置

现在转至图3，示出了可用于输入试验设置的用户界面300的一个实施例。在所展示的实施例中，规定了试验名称、试验类型、以及试验是否是起始试验。在此具体示例中，试验是针对hsv的并且是体外诊断(ivd)试验。在所展示的示例中，说明字段尚未被填充。

在所展示的实施例中，已经为通道2、4、和6指定的染料，而通道1、3、和5未被使用。在所展示的实施例中，fam被用作用于hsv的荧光基团，而ap559和ap662染料用于样本处理控制(spc)和熔解校准(mc)。在本hsv示例中，spc用于保证反应真正地发生，并且如果未检测到spc则可以重新测试样本，以便避免假阴性。所述熔解校准可以用来控制仪器变化并允许对检测的熔解温度进行校准。

示例性协议脚本和参数

协议脚本210可以针对给定试验指定以什么顺序发生什么操作。用于协议脚本210的一个实施例的下列示例性伪代码规定了示例性hsv试验的制备、pcr、和熔解阶段：

在本示例中,在第1行,如果电动机尚未回到原位，则将其移动至原始位置。在第2行，如果样本制备被启用，则开始样本制备并且可以给油。在第7行，确定是否启用了pcr步骤，并且如果是则基于第8至11行执行pcr步骤。在第13行，确定是否启用了熔解步骤，并且如果是则基于第14至18行执行熔解步骤。因而，在所展示的实施例中，可以使用sampleprepenabled(样本预处理启用)、rtpcrenabled(rtpcr启用)、和meltenabled(熔解启用)参数启用或禁用试验的多个阶段。在各实施例中，可以类似地启用或禁用各试验部分中的任何一部分。在一些实施例中，用户界面允许用户向协议脚本添加功能或修改所述协议脚本所规定的操作。

进一步，用户可以规定协议脚本中针对操作的各参数。例如，比如“startsampleprep(开始样本预处理)”、“execute2-steprt-pcrsequence(执行2步骤rt-pcr序列)”、“startmelt(开始熔解)”等操作可以是可以传递各参数的函数调用。下面参照图4描述了可以传递至这些函数的示例性热学参数。在一个实施例中，图3的试验设置240(例如，通道选择、测试、和染料)还被用作向协议脚本的输入，例如使用输入变量。上文所提供的示例性伪代码仅是示意性的，并且不旨在限定本公开的范围。

现在转至图4，示出了可用于指定热学参数250的用户界面400的一个实施例。在所展示的实施例中，热学参数是在试验的预pcr阶段、pcr阶段、和熔解阶段过程中单独地规定期望的温度和定时。在所展示的实施例中，可以使用复选框来启用或禁用这些阶段中的每一个。在所展示的实施例中，具有朝下指向的箭头的矩形(例如，对于“numberofpcrsteps(pcr步骤数量)”字段，在“2”之后)表示下拉菜单，同时其他字段允许自由形式的表项。在各实施例中，可以实现各适当接口中的任何一个从而指定适当的值、操作数等。

在所展示的实施例中，示出了各温度、保持时间、激活时间、步骤数量、光学读取位置、周期数量、变性时间、开始/最终温度、以及步长。在各实施例中，可以规定这些参数和/或附加参数的任何适当组合。

与协议脚本210分开进行的对热学参数250的规范可以允许同一协议脚本用于具有不同热学参数的多个不同试验。在其他实施例中，热学参数可以在协议脚本210内明确规定而非单独地规定。

上文所述的协议脚本、试验设置、和热学参数通常可以被描述为规定试验本身的性能的试验配置信息。下面参照图5至图8所描述的参数和规则通常涉及分析和报告信息，所述分析和报告信息用于配置对来自试验的原始输出的处理和报告试验的结果。

示例性分析参数和调用逻辑规则

现在转至图5，示出了可用于输入分析参数260的用户界面500的一个实施例。所述分析参数可以用来配置对原始试验数据的信号处理。在所展示的示例中，“波长通道”下拉菜单允许选择正针对其规定参数的通道。在所展示的实施例中，示出了各种信号处理和检测参数。

例如，所展示的pcr数据归约参数包括：斜率范数目标、平滑点的数量、淬火、冗长、周期阈值(ct)调用方法、和ct调用阈值。所展示的pcr基线检测参数包括：基线斜率容差、最大精化步长、平滑点数量、最小长度、最小起始长度、可允许的弯型(dogleg)、以及最大孔长。所展示的熔解温度(tm)归约参数包括：平滑模式、平滑宽度、平滑阶次、中值滤波宽度、噪声截止模式、峰值截止模式、截止因数、样条采样率和搜索半径、导数、淬火、中值抛光带宽和迭代、增强模式、混合因子、和成倍增加。在各实施例中，可以规定这些参数和/或附加参数的任何适当组合。

在一个实施例中，基于分析参数260，数据处理单元230被配置成用于生成用于试验的数据结构集合。在一个实施例中，这个集合可以包括可以用于熔解分析的熔解温度(tm)结构、可以用于pcr分析的周期阈值(ct)结构、和/或相对荧光单元(rfu)结构。这些结构可以被用作调用逻辑规则的输入，所述输入可以基于相关数据结构的字段中所存储的值来确定试验结果。

每种结构可以具有一个或多个字段。例如，tm结构可以具有至少“温度(temp)”和“峰值(peak)”字段，同时ct结构可以包括至少“周期(cycle)”和“rfu”字段。rfu结构可以具有例如平均数(mean)、最小值(min)、标准偏差(standarddeviation)、和最大值(max)字段。可以基于经处理的试验输出来填充这些字段。根据一些实施例的进一步示例性tm字段包括：max/min信号值、样条精炼峰值位置、基于信号的一个或多个导数的峰值位置、从峰值到基线的距离、曲线下面积、峰值对称性、斜率、峰值宽度、对峰值的高斯拟合等。根据一些实施例的进一步示例性ct字段包括：置信度、基线信息等。

图6a示出了可用于基于规定的规则或参数对具体tm、ct、或rfu结构进行命名的用户界面600的一个实施例。在一些实施例中，图6a至图6b的参数包括在分析参数260中。在所展示的示例中，已经选定了名称“hsv-1tm”。这个示例性试验的其他目前已定义名称包括mctm、hsv-2tm、hsvct、spctm、和spcct。在所展示的实施例中，在可用名称下面的图标允许用户针对所述试验添加或删除名称。

在图6a的实施例中，当按照满足以下条件的下降峰值排序时所展示的参数指示hsv-1将被标识为来自通道6fam的第1个tm结构：tm结构的“经调整温度(adjustedtemp)”在84.8与86.9之间的窗口内与(and)具有大于400000.0的峰值。图6a底部附近的图标允许用户添加或删除用于标识具体tm、ct、或rfu结构的参数。

在所展示的实施例中，示出了in_window和>(大于)运算符。在一些实施例中，可以选择包括比如，+(加)、-(减)、＝＝(比较)、/(除以)、*(乘以)、<(小于)、ct发现等算术运算符在内的各种运算符，并且可以使用中点运算符。取决于运算符和表达式，各运算的结果可以是浮点值或真/假值。

图6b示出了可用于指定用户定义的字段的用户界面650一个实施例，所述用户定义的字段可以用于标识例如tm、ct、或rfu结构。在所展示的实施例中，基于mctm来确定“deltatemp(差量温度)”。例如，在一个实施例中，熔解校准器的期望校准温度是72.0度。在本实施例中，差量温度被规定(例如，使用与图6b相似的界面)为实际mctm“温度”减72.0度。可以使用与图6b的界面相似的界面来指定差量温度。在所展示的实施例中，hsv-1tm的经调整温度被确定为给定结构的“温度”字段值减去“差量温度”。这允许用户对各字段进行各种算术和/或逻辑运算，并使用结果作为结构标识参数和/或调用逻辑规则的输入。当选择进行运算的值(例如，温度、差量温度等)时，可以选择当前结构的成员(其可以被称为“此”操作数)，可以提供字面值(例如，浮点数)，或可以规定另一结构的成员(可以被称为“选择”操作数)。在一些实施例(未示出)中，用户界面允许用户针对一个值选择这三个选项之一，并基于所述选择提供合适的选项(例如，浮点值的文本输入字段或者当前结构的可用成员字段列表)。

现在转至图7，示出了可用于添加和/或修改调用逻辑规则270的用户界面700的一个实施例。在所展示的实施例中，示出了两条规则：“hsv-1tm已标识”规则和“hsv阴性”规则。在所展示的实施例中，每条规则包括用于规则名称、依赖性、和结果的字段。在所展示的实施例中，界面700底部附近的图标可以用来添加或删除规则。

在所展示的示例中，hsv-1tm已标识规则不具有任何依赖性并且不被报告。在本实施例中，响应于标识满足图6a中所规定的要求的tm结构，hsv-1tm已标识可以评估为真。因而，如果不能标识这种结构(表明未找到期望的熔解温度)，这个规则评估为假。在所展示的实施例中，依赖性字段的右下角中的图形可以用来添加和删除规则之间的逻辑依赖性。

在所展示的实施例中，hsv阴性规则依赖于hsv-1tm已标识规则以及若干其他规则(spcpass、hsv-1tm未标识、和hsv-2tm未标识)。在所展示的示例中，已经选择了“与(and)”图形(而非“或(or)”图形)来使用hsv阴性所依赖的规则之间的这种逻辑关系。因而，在本示例中，只要hsv阴性所依赖的所有规则为真，就对其进行评估。对规则之间的逻辑关系和层级进行规范的能力允许对任何期望的逻辑组合进行灵活限定，同时参照图6a至图6b所描述的技术允许针对每条规则来对各阈值、运算符、窗口等进行规范。

在一些实施例中，调用逻辑依赖性可以基于另一规则或或另一规则的逻辑非。在一些实施例中，用户界面700被配置成用于防止用户创建依赖性循环。例如，如果规则1依赖规则2且规则2依赖规则3，则界面可以防止用户创建规则3对规则1的依赖性，因为这会创建循环。

作为规则(未示出)的另一示例，对于流感试验，当存在针对如所命名的流感act定义的ct结构且具有大于38.0的“周期”值时，“流感a高ct”规则可以评估为真。

在所展示的实施例中，用户界面700允许用户输入新的规则(而非简单地修改之前存在的规则)并定义所述新的规则与一条或多条其他规则之间的依赖性。因而，在各实施例中，用户可以添加和/或修改调用逻辑规则，从而配置将指示各试验结果的条件。

在所展示的实施例中，只有当mctm已经被标识时，才报告hsv阴性，从而允许校准对hsvtm的检测。类似地，只有在spcpass为真时才报告hsv阴性。spc可以用来保证实际发生了反应，从而避免调用假阴性。如果spc未通过，则不报告hsv阴性。相反，在一个实施例中，试验被报告为无效，从而指示样本应该被重新测试。

在其他实施例中，用户可以指定各附加适当规则中的任何一种。例如，用户可以指定进行调用所需的患者人口统计、样本类型等。可以不进行所述调用，除非用户规定信息存在和/或在规定范围、策略等内。用户可以通过用户界面700的实施例指定此类规则连同对其他规则的任何期望依赖性。

现在转至图8a，示出了可用于输入报告规则的用户界面800的一个实施例。报告规则在各实施例中可以用于控制如何报告信息，与调用逻辑分开地。

在所展示的实施例中，界面800允许用户针对何时报告各结果以及针对报告的规则指定什么信息来指定逻辑。例如，如果hsv阳性不为真且hsv阴性为真，则返回“未检测到”。在一些实施例中，这可以允许报告试验结果的粒度，并且避免报告患者不应该看的信息。

现在转至图8b，示出了可用于输入图形规则的用户界面850的一个实施例。在所展示的实施例中，界面850用来控制什么情况下(例如，基于调用逻辑规则)报告中包括什么图形，限定图形表示的范围，并提供偏移。在各实施例中，可以规定各合适的图形规则中的任何一条。这可以允许用户保证不显示给定的用户定义的试验的不相关信息。

现在转到图9，示出了真值表900的一个实施例。在所展示的实施例中，真值表900包括规定了各试验条件的可能组合的列(在所展示的示例中，spcct、spctm、hsvct、hsv-2tm、hsv-1tm、和mctm)。在所展示的实施例中，表900进一步基于这些组合来指示试验结果、类型、通道结果、通道ct、以及通道tm。表900可以被显示或打印并且可以用来检查已经正确地规定了调用逻辑规则和依赖性。

在一些实施例中，调试界面(未示出)可以用来研发试验的同时对其进行调试。在一个实施例中，调试界面示出了各种已命名结构和调用逻辑规则，并表明它们是否已被标识或满足。这个界面可以用来确定是否已经正确地规定了参数和/或调用逻辑规则，确定如何修改参数和/或调用逻辑规则从而提高试验准确度，理解具体试验结果的附加细节等。

图10示出了试验的示例性详细报告1000。所述报告指示通过了熔解校准器，不规定spc结果，并指示检测到hsv1。所述报告还指示hsv1和2的ct和tm值以及熔解校准器的tm值。所述报告还包括试验的pcr部分的扩增图形以及试验的熔解部分的熔解图形。在所展示的实施例中，扩增图形表明发生了扩增，同时熔解图形中所表示的信息将扩增子标识为hsv-1扩增子。

在所展示的实施例中，26.0的hsv1和2ct值对应于一个点，在所述点附近，扩增曲线开始在rfu0处从线条的平坦部分向下偏转，同时熔解温度对应于熔解图形中的最低下沉。在所展示的实施例中，85.8的hsv1tm值对应于熔解图形中的最大下沉。在所展示的实施例中，73.4的mctm值对应于熔解图形中的其他较大下沉。在所展示的实施例中，73.4-72.0＝1.4度的差量温度可以确定并且可以用来调整熔解图形的x轴。

在所展示的实施例中，报告1000还包括盒序列号，所述盒序列号可以用来标识被测样本(例如，具有所述盒序列号的标签可以被附加至每个样本)。在一些实施例中，这些盒序列号可以用来为具体盒标识要运行的试验。例如，试验设备220可以被配置成用于进行多种不同类型的试验，并且所述序列号可以指示这些类型之一。进一步地，所述序列号可以用来指示已经下载至试验设备200的用户修改的或用户创建的试验。

示例性方法

图11示出了一种用于配置试验的方法1100的一个示例性实施例的流程图。除了其他设备以外，图11中所示的方法可以结合在此所公开的计算机系统、设备、元件、或部件中的任何一项实用。在各实施例中，所述的方法元素中的一些可以同时地、以不同于所示的顺序执行，或者可以省略。还可以按照期望的执行附加方法元素。流程开始于步骤1110。

在步骤1110，计算设备(例如，下面参照图12描述的设备1210)使得显示用于试验设备的用户配置工具。在一些实施例中，所述用户配置工具包括图形用户界面，比如图3至图8中所示的那些。在其他实施例中，所述用户配置工具可以至少部分地基于文本。在一些实施例中，所述用户配置工具被显示在计算设备上，所述计算设备与试验设备220分开且不同。流程前进至步骤1120。

在步骤1120，所述计算系统基于向所述用户配置工具的用户输入生成第一配置信息，所述第一配置信息针对试验规定操作序列并针对所述操作序列规定参数集合。在一些实施例中，用户可以使用所述配置工具生成所述第一配置信息的全部。在其他情形下，所述用户配置工具可以向用户呈现针对所述操作序列和/或参数集合的默认配置信息，并且所述用户可以修改所述默认配置信息从而生成所述第一配置信息。图4(上文所讨论的)示出了被配置成用于接收针对所述参数集合的用户输入的界面的一个实施例。在一些实施例中，所述第一配置信息还可以包括试验设置，比如像图3中所示的那些。在图3的实施例中，用户可以向试验增加测试，修改用户具体试验测试的染料等。在图4的实施例中，用户可以添加/修改/删除参数，添加/修改/删除试验步骤(这可以可替代地或另外地通过修改协议脚本执行)等。对于所述操作序列，用户可以使用图形用户界面和/或通过修改用于所述序列的程序指令来添加/修改/删除操作。流程前进至步骤1130。

在步骤1130，所述计算设备基于向所述用户配置工具的用户输入生成第二配置信息，所述第二配置信息规定用于从所述试验的多个结果当中选择结果的规则集合。在所展示的实施例中，所述用户输入规定所述规则集合中的至少一条新规则。例如，参照图7，用户可以使用图右下部分的图标来添加规则，所述规则之前在所述试验的调用逻辑规则集合中不存在。进一步，在本实施例中，用户可以添加/删除/修改用于选择试验结果的其他规则。进一步，在各实施例中，用户可以添加/删除/修改分析参数(所述分析参数可以指定有待在应用调用逻辑规则之前执行的对原始试验数据的信号处理功能)，比如上文参照图5所描述的那些。在一些实施例中，用户可以添加/修改/删除用于试验的报告规则和/或图形规则。

示例性计算设备

现在转至图12，描绘了计算设备1210的一个实施例的框图。计算设备1210可以用来实现本公开的各实施例。计算设备1210可以是任何合适类型的设备，包括但不限于私人计算机系统、台式计算机、膝上计算机或笔记本计算机、主框架计算机系统、网络服务器、工作站、或网络计算机。如所示的，计算设备1210包括通过互连1260(例如，系统总线)耦合的处理单元1250、存储设备1212、输入/输出(i/o)接口1230。i/o接口1230可以耦合至一个或多个i/o设备1240。计算设备1210进一步包括网络接口1232，所述网络接口可以耦合至网络1220从而与例如其他计算设备通信。

在一些实施例中，计算设备1210是与试验设备220分开且不同的设备。这可以允许使用计算设备1210来改变详细试验规范，而不需要对试验设备220进行完整的重新验证。在一些实施例中，计算设备1210被配置成用于提供用户配置工具，所述用户配置工具可用于执行上文参照图3至图11所描述的试验配置。在一些实施例中，所述工具用来生成和/或修改试验设置、热学参数、分析参数、调用逻辑规则、报告设置等。在一个实施例中，此信息用来生成被传送至试验设备220和/或数据处理单元230的一个或多个文件。在一些实施例中，可以使用有线网络、无线地、使用物理存储介质比如cd或usb存储设备等执行所述传送。在一些实施例中，试验设备220包括数据处理单元230并且被配置成用于基于所述一个或多个文件进行试验。在其他实施例中，计算设备1210包括数据处理单元230，并且被配置成用于对试验设备220所生成的原始试验数据进行处理，例如基于分析参数和调用逻辑规则。

如上所述，处理单元1250包括一个或多个处理器。在一些实施例中，处理单元1250包括一个或多个协处理器单元。在一些实施例中，可以将处理单元1250的多个实例耦合至互连1260。处理单元1250(或1250内的每个处理器)可以包含缓存器或其他形式的车载存储器。在其他实施例中，处理单元1250可以被实施为通用处理单元，并且在其他实施例中，可以将其实现为专用处理单元(例如，asic)。一般地，计算系统1210不限于任何具体类型的处理单元或处理器子系统。

如在此所使用的，术语“处理单元”或“处理元件”指被配置成用于执行操作的电路或具有存储于其中的程序指令的存储器，所述程序指令可有一个或多个处理器执行从而执行操作。相应地，处理单元可以被实现为以各种方式实现的硬件电路。所述硬件电路可以包括例如定制超大型集成(vlsi)电路或栅阵列、现成半导体比如逻辑芯片、晶体管、或其他分离的部件。处理单元还可以用可编程硬件器件来实现，比如现场可编程门阵列、可编程阵列逻辑、可编程逻辑器件等。处理单元还可以被配置成用于执行来自任何合适类型的非瞬态计算机可读介质的程序指令，从而执行规定的操作。

存储子系统1212可由处理单元1250使用(例如，以存储处理单元1250可执行的指令和由所述处理单元使用的数据)存储子系统1220可以由任何合适类型的物理存储器介质实现，包括硬盘存储设备、软盘存储设备、可移除磁盘存储设备、闪速存储器、随机存取存储器(ram-sram、edoram、sdram、ddrsdram、rdram等)、rom(prom、eeprom等)等。在一个实施例中，存储子系统1212可以单独地由易失性存储器组成。存储子系统1212可以存储可由计算设备1210使用处理单元1250执行的程序指令，包括可执行以使得计算设备1210实现在此所公开的各种技术的程序指令。

根据各实施例，i/o接口1230可以代表一个或多个接口，并且可以是被配置成用于耦合至其他设备并与其通信的各种类型接口中的任何一种。在一个实施例中，i/o接口1230是从前侧到一个或多个背侧总线的桥接芯片。ii/o接口1230可以通过一个或多个相应的总线或其他接口耦合至一个或多个i/o设备1240。i/o设备的示例包括存储设备(硬盘、光驱、可移除闪盘驱动器、存储阵列、san、或相关联的控制器)、网络接口设备、用户接口设备或其他设备(例如，图形、声音等)。

还考虑了存储可由计算系统执行以实现在此所公开的技术的指令(以及可选地，数据)的各种制品。这些制品包括非瞬态计算机可读存储器介质。所考虑的非瞬态计算机可读存储器介质包括计算设备的存储器子系统的多个部分以及存储介质或存储器介质比如磁性介质(例如，磁盘)或光盘(例如，cd、dvd、以及相关技术等)。所述非瞬态计算机可读介质可以是或者易失性或者非易失性存储器。

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虽然上文已经描述了特定的实施例，这些实施例并不旨在限制本公开的范围，甚至当相对于具体特征仅描述了单个实施例时。本公开中所提供的特征的示例旨在是示意性的而非限制性的，除非另外陈述。以上说明旨在负载对了解本公开的好处的本领域技术人员将明显的此类替代方案、修改、和等效物。

本公开的范围包括在此所公开(或者清楚地或者隐含地)的特征中的任何特征或组合、或其任何一般化，无论它是否减轻了在此所阐述的问题中的任何一个或全部。相应地，在审查本申请(或要求其权益的申请)的过程中可以对任何这种特征组合制定新的权利要求书。具体地，参照所附权利要求书，来自从属权利要求的特征可以与独立权利要求的特征组合，并且来自对应的独立权利要求的特征可以通过任何适当方式组合并且不仅仅是所附权利要求书中列举的特定组合。