用于狗肝铜积累的遗传检测和低铜宠物喂食的制作方法

专利名称：用于狗肝铜积累的遗传检测和低铜宠物喂食的制作方法
技术领域：
本发明涉及测定狗对肝铜积累和对铜相关肝疾病的易感性的方法。本发明涉及用于预防狗肝铜积累和铜相关肝疾病的狗食品和制造所述食品的方法。本发明还涉及测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法。
背景技术：
尽管肝疾病在狗中不常见，其最常见的形式之一是慢性肝炎(CH)。CH是一种组织学诊断，其特征在于纤维化、炎症和肝细胞凋亡和坏死的存在。此疾病的最终阶段可导致肝硬化。CH的病因之一是肝铜积累。肝铜积累可由于提高的铜摄入、肝铜代谢的原发性代谢缺陷或改变的铜胆汁排泄导致。肝铜积累的遗传基础未知。其困难之处在于在大量不同的生物学途径中涉及铜，各途径都高度复杂并涉及大量基因的事实。通常用D-青霉胺，一种有效的铜螯合剂来治疗具有过量肝铜积累的狗。发明概述
发明者发现在犬G0LGA5、ATP7a和UBL5基因或其区域中的多态性指示了狗对肝铜积累的易感性或受到免于肝铜积累的保护。这3个基因组区域中的多态性与肝铜积累的风险或可能性相关的发现为通过筛选多态性预测狗是否对肝铜积累敏感或受到免于肝铜积累的保护的检测提供了基础。使用涉及组合一种或多种定义的多态性的检测结果的模型可放大所述检测的预测能力。在狗肝中的铜积累可导致一种或多种由高肝铜引起的肝疾病或病症。例如，高肝铜可导致慢性肝炎、肝硬化和最终的肝功能衰竭。本发明因此能够鉴定易患这些与高铜相关的肝疾病或病症的狗。一旦鉴定了狗对肝铜积累的易感性，有可能对该狗确定合适的预防措施以将肝铜水平维持在低或正常水平，例如通过施用本发明的食品。此外，鉴定为不具有对肝铜积累敏感相关突变的狗可理想地用于育种程序以产生不太可能患与高铜相关的肝疾病或其它病症的狗。本发明因此提供了测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在狗基因组中检测
(a)指示对肝铜积累的易感性的狗基因组中G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性，和/或
(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。本发明还提供
-数据库，其包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息； -测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括
(a)将与狗基因组中存在或缺乏如本文定义的多态性相关的数据输入计算机系统；
(b)将数据与计算机数据库比较，所述数据库包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息；和
(c)基于比较测定狗对肝铜积累的易感性；
-计算机程序，其包含这样的程序编码方式，即当在计算机系统上执行时，所述程序编码方式命令计算机系统进行本发明的方法；
-计算机存储介质，其包含本发明的计算机程序和本发明的数据库； -被设置以进行本发明方法的计算机系统，其包含
(a)接收与狗基因组中存在或缺乏如本文定义的多态性相关的数据的装置；
(b)数据库，其包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息；
(c)用于将数据与数据库比较的模块；和基于所述比较测定狗对肝铜积累的易感性的装置；
-检测狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在样品中检测狗基因组中(a)指示对肝铜积累的易感性的在G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性，和/或(b)与所述多态性(a) 处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏；和
-(a)指示对肝铜积累的易感性的在狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性，和/或 (b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性在测定狗对肝铜积累的易感性中的用途； 和
-选择用于产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代的狗的方法，其包括 -测定候选的第一只狗的基因组中是否包含指示对肝铜积累易感性的一种或多种根据本发明的多态性；和由此测定候选的第一只狗是否适合产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代；
-任选地，测定与第一只狗性别相反的第二只狗的基因组中是否包含指示对肝铜积累易感性的一种或多种根据本发明的多态性；和
-任选地，将第一只狗和第二只狗交配以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代。此外，并且令人惊讶地，发明者现在发现了比使用药物青霉胺更有效地降低拉布拉多寻回犬(Labrador Retriever)的肝铜积累的食品。此食品因此在预防拉布拉多寻回犬品种狗的肝铜积累中有用，并可用于预防与高肝铜相关的疾病或病症，例如慢性肝炎、肝硬化和肝功能衰竭。由此，本发明还提供了包含低于21 mg/kg干物质浓度的铜的食品，所述食品用于在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病，优选地，其中所述狗通过本发明的方法已被测定为对肝铜积累敏感。本发明还提供
-在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病的方法，优选地，其中所述狗通过本发明的方法已被测定为对肝铜积累敏感，其包括对狗喂食本发明的食品；
-铜在制造食品中的用途，所述食品用于具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗，优选地，其中所述狗通过本发明的方法已被测定为对肝铜积累敏感，其中所述食品包含低于21 mg/kg干物质浓度的铜并用于预防在所述狗中由肝铜积累导致的疾病；
-包含具有低于21 mg/kg干物质浓度的铜的食物和提供至少120mg/kg干物质浓度的锌的补充剂的套装，其用于同时、分别或相继使用以在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病，优选地，其中所述狗通过本发明的方法已被测定为对肝铜积累敏感；和-本发明的带标签的食品或本发明的带标签的套装。与狗受到免于肝铜积累的保护相关的多态性的鉴定为在育种程序中应用而选择具有这些突变的狗以产生受到免于肝铜积累的保护并因此不太可能患与高铜相关的肝疾病或其它病症的狗提供了机会。因此，本发明提供了测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，其包括在狗基因组中检测选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。本发明还提供
-数据库，其包含与SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息； -测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，所述方法包括
(a)将与狗基因组中存在或缺乏如本文定义的多态性相关的数据输入计算机系统；
(b)将数据与计算机数据库比较，所述数据库包含与SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息；和
(c)基于比较测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性；
-计算机程序，其包含这样的程序编码方式，即当在计算机系统上执行时，所述程序编码方式命令计算机系统进行本发明的方法；
-计算机存储介质，其包含本发明的计算机程序和本发明的数据库； -被设置以进行本发明方法的计算机系统，其包含
(a)接收与狗基因组中存在或缺乏如本文定义的多态性相关的数据的装置；
(b)数据库，其包含与SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息；
(c)用于将数据与数据库比较的模块；和基于所述比较测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的装置；
-检测狗以测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，其包括在样品中检测狗基因组中选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性；和
-(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和 / 或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性在测定狗受到免于肝铜积累的保护中的用途；和
-选择狗以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代的方法，其包括 -测定候选的第一只狗的基因组中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种根据本发明的多态性；和由此测定候选的第一只狗是否适合产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代；
-任选地，测定与第一只狗性别相反的第二只狗的基因组中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种根据本发明的多态性；和
-任选地，将第一只狗和第二只狗交配以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代。附图简述


图1说明不加治疗的肝铜积累的进展。该图显示了在任何治疗以前，在相隔8. 7个月(范围为6-15个月)的2次检查中11只拉布拉多寻回犬的肝铜浓度(mg/kg干重)。在此时间内对所有动物喂食它们通常的维持饮食，根据制造商其包含以干物质计12-25 mg/kg之间的饮食铜浓度和以干物质计80-270 mg/kg之间的锌浓度。菱形符号表示离群值。图2说明24只拉布拉多寻回犬在研究开始和饮食管理中的2次控制检查 (control examination)中的肝铜浓度(mg/kg干重)。将狗如下分为2组组1=饮食+葡萄糖酸锌片，组2=饮食+安慰剂。χ-轴编号的解释如下1+2=治疗前，3+4=复查1 (8个月后的第一次控制检查(范围为5-13个月))，5+6=复查2(16个月后的第二次控制检查(范围为12-25个月))。检测的狗数目如下1 在组1中N=12只狗，2 在组2中N=12只狗，3 在组1中N=9只狗，4 在组2中N=12只狗，5 在组1中N=6只狗，6 在组2中N=IO只狗。 菱形符号表示离群值。点线代表成年狗的肝铜正常水平。图3说明在18只拉布拉多寻回犬中本发明的饮食与青霉胺单独作用相比对肝铜浓度(mg/kg干重)的有效性。χ-轴的解释如下1=青霉胺前，2=青霉胺后/食物前，3=食物后。沿χ-轴从1至2的发展证明青霉胺的作用，而从2至3的发展证明食物的作用。点线代表成年狗的肝铜正常水平。图4说明布置用于实施本发明的功能组件的图表实施方案。图5描绘了在拉布拉多寻回犬中根据性别和ATP7a基因型的平均铜水平(表VII 的数据)。y_轴为肝铜干重(mg/kg)。χ-轴为ATP7a基因型从左到右，前3个为研究中的雌性狗，最后2个为研究中的雄性狗。误差棒为标准误差。图6为在拉布拉多寻回犬中根据性别和ATP7a基因型的铜组织学得分的箱形图 (表VII的数据)。y_轴为铜组织学得分值。X-轴为ATP7a基因型从左到右，前3个为研究中的雌性狗，最后2个为研究中的雄性狗。kruskal-walis ρ值为0. 000396。序列简述
SEQ ID NO: 1至142显示了包含本发明SNP的多核苷酸序列。发明详述
鉴定对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护
在肝中的铜积累在许多狗品种中导致肝疾病，所述狗品种包括拉布拉多寻回犬、杜宾犬(Doberman Pinscher )、德国牧羊犬(German Shepherd)、荷兰狮毛犬(Keeshond)、 可卡犬(Cocker Spaniel)、西部高地白梗(West Highland White ^Terrier)、贝灵顿梗 (Bedlington Terrier)和斯凯梗(Skye Terrier)。任意品种的普通狗肝内的平均铜浓度为以干重计200至400 mg/kg，尽管新生狗通常具有较高的肝铜浓度。对肝铜积累敏感的狗具有积累铜的倾向，从而其肝铜浓度达到高于400 mg/kg，例如高于 500 mg/kg、600 mg/kg、800 mg/kg、1000 mg/kg、1500 mg/kg、2000 mg/kg,5000 mg/ kg或高于10000 mg/kg的水平。另一方面，受到免于肝铜积累的保护的狗不具有积累铜至所述水平的倾向。根据本发明测定狗对肝铜积累敏感的风险或可能性涉及测定下述风险或可能性，即狗将积累肝铜至高于400mg/kg的水平。受到免于肝铜积累的保护的狗具有积累肝铜的低风险或可能性，从而其肝铜浓度不太可能达到高于600mg/kg的水平。受到免于肝铜积累的保护的狗的肝铜浓度将低于600 mg/kg，例如低于 550 mg/kg,500 mg/kg,450 mg/kg,400 mg/kg,350 mg/kg 或低于 300 mg/ kg。根据本发明测定狗受到免于肝铜积累的保护的风险或可能性涉及测定下述风险或可能性，即狗将积累肝铜至高于600mg/kg的水平。可将易感性或保护的风险或可能性表示为例如风险因子、百分比或概率。有可能测定狗是否会积累铜至上述水平。高于400mg/kg的肝铜积累水平与肝疾病相关，并可最终导致肝功能衰竭。因此测定狗基因组是否包含指示肝铜积累易感性的一种或多种多态性也提供测定狗对肝铜积累导致的疾病或病症例如慢性肝炎、肝硬化和肝功能衰竭的易感性的方法。相反地，测定狗基因组是否包含指示受到免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性指示所述狗不太可能患所述疾病或病症。因此，本发明提供了检测狗对肝铜积累相关疾病例如慢性肝炎、肝硬化和肝功能衰竭的易感性或保护狗免于所述疾病的可能性的方法。阐明与遗传性状相关的多态性的方法
技术领域：
本发明开发了在一组个体中测定与遗传性状相关的多态性的方法，即“分区作图”(又称“2D作图”)。所述方法目前仅限于双值条件(binary condition)(案例/对照研究)。具有遗传关联的复杂疾病通常由一个以上基因驱使。这些基因可以非线性方式相互作用，使其难以用传统方法作图。通过在一对个体水平上的研究有可能分解多种基因的影响，因为基因座或者会促成该对个体的表型，或不会如此。下面描述此方法的全部工作内容。进行此分析后，有可能获得在各区域的风险等位基因并使用其它方法建立模型以预测表型。“分区作图”算法扫描基因组，每501Λ停1次。在这些点上分别分析每对个体。在每对个体中分析全染色体的基因型，在3种可能的情况下比较基因型的可能性。第一种情况是，在此对个体中具有驱使表型的隐性突变。第二种情况是，在此对个体中具有驱使表型的显性突变。第三种情况是在此对狗的此位置没有重要的突变。使用隐马尔可夫模型计算可能性，如下描述。通过比较这些可能性，有可能在此对个体中生成倾向或不倾向在该点存在隐性或显性表型驱使突变的贝叶斯因子。对这些值取对数；正值表示倾向隐性或显性突变情况的权重更多，负值表示倾向这里没有重要突变的证据更多。将成对个体按照Log-贝叶斯因子在该基因座分类。之后以降序排列总结成对个体的Log-贝叶斯因子，在数据的各百分位取出证据的累积权重记录。在大多数情况下一些 Log-贝叶斯因子为正，一些为负。这将给出一定百分数的数据的记录值升高并然后减低的作用。此值的最大值给出了朝向隐性或显性模型的证据权重的测量。其被称为“峰值”。在有些情况下所述算法特别偏向基因组的纯合子区或具有高密度多态性的区域。 此作用通过下述定量，即对4种可能的案例/对照状态(案例-案例，案例-对照，对照-案例，对照-对照)中的每对排列个体进行所述方法。对任意基因座，从正常峰值中减去排列模型下的峰值，这样得到修正的峰值。可以在给出目的区域的基因组中比较修正的峰值。隐马尔可夫模型
分区作图的关键元素在于其不直接作用在基因型数据上。使用一层分析将一对狗之间的相关性程度模型化；此分析给出有关2个个体在其基因组的基因座上具有相同的祖先等位基因的信息。在一对狗的染色体之间有9种可能的关系，最有相关性的是所有4条染色体为相同的单倍体型，最不具相关性的是在此位点为4条不同的单倍体型。使用隐马尔可夫模型计算了这9种状态的可能性。
如果基因座作用于成对的研究个体，在案例-对照表型的一些排列下这些状态中的一些是不可能的。因此可以从相对可能性中计算存在隐性或显性等位基因的贝叶斯因子。对铜积累的易感性或免于铜积累的保护的多态性和指示
使用上述方法，本发明者已发现在犬G0LGA5、ATP7a和UBL5基因中或其区域中的多态性指示对肝铜积累的易感性。本发明因此涉及测定狗基因组是否包含在这些基因组位置的指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性的方法。本发明提供了测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在狗基因组中检测(a) 狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因的多态性，其指示对肝铜积累的易感性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。发明者还发现了影响ATP7a蛋白质序列的多态性，其指示了免于肝铜积累的保护。所述多态性改变了基因ATP7a在3 位氨基酸处的蛋白质序列，从苏氨酸变为异亮氨酸，这对蛋白质的功能具有潜在的重大影响。本发明因此涉及测定狗基因组是否包含一种或多种指示免于肝铜积累的保护的多态性的方法。本发明提供了测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，包括在狗基因组中检测一种或多种选自下述的多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。短语“检测多态性的存在或缺乏”通常指测定多态性是否存在于狗基因组中。多态性包括单核苷酸多态性(SNP)，微卫星多态性，插入多态性和缺失多态性。优选地，多态性为SNP。检测SNP的存在或缺乏指将SNP按基因型分型或将狗基因组中存在的核苷酸(一个或多个)针对SNP分型。通常会测定2条同源染色体相同位置上存在的核苷酸。因此狗可被测定为在SNP的第一个等位基因上是纯合的，在SNP的第二个等位基因上是杂合的或纯合的。测定个体的表型，例如个体对疾病或病症的易感性或保护个体免于疾病或病症不限于检测导致疾病或病症的多态性。在遗传作图研究中，检测个体样品中一组标记物基因座的遗传变异以获得与特定表型的联系。如果在特定标记物基因座和表型之间发现这样的联系，这表示在该标记物基因座的变异影响目的表型，或在该标记物基因座的变异与未被基因分型的真正表型相关基因座处于连锁不平衡。在一组彼此处于连锁不平衡的多态性的情况下，知道在特定个体中所有这些多态性的存在通常提供冗余信息。因此，当测定狗基因组中是否包含一种或多种多态性(其指示对肝铜积累或铜相关肝疾病的易感性或免于肝铜积累或铜相关肝疾病的保护)时，必须检测所述多态性组中的仅一种多态性。作为连锁不平衡的结果，不是功能易感性/保护性多态性而是与功能多态性处于连锁不平衡的多态性可作为标记物指示功能多态性的存在。与本发明的多态性处于连锁不平衡的多态性指示对肝铜积累的易感性，或免于肝铜积累的保护。由此，如本文定义的任意一种多态位置可被直接分型，也就是说通过测定在该位置存在的核苷酸，或被间接分型，例如通过测定与所述多态性位置处于连锁不平衡的另一个多态位置存在的核苷酸。连锁不平衡是种群中不同基因座上的等位基因的非随机配子联系。具有共同遗传而不是通过随机排列独立遗传倾向的多态性是处于连锁不平衡的。如果2种多态性共同存在的频率是2种多态性各自存在的频率的乘积，则多态性是随机排列的或彼此独立遗传的。例如，如果在不同多态位点的2种多态性在种群的50%染色体中存在，那么，如果这2 个等位基因共同在种群的25%染色体中存在，就可以说它们是随机排列的。更高的百分比将意味着这2个等位基因是连锁的。如果在种群中2种多态性共同存在的频率高于2种多态性独立存在的频率的乘积，则第一种多态性与第二种多态性处于连锁不平衡。优选地，如果2种多态性共同存在的频率比2种多态性独立存在的频率的乘积高10%，例如高于30%， 高于50%或高于70%，则第一种多态性与第二种多态性处于连锁不平衡。。处于连锁不平衡的多态性经常在物理上很接近，这解释了它们为什么共遗传。与本文提及的多态性处于连锁不平衡的多态性位于相同的染色体上。研究显示连锁不平衡在狗中是广泛白勺(Extensive and breed-specific linkage disequilibrium in Canis familiar is, Sutter 藥Λ，Genome Research 14: 2388-2396)。在狗中处于连锁不平衡的多态性通常位于多态性的5mb以内，优选2mb以内、Imb以内、7001Λ以内、6001Λ以内、 500kb以内、400kb以内、200kb以内、IOOkb以内、50kb以内、IOkb以内、5kb以内、Ikb以内、 500bp以内、IOObp以内、50bp以内或IObp以内。使用常规技术鉴定与本文定义的任意一种多肽位置处于连锁不平衡的多态性应当是技术人员能力范围内的。一旦选择了潜在的多态性，技术人员可容易地测定此多态性是否与本文定义的任意一种多态性显著相关，和所述多态性的哪种版本或等位基因与本文定义的任意一种多态性显著相关。更详细地，为测定多态性是否与本文定义的任意一种多态性处于连锁不平衡，技术人员应当对候选多态性和一种或多种本文定义的多态性在一组狗中进行基因分型。组的大小应当足够大以得到统计上显著的结果。通常应当对来自至少100，优选至少150或至少200只不同狗的样品进行基因分型。组中的狗可为任意品种，但通常具有相同或相似的遗传品种背景。一旦在一组狗中对多态性进行了基因分型，使用多种可容易得到的统计软件包中的任意一种可测量一对或多对多态性之间的连锁不平衡。免费软件包的实例为 Haploview (Haploview analysis and visualisation of LD and haplotype maps, Barrett 等人，2005，Bioinformaticsj 21 (2) : 263-265)，可在 http://www. broadinstitute. or^/hapIoview/hapIoview 下载。连锁不平衡的量度为D’。0. 5至1范围的D’指示一对多态性处于连锁不平衡，1 指示最显著的连锁不平衡。因此如果发现候选多态性和本文定义的特定多态性的D’处于 0. 5至1，优选0. 6至1、0. 7至1、0. 8至1、0. 85至1、0. 9至1、0. 95至1或最优选为1，则可以说候选多态性预测本文定义的多态性，并且会因此指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护。在本发明优选的方法中，与本文定义的多态性处于连锁不平衡的多态性在 680 kb以内并与本文定义的多态性处于相同的染色体上，并且多态性对之间的连锁不平衡的计算量度D’大于或等于0. 95。连锁不平衡的另一种量度是R平方，其中R为相关系数。R平方(又称“测定系数”)是第一种多态性基因型中的变异占第二种多态性基因型的变异的分数。因此对候选多态性和本文定义的特定多态性来说，0. 5的R平方意味着候选多态性占特定多态性变异的 50%。通过标准软件包(例如Haploview)可产生R平方。通常地，认为0. 25或更高(R>0. 5 或<-0. 5)的R平方是高相关性。因此对候选多态性和本文定义的特定多态性来说，如果发现R平方为0. 5或更高，优选0. 75、0. 8、0. 9或0. 95或更高，则可以说候选多态性预测本文定义的多态性，并且会因此指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护。在本发明优选的方法中，与本文定义的多态性处于连锁不平衡的多态性在680 1Λ以内并与本文定义的多态性处于相同的染色体上，并且多态性对之间的连锁不平衡的计算量度R平方大于或等于 0. 95。一旦鉴定了与本文定义的多态性处于连锁不平衡的(因此与其相关的)的多态性， 技术人员可容易地测定多态性的那种版本，即哪个等位基因与对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护相关。这可通过测定一组狗的肝铜积累表型并根据肝铜积累的水平将狗分类而实现。然后将这组狗针对目的多态性进行基因分型。然后将基因型与肝铜水平相关联以测定基因型和肝铜水平的联系，由此测定哪个等位基因与对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护相关。指示对肝铜积累的易感性的本发明的多态性可存在于G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的任意一个中或不存在于这些基因中的任意一个中但与这些基因中的任意一个中的多态性处于连锁不平衡。本发明因此涉及检测(a)在狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中指示对肝铜积累的易感性的多态性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。可检测多态性的任意数目和任意组合来实施本发明。优选检测至少2种多态性。 优选检测2至5、3至8或5至10种多态性。可对狗DNA在以下各个位置进行分型 ⑴2种或更多种多态性(a)；
( ) 2种或更多种多态性(b);或
(iii) 一种或多种多态性(a)和一种或多种多态性(b)。当为2种多态性(a)时，每种多态性可在单独的G0LGA5、ATP7a和UBL5基因之一中或只在这些基因之一中。当为3种或更多多态性(a)时，例如3至10种所述多态性，多态性可在同一个基因中，在2个基因中或在所有3个基因中。类似地，当为2种多态性(b)时，每种多态性可与在单独的G0LGA5、ATP7a和UBL5 基因之一中或只在这些基因之一中的多态性处于连锁不平衡。当为3种或更多多态性(b) 时，例如3至10种所述多态性，多态性可与在同一个基因中，在2个基因中或在所有3个基因中的多态性处于连锁不平衡。优选的方法包括检测(a)在狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中指示对肝铜积累的易感性的至少一种多态性和(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的至少一种多态性的存在或缺乏。在本发明优选的方法中，多态性为SNP。SNP可为狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因或基因区域中指示对肝铜积累的易感性的任意SNP和/或与其处于连锁不平衡的SNP。当方法用于测定狗基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性时，优选地，SNP选自表III、表IV和表V中鉴定的SNP。在表III和表IV中各SNP位于序列的第61位。提供了各SNP在该位置的第一和第二等位基因([第一 /第二])。在表V中，也指示了各SNP的第一和第二等位基因。可使用任意数目和以任意组合的来自表 III、IV和V的SNP。SNP可与多态性的不同类型组合。优选地，测定狗基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性的方法包括检测选自表III和表V中SNP的一种或多种SNP和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种SNP的存在或缺乏。因此优选地，一种或多种SNP选自BICF2P506595 (SEQ ID N0:1)、BICF2P772765 (SEQ ID NO:2)、BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3)、BICF2P1324008 (SEQ ID N0:4)、BICF2P591872 (SEQ ID NO:5)、ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131)、UBL5_ ReglF_16 (SEQ ID NO: 132)、golga5_Regl_24 (SEQ ID NO: 13 、golga5_26 (SEQ ID NO: 134)、golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137)、golga5_30 (SEQ ID NO: 138)、golga5_31 (SEQ ID NO: 139)、atp7aregl7_32 (SEQ ID NO: 140)、atp7aregl7_33 (SEQ ID NO: 141)和与其处于连锁不平衡的一种或多种SNP。由此，可对这16种SNP中的任一种或与这16种SNP中的任一种处于连锁不平衡的任意SNP进行分型。优选地，对这16种SNP或与其处于连锁不平衡的SNP中的至少2种进行分型。更优选地，测定狗基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性的方法包括检测选自表III中SNP的一种或多种SNP的存在或缺乏。由此，可对这5种 SNP中的任一种或与这5种SNP中的任一种处于连锁不平衡的任意SNP进行分型。优选地， 对这5种SNP或与其处于连锁不平衡的SNP中的至少2种进行分型。更优选地，对所有5 个位置进行分型。因此优选地，被分型的核苷酸(一个或多个)选自与下述等同的位置
-SEQ ID NO: 1 的第 61 位(BICF2P506595, SNP1)； -SEQ ID NO: 2 的第 61 位(BICF2P772765, SNP 2)； -SEQ ID NO: 3 的第 6I 位(BICF2S2333I87, SNP 3)； -SEQ ID NO: 4 的第 61 位(BICF2P1324008, SNP 4)；
-SEQ ID NO: 5的第61位(BICF2P591872, SNP 5)；或与这些位置中的任一个处于连锁不平衡的任意位置。优选地，所述方法包括检测SNP BICF2P506595 (SEQ ID N0:1)、 BICF2P772765 (SEQ ID NO:2)、BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3)、BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4)和 BICF2P591872 (SEQ ID NO:5)的存在或缺乏。SNPl位于G0LGA5基因的内含子中。SNP2、3和4位于UBL5基因区域中。SNP5位于ATP7a基因区域中。本发明的检测方法因此涉及在一个或多个这些基因的区域中(在编码区或其它区域中)存在的任意SNP，或与其处于连锁不平衡的任意其它SNP。实施例1证明了这些SNP在建立对铜积累的易感性的Boolean模型中的用途。表 I表示在3个基因组位置上的等位基因的双值条件。二进制值指示具有指示对铜积累的易感性的等位基因(“坏”等位基因)的狗。例如000表示不具有3种坏等位基因中的任一种。 111表示具有所有3种坏等位基因。X是在该基因中未使用的等位基因。行Ixx和Oxx显示了仅使用G0LGA5基因中的SNP的单基因检测会得到的效力。发明者已测定出SNP BICF2P506595 (SNP 1)的A等位基因指示对肝铜积累的易感性。A等位基因纯合的狗对肝铜积累敏感。因此，本发明优选的方法包括测定SNP BICF2P506595的A等位基因的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的多态性。更优选的方法包括检测SNP BICF2P506595的AA基因型的存在或缺乏。发明者已测定出SNP BICF2P772765 (SNP 2)的G等位基因指示对肝铜积累的易感性。G等位基因纯合的狗对肝铜积累敏感。因此，本发明优选的方法包括测定SNP BICF2P772765的G等位基因的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的多态性。更优选的方法包括检测SNP BICF2P772765的GG基因型的存在或缺乏。发明者已测定出SNP BICF2S2333187 (SNP 3)的C等位基因指示对肝铜积累的易感性。C等位基因纯合的狗对肝铜积累敏感。因此，本发明优选的方法包括测定SNP BICF2S2333187的C等位基因的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的多态性。更优选的方法包括检测SNP BICF2S2333187的CC基因型的存在或缺乏。发明者已测定出SNP BICF2P1324008 (SNP 4)的G等位基因指示对肝铜积累的易感性。G等位基因纯合的狗对肝铜积累敏感。因此，本发明优选的方法包括测定SNP BICF2P1324008的G等位基因的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的多态性。更优选的方法包括检测SNP BICF2P13M008的GG基因型的存在或缺乏。发明者已测定出SNP BICF2P591872 (SNP 5)的A等位基因指示对肝铜积累的易感性。A等位基因纯合的狗对肝铜积累敏感。因此，本发明优选的方法包括测定SNP SNP BICF2P591872的A等位基因的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的多态性。更优选的方法包括检测SNP SNP BICF2P591872的AA或AG基因型的存在或缺乏。因此，本发明更优选的方法包括检测下述基因型的存在或缺乏
(i)SNP BICF2P506595 (SNP 1)的 AA 基因型；
(ii)SNP BICF2P772765 (SNP 2)的 GG 基因型；
(iii)SNP BICF2S2333187 (SNP 3)的 CC 基因型；
(iv)SNP BICF2P1324008 (SNP 4)的 GG 基因型；和 / 或
(v)SNP BICF2P591872 (SNP 5)的 AA 或 AG 基因型；
和由此测定狗基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性。更优选的方法包括检测基因型⑴；基因型(ii)、(iii)和(iv)；或基因型(ν)的存在或缺乏。 甚至更优选的方法包括检测所有5种基因型(i)至(ν)的存在或缺乏。指示免于肝铜积累的保护的本发明的多态性为表VI鉴定的SNP (ATP7a_Reg3_ F_6 (SEQ ID NO: 142))和与此SNP处于连锁不平衡的一种或多种多态性。因此，当本发明的方法用于测定狗基因组中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性时，所述方法包括检测选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)或(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。可检测多态性的任意数目和任意组合以实施本发明。优选检测至少2种多态性。优选检测2至5、3至8或5至10 种多态性。可对狗DNA在以下各个位置进行分型 ⑴多态性(a)；
(ii)一种或多种多态性(b)；或
(iii)多态性(a)和一种或多种多态性(b)。优选的方法包括检测(a)SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和与所述多态性 (a)处于连锁不平衡的至少一种多态性(b)的存在或缺乏。在本发明优选的方法中，与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性为SNP。优选地，SNP为狗ATP7a基因或基因区域中的指示免于肝铜积累的保护的任意SNP。更优选地，所述方法包括测定表VI中鉴定的SNP(ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142))的存在或缺乏。发明者已测定出用于表VI中鉴定的ATP7a SNP的T等位基因指示免于肝铜积累的保护。此SNP位于X染色体上。对于T等位基因而言纯合(在雌性狗的情况下)或半合(在雄性狗的情况下)的狗受到免于铜积累的保护。具有C等位基因的狗似乎不受到免于铜积累的保护。因此，本发明优选的方法包括测定用于表VI中鉴定的SNP(ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142))的T等位基因的存在或缺乏。由此，本发明优选的方法包括检测在ATP7a_ Reg3_F_6 (SNP 14 处的TT或TC基因型的存在或缺乏，由此测定狗基因组是否包含指示免于肝铜积累的保护的多态性。鉴于表VI中鉴定的ATP7a SNP位于X染色体上和保护作用是隐性的事实，雄性狗更可能具有保护的表型。本发明的方法因此可包括测定狗的性别。考虑到雄性狗与雌性狗相比通常对铜积累较不敏感，ATP7a SNP ((ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142))对所有品种的狗(包括未知品种或混种(杂种)的狗)特别有用。实施例3也提供了证据支持本发明的方法可应用于所有品种和在所有地理位置的狗。本发明的方法因此可包括测定混种或杂交狗，或杂种或远交狗的基因组在ATP7a基因中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性。本发明的方法可包括测定指示对肝铜积累的易感性和免于肝铜积累的保护的SNP 组合的存在或缺乏。可对狗DNA在指示对肝铜积累的易感性的一种或多种SNP处分型和在指示免于肝铜积累的保护的一种或多种SNP处分型。一种或多种“易感性”SNP的存在与一种或多种“保护性”SNP的缺乏的组合指示狗对肝铜积累敏感。一种或多种“保护性”SNP的存在与一种或多种“易感性” SNP的缺乏的组合指示狗受到免于肝铜积累的保护。可对狗DNA在以下位置分型
(i) 一种或多种选自下述的SNP (a)表III、IV和V中鉴定的SNP和(b)与所述SNP (a)处于连锁不平衡的一种或多种SNP ；和
⑴一种或多种选自下述的SNP (a)表VI中鉴定的SNP (ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142))和(b)与所述SNP (a)处于连锁不平衡的一种或多种SNP。对狗基因组中在表III、IV、V或VI中的任一个表中鉴定的位置(一个或多个)处存在的核苷酸分型可能意味着对在与表III、IV、V或VI中鉴定的序列精确对应的序列中在此位置存在的核苷酸分型。然而，应当理解在表III中鉴定的SEQ ID NO: 1至5，表IV 中鉴定的SEQ ID N0:6至130，表V中鉴定的SEQ ID N0: 131至141和表VI中鉴定的SEQ ID N0: 142中存在的精确序列不一定在待检测的狗中存在。因此可在表III、IV、V或VI 中鉴定的位置或等同或对应的位置对在序列中存在的核苷酸分型。因此如本文使用的术语等同的意思是在表III、IV、V或VI中鉴定的位置或其对应位置。SNP的序列可发生变化， 因此其位置可发生变化，例如由于狗基因组中核苷酸的缺失或插入。本领域技术人员能够确定与各SEQ ID NOs: 1至142中的相关位置对应或等同的位置，例如使用计算机程序如 GAP、BESTFIT、COMPARE、ALIGN、PILEUP 或 BLAST。UWGCG 软件包提供了可用于计算同源性或排列序列的程序，包括GAP、BESTFIT、COMPARE、ALIGN和PILEUP (例如使用它们的默认设置)。BLAST算法也可用于比较或排列2个序列，通常使用其默认设置。用于进行2个序列的BLAST比较的软件从国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information) (http: //www, ncbi. nlm. nih. gov/)可公开地获得。此算法在下面进一步描述。用于序列比对和比较的类似可公开获得的工具可在欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics hstitute)网站(http //www, ebi. ac. uk)找至lj，例如 ALIGN 禾口 CLUSTALW程序。有许多不同的方法可用于测定多态性是否指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护。通常将候选多态性与多态性及其与对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的联系的数据库相比较。这样的数据库通过对一组狗针对肝铜积累进行表型分型，例如通过肝活组织检查，并根据铜积累的水平将狗分类而生成。所述组中的狗也针对一组多态性被基因分型。然后有可能测定各基因型和肝铜水平的联系。因此通过在数据库中定位多态性可测定多态性是否指示对肝铜的易感性或免于肝铜的保护。如果目的多态性不在上述数据库中，仍然有可能测定多态性是否指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护。这可通过对一组狗针对肝铜积累进行表型分型和根据肝铜积累的水平将狗分类而实现。然后将所述组的狗针对目的多态性进行基因分型。然后将基因型和肝铜水平相联系以测定基因型和肝铜水平的关联。一旦在狗基因组中检测了到一种或多种本发明的多态性的存在或缺乏，就由此测定了狗是否对肝铜积累敏感或受到免于肝铜积累的保护。各单独的多态性或与其它多态性组合的多态性的基因型指示狗对肝铜积累敏感或受到免于肝铜积累的保护。作为实例，表 I列举了 G0LGA5、UBL5和ATP7a基因区域中5种SNP组合的不同可能的基因型和具有这些基因型且具有高铜(肝水平高于600 mg/kg)的狗的百分比。在此实例中，为了测定狗对肝铜积累的易感性，可使用狗的DNA样品在狗基因组中对5种SNP进行基因分型。一旦测定了 SNP的基因型，可基于实施例1中提供的译码(即基于基因型和高铜关联的程度)将其转化成二进制值。然后，使用表I基于具有该基因型模式和高铜的狗的百分比将二进制值转化为风险因子。类似地，为测定狗是否受到免于肝铜积累的保护，可使用狗的DNA样品在狗基因组中对表VI中鉴定的SNP进行基因分型。此功能突变位于ATP7a (在X染色体上)中，在纯合(TT)时显示为保护性的。这可解释慢性肝炎的雌性偏向，因为雄性仅具有一个拷贝的 X染色体，因此在ATP7a基因座上为半合子。因为雄性X染色体的半合状态，伴X染色体的隐性基因效应更可能在雄性而不是雌性中见到。此处的保护性作用是隐性的，因此我们在雌性群体中观察到更多的案例(见实施例2，表VII和图5)。一旦测定了 SNP的基因型，就有可能测定狗是否受到免于肝铜积累的保护。可选等位基因(T)的存在指示免于肝铜积累的保护。可选等位基因为纯合(TT)的狗最可能受到免于肝铜积累的保护。本发明优选的方法因此包括测定在狗基因中ATP7a SNP的T等位基因的存在或缺乏。所述方法可包括测定狗对ATP7a SNP的T等位基因是纯合的(在雌性狗的情况下)或半合的(在雄性狗的情况下)。通过本发明的方法可检测在任意年龄的狗，例如从O至12、0至6、0至5、0至4、0 至3、0至2或O至1岁。优选地，在尽可能小的年龄检测狗，例如在其生命的头一年，头6 个月或3个月以内。优选地在铜积累发生前检测狗。可能知道或可能不知道狗的历史。例如，狗可能为已知父母的小狗，可能知道其父母关于铜积累的历史。或者，狗可能为走失的或被救援的狗，具有未知出身和历史。通过本发明的任意方法检测的狗可为任意品种。本发明提供了测定混种或杂交狗，或杂种或远交狗的基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性的方法。当方法用于测定狗基因组是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性时，狗可为疑为对肝铜积累敏感的狗。这可能是例如因为狗具有已知对肝铜积累敏感的品种的遗传品种特征。因此，优选地，待检测的狗为具有已知对肝铜积累敏感的品种的遗传品种特征的狗。更优选地，待检测的狗具有选自拉布拉多寻回犬、杜宾犬、德国牧羊犬、荷兰狮毛犬、可卡犬、西部高地白梗、贝灵顿梗和斯凯梗的品种的遗传特征。狗可为混种或杂交狗，或杂种或远交狗。狗基因组可具有至少25%、至少50%或至少100%遗传自任意纯种或更优选地遗传自选自拉布拉多寻回犬、杜宾犬、德国牧羊犬、荷兰狮毛犬、可卡犬、西部高地白梗、贝灵顿梗和斯凯梗的任意品种。狗可为纯种的。在本发明的一个实施方案中，待检测狗的一个或双方父母为纯种狗。在另一个实施方案中，一个或多个祖父母为纯种狗。待检测狗的1、2、3或所有4个祖父母可为纯种狗。优选地，在测定狗基因组是否包含指示肝铜积累的易感性的一种或多种多态性的方法中，狗具有拉布拉多寻回犬的遗传品种特征。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。或者，狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一个或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的 1、2、3或4个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少 75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。当方法用于测定狗基因组是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性时，狗可为疑为受到免于肝铜积累的保护的狗。在本发明的优选方法中，狗具有拉布拉多寻回犬、金毛寻回犬(Golden Retriever)或迷你贵宾犬(Miniature Poodle)的遗传品种特征。狗可为混种或杂交狗，或杂种或远交狗。狗基因组可具有至少25%、至少50%或至少 100%遗传自任意纯种或更优选地遗传自选自拉布拉多寻回犬、金毛寻回犬或迷你贵宾犬的任意品种。狗可为纯种的。在本发明的一个实施方案中，待检测狗的一个或双方父母为纯种狗。在另一个实施方案中，一个或多个祖父母为纯种狗。待检测狗的1、2、3或所有4个祖父母可为纯种狗。优选地，在测定狗基因组是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性的方法中，狗具有拉布拉多寻回犬的遗传品种特征。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。或者，狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一个或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的1、2、3或4个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。通过评估遗传标记物(例如SNP或微卫星)的等位基因频率可测定狗的遗传品种背景。在狗中不同SNP或微卫星的等位基因频率的组合提供了允许测定狗品种或产生混种狗的品种的识别标志。这样的遗传检测可为市售的检测。或者，不需要检测狗的特定品种遗传特征，因为例如狗主人或兽医怀疑其具有特定品种特征。这可能是由于例如知道狗的祖先或由于其外观。
本发明的预测检测可与一种或多种其它预测或诊断检测(例如测定狗的遗传品种背景/特征或对一种或多种其它疾病的易感性)共同实施。多态性的检测
根据本发明的多态性的检测可包括将来自狗的样品中的多核苷酸或蛋白质与针对多态性的特异性结合试剂接触并测定所述试剂是否结合所述多核苷酸或蛋白质，其中试剂的结合指示多态性的存在，而不出现试剂的结合指示多态性的缺乏。所述方法通常在来自狗的样品中体外实施，其中样品包含来自狗的DNA。样品通常包含狗的体液和/或细胞，例如使用拭子(例如口腔拭子)可获得。样品可为血液、尿、唾液、 皮肤、脸颊细胞或发根样品。通常在实施方法前处理样品，例如可进行DNA提取。样品中的多核苷酸或蛋白质可被物理或化学切割，例如使用合适的酶。在一个实施方案中，在检测多态性以前样品中的多核苷酸部分被拷贝或扩增，例如通过克隆或使用基于PCR的方法。在本发明中，任意一种或多种方法可包括测定一种或多种多态性在狗中的存在或缺乏。通常通过直接测定狗的多核苷酸或蛋白质中多态序列的存在检测多态性。这样的多核苷酸通常为基因组DNA、mRNA或cDNA。可通过任意合适的方法(例如下面提及的那些)检测多态性。特异性结合试剂是优先或以高亲和力与具有多态性的蛋白质或多肽结合但不与或仅以低亲和力与其它多肽或蛋白质结合的试剂。特异性结合试剂可为探针或引物。探针可为蛋白质(例如抗体)或寡核苷酸。探针可被间接标记或能够被间接标记。探针与多核苷酸或蛋白质的结合可用于固定探针或多核苷酸或蛋白质。通常在方法中，可通过测定试剂与狗的多态多核苷酸或蛋白质的结合检测多态性。然而在一个实施方案中，试剂也能够结合对应的野生型序列，例如结合在变异位置两侧的核苷酸或氨基酸，然而可以检测到与野生型序列的结合和与含有多态性的多核苷酸或蛋白质的结合的方式不同。方法可基于寡核苷酸连接测定，其中使用2种寡核苷酸探针。这些探针结合至含有多态性的多核苷酸的相邻区域，在结合后允许2种探针通过合适的连接酶连接在一起。 然而在一种探针中的单个错配的存在将破坏结合和连接。因此仅在含有多态性的多核苷酸中出现连接的探针，因此连接产物的检测可用于测定多态性的存在。在一个实施方案中，探针用于基于异源双链体分析的系统。在所述系统中当探针与含有多态性的多核苷酸序列结合时，其在存在多态性的位点形成异源双链体，因此不形成双链结构。这样的异源双链体结构可通过使用单链或双链特异酶检测。探针通常为RNA 探针，使用RNA酶H切割异源双链体，通过检测切割产物检测多态性。所述方法可基于荧光化学切割错配分析，其在例如PCR Methods and Applications 3， 268—71 (1994) and Proc. Natl. Acad. Sci. 85， 4397—4401 (1998) 中描述。在一个实施方案中使用PCR引物，只有当其与含有多态性的多核苷酸结合时引发 PCR反应，例如序列特异性PCR系统，通过检测PCR产物可测定多态性的存在。优选地与多态性互补的引物区域在引物的3’端或靠近引物的3’端。使用基于荧光染料和猝灭剂的 PCR测定例如Taqman PCR检测系统可测定多态性的存在。特异性结合试剂可能能够特异性结合由多态序列编码的氨基酸序列。例如，试剂可为抗体或抗体片段。检测方法可基于ELISA系统。方法可为基于RFLP的系统。如果多核苷酸中的多态性的存在产生或破坏了被限制性内切酶识别的限制性内切位点，则可使用此系统。可基于多态性的存在导致多核苷酸或蛋白质在凝胶电泳中迁移率的改变测定多态性的存在。在多核苷酸的情况下，可使用单链构象多态性(SSCP)或变性梯度凝胶电泳 (DDGE)分析。在另一个检测多态性的方法中，对含有多态区域的多核苷酸在含有多态性的区域测序以测定多态性的存在。可通过荧光共振能量转移(FRET )检测多态性的存在。具体来说，可通过双杂交探针系统检测多态性。此方法包括使用2种彼此位置接近且与靶目的多核苷酸的内部区段互补的寡核苷酸探针，其中2种探针分别用荧光团标记。任意合适的荧光标记物或染料可用作荧光团，使一种探针(供体)上的荧光团的发射波长与第二种探针(接受体)上的荧光团的激发波长部分重叠。通常的供体荧光团为荧光素(FAM)，通常的接受体荧光团包括德克萨斯红、罗丹明、LC-640、LC-705和青色素5 (Cy5)。为了使荧光共振能量转移能够发生，2种探针与靶杂交后2种荧光团需要相距很近。当供体荧光团被合适波长的光激发时，发射谱能量被转移至接受体探针上的荧光团，得到其荧光。因此，在合适波长下激发供体荧光团时检测此波长的光指示杂交和2种探针上荧光团的紧密联系。可在一端用荧光团标记每种探针，使位于上游(5’)的探针在其3’端被标记，位于下游(3’)的探针在其5’端被标记。当与靶序列结合时2种探针之间的间隔可为1至20个核苷酸，优选1至17个核苷酸，更优选1至10个核苷酸，例如1、2、4、6、8或 10个核苷酸的间隔。可将2种探针中的第一种设计为与多态性相邻基因的保守序列结合，将第二种探针设计为与包括一种或多种多态性的区域结合。在第二种探针靶向的基因序列中的多态性可通过测量由产生的碱基错配导致的解链温度的改变而检测。解链温度改变的程度将取决于核苷酸多态性涉及的数目和碱基类型。使用引物延伸技术也可进行多态性分型。在此技术中，多态性位点周围的靶区域被拷贝或扩增，例如通过使用PCR。之后进行单碱基测序反应，其使用在远离多态性位点一个碱基的位置退火的引物(等位基因特异性核苷酸并入)。然后检测引物延伸产物以测定在多态位点存在的核苷酸。有几种方法可检测延伸产物。例如在一种检测方法中，使用荧光标记的双脱氧核苷酸终止子在多态位点处终止延伸反应。或者，使用质量修饰的双脱氧核苷酸终止子，并使用质谱检测引物延伸产物。通过特异性标记一种或多种终止子，可推断出延伸的引物的序列和因此推断出在多态位点存在的核苷酸。每次反应可分析多于一种反应产物，因此如果特异性标记多于一种的终止子，可测定在2条同源染色体上存在的核苷酸。本发明还提供了可用于检测本文定义的任意SNP的引物或探针以用于预测对铜积累的易感性。本发明的多核苷酸还可作为引物用于引物延伸反应以检测本文定义的SNP。这些引物、探针和其它多核苷酸片段的长度优选地可为至少10个，优选地至少15 或至少20个，例如至少25个，至少30个或至少40个核苷酸。它们的长度通常多达40、50、 60、70、100或150个核苷酸。探针和片段的长度可超过150个核苷酸，例如多达200、300、 400、500、600、700个核苷酸的长度，或甚至比本发明的全长多核苷酸序列短至几个核苷酸， 例如5或10个氨基酸。
可使用本领域已知的任意合适的设计软件使用表III和IV中的SNP序列设计对本发明的SNP进行基因分型的引物和探针。这些多核苷酸序列的同源物也适于设计引物和探针。这些同源物通常具有至少70%的同源性，优选至少80、90%、95%、97%或99%的同源性，例如覆盖至少15、20、30、100或更多连续核苷酸的区域。可基于核苷酸同一性(有时被称为“硬同源性(hard homology)")计算同源性。例如UWGCG软件包提供了可用于计算同源性的BESTFIT程序(例如在其默认设置上使用XDevereux 藥Λ (1984) Nucleic Acids ResearchYl, p387_395)。可使用 PILEUP 和BLAST算法可用于计算同源性或排列序列(例如鉴定等同或对应序列(通常使用其默认设置)，例如在 Altschul S. F. (1993) J Mol Evol 36:290-300; Altschul, S, F ^A (1990) J Mol Biol 215:403-10 中所描述的。进行BLAST分析的软件在国家生物技术信息中心(http://www. ncbi.nlm.nih. gov/)可公开地获得。此算法涉及通过鉴定当与数据库序列中相同长度的字串比对时匹配或满足一定正值阈值得分T的查询序列中的长度为W的短字串而首先鉴定高得分序列对 (HSP)。T被称为邻近字串得分阈值(Altschul #U，见上文)。这些最初的相邻字串击中作为种子用于起始检索以寻找含有它们的HSP。字串击中在每条序列的2个方向上延伸，只要可增加累积的比对得分。当累积比对得分从其最大获得值下降X的量；由于一个或多个负得分残基比对的累积，累积得分到达O或更低；或达到任一序列的末端时，在各自方向上的字串击中延伸终止。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的敏感度和速度。BLAST程序使用 11 的字串长度(W)、BL0SUM62 得分矩阵(见 Henikoff 和 Henikoff (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915_10919)、50 的比对(B)、10 的期望(Ε)、M=5、N=4 和 2 条链的比较作为默认设置。BLAST算法对2条序列之间的相似性进行统计学分析；见例如Kar 1 in and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 5873-5787。BLAST 算法提供的一种相似性的测量为最小和概率(P(N))，其提供了 2条多核苷酸序列间会偶然发生匹配的概率的指示。例如，如果第一条序列与第二条序列的比较的最小和概率低于约1，优选地低于约 0. 1，更优选地低于约0. 01，和最优选地低于约0. 001，则认为一条序列与另一条序列相似。同源序列通常具有至少1、2、5、10、20或更多个突变的差异，其可为核苷酸的取代、缺失或插入。本发明的多核苷酸例如引物或探针可以分离的或基本上纯化的形式存在。它们可与不干扰其预期用途的载体或稀释剂混合并仍被视为是基本上分离的。它们也可为基本上纯化的形式，在这种情况下它们将通常包含至少90%，例如至少95%、98%或99%的制品的多核苷酸。检测抗体
检测抗体为一种抗体，其特异针对一种多态性但不与如本文描述的任意其它多态性结合。检测抗体在例如涉及免疫沉淀技术的纯化、分离或筛选方法中有用。抗体可针对本发明多肽的特定表位产生。当抗体或其它化合物与其特异性针对的蛋白质优先或高亲和力结合但与其它多肽基本上不结合或仅以低亲和力结合时，抗体或其它化合物“特异性结合”多肽。多种测定抗体的特异性结合能力的竞争性结合或免疫放射测定法的实验方案是本领域所熟知的(见例如Maddox ，J. Exp. Med.1211-1226，1993)。这些免疫测定通常涉及特定蛋白质和其抗体间的复合物的形成以及复合物形成的测量。用于本发明的目的，除非另外规定，术语“抗体”包括结合本发明多肽的片段。这些片段包括Fv，F(ab’)和？(油’)2片段，以及单链抗体。此外，抗体和其片段可为嵌合抗体、CDR-移植的抗体或人源化抗体。抗体可用于在生物样品中(例如任意本文提及的这些样品)检测本发明多肽的方法，所述方法包括
I提供本发明的抗体；
II将生物样品与所述抗体在允许形成抗体-抗原复合物的条件下孵育；和 III测定包含所述抗体的抗体-抗原复合物是否形成。本发明的抗体可通过任意合适方法产生。制备和表征抗体的方法是本领域所熟知的，见例如Harlow and Lane (1988) "Antibodies: A Laboratory Manual”， Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY。例如，可通过在宿主动物中产生针对完整多肽或其片段(例如其抗原表位，下文中的“免疫原”)的抗体而产生抗体。片段可为本文提及的任意片段(通常至少10或至少15个氨基酸长)。产生多克隆抗体的方法包括用免疫原免疫合适的宿主动物，例如实验动物，并从动物的血清中分离免疫球蛋白。因此，可用免疫原接种动物，之后从动物中取出血液并纯化 IgG部分。产生单克隆抗体的方法包括永生化产生期望抗体的细胞。通过融合接种的实验动物的脾细胞和肿瘤细胞可产生杂交瘤细胞(Kohler and Milstein (1975) Nature!^, 495-497)。可通过传统程序选择产生期望抗体的永生细胞。杂交瘤细胞可经培养生长或经腹腔注射以形成腹水或注射至同种异体宿主或免疫系统受损的宿主的血流中。人抗体可通过人淋巴细胞的体外免疫和之后使用埃-巴二氏病毒转化淋巴细胞制备。为产生单克隆和多克隆抗体二者，实验动物合适地为山羊、兔、大鼠、小鼠、豚鼠、 鸡、绵羊或马。如果需要，免疫原可以偶联物的形式施用，其中免疫原(例如通过氨基酸残基之一的侧链)与合适的载体偶联。载体分子通常为生理上可接受的载体。得到的抗体可为分离的和纯化的(如果需要)。检测试剂盒
本发明也提供试剂盒，其包含对本文定义的一种或多种多态性分型的装置。具体来说， 这些装置可包括特定的结合剂、探针、引物、引物对或引物组合、或如本文定义的抗体(包括抗体片段)，其能够检测或辅助检测本文定义的多态性。引物或引物对或引物组合可为序列特异性引物，其只引起包含如本文讨论的待检测的多态性的多核苷酸序列的PCR扩增。可选地，引物或引物对可能不特异针对多态核苷酸，而可能特异针对上游(5’ )区和/或下游 (3’)区。这些引物允许包含多态核苷酸的区域被拷贝。适用于引物延伸技术的试剂盒可特别地包括标记的双脱氧核苷酸三磷酸(ddNTP)。它们可为例如荧光标记的或质量修饰的从而能够检测延伸产物和因此测定在多态位置存在的核苷酸。试剂盒还可包含特异性结合试剂、探针、引物、引物对或引物组合或能够检测多态性缺乏的抗体。所述试剂盒还可包含缓冲液或水溶液。试剂盒可另外地包含一种或多种其它能够实施上述方法的任意实施方案的试剂或设备。这些试剂或设备可包括一种或多种以下试剂或设备检测试剂与多态性结合的装置，可检测的标记物例如荧光标记物，能够作用于多核苷酸的酶，通常为聚合酶，限制性酶， 连接酶，RNA酶H或可将标记物连接至多核苷酸的酶，用于酶试剂的合适缓冲液(一种或多种)或水溶液，与本文讨论的多态性两侧的区域结合的PCR引物，阳性和/或阴性对照，凝胶电泳设备，从样品中分离DNA的方式，从个体中取得样品的方式，例如拭子或包含针的设备，或包含孔的支持物，在上面可进行检测反应。试剂盒可为或包含阵列例如多核苷酸阵列，其包含本发明的特异性结合试剂，优选探针。试剂盒通常包含一套使用试剂盒的说明书。生物信息学
多态性序列可以电子格式储存，例如在计算机的数据库中。由此，本发明提供了数据库，其包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性和它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息。本发明还提供了数据库，其包含与SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性和它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息。数据库可包括有关多态性的其它信息，例如多态性与对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的联系的程度。本文描述的数据库可用于测定狗基因组是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的多态性。这样的测定可通过电子方式实施，例如通过使用计算机系统(例如PC)。通常地，测定狗基因组是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性将通过下述进行将来自狗的遗传数据输入计算机系统；比较遗传数据和数据库，所述数据库包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性和它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息；基于此比较测定狗基因组是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性。然后此信息可用于指导狗的肝铜水平的管理。通常地，测定狗基因组是否包含一种或多种指示免于肝铜积累的保护的多态性将通过下述进行将来自狗的遗传数据输入计算机系统；比较遗传数据和数据库，所述数据库包含与SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性和它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息；基于此比较测定狗基因组是否包含一种或多种指示免于肝铜积累的保护的多态性。本发明还提供了计算机程序，当所述程序在计算机上运行时，其包含进行所有本发明方法的所有步骤的程序编码方式。还提供了包含在计算机可读介质上储存的程序编码方式的计算机程序产品，当所述程序在计算机上运行时用于进行本发明的方法。另外提供了包含在载波上的程序编码方式的计算机程序产品，当在计算机上运行时其命令计算机系统进行本发明的方法。如图4中所示，本发明还提供了被设置以进行根据本发明的方法的设备。设备通常包含计算机系统，例如PC。在一个实施方案中，计算机系统包含装置20，用于接收来自狗的遗传数据；模块30，用于比较数据和包含多态性相关信息的数据库10 ；和装置40，用于基于所述比较测定狗基因组是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的多态性。育种工具
定义育种值为个体作为亲本的值，其通常在农业生产中用于改善牲畜(life-stock)的期望性状。为了改善狗的总体铜操纵能力和降低铜相关疾病例如慢性肝炎的发生率，选择受到免于肝铜积累的保护的狗用于育种是有利的。此问题通过使用可用于测定狗是否受到免于肝铜积累的保护的多态性为育种提供资料而解决。例如，亲本在ATP7a基因座的基因型可影响2只狗的后代的铜操纵能力。在此基因座的特定变体的转移对后代将是有益的。通过测定在此基因座的基因型，有可能评估预期亲本的育种值并因此作出特定育种对是否合适的决定。由此，本发明提供了选择用于产生受到免于肝铜积累的保护的后代的狗的方法， 其包括通过本发明的方法在候选第一只狗中测定狗的基因组中是否包含一种或多种指示免于肝铜积累的保护的多态性；由此测定候选第一只狗是否适于产生免于肝铜积累的保护的后代。所述方法可还包括通过本发明的方法在第二只与第一只狗性别相反的狗中测定狗的基因组中是否包含一种或多种指示免于肝铜积累的保护的多态性。如果结果是第一只和 /或第二只狗具有指示免于肝铜积累的保护的基因型，之后可将第一只狗和第二只狗交配以产生受到免于肝铜积累的保护的后代。例如，方法可包括测定选自SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性的一种或多种多态性在候选第一只狗的基因组中的存在或缺乏。更优选地，所述方法可包括测定ATP7a_Reg3_F_6 SNP (SEQ ID NO: 142)的存在或缺乏。本发明的方法可包括测定ATP7a_Reg3_F_6 SNP (SEQ ID NO: 142)的T等位基因的存在或缺乏。仍更优选地，所述方法可包括测定狗对ATP7a SNP的T等位基因是纯合的(在雌性狗的情况下)或半合的(在雄性狗的情况下)。所述SNP的存在指示第一只狗受到免于肝铜积累的保护，因此是与第二只狗交配的良好候选者。优选地，第一只和第二只狗对所述 SNP的T等位基因为纯合或半合的。在第一只和/或第二只狗中的纯合性是最优选的，因为这增加了后代是纯合的和因此受到免于肝铜积累的保护的可能性。候选第一只狗和/或第二只狗可为任意品种。优选地，候选第一只狗和/或第二只狗具有选自拉布拉多寻回犬、金毛寻回犬或迷你贵宾犬的品种的遗传品种特征。更优选地，候选第一只狗和/或第二只狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。可选地，狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一方或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的1、2、3或4个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少 75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。本发明还提供了通过使用本发明的指示对铜积累的易感性的多态性而选择用于产生受到免于肝铜积累的保护的后代的狗的方法。在狗基因组中缺乏这些多态性指示所述狗是用于交配的良好候选者。所述方法包括通过本发明的方法在候选第一只狗中测定狗的基因组中是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性；由此测定候选第一只狗是否适于产生免于肝铜积累的保护的后代。所述方法可还包括通过本发明的方法在第二只与第一只狗性别相反的狗中测定狗的基因组中是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性。如果结果是第一只和/或第二只狗的基因组中没有指示对肝铜积累的易感性的基因型，之后可将第一只狗和第二只狗交配以产生对肝铜积累不敏感的后代。方法可包括测定选自表III、IV和V中鉴定的SNP的一种或多种多态性和与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性在候选第一只狗的基因组中的存在或缺乏。一种或多种这些多态性的存在指示第一只狗对肝铜积累敏感，因此不是与第二只狗交配以产生受到免于肝铜积累的保护的后代的好候选者。候选第一只狗和/或第二只狗可为任意品种。优选地，候选第一只狗和/或第二只狗具有选自拉布拉多寻回犬、杜宾犬、德国牧羊犬、荷兰狮毛犬、可卡犬、西部高地白梗、 贝灵顿梗和斯凯梗的品种的遗传品种特征。更优选地，候选第一只狗和/或第二只狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。可选地，狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一方或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的1、2、3或4 个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。通过评估遗传标记物(例如SNP或微卫星)的等位基因频率可测定狗的遗传品种背景。在狗中不同SNP或微卫星的等位基因频率的组合提供了允许测定狗品种或产生混种狗的品种的识别标志。这样的遗传检测可为市售的检测。或者，不需要检测狗的特定品种遗传特征，因为例如狗主人或兽医怀疑其具有特定品种遗传特征。这可能是由于例如知道狗的祖先或由于其外观。通过“封闭的(closed)血统证书”控制由所有品种的俱乐部登记验证的大多数品种纯种狗。血统证书通常是由例如品种协会或养犬俱乐部保存的被认可的特定品种狗的官方登记。如果只有其父母均为登记的情况下狗才可加入的话，通常称为“封闭的”血统证书。大多数品种具有封闭的血统证书，这导致近交，因为不能从现有种群以外引入遗传多样性。在多个由养犬俱乐部认可的品种中这已导致遗传疾病或病的高发率和其它问题例如降低的产仔数，降低的寿命和不能自然怀孕。为了避免与近交相关的问题，在特定品种中选择彼此关系较远的狗比起关系较近的狗进行育种是有利的。因此在本发明的一个方面，测定候选第一只狗和候选第二只狗的遗传品种特征以测定2只狗的相关度。在本发明的此方面，术语“遗传品种特征”涉及在特定品种中狗的遗传祖先。可通过本文描述的方法测定狗的遗传品种特征。通过测定狗的遗传特征，有可能在单一品种中辨别2只狗以测定它们的关系有多近。因此，在本发明的一个方面测定候选第一只狗和候选第二只狗的相关度，其包括比较候选第一只狗和相同品种的候选第二只狗的遗传品种特征。优选地，所述狗为纯种狗。 每只狗的遗传品种特征可通过例如鉴定在所述狗中的一种或多种品种特异多态性的存在或缺乏而测定。可通过狗共有的品种特异性多态性的数目测定狗的相关度。例如，相同品种的2 只狗可共有从0至100%的检测的品种特异多态性，例如从10至90%，从20至80%，从30至 70% 或从 40 至 60%。因此，2 只狗可共有至少 10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80% 或 90% 检测的品种特异多态性。可使用2只狗共有的检测的品种特异多态性的比例作为相关度的衡量。在本发明的此方面，只有当2只狗在遗传上足够地不相关时才可将其交配在一起。例如，只有当它们共有的检测的品种特异多态性低于60%、50%、40%、30%或低于20%时才可将其交配在一起。
本发明还提供了选择用于与受试狗育种的一只或多只狗的方法，所述方法包括
(a)测定在受试狗和与受试狗性别相反的2只或多只狗组成的实验组中的每只狗的基因组中是否包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的多态性； 和
(b)从实验组中选择1只或多只狗用于与受试狗育种。实验组可由至少2、3、4、5、10、15、20、25、30、50、75、100或200只不同的狗组成，例如从2至100，从5至70或从10至50只狗。通常基于受到免于肝铜积累的保护从实验组中选择狗。从实验组中选择的一只或多只狗可与受试狗具有相同或相似的遗传品种特征。受试狗和实验组中的每只狗可为任意品种。优选地，受试狗和/或实验组中的每只狗具有选自拉布拉多寻回犬、杜宾犬、德国牧羊犬、荷兰狮毛犬、可卡犬、西部高地白梗、 贝灵顿梗、斯凯梗、金毛寻回犬或迷你贵宾犬的品种的遗传品种特征。更优选地，狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传品种特征。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。可选地，狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一方或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的1、2、3或4 个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。在本发明的一个实施方案中，选择基于对肝铜积累的易感性或免于肝铜积累的保护的相关多态性的存在或缺乏的、实验组中最可能受到免于肝铜积累的保护的狗与受试狗育种。在另一个实施方案中，选择实验组中可能受到免于肝铜积累的保护的几只狗与受试狗育种。例如，可选择实验组中的至少2、3、4、5、10、15或20只狗。可基于其它因素例如地理位置、年龄、育种状态、病史、疾病易感性或身体特征从选择的狗的组中进行进一步的选择。如上面解释的，交配相同品种中遗传最不相关的狗是理想的。这是为了提高或维持品种中的遗传多样性和降低在子代中发生近交相关问题的可能性。因此，从实验组中进一步选择狗可基于狗与受试狗的遗传相关性。由此，在本发明的一个方面，所述方法可进一步包括
(a)比较受试狗的遗传品种特征和与受试狗品种相同且性别相反的2只或多只狗组成的实验组中的每只狗的遗传品种特征；
(b)根据受试者和实验组中每只狗的相关度的比较测定；和
(c)从实验组中选择用于与受试狗育种的1只或多只狗。可基于其与受试狗(即待育种的狗)的相关性从实验组中选择狗。优选地，从实验组中选择的一只或多只狗是在狗实验组中相关性最远的(即具有最低的相关度)。受试狗和实验组中的狗的遗传品种特征可为已知的或可通过例如市售的品种检测法测定。本发明因此提供了推荐用于与受试狗育种的1只或多只合适的狗的方法。所述推荐可对受试狗的主人或照顾者、兽医、狗育种家、养犬俱乐部或品种登记进行。本发明还涉及育种狗的方法，其中测定性别相反的至少2只狗对肝铜积累的易感性或受到免于肝铜积累的保护，任选地在相同的品种中，在它们在一起育种以前测定。可以电子格式存储狗对肝铜积累的易感性或受到免于肝铜积累的保护，例如在计算机的数据库中。由此，本发明提供了包含涉及1只或多只狗对肝铜积累的易感性或受到免于肝铜积累的保护和性别的信息的数据库。所述数据库可包括有关狗的进一步信息，例如狗的遗传品种特征、育种状态、年龄、地理位置、病史、疾病易感性或身体特征。数据库通
26常还包含每只狗的唯一标识符，例如狗的登记名。数据库可通过远程访问，例如使用互联网。本发明的食品
本发明涉及用于具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗的食品。发明者发现在商业饮食中发现的铜水平与拉布拉多寻回犬中的肝铜积累相关，降低饮食中的铜水平令人惊讶地使肝铜水平回到正常水平，比药物青霉胺更有效。本发明的食品具有低铜浓度，具体地低于21 mg/kg干物质的铜浓度。食品被用于预防在拉布拉多寻回犬的肝中的铜积累。因此其对预防由肝铜积累引起的疾病或病症有用。因此，本发明的食品可提供给狗，其中所述狗的基因组已通过本发明的方法被测定为包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性。 本文中使用的术语“食品”包含食品、饮食、食物或补充剂。这些形式中的任一种可为固体、 半固体或液体。更具体地，本发明的食品包含低于21 mg/kg干物质浓度的铜。优选地，铜浓度低于20，低于17，低于15，低于12或低于10mg/kg干物质。优选地，铜浓度为至少4. 5，至少 4. 75，至少5或至少8mg/kg干物质。通常地，铜浓度在4. 5至21 mg/kg, 5至17 mg/kg或 10至15 mg/kg干物质的范围内。铜可以任意生理上可接受的形式存在于食品中。因此可以任意生理上可接受的盐例如硫酸铜提供铜。食品可进一步包含至少120 mg/kg干物质浓度的锌。优选地，锌浓度为至少150， 至少180或至少200 mg/kg干物质。优选地，锌浓度不超过食物监管机构允许的最大值。 锌浓度通常低于250，低于M0，低于230或低于220 mg/kg干物质。锌浓度通常在120至 250，150至250或200至250 mg/kg干物质的范围内。优选地，食品中的锌量超过铜量。应当理解，狗吸收的食品中的锌和/或铜的有效浓度受到不可消化物质的存在或缺乏的影响。优选地，食品中的锌与铜的比例为5或更多， 例如6、7、8、9、10或更多，按食品的质量计算。可在本发明的提供铜水平的相同食品中提供锌。可选地，可以补充剂的形式提供锌，所述补充剂可加入本发明的食品。补充剂可为片剂、粉末或液体制剂的形式。锌可以任意生理上可接受的形式存在于食品中或作为补充剂提供。因此锌可为任意生理上可接受的盐，例如醋酸锌、硫酸锌、葡萄糖酸锌、碳酸锌、氯化锌或氧化锌。本文中描述的食品中的铜或锌浓度是以干物质计，即以不含水的食品计，从而能够直接比较可能具有不同含水量的不同食品。为测量在湿的或半湿的食品中的铜或锌浓度，首先干燥食品样品，例如使用烤箱以去除水。之后，可使用任意合适的技术测量干燥食品样品中的铜或锌浓度。这些技术的一个实例是本领域熟知的火焰原子吸收光谱法。本发明的食品可为例如湿宠物食品、半湿宠物食品或干宠物食品的形式。湿宠物食品通常具有高于以重量计65%的含水量。半湿宠物食品通常具有以重量计20-65%之间的含水量并可包含保湿剂和其它配料以防止微生物生长。干宠物食品(又称粗磨粉)通常具有低于以重量计20%的含水量，其加工过程通常包括挤压、干燥和/或高温烘焙。食品可以湿和干食物的混合物提供。这样的组合物可预先混合提供，或以2种或多种单独的食品提供，其单独、同时或相继提供给狗。食品包含任意狗在其饮食中消耗的产品。本发明包含标准食物产品和宠物食品点心。优选地，食品为煮熟的食品。其可包括肉或动物来源的材料(例如牛肉、鸡肉、火鸡肉、羊肉、鱼肉等等)。可选地，产品可为不含肉的(优选地包含肉替代物例如大豆、玉米蛋白或大豆产品以提供蛋白质来源)。产物可还包含淀粉来源，例如一种或多种谷物(例如玉米、大米、燕麦、大麦等等)，或可为不含淀粉的。干宠物食品的配料可选自谷类、谷物、肉、家禽、脂肪、维生素和矿物质。配料通常为混合的并经挤压机/炊具处理。然后产品通常经定型和干燥，干燥后，可在干的产品上涂或喷洒调料和脂肪。所有宠物食品都需要提供一定水平的营养素。例如，美国饲料品管协会 (Association of American Feed Control Officials) (AAFCO)和宠物食品协会(Pet Food hstitute)已基于通常使用的配料建立了狗食品的营养素组成(profile)。这些建立的组成被称为“AAFC0狗食品营养素组成”。在这些监管下，狗食品必须被配制为包含达到AAFCO 测定的所有最低水平和不超过AAFCO测定的最高水平浓度的营养素。狗食品制剂可根据狗的热量、蛋白质、脂肪、碳水化合物、纤维、维生素或矿物质需求定制。例如，狗食品制剂可定制为提供准确量或比例的必需脂肪酸例如ω-6和ω-3脂肪酸。ω-6脂肪酸的主要来源为植物，例如向日葵、大豆油、红花和月见草油，而ω-3脂肪酸主要在亚麻籽和海产来源中发现。铜含量高的和可在食品生产中避免的食物配料包括贝类、肝、肾、心、肉、坚果、蘑菇、谷类、可可、豆科植物和软水(铜管道)。富含锌和可在制剂中包括的食物配料包括奶、明胶、蛋黄、大米和马铃薯。食品优选为包装的。包装材料可为金属(通常以锡或flexifoil的形式)、塑料(通常以小袋或瓶子的形式)、纸或卡片。在任意产品中的含水量可影响可使用的或需要的包装的种类。本发明的食品可与锌来源一起包装。锌可以任意形式提供。锌可在一种或多种食品中提供，或以单独的补充剂的形式与包含本发明的最高水平的铜的食品一起包装。当在食品中提供锌时，可在包含本发明的特定水平的铜的相同食品中提供锌，或可在一种或多种单独的食品中提供锌，或二者都提供锌。本发明因此提供了包含具有低于21 mg/kg干物质浓度的铜的食品和锌补充剂的包装。当加入食品中时，锌补充剂提供至少120mg/kg干物质的浓度。食品和锌补充剂用于同时、单独或相继使用以在具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病。本发明还提供如本文讨论的带标签的食品。标签可例如指示所述食品适用于拉布拉多寻回犬品种的狗。可提供其它指示或说明。例如，可陈述除了其它配料以外，饮食或食品包含的铜和/或锌的量。此外，可提供喂食说明。拉布拉多寻回犬
本发明的食品适用于在具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗中预防肝铜积累。狗通常为伴侣狗或宠物。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。狗可为纯种拉布拉多寻回犬。可选地， 狗可为混种或杂交狗，或远交狗(杂种)。狗的一方或双方父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗的1、2、3或4个祖父母可为纯种拉布拉多寻回犬。狗在其遗传背景中可具有至少50%或至少75%的拉布拉多寻回犬品种。因此，狗基因组的至少50%或至少75%可来源于拉布拉多寻回犬品种。通过评估遗传标记物(例如SNP或微卫星)的等位基因频率可测定狗的遗传品种背景。在狗中不同SNP或微卫星的等位基因频率的组合提供了允许测定狗品种或产生混种狗的品种的识别标志。这样的遗传检测可为市售的检测。或者，可不需要检测狗的拉布拉多寻回犬品种特征，因为例如狗主人或兽医怀疑其具有拉布拉多寻回犬品种特征。这可能是由于例如知道狗的祖先或由于其外观。食品适用于任意年龄的狗。食品可适用于具有从0至12岁大，例如从1至5岁大， 从2至7岁大或从3至9岁大的年龄的狗。食品通常适用于健康的狗。其适用于没有可检测出的肝铜积累的狗。食品计划用于预防用途，即预防在狗肝中的铜积累。食品旨在使狗的铜积累风险最小从而降低狗产生由肝铜积累导致的疾病或病症例如慢性肝炎、肝硬化或肝功能衰竭的可能性。食品通常用于在没有异常肝铜浓度和因此不太可能具有患铜相关肝炎的风险的狗中预防铜积累。狗也可不具有积累铜的历史。因此狗优选地具有正常水平的在低于约400 mg/kg干肝重范围内的肝铜。然而，在新生的狗中，肝铜的正常水平可被认为是低于约600 mg/kg干肝重。为狗提供食品的目的是预防肝铜浓度达到显著高于正常水平的水平。可用于测定狗肝中的铜浓度的方法是本领域熟知的。在实施例4中描述了一个合适的方法。食品可用于预防铜相关慢性肝炎。食品优选地用于在没有可检测出的肝疾病的狗中预防铜积累，目的是预防这些肝疾病。食品也可用于治疗由肝铜积累导致的疾病或病症，例如慢性肝炎、肝硬化或肝功能衰竭。肝疾病的证据或症状包括临床指征例如嗜睡、腹泻和黄疸。肝疾病的生化指征包括异常提高的血清胆红素和血清肝酶活性例如碱性磷酸酶 (ALP)、丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)和γ谷氨酰转肽酶。这些肝疾病指征的生化测量是本领域熟知的。优选地，食品计划用于的狗没有任何临床问题。食品的制造
可通过将合适的配料混合在一起制造本发明的食品。制造是受控的以使食品具有所需要的铜浓度。可在食品生产过程中监控铜浓度。本发明因此提供了制造本发明的食品的方法，其包括将用于食品的配料混合在一起以使食品具有低于21 mg/kg干物质的铜浓度。 待掺入食品的一种或多种成分可提供铜来源。然而避免使用可能富含铜的成分是重要的。 富含铜的和在食品生产中可能避免的食品配料包括贝类、肝、肾、心、肉、坚果、蘑菇、谷类、 可可、豆科植物和软水(铜管道)。任选地，一种或多种成分将提供用于本发明的食品的锌来源。富含锌的和在制剂中可能包括的食品配料包括奶、明胶、蛋黄、大米和马铃薯。可在食品的制造/加工过程中的任意时间加入成分/配料。测量在食品中存在的铜浓度以确定浓度低于根据本发明的限度是重要的。也可测量锌浓度以检查其高于根据本发明的优选的最低水平。在食品制造方法的一个步骤中可包括测量食品样品中的铜浓度。在已制备好食品后对食品样品至少进行一次铜浓度的测量。 也可在食品的制备过程中进行测量以监控由于更多配料的加入而积累的铜和/或锌的水平。例如，在加入一种或多种配料后可对样品进行测量。可使用本领域已知的任意合适方法例如火焰原子吸收光谱法对样品进行铜、锌和其它元素的测量。本发明的制造食品的方法通常包括以下步骤将配料混合在一起并任选地烹调任意原配料；在食品样品中测量铜浓度和任选地测量锌浓度；和包装食品。制造食品的方法可进一步包括将食品提供给狗主人、负责喂养狗的人或兽医和/或将食品提供给狗。虽然食品不含有任何铜是罕见的，可将铜作为补充剂加入食品以获得在狗饮食中的铜的最低每日需求(例如美国饲料品管协会(AAFCO)推荐的)同时将铜浓度仍保持在低于本发明所需的量。本发明因此也提供了铜在制造用于具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗的食品中的用途，其中所述食品包含低于21 mg/kg浓度的铜并用于预防在所述狗中的铜积累。铜可以任意合适的形式加入食品。铜补充剂的实例包括氯化铜和五水合硫酸铜。 在本发明中使用的制造食物产品的设备通常包含一种或多种以下组成部分用于干宠物食品配料的容器；用于液体的容器；混合器；成型机头和/或挤压机；切断装置；烹饪装置(例如烤箱)；冷却器；包装装置；和贴标签装置。干配料容器通常在底部具有开口。此开口可被体积调节元件例如回转式塞(rotary lock)覆盖。体积调节元件可根据电子制造指令开和关以调节干配料加入宠物食品。在制造宠物食品中通常使用的干配料包括玉米、小麦、肉和/或家禽肉。在制造宠物食品中通常使用的液体配料包括脂肪、动物脂和水。液体容器可含有可控的泵，例如通过电子制造指令在宠物食品中加入测量过的量的液体。在一个实施方案中，干配料容器(一个或多个)和液体容器(一个或多个)与混合器连接并传递特定量的干配料和液体至混合器。混合器可受电子制造指令控制。例如，可控制混合的持续时间或速度。之后通常将混合的配料传递至成型机头或挤压机。成型机头/挤压机可为本领域已知的可用于将混合的配料成型为需要的形状的任意成型机头或挤压机。 通常混合的配料在压力下强制通过受限的开口以形成连续的带(strand)。当带被挤压后， 可通过切断装置例如刀将其切成小块(粗磨粉)。通常对粗磨粉进行烹饪，例如在烤箱中。 可通过电子制造指令控制烹饪的时间和温度。烹饪的时间可以变化以产生食品的预期含水量。之后可将烹饪后的粗磨粉转移至冷却器，例如含有一个或多个风扇的室。宠物食品制造设备可包含包装设备。包装设备通常将宠物食品包装进例如塑料或纸袋或盒的容器。设备可还包含在宠物食品上贴标签的装置，通常在已包装好食品之后。标签可指示食品适用的狗的种类(即拉布拉多寻回犬)和/或食品的配料。食品的用途
本发明的食品可用于预防狗的肝铜积累。因此，其可用于预防与高肝铜相关的疾病或病症，例如铜相关慢性肝炎、肝硬化或肝功能衰竭。由此，本发明提供了在具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗中预防肝铜积累和由肝铜积累导致的疾病的方法，其包括对狗喂食本文中描述的食品。本发明还提供了在具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征的狗中预防铜相关慢性肝炎的方法，其包括对狗提供本发明的食品。本发明的食品通常用于在拉布拉多寻回犬中预防铜积累的预防用途。其也通常用于在拉布拉多寻回犬中预防铜相关慢性肝炎。本发明的食品优选地用于预防狗的肝铜积累，通过本文描述的遗传检测已测定所述狗的基因组中包含一种或多种指示对肝铜积累的易感性的多态性。本发明的食品的用途可包括对狗提供锌来源。如本文中描述的，可以任意合适的形式将锌提供给狗。包含低水平的本发明的铜的食品可进一步包含锌，例如以至少120 mg/ kg干物质的浓度。可选地，可以一种或多种单独的食品或补充剂的形式提供锌。本发明的食品的用途可包括对狗提供锌补充剂。可在任意时间提供锌补充剂，即与本发明的食品单独、同时或相继提供。锌补充剂可在例如将其提供给狗之前与本发明的食品混合，或可将其置于狗的饮用水中。本发明的食品可每天一次或多次提供给狗。优选地，提供食品代替狗的传统食品。可在无限期的时间内(即在狗的一生中)使用预防铜积累或预防慢性肝炎的方法。
通过以下实施例说明本发明 实施例1
与对铜积累的易感性相关的SNP的说明
对120只拉布拉多犬的DNA样品在超过22000个SNP上进行基因分型。72个狗样品来自高铜狗(高于600 mg/kg的肝铜水平)，48个狗样品来自正常肝铜水平(低于400 mg/kg)。 使用成对比较在每对可能的狗之间分析数据。根据疾病信息基因座的支持整理数据。使用最佳的3个基因组位置的数据使用布尔算子寻找与高铜水平相联系的最佳匹配标记。使用 3个位置的简单布尔模型的结果显示如下
表1使用基因组位置CFA8、CFA32和CFAX的简单布尔模型的结果
权利要求
1.一种测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在狗基因组中检测(a)指示对肝铜积累的易感性的在G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。
2.根据权利要求1的方法，其包括检测至少一种多态性(a)和至少一种多态性(b)的存在或缺乏。
3.根据权利要求1或2的方法，其中所述多态性为单核苷酸多态性(SNP)。
4.根据权利要求3的方法，其包括检测选自下述的一种或多种SNP的存在或缺乏 BICF2P506595 (SEQ ID N0:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3)， BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4)， BICF2P591872 (SEQ ID NO:5)， ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131)，UBL5_ReglF_16 (SEQ ID NO: 132)，golga5_Regl_24 (SEQ ID NO: 133)， golga5_26 (SEQ ID NO: 134)， golga5_27 (SEQ ID NO: 135)， golga5_28 (SEQ ID NO: 136)， golga5_29 (SEQ ID NO: 137)， golga5_30 (SEQ ID NO: 138)， golga5_31 (SEQ ID NO: 139)，atp7aregl7_32 (SEQ ID NO: 140)，atp7aregl7_33 (SEQ ID NO: 141)和与其处于连锁不平衡的一种或多种SNP。
5.根据权利要求4的方法，其包括检测SNPBICF2P506595 (SEQ ID NO: 1)、 BICF2P772765 (SEQ ID NO:2)、BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3)、BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4)和 BICF2P591872 (SEQ ID NO:5)的存在或缺乏。
6.前述权利要求中任一项的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。
7.数据库，其包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息。
8.一种测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括(a)将与狗基因组中存在或缺乏如权利要求1至5中任一项定义的多态性相关的数据输入计算机系统；(b)将所述数据与计算机数据库比较，所述数据库包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息；和(c)基于所述比较测定狗对肝铜积累的易感性。
9.一种计算机程序，其包含这样的程序编码方式，即当在计算机系统上执行时，所述程序编码方式命令计算机系统进行权利要求8的所有步骤。
10.一种计算机存储介质，其包含根据权利要求9的计算机程序和根据权利要求7的数据库。
11.一种被设置以进行根据权利要求8的方法的计算机系统，其包含(a)接收与狗基因组中存在或缺乏如权利要求1至5中任一项定义的多态性相关的数据的装置；(b)数据库，其包含与G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的一种或多种多态性和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗对肝铜积累的易感性的联系相关的信息；(c)用于将所述数据与所述数据库比较的模块；和(d)基于所述比较测定狗对肝铜积累的易感性的装置。
12.—种检测狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在样品中检测狗基因组中(a)指示对肝铜积累的易感性的在G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。
13.(a)指示对肝铜积累的易感性的在狗G0LGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性和 /或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性在测定狗对肝铜积累的易感性中的用途。
14.一种选择用于产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代的狗的方法，其包括-根据权利要求1至6、8和12中任一项的方法测定候选的第一只狗的基因组中是否包含指示对肝铜积累的易感性的一种或多种多态性和由此测定候选的第一只狗是否适合产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代；-任选地，根据权利要求1至6、8和12中任一项的方法测定与第一只狗性别相反的第二只狗的基因组中是否包含指示对肝铜积累易感性的一种或多种多态性；和-任选地，将第一只狗和第二只狗交配以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代。
15.根据权利要求14的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。
16.一种包含低于21 mg/kg干物质浓度的铜的食品，其用于在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病，其中所述狗通过权利要求1至6、8和12中任一项的方法已被测定为对肝铜积累敏感。
17.根据权利要求16的食品，其包含低于17mg/kg干物质浓度或低于12 mg/kg干物质浓度的铜。
18.根据权利要求16或17的食品，其进一步包含至少120mg/kg干物质浓度的锌。
19.根据权利要求16至18中任一项的食品，其用于在至少一个亲本是纯种拉布拉多寻回犬的狗中预防由肝铜积累导致的疾病。
20.根据权利要求16至19中任一项的食品，其用于在没有与肝铜积累相关的临床症状的狗中预防由肝铜积累导致的疾病。
21.根据权利要求16至20中任一项的食品，其用于在具有低于400mg/kg干肝重的肝铜浓度的狗中预防由肝铜积累导致的疾病。
22.根据权利要求16至21中任一项的食品，其用于没有可检测到的肝疾病的狗。
23.根据权利要求16至22中任一项的食品，其用于预防铜相关慢性肝炎。
24.一种在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病的方法，其中所述狗通过权利要求1至6、8和12中任一项的方法已被测定为对肝铜积累敏感， 所述方法包括对狗喂食如权利要求16至23中任一项定义的食品。
25.根据权利要求M的方法，其进一步包括对狗喂食包含至少120mg/kg浓度的锌的食品或补充剂。
26.根据权利要求M或25的方法，其用于在具有低于400mg/kg干肝重的肝铜浓度和 /或没有可检测到的肝疾病的狗中预防由肝铜积累导致的疾病。
27.铜在制造食品中的用途，所述食品用于具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗，其中所述狗通过权利要求1至6、8和12中任一项的方法已被测定为对肝铜积累敏感，其中所述食品包含低于21 mg/kg干物质浓度的铜并用于预防在所述狗中由肝铜积累导致的疾病。
28.一种包含具有低于21 mg/kg干物质浓度的铜的食物和提供至少120mg/kg干物质浓度的锌补充剂的套装，所述食物和锌补充剂用于同时、分别或相继使用以在具有拉布拉多寻回犬品种遗传特征的狗中预防由肝铜积累导致的疾病，所述狗通过权利要求1至6、8 和12中任一项的方法已被测定为对肝铜积累敏感。
29.带标签的根据权利要求16至23中任一项的食品或带标签的根据权利要求观的套装。
30.一种测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，其包括在狗基因组中检测选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142) 和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。
31.根据权利要求30的方法，其包括检测多态性(a)和至少一种多态性(b)的存在或缺乏。
32.根据权利要求30的方法，其包括检测SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)的存在或缺乏。
33.权利要求30至32中任一项的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬、金毛寻回犬或迷你贵宾犬品种的遗传特征。
34.权利要求33的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。
35.数据库，其包含与SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息。
36.一种测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，所述方法包括(a)将与狗基因组中存在或缺乏如权利要求30定义的多态性相关的数据输入计算机系统；(b)将所述数据与计算机数据库比较，所述数据库包含与SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息；和(c)基于所述比较测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性。
37.一种计算机程序，其包含这样的程序编码方式，即当在计算机系统上执行时，所述程序编码方式命令计算机系统进行权利要求36的所有步骤。
38.一种计算机存储介质，其包含根据权利要求37的计算机程序和根据权利要求35的数据库。
39.一种被设置以进行根据权利要求36的方法的计算机系统，其包含(a)接收与狗基因组中存在或缺乏如权利要求30定义的多态性相关的数据的装置；(b)数据库，其包含与SNPATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 14 和/或与其处于连锁不平衡的一种或多种多态性及它们与狗受到免于肝铜积累的保护的联系相关的信息；(c)用于将所述数据与所述数据库比较的模块；和(d)基于所述比较测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的装置。
40.检测狗以测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，其包括在样品中检测狗基因组中选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。
41.(a) SNP ATP7a_Reg3_F_6 (SEQ ID NO: 142)和 / 或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性在测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性中的用途。
42.一种选择狗以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代的方法，其包括-根据权利要求30至34、36和40中任一项的方法测定候选的第一只狗的基因组中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性，和由此测定候选的第一只狗是否适合产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代；-任选地，根据权利要求30至34、36和40中任一项的方法测定与第一只狗性别相反的第二只狗的基因组中是否包含指示免于肝铜积累的保护的一种或多种多态性；和 -任选地，将第一只狗和第二只狗交配以产生可能受到免于肝铜积累的保护的后代。
43.根据权利要求42的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬、金毛寻回犬或迷你贵宾犬品种的遗传特征。
44.权利要求43的方法，其中所述狗具有拉布拉多寻回犬品种的遗传特征。
全文摘要
本发明提供了测定狗对肝铜积累的易感性的方法，其包括在狗基因组中检测(a)指示对肝铜积累的易感性的在GOLGA5、ATP7a或UBL5基因中的多态性和/或(b)与所述多态性(a)处于连锁不平衡的多态性的存在或缺乏。本发明还提供了测定狗受到免于肝铜积累的保护的可能性的方法，其包括在狗基因组中检测选自下述的一种或多种多态性的存在或缺乏(a)SNPATP7a_Reg3_F_6(SEQIDNO:142)和(b)与(a)处于连锁不平衡的一种或多种多态性。
文档编号A23K3/00GK102232116SQ200980148119
公开日2011年11月2日 申请日期2009年10月5日 优先权日2008年10月3日
发明者A·J·马丁, P·G·琼斯 申请人:玛尔斯有限公司