专利名称：：作为治疗干预的靶标的miR-34调控的基因和路径的制作方法
技术领域：
：本发明涉及分子生物学和医学领域。更具体地,本发明涉及用于治疗受miR-34微小RNA、微小RNA表达和被其直接和间接调节的基因和细胞通路影响的疾病或病症的方法和组合物。
背景技术：
：在2001年，几个研究小组使用克隆法从线虫(C.elegans)、果蝇和人中分离和鉴定了一大组“微小RNA，，(miRNA)(Lagos-Quintana等人，2OOl；Lau等人，2OOl；Lee禾口Ambros,2001)。在似乎没有内源性siRNA的植物和动物(包括人)中已经鉴定了几百种miRNA。因此,尽管类似于SiRNAJSmiRNA是不同的。迄今观测到的miRNAs长度大约为21_22个核苷酸,并且它们来自从非蛋白编码基因转录而来的较长前体(Carrington和Ambros，2003)。这些前体形成在自互补区中自身折回的结构；然后它们被核酸酶切酶(在动物中)或DCLl(在植物中)加工以生成短双链miRNA。raiRNA链之一被合并入称为RNA诱导沉默复合体(RISC)的蛋白质和miRNA的复合体中。miRNA引导RISC复合体至靶mRNA,然后根据miRNA与其靶mRNA的序列互补程度被切断或沉默翻译。目前认为完全的或几乎完全的互补性导致mRNA降解，如在植物中最常观察到的那样。相反，如主要在动物中发现的那样,不完全的碱基配对导致翻译沉默。然而，近年来的数据表明额外的复杂性(Bagga等人,2005；Lim等人,2005)以及miRNA产生基因沉默的机制仍然需要深入的研究。近年来的研究已经显示众多miRNA的表达水平的变化与多种癌症相关(其综述见Esquela-Kerscher和Slack,2006；Calin和Croce，2006)。miRNA也与调节细胞生长以及细胞和组织分化(与癌症发生相关的细胞过程)有关。本发明人以前证明hsa-miR-34参与了众多细胞活动的调控,这些细胞活动是癌症的治疗以及其他疾病和障碍的治疗的代表性千预点(于2005年5月31日申请的美国专利申请系列号第11/141，707号和于2005年11月14日申请的系列号第11/273，640号，它们每一篇通过引用其全文并入本文)。在对24个不同的人组织的调查中，本发明人发现miR-34优选或专门在人淋巴结组织中表达。当转化到不同的人癌细胞系中时，miR-34a抑制了前列腺癌细胞(22Rvl)、肺癌细胞(A549)、基底细胞癌细胞(TE354T)、宫颈癌细胞(HeLa)和白血病T细胞(Jurkat),但是miR34a对正常的人T细胞没有抗增殖作用。转化后,raiR34a增加(Jurkat)或减少(HeLa)细胞中的程序死亡(细胞凋亡)。不受控制的细胞增殖是癌的显著标志。细胞凋亡是一个天然的细胞过程,其通过诱导具有致癌潜力的细胞死亡帮助控制癌。许多致癌基因通过改变凋亡的诱导起作用。最近他人发现在肝癌细胞中过表达miR-34a(Meng等人，2006)。生物信息学分析表明任何给定的miRNA可与直至数百种不同的基因结合并改变其表达。此外，单一基因可由数种miRNA调控。因此，各miRNA可调控基因、基因通路和基因网络之间的复杂的相互作用。这些涉及miRNA的调控通路和网络的误调节或改变可能导致功能障碍和疾病诸如癌症的发生。尽管生物信息学工具有助于预测miRNA结合靶标,但所有方法都有局限性。由于与其靶结合位点的不完全互补性，因此难以准确地单独使用生物信息学工具来预测miRNA的靶mRNA。而且，miRNA和靶基因之间复杂的相互作用的调控网络使得难以准确地预测基因响应于给定的miRNA而实际上误调节。通过操纵miRNA表达或通过修复miRNA误调节来纠正基因表达错误代表了修复遗传障碍和治愈类似癌症的疾病的有前途的方法。如上所述，目前此方法不适用的限制是，受任何给定的miRNA(包括hsa-miR-34)影响的调控通路和网络的细节很多仍然是未知的。这代表了其中miR34可能发挥作用的癌症的治疗的显著的限制因素。存在着鉴定被hsa-miR-34表达调控或可调控hsa-miR-34表达的基因、基因通路和基因网络的需求。
发明内容本发明通过鉴定为MR-34调节的直接靶标或在miR34介导的另一(些)基因表达的修饰之后调节的间接靶标或下游靶标的基因而提供额外的组合物和方法。此外，本发明说明了受miR-34及其家族成员影响的基因、疾病和/或生理通路和网络。在某些方面，本发明的组合物被给予患有、怀疑患有或处于发生代谢性疾病或病症、免疫性疾病或病症、感染性疾病或病症、心血管疾病或病症、消化性疾病或病症、内分泌疾病或病症、眼部疾病或病症、泌尿生殖器疾病或病症、血液疾病或病症、肌肉骨骼疾病或病症、神经系统疾病或病症、先天性疾病或病症、呼吸系统疾病或病症、皮肤疾病或病症或癌性疾病或病症的危险的受试者。在特殊的方面，可基于一种或多种miRNA或mRNA的表达和/或异常表达来选择治疗的受试者或患者。在进一步的方面,可基于一个或多个生物或生理通路中的异常选择治疗的受试者或患者,上述异常包括与通路相关的--种或多种基因的异常表达，或由与通路相关的一种或多种基因编码的一种或多种蛋白的异常表达。还是在进一步的方面，可基于miRNA表达、或生物和/或生理通路中的异常选择受试者或患者。可基于miRNA或mRNA表达或其缺乏的评价和/或分析来评价受试者对治疗方法或治疗方案的敏感性、耐受性和/或功效。可在对受试者或患者施以一种或多种治疗之前、期间或之后评价受试者对某种治疗的顺从性。一般来说，可通过miRNA和/或mRNA的分析以及其他评价方法的组合来完成评价或评估，上述的其他评价方法包括但不限于组织学、免疫组织化学、血液学工作(bloodwork)等等。在--些实施方案中，感染性疾病或病症包括细菌、病毒、寄生虫或真菌感染。这些基因和通路中的许多与多种癌症和其他疾病有关。癌性病症包括但不限于星形细胞瘤、间变性大细胞淋巴瘤、急性淋巴母细胞性白血病、急性髓性白血病、血管肉瘤、乳腺癌、B细胞淋巴瘤、膀胱癌、子宫颈癌、头颈癌、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤、胃癌、胃泌素瘤、肝母细胞瘤、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、白血病、肺癌、平滑肌肉瘤、喉鳞状细胞癌、黑素瘤、粘膜相关的淋巴组织B细胞淋巴瘤、成髓细胞瘤、套细胞淋巴瘤、脑膜瘤、髓性白血病、多发性骨髓瘤、高危骨髓增生异常综合症、间皮瘤、神经纤维瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、口咽癌、骨肉瘤、胰腺癌、乳头状癌、前列腺癌、嗜铬细胞瘤、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、神经鞘瘤、小细胞肺癌、唾液腺肿瘤、散发性乳头状肾癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤、尿路上皮癌，其中所述一种或多种基因的调节足以发生治疗反应。一般来说,癌性病症是与不受控制的生长或不能经历细胞死亡(包括凋亡)相关的异常增殖状态。本发明提供了用于鉴定为miR-34调节的直接靶标或在miR_34介导的上游基因表达的修饰之后调节的下游靶标的基因的方法和组合物。此外，本发明说明了在生物标本中受miR34表达影响的基因通路和网络。这些基因和通路中的许多与多种癌症和其他疾病相关。细胞中miR-34表达或功能的改变将导致这些关键基因的表达的变化,并且引起疾病或其他病症的发生。将miR-34(用于其中miRNAF调的疾病)或miR-34抑制剂(用于其中MRNA上调的疾病)导入至疾病细胞或组织或受试者中将产生治疗反应。本文提供了被miR-34直接或间接调控的关键基因的特性以及与其相关的疾病。在某些方面，细胞可以是内皮细胞、间皮细胞、上皮细胞、间质细胞或粘膜细胞。在一个方面，细胞是神经胶质细胞、白血病细胞、结肠直肠细胞、子宫内膜细胞、脂肪细胞、脑膜细胞、淋巴细胞、结缔组织细胞、肾细胞、宫颈细胞、子宫细胞、脑细胞、神经元细胞、血细胞、宫颈细胞、食管细胞、肺细胞、心血管细胞、肝细胞、乳腺细胞、骨细胞、甲状腺细胞、腺细胞、肾上腺细胞、胰腺细胞、胃细胞、肠细胞、肾细胞、膀胱细胞、前列腺细胞、子宫细胞、卵巢细胞、睾丸细胞、脾细胞、皮肤细胞、平滑肌细胞、心肌细胞或横纹肌细胞。在某些方面，细胞、组织或靶标的miRNA表达可以没有缺陷，而仍然对miRNA的表达或过度表达治疗性地发生反应。miR34可以用作这些疾病的任一种疾病的治疗靶标。在某些实施方案中，miR34可以被用来调节受试者、器官、组织或细胞中miR-34的活性。细胞、组织或受试者可以是癌细胞、癌组织、隐匿癌组织，或是被诊断有疾病或病症或处于发生疾病或病症的危险的受试者或患者。在某些方面,癌细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血细胞、白血病细胞、结肠细胞、子宫内膜细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰腺细胞、前列腺细胞、肾细胞、上皮细胞、肠细胞、淋巴细胞、肌细胞、肾上腺细胞、唾液腺细胞、睾丸细胞或甲状腺细胞。还是在进一步的方面，癌症包括但不限于星形细胞瘤、间变性大细胞淋巴瘤、急性淋巴母细胞性白血病、急性髓性白血病、血管肉瘤、乳腺癌、B细胞淋巴瘤、膀胱癌、子宫颈癌、头颈癌、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤、胃癌、胃泌素瘤、肝母细胞瘤、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、白血病、肺癌、平滑肌肉瘤、喉鳞状细胞癌、黑素瘤、粘膜相关的淋巴组织B细胞淋巴瘤、成髓细胞瘤、套细胞淋巴瘤、脑膜瘤、髓性白血病、多发性骨髓瘤、高危骨髓增生异常综合症、间皮瘤、神经纤维瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、口咽癌、骨肉瘤、胰腺癌、乳头状癌、前列腺癌、嗜铬细胞瘤、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、神经鞘瘤、小细胞肺癌、唾液腺肿瘤、散发性乳头状肾癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤、尿路上皮癌。在一个方面,所述癌病室肺癌。在进一步方面，肺癌是非小细胞癌。在另外的进一步方面,非小细胞癌是腺癌、鳞状细胞癌、大细胞癌、腺鳞状细胞癌或细支气管肺泡癌。在某些方面,癌病是前列腺癌。在进一步的方面，前列腺癌可以是PSA阳性或阴性和/或雄激素依赖或非依赖的。本发明的实施方案包括在细胞、组织、或受试者中调节基因表达、或生物或生理通路的方法，该方法包括给予细胞、组织或受试者足以调节被miR-34miRNA正性或负性调节的基因的表达的量的包括miR34核酸、模拟物或抑制剂序列的分离核酸或其模拟物。"raiR34核酸序列”或“miR-34抑制剂”包括miR-34的全长前体、或其互补序列或miR-34的加工(即，成熟)序列和本文所列出的相关序列，以及前体miRNA的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或更多个核苷酸或其加工序列、或其互补序列，包括其间的所有范围的和整数的序列。在某些实施方案中，miR-34核酸序列或rai.R34抑制剂包含全长加工miRNA序列或其互补序列，并且被称为“miR-34全长加工核酸序列”或“miR-34全长加工抑制剂序列”。还是在进--步的方面中，miR-34核酸包括miR-34的至少一个具有5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、50个核苷酸(包括其间的所有范围和整数)的片段或互补片段，该片段与SEQIDN0:1至SEQIDNO:73具有至少75、80、85、90、95、98、99或1.00%的同一性。通用术语miR-34包括与成熟miR-34序列的至少一部分相同的miR-34家族的所有成员。成熟miR-34序列包括hsa-miR-34aUGGCA⑶(JUCUUAGCUG⑶UGUU(MIMAT0000255；SEQIDNO1)；hsa-miR-34bUAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUG(MIMAT0000685；SEQIDNO2)；hsa-miR-’34cAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC(MIMAT0000686；SEQIDNO3)；cbr-miR-34AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG(MIMT0000466；SEQIDNO4)；rno-miR-34bUAGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUG(MIMAT0000813；SEQIDNO5)；dps-miR-34UGGCA⑶⑶GGUUAGCUGGUUG(MIMAT0001223；SEQIDNO6)；eel-miR-34AGGCAGUGUG⑶UAGCUGGUUG(MIMAT0000005;SEQIDNO7)；mml-miR-34aUGGCAGUGUCU[jAGC[jG(;UUGU(MIMAT0()()2499；SEQIDNO8)；ramu-raiR-34bUAGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUG(MIMAT0000382；SEQIDNO9)；sla-miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU(MIMT0002500；SEQIDNO:10)；ppv-miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU(MIMAT0002497;SEQIDNO:11)；bta-miR-34cAGGCAGUGUA⑶UAGCUGAUUG(MIMAT0003854;SEQIDNO:12)；dre-miR-34cAGGCAGUGCAGUUAGUUGA[jUAC(MIMAT()()03759；SEQIDNO:1.3)；minu-miR-34aUGGCAGWiUCUUAGCUGGUUGUU(MIMAT0000542；SEQIDNO14)；rno_miR-34aUGGCA⑶(JUCUUAGCUGGUUGUU(MIMAT0000815；SEQIDNO:15)；bta-miR-34bAGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUG(MIMAT0003549;SEQIDNO16)；dme-miR-34UGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG(MIMAT0000350;SEQIDNO:17)；ggo-miR-34aUGGCA(;UG[jCUUAGCUG(;UUGU(MIMAT()()()2494；SEQIDNO18)；mdo-miR-34aUGGCAGUGUC[jUAGCUGGUUGUU(MIMAT0004096；SEQIDNO19)；gga_miR-34aUGGCA⑶(JUCUUAGCUGGUUGUU(MIMAT0001173；SEQIDNO20)；age_miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU(MIMAT0002495；SEQIDNO21)；gga-miR-’34bCAGGCAGUGUACTJUAGCUGAUUG(MIMAT0001179;SEQIDNO22)；11a-miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUG[j(MIMAT0002501；SEQIDNO23)；gga-miR-34cAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC(MIMAT0001180;SEQIDNO:24)；xtr-miR-34bCAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUG(MIMAT0003579；SEQIDNO25)；ppa_miR-34aUGGCA⑶(JUCUUAGCUG⑶UGU(MIMAT0002496;SEQIDNO:26)；mmu-miR-34cAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC(MIMAT0000381;SEQIDNO27)；dre-miR-34UGGCAGLi(;UCLiUAGCUGGLiUGU(MIMAT0001269；SEQIDNO28)；xtr-miR-34aUGGCA(JUGUCUUAGCUGGUUGUU(MIMAT0003578;SEQIDNO29)；bmo-miR_34UGGCAGUGUG(}UUAGCUGGUUG(MIMAT0004197；SEQIDNO30)；dre_miR-34bUAGGCAGUGUU⑶UAGCUGAUUG(MIMAT0003346;SEQIDNO31)；rno—miR—34cAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC(MIMAT0000814；SEQIDNO:32)；mne-miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU(MIMAT0002502；SEQIDNO:33)；ptr-miR-34aUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGU(MIMAT0002498；SEQIDNO34)或其互补序列。在某些方面，将使用这些miRNA的亚组，它们包括一些而不是全部所列举的miR-34家族成员。在一个方面，miR-34序列具有SEQIDN0:72的共有序列。在一个实施方案中，只有包括WGGCAGUGUV[R]UUAGGUGRUUG(其中括号内的核苷酸是可选的)(SEQIDNO73)的共有序列的序列被包括在内，不包括所有其他的miRNA。除非具体说明，术语miR-34包括miR-34家族的所有成员。在一些方面，将使用这些miRNA的亚组，它们包括一些而不是全部所列举的miR-34家族成员。例如,在一个实施方式中，只有包括SEQIDNO73的共有序列的序列被包括在内，不包括所有其他的miRNA。在进一步的方面，"miR-34核酸序列”包括miR-34家族成员的全长前体的全部序列或片段。miR-34家族成员的茎-环序列包括hsa-mir-34aGGCCAGCUGUGAGU⑶UUCUUUGGCAGUGUCUUAGCU(X}UU(}UU(}UGAGCAAUAGUAA(X}AAGCAAUCAGCAAGUAUA(:UGCCCUAGAAGUG(:UGCAC(}UUGUGGGGCCC(MI0000268；SEQIDNO:35)；hsa-mir-34bGUGCUCGGUUUGUAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUGUACU(JUGGUG(}UUACAAUCACUAACUCCACUGCCAUCAAAACAAGGCAC(MI0000742;SEQIDNO36)；hsa-mir-34cAGUCUA⑶UACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACGGCCAGGUAAAAAGAUU(MI0000743；SEQIDNO:37)；gga-mir-34cAGCCUGGUUACCAGGCAGUGUAG[jUAGCUGAUUGCCACCAGGACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAAAG(MI0001261；SEQIDNO:38)；xtr-mir-34b-4UUCAGGCAGUGUA⑶UAGCUGAUU⑶⑶UAUAUCAAAUUUGCAAUCACUAGCUAAACUACCAUAAAA(MI0004818；SEQIDNO:39)；age-mir-34aGGCCAGCUGUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGUGCAAUAGUGAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACJUGCCCUAGAAGUGCJUGCAaiUUGUGGGGCCC(MI0002797；SEQIDNO40)；pt.r-mir-34aGGCCAGCU⑶GAGUGUUUCUUUGGCAGUCJUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAACJUGCUGCACGUUCJUGGGGCCC(MI0002800；SEQIDNO41)；bta-mir-34bGUGCUCGGUUUGUAGGCAGU⑶AAUUAGCUGAUUGUACUCUCAUGCUUACAAUCACUAGUUCCACUGCCAUCAAAACAAGGCAC(MI0004763；SEQIDN042)；mne-rair-34aGGCCAGCUCiUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGCJUUGUUGUGAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUACACAUU(JUGGGGCCU(MI0002804;SEQIDNO:43)；gga-mir-34bGUGCUUGGUUUGCAGGCAGUGUA⑶UAGCUGAUUGUACCCAGCGCCCCACAAUCACUAAAUUCACUGCCAUCAAAACAAGGCAC(MI0001260;SEQIDNO44)；rno-mir-34cAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAAAGACU(MI0000876；SEQIDNO:45)；xtr-mir-34b-2UUCAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGU(]UUAUAUCAAAUUUGCAAUCACUAGCUAAACUACCAUAAAA(MI0004817;SEQIDNO:46)；xtr-mir-34aCUGUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGGCACGUUAUAGAAGUAGCAAUCAGCAAAUAUACUGCCCUAGAA(;UUCUGCACA[jU(MI()004816；SEQIDNO47)；画u-mir-34cAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAAAGACU(MI0000403；SEQIDNO48)；lla_mir-34aGGCCAGCUGUGA⑶(JUUUCUUUGGCA⑶⑶CUUAGCUGCJUUGUU⑶GAGCAAUAGUGAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA⑶GCUGCACGUUGUGGGGCCC(MI0002803；SEQIDNO49)；bmo-mir-34AGAAUCAGGGUAGACCGCGUUGGCA⑶⑶GGUUAG(:UGG[jUGU(}UAUGGAAAUGACAACAGCCACUAACGACACUGCUCCUGCGUGCACCCUAAAUCA(MI0004975；SEQIDNO50)；sla-mir-34aGGCCGGCU⑶GA⑶⑶UUCUUUGGCA⑶⑶CUUAGCUG⑶UGUUCJUGAGCAAUACJUGAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACGUUGUGGGGCCC(MI0002802;SEQIDNO:51)；dre-mir-34cUGCUGUGUGGUCACCAGGCAGUGCAGUUAGUUGAUUACAAUCCAUAAAGUAAUCACUAACCUCACUACCAGGUGAAGGCUAGUA(MI0004774；SEQIDNO52)；rno-mir_34b⑶GCUCGGUUUGUAGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUGUAGUGCGGUGCUGACAAUCACUAACUCCACUGCCAUCAAAACAAGGCAC(MI0000875；SEQIDNO:53)；mdo-mir-34a(X;CCAG⑶GLiGAGU(刃LiU⑶UUGGCA⑶⑶⑶UAGCUGGUUGUUGUGAGUAAUAGAUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA(}UGCUGCACGUU(}UUAGGCCC(MI0005280;SEQIDNO54)；ggo-mir-34aGGCCAGCUGUGAGUCiUUUCUUUGGCA⑶(iUCUUAGCUGGUUCiUUGUGAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACGUUGUGGGGCCC(MI0002796；SEQIDNO55)；mml-mir-34aGGCCAGCUGLiGA⑶⑶LiUCLiUUGGCA⑶⑶⑶UAGCUGGULiGUU⑶GAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUACACAUUGUGGGGCCU(MI0002801；SEQIDNO56)；dre-mir-34bGGGGUUGGUCUGUAGGCAGUGUU⑶UAGCUGAUU(iUUUCAUAUGAACUAUAAUCACUAACCAUACUGCCAACACAACAACCUACA(MIOO03690；SEQIDNO57)；dre-mir-34CUGCUGUGAGUGGUUCUCUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGUGGAGUGAGAACGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCGCAGAAACU(XUCACCUU(MI0001365；SEQIDNO58)；mmu-mir-34aCCAGCUGUGAGUAAUUCUUUGGCA⑶GUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGUAUUAGCUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA(iUGCUGCACAUU(;U(MI0000584;SEQIDNO59)；ppa-mir-34aGGCCAGCUGUGAGUGUUUCUUUGGCA⑶GUCUUAGCUGOTUGUU⑶GAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA(}UGCLiGCACGUU(}UGGCCCCC(MI0002798；SEQIDNO:60)；rno-mir-34aCCGGCU(}UGAGUAAUUCUUUGGCAGU⑶CUUAGCUGGUUGUUGUGAGUAUUAGCUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA⑶GCUGCACGUU⑶(MI0000877;SEQIDNO61)；xtr-mir_34b-lU⑶UGGGUUUUCAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGU⑶UAACAUAAGACUUGCAAUCACUAGCUAAACUACCAGCAAAACUAAACA(MI0004925；SEQIDNO62)；ppy-mir-:MaGGCCAG⑶GUGAGU⑶UU⑶UU(X;CAGU⑶(XUAGCUGGULiGUUGLiGAGCAALiAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACGUUGUGGGGCCC(MI0002799；SEQIDNO:63)；xtr-mir-34b-3U(iUUGGGUUUUCAGGCAGUGUA⑶UAGCUGAUU⑶⑶UAACAUAAGACUUGCAAUCACUAGCUAAACUACCAGCAAAACUAAACA(MI0004924；SEQIDNO64)；cbr-mir-34AAGCACUCAUGGUCGUGAGGCA(⑴GUG⑶UAGCUGGUUGCAUACACAGGUUGACAACGGCUACCUUCACXIGCCACCCCGAACAUGUAGUCCUC(M10000494；SEQIDNO65)；gga-mir_34aGCCAGCUGUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGCAAUA⑶UAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAA⑶GCUACACAUUCiUUGGGCC(ΜΙ0001251；SEQIDNO66)；bta-mir-34cAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUMUAAUACCAAUCACUAACCACACGGCCAGGUAAAAAGAUU(MI0005068；SEQIDNO67)；dps-mir-34AAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUG⑶UAGCUGGUUGUGUAGCCAAAAUAUUGCCUUUGACCAUUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGC(MI0001317；SEQIDNO68)；dme-mir-34AAUUGGCUAUGCGCUUUGGCA⑶⑶GGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAUUAUUGCCGUUGACAAUUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGC(MI0000371；SEQIDNO69)；mmu-mir-34bGUG⑶CiXiUUUGUAiXXAOTGUAAUUAGCJUGAUUGUAGUGCGGUGCJUGACAAUCACUAACUCCACUGCCAUCAMACAAGGCAC(MI0000404;SEQIDNO70)；cel-mir-34CGGACAAUGCUCGAGAGGCAGUGUG⑶UAGCUGCiUUGCAUAUUUCCUUGACAACGGCUACCUUCACUGCCACCCCGAACAUGUCGUCCAUCUUUGAA(MI0000005；SEQIDNO:71)或其互补序列。在某些方面，miR34核酸或其片段或其模拟物将包括前体miRNA或其加工序列的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或更多个核苷酸，包括其间的所有范围和整数的核苷酸。在某些实施方案中，miR-34核酸序列包含全长加工的miRNA序列，并且被称为"miR-34全长加工核酸序列”。还是在进一步的方面，miR-34包括至少一个具有砧1-34的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、50个核苷酸(包括其间的所有范围和整数)的片段，该片段与本文所提供的各SEQIDNO具有至少75、80、85、90、95、98、99或100%的同一性。在具体的实施方案中，含miR-34或miR-34抑制剂的核酸是hsa-miR-34或hsa-miR-34抑制剂，或其变异体。miR-34可以是miR_34a或miR_34b或miR_34c。在进一步的方面，miR-34核酸或miR-34抑制剂可使用1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种miRNA或miRNA抑制剂进行给药。miRNA或其互补序列可同时地、序贯地或以有序进展的方式给药。在某些方面,raiR-34或miR-34抑制剂可与let-7、！et-7b、1et-7c、let-7g、raiR-15、miR-16、miR-20、miR-21、miR_26a、miR_124a、miR-126、miR-143、miR-147、miR-188、miR-200、miR-215、miR-216、miR-292-3p和/或miR-331核酸中的一种或多种联合给药。所有miRNA或其抑制剂、或miRNA或其抑制剂的组合可以单一制剂的形式给药。可在第二治疗之前、期间或之后给药。miR-34核酸或其互补序列也可包括多种异源核酸序列，S卩，那些在自然界中一般不存在的与miR-34可操纵地偶联的序列，诸如启动子、增强子等等。miR-34核酸是重组核酸，并且可以是核糖核酸或脱氧核糖核酸。重组核酸可包括miR-34或miR34抑制剂表达盒,S卩，当被导入进含有用于核酸合成的成分的环境中时能表达核酸的核酸片段。在进一步的方面,表达盒包括在病毒载体、或质粒DNA载体或其他治疗性核酸载体或递送载体(包括脂质体)等中。在特殊的方面，miR-34核酸是合成的核酸。而且，本发明的核酸可以是全部或部分合成的。在某些方面,病毒载体可以1XIO2、1X103、1X104、1X105、1XIO6、1X107、1X108、1XIO9aX1()10、1ΧΙΟ11、IΧΙΟ12、IΧΙΟ13、IΧ1014pfu或病毒颗粒(νρ)给药。在特殊的方面,miR-34核酸或miR-34抑制剂是合成的核酸。而且,本发明的核酸可以是全部或部分合成的。在进一步的方面，本发明的核酸或编码本发明的此类核酸的DNA可以0.001、0.OUO.1、1、10、20、30、40、50、100、200、400、600、800、1000、2000至4000μg或mg(包括其间的所有值和范围)给药。还是在进一步的方面,本发明的核酸，包括合成的核酸,可以0.001,0.OUO.1、1、10、20、30、40、50、100至200μg或mg/千克(kg)体重给药。本文所述的每个用量可以在一段时间内给药，包括0.5、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10分钟、小时、天、周、月或年，包括其间的所有值和范围。在某些实施方案中，一种或多种组合物的给药可以是肠内或胃肠外给药。在某些方面，肠内给药是口服给药。在进--步的方面，胃肠外给药是病灶内给药、血管内给药、颅内给药、胸膜内给药、肿瘤内给药、腹腔内给药、肌内给药、淋巴内给药、腺内给药、皮—F给药、局部给药、支气管内给药、气管内给药、鼻内给药、吸入给药或滴注给药。本发明的组合物可区域性或局部给药，没有必要直接给药至病灶内。在某些方面,被调节的基因包括表1、3、4和/或5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、200或更多种基因或多种基因的组合。仍然在进一步的方面，被调节的基因可不包括表1、3、4和/或5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、175或更多种基因或多种基因的组合。调节作用包括调节细胞、组织或器官内的转录、mRNA水平、mRNA翻译和/或蛋白水平。在某些方面，基因的表达或基因产物(诸如mRNA或编码的蛋白)的水平被F调或上调。在特殊的方面，被调节的基因包括或选自(并且甚至可不包括)表1、3、4和/或5中鉴定的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28种基因或所有的基因，或其任意组合。在某些实施方案中，被调节或被选择要被调节的基因来自表1中。在进一步的实施方案中，被调节或被选择要被调节的基因来自表3中。仍然在进一步的实施方案中,被调节或被选择要被调节的基因来自表4中。还是在进一步的实施方案中，被调节或被选择要被调节的基因来自表5中。本发明的实施方案还可以包括在选择治疗方式，例如miR-34核酸、miR-34抑制剂或其模拟物的给药之前获得或评价基因表达谱或靶细胞的miRNA谱。截止至本申请的申请日时,与登录号或数据库提交所指定的所有核酸和基因相关的数据库内容通过参考引入本文。在本发明的某些方面,一种或多种miRNA或miRNA抑制剂可调节单一基因。在进一步的方面,在--个或更多个遗传、细胞或生理通路中的一种或多种基因可被一种或多种miRNA或其互补序列，包括miR-34核酸和miR34抑制剂结合其他miRNA调节。miR-34核酸也可包括多种异源核酸序列，即，那些在自然界中一般不存在的与miR-34可操纵地偶联的序列,诸如启动子、增强子等等。miR-34核酸是重组核酸,并且可以是核糖核酸或脱氧核糖核酸。重组核酸可包括miR-34表达盒。在进一步的方面，表达盒包括在病毒载体、或质粒DNA载体或其他治疗性核酸载体或递送载体(包括脂质体)等中。在特殊的方面，miR84核酸是合成的核酸。此外,本发明的核酸可以是完全或部分合成的。本发明的进一步的实施方案针对调节细胞通路的方法,该方法包括给予细胞足以调节细胞通路的表达、功能、状况或状态的量的包括miR-34核酸序列的分离核酸，所述细胞通路尤其是表2中所述的那些通路或已知包括来自表1、3、4和/或5中的一种或多种基因的通路。细胞通路的调节包括但不限于调节一种或多种基因的表达。基因的调节可包括抑制内源性miRNA的功能或向细胞、组织或受试者提供功能性miRNA。调节是指基因或其相关的基因产物或蛋白的表达水平或活性，例如，mRNA水平可被调节或mRNA的翻译可被调节，等等。调节可增加或上调基因或基因产物或可减少或下调基因或基因产物。仍然进一步的实施方案包括治疗具有病理状况的患者的方法,该方法包括以下的一个或多个步骤(a)给予患者足以调节细胞通路的表达的量的包括miR-34核酸序列的分离核酸；以及(b)给予第二治疗，其中细胞通路的调节提高患者对第二治疗的敏感性。细胞通路可包括但不限于下面表2中所述的一个或多个细胞通路或已知包括表1、3、4和/或5的一种或多种基因的通路。第二治疗可包括给予第二miRNA或治疗性核酸,或可包括多种标准疗法,诸如化学疗法、放射疗法、药物疗法、免疫疗法等等。本发明的实施方案也可包括测定或评价用于选择适当疗法的基因表达谱。本发明的实施方案包括治疗具有病理状况的受试者的方法，该方法包括以下的一个或多个步骤(a)测定选自表1、3、4或5的一种或多种基因的表达谱；(b)基于表达谱评价受试者对治疗的敏感性；(c)基于已评价的敏感性选择治疗方法；以及(d)使用所选择的治疗方法治疗受试者。一般来说，病理状况将以表1、3、4和/或5的一种或多种基因的失调作为组成部分、指示物或结果。进一步的实施方案包括鉴定和评价细胞或组织中指示miR-34状态的表达谱,其包括来自表1、3、4和/或5的一种或多种基因或其任意组合的表达评价。术语“miRNA”根据其通常含义和明显的意思来使用，并且是指在真核细胞中发现的参与基于RNA的基因调节的微小RNA分子。参见，例如，Carrington等人，2003，该文引入本文作为参考。该术语可用来指由前体加工而来的单链RNA分子或在某些情况下指前体本身。在一些实施方案中，了解细胞是否内源性地表达特殊的MRNA或在特殊的情况下这些表达是否受影响或其何时处于特殊的疾病状态下可能是有用的。由此,在本发明的一些实施方案中，方法包括评价细胞或含细胞标本中一种或多种标记基因或mRNA或表示目的基因的表达水平的其他分析物的存在。因此，在一些实施方案中，方法包括对标本生成RNA谱的步骤。术语“RNA谱”或“基因表达谱”是指关于标本中一种或多种基因或遗传标记的表达模式的一组数据(例如,鉴定来自表1、3、4和/或5的一种或多种标记的多个核酸探针)；可考虑使用·“一组RNA,使用对于本领域普通技术人员熟知的例如核酸扩增或杂交技术来获得核酸谱。来自患者的标本中的表达谱和参照表达谱(诸如来自正常或非病理标本的表达谱)的差异是指示病理状况、疾病或癌症状态的指标。包括或鉴定相应RNA的片段的核酸或探针组可包括表1、3、4和/或5中列举的或由本文所述的方法鉴定的基因、或遗传标记、或核酸、mRNA或其探针代表的全部核苷酸或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12,13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、100、200、500或更多个核苷酸部分(包括其间的任意整数或派生的范围)。本发明的某些实施方案针对用于评价、预后或治疗患者的病理状况的组合物和方法，包括测量或测定来自患者的标本中的一种或多种标记的表达谱，其中来自患者的标本中的表达谱与正常标本的表达谱或参照表达谱的差异是指示病理状况并且特别是癌症(例如，在本发明的某些方面,细胞通路、基因或遗传标记是表1、3、4和/或5中所述的一个或多个通路或标记(包括其任意组合)或代表上述--个或多个通路或标记)的指标。本发明的各个方面包括诊断、评价或治疗病理状况或防止病理状况出现。例如，可使用各种方法来筛选病理状况；评价病理状况的预后；对病理状况分级；评价病理状况对治疗的反应；或作为第一治疗来调节基因、多种基因或相关通路的表达或使受试者对第二治疗敏感或具有更高的反应性。在特殊的方面,评价患者的病理状况可以是评价患者的预后。预后可包括但不限于对生存时间或期望生存时间的估计、对治疗反应的评价等等。在某些方面,一种或多种基因或标记的表达改变用于预测具有病理状况的患者的预后,其中标记是表1、3、4和/或5的一种或多种，包括其任意组合。表1.在用pre-miRhsa-miR-34a转染人癌细胞后表达增加(正值)或减少(负值)的基因。基因符号参考序列转录物(Pruitt等人，2005)Iog21.5E1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G—1．78907RIPNM_001033002／／／NVl0323081．2185RI／1NM_0069121．32862RNASE4NM_()()2937／／／NM_194430／／／NM194431一1．4534D541]m)2NM_0069152．06464RPL38NM_0009991．08656RPSllNM_0010150．858194RPS6KA5NM004755／／／NMl823981．22551RRASNM_006270一1．79851RIM2NM_001034-0．831449RSADlNⅥ018346-0．772167SLOOPNM005980-0．746607SAC3D1NⅥ013299一1．247SAM])4NM()155891．2172',3S仁胤lNM0067460．853621SC扎3NM020423／,／’／卜M1810931．19418SDClNM001006946／／／NM002997-0．818833SgCl4I+lNM()03003]．44887SEC23BNⅥ006363／／／NM032985／／／姗0329861．0317SEC24ANM0945811．18465Sm4A3CNⅥ0063790．835585SERPINB9NM()04155()．82615SEm)工邢lNM0006021．30668SEIU)工邢2NM0062161．32701SGPPlNM030791一1．67675況SHNM()00199川)0616E0564]m3GLlNM003025一1．28343Sfl03PlNM024745一1．26362Stm(2NⅥ003030／／／NⅥ0068840．907587SIR；]’lNM()12238一1．12',384SLCl1A2NM0006170．999393SLClAlNM0041702．35948SLC29AlNM004955一1．75863SI~3581NM()05827寸)．71379Su4A4NM003759-0．800469SLC6A6NⅥ0030431．00156SLC7A1lNM0143310．710721Sill￡7A5NM()03486一1．19768Su0281NM0072561．19404NM3NM0059021．17331mo腳2NM0227391．682088NXl6NM022]33／／／NM152836／／／NM1528371．()9618SOD2NM000636／／NM001024465,／／介0d0010244661．45843SoKl8NM0184191．41328SPARCNM0031181．52227SPBC25NM()20675一]．4866NMlNM006459一1．8131SP贝氾NM001003790,／'／NM001003791／／NM0071750．942632SP．I、BNlNM003128／／／NM1783130．857646SQ砠L卜M0211991．28491Sm4NM003132一1．08855附ClNM()031551．()3121S．Ⅸ3ANM0041770．728912STYKlNⅥ0184230．98547SULTlClNⅥ001056／／／NⅥ1768251．99731SU]Ⅵ02NM001()()5849／／／NM()069371．()4086SVILNM003174／／／NM0217381．26107SwAP70NM0150551．08597SYN叹工PNM006372-0．70921附瓶lNM()15293／／／NM033071／／／NM133650／／／NM1829610．78963SYTlNⅥ005639一1．51651TACS．IDlNⅥ002354一1．62205TA)<KNⅥ004180／／／NⅥ1334841．19308‘FAPBPI+NM()18009]．()1656．m<ASlNM001061／／／NM0309841．22107厂D02NM0056510．720423．I、FGNM001007565／／／NM0060700．737363．I'GB2NM()03238()．757903TC四R2NM001024847／／／NM003242-0．760439‘I、m刃NM000361一1．03072／ILMl3NM012458一1．00078L06]例T。)一P2NM004817／／／NM201629()．721283L06]]]TKlNM003258—2．0118L06]2]TLRl卜M0032632．35L06]3]TLR3NⅥ0032650．972191L0614]、M4SF2()NM()24795一1．}6784L06]习．rM4SF4NⅥ004617一1．87733L06]刨．r晰’SFlNⅥ0032721．42643L06]7]’NM5ANⅥ018004一1．31309L06]8]‘FMEM48NM()18087一]．55691L06]9)．1wlNM007114-0．791138NMlNM0032751．92937TMCNM0021601．22931TNFAIP3NM()0629()()．8}5162NMIP6NM0071153．25281NMSF9NM0015610．806509TNRC9NM049037-0．83525911111§■§§§§§§§1gIgggogIu§1§§§謹§§111iI__II_！I_II_II_I！_II_II_II_II_！III_II_I！_II_II_II_II_！I_II_II1！_II_II_II_II_！I_II_II_I！_IIII_II_II_！I_II_II_I！_II_I.WIZWNT7BXBP1XTP2YKT6Y0D1YRDCZBTB10ZFHX1BZFYVE21ZMYM6ZNF22ZNF232ZNF238ZNF281ZNF331ZNF544ZNF551ZNF573ZNF580ZNF652XM_372716NM_058238NM—005080NM—015172NM_006555NM_018566NM—024640NMj()23929NM_014795NM_024071NMJ)07167NMJ)06963NM_014519NM006352///NM205768NM—012482NMj()18555NM_014480NM_138347NM—152360NM—016202///NM—207115NM014897-0.911496-0.755357-1.024391.01515-!.125731.134060.7170930.8946511.199610.8157260.920391-1.21289-!.350521.09124~0.825036-1.18107-1.26671"0.794295-1.902070.911137本发明进一步的实施方案针对调节细胞通路的方法，该方法包括给予细胞一定量的包括miR34核酸序列或miR-34抑制剂的分离核酸。细胞、组织或受试者可以是癌细胞、L织或隐匿癌组织、1患者。截」与登录号或数据库提交所指定的所有核酸和基因相关的数据库内容引入本文作为参考。本发明进一步的实施方案针对调节细胞通路的方法，该方法包括给予细胞足以调节细胞通路,尤其是表2中所述的那些通路或已知包括来自表1、3、4和/或5的一种或多种基因的通路的表达、功能、状况或状态的量的包括niiR34核酸序列的分离核酸。细胞通路的调节包括但不限于调节--种或多种基因的表达。基因的调节可包括抑制内源性miRNA的功能或向细胞、组织或受试者提供功能性miRNA。调节是指基因或其相关的基因产物(例如，mRNA)或蛋白的表达水平或活性，例如，mRNA水平可被调节或mRNA的翻译可被调节。调节可增加或上调基因或基因产物或可减少或下调基因或基因产物(例如，蛋白水平或活仍然进一步的实施方案包括给予患有或怀疑患有或处于发生病理状况的危险的受试者或患者miRNA或其模拟物和/或治疗该受试者或患者的方法,其包括以下的一个或多个步骤(a)给予患者或受试者足以调节细胞通路的表达的量的包括miR34核酸序列或miR-34抑制剂的分离核酸；以及(b)给予第二治疗,其中细胞通路的调节提高患者或受试者的敏感性，或增加第二治疗的功效。功效增加可包括毒性降低、第二治疗的剂量或持续时间减少、或积加或协同效应。细胞通路可包括但不限于下面表2中所述的一个或多个通路或已知包括表1、3、4和/或5的一种或多种基因的通路。可在给予分离核酸或miRNA或抑制剂之前、期间和/或之后施以第二治疗。第二治疗可包括给予第二miRNA或治疗性核酸，诸如siRNA或反义寡核苷酸，或可包括多种标准治疗方法,诸如药物制剂、化学疗法、放射疗法、药物疗法、免疫疗法等等。本特殊的方面，第二治疗是化学疗法。化学疗法可包括但不限于紫杉醇、顺铂、卡钼、阿霉素、奥沙利怕、larotaxel、紫杉酚、拉帕替尼(lapatinib)、多西他塞、甲氨喋呤、卡培他滨、长春瑞滨、环磷酰胺、吉西他滨、氨柔比星、阿糖胞苷、依托泊甙、喜树碱、地塞米松、达沙替尼(dasatinib)、替口比法尼(tipifarnib)、贝伐单抗(bevacizumab)、西罗莫司(sirolimus)、西罗莫司脂化物(temsirolimus)、依维莫司(everolimus)、洛那法尼(lonafarnib)、西妥昔单抗(cetuximab)、埃罗替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、甲磺酸伊马替尼、利妥昔单抗、曲妥珠单抗、诺考达唑(nocodazole)、索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、硼替佐米(bortezomib)、阿仓单抗(alemtuzumab)、吉妥单抗(gemtuzumab)、托西莫单抗(tositumomab)或替伊.莫单抗(ibritumomab)。本发明的实施方案包括治疗患有疾病或病症的受试者的方法,该方法包括以下的一个或多个步骤(a)测定选自表1、3、4或5的一种或多种基因的表达谱；(b)基于该表达谱评价受试者对治疗的敏感性；(c)基于已评价的敏感性选择治疗方法；以及(d)使用所选择的治疗方法治疗该受试者。一般来说，疾病或病症将以表1、3、4和/或5的一种或多种基因的失调作为组成部分、指示物或结果。在某些方面，可依次或联合使用2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个miRNA。例如，miR-34或miR-34抑制剂与另一miRNA的任意组合。进一步的实施方案包括鉴定和评价细胞或组织中表示miR-34状态的表达谱，包括来自表1、3、4和/或5的一种或多种基因、或其任意组合的表达评价。术语“miRNA”根据其通常含义和明显的意思来使用，并且是指在真核细胞中发现的参与基于RNA的基因调节的微小RNA分子。参见,例如，Carrington等人,2003，该文引入本文作为参考。该术语可用来指由前体加工而来的单链RNA分子或在某些情况F指前体在一些实施方案中，了解细胞是否内源性地表达特殊的miRNA或在特殊的情况下这些表达是否受影响或当其何时处于特殊的疾病状态下可能是有用的。由此,在本发明的一些实施方案中，方法包括评价细胞或含细胞标本中一种或多种标记基因或mRNA或表示RNA谱的步骤。术语“RNA谱”或“基因表达谱”是指关于标本中一种或多种基因或遗传标记或miRNA的表达模式的一组数据(例如，鉴定来自表1、3、4和/或5的一种或多种标记的多个核酸探针)；可考虑使用一组RNA，使用对于本领域普通技术人员熟知的例如核酸扩增或杂交技术来获得核酸谱。来自患者的标本中的表达谱和参照表达谱(诸如一种或多种基因或miRNA的表达谱)的差异是指示要给予哪种miRNA的指标。在某些方面,miR-34或miR-34抑制剂和let-7可给予患有乳腺癌、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者。进一步的方面包括给予患有乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、肺癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者miR-34或miR-34抑制剂和miR-15。仍然在进一步的方面，给予患有乳腺癌、B细胞骨髓瘤、结肠直肠癌、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-16。在某些方面,给予患有乳腺癌，子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、脂肪瘤、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-20。本发明的各个方面包括给予患有乳腺癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-21的方法。仍然在进一步的方面,给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、睾丸肿瘤的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-26a。还是在进一步的方面,给予患有乳腺癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、间皮瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-126。在进一步的方面，给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-143。仍然在进一步的方面,给予患有乳腺癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、脂肪瘤、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-147。还是在另一个方面，给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、胰腺癌、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-188。还是在进一步的方面,给予患有乳腺癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、间皮瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR—200。在其他的方面,给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、脂肪瘤、多发性骨髓瘤、间皮瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-215。在某些方面，给予患有乳腺癌、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、前列腺癌、头颈部鳞状细胞癌、睾丸肿瘤的患者以miR-34或mi.R34抑制剂和miR-216。在进--步的方面，给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、脂肪瘤、多发性骨髓瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤的患者以miR-34或miR-34抑制剂和miR-292-3p。仍然在进--步的方面，给予患有间变性大细胞淋巴瘤、乳腺癌、B细胞骨髓瘤、子宫颈癌、慢性淋巴母细胞性白血病、结肠直肠癌、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、胃癌、肝细胞癌、白血病、肺癌、多发性骨髓瘤、卵巢癌、食管癌、骨肉瘤、胰腺癌、前列腺癌、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤以miR-34或miR-34抑制剂和miR-331。可考虑当miR-34或miR-34抑制剂与--种或更多种其他的miRNA分子联合给药时，两种不同的miRNA或抑制剂可同时或序贯地给药。在一些实施方案中，以一种miRNA或抑制剂进行治疗，并且在该治疗后1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55分钟，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24小时，1、2、3、4、5、6、7天’1、2、3、4、5周或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12月或任意的此类组合用其进一步的实施方案包括鉴定和评价表示细胞或组织中miR-34状态的表达谱,包括来自表1、3、4和/或5的一种或多种基因,或其任意组合的表达评价。术语“miRNA”根据其通常含义和明显的意思来使用，并且是指在真核细胞中发现的参与基于RNA的基因调节的微小RNA分子。参见，例如，Carrington等人，2003，该文引入本文作为参考。该术语可用来指由前体加工而来的单链RNA分子或在某些情况下指前体在一些实施方案中，了解细胞是否内源性地表达特殊的miRNA或在特殊的情况下这些表达是否受影响或其何时处于特殊的疾病状态下可能是有用的。由此，在本发明的一些实施方案中，方法包括评价细胞或含细胞标本中一种或多种标记基因或mRNA或表示目的基因的表达水平的其他分析物的存在。因此,在一些实施方案中，方法包括对标本生成RNA谱的步骤。术语“RNA谱”或“基因表达谱”是指关于标本中一种或多种基因或遗传标记的表达模式的一组数据(例如，鉴定来自表1、3、4和/或5的一种或多种标记或基因的多个核酸探针)；可考虑使用一组RNA，使用对于本领域普通技术人员熟知的例如核酸扩增或杂交技术来获得核酸谱。来自患者的标本中的表达谱和参照表达谱(诸如来自正常或非病理标本的表达谱,或数字化参照)的差异是指示病理状况、疾病或癌症状态的指标。在某些方面，表达谱指示发生此类病症的倾向性或可能性(即，疾病或病症的危险因素)。此类危险或倾向性可以是治疗、增加监护、预防措施等等的指征。核酸或探针组可包括或鉴定相应mRNA的片段,并且可包括表1、3、4和/或5中列举的或由本文所述的方法鉴定的基因、或遗传标记、或核酸、mRNA或其探针代表的全部或部分的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、100、200,500或更多个片段(包括其间的任意整数或派生的范围)。本发明的某些实施方案针对用于评价、预后或治疗患者的病理状况的组合物和方法，包括测量或测定来自患者的标本中一种或多种miRNA或标记的表达谱，其中来自患者的标本中的表达谱和正常标本的表达谱或参照表达谱的差异是指示病理状况和尤其是癌症的指标(例如,在本发明的某些方面,miRNA、细胞通路、基因或遗传标记是或代表表1、2、3、4和/或5中所述的一种或多种通路或标记(包括其任意组合))。本发明的各个方面包括诊断、评价或治疗病理状况或防止病理状况出现。例如，可使用各种方法来筛选病理状况；评价病理状况的预后；对病理状况分级；评价病理状况对治疗的反应；或作为第一治疗来调节基因、多种基因或相关通路的表达或使受试者对第二治疗敏感或具有更高的反应性。在特殊的方面，评价患者的病理状况可以是评价患者的预后。预后可包括但不限于对生存时间或期望生存时间的估计、对治疗反应的评价等等。在某些方面,一种或多种基因或标记的表达改变用于预示有病理状况的患者,其中标记是表1、3、4和/或5的一种或多种,包括其任意组合。表2.人癌细胞中过度表达hsa-miR-34a后功能明显受影响的细胞通路。基因途径功能序号35细胞生长和增殖、细胞运动、细胞死亡35基因表达、细胞生长和增殖、细胞死亡25基因表达、DNA复制、重组和修复、细胞周期28DKA复制、重组和修复、细胞周期、细胞发育19心血管疾病、血液疾病、有机体损伤和异常19癌、细胞周期、肝系统疾病19免疫反应、细胞信号转导、分子运输18癌、细胞生长和增殖、神经疾病17免疫反应、细胞运动、血液系统发育和功能17脂代谢、分子运输、小分子生物化学17细胞周期、癌、细胞生长和增殖细胞到细胞信号转导和相互反应、细胞运动、血液系统16发育和功能16细胞运动、细胞发育、心血管系统发育和功能15器官发育、基因表达、发育紊乱15细胞死亡、癌、细胞生长和增殖15碳水化合物代谢、小分子生物化学、脂代谢15细胞组装和组织、细胞周期、结缔组织发育和功能15DNA复制、重组和修复、基因表达、癌14血液系统发育和功能、免疫反应、免疫和淋巴系统发育和功能14蛋白合成、细胞信号转导、核酸代谢7细胞死亡、神经疾病、细胞发育1细胞组装和组织、细胞形态、细胞受损1细胞周期、细胞组装和组织、DNA复制、重组和修复1癌、细胞死亡、生殖系统疾病1氨基酸代谢、分子运输、小分子生物化学1细胞周期、癌、细胞死亡1细胞死亡1细胞受损、听觉和前庭系统发育和功能、蛋白运输1细胞形态、细胞组装和组织、细胞受损1细胞组装和组织、细胞形态、分子运输1心血管系统发育和功能、器官形态、神经疾病1细胞组装和组织、细胞形态、细胞功能和维持1细胞信号转导、分子运输、神经疾病表3.预测的hsa-raiR-34a靶基因35<table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table>基因符号参考序列转录物ID(Pruitt等人，2005)说明ARHGEF10LNM—001011722Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)ARHGEF12NM015313Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)12ARHGEF2NM—004723rho/rac鸟嘌呤核苷酸交换因子2ARHGEF3NM_019555Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子3ARHGEF4NM—032995Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子4同种型ARHGEF5NM—001002861rhog嘌呤核苷酸殳换因子5同种型ARHGEF6NM—004840Rac/Cdc42鸟嘌呤核苷酸交换因子6ARHGEF7爾—003899Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子7同种型ARHGEF9NM015185Cdc42鸟嘌呤交换因子9ARID2NM—152641富AT相互作用结构域2(ARID,RFX样)ARID3BNM—006465富AT相互作用结构域3B(BRIGHT-样)ARID4ANM—002892成视网膜细胞瘤-结合蛋白1同种型IARID4BNM016374富AT相互作用结构域4B同种型1ARID5ANM—006673富AT相互作用结构域5A同种型2ARIH2NM—006321ariadne同源蛋白2ARL4CNM—005737ADP-核糖基化因子样4CARL5BNM178815ADP____核糖基化因子样8ARL6IP4NM—001002252SRP25核蛋白同种型4ARL8ANM—138795ADP-核糖基化因子样10BARL8BNM—018184ADP-核糖基化因子样10CARMC5NM—024742含犰狳重复5ARMC6NM—033415含犰狳重复6ARMC7NM—024585含犰狳重复7ARMC8NM015396含犰狳重复8同种型243<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>基因符号参考序列转录物ID(Pruitt等人，2005)说明AYTL2NM—024830假定蛋白FLJ12443B3GALNT1NM003781UDP—Gal:eGlcNAcfB3GALT5NM—006057UDP-Gal:eGlcNAc(3B3GAT1NM—018644￡5-1，3-葡萄醛酸基转移酶1B3GAT3NM—O12200f5-l,3-葡萄醛酸基转移酶3B3GNT3NM—014256l!DP-GlcNAc(3GalB4GALT1NM—001497UDP-Gal:fSGlcNAce1,4-B4GALT2NM—001005417UDP-Gal:eGlcNAcf1,4-BAALCNM001024372脑和急性白血病，细胞质同种型2BAATNM—001701朐汁酸辅酶A氨基酸BACE1NM—012104e位点APP-裂解酶1同种型ABACH2NM—021813BTB和CNC同源性1，碱性亮氨酸拉链BADNM004322细胞死亡蛋白BCL2-拮抗剂BAI2NM—001703脑特异血管生成抑制因子2BAK1NM—001188BCL2-拮抗剂/杀伤剂1BAT1NM—004640HLA-B相关转录物1BATF2NM138456碱性亮氨酸拉链转录因子，BAXNM—004324BCL2-相关X蛋白同种型f5BAZ2ANM—013449靠近锌指结构域的溴结构域，2ABBS1NM—024649Bardet-Biedl综合症1BBS10NM—024685假定蛋白L0C79738BCANNM—021948短蛋白聚糖同种型1BCAP29NM—001008407B细胞受体-相关蛋白BAP29同种型BCAS3NM017679乳腺癌扩增序列3<table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>基因符号参考序列转录物ID(Pruitt等人，2005)说明CCDC3爾—031455含卷曲螺旋结构域3CCDC33NM182791假定蛋白L0C80125CCDC43NM—144609假定蛋白L0C124808CCDC48NM—024768假定蛋白L.0C79825CCDC49NM—017748假定蛋白L0C54883CCDC50NM—174908Ymer蛋白短同种型CCDC52NM—144718含卷曲螺旋结构域52CCDC6NM—005436含卷曲螺旋结构域6CCDC68NM025214CTCL肿瘤抗原se57-1CCDC69NM—015621假定蛋白L0C26112CCDC86NM—024098含卷曲螺旋结构域86CCDC97NM—052848假定蛋白L0C90324CCL22NM002990小的可诱导的细胞因子A22前体CCND1NM—053056周期蛋白D1CCND2NM—001759周期蛋白D2CCND3NM—001760周期蛋白D3CCNE2NM057735周期蛋白E2同种型2CCNFNM—001761周期蛋白FCCNG1NM—004060周期蛋白G1CCNJNM_019084周期蛋白JCCR1NM—001295趋化因子(c-c基序)受体1CCRL1NM—016557趋化因子(c-c基序)受体样1CD109NM—133493CD109CD14NM000591CD14抗原前体<table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table>基因符号参考序列转录物ID(Pruitt等人，2005)说明CLDN12爾―012129紧密连接蛋白12CLDN15NM014343紧密连接蛋白15同种型1CLDN18NM—001002026紧密连接蛋白18同种型2CLDN19NM—148960紧密连接蛋白19CLDN2NM_020384紧密连接蛋白2CLDN6NM—021195紧密连接蛋白6CLDN9NM—020982紧密连接蛋白9CLDND1NM—019895含紧密连接蛋白结构域1蛋白同种型aCLEC2ANM207375C型凝集素结构域家族2,成员ACLIC5NM—016929氯化物胞内通道5CLIC6NM—053277氯化物胞内通道6CLIPR-59NM—015526CLIP-170相关的蛋白CLLU1NM001025233假定蛋白LOC574028CLN6NM—017882CLN6蛋白CLOCKNM—004898生物钟CLPBNM—030813钾运输缺陷抑制物3CLSTN2NM022131钙同线蛋白2CMIPNM—030629c-Maf-诱导蛋白Tc-mip同种型CMTM4NM—181521趋化因子样因子超家族4同种型2CMYA1NM—194293心肌病相关1CNFNNM—032488角化蛋白CNGA2NM—005140环状核苷酸门控通道a2CNGA3NM—001298环状核苷酸门控通道a3CNGB1NM001297环状核苷酸门控通道e1<table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage80</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage85</column></row><table>基因符号参考序列转录物ID(Pruitt等人，2005)说明FLJ12505爾—024749假定蛋白L0C79805FLJ12529NM024811mRNA前体裂解因子I，59kDa.亚基FLj12700NM—024910假定蛋白L0C79970FLJ12949NM—023008假定蛋白L.0C65095同种型1FIJI3197NM—024614假定蛋白L0C79667FLJ14001NM—024677假定蛋白L0C79730FLJ14154NM—024845假定蛋白L0C79903FLJ14768NM—032836假定蛋白FLJ14768FLJ14816NM032845假定蛋白L0C84931FLj14834NM—032849假定蛋白L0C84935FLJ16165NM—001004318假定蛋白L.0C390928FIJI6171NM—001004348假定蛋白L0C441116FLJ16323NM001004352假定蛋白LOC441390FLJ20152NM—019000假定蛋白L0C54463同种型2FLJ20232NM—019008假定蛋白L0C54471FLJ20297NM—017751假定蛋白L0C55627冋种型1FLJ20489NM017842假定蛋白LOC55652FLJ20699NM—O17931假定蛋白L0C55020FLJ20701NM—017933假定蛋白LOC55022FLJ20758NM—O17952假定蛋白L0C55037FLJ20850NM—017967假定蛋白L0C55049FLJ20859NM—001029992FLJ20859蛋白同种型3FLJ21742NM—032207假定蛋白L0C84167FLJ21820NM021925假定蛋白L0C60526<table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage88</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage91</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage93</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage94</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage95</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage96</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage97</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage98</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage99</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage100</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage101</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage103</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage104</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage105</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage112</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage115</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage130</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage132</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage135</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage137</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage139</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage142</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage144</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage146</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage147</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage148</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage149</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage150</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage151</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage152</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage153</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage154</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage155</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage156</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage157</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage158</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage159</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage160</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage161</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage162</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage163</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage164</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage165</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage166</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage167</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage168</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage169</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage170</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage171</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage172</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage173</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage174</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage175</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage176</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage177</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage178</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage179</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage180</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage181</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage182</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage183</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage184</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage185</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage186</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage187</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage188</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage189</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage190</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage191</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage192</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage193</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage194</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage195</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage196</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage197</column></row><table><formula>formulaseeoriginaldocumentpage198</formula>表4.在用前体miR-34a转染后显示人癌细胞中mRNA表达水平改变的hsa-miR-34的预测靶标。<table>tableseeoriginaldocumentpage199</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage200</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage201</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage202</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage203</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage204</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage205</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage206</column></row><table>表3显示预测的基因靶标。其mRNA表达水平受hsa-miR-34影响的靶基因代表了通过操作其表达水平而用于治疗癌症和治疗其他疾病的特别有用的候选物。本发明的某些实施方案包括通过使用扩增测定、杂交测定或蛋白质测定来测定一种或多种标记、基因或代表一种或多种基因的核酸片段的表达，—丨二述的多种测定方法是本领域普通技术人员熟知的。在某些方面，扩增测定可以是定量扩增测定，诸如定量RT-PCR或类似技术。仍然在进一步的方面,杂交测定可包括阵列杂交测定或溶液杂交测定。来自标本的核酸可从标本中被标记和/或将标记的核酸与一种或多种核酸探针杂交。核酸、mRNA和/或核酸探针可与支持物偶联。此类支持物是本领域普通技术人员所熟知的，并且包括但不限于玻璃、塑料、金属或乳胶。在本发明的特殊方面,支持物可以是平面的或以小珠或本领域已知的其他几何形状或构造的形式。蛋白质一般通过免疫印迹、色谱法或质谱法或本领域普通技术人员所知晓的其他方法来测定。本发明也涉及含有本发明的组合物或用来实施本发明的方法的组合物的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒可用来评价一种或多种标记分子，和/或表达一种或多种miRNA或raiRNA抑制剂。在某些实施方案中，试剂盒含有、含有至少或含有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、100、150、200或更多种与要评价的标记或要表达或调控的miRNA或miRNA抑制剂相关的探针、重组核酸、或合成核酸分子,并且可包括从中派生的任意范围或组合。试剂盒可包括多种组分，各组分可单独地包装或置于容器中，诸如管、瓶子、小瓶、注射器或其他合适的容器工具。在试剂盒中也可提供浓缩量的单个组分；在一些实施方案中，一种组分以与其在具有其他组分的溶液中相同的浓度单独地提供。各组分的浓度可作为lx、2x、5x、10x或20x或更高的倍数提供。使用本发明的探针、合成核酸、重组核酸、或非合成核酸用于治疗、预后或诊断应用的试剂盒包括为本发明的一部分。特别要考虑的是与被报道会影响本文所述的一种或多种标记基因或基因通路的生物学活性或表达的任意miRNA对应的任何此类分子。在某些方面，在一些试剂盒实施方案中包括阴性和/或阳性对照。对照分子可用来验证转染效率和/或用作细胞中转染诱导的变化的对照。某些实施方案针对用于通过标本的核酸谱型来评价患者的病理状况或发生病理状况的危险的试剂盒，该试剂盒包括，在合适的容器装置中的两种或多种核酸杂交或扩增试剂。该试剂盒可包括用于标记标本中的核酸的试剂和/或核酸杂交试剂。杂交试剂一般包括杂交探针。扩增试剂包括但不限于扩增引物、试剂和酶。在本发明的一些实施方案中，通过一些步骤来生成表达谱,这些步骤包括(a)标记标本中的核酸；(b)将核酸与一定数量的探针杂交，或扩增一定数量的核酸，以及(c)测定和/或定量与探针杂交的核酸或检测和定量扩增产物，其中生成表达谱。参见美国临时专利申请第60/575，743号和美国临时专利申请第60/649，584号，以及美国专利申请系列号第11/141，707号和美国专利申请系列号第11/273,640号，所有这些文献引入本文作为参考。I平相比较，细胞中特定基因或基因通路或一组核酸的表达水平的升高或减少与疾病状态或病理状况相关。当在楝评价的生物标本中测量一种或多种核酸的表达水平，然后与正常或非病理细胞或组织标本的表达水平相比较时，此种相关性使诊断和/或预后方法能够实施。要具体考虑的是，可通过评价在本申请中讨论的任意一种或任意组的miRN‘和/或核酸来为患者，尤其是那些怀疑患有或具有特定疾病或病症诸如癌症的倾向的患者生成表达谱。从患者生成^表达谱将提供关于特定疾病或病症的信息。在许多实施方案中，使用核酸杂交或扩增(例如，阵列杂交或RIXPCR)来生成表达谱在某些方面，可将表达谱与其他诊断和/或预后试验，诸如组织学、血清中的蛋白谱和/或细胞遗传学.合使用。表5.被对于多种恶性肿瘤的治疗具有预后或治疗价值的hsa-miR-34a改变的肿瘤相关mRNA。细胞过程基因符号AKAPI2ANGAREGAURKB/STK12BCL10BRCA1BRCA2BUB1CCNA2CCND1基因名称Akap-12/SSeCKS/Gravin血管生成素信号转导血管生成双向调节蛋白信号转导癌症类型CRC,PC,LC,AML,CMLBC1OO？Nl>PiCeCHCCjNSCLC-jPC,OC，CRC,GCGC,uc’BBCL-10BRCA-IBRCA-2BUB1周期蛋白A2周期蛋白1)1染色体稳定信号转导染色体稳定染色体稳定染色体稳定细胞周期细胞周期CRCPC,NSCLC,BC,MALTBCLBCOCBCOCAML,SGT,ALL,L,CRC.GCAMLMCL,BC,SCCHN.OepC，HCC’CRC，BldC，HL,参考文献(Xia等人,2001;Wikman等人，2002;Boultwood等人，2004:Choi等人，2004Mori等人，2006)(Barton等人，1997;Montero等人，1998;Hartmann等人，1999;Miyake等人，1999;Shimoyama等人，1999;Bodner-Adler等人，2001)(Kitadai等人，1993;Ebert等人，1994;SolicandDavies,1997;D'Antonio等人，2002;Bostwick等人，2004;Ishikawa等人,2005:Mahtcuk等人，2005:Castillo等人’2006)(KeenandTaylor,2004:Smith等人，2005;Chieffi等人，2006)(Thome,2004)(WoosterandWeber.2003)(WoosterandWeber-2003)(Cahill等人，1998;Qian等人，2002;Ru等人’2002:Grabsch等人，2003;Shigeishi等人’2006)(Qian等人，2002)(DonnellanandChetty，1998)CNS1801419A_0Bamdtl\Jg/L\J§^sanll。琳淋_將諸时將书，此1￡碑妈#湔阔凿諸妈降免部料丑3姆钵兴〔084s<table>tableseeoriginaldocumentpage209</column></row><table>MLF1髓性白血病因子1细胞周期MYBL2NF1MybL2NF-1信号转导NF2膜突样蛋白/NF-2细胞附着PBX1PBX-1转录PI3-激酵IA8(pi105)信号转导RBL1RRASSMAD3马球样激酶1pl07R-RASSMAD-3肿瘤相关的钙信号TACSTD1转导蛋白1TGFB2TGFP-2TGF(ii类型II染色体稳定信号转导细胞周期信号转导信号转导细胞附着，囊泡运输信号转导信号转导TPD52肿瘤蛋白D52信号转导NSCLC,CRCPaCyCRC5BCMBC,CRCBC,LC,IHCCOC,EC,(Xi等人，2006a;Xi等人，2006b)(Krasagakis等人，1998;Jonson等人，2001;2004;Beisner等人，2006)(Markowitz,2000;Lucke等人，2001;(Boutros等人，2004)SCCHN,OS,RMS,GB,BC,M,CRC,Gl,PaC，PC,OCBC,NSCLC,PC,OCG,AC,NF,PCC,MLSchw,TC,HCC,MG,肺MTAML,MSS,GINSCLC,OrpC,OepC,GCMBC？OCEC■>CRC，GB,PapC,PaC,PC，HB，NHLGC,CRC,OC,CRC,TCBCL,]CeC,BCGCCRCHCC5BC，(Ta等人，2000)等人，2000;Bar-Shira等人，2002;Borczuk等人，2003;等人，2006)2005)(McClatcheyandGiovannini,2005)(Aspland等人，2001)(Vogt等人，M06)(StrebhardtandUllrich,2006)(Akino等人，2005;Endoh等人，2005;Lambros等人’2005)(Takimoto等人，l"8;Claudio等人，2002;Wu等人，2002;Ito等人，2003)(YuandFeig,2002;Rincon-Arano等人，2003)(Zhu等人’1998;Han等人，2004;LiuandMatsuura,2005;.等人，2005;Yang等人，2006)s>oI~1I~‘(c)郭iru>A部钭书沴諷s荡隳￡)忝郭01罢荡攝妝1荖舞饿荖_羋啦〔0852U碎烺时硌4陈1味晓葫-71,翌啓1+妈饿->陆鎇“(a)(b)_剪料！-1I硫氧还蛋白TXN硫氧还蛋白(trx)氧化还原系统LC,PaC,CeC,HCCWNT7BWnt-7b信号转导BC,BldC(Marks,2006)(Huguet等人,1994;Bui等人，1998)缩写AC,星形细胞瘤；ALCL,间变性大细胞淋巴瘤；ALL,急性淋巴母细胞性白血病；AML,急性髓性白血病;AS,血管肉瘤；BC,乳腺癌；BCL，B细胞骨髓瘤；BWC,膀胱癌；CeC,子宫颈癌；CHN,头颈癌；CLL，慢性淋巴母细胞性白血病；CML,慢性髓性白血病；CRC,结肠直肠癌；EC,子宫内膜癌;G,神经胶质瘤；GB,神经母细胞瘤；GC,胃癌；GI,胃泌素瘤；HB,肝母细胞瘤；HCC,肝细胞癌；HL,霍奇金淋巴瘤；KS,卡波西氏肉瘤；L,白血病；LC,肺癌；LMS,平滑肌肉瘤；LSCC,喉鱗状细胞癌；M,黑素瘤；MALTBCL,粘膜相关的淋巴组织B细胞淋巴瘤;MB,成髓细胞瘤；MCL套细胞淋巴瘤；MG,脑膜瘤；ML,髓性白血病;MM,多发性骨髓瘤；MSS,高危骨髓增生异常综合症;MT,间皮瘤;NF,神经纤维瘤;NHL,非霍奇金淋巴瘤;NSCLC，非小细胞肺癌；OC，卵巢癌；OepC，食管癌;OrpC，口咽癌；OS,骨肉瘤;PaC,胰腺癌;PapC，乳头状癌；PC,前列腺癌；PCC,嗜铬细胞瘤；RMS,横纹肌肉瘤；SCCHN,头颈部鱗状细胞癌；Schw,神经鞘瘤；SCLC,小细胞肺癌；SGT,唾液腺肿瘤；SPRC’散发性乳头状肾癌；TC,甲状腺癌;TT,睾丸肿瘤；UC,尿路上皮癌。交。本发明的核酸包括一种或多种核酸，该核酸包括至少一个具有代表表1、3、4和/或5中的一种或多种基因或标记的核酸的序列或互补序列的片段。可考虑本文所述的任何方法或组合物可用本文所述的任何其他的方法或组合物来实现，并且不同的实施方案可组合在一起。要具体考虑的是本文所讨论的与miRNA分子、miRNA、基因有关的任何方法和组合物，以及本发明的某些实施方案包括通过使用扩增测定、杂交测定、或蛋白测定来测定一种或多种标记、基因或代表其的核酸的表达，上述的许多测定方法是本领域普通技术人员所熟知的。在某些方面，扩增测定可以是定量扩增测定，诸如定量RT-PGR或类似技术。仍然在进一步的方面，杂交测定可包括阵列杂交测定或溶液杂交测定。来自标本的核酸可从标本中被标记和/或将标记的核酸与一种或多种核酸探针杂交。核酸、mRNA和/或核酸探针可与支持物偶联。此类支持物是本领域普通技术人员所熟知的，并且包括但不限于玻璃、塑料、金属或乳胶。在本发明的特定方面，支持物可以是平面的或以小珠或本领域已知的其他几何形状或构造的形式。蛋白质一般通过免疫印迹、色谱法或质谱法或本领域普通技术人员所知晓的其他方法来测定。本发明也涉及含有本发明的组合物或用来实施本发明的方法的组合物的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒可用来评价一种或多种标记分子，和/或表达一种或多种miRNA。在某些实施方案中,试剂盒含有、含有至少或含有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、100、150、200或更多种与要评价的标记或要表达或调控的miRNA相关的探针、重组核酸、或合成核酸分子,并且可包括从中派生的任意范围或组合。试剂盒可包括多种组分,各组分可单独地包装或置于容器中，诸如管、瓶子、小瓶、注射器或其他合适的容器工具。在试剂盒中也可提供浓缩量的单个组分；在一些实施方案中，一种组分以与其在具有其他组分的溶液中相同的浓度单独地提供。各组分的浓度可作为lx、2x、5x、10x或20x或更高的倍数提供。使用本发明的探针、合成核酸、重组核酸、或非合成核酸用于治疗、预后或诊断应用的试剂盒包括为本发明的一部分。具体要考虑的是与被报道会影响本文所述的一种或多种标记基因或基因通路的生物学活性或表达的任意miRNA相对应的任意此类分子。在某些方面，在一些试剂盒实施方案中包括阴性和/或阳性对照。对照分子可用来验证转染效率和/或用作细胞中转染诱导的变化的对照。某些实施方案针对用于通过标本的核酸谱型来评价患者的病理状况或发生病理状况的危险的试剂盒，该试剂盒包括在适当的容器工具中的两种或多种核酸杂交或扩增试剂。该试剂盒可包括用于标记标本中的核酸的试剂和/或核酸杂交试剂。杂交试剂一般包括杂交探针。扩增试剂包括但不限于扩增引物、试剂和酶。在本发明的一些实施方案中，通过一些步骤来生成表达谱,这些步骤包括(a)标记标本中的核酸；(b)将核酸与一定数量的探针杂交，或扩增一定数量的核酸，以及(c)测定和/或定量与探针杂交的核酸或检测和定量扩增产物，其中生成表达谱。参见美国临时专利申请第60/575，743号和美国临时专利申请第60/649，584号，以及美国专利申请系列号第11/141，707号和美国专利申请系列号第11/273,640号，所有这些文献引入本文作为参考。的预后。在某些实施方案中，与正常或非病理细胞或组织4特定基因或基因通路或一组核酸的表达水平的升高i在被评价的生物标本中测量一种或多种核酸的表达水平,然后与正常或非病理细胞或组织标本的表达水平相比较时，此种相关性使诊断和/或预后方法能够实施。要具体考虑的是，可通过评价在本申请中讨论的任意--种或任意组的miRNA和/或核酸来为患者，尤其是那些怀疑患有或具有特定疾病或病症诸如癌症的倾向的患者生成表达谱。从患者生成的表达谱将提供关于特定疾病或病症的信息。在许多实施方案中，使用核酸杂交或扩增(例如，阵列杂交或R'FPCR)来生成表达谱。在某些方面,可将表达谱与其他诊断和/或预后试验,诸如组织学、血清中的蛋白谱和/或细胞遗传学评价结合使用。这些方法可进一步包括下列的一个或多个步骤(a)从患者获得标本，(b)从标本中分离核酸，(c)标记从标本中分离的核酸，以及(d)将标记的核酸与一种或多种探针杂交。本发明的核酸包括一种或多种核酸，该核酸包括至少一个具有代表表1、3、4和/或5中的--种或多种基因或标记的核酸的序列或互补序列的片段。可考虑本文所述的任何方法或组合物可用本文所述的任何其他的方法或组合物来实现，并且不同的实施方案可组合在一起。要具体考虑的是本文所讨论的与miRNA分子、miRNA、基因和代表基因的核酸有关的任何方法和组合物可用合成核酸来实现。在一些实施方案中，合成核酸暴露于适宜条件下以使其变成加工的或成熟的核酸,诸如在生理环境下变成miRNA。最初提交的权利要求考虑要涵盖多项从属于提交的任意权利要求或提交的权利要求的组合的权利要求。涉及有具体名称的基因(包括其代表片段)、mRNA或miRNA的本发明的任意实施方案也考虑要涵盖涉及其序列与特定miRNA的成熟序列至少80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%相同的miRNA的实施方案。要进一步理解的是,采用速记符号使得基因或其标记、或miRNA的一般说明除非另外指明，是指其任意一个基因家族成员(由编号来区分)或其代表性片段。本领域专业技术人员要理解的是，3511家族”是指一组具有相同的编码序列或miRNA编码序列的基因,一般来说，基因家族的miRNA成员由初步命名后的编号来识别。例如，miR-16-l和miR-16-2是miR-16基因家族的成员，并且“mir-7”是指miR-7-1、miR-7-2和miR-7-3。此外’除非另外指明，速记符号是指相关的miRNA(通过字母来区分)。这些速记符号的例外将另外说明。贯穿本申请讨论本发明的其他实施方案。关于本发明的一个方面讨论的任意实施方案也适用于本发明的其他方面，并且反之亦然。实施例和具体实施方式部分中的实施方案被理解为本发明的实施方案,它们可应用到本发明的所有方面。术语“抑制”、“减少”或“防止”或这些术语的任意变体，当用于权利要求和/或说明书中时包括任何可测量到的减少或完全的抑制作用以达到所需的结果。当在权利要求和/或说明书中与术语“包括”结合使用时,词“a”或“an”的使用可表示“一个”的意思，但也与“一个或多个”、“至少一个”以及“一个以上”的意思一致。贯穿本申请,术语“大约”用来表示一个数值包括被采用来测定该值的装置或方法的标准差。虽然权利要求中术语“或”用来表示“和/或”，除非明确地指出是3案或各备选方案是互斥的，但是本公开书支持意思为仅为备选方案以及“和/或”的定义。如在本说明书和权利要求中所使用的，词“包含”(以及包含的任意形式)、“具有”(以及具有的任意形式)、“包括”(以及包括的任意形式)或“含有”(以及含有的任意形式)是包括性的或开放式的，并且不排除额外的、未列举的要素或方法步骤。从下列的详细描述中本发明的其他目的、特征和优点将变得很明显。然而,应该理解的是，尽管指出了本发明的具体实施方案，但具体实施方式和具体实施例仅为了说明而给出，因为通过具体实施方式,对于本领域技术人员来说，本发明的精神和范围内的各种变化和改型都将变得很明显。下面的附图形成本说明书的一部分,并且被包括在本说明书内以进一步证明本发明的某些方面。通过参照这些附图的一张或多张附图并结合本文所给出的具体实施方案的详细描述可更好地理解本发明。图1.相对于用阴性对照miRNA处理的细胞(100%)，用hsa_miR-34a和其它化合物处理的8个人肺癌细胞系的增殖百分比(%)。缩写:miR-34a,hsa-miR-34a；siEg5，针对马达蛋白驱动蛋白(motorproteinkinesin)11(Eg5)的siRNA;Etopo，依托泊甙；NC,阴性对照miRNA。在图表中指示标准差。图2.hsa-miR-34a对培养的人H226肺癌细胞数的长期作用。相同数目的H226细胞用1.6iiMhsamiR34a(白色方形)或阴性对照miRNA(NC，黑色棱形)电穿孔，接种在常规的生长培养基上并在其中繁殖。当对照细胞汇合时(第6，17和25天)，收获细胞并计数，并用各自的miRNA再次电穿孔。计算细胞群倍增时间以及累积的细胞数,绘制在线性刻度上。箭头代表电穿孔天数。缩写miR-34a，hsa_miR-34a；NC,阴性对照miRNA。图3.在给予微小RNA的各种组合之后H460肺癌细胞的增殖百分比(％)。在图表中每个条形下方的正号表示miRNA存在于给药的组合中。标准差显示在图表中。缩''j:miR-34a,hsa_miR-34a；miR_124a,hsa_miR-124a；miR-126,hsa-miR-126；miR-147,hsa-miR-147；let_7b，hsa-let_7b；let_7c，hsa_let_7c；let_7g，hsa_let_7g；Etopo，依托泊甙；NC，阴性对照miRNA。图4.6只携带有人H460肺癌异种移植物的小鼠(n=6)的平均肿瘤体积。可触摸肿瘤用hsa-miR-34a(白色正方形)或阴性对照miRNA(NC,黑色菱形)在11、14和17天(箭头)处理。标准偏差显示在图中。具有？值<0.1、<0.05和<0.01的数据点分别通过十字、星号或圆圈指明。缩写miR-34a,hsamiR34a；NC,阴性对照miRNA。图5.hsa-miR-34a处理的人前列腺癌细胞相对于用阴性对照miRNA处理的细胞的增殖百分率(%)。缩写:miR-34a，hsa-miR-34a；siEg5,针对马达蛋白驱动蛋白ll(Eg5)的siRNA;NC，阴性对照miRNA。在图表中指示标准差。图6.hsamiR34a对培养的人PPC-1、PC3和Dul45前列腺癌细胞的长期作用。相同数目的细胞用1.6uMhsaraiR34a(白色方形)或阴性对照miRNA(NC，黑色棱形)电穿孔，接种在常规的生长培养基上并在其中繁殖。当对照细胞汇合时(PPC-1为第4和第11天，PC3和Dul45为第7和14天)，收获细胞并计数，并用各自的miRNA再次电穿孔。计算细胞群倍增时间以及累积的细胞数，绘制在线性刻度上。箭头代表电穿孔天数。用PC3和Dul45进行的实验进行三次重复。缩写:miR-34a,hsa_miR-34a；NC,阴性对照miRNA。图7.7只携带有人PPC-1前列腺癌异种移植物的小鼠(n=7)的平均肿瘤体积。人PPC-1前列腺癌细胞用hSamiR34a(白色正方形)或阴性对照miRNA(NC,黑色菱形)在0、7、13、2()和25天(箭头)处理。肿瘤生长通过测径器度量进行测定32天。标准差显示在图表中。所有产生的数据点P值<0.01。从第22天获得的数据以圆圈指出。缩写miR-34a,hsa_miR-34a；NC,阴性对照miRNA。图8.从用阴性对照miRNA(右)或hsa-miR-34a(左)处理的PPC-1前列腺癌细胞发生的肿瘤的组织学。图像显示用苏木精和曙红染色的肿瘤。箭头指出了看似有活性细胞的袋。缩写miR-34a,hsa_miR-34a；NC,阴性对照miRNA。图9.用阴性对照miRNA(上图)或hsa-miR-34a(底部图)处理的PPC-1肿瘤的免疫组织化学。对于hsa-milKMa处理的肿瘤，分析局限于具有图8中所示的可能有活性的细胞的区域。左图显示了用苏木精和曙红(H&E)染色的肿瘤细胞。中心的图像显示了用针对Ki-67抗原的抗体进行的免疫组织化学分析(黑斑点区域)；右图显示了用抗胱天蛋白酶3进行的免疫组织化学分析。具有增加凋亡活性的区域用箭头示例性标出。缩写miR-34a，hsa-miR-34a；NC,阴性对照miRNA。本发明针对与基因和由被鉴定基因的表达所代表的与这些基因相关的生物通路的鉴定和表征相关的组合物和方法，以及该基因和生物通路相关的miRNA在治疗、预后和诊断应用中的应用，尤其是那些与评价和/或鉴定与miR-34表达或其异常表达直接或间接相关的病理状况相关的方法和组合物。在某些方面，本发明针对用于评价、分析和/或治疗细胞或受试者的方法，在该细胞或受试者中，作为miR34家族成员(包括但不限于SEQIDN0:1至SEQIDNO71)的任意一员或组合的表达增加或减少的结果,某些基因的表达减少或增加(相对于正常)和/或作为其表达增加或减少的结果,基因表达增加(相对于正常)。表达谱和/或对miR-34表达或抑制的反应可作为指示疾病或具有病理状态诸如癌症的个体的指标。以所列举的miRNA或所列举的标记(包括其核酸代表)的任意一种或组合为特征的预后测定可用于评价患者以确定任何治疗方案是否合适。与上面提到的诊断测定一样,规定低表达的绝对值将取决于用来测量miRNA的平台。说明用于诊断测定的相同方法可用于预后测定。I.治疗方法本发明的实施方案涉及当被导入进细胞中时执行内源性miRNA的活性或抑制内源性miRNA的核酸。在某些方面,核酸是合成的或非合成的miRNA。序列特异性miRNA抑制剂可用来连续地或组合地抑制细胞中一种或多种内源性miRNA的活性，以及由该内源性miRNA调控的那些基因和关联通路。在一些实施方案中，本发明涉及在细胞中发挥miRNA或miRNA抑制剂的功能的短核酸分子。术语“短”是指单个多聚核苷酸的长度为15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、50、100、或150个核苷酸或更少的核苷酸，包括其间的所有整数或派生的范围。核酸分子一般是合成的。术语“合成的”是指在细胞中分离的且不是天然产生的核酸分子。在某些方面,序列(全部序列)和/或化学结构与天然核酸分子诸如内源性前体miRNA或miRNA分子或其互补序列有偏差。尽管在一些实施方案中，本发明的核酸不具有与天然核酸的序列相同或互补的全部序列，但该分子可包含全部或部分的天然序列或其互补序列。然而，可考虑给予细胞的合成核酸可以随后在细胞中被修饰或改变使得其结构或序列与非合成的或天然核酸诸如成熟miRNA序列相同。例如,合成核酸可以具有与前体miRNA的序列不同的序列，但该序列可以在细胞中被改变一次以与内源性、加工的miRNA或其抑制剂相同。术语“分离的”的意思是，本发明的核酸分子最初从不同的(就序列或结构而言)和不需要的核酸分子中分离出来,使得分离核酸的群体与其他多聚核苷酸分子至少大约90%同源,并且可以至少大约95、96、97、98、99或100%同源。在本发明的许多实施方案中，由于其已经在体外被合成，核酸被分离而与细胞中的内源性核酸分幵。然而，要理解的是，分离核酸可以随后被混合或汇集在一起。在某些方面，本发明的合成miRNA是RNA或RNA类似物。miRNA抑制剂可以是DNA或RNA、或其类似物。本发明的miRNA和miRNA抑制剂总称为“合成核在一些实施方案中，有长度在17和130个残基之间的miRNA或合成miRNA。本发明涉及长度为、至少为或至多为15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、140、145、150、160、170、180、190、200或更多个残基(包括其间的任意整数或任意范围)的miRNA或合成miRNA分子。在某些实施方案中，合成miRNA具有(a)"miRNA区”，其从5’至3’的序列或结合区与成熟miRNA序列的所有序列或片段相同或互补，和(b)“互补区”，其从5’至3’的序列与(a)中的raiRNA序列的互补性在60%和100%之间。在某些实施方案中，这些合成miRNA也如上所述被分离。术语“miRNA区”是指合成miRNA上的与成熟、天然miRNA序列或其互补序列的全部序列至少75、80、85、90、95或100%(包括其间所有整数)相同的区域。在某些实施方案中，miRNA区是天然miRNA或其互补序列的序列或与天然miRNA或其互补序列的序列至少90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1、99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7、99.8,99.9或100%相同。术语“互补区”或“互补序列”是指成熟、天然miRNA序列或与成熟、天然miRNA序列至少60%互补的核酸的区域或模拟物。互补区具有或至少具有60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8,99.9或100%或其中派生的任意范围的互补性。对于单个多聚核苷酸序列，作为miRNA区和互补区之间化学键合的结果，可以有发夹环结构。在其他实施方案中，互补区在不同的核酸分子上，而不是在miRNA区上,在此情况下,互补区在互补链上,并且miRNA区在活性链上。在本发明的其他实施方案中,有为miRNA抑制剂的合成核酸。miRNA抑制剂的长度在大约17-25个核苷酸之间，并且包括与成熟miRNA的5’-3’序列至少90%互补的5’-3’序列。在某些实施方案中，miRNA抑制剂分子的长度为17、18、19、20、21、22、23、24、或25个核苷酸，或其间派生的任意范围。此外，miRNA抑制剂可具有与成熟miRNA,尤其是成熟的、天然miRNA的5’-3，序列的序列或与成熟的、天然miRNA的5’-3，序列是或至少是70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、99.1,99.2,99.3,99.4,99.5,99.6,99.7,99.8、99.9或100%(或其中派生的任意范围)互补的序列(从5’-3’)。本领域技术人员能够使用与成熟miRNA的序列互补的一部分miRNA序列作为miRNA抑制剂的序列。此外,核酸序列的该部分可被改变使得它仍然包括与成熟miRNA的序列的适当百分比的互补性。在本发明的一些实施方案中，合成miRNA或抑制剂含有一个或多个设计元件。这些设计元件包括但不限于(i)在互补区的5’末端处核苷酸的磷酸根或羟基的取代基团；(ii)在互补区的最前或最后1-6个残基中的一个或多个糖修饰；或，(iii)在互补区的3’端处最后1-5个残基中一个或多个核苷酸与miRNA区的相应核苷酸之间的非互补性。许多设计修饰作用在本领域中是公知的，见下。在某些实施方案中，合成raiRNA在其互补区的5’端处有一个其中磷酸根和/或羟基基团已经被另一化学基团取代的核苷酸(称为“取代设计”)。在一些情况下，磷酸根基团被取代，而在其他情况下，羟基基团被取代。在特定的实施方案中，取代基团是生物素、胺基、低级烷胺基团、乙酰基、2，0Me(2'氧-甲基)、DMT0(具有氧的4，4，-二甲氧三苯甲基)、荧光素、硫醇或吖啶,尽管其他取代基团对于本领域专业技术人员是公知的并也可使其他的实施方案涉及在互补区的最前或最后1-6个残基中具有一个或多个糖修饰的合成miRNA(称为“糖取代设计”)。在某些情况下，在互补区的最前1,2、3、4、5、6或更多个残基或其中派生的任意范围的残基中有一个或多个糖修饰。在其他的情况下，在互补区的最后1,2、3、4、5、6或更多个残基中有一个或多个糖修饰,或在其中派生的任意范围的残基中有一个糖修饰。要理解的是，术语“最前”和“最后”是关于从该区的5’端至3’端的残基顺序。在特定的实施方案中，糖修饰是2’CHfe修饰。在进一步的实施方案中，在互补区的最前或最后2-4个残基或互补区的最前或最后4-6个残基中有一个或多个糖修饰。此设计元件也可用于miRNA抑制剂。因此,如上所述，miRNA抑制剂在5’末端处的核苷酸上具有此设计元件和/或取代基团。在本发明的其他实施方案中，有其中在互补区的3’端处的最后1-5个残基中的一个或多个核苷酸不与miRNA区的相应核苷酸互补(“非互补性”)(称为“非互补设计”)的合成miRNA或抑制剂。非互补性可以在互补miRNA的最后1、2、3、4和/或5个残基中。在某些实施方案中，互补区中的至少2个核苷酸具有非互补性。可考虑本发明的合成miRNA具有一个或多个取代、糖修饰或非互补性设计。在某些情况下,合成RNA分子具有它们中的两个，而在其他这些分子中的适当位置具有所有三种设计。miRNA区和互补区可以在相同或单独的多聚核苷酸....匕在它们包含在相同的多聚核苷酸上或之中的情况下，将认为miRNA分子为单个多聚核苷酸。在不同区域在不同的多聚核苷酸上的实施方案中，将认为合成miRNA由两个多聚核苷酸组成。当RNA分子为单个多聚核苷酸时,在miRNA区和互补区之间可以有连接子区。在一些实施方案中，作为miRNA区和互补区之间键合的结果，单个多聚核苷酸能够形成发夹环结构。连接子组成发夹环。可考虑在一些实施方案中，连接子区的长度是、至少是或至多是2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个残基，或其中派生的任意范围的残基。在某些实施方案中，连接子的长度在3和30个(含)残基之间。除了具有miRNA或抑制剂区和互补区以外，在该区域的5’或3’端处还可以有侧翼序列。在一些实施方案中，在这些区域的一侧或两侧的侧翼有或至少有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个核苷酸或更多个核苷酸，或其中派生的任意范围的核苷酸。本发明的方法包括减少或消除细胞中一种或多种miRNA的活性，该方法包括将miRKA抑制剂(本文中通常可描述为raiRNA,这样在适当的地方,miRNA的描述也将指miRKA抑制剂)导入进细胞中；或在细胞中提供或增强一种或多种miRNA的活性。本发明也涉及通过为细胞提供特定的核酸，诸如特定的合成miRNA分子或合成miRNA抑制剂分子来诱导某种细胞特性。然而，在本发明的方法中，miRNA分子或miRNA抑制剂没有必要是合成的。施方案中，如上所述,miRNA分子和/或miRNA抑制剂是合成的。提供给细胞的特定核酸分子被理解为对应于细胞中的特定miRNA，并且由此，细胞中的miRNA被称为“对应的miRNA”。在指定的miRNA分子被导入进细胞的情况下,对应的miRNA将被理解为被诱导的或被抑制的miRNA或被诱导的或抑制的miRNA功能。然而，可考虑被导入进细胞中的miRNA分子不是成熟miRNA,而是能够在适当的生理条件下变成成熟miRNA或发挥成熟miRNA的功能。在特定的对应的miRNA被miRNA抑制剂抑制的情况下，特定的miRNA将被称为“靶miRNA”。可考虑可涉及多个对应的miRNA。在特定的实施方案中，多于一个的miRNA分子被导入进细胞中。此外，在其他实施方案中，多于一个的miRNA分子被导入进细胞中。此外，(多个)miRNA分子和(多个)miRNA抑制剂的组合可被导入进细胞中。本发明人考虑到miRNA的组合可作用于具有异常表型的细胞的细胞通路中的一个或多个点，并且此类组合对于靶细胞具有较高的功效而不负面地影响正常细胞。由此，miRNA的组合可对受试者或患者具有最小的不良反应，同时提供充分的治疗效应,诸如改善病情、细胞的生长抑制、靶细胞的死亡、改变细胞表型或生理学、延缓细胞生长、提高对第二治疗的敏感性、提高对特定治疗的敏感性、等等。本发明的方法包括鉴定需要诱导那些细胞特性的细胞或患者。还要理解的是,提供给细胞或生物体的一定量的合成核酸是“有效量”，其是指达到所需目标,诸如诱导特定的(多种)细胞特性所需的用量(或足够的量)。在本发明的方法的某些实施方案中，包括向细胞提供或导入能有效达到所需生理学结果的量的对应于细胞中成熟miRNA的核酸分子。此外，本发明的方法可涉及提供合成或非合成的miRNA分子。可考虑在这些实施方案中，该方法可以或可不被限制于提供仅一种或多种合成miRNA分子或仅一种或多种非合成的miRNA分子。由此，在某些实施方案中，本发明的方法可涉及提供合成的和非合成的miRNA分子两者。在这种情况下,最可能向细胞或多个细胞提供对应于特定miRNA的合成miRNA分子以及对应于不同miRNA的非合成miRNA分子。此外，使用一系列miRNA用马库什语言阐述的任何方法可不使用马库什语言来阐述,可代替以可分离项(即，或)描述,反之亦然。在一些实施方案中，有减少或抑制细胞增殖的方法，该方法包括向细胞导入或提供有效量的(i)miRNA抑制剂分子或(ii)对应于miRNA序列的合成或非合成的miRNA分子。在某些实施方案中，本发明的方法涉及向细胞中导入有效量的(i)具有与一种或多种成熟miRNA的5’至3’序列至少90%互补的5’至3’序列的miRNA抑制剂分子。本发明的某些实施方案包括治疗病理状况,尤其是癌症，例如肺癌或肝癌的方法。在一个方面，本发明的方法包括将靶细胞与一种或多种核酸、合成miRNA或包括具有所有或部分miRNA序列的至少一个核酸片段的miRNA接触。该片段可以是5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30或更多个(包括其间的所有整数)核苷酸或核苷酸类似物。本发明的一个方面包括在靶细胞,诸如癌细胞内调控基因表达、miRNA表达或功能或mRNA表达或功能。一般来说，内源性基因、miRNA或mRNA在细胞内被调控。在特定的实施方案中，核酸序列包括至少一个核酸序列与一种或多种miRNA或基因序列至少70、75、80、85、90、95、或100%相同的片段。内源性基因、miRNA或raRNA的表达或加工的调控可通过调控mRNA的加工来进行,此类加工包括细胞内的转录、转运和/或翻译。调控作用也通过对细胞、组织或器官的miRNA活性的抑制或增强实现。此类加工可影响mRNA的编码产物的表达或稳定性。仍然在其他的实施方案中，核酸序列可包括修饰的核酸序列。在某些方面，一种或多种要理解的是在本发明的方法中，通过给予细胞或生物体以--旦进入细胞内就以对应的miRNA发挥作用的核酸分子，可向细胞或其他生物物质诸如生物体(包括患者)提供对应于特定miRNA的miRNA或miRNA分子。提供给细胞的分子的形式可以不是一旦进入细胞内就作为miRNA发挥作用的形式。由此，可考虑在一些实施方案中,提供合成的miRNA或非合成的miRNA,诸如一旦进入至细胞的miRNA加工机器中就被加工称为成熟和活性miRNA的合成的miRNA或非合成的miRNA。在某些实施方案中，具体来说可考虑提供给生物物质的miRNA分子不是成熟miRNA分子,而是一旦进入至miRNA加工机器中就可被加工为成熟miRNA的核酸分子。就miRNA而言术语“非合成的”的意思是,如本文所定义的那样,miRNA不是“合成的”。此外,可考虑在涉及合成miRNA的应用的本发明的实施方案中，相应的非合成的miRNA的应用也被认为是本发明的一个方面，并且反之亦然。将要理解的是术语“提供”一种药剂用来包含将药剂“给予”患者。在某些实施方案中，本发明的方法也包括靶向miRNA以在细胞或生物体中进行调控。术语“靶向miRNA以进行调控”的意思是将采用本发明的核酸以便调控所选择的miRNA。在一些实施方案中，使用对应于靶向的miRNA的合成或非合成的miRNA来完成调控作用，该调控作用能有效地向细胞或生物体提供靶向的miRNA(正向调控)。在其他实施方案中，使用raiRNA抑制剂来完成调控作用，该调控作用能有效地在细胞或生物体中抑制靶向的miRNA(负向调控)。在一些实施方案中，被靶向的要被调控的miRNA是影响疾病、病症或通路的miRNA。在某些实施方案中，miRNA被靶向，因为通过靶向的miRNA的负向调控可提供治疗作用。在其他的实施方案中,miRNA被靶向，因为通过靶向的miRNA或其靶标的正向调控可提供治疗作用。在本发明的某些方法中，进一步具有将所选择的miRNA调节物给予需要与靶向的miRNA的调控相关的治疗或需要本文所讨论的生理学或生物学结果(诸如关于特定的细胞通路或导致细胞活力的类似下降)的细胞、组织、器官或生物体(总称为“生物物质”)的步骤。因此，在本发明的一些方法中，具有鉴定需要可由(多种)miRNA调节物提供的治疗的患者的步骤。可考虑在一些实施方案中可给予有效量的miRNA调节物。在特定的实施方案中，具有赋予生物物质的治疗益处,其中“治疗益处”是指与疾病或病症相关的一种或多种状况或症状的改善或关于疾病的预后、持续时间或状态的改善。可考虑治疗益处包括但不限于疼痛减轻、发病率F降、症状减轻。例如，关于癌症，可考虑治疗益处可以是抑制肿瘤生长、预防转移、减少转移灶数目、抑制癌细胞增殖、诱导癌细胞死亡、抑制癌细胞附近的血管生成、诱导癌细胞的凋亡、疼痛减轻、减少复发的危险度、诱导癌细胞的化学或放射敏感性、延长生命、和/或延缓与癌症直接或间接相关的死亡。此外，可考虑miRNA组合物可作为治疗的一部分结合以传统治疗或预防药剂提供给患者。而且,可考虑在治疗的上下文中讨论的任何方法可预防性地应用，尤其是在被鉴定有可能需要该治疗或处于需要治疗的病症或疾病的风险中的患者中。另外,本发明的方法涉及应用对应于miRNA的一种或多种核酸和治疗药物。该核酸可增强药物的作用或功效、减少任何副作用或毒性、改变其生物利用度、和/或减少用药量或所需的次数。在某些实施方案中，治疗药物是癌症治疗药物。因此，在一些实施方案中，具有治疗患者癌症的方法,该方法包括给予患者以癌症治疗药物和有效量的能提高癌症治疗药物的功效或保护非癌细胞的至少一种miRNA分子。癌症治疗也包括具有基于化疗和放疗两种治疗的多种联合治疗。联合化疗包括但不限于，例如，5-氟尿嘧啶、阿仑单抗、氨柔比星、贝伐单抗、博来霉素、硼替佐米、白消安、喜树碱、卡培他滨、顺钼(CDDP)、卡铂、西妥昔单抗、苯丁酸氮芥、顺钼(CDDP)、EGFR抑制剂(吉非替尼和西妥昔单抗)、甲基苄胼、氮芥、环磷酰胺、喜树碱、C0X-2抑制剂(例如,塞来昔布(celecoxib))、环磷酰胺、阿糖胞苷、异磷酰胺、美法仑、苯丁酸氮芥、白消安、亚硝基脲、更生霉素、达沙替尼、柔红霉素、地塞米松、多西他塞、多柔比星(阿霉素)、EGH抑制剂(吉非替尼和西妥昔单抗)、埃罗替尼、雌激素受体结合剂、依托泊甙CVP16)、依维莫司、法呢基蛋白转移酶抑制剂、吉非替尼、吉西他滨、吉妥单抗、替伊莫单抗、异磷酰胺、甲磺酸伊马替尼、larotaxel、拉帕替尼、洛那法尼、氮芥、美法仑、甲氨喋呤、丝裂霉素、诺维本、亚硝基脲、诺考达唑、奥沙利钼、紫杉醇、普卡霉素、甲基苄胼、雷洛昔芬、利妥西单抗、西罗莫司、索拉非尼、舒尼替尼、他莫昔芬、紫杉酚、多烯紫杉醇、西罗莫司脂化物、替吡法尼、托西莫单抗、反式钼、曲妥珠单抗、长春碱、长春新碱或长春瑞滨或前述药物的任意类似物或衍生变体。一般来说，可给予miRNA的抑制剂以降低内源性miRNA的活性。例如，可向细胞提供能增加细胞增殖的miRNA分子抑制剂以增加增殖或可向细胞提供此类分子的抑制剂以减少细胞增殖。对于使用本文所公开的不同miRNA分子和raiRNA抑制剂所观察到的不同生理学效应，本发明考虑了这些实施方案。这些实施方案包括但不限于下面的生理学效应增加或减少细胞增殖、增加或减少凋亡、增加转化、增加或减少细胞活力、活化或抑制激酶(例如，Erk)ERK、活化/诱导或抑制hTert、抑制促生长通路的刺激(例如，Stat3信号传导)、减少或增加活细胞数量、以及增加或减少在细胞周期的特定时期的细胞数量。通常考虑本发明的方法要包括提供或导入对应于--种或多种不同的miRNA分子的--种或多种不同的核酸分子。可考虑可提供或导入下列的、至少下列的或至多下列的数量的不同的核酸或miRNA分子:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100或其中派生的任意范围。这也应用于可被提供或导入进细胞中的不同miRNA分子的数量。II.药物制剂和递送本发明的方法包括有效量的miRNA或编码其的表达载体的递送。药物制剂的“有效量”通常被定义为足以可检测地和重复地达到所宣称的所需结果的量，例如改善、减少或最小化或限制疾病或其症状的程度。可应用其他更严格的定义,包括消除、根除或治愈疾病。A.给药在某些实施方案中，需要杀死细胞、抑制细胞生长、抑制转移、减少肿瘤或组织大小、和/或逆转或减少细胞恶性或疾病表型。很自然地,给药途径将随着要靶向的病灶或部位的位置和特性而变化，并且包括，例如，皮内给药和制剂、皮下给药和制剂、区域给药和制剂、胃肠外给药和制剂、静脉内给药和制剂、肌内给药和制剂、鼻内给药和制剂、全身给药和制剂和口服给药和制剂。对于散在、实体、易达到的肿瘤或其他易达到的靶区域,特别地考虑直接注射、肿瘤内注射或注射入肿瘤血管中。也可以适合进行局部、区域或全身给药。对于>4cm的肿瘤，要给药的体积将为大约4-10ml(优选10ml)，而对于<4cm的肿瘤，将使用大约1-3ml(优选3ml)的体积。作为单一剂量递送的多次注射包括大约0.1-大约0.5m!体积。本发明的组合物可向肿瘤或靶向部位多次注射给药。在某些方面,注射可以隔开大约1cm的间隔。在外科手术的情况F，本发明可在手术前使用以使不能手术的肿瘤受试者能接受切除术。可选的是，本发明可在手术时、和/或之后使用以治疗残留病灶或转移性疾病。例如,被切除的肿瘤床可用包括miRNA或其组合的制剂注射或灌注。例如，可通过留置在手术部位植入的导管而在切除术后继续给药。也考虑手术后周期性治疗。也考虑连续灌注表达载体或病毒载体。当适当时也可应用连续给药，例如，在肿瘤或其他不需要的受累区域被切除时，并且治疗肿瘤床或靶向部位以消除残留的微小疾病。考虑经注射器或导管的递送。在初始治疗之后,这种连续灌注可持续大约1-2小时、大约2-6小时、大约6-12小时、大约12-24小时、大约1-2天、大约1-2周或更长的时段。通常，经连续灌注的治疗组合物的剂量将等同于单次或多次注射所给予的剂量，在进行灌注的时间段期间进行调整。治疗方案也可以改变,并且经常取决于肿瘤类型、肿瘤位置、免疫状况、靶部位、疾病进展以及患者的健康状况和年龄。某些肿瘤类型将需要更强力的治疗。临床医生最适合于根据治疗制剂的已知功效和毒性(如果有的话)来作出这种决定。在某些实施方案中，被治疗的肿瘤或受累区域可以是，至少最初是不可切除的。由于边缘处的收缩或通过消除某些特别的侵袭性部分，使用本发明的组合物的治疗可增加肿瘤的可切除性。在治疗后,有可能实施切除术。切除术之后的其他治疗可用来消除肿瘤或靶向部位处的微小残留疾病。治疗可包括各种“单位剂量”。单位剂量被定义为含有预定量的(多种)治疗组合物。要被给药的量、以及特定途径和制剂是临床领域技术人员所公知的。单位剂量不需要作为单次注射来进行给药，而是可包括在一定时间段内的连续输注。关于本发明的病毒组分，单位剂量可适当地以Ug或mgmiRNA或miRNA模拟物的方式来描述。可选的是，指定的量可以是作为每天的平均剂量、每周的平均剂量或每月的平均剂量来给药的量。miRNA可以大约或至少大约0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990、1000ug或mg、或其中派生的任意范围的剂量或更多的剂量给予患者。可选的是，指定的量可以是作为每天的平均剂量、每周的平均剂量或每月的平均剂量来给药的量,或可以mg/kg的形式来表述,其中kg是指患者的重量,并且mg如上所指定。在其他的实施方案中,指定的量是上面所讨论的任意数目，但表述为mg/m2(指肿瘤大小或患者表面积)。B.可注射组合物和制剂在一些实施方案中，用于递送miRNA或编码其的表达载体或其组合的方法是经全身给药的方法。然而,本文所公开的药物组合物也可经胃肠外、皮下、直接、气管内、静脉内、皮内、肌内或甚至腹膜内给药，如美国专利第5，543，158号；第5，641，515号和第5，399，363号中所述(每篇专利均具体地全部引入本文作为参考)。核酸的注射液可通过注射器或用于注射溶液的任何其他方法来递送,只要核酸和任何相关的组分可通过注射所需的特定规格的针。注射系统也已被说明用于基因治疗中，其允许在任何深度精确地多次注射预定量的溶液(美国专利第5，846，225号)。活性化合物作为游离碱或药理学可接受的盐类的溶液可在水中适当地与表面活性剂诸如羟丙纤维素混合而制备。分散液也可在甘油、液体聚乙二醇、其混合物以及油中进行制备。在普通的储存和应用条件下,这些制剂含有防腐剂以防止微生物生长。适于注射使用的药物形式包括无菌水溶液或分散液以及用于临时制备无菌注射溶液或分散液的无菌粉末(美国专利第5，466，468号，具体地全部引入本文作为参考)。在所有情况下，剂型必须是无菌的，并且必须是达到易于注射的程度的流体。在制造和储存的条件下，其必须是稳定的,并且必须被防腐以避免微生物诸如细菌和真菌的污染作用。载体可以是含有例如，水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇、和液体聚乙二醇等等)、其适当的混合物、和/或植物油的溶剂或分散介质。例如，可通过使用包衣，诸如卵磷脂，在分散液的情况下通过保持所需的粒度以及通过使用表面活性剂来保持适当的流动性。可通过各种抗菌剂和抗真菌剂,例如,对羟苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸、硫柳汞等来防止微生物的作用。在许多情况下,优选包括等渗剂，例如，糖类或氯化钠。可通过在组合物中使用延缓吸收的药剂，例如，单硬脂酸铝和明胶，来延长可注射组合物的吸收。在某些制剂中，采用水基制剂,而在其他制剂中，其可以是脂基的。在本发明的特定实施方案中，包括肿瘤抑制蛋白或其编码核酸的组合物是在水基制剂中。在其他的实施方案中，该制剂是脂质的。对水溶液的胃肠外给药，例如，如果需要溶液应当适当被缓冲，并且首先使用足量的盐水或葡萄糖使液体稀释剂成为等渗的。这些特定的水溶液特别适合用于静脉内、肌内、皮F、肿瘤内、病灶内和腹膜内给药。关于这一点，根据本公幵书，可采用的无菌水性介质是本领域专业技术人员所公知的。例如，一个剂量可溶解在1ml等渗NaCl溶液中，并且加入至1000ml皮下输液液体中或在计划的输注部位注射，(参见,例如，“Remington'sPharmaceuticalSciences”第15版，第1035-1038页和第1570-1580页)。剂量的一些变化必然地取决于被治疗的受试者的状况。无论如何，负责用药的人都要对单个受试者确定合适的剂量。而且，对于人类的给药，制剂应当满足如FDA生物制品部所要求的无菌性、致热原性、一般安全性、以及纯度标准。如本文所使用的,“载体”包括任意的和所有的溶剂、分散介质、运载体、包衣、稀释剂、抗菌剂和抗真菌剂、等渗剂和吸收延缓剂、缓冲剂、载体溶液、混悬剂、胶体等。这些介质和药剂在药物活性物质中的应用在本领域中是公知的。除了任何常规介质或药剂与活性成分不相容以外,考虑其在治疗组合物中的应用。也可将辅助活性成分掺入至组合物中。短语“药学可接受的”是指当给予人体时不产生过敏反应或类似的不良反应的分子实体和组合物。(多种)核酸以与剂型相容的方式给药，并且其用量在治疗上是有效的。要给药的量取决于要治疗的受试者,包括,例如，疾病或癌症的侵袭性、任何(多个)肿瘤或病变的大小、先前的或其他的疗程。需要给药的活性成分的精确用量取决于医生的判断。用于初始给药和后续给药的适宜方案也是可变的，但其代表是初始给药后紧跟着其他的给药。作为单一剂量这种给药可以是全身给药，在横跨10、20、30、40、50、60分钟，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或更多小时，和/或1、2、3、4、5、6、7天或更长的时间段内连续给药。而且,给药可以通过定时释放或缓释机制，由制剂和/或给药模式来实现。用于递送核酸的各种方法描述在如Sambrook等，1989和Ausubel等1994。这样的核酸递送系统包括期望的核酸，例如包括但不限于或者“裸露”形式的“裸露”核酸或者配制在适于递送的载体中，例如作为与阳离子或形成脂质体的脂的复合物或者作为载体的组分或者作为药物组合物的组分。核酸递送系统可以直接递送如通过与细胞接触或间接递送如通过任何生物过程的作用递送给细胞。例如但不限于,核酸递送系统可以通过胞吞作用、受体靶向作用、与天然的或合成的细胞膜片段偶联、物理途径如电穿孔、核酸递送系统与聚合物载体如控制释放膜或纳米颗粒或微米颗粒或生物相容分子或生物降解分子结合、用载体递送给细胞。另外使用技术如抗体相关的靶向作用和抗体介导的病毒载体固定可以将核酸递送系统提供给细胞。C.联合治疗在某些实施方案中，本发明的组合物和方法涉及miRNA或编码其的表达载体。这些miRNA组合物可与第二治疗联合使用以增强miRNA治疗的效果，或提高被采用的另一治疗的疗效。这些组合物将以能有效达到预期效应的组合量来提供，上述预期效应诸如杀死癌细胞和/或抑制细胞增殖。此过程可涉及将细胞与miRNA或第二治疗同时或在不同的时间接触。这可以通过将细胞与一种或多种包括一种或多种药剂的组合物或药物制剂接触,或通过将细胞与两种或多种不同的组合物或制剂接触来完成，其中一种组合物提供(1)miRNA;和/或⑵第二治疗。可给予的第二组合物或方法包括化学治疗、放射治疗、外科治疗、免疫治疗或基因治疗。可考虑可在相互之间大约12_24h内，且更优选在相互之间大约6_12h内为患者提供miRNA治疗和第二治疗。然而,在一些情况下,可能需要显著地延长治疗的时间期限，其中在分别给药之间经过几天(2、3、4、5、6或7)至几周(1、2、3、4、5、6、7或8)。在某些实施方案中,疗程将持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90天或更长的时间。可考虑-一种药剂可在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、和/或90天、其任意组合时给予，并且另一药剂在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、和/或90天、或其任意组合时给予。在--天(24小时时段)内，可给予患者一次或多次(多种)药剂的给药。而且，在一段疗程之后，可考虑在哪一段时间不给予治疗。此时间段可以持续1、2、3、4、5、6、7天，和/或1、2、3、4、5周，和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12月或更长时间，取决于患者的状况，诸如其预后、力量、健康状况等等。可采用各种组合,例如miRNA治疗为“A”,且第二治疗为“B”:A/B/AB/A/BB/B/AA/A/BA/B/BB/A/AA/B/B/BB/A/B/BB/B/B/AB/B/A/BA/A/B/BA/B/A/BA/B/B/AB/B/A/AB/A/B/AB/A/A/BA/A/A/BB/A/A/AA/B/A/AA/A/B/A本发明的任意化合物对患者的给药或治疗将遵循这些化合物给药的一般方案,如果有的话,考虑载体或任何蛋白或其他药剂的毒性。因此,在一些实施方案中，具有监测由联合治疗产生的毒性的步骤。期望如需要将重复治疗周期。也可考虑各种标准治疗以及外在具体的方面，如本文所述,可考虑采用第二治疗，诸如化学治疗、放射治疗、免疫根据本发明可使用很多种化学治疗药物。术语“化学治疗”是指使用药物治疗癌症。“化学药物”用来表示在治疗癌症中给药的化合物或组合物。这些药剂或药物通过其在细胞内的活性模式来分类，例如，它们是否影响细胞周期以及它们影响细胞周期的哪个阶段。可选的是，可基于药剂直接交联DNA、嵌入DNA中、或通过影响核酸合成来诱导染色体和有丝分裂畸变的能力,来对药剂进行定性。大多数化学药物分为下列的几类烷化剂、抗代谢药物、抗肿瘤抗生素、有丝分裂抑制剂和亚硝基脲。a.烷化剂烷化剂是直接与基因组DNA相互作用以防止癌细胞增殖的药物。此类化学药物代表了影响细胞周期的所有阶段的药剂，即，它们是非阶段特异性的。烷化剂可被用来治疗慢性白血病、非霍奇金淋巴瘤、霍奇金病、多发性骨髓瘤、以及乳腺、肺和卵巢的特定癌症。它们包括白消安、苯丁酸氮芥、顺钼、环磷酰胺(环磷氮芥)、达卡巴嗪、异磷酰胺、氮芥(mustargen)和美法仑。曲格列酮可被用来与这些烷化剂的任意一种或多种联合治疗癌b.抗代谢药物抗代谢药物破坏DNA和RNA合成。不象烷化剂，它们特定地在S期期间影响细胞周期。除了乳腺、卵巢和胃肠道肿瘤以外，它们已经被用来对抗慢性白血病。抗代谢药物包括5氟尿嘧啶(5-FU)、阿糖胞苷(AnC)、氟达拉滨、吉西他滨、和甲氨蝶呤。5-氟尿嘧啶(5-FU)的化学名称为5_氟-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮。其作用机制被认为是通过阻断脱氧尿苷酸至胸腺嘧啶脱氧核苷酸的甲基化反应。因此，5-FU千扰脱氧核糖核酸(DNA)的合成，并且较小程度地抑制核糖核酸(RNA)的形成。由于DNA和RNA对于细胞分裂和增殖是必要的，因此认为5-FU的作用是产生胸腺嘧啶核苷缺乏，导致细胞死亡。因此,5-FU的作用见于迅速分裂的细胞中，迅速分裂是转移性癌症的特征。c.抗肿瘤抗生素抗肿瘤抗生素同时具有抗菌活性和细胞毒活性。这些药物也通过化学性地抑制酶类和有丝分裂或改变细胞膜来干扰DNA。这些药剂不是阶段特异性的，因此它们在细胞周期的所有时期中均发挥作用。因此,它们广泛用于多种癌症。抗肿瘤抗生素的实例包括博来霉素、更生霉素、柔红霉素、多柔比星(阿霉素)、和伊达比星，它们中的一些在下面更详细地进行讨论。这些化合物广泛用于治疗肿瘤的临床应用中，它们通过静脉推注给药，对阿霉素剂量范围为以21天间隔的25-75mg/ra2,对依托泊甙剂量为静脉或口服35-10()mg/m2。d.有丝分裂抑制剂有丝分裂抑制剂包括植物生物碱和可抑制细胞分裂或有丝分裂所需的蛋白质合成的其他天然药剂。它们在细胞周期中的特定时期期间工作。有丝分裂抑制剂包括多西他塞、依托泊甙(VP16)、紫杉醇、紫杉酚、多烯紫杉醇、长春碱、长春新碱和长春瑞滨。e.亚硝基脲类亚硝基脲类，类似烷化剂，抑制DNA修复蛋白。除了脑肿瘤以外，它们用于治疗非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤。实例包括卡氮芥和洛莫司汀。2.放射治疗放射治疗也称为放射线治疗,其采用电离放射治疗癌症和其他疾病。电离放射沉积能量，通过损害细胞的遗传物质，损伤或破坏被治疗的区域中细胞，使这些细胞不可能继续生长。尽管放射同时损害癌细胞和正常细胞，但后者能够修复自身并且正常地发挥功能。放射治疗可用来治疗局限性实体肿瘤，诸如皮肤、舌、喉、脑、乳腺或子宫颈的癌症。其也可用来治疗白血病和淋巴瘤(分别为造血细胞和淋巴系统的癌症)。根据本发明使用的放射治疗可包括但不限于应用、~线、X-线和/或放射性同位素至肿瘤细胞的定向递送。也考虑其他形式的DNA损害因子，诸如微波、质子束辐射(美国专利第5，760，395号和第4，870，287号)以及紫外线照射。最可能的是,所有这些因子对DNA、DNA的前体、DNA的复制和修复以及染色体的组装和维护产生大范围的损害。X-线的剂量范围从每天50-200伦琴的剂量持续较长的时间段(3-4周)至2000-6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围变化范围很宽，并且取决于同位素的半衰期、发射的放射线225的强度和类型，以及肿瘤细胞的摄取。放射治疗可包括应用放射标记抗体以直接向癌症部位递送各种剂量的放射线(放射免疫治疗)。一旦注射入体内，抗体主动地搜索到癌细胞，通过放射线的细胞杀伤(细胞毒)作用破坏癌细胞。这种方法可使放射线损害健康细胞的风险降至最小。用于脑和其他肿瘤的立体定向放射外科(Y刀)不使用刀而是来自几百个不同角度的非常准确定向的Y放射治疗射线束。仅需要一次放射治疗，需要大约4-5个小时。对于此种治疗，在头部安装一个专门制造的金属框架。然后,执行数次扫描和x-线以找到需要治疗的准确区域。在脑肿瘤的放射治疗期间，患者躺着,头置于一个大的头罩中，该头罩中有几百个洞允许放射治疗射线束通过。相关的方法允许进行定位以治疗机体其他区域中的肿瘤。就癌症治疗而言,免疫治疗通常依赖于应用免疫效应细胞和分子以靶向和破坏癌细胞。曲妥珠单抗(Herceptin)是此类的一个实例。免疫效应物可以是,例如，对肿瘤细胞表面—t的一些标记特异的抗体。抗体可单独地用作治疗的效应物或其可募集其他细胞来实际地发挥细胞杀伤作用。抗体也可与药物或毒素(化学药物、放射性核素、蓖麻毒素A链、霍乱毒素、百日咳毒素等)交联,并且仅用作靶向药剂。可选的是,效应物可以是携带有与肿瘤细胞靶标直接或间接作用的表面分子的淋巴细胞。各种效应细胞包括细胞毒性T细胞和NK细胞。治疗模式的组合，即，直接细胞毒活性和ErbB2的抑制或减少，将在过度表达ErbB2的癌症的治疗中提供治疗益处。在免疫治疗的一个方面,肿瘤或疾病细胞必须带有一些易于靶向的标记，即，这些标记不存在于大多数其他细胞上。存在有许多肿瘤标记,并且就本发明而言，这些标记中的任意一个可适合用于靶向。常见的肿瘤标记包括癌胚抗原、前列腺特异抗原、泌尿肿瘤相关抗原、胚胎抗原、酪氨酸酶(p97)、gp68、TAG-72、HMFG、唾液酸化路易斯抗原、MucA、MucB、PLAP、雌激素受体、层粘连蛋白受体、erbB和pl55。免疫治疗的一个可选的方面是将抗癌效应与免疫剌激效应相结合。存在的免疫刺激分子也包括细胞因子诸如IL-2、IL-4、IL-12、GM-CSF、Y-IFN，和趋化因子诸如MIP-1、MCP-1、IL-8,以及生长因子诸如FLT3配体。已经显示将免疫刺激分子，作为蛋白或使用基因递送与肿瘤抑制因子诸如MDA-7结合能增强抗肿瘤效应(Ju等人，2000)。而且,针对这些化合物的任意一个的抗体可用来靶向本文所讨论的抗癌剂。目前处于研究中或应用中的免疫治疗的实例是免疫佐剂，例如，牛分枝杆菌、恶性疟原虫、二硝基氯苯和芳香族化合物(美国专利第5，801，005号和第5，739，169号；Hui和Hashimoto,1998;Christodoulides等人，1998),细胞因子治疗，例如干扰素a、旦禾口y；IL-1、GM-CSF和TNF(Bukowski等人，1998；Davidson等人，1998；Hellstrand等人，1998)，基因治疗，例如，TNF、IL-1、IL-2、p53(Qin等人，1998；Austin-Ward和Villaseca,1998；美国专利第5，830，880号和第5，846，945号)以及单克隆抗体,例如，抗神经节苷脂GM2、抗HER-2、抗pl.85；Pietras等人，1.998；Hanibuchi等人，1998；美国专利第5，824，311号)。赫赛汀(曲妥珠单抗)是阻断HER2-neU受体的嵌合(鼠-人)单克隆抗体。其具有抗肿瘤活性，并且已经被批准用于治疗恶性肿瘤(Dillman,1999)。表6是几种已知的抗癌免疫治疗剂和它们的靶的非限定列表。可考虑这些治疗中的一种或多种与本文所述的miRNA治疗可-一起采用。表6.癌免疫治疗剂和它们的靶通用名称西妥昔单抗帕尼单抗曲妥珠单抗贝伐单抗阿仑单抗吉妥单抗奥唑^利妥昔单抗托西莫单抗马妥珠单抗替伊莫单抗托西莫单抗HuPAM4MORAb-009G250mAb8H98H9M195IpiliraumabHuLuc63阿仑单抗依帕珠单抗BC8HuJ591hA20来沙木单抗帕妥珠单抗Mik-0-lRAV12SGN-30AME-133vHeFi-1BMS-663513VolociximabGC1.008HCD122希普利珠单抗MORAb—003星靶EGFREGFRerbB2受体VEGFCD52CD33CD20CD20EGFRCD20CD20MUC1间皮素碳酸酐酶IXCD33CTL.A4CS1CD53CD22CD45前列腺特异性膜抗原CD20TRAIL受体-2HER-2受体IL-2RRAAG12CD30CD20CD30CD137抗-《5f31整联蛋白TGFPCD40CD2叶酸受体《<formula>formulaseeoriginaldocumentpage228</formula>[1003]有许多不同的方法用于癌症的被动免疫治疗。它们可被宽泛地分为以下几类单独注射抗体；注射与毒素或化学治疗药物偶联的抗体；注射与放射性同位素偶联的抗体；注射抗独特型抗体；以及最后地,在除去骨髓中的肿瘤细胞。4.基因治疗还在另一个实施方案中，联合治疗涉及基因治疗,其中在给予一种或多种治疗性miRNA之前、之后或同时给予治疗性多聚核苷酸。治疗性多肽或编码核酸结合miRNA的递送可对靶组织具有综合的治疗效应。多种蛋白质包涵在本发明内，其中一些在下面说明。可与本发明结合的被靶向用于一些形式的基因治疗的各种基因包括但不限于细胞增殖的诱导物、程序性细胞死亡的调节剂、细胞因子和其他治疗核酸或编码治疗蛋白的核酸。肿瘤抑制癌基因的作用是抑制过度的细胞增殖。这些基因的失活破坏了其抑制活性，导致无节制的增殖。可采用肿瘤抑制因子(例如，治疗多肽)P53、FHIT,pl6和C-CAM。除了p53以外，另一个细胞增殖抑制剂是pl6。真核细胞细胞周期的主要转换过程是由细胞周期蛋白依赖性激酶或CDK来触发的。一种CDK,细胞周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)调节G1的进程。该酶的活性可能是在G1晚期磷酸化Rb。CDK4的活性由活化亚单位、D-型细胞周期蛋白和抑制性亚单位，pl6INK4控制，后者已经被生化表征为特异地结合并抑制CDK4并且由此可调节Rb磷酸化的蛋白(Serrano等人，1993；Serrano等人，1995)。由于P16INK4蛋白是CDK4抑制剂(Serrano,1993),因此该基因的缺失可增加CDK4的活性，导致Rb蛋白的过磷酸化。已知pl6也调节CDK6的功能。pl6INK4属于一种刚被提到的CDK抑制蛋白类型，该类蛋白也包括pl6B、pl9、p21ffAFl和p27KIPl。pl6INK4基因定位在9p21,在许多肿瘤类型中该染色体区常常被缺失。P16INK4基因的纯合子缺失和突变在人肿瘤细胞系中很常见。该证据表明P16INK4基因是肿瘤抑制基因。然而，这种解释已经受到了挑战，因为观察到在原代未培养的肿瘤中，P16INK4基因改变的频率比培养的细胞系低得多(Caldas等人，1994；Cheng等人，1994；Hussussian等人，1994；Kamb等人，1994；Mori等人，1994；Okaraoto等人，1994；Nobori等人，1995；Orlow等人，1994；Arap等人，1995)。通过使用质粒表达载体转染恢复野生型P16INK4功能能减少一些人癌细胞系的集落形成(Okamoto,1994；Arap,1995)。根据本发明可采用的其他基因包括Rb、APC、DCC、NF-1、NF-2、WT-1、MEN-I、MEN-II、zac1、p73、VHL、MMAC1/PTEN、DBCCR-1、FCC、rsk-3、p27、p27/p16融合体、p21/p27融合体、抗凝血基因(例如，C0X-1、TFPI)、PGS、Dp、E2F、ras、myc、neu、raf、erb、fms、trk、ret、gsp、hst、abl、E1A、p300、参与血管生成的基因(例如，VEGF、FGF、血小板反应素、BAI-1、GDAIF、或其他受体)和MCC。5.外科手术大约60%的癌症患者将经历--些类型的外科手术,包括预防、诊断性或分期、治愈性和姑息性手术。治愈性手术是可与其他治疗诸如本发明的治疗、化学治疗、放射治疗、激素治疗、基因治疗、免疫治疗和/或各种替代治疗结合使用的癌症治疗。[1012]治愈性手术包括切除术,其中所有或部分癌组织被物理性去除、切除和/或破坏。肿瘤切除术是指物理去除至少部分肿瘤。处理肿瘤切除术以外，外科手术治疗包括激光外科手术、冷冻外科手术、电外科手术和显微镜下控制性外科手术(莫式外科手术(Mohs'surgery))0进一步考虑的是,本发明可与浅表癌、癌前病变或附带量的正常组织的去除结合使用。在切除全部癌细胞、组织或肿瘤的一部分时，在机体中可形成腔。可使用其他的抗癌治疗通过灌注、直接注射或区域的局部用药来完成治疗。可重复此类治疗，例如，每1、2、3、4、5、6、或7天,或每1、2、3、4、和5周或每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12月一次。这些治疗也可以使用不同的用药量。6.其他药剂可考虑其他药剂可与本发明联合使用以提高治疗的疗效。这些其他药剂包括免疫调节剂、影响细胞表面受体的上调和缝隙连接的药剂、细胞生长抑制剂和分化剂、细胞粘附抑制剂、增加增殖细胞对细胞凋亡诱导剂的敏感性的药剂或其他生物制剂。免疫调节剂包括肿瘤坏死因子；千扰素a、和Y；IL-2和其他细胞因子；F42K和其他细胞因子类似物；或MIP-1、MIP-、MCP-1、RANTES和其他趋化因子。进一步可考虑细胞表面受体或其配体诸如Fas/Fas配体、DR4或DR5/TRAIL(Apo2配体)的上调将通过对增殖细胞建立自分泌或旁分泌效应而增强本发明的凋亡诱导能力。通过增加缝隙连接的数目增加细胞间信号传导将增加对邻近过度增殖细胞群的抗过度增殖效应。在其他实施方案中，细胞生长抑制剂或分化剂可与本发明联合使用以提高治疗的抗过度增殖功效。细胞粘附抑制剂被认为能提高本发明的功效。细胞粘附抑制剂的实例是粘着斑激酶(FAK)抑制剂和洛伐他汀。进一步考虑能增加过度增殖细胞对凋亡的敏感性的其他药剂,诸如抗体c225将与本发明联合使用以提高疗效。Apo2配体(Apo2L,也称为TRAIL)是肿瘤坏死因子(TNF)细胞因子家族的成员。TRAIL在许多类型的癌细胞中激活快速凋亡，然而对正常细胞没有毒性。TRAILmRKA出现在许多组织中。大多数正常细胞似乎对TRAIL的细胞毒作用有耐受性,表明存在有可对抗TRAIL的凋亡诱导作用的机制。第一个被阐明的TRAIL的受体称为死亡受体4(DR4)，其含有胞浆“死亡结构域”;DR4传递由TRAIL携带的凋亡信号。已经鉴定了与TRAIL结合的其他受体。一种受体，称为DR5，非常类似DR4,其含有胞浆死亡结构域，并且传导凋亡的信号。DR4和DR5mRNA在许多正常组织和肿瘤细胞系中表达。近年来，已经鉴定了诱杀受体诸如DcRl和DcR2,该受体防止TRAIL通过DR4和DR5诱导凋亡。由此这些诱杀受体代表了直接在细胞表面处调节对促凋亡细胞因子的敏感性的新机制。这些抑制性受体在正常细胞的优先表达表明TRAIL可用作抗癌剂，其诱导癌细胞凋亡而保护正常细胞(Marsters等人，1999)。在引入细胞毒化学治疗药物后在癌症治疗方面已经有许多进展。然而,化学治疗的一个后果是发生/获得耐药表型以及发生多重耐药性。耐药性的发生仍然是治疗此类肿瘤的主要障碍，并且因此，很显然有替代方法诸如基因治疗的需求。用于与化学治疗、放射治疗或生物治疗相结合的另一种治疗形式包括热疗法,其是将患者的组织暴露于高温的操作(直至106°F)。外部或内部加热装置可用于局部、区域或全身热疗法的应用中。局部热疗法涉及将热量应用于小区域，诸如肿瘤。可从体外的装置采用高频波从外部生成热量来靶向肿瘤。内部热量可涉及无菌探头，包括细的加热丝或充满温水的中空管、植入的微波天线或射频电极。对于区域治疗，加热患者的器官或肢体，其使用能产生高能量的装置诸如磁体来完成。可选的是，一些患者的血液在灌注至将被内部加热的区域之前可被取出并加热。在癌症已在机体内扩散的情况下也可实施全身加热。为此目的,可使用温水毯、热蜡、感应线圈和高温室。激素治疗也可用来与本发明结合或与以前所述的任意的其他癌症治疗相组合。在某些癌症诸如乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌或子宫颈癌的治疗中可采用激素，以降低某些激素诸如睾酮或雌激素的水平或阻断其作用。这种治疗经常与至少一种其他的癌症治疗联合使用作为治疗选择或用于减少转移的风险。此申请将以于2005年2月8日提交的美国临时申请系列号第60/650，807号为优先权的2006年2月8日提交的美国申请系列号第11/349，727号的内容全部引入本文作为参考。III.MIRNA分子微小RNA分子(“miRNA”)的长度通常为21_22个核苷酸，尽管已报道有长度为19以及直至23个核苷酸的miRNA分子。每个miRNA都是从较长的前体RNA分子(“前体miRNA”)加工而来的。前体miRNA从非蛋白编码基因转录而来。前体miRNA具有两个互补区，它们能形成茎-环或折回样结构，在动物中其被称为切酶的核糖核酸酶III样核酸酶切割。加工的miRNA—般是茎的部分。加工的miRNA(也称为“成熟miRNA”)变成大复合体的一部分以下调特定的靶基因或其基因产物。动物miRNA的实例包括那些与靶标的碱基对不完全配对的raiRNA，其能中止翻译(Olsen等人，1999；Seggerson等人,2002)。siRNA分子也被切酶加工,但是从长的双链RNA分子加工而来。siRNA不是在动物细胞中天然发现的，但它们可通过RNA诱导沉默复合体(RISC)来指导mRNA靶标的序列特异性切割(Denli等人，2003)。A.阵列制备本发明的某些实施方法涉及mRNA或核酸阵列、miRNA或核酸阵列、和/或miRNA或核酸探针阵列的制备和应用，这些阵列是与多个核酸、mRNA或miRNA分子、前体miRNA分子或来源于由miR34miRNA调控的多种基因和基因通路的核酸完全或近似互补(在探针的长度上)或相同(在探针的长度上)的、并且被定位在空间上分开的支持物或支持材料上的核酸分子(探针)的巨阵列(macroarray)或微阵列。巨阵列--般是其上已点有探针的硝酸纤维素或尼龙片。微阵列将核酸探针更致密地定位使得直至10，000个核酸分子可被安装在一般为1-4平方厘米的区域中。微阵列的制造可通过将核酸分子,例如，基因、寡核苷酸等点在基质上或将寡核苷酸序列原位制造在基质上。被点上或制造的核酸分子可以高密度矩阵模式来应用，该高密度矩阵模式为每平方厘米直至大约30个不相同的核酸分子,或更多，例如，直至每平方厘米大约100或甚至1000个。与硝酸纤维素基材料的滤膜阵列相比，微阵列一般使用涂层玻璃作为固体支持物。采用具有标记RNA和/或miRNA互补核酸样品的有序阵列，每个样品的位置可被跟踪并且与原始样品相关联。许多不同的阵列装置是本领域专业技术人员所公知的,这些装置中多种不同的核酸探针稳定地与固体支持物的表面相缔合。用于阵列的基质包括尼龙、玻璃、金属、塑料、？L胶和硅。这些阵列可以许多不同的方面发生变化,包括平均探针长度、探针的序列或类型、2305J键的特性,例如丨，共价键或非共价键，等等。本发明的标记和筛选方法以及阵列就任何参数而言在其实用性方面不受限制，除了探针检测miRNA、或基因或代表基因的核酸以外；因此，各方法和组合物可用于多种不同类型的核酸阵列。制备微阵列的代表性的方法和仪器已有说明，例如，见美国专利5，1.43，854644；5，324，633；，436，327；，503，980547，839；，593，839；,654，413；，744’3055，876，932......),638，717W095/11995；W095/21265；W095/21944；W0[W097/27317；W099/35505；W009923256；W009936760；W00138580；W00168255W003020898；W003040410；W003053586；W003087297；W003091426；W003100012；W004020085；W004027093；EP373203；EP785280；EP799897和UK8803000；这些专利文献的公幵内容所有都弓I入本文作为参考。可考虑阵列可以是高密度阵列，使得它们含有2、20、25、50、80、100或更多种不同的探针。可考虑它们可含有1000、1.6，000、65，000、250，000或1，000，000或更多种不同的探针。探针可针对一种或多种不同的生物体或细胞类型中的mRNA和/或miRNA靶标。在--5，202，5，424，5，472，5，529，5，571，5，624，5，667，5，837，6，368’231；5,186；5，672；5，756；5，639；5，711；5,972；5’196；5，799；6，242’429’532;580;631:695:87L383,974；5’807；5，806；5’128；5，726；5，134；5，940；5，928；5，749；6’288’432，525’545，580’639，700，847，617，049464531；5732；;603；;637；52191125384445510554599658800919720261934270501695734626138,'35505;W0405,783；5，412，087468，613；5，470，710525，464；5，527，681556，752；5，561，071599，672；5，610;287661，028；5，665，547807，522；5，830，645004，755；6，087，102以及W093/171263/31622；TO97/10365些实施方案中寡核苷酸探针的长度范围是5-￡5-45,10-40,9-2,10、15、20至20,15-40个核苷酸。在、40个核苷酸，包括其某些实施方案中，寡核苷酸探针的长度为间的所有整数和范围。在阵列中每条不同的探针序列的位置和序列通常是已知的。此外，大量的不同探针可占据相对小的区域，提供具有通常超过大约60、100、600、1000、5，000、10，000,40,000、100，000或400，000个不同的寡核苷酸探针/cm2的探针密度的高密度阵列。阵列的表面积可以为大约或小于大约1、1.6、2、3、4、5、6、7、8、9或10cm20此外，本领域普通技术人员可很容易地分析使用阵列生成的数据。在上面公开了此类使用方案，并且此类使用方案包括见于F列专利文献中的信息W09743450；W003023058；W003022421；W003029485；W003067217；W003066906；W003076928；W003093810；WO03100448A1，所有这些文献专门地引入作为参考。B.样品制备可考虑使用本发明的阵列、探针索引或阵列技术来分析许多种样品的RNA和/或miRNA。尽管内源性miRNA考虑用于本发明的组合物和方法，但如本文所述也可处理和分析重组raiRNA包括与内源性miRNA或前体miRNA互补的或相同的核酸。样品可以是生物标本,在此情况下,它们可以来自活检标本、细针抽吸、剥脱物、血液、组织、器官、精液、唾液、细胞，尤其是癌细胞或增殖细胞的任何样YI、其他体液、毛囊、品。在某些实施方案牛=品可以是但不限于活4.或从活检标本或其他体绍纯化或富集到--定程度的细胞。可选的是,样品可以不是生物标本,而是化学混合物,诸如无细胞反应混合物(可含有一种或多种生物酶)。C.杂交在制备一个阵列或一组探针和/或标记样品中的核酸或标记探针之后,靶核酸群与该阵列或探针在杂交条件下接触,其中就被执行的具体测定而言,此类条件可根据需要调整以提供最佳水平的特异性。适当的杂交条件是本领域专业技术人员所熟知的，并且其综述见Sambrook等人(2001)和WO95/21944。在许多实施方案中具有特别注意的是在杂交期间使用严谨条件。严谨条件对本领域专业技术人员是公知的。具体地可考虑单个阵列或--组探针与多个样品接触。样品可用不同的标记物标记以区分各样品。例如，单个阵列可与用Cy3标记的肿瘤组织标本以及用Cy5标记的正常组织标本接触。对于与阵列上的探针对应的特定miRNA，样品之间的差异可以很容易地确定和定量。阵列的小表面积允许均--的杂交条件,诸如温度调节和盐含量。此外，由于高密度阵列占用的面积小，因此可以极小的的液体体积执行杂交(例如，大约250μ1或更小的体积，包括大约或小于大约5、10、25、50、60、70、80、90、100μ1的体积，或其中派生的任何范围)。以小的体积,杂交可非常迅速地进行。D.差异表达分析本发明的阵列可用来检测两个样品之间的差异。具体考虑的应用包括鉴定和/或定量正常样品和非正常样品中miRNA或基因表达之间的差异、疾病或病症和不显示这种疾病或病症的细胞之间的差异、或两种不同处理的样品之间的差异。也可比较被认为易患特定疾病或病症的样品和被认为不易患或抵抗该疾病或病症的样品之间的miRNA或基因表达。非正常的样品是显示疾病或病症的(多种)表型或基因性状的样品，或是就该疾病或病症而言被认为是非正常的样品。其可与就该疾病或病症而言是正常的细胞相比较。表型性状包括疾病或病症的症状或对该疾病或病症的易感性,该疾病或病症的构成因素是或可以是或可以不是遗传因素，或由(多个)增殖或肿瘤细胞引起。阵列包括固体支持物，核酸探针附着在支持物上。阵列一般包括多个不同的核酸探针，探针偶联在基质的表面上不同的已知位置上。这些阵列也被称为“微阵列”或俗称为“芯片”，它们在本领域中已有广泛的说明，例如，美国专利5，143，854,5,445，934、5,744,305,5,677，195,6,040,193,5,424，186和Fodor等人(1991),每篇文献都通用地全部引入本文作为参考。使用机械合成法合成这些阵列的技术描述在，例如，美国专利第5，384，261号中，该专利通用地全部引入本文作为参考。尽管在某些方面使用平面阵列表面，但阵列可制造在实际上任意形状的表面或甚至多个表面上。阵列可以是在珠子、凝胶、聚合表面、纤维诸如光纤、玻璃或任何其他合适的基质上的核酸,参见美国专利第5，770，358,5,789，162,5,708，153,6,040,193号和第5，800，992号，这些专利通用地全部引入本文作为参考。阵列可以允许所有内含装置的诊断或其他操作的方式进行包装,参见，例如，美国专利第5，856，174号和第5，922，591号，这些专利通用地全部引入本文作为参考。也参见于2000年4月7日提交的美国专利申请系列号第09/545,207号中涉及阵列、其制造以及其特性的附加信息，该申请通用地全部引入本文作为参考。具体来说,阵列可用来评价样品与病理状况诸如癌症和相关病症。具体考虑本发明可用来评价疾病的分期或亚型分类之间的差异,诸如良性、癌性和转移组织或肿瘤之间的差异。要评价的表型性状包括诸如下列的特性寿命、发病率、预期生存期、对特定药物或治疗性处理的易感性或感受性(药物功效)、以及药物毒性的风险。在这些表型性状中有差异的样品也可使用本发明所述的组合物和方法来评价。在某些实施方案中，可生成miRNA和/或表达谱以评价这些表达谱并将其与药代动力学或疗法相关联。例如,可在患者被治疗之前或治疗期间对患者肿瘤和血液标本生成这些表达谱并评价以确定是否有其表达与患者治疗的后果相关的miRNA或基因。差异miRNA或基因的鉴定可产生用于评价肿瘤和！或血液标本的诊断测定，以确定应该给患者提供哪种用药方案。另外，其可用来鉴定或选择适合特定临床实验的患者。如果表达谱被确定与药物功效或药物毒性相关，则该表达谱与该患者是否是接受药物、接受药物组合、或接受特定剂量的药物的合适患者有关。除了上述预后测定以外,来自患有许多种疾病的患者的标本可被评价以确定是否基于miRNA和/或相关基因表达水平可鉴定不同的疾病。基于表达谱可建立诊断测定，医生可使用该测定来鉴定患有疾病的个体或谁处于发生疾病的危险中。可选的是，可基于miRNA谱可设计治疗方法。此类方法和组合物的实例描述在于2005年5月23日提交的题目为“涉及miRNA和miRNA抑制剂分子的方法和组合物”的名为DavidBrown、LanceFord、AngleCheng和RichJarvis的美国临时专利申请中，该申请全部引入本文作为参考。E.其他测定除了阵列和微阵列的应用以外，考虑可采用许多不同的测定来分析miRNA或相关基因、其活性以及其效应。此类测定包括但不限于核酸扩增、聚合酶链式反应、定量PCR、RT-PCR、原位杂交、Northern杂交、杂交保护分析(HPA)(GenProbe)、分支DNA(bDNA)测定(Chiron)、滚环扩增(RCA)、单分子杂交检测(USGenomics)、侵染测定(ThirdWaveTechnologies)、和/或·桥接测定(BridgeLitigationAssay)(Genaco)。IV.核酸本发明涉及用于阵列分析中或在诊断、治疗或预后应用中采用的核酸、修饰的或模拟的核酸、miRNA、mRNA、基因、及其可被标记的代表片段，尤其是与病理状况诸如癌症相关的那些分子。这些分子可以已经由细胞内源性地产生,或已经被化学或重组合成或产生。它们可以是分离的和/'或纯化的。本文所述的各miRNA包括相应的SEQIDNO以及这些miRNA序列的登录号。miRNA的名称经常缩写并且被提到时没有"hsa-"前缀，并且根据上下文，其将照此理解。除非另外指明，在本申请中提到的miRNA是被鉴定为miR-Χ或Iet-X的人序列，其中X是数字和/或字母。在某些方面,可使用注以后缀“5P”或“3P”的miRNA探针。“5P”表示成熟miRNA来自前体的5’端，并且相应的“3P”表示其来自前体的3’端，如全球信息网的sanger.ac.uk上所述。此外，在一些实施方案中，使用的miRNA探针不对应于已知的人miRNA。考虑这些非人raiRNA探针可用于本发明的实施方案中,或可存在有与非人miRNA同源的人miRNA。在其他实施方案中，可采用任意的哺乳动物细胞、生物标本或其制剂。在本发明的一些实施方案中，涉及miRNA的各方法和组合物可涉及miRNA、标记(例如，mRNA)、和/或其他核酸。核酸的长度可以是、至少是、或至多是3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、1.03、1.04、105、106、107、108、109、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、68()、690、70()、710、72()、730、74()、750、76()、770、78()、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000个核苷酸，或其间派生的任意范围。这些长度覆盖了加工miRNA、miRNA探针、前体miRNA、含miRNA载体、mRNA、mRNA探针、对照核酸和其他探针和弓丨物的长度。在许多实施方案中，miRNA的长度为19-24个核苷酸，而raiRNA探针的长度为19-35个核苷酸,取决于加工miRNA和添加的任意侧翼区的长度。在人体中，miRNA前体的长度通常在62和110个核苷酸之间。本发明的核酸具有与另一核酸相同或互补的区域。考虑互补或相同的区域可以是至少5个相邻残基,尽管具体地考虑该区域是、至少是、或至多是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000个相邻核苷酸。进一步要理解的是前体miRNA或其他核酸内或miRNA探针和miRNA或miRNA基因之间的互补长度是这些长度。此外，互补性可以百分比表示，其含义是在探针的长度上,探针与其靶标之间的互补性为90%或更高。在一些实施方案中，互补性为或至少为90%、95%或100%。具体来说，这些长度可应用于包括本文所述的SEQIDNO、登录号的任--个中鉴定的核酸序列、或本文所公开的任何其他序列的任意核酸。一般来说，给出了miRNA和加工miRNA序列的通用名(前缀为其鉴定来源，例如，对于人序列是“hsa”)。除非另外指明,没有前缀的miRNA将被理解为是指人miRNA。此外,miRNA名称中的小写字母可以是或不是小写的；例如,hsamir130b也可称为miR130B。术语“miRNA探针”是指可鉴定特定miRNA或结构上相关的miRNA的核酸探针。要理解的是一些核酸来源于基因组序列或基因。就此而言，为了简单起见，对于指定miRNA或基因，术语“基因”用于指编码前体核酸或miRNA的基因组序列。然而，本发明的实施方案可涉及参与其表达的miRNA的基因组序列，诸如启动子或其他调控序列。可使用术语“重组”,并且其通常是指已经在体外被操作的分子或该分子的复制或表达产物。术语“核酸”在本领域中是公知的。本文所使用的“核酸”通常将指包括核碱基的DNA、RNA或其衍生物或类似物的分子(一条或多条链)。核碱基包括,例如，见于DNA(例如，腺嘌呤“A”、鸟嘌呤“G”、胸腺嘧啶“T”或胞嘧啶“C”)或RNA(例如，A、G、尿嘧啶“U”或0中的天然嘌呤或嘧啶碱基。术语“核酸”包含术语“寡核苷酸”和“多聚核苷酸”，它们各自是术语“核酸”的亚属。术语“miRNA”通常是指单链分子,但在特定的实施方案中，本发明中提供的分子也将包含与同一单链分子的另一区域或与另一核酸部分地(横跨链的长度，互补性在10和50%之间)、基本上(横跨链的长度，互补性大于50%但小于100%)、或完全地互补的区域序列”的分子。例如,前体miRNA可具有自补区,其达到100%互补性。本发明的miRNA探针或核酸可包括、可以具有或可以至少具有与其靶标60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、要理解的是本发明的“合成核酸”是指核酸不具有天然核酸的所有或部分化学结构或序列。因此,要理解的是术语“合成miRNA”是指在细胞中或在生理条件下发挥天然miRNA的功能的“合成核酸”。尽管本发明的实施方案可涉及合成miRNA或合成核酸，但在本发明的一些实施方案中，(多个)核酸分子不需要是“合成的”。在某些实施方案中,在本发明的方法和组合物中采用的非合成核酸或miRNA可以具有天然mRNA或miRNA前体或成熟mRNA或miRNA的全部序列和结构。例如，在本发明的方法和组合物中使用的非合成miRNA可以不具有一个或多个修饰的核苷酸或核苷酸类似物。在这些实施方案中，非合成miRNA可以是或不是重组产生的。在特定的实施方案中，本发明的方法和/或组合物中的核酸具体地是合成miRNA,不是非合成miRNA(即，不是符合“合成的”的条件的miRNA)；尽管在其他的实施方案中,本发明具体地涉及非合成miRNA，不是合成miRNA。关于使用合成miRNA讨论的任何实施方案可应用于非合成miRNA，并且反之亦然。要理解的是术语“天然的”是指存在于生物体中的人没有进行任何干预的一些物质；其可指天然的野生型或突变分子。在一些实施方案中,合成miRNA分子没有天然miRNA分子的序列。在其他实施方案中，合成miRNA分子具有天然miRNA分子的序列，而该分子的化学结构，尤其是在具体地与精确序列不相关的部分中(非序列化学结构)，与具有该序列的天然miRNA的化学结构不同。在一些情况下,合成miRNA同时具有序列化学结构和在天然miRNA中不存在的非序列化学结构。此外,合成分子的序列将识别哪种miRNA被有效提供或抑制；内源性miRNA将被称为“对应的miRNA”。可在本发明的上下文中使用的对应的miRNA序列包括但不限于本文所提供的SEQID中的那些序列的所有或部分序列，以及任意的其他miRNA序列、miRNA前体序列或与其互补的任意序列。在一些实施方案中，序列是或来源于或含有本文所鉴定的一条序列的所有或部分序列以靶向该序列使用的特定miRNA(或一组miRNA)。可选择任意的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260条或其间任意数目或范围的序列以排除所有未选择的序列。如本文所使用的“杂交作用”、“杂交”或“能够杂交”被理解为形成双链或三链分子或具有部分双链或三链特性的分子。如本文所使用的术语“退火”与“杂交”同义。术语“杂交作用”、“杂交”或“能够杂交”包含术语“严谨条件”或“高度严谨度”以及术语“低严235谨度”或“低严谨条件”。如本文使用的“严谨条件”或“高严谨度”是允许含有(多条)互补序列的一条或多条核酸链之间或之内的杂交而阻止随机序列的杂交的那些条件。严谨条件允许核酸和靶链之间有少量错配(如果有的话)。此类条件对于本领域普通技术人员是公知的，并且优选用于需要高度选择性的应用。非限制性的应用包括分离核酸，诸如基因或其核酸片段，或检测至少一种特异的mRNA转录物或其核酸片段，等等。严谨条件可包括低盐和/或高温条件，诸如由大约0.02M-大约0.5MNaCl在大约42°C-大约70°C的温度下所提供的条件。要理解的是所期望的严谨度的温度和离子强度部分地通过下列因素来确定特定(多个)核酸的长度、(多条)靶序列的长度和核碱基含量、(多个)核酸的电荷成分以及在杂交混合物中甲酰胺、四甲基氯化铵或其他溶剂的存在或浓度。也要理解的是，这些用于杂交的范围、组合物和条件仅通过非限制性的实施例来说明，并且对于特定的杂交反应所期望的严谨度经常经验性地通过与--个或多个阳性或阴性对照比较来确定。根据预期的应用，优选采用多种杂交条件以达到核酸对靶序列的不同程度的选择性。在非限制性的实施例中，通过在低温和/或高离子强度下杂交可完成对在严谨条件下不与核酸杂交的相关靶核酸的鉴定或分离。此类条件称为“低严谨度”或“低严谨条件”,并且低严谨度的非限制性实施例包括在大约0.15M-大约0.9MNaCl在大约2(TC-大约50°C的温度范围下执行的杂交。当然，进一步变更低或高严谨条件以适应具体的应用是本领域专业技术人员力所能及的。A.核碱基、核苷、核苷酸和修饰的核苷酸如本文所使用的“核碱基”是指杂环碱基,诸如,例如在至少一种天然核酸(即，DNA和RNA)中存在的天然核碱基(即，A、T、G、C或U)，以及此类核碱基的天然或非天然衍生物和类似物。核碱基通常以可能取代天然产生的核碱基配对的方式与至少一个天然产生的核碱基形成一个或一个以上氢键(“退火”或“杂交”)(例如A与T、G与C和A与U之间的氢键合)。“嘌呤”和/或“嘧啶”核碱基包含天然的嘌呤和/或嘧啶核碱基，还有其衍生物和类似物，包括但不限于，被一个或多个烷基、羧基烷基、氨基、羟基、卤素(即，氟、氯、溴或碘)、硫醇或烷基硫醇部分取代的嘌呤或嘧啶。优选的烷基(例如,烷基、羧基烷基等)部分由大约1、大约2、大约3、大约4、大约5至大约6个碳原子组成。嘌呤或嘧啶的其他非限制性实例包括脱氮嘌呤、2，6_二氨基嘌呤、5-氟尿嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、8-溴鸟嘌呤、8-氯鸟嘌呤、溴代胸腺嘧啶、8氨基鸟嘌呤、8羟基鸟嘌呤、8-甲基鸟嘌呤、8硫代鸟嘌呤、氮杂鸟嘌呤、氨基嘌呤、5—乙基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-乙基尿嘧啶、5碘尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-丙基尿嘧啶、硫尿嘧啶、2-甲基腺嘌呤、甲硫基腺嘌呤、N,N-二甲基腺嘌呤、氮杂腺嘌呤、8-溴腺嘌呤、8-羟基腺嘌呤、6-羟基氨基嘌呤、6-巯基嘌呤、4-(6-氨基己基/胞嘧啶)等。其他实例是本领域专业技术人员所熟知的。如本文所使用的，“核苷”是指包括与核碱基连接子部分共价连接的核碱基的单个化学单位。“核碱基连接子部分”的非限制性实例是包括5-碳原子的糖(即，“5-碳糖”)，包括但不限于，脱氧核糖、核糖、阿拉伯糖、或5-碳糖的衍生物或类似物。5-碳糖的衍生物或类似物的非限制性实例包括2'-氟脱氧核糖或其中碳取代糖环中的氧原子的碳环糖。核碱基与核碱基连接子部分的不同类型的共价结合在本领域中是公知的(Kornberg和Baker,1992)。如本文所使用的“核苷酸”是指进一步包括“主链部分”的核苷。主链部分通常共价地连接核苷与包括核苷酸的另一分子、或另一核苷酸以形成核酸。天然核苷酸中的“主链部分”通常包括磷部分，该部分与5-碳糖共价连接。主链部分的连接通常发生在5-碳糖的3'-或5'-位上。然而，其他类型的连接在本领域中是已知的，尤其当核苷酸包括天然5碳糖或磷部分的衍生物或类似物时。核酸可包括,或完全由核碱基的衍生物或类似物、核碱基连接子部分和/或可存在于天然核酸中的主链部分组成。具有核酸类似物的RNA也可根据本发明的方法标记。如本文所使用的“衍生物”是指天然分子的化学修饰或变化形式，而术语“模拟物”或“类似物”是指在结构上可类似或不类似天然分子或部分，而具有类似功能的分子。如本文所使用的，“部分”通常是指较大化学或分子结构的较小化学或分子组分。核碱基、核苷和核苷酸类似物或衍生物在本领域中是公知的，并且已有说明(参见,例如，Scheit,1980,引入本文作为参考)。核苷、核苷酸或核酸的其他非限制性实例包括下列专利中的那些美国专利5，681,947,5,652，099和5，763，167,5，614，617,5,670，663、5，872，232,5,859，221、5，446，137,5，886，165,5,714,606,5,672，697,5，466，786,5，792，847,5,223，618、5，470，967,5，378，825,5,777，092,5，623，070,5，610，289,5，602，240,5，858，988、5，214，136,5,700，922,5,708，154,5,728，525、5，637，683,6,251，666、5，480，980和5，728，525,每篇专利都全部引入本文作为参考。本发明的标记方法和试剂盒具体地考虑被修饰用于连接标记并且可被合并入miRNA分子中的核苷酸的应用。此类核苷酸包括可用染料(包括荧光染料)或分子诸如生物素标记的那些。标记的核苷酸很容易获得；它们可从商业渠道获得，或它们可通过本领域用于本发明中的修饰核苷酸不是天然核苷酸，反而是指其上具有反应性部分的制备的核苷酸。感兴趣的具体反应官能团包括氨基、巯基、亚砜氧基(sulfoxyl)、氨基巯基、叠氮基、环氧化物、异硫氰酸酯、异氰酸酯、酐、一氯三嗪、二氯三嗪、一或二齒素取代的吡啶、一或二取代的二嗪、马来酰亚胺、环氧化物、氮丙啶、磺酰卤、酰基卤、烷基卤、芳基卤、烷基磺酸盐、N-羟基琥珀酰亚胺酯、亚胺酯、胼、叠氮基硝基苯基、叠氮化物、3_(2_吡啶二硫基)_丙酰胺、乙二醛、醛、碘乙酰基、氰甲酯、对硝基苯酯、邻硝基苯酯、羟基吡啶酯、羰基咪唑和其他此类化学基团。在一些实施方案中，反应官能团可直接与核苷酸键合，或其可通过连接基团与核苷酸键合。官能部分和任意的连接子基本上不能损害核苷酸被添加到miRNA上或被标记的能力。代表性的连接基团包括含碳连接基团，典型的范围为大约2-18,通常为大约2-8个碳原子，其中含碳基团可以包括或不包括一个或多个杂原子，例如，S、0、N等,并且可以包括或不包括一个或多个不饱和位点。在许多实施方案中特别感兴趣的是烷基连接基团，典型的为1-16,通常为1-4个碳原子的低碳烷基连接基团，其中连接基团可包括--个或多个不饱和位点。在上述生成官能化靶标的方法中使用的官能化核苷酸(或引物)可使用已知的实验方案制造或从销售供应商，例如，Sigma、Roche,Ambion、BiosearchTechnologies和NEN购买。官能团可根据本领域专业技术人员所知晓的方法来制备，包括237美国专利第4，404，289号；第4,405，711号；第4，337，063号和第5，268，486号和英国专利第1，529，202号中所述的代表性信息，这些专利都引入作为参考。胺修饰的核苷酸用于本发明的数个实施方案中。胺修饰的核苷酸是具有反应性胺基团以连接标记的核苷酸。考虑任意的核糖核苷酸(G、A、U或C)或脱氧核糖核苷酸(G、A、T或C)可被修饰用于标记。实例包括但不限于下列修饰的核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸5_(3-氨基烯丙基)-UTP；8-[(4-氨基)丁基]-氨基-ATP和8-[(6-氨基)丁基]-氨基-ATP；N6-(4-氨基)丁基-ATP，N6-(6-氨基)丁基-ATP，N4-[2，2-氧-二-(乙胺)]-CTP；N6-(6-氨基)己基-ATP；8-[(6-氨基)己基]-氨基-ATP；5-炔丙基氨基-CTP、5-炔丙基氨基-UTP；5-(3-氨基烯丙基)_dUTP；8-[(4-氨基)丁基]-氨基-dATP和8_[(6_氨基)丁基]-氨基-dATP；N6-(4-氨基)丁基-dATP,N6-(6-氨基)丁基-dATP、N4-[2，2-氧-二-(乙胺)]dCTP;N6-(6-氨基)己基-dATP；8-[(6-氨基)己基]-氨基-dATP；5_炔丙基氨基-dCTP和5-炔丙基氨基-dUTP。这些核苷酸可根据本领域专业技术人员所知晓的方法来制备。此外,本领域普通技术人员能够制备具有相同的胺修饰的其他核苷酸实体，诸如5-(3-氨基烯丙基)-CTP、GTP、ATP、dCTP、dGTP、dTTP或dUTP代替5-(3-氨基烯丙基)-UTP。B.核酸的制备核酸可通过本领域普通技术人员所知晓的任意技术来制备,诸如,例如,化学合成、酶法生产或生物生产。具体考虑的是，本发明的miRNA探针被化学合成。在本发明的一些实施方案中，从生物标本中回收或分离miRNA。miRNA可以是重组的或其可以是细胞天然的或内源性的(从细胞的基因组产生)。考虑生物标本可以一定的方式处理以提高小RNA分子诸如miRNA的回收。美国专利申请系列号第10/667,126号说明了此类方法，并且该申请具体地引入本文作为参考。一般来说，方法涉及用具有胍盐和去垢剂的溶液溶解细胞。可选的是,根据标准方法执行核酸合成。参见，例如，Itakura和Riggs(1980)以及美国专利第4，704，362,5,221，619号和第5，583，013号,每一篇文献都引入本文作为参考。合成核酸(例如，合成寡核苷酸)的非限制性实例包括通过体外化学合成使用磷酸三酯、亚磷酸酯或亚磷酰胺化学和固相技术(诸如EP266，032中所述，该专利引入本文作为参考)，或经如Froehler等人，1.986和美国专利第5，705，629号(每篇文献均引入本文作为参考)所述的脱氧核糖核苷氢磷酸酯中间体制备的核酸。寡核苷酸合成的各种不同的机制已公幵在例如，美国专利第4,659，774,4,816，571,5,141，813,5,264，566,4,959，463、5，428，148,5,554，744,5,574，146、5，602，244号，每篇专利都引入本文作为参考。酶法产生的核酸的非限制性实例包括由在诸如PCR(参见，例如，美国专利第4，683，202号和第4,682,195号，每篇专利均引入本文作为参考)的扩增反应中通过酶或通过在美国专利第5，645，897号(该专利引入本文作为参考)中所述的寡核苷酸合成所产生的核酸。也参见Sambrook等人,2001，该文引入本文作为参考。寡核苷酸合成对于本领域专业技术人员是熟知的。寡核苷酸合成的各种不同的机制已公开在例如，美国专利第4，659，774,4,816，571,5,141，813,5,264，566,4,959，463、5，428，148,5,554，744,5,574，146,5,602，244号，每篇专利都引入本文作为参考。用于在细胞中产生核酸的重组方法对于本领域专业技术人员是熟知的。这些方法包括使用载体(病毒和非病毒载体)、质粒、粘粒和用于向细胞递送核酸的其他运载体，细胞可以是靶细胞(例如，癌细胞)或仅是宿主细胞(以产生大量的期望的RNA分子)。可选的是，就无细胞系统而言，可使用此类运载体，只要存在用于生成RNA分子的试剂。此类方法包括在Sambrook,2003,Sambrook,2001和Sarabrook,1989中所述的那些方法,上述方法引入本文作为参考。C.核酸的分离核酸可使用本领域专业技术人员所熟知的技术来分离,尽管在具体的实施方案中，可采用用于分离小核酸分子、和/或分离RNA分子的方法。色谱法是经常用来从蛋白或从其他核酸中分开或分离核酸的方法。此类方法可涉及采用凝胶基质的电泳、滤柱、醇沉淀、和/或其他色谱法。如果要使用或评价来自细胞的miRNA，方法通常涉及在实施用于分离特定群RNA的方法之前用离液剂(例如，异硫氰酸胍)和/或去垢剂(例如，N月桂酰肌氨酸)溶解细胞。在从其他核酸分离miRNA的特定方法中，使用聚丙烯酰胺制备凝胶基质,但是也可使用琼脂糖。可通过浓度对凝胶进行分级或它们可以是均一的。可使用板或管材来保持用于电泳的凝胶基质。通常应用一维电泳来分离核酸。使用板来制备板凝胶，而管材(典型地为玻璃或橡胶)可用来制备管胶。短语“管电泳”是指使用管或管材代替板来形成凝胶。用来实施管电泳的材料可很容易地由本领域技术人员制备或购自，诸如C.B.S.ScientificCo.，Inc.或Scie-Plaso方法可涉及使用有机溶剂和/或醇来分离核酸,尤其是在本发明的方法和组合物中使用的miRNA。一些实施方案描述在美国专利申请系列号第1.0/667，126号中，该申请引入本文作为参考。大体上,本公开书提供了用于有效地从细胞中分离小RNA的方法,该方法包括将醇溶液加入至细胞裂解产物中，并将醇/裂解产物混合物施用于固体支持物上，然后从固体支持物上洗脱RNA分子。在一些实施方案中,加入至细胞裂解产物中的醇量达到大约55%-60%的醇浓度。尽管可使用不同的醇类,但乙醇的作用良好。固体支持物可以是任何结构，并且它包括珠、滤器和柱,其可包括带有负电基团的矿物或聚合物支持物。对于此类分离步骤，玻璃纤维滤器或柱运转特别良好。在具体的实施方案中，miRNA分离方法包括a)用包括胍盐的裂解溶液裂解标本中的细胞，其中产生具有至少大约1M:胍盐的浓度的裂解产物；b)用包括苯酚的提取溶液从裂解产物中提取miRNA分子；c)向裂解产物中加入醇溶液以形成裂解产物/醇混合物,其中混合物中醇的浓度为大约35%-大约70%之间；d)将裂解产物/醇混合物施用于固体支持物上；e)使用离子溶液从固体支持物洗脱miRNA分子；以及f)俘获miRNA分子。典型地,标本被干燥并以适于随后操作的液体和体积重新悬浮。V.标记和标记技术在一些实施方案中，本发明涉及被标记的miRNA。考虑miRNA可在标记之前首先被分离和/或纯化。与其中miRNA在标记之前没有被分离或纯化的标本中的其他RNA相反，这样完成的反应可更有效地标记miRNA。在本发明的许多实施方案中，标记是非放射性的。--般来说,可通过加入标记的核苷酸(一步法)或加入核苷酸并标记加入的核苷酸(两步法)来标记核酸。A.标记技术[1089]在--些实施方案中，通过向核酸催化性地加入已经标记的核苷酸或多个核苷酸来标记核酸。一种或多种标记的核苷酸可加入至miRNA分子中。参见美国专利第6，723，509号，该专利引入本文作为参考。在其他实施方案中，未标记的核苷酸或多个核苷酸被催化性地加入至miRNA中，并且使用使其随后被标记的化学部分修饰未标记的核苷酸。在本发明的实施方案中,化学部分是活性胺，使得该核苷酸是胺修饰的核苷酸。胺修饰的核苷酸的实例是本领域专业技术人员所熟知的，许多是市售的，诸如来自Ambion、Sigma、JenaBioscience和TriLink。与cDNA在其合成期间的标记相比，标记miRNA的问题是如何标记已存在的分子。本发明涉及应用能够使用二或三磷酸核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸底物以将其加入至miRNA中的酶。此外，在具体的实施方案中，其涉及使用修饰的二或三磷酸核糖核苷酸，其被加入至miRNA的3’端。能够添加此核苷酸的酶包括但不限于聚(A)聚合酶、末端转移酶和多聚核苷酸磷酸化酶。在本发明的具体实施方案中，考虑连接酶不是用来加入标记的酶，并且取而代之,采用非连接酶的酶。末端转移酶催化核苷酸添加至核酸的3'末端。多聚核苷酸磷酸化酶可聚合核苷酸二磷酸盐，而不需要引物。B.标记在miRNA或miRNA探针上的标记可以是比色的(包括可见光和紫外光谱,包括荧光)、发光的、酶的或正电子放射的(包括放射性的)。标记可直接或间接检测。放射性标记包括125I、32P、33P和35S。酶标记的实例包括碱性磷酸酶、荧光素酶、辣根过氧化物酶和P-半乳糖苷酶。标记也可以是具有发光特性的蛋白质，例如绿色荧光蛋白和藻红蛋白。考虑用作结合物的比色和荧光标记包括但不限于AlexaFluor染料、B0DIPY染料，诸如BODIPYFL；CascadeBlue；CascadeYellow；香豆素及其衍生物，诸如7_氨基-4-甲基香豆素、氨基香豆素和羟基香豆素；花菁染料，诸如Cy3和Cy5；曙红和赤藓红；荧光素及其衍生物，诸如异硫氰酸荧光素；镧系离子的大环螯合物，诸如QuantumDye；MarinaBlue；OregonGreen；罗丹明染料,诸如罗丹明红、四甲基罗丹明和罗丹明6G；得克萨斯红(TexasRed)；荧光能量转移染料,诸如噻唑橙-乙啶异二聚体；以及T0TAB。染料的具体实例包括但不限于，....t面鉴定的那些和下列的染料AleXaFluor350、AlexaFluor405、AlexaFluor430、AlexaFluor488、AlexaFluor500.AlexaFluor514、AlexaFluor532、AlexaFluor546、AlexaFluor555、AlexaFluor568、AlexaFluor594、AlexaFluor610、AlexaFluor633、AlexaFluor647、AlexaFluor660、AlexaFluor680、AlexaFluor700、和AlexaFluor750；胺活性BODIPY染料，诸如BODIPY493/503、BODIPY530/550、BODIPY558/568、B0DIPY564/570、BODIPY576/589、BODIPY581/591、BODIPY630/650、B0DIPY650/655、BODIPYFL、BODIPYR6G、BODIPYTMR、禾PB0DIPY-TR；Cy3、Cy5、6_FAM、异硫氰酸荧光素、HEX、6-JOE、OregonGreen488、OregonGreen500、OregonGreen514、PacificBlue、REG、罗丹.明绿、罗灼-明红、肾造影剂(Renographin)、R0X、SYPR0、TAMM、2‘，4‘,5'，7‘-四溴砜荧光素(Tetrabroraosu1fonefluorescein)>禾口TET0荧光标记的核糖核苷酸的具体实例购自MolecularProbes,并且这些实例包括AlexaFluor488-5-UTP、荧光素-12-UTP、BODIPYFL-14-UTP、B0DIPYTMR-14-UTP、四甲基罗丹明-6-UTP、AlexaFluor546—14—UTP、TexasRed-5-UTP、和BODIPYTR-14-UTP。其他荧光核糖核苷酸购自AmershamBiosciences,诸如Cy3_UTP和Cy5_UTP。荧光标记的脱氧核糖核苷酸的实例包括二硝基苯基(DNP)-ll-dUTP、CascadeBlue-7-dUTP、AlexaFluor488-5-dUTP、荧光素-12-dUTP、OregonGreen488-5-dUTP、BODIPYFL-14-dUTP、罗丹明绿-5-dUTP、A:[exaFluor532-5-dUTP、BODIPYTMR-14-dUTP、四甲基罗丹明-6-dUTP、AlexaFluor546-14-dUTP、AlexaFluor568-5-dUTP、TexasRed-12-dUTP、TexasRed-5_dUTP、B0DIPYTR-14_dUTP、AlexaFluor594-5_dUTP、BODIPY630/650-14-dUTP、B0DIPY650/665-14-dUTP；AlexaFluor488-7-0BEA-dCTP、AlexaFluor546_16_0BEA_dCTP、AlexaFluor594_7_0BEAdCTP、A1exaFluor647-12-0BEA-dCTP。考虑可用两种不同的标记物标记核酸。此外，在本发明的方法中可采用荧光共振能量转移(FRET)(例如，Klostermeier等人，2002；Emptage,2001；Didenko,2001，每篇文献都引入作为参考)。可选的是,标记本身可以不被检测到,但可间接被检测到,或允许分离或分开被靶向的核酸。例如，标记可为生物素、地高辛、多价阳离子、鳌合基团和其他配体，包括抗体的配体。C.可视技术用于显示或检测标记核酸的许多技术很容易得到。这些技术包括显微镜检查、阵列、荧光测定法、Lightcycler或其他实时PCR仪器、FACS分析、闪烁计数仪、磷光影像分析仪(Phosphoimager)、盖氏计数仪(Geigercounter)、MRI、CAT、基于抗体的检测方法(ffestern、免疫荧光、免疫组织化学)、组织化学技术、HPLC(Griffey等人，1997)、光谱法、毛细管凝胶电泳(Cummins等人,1996)、光谱法；质谱法；放射学技术；以及质量平衡技术。当采用两种或多种颜色有差别的标记时，可采用荧光共振能量转移(FRET)技术来表征一种或多种核酸的结合。此外，本领域普通技术人员熟知显示、鉴定和表征标记核酸的方式,并且因此,此类方案可用作本发明的一部分。可使用的工具的实例也包括荧光显微镜检查、81(^仙17261"、酶表仪、8101"!11例016(；1113沖7仙111化8)、阵列扫描仪、4〔3(荧光激活细胞分选器)或具有激发和检测荧光分子的能力的任意仪器。VI.试剂盒本文所述的任意组合物可被包括在试剂盒中。在非限制性的实施例中，用于使用阵列、核酸扩增、和/或杂交技术分离miRNA、标记miRNA、和/或评价miRNA群的试剂，以及用于从血样制备样品的试剂可包括在试剂盒中。由此试剂盒可进一步包括用于生成或合成miRNA探针的试剂。由此，试剂盒将包括,在合适的容器中的、通过加入标记的核苷酸或随后被标记的未标记的核苷酸来标记miRNA的酶。在某些方面,试剂盒可包括扩增试剂。在其他方面，试剂盒可包括各种支持物,诸如玻璃、尼龙、聚合珠等等，和/或用于偶联任何探针和/或靶核酸的试剂。也可包括一种或多种缓冲液，诸如反应缓冲液、标记缓冲液、洗涤缓冲液或杂交缓冲液、用于制备miRNA探针的化合物、和用于分离miRNA的组分。本发明的其他试剂盒可包括用于制作包括miRNA的核酸阵列的组分,并且由此,可包括，例如，固体支持物。具体地考虑用于实施本文所述的本发明的方法的试剂盒。在一些实施方案中,有用于制备用于多重标记的miRNA的试剂盒和用于制备miRNA探针和/或miRNA阵列的试剂盒。在这些实施方案中，试剂盒包括，在合适的容器装置中，下列的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多种⑴聚(A)聚合酶；⑵未修饰的核苷酸(G、A、T、C、和/或U)；(3)修饰的核苷酸(标记的或未标记的)；(4)聚(A)聚合酶缓冲液；和(5)至少一种微滤器；(6)可与核苷酸连接的标记物；(7)至少一种miRNA探针；⑶反应缓冲液；(9)miRNA阵列或用于制作此种阵列的组分；(10)乙酸；(11)醇；(12)用于制备、分离、富集和纯化miRNA或raiRNA探针或阵列的溶液。其他试剂包括那些通常用于操作RNA的试剂,诸如甲酰胺、负载染料、核糖核酸酶抑制剂和DNA酶。如本申请中所述的,在具体的实施方案中，本发明的试剂盒包括含有miRNA探针的阵列。阵列可具有与在特定状况下的生物体或特定组织或器官的所有已知miRNA对应的、或与这些探针的亚组对应的探针。本发明的阵列上的探针的亚组可以是或包括那些被鉴定与特定的诊断、治疗或预后应用相关的那些探针。例如，阵列可含有一个或多个探针，该探针指示或提示(1)疾病或病症(急性髓性白血病)，(2)对特定的药物或治疗的易感性或抗性；(3)对药物或物质的毒性的易感性；(4)疾病或病症的发展阶段或严重性(预后)；和(5)对疾病或病症的遗传易感性。对于任何试剂盒实施方案，包括阵列，可以有含有或可以用于扩增序列的核酸分子，该序列是本文所述的任意一个SEQID的全部或部分的变异体、与本文所述的任意一个SEQII)的全部或部分相同或互补的序列。在某些实施方案中，本发明的试剂盒或阵列可含有用于由本文所述的SEQID鉴定的miRNA的一个或多个探针。上面讨论的任意一个核酸可以用作试剂盒的一部分。试剂盒的各组分可以水介质或冻干形式包装。试剂盒的容器通常包括至少一个小瓶、试管、烧瓶、瓶子、注射器或其他容器,组分可置于其中，并且优选地,被适当地等分包装。在试剂盒中超过一个组分的情况下(标记试剂和标记物可包装在一起)，试剂盒也通常含有第二个、第三个或其他附加的容器，其中可单独地放置附加的组分。然而，各组分的不同组合可包括在一个小瓶中。本发明的试剂盒也典型地包括用于容纳核酸的装置，以及为商业销售而封闭的任何其他的试剂容器。这些容器可包括其中保留有所需小瓶的注塑或吹塑的塑料容器。当试剂盒的各组分以一种和/或多种液体溶液提供时，液体溶液是水溶液，特别优选是无菌水溶液。然而,试剂盒的各组分可作为干粉提供。当试剂和/或组分作为干粉提供时,粉末可通过加入合适的溶剂而被重构。想象溶剂也可在另一容器中提供。在--些实施方案中,标记染料作为千粉提供。考虑在本发明的试剂盒中提供10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、120、130、140、150、160、170、180、190、200、300、400、500、600、700、800、900、1000yg或至少或至多这些量的干燥染料。染料可重新悬浮在任何合适的溶剂,诸如DMS0中。此类试剂盒也可包括有助于标记的miRNA的分离的组分。其也可包括保存或保持miRNA或防止其降解的组分。此类组分可以是无RNA酶的或防RNA酶的。此类试剂盒通常将包括，以适当方式的用于各单个试剂或溶液的不同容器。试剂盒也将包括用于使用试剂盒组分以及使用未包括在试剂盒中的任何其他试剂的说明书。说明书可包括可实现的各种变化形式。本发明的试剂盒也可包括下列的一种或多种对照RNA；无核酸酶的水；无RNA酶的容器，诸如1.5ml管；无RNA酶的洗脱管；PEG或葡聚糖；乙醇；乙酸；醋酸钠；醋酸铵；胍盐；去垢剂；核酸分子量标记；无RNA酶管吸头；和RNA酶或DNA酶抑制剂。考虑此类试剂是本发明的试剂盒的实施方案。然而，此类试剂盒不限于上面确定的特定项，并且可包括用于miRNA的操作和表征的任何试剂。VII.实施例下面的实施例被包括以证明本发明的优选实施方案。本领域专业技术人员应当理解的是，在下面的实施例中公幵的技术代表了本发明人发现在实施本发明时效果良好的技术，并且由此可认为构成用于其实施的优选方式。然而，按照本公开书，本领域专业技术人员要理解的是,在被公开的具体实施方案中可作出许多变化，并且这些变化仍然获得类似或相似的结果，并没有背离本发明的精神和范围。实施例1用HSA-MIR-34A转染后基因表达分析相信miRNA通过结合靶向mRNA转录物,并且(1)启动转录物降解或(2)改变从转录物的蛋白质翻译来调控基因表达。翻译调节引起蛋白质表达的向上或向下改变可引起下游基因产物以及依次由这些蛋白调控的基因的活性和表达的变化。这些众多的调控效应被揭示为总mRNA表达谱的变化。执行微阵列基因表达分析以鉴定被hsamiR34a达误调节对于三个时间点的各个时间点，合成前体miR-34a(Ambion)或两个阴性对照miRNA(前体miR-NCl,Ambioncat.no.AM17110和前体miR-NC2,Ambion,cat.no.AM17111)被逆转染至A549细胞的四份样品中。使用siPORTNeoFX(Ambion)根据生产厂商的建议使用下列的参数转染细胞6孔板中200，000细胞/孔,5.0111NeoFX,2.5ml终浓度为30nM的miRNA。在转染后4h、24h和72h收获细胞。使用RNAqueous-4PCR(Ambion)根据生产厂商的推荐方案提取总RNA。由AsuragenServices(Austin,TX)根据公司的标准操作步骤执行mRNA阵列分析。使用MessageAmp11-96aRNA扩增试剂盒(Ambion,cat#1819)，2ug总RNA用于靶标制备和生物素的标记。使用AgilentBioanalyzer2100毛细管电泳方案来定量cRNA收率。标记的靶标与AffymetrixmRNA阵列(人HG-U133A2.0阵列)使用生产厂商的推荐方案和下列的参数杂交。在Affymetrix640型杂交炉中在45°C下执行杂交16hr。运行洗涤脚本Midi—eu:k2v3—450,在AffymetrixFS450流控台上洗涤阵列并染色。在AffymetrixGeneChipScanner3000上扫描阵列。使用AffymetrixStatisticalAlgorithmMAS5.0(GC0Svl.3)对阵列上的每个基因生成图像信号数据、组平均值、具有显著性标志的p-值、对数比和基因注释的汇总。数据报告在含有Affymetrix数据和结果文件的文件(压缩)以及含有阵列的初始图像和已处理的细胞强度的文件(.ce!)中。对于观察到的效应,数据通过两条阴性对照微小RNA序列的平均值进行标准化,然后一起平均以提交。汇总表达水平比平均阴性对照值变化至少0.71og2的基因名单。微阵列基因表达分析的结果显示在表1中。控制表1中列举的基因的表达水平是对于癌症和其中hsa-miR-34a的表达增加或减少在疾病中具有一定作用的其他疾病的潜在有用的治疗方法。实施例2受HSA-MIR~34a影响的细胞通路hSamiR34a引起的基因表达误调节影响许多细胞通路(表1),这些通路代表了用于控制癌症和其他疾病和失调的潜在治疗靶标。本发明人确定了由hSa-miR-34a表达诱导的调控级联反应所影响的细胞基因通路的名称和特性。使用Ingenuity通路分析(Version4.0,IngenuitySystems,RedwoodCity,CA)执行细胞通路分析。通过Fisher精确检验(Fisher，1922)确定指定通路的改变。在A549细胞中hsa-miR-34a过度表达后最明显受影响的通路显示在表2中。这些数据证明hSa-miR-34a直接或间接影响大量癌相关、细胞增殖相关、细胞发育相关、细胞信号传导相关和细胞周期相关基因的表达，并且因此主要影响与癌症、细胞生长、发育和增殖相关的功能性通路。这些细胞过程在多种癌症的发生和进展中都是不可缺少的。控制表2中所示细胞通路中的基因表达水平是对于癌症和其中hsa^KMa的表达增加或减少在疾病中具有--定作用的其他疾病的潜在有用的治疗方法。实施例3HSA-MIR-34A的预测基因靶标使用专有算法miRNATargetTM(ASuragen)(其实现Krek等人(2005)提出的方法)预测结合hsa-miR-34a和被hsa-miR-34a调控的基因靶标。预测的靶标显示在表3中。在用前体miRhsa-miR-34a转染后，在人癌细胞中表现mRNA表达水平改变的预测基因靶标显示在下面的表4中。其mRNA表达水平受hsa-miR-34a影响的hsa-miR-34a的预测基因靶标是通过控制其表达水平治疗癌症以及治疗其他疾病的特别有用的候选物。实施例4被HSA-MIR-34agt夺的癌相关某因表汰在肿瘤中细胞增殖和生存通路通常被改变(Hanahan和Weinberg,2000)。本发明人已经显示hSa-miR-34a直接或间接调控在这些通路的调控中关键蛋白质的转录物。这些靶标中的许多具有固有的致癌或肿瘤抑制活性。与多种癌症类型相关的HSa-miR-34a靶标显示在表5中。特别感兴趣的HSamiR34靶标是在调节胞内信号转导、细胞周期、染色体维持、细胞粘附和迁移、niRNA翻译、DNA复制、转录、凋亡和硫氧还蛋白系统中起作用的基因及其产物。这些蛋白中的许多具有内在致癌或肿瘤抑制活性，并且当误调节时，有助于体内和体外恶性表型的形成。HSa-miR-34a在多种层面上影响细胞内信号传导，并且控制分泌性蛋白、跨膜生长因子受体以及胞浆信号分子的表达。受Hsa-miR-34a调控的分泌性蛋白的实例是双向调节蛋白(AREG)、结缔组织生长因子(CTGF)、肿瘤生长因子f3-2(TGFB2)和炎性趋化因子白细胞介素8(IL8)。IL8通常在各种癌中被上调并与肿瘤血管形成、转移和不良预后相关。(Rosenkilde和Schwartz，2004；Sparmann和Bar-Sagi，2004)。双向调节蛋白充当表皮生长因子受体发挥作用(EGFR)并激活EGFR依赖的信号转导(Hynes和Lane，2005)。双向调节蛋白常常在卵巢癌、胃癌和胰腺癌以及肝细胞癌组织和细胞系中表达(Kitadai等人,1993；Ebert等人，1994；D‘Antonio等人，2002；Castillo等人，2006)(Kitadai等人，1993；Ebert等人，1994；D'Antonio等人，2002；Castillo等人，2006)。双向调节蛋白在肝癌细胞系中充当促有丝分裂和抗凋亡生长因子发挥作用，并促成肝癌细胞系的转化表型。通过小干扰RNA(siRNA)或中和抗体抑制双向调节蛋白的功能减少了双向调节蛋白介导的肝癌细胞的自分泌环和致癌特性(Castillo等人，2006)。从良性到恶性阶段的前列腺癌双向调节蛋白的表达不断增加，并指示了对用FDA批准的药物IreSSa(吉非替尼)在治疗患有非小细胞肺癌(NSCLC)中的弱应答(Bostwick等人，2004；Ishikawa等人，2005)。CTGF(也称为胰岛素样的生长因子结合蛋白8；IGFBP8)最初被描述为脐静脉内皮细胞产生的促分裂原(Bradham等人，1991)。CTGF充当生长因子活性的调节因子发挥作用并且在不同的肿瘤组织中过表达(Hishikawa等人，1999；Shimo等人,2001；Lin等人，2005；Yang等人，2005)。CTGF通过低氧诱导并增强血管形成以及肿瘤异种移植物的生长(Shimo等人，2001；Yang等人，2005)。然而，CTGF在癌症中的一贯作用是难以确定的，可能依赖于细胞背景(Hishikawa等人，1999;Lin等人，2005)。TGF-2是TGF-受体(TGFBR)的相应配体，TGF-fB受体是一类作为肿瘤抑制因子发挥作用的受体。在这些受体中，TGFBR-2也受到hsa-miR-34a的调节。TGFBR-2与TGFBR-1形成功能复合物并是TGF-后的主要受体(Massague等人，2000)。TGF-f3的中心作用是抑制许多类型细胞，诸如上皮细胞、内皮细胞、造血神经细胞和间充质细胞的细胞生长。许多微卫星不稳定的哺乳动物和结肠直肠癌携带TGFBR-2的失活突变,并因此能够逃过TGF-0的生长-抑制作用(Markowitz等人，1995；Lucke等人，2001)。hsa-miR-34a调节的其它的跨膜生长因子受体包括Met和Ras相关结构域家族蛋白2(RASSF2)。MSSF2是在肺癌肿瘤细胞系中常常被下调的肿瘤阻抑因子(Vos等人，2003)。RASSF2与K-Ras相互租用并促进细胞周期停止和凋亡。Met充当肝细胞生长因子(HGF)的受体，其最初作为癌基因从化学转化的人细胞系中分离(Cooper等人，1984；Dean等人，1985)。Met激活的突变发现于散发的乳头肾癌、儿童肝细胞癌和胃癌中(DaniIkovitch-Miagkova和Zbar,2002)。这些体细胞突变与癌症中的侵袭性增加和广泛的转移有关。在几种其它的癌症类型中，自分泌和旁分泌机制促成了Met信号转导的活化。然而，Met活化的最常见的机制是发生于结肠直肠癌、肝细胞癌、胃泌素瘤以及胃癌、胰腺癌、前列腺癌、卵巢癌和乳腺癌中的过表达(BoccaccioandComoglio，2006)。Met过表达与转移性肿瘤表型和不良预后有关(Birchmeier等人,2003)。hsa-miR-34a调节的胞质信号转导分子包括PIK3CD,神经纤维瘤蛋白1和2(NF1,NF2)以及AKAP12。AKAP12也称为gravin或SSeCKS(Src阻抑的C激酶底物)，充当维系酶-底物相互作用的激酶支架蛋白(Nauert等人，1997)。AKAP12的表达干扰Src或Jun致癌蛋白体外诱导的致癌细胞转化，并在许多癌中如白血病和直肠癌、肺癌和胃癌中丧失或降低(LinandGelman,1997；Cohen等人,2001；Xia等人，2001；ffikman等人，2002；Boultwood等人，2004；Choi等人，2004；Mori等人，2006)。AKAP12在前列腺癌和胃癌中的表观抗致癌活性标志着为推定的肿瘤抑制因子(Xia等人，2001；Choi等人，2004)。PIK3CD编码pllO6，IA类磷酸肌醇3-激酶(PI3K)的6催化亚基。与得到很好表征的pllOa同种型类似，pllOS激活响应大多数上游受体酪氨酸激酶的Akt信号转导途径(Vanhaesebroeck等人，1997)。PIK3CD在患有急性髓性白血病(AML)的患者的母细胞中始终高水平表达；PIK3CD活性的抑制特异性地阻断AML细胞增殖(Sujobert等人，2005；Billottet等人，2006)。NF1和NF2是真正的肿瘤抑制因子，其-当它们缺失或突变时-是神经纤维瘤病的病因，神经纤维瘤病是最常见的遗传性肿瘤易感综合症之一(RubinandGutmann,2005)。或NF2功能的丧失也发生在其它的恶性肿瘤中，诸如对NF1发生在星形细胞瘤、神经胶质瘤和白血病中，对NF2发生在肝细胞癌和甲状腺癌中(McClatcheyandGiovannini，2005;RubinandGutmann，2005)。NF1的肿瘤抑制功能245可以通过充当GTPase激活蛋白(GAP)向固有的致癌RAS蛋白转变、通过将MS-结合的GTP催化为GDP的事实解释。相反，NF2的肿瘤抑制功能得到较少的表征。NF2，也称为膜突样蛋白或神经鞘瘤蛋白，与细胞膜以及细胞骨架结合并调节膜的组织。NF2的过表达或组成性激活能够阻断细胞增殖和癌性转化(Tikoo等人，1994DutchmanandRouleau,1995；Jin等人,2006)。hSa-miR-34a调节的另一类基因及其对应的蛋白，在细胞周期的进展中发挥作用。这些蛋白中的一些在G1到S期的转变中发挥关键性的作用，如成视网膜细胞瘤样1(RBL1)，周期蛋白D1,1)3,A2(CCND1,CCND3,CCNA2)，周期蛋白依赖的激酶4(CDK4)和CDK抑制因子2c(CDKN2C)。其它的蛋白是有丝分裂过程中姊妹染色单体适当分离所需要的，以维持染色体的稳定性。这样的蛋白包括aurora激酶B(AURKB，STK12)，乳腺癌1和2(BRCA1；BRCA2)，不受苯并咪唑抑制的出芽1(BUB1)，马球样激酶1(PLK1)和细胞分裂周期23(CDC23，细胞分裂后期促进复合物亚基8)。BRCA1，BRCA2和aurora激酶B显示在不同的实体瘤中例如乳腺癌、卵巢癌、甲状腺癌、肺癌、前列腺癌和结肠直肠癌中的表达不受调节(Wooster和Weber,2003；Keen和Taylor,2004；Turner等人2004；Smith等人，2005；Chieffi等人，2006；Ulisse等人，2006)。PLK1(也称为丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶13；STPK13)是调节有丝分裂纺锤体功能以维持染色体稳定的蛋白激酶(Strebhardt和U1:[rich，2006)。在细胞周期和M期峰过程中PLK1被严格地调节。PLK1是内在致瘤的并直接抑制p53的肿瘤抑制功能(Ando等人，2004)。PLK1的过表达诱导NIH3T3细胞的多核表型和细胞转化(Mundt等人，1997；Smith等人，1997)。同样,在包括乳腺癌、结肠癌、肺癌、胃癌和前列腺癌的大多数实体瘤中PLK1显示增加的表达水平(表5)。PLK1的过表达与疾病的进程相关并且—当耗竭时-诱导癌细胞的凋亡(Liu和Erikson’2003；Strebhardt和Ullrich,2006)。目前，PLK1正作为各种小分子抑制剂进行研究以用于将来的治疗千预(Strebhardt和Ullrich，2006)。RBL1，也称为pl.07,是成视网膜细胞瘤的肿瘤抑制蛋白家族的一个成员，其包括袋蛋白pl07,pl30和pRb。与pRb原型类似,RBL1与转录因子E2F家族相互作用，并阻断细胞周期进展和DNA复制(Sherr和McCormick,2002)。因此，癌亚群证实了RBL1的F调表达(Takimoto等人，1998；Claudio等人,2002；Wu等人，2002；Ito等人，2003)。周期蛋白是周期蛋白依赖的激酶(CDKs)的辅因子(Malumbres和Barbacid,2001)。在细胞周期的过程中，周期蛋白的表达受到紧密的调控，以控制单个CDK的活性。在S周期中，周期蛋白A2与CDK2结合；周期蛋白D1是G1期中CDK4/6的主要辅因子。由于许多周期蛋白是细胞生长的促进因子周期蛋白-诸如周期蛋白D1其通常在各种类型的肿瘤中高水平表达(Donnellan和Chetty,1998)。CDK4与D-型周期蛋白，包括Dl,D2和D8形成活性的复合体。CDK4的主要功能是失活成视网膜细胞瘤蛋白家族成员。CDK4在许多癌症中过表达,并且当前用作潜在的癌症药物靶(Malumbres和Barbacid，2001)。hsa-miR-34a调节的转录因子包括翼型/螺旋叉头蛋白FoxMl,组蛋白脱乙酰酶1(HDAC1),Jim和锌指蛋白LIM结构域4(LM04)。LM0-4本身具有致癌性并失活BRCA1肿瘤抑制蛋白(Sum等人,2002;Sum等人,2005)。LM0-4通常在多种类型的癌中过表达,并在乳腺癌中预测出不良的结果(Visvader等人，2001；Mizunuma等人，2003；Sum等人，2005；Taniwaki等人，2006)。因此，针对LM0-4的RNAi导致乳腺癌细胞生长和迁移减少(Sum等人,2005)。类似于LM04,FoxMl也控制细胞周期基因诸如周期蛋白B和D的表达(Wang等人，2001)。FoxMl在人成胶质细胞瘤中高水平表达并在不同的模式系统中显示致瘤活性(Kalin等人，2006；Kim等人，2006；Liu等人，2006)。FoxMl缺陷的小鼠不能化学诱导肝细胞癌(Kalinichenko等人,2004)。Jun属于转录因子的碱性区/亮氨酸拉链(bZIP)类并且是诱导鸟类肿瘤形成的禽类癌蛋白v-Jun的细胞同系物(Maki等人，1987)。HDAC1充当一般的转录抑制因子并与成视网膜细胞瘤的肿瘤抑制蛋白(Rb)协同作用以减低细胞的生长和增殖(Wade，2001)。Hsa-miR-34a也控制Fas和MCL1的表达,这两个基因都功能连接至凋亡途径。MCL1是抗凋亡BCL-2(B细胞淋巴瘤2)基因家族的成员，其产生两个具有相反功能的选择性剪接基因产物(Bae等人，2000)。高水平的MCL1与患有卵巢癌的患者的不良预后有关，并是白血病复发的指示(Kaufmann等人，1998；Shigemasa等人，2002)。RNA干扰MCL1诱导胃癌和肝细胞癌细胞的治疗反应(Schu:[ze-Bergkamen等人，2006；Zangeraeister-ffittke和Huwiler,2006)。Fas,也称为CD95或AP0-1,是跨膜细胞表面受体,其在应答其配体FasL的凋亡信号转导过程中发挥作用(Houston和0'Connell,2004)o减少的Fas表达是降低对FasL介导的细胞死亡的常见细胞机制。类似地，许多不同的癌类型显示丧失的或降低的Fas表达水平(表5)。在结肠直肠癌中，在正常上皮转化为良性肿瘤,腺癌和转移的过程中，Fas表达逐渐减少(Moller等人，1994)。因此,尽管FasL表达,但是肿瘤细胞可能会躲过FasL诱导的凋亡信号。hsa-miR-34a的瞬时转染导致Fas转录物的增加并且由此恢复癌细胞对FasL的敏感性。hsa-miR-34a调节的其它生长相关的基因包括硫氧还蛋白(TXN),其是靶向多种蛋白和多个路径的12-kDa硫醇还原酶。硫氧还蛋白调节转录因子的活性,诱导血管生成的Hif-1a(低氧诱导因子la)以及VEGF(血管内皮生长因子)的表达并能够充当增殖剂和抗凋亡剂(Marks,2006)。因此，肺癌、胰腺癌、宫颈癌和肝癌显示硫氧还蛋白的水平增加。硫氧还蛋白的表达也与侵袭性的肿瘤生长、不良预后和化学抗性相关(Marks,2006)。总之,hSa-miR-34a决定着细胞增殖和肿瘤发生的关键调节物的蛋白的活性。这些靶标在人类癌症中经常被去调节。基于对被miR-34a调节的基因和相关通路的此观点，将hsa-miR-34a或抑制性抗hsa-miR-34a导入至多种类型癌细胞中将有可能产生治疗反应。实施例5合成的HSA-MIR-34A抑制人肺癌细胞的增殖本发明人以前已经证明hsa-miR-34参与了大量细胞活性的调控，这些细胞活性代表治疗癌症和治疗其他疾病和功能障碍的干预点(于2005年5月31日申请的美国专利申请系列号第11/141，707号和于2005年11月14曰申请的系列号第11/273，640号)。例如，hsa-miR-34的过度表达减少了某些正常细胞系或癌细胞系的增殖和/或活力。幵发有效的治疗方案需要证明在多种癌症模型和代表同一疾病的多种癌细胞系中治疗药物的功效和实用性的证据。本发明人通过使用8种单独的肺癌细胞系评价了hsanKMa对肺癌的治疗效应。为了测量肺癌细胞的细胞增殖，使用下列的非小细胞肺癌(NSCLC)细胞来源于肺腺癌的细胞(A549、H522、Calu-3、HCC2935)、来源于肺鳞状细胞癌的细胞(H226)、来源于肺腺鳞状细胞癌的细胞(H596)、来源于肺细支气管肺泡癌的细胞(H1650)以及来源于肺大细胞癌的细胞(H460)。合成hsa—miR—34a(前体miR-hsa-miR-34a,Ambioncat.no.AM17100)或阴性对照(NC)miRNA(前体miR微小RNA前体分子_阴性对照#2；Ambioncat.no.AM17111)经脂质转染被递送至A549、H522、H596、Calu-3、HCC2935、II1650和II460细胞中，并且经电穿孔递送至II226细胞中。根据已发表的试验方案(Ovcharenko等人,2005)和下列的参数执行脂质逆转染(重复三次)细胞(5,000-12，000/96孔)、在20u1OptiMEM(Invitrogen)中的0.1-0.2u1(脂质转染胺)Lipofectamine2000(cat.no.11668-019，InvitrogenCorp.，Carlsbad，CA，USA)、终浓度30nM的miRNA100yl。使用BioRadGenePulserXcell仪(BioRadLaboratoriesInc.,Hercules,CA,USA)以下列设置执行H226细胞的电穿孔5X106细胞,在200u1OptiMEM中的5ugmiRNA(1.6uMmiRNA)、方波脉冲以250V进行5ms。电穿孔的H226细胞以7，000细胞/96孔接种在100u1的总体积中。除了Calu-3细胞以外,在转染或电穿孔后72小时收获所有细胞用于评价细胞增殖。在转染后10天收获Calu-3细胞。使用AlamarBlueanvitrogen)根据生产厂商的说明书执行增殖测定。作为抑制细胞增殖的对照，使用针对马达蛋白驱动蛋白11(也称为Eg5)的siRNA。Eg5对于大多数真核细胞的细胞生存是至关重要的，并且其缺乏会导致细胞增殖减少和细胞死亡(Weil等人,2002)。在脂质转染中使用siEg5，并使用应用于miRNA的相同试验参数。本发明人还使用终浓度为1011M和5011M的DNA拓扑异构酶II抑制剂依托泊甙作为miRNA效力的内标准。依托泊甙是FDA批准的用于治疗肺癌的DNA拓扑异构酶II抑制剂。对于各种肺癌细胞的IC50值的范围已有报道，对于SCLC和NSCLC细胞的范围为<1_25uM(0hsaki等人，1992;Tsai等人，1993)。用阴性对照miRNA处理的细胞的值将来自AlamarBlue测定的百分比(％)增殖数值进行标准化。hsaraiR34a处理的细胞相对于用阴性对照miRNA处理的细胞(100%)的增殖百分比显示在表7和图1中。表7.用hSa-miR-34a、Eg5_特异性siRNA(siEg5)、依托泊甙或阴性对照miRNA(NC)处理的肺癌细胞系的增殖百分比(％)。将数值对从用阴性对照miRNA转染的细胞获得的值(100%增殖)进行标准化。NC,阴性对照miRNA；siEg5,Eg5-特异性siRNA；SD,标准差；n.d.，未测定。<table>tableseeoriginaldocumentpage248</column></row><table>hsa-miR-34a的递送抑制肺癌细胞A549、H522、H596、Calu-3,HCC2935、H1650、H460和H226的细胞增殖(表7和图1)。平均起来,hsa_miR-34a抑制细胞增殖达25.30%(表7和图1)。HSa-miR-34a在Calu-3细胞中具有最大的抑制活性，减少增殖达71.49%。hsa-miR-34a的生长抑制活性可与浓度彡10μM的依托泊甙相当。由于hsa-miR-34a在被测的所有肺癌细胞中都能诱导治疗反应，因此hsa^KMa可为患有肺癌和其他恶性肿瘤的大范围的患者提供治疗益处。为了评价hSa-miR-34a的长期治疗活性，在miRNA存在H226肺癌细胞中长达31天期间本发明人进行了生长曲线试验。由于裸干扰RNA的体外转染本性是瞬时的并且受到在进行中的细胞分裂期间的寡聚物稀释的削弱，因此在多个时间点施用丨niRNA(Bartlett等，2006；Bartlett等,2007)。为了使miRNA递送给大量的细胞，hsa_miR-34a或阴性对照miRNA通过电穿孔方法递送。简言之，用BioRadGenePulserXcellTM仪(BioRadLaboratoriesInc.,Hercules,CA,USA)将1.6μΜhsa-miR-34a或阴性对照电穿孔IXlO6H226,在常规的生长培养基接种和繁殖。当对照细胞汇合时(第6,17和25天)，收集细胞并计数,并用各自的miRNA再次电穿孔。为了确保两种条件下处理相似以及适合对数生长期，将第二次和第三次电穿孔使用的细胞数滴定到最低计数。使用公式PD=In(Nf/NO)/1η2并根据大约72%的新接种的细胞粘附在平板上的事实计算这些电穿孔的细胞的倍增。外推细胞计数并在线性标尺上绘制(图2)。箭头代表电穿孔天数。图上包括标准偏差。hsa-miR-34a的重复递送大大地抑制了人肺癌细胞的增殖(图2)。相反,用阴性对照miRNA处理的细胞显示正常的对数生长。hsa-miR-34a处理相对于对照细胞的增殖(100%)获得了94.9%的II226细胞生长抑制。这些数据表明，hsa-miR-34a提供了治疗人肺癌细胞的有用的治疗工具。实施例6HSA-MIR-34a结合特异‘性的人微小RNA协同地,抑制λ肺癌细胞/系_曾歹言miRNA在控制多个细胞过程的多个通路中起作用。癌细胞在数个不同的通路中经常显示异常,这些通路决定其致癌特性。因此，给予癌症患者以多种miRNA可得到比给予单一miRNA更好的治疗益处。本发明人评价了配对miRNA组合的功效,给予hsa-miR-34a,同时给予hsa-miR-124a、hsa-miR-126、hsa-miR-147、hsa-let-7b、hsa-let-7c或hsa_let_7g(前体miRmiRNA,Ambioncat.no.AM17100)。用各miRNA以300pM的终浓度(达到600pM的寡核苷酸)瞬时逆转染H460肺癌细胞(重复三次)。对于阴性对照,使用600pM前体raiR微小RNA前体分子-阴性对照#2(Ambioncat.no.AM17111)。为了将各种组合的作用与单一miRNA的作用相关联，300pM的各miRNA也与300pM的阴性对照miRNA组合。使用F列的参数执行逆转染7，000细胞/96孔，20μ1OptiMEM(Invitrogen)的0.15μ1Lipofectamine2000(Invitrogen)，100μ丨总转染体积。作为raiRNA的功效的内参照，在转染后24小时,依托泊甙以10μM和50μM加入至模拟转染细胞中继续进行48小时。转染后72小时收获细胞，并将细胞进行AlamarBlue测定(Invitrogen)。将来自AlamarBlue测定的百分比增殖数值对从用600pM阴性对照miRNA处理的细胞获得的数值进行标准化。数据表示为相对于阴性对照miRNA处理的细胞的％增殖(表8,图3)。300pMhsa-miR-34a结合300pM阴性对照miRNA的转染减少H460细胞的增殖达0.42%(相当于用600pM阴性对照miRNA处理的细胞的99.58%的增殖，表8和图3)。配对组合(例如，hsa-miR-34a+hSa-miR-147)的累加活性被规定为大于各miRNA的单一活性的活性(例如，hsa-miR-34a+hsa-miR-147的活性大于hsa_miR-34a+NC所观察到的活性，以及hsa-miR-34a+hsa-miR-147的活性大于hsa_miR-147+NC所观察到的活性)。配对组合的协同活性被规定为大于各miRNA的单一活性的总和的活性(例如，hsamiR34a+hsalet7g的活性大于hsa-raiR-34a+NC的活性和hsa-let-7g+:NC的活性的总和)。数据表明hsa-miR-34a与hsa_miR-124a、hsa-miR-126、hsa-miR-147、hsa_let_7b、hsa_let_7c或hsa-let-7g组合产生累加或协同活性(表8和图3)。因此，向癌症患者给予hsa-miR-34a与其他miRNA的组合可在肺癌的治疗中诱导较好的治疗反应。miRNA的组合应用是癌症和其他疾病的潜在有用的治疗方法。表8.在配对miR-34amiRNA组合的存在下H460肺癌细胞的细胞增殖。数值用从600pM阴性对照(NC)miRNA转染的细胞获得的数值进行标准化。SD，标准差；S，协同效应；A，累加效应。miRNA[300pM]+miRNA[300pM]%增殖%SD效应NC+NC100.001745NC+!HiR_____34a99.58L66NC+miR.....124a69.43ΓΓ38NC+miR.....12689.46ΠNC+miR-14776.97ΠΒNC+let-7b74.923738NC+let-7c86.74228NC+let,-7g91.41326mi.R-34a+mi.R-124a49.12ΓΤ3SmiR-34a+miR-12673.065Γ6SmiR-34a+miR-14780.94iTTsA“miR-34a+let-7b64,85ΓδΟSmiR-34a+let-7c76.41ΤΕΙSmiR34a+let7g73.83SEtoposide(IOuM)20.19L89<table>tableseeoriginaldocumentpage251</column></row><table>[1161]实施例7合成HSA-MIR-34a的递送抑制小鼠中人肺癌异种移棺物的肿瘤牛长本发明人评价了在免疫缺陷小鼠中生长的人肺癌异种移植物中hSamiR34a的生长抑制活性。将每3X106人H460非小细胞肺癌细胞与BDMatrigel,(BDBiosciences；SanJose,CA,USA；cat.no.356237)以1:1的比例混合，并皮下注射至23个N0D/SCID小鼠(CharlesRiverLaboratories,Inc.；Wilmington,MA,USA)的F背。一旦动物开乡成可触摸的肿瘤(异种移植物移植后第11天)，一组6只动物每只分别在11、14和17天接受瘤内注射脂基siPORT胺递送剂(Ambion,Austin,TX；cat.no.AM4502)配制的6.25ughsa-miR-34a(Dharmacon,Lafayette,CO)。6只动物的对照组以与hsa_miR-34a相同的注射方案瘤内注射，每只接受瘤内注射6.25ug阴性对照miRNA(NC；Dharmacon,Lafayette,CO)。如果小鼠的平均重量为20g，该剂量等于0.3125mg/kg。另外，携带肿瘤的六只H460小鼠组瘤内注射缺少任何寡核苷酸的siPORT胺递送制剂,一组5只小鼠瘤内注射磷酸盐缓冲液盐水(PBS)。每1-2天用测径器测量并用公式体积=长X宽X宽/2计算肿瘤体积，其中长大于宽。计算随时间的平均肿瘤体积、标准偏差和P-值并作图(图4)。如图4所示，三个剂量的hsa-miR-34a大大抑制了存在的H460肺部肿瘤的生长(白色框)。在19天,hsa-miR-34a处理的肿瘤平均体积是196mm3。相反,用阴性对照miRNA(黑色棱形)处理的肿瘤稳定地生长,并在第19天产生平均大小为421mm3的肿瘤。阴性对照肿瘤生长和只用PBS或siPORT胺对照处理的肿瘤一样快，这表明hsa-miR-34a的疗效是特异的。这些数据表明hsaraiR34a是治疗患有肺癌的患者的特别有用的候选物。hsa-miR-34a的疗效主要表现在hsa-miR-34a抑制治疗前已经形成的肿瘤的生长。另外，数据证实了在脂基制剂中的hsa-miR-34a的治疗用途。实施例8合成的hsa-miR-34a抑制人前列腺癌细胞的增殖通过用四个人前列腺癌细胞系，发明人评价了hSa-miR-34a在治疗前列腺癌的疗效。为了测定前列腺癌细胞的细胞增殖，使用了下列癌细胞系PPC-1，来自骨转移癌，Dul45，来自脑转移癌；RWPE2，来自用人乳头瘤病毒18无限增殖并用K-RAS癌基因转化的前列腺细胞；和LNCaP,来自淋巴结转移癌(Bello等，1997；Pretlow等，1993；Stone等，1978；Brothman等，1991；Horoszewicz等，1980)。PPC-1和Dul45细胞缺乏前列腺特异抗原(PSA)的表达并且不依赖于雄激素受体(AR)信号转导。相反，RWPE2和LNCaP细胞检测对PSA和AR是阳性的。用合成的hsa-miR-34a(Pre-miR-hsa-miR-34a，Ambioncat.no.AM17100)或阴性对照miRNA(NC；Pre-miRmicroRNA前体分子—阴性对照#2；Ambioncat.no.AM17111)以96孔方式使用脂基转染剂转染细胞。根据出版的方法(Ovcharenko等，2005)和以F参数三次重复进行脂基反转染细胞(6，000-7，000每96孔)，在20y1OptiMEM(Invitrogen)中的0.1-0.2u1脂质转染胺2000(cat.no.11668-019，InvitrogenCorp.,Carlsbad,CA,USA),在100u！中的30nM终浓度的raiRNA。在转染后4-7天使用AlamarBlue(Invitrogen)制造商的说明测定增殖。使用针对马达蛋白驱动蛋白11(也称为Eg5)的siRNA作为抑制细胞增殖的对照。Eg5对于大多数真核细胞的存活是必需的,其缺乏导致细胞增殖减少和细胞死亡(Weil等，2002)。siEg5用于根据适用于miRNA的实验参数进行的脂基转染。3小时后测量荧光光度单位(FLU),用对照标准化并根据增殖变化的百分率作图。hSa-miR-34a处理的细胞相对于用阴性对照miRNA(100%)处理的细胞的百分增殖显示在表9和图5中。表9.用hsa-miR-34a、Eg5-特异性siRNA(siEg5)或阴性对照miRNA(NC)处理的人前列腺癌细胞系的增殖百分比(％)。将数值对从用阴性对照miRNA转染的细胞获得的值(100%增殖)进行标准化。NC,阴性对照miRNA；siEg5,Eg5-特异性siRNA；SD,标准差。<table>tableseeoriginaldocumentpage252</column></row><table>hsa-miR-34a的递送抑制人前列腺癌细胞PPC-1、Du145、LNCaP和RWPE2的细胞增殖(表9和FIG.5)。hsa-miR-34a平均抑制细胞增殖37.18%。hsa_miR-34a的生长抑制活性与针对Eg5的siRNA相当。由于hsamiR34a在所有的前列腺细胞中诱导治疗反应，hsa-miRHMa可以对患有前列腺癌和其它恶性肿瘤的广范围大的患者提供治疗益处。为了评价hsa-miR-34a的长期治疗活性,在miRNA存在长达22天期间本发明人进行了生长曲线试验。由于裸千扰RNA的体外转染本性是瞬时的并且受到在进行中的细胞分裂期间的寡聚物稀释的削弱，因此在多个时间点施用miRNA(Bartlett等，2006；Bartlett等，2007)。为了使miRNA递送给大量的细胞,hsa^miR34a或阴性对照miRNA通过电穿孔方法递送给PPC-1、PC3或Dul45人前列腺癌细胞。简言之,用BioRadGenePulserXcellTM仪(BioRadLaboratoriesInc.,Hercules,CA,USA)将1.6μMhsa_miR-34a或阴性对照电穿孔1XIO6PPOl或PC3或0.5X106Dul45细胞，在常规的生长培养基接种和繁殖。对PC3和Dul.45细胞的试验进行三次重复。当对照细胞汇合时(对PPC-1细胞为第4天和第11天,对PC3和Dul45为第7天和第14天)，收集细胞并计数,并用各miRNA再次电穿孔。为了确保两种条件下处理相似以及适合对数生长期，将第二次和第三次电穿孔使用的细胞数滴定到最低计数。使用公式PD=ln(Nf/N0)/ln2并根据大约72%的新接种的细胞粘附在平板上的事实计算这些电穿孔的细胞的倍增。外推细胞计数并在线性标尺上绘制(图6)。箭头代表电穿孔天数。图上包括标准偏差。hsa-miR-34a的重复递送大大地抑制了人前列腺癌细胞的增殖(图6白框)。相反，用阴性对照miRNA处理的细胞显示正常的对数生长(图6黑色棱形)。hsamiR34a处理在第21天获得了相对于对照细胞的增殖(100%)97.2%的PC3细胞生长抑制(2.8%的细胞，相对于用阴性对照miRNA电穿孔的细胞)，在第19天获得了93.的Dul45细胞生长抑制(6.9%的细胞,相对于用阴性对照miRNA电穿孔的细胞)。这些数据表明，hsa-miR-34a提供了治疗人前列腺癌细胞的有用的治疗工具。实施例9合成hsa-miR-34a小鼠中人前列腺癌异种移植物的肿瘤牛长体外研究证实了hSa-miR-34a在培养的人前列腺癌细胞中的治疗活性。因此，hsa-miR-34a可能千扰动物中前列腺肿瘤的生长。为了研究这种可能性，用PPC-I人前列腺癌异种移植物评价了合成的hsamiR34amiRNA在动物中的治疗潜力。用1.6μM合成的hsa-miR-34a或阴性对照miRNA(Pre-miRTM-hsa-miR-34a,Ambioncat.no.AM17100；NC,Pre-miR微小RNA前体分子-阴性对照#2,Ambioncat.no.AM17111)电穿孔5XIO6PPC-I细胞/动物，与BDMatrigel(BDBiosciences；SanJose,CA,USA；cat.no.356237)以11比例混合并皮下移植到N0D/SCID小鼠(CharlesRiverLaboratories，Inc.；Wilmington,MA,USA)的下背部。一组7只小鼠用hsa-miR-34a处理的PPC-1细胞注射，一组7只动物用阴性对照miRNA.处理的PPC-I注射。为了保持稳定水平的miRNA,将6.25μg的缀合有脂基胺递送剂(Ambion,Austin,TX；cat.no.AM4502)的各hsa_miR-34a或阴性对照miRNA在第7、13、20和25天通过瘤内注射重复递送。如果平均小鼠重量为20g，该剂量等于0.3125mg/kg。通过每12天用测径器取测量值进行32天监测肿瘤生长。肿瘤的体积用以下公式计算并随时间作图体积=长X宽X宽/2,其中，长大于宽(图7)。标准偏差显示于图中。所有的数据点的P值<0.01，在第22天获得的数据的ρ值低至1.86XΙΟ"9,表明具有统计学显著性。hsa-miR-34a的重复给予阻断了人PPC-1前列腺癌异种移植物的肿瘤生长(图7,白框)。接收hsa-miR-34a的平均肿瘤体积在第32天为151mm3。新移植的肿瘤体积在lll-155mm3之间(第4_7天)，因此PPC-1肿瘤响应hsa_miR-34a处理而不能发育。相反，用阴性对照miRNA局部处理的肿瘤不受影响并继续以稳定的速度生长(图7，黑色棱形)。用阴性对照miRNA处理的肿瘤的平均体积在第32天为437mra3。值得注意的是，每次给予hsa-miR-34a导致肿瘤体积的快速生长。阴性对照miRNA没有诱导这种效应,表明了hsa-miR-34a的抗肿瘤活性是特异的。组织化学分析表明，用阴性对照miRNA处理的PPC-1肿瘤被健康的有活力的前列腺癌细胞密集地包围(图8)。相反，hsamiR34a处理的肿瘤主要由含有细胞碎片以及稀疏分散的细胞基质胶，以及含有似乎有活力的细胞的偶尔的袋状物构成(图8,箭头)。为了进一步观察这些细胞的生物学状态，进行了对增殖标记物Ki-67，以及胱天蛋白酶3-凋亡的指示物特异的组织化学分析。如图9所示,在hsaiiIKMa处理的肿瘤中具有活细胞的区域显示了Ki-67的水平降低以及胱天蛋白酶3的水平增加。这些数据表明hsa-miR-34a通过抗增殖和促进凋亡抑制机制抑制了肿瘤的生长。这些数据表明，hSa-miR-34a给患有前列腺癌的患者的治疗提供了有力的治疗工具。另外,数据证实了在脂基制剂中的hsa-miR-34a的治疗用途。参考文献下列的参考文献具体地引入本文作为参考，它们对本文所提出的示例性的程序或其他细节进行了补充。[1186]U.S.专利4，337，063U.S.专利4，404，289U.S.专利4，405，711U.S.专利4，659，774U.S.专利4，682，195U.S.专利4，683，202U.S.专利4，704，362U.S.专利4，81.6，571U.S.专利4，870,287U.S.专利4，959，463U.S.专利5，141,813U.S.专利5，143，854U.S.专利5，202,231U.S.专利5，214，136U.S.专利5，221，619U.S.专利5，223，618U.S.专利5，242，974U.S.专利5，264，566U.S.专利5，264，566U.S.专利5，268，486U.S.专利5，288，644U.S.专利5，324，633U.S.专利5，378，825U.S.专利5，384，261U.S.专利5，399，363U.S.专利5，405，783U.S.专利5,412,087U.S.专利5，424，186U.S.专利5，428，148U.S.专利5，429，807U.S.专利5，432，049U.S.专利5，436，327U.S.专利5，445，934U.S.专利5，446，137U.S.专利5，466，468U.S.专利5，466，786U.S.专利5，468，613U.S.专利5，470，710U.S.专利5，470，967.U.S.U.[1261]U.U.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.u.专禾专禾专禾专禾专禾472480492503510525525527529532543545547554554556561571574580580583593599599602602610610614623624631637639641652654672980806980270464464681128158531839501744752071639146726732013839672695240289287617070711134683603515897099413255[1264]U.S.专利5，658，734U.S.专利5，661，028U.S.专利5，665，547U.S.专利5，667，972U.S.专利5，670，663U.S.专利5，672，697U.S.专利5，677，195U.S.专利5，681，947U.S.专利5，695，940U.S.专利5，700，637U.S.专利5，700，922U.S.专利5，705，629U.S.专利5，708,153U.S.专利5，708，154U.S.专利5，714，606U.S.专利5，728，525U.S.专利5，739，169U.S.专利5，744，305U.S.专利5，760，395U.S.专利5，763，167U.S.专利5，770，358U.S.专利5，777，092U.S.专利5，789，162U.S.专利5，792，847U.S.专利5，800,992U.S.专利5，801，005U.S.专利5，807，522U.S.专利5，824，311U.S.专利5，830,645U.S.专利5，830,880U.S.专利5，837，196U.S.专利5，846，225U.S.专利5，846，945U.S.专利5，847，219U.S.专利5，856，174U.S.专利5，858，988U.S.专利5，859，221U.S.专利5，871,928U.S.专利5，872，232.[1303]U.S.专利5，876，932U.S.专利5，886，165U.S.专利5，919，626U.S.专利5，922，591U.S.专利6，004，755U.S.专利6，040，193U.S.专利6，087，102U.S.专利6，251，666U.S.专利6，368，799U.S.专利6，383，749U.S.专利6，617，112U.S.专利6，638，717U.S.专利6，720，138U.S.专利6，723，509U.S.专利申请系列号09/545，207U.S.专利申请系列号10/667，126U.S.专利申请系列号11/141，707U.S.专利申请系列号11/273，640U.S.专利申请系列号11/349，727U.S.临时专利申请系列号60/575，743U.S.临时专利申请系列号60/649,584U.S.临时专利申请系列号60/650，807Akiba等人，Int.J.Oncol.，18(2):257-264,2001.Akino等人，Gastroenterology,129(1)156-169,2005.Ando等人，J.Biol.Chem.，279(24):25549_25561，2004.Arap等人，CancerRes.,55(6)1351-1354，1995.Aspland等人，Oncogene,20(40):5708-5717，2001.Austin-Ward和Vi:[laseca,RevistaMedicadeChile,126(7):838-845,1998.Ausubel等人，InCurrentProtocolsinMolecularBiology,John,Wiley&Sons,Inc，NY,1994.Bae等人，J.Biol.Chem.，275(33):25255-25261,2000.Bagga等人，Cell,122(4):55厂563,2005.Bai等人，Histol.Histopathol.，18(2)449-457,2003.Bar-Shira等人，CancerRes.,62(23)=6803-6807,2002.Bartlett等人，BiotechnolBioeng，97(4):909-21’2007.Bartlett等人，NucleicAcidsRes,34(1):322-33,2006.Barton等人，Clin.CancerRes.,3(9):1579—1586,1997.Beisner等人，CancerRes.，66(15)7554-7561,2006.Bello等人，Carcinogenesis，18(6):1215-23，1997.[1341]Billottet.等人，Oncogene,25(50):6648_6659,2006.Birchmeier等人，Nat.Rev.Mol.CellBiol.,4(12):915_925，2003.Biswas等人，CancerRes.，64(14):4687-4692，2004.Boccaccio和Comoglio,Nat.Rev.Cancer,6(8):637-645,2006.Bodner-Adler等人，AnticancerRes.,21(IB):809_812，2001.Borczuk等人，Am.J.Pathol.,163(5):1949-1960，2003.Bostwick等人，Prostate，58(2):164-168,2004.Boultwood等人,Br.J.Haematol.,1.26(4):508-511，2004.Boutros等人，Biochem.Biophys.Res.Commun.,325(4):1115_1121,2004.Bradham等人，J.CellBiol.，114(6):1285-1294，1991.Bravou等人，Int.J.Oncol.，27(6):1511-1518，2005.Brothraan等人，j.Urol.,145(5):1088-91,1991.Bui等人，Br.J.Cancer,77(2):319_324,1998.Bukowski等人，ClinicalCancerRes.，4(10):2337_2347，1998.Cahill等人，Nature，392(6673):300-303，1998.Caidas等人，CancerRes.,54:3568-3573，1994.Calin禾口Croce,Nat.Rev.Cancer,6(11):857_866,2006.Carrington和Ambros，Science,301(5631):336_338，2003.Castillo等人，CancerRes.,66(12):6129-6138，2006.Cheng等人，CancerRes.,54(21):5547-5551,1994.Chiegffi等人，Prostate,66(3):326_333,2006.Choi等人，Oncogene,23(42)=7095-7103,2004.Cho-Vega等人，Hum.Pathol.，35(9):10951100,2004.ChristodouHdes等人，Microbiology,144(Pt11):3027-3037,1998.Claudio等人，Clin.CancerRes.,8(6)1808-1815,2002.Cohen等人，Oncogene,20(2)141-146,2001.Coop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426PCT申请WO03093810PCT申请WO03100012PCT申请WO03100448A1PCT申请WO04020085[1497]PCT申请WO04027093PCT申请WO09923256PCT申请WO09936760PCT申请WO93/17126PCT申请WO95/11995PCT申请WO95/21265PCT申请WO95/21944PCT申请WO95/35505PCT申请WO96/31622PCT申请WO97/10365PCT申请WO97/27317PCT申请WO9743450PCT申请WO99/35505Pietras等人，Oncogene,17(17)=2235-2249，1998.Pretlow等人，JNatlCancerInst,85(5):394-8，1993.Pruitt等人，NucleicAcidsRes.，33(1):D501-D504,2005.Pruneri等人，Clin.CancerRes.，11(1):242_248,2005.Qian等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,99(23)14925-14930,2002.Qin等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95(24):14411-14416，1998.Remington'sPharmaceuticalSciences"15thEdition,pages1035-1038禾D1570-1580,1990.Rincon-Arano等人，Cancer,97(3):575_585，2003.Rosenkilde禾口Schwartz,Apmis,112(7—8):481—495,2004.Ru等人，Oncogene,21(30):4673-4679,2002.Rubin和Gutmann,Nat.Rev.Cancer,5(7):557_564,2005.Rust等人，J.Clin.Pathol.，58(5)=520-524,2005.Sambrook禾nRussell，MolecularCloning:ALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPress,1989.Sambrook禾口Russell,MolecularCloning:ALaboratoryManualColdSpringHarborLaboratoryPress,2001.Sambrook等人，In:DNAmicroaarays:amolecularcloningmanual,Cold)rd->rdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,2003.Sanchez-Aguilera等人，Blood,103(6)=2351-2357，2004.Sano等人，Histopathology,46(5):532539,2005Scheit,In:Synthesis禾口BiologicalFunction,Wiley—Interscience,NewYork,171-172’1980.Schulze-Bergkamen等人，BMCCancer,6=232,2006.Seggerson等人，Dev.Biol.，243:215，2002.[1531]Serrano等人，Nature,366:704_707,1993.Serrano等人，Science,267(5195)249-252,1995.Sherr和McCormick，CancerCell,2(2):103-112,2002.Shetty等人，Br.J.Cancer,93(11):1295-1300,2005.Shigeishi等人，Oncol.Rep.,15(4):933_938,2006.Shigemasa等人，.Jpn.J.CancerRes,93(5)542-550,2002.Shimo等人，CancerLett.,174(1):57-64，2001.Shiraoyaraa等人，C!in.CancerRes.,5(5)1125-1130,1999.Shinoura等人，CancerGeneTher.,7(2):224_232,2000.Sieghart.等人，J.Hepatol.，44(1):151-157，2006.Smith等人，Biochem.Biophys.Res.Commun.,234(2):397-405，1997.Smith等人，Br.j.Cancer,93(6):719-729,2005.Solic和Davies，Exp.CellRes.,234(2)465-476,1997.Sparmann禾口Bar-Sagi，CancerCell,6(5):447-458,2004.Stone等人，IntJCancer,21(3):274-81，1978.Strebhardt和U!Irich,Nat.Rev.Cancer,6(4):321-330,2006.Sujobert等人，Blood,106(3)1063-1066,2005.Sum等人，J.Biol.Chem.，277(10)=7849-7856，2002.Sum等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,102(21):7659-7664，2005.Takimoto等人，Biochem.Biophys.Res.Commun.,251(1):264-268,1998.Tanami等人，Lab.Invest.，85(9):1118_1129,2005.Taniwaki等人，Int.J.Oncol.，29(3):567_575，2006.Tanner等人，Clin.CancerRes.,6(5):1833-1839，2000.Thome,Nat.Rev.Immunol.，4(5):348-359，2004.Tikoo等人，J.Biol.Chem.,269(38):23387-23390,1994.Troncone等人，J.Clin.Pathol.，60(4):377_381，2007.Tsai等人，JNatlCancerInst,85(11):897-901，1993.Turner等人，Nat.Rev.Cancer,4(10):814-81.9,2004.UK申请8803000UK专利1，529，202Ulisse等人，Int.J.Cancer，119(2):275-282，2006.Vanhaesebroeck等人，TrendsBiochem.Sci.,22(7):267-272,1997.Viard-Leveugle等人，J.Pathol.,201(2):268_277,2003.Visvader等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,98(25):14452-14457，2001.Vogt等人，CellCycle,5(9):946-949，2006.Vos等人，j.Biol.Chem.,278(30)28045-28051,2003.Wade,Hum.Mol.Genet.,10(7):693_698,2001.Wang等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,98(20)=11468-11473，2001.Weil等人，Biotechniques,33(6):1244-8,2002.[1570]Weiss和Bohmann，CellCycle,3(2):111_113,2004.ffikman等人，Oncogene,21(37)=5804-5813,2002.Wohlschlegel等人，Am.J.Pathol.，161(1):267-273，2002.Wooster和Weber,N.Engl.J.Med.,348(23):2339-2347,2003.Wu等人，Eur.J.Cancer,38(14):1838-1848,2002.Wu等人，Eur.J.Cancer,42(4):557_565，2006.Wu等人，Int.J.Gynecol.Cancer，16(4):1668-1672，2006.Wui1leme-Toumi等人，Leukemia,19(7)1248-1252，2005.Xi等人，Clin.CancerRes.,12(8):2484_2491,2006a.Xi等人，Clin.Chem.，52(3):520_523，2006b.Xia等人，CancerRes.，61(14):5644-5651，2001.Yamagata等人，CancerRes.,65(1):157-165,2005.Yang等人，CancerCell,9(6)445-457,2006.Yang等人，CancerRes.,65(19)=8887-8895,2005.Yu和Feig,Oncogene,21(49):7557-7568，2002.Zangemeister-Wittke和Huwi!er,CancerBiol.Ther.,5(10):1355-1356,2006.Zhu等人，Cell,94(6):703_714,1998.权利要求一种调节细胞中基因表达的方法，其包括给予细胞包括足以调节表1、3、4或5中鉴定的一种或多种基因的表达的量的miR-34核酸序列的分离核酸。2.权利要求1所述的方法，其中所述细胞在患有、怀疑患有或有危险发生代谢性病症、免疫性病症、感染性病症、心血管病症、消化性病症、内分泌病症、眼部病症、泌尿生殖器病症、血液病症、肌肉骨骼病症、神经系统病症、先天性病症、呼吸系统病症、皮肤病症或癌性病症的受试者中。3.权利要求2所述的方法，其中所述感染性疾病或病症是寄生虫、细菌、病毒或真菌感4.权利要求2的方法，其中所述癌性病症是星形细胞瘤、间变性大细胞淋巴瘤、急性淋巴母细胞性白血病、急性髓性白血病、血管肉瘤、乳腺癌、B细胞淋巴瘤、膀胱癌、子宫颈癌、头颈癌、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病、结肠直肠癌、子宫内膜癌、神经胶质瘤、胶质母细胞瘤、胃癌、胃泌素瘤、肝母细胞瘤、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、卡波西氏肉瘤、白血病、肺癌、平滑肌肉瘤、喉鳞状细胞癌、黑素瘤、粘膜相关的淋巴组织B细胞淋巴瘤、成髓细胞瘤、套细胞淋巴瘤、脑膜瘤、髓性白血病、多发性骨髓瘤、高危骨髓增生异常综合症、间皮瘤、神经纤维瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、食管癌、口咽癌、骨肉瘤、胰腺癌、乳头状癌、前列腺癌、嗜铬细胞瘤、横纹肌肉瘤、头颈部鳞状细胞癌、神经鞘瘤、小细胞肺癌、唾液腺肿瘤、散发性乳头状肾癌、甲状腺癌、睾丸肿瘤、尿路上皮癌,其中所述一种或多种基因的调节足以发生治疗反应。5.权利要求4所述的方法，其中所述的癌性病症是肺癌。6.权利要求5所述的方法，其中所述的肺癌是非小细胞肺癌。7.权利要求6所述的方法,其中所述的非小细胞肺癌是腺癌、鳞状细胞癌、大细胞癌、腺鳞状细胞癌或细支气管肺泡癌。8.权利要求4所述的方法，其中所述的癌性病症是前列腺癌。9.权利要求8所述的方法,其中前列腺癌与可检测的前列腺特异性抗原(PSA)有关。10.权利要求8所述的方法,其中前列腺癌是不依赖于雄激素的。11.权利要求1所述的方法，其中所述的基因表达是下调的。12.权利要求1所述的方法，其中所述的基因表达是上调的。13.权利要求1所述的方法，其中所述细胞是内皮细胞、间皮细胞、上皮细胞、基质细胞或粘膜细胞。14.权利要求1所述的方法,其中所述细胞是神经胶质细胞、白血病细胞、结肠直肠细胞、子宫内膜细胞、脂肪细胞、脑膜细胞、淋巴细胞、结缔组织细胞、视网膜细胞、宫颈细胞、子宫细胞、脑细胞、神经元细胞、血细胞、宫颈细胞、食管细胞、肺细胞、心血管细胞、肝细胞、乳腺细胞、骨细胞、甲状腺细胞、腺细胞、肾上腺细胞、胰腺细胞、胃细胞、肠细胞、肾细胞、膀胱细胞、前列腺细胞、子宫细胞、卵巢细胞、睾丸细胞、脾细胞、皮肤细胞、平滑肌细胞、心肌细胞或横纹肌细胞。15.权利要求1所述的方法，其中所述细胞是癌细胞。16.权利要求15所述的方法,其中所述癌细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血细胞、白血病细胞、结肠细胞、结肠直肠细胞、子宫内膜细胞、上皮细胞、肠细胞、淋巴细胞、间皮细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰腺细胞、前列腺细胞、肾细胞、肌细胞、肾上腺细胞、唾液腺细胞、睾丸细胞或甲状腺细胞。17.权利要求1所述的方法，其中所述分离的miR-34核酸是重组核酸。18.权利要求17所述的方法,其中所述重组核酸是RNA。19.权利要求17所述的方法,其中所述重组核酸是DNA。20.权利要求19所述的方法，其中所述重组核酸包括miR-34表达盒。21.权利要求20所述的方法,其中所述表达盒包括在病毒载体或质粒DNA载体中。22.权利要求21所述的方法,其中所述病毒载体以每剂量1X105-1X1014个病毒颗粒的剂量给药或所述质粒DNA载体以每位患者lOOmg至每位患者4000mg的剂量给药。23.权利要求1所述的方法，其中所述miR-34核酸是合成的核酸。24.权利要求23所述的方法，其中所述核酸以0.01mg/kg体重至10mg/kg体重的剂量25.权利要求1所述的方法,其中所述miR-34是hsa-miR-34。26.权利要求1所述的方法，其中所述miR-34是miR_34a、miR-34b或miR_34c。27.权利要求1所述的方法，其中所述核酸经肠或胃肠外给药。28.权利要求27所述的方法,其中肠给药是口服给药。29.权利要求27所述的方法,其中胃肠外给药是血管内给药、颅内给药、胸膜内给药、肿瘤内给药、腹腔内给药、肌内给药、淋巴内给药、腺内给药、皮—F给药、局部给药、支气管内给药、气管内给药、鼻内给药、吸入给药或滴注给药。30.权利要求1所述的方法,其中所述核酸包括在药物制剂中。31.权利要求30所述的方法,其中所述药物制剂是脂质组合物。32.权利要求30所述的方法，其中所述药物制剂是纳米颗粒组合物。33.权利要求30所述的方法，其中所述药物制剂由生物相容性分子和/或生物可降解分子组成。34.一种调节细胞通路或生理通路的方法,其包括给予细胞一定量的包括miR-34核酸序列的分离核酸，所述分离核酸的量足以调节包括表1、3、4或5中鉴定的一种或多种基因或与表1、3、4或5中鉴定的一种或多种基因相关的基因产物的细胞通路或生理通路。35.权利要求34所述的方法,其进一步包括给予2、3、4、5、6或更多种raiRNA。36.权利要求35所述的方法，其中所述2中或更多种miRNA包括has-miR-34a和has-miR-124a、has-miR-126、has-miR-147、has-miR-7b、has-miR-7c或has_miR-7g中的一种或多种。37.权利要求35所述的方法,其中所述miRNA包括在单一组合物中。38.权利要求35所述的方法,其中至少两个细胞通路或生理通路被调节。39.权利要求35所述的方法，其中至少一种基因被多种miRNA调节。40.权利要求34所述的方法，其中所述基因或基因产物的表达是下调的。41.权利要求34所述的方法,其中所述基因或基因产物的表达是上调的。42.权利要求34所述的方法,其中所述细胞是癌细胞。43.权利要求42所述的方法，其中所述细胞的活力降低，所述细胞的增殖减少，所述细胞的转移减少，或所述细胞对治疗的敏感性增加。44.权利要求42所述的方法,其中所述癌细胞是神经元细胞、神经胶质细胞、肺细胞、肝细胞、脑细胞、乳腺细胞、膀胱细胞、血细胞、白血病细胞、结肠细胞、子宫内膜细胞、—丨二皮细胞、肠细胞、间皮细胞、胃细胞、皮肤细胞、卵巢细胞、脂肪细胞、骨细胞、宫颈细胞、食管细胞、胰腺细胞、前列腺细胞、肾细胞、肌细胞、肾上腺细胞、唾液腺细胞或甲状腺细胞。45.权利要求34所述的方法,其中所述分离的miR-34核酸是重组核酸。46.权利要求45所述的方法，其中所述重组核酸是DNA。47.权利要求46所述的方法,其中所述重组核酸是病毒载体或质粒DNA。48.权利要求34所述的方法,其中所述核酸是RMA。49.权利要求34所述的方法,其中所述miR-34核酸是合成的核酸。50.权利要求45所述的方法，其中所述重组核酸是合成的核酸。51.一种治疗被诊断患有或怀疑患有或怀疑发生与由miRNA调节的基因相关的病理病症或疾病的患者的方法，其包括以下步骤(a)给予所述患者足以调节细胞通路或生理通路的量的包括miR-34核酸序列的分离核酸；以及(b)给予第二治疗，其中所述细胞通路或生理通路的调节使所述患者对所述第二治疗52.权利要求51所述的方法,其中--个或多个细胞通路或生理通路包括表1、3、4或5中鉴定的一种或多种基因。53.一种选择要给予患有、怀疑患有或具有倾向发生病理病症或疾病的受试者的miRNA的方法,其包括(a)测定选自表1、3、4或5的一种或多种基因的表达谱；(b)基于所述表达谱评价所述受试者对miRNA治疗的敏感性；以及(c)基于所述已评价的敏感性选择一种或多种miRNA。54.权利要求53所述的方法进一步包括使用1、2、4、5、6、7、8、9、10或更多种miRNA治疗所述受试者。55.权利要求54所述的方法，其中各miRNA单独或以一种或多种组合给药。56.权利要求54所述的方法，其中所述miRNA在单一组合物中。57.一种评价细胞、组织或受试者的方法,其包括评价至少一个标本中miR34的表达和评价来自表1、3、4或5的--种或多种基因的表达相组合。58.一种评价标本中miR-34状态的方法，其包括以下步骤(a)评价标本中来自表1、3、4或5的一种或多种基因的表达；以及(b)基于所述标本中miR-34的表达水平确定ini.R34状态。全文摘要本发明涉及用于鉴定由miR-34调控的基因或基因通路、使用miR-34来调节基因或基因通路、使用表达谱采用适当的miRNA来评价患者的病症和/或治疗患者的方法和组合物。文档编号C12N15/113GK101801419SQ200880102452公开日2010年8月11日申请日期2008年6月6日优先权日2007年6月8日发明者卢娜·帕特拉瓦拉,大卫·布朗,安德里斯·G·巴德,查尔斯·D·约翰逊,麦克·拜罗姆申请人:米尔纳疗法公司