胃癌治疗效果的预测的制作方法

引言为癌症患者，特别是胃癌患者提供了改进的治疗方法，通过分析来自患者的手术切除的肿瘤组织，并确定那些最可能对标准化疗策略有反应的患者，包括(治疗方案1)施用5-氟尿嘧啶/亚叶酸(folinicacid，degramont)，与(治疗方案2)包括首先施用folfiri方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)，然后序贯施用多西紫杉醇/顺铂组合的方案。治疗方案1包括5fu/lv，而治疗方案2包括folfiri+多西紫杉醇/顺铂。更具体地，利用srm质谱法测量从患者肿瘤组织中提取的肿瘤细胞中tubb3和tymp蛋白，然后这些测量结果用于鉴别最有可能对序贯给药folfiri，随后联合多西紫杉醇/顺铂化疗药物的治疗产生反应的癌症患者，特别是胃癌患者。tubb3又称ⅲ类β-微管蛋白，是细胞微管组装的重要组成部分，并且还参与调节配体结合。蛋白质组学分析表明，与半胱氨酸残基结合的许多因子都参与了氧化应激和葡萄糖剥夺反应(glucosedeprivationresponse)。tubb3已经被研究作为一种预后生物标记物和多西紫杉醇及其他类似紫杉烷类化合物耐药性的指标，其中有报道表明具有较高定量水平的tubb3是一种预后不良的生物标记物。因此，测定患者癌细胞中tubb3蛋白的定量表达水平有助于确定癌细胞对多西紫杉醇治疗的反应。tymp又称胸苷磷酸化酶，是一种由胸腺嘧啶合成dtmp的蛋白质，且是dtmp生物合成修复途径的一部分，它本身也是嘧啶代谢的一部分。tymp是一种血管生成因子，在体内促进血管生成，在体外刺激多种内皮细胞的生长。正常情况下，tymp具有高限制性的靶细胞特异性，仅作用于内皮细胞。然而，在某些情况下，tymp可在肿瘤细胞中异常高表达。tymp的功能是将5-dfur转化为5fu，5fu转化为fdum，p促进5fu抑制ts蛋白的功能，从而阻断dna的产生，诱导肿瘤细胞凋亡。tubb3和tymp是癌症患者治疗结果的预后预测因子，因此可以提供关于癌症化疗治疗策略的信息。从患者肿瘤组织中获得的患者肿瘤细胞中tubb3和tymp蛋白表达的存在和/或定量水平是通过使用srm质谱法，定量从每个tubb3和tymp全长蛋白的子序列中提取的特定肽来确定的。通过srm质谱法在癌症患者体内存在的癌细胞中检测到的特定量的tubb3蛋白水平表明，患者对含多西紫杉醇的化疗方案更有可能或更不可能产生积极的反应。通过srm质谱法在癌症患者体内存在的癌细胞中检测到的特定量的tymp蛋白水平表明，患者对包括5fu在内的化疗方案更可能或更不可能产生积极的反应。伊立替康，也被称为camptosar，是一种癌症化疗药物，通过插入与dna相互作用，从而抑制拓扑异构酶i(topo1)的进展，topo1释放dna中的超螺旋进行转录。阿霉素在破坏dna复制链后稳定topo1复合物，防止dna双螺旋被重新封装，以终止复制过程。这会阻止癌细胞合成dna，阻止癌细胞分裂和肿瘤生长。然而，在癌细胞中高表达的topo1酶可以克服伊立替康的作用，并对伊立替康的作用产生耐受，使其合成dna，并促进细胞分裂和肿瘤生长。氟尿嘧啶(5-fu)又称adrucil，是一种通过阻断dna从而抑制细胞分裂、阻止肿瘤细胞分裂和生长发挥作用的化疗药物。5-fu有多种作用，但主要作为胸苷酸合成酶(ts)抑制剂。阻断ts活性会阻碍胸腺嘧啶的合成，而胸腺嘧啶是dna复制所必需的核苷。胸苷酸合成酶甲基化脱氧尿苷单磷酸(dump)以形成胸苷单磷酸(dtmp)。施用5-fu导致dtmp的缺乏，快速分裂的癌细胞由于缺乏胸腺嘧啶而发生细胞死亡。高水平的胸苷酸合成酶可以克服5-fu的影响，而高水平的胸苷磷酸化酶(tymp)蛋白可以促进5-fu的活性。多西紫杉醇，又称多西他赛(taxotere)，是一种半合成的紫杉醇(紫杉酚)类似物。它属于紫杉烷类药物。多西紫杉醇以高亲和力可逆地与微管结合、稳定微管并防止解聚，从而杀死分裂细胞。细胞微管组装的这种稳定性导致微管形成所需的游离微管蛋白(tubb3)显著减少，并导致有丝分裂细胞分裂中期和后期受到抑制，从而阻止癌细胞进一步分裂和肿瘤生长。癌细胞中高表达水平的tubb3蛋白可以克服多西紫杉醇的影响，从而细胞对多西紫杉醇的作用产生耐受，使其解聚微管组装，从而促进细胞分裂和肿瘤生长。顺铂，又称为顺氯氨铂，是一种癌症化疗药物，它干扰dna复制，从而阻止细胞分裂，并通过凋亡导致肿瘤细胞死亡。顺铂以几种不同的方式不可逆地交联dna，干扰有丝分裂细胞的分裂。损伤的dna引发dna修复机制，当修复变得不可能时，dna修复机制反过来又激活细胞凋亡，从而杀死肿瘤细胞。甲酰四氢叶酸钙(lv)，也称为亚叶酸，不具有抗癌活性，但是一种用于减少化疗药物毒性副作用的药物。lv通过增加5,10-亚甲基四氢叶酸(ch2thf)的细胞内池，稳定氟脱氧尿苷单磷酸(fdump)与胸苷酸合酶的结合，从而增强胸苷酸合酶(ts)的抑制作用。甲酰四氢叶酸本身几乎没有副作用，但当与氟尿嘧啶联合使用时，它会加重该药物的副作用。附图说明图1显示了接受含5fu/lv的治疗方案1治疗的胃癌群体，使用tubb3≤750amol/μg和tubb3>750amol/μg的临界值(cutoff)时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，采用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.4744；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.2179)，基于这些tubb3蛋白水平，对胃癌患者(n＝122)的总生存期没有统计学显著性的预测价值。图2显示了接受含5fu/lv的治疗方案1治疗的胃癌群体，使用tymp≤1335amol/μg和tymp>1335amol/μg的临界值时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，使用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.0185；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0378)，基于1335amol/μg的tymp蛋白临界值水平对胃癌患者(n＝122)的总生存期具有较小但有统计学显著性的预测价值。图3显示了接受包括folfiri随后施用多西紫杉醇/顺铂的组合的治疗方案2治疗的胃癌群体，使用tubb3≤750amol/μg和tubb3>750amol/μg临界值时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，使用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.0382；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0329)，基于这些tubb3蛋白水平，对胃癌患者(n＝125)的总生存期具有较小但有统计学显著性的预测价值。图4显示了接受包括folfiri随后施用多西紫杉醇/顺铂的组合的治疗方案2治疗的胃癌群体，使用tymp≤1335amol/μg和tymp>1335amol/μg临界值时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，采用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.4200；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.3448)，基于1335amol/μg的tymp蛋白临界值水平，对胃癌患者(n＝125)的总生存期没有统计学显著性的预测价值。图5显示了接受包括folfiri随后施用多西紫杉醇/顺铂的组合的治疗方案2治疗的胃癌群体，使用tymp≤2800amol/μg和tymp>2800amol/μg临界值时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，使用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.0344；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0211)，基于2800amol/μg的tymp蛋白临界值水平，对胃癌患者(n＝125)的总生存期具有较小但有统计学显著性的预测价值。图6显示了接受包括folfiri随后施用多西紫杉醇/顺铂的组合的治疗方案2治疗的胃癌群体，联合使用tubb3临界值750amol/μg+tymp临界值1300amol/μg时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，采用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.0539；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0561)对胃癌患者(n＝58)的总生存期有轻微的预测价值，但无统计学意义。图7显示了接受包括folfiri随后施用多西紫杉醇/顺铂的组合的治疗方案2治疗的胃癌群体，联合使用tubb3临界值750amol/μg+tymp临界值2800amol/μg时的kaplan-meier总生存期(os)曲线。结果表明，采用两种不同的统计显著性计算方法(mantel-cox检验p＝0.0002；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0001)对胃癌患者(n＝32)的总生存期具有高的统计学显著性的预测价值。具体实施方式提供了确定癌症患者，特别是胃癌患者，临床上是否对治疗策略有良好的反应的方法，所述治疗策略包括首先施用folfiri方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)，随后单独序贯施用联合化疗药物多西紫杉醇和顺铂(folfiri+多西紫杉醇/顺铂)。具体地，提供了用于测量肿瘤样品或来自患者的样品中tubb3和tymp蛋白的诊断方法。样品优选用福尔马林固定。用srm/mrm法同时测定特定的tubb3肽片段和特定的tymp肽片段，并分析了这些肽片段的特定特征，确定来自福尔马林固定的石蜡包埋(ffpe)组织的细胞中tubb3和tymp蛋白的含量。肽片段来自全长tubb3和tymp蛋白质，其中tubb3蛋白的肽序列为seqidno:1(isvyyneasshk)，而tymp蛋白的肽序列为seqidno:2(dgpalsgpqsr)。令人惊讶的是，在从肿瘤组织的ffpe样品中制备的裂解物中，这些肽可以可靠地同时检测和定量。参见美国专利申请号13,993,045，其全部内容通过引用并入本申请。更具体地，上述srm/mrm法可以直接在从患者组织样品(例如福尔马林固定的癌症患者组织)获得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中测定这些肽。从福尔马林固定组织中制备蛋白质样品的方法在美国专利7,473,532中有描述，其全部内容通过引用并入本申请。美国专利7,473,532中描述的方法可使用expressionpathology公司(rockville,md.)提供的liquidtissue试剂和操作方案方便地进行。来自癌症患者的最广泛和最便利的组织形式和癌组织是福尔马林固定的石蜡包埋组织。甲醛/福尔马林固定手术切除的组织是目前世界上保存癌组织样品最常用的方法，也是标准病理学实践中公认的惯例。甲醛的水溶液称为福尔马林。“100％”福尔马林由甲醛的饱和水溶液(按体积计约40％或按质量计约37％)和少量的稳定剂(通常是甲醇)组成，稳定剂用以限制氧化和聚合度。保存组织最常用的方法是将整个组织在甲醛水溶液(通常称为10％中性缓冲福尔马林)中浸泡较长时间(8小时至48小时)，然后将固定的整个组织包埋在石蜡中，在室温下长期保存。因此，福尔马林固定癌组织的分子分析方法将是目前最为广泛接受和应用的癌症患者组织分析方法。srm/mrm分析的结果可用于在被收集和保存组织(包括胃癌组织)的患者的特定癌症中关联精确的定量tubb3和tymp蛋白水平。这不仅提供了关于癌症的诊断/预后信息，而且还允许医生或其他医疗专业人员为患者确定适当的治疗方案。在这种情况下，利用这些分析方法可以提供关于肿瘤组织中同时表达tubb3和tymp蛋白的特定水平的信息，以及获得肿瘤组织的患者是否会对包括施用folfiri方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)然后分别序贯施用联合化疗药物多西紫杉醇和顺铂的治疗策略(folfiri+多西紫杉醇/顺铂)产生有利的反应。用folfiri方案治疗癌症患者是一种常见而有效的策略，已被证明能延长癌症患者，特别是胃癌患者的生命。folfiri联合治疗方案中的一种药物是5-氟尿嘧啶(5fu)，它以多种方式发挥作用，包括阻断胸苷酸合酶的作用，从而阻止dna的生成，并阻断rna的生成，从而导致细胞凋亡。tymp蛋白参与5-dfur向活性5fu的转化以及5fu向fudr的转化。这两种转化都能促进外源给药的5fu的活性，从而增强5fu对肿瘤细胞的杀伤作用，在用含5fu的方案治疗癌症患者时，更高水平的tymp蛋白是满足需要的。用多西紫杉醇治疗癌症患者也是延长患者生命的一种常见而有效的策略。tubb3蛋白是细胞微管组装的重要组成部分，同时也积极参与调节配体结合。这两种功能都与帮助细胞生长和分裂有关。多西紫杉醇抑制正常微管过程和配体结合，从而阻止肿瘤细胞生长和分裂。因此，临床医生了解患者癌细胞中tubb3蛋白的定量水平是有用的，因为在这些细胞中多西紫杉醇的治疗作用可以简单地通过tubb3蛋白的过度表达来克服。如果临床医生知道癌症患者的肿瘤细胞表达非常高的tubb3蛋白，他/她可能不会对患者用药多西紫杉醇，因为患者不太可能有好的反应。同样，如果患者的肿瘤细胞表达非常低的tubb3蛋白，临床医生将更有可能在联合治疗策略中使用多西紫杉醇作为化疗药物之一，因为该药物可能会抑制癌细胞中的正常微管功能和配体结合，从而有助于终止肿瘤生长。目前应用最广泛的检测癌症患者组织，特别是ffpe组织中蛋白质含量的方法是免疫组织化学(ihc)。ihc方法利用抗体检测目的蛋白质。ihc测试的结果通常由病理学家或组织技术专家进行解释。这种解释是主观的，并不能提供定量数据来预测针对特定肿瘤蛋白靶点的治疗药物的敏感性，如tubb3和tymp阳性肿瘤细胞群中针对5fu和多西紫杉醇的敏感性。来自其他ihc检测的研究，如her2ihc检测，表明从这些检测中获得的结果可能是错误的。这可能是因为不同的实验室对ihc的阳性和阴性状态使用不同的分类规则。实施检测的每个病理学家也可能使用不同的标准来决定结果是阳性还是阴性。在大多数情况下，当检测结果模棱两可时会发生这种情况，这意味着检测结果既不是强阳性也不是强阴性。在其他情况下，来自癌组织一个区域的组织可能检测出阳性，而来自癌组织另一个区域的组织可能检测出阴性。不准确的ihc检测结果可能意味着被诊断为癌症的患者得不到最好的治疗。如果全部或部分癌症对特定靶肿瘤蛋白呈阳性，但检测结果将其归为阴性，那么医生不太可能推荐正确的治疗方法，即使患者可能从这些药物中获益。如果肿瘤蛋白靶点为阴性，但检测结果将其归为阳性，医生可能会推荐一种特定的治疗方法，即使患者不太可能获得任何益处并且还将面临该药物带来的二次风险。因此，正确评估肿瘤尤其是胃肿瘤中tubb3和tymp蛋白的定量水平具有重要的临床价值，可以使患者获得最佳治疗的机会最大。肽的检测和特定tubb3和tymp片段肽的定量水平的测定在质谱仪中通过srm/mrm方法测定，其中，在liquidtissue裂解物中存在的复杂肽混合物中测定每个肽的srm/mrm特征色谱峰面积(参见如上所述美国专利7,473,532)。然后将一个生物样品中来自tubb3和tymp蛋白的单个特定肽的srm/mrm特征色谱峰面积与已知量的为每一个单独的特定tubb3和tymp片段肽“加标”的内标物进行比较，通过srm/mrm方法测定tubb3和tymp蛋白的定量水平。在一个实施方式中，内标物是相同的tubb3和tymp片段肽的合成版本，其中，合成肽包含一个或多个标记有一个或多个重同位素的氨基酸残基。合成这种同位素标记的内标物，以便质谱分析产生可预测且一致的srm/mrm特征色谱峰，该色谱峰不同且区别于天然tubb3和tymp片段肽色谱特征峰，并且可以用作对照峰。因此，当将已知量的被标记的内标物加入从生物样品制备的蛋白质或肽中并通过质谱进行分析时，将天然肽的srm/mrm特征色谱峰面积与内标肽的srm/mrm特征色谱峰面积进行比较，这种数值的比较指示了从生物样品的原始蛋白质制剂中存在的天然肽的绝对摩尔浓度和/或绝对重量。片段肽的定量数据用每个样品分析的蛋白的量表征。为了建立tubb3和tymp片段肽的srm/mrm分析方法，质谱仪可以利用简单的肽序列之外的附加信息。这些附加信息对于指导和操作质谱仪(如三重四级杆质谱仪)对特定的tubb3和tymp片段肽进行正确和集中的分析非常重要。进行srm/mrm分析时的重要考虑因素是，这种分析可以在三重四级杆质谱仪上有效地进行。这种类型的质谱仪可能被认为是分析非常复杂的蛋白质裂解物中单个分离的目标肽的最合适的工具，该蛋白质裂解物可能含有来自细胞内所有蛋白质的数十万到数百万个单独的肽。附加信息为三重四级杆质谱仪提供了正确的指示，允许分析非常复杂的蛋白质裂解物中的单个分离的目标肽，该蛋白质裂解物可能含有来自细胞内所有蛋白质的数十万到数百万个单独的肽。尽管srm/mrm分析可以在任何类型的质谱仪上进行和执行，包括maldi、离子阱、混合离子阱/四级杆或三重四级杆，但目前srm/mrm分析最有利的仪器平台通常被认为是三重四级杆仪器平台。关于目标肽的一般附加信息，特别是关于特定tubb3和tymp片段肽的附加信息，可以包括每个肽的单同位素质量、其前体电荷状态、前体m/z值、m/z过渡离子和每个过渡离子的离子类型中的一个或多个。特定的tubb3和tymp片段肽的肽序列如表1所示。表1seqid蛋白肽序列seqidno:1tubb3isvyyneasshkseqidno:2tympdgpalsgpqsr为了确定tubb3和tymp定量的适当参考水平，从一组癌症患者(例如胃癌)中获取肿瘤样品。用标准方法对肿瘤样品进行福尔马林固定，并用上述方法测定样品中tubb3和tymp的水平。组织样品也可以使用本领域中众所周知的方法，ihc和fish进行检测。该组中的患者采用以下两种方案进行联合治疗：1)化疗方案(治疗方案1)包括施用5-氟尿嘧啶/亚叶酸(degramont)；或2)化疗方案(治疗方案2)包括首先施用folfiri方案(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)，然后序贯施用多西紫杉醇/顺铂的联合。治疗方案1包括5fu/lv，而治疗方案2包括folfiri+多西紫杉醇/顺铂。使用本领域众所周知的方法来测量患者的反应，例如记录治疗后每隔一段时间患者的总体生存时间。可以使用本领域公知的统计方法来确定合适的参考水平，例如通过确定对数秩检验的最低p值来确定。一旦确定了参考水平，就可以用来鉴定那些tubb3和tymp蛋白的表达水平表明他们可能从治疗方案1或治疗方案2的组合中获益的患者。本领域的技术人员将意识到，包括伊立替康+5-氟尿嘧啶+亚叶酸的folfiri方案是胃癌患者常见的治疗方案。患者肿瘤样品中tubb3和tymp蛋白的水平通常以amol/μg表示，但也可以使用其他单位。本领域技术人员将认识到，参考水平可以表示为围绕一个中心值的范围，例如，+/-250、150、100、50或25amol/μg。由于核酸和蛋白质都可以从相同的liquidtissue生物分子制剂中进行分析，因此可以从所分析的蛋白质的相同样品中的核酸获取有关疾病诊断和药物治疗决策的额外信息。例如，如果tubb3和tymp蛋白在某些细胞中以较高的水平表达，当用srm进行检测时，这些数据可以提供有关细胞状态及其不受控制生长的可能性、最佳治疗的选择和潜在耐药性的信息。同时，关于基因和/或核酸和其编码的蛋白质的状态(例如，mrna分子及其表达水平或剪接突变)的信息可以从存在于相同liquidtissue生物分子制剂中的核酸中获得。可以在蛋白质(包括tubb3和tymp蛋白质)的srm分析同时进行核酸评估。在一个实施方式中，关于tubb3和tymp蛋白质和/或一、二、三、四或更多额外蛋白质的信息可通过检查编码这些蛋白质的核酸来进行评估。例如，这些核酸可以通过以下一种或多种、两种或多种、或三种或多种方式进行检测：测序方法、聚合酶链反应方法、限制性片段多态性分析、插入、缺失鉴定，和/或突变存在的测定，包括但不限于，单碱基对多态性、转换、颠换或其组合。实施例通过在针对包括5fu/lv的治疗方案1的单变量cox模型中测定蛋白水平与os的相关性评估tubb3。除了使用连续的tubb3数据进行分析外，还使用cox比例模型和gehan-breslow-wilcoxon显著性检验，根据tubb3水平将患者进行二分法导出了临界值。一半的患者被随机选择，平衡os事件和组别(第一组和第二组)的数量作为训练集。将第25和第75百分位之间的每一个可能值作为将训练集分为“高”组和“低”组的潜在阈值；并在二元tubb3变量上拟合一系列os的单变量cox模型。然后将训练集中获得的最佳cox模型拟合的阈值应用于测试集，并在二分法测试案例中评估cox模型拟合度。该过程重复1000次；使用logit方法组合1000个测试集的似然比检验(lr)p值。选择阈值至少10次，并选择组合p值最低的阈值。构建了二元tubb3群分层组合数据集的kaplan-meier曲线以进行可视化。采用上述步骤，选择750amol/μg的阈值来测试患者群体分离的可能性。作为连续变量，虽然两个患者群体之间有轻微的分离，但tubb3和os之间基本上没有关联的趋势，也没有治疗结果的预测价值，其中较低的tubb3水平与较好或较差的os没有关联。93例患者的tubb3水平≤750amol/μg，且29例患者的tubb3水平>750amol/μg。使用tubb3≤750amol/μg和tubb3>750amol/μg临界值的胃癌患者的kaplan-meier总生存期(os)曲线显示，基于这些tubb3蛋白水平，采用两种不同的方法计算统计学显著性(mantel-cox检验p＝0.4744；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.2179)，胃癌患者(n＝122)的总生存期没有统计学显著性的预测价值。tubb3<750amol/μg组的中位os为1325天，tubb3>750amol/μg组的中位os为1991天。结果如图1所示。与上述对tubb3相同的分析方法被用于评估用包括5fu/lv的治疗方案1治疗的相同患者群体中tymp和os之间的关系。按照上述步骤，选择1335amol/μg作为阈值。作为连续变量，tymp与os有轻微的显著相关性(cox检验p＝0.0185；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0378)，因此对治疗结果有一定的预测价值。57例患者的tymp水平≤1335amol/μg，65例患者的tymp水平>1335amol/μg。tymp>1335amol/μg的患者比tymp≤1335amol/μg的患者明显有更长的os。显示了联合队列二分法在tymp水平为1335amol/μg下的kaplan-meier-os曲线。tymp≤1335amol/μg组的中位os为1062天，而tymp>1335amol/μg组的中位os为2362天。结果如图2所示。上述同样的分析方法被用于评估胃癌患者群体中tubb3和os之间的关系，这些患者接受包括施用folfiri(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)后，施用多西紫杉醇/顺铂联合的治疗方案2的治疗。按照上述步骤，选择750amol/μg作为阈值。作为连续变量，tubb3与os显著相关(cox检验p＝0.0382；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0329)。100例患者的tubb3水平≤750amol/μg，25例患者的tubb3水平>750amol/μg。tubb3水平<750amol/μg的患者os明显长于tubb3水平>750amol/μg的患者。显示了联合队列二分法在tubb3水平为750amol/μg下的kaplan-meier-os曲线。tubb3≤750amol/μg组的中位os为1563天，tubb3>750amol/μg组的中位os为886天。结果如图3所示。图4显示了在接受包括施用folfiri(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)后，施用多西紫杉醇/顺铂联合的治疗方案2治疗的胃癌患者群体中tymp和os之间的关系。选择先前导出的临界值1335amol/μg与先前的分析进行比较。作为连续变量，tubb3与os无显著相关性(cox检验p＝0.420；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.3448)。69例患者的tymp水平≤1335amol/μg，56例患者的tymp水平>1335amol/μg。tymp水平>1335amol/μg的患者os并没有长于tymp水平<1335amol/μg的患者。显示了联合队列二分法在tymp水平为1335amol/μg下的kaplan-meier-os曲线。tymp≤1335amol/μg组的中位os为1379天，而tymp>1335amol/μg组的中位os为1146天。为了得到tymp表达和os的无偏关联，上述同样的分析方法被用于评估接受包括施用folfiri(伊立替康/5-氟尿嘧啶/亚叶酸)后、施用多西紫杉醇/顺铂联合的治疗方案2治疗的胃癌患者群体中tymp和os之间的关系。按照上述步骤，选择2800amol/μg作为阈值。作为连续变量，tymp与os显著相关(cox检验p＝0.0344；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0211)。94例患者的tymp水平≤2800amol/μg，31例患者的tymp水平>2800amol/μg。tymp>2800amol/μg的患者的os明显长于tymp<2800amol/μg的患者。显示了联合队列二分法在tymp水平为2800amol/μg下的kaplan-meier-os曲线。tymp≤2800amol/μg的中位os为1146天，而tymp>2800amol/μg组的中位os无法确定，因为该患者组未达到中位os(>2800天)。结果如图5所示。在选择的阈值(tubb3<750amol/μg；tump>1335amol/μg)条件下，基于tubb3和tump联合对联合群体进行层次分析时，有51例患者tubb3<750amol/μg且tump>1335amol/μg，7例患者的tubb3>750amol/μg且topo2a<1335amol/μg。kaplan-meier-os曲线分层为2个不同的tubb3/tymp组。作为连续变量，tubb3<750amol/μg且tymp>1335amol/μg的患者有更长的os，但没有统计学显著性(cox检验p＝0.0539；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0561)。tubb3<750amol/μg且tymp>1335amol/μg的患者组的中位os为1566天，而tubb3>750amol/μg且tymp<1335amol/μg患者组的中位os为464天。结果如图6所示。在不同的选择阈值(tubb3<750amol/μg；tymp>2800amol/μg)条件下，基于tubb3和tymp的联合对联合群体进行层次分析时，19例患者的tubb3<750amol/μg且tymp>2800amol/μg，13例患者的tubb3>750amol/μg且tymp<2800amol/μg。kaplan-meier-os曲线分层为2个不同的tubb3/tymp组。作为连续变量，tubb3<750amol/μg且tymp>2800amol/μg的患者有更长的os，具有明显的统计学显著性(cox检验p＝0.0002；gehan-breslow-wilcoxon检验p＝0.0001)。tubb3<750amol/μg且tymp>2800amol/μg患者组的中位os无法确定，因为该患者组未达到中位os(>2800天)；而tubb3>750amol/μg且tymp<2800amol/μg患者组的中位os为408天。结果如图7所示。sequencelisting<110>爱科谱迅病理研究公司（expressionpathology,inc.）<120>胃癌治疗效果的预测<130>p60338lrh<140><141>06-01-2018<150>62/514,364<151>06-02-2017<160>2<170>patentinversion3.5<210>1<211>12<212>prt<213>homosapiens<400>1ileservaltyrtyrasnglualaserserhislys1510<210>2<211>11<212>prt<213>homosapiens<400>2aspglyproalaleuserglyproglnserarg1510当前第1页1 2 3