治疗系统性红斑狼疮的方法和作为对疗法临床敏感性的预测指标的生物标志物的用途与流程

1.在一些实施例中，本文提供了使用某些生物标志物在患有各种疾病和障碍(例如系统性红斑狼疮(sle))的患者中预测和监测对化合物i或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物(包括(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮)的临床敏感性和治疗反应或确定它们的剂量的方法。还提供了用于实施该方法的试剂盒。在某些实施例中，本文还提供了确定化合物在治疗疾病中的功效的方法。

背景技术：

0、2.背景技术

1、系统性红斑狼疮(sle)是一种病因不明的多器官自身免疫性疾病，具有许多临床表现。几乎任何器官都可以受累，但最常见的表现是皮肤、肌肉骨骼和肾脏。sle通常影响15至44岁之间有生育潜力的年轻女性。sle的患病率在美国有300,000名患者，全世界有400万名患者，仅在美国每年就有15,000名患者发病。

2、sle的发病机制可能涉及一系列与遗传和环境因素相关的因素。疾病易感性受与免疫反应相关的基因和主要组织相容性复合物i类和ii类的基因的影响。另外的易感性源于荷尔蒙环境和下丘脑-垂体肾上腺轴之间的相互作用。此外，sle的发展与影响凋亡细胞清除和免疫复合物的免疫反应缺陷有关。免疫耐受的丧失、t辅助细胞过多、b细胞抑制缺陷以及t辅助细胞1(th1)向th2和th17免疫反应的转变导致b细胞过度活跃和致病抗体的产生。化学品、药物、紫外线、饮食和病毒等外部因素也促成疾病的发作。

3、由于sle是一种时好时坏的疾病，通常使用nsaid或低效免疫抑制药物(抗疟药和低剂量皮质类固醇)来控制较轻的症状(肌肉骨骼表现、皮肤表现和浆膜炎)。更长时间和更有效地使用皮质类固醇以及非生物疾病缓解抗风湿药(dmard)是标准治疗，这也可用于治疗那些表现出主要器官受累的患者。生物dmard疗法与标准疗法相联合可增强对患有更广泛疾病的患者的治疗。贝利木单抗(belimumab)是一种单克隆抗体和b淋巴细胞刺激物特异性抑制剂，最近已被批准与皮质类固醇和其他自身抗体阳性sle的标准疗法联合使用。此外，利妥昔单抗是一种b细胞消耗剂，通常超说明书用作对标准治疗无反应的患者的急救药物。

4、然而，仍然需要可用于治疗或预防sle的预防性或治疗性药物。已经进行了许多研究，目的是提供可以安全有效地用于治疗sle的化合物。这些化合物的临床功效不容易正确预测，因为它只能根据患者的反应来测量，而这通常需要至少几个月的治疗。鉴于常规方法的不足，需要开发高效、灵敏、准确的方法来检测、定量和表征某些化合物的药效学活性。本发明满足了这些和其他需要。

5、3.
技术实现要素：

6、在一方面，本文提供确定用于治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的治疗化合物的剂量的方法，该方法包括(a)从该受试者获得样品；(b)测量样品中ikzf3的基因表达水平；并且(c)如果基于该样品中ikzf3的基因表达水平计算的得分高于参考水平，则确定该治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高，其中该治疗化合物是式i的化合物：

7、

8、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

9、在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ikzf3基因表达水平的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均基因表达水平，ikzf3基因表达水平的log2。

10、在一些实施例中，该方法包括如果得分高于-0.49则确定治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高。

11、在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

12、在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则确定治疗化合物的剂量是每天约0.45mg。在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.5mg。在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.6mg。在其他实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.7mg。

13、在一些实施例中，该方法进一步包括向受试者施用剂量是每天0.45mg或更高的治疗化合物。

14、在另一方面，本文提供了治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用剂量是每天0.45mg或更高的治疗化合物，其中基于来自受试者的样品中ikzf3的基因表达水平计算的得分高于参考水平；并且其中该治疗化合物是式i的化合物：

15、

16、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

17、在一些实施例中，得分是相对于参考基因，ikzf3基因表达水平的log2，或者其中得分是相对于两个或更多个参考基因的平均基因表达水平，ikzf3基因表达水平的log2。在一些实施例中，参考水平是-0.49。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

18、在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.45mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.5mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.6mg。在其他实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.7mg。

19、在另一方面，本文提供确定用于治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的治疗化合物的剂量的方法，该方法包括(a)从该受试者获得样品；(b)测量样品中ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平；并且(c)如果基于ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平计算的得分高于参考水平，则确定该治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高或每天0.15mg或更低，其中该治疗化合物是式i的化合物：

20、

21、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

22、在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均值，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2。

23、在一些实施例中，该方法包括如果得分高于-1.38则确定治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高或每天0.15mg或更低。

24、在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

25、在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则确定治疗化合物的剂量是每天约0.45mg。在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.5mg。在其他实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.6mg。在其他实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.7mg。在一些实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.15mg。在其他实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.1mg。在其他实施例中，该方法包括如果得分高于参考水平则将治疗化合物的剂量确定为每天约0.75mg。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每天施用一次。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每隔一天施用。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每三天施用。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每周施用一次。例如，在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每隔一天约0.15mg、每三天约0.15mg或每周一次约0.15mg。

26、在一些实施例中，该方法包括向受试者施用剂量是每天0.45mg或更高或剂量是每天0.15mg或更低的治疗化合物。

27、在又另一方面，本文提供了治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用剂量是每天0.45mg或更高或每天0.15mg或更低的治疗化合物，其中基于来自受试者的样品中ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平计算的得分高于参考水平；并且其中该治疗化合物是式i的化合物：

28、

29、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

30、在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均值，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2。在一些实施例中，得分高于-1.38。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

31、在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.45mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.5mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.6mg。在其他实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.7mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.15mg。在其他实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.1mg。在又其他实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.075mg。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每天施用一次。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每隔一天施用。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每三天施用。在一些实施例中，上述日剂量的治疗化合物每周施用一次。例如，在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每隔一天约0.15mg、每三天约0.15mg或每周一次约0.15mg。

32、在又另一方面，本文提供了鉴定可能对治疗化合物有反应的系统性红斑狼疮(sle)受试者或预测sle受试者对治疗化合物的反应性的方法，该方法包括(a)获得来自该受试者的样品；(b)确定该样品中(i)ikzf3的基因表达水平或(ii)ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平；并且(c)如果基于ikzf3的基因表达水平或ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平计算的得分高于参考水平，则诊断该受试者可能对该治疗化合物有反应，其中该治疗化合物是式i的化合物：

33、

34、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

35、在一些实施例中，该方法包括确定ikzf3的基因表达水平并且如果基于ikzf3的基因表达水平计算的得分高于参考水平则诊断受试者可能对治疗化合物有反应。在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ikzf3基因表达水平的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均基因表达水平，ikzf3基因表达水平的log2。在一些实施例中，参考水平是-0.49。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

36、在其他实施例中，该方法包括确定ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平并且如果基于ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平计算的得分高于参考水平则诊断受试者可能对治疗化合物有反应。在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均值，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2。在一些实施例中，参考水平是-1.38。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

37、在一些实施例中，该方法进一步包括将有效量的治疗化合物施用给确定可能对治疗化合物有反应的受试者。

38、在另一方面，本文提供治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用有效量的治疗化合物，其中该受试者已根据本文提供的方法被确定可能对治疗化合物有反应，其中该治疗化合物是式i的化合物：

39、

40、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

41、在又另一方面，本文提供确定用于治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的治疗化合物的剂量的方法，该方法包括(a)从该受试者获得样品；(b)测量该样品中(i)ikzf3的基因表达水平和(ii)ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平；(c)基于ikzf3的基因表达水平确定第一得分，并将该第一得分与第一参考水平进行比较；(d)基于ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平确定第二得分，并将该第二得分与第二参考水平进行比较；并且(e)基于该第一得分和该第二得分确定该治疗化合物的剂量，其中该治疗化合物是式i的化合物：

42、

43、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

44、在一些实施例中，第一得分是相对于样品中参考基因，ikzf3的基因表达水平的log2，或者其中第一得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均基因表达水平，ikzf3的基因表达水平的log2。在一些实施例中，第一参考水平是-0.49。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

45、在一些实施例中，第二得分是相对于样品中参考基因，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2，或者其中第二得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均值，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2。在一些实施例中，第二参考水平是-1.38。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。

46、在一些实施例中，当第一得分高于第一参考水平且第二得分高于第二参考水平时，确定治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高或每天0.15mg或更低。

47、在其他实施例中，当第一得分高于第一参考水平并且第二得分低于第二参考水平时，确定治疗化合物的剂量是每天0.15mg或更低。

48、在其他实施例中，当第一得分低于第一参考水平并且第二得分高于第二参考水平时，确定治疗化合物的剂量是每天0.45mg或更高。

49、在另一方面，本文提供了治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用一定剂量的治疗化合物，其中根据本文提供的方法确定该治疗化合物的剂量；并且其中该治疗化合物是式i的化合物：

50、

51、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

52、在一些实施例中，基因表达水平通过确定蛋白质水平来测量。在其他实施例中，基因表达水平通过确定mrna水平来测量。在其他实施例中，基因表达水平通过确定cdna水平来测量。

53、在一些实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮或其药学上可接受的盐、固体形式、溶剂化物、水合物、互变异构体、立体异构体或外消旋体。在一些实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮。在又其他实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮盐酸盐。

54、在又另一方面，本文提供了鉴定可能对治疗化合物有反应的系统性红斑狼疮(sle)受试者或预测sle受试者对治疗化合物的反应性的方法，该方法包括(a)获得来自该受试者的样品；(b)确定该样品中ikzf1单核苷酸多态性(snp)rs4917014的存在；并且(c)如果检测到snp rs4917014的至少一个拷贝，则将该受试者诊断为可能对治疗化合物有反应，其中该治疗化合物是式i的化合物：

55、

56、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

57、在一些实施例中，该方法进一步包括将有效量的治疗化合物施用给确定可能对治疗化合物有反应的受试者。

58、在另一方面，本文提供治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用有效量的治疗化合物，其中该受试者已根据本文提供的方法被确定可能对治疗化合物有反应，其中该治疗化合物是式i的化合物：

59、

60、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

61、在一些实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮或其药学上可接受的盐、固体形式、溶剂化物、水合物、互变异构体、立体异构体或外消旋体。在一些实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮。在又其他实施例中，该化合物是(s)-3-[4-(4-吗啉-4-基甲基苄基氧基)-1-氧代-1,3-二氢-异吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮盐酸盐。

62、在一些实施例中，本文提供了治疗患有系统性红斑狼疮(sle)的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用剂量是每天0.45mg或更高或每天0.15mg或更低的治疗化合物，其中该受试者具有1型ifn高表达和/或基因特征；并且其中该治疗化合物是式i的化合物：

63、

64、或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、立体异构体、互变异构体或外消旋混合物。

65、在一些实施例中，如果基于来自受试者的样品中ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平计算的得分高于参考水平，则确定该受试者为具有1型ifn高表达和/或基因特征。在一些实施例中，得分是相对于样品中参考基因，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2，或者其中得分是相对于样品中两个或更多个参考基因的平均值，ifi27、ifi44、ifi44l和rsad2的基因表达水平的平均值的log2。在一些实施例中，得分高于-1.38。在一些实施例中，参考基因选自由tfrc、actb、gapdh及其组合组成的组。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.45mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.5mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.6mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.7mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.15mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.1mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每天约0.075mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每隔一天约0.15mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每三天约0.15mg。在一些实施例中，治疗化合物的剂量是每周一次约0.15mg。

技术实现思路