用于改善皮肤健康以及用于治疗和预防与真菌及其他病原微生物相关的疾病、病症和病况的组合物和方法与流程

除其他事项外，本公开提供了某些有益的组合物和方法，其使用深蓝紫色杆菌(janthinobacterium lividum)、粪产碱菌(alcaligenes faecalis)、高地芽孢杆菌(bacillus altitudinis)、短小芽孢杆菌(bacillus pumilus)或枯草芽孢杆菌(bacillussubtilis)及其组合来改善皮肤健康以及抑制、治疗和预防与病原微生物或微生物体相关的疾病、病症和病况，其中每种菌株最初分离自健康人皮肤。并且/或者，含有深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的代谢物、细胞裂解物或后生元代谢物及其组合的组合物、制剂和产品可用于化妆品和消费者用途。

背景技术：

1、病原微生物对皮肤、指甲、粘膜和粘液腔的局部感染是许多人和非人对象的健康问题。这些微生物引起多种细菌、病毒和真菌感染。这些病况可由皮肤、指甲、粘膜和粘液腔的生物失调引起，从而允许病原微生物或病原微生物群落建立。

2、存在多种影响相对大量人群的感染，例如细菌、病毒、寄生虫、古细菌和真菌感染。这些人的感染可能是单一微生物菌种或菌株或者菌种或菌株组合的结果。

3、马拉色菌(malassezia)引起的人感染会影响大部分人群。马拉色菌是常见的、主要亲脂的真菌，其生长在人皮肤的皮脂区域上，包括面部、头皮和上躯干；以及其他哺乳动物皮肤的皮脂区域上。尽管马拉色菌菌种是正常人皮肤菌群的一部分，但它们也可能引起或加重几种皮肤疾病，其临床表现多样，从良性皮肤病况(例如花斑)到免疫受损宿主的真菌血症。目前存在14种所述菌种，即糠秕马拉色菌(m.furfur)、厚皮马拉色菌(m.pachydermatis)、合轴马拉色菌(m.sympodialis)、球形马拉色菌(m.globosa)、钝形马拉色菌(m.obtusa)、限制马拉色菌(m.restricta)、斯洛马拉色菌(m.slooffiae)、马马拉色菌(m.equina)、皮肤马拉色菌(m.dermatis)、日本马拉色菌(m.japonica)、娜娜马拉色菌(m.nana)、m.capre、大和马拉色菌(m.yamatoensis)和m.cuniculi。头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、脂溢性皮炎和毛囊炎都是与马拉色菌感染相关的病况。花斑糠疹或花斑癣是典型的马拉色菌感染，其是一种常见的浅表真菌病，可能是角质层的慢性复发感染。其特征在于白色细鳞状、色素减退或色素沉着斑，这些斑不规则并且最常出现在身体、躯干和四肢的油性部分上。一些患者可能出现瘙痒，但大多数患者无症状。脂溢性皮炎是与马拉色菌相关的第二种最常见的感染，其是一种亚急性或慢性的浅表湿疹性皮炎，特征在于具有干燥或油性鳞屑的红斑斑块。它发生在皮脂区域，如头皮、面部、耳朵、胸部和腋窝区域。局部抗真菌剂是治疗马拉色菌相关疾病的常用方法，并且经常需要持续预防以防止复发。

4、其他潜在病原皮肤真菌可以是酵母、丝状体或二形体(例如，白色念珠菌(candidaalbicans))。皮肤真菌是需要角蛋白来滋养并生活在角质层、毛发或指甲以生存的真菌。人皮肤真菌感染通常由毛癣菌(trichophyton)、小孢子菌(microsporum)和表皮癣菌(epidermophyton)菌种引起。红色毛癣菌(trichophyton rubrum)占全世界皮肤和指甲真菌病的约46％至72％。研究已经证实，红色毛癣菌是最常见的皮肤真菌，也是足癣的病原体。甲癣是一种常见且持续的真菌感染，在全球2％至8％的人口中被诊断出。该疾病导致指甲变形和/或疼痛。对皮肤真菌病的治疗包括局部抗真菌产品(例如，特比萘芬、伊曲康唑、咪康唑等)和/或全身疗法。

技术实现思路

1、对某些病原体(例如，真菌)的一些长期治疗的无效性和毒性以及抗真菌药物抗性和感染复发导致需要替代目前可用的治疗。

2、其中，本公开提供了包含一种或多种细菌(例如，益生菌)的组合物及其用于治疗、抑制或预防一种或多种病原微生物感染的方法。

3、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含益生菌，该益生菌包含(i)有效治疗与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、深蓝紫色杆菌，以及(ii)至少一种第一赋形剂，其中所述第一赋形剂是冷冻保护剂。

4、在一些实施方案中，疾病、病症或病况存在于哺乳动物中。在一些实施方案中，哺乳动物是人。在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗人皮肤疾病、病症或病况的量施用至有需要的人。在一些实施方案中，疾病、病症或病况包含皮肤疾病。在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗人皮肤上或皮肤中存在的局部病原微生物生长的量施用。在一些实施方案中，局部病原微生物包含马拉色菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与马拉色菌相关。在一些实施方案中，马拉色菌包含限制马拉色菌(malasseziarestricta)、糠秕马拉色菌(malassezia furfur)或球形马拉色菌(malassezia globosa)中的一种或多种，或由其组成。在一些这种实施方案中，疾病、病症或病况选自头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、花斑癣、脂溢性皮炎、毛囊炎或其任何组合。在一些实施方案中，局部病原微生物包含皮肤真菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与皮肤真菌相关。在一些实施方案中，皮肤真菌包含毛癣菌或由其组成。在一些实施方案中，毛癣菌包含须毛癣菌(trichophyton mentagrophytes)或由其组成。在一些实施方案中，毛癣菌包含红色毛癣菌或由其组成。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与革兰氏阳性细菌和葡萄球菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自特应性皮炎、脓疱病、皮肤感染、软组织感染或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与念珠菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自口腔鹅口疮、尿道感染、生殖器感染、皮肤粘膜念珠菌病或其任何组合。在一些实施方案中，疾病、病症或病况与毛癣菌相关。在一些实施方案中，疾病、病症或病况选自须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合。

5、在一些实施方案中，益生菌包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的一种或多种，其包含与seq id no:1、seq idno:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5中所示的核酸序列具有至少95％同一性的核酸序列或由其组成。在一些实施方案中，同一性百分比为至少99％。

6、在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施加至哺乳动物，以治疗由病原微生物感染引起的至少一种症状。在一些实施方案中，包含至少一种第一赋形剂的药物组合物进一步包含第二赋形剂。在一些实施方案中，药物组合物是冷冻的或冻干的。在一些实施方案中，与包含相同的益生菌但不含冷冻保护剂的组合物相比，药物组合物的冷冻保护剂在冷冻或冻干后导致益生菌的恢复百分比更高。在一些这种实施方案中，与包含相同的益生菌但不含冷冻保护剂的药物组合物相比，冷冻保护剂导致药物组合物针对病原生物体的功效、稳定性和/或活力更高。在一些这种实施方案中，与不含冷冻保护剂的组合物相比，含冷冻保护剂的组合物在20天后的恢复百分比高1至3个对数(log)。在一些实施方案中，冷冻保护剂包含二糖。在一些实施方案中，二糖包含海藻糖。在一些实施方案中，海藻糖包含2％-20％的d-海藻糖。

7、在一些实施方案中，药物组合物进一步包含至少一种另外分离的或合成的益生菌。在一些这种实施方案中，另外分离的益生菌包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。在一些实施方案中，另外分离的微生物包含选自乳杆菌(lactobacillus)、乳球菌(lactococcus)、角质杆菌(cutibacterium)或丙酸杆菌(propionibacterium)的属的一个或多个成员。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含第一另外分离的微生物和第二另外分离的微生物，其中第一另外分离的微生物和第二另外分离的微生物独立地选自细菌、病毒、酵母、真菌或其任何组合。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含多种另外分离的微生物，该微生物选自细菌、病毒、酵母、真菌或其任何组合。在一些这种实施方案中，分离的微生物是人分离的或合成的微生物。

8、在一些实施方案中，药物组合物进一步包含抗真菌化合物。在一些实施方案中，抗真菌化合物以治疗量存在于组合物中。在一些实施方案中，抗真菌化合物以亚治疗量存在于组合物中。

9、在一些实施方案中，药物组合物进一步包含抗细菌化合物。在一些实施方案中，抗细菌化合物以治疗量存在于组合物中。在一些实施方案中，抗细菌化合物以亚治疗量存在于组合物中。

10、在一些实施方案中，药物组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，药物组合物进一步包含至少一种后生元。

11、在一些实施方案中，药物组合物进一步包含局部可接受的载体。在一些实施方案中，局部可接受的载体进一步包含益生元、代谢物、后生元、细胞裂解物、益生菌或其任何组合。

12、在一些实施方案中，药物组合物通过冻干干燥成粉末形式。在一些实施方案中，包含的益生菌在复水时至少10％存活。在一些实施方案中，益生菌在冷藏条件下至少90％存活至少约164天。

13、在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人或非人对象。在一些实施方案中，药物组合物经配制作为乳膏、凝胶、泡沫、软膏、粉末或洗剂(lotion)。在一些实施方案中，药物组合物经配制作为液体、酊剂、喷雾剂(spray)、细雾喷雾剂(mister)或吸入剂。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人皮肤。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至人粘膜。

14、在一些实施方案中，本发明提供了合成的组合物，其包含人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该菌株包含与seq idno:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有95％同一性的核酸序列，其中组合物经配制用于局部施加。在一些实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌核酸序列同一性是与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有99％同一性。在一些实施方案中，组合物经配制用于施加至将与人皮肤、指甲、毛发或粘膜接触的材料。在一些实施方案中，组合物经配制用于施加至人皮肤、指甲、毛发或粘膜。在一些实施方案中，组合物经配制在水性制剂中。在一些实施方案中，组合物经配制用于局部施加至与人接触的表面。在一些实施方案中，组合物经配制用作化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、牙线、滴眼剂或鼻喷雾组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

15、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该菌株在16s rrna基因序列处包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少98％同一性的核酸序列。

16、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的产碱菌(alcaligenes)或芽孢杆菌(bacillus)，该菌株包含包括seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3或seq id no:4的核酸序列。

17、在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防病原微生物的方法，该方法包括向有需要的对象施用有效量的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。

18、在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的皮肤病况的方法，其包括向对象局部施用治疗有效量的药物组合物，该药物组合物包含产碱菌属、芽孢杆菌属或紫色杆菌属的益生菌，其中益生菌包含具有与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seqid no:4或seq id no:5的16s rrna基因序列具有至少95％同一性的核酸序列的多核苷酸。

19、在一些实施方案中，本公开提供了改善包含产碱菌的益生菌功效的方法，该产碱菌包含具有与seq id no:6的甲基转移酶具有至少95％同一性的甲基转移酶的益生菌。

20、在一些实施方案中，本公开提供了分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的序列的16srrna核酸分子。在一些这种实施方案中，分离的产碱菌益生菌包含与seq id no:6具有至少95％同一性的甲基转移酶。在一些实施方案中，药物组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与seq id no:1、seq id no:2、seqid no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的序列的16s rrna核酸分子，并且任选地包含具有如seq id no:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。在一些实施方案中，合成的组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的序列的16srrna核酸分子，并且任选地包含具有如seq id no:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。在一些实施方案中，化妆品组合物包含分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含具有与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的序列的16s rrna核酸分子，并且任选地包含具有如seq id no:6中所示的氨基酸序列的甲基转移酶。

21、在一些实施方案中，本公开提供了分离的产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌益生菌，其包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少98％同一性的16s rrna核酸序列。

22、在一些实施方案中，本公开提供了一种组合组合物，其包含至少两种选自产碱菌、芽孢杆菌或紫色杆菌中任一种的益生菌，该益生菌包含与seq id no:1、seq id no:2、seqid no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少98％同一性的16s rrna核酸序列。

23、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种，其中药物组合物呈局部剂型。

24、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含来自人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌中的至少一种菌种的代谢物，其中所述代谢物以足以治疗、抑制或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在，其中所述药物组合物呈局部剂型。

25、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种的细胞裂解物，其中药物组合物呈局部剂型。

26、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含以有效治疗、抑制或预防有需要的对象中与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量存在的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种菌种的后生元，其中药物组合物呈局部剂型。

27、在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗有需要的对象的皮肤障碍的方法，其中该方法包括局部施用包含有效量的益生菌细菌、益生菌细菌的代谢物、益生菌细菌的后生元和/或益生菌细菌的细胞裂解物的制剂；其中益生菌细菌是人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌；并且病症与局部病原微生物的存在相关。在一些这种实施方案中，制剂经配制用于施用至皮肤、指甲或毛发。在一些实施方案中，制剂经配制用于施用至粘膜。在一些实施方案中，粘膜选自阴道、阴茎、尿道、膀胱、肛门、口、鼻、咽喉、支气管、肺、眼和耳和鼻腔的粘膜。

28、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的由至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌产生的代谢物。在一些这种实施方案中，深蓝紫色杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的16s rrna基因序列。

29、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的来自至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的细胞裂解物。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq idno:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的16srrna基因序列。

30、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含有效治疗、抑制或预防与病原微生物相关的疾病、病症或病况的量的来自至少一种人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的后生元。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq idno:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的16srrna基因序列。

31、在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的至少一种人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌代谢物，经配制用于局部施加。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，化妆品组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂或牙线。在一些实施方案中，化妆品组合物包含防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

32、在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌细胞裂解物，经配制用于局部施加。在一些实施方案中，深蓝紫色杆菌粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq idno:5具有至少95％同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂或牙线。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

33、在一些实施方案中，本公开提供了合成的组合物，其包含有效量的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌后生元，经配制用于局部施加。在一些这种实施方案中，粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少95％同一性的16s rrna基因序列。在一些实施方案中，合成的组合物是化妆品组合物。在一些实施方案中，组合物经配制作为牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂、唇膏或牙线。在一些实施方案中，组合物经配制作为防晒剂、保湿剂、抗衰老剂、益生菌或健康促进组合物。

34、在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的方法，其包括向对象施用包含益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂的组合物，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该冷冻保护剂增加益生菌的至少一种代谢物的水平，其中至少一种代谢物水平的增加与病原微生物相关的疾病、病症或病况的治疗有关。

35、在一些实施方案中，本公开提供了治疗有需要的对象的方法，其包括向对象施用包含益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂的组合物，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌，该冷冻保护剂降低益生菌的至少一种代谢物的水平，其中至少一种代谢物水平的至少一种降低与病原微生物相关的疾病、病症或病况的治疗有关。

36、在一些实施方案中，本公开提供了冻干的益生菌组合物，其包含至少一种益生菌或其衍生物和至少一种冷冻保护剂，该益生菌选自粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌。在一些这种实施方案中，冷冻保护剂包含二糖。在一些实施方案中，与不包含冷冻保护剂的组合物相比，冷冻保护剂导致组合物的功效、稳定性和/或活力得到改善。在一些实施方案中，冻干的制剂进一步包含至少一种益生元。

37、在一些实施方案中，本公开提供了用作药剂的益生菌组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种和至少一种冷冻保护剂。在一些这种实施方案中，组合物用于治疗与至少一种病原微生物相关的疾病、病症或病况。

38、在一些实施方案中，本公开提供了用于治疗与病原微生物相关的感染的益生菌组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌中的至少一种。在一些这种实施方案中，感染是皮肤感染。在一些实施方案中，病原微生物包含马拉色菌或由其组成。在一些实施方案中，病原微生物与头皮屑、特应性湿疹、皮炎、花斑糠疹、花斑癣、脂溢性皮炎、毛囊炎或其任何组合相关。在一些实施方案中，病原微生物包含皮肤真菌或由其组成。在一些实施方案中，病原微生物与须癣、头癣、体癣、股癣、足癣、花斑癣、甲癣或其任何组合相关。在一些实施方案中，益生菌组合物用于治疗足癣或花斑癣。

39、在一些实施方案中，本公开提供了组合物，其包含粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌的至少一种代谢物。在一些实施方案中，组合物用于治疗与病原微生物相关的感染。

40、在一些实施方案中，本公开提供了试剂盒，其包含(i)至少一个包含组合物的小瓶，该组合物包含至少一种稳定化的人分离的或合成的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌和至少一种第一赋形剂，其中至少一种第一赋形剂是冷冻保护剂；以及(ii)说明书。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含至少一小瓶用于重构的制剂缓冲剂。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含混合和施加的说明书，以及任选地，混合和/或施加的一个或多个工具。在一些实施方案中，组合物呈粉末形式。在一些实施方案中，组合物呈液体形式。

41、在一些实施方案中，本公开提供了一种细菌。在一些实施方案中，细菌包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌，或由其组成，该细菌最初分离自健康人皮肤或曾最初分离自健康人皮肤。非限制性地，在一些实施方案中，本文提供的组合物和方法可用于调节宿主的微生物组，以有效地抑制、治疗或预防微生物感染。在一些实施方案中，这些组合物和方法包含本公开提供的一种或多种益生菌产品(例如，组合物、药物组合物等)或由其组成。在一些这种实施方案中，本公开的益生菌产品包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或其活性组分或代谢物，或由其组成。在一些实施方案中，本公开提供的细菌分离自人或是合成的。

42、本文还提供了局部和化妆品组合物和方法。在一些实施方案中，这些局部和化妆品组合物可用于改善皮肤健康、减少暴露于阳光的影响和衰老。在一些实施方案中，这些局部和化妆品组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或其活性组分或代谢物，或由其组成。

43、在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的至少一种益生菌菌株，或基本上由其组成。在一些这种实施方案中，药物组合物进一步包含一种或多种赋形剂。在一些实施方案中，药物组合物以通常有效改善健康和/或抑制、治疗或预防局部微生物和/或它们引起的疾病的量使用。在一些实施方案中，包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和至少一种赋形剂的药物组合物比不包含至少一种赋形剂的药物组合物更有效。

44、在一些实施方案中，组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌和/或一种或多种源于其的材料，或基本上由其组成。

45、在一些实施方案中，本公开提供的药物组合物包含人来源的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的一种或多种代谢物，或基本上由其组成。在一些实施方案中，代谢物以有效用于抑制、治疗或预防局部微生物的量施用。

46、本文还提供了药物组合物，其包含深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的细胞裂解物，基本上由其组成或由其组成。在一些实施方案中，细胞裂解物以有效用于抑制、治疗或预防局部病原微生物的量施用。在一些这种实施方案中，药物组合物进一步包含赋形剂。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料以有效用于抑制、治疗或预防局部微生物感染的量施用。在一些实施方案中，本文提供的赋形剂和/或源自益生菌的材料是使用这些药物组合物抑制、治疗或预防病原微生物和/或它们引起的疾病的方法的一部分。在一些实施方案中，这些人分离的益生菌可以经配制作为组合物，用于施加至有需要的对象(例如，皮肤、粘膜、毛发、指甲)或施加至与对象接触的物体(例如，布、地板等)。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于施加至皮肤、粘膜、毛发和/或指甲。在一些实施方案中，将药物组合物施加至、包括于或经配制作为例如绷带、防晒剂、牙膏、漱口水、洗发剂、肥皂、保湿剂、唇膏或牙线。

47、在一些实施方案中，本文提供了合成的组合物，其包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的益生菌；选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的益生菌的一种或多种代谢物；益生菌深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的细胞裂解物；和/或选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其组合的一种或多种后生元，经配制用于局部施加。在一些实施方案中，这些合成的组合物可以经配制用于施加至有需要的对象(例如，皮肤、粘膜、毛发、指甲)或与对象接触的物体(例如，布、地板等)。在一些实施方案中，这些合成的组合物是化妆品组合物。

48、在一些实施方案中，本公开的组合物进一步包含益生元。在一些实施方案中，益生元选自氨基酸、生物素、甘油、低聚果糖、低聚半乳糖、菊粉、乳果糖、甘露寡糖、富含果寡糖的菊粉、果寡糖、低聚右旋糖、塔格糖、反式低聚半乳糖、非天然聚糖和低聚木糖中的一种或多种。

49、在一些实施方案中，本文提供的药物组合物包含选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的益生菌，并且进一步包含至少一种分离的另外的微生物。在一些实施方案中，另外分离的微生物选自乳杆菌菌种、乳球菌菌种、通常存在于人皮肤上的无害真菌菌种、或丙酸杆菌(propionibacterium)或角质杆菌(cutibacterium)菌种。

50、在一些实施方案中，本文公开的组合物(包括药物组合物)经配制用于与至少一种另外的抗真菌或抗细菌化合物一起施用。在一些实施方案中，药物组合物经配制用于局部施用至皮肤或粘膜。在一些实施方案中，组合物是为粘液腔制造的递送装置的一部分。

51、在一些实施方案中，分别通过对应于粪产碱菌的seq id no:1、对应于高地芽孢杆菌的seq id no:2、对应于短小芽孢杆菌的seq id no:3、对应于枯草芽孢杆菌的seq idno:4或对应于深蓝紫色杆菌的seq id no:5鉴定人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌核酸序列。在一些实施方案中，人分离的粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌或深蓝紫色杆菌包含多核苷酸或由其组成，该多核苷酸包含相对于其16s rrna基因序列(即，如seq id no:1-seq id no:5中提供的)，分别与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少90％同一性；或分别与seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3、seq id no:4或seq id no:5具有至少93％同一性、至少95％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的核酸序列。

52、在一些实施方案中，本公开提供的药物组合物用于治疗或预防真菌微生物感染，例如白色念珠菌、光滑念珠菌(c.glabrata)、近平滑念珠菌(c.parapsilosis)、热带念珠菌(c.tropicalis)、耳念珠菌(c.auris)、克柔念珠菌(c.krusei)或乳酒念珠菌(c.kefyr)。

53、在一些实施方案中，药物组合物用于治疗真菌病原微生物，例如毛癣菌或马拉色菌菌种。

54、在一些实施方案中，药物组合物用于治疗真菌病原微生物感染，例如红色毛癣菌(t.rubrum)、疣状毛癣菌(t.verrucosum)、断发毛癣菌(t.tonsurans)、土发癣菌(t.terrestre)、指间毛癣菌(t.interdigitale)、须毛癣菌(t.mentagraphytes)。

55、在一些实施方案中，药物组合物用于治疗细菌病原微生物感染，例如葡萄球菌、假单胞菌、肠球菌和金黄色葡萄球菌。

56、在一些实施方案中，药物组合物用于治疗病毒病原微生物感染，例如脊髓灰质炎病毒、单纯疱疹病毒、甲型肝炎病毒、轮状病毒、腺病毒、冠状病毒和甲型流感病毒。

57、在一些实施方案中，药物组合物用于治疗选自阴道加德纳菌(gardnerellavaginalis)、白色念珠菌、阴道阿托波菌(atopobium vaginae)、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、假单胞菌和沙门氏菌的病原微生物感染。

58、在一些实施方案中，提供了深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的分离的代谢物，其用于或作为具有适于局部施加的可溶性制剂的组合物。在一些实施方案中，代谢物选自四氢嘧啶(ectoine)、β内酯、萜烯、间苯二酚、t1pks、quilolobactin、伯克霍尔德酸(burkhoderic acid)、杆菌巴汀(bacillibactin)、羟胺、环-(l-pro-gly)5(seq id no:36)、苯乙酸、对羟基苯乙酰胺、淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、伊枯草菌素、几丁质酶、衣霉素、丁内酯、膦酸酯、铁载体、吲哚乙酸、热稳定的角蛋白酶、吲哚-3-乙酸、渗透质、生产性过氧化氢酶、淀粉酶、acc脱氨酶、鸟嘌呤基偏好rna酶、短小芽孢杆菌核糖核酸酶(binase)、细菌素、非核糖体肽合成酶、塞克肽、溶杆菌素、pseudomonine、丰原素、表面活性素、地衣素、孢子形成杀伤因子、4-苯基丁酸、丁醛、3-甲基-、丙烯、2-丁烯、2-庚酮、6-甲基-5-亚甲基-和6-氧杂二环[3.1.0]己烷、二酮哌嗪类虫草二肽、pumilacidin类、溶菌剂、4-二戊基己烷-2,5-二醇、1,1’-(4,5-二丁基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-醇)、1,1’-(4,5-二丁基-3,6-二甲基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-酮)、抗真菌环脂肽、聚酮化合物(pk)、核糖体和非核糖体合成的肽及其任何组合。

59、在一些实施方案中，人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌产生抗微生物代谢物，其选自四氢嘧啶、β内酯、萜烯、间苯二酚、β内酯、t1pks、quilolobactin、伯克霍尔德酸、杆菌巴汀、羟胺、环-(l-pro-gly)5(seq id no:36)、苯乙酸、对羟基苯乙酰胺、淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、伊枯草菌素、几丁质酶、衣霉素、丁内酯、膦酸酯、聚酮化合物、铁载体、吲哚乙酸、热稳定的角蛋白酶、吲哚-3-乙酸、渗透质、生产性过氧化氢酶、淀粉酶、acc脱氨酶、鸟嘌呤基偏好rna酶、短小芽孢杆菌核糖核酸酶、细菌素、非核糖体肽合成酶、塞克肽、溶杆菌素、pseudomonine、丰原素、表面活性素、地衣素、孢子形成杀伤因子、4-苯基丁酸、丁醛、3-甲基-、丙烯、2-丁烯、2-庚酮、6-甲基-5-亚甲基-和6-氧杂二环[3.1.0]己烷、二酮哌嗪类虫草二肽、pumilacidin类、溶菌剂、4-二戊基己烷-2,5-二醇、1,1’-(4,5-二丁基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-醇)、1,1’-(4,5-二丁基-3,6-二甲基环己烷-1,2-二基)双(乙-1-酮)、抗真菌环脂肽、聚酮化合物(pk)、萜烯、核糖体和非核糖体合成的肽或其任何组合。在一些实施方案中，这种抗微生物代谢物可以用于局部施加或施加至粘膜，以预防、抑制或治疗由微生物引起的病况、疾病或病症。

60、在一些实施方案中，由本文提供的益生菌产生的代谢物不分离自人参考菌株。在一些这种实施方案中，来自人分离的菌株的代谢物以高于不分离自人的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的另一参考菌株的水平存在或被检测到。在一些实施方案中，人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的代谢物选自杆菌巴汀、溶杆菌素、类胡萝卜素、地衣素、丰原素、四氢嘧啶、quinolobactin及其任何组合。

61、在一些实施方案中，在用单独储存的无菌制剂缓冲剂重构之前，将包含人分离的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或者其一种或多种代谢物的药物组合物冻干、在-20℃冷冻，或在-80℃冷冻。

62、在一些实施方案中，制剂包含眼润滑剂、氨基酸(例如，色氨酸)、二肽、寡肽、多肽、酪蛋白氨基酸、单糖(包括葡萄糖)、糖醇(包括甘露醇)、简单醇(包括甘油)、寡醇、简单多元醇、复合多元醇、二糖(包括蔗糖和海藻糖)和其异构体、多糖、改性多糖(包括-角叉菜胶)、纤维素和改性纤维素(包括羧甲基纤维素)、淀粉和改性淀粉(包括2-羟乙基淀粉(hes))、其他生物粘附剂(包括卡波姆聚合物)、增稠剂和流变改性剂(例如，cmc)、悬浮和/或乳化稳定剂及其任何组合中的一种或多种。在一些这种实施方案中，一种或多种这种组分包括在用于重构的缓冲剂中。

63、在一些实施方案中，包含人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌或其代谢物的组合物用于治疗或预防由病原微生物引起的疾病或病症的方法中。在一些实施方案中，治疗方法包括抑制、减缓或停止病原微生物生长的方法，或由其组成。在一些实施方案中，该方法包括向有需要的对象施用有效量的人分离的或合成的益生菌、其代谢物和/或细胞裂解物，该益生菌选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，其中人分离的或合成的益生菌、其代谢物和/或细胞裂解物以有效抑制、减缓或停止微生物生长以治疗或预防由这种微生物引起的疾病或病症的量存在。在一些实施方案中，选自深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的人分离的或合成的益生菌与另外的抗真菌剂、抗病毒剂或抗细菌剂联合施加。在一些实施方案中，组合物包含至少一种另外的益生菌或非病原微生物。

64、在一些实施方案中，本公开的药物组合物、合成的组合物、化妆品组合物和益生菌组合物含有至少10、102、103、104、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020个菌落形成单位(cfu)/毫升或毫克的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌。

65、本文提供了制造包含有效量的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌、任选的代谢物、细胞裂解物和/或益生元以及药学上可接受的赋形剂的药物组合物的方法。该方法包括在含有增强保存的赋形剂的药物制剂的存在下，通过冻干保存人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，并包装保存的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，用于与第二赋形剂制剂重构以在施用前即刻产生制剂。在一些实施方案中，赋形剂选自但不限于dmso、天然泪液、眼润滑剂、氨基酸、肽、甘油、其他简单多元醇、复合多元醇、改性多元醇、糖醇、葡萄糖、单糖、二糖、寡糖、多糖和改性寡糖和多糖、维生素、蛋白质、缓冲剂及其组合。

66、本文提供了试剂盒，其包含至少一小瓶稳定化的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，和任选的至少一小瓶用于重构稳定化的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的制剂缓冲剂、混合和施加的说明书，以及任选地混合和施加的一个或多个器具。在一些实施方案中，包括混合和施加的器具，并且包含选自注射器、空无菌容器和雾化器或细雾喷雾剂的一个或多个元件。在一些实施方案中，试剂盒含有多个小瓶的稳定的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌，以及至少一小瓶用于重构稳定的人分离的或合成的深蓝紫色杆菌、粪产碱菌、高地芽孢杆菌、短小芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌的液体，用于多次施加至有需要的一名或多名对象。在一些实施方案中，制备试剂盒以供医学专业人员施加。在一些实施方案中，制备试剂盒以供有需要的对象施加。