具有针对携带EGFR或HER2外显子20突变之癌细胞的抗肿瘤活性的化合物

1.本发明一般地涉及分子生物学和医学领域。更具体地，其涉及治疗具有egfr和/或her2外显子20突变(例如插入突变)的患者的方法。

背景技术：

0、2.背景技术

1、大约10％至15％的nsclc具有激活的egfr突变。对于其肿瘤具有“经典的”敏感突变(l858r和外显子19缺失)的这些患者的大多数，tki(例如吉非替尼(gefitinib)和厄洛替尼(erlotinib))与单独的化学治疗相比提供显著的临床益处，其中约70％经历客观响应(objective response，or)、改善的无进展存活(progression free survival，pfs)和生活质量(maemondo et al.,2010)。然而，大约10％至12％的egfr突变体nsclc肿瘤在egfr的外显子20内具有框内插入(arcila et al.,2012)，并且通常对egfr tki具有抗性。此外，nsclc中90％的her2突变是外显子20突变(mazieres et al.,2013)。egfr和her2外显子20突变一起占nsclc患者的约4％。迄今为止的数据表明，her2的可用tki(阿法替尼(afatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、奈拉替尼(neratinib)、达克替尼(dacomitinib))在患有her2突变体肿瘤的患者中具有有限的活性，其中许多研究报道or率低于40％(kosaka etal.,2017)，尽管在用阿法替尼治疗的her2小鼠模型中观察到一些临床前活性(perera etal.,2009)。

2、egfr和her2的外显子20包含两个主要区域，c-螺旋(egfr中第762至766位残基和her2中第770至774位残基)和c-螺旋之后的环(egfr中第767至774位残基和her2中第775至783位残基)。egfr外显子20插入d770insnpg的晶体学已显示在第764位残基之后的插入中诱导针对第一代tki之抗性的稳定且脊状的活性构象。然而，egfr a763insfqea的建模示出在第764位残基之前的插入没有表现出这种作用并且不诱导药物抗性(yasuda et al.,2013)。此外，在其中插入是在c-螺旋之后的环中的egfr外显子20驱动之nsclc(egfrh773insnph)的患者来源的异种移植物(patient derived xenograft，pdx)模型中，发现第三代egfr tki奥希替尼(osimertinib)(azd9291)和罗西替尼(rociletinib)(co-1696)具有最小活性(yang et al.,2016)。在稀有的egfr和her2外显子20突变的最近的研究中，作者发现了对基于共价喹唑啉的第二代抑制剂(例如达克替尼和阿法替尼)的不均一响应；然而，靶向更常见的外显子20插入突变所需的浓度高于临床上可达到的浓度(kosaka etal.,2017)。因此，对鉴定克服具有在egfr和her2中的外显子20突变(特别是插入突变)的nsclc肿瘤的固有药物抗性的新治疗存在显著的临床需求。

技术实现思路

1、本公开内容提供了用于在具有egfr和/或her2外显子20突变(例如外显子20插入突变)的患者中治疗癌症的方法和组合物。在一个实施方案中，提供了在对象中治疗癌症的方法，其包括向所述对象施用有效量的波齐替尼(poziotinib)，其中所述对象已被确定具有一个或更多个egfr外显子20突变，例如一个或更多个egfr外显子20插入突变。在一些特别的方面，对象是人。

2、在某些方面，一个或更多个egfr外显子20突变包含第763至778位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在一些方面，对象已被确定具有2、3或4个egfr外显子20突变。在一些方面，所述一个或更多个egfr外显子20突变在选自a763、a767、s768、v769、d770、n771、p772和h773的一个或更多个残基处。在某些方面，对象已被确定不具有在残基c797处的egfr突变。在一些方面，所述一个或更多个外显子20突变选自a763insfqea、a767insasv、s768dupsvd、v769insasv、d770inssvd、d770insnpg、h773insnph、n771del insgy、n771del insfh和n771dupnph。

3、在某些方面，通过分析来自对象的基因组样品，对象被确定具有egfr外显子20突变，例如插入突变。在一些方面，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在一些特别的方面，通过核酸测序(例如，肿瘤组织或来自血浆的循环游离dna的dna测序)或pcr分析来确定egfr外显子20突变的存在。

4、在某些方面，所述方法还包括施用另外的抗癌治疗。在一些方面，抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。在某些方面，波齐替尼和/或抗癌治疗静脉内、皮下、骨内、经口、经皮、以持续释放、以受控释放、以延迟释放、作为栓剂或舌下施用。在一些方面，施用波齐替尼和/或抗癌治疗包括局部、区域或全身施用。在一些特别的方面，波齐替尼和/或抗癌治疗施用两次或更多次，例如每天、每隔一天或每周。

5、在一些方面，癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌(biliary cancer)、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤(li-fraumeni tumor)、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌i型和ii型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌(head and neck cancer)、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。在一些特别的方面，癌症是非小细胞肺癌。

6、在另一个实施方案中，提供了包含波齐替尼的药物组合物，其用于被确定具有一个或更多个egfr外显子20突变(例如一个或更多个egfr外显子20插入突变)的患者。在某些方面，所述一个或更多个egfr外显子20突变包含第763至778位氨基酸之间3至18个核苷酸的点突变、插入和/或缺失。在某些方面，对象已被确定具有2、3或4个egfr外显子20突变。

7、在一些方面，所述一个或更多个egfr外显子20插入突变在选自a763、a767、s768、v769、d770、n771、p772和h773的一个或更多个残基处。在某些方面，对象已被确定不具有在残基c797处的egfr突变。在一些特别的方面，所述一个或更多个外显子20突变选自a763insfqea、a767insasv、s768dupsvd、v769insasv、d770inssvd、d770insnpg、h773insnph、n771del insgy、n771del insfh和n771dupnph。在一些方面，患者正在用抗癌治疗进行治疗。

8、在另一个实施方案中，提供了在患有癌症的对象中预测对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼的响应的方法，其包括检测获自所述患者的基因组样品中的egfr外显子20突变(例如，egfr外显子20插入突变)，其中如果所述样品对于egfr外显子20突变的存在呈阳性，则预测所述患者具有对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼的有利响应。在一些方面，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在某些方面，通过核酸测序或pcr分析来确定egfr外显子20突变的存在。在某些方面，egfr外显子20突变包含第763至778位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在一些方面，egfr外显子20突变在残基a763、h773、a767、s768、v769、d770、n771和/或d773处。在一些方面，egfr外显子20突变选自a763insfqea、a767insasv、s768dupsvd、v769insasv、d770inssvd、d770insnpg、h773insnph、n771del insgy、n771del insfh和n771dupnph。在某些方面，对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼抑制剂的有利响应包括减小肿瘤尺寸或负荷、阻断肿瘤生长、减轻肿瘤相关疼痛、减轻癌症相关病理状况、减轻癌症相关症状、癌症无进展、延长无疾病间隔、延长进展时间、诱导缓解、降低转移或延长患者存活。在另一些方面，向预期具有有利响应的患者施用单独的或与第二抗癌治疗组合的波齐替尼。

9、另一个实施方案提供了在患者中治疗癌症的方法，其包括向对象施用有效量的波齐替尼或阿法替尼，其中所述对象已被确定具有选自a775insv g776c、a775insyvma、g776cv777insc、g776del insvv、g776del insvc和p780insgsp的一个或更多个her2外显子20突变。在一些方面，一个或更多个her2外显子20突变还包含第770至785位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在一些方面，所述一个或更多个her2外显子20突变在残基a775、g776、s779和/或p780处。在一些特别的方面，对象是人。

10、在一些方面，所述方法还包括施用mtor抑制剂。在某些方面，mtor抑制剂是雷帕霉素、替西罗莫司(temsirolimus)、依维莫司(everolimus)、瑞达莫司(ridaforolimus)或mln4924。在一些特别的方面，mtor抑制剂是依维莫司。

11、在某些方面，波齐替尼或阿法替尼和/或mtor抑制剂静脉内、皮下、骨内、经口、经皮、以持续释放、以受控释放、以延迟释放、作为栓剂或舌下施用。在一些方面，通过分析来自患者的基因组样品，患者被确定具有her2外显子20突变。在某些方面，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在一些方面，通过核酸测序或pcr分析来确定her2外显子20突变的存在。

12、在另外的方面，所述方法还包括施用另外的抗癌治疗。在一些方面，抗癌治疗是化学治疗、放射治疗、基因治疗、手术、激素治疗、抗血管生成治疗或免疫治疗。

13、在一些方面，癌症是口腔癌、口咽癌、鼻咽癌、呼吸系统癌症、泌尿生殖系统癌症、胃肠癌、中枢或周围神经系统组织癌症、内分泌或神经内分泌癌或造血系统癌症、胶质瘤、肉瘤、上皮癌、淋巴瘤、黑素瘤、纤维瘤、脑脊膜瘤、脑癌、口咽癌、鼻咽癌、肾癌、胆管癌、嗜铬细胞瘤、胰岛细胞癌、利-弗劳梅尼肿瘤、甲状腺癌、甲状旁腺癌、垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、成骨肉瘤肿瘤、多发性神经内分泌i型和ii型肿瘤、乳腺癌、肺癌、头颈癌、前列腺癌、食管癌、气管癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。在某些方面，癌症是非小细胞肺癌。

14、在另一个实施方案中，提供了包含波齐替尼或阿法替尼的药物组合物，其用于被确定具有选自a775insv g776c、a775insyvma、g776cv777insc、g776del insvv、g776delinsvc和p780insgsp的一个或更多个her2外显子20突变的患者。在一些方面，her2外显子20突变还包含第770至785位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在一些方面，her2外显子20突变在残基a775、g776、s779和/或p780处。在一些方面，患者正在用抗癌治疗进行治疗。

15、在另一个实施方案中，提供了在患有癌症的患者中预测对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼或阿法替尼的响应的方法，其包括检测获自所述患者的基因组样品中的选自a775insv g776c、a775insyvma、g776cv777insc、g776del insvv、g776del insvc和p780insgsp的her2外显子20突变(例如，her2外显子20插入突变)，其中如果所述样品对于her2外显子20突变的存在呈阳性，则预测所述患者具有对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼或阿法替尼的有利响应。在一些方面，her2外显子20突变还包含第770至785位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在某些方面，her2外显子20突变在残基a775、g776、s779和/或p780处。

16、在一些方面，基因组样品从唾液、血液、尿、正常组织或肿瘤组织中分离。在某些方面，通过核酸测序或pcr分析来确定her2外显子20突变的存在。在一些特别的方面，抗癌治疗是mtor抑制剂。在一些方面，对单独的或与抗癌治疗组合的波齐替尼或阿法替尼抑制剂的有利响应包括减小肿瘤尺寸或负荷、阻断肿瘤生长、减轻肿瘤相关疼痛、减轻癌症相关病理状况、减轻癌症相关症状、癌症无进展、延长无疾病间隔、延长进展时间、诱导缓解、降低转移或延长患者存活。在另一些方面，向预期具有有利响应的患者施用单独的或与第二抗癌治疗组合的波齐替尼。

17、本文中还提供了组合物，其包含从人癌细胞分离的核酸；以及引物对，所述引物对可扩增人egfr或her2编码序列的外显子20的至少第一部分。在一些方面，组合物还包含经标记的探针分子，当所述序列中存在突变时，经标记的探针分子可与所述人egfr或her编码序列的外显子20的第一部分特异性杂交。在某些方面，组合物还包含热稳定的dna聚合酶。在一些方面，组合物还包含dntp。在一些方面，当存在选自a763insfqea、a767insasv、s768dupsvd、v769insasv、d770inssvd、d770insnpg、h773insnph、n771del insgy、n771delinsfh和n771dupnph的突变时，经标记的探针与人egfr编码序列的外显子20的第一部分杂交。在某些方面，当存在选自a775insv g776c、a775insyvma、g776v、g776c v777insv、g776cv777insc、g776del insvv、g776del insvc和p780insgsp的突变时，经标记的探针与人her2编码序列的外显子20的第一部分杂交。

18、在另一个实施方案中，提供了分离的核酸，其编码突变体egfr蛋白，其中所述突变体蛋白与野生型人egfr的不同之处在于一个或更多个egfr外显子20突变，所述突变包含第763至778位氨基酸之间3至18个核苷酸的点突变、插入和/或缺失。在一些方面，所述一个或更多个egfr外显子20突变在选自a763、a767、s768、v769、d770、n771、p772和h773的一个或更多个残基处。在某些方面，一个或更多个外显子20突变选自a763insfqea、a767insasv、s768dupsvd、v769insasv、d770inssvd、d770insnpg、h773insnph、n771del insgy、n771delinsfh和n771dupnph。在一些特别的方面，所述核酸包含seq id no:8、9、10、11或12的序列。

19、在另一个实施方案中，提供了分离的核酸，其编码突变体her2蛋白，其中所述突变体蛋白与野生型人her2的不同之处在于一个或更多个her2外显子20突变，所述突变包含第770至785位氨基酸之间3至18个核苷酸的一个或更多个点突变、插入和/或缺失。在一些方面，所述一个或更多个her2外显子20突变在残基a775、g776、s779和/或p780处。在某些方面，所述一个或更多个her2外显子20突变选自a775insv g776c、a775insyvma、g776v、g776cv777insv、g776c v777insc、g776del insvv、g776del insvc和p780insgsp。在一些特别的方面，所述核酸包含seq id no:14、15、16、17或18的序列。

20、本发明的另一些目的、特征和优点将从以下详细描述中变得明显。然而，应理解，详细描述和具体实例尽管指出了本发明的一些优选实施方案，但是仅作为举例说明给出，因为通过本详细描述，在本发明精神和范围之内的多种变化和修改对于本领域技术人员而言将变得明显。