用于通过施用微生物聚生体来提高乳产量的方法与流程

本申请要求于2016年1月7日提交的美国临时申请no.62/276,142、2016年1月8日提交的美国临时申请no.62/276,531、2016年5月11日提交的美国临时申请no.62/334,816和2016年11月1日提交的美国临时申请no.62/415,908的优选权，所述临时申请各自的内容均以引用的方式整体并入本文中。本公开涉及特别用于乳品生产的分离的和生物学纯的微生物。所公开的微生物可以呈分离的和生物学纯的状态使用，也可配制成组合物。此外，本公开提供了包含至少两种所公开的微生物成员的微生物聚生体，以及利用所述聚生体的方法。此外，本公开提供了用于调节瘤胃微生物组的方法。关于序列表的声明与本申请相关联的序列表以文本格式提供以代替纸印本，并且特此以引用的方式并入本说明书中。包含序列表的文本文件的名称是asbi_002_02us_seqlist_st25.txt。该文本文件为893kb，于2016年10月31日创建，并通过efs-web以电子方式提交。
背景技术：
：预计到2050年全球人口将增加到超过90亿人，同时人均可用土地、水和其他自然资源的数量将减少。预测显示，随着中国和印度国内生产总值的预计增长，国内平均收入也将增加。随着收入的增加，对富含更多动物源蛋白的饮食的需求也增加，因此全球畜牧业将面临以更少资源生产更多乳的挑战。联合国粮食及农业组织预测，必须要多生产70％的粮食，然而可用的可耕土地面积将减少。显然，为了支持人口的增长，每单位资源投入的粮食产量必须要大幅增加。来自泌乳反刍动物的乳和乳组分主要用于制备多种不同形式的食物。然而，乳和乳组分在非食品领域，如粘胶、纺织纤维、塑料材料的制造或乙醇或甲烷的生产中也具有许多替代用途。通过营养调节、激素治疗、动物管理变化和选择性育种，已经有许多策略来提高反刍动物的乳产量和含量；然而，仍需要更有效地提高每只动物的乳和乳组分产量。为了满足人口日益增长的人类每天的需求，确认用于可持续增加乳产量以及调节目标乳组分同时平衡动物健康和福祉的组合物和方法已经变得势在必行。通过扩大奶牛场的牲畜总数来增加全球乳产量并进一步调节所需的乳组分对于世界上许多地区来说不仅在经济上不可行，而且还会导致负面的环境后果。因此，仅仅通过扩大目前在大多数发达国家使用的高投入农业系统来达到全球乳和乳组分产量预期简直是不可行的。因此，本领域迫切需要增加乳产量并进一步增加所需乳组分产量的改进方法。技术实现要素：在一些方面，本公开提供了表1和/或表3中呈现的分离的微生物，包括微生物的新菌株。在其他方面，本公开提供了表1和表3中鉴定的微生物的分离的全微生物培养物。这些微生物可包含各种浓度的微生物。在一些方面，本公开提供了利用选自表1和/或表3的一种或多种微生物来增加反刍动物中的目标表型性状的方法。此外，本公开提供了通过利用选自表1和/或表3的一种或多种微生物来调节瘤胃微生物组的方法。在一些实施方案中，微生物聚生体包含选自表1和/或表3的至少两种微生物菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体包含选自表1和/或表3的至少一种微生物菌株。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，其中每种微生物包含由选自seqidno:1-30和2045-2103的序列编码的16srrna序列或选自seqidno:31-60和2104-2107的its序列。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，其中每种微生物包含由选自seqidno:1-30和2045-2103的序列编码的16srrna序列或选自seqidno:31-60和2104-2107的its序列。在一些实施方案中，本公开的微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，其中每种微生物包含由选自seqidno:1-30、seqidno:61-1988或seqidno:2045-2103的序列编码的16srrna序列；或选自seqidno:31-60、seqidno:1989-2044或seqidno:2104-2107的its序列。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_24。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_24。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_24。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_24。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_1801、ascusf_45和ascusf_24。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_1801、ascusf_45和ascusf_24。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_268、ascusf_45和ascusf_24。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_268、ascusf_45和ascusf_24。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_232、ascusf_45和ascusf_24。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_232、ascusf_45和ascusf_24。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_249。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_249。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_353。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_353。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_23。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_23。在一个实施方案中，微生物聚生体包含至少两种微生物菌株，所述至少两种微生物菌株包含ascusb_3138和ascusb_15。在另一个实施方案中，微生物聚生体包含至少一种微生物菌株，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_3138和ascusb_15。在一个实施方案中，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_3138。在另一个实施方案中，所述至少一种微生物菌株包含ascusb_15。在一个实施方案中，一种组合物包含本公开的微生物聚生体和可接受的载体。在另一个实施方案中，一种组合物包含本公开的微生物聚生体和可接受的载体。在另一个实施方案中，微生物聚生体是囊封的。在另一个实施方案中，所述囊封的微生物聚生体包含聚合物。在另一个实施方案中，所述聚合物可以选自糖聚合物、琼脂聚合物、琼脂糖聚合物、蛋白质聚合物、糖聚合物和脂质聚合物。在一些实施方案中，所述可接受的载体选自由可食用饲料级材料、矿物混合物、水、乙二醇、糖蜜和玉米油组成的组。在一些实施方案中，形成所述微生物聚生体的至少两种微生物菌株以102至1015个细胞/克所述组合物存在于所述组合物中。在一些实施方案中，所述组合物可与家畜饲料混合。在一些实施方案中，一种赋予动物至少一种改善的性状的方法包括向所述动物施用所述组合物。在另一个实施方案中，所述动物是反刍动物，其可以进一步是母牛。在一些实施方案中，每天施用所述组合物至少一次。在另一个实施方案中，每月施用所述组合物至少一次。在另一个实施方案中，每周施用所述组合物至少一次。在另一个实施方案中，每小时施用所述组合物至少一次。在一些实施方案中，施用包括将组合物注射到瘤胃中。在一些实施方案中，组合物是经肛门施用的。在另外的实施方案中，肛门施用包括将栓剂插入直肠中。在一些实施方案中，组合物是经口服施用的。在一些方面，口服施用包括将所述组合物与动物饲料、水、药物或疫苗组合施用。在一些方面，口服施用包括将所述组合物以凝胶或粘性溶液的形式施加到动物的身体部位，其中所述动物通过舔食摄取所述组合物。在一些实施方案中，施用包括将所述组合物喷射到动物身上，并且其中动物摄取所述组合物。在一些实施方案中，每次饲喂动物时施用组合物。在一些实施方案中，口服施用包括将所述组合物与动物饲料组合施用。在一些实施方案中，所述至少一种改善的性状选自由以下组成的组：乳中脂肪的增加、乳中碳水化合物的增加、乳中蛋白质的增加、乳中维生素的增加、乳中矿物质的增加、乳体积增加、饲料利用率和消化率提高、多糖和木质素降解增加、瘤胃中脂肪酸浓度增加、瘤胃中ph平衡、甲烷排放减少、粪肥产生减少、干物质摄入量提高、以重量和/或体积计的能量校正乳(ecm))增加、氮利用率提高及其任何组合；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的。在一些实施方案中，乳中脂肪的增加是甘油三酯、三酰基甘油酯、二酰基甘油酯、单酰基甘油酯、磷脂、胆固醇、糖脂和/或脂肪酸的增加。在一些实施方案中，碳水化合物的增加是寡糖、乳糖、葡萄糖和/或葡萄糖的增加。在一些实施方案中，多糖降解的增加是纤维素、木质素和/或半纤维素降解的增加。在一些实施方案中，脂肪酸浓度的增加是乙酸、丙酸和/或丁酸的增加。在一些实施方案中，存在于本公开的组合物或聚生体中的至少两种微生物菌株或至少一种微生物菌株表现出增加的效用，这种增加的效用是所述菌株单独存在或所述菌株以天然存在的浓度存在时所未曾表现出来的。在一些实施方案中，包含本文所教导的至少两种微生物菌株的本公开的组合物在赋予动物至少一种改善的性状方面表现出协同效应。在一些实施方案中，包含本文所教导的一种或多种分离的微生物的本公开的组合物与其最接近的天然存在的对应物相比，表现出显著不同的特征/特性。也就是说，本公开的组合物与其最接近的天然存在的对应物相比，表现出显著不同的功能性和/或结构特征/特性。例如，本公开的微生物至少出于以下原因在结构上与瘤胃中以天然状态存在的微生物不同：所述微生物可以被分离和纯化使得它不存在于瘤胃的环境中，所述微生物可以以瘤胃中不存在的浓度存在，所述微生物可以与瘤胃中不存在的可接受载体缔合，所述微生物可配制成贮存稳定的并且存在于瘤胃环境之外，并且所述微生物可以与其他微生物以瘤胃中不存在的浓度组合。另外，本公开的微生物至少出于以下原因在功能上与瘤胃中天然存在的微生物不同：所述微生物当以分离的和纯化的形式使用时可以调节瘤胃微生物组，增加乳产量和/或改善乳组分特征；所述微生物可配制成贮存稳定的并且能够存在于瘤胃环境之外，使得微生物现在具有了作为能够施用于反刍动物的补充剂的新效用，其中微生物若处于在瘤胃之中的天然状态则不具有这种效用，因为如果没有人为干预微生物将无法在瘤胃外面生存，因而不能将微生物配制成贮存稳定的状态并赋予这种具有上述功能特征的新效用，所述新效用是瘤胃中存在的天然状态的微生物所不具有的。在一个实施方案中，本公开提供了能够在反刍动物中增加所需表型性状的反刍动物饲料补充剂。在具体实施方案中，反刍动物饲料补充剂包含：处于非天然存在的浓度下的本公开的微生物聚生体和可接受的载体。在一方面，微生物聚生体是囊封的。在一个实施方案中，分离的微生物菌株选自表1和/或表3中的微生物菌株中的任一种。在一个实施方案中，分离的微生物菌株选自由以下组成的组：以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612011保藏的ascusb_7；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612007保藏的ascusb_32；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612012保藏的ascusb_82；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612009保藏的ascusb_119；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612009保藏的ascusb_1801；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612003保藏的ascusf_206；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612014保藏的ascusf_23；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612004保藏的ascusf_24；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612002保藏的ascusf_45；以ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记保藏号patent201612003保藏的ascusf_208；以nrrl-农业研究机构培养物保藏中心登记保藏号b-67248保藏的ascusb_3138；和以nrrl-农业研究机构培养物保藏中心登记保藏号y-67249保藏的ascusf_15。在一个实施方案中，本公开的分离的微生物菌株包含与seqidno:1-2107中的任一种共有至少90％序列同一性的多核苷酸序列。在另一个实施方案中，本公开的分离的微生物菌株包含与seqidno:1-60和2045-2107中的任一种共有至少90％序列同一性的多核苷酸序列。在一个实施方案中，分离的微生物菌株的基本上纯的培养物可包含本公开的菌株或微生物中的任一种。在一个实施方案中，调节反刍动物的微生物组的方法包括施用本公开的组合物。在另一个实施方案中，施用组合物赋予反刍动物至少一种改善的性状。在一个实施方案中，所述至少一种改善的性状选自由以下组成的组：乳中脂肪的增加、乳中碳水化合物的增加、乳中蛋白质的增加、乳中维生素的增加、乳中矿物质的增加、乳体积增加、饲料利用率和消化率提高、多糖和木质素降解增加、瘤胃中脂肪酸浓度增加、瘤胃中ph平衡、甲烷排放减少、粪肥产生减少、干物质摄入量提高、以重量和/或体积计的能量校正乳(ecm))增加以及氮利用率提高；其中所述增加或减少是通过与未施用所述组合物的动物进行比较来确定的。在另一个实施方案中，微生物组的调节是指在施用组合物之前微生物组中存在的微生物菌株的比例降低，其中所述降低是相对于施用组合物之前的反刍动物的微生物组测量的。在一个实施方案中，增加乳中脂肪的方法是增加甘油三酯、三酰基甘油酯、二酰基甘油酯、单酰基甘油酯、磷脂、胆固醇、糖脂和/或脂肪酸。在一个实施方案中，增加碳水化合物的方法是增加寡糖、乳糖、葡萄糖和/或半乳糖。在一个实施方案中，增加多糖降解的方法是增加木质素、纤维素、果胶和/或半纤维素的降解。在一个实施方案中，增加脂肪酸浓度的方法是增加乙酸、丙酸和/或丁酸。在一个实施方案中，调节微生物组的方法是增加微生物组中的至少一种微生物菌株的比例，其中所述增加是相对于未施用所述至少一种微生物菌株的反刍动物测量的。在一个实施方案中，调节微生物组的方法是指在施用组合物之前存在于微生物组中的微生物菌株的比例降低，其中所述降低是相对于施用组合物之前反刍动物的微生物组测量的。在一个实施方案中，增加母牛对病原微生物定植的抗性的方法包括施用本公开的组合物，使得病原微生物不能定植于母牛的胃肠道。在另一个实施方案中，针对至少一种病原微生物的存在处理母牛的方法包括施用本公开的微生物聚生体和可接受的载体。在另一个实施方案中，施用微生物聚生体或微生物组合物使得至少一种病原微生物的相对丰度在胃肠道中降低至小于5％的相对丰度。在另一个实施方案中，施用微生物聚生体或微生物组合物使得至少一种病原微生物的相对丰度在胃肠道中降低至小于1％的相对丰度。在另一个实施方案中，施用微生物聚生体或微生物组合物使得在胃肠道中检测不到病原微生物。在一个实施方案中，微生物组合物和/或聚生体包含孢子形式的细菌和/或真菌。在一个实施方案中，本公开的微生物组合物和/或聚生体包含全细胞形式的细菌和/或真菌。在一个实施方案中，本公开的微生物组合物和/或聚生体包含裂解细胞形式的细菌和/或真菌。在根据本公开配制微生物的一些方面，微生物经历：发酵→过滤→离心→冻干或喷雾干燥→以及任选地涂覆(即，“流化床步骤”)。国际承认用于专利程序的微生物保藏布达佩斯条约本申请中描述的一些微生物于20161年4月25日保藏在位于美国伊利诺伊州皮奥里亚北大学街1815号61604(1815n.universityst.,peoria,il61604,usa)的美国农业部(usda)农业研究机构(ars)培养物保藏中心本申请中描述的一些微生物保藏在位于美国缅因州东布斯贝bigelowdrive60号04544(60bigelowdrive,eastboothbay,maine04544,usa)的ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心(nationalcenterformarinealgaeandmicrobiota)。这些保藏是依据国际承认用于专利程序的微生物保藏布达佩斯条约的条款作出的。上述布达佩斯条约保藏物的和/或ncma-provasoli-guillard国家海洋藻类和微生物保藏中心登记号提供在表3中。本申请中描述的微生物的登记号和相应的保藏日期在表25中单独提供。以下表中指定的菌株至少自2015年12月15日起已保藏在ascusbiosciences公司的实验室中。在表1中，对于微生物分类最接近的预测命中(hit)列于第2列和第5列中。第2列是blast预测的最高分类学命中，而第5列是blast预测的针对属+种的最高分类学命中。下表中指定的菌株至少自2015年12月15日起已保藏在ascusbiosciences公司的实验室中。附图说明图1示出了用于确定一种或多种活性微生物菌株的绝对丰度的方法的一个实施方案的一般工作流程。图2示出了用于确定样品中一种或多种、或两种或更多种活性微生物菌株与一个或多个元数据(环境)参数的共现，然后利用聚类分析和社区检测方法对所确定的关系的网络进行分析的方法的一个实施方案的一般工作流程。图3示出了给奶牛施用包含ascusb_3138和ascusf_15的组合物的田间试验的结果；图3a显示了随时间推移产生的平均乳脂磅数；图3b显示了随时间推移产生的平均乳蛋白磅数；并且图3c显示了随时间推移产生的平均能量校正乳(ecm)磅数。图3a、图3b和图3c中各自与数据点相交的垂直线标志着停止施用微生物生物聚生体的那天。图4描绘了在干预期研究日分配到对照组(圆圈)或接种组(不规则四边形)的母牛的每日乳产量(kg)均值(空心)和协变量调整的每周最小二乘方均值(实心)±sem。图5描绘了在干预期研究日分配到对照组(圆圈)或接种组(不规则四边形)的母牛的每日粗乳蛋白产量(cp，kg)均值(空心)和每周最小二乘方均值(实心)±sem。图6描绘了在干预期研究日分配到对照组(圆圈)或接种组(不规则四边形)的母牛的每日乳脂产量(kg)均值(空心)和每周最小二乘方均值(实心)±sem。图7描绘了在干预期研究日分配到对照组(圆圈)或接种组(不规则四边形)的母牛的每日能量校正乳产量(ecm，kg)均值(空心)和每周最小二乘方均值(实心)±sem。图8描绘了表1的细菌(图8a)和真菌(图8b)之间的共有相似性百分比(同一性百分比)。数据点表示每种菌株的最大相似性配对百分比。图9描绘了瘤胃细菌与乳脂效率的mic分数分布。图10描绘了瘤胃真菌与乳脂效率的mic分数分布。图11描绘了瘤胃细菌与乳品效率的mic分数分布。图12描绘了瘤胃真菌与乳品效率的mic分数分布。图13描绘了四种细菌物种的瘤胃细菌与乳脂效率的mic分数分布及其mic分数，其中这些物种已在第三方研究中进行过评估。mic分数越低，物种/菌株能够积极调节奶牛的乳脂效率的可能性越小。图14描绘了如在不溶性碳源测定中使用的未降解碳源(第0天)和降解碳源(第7天)。图15描绘了与未施用本公开的微生物组合物的奶牛相比，施用本公开的微生物组合物的奶牛中表现出大于200,000个体细胞计数(ssc)/ml乳的母牛数量的减少。图16描绘了一个图表，例示了饮食如何影响挥发性脂肪酸的产生，进而调节乳产生、身体状况、生长等。转自moran,2005.tropicaldairyfarming:feedingmanagementforsmallholderdairyfarmersinthehumictropics(第5章)，landlinkspress，第312页。图17描绘了一个示意图，示出了与示例性微生物相互作用分析和选择系统(包括在本公开通篇讨论的mic分数测定)一起使用的示例性工序流程。图18描绘了在实验过程中产生的乳脂磅数的非线性，以确定影响奶牛乳脂产生的瘤胃微生物群落成分。图19描绘了靶菌株ascus_713经活性筛选后的绝对细胞计数与产生的乳脂磅数(lbs)的相关性。图20描绘了靶菌株ascus_7经活性筛选后的绝对细胞计数和在实验过程中产生的乳脂磅数(lbs)。图21描绘了靶菌株ascus_3038未经活性筛选的相对丰度与产生的乳脂磅数(lbs)的相关性。具体实施方式定义尽管以下术语被认为是本领域普通技术人员所熟知的，但仍对以下定义进行阐述以便于解释本发明的主题。术语“一个”或“一种”可以指该实体中的一个(种)或多个(种)，即可以指代复数指示物。因此，术语“一个”或“一种”、“一个(种)或多个(种)”以及“至少一个(种)”在本文中互换使用。另外，以“一个”或“一种”所指代的“一个(种)要素”并不排除存在多个(种)要素的可能性，除非上下文中明确要求该要素有且仅有一个(种)。本说明书通篇对“一个实施方案”、“一实施方案”、“一个方面”或“一方面”的提及意味着结合所述实施方案所描述的具体特点、结构或特征包括在本公开的至少一个实施方案中。因此，贯穿本说明书在各个地方出现短语“一个实施方案”或“一实施方案”不必要全部是指相同的实施方案。此外，具体特点、结构或特征可以任何适合的方式组合在一个或多个实施方案中。如本文所用，在具体实施方案中，术语“约”或“大约”当在数值之前使用时，表示该值在10％的范围内上下浮动。如本文所用，术语“微生物(microorganism)”或“微生物(microbe)”应广义地使用。这些术语可互换使用，并且包括但不限于两个原核结构域(细菌和古细菌)、真核真菌和原生生物，以及病毒。在一些实施方案中，本公开涉及表1或表3的“微生物”，或以引用的方式并入的“微生物”。这种表征不仅可以指代表中预测的分类微生物标识符，还可以指代表中列出的鉴定的微生物菌株。术语“微生物聚生体”是指个体微生物物种或一种物种的多个菌株的微生物群落的子集，其可被描述为执行共同功能，或可被描述为参与或引起了可识别的参数或与之相关，可识别参数如目标表型性状(例如，反刍动物中增加的乳产量)。群落可包含微生物的两种或更多种物种或一种物种的多个菌株。在某些情况下，微生物在群落内共生地共存。术语“微生物群落”意指包含两种或更多种物种或菌株的微生物组群。与微生物聚生体不同，微生物群落不必执行共同功能，或者不必参与或引起可识别参数或与之相关，可识别参数如目标表型性状(例如，反刍动物中增加的乳产量)。如本文所用，“分离”、“分离的”、“分离的微生物”以及类似术语旨在表示一种或多种微生物已经从其在特定环境(例如土壤、水、动物组织)中与之相关的至少一种材料中分离出来。本公开的微生物可包括孢子和/或营养细胞。在一些实施方案中，本公开的微生物包括处于可存活但不可培养(vbnc)状态的微生物。参见liao和zhao(美国公布us2015267163a1)。在一些实施方案中，本公开的微生物包括生物膜中的微生物。参见merritt等人(美国专利7,427,408)。因此，“分离的微生物”不存在于其天然存在的环境中；相反，通过本文所述的各种技术，微生物已从其自然环境中移出并置于非天然存在的存在状态。因此，分离的菌株或分离的微生物可以作为例如生物学纯的培养物存在，或作为与可接受的载体缔合的孢子(或其他形式的菌株)存在。如本文所用，“孢子”是指由细菌和真菌产生的适于存活和分散的结构。孢子通常表征为休眠结构，然而孢子能够通过萌发过程进行分化。萌发是指孢子分化成能够代谢活动、生长和繁殖的营养细胞。单个孢子的萌发产生单个真菌或细菌营养细胞。真菌孢子是无性繁殖的单位，并且在某些情况下是真菌生命周期中必需的结构。细菌孢子是存活条件的结构，其通常对营养细胞的存活或生长是无传导力的。如本文所用，“微生物组合物”是指包含一种或多种本公开的微生物的组合物，其中在一些实施方案中，将微生物组合物施用于本公开的动物。如本文所用，“载体”、“可接受的载体”或“药物载体”是指与化合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物。此类载体可以是无菌液体，如水和油，包括石油、动物、植物或合成来源的那些；如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油等。优选采用水或水溶液盐水溶液和葡萄糖水溶液和甘油水溶液作为载体，在一些实施方案中用作可注射溶液。或者，载体可以是固体剂型载体，包括但不限于粘合剂(用于压缩丸)、助流剂、囊封剂、增香剂和着色剂中的一种或多种。可以根据预期的施用途径和标准药学实践来进行载体的选择。参见hardee和baggo(1998.developmentandformulationofveterinarydosageforms.第二版.crcpress.第504页)；e.w.martin(1970.remington’spharmaceuticalsciences.第17版.mackpub.co.)；和blaser等人(美国公布us20110280840a1)。在本公开的某些方面，分离的微生物以分离的和生物学纯的培养物存在。本领域技术人员将理解，特定微生物的分离的和生物学纯的培养物表示所述培养物基本上不含(在科学原因内)其他生物体，并且仅含有所讨论的个体微生物。培养物可含有不同浓度的所述微生物。本公开指出，分离的和生物学纯的微生物通常“与不那么纯的或不纯的材料必然不同。”参见例如inrebergstrom,427f.2d1394,(ccpa1970)(讨论纯化的前列腺素)，另外参见inrebergy,596f.2d952(ccpa1979)(讨论纯化的微生物)，另外参见parke-davis和co.v.h.k.mulford和co.,189f.95(s.d.n.y.1911)(learnedhand讨论纯化的肾上腺素),部分内容，部分修订,196f.496(1912第二期)，所述文献各自的内容都以引用的方式并入本文中。此外，在一些方面，本公开提供了必须在分离的和生物学纯的微生物培养物中发现的浓度或纯度限制的某些定量测量。在某些实施方案中，这些纯度值的存在是将当前公开的微生物与以天然状态存在的那些微生物区分开的又一属性。参见，例如，merck和co.v.olinmathiesonchemicalcorp.,253f.2d156(1958第四期)(讨论由微生物产生的维生素b12的纯度限制)，以引用的方式并入本文中。如本文所用，“个体分离物”应理解为在与一种或多种其他微生物分离后，包含显著的单一微生物属、种或菌株的组合物或培养物。该短语不应表示微生物被分离或纯化的程度。然而，“个体分离物”可基本上仅包含一种微生物属、种或菌株。如本文所用，“微生物组”是指栖息在动物的消化道或胃肠道(如果所述动物是反刍动物，包括瘤胃)和微生物的物理环境(即，微生物组具有生物和物理组分)中的微生物的集合。微生物组是流体并且可以通过许多天然存在的条件和人工条件(例如，饮食变化、疾病、抗微生物剂、其他微生物的流入等)来调节。可通过施用本公开的组合物来实现的瘤胃微生物组的调节可以采取以下形式：(a)增加或减少微生物的特定科、属、种或功能分组(即，改变瘤胃微生物组的生物组分)和/或(b)增加或减少瘤胃中的挥发性脂肪酸，提高或降低瘤胃ph，提高或降低对瘤胃健康重要的任何其他物理参数(即，改变瘤胃微生物组的非生物成分)。如本文所用，“益生素”是指基本上纯的微生物(即，单一分离物)或所需微生物的混合物，并且还可包括可施用于哺乳动物以恢复微生物群的任何其他组分。本发明的益生素或微生物接种体组合物可与剂一起施用，以使微生物在胃肠道环境中存活，即抵抗低ph并在胃肠道环境中生长。在一些实施方案中，本发明的组合物(例如，微生物组合物)在一些方面是益生素。如本文所用，“益生元”是指增加一种或多种所需微生物的数量和/或活性的剂。可用于本公开的方法的益生元的非限制性实例包括低聚果糖(例如果寡糖、菊粉、菊粉型果聚糖)、低聚半乳糖、氨基酸、醇类以及它们的混合物。参见ramirez-farias等人(2008.br.j.nutr.4:1-10)和pool-zobel与sauer(2007.j.nutr.137:2580-2584及增刊)。如本文所用，术语“生长培养基”是适合于支持微生物生长的任何培养基。举例来说，培养基可以是天然的或人工的，包括胃泌素补充琼脂、lb培养基、血清和组织培养凝胶。应当理解，培养基可以单独使用或与一种或多种其他培养基组合使用。培养基也可在添加或不添加外源营养素的情况下使用。可以利用另外的化合物或组分，例如可以辅助特定微生物组群的相互作用和/或选择的组分，来改进或富集培养基。例如，可以存在抗生素(如青霉素)或消毒剂(例如，季铵盐和氧化剂)和/或可以改进物理条件(如盐度、营养素(例如有机矿物质和无机矿物质(如磷、含氮盐、氨、钾和微量营养素如钴和镁)、ph和/或温度)。如本文所用，术语“反刍动物”包括能够在消化之前主要通过微生物作用在专门的胃(瘤胃)中发酵植物类食物从中获取营养物的哺乳动物。反刍动物包括牛、山羊、绵羊、长颈鹿、牦牛、鹿、羚羊等。如本文所用，术语“牛科动物”包括牛科的任何成员，包括有蹄哺乳动物如羚羊、绵羊、山羊和牛等。如本文所用，“能量校正乳”或“ecm”表示基于乳体积、乳脂和乳蛋白计算的乳中能量的量。ecm将乳组分调整为3.5％脂肪和3.2％蛋白质，从而使动物性能均衡，并允许比较个体动物级别和畜群级别随时间推移的产量。关于本公开，用于计算ecm的等式是：ecm＝(0.327x乳磅数)+(12.95x脂肪磅数)+(7.2x蛋白质磅数)如本文所用，“改进的”应广义地涵盖与对照组相比，或与所讨论的特征有关的已知平均量相比，目标特征的改进。例如，通过将由本文教导的微生物处理的有蹄类动物产生的乳与未处理的有蹄类动物的乳进行比较，可以证明与本公开的有益微生物或聚生体的应用相关联的“改进的”乳产量。在本公开中，“改进的”不一定要求数据具有统计显著性(即，p<0.05)；相反，证明一个值(例如平均处理值)与另一个值(例如平均对照值)不同的任何可定量差异都可以上升到“改进的”水平。如本文所用，“抑制和阻抑”和类似术语不应被解释为需要完全抑制或阻抑，尽管在一些实施方案中这可能是期望的。如本文所用，术语“标志物”或“独特标志物”是独特微生物类型、微生物菌株、或微生物菌株活性的指示物。标志物可以在生物样品中测量，并且包括但不限于基于核酸的标志物如核糖体rna基因，基于肽或蛋白质的标志物，和/或代谢物或其他小分子标志物。如本文所用，术语“代谢物”是代谢的中间体或产物。在一个实施方案中，代谢物是小分子。代谢物在以下方面具有多种功能，包括：燃料、结构、信号传导、对酶的刺激和抑制作用、作为酶的辅助因子、防御、以及与其他生物体的相互作用(如色素、气味剂和信息素)。初级代谢物直接参与正常生长、发育和繁殖。次级代谢物不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。代谢物的实例包括但不限于抗生素和色素，如树脂和萜烯等。一些抗生素使用初级代谢物作为前体，如由初级代谢物色氨酸产生的放线菌素。如本文所用，代谢物包括小的亲水性碳水化合物；大的疏水性脂质和复杂的天然化合物。如本文所用，术语“基因型”是指个体细胞、细胞培养物、组织、生物体或生物体组群的遗传组成。如本文所用，术语“等位基因”意指基因的一种或多种替代形式中的任一种，所有这些等位基因与至少一种性状或特征有关。在二倍体细胞中，给定基因的两个等位基因占据一对同源染色体上的相应基因座。在实施方案中，由于本公开涉及qtl，即可包含一个或多个基因或调控序列的基因组区域，在某些情况下，更准确地是指“单倍型”(即染色体区段的等位基因)而不是“等位基因”，然而在这些情况下，术语“等位基因”应理解为包括术语“单倍型”。当表达相似的表型时，等位基因被认为是相同的。序列差异是有可能的，但不重要，只要它们不影响表型即可。如本文所用，术语“基因座(locus)”(基因座(loci)复数)是指染色体上(例如)发现基因或遗传标志物的一个特定位置或多个位置或位点。如本文所用，术语“遗传连锁”是指两种或更多种性状在育种期间以高速率共遗传，使得它们难以通过杂交分离。如本文所用，“重组”或“重组事件”是指染色体杂交或独立分配。术语“重组”是指具有由于重组事件而产生的新基因组成的生物体。如本文所用，术语“分子标志物”或“遗传标志物”是指用于可视化核酸序列特征差异的方法中的指示物。此类指示物的实例是限制性片段长度多态性(rflp)标志物、扩增片段长度多态性(aflp)标志物、单核苷酸多态性(snp)、插入突变、微卫星标志物(ssr)、序列表征的扩增区域(scar)、酶切扩增多态性序列(caps)标志物或同工酶标志物，或本文所述限定特定遗传和染色体位置的标志物的组合。标志物还包括编码16s或18srrna的多核苷酸序列，以及内部转录间隔区(its)序列，其是在小亚基和大亚基rrna基因之间发现的序列，已经证明它在阐明彼此之间的关系或区别时特别有用。定位等位基因附近的分子标志物是分子生物学
技术领域：
的普通技术人员可执行的过程。主要rrna亚基16s的初级结构包含保守区、可变区和高变区的特定组合，这些区域以不同的速率进化并且对非常古老的谱系(如结构域)和更现代的谱系(如属)均可进行解析。16s亚基的次级结构包括大约50个螺旋，导致约67％残基的碱基配对。这些高度保守的次级结构特征具有重大的功能重要性，并且可用于确保多序列比对和系统发育分析中的位置同源性。在过去的几十年中，16srrna基因已成为测序最多的分类学标志物，并且是当前细菌和古细菌系统分类的基石(yarza等人2014.naturerev.micro.12:635-45)。两个16srrna基因的序列同一性为94.5％或更低是不同属的有力证据，86.5％或更低是不同科的有力证据，82％或更低是不同目的有力证据，78.5％是不同类别的有力证据，而75％或更低是不同门类的有力证据。对16srrna基因序列的比较分析使得能够建立分类学阈值，分类学阈值不仅可用于培养微生物的分类，而且可用于许多环境序列的分类。yarza等人2014.naturerev.micro.12:635-45)。如本文所用，术语“性状”是指特征或表型。例如，在本公开的一些实施方案的上下文中，产生的乳脂的量与乳中存在的甘油三酯、三酰基甘油酯、二酰基甘油酯、单酰基甘油酯、磷脂、胆固醇、糖脂和脂肪酸的量有关。所需性状还可包括其他乳特征，包括但不限于：短链脂肪酸、中链脂肪酸和长链脂肪酸的显著性；碳水化合物如乳糖、葡萄糖、半乳糖和其他寡糖的量；蛋白质如酪蛋白和乳清的量；维生素、矿物质的量、乳产量/体积；甲烷排放或粪肥的减少；氮利用率的提高；干物质摄入量的增加；饲料效率和消化率的提高；纤维素、木质素和半纤维素的降解的增加；脂肪酸如乙酸、丙酸和丁酸的瘤胃浓度的增加；等等。性状可以以显性或隐性方式遗传，或以部分或不完全显性方式遗传。性状可以是单基因的(即由单个基因座确定)或多基因的(即由多于一个基因座确定)或也可以由一个或多个基因与环境的相互作用产生。在本公开的上下文中，性状还可以由一个或多个哺乳动物基因与一个或多个微生物基因的相互作用产生。如本文所用，术语“纯合的”是指当两个相同的等位基因位于特定基因座，但是它们分别位于二倍体生物体细胞中相应的同源染色体对上时所存在的遗传条件。相反，如本文所用，术语“杂合的”是指当两个不同的等位基因位于特定基因座，但是它们分别位于二倍体生物体细胞中相应的同源染色体对上时所存在的遗传条件。如本文所用，术语“表型”是指个体细胞、细胞培养物、生物体(例如反刍动物)或生物体组群的可观察特征，这得自该个体的基因组成(即，基因型)与环境之间的相互作用。如本文所用，当描述核酸序列或蛋白质序列时，术语“嵌合”或“重组”是指将至少两个异源多核苷酸或两个异源多肽连接成单个大分子，或重新排列至少一个天然核酸或蛋白质序列的一个或多个元件的核酸或蛋白质序列。例如，术语“重组”可以指例如通过化学合成或通过基因工程技术操作分离的核酸区段实现的两个以其他方式分开的序列区段的人工组合。如本文所用，“合成核苷酸序列”或“合成多核苷酸序列”是尚未得知在自然界中存在或非天然存在的核苷酸序列。通常，与任何其他天然存在的核苷酸序列相比，这种合成的核苷酸序列将包含至少一个核苷酸差异。如本文所用，术语“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合形式(核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸)或其类似物。此术语是指分子的一级结构，因此包括双链和单链dna，以及双链和单链rna。它还包括修饰的核酸，如甲基化和/或加帽的核酸，含有修饰的碱基、骨架修饰的核酸等。术语“核酸”和“核苷酸序列”可互换使用。如本文所用，术语“基因”是指与生物学功能相关的任何dna片段。因此，基因包括但不限于编码序列和/或其表达所需的调控序列。基因还可以包括例如形成其他蛋白质的识别序列的非表达的dna区段。基因可以从多种来源获得，包括从目标来源克隆或从已知或预测的序列信息合成，并且可包括设计成具有所需参数的序列。如本文所用，术语“同源的”或“同源物”或“直向同源物”是本领域已知的，并且是指共有共同祖先或家族成员并且基于序列同一性程度确定的相关序列。术语“同源性”、“同源的”、“基本相似的”和“基本上对应的”在本文中可互换使用。它们是指核酸片段，其中一个或多个核苷酸碱基的变化不影响核酸片段介导基因表达或产生某种表型的能力。这些术语还指本公开的核酸片段的修饰，如相对于初始的未修饰片段基本上不改变所得核酸片段的功能特性的一个或多个核苷酸的缺失或插入。因此，如本领域技术人员将理解的，本公开涵盖的不仅仅是具体的示例性序列。这些术语描述了在一个物种、亚种、品种、栽培品种或株系中发现的基因与另一物种、亚种、品种、栽培品种或株系中的对应或等同基因之间的关系。出于本公开的目的比较同源序列。据信或已知“同源序列”或“同源物”或“直向同源物”在功能上是相关的。功能关系可以多种方式中的任一种来指示，包括但不限于：(a)序列同一性的程度和/或(b)相同或相似的生物学功能。优选地，指示(a)和(b)两者。可以使用本领域容易获得的软件程序确定同源性，例如在currentprotocolsinmolecularbiology(f.m.ausubel等人，编,1987)增刊30,第7.718节,表7.71中论述的那些。一些比对程序是macvector(oxfordmolecularltd,oxford,u.k.)、alignplus(scientificandeducationalsoftware,pennsylvania)和alignx(vectornti,invitrogen,carlsbad,ca)。另一种比对程序是使用默认参数的sequencher(genecodes,annarbor,michigan)。如本文所用，术语“核苷酸变化”是指例如如本领域所熟知的核苷酸取代、缺失和/或插入。例如，突变包含产生沉默取代、添加或缺失，但不改变编码蛋白质的特性或活性或蛋白质产生方式的改变。如本文所用，术语“蛋白质修饰”是指例如如本领域所熟知的氨基酸取代、氨基酸修饰、缺失和/或插入。如本文所用，术语核酸或多肽的“至少一部分”或“片段”是指具有这些序列的最小尺寸特征的部分，或全长分子的任何较大片段，直至包括全长分子。本公开的多核苷酸的片段可以编码遗传调控元件的生物活性部分。遗传调控元件的生物学活性部分可通过以下方式来制备：分离包含遗传调控元件的本公开的一种多核苷酸的一部分并评估本文所述的活性。类似地，多肽的一部分可以是4个氨基酸、5个氨基酸、6个氨基酸、7个氨基酸等，直至全长多肽。要使用的部分的长度取决于具体的应用。可用作杂交探针的核酸的一部分可以短至12个核苷酸；在一些实施方案中，它是20个核苷酸。可用作表位的多肽的一部分可短至4个氨基酸。执行全长多肽功能的多肽的一部分将通常长于4个氨基酸。变体多核苷酸还包括衍生自诱变和重组方法(如dna改组)的序列。这种dna改组的策略在本领域中是已知的。参见，例如，stemmer(1994)pnas91:10747-10751；stemmer(1994)nature370:389-391；crameri等人(1997)naturebiotech.15:436-438；moore等人(1997)j.mol.biol.272:336-347；zhang等人(1997)pnas94:4504-4509；crameri等人(1998)nature391:288-291；和美国专利no.5,605,793和5,837,458。对于本文公开的多核苷酸的pcr扩增，可以设计寡核苷酸引物用于pcr反应，以从提取自任何目标生物体的cdna或基因组dna扩增对应的dna序列。设计pcr引物和pcr克隆的方法通常是本领域已知的，并在sambrook等人(1989)molecularcloning:alaboratorymanual(第二版,coldspringharborlaboratorypress,plainview,newyork)中公开。另外参见innis等人，编辑(1990)pcrprotocols:aguidetomethodsandapplications(academicpress,newyork)；innis和gelfand，编辑(1995)pcrstrategies(academicpress,newyork)；以及innis和gelfand，编辑(1999)pcrmethodsmanual(academicpress,newyork)。已知的pcr方法包括但不限于：使用配对引物、巢式引物、单一特异性引物、简并引物、基因特异性引物、载体特异性引物、部分错配的引物的方法等。如本文所用，术语“引物”是指这样的寡核苷酸：其能够退火至扩增靶标，允许dna聚合酶附着，从而在置于诱导引物延伸产物合成的条件下，即在核苷酸和聚合剂如dna聚合酶存在以及合适的温度和ph下时，充当dna合成的起始点。(扩增)引物优选是单链的，以获得最大的扩增效率。优选地，引物是寡脱氧核糖核苷酸。引物必须足够长以在聚合剂存在时引发延伸产物的合成。引物的确切长度取决于许多因素，包括引物的温度和组成(a/t对比g/c含量)。一对双向引物由一个正向引物和一个反向引物组成，如在dna扩增领域如在pcr扩增中常用的那样。术语“严格性”或“严格杂交条件”是指影响杂种稳定性的杂交条件，例如温度、盐浓度、ph、甲酰胺浓度等。根据经验优化这些条件以使特异性结合最大化并使引物或探针与其靶核酸序列的非特异性结合最小化。所用术语包括指代探针或引物与其靶序列杂交的程度可检测地高于与其他序列杂交的程度(例如，至少比背景高2倍)的条件。严格条件是序列相关的，并且在不同情况下会有所不同。较长的序列在较高温度下特异性杂交。通常，严格条件选择为在限定离子强度和ph下比特定序列的热解链点(tm)低约5℃。tm是50％的互补靶序列与完全匹配的探针或引物杂交的温度(在限定的离子强度和ph下)。通常，严格条件是在ph7.0至8.3以及温度为至少约30℃(短探针或引物，例如10至50个核苷酸)和至少约60℃(长探针或引物，例如大于50个核苷酸)下，盐浓度小于约1.0mna+离子，通常为约0.01至1.0mna+离子浓度(或其他盐)。加入去稳定剂如甲酰胺也可以达到严格条件。示例性的低严格条件或“减低的严格条件”包括在37℃下用具有30％甲酰胺、1mnacl、1％sds的缓冲溶液杂交并在40℃下在2×ssc中洗涤。示例性的高严格条件包括在37℃下在50％甲酰胺、1mnacl、1％sds中杂交，并在60℃下在0.1×ssc中洗涤。杂交方法在本领域是熟知的并且由例如ausubel等人，1998和sambrooket等人，2001进行了描述。在一些实施方案中，严格条件是在含有1mmna2edta、0.5-20％(如0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％)十二烷基硫酸钠的0.25mna2hpo4缓冲液(ph7.2)中于45℃下杂交，然后在含有0.1％(w/v)十二烷基硫酸钠的5×ssc中于55℃至65℃下洗涤。如本文所用，“启动子”是指能够控制编码序列或功能性rna的表达的dna序列。启动子序列由近端和更远端的上游元件组成，后者元件通常称为增强子。因此，“增强子”是可以刺激启动子活性的dna序列，并且可以是启动子的先天元件或经插入以增强启动子的水平或组织特异性的异源元件。启动子可以整体衍生自天然基因，或由衍生自天然存在的不同启动子的不同元件组成，或甚至包含合成的dna片段。本领域技术人员应理解，不同的启动子可以指导基因在不同组织或细胞类型中，或在不同的发育阶段，或响应于不同的环境条件的表达。进一步认识到，由于在大多数情况下调控序列的确切边界尚未完全确定，因此某些变异的dna片段可具有相同的启动子活性。如本文所用，“组成型启动子”是在大多数条件下和/或在大部分发育阶段期间具有活性的启动子。在用于生物技术的表达载体中使用组成型启动子有几个优点，例如：用于选择转基因细胞或生物体的蛋白质的高产生水平；报告蛋白或可计数标志物的高表达水平，使得能够便易地检测和定量；为调控转录系统的一部分的转录因子的高产生水平；需要在生物体中普遍存在的活性的化合物的产生；以及在所有发育阶段所需的化合物的产生。非限制性示例性组成型启动子包括camv35s启动子、冠瘿碱启动子、遍在蛋白启动子、醇脱氢酶启动子等。如本文所用，“非组成型启动子”是在某些条件下，在某些细胞类型中和/或在某些发育阶段期间具有活性的启动子。例如，组织特异性启动子、组织优选型启动子、细胞类型特异性启动子、细胞类型优选型启动子、诱导型启动子以及受发育控制的启动子是非组成型启动子。受发育控制的启动子的实例包括优先在某些组织中启动转录的启动子。如本文所用，“诱导型”或“阻抑型”启动子是受化学或环境因素控制的启动子。可影响诱导型启动子转录的环境条件的实例包括厌氧条件、某些化学物质、光的存在、酸性或碱性条件等。如本文所用，“组织特异性”启动子是仅在某些组织中启动转录的启动子。与基因的组成型表达不同，组织特异性表达是几种相互作用的基因调控水平的结果。因此，在本领域中有时优选使用来自同源物种或紧密相关物种的启动子以在特定组织中实现有效和可靠的转基因表达。这是在科学文献和专利文献中发现的从特定组织中分离出大量组织特异性启动子的主要原因之一。如本文所用，术语“可操作地连接”是指单个核酸片段上核酸序列的缔合，使得一个核酸序列的功能由另一个核酸序列调控。例如，当启动子能够调控编码序列的表达(即，编码序列处于启动子的转录控制下)时，启动子与编码序列可操作地连接。编码序列可以有义方向或反义方向与调控序列可操作地连接。在另一个实例中，本公开的互补rna区域可以在5'端或3'端直接或间接地与靶mrna可操作地连接，或在靶mrna内可操作地连接，或者第一互补区域在5'端与靶mrna可操作地连接，它的补体在3'端与靶mrna可操作地连接。如本文所用，短语“重组构建体”、“表达构建体”、“嵌合构建体”、“构建体”和“重组dna构建体”在本文中可互换使用。重组构建体包含核酸片段，例如在自然界中不共同存在的调控序列和编码序列的人工组合。例如，嵌合构建体可包含衍生自不同来源的调控序列和编码序列，或衍生自相同来源但以不同于天然存在的方式排列的调控序列和编码序列。这种构建体可以单独使用，或者可以与载体一起使用。如果使用载体，那么载体的选择取决于将用于转化宿主细胞的方法，如本领域技术人员所熟知的。例如，可以使用质粒载体。技术人员完全了解载体上必须存在遗传元件，以便成功转化、选择和繁殖包含本公开的任何分离的核酸片段的宿主细胞。技术人员还将认识到，不同的独立转化事件将导致不同的表达水平和模式(jones等人，(1985)emboj.4:2411-2418；dealmeida等人，(1989)mol.gen.genetics218:78-86)，因此必须筛选多个事件以获得显示所需表达水平和模式的线。这种筛选可以通过dna的dna印迹分析、mrna表达的rna印迹分析、蛋白质表达的免疫印迹分析或表型分析等来完成。载体可以是自主复制或可整合到宿主细胞的染色体中的质粒、病毒、噬菌体、前病毒、噬菌粒、转座子、人工染色体等。载体也可以是非自主复制的裸rna多核苷酸、裸dna多核苷酸、由同一链内的dna和rna两者组成的多核苷酸、聚赖氨酸缀合的dna或rna、肽缀合的dna或rna、脂质体缀合的dna等。如本文所用，术语“表达”是指功能性终产物，例如(前体或成熟的)mrna或蛋白质的产生。在一些实施方案中，细胞或生物体具有至少一种异源性状。如本文所用，术语“异源性状”是指通过外源dna区段、异源多核苷酸或异源核酸赋予转化的宿主细胞或转基因生物体的表型。表型的各种变化是本公开所关注的，包括但不限于修改乳中的脂肪酸组成、改变乳中的碳水化合物含量、增加有蹄类动物的经济上重要的性状(例如，乳、乳脂、乳蛋白等)等等。这些结果可以通过使用本公开的方法和组合物实现生物体中异源产物的表达或增加内源性产物的表达来获得。如本文所用，术语“mic”表示最大信息系数。mic是一种非参数网络分析，其识别本公开的活性微生物菌株与至少一种测得元数据(例如，乳脂)之间的分数(mic分数)。此外，于2016年7月22日提交的美国申请no.15/217,575(于2017年1月10日作为美国专利no.9,540,676发布)以引用的方式整体并入本文中。然后在菌株和元数据之间(3021a)以及菌株之间(3021b)计算最大信息系数(mic)；如图17所示。汇总结果以创建所有关系及其相应的mic分数的列表(3022)。如果关系得分低于给定阈值(3023)，则该关系被视为/识别为不相关(3023b)。如果该关系高于给定阈值(3023)，则该关系被视为/识别为相关的(3023a)，并且进一步进行网络分析(3024)。以下代码片段示出了根据一个实施方案的这种分析的示例性方法：基于网络分析输出，选择活性菌株(3025)用于制备含有所选菌株的产物(例如，集群、聚集体和/或其他合成组群)。网络分析输出还可用于告知菌株选择以进行进一步的产物组成测试。以上讨论了阈值的使用以便进行分析和确定。取决于实现和应用，阈值可以：(1)凭经验确定(例如，基于分布级别，在删除指定部分或大部分低级读数的数字处设置截止值)；(2)是任何非零值；(3)基于百分比/百分位数；(4)仅限标准化第二标志物(即活性)读数大于标准化第一标志物(细胞计数)读数的菌株；(5)活性和数量或细胞计数之间log2倍变化；(6)标准化第二标志物(活性)读数大于整个样品(和/或样品组)的平均第二标志物(活性)读数；和/或任何上述量级阈值，以及统计阈值(即，显著性测试)。以下实例提供了根据一个实施方案的基于rna的第二标志物测量值相对于基于dna的第一标志物测量值的分布的阈值细节。如本文所用，“贮存稳定性”是指根据本公开配制的微生物所获得的功能属性和新效用，其使得所述微生物能够在瘤胃的天然环境之外以有用/活性的状态存在(即显著不同的特征)。因此，贮存稳定性是由本公开的制剂/组合物产生的功能属性，并且表明配制成贮存稳定的组合物的微生物可以在瘤胃外和环境条件下存在一段时间(时间取决于所利用的具体制剂)，但通常是指配制的微生物所在的组合物可在环境条件下稳定至少几天且通常为至少一周。因此，“贮存稳定的反刍动物补充剂”是包含本公开的一种或多种微生物的组合物，所述微生物被配制在组合物中，使得所述组合物在环境条件下稳定至少一周，这意味着组合物中包含的微生物(例如全细胞、孢子或裂解细胞)在施用时能够赋予反刍动物一种或多种有益的表型特性(例如增加的乳产量、改善的乳组分特征、改善的瘤胃健康和/或瘤胃微生物组的调节)。分离的微生物在一些方面，本公开提供了表1和表3中呈现的分离的微生物，包括微生物的新菌株。在其他方面，本公开提供了表1和表3中鉴定的微生物的分离的全微生物培养物。这些微生物可包含各种浓度的微生物。在一些方面，本公开提供了利用选自表1和表3的一种或多种微生物来增加反刍动物中的目标表型性状。在一些实施方案方案中，本公开提供了在分类学上属于以下科的分离的微生物物种：梭菌科(clostridiaceae)、瘤胃菌科、毛螺菌科、氨基酸球菌科(acidaminococcaceae)、消化球菌科(peptococcaceae)、紫单胞菌科(porphyromonadaceae)、普雷沃氏菌科、新美鞭菌科(neocallimastigaceae)、酵母科(saccharomycetaceae)、暗球腔菌科(phaeosphaeriaceae)、丹毒丝菌纲(erysipelotrichia)、厌氧绳菌科(anaerolinaeceae)、奇异菌科(atopobiaceae)、葡萄座腔菌科(botryosphaeriaceae)、真杆菌科、无胆甾原体科(acholeplasmataceae)、琥珀酸弧菌科(succinivibrionaceae)、乳杆菌科(lactobacillaceae)、月形单胞菌科(selenomonadaceae)、伯克氏菌科(burkholderiaceae)和链球菌科(streptococcaceae)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自梭菌科的属，包括厌氧醋菌属、醋弧菌属、氨基酸杆菌属、嗜碱菌属、厌氧杆菌属(anaerobacter)、厌氧棒杆菌属(anaerostipes)、厌氧棍状菌属、无氧碱菌属(anoxynatronum)、布兰特氏菌属(bryantella)、丁酸梭菌属、caldanaerocella、喜热菌属(caloramator)、灼厌氧杆菌属(caloranaerobacter)、caminicella、分节丝状菌(candidatusarthromitus)、梭菌属、粪芽孢杆菌属(coprobacillus)、多尔氏菌属(dorea)、产乙醇杆菌属(ethanologenbacterium)、渣小杆菌属、garciella、古根海姆氏菌属(guggenheimella)、赫斯佩尔氏菌属(hespellia)、linmingia、natronincola、产醋杆菌属(oxobacter)、副孢杆菌属、八叠球菌属(sarcina)、soehngenia、孢杆菌属、罕见小球菌属(subdoligranulum)、暖杆菌属(tepidibacter)、暖微菌属(tepidimicrobium)、栖热分枝菌属(thermobrachium)、热卤杆菌属(thermohalobacter)和丁达尔氏菌属(tindallia)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自瘤胃菌科的属，包括瘤胃球菌属、醋弧菌属、孢杆菌属、anaerofilium、乳头杆菌属、颤螺旋菌属(oscillospira)、吉米菌属(gemmiger)、渣小杆菌属、fastidiosipila、厌氧棍状菌属、产乙醇杆菌属(ethanolingenens)、厌氧醋菌属、罕见小球菌属、产氢厌氧菌属和candidadussoleaferrea。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自毛螺菌科的属，包括丁酸弧菌属、罗氏菌属、毛螺菌属(lachnospira)、聚乙酸菌属、粪球菌属、约翰森菌属(johnsonella)、卡托纳菌属、假丁酸弧菌属、互营球菌属、孢杆菌属、副孢杆菌属、毛螺杆菌属、shuttleworthia、多尔氏菌属、厌氧棒杆菌属、hespellia、marvinbryantia、口小杆菌属(oribacterium)、摩里氏菌属(moryella)、布劳特氏菌属、robinsoniella、解纤维素菌属、毛形厌氧杆菌属(lachnoanaerobaculum)、口腔杆菌属(stomatobaculum)、纺锤链杆菌属(fusicatenibacter)、产醋菌属(acetatifactor)和eisenbergiella。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自氨基酸球菌科的属，包括氨基酸球菌属、考拉杆菌属(phascolarctobacterium)、解琥珀酸菌属和琥珀酸螺菌属(succinispira)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自消化球菌科的属，包括脱硫肠状菌属、消化球菌属(peptococcus)、脱亚硫酸盐小杆菌属(desulfitobacterium)、互营香肠样杆菌属(syntrophobotulus)、脱卤杆菌属(dehalobacter)、香肠状芽孢菌属、脱硫化孢弯菌属(desulfosporosinus)、脱磺化孢菌属(desulfonispora)、pelotomaculum、thermincola、隐厌氧杆属、脱亚硫酸盐杆菌属(desulfitibacter)、金矿菌属(candidatusdesulforudis)、脱硫孢菌属(desulfurispora)和脱亚硫酸盐孢菌属(desulfitospora)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自紫单胞菌科的属，包括卟啉单胞菌属(porphyromonas)、营发酵单胞菌属(dysgonomonas)、坦纳菌属、气味杆菌属(odoribacter)、嗜蛋白质菌属、佩特里单胞菌属(petrimonas)、沼小杆菌属、副拟杆菌属、barnesiella、candidatusvestibaculum、丁酸单胞菌属、屠场杆状菌属(macellibacteroides)和烫粪杆菌属(coprobacter)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自厌氧绳菌科的属，包括厌氧绳菌属、bellilinea、纤绳菌属(leptolinea)、levilinea、长绳菌属(longilinea)、ornatilinea和pelolinea。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自奇异菌科的属，包括奇异菌属(atopbiumhe)和欧陆森氏菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自真杆菌科的属，包括醋酸杆菌属(acetobacterium)、碱杆菌属(alkalibacter)、嗜碱菌属(alkalibaculum)、aminicella、厌氧棒形菌属、真杆菌属、garciella和假枝杆菌属(pseudoramibacter)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自无胆甾原体科的属，包括无胆甾原体属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自琥珀酸弧菌科的属，包括厌氧螺菌属(anaerobiospirillum)、瘤胃杆菌属、succinatimonas、琥珀酸单胞菌属(succinimonas)和琥珀酸弧菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自乳杆菌科的属，包括乳杆菌属、副乳杆菌属(paralactobacillus)、足球菌属(pediococcus)和夏普氏菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自月形单胞菌科的属，包括厌氧弧菌属、蜈蚣菌属(centipeda)、巨单胞菌属(megamonas)、光冈菌属(mitsuokella)、梳状菌属(pectinatus)、丙酸螺菌属(propionispira)、施氏菌属、月形单胞菌属和嗜发酵菌属(zymophilus)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自伯克氏菌科的属，包括伯克氏菌属(burkholderia)、几丁质单胞菌属(chitinimonas)、贪铜菌属(cupriavidus)、口动菌属(lautropia)、池杆菌属(limnobacter)、潘多拉菌属(pandoraea)、副伯克氏菌属(paraburkholderia)、paucimonas、多核杆菌属(polynucleobacter)、罗尔斯通氏菌属、高温毛发菌属(thermothrix)和沃特氏菌属(wautersia)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自链球菌科的属，包括乳球菌属、乳卵形菌属(lactovum)和链球菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自厌氧绳菌科的属，包括河口微菌属(aestuariimicrobium)、蛛网菌属(arachnia)、小月属(auraticoccus)、布克劳氏菌属(brooklawnia)、弗莱德门氏菌属(friedmanniella)、颗粒球菌属(granulicoccus)、黄球菌属(luteococcus)、mariniluteicoccus、小月菌属(microlunatus)、微白霜菌属(micropruina)、naumannella、丙酸杆菌属(propionibacterium)、产丙酸细胞菌属(propionicicella)、propioniciclava、产丙酸菌属(propioniferax)、产丙酸微菌属(propionimicrobium)和四圆形菌属(tessaracoccus)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自普雷沃氏菌科的属，包括副普雷沃氏菌属、普雷沃氏菌属、霍氏菌属(hallella)、木聚糖杆菌属(xylanibacter)和拟普雷沃菌属(alloprevotella)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自新美鞭菌科的属，包括厌氧鞭菌属(anaeromyces)、盲肠鞭菌属、枝梗鞭菌属、新美鞭菌属、根囊鞭菌属和梨囊鞭菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自酵母科的属，包括：酒香酵母属(brettanomyces)、假丝酵母属(candida)、固囊酵母属(citeromyces)、兔粪酵母属(cyniclomyces)、德巴利氏酵母属(debaryomyces)、伊萨酵母属(issatchenkia)、哈萨克斯坦酵母属(kazachstania)(同义词：双极酵母(arxiozyma))、克鲁维酵母属(kluyveromyces)、法夫驹形氏酵母(komagataella)、kuraishia、lachancea、娄德酵母属(lodderomyces)、nakaseomyces、管囊酵母属(pachysolen)、毕赤酵母属(pichia)、酵母属(saccharomyces)、刀孢酵母属(spathaspora)、tetrapisispora、范氏酵母属(vanderwaltozyma)、有孢圆酵母属(torulaspora)、拟威尔酵母(williopsis)、接合酵母属(zygosaccharomyces)和接合有孢圆酵母属(zygotorulaspora)。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自丹毒丝菌科的属，包括丹毒丝菌属、细小杆菌属、苏黎世杆菌属、栖粪杆菌属(faecalibaculum)、栖粪球菌属(faecalicoccus)、faecalitalea、小霍尔德曼氏菌属(holdemanella)、霍尔德曼氏菌属(holdemania)、dielma、埃格特菌属(eggerthia)、分枝丹毒梭菌(erysipelatoclostridium)、异杆菌属(allobacterium)、breznakia、布雷德菌属、沃氏菌属、catenisphaera和粪芽孢杆菌属。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自暗球腔菌科的属，包括barria、bricookea、carinispora、chaetoplea、锈生壳属(eudarluca)、hadrospora、isthmosporella、katumotoa、lautitia、metameris、mixtura、新暗球腔菌属(neophaeosphaeria)、nodulosphaeria、盘蛇孢属(ophiosphaerella)、暗球腔菌属(phaeosphaeris)、拟暗球腔菌属(phaeosphaeriopsis)、长蠕孢属(setomelanomma)、壳多孢菌属(stagonospora)、畸腔菌属(teratosphaeria)和wilmia。在另外的实施方案中，分离的微生物物种可选自葡萄座腔菌科的属，包括amarenomyces、大单孢属(aplosporella)、奥斯瓦腔菌属(auerswaldiella)、葡萄座腔菌属(botryosphaeria)、腔壳砖隔孢属(dichomera)、色二孢属(diplodia)、盘壳菌属(discochora)、色孢座腔菌属(dothidothia)、小穴壳菌属(dothiorella)、壳梭孢属(fusicoccum)、颗粒色二孢属(granulodiplodia)、球座菌属(guignardia)、可可毛色二孢属(lasiodiplodia)、leptodothiorella、leptodothiorella、leptoguignardia、大茎点菌属(macrophoma)、壳球孢属(macrophomina)、那特斯拉菌属(nattrassia)、neodeightonia、新壳梭孢属(neofusicocum)、新暗色柱节抱属(neoscytalidium)、otthia、phaeobotryosphaeria、phomatosphaeropsis、叶点霉属(phyllosticta)、假壳梭孢属(pseudofusicoccum)、saccharata、席佛腔菌属(sivanesania)和thyrostroma。在一些实施方案中，本公开提供属于以下属的分离的微生物物种：梭菌属、瘤胃球菌属、罗氏菌属、产氢厌氧菌属、saccharofermentans、乳头杆菌属、pelotomaculum、丁酸梭菌属、坦纳菌属、普雷沃氏菌属、丁酸单胞菌属、梨囊鞭菌属、假丝酵母属、vrystaatia、根囊鞭菌属、新美鞭菌属和叶点霉属。在一些实施方案中，本公开提供属于毛螺菌科和酵母目的分离的微生物物种。在一些实施方案中，本公开提供为木糖假丝酵母、vrystaatiaaloeicola和首都叶点霉的分离的微生物物种。在一些实施方案中，来自本文公开的类群的微生物被用来赋予反刍动物乳一种或多种有益特性或改善的性状。在一些实施方案中，本公开提供选自由以下属组成的组的分离的微生物物种：梭菌属、瘤胃球菌属、罗氏菌属、产氢厌氧菌属、saccharofermentans、乳头杆菌属、pelotomaculum、丁酸梭菌属、坦纳菌属、普雷沃氏菌属、丁酸单胞菌属、梨囊鞭菌属、毕赤酵母属、假丝酵母属、vrystaatia、根囊鞭菌属、新美鞭菌属和叶点霉属。在一些实施方案中，本公开提供选自由以下属组成的组的物种的新的分离的微生物菌株：梭菌属、瘤胃球菌属、罗氏菌属、产氢厌氧菌属、saccharofermentans、乳头杆菌属、pelotomaculum、丁酸梭菌属、坦纳菌属、普雷沃氏菌属、丁酸单胞菌属、梨囊鞭菌属、毕赤酵母属、假丝酵母属、vrystaatia、根囊鞭菌属、新美鞭菌属和叶点霉属。上述这些分类学组群的特定新菌株可以在表1和/或表3中找到。此外，本公开涉及与表1或表3中鉴定的微生物具有基本相似的特征的微生物。在本公开中鉴定的分离的微生物物种和所述物种的新菌株能够赋予反刍动物乳生产有益的特性或性状。例如，表1和表3中描述的分离的微生物或所述微生物的聚生体能够增加反刍动物乳中的乳脂总量。例如，通过测量所述微生物施加对调节乳脂总量的影响，可以定量测量所述增加。在一些实施方案中，分离的微生物菌株是已经过遗传修饰的本公开的微生物。在一些实施方案中，遗传修饰的或重组的微生物包含在所述微生物中非天然存在的多核苷酸序列。在一些实施方案中，微生物可包含异源多核苷酸。在另外的实施方案中，异源多核苷酸可以与微生物中一种或多种天然的多核苷酸可操作地连接。在一些实施方案中，异源多核苷酸可以是报告基因或选择标志物。在一些实施方案中，报告基因可以选自荧光蛋白家族(例如，gfp、rfp、yfp等)、β-半乳糖苷酶、荧光素酶中的任一种。在一些实施方案中，选择标志物可选自新霉素磷酸转移酶、潮霉素磷酸转移酶、氨基糖苷腺苷酰转移酶、二氢叶酸还原酶(dihydrofolatereductase)、乙酰乳酸酶合酶、溴苯腈腈水解酶、β-葡糖醛酸糖苷酶、二氢叶酸还原酶(dihydrogolatereductase)和氯霉素乙酰转移酶。在一些实施方案中，异源多核苷酸可以与一个或多个启动子可操作地连接。表4：尚未得知在畜牧业中使用过的本公开的类群(大属)。肠单胞球菌属(intestinimonas)厌氧绳菌属假丁酸弧菌属欧陆森氏菌属真杆菌属catenisphaera渣小杆菌属细小杆菌属布劳特氏菌属罗尔斯通氏菌属粪球菌属casaltella厌氧支原体属无胆甾原体属嗜氨酸菌属(aminiphilus)光冈菌属另枝菌属夏普氏菌属震颤杆菌属新美鞭菌属气味杆菌属毕赤酵母属坦纳菌属假丝酵母属产氢厌氧菌属根囊鞭菌属琥珀酸弧菌属sugiyamaella瘤胃杆菌属枝梗鞭菌属毛螺旋菌属盲肠鞭菌属sinimarinibacterium银耳属(tremella)产氢厌氧菌属苏黎世杆菌属梭菌属xlva厌氧绳菌属saccharofermentans梨囊鞭菌属丁酸梭菌属欧陆森氏菌属乳头杆菌属梭菌属xicapelotomaculum丹毒丝菌科属未定毛螺菌科细小杆菌属厌氧支原体属罗尔斯通氏菌属梭菌属真杆菌属理研菌属毛螺杆菌属坦纳菌属无胆甾原体属howardella月形单胞菌属丁酸单胞菌属夏普氏菌属琥珀酸弧菌属叶点霉属瘤胃杆菌属木糖假丝酵母互营球菌属蜂生假丝酵母假丁酸弧菌属酵母目子囊菌门皱落假丝酵母微生物聚生体在一些方面，本公开提供了包含选自表1和/或表3中鉴定的微生物中的至少任何两种微生物的组合的微生物聚生体。在某些实施方案中，本公开的聚生体包含两种微生物、或三种微生物、或四种微生物、或五种微生物、或六种微生物、或七种微生物、或八种微生物、或九种微生物、或十种或更多种微生物。所述聚生体的微生物是不同的微生物物种，或微生物物种的不同菌株。在一些实施方案中，本公开提供了聚生体，所述聚生体包含属于以下属的至少两种分离的微生物物种：梭菌属、瘤胃球菌属、罗氏菌属、产氢厌氧菌属、saccharofermentans、乳头杆菌属、pelotomaculum、丁酸梭菌属、坦纳菌属、普雷沃氏菌属、丁酸单胞菌属、梨囊鞭菌属、毕赤酵母属、假丝酵母属、vrystaatia、根囊鞭菌属、新美鞭菌属和叶点霉属。上述这些属的物种的特定新菌株可以在表1和/或表3中找到。在一些实施方案中，本公开提供了包含至少两种分离的微生物物种的聚生体，所述微生物物种选自由毛螺菌科和酵母目的物种组成的组。在具体方面，本公开提供了包含在表5-11中分组的物种的微生物聚生体。关于表5-11，字母a至i表示本公开的微生物的非限制性选择，定义如下：a＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_7；b＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_3138；c＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_82；d＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_119；e＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_1801；f＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_23；g＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_24；h＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_45；并且i＝表1中鉴定的菌株标号ascusb_15。表5：八菌株聚生体和九菌株聚生体表6：七菌株聚生体表7：六菌株聚生体表8：五菌株聚生体表9：四菌株聚生体表10：三菌株聚生体表11：二菌株聚生体在一些实施方案中，微生物聚生体可以选自表5-11中的任何成员组。分离的微生物-源材料本公开的微生物是从美国的各个地方以及其他地方自母牛的胃肠道中获得的。分离的微生物-微生物培养技术通过利用针对16srrna序列的核糖体数据库项目(rdp)和针对itsrrna序列的用户友好的北欧its外生菌根(user-friendlynordicitsectomycorrhiza，unite)数据库的分类工具，将表1和表3的微生物与其最近的分类学组群进行匹配。将微生物与其最近的分类学类群匹配的实例可以在lan等人(2012.plosone.7(3):e32491),schloss和westcott(2011.appl.environ.microbiol.77(10):3219-3226)和koljalg等人(2005.newphytologist.166(3):1063-1068)中找到。可以使用标准微生物学技术实现本公开的微生物的分离、鉴定和培养。此类技术的实例可以在gerhardt,p.(编辑)methodsforgeneralandmolecularmicrobiology.americansocietyformicrobiology,washington,d.c.(1994)和lennette,e.h.(编辑)manualofclinicalmicrobiology,第三版.americansocietyformicrobiology,washington,d.c.(1980)中找到，所述文献各自的内容以引用的方式并入本文中。分离可以通过以下方式实现：将样品划线在固体培养基(例如，营养琼脂板)上以获得单个菌落，并降低使用已被污染的培养物的可能性，所述单个菌落的特征在于上文描述的表型性状(例如，革兰氏阳性/阴性、能够在有氧/厌氧条件下形成孢子、细胞形态、碳源代谢、酸/碱产生、酶分泌、代谢分泌等)。例如，对于本公开的微生物，可以通过重复传代培养生物样品来获得生物学纯的分离物，每次传代培养后将生物样品划线在固体培养基上以获得个体菌落或菌落形成单位。制备、解冻和生长冻干细菌的方法是众所周知的，例如gherna,r.l.和c.a.reddy.2007.culturepreservation,第1019-1033页.c.a.reddy,t.j.beveridge,j.a.breznak,g.a.marzluf,t.m.schmidt,和l.r.snyder,编辑americansocietyformicrobiology,washington,d.c.,第1033页；在此以引用的方式并入。因此，预期使用于-70℃下长期储存在含有甘油的溶液中的冷冻干燥的液体制剂和培养物以便提供本公开的制剂。本公开的微生物可以在有氧条件下或者在厌氧条件下在液体培养基中繁殖。用于培育本公开的细菌菌株的培养基包括碳源、氮源和无机盐，以及特别需要的物质如维生素、氨基酸、核酸等。可用于培育微生物的合适碳源的实例包括但不限于淀粉、蛋白胨、酵母提取物、氨基酸、糖如葡萄糖、阿拉伯糖、甘露糖、葡萄糖胺、麦芽糖等；有机酸如乙酸、富马酸、己二酸、丙酸、柠檬酸、葡萄糖酸、苹果酸、丙酮酸、丙二酸等的盐；醇类，如乙醇和甘油等；油或脂肪，如豆油、米糠油、橄榄油、玉米油、芝麻油。添加的碳源的量根据碳源的种类而变化，通常为1至100克/升培养基。优选地，培养基中包含葡萄糖、淀粉和/或蛋白胨作为主要碳源，浓度为0.1-5％(w/v)。可用于培育本公开的细菌菌株的合适氮源的实例包括但不限于氨基酸、酵母提取物、胰蛋白胨、牛肉提取物、蛋白胨、硝酸钾、硝酸铵、氯化铵、硫酸铵、磷酸铵、氨或它们的组合。氮源的量根据氮源的类型而变化，通常为0.1至30克每升培养基之间。无机盐、磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、磷酸氢二钠、硫酸镁、氯化镁、硫酸铁、硫酸亚铁、氯化铁、氯化亚铁、硫酸锰、氯化锰、硫酸锌、氯化锌、硫酸铜、氯化钙、氯化钠、碳酸钙、碳酸钠可以单独使用或组合使用。无机酸的量根据无机盐的种类而变化，通常为0.001至10克/升培养基。特别需要的物质的实例包括但不限于维生素、核酸、酵母提取物、蛋白胨、肉提取物、麦芽提取物、干酵母以及它们的组合。在一定温度下培养会受到影响，这使得微生物菌株的生长基本上在20℃与46℃之间。在一些方面，温度范围是30℃-39℃。为了最佳生长，在一些实施方案中，可以将培养基调整至ph6.0-7.4。应当理解，市售培养基也可用于培养微生物菌株，如购自difco,detroit,mi的营养肉汤(nutrientbroth)或营养琼脂(nutrientagar)。应当理解，培养时间可依据所用培养基的类型和作为主要碳源的糖浓度而不同。在一些方面，培养持续24-96小时之间。使用本领域熟知的方法分离由此获得的微生物细胞。实例包括但不限于膜过滤和离心分离。可使用氢氧化钠等来调整ph，并且可使用冷冻干燥器来干燥培养物，直到水含量等于或小于4％。可通过繁殖如上文所述的每种菌株来获得微生物共培养物。在一些方面，可通过繁殖如上文所述的两种或更多种菌株来获得微生物多菌株培养物。应当理解，当可采用相容的培养条件时，可以将微生物菌株一起培养。分离的微生物-微生物菌株可以基于多相分类将微生物区分成属，多相分类将所有可用的表型和基因型数据整合到共有分类中(vandamme等人1996.polyphasictaxonomy,aconsensusapproachtobacterialsystematics.microbiolrev1996,60:407-438)。一种公认的用于确定物种的基因型方法是基于总体基因组相关性，使得在标准条件下，在5℃或更低δtm(同源杂种和异源杂种之间的解链温度差异)下，利用dna-dna杂交后共有大约70％或更高相关性的菌株被视为同一物种的成员。因此，共有大于上述70％阈值的群体可被视为同一物种的变体。另一种公认的用于确定物种的基因型方法是分离本公开的标志基因，对这些基因进行测序，并对来自多种分离物或变体的这些测序基因进行比对。如果测序基因中的一个或多个共有至少97％的序列同一性，则微生物被视为属于同一物种。16s或18srrna序列或its序列常用于区分物种和菌株，原因在于如果上述序列之一与参考序列共有的序列同一性小于指定的序列同一性百分比，那么获得这些序列的两个生物体被称为属于不同物种或菌株。因此，如果微生物在16s或18srrna序列、或its1或its2序列上共有至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性，则可以认为微生物属于同一物种。此外，如果微生物菌株在16s或18srrna序列、或its1或its2序列上共有至少80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性，则可以确定微生物菌株属于同一物种。在一个实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与seqidno:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、39、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2068、2069、2070、2071、2072、2073、2074、2075、2076、2077、2078、2079、2080、2081、2082、2083、2084、2085、2086、2087、2088、2089、2090、2091、2092、2093、2094、2095、2096、2097、2098、2099、2100、2101、2102、2103、2104、2105、2106和2107中的任一个共有至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的多核苷酸序列的那些。在另一个实施方案中，本公开的微生物菌株包括包含与seqidno:1-2107中的任一个共有至少70％、75％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的多核苷酸序列的那些。还可以对23srrna序列与参考序列进行比较。在未确定表型的情况下，通常不能将不可培养的微生物指定为确定的物种，只要微生物的16s或18srrna序列或its序列符合与已知物种的同一性原则，就可以给予微生物一个属内候选标号。一种方法是观察序列空间中大量紧密相关物种的菌株的分布，并识别与其他菌株簇明显区分开来的簇。这种方法是通过使用多个核心(管家)基因的链接序列评定聚类模式而开发的，并且被称为多位点序列分析(mlsa)或多位点序列系统发生分析。mlsa已经成功地用于探索经由当前分类学方法指定为关系非常密切的物种的大量菌株中的聚类模式，查看属内或更广泛的分类学组群中的少量菌株之间的关系，并解决具体的分类学问题。更一般地说，该方法可用于询问细菌物种是否存在-即，观察大量相似菌株是否总是归入明显区分开来的簇中，或者在某些情况下是否存在明确的簇区分尚未被观察到的遗传连续体。为了更准确地确定属，确定表型性状如形态学、生物化学和生理学特征，以与参考属原型进行比较。菌落形态可包括颜色、形状、色素沉着、粘液的产生等。细胞的特点被描述为形状、大小、革兰氏反应、细胞外物质、内生孢子的存在、鞭毛的存在和位置、运动性和包涵体。生物化学和生理学特点描述了生物体在不同温度、ph、盐度和大气条件范围内的生长，在不同的唯一碳源和氮源存在下的生长。本领域普通技术人员将合理地知悉确定本公开的属的表型性状。在一个实施方案中，利用16srrna基因序列和its序列鉴定本文教导的微生物。本领域已知16srrna含有的高变区可提供可用于细菌鉴定的物种/菌株特异性签名序列，并且its序列还可提供可用于真菌鉴定的物种/菌株特异性签名序列。利用rrna基因和/或its序列的系统发生分析被用来定义属于共同属的“基本上相似的”物种，并且还用来定义属于给定分类学物种的“基本上相似的”的菌株。此外，分离物的生理和/或生物化学特性可用于突出菌株之间可能引起反刍动物的有利行为的微小和显著差异。本公开的组合物可包括真菌孢子和细菌孢子、真菌孢子和细菌营养细胞、真菌营养细胞和细菌孢子、真菌营养细胞和细菌营养细胞的组合。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含孢子形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物仅包含营养细胞形式的细菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含细菌，不存在真菌。在一些实施方案中，本公开的组合物包含真菌，不存在细菌。细菌孢子可包括内生孢子和厚垣孢子。真菌孢子可包括稳孢子(statismospore)、掷孢子、似亲孢子、静孢子、游动孢子、有丝分裂孢子、大孢子、小孢子、减数孢子、厚壁孢子、夏孢子、冬孢子、卵孢子、果孢子、四分孢子、孢囊孢子、接合孢子、囊孢子、担子孢子、子囊孢子和asciospore。在一些实施方案中，组合物的孢子在施用于本公开的动物时萌发。在一些实施方案中，组合物的孢子仅在施用于本公开的动物时才萌发。微生物组合物在一些实施方案中，本公开的微生物被组合成微生物组合物。在一些实施方案中，微生物组合物包括反刍动物饲料，如谷类(大麦、玉米、燕麦等)；淀粉(木薯粉等)；油籽饼；和植物废物。在一些实施方案中，微生物组合物包括维生素、矿物质、微量元素、乳化剂、芳香产品、粘合剂、着色剂、增味剂、增稠剂等。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物是固体。在使用固体组合物的情况下，可能需要包括一种或多种载体材料，包括但不限于：矿物土，如二氧化硅、滑石、高岭土、石灰石、白垩、粘土、白云石、硅藻土；硫酸钙；硫酸镁；氧化镁；植物来源的产品，如谷物粉、树皮粉、木粉和坚果壳粉。在一些实施方案中、本公开的微生物组合物是液体。在另外的实施方案中，液体包含可包括水或醇的溶剂，和其他动物安全的溶剂。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包括粘合剂，如动物安全的聚合物、羧甲基纤维素、淀粉、聚乙烯醇等。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含增稠剂，如二氧化硅、粘土、种子或海藻的天然提取物、纤维素的合成衍生物、瓜尔胶、刺槐豆胶、藻酸盐和甲基纤维素。在一些实施方案中，微生物组合物包含抗沉降剂，如改性淀粉、聚乙烯醇、黄原胶等。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含着色剂，所述着色剂包括分类为以下的有机发色团：亚硝基；硝基；偶氮，包括单偶氮、双偶氮和多偶氮；吖啶、蒽醌、吖嗪、二苯基甲烷、吲达胺、靛酚、甲川、噁嗪、酞菁、噻嗪、噻唑、三芳基甲烷、氧杂蒽。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含微量营养素，如铁、锰、硼、铜、钴、钼和锌的盐。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含动物安全的杀病毒剂或杀线虫剂。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含糖(例如，单糖、二糖、三糖、多糖、寡糖等)、聚合糖、脂质、聚合脂质、脂多糖、蛋白质、聚合蛋白质、脂蛋白、核酸、核酸聚合物、二氧化硅、无机盐以及它们的组合。在另一个实施方案中，微生物组合物包含琼脂、琼脂糖、gelrite、结冷胶等的聚合物。在一些实施方案中，微生物组合物包含塑料胶囊、乳剂(例如，水和油)、薄膜和人造薄膜。在一些实施方案中，乳剂或交联聚合物溶液可包含本公开的微生物组合物。参见harel和bennett(美国专利8,460,726b2)。在一些实施方案中、本公开的微生物组合物以固体形式(例如，分散的冻干孢子)或液体形式(散布在储存培养基中的微生物)存在。在一些实施方案中、本公开的微生物组合物包含一种或多种防腐剂。防腐剂可以是液体或气体制剂。防腐剂可选自单糖、二糖、三糖、多糖、乙酸、抗坏血酸、抗坏血酸钙、赤藻糖酸、异抗坏血酸、赤藓糖酸、硝酸钾、抗坏血酸钠、赤藻糖酸钠、异抗坏血酸钠、硝酸钠、亚硝酸钠、氮、苯甲酸、山梨酸钙、月桂酰基精氨酸乙酯、对羟基苯甲酸甲酯、尼泊金甲酯、乙酸钾、苯甲酸钾、亚硫酸氢钾、二乙酸钾、乳酸钾、偏亚硫酸氢钾、山梨酸钾、对羟基苯甲酸丙酯、尼泊金丙酯、乙酸钠、苯甲酸钠、亚硫酸氢钠、亚硝酸钠、二乙酸钠、乳酸钠、偏亚硫酸氢钠、甲基-对-羟基苯甲酸钠盐、丙基-对羟基苯甲酸钠盐、硫酸钠、亚硫酸钠、连二亚硫酸钠、亚硫酸、丙酸钙、二碳酸二甲酯、游霉素、山梨酸钾、硫酸氢钾、偏亚硫酸氢钾、丙酸、二乙酸钠、丙酸钠、山梨酸钠、山梨酸、抗坏血酸、棕榈酸抗坏血酸酯、硬脂酸抗坏血酸酯、丁基化羟基苯甲醚、丁基化羟基甲苯(bht)、丁基化羟基苯甲醚(bha)、柠檬酸、甘油单酯和甘油二酯的柠檬酸酯、l-半胱氨酸、l-半胱氨酸盐酸盐、愈创木脂胶、愈创木胶、卵磷脂、柠檬酸卵磷脂、柠檬酸甘油单酯、柠檬酸单异丙酯、没食子酸丙酯、偏亚硫酸氢钠、酒石酸、叔丁基氢醌、氯化亚锡、硫代二丙酸、硫代二丙酸二月桂基酯、硫代二丙酸二硬脂基酯、乙氧基喹、二氧化硫、甲酸或生育酚中的一种或多种。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包括孢子形式、营养细胞形式和/或裂解细胞形式的细菌和/或真菌细胞。在一个实施方案中，裂解的细胞形式充当霉菌毒素粘合剂，例如粘合死细胞的霉菌毒素。在一些实施方案中，微生物组合物在冰箱(35-40℉)中稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在冰箱(35-40℉)中稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在室温(68-72℉)或50-77℉之间稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在在室温(68-72℉)或50-77℉之间稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在-23-35℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在-23-35℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在77-100℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在77-100℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在101-213℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60天的时间。在一些实施方案中，微生物组合物在101-213℉下稳定贮存至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冰箱温度(35-40℉)、室温(68-72℉)、50-77℉之间、-23-35℉之间、70-100℉之间或101-213℉之间稳定贮存约1至100、约1至95、约1至90、约1至85、约1至80、约1至75、约1至70、约1至65、约1至60、约1至55、约1至50、约1至45、约1至40、约1至35、约1至30、约1至25、约1至20、约1至15、约1至10、约1至5、约5至100、约5至95、约5至90、约5至85、约5至80、约5至75、约5至70、约5至65、约5至60、约5至55、约5至50、约5至45、约5至40、约5至35、约5至30、约5至25、约5至20、约5至15、约5至10、约10至100、约10至95、约10至90、约10至85、约10至80、约10至75、约10至70、约10至65、约10至60、约10至55、约10至50、约10至45、约10至40、约10至35、约10至30、约10至25、约10至20、约10至15、约15至100、约15至95、约15至90、约15至85、约15至80、约15至75、约15至70、约15至65、约15至60、约15至55、约15至50、约15至45、约15至40、约15至35、约15至30、约15至25、约15至20、约20至100、约20至95、约20至90、约20至85、约20至80、约20至75、约20至70、约20至65、约20至60、约20至55、约20至50、约20至45、约20至40、约20至35、约20至30、约20至25、约25至100、约25至95、约25至90、约25至85、约25至80、约25至75、约25至70、约25至65、约25至60、约25至55、约25至50、约25至45、约25至40、约25至35、约25至30、约30至100、约30至95、约30至90、约30至85、约30至80、约30至75、约30至70、约30至65、约30至60、约30至55、约30至50、约30至45、约30至40、约30至35、约35至100、约35至95、约35至90、约35至85、约35至80、约35至75、约35至70、约35至65、约35至60、约35至55、约35至50、约35至45、约35至40、约40至100、约40至95、约40至90、约40至85、约40至80、约40至75、约40至70、约40至65、约40至60、约40至55、约40至50、约40至45、约45至100、约45至95、约45至90、约45至85、约45至80、约45至75、约45至70、约45至65、约45至60、约45至55、约45至50、约50至100、约50至95、约50至90、约50至85、约50至80、约50至75、约50至70、约50至65、约50至60、约50至55、约55至100、约55至95、约55至90、约55至85、约55至80、约55至75、约55至70、约55至65、约55至60、约60至100、约60至95、约60至90、约60至85、约60至80、约60至75、约60至70、约60至65、约65至100、约65至95、约65至90、约65至85、约65至80、约65至75、约65至70、约70至100、约70至95、约70至90、约70至85、约70至80、约70至75、约75至100、约75至95、约75至90、约75至85、约75至80、约80至100、约80至95、约80至90、约80至85、约85至100、约85至95、约85至90、约90至100、约90至95或95至100周的时间在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冰箱温度(35-40℉)、室温(68-72℉)、50-77℉之间、-23-35℉之间、70-100℉之间或101-213℉之间稳定贮存1至100、1至95、1至90、1至85、1至80、1至75、1至70、1至65、1至60、1至55、1至50、1至45、1至40、1至35、1至30、1至25、1至20、1至15、1至10、1至5、5至100、5至95、5至90、5至85、5至80、5至75、5至70、5至65、5至60、5至55、5至50、5至45、5至40、5至35、5至30、5至25、5至20、5至15、5至10、10至100、10至95、10至90、10至85、10至80、10至75、10至70、10至65、10至60、10至55、10至50、10至45、10至40、10至35、10至30、10至25、10至20、10至15、15至100、15至95、15至90、15至85、15至80、15至75、15至70、15至65、15至60、15至55、15至50、15至45、15至40、15至35、15至30、15至25、15至20、20至100、20至95、20至90、20至85、20至80、20至75、20至70、20至65、20至60、20至55、20至50、20至45、20至40、20至35、20至30、20至25、25至100、25至95、25至90、25至85、25至80、25至75、25至70、25至65、25至60、25至55、25至50、25至45、25至40、25至35、25至30、30至100、30至95、30至90、30至85、30至80、30至75、30至70、30至65、30至60、30至55、30至50、30至45、30至40、30至35、35至100、35至95、35至90、35至85、35至80、35至75、35至70、35至65、35至60、35至55、35至50、35至45、35至40、40至100、40至95、40至90、40至85、40至80、40至75、40至70、40至65、40至60、40至55、40至50、40至45、45至100、45至95、45至90、45至85、45至80、45至75、45至70、45至65、45至60、45至55、45至50、50至100、50至95、50至90、50至85、50至80、50至75、50至70、50至65、50至60、50至55、55至100、55至95、55至90、55至85、55至80、55至75、55至70、55至65、55至60、60至100、60至95、60至90、60至85、60至80、60至75、60至70、60至65、65至100、65至95、65至90、65至85、65至80、65至75、65至70、70至100、70至95、70至90、70至85、70至80、70至75、75至100、75至95、75至90、75至85、75至80、80至100、80至95、80至90、80至85、85至100、85至95、85至90、90至100、90至95或95至100周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冰箱温度(35-40℉)、室温(68-72℉)、50-77℉之间、-23-35℉之间、70-100℉之间或101-213℉之间稳定贮存约1至36、约1至34、约1至32、约1至30、约1至28、约1至26、约1至24、约1至22、约1至20、约1至18、约1至16、约1至14、约1至12、约1至10、约1至8、约1至6、约1至4、约1至2、约4至36、约4至34、约4至32、约4至30、约4至28、约4至26、约4至24、约4至22、约4至20、约4至18、约4至16、约4至14、约4至12、约4至10、约4至8、约4至6、约6至36、约6至34、约6至32、约6至30、约6至28、约6至26、约6至24、约6至22、约6至20、约6至18、约6至16、约6至14、约6至12、约6至10、约6至8、约8至36、约8至34、约8至32、约8至30、约8至28、约8至26、约8至24、约8至22、约8至20、约8至18、约8至16、约8至14、约8至12、约8至10、约10至36、约10至34、约10至32、约10至30、约10至28、约10至26、约10至24、约10至22、约10至20、约10至18、约10至16、约10至14、约10至12、约12至36、约12至34、约12至32、约12至30、约12至28、约12至26、约12至24、约12至22、约12至20、约12至18、约12至16、约12至14、约14至36、约14至34、约14至32、约14至30、约14至28、约14至26、约14至24、约14至22、约14至20、约14至18、约14至16、约16至36、约16至34、约16至32、约16至30、约16至28、约16至26、约16至24、约16至22、约16至20、约16至18、约18至36、约18至34、约18至32、约18至30、约18至28、约18至26、约18至24、约18至22、约18至20、约20至36、约20至34、约20至32、约20至30、约20至28、约20至26、约20至24、约20至22、约22至36、约22至34、约22至32、约22至30、约22至28、约22至26、约22至24、约24至36、约24至34、约24至32、约24至30、约24至28、约24至26、约26至36、约26至34、约26至32、约26至30、约26至28、约28至36、约28至34、约28至32、约28至30、约30至36、约30至34、约30至32、约32至36、约32至34或约34至36个月的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物在冰箱温度(35-40℉)、室温(68-72℉)、50-77℉之间、-23-35℉之间、70-100℉之间或101-213℉之间稳定贮存1至361至341至321至301至281至261至241至221至201至181至161至141至121至101至81至61至41至24至364至344至324至304至284至264至244至224至204至184至164至144至124至104至84至66至366至346至326至306至286至266至246至226至206至186至166至146至126至106至88至368至348至328至308至288至268至248至228至208至188至168至148至128至1010至3610至3410至3210至3010至2810至2610至2410至2210至2010至1810至1610至1410至1212至3612至3412至3212至3012至2812至2612至2412至2212至2012至1812至1612至1414至3614至3414至3214至3014至2814至2614至2414至2214至2014至1814至1616至3616至3416至3216至3016至2816至2616至2416至2216至2016至1818至3618至3418至3218至3018至2818至2618至2418至2218至2020至3620至3420至3220至3020至2820至2620至2420至2222至3622至3422至3222至3022至2822至2622至2424至3624至3424至3224至3024至2824至2626至3626至3426至3226至3026至2828至3628至3428至3228至3030至3630至3430至3232至3632至34或约34至36的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物可在所公开的任何温度和/或温度范围和时间跨度下在至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97或98％的相对湿度下稳定贮存囊封组合物在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物组合物囊封在囊封组合物中。囊封组合物保护微生物在进入有蹄类动物的胃肠道之前免受外部应激物的影响。囊封组合物进一步产生对微生物可能有益的环境，如将有氧环境对厌氧微生物的氧化应激最小化。对于微生物的囊封组合物和囊封微生物的方法，参见kalsta等人(us5,104,662a)、ford(us5,733,568a)以及mosbach和nilsson(us4,647,536a)。在一个实施方案中，囊封组合物包含微胶囊，所述微胶囊具有囊封在固体壳材料中的多个液体核心。出于本公开的目的，“多个”核心被定义为两个或更多个。第一类有用的可熔壳材料是通常为固体脂肪的材料，包括已具有合适硬度的脂肪和已氢化至熔点高到足以达到本公开的目的的动物或植物脂肪和油。根据所需的工艺和储存温度以及所选的具体材料，特定的脂肪可以是通常为固体或通常为液体的材料。本文所用的术语“通常为固体”和“通常为液体”是指在所需温度下储存所得微胶囊的材料状态。由于脂肪和氢化油严格地说不具有熔点，因此术语“熔点”在本文是用来描述可熔材料变得充分软化或变成能成功乳化和喷雾冷却的液体时的最低温度，因此大致对应壳材料具有的完整性足以防止胆碱核心释放时的最高温度。对于不具有明显熔点的其他材料，“熔点”在本文中有类似的定义。可用于本文的脂肪和油(其中一些需要硬化)的一些具体实例如下：动物油和脂肪，如牛脂、羊脂、羔羊脂、猪油或猪脂、鱼油和鲸油；植物油，如菜籽油、棉籽油、花生油、玉米油、橄榄油、大豆油、葵花油、红花油、椰子油、棕榈油、亚麻籽油、桐油和蓖麻油；脂肪酸甘油单酯和甘油二酯；游离脂肪酸，如硬脂酸、棕榈酸和油酸；以及它们的混合物。以上列出的油和脂并不是详尽无遗的，而只是示例性的。脂肪酸的具体实例包括亚油酸、γ-亚油酸、双高-γ-亚麻酸、花生四烯酸、二十二碳四烯酸、异油酸、神经酸、米德酸、芥酸、巨头鲸酸、反油酸、油酸、palitoleicacid、十八碳四烯酸、二十碳五烯酸、戊酸、己酸、庚酸、辛酸、壬酸、癸酸、十一酸、月桂酸、十三酸、肉豆蔻酸、十五酸、棕榈酸、十七酸、硬脂酸、十九酸、花生酸、二十一酸、二十二酸、二十三酸、木蜡酸、二十五酸、蜡酸、二十七酸、褐煤酸、二十九酸、蜂花酸、三十一酸、虫漆蜡酸、叶虱酸、三十四酸、三十五酸、三十六酸、三十七酸和三十八酸。可用作囊封壳材料的另一类可熔材料是蜡材料。预期用于本文的代表性蜡如下：动物蜡，如蜂蜡、羊毛脂、壳牌蜡和虫白蜡；植物蜡，如巴西棕榈蜡、小烛树蜡、杨梅蜡和甘蔗；矿物蜡，如石蜡、微晶石油、地蜡、纯地蜡和褐煤蜡；合成蜡，如低分子量聚烯烃(例如carbowax)和多元醇醚-酯(例如山梨糖醇)；fischer-tropsch加工合成蜡；以及它们的混合物。如果核心是水性的，则本文不考虑水溶性蜡，如carbowax和山梨糖醇。本文可用的其他可熔化合物是可熔天然树脂，如松香、香脂、虫胶以及它们的混合物。考虑将各种辅助材料掺入根据本公开的可熔材料中。例如，可以将抗氧化剂、光稳定剂、染料和色淀、香料、精油、抗结块剂、填充剂、ph稳定剂、糖(单糖、二糖、三糖和多糖)等以不会削弱其对于本公开的效用的量掺入可熔材料中。本文考虑的核心材料以重量计占微胶囊的约0.1％至约50％、约1％至约35％、或约5％至约30％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料以重量计占微胶囊的不超过约30％。在一些实施方案中，本文考虑的核心材料以重量计占微胶囊的约5％。在预期的微胶囊储存温度下，核心材料预期是液体或固体。核心可以包含制药领域中熟知的其他添加剂，包括食用糖，如蔗糖、葡萄糖、麦芽糖、果糖、乳糖、纤维二糖、单糖、二糖、三糖、多糖以及它们的混合物；人造甜味剂，如阿斯巴甜、糖精、环己基氨基磺酸盐以及它们的混合物；食用酸，如乙酸(醋)、柠檬酸、抗坏血酸、酒石酸以及它们的混合物；食用淀粉，如玉米淀粉；水解植物蛋白；水溶性维生素，如维生素c；水溶性药物；水溶性营养物质，如硫酸亚铁；香料；盐；谷氨酸单钠；抗微生物剂，如山梨酸；抗霉菌剂，如山梨酸钾、山梨酸、苯甲酸钠和苯甲酸；食品级颜料和染料；以及它们的混合物。其他可能有用的补充核心材料对于本领域普通技术人员而言是显而易见的。乳化剂可用于帮助形成稳定的乳液。代表性的乳化剂包括单硬脂酸甘油酯、聚山梨醇酯、乙氧基化的甘油单酯和甘油二酯以及它们的混合物。为了便于加工，特别是为了能够成功地形成合理稳定的乳液，在形成乳液的温度下核心材料和壳材料的粘度应该相似。具体地说，壳粘度与核心粘度(以厘泊或相当的单位表示，且皆在乳液温度下测量)的比率应为约22:1至约1:1，理想地为约8:1至约1:1，且优选地为约3:1至约1:1。比率为1:1是理想的，但在所述范围内的粘度比是有用的。囊封组合物不限于以上公开的微胶囊组合物。在一些实施方案中，囊封组合物将微生物组合物囊封在粘合剂聚合物中，所述粘合剂聚合物可以是天然的或合成的，但没有毒性作用。在一些实施方案中，囊封组合物可以是选自糖基质、明胶基质、聚合物基质、二氧化硅基质、淀粉基质、泡沫基质等的基质。在一些实施方案中，囊封组合物可以选自聚乙酸乙烯酯；聚乙酸乙烯酯共聚物；乙烯乙酸乙烯酯(eva)共聚物；聚乙烯醇；聚乙烯醇共聚物；纤维素，包括乙基纤维素、甲基纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素和羧甲基纤维素；聚乙烯吡咯烷酮；多糖，包括淀粉、改性淀粉、糊精、麦芽糖糊精、藻酸盐和壳聚糖；单糖；脂肪；脂肪酸，包括油；蛋白质，包括明胶和玉米醇溶蛋白；阿拉伯树胶；虫胶；偏二氯乙烯和偏二氯乙烯共聚物；木质素磺酸钙；丙烯酸共聚物；聚丙烯酸乙烯酯；聚环氧乙烷；丙烯酰胺聚合物和共聚物；聚丙烯酸羟乙基酯、甲基丙烯酰胺单体；和聚氯丁二烯。在一些实施方案中，本公开的囊封壳可以厚至10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm或3000μm。动物饲料在一些实施方案中，本公开的组合物与动物饲料混合。在一些实施方案中，动物饲料可以各种形式如丸粒、胶囊、颗粒、粉末、液体或半液体存在。在一些实施方案中，本公开的组合物单独作为独立的预混物，和/或与其他饲料添加剂如monensin、维生素等一起，在饲料研磨机(例如，carghill或westernmillin)处混合到预混物中。在一个实施方案中，本公开的组合物在进料研磨机处混合到饲料中。在另一个实施方案中，本公开的组合物混合到饲料本身中。在一些实施方案中，本公开的饲料可以补充有水、一种或多种预混物、粮草、草料、豆类(例如，整粒的、破碎或磨碎的)、谷物(例如，整粒的、破碎的或磨碎的)、豆类或谷物类油、豆类或谷物类粉、豆类或谷物类半干青贮饲料或青贮饲料、豆类或谷物类糖浆、脂肪酸、糖醇(例如多元醇)、市售配方饲料以及它们的混合物。在一些实施方案中，粮草包括干草、半干青贮饲料和青贮饲料。在一些实施方案中，干草包括草干草(例如，苏丹草、果园草等)、苜蓿干草和三叶草干草。在一些实施方案中，半干青贮饲料包括草半干青贮饲料、高粱半干青贮饲料和苜蓿半干青贮饲料。在一些实施方案中，青贮饲料包括玉米、燕麦、小麦、苜蓿、三叶草等。在一些实施方案中，可以在饲料中使用一种或多种预混物。预混物可包含微量成分，如维生素、矿物质、氨基酸；化学防腐剂；药物组合物，如抗生素和其他药物；发酵产品和其他成分。在一些实施方案中，将预混物掺入饲料中。在一些实施方案中，饲料可包括饲料浓缩物，如大豆壳、甜菜浆、糖蜜、高蛋白豆粉、磨碎玉米、带壳玉米、小麦麸皮、酒糟、棉籽壳、过瘤胃蛋白、过瘤胃脂肪和油脂。关于能用于本发明的组合物和方法的动物饲料和动物饲料补充剂，参见luhman(美国公开us20150216817a1)、anderson等人(美国专利3,484,243)以及porter和luhman(美国专利9,179,694b2)。在一些实施方案中，饲料作为复合物存在，在能够满足基本饮食需要的混合组合物中所述复合物包括饲料本身、维生素、矿物质、氨基酸和其他必需组分。复合进料可进一步包含预混物。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物可以与动物饲料、预混物和/或复合饲料混合。在饲喂反刍动物之前，可以将动物饲料的单独组分与微生物组合物混合。本公开的微生物组合物可以施加到预混物之中或之上，施加到饲料之中或之上，和/或施加到复合饲料之中或之上。微生物组合物的施用在一些实施方案中，本公开的微生物组合物通过口服途径施用于反刍动物。在一些实施方案中，微生物组合物通过直接注射途径施用到胃肠道中。在另外的实施方案中，直接注射施用将微生物组合物直接递送至瘤胃。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物经肛门施用于动物。在另外的实施方案中，肛门施用采取插入栓剂的形式。在一些实施方案中，微生物组合物以总共或至少1ml、2ml、3ml、4ml、5ml、6ml、7ml、8ml、9ml、10ml、11ml、12ml、13ml、14ml、15ml、16ml、17ml、18ml、19ml、20ml、21ml、22ml、23ml、24ml、25ml、26ml、27ml、28ml、29ml、30ml、31ml、32ml、33ml、34ml、35ml、36ml、37ml、38ml、39ml、40ml、41m、42ml、43ml、44ml、45ml、46ml、47ml、48ml、49ml、50ml、60ml、70ml、80ml、90ml、100ml、200ml、300ml、400ml、500ml、600ml、700ml、800ml、900ml或1,000ml的剂量施用。在一些实施方案中，微生物组合物以包含总共或至少1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个微生物细胞的剂量施用。在一些实施方案中，微生物组合物与饲料混合，并通过共同摄取微生物组合物和饲料的方式施用。在一些实施方案中，施用微生物组合物的剂量使得每克或每毫升组合物存在总共102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106、102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个微生物细胞。在一些实施方案中，微生物组合物的施用剂量包含总共102至1018、103至1018、104至1018、105至1018、106至1018、107至1018、108至1018、109至1018、1010至1018、1011至1018、1012至1018、1013至1018、1014至1018、1015至1018、1016至1018、1017至1018、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、102至1011、103至1011、104至1011、105至1011、106至1011、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、102至106、103至106、104至106、105至106、102至105、103至105、104至105、102至104、103至104、102至103、1018、1017、1016、1015、1014、1013、1012、1011、1010、109、108、107、106、105、104、103或102个微生物细胞。在一些实施方案中，组合物每天施用1次或多次。在一些方面，每次饲喂动物时，组合物与食物一起施用。在一些实施方案中，组合物每天施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每周施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每个月施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。在一些实施方案中，微生物组合物每年施用1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次。在一些实施方案中，通过使用专门设计和制造来准确、安全和有效地涂布涂层的处理涂布设备，利用混合、喷雾或它们的组合的常规方法可将饲料均匀地涂覆有一层或多层本文公开的微生物和/或微生物组合物。这种设备使用各种类型的涂覆技术，如旋转涂覆机、鼓式涂覆机、流化床技术、喷射床、旋转雾或它们的组合。液体处理(诸如本公开的那些)可以通过旋转“雾化器”盘或喷嘴施加，所述旋转“雾化器”盘或喷嘴在饲料移动通过喷雾图案时将微生物组合物均匀地分布在饲料上。在一些方面，进料接着被混合或翻滚另外一段时间以实现另外的处理分布和干燥。在一些实施方案中，本公开的进料包衣可厚至10μm、20μm、30μm、40μm、50μm、60μm、70μm、80μm、90μm、100μm、110μm、120μm、130μm、140μm、150μm、160μm、170μm、180μm、190μm、200μm、210μm、220μm、230μm、240μm、250μm、260μm、270μm、280μm、290μm、300μm、310μm、320μm、330μm、340μm、350μm、360μm、370μm、380μm、390μm、400μm、410μm、420μm、430μm、440μm、450μm、460μm、470μm、480μm、490μm、500μm、510μm、520μm、530μm、540μm、550μm、560μm、570μm、580μm、590μm、600μm、610μm、620μm、630μm、640μm、650μm、660μm、670μm、680μm、690μm、700μm、710μm、720μm、730μm、740μm、750μm、760μm、770μm、780μm、790μm、800μm、810μm、820μm、830μm、840μm、850μm、860μm、870μm、880μm、890μm、900μm、910μm、920μm、930μm、940μm、950μm、960μm、970μm、980μm、990μm、1000μm、1010μm、1020μm、1030μm、1040μm、1050μm、1060μm、1070μm、1080μm、1090μm、1100μm、1110μm、1120μm、1130μm、1140μm、1150μm、1160μm、1170μm、1180μm、1190μm、1200μm、1210μm、1220μm、1230μm、1240μm、1250μm、1260μm、1270μm、1280μm、1290μm、1300μm、1310μm、1320μm、1330μm、1340μm、1350μm、1360μm、1370μm、1380μm、1390μm、1400μm、1410μm、1420μm、1430μm、1440μm、1450μm、1460μm、1470μm、1480μm、1490μm、1500μm、1510μm、1520μm、1530μm、1540μm、1550μm、1560μm、1570μm、1580μm、1590μm、1600μm、1610μm、1620μm、1630μm、1640μm、1650μm、1660μm、1670μm、1680μm、1690μm、1700μm、1710μm、1720μm、1730μm、1740μm、1750μm、1760μm、1770μm、1780μm、1790μm、1800μm、1810μm、1820μm、1830μm、1840μm、1850μm、1860μm、1870μm、1880μm、1890μm、1900μm、1910μm、1920μm、1930μm、1940μm、1950μm、1960μm、1970μm、1980μm、1990μm、2000μm、2010μm、2020μm、2030μm、2040μm、2050μm、2060μm、2070μm、2080μm、2090μm、2100μm、2110μm、2120μm、2130μm、2140μm、2150μm、2160μm、2170μm、2180μm、2190μm、2200μm、2210μm、2220μm、2230μm、2240μm、2250μm、2260μm、2270μm、2280μm、2290μm、2300μm、2310μm、2320μm、2330μm、2340μm、2350μm、2360μm、2370μm、2380μm、2390μm、2400μm、2410μm、2420μm、2430μm、2440μm、2450μm、2460μm、2470μm、2480μm、2490μm、2500μm、2510μm、2520μm、2530μm、2540μm、2550μm、2560μm、2570μm、2580μm、2590μm、2600μm、2610μm、2620μm、2630μm、2640μm、2650μm、2660μm、2670μm、2680μm、2690μm、2700μm、2710μm、2720μm、2730μm、2740μm、2750μm、2760μm、2770μm、2780μm、2790μm、2800μm、2810μm、2820μm、2830μm、2840μm、2850μm、2860μm、2870μm、2880μm、2890μm、2900μm、2910μm、2920μm、2930μm、2940μm、2950μm、2960μm、2970μm、2980μm、2990μm或3000μm。在一些实施方案中，微生物细胞可以自由涂覆到任何数量的组合物上，或者它们可以先配制在液体或固体组合物中然后再涂覆到组合物上。例如，包含微生物的固体组合物可以通过将固体载体与孢子悬浮液混合直至固体载体浸渍有孢子或细胞悬浮液来制备。然后可以干燥该混合物以获得所需的颗粒。在其他一些实施方案中，预期本公开的固体或液体微生物组合物还含有功能剂，例如活性炭、矿物质、维生素和能够改善产品质量的其他剂或它们的组合。本领域已知的涂覆方法和所述方法所使用的组合物当通过加入本公开的一个实施方案进行修饰时，尤其有用。这种涂覆方法和设备的应用在例如美国专利no8,097,245和7,998,502；以及pct申请公布nowo2008/076975、wo2010/138522、wo2011/094469、wo2010/111347和wo2010/111565中公开，所述文献各自的内容以引用的方式并入本文中。在一些实施方案中，在一种或多种微生物或聚生体彼此接触的情况下，本公开的微生物或微生物聚生体对本文所述的一种或多种性状表现出协同效应。通过教导方法获得的协同效应可以例如根据colby公式(即，(e)＝x+y–(x*y/100))来定量。参见colby,r.s.,“calculatingsynergisticandantagonisticresponsesofherbicidecombinations,”1967.weeds.第15卷,第20-22页，其以引用的方式整体并入本文中。因此，“协同”旨在反映多于一种添加量所实现的结果/参数/效应。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物聚生体可以通过推注来施用。在一个实施方案中，将大丸剂(例如，含有组合物的胶囊)插入推注枪中，并将推注枪插入动物的口腔和/或食管中，然后将大丸剂释放/注射到动物的消化道中。在一个实施方案中，推注枪/施加器是bovikalc推注枪/施加器。在另一个实施方案中，推注枪/施加器是quadrical枪/施加器。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物聚生体可以通过灌服来施用。在一个实施方案中，灌服是经口灌服。灌服施用包括利用灌服试剂盒/施加器/注射器将包含微生物或微生物聚生体的液体注射/释放到动物的口腔和/或食道中。在一些实施方案中，本公开的微生物或微生物聚生体可以定时释放的方式施用。组合物可以包覆在化学组合物中，或者可以包含在机械装置或胶囊中，而后在一段时间内释放微生物或微生物聚生体而不是一次性释放。在一个实施方案中，微生物或微生物聚生体置于定时释放胶囊中施用于动物。在一个实施方案中，组合物包封在化学组合物中，或者可以包含在机械装置或胶囊中，而后在摄取后一段时间(几小时)一次性释放微生物或微生物聚生体。在一些实施方案中，微生物或微生物聚生体以介于1至5、1至10、1至15、1至20、1至24、1至25、1至30、1至35、1至40、1至45、1至50、1至55、1至60、1至65、1至70、1至75、1至80、1至85、1至90、1至95或1至100小时之间的定时释放方式施用。在一些实施方案中、微生物或微生物聚生体以介于1至2、1至3、1至4、1至5、1至6、1至7、1至8、1至9、1至10、1至11、1至12、1至13、1至14、1至15、1至16、1至17、1至18、1至19、1至20、1至21、1至22、1至23、1至24、1至25、1至26、1至27、1至28、1至29或1至30天之间的定时释放方式施用。微生物如本文所用，术语“微生物”应广泛地采用。它包括但不限于两个原核结构域-细菌和古细菌，以及真核生物真菌、原生生物和病毒。举例来说，微生物可包括以下属的物种：梭菌属、瘤胃球菌属、罗氏菌属、产氢厌氧菌属、saccharofermentans、乳头杆菌属、pelotomaculum、丁酸梭菌属、坦纳菌属、普雷沃氏菌属、丁酸单胞菌属、梨囊鞭菌属、毕赤酵母属、假丝酵母属、vrystaatia、根囊鞭菌属、新美鞭菌属和叶点霉属。微生物可还包括属于毛螺菌科和酵母目的物种。在一些实施方案中，微生物可包括属于本文公开的任何属的物种。在某些实施方案中，微生物是不可培养的。这应该被认为是指不知道微生物是否可培养或难以使用本领域技术人员已知的方法培养。在一个实施方案中，微生物获自动物(例如，哺乳动物、爬行动物、鸟类等)、土壤(例如，根际)、空气、水(例如，海洋、淡水，废水污泥)、沉积物、油、植物(例如，根、叶、茎)、农产品和极端环境(例如，酸矿山排水或热液系统)。在另一个实施方案中，微生物获自海洋或淡水环境，如大海、河流或湖泊。在另一个实施方案中，微生物可来自水体表面，或水体的任何深度(例如，深海样品)。本公开的微生物可以是分离的(基本上纯的)或混合的培养物。它们可以浓缩、稀释或以存在于源材料中的天然浓度提供。例如，可以从盐水沉积物中分离微生物用于本公开，方式为将盐水沉积物悬浮在淡水中并使沉积物落到底部。在适当的沉降时间后含有大部分微生物的水可以通过倾析取出，或施用于有蹄类动物的胃肠道，或通过过滤或离心浓缩，在除去大部分盐后稀释至适当的浓度并施用于有蹄类动物的胃肠道。进一步示例，可以对来自矿化或毒性来源的微生物进行类似的处理来回收微生物以施加于有蹄类动物，从而将对动物产生损害的可能性降到最低。在另一个实施方案中，微生物以粗制形式使用，其中微生物不与它们天然所在的源材料分离。例如，微生物与它们所在的源材料组合提供；例如，排泄物、嚼团或胃肠道中发现的其他组合物。在此实施方案中，源材料可包括一种或多种微生物物种。在一些实施方案中，在本公开的方法中使用混合的微生物群体。在本公开的微生物分离自源材料(例如，它们天然所在的材料)的实施方案中，可以使用技术人员熟知的多种标准技术中的任一种或组合。然而，举例来说，这些技术通常采用可以基本上纯的形式获得单个微生物的固体或液体培养物的方法，通常是通过在固体微生物生长培养基的表面上进行物理分离或通过体积稀释分离到液体微生物生长培养基中。这些方法可包括从干材料、液体悬浮液、浆液或均质物中分离，其中材料在适当的固体凝胶生长培养基上以薄层铺展，或将材料的连续稀释液制成无菌培养基并接种到液体或固体培养基中。虽然不是必需的，但在一个实施方案中，可以在分离过程之前对含有微生物的材料进行预处理，以便使材料中的所有微生物繁殖。然后可以如上所述从富集的材料中分离微生物。如前文所提及的，在某些实施方案中，微生物可以粗制形式使用，且不需要从动物或培养基中分离。例如，可以获得包含经鉴定有利于增加有蹄类动物的乳产量的微生物的嚼团、粪便或生长培养基，并将其用作下一轮方法的粗微生物来源或在方法结束时用作粗微生物来源。例如，可以获得新鲜粪便并任选地进行处理。微生物组转变和微生物丰度在一些实施方案中，反刍动物的微生物组，包括瘤胃微生物组，包含具有多种代谢能力的多种微生物。微生物组受一系列因素的影响，包括饮食、动物代谢变化和品种等等。大多数牛科动物的饮食都是植物性的，且富含复杂的多糖，使胃肠微生物群落富含能够分解饮食中特定的聚合物成分的微生物。初级降解的最终产物维持一系列微生物，最终产生一系列有机酸以及氢和二氧化碳。由于微生物组的复杂性和互联性，改变饮食并因此改变初级降解的底物可能对瘤胃微生物代谢产生级联效应，使产生的有机酸谱和甲烷水平发生变化，由此影响动物生产和或动物产生的产物的质量和数量。参见menezes等人(2011.femsmicrobiol.ecol.78(2):256-265.)在一些方面，本公开涉及施用本文所述的微生物组合物以调节或转变反刍动物的微生物组。在一些实施方案中，通过将一种或多种微生物施用至胃肠道来转变微生物组。在另外的实施方案中，所述一种或多种微生物是选自表1或表3中的那些。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用一种或多种本公开的微生物之前存在的特定微生物的减少或缺失。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前存在的微生物的增加。在一些实施方案中，微生物组转变或调节包括在施用本公开的一种或多种微生物之前不存在的一种或多种微生物的获得。在另一个实施方案中，获得的一种或多种微生物是未明确包含在所施用的微生物聚生体中的微生物。在一些实施方案中，本公开的微生物的施用引起微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10天的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物的施用引起微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10周的时间。在一些实施方案中，本公开的微生物的施用引起微生物组的持续调节，使得施用的微生物在微生物组中存在至少1至10、1至9、1至8、1至10、1至9、1至8、1至7、1至6、1至5、1至4、1至3、1至2、2至10、2至9、2至8、2至7、2至6、2至5、2至4、2至3、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、3至4、4至10、4至9、4至8、4至7、4至6、4至5、5至10、5至9、5至8、5至7、5至6、6至10、6至9、6至8、6至7、7至10、7至9、7至8、8至10、8至9、9至10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月的时间。在一些实施方案中，通过对胃肠道取样并使用引物扩增所施用的微生物的16s或18srdna序列或itsrdna序列来检测所施用的微生物的存在。在一些实施方案中，所施用的微生物是选自表1或表3的那些的一种或多种，并且对应的rdna序列是选自seqidno:1-60、seqidno:2045-2107和表3中鉴定的seqidno的那些。在一些实施方案中，通过扩增从胃肠样品收集的多核苷酸来测量反刍动物的微生物组，其中多核苷酸可以是微生物rdna的16s或18srdna片段、或itsrdna片段。在一个实施方案中，通过变性梯度凝胶电泳(dgge)的方法对微生物组进行指纹分析，其中扩增的rdna片段根据其变性位置进行分选，并在凝胶中形成独特的带型，所述带型可用于比较相同的反刍动物一段时间内的微生物组或多种反刍动物的微生物组。在另一个实施方案中，通过末端限制性片段长度多态性(t-rflp)的方法对微生物组进行指纹分析，其中使用限制酶消化标记的pcr片段，然后将片段按大小分选。在另一个实施方案中，通过非度量多维尺度分析(nmds)排序评估从t-rflp方法收集的数据，并且permanova统计识别微生物组中的差异，由此使得能鉴定和测量微生物组中的转变。另见shanks等人(2011.appl.environ.microbiol.77(9):2992-3001)、petri等人(2013.plosone.8(12):e83424)以及menezes等人(2011.femsmicrobiol.ecol.78(2):256-265.)在一些实施方案中，本公开的微生物的施用引起微生物组的调节或转变，这进一步引起所需的表型或改善的性状。根据本文提供的方法，处理样品以检测样品中一种或多种微生物类型的存在(图1，1001；图2，2001)。确定样品中一种或多种微生物生物体的绝对数量(图1，1002；图2，2002)。确定一种或多种生物体类型的存在以及确定至少一种生物体类型的绝对数量可以并行进行或连续进行。例如，在样品包含的微生物群落含有细菌(即，一种微生物类型)和真菌(即，第二种微生物类型)的情况下，在一个实施方案中使用者检测样品中一种或两种生物体类型的存在(图1，1001；图2，2001)。在另一个实施方案中，使用者确定样品中至少一种生物体类型的绝对数量-在该实例的情况下，是确定样品中的细菌、真菌或它们的组合的数量(图1，1002；图2，2002)。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行流式细胞术(fc)分析以检测一种或多种微生物类型的存在和/或数量(图1，1001、1002；图2，2001、2002)。在一个流式细胞仪实施方案中，个体微生物细胞以至少约300*s-1、或至少约500*s-1、或至少约1000*s-1的速率通过光照区域。然而，本领域普通技术人员将了解，该速率可根据所采用的仪器类型而变化。电子门控的检测器测量表示光散射程度的脉冲的量级。这些脉冲的量级被电子地分类成“频段”或“频道”，允许显示具有某些定量特性(例如，细胞染色特性、直径、细胞膜)的细胞数量相对于频道数量的直方图。这种分析允许确定每个“频段”中细胞的数量，所述频段在本文所述的实施方案中是“微生物类型”频段，例如细菌、真菌、线虫、原生动物、古细菌、藻类、沟鞭藻、病毒、类病毒等。在一个实施方案中，用一种或多种荧光染料对样品进行染色，以便能够通过流式细胞仪或其他一些利用荧光的检测和定量方法(如荧光显微术)实行检测，其中荧光染料对特定微生物类型是特异性的。该方法可以实现对样品中给定生物体类型的细胞数量和/或细胞体积的定量。在另一个实施方案中，如本文所述，利用流式细胞术来确定生物体类型的独特第一标志物和/或独特第二标志物(如酶表达、细胞表面蛋白质表达等)的存在和数量。还可以生成例如光散射相对于细胞膜染色产生的荧光(相对于蛋白质染色或dna染色产生的荧光)的二变量或三变量直方图或等高线图，并由此可获得关于整个群体内细胞之中多种目标特性分布的印象。这种多参数流式细胞术数据的多个显示是常用的，并且适合与本文所述的方法一起使用。在处理样品以检测一种或多种微生物类型的存在和数量的一个实施方案中，采用显微术测定(图1，1001、1002)。在一个实施方案中，显微术是光学显微术，其中使用可见光和透镜系统来放大小样品的图像。数字图像可以通过电荷耦合器件(ccd)相机捕获。其他显微技术包括但不限于扫描电子显微术和透射电子显微术。根据本文提供的方面可视化和定量微生物类型。在另一个实施方案中，为了检测一种或多种微生物类型的存在和数量，对样品或其一部分进行荧光显微术分析。不同的荧光染料可用于直接对样品中的细胞进行染色并使用落射荧光显微镜以及上述流式细胞术定量总细胞计数。用于定量微生物的有用染料包括但不限于吖啶橙(ao)、4,6-二氨基-2苯基吲哚(dapi)和5-氰基-2,3二甲苯基四唑氯化物(ctc)。活细胞可通过活力染色方法，如细菌活力试剂盒(bac-lighttm)来估算，所述试剂盒含有两种核酸染色剂：绿色荧光syto9tm染料渗透所有细胞膜而红色荧光碘化丙啶(pi)染料渗透细胞膜受损的细胞。因此，细胞膜受损的细胞将染成红色，而细胞膜未受损的细胞将染成绿色。荧光原位杂交(fish)扩展了落射荧光显微术，使得可以快速检测和点计具体生物体。fish使用荧光标记的寡核苷酸探针(通常为15-25个碱基对)，所述寡核苷酸探针特异性结合样品中的生物体dna，允许使用落射荧光或共聚焦激光扫描显微镜(clsm)可视化细胞。催化报告基因沉积荧光原位杂交(card-fish)通过使用用辣根过氧化物酶(hrp)标记的寡核苷酸探针来改进fish方法，以扩增从所研究的微生物获得的信号的强度。fish可与其他技术组合以表征微生物群落。一种组合技术是高亲和力肽核酸(pna)-fish，其中探针具有增强的穿透细胞外聚合物质(eps)基质的能力。另一个实例是live/dead-fish，它将细胞活力试剂盒与fish组合起来，并已用于评定饮用水分配系统中的消毒效率。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行拉曼显微光谱术分析以便确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的绝对数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。拉曼显微光谱术是一种非破坏性的且无标记的，能够检测和测量单细胞拉曼光谱(scrs)的技术。典型的scrs提供单个细胞的固有生化“指纹”。scrs中包含丰富的生物分子(包括核酸、蛋白质、碳水化合物和脂质)信息，这能够表征不同的细胞种类、生理变化和细胞表型。拉曼显微术通过不同细胞生物标志物的化学键检查激光的散射。scrs是单个细胞中所有生物分子的光谱的总和，表明细胞的表型谱。作为基因表达的结果，细胞表型通常反映基因型。因此，在相同的生长条件下，不同的微生物类型给出对应于其基因型差异的不同scrs，并因此可以通过它们的拉曼光谱来鉴定。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行离心以便确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。此过程通过使用离心机产生的离心力沉积不均匀的混合物。混合物中更密集的组分远离离心机的轴线迁移，而混合物中较不密集的组分向着轴线迁移。离心可以允许将样品分级成细胞质、膜和细胞外部分。它还可以用于确定目标生物分子的定位信息。另外，离心可用于分级总微生物群落dna。不同原核生物组群的不同之处在于其dna鸟嘌呤加胞嘧啶(g+c)含量，因此基于g+c含量的密度梯度离心是区分生物类型和与每种类型相关的细胞数量的方法。该技术生成整个群落dna的分级谱，并指示随g+c含量而变的dna丰度。将总群落dna物理分离成高度纯化的级分，每个级分代表可通过其他分子技术如变性梯度凝胶电泳(dgge)/扩增核糖体dna限制性分析(ardra)(参见本文论述)来分析的不同g+c含量，以评定总微生物群落多样性和一种或多种微生物类型的存在/数量。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行染色以便确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。染色剂和染料可用于可视化细胞内的生物组织、细胞或细胞器。染色可以与显微术、流式细胞术或凝胶电泳结合使用，以可视化或标志不同微生物类型特有的细胞或生物分子。体内染色是对活组织染色的方法，而体外染色涉及对已从生物学背景中移除的细胞或结构染色。与本文所述的方法一起使用的具体染色技术的实例包括但不限于：用于确定细菌的革兰氏状态的革兰氏染色、用于鉴定内生孢子存在的内生孢子染色、ziehl-neelsen染色、用于检查组织薄切片的苏木精和伊红染色、用于检查来自不同身体分泌物的细胞样品的巴氏染色(papanicolaoustaining)、碳水化合物的过碘酸-希夫染色(periodicacid-schiffstaining)、采用三色染色方案来区分细胞与周围结缔组织的马森三色染色(masson’strichome)、用于检查血液或骨髓样品的瑞氏染色(romanowskystain)(或包括瑞特氏染色(wright'sstain)、哲纳尔氏染色(jenner'sstain)、迈格林华染色(may-grunwaldstain)、李斯曼氏染色(leishmanstain)和吉姆萨氏染色(giemsastain)的常见变型)、用于显示蛋白质和dna的银染色、用于脂质的苏丹染色以及用于检测真内生孢子的康克林氏染色。常见的生物染色剂包括用于细胞周期测定的吖啶橙；用于酸性粘蛋白的俾斯麦棕；用于糖原的胭脂红；用于核的胭脂红明矾；用于蛋白质的考马斯蓝；用于神经元细胞质的酸性组分的甲酚紫；用于细胞壁的结晶紫；用于核的dapi；用于细胞质物质、细胞膜、一些细胞外结构和红细胞的伊红；用于dna的溴化乙锭；用于胶原、平滑肌或线粒体的酸性品红；用于核的苏木精；用于dna的hoechst染色剂；用于淀粉的碘；用于细菌(吉曼尼兹染色技术)和孢子的孔雀石绿；用于染色质的甲基绿；用于动物细胞的亚甲蓝；用于尼氏物质的中性红；用于核的尼罗蓝；用于脂质体的尼罗红；用于脂质的四氧化锇；用于荧光显微术的罗丹明；用于核的番红。染色剂还用于透射电子显微术以增强对比度，并且包括磷钨酸、四氧化锇、四氧化钌、钼酸铵、碘化镉、碳酰肼、氯化铁、乌洛托品、三氯化铟、硝酸镧、乙酸铅、柠檬酸铅、硝酸铅(ii)、过碘酸、磷钼酸、铁氰化钾、亚铁氰化钾、钌红、硝酸银、蛋白银、氯金酸钠、硝酸铊、氨基硫脲、乙酸铀酰、硝酸铀酰和硫酸氧钒。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行质谱(ms)分析以便确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。如下所述，ms也可用于检测样品中一种或多种独特标志物的存在和表达(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。例如，ms用于检测微生物类型特有的蛋白质和/或肽标志物的存在和数量，并由此评定样品中各微生物类型的数量。定量可利用稳定同位素标记或不利用标记。肽的从头测序也可直接从ms/ms光谱或序列标签(产生可以与数据库匹配的短标签)中进行。ms还可以揭示蛋白质的翻译后修饰并鉴定代谢物。ms可与色谱和其他分离技术(如气相色谱法、液相色谱法、毛细管电泳、离子迁移)结合使用，以提高质量分辨率和测定。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行脂质分析以便确定微生物类型的存在和至少一种微生物类型的数量(图1，1001-1002；图2，2001-2002)。脂肪酸以相对恒定的比例存在于细胞生物质中，并且特征性脂肪酸存在于微生物细胞中，使得可以区分群落内的微生物类型。在一个实施方案中，通过皂化然后衍生化提取脂肪酸，得到相应的脂肪酸甲酯(fame)，然后通过气相色谱法分析所述脂肪酸甲酯。之后将一个实施方案中的fame谱与参考fame数据库进行比较，以通过多变量统计分析鉴定脂肪酸及其对应的微生物特征。在本文提供的方法的方面中，测量样品或其一部分(例如，样品等分试样)中独特的第一标志物的数量，以及每种独特的第一标志物的丰度(图1，1003；图2，2003)。独特标志物是微生物菌株的标志物。本领域普通技术人员应理解，根据探测和测量的独特标志物，不需要分析整个样品。例如，如果独特标志物是对细菌菌株独特的，则不需要分析样品的真菌部分。如上所述，在一些实施方案中，测量样品中一种或多种生物体类型的绝对丰度包括例如通过流式细胞术根据生物体类型分离样品。本文可以使用对生物菌株独特的任何标志物。例如，标志物可包括但不限于小亚基核糖体rna基因(16s/18srdna)、大亚基核糖体rna基因(23s/25s/28srdna)、插入的5.8s基因、细胞色素c氧化酶、β-微管蛋白、延伸因子、rna聚合酶和内部转录间隔区(its)。核糖体rna基因(rdna)，尤其是小亚基核糖体rna基因，即真核生物中的18srrna基因(18srdna)和原核生物中的16srrna(16srdna)，已成为评定微生物群落中的生物体类型和菌株的主要靶标。然而，大亚基核糖体rna基因28srdna也已被靶向。rdna适用于分类学鉴定，原因在于：(i)它们在所有已知生物体中普遍存在；(ii)它们拥有保守区和可变区两者；(iii)存在一个指数级扩展的序列数据库可用于比较。在样品的群落分析中，保守区用作对应的通用pcr和/或测序引物的退火位点，而可变区可用于系统发生分化。此外，细胞中高拷贝数的rdna有助于从环境样品进行检测。位于18srdna与28srdna之间的内部转录间隔区(its)也已被靶向。its被转录，但在核糖体组装之前被剪接掉。its区由两个高度可变的间隔区its1和its2以及插入的5.8s基因组成。此rdna操纵子在基因组中以多个拷贝出现。因为its区不编码核糖体组分，所以它是高度可变的。在一个实施方案中，独特的rna标志物可以是mrna标志物、sirna标志物或核糖体rna标志物。蛋白质编码功能基因在本文中也可用作独特的第一标志物。此类标志物包括但不限于：重组酶a基因家族(细菌reca、古细菌rada和radb、真核生物rad51和rad57、噬菌体uvsx)；rna聚合酶β亚基(rpob)基因，其负责转录起始和延伸；伴侣蛋白。还鉴定了用于细菌加古细菌的候选标志基因：核糖体蛋白s2(rpsb)、核糖体蛋白s10(rpsj)、核糖体蛋白l1rpla)、翻译延伸因子ef-2、翻译起始因子if-2、金属内肽酶、核糖体蛋白l22、ffh信号识别颗粒蛋白、核糖体蛋白l4/l1e(rpld)、核糖体蛋白l2(rplb)、核糖体蛋白s9(rpsi)、核糖体蛋白l3(rplc)、苯丙氨酰基-trna合酶β亚基、核糖体蛋白l14b/l23e(rpln)、核糖体蛋白s5、核糖体蛋白s19(rpss)、核糖体蛋白s7、核糖体蛋白l16/l10e(rplp)、核糖体蛋白s13(rpsm)、苯丙氨酰基-trna合酶α亚基、核糖体蛋白l15、核糖体蛋白l25/l23、核糖体蛋白l6(rplf)、核糖体蛋白l11(rplk)、核糖体蛋白l5(rple)、核糖体蛋白s12/s23、核糖体蛋白l29、核糖体蛋白s3(rpsc)、核糖体蛋白s11(rpsk)、核糖体蛋白l10、核糖体蛋白s8、trna假尿苷合酶b、核糖体蛋白l18p/l5e、核糖体蛋白s15p/s13e、胆色素原脱氨酶、核糖体蛋白s17、核糖体蛋白l13(rplm)、磷酸核糖甲酰甘氨脒环连接酶(rpse)、核糖核酸酶hii和核糖体蛋白l24。用于细菌的其他候选标志基因包括：转录延伸蛋白nusa(nusa)、rpobdna指导的rna聚合酶亚基β(rpob)、gtp结合蛋白enga、rpocdna指导的rna聚合酶亚基β'、pria引发体组装蛋白、转录-修复偶联因子、ctp合酶(pyrg)、secy前蛋白移位酶亚基secy、gtp结合蛋白obg/cgta、dna聚合酶i、rpsf30s核糖体蛋白s6、poadna指导的rna聚合酶亚基α、肽链释放因子1、rpli50s核糖体蛋白l9、多核糖核苷酸核苷酸转移酶、tsf延伸因子ts(tsf)、rplq50s核糖体蛋白l17、trna(鸟嘌呤-n(1)-)-甲基转移酶(rpls)、rply可探测50s核糖体蛋白l25、dna修复蛋白rada、葡萄糖抑制的分裂蛋白a、核糖体结合因子a、dna错配修复蛋白mutl、smpbssra结合蛋白(smpb)、n-乙酰葡糖胺基转移酶、s-腺苷-甲基转移酶mraw、udp-n-乙酰胞壁酰基丙氨酸-d-谷氨酸连接酶、rpls50s核糖体蛋白l19、rplt50s核糖体蛋白l20(rplt)、ruva霍利迪连接体dna解旋酶、ruvb霍利迪连接体dna解旋酶b、sers丝氨酰-trna合酶、rplu50s核糖体蛋白l21、rpsr30s核糖体蛋白s18、dna错配修复蛋白muts、rpst30s核糖体蛋白s20、dna修复蛋白recn、frr核糖体再循环因子(frr)、重组蛋白recr、未知功能蛋白upf0054、miaatrna异戊烯基转移酶、gtp结合蛋白ychf、染色体复制起始蛋白dnaa、脱磷酸-coa激酶、16srrna加工蛋白rimm、atp-锥结构域蛋白、1-脱氧-d-木酮糖5-磷酸还原异构酶、2c-甲基-d-赤藓糖醇2,4-环二磷酸合酶、脂肪酸/磷脂合成蛋白质plsx、trna(ile)-赖西丁合酶、dnagdna引物酶(dnag)、ruvc霍利迪连接体解离酶、rpsp30s核糖体蛋白s16、重组酶areca、核黄素生物合成蛋白ribf、甘氨酰-trna合酶β亚基、trmutrna(5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷酸)-甲基转移酶、rpmi50s核糖体蛋白l35、heme尿卟啉原脱羧酶、杆状决定蛋白、rpma50s核糖体蛋白l27(rpma)、肽基-trna水解酶、翻译起始因子if-3(infc)、udp-n-乙酰胞壁酰-三肽合酶、rpmf50s核糖体蛋白l32、rpil50s核糖体蛋白l7/l12(rpil)、leus亮氨酰-trna合酶、liganad依赖性dna连接酶、细胞分裂蛋白ftsa、gtp结合蛋白typa、atp依赖性clp蛋白酶、atp结合亚基clpx、dna复制和修复蛋白recf以及udp-n-乙酰烯醇丙酮酰葡糖胺还原酶。磷脂脂肪酸(plfa)也可用作根据本文所述的方法的独特第一标志物。由于plfa在微生物生长过程中快速合成，未在存储分子中发现并在细胞死亡过程中迅速降解，因此它提供了对当前活群落的准确普查。所有细胞都含有脂肪酸(fa)，脂肪酸可被提取并酯化以形成脂肪酸甲酯(fame)。当使用气相色谱法-质谱法分析fame时，得到的谱构成样品中微生物的“指纹”。细菌和真核生物结构域中的生物体的膜化学组成包括通过酯型键与甘油连接的脂肪酸(磷脂脂肪酸(plfa))。相比之下，古细菌的膜脂质由通过醚型键与甘油连接的长支链烃组成(磷脂醚脂(plel))。这是最广泛使用的区分这三个结构域的非遗传标准之一。在这种情况下，衍生自微生物细胞膜、特征在于不同的酰基链的磷脂是优异的特征分子，因为这种脂质结构多样性可以与特定的微生物类群相关联。如本文所提供的，为了确定生物体菌株是否是活性的，测量一种或多种独特的第二标志物的表达水平，第二标志物可以与第一标志物相同或不同(图1，1004；图2，2004)。独特的第一独特标志物如上所述。独特的第二标志物是微生物活性的标志物。出于本发明的目的，例如在一个实施方案中，上述任何第一标志物的mrna或蛋白质表达被认为是用于本发明目的的独特的第二标志物。在一个实施方案中，如果第二标志物的表达水平高于阈值水平(例如，对照水平)或为阈值水平，则认为微生物是活性的(图1，1005；图2，2005)。在一个实施方案中，如果第二标志物的表达水平与阈值水平(在一些实施方案中，是对照水平)相比，改变至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％或至少约30％，则确定活性。在一个实施方案中，以蛋白质、rna或代谢物水平测量第二独特标志物。独特第二标志物与第一独特标志物相同或不同。如上文所提供的，可以根据本文所述的方法检测许多独特第一标志物和独特第二标志物。此外，独特第一标志物的检测和定量是根据本领域普通技术人员已知的方法进行的(图1，1003-1004，图2，2003-2004)。在一个实施方案中，使用核酸测序(例如，gdna、cdna、rrna、mrna)确定独特第一标志物和/或独特第二标志物的绝对丰度。测序平台包括但不限于可从roche/454lifesciences、illumina/solexa、pacificbiosciences、iontorrent和nanopore获得的sanger测序和高通量测序方法。测序可以是具体dna或rna序列的扩增子测序或全宏基因组/转录物组鸟枪测序。传统的sanger测序(sanger等人(1977)dnasequencingwithchain-terminatinginhibitors.procnatl.acad.sci.usa,74,第5463–5467页，以引用的方式整体并入本文中)依赖于在体外dna复制期间通过dna聚合酶选择性地掺入链终止双脱氧核苷酸，并且适合与本文所述的方法一起使用。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行核酸提取，使用合适的引物扩增目标dna(如rrna基因)，并使用测序载体构建克隆文库。然后通过sanger测序对所选克隆进行测序，并检索目标dna的核苷酸序列，从而计算样品中独特微生物菌株的数量。来自roche/454lifesciences的454焦磷酸测序产生长读数并且可用于本文所述的方法(margulies等人(2005)nature,437,第376-380页；美国专利no6,274,320；6,258,568；6,210,891，所述文献各自的内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文中)。待测序的核酸(例如，扩增子或雾化的基因组/宏基因组dna)具有通过pcr或通过连接固定在任一端上的特异性衔接子。将具有衔接子的dna固定在悬浮于油包水乳液中的微珠(理想地，一个珠子将具有一个dna片段)上。然后执行乳液pcr步骤以制备每个dna片段的多个拷贝，产生的一组珠子中每个珠子含有相同dna片段的许多克隆拷贝。然后将每个珠子放入光纤芯片的孔中，所述光纤芯片还含有合成测序反应所必需的酶。添加碱(如a、c、g或t)触发焦磷酸盐释放，产生闪光，记录所述闪光以推断每个孔中dna片段的序列。每次运行可获得约100万个读数，读数长度可达1,000个碱基。可进行双端测序，产生读数对，每个读数始于给定dna片段的一端。在多重反应中可以产生分子条形码并将其置于衔接子序列和目标序列之间，使得能通过生物信息学方法将每个序列分配给样品。illumina/solexa测序产生约25个碱基对(bp)至约300bp的平均读数长度(bennett等人(2005)pharmacogenomics,6:373-382；lange等人(2014).bmcgenomics15,第63页；fadrosh等人(2014)microbiome2,第6页；caporaso等人(2012)ismej,6,第1621–1624页；bentley等人(2008)accuratewholehumangenomesequencingusingreversibleterminatorchemistry.nature,456:53–59)。这种测序技术也是合成测序，但使用可逆染料终止子和附接有寡核苷酸的流动池。待测序的dna片段在任一端上具有特异性衔接子，并在填充有特异性寡核苷酸的流动池上洗涤，特异性寡核苷酸与片段末端杂交。然后复制每个片段以制备具有相同片段的簇。然后在流动池上洗涤可逆的染料-终止子核苷酸，并给予时间附接。洗去过量的核苷酸，对流动细胞进行成像，并可去除可逆终止子，使得该过程可重复并可在后续循环中继续添加核苷酸。双端读数长度可达300个碱基。illumina平台每次运行可产生40亿个双端型式的片段，每个读数长度为125个碱基。条形码也可用于样品多重反应，但使用索引引物。solid(利用寡核苷酸连接和检测的测序，lifetechnologies)方法是“连接测序”方法，并且可以与本文所述的方法一起用于检测第一标志物和/或第二标志物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)(peckham等人solidtmsequencingand2-baseencoding.sandiego,ca:americansocietyofhumangenetics,2007；mitra等人(2013)analysisoftheintestinalmicrobiotausingsolid16srrnagenesequencingandsolidshotgunsequencing.bmcgenomics,14(增刊5):s16；mardis(2008)next-generationdnasequencingmethods.annurevgenomicshumgenet,9:387–402；所述文献各自的内容以引用的方式整体并入本文中)。从待测序的样品制备dna片段文库，并将其用于制备克隆珠群体，其中在每个磁珠的表面上仅存在一种片段。附接在磁珠上的片段将具有通用p1衔接子序列，使得每个片段的起始序列都是已知的并且是相同的。引物与文库模板内的p1接头序列杂交。一组四个荧光标记的二碱基探针竞争连接到测序引物。二碱基探针的特异性通过在每个连接反应中询问每第一碱基和每第二碱基来实现。执行多次连接、检测和切割循环，以循环次数确定最终读数长度。solid平台每次运行可产生多达30亿个读数，读数长度为75个碱基。双端测序是可用的并且可在本文中使用，但是对中第二个读数的长度仅为35个碱基。可通过类似于illumina所用系统的系统进行样品的多重反应，单独运行索引。与454测序一样，iontorrent系统适合与本文所述的方法一起用于检测第一标志物和/或第二标志物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。它使用含有珠子的微孔板，所述珠子上附接有dna片段。然而，它与所有其他系统的不同之处在于检测碱基掺入的方式。当将碱基添加到正在生长的dna链中时，释放出质子，这会稍微改变周围的ph。对ph敏感的微检测器与板上的孔相关联，并记录发生这些变化的时间。将不同的碱基(a、c、g、t)依次洗涤通过孔，从而推断出每个孔中的序列。ionproton平台每次运行可产生多达5000万个读数，读数长度为200个碱基。personalgenomemachine平台具有更长的读数，长400个碱基。双向测序是可行的。通过标准的在线分子条形码测序可以实现多重反应。pacificbiosciences(pacbio)smrt测序使用单分子实时测序方法，并且在一个实施方案中与本文所述的方法一起用于检测第一标志物和/或第二标志物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。pacbio测序系统不涉及扩增步骤，使它与其他主要的新一代测序系统区别开来。在一个实施方案中，在包含许多零模式波导(zmw)检测器的芯片上执行测序。将dna聚合酶附接到zmw检测器上，并在合成dna链时对磷酸连接染料标记的核苷酸掺入实时成像。pacbio系统每次运行产生非常长的读数长度(平均约4,600个碱基)和非常高的读数数量(约47,000)。典型的“双端”方法不与pacbio一起使用，因为读数通常足够长，通过ccs可以多次覆盖片段而无需独立地从每个端进行测序。利用pacbio的多重反应不涉及独立读数，而是遵循标准的“在线”条形码模型。在第一独特标志物是its基因组区的一个实施方案中，自动核糖体基因间隔区分析(arisa)在一个实施方案中用来确定样品中微生物菌株的数量和特性(图1，1003，图2，2003)(ranjard等人(2003).environmentalmicrobiology5,第1111-1120页，出于所有目的以引用的方式整体并入)。its区在长度和核苷酸序列上均具有显著的异质性。使用荧光标记的正向引物和自动dna测序仪可实现高分离度和高通量。在每个样品中包含内标提供了确定通用片段大小的准确性。在另一个实施方案中，pcr扩增rdna片段的片段长度多态性(rflp)，也称为扩增核糖体dna限制性分析(ardra)，用于表征样品中的独特第一标志物及其丰度(图1，1003，图2，2003)(massol-deya等人(1995).mol.microb.ecol.manual.3.3.2,第1-18页，出于所有目的以引用的方式整体并入)。使用通用引物通过pcr生成rdna片段，用限制酶消化，在琼脂糖或丙烯酰胺凝胶中进行电泳，并用溴化乙锭或硝酸银染色。用于检测独特第一标志物的存在和丰度的一种指纹分析技术是单链构象多态性(sscp)(lee等人(1996).applenvironmicrobiol62,第3112-3120页；scheinert等人(1996).j.microbiol.methods26,第103-117页；schwieger和tebbe(1998).appl.environ.microbiol.64,第4870-4876页，所述文献各自的内容以引用的方式整体并入本文中)。在此技术中，使利用对16srrna基因特异的引物获得的dna片段如pcr产物变性，并在非变性凝胶上直接进行电泳。基于单链dna的大小差异和折叠构象差异(影响电泳迁移率)进行分离。电泳过程中dna链的再退火可通过多种策略来预防，包括在pcr中使用一个磷酸化引物，然后用λ外切核酸酶特异性消化磷酸化链，并在变性后使用一个生物素化引物对单个链进行磁分离。为了评定给定聚生体中优势群体的特性，在一个实施方案中，切除条带并测序，或者可将sscp模式与特异性探针杂交。电泳条件，如凝胶基质、温度和向凝胶中添加甘油会影响分离。除了基于测序的方法，其他用于定量第二标志物的表达(例如，基因、蛋白质表达)的方法适合与本文提供的方法一起用于确定一种或多种第二标志物的表达水平(图1，1004；图2，2004)。例如，定量rt-pcr、微阵列分析、线性扩增技术如基于核酸序列的扩增(nasba)都适合与本文所述的方法一起使用，并且可以根据本领域普通技术人员已知的方法进行。在另一个实施方案中，使样品或其一部分进行定量聚合酶链式反应(pcr)以检测第一标志物和/或第二标志物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。通过将转录的核糖体和/或信使rna(rrna和mrna)逆转录成互补dna(cdna)，然后进行pcr(rt-pcr)来测量特异性微生物菌株活性。在另一个实施方案中，对样品或其一部分进行基于pcr的指纹分析技术以检测第一标志物和/或第二标志物的存在和丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。可以基于核苷酸组成通过电泳分离pcr产物。不同dna分子之间的序列变异影响解链行为，因此具有不同序列的分子将停止在凝胶中的不同位置迁移。因此，电泳谱可通过不同条带或峰的位置和相对强度来限定，并且可被转换为数值数据以用于多样性指数计算。也可从凝胶上切下条带，然后测序以揭示群落成员的系统发生关系。电泳方法包括但不限于：变性梯度凝胶电泳(dgge)、温度梯度凝胶电泳(tgge)、单链构象多态性(sscp)、限制性片段长度多态性分析(rflp)或扩增核糖体dna限制性分析(ardra)、末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)、自动核糖体基因间隔区分析(arisa)、随机扩增多态性dna(rapd)、dna扩增指纹分析(daf)和bb-peg电泳。在另一个实施方案中，使样品或其一部分经历基于芯片的平台如微阵列或微流体，以确定独特第一标志物的丰度和/或独特第二标志物的存在/丰度(图1，1003-1004；图2，2003-2004)。从样品中的总dna扩增pcr产物，并直接与固定在微阵列上的已知分子探针杂交。在荧光标记的pcr扩增子与探针杂交后，通过使用共聚焦激光扫描显微对阳性信号进行评分。微阵列技术允许通过复制快速评估样品，这是微生物群落分析中的显著优势。一般而言，微阵列上的杂交信号强度与靶生物体的丰度成正比。通用高密度16s微阵列(phylochip)含有约30,000个靶向几种培养的微生物物种和“候选分类”的16srrna基因探针。这些探针靶向所有121个划定的原核生物目，并允许同时检测8,741个细菌和古细菌类群。用于分析微生物群落的另一种微阵列是功能基因阵列(fga)。与phylochips不同，fga主要设计用来检测细菌的特定代谢组群。因此，fga不仅揭示了群落结构，而且还阐明了原位群落代谢潜力。fga含有来自具有已知生物功能的基因的探针，因此它们可用于将微生物群落组成与生态系统功能联系起来。称为geochip的fga含有>24,000种探针，这些探针来自各种生物地球化学、生态学和环境过程(如氨氧化、甲烷氧化和固氮)中涉及的所有已知代谢基因。在一个实施方案中，蛋白质表达测定与本文所述的方法一起用于确定一种或多种第二标志物的表达水平(图1，1004；图2，2004)。例如，在一个实施方案中，利用质谱法或免疫测定如酶联免疫吸附测定(elisa)来定量一种或多种独特第二标志物的表达水平，其中所述一种或多种独特第二种标志物是蛋白质。在一个实施方案中，使样品或其一部分经历溴脱氧尿苷(brdu)掺入以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。brdu是胸苷的合成核苷类似物，可以掺入新合成的复制细胞dna中。然后可以使用对brdu特异的抗体来检测碱基类似物。因此，brdu掺入鉴定可活跃复制它们的dna的细胞，这是根据本文所述方法的一个实施方案的微生物活性量度。brdu掺入可与fish组合使用以提供靶细胞的特性和活性。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行结合fish的显微放射自显影术(mar)以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。mar-fish基于将放射性底物掺入细胞中，使用放射自显影术检测活性细胞并使用fish鉴定细胞。用显微镜以单细胞分辨率进行活细胞的检测和鉴定。mar-fish提供有关总细胞、探针靶细胞和掺入给定放射性标记的物质的细胞百分比的信息。该方法实现对靶微生物的原位功能的评定，并且是研究微生物的体内生理学的有效方法。结合mar-fish开发用于定量细胞特异性底物摄取的技术被称为定量mar(qmar)。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行结合fish的稳定同位素拉曼光谱术(拉曼-fish)以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。此技术结合了稳定同位素探测、拉曼光谱术和fish以将代谢过程与具体生物体联系起来。细胞掺入稳定同位素的比例影响光散射，导致标记的细胞组分(包括蛋白质和mrna组分)发生可测量峰移位。拉曼光谱术可用于鉴定细胞是否合成化合物，包括但不限于：油(如烷烃)、脂质(如三酰基甘油(tag))、特异性蛋白质(如血红素蛋白、金属蛋白)、细胞色素(如p450、细胞色素c)、叶绿素、发色团(如用于光捕获类胡萝卜素和视紫红质的色素)、有机聚合物(如聚羟基链烷酸酯(pha)、聚羟基丁酸酯(phb))、类何帕醇(hopanoid)、类固醇、淀粉、硫化物、硫酸盐和次级代谢物(如维生素b12)。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行dna/rna稳定同位素探测(sip)以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。sip使得能够确定与特定代谢途径相关联的微生物多样性，并且一直以来通常用于研究涉及碳和氮化合物利用的微生物。用稳定同位素(如13c或15n)标记目标底物并将其添加到样品中。只有能够代谢底物的微生物才能将底物掺入它们的细胞中。随后，可以通过密度梯度离心分离13c-dna和15n-dna并用于宏基因组分析。基于rna的sip可以是用于sip研究的响应性生物标志物，因为rna本身是细胞活性的反映。在一个实施方案中，使样品或其一部分经历同位素阵列以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。同位素阵列允许以高通量方式对活性微生物群落进行功能和系统发生筛选。该技术使用sip和微阵列技术的组合，sip用于监测底物摄取谱，微阵列技术用于确定活性微生物群落的分类学特性。将样品与14c标记的底物一起孵育，所述底物在生长过程中掺入微生物生物质中。将14c标记的rrna与未标记的rrna分离，然后用荧光染料进行标记。将荧光标记的rrna杂交到系统发生微阵列，然后扫描放射性和荧光信号。因此，该技术允许同时研究微生物群落组成以及复杂微生物群落的代谢活性微生物的特异性底物消耗。在一个实施方案中，对样品或其一部分进行代谢组学测定以确定第二独特标志物的水平(图1，1004；图2，2004)。代谢组学研究代谢组，代谢组代表在生物细胞、组织、器官或生物体中所有代谢物即细胞过程的最终产物的集合。此方法可用于监测微生物和/或微生物介导的过程的存在，因为它允许将特定代谢物谱与不同的微生物相关联。可使用诸如气相色谱法-质谱法(gc-ms)的技术获得与微生物活性相关联的细胞内和细胞外代谢物的谱。代谢组学样品的复杂混合物可通过诸如气相色谱法、高效液相色谱法和毛细管电泳的技术来分离。代谢物的检测可通过质谱法、核磁共振(nmr)光谱术、离子迁移谱、电化学检测(与hplc结合)和放射性标记(当与薄层色谱法组合时)进行。根据本文所述的实施方案，确定样品中一种或多种活性微生物菌株的存在和相应数量(图1，1006；图2，2006)。例如，对通过测定第一标志物的数量和存在而获得的菌株特性信息进行分析以确定存在多少独特第一标志物，从而代表独特的微生物菌株(例如，通过计算测序测定中序列读数的数量)。在一个实施方案中，此值可表示为第一标志物的总序列读数的百分比，以给出具体微生物类型的独特微生物菌株的百分比。在另一个实施方案中，将此百分比乘以微生物类型的数量(在步骤1002或2002中获得，参见图1和图2)，得出样品中和给定体积中一种或多种微生物菌株的绝对丰度。如上所述，如果第二独特标志物表达水平处于阈值水平，高于阈值，例如比对照水平高至少约5％、至少约10％、至少约20％或至少约30％，那么一种或多种微生物菌株则视为活性的。在本发明的另一个方面，在多个样品中确定用于确定一种或多种微生物菌株的绝对丰度的方法(图2，具体参见2007)。若要微生物菌株被分类为活性的，其仅需要在一个样品中为活性的即可。样品可在多个时间点取自相同的来源，或者可来自不同的环境来源(例如，不同的动物)。在一个实施方案中，使用样品的绝对丰度值将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联(图2，2008)。在一个实施方案中，环境参数是第二活性微生物菌株的存在。在一个实施方案中，通过相关性分析或通过网络分析来确定菌株和参数的共现，从而将一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联。在一个实施方案中，确定一种或多种活性微生物菌株与环境参数的共现包括网络和/或聚类分析方法，以测量网络内菌株与环境参数的连通性，其中所述网络是共享共同或相似环境参数的两个或多个样品的集合。在另一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法可应用于确定样品中两种或更多种活性微生物菌株的共现(图2，2008)。在另一个实施方案中，网络分析包括非参数方法，所述非参数方法包括用于在变量之间建立连通性的交互信息。在另一个实施方案中，网络分析包括连锁分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或它们的组合(图2，2009)。在另一个实施方案中，聚类分析方法包括构建连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型和/或使用社区检测算法，如louvain、bron-kerbosch、girvan-newman、clauset-newman-moore、pons-latapy和wakita-tsurumi算法(图2，2010)。在一个实施方案中，聚类分析方法是基于模块性优化的启发式方法。在另一个实施方案中，聚类分析方法是louvain方法。参见，例如blondel等人(2008).fastunfoldingofcommunitiesinlargenetworks.journalofstatisticalmechanics:theoryandexperiment,第2008卷,2008年10月，出于所有目的以引用的方式整体并入本文中。在另一个实施方案中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或它们的组合进行预测性网络建模。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括lotka-volterra建模。在一个实施方案中，将样品中一种或多种活性微生物菌株与环境参数相关联(例如，确定共现)包括产生填充有表示环境参数与微生物菌株关联的连锁的矩阵。在一个实施方案中，编译在步骤2007获得的多重样品数据(例如，可在两个或更多个时间点收集的两个或更多个样品，其中每个时间点对应于单个样品)。在另一个实施方案中，将每个样品中一种或多种微生物菌株各自的细胞数量存储在关联矩阵(在一些实施方案中，可以是丰度矩阵)中。在一个实施方案中，利用通过关联(例如，丰度)数据加权的规则挖掘方法，使用关联矩阵来识别特定时间点样品中活性微生物菌株之间的关联。在一个实施方案中应用过滤器去除不重要的规则。在一个实施方案中，例如通过共现测定将一种或多种或两种或更多种活性微生物菌株的绝对丰度与一种或多种环境参数关联(图2，2008)。使用者根据待分析的样品选择环境参数，并且所述环境参数不受本文所述方法的限制。环境参数可以是样品本身的参数，例如ph、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落特性变化的参数(即，其中微生物群落的“特性”以群落中微生物菌株的类型和/或特定微生物菌株的数量来表征)，或环境参数受微生物群落特性变化的影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄入量或由哺乳反刍动物产生的乳量(或乳中的蛋白质或脂肪含量)在一个实施方案中，环境参数是存在于相同样品中的微生物群落中第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。在本文所述的一些实施方案中，环境参数被称为元数据参数。元数据参数的其他实例包括但不限于样品来源宿主的遗传信息(例如，dna突变信息)、样品ph、样品温度、特定蛋白质或mrna的表达、周围环境/生态系统中的营养条件(例如，一种或多种营养素的水平和/或特性))、疾病的易感性或抗性、疾病的发作或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异生化合物(药物)的功效、天然产物的生物合成或它们的组合。例如，根据一个实施方案，根据图2的方法(即2001-2007)计算多个样品的微生物菌株数量变化。编译一种或多种活性菌株随时间推移的菌株数量变化(例如，根据步骤2006最初被鉴定为活性的一种或多种菌株)，并记下变化的方向性(即，负值表示减少，正值表示增加)。细胞随时间推移变化的数量表现为网络，微生物菌株代表节点，丰度加权规则代表边缘。利用马尔可夫链和随机游走来确定节点之间的连通性并定义聚类。在一个实施方案中使用元数据过滤聚类，以便识别与所需元数据相关联的聚类(图2，2008)。在另一个实施方案中，通过整合细胞数量随时间推移的变化和靶聚类中存在的菌株，根据重要性对微生物菌株进行评级，其中细胞数量变化最大的等级最高。在一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一种或多种菌株的连通性，其中网络是共享共同或相似环境参数的两个或更多个样品的集合。在一个实施方案中，网络分析包括连锁分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或它们的组合。在另一个实施方案中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、社交网络理论、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或它们的组合进行预测性网络建模。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括lotka-volterra建模。聚类分析方法包括建立连通性模型、子空间模型、分布模型、密度模型或质心模型。例如用以执行图2的方法步骤2008的基于网络和聚类的分析可以通过模块进行。如本文所使用的，模块可以是例如任何组件、指令和/或一组操作性耦合的电子部件，并且可以包括例如存储器、处理器、电迹线、光学连接器、软件(在硬件中执行)和/或类似物。牛科动物病原体抗性和清除在一些方面，本公开涉及向母牛施用本文所述的一种或多种微生物组合物以清除胃肠道中的病原微生物。在一些实施方案中，本公开进一步涉及施用本文所述的微生物组合物以防止胃肠道中病原微生物的定植。在一些实施方案中，施用本文所述的微生物组合物进一步清除了母牛体表和呼吸道中的病原体，和/或防止病原体在体表上和呼吸道中定植。在一些实施方案中，施用本文所述的微生物组合物减少了肠漏/肠道渗透性、炎症和/或肝脏疾病的发生率。在一些实施方案中，本公开的微生物组合物包含以小于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％或0.01％的相对丰度存在于母牛胃肠道中的一种或多种微生物。在一些实施方案中，在施用本公开的微生物组合物后，所述一种或多种微生物以至少0.5％、1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的相对丰度存在于母牛胃肠道中。母牛的病原微生物可包括以下：产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)、肉毒杆菌(clostridiumbotulinum)、伤寒沙门氏菌(salmonellatypi)、鼠伤寒沙门氏菌(salmonellatyphimurium)、肠沙门氏菌(salmonellaenterica)、鸡白痢沙门氏菌(salmonellapullorum)、猪丹毒杆菌(erysipelothrixinsidiosa)、空肠弯曲杆菌(campylobacterjejuni)、大肠弯曲杆菌(campylobactercoli)、海鸥弯曲杆菌(campylobacterlari)、单核细胞增生李斯特氏菌(listeriamonocytogenes)、无乳链球菌(streptococcusagalactiae)、停乳链球菌(streptococcusdysgalactiae)、牛棒状杆菌(corynebacteriumbovis)、支原体属种(mycoplasmasp.)、柠檬酸杆菌属种(citrobactersp.)、肠杆菌属种(enterobactersp.)、铜绿假单胞菌(pseudomonasaeruginosa)、巴斯德氏菌属种(pasteurellasp.)、蜡状芽孢杆菌(bacilluscereus)、地衣芽孢杆菌(bacilluslicheniformis)、乳房链球菌(streptococcusuberis)、金黄色葡萄球菌(staphylococcusaureus)、以及大肠杆菌(escherichiacoli)和金黄色葡萄球菌的病原菌株。在一些实施方案中，病原微生物包括病毒病原体。在一些实施方案中，病原微生物对母牛和人都是致病的。在一些实施方案中，病原微生物对母牛抑或人是致病的。在一些实施方案中，向母牛施用本公开的组合物调节胃肠微生物组的组成，使得施用的微生物胜过胃肠道中存在的微生物病原体。在一些实施方案中，向含有微生物病原体的母牛施用的本公开的组合物胜过病原体并清除了母牛的病原体。在一些实施方案中，施用本公开的组合物刺激宿主免疫，并有助于清除微生物病原体。在一些实施方案中，施用本公开的组合物引入了微生物，其产生的抑菌和/或杀菌组分减少或清除母牛的微生物病原体。(美国专利8,345,010)。在一些实施方案中，在施用本公开的一种或多种组合物后，用微生物定植体或微生物病原体激发母牛防止了微生物定植体或微生物病原体生长至相对丰度大于15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％或0.01％。在另一个实施方案中，在施用本公开的一种或多种组合物后，用微生物定植体或微生物病原体激发母牛防止了微生物定植体或微生物病原体定植于母牛。在一些实施方案中，微生物定植体或微生物病原体的清除发生在施用本公开的一种或多种组合物后的少于25天、少于24天、少于23天、少于22天、少于21天、少于20天、少于19天、少于18天、少于17天、少于16天、少于15天、少于14天、少于13天、少于12天、少于11天、少于10天、少于9天、少于8天、少于7天、少于6天、少于5天、少于4天、少于3天或少于2天内。在一些实施方案中，微生物定植体或微生物病原体的清除发生在施用本公开的一种或多种组合物后的1-30天、1-25天、1-20天、1-15天、1-10天、1-5天、5-30天、5-25天、5-20天、5-15天、5-10天、10-30天、10-25天、10-20天、10-15天、15-30天、15-25天、15-20天、20-30天、20-25天或25-30天内。改善的性状在一些方面，本公开涉及向反刍动物施用本文所述的微生物组合物，以通过调节乳产量、乳量、乳质量、反刍动物消化化学以及饲料利用效率和消化率这些方面来改善一种或多种性状。在一些实施方案中，期望改善由反刍动物产生的乳脂量，其中乳脂包括甘油三酯、三酰基甘油酯、二酰基甘油酯、单酰基甘油酯、磷脂、胆固醇、糖脂和游离脂肪酸。在另外的实施方案中，游离脂肪酸包括短链脂肪酸(即，c4:0、c6:0和c8:0)、中链脂肪酸(即，c10:0、c10:1、c12:0、c14:0、c14:1和c15:0)和长链脂肪酸(即，c16:0、c16:1、c17:0、c17:1、c18:0、c18:1、c18:2、c18:3和c20:0)。在另外的实施方案中，期望实现乳脂效率的提高，乳脂效率是通过用产生的总乳脂重量除以摄取的饲料重量来测量的。产生的乳脂重量由测得的脂肪百分比乘以产生的乳重量计算得来。在一些实施方案中，期望改善由反刍动物产生的乳中碳水化合物的量，其中碳水化合物包括乳糖、葡萄糖、半乳糖和寡糖。tao等人(2009.j.dairysci.92:2991-3001)公开了可在母牛乳中发现的许多寡糖。在一些实施方案中，改善由反刍动物产生的乳中蛋白质的量，其中蛋白质包括酪蛋白和乳清。在一些实施方案中，目标蛋白质仅是在乳中产生的那些蛋白质。在其他实施方案中，目标蛋白质不必仅在乳中产生。乳清蛋白包括免疫球蛋白、血清白蛋白、β-乳球蛋白和α-乳球蛋白。在一些实施方案中，期望改善由反刍动物产生的乳中维生素的量。在乳中发现的维生素包括a、d、e和k族脂溶性维生素；以及在乳水相中发现的b族维生素。在一些实施方案中，期望改善由反刍动物产生的乳中矿物质的量。在乳中发现的矿物质包括铁、锌、铜、钴、镁、锰、钼、钙、磷、钾、钠、氯和柠檬酸。在乳中可发现痕量的以下物质：铝、砷、硼、溴、镉、铬、氟、碘、铅、镍、硒、硅、银、锶和钒。在一些实施方案中，期望提高由反刍动物产生的乳产量和乳体积。在一些实施方案中，更期望的是乳产量和体积的增加伴随的不仅仅是溶质体积的增加。在一些实施方案中，期望改善能量校正乳(ecm)。在另外的实施方案中，改善ecm量以增加计算的ecm输出。在一些实施方案中，ecm计算如下：ecm＝(0.327x乳磅数)+(12.95x脂肪磅数)+(7.2x蛋白质磅数)。在一些实施方案中，期望提高动物饲料的效率和消化率。在一些实施方案中，期望增加动物饲料中木质纤维素组分的降解。木质纤维素组分包括木质素、纤维素和半纤维素。在一些实施方案中，期望增加反刍动物瘤胃中脂肪酸的浓度。脂肪酸包括乙酸、丙酸和丁酸。在一些实施方案中，期望维持瘤胃中的ph平衡以防止有益微生物聚生体的裂解。在一些实施方案中，期望维持瘤胃中的ph平衡以防止有益微生物聚生体的减少。在一些实施方案中，期望减少由反刍动物产生的甲烷和粪肥的量。在一些实施方案中，期望改善干物质摄入量。在一些实施方案中，期望提高反刍动物摄取的饲料和干物质的氮利用率。在一些实施方案中，本公开的改善的性状是施用当前描述的微生物组合物的结果。据认为，微生物组合物调节反刍动物的微生物组，使得瘤胃的生物化学以这样的方式改变，即相比未施用本公开的微生物组合物的反刍动物的瘤胃，瘤胃液体和固体基质更有效和更完全地降解成亚组分和代谢物。在一些实施方案中，效率的提高和瘤胃基质降解的增加导致本公开的改善的性状的增加。作用模式：反刍动物消化率提高瘤胃是反刍动物中专门用于消化饲料组分的胃。多种多样的微生物群体栖息在瘤胃中，它们的主要功能围绕在将纤维和非纤维碳水化合物组分转化为可用的能量和蛋白质来源(图16)。具体而言，纤维素形成高达40％的植物生物质并且被认为无法由哺乳动物消化。纤维素还与其他结构性碳水化合物(包括半纤维素、果胶和木质素)紧密相关。瘤胃中的纤维素分解微生物利用广泛的酶活性，以便将这些分子分解成单糖和挥发性脂肪酸。这种酶活性对于从饲料中提取能量至关重要，而更有效的降解最终为动物提供更多能量。在饲料的非纤维部分中发现的可溶性糖也发酵成气体和挥发性脂肪酸，如丁酸盐、丙酸盐和乙酸盐。饲料中纤维组分和非纤维组分的消化所产生的挥发性脂肪酸最终是反刍动物的主要能量来源。已在反刍动物中测试了个别脂肪酸，以鉴定它们对不同生产方面的影响。乙酸盐：结构性碳水化合物在降解时产生大量乙酸盐。已显示将乙酸盐直接注入瘤胃中可提高乳产量，以及所产生的乳脂量。在外周血中乙酸盐构成至少90％的酸-乙酸盐有可能直接被乳腺组织用作能量来源。参见rook和balch.1961.brit.j.nutr.15:361-369。丙酸盐：已显示丙酸盐可增加乳蛋白产量，但降低乳产量。参见rook和balch.1961.brit.j.nutr.15:361-369。丁酸盐：将丁酸盐直接注入奶牛瘤胃中可增加乳脂产量而不改变乳产量。参见huhtanen等人1993.j.dairysci.76:1114-1124。网络分析在一个实施方案中，网络和/或聚类分析方法用于测量网络内的一种或多种菌株的连通性，其中网络是共享共同或相似环境参数的两个或更多个样品的集合。在一个实施方案中，网络分析包括连锁分析、模块性分析、稳健性度量、中介性度量、连通性度量、传递性度量、中心性度量或它们的组合。另一个实施方案中，网络分析包括通过链路挖掘和预测、社交网络理论、集体分类、基于链路的聚类、关系相似性或它们的组合进行预测性网络建模。在另一个实施方案中，网络分析包括变量之间的交互信息、最大信息系数(mic)计算或其他非参数方法以建立连通性。在另一个实施方案中，网络分析包括基于微分方程的群体建模。在另一个实施方案中，网络分析包括lotka-volterra建模。环境参数可以是样品本身的参数，例如ph、温度、样品中蛋白质的量。或者，环境参数是影响微生物群落特性变化的参数(即，其中微生物群落的“特性”以群落中微生物菌株的类型和/或特定微生物菌株的数量来表征)，或环境参数受微生物群落特性变化的影响。例如，在一个实施方案中，环境参数是动物的食物摄入量或由哺乳反刍动物产生的乳量(或乳中的蛋白质或脂肪含量)在一个实施方案中，环境参数是存在于相同样品中的微生物群落中第二微生物菌株的存在、活性和/或丰度。在一些实施方案中，环境参数被称为元数据参数。元数据参数的其他实例包括但不限于样品来源宿主的遗传信息(例如，dna突变信息)、样品ph、样品温度、特定蛋白质或mrna的表达、周围环境/生态系统中的营养条件(例如，一种或多种营养素的水平和/或特性))、疾病的易感性或抗性、疾病的发作或进展、样品对毒素的易感性或抗性、异生化合物(药物)的功效、天然产物的生物合成或它们的组合。实施例实施例i.增加母牛中的总乳脂、乳蛋白和能量校正乳(ecm)实施例i的方法旨在增加由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白以及计算的ecm的总量。本文提出的方法-基于利用所公开的分离的微生物、聚生体和包含所述分离的微生物、聚生体的组合物-证明了由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白的总量的增加。无需进一步添加激素即可实现这些增加。在此实施例中，将包含两种分离的微生物ascusb_3138(seqidno:28；以nrrly-67248保藏)和ascusf_15(seqidno:32；以nrrly67249保藏)的微生物聚生体施用于处于中期哺乳期的荷斯坦牛，为期五周。将母牛随机分成2组，每组8头，其中一组是接受缺乏微生物聚生体的缓冲液的对照组。第二组，即实验组，每天一次施用包含ascusb_3138(seqidno:28)和ascusf_15(seqidno:32)的微生物聚生体，持续五周。每头母牛都圈养在单独的围栏中，并可自由获取饲料和水。饮食是高产乳饮食。随意饲喂母牛，并在一天结束时称重饲料，并将前一天的未食饲料(refusals)称重并丢弃。使用来自salterbrecknell(fairmont,mn)的ps-2000天平进行称重。对母牛进行插管，使得插管延伸到母牛的瘤胃中。插管后给母牛另外提供至少10天的恢复时间，然后再施用对照剂量或实验剂量。每次施用由20ml中性缓冲盐水组成，且每次施用由悬浮在盐水中的大约109个细胞组成。对照组每天接受20ml盐水一次，而实验组接受的20ml盐水还包含所述微生物聚生体的109个微生物细胞。在第0、7、14、21和35天对每头母牛的瘤胃进行取样，其中第0天是微生物施用前一天。注意，在当天对瘤胃进行取样后进行实验和对照施用。从第0天开始每天对瘤胃取样，将来自hannainstruments(woonsocket,ri)的ph计插入收集的瘤胃液中进行记录。瘤胃取样包括通过插管从瘤胃的中心、背部、腹部、前部和后部区域进行颗粒和液体取样，并将所有五个样品汇集到含有1.5ml终止溶液(95％乙醇，5％苯酚)的15ml锥形小瓶中。在每个采样日还收集粪便样品，其中使用触诊套管从直肠收集粪便。在每次取样时对母牛进行称重。将粪便样品置于2盎司小瓶中，冷冻储存，并分析以确定表观中性洗涤剂纤维(ndf)消化率、表观淀粉消化率和表观蛋白质消化率的值。瘤胃取样包括对瘤胃的液体和颗粒部分进行取样，每个部分储存在15ml锥形管中。将细胞用10％终止溶液(5％苯酚/95％乙醇混合物)固定并保持在4℃并在冰上运送到ascusbiosciences(vista,california)。乳产量每天测量两次，早上一次，晚上一次。乳组成(脂肪％和蛋白质％等)每天测量两次，早上一次，晚上一次。在图莱里乳牛改良协会(tularedairyherdimprovementassociation，dhia)(tulare,california)，用近红外光谱进一步分析乳样品的蛋白质脂肪、固体、分析乳尿素氮(mun)和体细胞计数(scc)。单个母牛的饲料摄入量和瘤胃ph每天测定一次。在适应期的最后一天收集全混合日粮(tmr)的样品，然后连续每周收集一次。采用四分法进行取样，其中将样品储存在真空密封袋中，将其运送到valleyanalyticalservices(hagerstown,md)并用nir1包进行分析。施用缓冲液和/或微生物聚生体的最后一天是在第35天，然而所有其他测量和取样如所描述的那样继续到第46天。表12：分配到对照组和接种组的母牛的干物质摄入量、乳产量和组成、体重(bw)增加以及瘤胃ph最小二乘方均值(±sem)表12揭示了每日施用ascus微生物聚生体对多产荷斯坦牛(处于哺乳期第60与120天之间)的性能的影响。观察到对照和接种处理之间的显著差异。除fcm/dmi和瘤胃ph之外，接种组的所有参数均增加。在母牛仍在适应处理的干预期开始时的每周值包括在计算之内。图4-7表明了微生物聚生体对奶牛一段时间的每日乳产量、每日乳粗蛋白产量、每日乳脂产量和每日能量校正乳产量的显著影响。在观察到微生物定植瘤胃的初始适应期后，接种处理组的生产特征增加并与对照组产生差异。图3a表明，与单独施用缓冲溶液的母牛相比，施用微生物聚生体的母牛表现出平均乳脂产量增加了20.9％。图3b表明，与单独施用缓冲溶液的母牛相比，施用微生物聚生体的母牛表现出平均乳蛋白产量增加了20.7％。图3c表明，施用微生物聚生体的母牛表现出平均能量校正乳产量增加了19.4％。如与数据点相交的垂直线所示，图3a-c中所示的增加在停止施用聚生体后变得不那么明显。图14清楚地确定了微生物聚生体对乳中体细胞计数的影响。接受微生物聚生体的实验母牛组表现出具有超过200,000个体细胞/ml乳的母牛数量减少。在奶牛养殖领域，scc是乳质量的有力指标。在乳中发现的大多数体细胞是白细胞，即通常由于对病原体的免疫应答而在特定组织/液体中以数量增加来累积的免疫细胞。通常，scc越低，乳的质量越高。dosogne等人2011.j.dairysci.86(3):828-834。实施例ii.增加母牛中的总乳脂和乳蛋白在本公开的某些实施方案中，本发明方法旨在增加由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白的总量。本文提出的方法-基于利用所公开的分离的微生物、聚生体和包含所述分离的微生物、聚生体的组合物-具有增加由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白的总量的潜力。无需进一步添加激素即可实现这些增加。在此实施例中，将包含表1的分离微生物的七种微生物聚生体施用于处于中期哺乳期的荷斯坦牛，为期六周。聚生体如下：聚生体1-ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_24；聚生体2-ascusb_7、ascusb_1801、ascusf_45和ascusf_24；聚生体3-ascusb_7、ascusb_268、ascusf_45和ascusf_24；聚生体4-ascusb_7、ascusb_232、ascusf_45和ascusf_24；聚生体5-ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_249；聚生体6-ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_353；以及聚生体7-ascusb_7、ascusb_32、ascusf_45和ascusf_23。聚生体8-ascusb_3138、ascusb_1801、ascusf_45和ascusf_15。聚生体9-ascusb_3138、ascusb_268、ascusf_45和ascusf_15。聚生体10-ascusb_3138、ascusb_232、ascusf_23和ascusf_15。聚生体11-ascusb_7、ascusb_3138、ascusf_15和ascusf_249。聚生体12-ascusb_7、ascusb_3138、ascusf_45和ascusf_15。聚生体13-ascusb_3138、ascusb_32、ascusf_15和ascusf_23。聚生体14–ascusb_3138和ascusf_15。将母牛随机分成15组，每组8头，其中一组是接受缺乏微生物聚生体的缓冲液的对照组。剩余的七组是试验组，每组将每天一次施用十三种微生物聚生体中的一种，持续六周。每头母牛都圈养在单独的围栏中以减轻交叉污染，并可自由获取饲料和水。饮食是高产乳饮食。每天饲喂母牛两次，并在每次饲喂时称重饲料，并将前一天的未食饲料称重并丢弃。使用来自salterbrecknell(fairmont,mn)的ps-2000天平进行称重。对母牛进行插管，使得插管延伸到母牛的瘤胃中。插管后给母牛另外提供至少10天的恢复时间，然后再施用对照剂量或实验剂量。每次施用由5ml中性缓冲盐水组成，且每次施用由悬浮在盐水中的大约109个细胞组成。对照组每天接受5ml盐水一次，而实验组接受的5ml盐水还包含所述聚生体的109个微生物细胞。在第0、7、14、21和35天对每头母牛的瘤胃进行取样，其中第0天是微生物施用前一天。注意，在当天对瘤胃进行取样后进行实验和对照施用。从第0天开始每天对瘤胃取样，将来自hannainstruments(woonsocket,ri)的ph计插入收集的瘤胃液中进行记录。瘤胃取样包括通过插管从瘤胃的中心、背部、腹部、前部和后部区域进行颗粒和液体取样，并将所有五个样品汇集到含有1.5ml终止溶液(95％乙醇，5％苯酚)的15ml锥形小瓶中。在每个采样日还收集粪便样品，其中使用触诊套管从直肠收集粪便。在每次取样时对母牛进行称重。将粪便样品置于2盎司小瓶中，冷冻储存，并分析以确定表观ndf消化率、表观淀粉消化率和表观蛋白质消化率的值。瘤胃取样包括对瘤胃的液体和颗粒部分进行取样，每个部分储存在15ml锥形管中。将细胞用10％终止溶液(5％苯酚/95％乙醇混合物)固定并保持在4℃并在冰上运送到ascusbiosciences(vista,california)。乳产量每天测量两次，早上一次，晚上一次。乳组成(脂肪％和蛋白质％等)每天测量两次，早上一次，晚上一次。在图莱里乳牛改良协会(dhia)(tulare,california)，用近红外光谱进一步分析乳样品的蛋白质脂肪、固体、分析乳尿素氮(mun)和体细胞计数(scc)。单个母牛的饲料摄入量和瘤胃ph每天测定一次。在适应期的最后一天收集全混合日粮(tmr)的样品，然后连续每周收集一次。采用四分法进行取样，其中将样品储存在真空密封袋中，将其运送到valleyanalyticalservices(hagerstown,md)并用nir1包进行分析。在一些实施方案中，预期每个实验母牛组中的乳的脂肪百分比和蛋白质百分比相对于对照母牛组中的乳的脂肪百分比和蛋白质百分比表现出统计学上显著的增加。在其他实施方案中，预期所述增加在统计学上不显著，但预期仍可定量。实施例iii.转变反刍动物的微生物组在本公开的某些实施方案中，本发明方法旨在通过将一种或多种微生物施用于反刍动物的胃肠道来调节反刍动物的微生物组。本文提出的方法-基于利用所公开的分离的微生物、聚生体和包含所述分离的微生物、聚生体的组合物-具有调节反刍动物微生物组的潜力。反刍动物的胃肠道微生物组的调节可以引起本公开所需性状的增加。在此实施例中，将表5的微生物聚生体施用于荷斯坦牛，为期六周。将母牛随机分成37组，每组8头，其中一组是接受缺乏微生物聚生体的缓冲液的对照组。剩余的三十六组是试验组，每组将每天一次施用三十六种微生物聚生体中的一种，持续六周。每头母牛都圈养在单独的围栏中以减轻交叉污染，并可自由获取饲料和水。饮食是高产乳饮食。每天饲喂母牛两次，并在每次饲喂时称重饲料，并将前一天的未食饲料称重并丢弃。使用来自salterbrecknell(fairmont,mn)的ps-2000天平进行称重。对母牛进行插管，使得插管延伸到母牛的瘤胃中。插管后给母牛另外提供至少10天的恢复时间，然后再施用对照剂量或实验剂量。每次施用由5ml中性缓冲盐水组成，且每次施用由悬浮在盐水中的大约109个细胞组成。对照组每天接受5ml盐水一次，而实验组接受的5ml盐水还包含所述聚生体的109个微生物细胞。在第0、7、14、21和35天对每头母牛的瘤胃进行取样，其中第0天是施用前一天。注意，在当天对瘤胃进行取样后进行实验和对照施用。从第0天开始每天对瘤胃取样，将来自hannainstruments(woonsocket,ri)的ph计插入收集的瘤胃液中进行记录。瘤胃取样包括通过插管从瘤胃的中心、背部、腹部、前部和后部区域进行颗粒和液体取样，并将所有五个样品汇集到含有1.5ml终止溶液(95％乙醇，5％苯酚)的15ml锥形小瓶中。在每个采样日还收集粪便样品，其中使用触诊套管从直肠收集粪便。在每次取样时对母牛进行称重。将粪便样品置于2盎司小瓶中，冷冻储存，并分析以确定表观ndf消化率、表观淀粉消化率和表观蛋白质消化率的值。瘤胃取样包括对瘤胃的液体和颗粒部分进行取样，每个部分储存在15ml锥形管中。将细胞用10％终止溶液(5％苯酚/95％乙醇混合物)固定并保持在4℃并在冰上运送到ascusbiosciences(vista,california)。利用结合nmds排序和permanova统计的t-rflp方法评估瘤胃的液体和颗粒部分的样品以及粪便样品的微生物组指纹。在一些实施方案中，预期每个实验母牛组中的瘤胃和粪便微生物组相对于对照母牛组中的微生物组以及第0天的微生物组样品表现出统计学上显著的微生物组变化，其中所述变化是实验施用中施用的微生物的比例显著增加。在其他实施方案中，预期所述增加在统计学上不显著，但预期仍可定量。实施例iv.产生的乳脂对比微生物绝对丰度确定影响奶牛乳脂生产的瘤胃微生物群落成分。将8头泌乳的瘤胃插管的荷斯坦牛圈养在单独的颈枷牛栏中以用于实验。母牛每天饲喂两次，每天挤奶两次，并持续获取淡水。由于实验前流产引起的并发症，在出现第一次饮食乳脂降低后，将一头母牛(母牛4201)从研究中移除。实验设计和处理：该实验使用交叉设计，具有2个组和1个实验期。实验期持续38天：协变期/洗脱期为10天，数据收集和取样为28天。数据收集期包括10天的饮食乳脂降低(mfd)和18天的恢复。在第一个实验期后，所有母牛经历10天的洗脱期，然后开始第2期。用具有高淀粉降解率(70％可降解)和高多不饱和脂肪酸水平(pufa，3.7％)的低纤维(29％ndf)全混合日粮(tmr)诱导饮食mfd。恢复阶段包括两种淀粉降解率变化的饮食。将四头母牛随机分配到高纤维(37％ndf)、低pufa(2.6％)和高淀粉降解率(70％可降解)的恢复饮食中。剩下的四头母牛饲喂高纤维(37％ndf)，低pufa(2.6％)，但淀粉降解率低(35％)的恢复饮食。在10天协变期和10天洗脱期期间，给母牛饲喂高纤维、低pufa和低淀粉降解率饮食。样品和测量：在整个协变期、洗脱期和样品收集期间，每天测量每只动物的乳产量、干物质摄入量和饲料效率。测量tmr样品的营养组成。在收集期间，每3天收集乳样品并进行分析。分析样品的乳组分浓度(乳脂、乳蛋白、乳糖、乳尿素氮、体细胞计数和固体)和脂肪酸组成。在收集期间每3天收集瘤胃样品并分析微生物群落组成和活性。在饮食mfd的第0天、第7天和第10天期间，在饲喂后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18、20和22小时对瘤胃进行集中取样。类似地，在样品收集期的第16天和第28天，在饲喂后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18、20和22小时对瘤胃进行集中取样。分析瘤胃内容物的ph、乙酸盐浓度、丁酸盐浓度、丙酸盐浓度、异酸浓度以及长链和cla异构体浓度。瘤胃取样包括通过插管从瘤胃的中心、背部、腹部、前部和后部区域进行颗粒和液体取样，并将所有五个样品汇集到15ml锥形小瓶中。瘤胃样品制备和测序：收集后，将瘤胃样品在回转桶式离心机中以4,000rpm在4℃下离心20分钟。倾析上清液，将每份瘤胃内容物样品(1-2mg)的等分试样添加到预装有0.1mm玻璃珠的无菌1.7ml管中。收集第二份等分试样并储存在空的无菌1.7ml管中用于细胞计数。将空管中的瘤胃样品染色并通过流式细胞仪以定量每个样品中每种微生物类型的细胞数量。具有玻璃珠的瘤胃样品经珠搅打均质化以使微生物裂解。从每个样品中提取dna和rna并纯化，并准备在illuminamiseq上测序。使用双端化学对样品进行测序，在文库的每一端测序300个碱基对。测序读数处理和数据分析：对测序读数进行质量调整和处理，以基于标志基因16srdna或its1和/或its2鉴定瘤胃中存在的细菌物种。将计数数据集和活性数据集与测序读数整合以确定瘤胃微生物群落内活性微生物物种的绝对细胞数量。使用交互信息将随时间推移母牛的生产特征(包括产生的乳磅数)与实验过程中每个样品内的活性微生物的分布相关联。通过从测序分析中省略适当的数据集来运行测试案例以确定计数数据、活性数据以及计数和活性对最终输出的影响。为了评定使用线性相关而非mic对目标选择的影响，还计算了产生的乳脂磅数相较于所有微生物的相对丰度和活性微生物的绝对丰度的皮尔逊系数(pearson’scoefficient)。结果本申请中所用的ascusbiosciences技术的一个部件利用交互信息将存在于动物胃肠道中的天然微生物菌株对特定动物性状的重要性进行了评级。计算所有微生物和所需动物性状的最大信息系数(mic)分数。关系得分范围在0至1，其中1代表微生物菌株和动物性状之间有很强的关系，而0代表无关系。使用基于此评分的截止值来定义就特定性状改善而言有用和无用的微生物。图9和图10描绘了与奶牛的乳脂效率有关系的瘤胃微生物菌株的mic分数分布。曲线从指数变为线性的点(细菌为～0.45-0.5，真菌为～0.3)表示与乳脂效率有关的有用微生物菌株和无用微生物菌株之间的截止值。图11和图12描绘了与乳效率有关系的瘤胃微生物菌株的mic分数分布。曲线从指数变为线性的点(细菌为～0.45-0.5，真菌为～0.25)表示有用微生物菌株和无用微生物菌株之间的截止值。计算产生的乳脂磅数和每种活性微生物的绝对丰度之间的mic。通过mic分数对微生物进行评级，并选择mic分数最高的微生物作为与产生的乳磅数最相关的目标物种。本公开的微生物的mic分数在表1中列出。mic分数越高，微生物赋予母牛产生的乳脂重量增加的能力越大。实施例v.其他团体发表著作的mic分数比较分析利用ascusbiosciences的技术，预测了目前可用的微生物饲料添加剂产品的性能。声称可提高乳品性能的直接饲喂微生物产品在市场上可公开获得。这些产品中的一些含有作为天然瘤胃微生物(埃氏巨型球菌(megasphaeraelsdenii))的微生物菌株，或与天然瘤胃微生物序列相似性在97％内的微生物菌株。我们已经鉴定了这些产品中利用的微生物物种，并计算了它们相对于乳脂效率的mic分数(图13)。如图13中的曲线所示，所有可用的测定菌株都低于如上所述的用于定义有用菌株和无用菌株的阈值。最接近截止值的物种/菌株布氏普雷沃氏菌(prevotellabryantii)在一项研究中显示出积极影响。植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)：mic0.28402计算的mic预测植物乳杆菌与乳脂效率关系很小，并且本领域公开了接种植物乳杆菌不会使乳脂产量增加，且至少一项研究公开了一些植物乳杆菌菌株产生导致乳脂降低的分子。参见lee等人2007.j.appl.microbiol.103(4):1140-1146和mohammed等人2012.j.dairysci.95(1):328-339。嗜酸乳杆菌(lactobacillusacidophilus)：mic0.30048计算的mic预测嗜酸乳杆菌与乳脂效率关系很小，并且本领域公开了向奶牛/小牛施用嗜酸乳杆菌对乳产量/乳组分产量的各个方面没有影响。参见higginbotham和bath.1993.j.dairysci.76(2):615-620；abu-tarboush等人1996.animalfeedsci.tech.57(1-2):39-49；mcgilliard和stallings.1998.j.dairysci.81(5):1353-1357；和raeth-knight等人2007.j.dairysci.90(4):1802-1809；还参见boyd等人2011.94(9):4616-4622(公开了乳产量和乳蛋白产量的增加)。尽管boyd等人确实公开了乳产量和乳蛋白产量的增加，但这项单一研究的对照似乎没有充分地将嗜酸乳杆菌的存在作为增加的原因。现有技术的主体与boyd等人的发现相矛盾。埃氏巨型球菌：0.32548计算的mic预测埃氏巨型球菌与乳脂效率关系很小，并且本领域提供了大量证据表明埃氏巨型球菌对乳脂效率没有积极影响，而多个参考文献提供证据表明它对乳脂效率有消极影响。参见kim等人2002.j.appl.micro.92(5):976-982；hagg.2008.dissertation,universityofpretoria.1-72；hagg等人2010.s.african.j.animalsci.40(2):101-112；zebeli等人2011.j.dairyres.79(1):16-25；aikman等人2011.j.dairysci.94(6):2840-2849；mohammed等人2012.j.dairysci.95(1):328-339；以及cacite和weimer.2016.j.animalsci.posterabstract.94(sup.5):784。布氏普雷沃氏菌：mic0.40161计算的mic预测布氏普雷沃氏菌与乳脂效率不高度相关，并且本领域提供了证据表明在中期哺乳期奶牛的亚急性酸中毒激发期间施用的布氏普雷沃氏菌对乳产量没有明显影响，而对早期哺乳期奶牛施用微生物提高了乳脂浓度。分别参见chiquette等人2012.j.dairysci.95(10):5985-5995，chiquette等人2008.91(9):3536-3543。实施例vi.施用微生物组合物后瘤胃微生物组成的转变本实施例的方法旨在增加由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白以及计算的能量校正乳(ecm)的总量。本文提出的方法-基于利用所公开的分离的微生物、聚生体和包含所述分离的微生物、聚生体的组合物-表明了由泌乳反刍动物产生的乳脂和乳蛋白的总量的增加。无需进一步添加激素即可实现这些增加。在此实施例中，将包含两种分离的微生物即ascusb_3138(seqidno:28)和ascusf_15(seqidno:32)的微生物聚生体施用于处于中期哺乳期的荷斯坦牛，为期五周。将母牛随机分成2组，每组8头，其中一组是接受缺乏微生物聚生体的缓冲液的对照组。第二组，即实验组，每天一次施用包含ascusb_3138(seqidno:28)和ascusf_15(seqidno:32)的微生物聚生体，持续五周。每头母牛都圈养在单独的围栏中，并可自由获取饲料和水。饮食是高产乳饮食。随意饲喂母牛，并在每天结束时称重饲料，并将前一天的未食饲料称重并丢弃。使用来自salterbrecknell(fairmont,mn)的ps-2000天平进行称重。对母牛进行插管，使得插管延伸到母牛的瘤胃中。插管后给母牛另外提供至少10天的恢复时间，然后再施用对照剂量或实验剂量。每次施用由20ml中性缓冲盐水组成，且每次施用由悬浮在盐水中的大约109个细胞组成。对照组每天接受20ml盐水一次，而实验组接受的20ml盐水还包含所述微生物聚生体的109个微生物细胞。在第0、7、14、21和35天对每头母牛的瘤胃进行取样，其中第0天是微生物施用前一天。注意，在当天对瘤胃进行取样后进行实验和对照施用。从第0天开始每天对瘤胃取样，将来自hannainstruments(woonsocket,ri)的ph计插入收集的瘤胃液中进行记录。瘤胃取样包括通过插管从瘤胃的中心、背部、腹部、前部和后部区域进行颗粒和液体取样，并将所有五个样品汇集到含有1.5ml终止溶液(95％乙醇，5％苯酚)的15ml锥形小瓶中，并储存在4℃并在冰上运送到ascusbiosciences(vista,california)。将每个瘤胃样品的一部分染色并通过流式细胞仪以定量每个样品中每种微生物类型的细胞数量。将相同瘤胃样品的单独部分经珠搅打均质化以使微生物裂解。从每个样品中提取dna和rna并纯化，并准备在illuminamiseq上测序。使用双端化学对样品进行测序，在文库的每一端测序300个碱基对。测序读数用于定量实验过程中对照组和实验组中每个动物瘤胃中存在的每种活性微生物成员的细胞数量。ascusb_3138和ascusf_15均定植，并且在每日施用～3-5天后在瘤胃中具有活性，这取决于动物。这种定植在实验组中观察到，但在对照组中没有观察到。瘤胃是一个动态的环境，累积的瘤胃微生物群体的化学高度交织在一起。人工添加ascusb_3138和ascuf_15可能会影响群落的整体结构。为了评定这种潜在影响，在实验过程中对整个微生物群落进行了分析，以确定微生物群落群体中更高水平的分类学转变。除了在实验动物中ascusf_15细胞数量较高之外，随时间推移在真菌群体中未观察到不同的趋势。然而，细菌群体确实发生了更可预测的变化。为了评定个体动物随时间推移的高水平趋势，计算并比较微生物群体的组成百分比。参见表13。仅分析构成大于1％群落的属。与对照动物相比，在实验动物中发现含有已知纤维降解细菌的属(包括瘤胃球菌属)的组成百分比增加。产生挥发性脂肪酸的属，包括梭菌簇xiva、梭菌属、假丁酸弧菌属、丁酸单胞菌属和毛螺菌属也在实验动物中发现更高的丰度。在普雷沃氏菌属中观察到了最大的转变。已显示该属的成员参与瘤胃内纤维二糖、果胶和各种其他结构性碳水化合物的消化。普雷沃氏菌属种进一步涉及植物木质素至有益抗氧化剂的转化(schogor等人plosone.9(4):e87949(第10页))。为了更直接地测量瘤胃随时间推移的定量变化，将细胞计数数据与测序数据整合以鉴定细胞水平上的群体大量变化。通过将实验组中每个属的平均细胞数量除以对照组中每个属的平均细胞数量来确定细胞数量的倍数变化。参见表13。细胞计数分析捕获到，在之前分析中低于阈值的许多属，即原小单孢菌属(promicromonospora)、红小梨形菌属、橄榄杆菌属、食物谷菌属、诺卡氏菌属、黏胶球形菌属、真杆菌属、地杆菌属、丁酸单胞菌属、艰难杆菌属和脱硫弧菌属在实验动物中全都发现平均高了至少10倍。普雷沃氏菌属、毛螺菌属、丁酸单胞菌属、梭菌属xiva、罗氏菌属、狭义梭菌属和假丁酸弧菌属在实验动物中也发现高了～1.5倍。表13：细菌群体科和属等级转变分析科等级分析属等级分析表14：细菌细胞倍数变化分析实施例vii.用于挥发性脂肪酸生产和碳源用途的瘤胃微生物的分析a.挥发性脂肪酸(vfa)生产为了评定菌株产生挥发性脂肪酸的能力，利用高效液相色谱法(hplc)测量废培养基中乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐的浓度。在测定中使用m2gsc培养基以便尽可能接近地模拟瘤胃环境。为了获得纯培养物，将来自每种所需菌株(来自厌氧琼脂板)的单个菌落接种到m2gsc培养基中。还制备空白培养基(对照)。将培养物和空白培养基在37℃下孵育，直至可见显著生长。测定每种培养物的光密度(od600)，并用illumina测序确认菌株id。将等份的培养物无菌过滤到洗涤过的15ml玻璃样品瓶中，并通过hplc分析；hplc测定在密歇根州立大学进行。将表现出生长的富集物也染色并将细胞计数以确认每种富集物中的各个菌株生长。菌株经常出现在多种富集物中，因此表15中报告了具有最高菌株生长量(即该菌株的细胞数量增加程度最高)的富集物。由于瘤胃中存在的代谢和微生物生活方式超级复杂，许多瘤胃微生物不能进行无菌生长。为了测定这些生物体的所需特征，在模拟瘤胃环境特定特征的各种条件下建立了富集培养物。将稀释的瘤胃液(1/100稀释液)接种到补充有各种碳源的m2gsc或m2培养基中，所述碳源包括木糖(4g/l)、甘露醇(4g/l)、甘油(4g/l)、木聚糖(2g/l)、纤维二糖(2g/l)、阿拉伯糖(4g/l)、甘露糖(4g/l)、鼠李糖(rhaminose)(2g/l)、麦芽糖(2g/l)、麦芽糖(2g/l)和糖蜜。配方中有时也省略掉瘤胃液。包括氨基酸、挥发性脂肪酸和抗生素在内的添加物在各种富集物中也是不同的。还制备空白培养基(对照)。将培养物和空白培养基在37℃下孵育，直至可见显著生长。测定每种培养物的光密度(od600)，并用illumina测序确认菌株id。将等份的培养物无菌过滤到洗涤过的15ml玻璃样品瓶中，并通过hplc分析；hplc测定在密歇根州立大学进行。将表现出生长的富集物也染色并将细胞计数以确认每种富集物中的各个菌株生长。菌株经常出现在多种富集物中，因此表15中报告了具有最高菌株生长量(即该菌株的细胞数量增加程度最高)的富集物。针对空白培养基以及纯菌株和富集实验的无菌过滤的培养物样品，定量乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐的浓度。hplc参数如下：bioradaminexhpx-87h柱，60℃，0.5ml/分钟移动相.00325nh2so4，500psi，35cri检测器，45分钟运行时间，以及5μl注射体积。表15中报告了纯培养物和富集物的乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐浓度。表15.经hplc分析的，标准化为1od的微生物菌株挥发性脂肪酸产量b.可溶性碳源测定为了评定菌株降解各种碳源的能力，使用光密度(od600)测量多种碳源上菌株随时间推移的生长。为了获得纯分离物，将来自每种所需菌株(来自厌氧琼脂板)的单个菌落接种到m2gsc培养基中。还制备空白培养基(对照)。将菌株厌氧接种到碳源测定中，其中将测定设置在2ml无菌96孔板中，每个孔含有ramm盐、维生素、矿物质、半胱氨酸和单一碳源。碳源包括葡萄糖、木聚糖、乳酸盐、木糖、甘露糖、甘油、果胶、糖蜜和纤维二糖。接种细胞使得每个孔始于od600为0.01。用synergyh4杂交板读数器在600nm处读取光学密度。在所有孔处于静止期后，用illumina测序确认菌株id。如在以上挥发性脂肪酸测定中那样，也使用富集物来测定碳源降解。将稀释的瘤胃液(1/100稀释液)接种到补充有各种碳源的m2gsc或m2培养基中，所述碳源包括木糖(4g/l)、甘露醇(4g/l)、甘油(4g/l)、木聚糖(2g/l)、纤维二糖(2g/l)、阿拉伯糖(4g/l)、甘露糖(4g/l)、鼠李糖(2g/l)、麦芽糖(2g/l)、麦芽糖(2g/l)和糖蜜。配方中有时也省略掉瘤胃液。包括氨基酸、挥发性脂肪酸和抗生素在内的添加物在各种富集物中也是不同的。还制备空白培养基(对照)。将培养物和空白培养基在37℃下孵育，直至可见显著生长。测定每种培养物的光密度(od600)，并用illumina测序确认菌株id。将表现出生长的富集物也染色并将细胞计数以确认每种富集物中的各个菌株生长。c.不溶性碳源测定为了评定菌株降解不溶性碳源的能力，利用目视检查来定性确定菌株的降解能力。为了获得纯培养物，将来自每种所需菌株(来自厌氧琼脂板)的单个菌落接种到含有劳氏半合成培养基(lowe’ssemidefinedmedia)的厌氧亨盖特管(hungatetube)中，使用纤维素纸、淀粉或草作为唯一碳源。(lowe等人1985.j.gen.microbiol.131:2225-2229)。还使用相同的培养基条件，使用1/100瘤胃液稀释液制备了富集培养物。目视检查培养物中不溶性碳源的降解(参见图14)。使用illumina测序确认菌株id。将表现出生长的富集物也染色并将细胞计数以确认每种富集物中的各个菌株生长。表17：m2gsc和m2培养基配方表18：改良wolfe培养基配方用厌氧水制备所有培养基(煮沸的dih2o持续15分钟，然后在水浴中冷却至室温，同时用n2喷射。用2mhcl将所有培养基调节至ph6.8。然后将10ml培养基等分到15ml亨盖特管中，然后将管用80％n220％co2喷射3分钟。表19：ramm盐培养基配方组分g/500mlkh2po40.11k2hpo40.08nh4cl0.265nahco30.6dih2o500ml灭菌(高压灭菌器)后添加：2ml250x改良wolfe维生素混合物，10ml50x改良wolfe矿物质混合物，5ml100mm半胱氨酸。实施例viii.微生物菌株相对产生的乳的磅数的最大信息系数(mic)分数的测定实验设计以及材料和方法目的：确定影响奶牛乳脂产量的瘤胃微生物群落成分。动物：将8头泌乳的瘤胃插管的荷斯坦牛圈养在单独的颈枷牛栏中以用于实验。母牛每天饲喂两次，每天挤奶两次，并持续获取淡水。由于实验前流产引起的并发症，在出现第一次饮食乳脂降低后，将一头母牛(母牛1)从研究中移除。实验设计和处理：该实验使用交叉设计，具有2个组和1个实验期。实验期持续38天：协变期/洗脱期为10天，数据收集和取样为28天。数据收集期包括10天的饮食乳脂肪降低(mfd)和18天的恢复。在第一个实验期后，所有母牛经历10天的洗脱期，然后开始第2期。用具有高淀粉降解率(70％可降解)和高多不饱和脂肪酸水平(pufa，3.7％)的低纤维(29％ndf)全混合日粮(tmr)诱导饮食mfd。恢复阶段包括淀粉降解率变化的两种饮食。将四头母牛随机分配到高纤维(37％ndf)、低pufa(2.6％)和高淀粉降解率(70％可降解)的恢复饮食中。剩下的四头母牛饲喂高纤维(37％ndf)，低pufa(2.6％)，但淀粉降解率低(35％)的恢复饮食。在10天协变期和10天洗脱期期间，给母牛饲喂高纤维、低pufa和低淀粉降解率饮食。样品和测量：在整个协变期、洗脱期和样品收集期间，每天测量每只动物的乳产量、干物质摄入量和饲料效率。测量tmr样品的营养组成。在收集期间，每3天收集乳样品并进行分析。分析样品的乳组分浓度(乳脂、乳蛋白、乳糖、乳尿素氮、体细胞计数和固体)和脂肪酸组成。在收集期间每3天收集瘤胃样品并分析微生物群落组成和活性。在饮食mfd的第0天、第7天和第10天期间，在饲喂后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18、20和22小时对瘤胃进行集中取样。类似地，在恢复期的第16天和第28天，在饲喂后0、2、4、6、8、10、12、14、16、18、20和22小时对瘤胃进行集中取样。分析瘤胃内容物的ph、乙酸盐浓度、丁酸盐浓度、丙酸盐浓度、异酸浓度以及长链和cla异构体浓度。瘤胃样品制备和测序：收集后，将瘤胃样品在回转桶式离心机中以4,000rpm在4℃下离心20分钟。倾析上清液，将每份瘤胃内容物样品(1-2mg)的等分试样添加到预装有0.1mm玻璃珠的无菌1.7ml管中。收集第二份等分试样并储存在空的无菌1.7ml管中用于细胞计数。具有玻璃珠的瘤胃样品(第一份等分试样)经珠搅打均质化以使微生物裂解。从每个样品中提取dna和rna并纯化，并准备在illuminamiseq上测序。使用双端化学对样品进行测序，在文库的每一端测序300个碱基对。将空管中的瘤胃样品(第二份等分试样)染色并通过流式细胞仪以定量每个样品中每种微生物类型的细胞数量。测序读数处理和数据分析：对测序读数进行质量调整和处理，以基于标志基因鉴定瘤胃中存在的细菌物种。将计数数据集和活性数据集与测序读数整合以确定瘤胃微生物群落内活性微生物物种的绝对细胞数量。使用交互信息将随时间推移母牛的生产特征(包括产生的乳磅数)与实验过程中每个样品内的活性微生物的分布相关联。计算产生的乳脂磅数和每种活性微生物的绝对细胞计数之间的最大信息系数(mic)分数。通过mic分数对微生物进行评级，并选择mic分数最高的微生物作为与产生的乳磅数最相关的目标物种。通过从测序分析中省略适当的数据集来运行测试案例以确定计数数据、活性数据以及计数和活性对最终输出的影响。为了评定使用线性相关而非mic对目标选择的影响，还计算了产生的乳脂磅数相较于所有微生物的相对丰度和活性微生物的绝对计数的皮尔逊系数。结果和讨论相对丰度对比绝对细胞计数针对包括细胞计数数据(绝对细胞计数，表21)的数据集以及不包括细胞计数数据(相对丰度，表20)的数据集，基于mic分数鉴定了前15个靶物种。在该分析中未使用活性数据是为了隔绝细胞计数数据对最终靶标选择的影响。最终，在两个数据集之间前8个靶标是相同的。在剩余的7个菌株中，5个菌株在两个表中都存在但顺序不同。尽管这5个菌株的等级存在差异，但每个菌株的计算mic分数在两个列表之间是相同的。存在于绝对细胞计数列表而非相对丰度列表上的ascus_111和ascus_288这两个菌株在相对丰度列表上分别位列91级和16级。存在于相对丰度列表而非绝对细胞计数列表上的ascus_102和ascus_252这两个菌株在绝对细胞计数列表上分别位列50级和19级。这4个菌株在每个列表上确实具有不同的mic分数，因此解释了它们的等级转变以及由此对列表中其他菌株的影响。表20：未经活性筛选使用相对丰度得到的前15个靶菌株表21：未经活性筛选使用绝对细胞计数得到的前15个靶菌株整合细胞计数数据并不总是影响分配给每个菌株的最终mic分数。这可能是因为尽管微生物群体确实每天在瘤胃内以及在38天的实验过程中转变，但它总保持在每毫升107-108个细胞内。群体数量的大幅度转变无疑会对最终的mic分数产生更广泛的影响。无活性物种对比活性物种为了评定基于活性数据筛选菌株的影响，从利用相对丰度与活性数据的数据集(表22)和利用相对丰度未利用性数据的数据集(表20)以及利用绝对细胞计数与活性数据的数据集(表23)和利用绝对细胞计数未利用活性数据的数据集(表21)中鉴定靶物种。对于相对丰度的情况，ascus_126、ascus_1366、ascus_1780、ascus_299、ascus_1139、ascus_127、ascus_341和ascus_252在应用活性数据之前被认为是靶菌株。在整合活性数据后，这8个菌株(最初前15个靶标中的53％)降至15级以下。对于绝对细胞计数情况观察到类似的趋势。整合活性数据后，ascus_126、ascus_1366、ascus_1780、ascus_299、ascus_1139、ascus_127和ascus_341(最初前15个靶标中的46％)降至15级以下。与细胞计数数据集相比，活性数据集对靶标等级和选择具有更严重的影响。将这些数据集整合在一起时，如果发现样本为无活性的，则基本上将其更改为“0”，并且不将其视为分析的一部分。因此，样品中点的分布在整合后会发生严重改变或倾斜，这反过来又会极大地影响最终的mic分数，并由此影响靶标微生物的等级顺序。表22：经过活性筛选使用相对丰度得到的前15个靶菌株表23：经过活性筛选使用绝对细胞计数得到的前15个靶菌株相对丰度和无活性对比绝对细胞计数和活性最后，此处定义的方法利用细胞计数数据和活性数据来鉴定与相关元数据特征高度相关的微生物。在使用两种方法选择的前15个靶标(表23，表20)中，仅发现7个菌株存在于两个列表上。有8个菌株(53％)是绝对细胞计数列表和活性列表独特的。两个列表中的前3个靶标在菌株和等级上都匹配。但是，这三个菌株中的两个在两个列表上都没有相同的mic分数，表明活性数据集整合影响到了它们，但不足以扰乱它们的等级顺序。线性相关对比非参数方法计算产生的乳脂磅数和每个样品中活性微生物的绝对细胞数之间的皮尔逊系数和mic分数(表24)。通过mic(表24a)或皮尔逊系数(表24b)对菌株进行评级，以选择与乳脂产生最相关的靶菌株。在每种情况下报告mic分数和皮尔逊系数两者。发现6个菌株存在于两个列表中，这意味着使用mic方法鉴定了九个(60％)独特菌株。列表之间的菌株等级顺序不匹配-每种方法鉴定的前3个靶菌株也是独特的。与皮尔逊系数一样，mic分数也报告在0至1的范围内，其中1表示两个变量之间存在非常紧密的关系。在这里，前15个靶标的mic分数范围为0.97至0.74。然而，相关性测试案例的皮尔逊系数范围为0.53至0.45-显著低于交互信息测试案例。这种不一致可能是由于每种分析方法固有的差异。相关性是测量线周围点的离散度的线性估算，而交互信息利用概率分布并测量两个分布之间的相似性。在实验过程中，产生的乳脂磅数非线性地改变(图18)。相比相关性，通过交互信息可更好地表示和接近此特定函数。为了调查这一点，对分别使用相关性和交互信息鉴定的最优靶菌株ascus_713(图19)和ascus_7(图20)进行绘图，以确定每种方法预测菌株与乳脂之间的关系的良好程度。如果两个变量表现出强相关性，则在相对彼此进行绘制时，应呈现为一条线，几乎没有离散点。在图19中，如点广泛散布所示，ascus_713与乳脂的相关性弱。交互信息再次测量两个点分布的相似度。当ascus_7相对于乳脂绘图时(图20)，显然两个点分布非常相似。本发明方法整体对比常规方法分析微生物群落的常规方法依赖于使用相对丰度数据而没有结合活性信息，并且最终以微生物物种与元数据的简单相关性结束(参见，例如美国专利no.9,206,680，其出于所有目的以引用的方式整体并入本文中)。在这里，我们已经展示了结合每个数据集是如何逐步影响最终靶标列表的。在与常规方法相比时，本文描述的方法在整体应用时选择了完全不同的靶标组(表24a和表24c)。对使用常规方法选择的最优靶菌株ascus_3038针对乳脂进行绘图，以使相关性强度可视化(图21)。同前面的实例一样，ascus_3038也表现出与乳脂的相关性弱。表24：使用交互信息或相关性得到的前15个菌株表24a.经过活性筛选使用绝对细胞计数的mic表24b.经过活性筛选使用绝对细胞计数的相关性表24c.未经活性筛选使用相对丰度的相关性本公开的带编号实施方案本公开所涵盖的主题在以下带编号实施方案中阐述：1.一种能够增加反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的贮存稳定的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：a)纯化的毕赤酵母属真菌群体，所述纯化的毕赤酵母属真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与seqidno:32至少约97％相同；以及b)适于反刍动物施用的贮存稳定的载体，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体a)以相较于未施用所述补充剂的反刍动物而言，有效增加施用所述补充剂的反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的量存在于所述补充剂中。2.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与seqidno:32至少约99％相同。3.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列包含seqidno:32。4.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体包含以nrrly-67249保藏的真菌。5.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂还包含：i.纯化的细菌群体，所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组的核酸序列至少约97％相同，和/或ii.纯化的真菌群体，所述纯化的真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与选自由seqidno:31、33-60和2104-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同。6.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组的核酸序列至少约99％相同。7.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与选自由seqidno:31、33-60和2104-2107组成的组的核酸序列至少约99％相同。8.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组。9.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列选自由seqidno:31、33-60和2104-2107组成的组。10.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与seqidno:28至少约97％相同。11.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与seqidno:28至少约99％相同。12.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列包含seqidno:28。13.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的细菌群体包含以nrrlb-67248保藏的细菌。14.根据权利要求5所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中纯化的细菌群体i)和纯化的真菌群体ii)都存在于所述补充剂中。15.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂被配制用于施用给母牛。16.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述补充剂在环境条件下稳定至少一周。17.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂被配制为：囊封剂、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、消耗性溶液、消耗性喷雾添加剂、消耗性固体、消耗性凝胶、注射剂、栓剂、大丸剂、灌服剂或它们的组合。18.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体以至少102个细胞的浓度存在于所述反刍动物补充剂中。19.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出乳产量的增加，这引起乳产量的可测量增加。20.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出乳产量的增加和乳组分特征的改善，这引起能量校正乳的可测量增加。21.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出选自由以下组成的组的改善的乳组分特征：乳脂的增加、乳蛋白的增加、乳中碳水化合物的增加、乳中维生素的增加、乳中矿物质的增加或它们的组合。22.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少1％。23.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少10％。24.根据权利要求1所述的贮存稳定的反刍动物补充剂，其中施用所述补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少20％。25.一种适于施用给反刍动物且能够增加反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的组合物，所述组合物包含：a)以nrrly-67249保藏的纯化的真菌群体；以及b)适于反刍动物施用的载体，其中所述纯化的真菌群体a)以相较于未施用所述组合物的反刍动物而言，有效增加施用所述组合物的反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的量存在于所述组合物中。26.一种适于施用给反刍动物且能够增加反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的组合物，所述组合物包含：a)以nrrly-67249保藏的纯化的真菌群体；b)以nrrly-67248保藏的纯化的细菌群体；以及c)适于反刍动物施用的载体，其中所述纯化的真菌群体a)和所述纯化的细菌群体b)以相较于未施用所述组合物的反刍动物而言，有效增加施用所述组合物的反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的量存在于所述组合物中。上述组合物具有天然存在于瘤胃中的任何个体细菌或真菌都不具有的显著不同的特征和/或特性。上述组合物所具有的显著不同的特征和/或特性可以是结构性的、功能性的或两者。例如，如本文所教导，当施用于反刍动物时，所述组合物具有显著不同的能够增加乳产量或改善乳组分特性的功能特性。此外，所述组合物具有显著不同的能稳定贮存的功能特性。本公开的带编号实施方案本公开所涵盖的主题在以下带编号实施方案中阐述：1.一种能够调节反刍动物的瘤胃微生物组的组合物，所述组合物包含：a)纯化的毕赤酵母属真菌群体，所述纯化的毕赤酵母属真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与seqidno:32至少约97％相同；以及b)适于反刍动物施用的载体，其中所述纯化的毕赤酵母属真菌群体a)以有效引起施用所述组合物的反刍动物的瘤胃微生物组转变的量存在于所述组合物中。2.根据权利要求1所述的组合物，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的微生物群体在施用所述组合物后丰度增加。3.根据权利要求1所述的组合物，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的微生物群体在施用所述组合物后丰度降低。4.根据权利要求1所述的组合物，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的第一微生物群体在施用所述组合物后丰度增加，并且其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的第二微生物群体在施用所述组合物后丰度降低。5.根据权利要求1所述的组合物，其中施用所述组合物的所述反刍动物的所述瘤胃微生物组转变为包括增加的纤维降解属、产挥发性脂肪酸属、结构性碳水化合物消化属或它们的组合的存在。6.根据权利要求1所述的组合物，其中施用所述组合物的所述反刍动物的所述瘤胃微生物组根据实施例6和表13或表14中呈现的公开内容和数根据而转变。7.一种用于调节反刍动物的瘤胃微生物组的方法，所述方法包括给反刍动物施用有效量的组合物，所述组合物包含：a)纯化的微生物群体，所述纯化的微生物群体包含：i.纯化的细菌群体，所述纯化的细菌群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组的核酸序列至少约97％相同，和/或ii.纯化的真菌群体，所述纯化的真菌群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与选自由seqidno:33-60和2104-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同；以及b)适于反刍动物施用的载体，其中施用所述有效量的所述组合物的所述反刍动物表现出所述瘤胃微生物组的转变。8.根据权利要求7所述的方法，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的微生物群体在施用所述组合物后丰度增加。9.根据权利要求7所述的方法，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的微生物群体在施用所述组合物后丰度降低。10.根据权利要求7所述的方法，其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的第一微生物群体在施用所述组合物后丰度增加，并且其中在施用所述组合物之前存在于所述反刍动物的瘤胃中的第二微生物群体在施用所述组合物后丰度降低。11.根据权利要求7所述的方法，其中施用所述组合物的所述反刍动物的所述瘤胃微生物组转变为包括增加的纤维降解属、产挥发性脂肪酸属、结构性碳水化合物消化属或它们的组合的存在。12.根据权利要求7所述的方法，其中施用所述组合物的所述反刍动物的所述瘤胃微生物组根据实施例6和表13或表14中呈现的公开内容和数根据而转变。上述组合物具有天然存在于瘤胃中的任何个体细菌或真菌都不具有的显著不同的特征和/或特性。上述组合物所具有的显著不同的特征和/或特性可以是结构性的、功能性的或两者。例如，如本文所教导，当施用于反刍动物时，所述组合物具有显著不同的能够调节瘤胃微生物组功能特性。本公开的带编号实施方案本公开所涵盖的主题在以下带编号实施方案中阐述：1.一种用于增加反刍动物的乳产量或改善乳组分特征的方法，所述方法包括：a)给反刍动物施用有效量的贮存稳定的反刍动物补充剂，所述反刍动物补充剂包含：i.纯化的微生物群体，所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌和/或具有its核酸序列的真菌，所述16s核酸序列和所述its核酸序列与选自由seqidno:1-60和2045-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同，所述细菌具有至少约0.4的mic分数并且所述真菌具有至少约0.2的mic分数；以及ii.适于反刍动物施用的贮存稳定的载体，其中所述细菌或所述真菌中的至少一种能够将碳源转化为选自由以下组成的组的挥发性脂肪酸：乙酸盐、丁酸盐、丙酸盐或它们的组合；并且其中所述细菌或所述真菌中的至少一种能够降解可溶性碳源或不溶性碳源；并且其中与未施用所述反刍动物补充剂的反刍动物相比，施用所述有效量的所述贮存稳定的反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳产量的增加或乳组分特征的改善。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述反刍动物是母牛。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述反刍动物补充剂在环境条件下稳定至少一周。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述反刍动物补充剂被配制为：囊封剂、片剂、胶囊、丸剂、饲料添加剂、食品成分、食品添加剂、食品制剂、食品补充剂、消耗性溶液、消耗性喷雾添加剂、消耗性固体、消耗性凝胶、注射剂、栓剂、大丸剂、灌服剂或它们的组合。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述反刍动物补充剂囊封在聚合物或碳水化合物中。6.根据权利要求1所述的方法，其中施用包括：将所述反刍动物补充剂饲喂给反刍动物。7.根据权利要求1所述的方法，其中施用包括：将所述反刍动物补充剂注射到反刍动物中。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体以至少102个细胞的浓度存在于所述反刍动物补充剂中。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组的核酸序列至少约97％相同。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与选自由seqidno:31-60和2104-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组的核酸序列至少约99％相同。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与选自由seqidno:31-60和2104-2107组成的组的核酸序列至少约99％相同。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列选自由seqidno:1-30和2045-2103组成的组。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列选自由seqidno:31-60和2104-2107组成的组。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌和具有its核酸序列的真菌，所述16s核酸序列和所述its核酸序列与选自由seqidno:1-60和2045-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有16s核酸序列的细菌，所述16s核酸序列与seqidno:28至少约97％相同。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含具有its核酸序列的真菌，所述its核酸序列与seqidno:32至少约97％相同。18.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体包含以nrrly-67249保藏的毕赤酵母属真菌。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述纯化的微生物群体仅含有为选自以下的组的成员的生物体：肠单胞球菌属、厌氧绳菌属、假丁酸弧菌属、欧陆森氏菌属、真杆菌属、catenisphaera、渣小杆菌属、细小杆菌属、布劳特氏菌属、罗尔斯通氏菌属、粪球菌属、casaltella、厌氧支原体属、无胆甾原体属、嗜氨酸菌属、光冈菌属、另枝菌属、夏普氏菌属、震颤杆菌属、新美鞭菌属、气味杆菌属、毕赤酵母属、坦纳菌属、假丝酵母属、产氢厌氧菌属、根囊鞭菌属、琥珀酸弧菌属、sugiyamaella、瘤胃杆菌属、毛螺菌属、盲肠鞭菌属、sinimarinibacterium、银耳属、产氢厌氧菌属、苏黎世杆菌属、梭菌属_xlva、厌氧绳菌属、saccharofermentans、丁酸梭菌属、欧陆森氏菌属、乳头杆菌属、梭菌属_xia、pelotomaculum、属未定丹毒丝菌科、属未定毛螺菌科、细小杆菌属、厌氧支原体属、罗尔斯通氏菌属、狭义梭菌属、真杆菌属、理研菌属、毛螺杆菌属、坦纳菌属、无胆甾原体属、howardella、月形单胞菌属、丁酸单胞菌属、夏普氏菌属、琥珀酸弧菌属、瘤胃杆菌属、假丝酵母属、互营球菌属、假丁酸弧菌属、根囊鞭菌属、枝梗鞭菌属、酵母目、叶点霉属、子囊菌门和梨囊鞭菌属。20.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳产量的增加，这引起乳产量的可测量增加。21.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳产量的增加和乳组分特征的改善，这引起能量校正乳的可测量增加。22.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出选自由以下组成的组的改善的乳组分特征：乳脂的增加、乳蛋白的增加、乳中碳水化合物的增加、乳中维生素的增加、乳中矿物质的增加或它们的组合。23.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少1％。24.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少10％。25.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物表现出乳脂、乳蛋白、能量校正乳或它们的组合的平均产量增加至少20％。26.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物还表现出：至少一种改善的表型性状，所述至少一种改善的表型性状选自由以下组成的组：饲料利用率提高、消化率提高、多糖和木质素降解增加、瘤胃中脂肪酸浓度增加、瘤胃中ph平衡、甲烷排放减少、粪肥产生减少、干物质摄入量提高、氮利用率提高或它们的组合。27.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物还表现出：瘤胃微生物组的转变。28.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物还表现出：瘤胃微生物组的转变，其中在施用所述反刍动物补充剂之前存在于所述瘤胃中的微生物群体在施用所述反刍动物补充剂后丰度增加。29.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物还表现出：瘤胃微生物组的转变，其中在施用所述反刍动物补充剂之前存在于所述瘤胃中的微生物群体在施用所述反刍动物补充剂后丰度降低。30.根据权利要求1所述的方法，其中施用所述有效量的所述反刍动物补充剂的所述反刍动物还表现出：瘤胃微生物组的转变，其中在施用所述反刍动物补充剂之前存在于所述瘤胃中的第一微生物群体在施用所述反刍动物补充剂后丰度增加，以及其中在施用所述反刍动物补充剂之前存在于所述瘤胃中的第二微生物群体在施用所述反刍动物补充剂后丰度降低。在所述方法中使用的上述组合物具有天然存在于瘤胃中的任何个体细菌或真菌都不具有的显著不同的特征和/或特性。在所述方法中使用的上述组合物所具有的显著不同的特征和/或特性可以是结构性的、功能性的或两者。例如，如本文所教导，当施用于反刍动物时，在所述方法中使用的组合物具有显著不同的能够增加乳产量或改善乳组分特性的功能特性。此外，在所述方法中使用的组合物具有显著不同的能稳定贮存的功能特性。在一些方面，上述微生物物种-即，包含具有16s核酸序列的细菌和/或具有its核酸序列的真菌的纯化的微生物群体，所述16s核酸序列和所述its核酸序列与选自由seqidno:1-60和2045-2107组成的组的核酸序列至少约97％相同-是马库什组群的成员，如本公开所说明的这些成员属于以各种物理和功能属性为特征的微生物类，所述物理和功能属性可包括以下任何一种：a)将碳源转化为诸如乙酸盐、丁酸盐、丙酸盐或它们的组合的挥发性脂肪酸的能力；b)降解可溶性碳源或不溶性碳源的能力；c)赋予施用微生物的反刍动物增加的乳产量或改善的乳组分特征的能力；d)调节施用微生物的反刍动物瘤胃微生物组的能力；e)配制成贮存稳定的组合物的能力；和/或f)如果是细菌则具有至少约0.4的mic分数，并且如果是真菌则具有至少约0.2的mic分数。因此，马库什组群的成员具有至少一个共同特性，这可以解释它们在要求保护的关系中的功能。表25.本公开的布达佩斯条约保藏物以引用的方式并入本文引用的所有参考文献、文章、出版物、专利、专利公布和专利申请出于所有目的以引用的方式整体并入。然而，在此提及的任何参考文献、文章、出版物、专利、专利公布和专利申请不是，也不应被视为承认或以任何形式暗示它们在世界上任一国家构成有效的现有技术或形成公知常识的一部分。当前第1页12