技术特征：
1.一种用于使用寡核苷酸对核酸进行加标签的方法，所述方法包括：a.提供要加标签的所述核酸；b.使所述核酸与聚合酶和至少一个式(a)的拴系有寡核苷酸的核苷酸：或其盐接触，其中nb是核碱基；oligo是由3到100个核苷酸构成的寡核苷酸；x和q中的每一个独立地选自h、oh、n3、卤基、烷基、烷氧基、烷基、烯基、炔基、酰基、氰基、氨基、酯和酰胺基；z和y中每一个独立地选自键、氨基、酰胺基、烷基、烯基、炔基、硫醚、磺酰基、磺酰胺基、醚、酮、羰基、酸酐、酯、酰亚胺基、脲、氨基甲酸酯和其组合；并且cxn选自亚烷基、亚烯基、亚炔基、酮、碳酸酯、酯、醚、酸酐、酰胺基、氨基、氨基亚烷基、亚氨基、酰亚胺基、重氮、氨基甲酸酯、磷酸二酯、硫化物、二硫化物、磺酰基、磺酰胺基和含有一到四个n原子、o原子、s原子或其组合的杂环基，其中杂环基任选地在碳原子、氮原子或硫原子处被取代，由此产生第一带标签的核酸。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述接触包括使所述核酸与至少一个拴系有寡核苷酸的核苷酸、至少一个未拴系到寡核苷酸的核苷酸以及聚合酶接触。3.根据权利要求1到2中任一项所述的方法，其进一步包括使引物退火到所述核酸。4.根据权利要求1到3中任一项所述的方法，其中所述拴系有寡核苷酸的核苷酸是双脱氧核苷酸，任选地其中所述双脱氧核苷酸选自双脱氧腺苷三磷酸、双脱氧鸟苷三磷酸、双脱氧胸苷三磷酸、双脱氧尿苷三磷酸、双脱氧胞苷三磷酸和其任何组合。5.根据权利要求1到4中任一项所述的方法，其进一步包括：a.在产生第一带标签的核酸链后，使与所拴系寡核苷酸至少部分互补的引物退火；b.使所述第一带标签的核酸链和经退火的引物与核酸聚合酶和至少一个未拴系到寡核苷酸的核苷酸接触；以及c.允许聚合酶从退火到所述所拴系寡核苷酸的所述引物的3'羟基延伸以形成第二核酸链。6.根据权利要求1到4中任一项所述的方法，其进一步包括：a.在产生第一带标签的核酸链后，使与所拴系寡核苷酸至少部分互补的夹板寡核苷酸退火；b.使所述第一带标签的核酸链和经退火的夹板寡核苷酸与核酸聚合酶和至少一个未拴系到寡核苷酸的核苷酸接触；以及c.允许聚合酶从所述所拴系寡核苷酸的3'羟基跨所述夹板寡核苷酸延伸。
7.一种用于由包括一个或多个核酸的样品产生核酸文库的方法，任选地其中所述样品包括多个细胞，所述方法包括：a.使与所述一个或多个核酸至少部分互补的第一引物退火；b.使所述一个或多个核酸与核酸聚合酶、至少一个未拴系到寡核苷酸的核苷酸和至少一个拴系有寡核苷酸的双脱氧核苷酸接触以形成多条核酸链，所述多条核酸链在其3'端处包括所述拴系有寡核苷酸的双脱氧核苷酸；c.使与所拴系寡核苷酸至少部分互补的第二引物退火；以及d.允许所述聚合酶从退火到所述所拴系寡核苷酸的所述第二引物的3'羟基延伸，由此产生核酸文库。8.一种用于由包括一个或多个核酸的样品产生核酸文库的方法，任选地其中所述样品包括多个细胞或细胞核，所述方法包括：a.使与所述一个或多个核酸至少部分互补的第一引物退火；b.使所述一个或多个核酸与第一核酸聚合酶、至少一个未拴系到寡核苷酸的核苷酸和至少一个拴系有寡核苷酸的双脱氧核苷酸接触以形成多个第一延伸产物，所述多个第一延伸产物在3'端处包括所述拴系有寡核苷酸的双脱氧核苷酸；c.使与所述第一延伸产物的所拴系寡核苷酸至少部分互补的夹板寡核苷酸退火；以及d.使所述第一延伸产物与核酸聚合酶和一个或多个核苷酸接触，以允许所述聚合酶从所述所拴系寡核苷酸的3'羟基跨经退火的夹板延伸以产生第二延伸产物，由此产生核酸文库。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述样品中的所述一个或多个核酸包括拴系有寡核苷酸的结合剂(otba)的寡核苷酸。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述otba的所拴系寡核苷酸包括细胞标志物结合剂索引，并且其中所述otba的结合剂包括适配体或抗体或其功能片段。11.根据权利要求7到10中任一项所述的方法，其中包括一个或多个核酸的样品包括多于一个细胞或细胞核，其中所述细胞或细胞核可以包括一个或多个细胞标志物，其中所述样品在步骤a之前分成两个或更多个第一部分，并且其中每个第一部分包括原始样品的细胞或细胞核亚群。12.根据权利要求11所述的方法，其中所述第一引物包括第一通用手柄序列和第一条形码，所述第一条形码在每个第一部分中的所述第一引物中是共用的，但与存在于其它第一部分中的所述第一引物中的所述第一条形码有所不同；并且其中所述拴系有寡核苷酸的双脱氧核苷酸的所述寡核苷酸包括第二通用手柄序列。13.根据权利要求12所述的方法，其进一步包括，在步骤c之前：a.在形成所述第一核延伸产物后将所述第一部分组合；以及b.将经组合的第一部分分成两个或更多个第二部分，其中所述第二部分包括所述夹板寡核苷酸，其中所述夹板寡核苷酸包括：i.退火到所述所拴系寡核苷酸上的所述第二通用手柄的寡核苷酸序列；ii.第二条形码的模板序列，其中每个第二部分的所述第二条形码是共用的，但与其它第二部分的所述第二条形码有所不同；以及iii.第三通用手柄的模板序列；
其中所述第二延伸产物包括所述第二条形码和所述第三通用手柄。14.根据权利要求13所述的方法，其进一步包括：a.将所述第二部分组合；b.将经组合的第二部分分成两个或更多个第三部分；c.使每个第三部分与扩增引物接触，其中所述扩增引物能与所述第一通用手柄和所述第三通用手柄杂交并且能够从所述第一通用手柄和所述第三通用手柄延伸，并且其中所述扩增引物任选地分别包括第三条形码和/或第四条形码并且分别包括第一衔接子序列和/或第二衔接子序列以产生扩增产物，其中所述扩增产物的所述第一条形码序列、所述第二条形码序列和所述第三条形码序列(或其补体)的组合对于源自单个细胞或细胞核的所述扩增产物来说是唯一的。15.根据权利要求1到14中任一项所述的方法，其中所述引物、所述所拴系寡核苷酸或两者包括随机序列、靶特异性序列或两者。16.根据权利要求1到15中任一项所述的方法，其中所述引物、所述所拴系寡核苷酸或所述夹板寡核苷酸中的一个或多个包括通用手柄、通用序列、唯一分子标识符、衔接子序列、启动子序列、条形码序列、索引序列或其任何组合。17.根据权利要求1到16中任一项所述的方法，其中所述聚合酶是dna聚合酶或rna聚合酶。18.根据权利要求1到17中任一项所述的方法，其中所述核酸是dna或rna。19.一种式(a)的拴系有寡核苷酸的核苷酸：或其盐，其中nb是核碱基；oligo是由3到100个核苷酸构成的寡核苷酸；x和q中的每一个独立地选自h、oh、n3、卤基、烷基、烷氧基、烷基、烯基、炔基、酰基、氰基、氨基、酯和酰胺基；z和y中每一个独立地选自键、氨基、酰胺基、烷基、烯基、炔基、硫醚、磺酰基、磺酰胺基、醚、酮、羰基、酸酐、酯、酰亚胺基、脲、氨基甲酸酯和其组合；并且cxn选自亚烷基、亚烯基、亚炔基、酮、碳酸酯、酯、醚、酸酐、酰胺基、氨基、氨基亚烷基、亚氨基、酰亚胺基、重氮、氨基甲酸酯、磷酸二酯、硫化物、二硫化物、磺酰基、磺酰胺基和含有一到四个n原子、o原子、s原子或其组合的杂环基，其中杂环基任选地在碳原子、氮原子或硫原子处被取代。20.根据权利要求19所述的拴系有寡核苷酸的核苷酸，其中cxn是click，并且其中click是以下官能团对中的一个官能团对之间的点击反应的产物：
i)炔基和叠氮基；ii)硫醇和炔基；iii)硫醇和烯基；iv)叠氮基和环辛烷基；以及v)环辛烷基和硝酮。21.一种根据权利要求19或20所述的拴系有寡核苷酸的核苷酸在制备核酸文库中的用途或用于对核酸进行加标签的用途。
技术总结
本公开内容描述了拴系有寡核苷酸的核苷酸、制备所述拴系有寡核苷酸的核苷酸的方法和使用所述拴系有寡核苷酸的核苷酸的方法。在一些实施例中，所述拴系有寡核苷酸的核苷酸包括与长度为约3个到约100个核苷酸的寡核苷酸连接的核苷酸。这些拴系有寡核苷酸的核苷酸可以用于在多种不同情形下用已知寡核苷酸来标记多种不同类型的核酸，在一些实施例中，所述已知的寡核苷酸可以充当条形码。所产生的寡核苷酸标记的核酸寡核苷酸可以用于各种核酸测序方法。方法。
技术研发人员：A
受保护的技术使用者：生命技术公司
技术研发日：2020.06.22
技术公布日：2022/5/6