技术特征：
1.一种用于鉴定结核分枝杆菌复合群的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记包括位于hsp65基因上的snp1～snp 8和位于rpsa基因上的snp 9～snp 15；其中，snp1位于seq id no.1所示序列5’端起25位，碱基是g、c、t或a；snp2位于seq id no.1所示序列5’端起31位，碱基是c或g；snp3位于seq id no.1所示序列5’端起54位，碱基是g、c、t或a；snp4位于seq id no.1所示序列5’端起95位，碱基是t或c；snp5位于seq id no.1所示序列5’端起134位，碱基是g、a或c；snp6位于seq id no.1所示序列5’端起138位，碱基是c、a、g或t；snp7位于seq id no.1所示序列5’端起154位，碱基是c、a、g或t；snp8位于seq id no.1所示序列5’端起155位，碱基是g、c或a；snp9位于seq id no.2所示序列5’端起78位，碱基是t或c；snp10位于seq id no.2所示序列5’端起90位，碱基是g、a或c；snp11位于seq id no.2所示序列5’端起93位，碱基是g、t或c；snp12位于seq id no.2所示序列5’端起135位，碱基是t或c；snp13位于seq id no.2所示序列5’端起195位，碱基是a或g；snp14位于seq id no.2所示序列5’端起225位，碱基是g、t或c；snp15位于seq id no.2所示序列5’端起297位，碱基是g或a。2.用于扩增权利要求1所述的snp分子标记的pcr引物，其特征在于，包括用于扩增seq id no.1所示序列的引物seq id no.3和seq id no.4；以及用于扩增seq id no.2所示序列的引物seq id no.5和seq id no.6。3.用于检测权利要求1所述的snp分子标记的试剂盒，其特征在于，包含权利要求2的pcr引物；优选的，所述试剂盒还包含dntps、taq dna聚合酶、mg
2+
、pcr反应缓冲液中的至少一种。4.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2所述的pcr引物。5.权利要求1所述的snp分子标记或权利要求2所述的pcr引物或权利要求3所述的试剂盒用于检测和/或鉴定结核分枝杆菌复合群中的应用，所述应用为非疾病诊断目的。6.一种非疾病诊断目的的鉴定结核分枝杆菌复合群的方法，其特征在于，通过检测如权利要求1所述的snp分子标记的多态性来判断待测样品的菌种类型。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，snp分子标记的多态性的检测方法包括以下一种或几种：基于凝胶电泳的snp检测法、dna测序法、dna芯片法、变性高效液相色谱法或质谱检测法。8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，当多态性结果显示snp1～snp 15对应的碱基为agacgacatagtaga时，则为结核分枝杆菌复合群；当snp1～snp 15对应的碱基为gcgtaggctagtaga，则为卡内蒂分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为tcgtctgccgccgcg，则为脓肿分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为tgctggacccccgcg，则为鸟分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为tctcctgccgtcgtg，则为龟分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为gcgtacgccgccgcg，则为偶然分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为ccgtacgccgccgcg，则为胞内分枝杆菌；
当snp1～snp 15对应的碱基为gcgtcgggcgccgcg，则为堪萨斯分枝杆菌；当snp1～snp 15对应的碱基为gcgtcgtccgccgcg，则为海分枝杆菌；当snp1～snp 8对应的碱基为ccgtaggc，则为戈登分枝杆菌。9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法还包括获取待检测样本的dna；以所述dna为模板，利用如权利要求2的pcr引物进行扩增；扩增产物进行测序，确定所述snp分子标记的多态性。10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述扩增的程序中，pcr引物的浓度为350～500nm，优选500nm；优选地，在扩增过程中，2组引物采用同一个退火温度，退火温度为58℃～62℃，优选60℃。
技术总结
本发明提供了一种用于鉴定结核分枝杆菌复合群的SNP分子标记、PCR引物及应用，涉及分子标记及其应用技术领域。所述SNP分子标记包括位于Hsp65基因上的SNP1～SNP 8和位于rpsA基因上的SNP 9～SNP 15。本发明提供的SNP分子标记在10种分枝杆菌中具有多态性，通过检测分枝杆菌在SNP位点上的碱基类型即可鉴别出待测的分枝杆菌的种类。的分枝杆菌的种类。的分枝杆菌的种类。
技术研发人员：朱晨迪 贾俊楠 李卫民
受保护的技术使用者：北京市结核病胸部肿瘤研究所
技术研发日：2021.08.03
技术公布日：2021/9/9