抗茎腐病的玉蜀黍植物的制作方法

本公开文本涉及可用于鉴定和选择具有病原体抗性的植物的组合物和方法。此外，本公开文本涉及已经用本公开文本的组合物进行遗传转化或渗入的植物。

背景技术：

1、玉米茎腐病是一种由包括禾生炭疽菌(colletotrichum graminicolaces.wils.)、轮枝镰孢菌(fusarium verticilliodes)和相关物种在内的几种病原体引起的复合病害。这些病原体分别引起炭疽茎腐病(anthracnose stalk rot，asr)和镰孢菌(fusarium)茎腐病。据估计，在2016年仅这些茎腐病就使美国玉米作物产量减少了4.634亿蒲式耳(1180万mt)。参见mueller等人,“corn yield loss estimates due to diseasesin the united states and ontario,canada from 2012to 2015”,papers in plantpathology,2016,university of nebraska-lincoln。茎腐病也会导致茎秆大量倒伏。参见callaway等人,“effect of anthracnose stalk rot on grain yield and relatedtraits of maize adapted to the northeastern united states.”canadian journalof plant science,1992,72(4),1031-1036。其他人已经列举了对抗asr的抗性来源。参见badu-apraku等人,“a major gene for resistance to stalk rot in maize.”,1987,phytopathology 77:957-959；toman和white,“inheritance of resistance to stalkrot of corn.”phytopathology,1993,83:981-986；jung等人,“generation-meansanalysis and quantitative trait locus mapping of anthracnose stalk rot genesin maize.”tag,1994,89:413-418。

2、已知的抗性基因不足以开发和生产具有持久抗性的品种。正如通常在世界上的许多地区所实践的，在同一片田地里年复一年地种植玉米大大增加了病害的严重程度和病原体破坏宿主抗性的趋势。需要新的抗性来源和抗性基因的组合来战胜病原体的抗性破坏变体。本技术公开的主题满足了对植物病害、特别是对炭疽茎腐病的抗性的新的且具替代性的来源的需求。

技术实现思路

1、在一个方面，提供了一种鉴定对炭疽茎腐病表现出增强的抗性的玉蜀黍植物的方法，所述方法包括在所述玉蜀黍植物中检测

2、a.在6号染色体上的抗性基因座处至少两个标记的存在，所述抗性基因座包含c16759-001-k1处的“g”和以下单核苷酸多态性之一：

3、-c12305-001-k1处的“c”，

4、-c12307-001-k1处的“c”，

5、-c16760-001-k1处的“g”，

6、-c12314-001-k1处的“a”；和/或

7、b.在6号染色体上的抗性基因座处至少一个标记的存在，所述抗性基因座包含表13中所列举的变体核苷酸多态性中的至少一个；和/或

8、c.在4号染色体上的抗性基因座处至少一个标记的存在，其中所述抗性基因座包含具有单体型的rcg1抗性等位基因，所述单体型包含选自以下的一个或多个单核苷酸多态性：

9、-参考seq id no:50的位置413处的“c”，

10、-参考seq id no:50的位置958处的“c”，

11、-参考seq id no:50的位置971处的“c”，

12、-参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

13、-参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

14、-参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

15、-参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

16、-参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

17、-参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

18、-参考seq id no:50的位置3342处的“a”，

19、其中(a)的所述至少两个标记或(b)的所述至少一个标记与6号染色体上的所述抗性基因座紧密连锁且关联，并且(c)的所述至少一个标记与4号染色体上的所述抗性基因座紧密连锁且关联。优选地，rcg1抗性等位基因在每个位置处都与源自登录号mp305的rcg1等位基因(参见美国专利号8,062,847)不同。

20、在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座位于标记pze-106066805与pze-106075546之间的染色体区间上。在一些实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座位于标记pze-104102206与pze-104132759之间的染色体区间上。在其他实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座位于根据b73agpv05基因组序列编号的139646631与139889078之间的染色体区间上。在一些实施方案中，6号染色体的所述抗性基因座包含seq id no:272或其片段。

21、在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座包含选自以下的一个或多个核苷酸序列：

22、i.seq id no:266或269的核苷酸序列，

23、ii.具有seq id no:267或270的编码序列的核苷酸序列，

24、iii.与来自i.或ii.的核苷酸序列互补的核苷酸序列，

25、iv.与来自i.、ii.或iii.的核苷酸序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的核苷酸序列，

26、v.根据遗传密码的简并性，与根据i.、ii.或iii.的核酸序列不同的核苷酸序列，

27、vi.在严格条件下与根据i.、ii.或iii.的核酸序列杂交的核苷酸序列，

28、vii.编码包含seq id no:268或271的序列的蛋白质的核苷酸序列，或

29、viii.编码包含与seq id no:268或271的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的序列的蛋白质的核苷酸序列。

30、在一些实施方案中，在使用seq id no:120和121的引物、或seq id no:122和123的引物、或seq id no:124和125的引物进行聚合酶链式反应扩增后，4号染色体上的所述抗性基因座不产生根据seq id no:119的扩增子。

31、在一些实施方案中，在使用seq id no:95和96的引物、seq id no:97和98的引物、seq id no:99和100的引物、seq id no:101和102的引物、seq id no:103和104的引物、seqid no:105和106的引物、seq id no:107和108的引物、seq id no:109和110的引物、seq idno:111和112的引物、seq id no:113和114的引物、seq id no:115和116的引物或seq idno:117和118的引物进行聚合酶链式反应扩增后，4号染色体上的所述抗性基因座不产生选自seq id no:94、101、106、109和114的扩增子。

32、在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座源自nc262a。在一些实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座源自nc262a或nc342。

33、在一些实施方案中，所述方法包括在所述玉蜀黍植物中检测如上文在b.下所定义的在6号染色体上的所述抗性基因座处至少一个等位基因的存在或不存在。在一个具体实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座处的所述至少一个标记检测c16759-001-k1处的“g”。

34、在一些实施方案中，所述方法包括在所述玉蜀黍植物中既检测(a)如上文在b.下所定义的在6号染色体上的所述抗性基因座处至少一个等位基因的存在或不存在，又检测(b)如上文在c.下所定义的在4号染色体上的所述抗性基因座处至少一个标记的存在或不存在。在一个具体实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座处的所述至少一个标记检测c16759-001-k1处的“g”。在一个具体实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座处的所述至少一个标记检测以下的单核苷酸多态性：seq id no:50中的位置413处的“c”、seq idno:50中的位置958处的“c”、seq id no:50中的位置971处的“c”、seq id no:50中的位置1099处的“t”、seq id no:50中的位置1154处的“a”、seq id no:50中的位置1250处的“t”、seq id no:50中的位置1607处的“g”、seq id no:50中的位置2001处的“g”、seq id no:50中的位置2598处的“a”或seq idno:50中的位置3342处的“a”。在一个具体实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座处的所述至少一个标记检测seq id no:50中的位置413处的“c”的单核苷酸多态性。

35、在各种实施方案中，至少一个核苷酸多态性的存在或不存在通过用引物对存在于所述玉蜀黍植物中的核酸进行聚合酶链式反应扩增来检测，所述引物被配置成特异性扩增包含所述核苷酸多态性中的一个或多个的核酸序列。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置413处的“c”，并且所述引物包含序列gtaccatgtgacca(seq id no:406)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置1099处的“t”，并且所述引物包含序列gtagtgttttgac(seq id no:407)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置1250处的“t”，并且所述引物包含序列tgatctcaaagat(seq id no:408)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq idno:50中的位置1607处的“g”，并且所述引物包含序列gttatgtgcacaa(seq id no:409)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置2001处的“g”，并且所述引物包含序列agatgaaggctgt(seq id no:410)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置2598处的“a”，并且所述引物包含序列aagtgacatgcag(seqid no:411)。在一个具体实施方案中，所述单核苷酸多态性是seq id no:50中的位置3342处的“a”，并且所述引物包含序列catctgatgaaagc(seq id no:412)。在一些实施方案中，所述核苷酸多态性选自表13的变体核苷酸。

36、在各种实施方案中，包含c16759-001-k1处的“g”的所述等位基因的存在或不存在通过用引物对存在于所述玉蜀黍植物中的核酸进行聚合酶链式反应扩增来检测，所述引物被配置成特异性扩增所述等位基因的核酸序列。在一个具体实施方案中，所述引物包含序列aattatgctgatga(seq id no:413)。

37、在另一个方面，提供了一种用于选择具有炭疽茎腐病抗性的玉蜀黍植物的方法，所述方法包括根据任何以上方法鉴定所述玉蜀黍植物，以及如果检测到6号染色体上的所述抗性基因座处所述至少一个标记和/或4号染色体上的所述抗性基因座处所述至少一个标记的存在或不存在，则将所述玉蜀黍植物选择为具有炭疽茎腐病抗性。在一些实施方案中，所述方法进一步包括选择包含至少一个另外的标记等位基因的所述玉蜀黍植物，所述至少一个另外的标记等位基因与所述一个或多个核苷酸多态性紧密连锁且关联。在一个具体实施方案中，所述另外的标记等位基因在基于单次减数分裂的遗传图谱上以不超过2cm与所述单核苷酸多态性连锁。在各种实施方案中，所述方法进一步包括选择包含至少一个另外的标记等位基因的所述玉蜀黍植物，所述至少一个另外的标记等位基因与包含c16759-001-k1处的“g”的所述等位基因连锁且关联。在一个具体实施方案中，所述另外的标记等位基因在基于单次减数分裂的遗传图谱上以不超过2cm与包含c16759-001-k1处的“g”的所述等位基因连锁。在一些实施方案中，所述另外的标记等位基因与包含表13中所列举的变体核苷酸多态性中的至少一个的等位基因连锁。

38、在任何以上方法的各种实施方案中，所述方法进一步包括将所鉴定的玉蜀黍植物与另一株玉蜀黍植物回交，优选包括将6号染色体上的所述抗性基因座回交到不是nc262a的基因型中和/或将4号染色体上的所述抗性基因座回交到不是nc262a或nc342的基因型中。

39、在另一个方面，提供了一种将与炭疽茎腐病抗性相关的等位基因渗入到玉蜀黍植物中的方法，所述方法包括：

40、a.用检测6号染色体上的抗性基因座处的至少一个标记的核酸测定筛选群体，所述抗性基因座包含

41、(i)以下单核苷酸多态性：

42、-c12305-001-k1处的“c”，

43、-c12307-001-k1处的“c”，

44、-c16759-001-k1处的“g”，

45、-c16760-001-k1处的“g”，

46、-c12314-001-k1处的“a”；和/或

47、(ii)表13中所列举的变体核苷酸多态性中的一个或多个；以及

48、b.从所述群体中选择至少一株玉蜀黍植物，所述至少一株玉蜀黍植物包含6号染色体上的所述抗性基因座或包含c16759-001-k1处的“g”和/或表13中所列举的所述变体核苷酸多态性中的一个或多个；以及

49、c.将所述至少一株玉蜀黍植物与第二玉蜀黍植物杂交；

50、d.评价后代植物中c16759-001-k1处的所述“g”和/或表13中所列举的所述变体核苷酸多态性中的一个或多个的存在；以及

51、e.选择具有c16759-001-k1处的所述“g”和/或表13中所列举的所述变体核苷酸多态性中的一个或多个的后代植物。

52、在一些实施方案中，所述至少一个标记位于c16759-001-k1处的“g”的5cm内。在一些实施方案中，所述至少一个标记位于c16759-001-k1处的“g”的1cm内。在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座位于标记pze-106066805与pze-106075546之间的染色体区间上。在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座位于根据b73agpv05基因组序列编号的139646631与139889078之间的染色体区间上。在一些实施方案中，6号染色体的所述抗性基因座包含seq id no:272或其片段。

53、在一些实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座包含选自以下的一个或多个核苷酸序列：

54、i.seq id no:266或269的核苷酸序列，

55、ii.具有seq id no:267或270的编码序列的核苷酸序列，

56、iii.与来自i.或ii.的序列互补的核苷酸序列，

57、iv.与来自i.、ii.或iii.的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的核苷酸序列，

58、v.根据遗传密码的简并性，与根据i.、ii.或iii.的核酸序列不同的核苷酸序列，

59、vi.在严格条件下与根据i.、ii.或iii.的核酸序列杂交的核苷酸序列，

60、vii.编码包含seq id no:268或271的序列的蛋白质的核苷酸序列，或

61、viii.编码包含与seq id no:268或271的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％序列同一性的序列的蛋白质的核苷酸序列。

62、在各种实施方案中，6号染色体上的所述抗性基因座源自nc262a。

63、在另一个方面，提供了一种将与炭疽茎腐病抗性相关的基因座渗入到玉蜀黍植物中的方法，所述方法包括：

64、a.筛选具有至少一个标记的群体，以确定来自所述群体的一株或多株玉蜀黍植物是否包含与炭疽茎腐病抗性相关的所述基因座，其中所述筛选包括用于检测4号染色体上的抗性基因座处的至少一个标记的核酸测定，其中所述抗性基因座包含具有单体型的rcg1抗性等位基因，所述单体型包含选自以下的一个或多个单核苷酸多态性：

65、-参考seq id no:50的位置413处的“c”，

66、-参考seq id no:50的位置958处的“c”，

67、-参考seq id no:50的位置971处的“c”，

68、-参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

69、-参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

70、-参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

71、-参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

72、-参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

73、-参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

74、-参考seq id no:50的位置3342处的“a”；以及

75、b.从所述群体中选择包含与炭疽茎腐病抗性相关的所述基因座的至少一株玉蜀黍植物；以及

76、c.将所述至少一株玉蜀黍植物与第二玉蜀黍植物杂交；

77、d.评价后代植物的与炭疽茎腐病抗性相关的所述至少一个标记；以及

78、e.选择具有与炭疽茎腐病抗性相关的所述等位基因的后代植物。

79、在各种实施方案中，所述至少一个标记位于以下中的任一个的5cm内：参考seq idno:50的位置413处的“c”、参考seq id no:50的位置958处的“c”、参考seq id no:50的位置971处的“c”、参考seq id no:50的位置1099处的“t”、参考seq id no:50的位置1154处的“a”、参考seq id no:50的位置1250处的“t”、参考seq id no:50的位置1607处的“g”、参考seq id no:50的位置2001处的“g”、参考seq id no:50的位置2598处的“a”或参考seq idno:50的位置3342处的“a”。

80、在各种实施方案中，所述至少一个标记位于以下中的任一个的1cm内：参考seq idno:50的位置413处的“c”、参考seq id no:50的位置958处的“c”、参考seq id no:50的位置971处的“c”、参考seq id no:50的位置1099处的“t”、参考seq id no:50的位置1154处的“a”、参考seq id no:50的位置1250处的“t”、参考seq id no:50的位置1607处的“g”、参考seq id no:50的位置2001处的“g”、参考seq id no:50的位置2598处的“a”或参考seq idno:50的位置3342处的“a”。

81、在一些实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座位于标记pze-104102206与pze-104132759之间的染色体区间上。在一些实施方案中，在借助于seq id no:95和96的引物、seq id no:97和98的引物、seq id no:99和100的引物、seq id no:101和102的引物、seq id no:103和104的引物、seq id no:105和106的引物、seq id no:107和108的引物、seq id no:109和110的引物、seq id no:111和112的引物、seq id no:113和114的引物、seq id no:115和116的引物或seq id no:117和118的引物进行聚合酶链式反应扩增后，4号染色体上的所述抗性基因座不产生选自seq id no:94、101、106、109和114的扩增子。

82、在一些实施方案中，4号染色体上的所述抗性基因座源自nc262a或nc342。

83、在另一个方面，提供了一种用于选择对炭疽茎腐病表现出抗性的玉蜀黍植物的方法，所述方法包括：

84、a.获得在其基因组内包含单体型的第一玉蜀黍植物，所述单体型包含以下中的一个或多个：

85、i.参考seq id no:50的位置413处的“c”，

86、ii.参考seq id no:50的位置958处的“c”，

87、iii.参考seq id no:50的位置971处的“c”，

88、iv.参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

89、v.参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

90、vi.参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

91、vii.参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

92、viii.参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

93、ix.参考seq id no:50的位置2598处的“a”，

94、x.参考seq id no:50的位置3342处的“a”，和

95、xi.c16759-001-k1处的“g”；以及

96、b.将所述第一玉蜀黍植物与第二玉蜀黍植物杂交；

97、c.评价后代植物的a.中的所述单体型或与b.中的所述单体型连锁且关联的至少一个标记等位基因；以及

98、d.选择具有a.中的所述单体型的后代植物。

99、在一些实施方案中，在(a)中获得在其基因组内包含单体型的所述第一玉蜀黍植物，所述单体型包含c16759-001-k1处的“g”和以下中的一个或多个：

100、i.参考seq id no:50的位置413处的“c”，

101、ii.参考seq id no:50的位置958处的“c”，

102、iii.参考seq id no:50的位置971处的“c”，

103、iv.参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

104、v.参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

105、vi.参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

106、vii.参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

107、viii.参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

108、ix.参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

109、x.参考seq id no:50的位置3342处的“a”。

110、在另一个方面，提供了一种核酸分子，所述核酸分子包含选自以下的一个或多个核苷酸序列：

111、i.seq id no:266或269的核苷酸序列，

112、ii.具有seq id no:267或270的编码序列的核苷酸序列，

113、iii.与来自i.或ii.的序列互补的核苷酸序列，

114、iv.与来自i.、ii.或iii.的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的核苷酸序列，

115、v.根据遗传密码的简并性，与根据i.、ii.或iii.的核酸序列不同的核苷酸序列，

116、vi.在严格条件下与根据i.、ii.或iii.的核酸序列杂交的核苷酸序列，

117、vii.编码包含seq id no:268或271的序列的蛋白质的核苷酸序列，或

118、viii.编码包含与seq id no:268或271的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的序列的蛋白质的核苷酸序列。

119、在另一个方面，提供了一种核酸分子，所述核酸分子编码具有单体型的rcg1抗性等位基因，所述单体型包含选自以下的一个或多个单核苷酸多态性：

120、-参考seq id no:50的位置413处的“c”，

121、-参考seq id no:50的位置958处的“c”，

122、-参考seq id no:50的位置971处的“c”，

123、-参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

124、-参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

125、-参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

126、-参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

127、-参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

128、-参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

129、-参考seq id no:50的位置3342处的“a”，

130、其中所述核酸分子编码能够在植物中赋予或提高对由真菌病原体引起的植物病害的抗性的多肽，所述多肽在所述植物中表达。

131、在一些实施方案中，在使用seq id no:120和121的引物、seq id no:122和123的引物或seq id no:124和125的引物进行聚合酶链式反应扩增后，所述核酸分子不产生根据seq id no:119的扩增子(扩增子7)。在一些实施方案中，在借助于seq id no:95和96的引物、seq id no:97和98的引物、seq id no:99和100的引物、seq id no:101和102的引物、seq id no:103和104的引物、seq id no:105和106的引物、seq id no:107和108的引物、seq id no:109和110的引物、seq id no:111和112的引物、seq id no:113和114的引物、seq id no:115和116的引物或seq id no:117和118的引物进行聚合酶链式反应扩增后，所述核酸分子不产生选自seq id no:94、101、106、109和114的扩增子。

132、在另一个方面，提供了一种表达盒，所述表达盒包含任何以上核酸分子，其中所述核酸分子与异源调节元件、优选与异源启动子可操作地连接。

133、在另一个方面，提供了一种用于在玉蜀黍植物中赋予或提高对炭疽茎腐病的抗性的方法，所述方法包括以下步骤：

134、(a)将任何以上核酸分子或表达盒引入或渗入到玉蜀黍植物的至少一个细胞中；

135、(b)任选地从所述至少一个细胞再生或生长植物，以及

136、(c)使所述核酸分子在所述植物中表达。

137、在另一个方面，提供了一种用于产生具有炭疽茎腐病抗性的玉蜀黍植物的方法，所述方法包括：

138、(a)将以上核酸分子或以上表达盒引入或渗入到玉蜀黍植物的至少一个细胞中；或

139、(b.1)将定点核酸酶和修复基质引入到玉蜀黍植物的至少一个细胞中，其中所述定点核酸酶能够在所述至少一个细胞的基因组中产生至少一个dna双链断裂，并且所述修复基质包含以上核酸分子或其片段；或

140、(b.2)在允许进行同源定向修复或同源重组的条件下培养(b.1)的所述至少一个细胞，其中所述核酸分子从所述修复基质整合到所述玉蜀黍植物的基因组中；以及

141、(c)从所述至少一个细胞获得具有炭疽茎腐病抗性的所述植物。

142、在一些实施方案中，所述定点核酸酶包括锌指核酸酶，转录激活因子样效应物核酸酶，包括crispr/cas9系统、crispr/cpf1系统、crispr/mad7系统、crispr/casx系统、crispr/casy系统在内的crispr/cas系统，引导编辑系统，基于crispr的碱基编辑器系统，工程化归巢核酸内切酶和大范围核酸酶和/或其任何组合、变体或催化活性片段。

143、还提供了一种玉蜀黍植物，所述玉蜀黍植物是根据任何以上方法鉴定的，或根据用于产生具有炭疽茎腐病抗性的玉蜀黍植物的以上方法产生的。

144、在另一个方面，提供了一种玉蜀黍植物，所述玉蜀黍植物包含与炭疽茎腐病抗性相关的抗性基因座，其中所述玉蜀黍植物通过包括将所述抗性基因座渗入到所述玉蜀黍植物中的任何上述方法来制备。

145、在另一个方面，提供了一种玉蜀黍植物，所述玉蜀黍植物包含与炭疽茎腐病抗性相关的抗性基因座，其中所述玉蜀黍植物通过包括将以上核酸分子渗入到所述玉蜀黍植物中的方法来制备。

146、在另一个方面，提供了一种玉蜀黍植物，所述玉蜀黍植物包含与炭疽茎腐病抗性相关的抗性基因座，其中所述玉蜀黍植物通过包括将核酸引入到所述玉蜀黍植物中的方法来制备，其中所述核酸包含

147、i.seq id no:266或269的核苷酸序列，

148、ii.具有seq id no:267或270的编码序列的核苷酸序列，

149、iii.与来自i.或ii.的序列互补的核苷酸序列，

150、iv.与来自i.、ii.或iii.的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的核苷酸序列，

151、v.根据遗传密码的简并性，与根据i.、ii.或iii.的核酸序列不同的核苷酸序列，

152、vi.在严格条件下与根据i.、ii.或iii.的核酸序列杂交的核苷酸序列，

153、vii.编码具有seq id no:268或271之一的蛋白质的核苷酸序列，

154、viii.编码与seq id no:213或216的序列具有至少80％或85％、优选至少90％、91％、92％、93％、94％或95％、更优选至少96％、97％、98％或99％同一性的蛋白质的核苷酸序列，

155、ix.包含seq id no:272的核苷酸序列或其片段或者由所述核苷酸序列或其片段组成的核苷酸序列，

156、x.编码具有单体型的炭疽茎腐病抗性等位基因的核酸分子，所述单体型包含表13中所列举的一个或多个多态性，或

157、xi.编码具有单体型的炭疽茎腐病抗性等位基因的核酸分子，所述单体型包含选自以下的一个或多个核苷酸多态性：

158、-参考seq id no:50的位置413处的“c”，

159、-参考seq id no:50的位置958处的“c”，

160、-参考seq id no:50的位置971处的“c”，

161、-参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

162、-参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

163、-参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

164、-参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

165、-参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

166、-参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

167、-参考seq id no:50的位置3342处的“a”。

168、在各种实施方案中，所述核酸分子编码能够在植物中赋予或提高对由真菌病原体引起的植物病害的抗性的多肽，所述多肽在所述植物中表达。

169、在另一个方面，提供了一种玉蜀黍植物，其中所述玉蜀黍植物根据包括以下步骤的方法来选择：

170、a.获得在其基因组内包含单体型的第一玉蜀黍植物，所述单体型包含以下中的一个或多个：

171、i.参考seq id no:50的位置413处的“c”，

172、ii.参考seq id no:50的位置958处的“c”，

173、iii.参考seq id no:50的位置971处的“c”，

174、iv.参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

175、v.参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

176、vi.参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

177、vii.参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

178、viii.参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

179、ix.参考seq id no:50的位置2598处的“a”，

180、x.参考seq id no:50的位置3342处的“a”，和

181、xi.c16759-001-k1处的“g”；以及

182、b.将所述第一玉蜀黍植物与第二玉蜀黍植物杂交；

183、c.评价后代植物的a.中的所述单体型或与b.中的所述单体型连锁且关联的至少一个标记等位基因；以及

184、d.选择具有a.中的所述单体型的后代植物。

185、在一些实施方案中，所述玉蜀黍植物在其基因组内包含单体型，所述单体型包含c16759-001-k1处的“g”和以下中的一个或多个：

186、i.参考seq id no:50的位置413处的“c”，

187、ii.参考seq id no:50的位置958处的“c”，

188、iii.参考seq id no:50的位置971处的“c”，

189、iv.参考seq id no:50的位置1099处的“t”，

190、v.参考seq id no:50的位置1154处的“a”，

191、vi.参考seq id no:50的位置1250处的“t”，

192、vii.参考seq id no:50的位置1607处的“g”，

193、viii.参考seq id no:50的位置2001处的“g”，

194、ix.参考seq id no:50的位置2598处的“a”，和

195、x.参考seq id no:50的位置3342处的“a”。

196、还提供了一种任何以上玉蜀黍植物的种子或植物部分。