1.本发明涉及猪遗传基因技术领域，特别是涉及一种与母猪繁殖性状有关的分子标记及筛选方法和应用。
背景技术：
2.我国养猪历史悠久，而养猪的终端产品主要是猪肉，是日常生活中最常见的肉制品，产量位于肉制品之首。在实际育种工作中，产总仔数和产活仔数是评定母猪生产最重要的指标，同时也是母猪重要的繁殖性状和经济性状之一，直接影响猪场的经济效益。影响母猪繁殖性能的因素有品种、年龄、环境、饲养管理、激素水平、营养和遗传，其中遗传是主要因素，规模化猪场要挑选出繁殖性能较高的优良品种进行繁育。
3.猪的繁殖性状是由多基因控制，使用传统的qtl定位法具有适合稀有基因的研究并且群体可控制，目的性和结果预期性强的特点，但其检测到的qtl个数有限，只涉及到分离群体中双亲存在差异的位点，而且无法检测到复等位基因和定位分辨率低。这种方法的较适合用于检测重组事件少的人为杂交构建的群体中。
4.如何提高母猪窝均产仔数及产仔活数，充分发挥母猪的生产性能，增加养殖场经济效益，成为了养猪生产中的重点。
技术实现要素：
5.针对上述问题，本发明提供一种与母猪繁殖性状有关的分子标记，该分子标记不同基因型母猪的繁殖性状有极显著的差异，根据该分子标记选留母猪，能够留用产仔总数和活仔总数高的母猪，有利于改善母猪的繁殖性状，提高母猪的产仔性能。
6.为了达到上述目的，本发明提供一种与母猪繁殖性状有关的分子标记，该分子标记为snp分子标记，所述snp分子标记位于猪1号染色体96673697bp位置或猪10号染色体58587289bp位置，猪参考基因组为sscrofa11.1；所述猪1号染色体96673697bp位置为c》t突变的突变位点，所述猪10号染色体58587289bp位置为c》t突变的突变位点。
7.本发明人通过对两个品种母猪（长白猪和大白猪）混合的纯种猪产仔均匀度进行全基因组关联分析，成功筛选出影响母猪繁殖性状的遗传分子标记asga0100031和wu_10.2_10_64348824；上述遗传分子标记asga0100031位于猪1号染色体96673697bp位置，而猪1号染色体96673697bp位置为c》t突变的突变位点；上述遗传分子标记wu_10.2_10_64348824位于猪10号染色体58587289bp位置，而猪10号染色体58587289bp位置为c》t突变的突变位点，上述分子标记的不同基因型母猪的繁殖性状有极显著差异。
8.即本发明公开了一种用于评估母猪繁殖性状的分子标记，可根据该分子标记评估母猪的繁殖性状，并根据评估结果留用产仔总数和活仔总数高的母猪，提高母猪的产仔性能。
9.本发明还公开了一种用于评价母猪繁殖性状的分子标记序列，该分子标记序列为所述突变位点的上下游100
±
20bp序列。
10.在其中一个实施例中，所述分子标记序列如下所示：5
’‑
tccccacttctgtaaaatgagtaacagctatactacattgggctactgtgatgattaaatacaagtctttcagaaccaaaaagcttcaggtacagatctg（seq id no:1）-e-accccactgtcactggtagggttgtctctgagtggacacttgcacgtgatgttctttgagatttctcaaaggcaggtatgaacttatttacaagaaccaa
ꢀ‑3’ꢀ
（seq id no:2），其中e为突变位点；或5
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tttatatctgttattaaagcagtaatttcccacaaactggttacttttctaaaggaggtaggttattgtaaggtcgtctattgctggataactcagattg（seq id no:3）-f-ccctgctcgttagtgtttataatgtgctgcctggaatgacctagtcctcaggatgaactcaccacaactattgacttggcagccagttgctttctaagac
ꢀ‑3’ꢀ
（seq id no:4），其中f为突变位点。
11.本发明还提供了一种用于评价母猪繁殖性状的方法，该方法包括获取所述分子标记序列的检测结果，当猪1号染色体96673697bp位置为c时，则判断母猪的产仔总数和活仔总数高；或当猪10号染色体58587289bp位置为t时，则判断母猪的产仔总数和活仔总数高。
12.本发明还提供了所述分子标记的筛选方法，包括以下步骤：获取表型-系谱数据、snp分子标记：获取待测母猪的表型-系谱数据，得到所述待测母猪的产仔总数和活仔总数的数据，对所述待测母猪取样，提取dna，基因分型，得到覆盖全基因组的snp分子标记；质量控制：对所述覆盖全基因组的snp分子标记进行物理位置更新，除去预定的snp分子标记，根据预定质量控制标准，进行质量控制；数据分析：结合所述待测母猪的产仔总数和活仔总数的数据，对质量控制后的snp分子标记进行gwas分析，并分析不同基因型群体母猪繁殖性状差异情况，筛选得到与母猪繁殖性状相关的分子标记。
13.随着生物技术的快速发展和基因组数据的商业化普及，全基因关联分析（gwas）是目前挖掘影响目标性状变异位点及候选基因的一个重要手段。该方法通过检验全基因组遗传标记与表型变异关联的显著性来定位与性状相关的遗传位点，在群体水平上解析性状遗传基础；该方法利用研究对象自由群体的历史重组，对多个等位基因进行分析，且不需要构建作图群体，还能获得更高分辨率的定位结果，同时遗传变异来源也更为广泛，往往能定位到比双亲本作图群体中更多的性状关联位点的优点。
14.在其中一个实施例中，所述数据分析步骤后还包括数据验证步骤，所述数据验证步骤包括：采用方差分析和多重比较分析不同基因型群体母猪繁殖性状差异情况。
15.在其中一个实施例中，所述获取表型-系谱数据、snp分子标记步骤中，采用ggp 50k snp芯片进行所述基因分型；所述质量控制步骤还包括：对质量控制后的缺失基因型，进行填充，根据预定质量控制标准，再次质量控制；所述数据分析步骤中，采用r统计环境下rmvp软件包的farmcpu模型进行gwas分析。
16.在其中一个实施例中，所述质量控制步骤中，所述物理位置更新根据猪参考基因组sscrofa11.1，采用ncbi基因组比对程序进行更新；所述质量控制标准为个体检出率≥90％、snp检出率≥90％且小等位基因频率≥0.01。
17.本发明还提供了一种种猪的选育方法，按照所述方法进行检测，当猪1号染色体96673697bp位置为c时，则判断母猪的产仔总数和活仔总数高，留用母猪；或当猪10号染色
体58587289bp位置为t时，则判断母猪的产仔总数和活仔总数高，留用母猪。
18.上述分子标记asga0100031和分子标记wu_10.2_10_64348824的不同基因型在不同品种母猪的繁殖性状中均存在显著差异。其中，在长白母猪和大白母猪混合群体中，分子标记asga0100031的基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均极显著高于tt、ct基因型母猪个体，其中比tt基因型母猪分别显著提高了10.30%、8.50%，在长白母猪群体结果中，分子标记asga0100031的基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均极显著高于tt基因型母猪，分别提高了7.73%、8.00%，在大白母猪群体结果中，分子标记asga0100031的基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于tt基因型母猪，分别提高了10.30%、6.31%；在长白母猪和大白母猪混合群体中，分子标记wu_10.2_10_64348824的基因型为tt个体母猪的产仔总数极显著高于cc、ct基因型母猪个体，分别显著提高了6.51%、5.62%，在长白母猪群体结果中，分子标记wu_10.2_10_64348824的基因型为tt个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于cc基因型母猪，分别提高了8.03%、5.42%，在大白母猪群体结果中，分子标记wu_10.2_10_64348824的基因型为tt个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于cc基因型母猪，分别提高了4.90%、5.58%。
19.在其中一个实施例中，所述留用母猪的1号染色体96673697bp位置的基因型为cc，或所述留用母猪的10号染色体58587289bp位置的基因型为tt。
20.通过选留1号染色体96673697bp位置的基因型为cc或10号染色体58587289bp位置的基因型为tt的母猪，能够提高母猪的繁殖性状，提高母猪的产仔性能。
21.与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：本发明的一种与母猪繁殖性状有关的分子标记及筛选方法和应用，该分子标记的不同基因型的母猪，其产仔总数和活仔总数具有显著的差异，根据该分子标记选留母猪，能够改善母猪的繁殖性状，提高母猪的产仔性能。
附图说明
22.图1为asga0100031标记基因组位置及母猪产仔总数全基因组snp效应分布图；图2为asga0100031标记基因组位置及母猪活仔总数全基因组snp效应分布图；图3为wu_10.2_10_64348824标记基因组位置及母猪产仔总数全基因组snp效应分布图；图4为wu_10.2_10_64348824标记基因组位置及母猪活仔总数全基因组snp效应分布图。
具体实施方式
23.为了便于理解本发明，下面将参照相关附图对本发明进行更全面的描述。附图中给出了本发明的较佳实施例。但是，本发明可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本发明的公开内容的理解更加透彻全面。
24.除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本发明。
25.定义：c》t突变：指c为大频率的等位基因，t为小频率的等位基因，符号＞表示等位基因频率大小。
26.snp分子标记：指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记。
27.来源：ggp 50k snp（geneseek，us）。
28.本实施例所用试剂、材料、设备如无特殊说明，均为市售来源；实验方法如无特殊说明，均为本领域的常规实验方法。
29.实施例1一种与母猪繁殖性状有关的分子标记的筛选方法。
30.1、获取表型-系谱数据、snp分子标记。
31.（1）表型-系谱数据采集。
32.本实施例的研究群体为长白猪和大白猪的纯种母猪，全部来自广西扬翔股份有限公司种猪核心群。在2018~2021年间同时记录3369头长白和4531头大白母猪产仔总数和活仔总数性状，长白和大白母猪产仔性状的有效记录条数分别为12096和14323条，猪个体系谱追朔3代。
33.（2）获得snp分子标记。
34.分别采集1424头长白和2213头大白猪的耳组织样品或者血样，提取总dna，，并对dna进行质量检测。采用ggp 50k snp芯片对合格dna样品进行基因分型，其中合格dna样品纯度od260nm/od280nm值为1.6~1.8，获得覆盖全基因组的50679个snp标记。
35.2、质量控制。
36.根据最新版的猪参考基因组（sscrofa11.1），采用ncbi 基因组比对程序（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）对所有snp标记的物理位置进行更新。基因组位置未知与性染色体上的snp标记不用于关联分析。对于所有常染色体上的snp标记，利用plink软件进行质量控制，标准为：个体检出率≥90％；snp检出率≥90％；最小等位基因频率≥0.01。对于缺失基因型，采用beagle软件（version 4.1）进行填充。填充完后再次质控，质控条件与前面相同。质控后，最终有3623头纯种母猪（长白1420头，大白2203头）以及42,543个snp位点用于后续全基因组关联分析。
37.3、数据分析。
38.（1）计算gwas反应变量逆回归育种值(de-regressed ebv)。
39.母猪繁殖性状属于重复测量性状，具有多胎次繁殖数据。在全基因组关联分析中，个体基因型与表型值需要一一对应关系，因此需要使用适当的计算方法来对重复的表型值进行校正，从而构建新的表型来代替重复表型值进行关联分析。基于系谱数据计算出来的个体ebv和debv值常在关联分析中代替重复测量性状，然而使用系谱数据计算得到的ebv值作为反应变量会导致存在亲缘关系个体的育种值之间存在相关性增加，关联分析的假阳性。而逆回归育种值debv剔除了父母信息的影响。本专利使用逆回归育种值debv来代替重复的表型值作为关联分析的反应变量，debv值的计算方法参考vanraden(1991年)研究公式，其计算公式如下：
式中，pa是个体父母本的育种平均值，ebv和rel分别表示母猪个体的育种值及其可靠性，本专利的个体育种值ebv值利用基于系谱数据的最佳线性无偏估计(pblup)方法进行估计。
40.（2）统计模型。
41.利用多标记关联模型的方法，在r统计环境下使用rmvp软件包的farmcpu模型进行gwas分析，该研究模型如下：yn=t
ni
wi+p
nj
qj+en其中，yn表示第n个体的逆回归育种值debv，t
ni
为固定效应，包括i个pseudo qtns的基因型以及控制群体遗传背景的前三大主成分；wi表示对应的效应；p
nj
表示第n个体的第j个标记；qj表示第j个对应的效应；en表示残差向量，服从正态分布，表示残差方差。
42.对于所有分子标记的效应值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的snp标记。
43.（3）筛选标记。
44.根据上述步骤得到的分析结果，发现分子标记asga0100031和分子标记wu_10.2_10_64348824的不同基因型母猪的产仔性能有显著差异，因此初步筛选得到分子标记asga0100031和分子标记wu_10.2_10_64348824与母猪的繁殖性状有关，asga0100031标记基因组位置及母猪产仔总数全基因组snp效应分布如图1所示，asga0100031标记基因组位置及母猪产仔总数全基因组snp效应分布如图2所示，wu_10.2_10_64348824标记基因组位置及母猪产仔总数全基因组snp效应分布如图3所示，wu_10.2_10_64348824标记基因组位置及母猪活仔总数全基因组snp效应分布如图4所示。
45.分子标记asga0100031为snp分子标记，位于猪1号染色体96673697bp位置，该位置为一个c》t突变（sscrofa11.1）。该snp标记上下游100bp序列如下：5
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tccccacttctgtaaaatgagtaacagctatactacattgggctactgtgatgattaaatacaagtctttcagaaccaaaaagcttcaggtacagatctg（seq id no:1）-e-accccactgtcactggtagggttgtctctgagtggacacttgcacgtgatgttctttgagatttctcaaaggcaggtatgaacttatttacaagaaccaa
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（seq id no:2）。
46.分子标记wu_10.2_10_64348824为snp分子标记，位于猪10号染色体58587289bp位置，该位置为一个c》t突变（sscrofa11.1）。该snp标记上下游100bp序列如下：5
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tttatatctgttattaaagcagtaatttcccacaaactggttacttttctaaaggaggtaggttattgtaaggtcgtctattgctggataactcagattg（seq id no:3）-f-ccctgctcgttagtgtttataatgtgctgcctggaatgacctagtcctcaggatgaactcaccacaactattgacttggcagccagttgctttctaagac
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（seq id no:4）。
47.同时，采用方差分析和多重比较（r统计分析平台），分析分子标记asga0100031、分子标记wu_10.2_10_64348824的不同基因型群体母猪繁殖性状的差异情况，分析结果如下表所示。
48.表1 asga0100031标记的不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（长白、大白母猪混合群体）
基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数tt15152113.98c12.83cct1143378414.56b13.39bcc2329753215.32a13.92a注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
49.表2 asga0100031标记不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（长白母猪）基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数tt12541613.98c12.75bct619202914.55b13.38abcc676224315.06a13.77aa注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
50.表3 asga0100031标记不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（大白母猪）基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数tt2610513.98b13.15bct524175514.58b13.41abcc1653529215.42a13.98a注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
51.表4 wu_10.2_10_64348824标记的不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（长白、大白母猪混合群体）基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数cc721239014.45b13.82bct1159381414.57b13.87btt1743563315.39a14.58a注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
52.表5 wu_10.2_10_64348824标记不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（长白母猪）基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数cc662220214.43b13.65bct580193114.47b13.68btt17855515.59a14.39a注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
53.表6 wu_10.2_10_64348824标记不同基因型母猪产仔总数和活仔总数（大白母猪）基因型母猪数（头）窝数产仔总数活仔总数cc5918814.48b13.99bct579188314.68b14.06b
tt1565507815.19a14.77a注：同列含不同大写字母表示差异极显著p《0.01，不同小写字母表示差异显著p《0.05，相同字母表示差异不显著p》0.05。
54.结果分析：由表1-3可知，asga0100031标记基因型在不同品种母猪产仔总数和活仔总数均存在显著差异。在两品种猪混合群体结果中，基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均极显著高于tt、ct基因型母猪个体，其中比tt基因型母猪分别显著提高了10.30%、8.50%；在长白母猪群体结果中，基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均极显著高于tt基因型母猪，分别提高了7.73%、8.00%；在大白母猪群体结果中，基因型为cc个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于tt基因型母猪，分别提高了10.30%、6.31%；综上结果表明，cc基因型母猪个体的产仔总数和活仔总数均显著高于tt个体，所以c是有利于显著提高母猪产仔性能的等位基因。
55.由表4-6可知，wu_10.2_10_64348824标记基因型在不同品种母猪产仔总数和活仔总数均存在显著差异。在两品种猪混合群体结果中，基因型为tt个体母猪的产仔总数极显著高于cc、ct基因型母猪个体，分别显著提高了6.51%、5.62%（p《0.01），而基因型为tt个体母猪的活仔总数显著高于cc和ct基因型（p《0.05）；在长白母猪群体结果中，基因型为tt个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于cc基因型母猪，分别提高了8.03%、5.42%；在大白母猪群体结果中，基因型为tt个体母猪的产仔总数和活仔总数均显著高于cc基因型母猪，分别提高了4.90%、5.58%；综上结果表明，tt基因型母猪个体的产仔总数和活仔总数均显著高于cc个体，所以t是有利于显著提高母猪产仔性能的等位基因。
56.以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
57.以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。