一种用于鉴定番茄柱头颜色的dCAPS标记引物及其鉴定方法

本发明属于分子生物学，具体涉及一种用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物及其鉴定方法。

背景技术：

1、番茄是目前世界上栽培和消费最广泛的蔬菜作物，具有明显的杂种优势，柱头颜色一般为绿色。柱头是雌蕊的重要组成部分，接受花粉，对番茄授粉受精和种子、果实发育都有重要的意义。对柱头颜色进行快速筛选，可以大大节约杂交育种过程中的人力和物力。

技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题在于针对上述现有技术的不足，提供一种用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物及其鉴定方法，该dcaps标记引物作为番茄育种中优良的标记性状，用于杂交子代的选育，该性状的应用可以大大节约杂交育种过程中的人力和物力。

2、为解决上述技术问题，本发明采用的技术方案是：一种用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物，所述dcaps标记引物包括dcaps上游引物和dcaps下游引物，所述dcaps上游引物的核苷酸序列如seq id no:1所示；所述dcaps下游引物的核苷酸序列如seq id no:2所示。

3、本发明还提供了上述的用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物鉴定番茄柱头颜色的方法，该方法为：

4、s1、提取待测番茄的基因组dna；

5、s2、用dcaps上游引物和dcaps下游引物对s1中提取的待测样品的基因组dna进行pcr扩增反应，得到pcr产物；

6、所述pcr扩增的体系为：待测番茄样品的基因组dna 1μl、dcaps上游引物0.5μl、dcaps下游引物0.5μl、5μl 2×taq master mix、ddh2o补足至10μl；

7、所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性45s，55℃退火30s；72℃延伸30s，30个循环；72℃延伸7min；4℃保存；

8、s3、取3μl的s2中得到的pcr产物进行1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，然后对s2中得到的pcr产物利用bsexi内切酶在温度为65℃的条件下，酶切反应30min，得到酶切产物；

9、所述酶切反应体系为：pcr产物7μl，10×bsexi buffer 1μl，bsexi酶0.2μl，ddh2o补足至10μl；

10、s4、将s3中得到的酶切产物进行12％聚丙烯酰胺凝胶电泳，在功率为20w的条件下电泳1.5h，电泳结束后，进行银染和显影观察酶切检测结果；结果判断：

11、酶切检测结果为105bp单一条带，则为黄柱头番茄单株；

12、酶切检测结果为68bp和37bp两条带，则为纯合绿色柱头番茄单株；

13、酶切检测结果为105bp、68bp和37bp三条带，则为杂合绿柱头番茄单株。

14、优选地，s2中所述pcr产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测结果指示的条带中，纯合绿柱头番茄单株pcr结果对应的条带的核苷酸序列如seq id no:3所示；黄色柱头番茄单株pcr结果对应的条带的核苷酸序列如seq id no:4所示。

15、优选地，s4中所述酶切检测结果中37bp条带的核苷酸序列如seq id no:5所示；68bp条带的核苷酸序列如seq id no:6所示；105bp条带的核苷酸序列如seq id no:7所示。

16、本发明与现有技术相比具有以下优点：

17、本发明的dcaps分子标记引物适用于番茄柱头颜色种质资源的遗传评价、种质鉴定及分子标记辅助育种研究，重复性好、可靠性高。为培育出新型柱头颜色的番茄新品种提供行之有效的鉴定方法，从而增加番茄遗传多样性和有利于番茄杂交子代鉴定的形态标记，同时本发明为番茄外观形态种质资源的遗传评价提供新的依据。

18、下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细说明。

技术特征：

1.一种用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物，其特征在于，所述dcaps标记引物包括dcaps上游引物和dcaps下游引物，所述dcaps上游引物的核苷酸序列如seq id no:1所示；所述dcaps下游引物的核苷酸序列如seq id no:2所示。

2.一种如权利要求1所述的用于鉴定番茄柱头颜色的dcaps标记引物鉴定番茄柱头颜色的方法，其特征在于，该方法为：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，s2中所述pcr产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测结果指示的条带中，纯合绿柱头番茄单株pcr结果对应的条带的核苷酸序列如seq idno:3所示；黄色柱头番茄单株pcr结果对应的条带的核苷酸序列如seq id no:4所示。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，s4中所述酶切检测结果中37bp条带的核苷酸序列如seq id no:5所示；68bp条带的核苷酸序列如seq id no:6所示；105bp条带的核苷酸序列如seq id no:7所示。

技术总结
本发明提供了一种用于鉴定番茄柱头颜色的dCAPS标记引物，包括dCAPS上游引物和dCAPS下游引物，核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑2所示。还提供了利用该标记引物鉴定番茄柱头颜色的方法，用dCAPS上游引物和dCAPS下游引物对提取的待测样品的基因组DNA进行PCR扩增反应，得到PCR产物，1.5％琼脂糖凝胶电泳检测后，然后利用内切酶BseXI对PCR产物进行酶切，得到酶切产物进行12％聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染和显影观察酶切检测结果；酶切检测结果为105bp单一条带，则为黄柱头番茄单株；酶切检测结果为68bp和37bp两条带，则为纯合绿色柱头番茄单株；酶切检测结果为105bp、68bp和37bp三条带，则为杂合绿柱头番茄单株。本发明为番茄外观形态种质资源的遗传评价提供新的依据。

技术研发人员：梁燕,黎玉顺
受保护的技术使用者：西北农林科技大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13