一种检测新冠病毒Omicron突变株核酸的引物和探针组合及试剂盒的制作方法

本发明属于体外检测技术，具体涉及一种检测新冠病毒omicron突变株核酸的引物和探针组合及试剂盒。

背景技术：

1、sars-cov-2病毒在传播过程中不断产生突变，相继出现alpha、beta、 gamma、delta等世卫组织关注突变株，而新冠omicron突变株具有复杂的突变和更快的传播速度，对新冠病毒进行快速分型鉴定对于病毒监测具有重要意义。

2、新冠病毒检测的主要手段包括核酸检测和抗原检测，其中以荧光定量pcr 技术(qpcr)为基础的病毒核酸检测具有高特异性、高灵敏度的特点，并且支持4-6通道同时检测，是当前新冠检测的主力。目前有许多针对新冠病毒的试剂盒，但是传统的新冠核酸检测试剂不具备新冠分型检测能力。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种检测新冠病毒omicron突变株核酸的引物和探针组合及试剂盒，旨在提供一种可以检测新冠病毒omicron突变株的检测试剂。

2、为达到上述目的，本发明提供一种检测新冠s基因的引物和探针组合，包括第一组合和/或第二组合，其中：

3、所述第一组合包括n679k上游引物、n679k下游引物和n679k探针，所述 n679k上游引物含有如seq id no.1的序列或含有与如seq id no.1互补的序列，所述n679k下游引物含有如seq id no.2的序列或含有与如seq id no.2 互补的序列，所述n679k探针含有如seq id no.3所示序列或含有与seq id no.3互补的序列；

4、所述第二组合包括q954h上游引物、q954h下游引物和q954h探针，所述 q954h上游引物含有如seq id no.4的序列或含有与如seq id no.4互补的序列，所述q954h下游引物含有如seq id no.5的序列或含有与如seq id no.5 互补的序列，所述q954h探针含有如seq id no.6的序列或含有与如seq id no.6互补的序列。

5、可选地，还包括第三组合和/或第四组合，其中：

6、所述第三组合包括n基因上游引物、n基因下游引物和n基因探针，所述n 基因上游引物含有如seq id no.7所述的序列或与含有如seq id no.7互补的序列，所述n基因下游引物含有如seq id no.8所述的序列或与含有如seq id no.8互补的序列，所述n基因探针含有如seq id no.9所述的序列或与含有如seq id no.9互补的序列；

7、所述第四组合包括内标上游引物、内标下游引物和内标探针，所述内标上游引物含有如seq id no.10所述的序列或与含有如seq id no.10互补的序列，所述内标下游引物含有如seq id no.11所述的序列或与含有如seq id no.11互补的序列，所述内标探针含有如seq id no.12所述的序列或与含有如seq id no.12互补的序列。

8、此外，本发明还提供一种检测新冠病毒核酸的引物和探针组合，所述检测新冠病毒核酸的引物和探针组合包括n基因上游引物、n基因下游引物和n 基因探针，所述n基因上游引物含有如seq id no.7所述的序列或与含有如 seq id no.7互补的序列，所述n基因下游引物含有如seq id no.8所述的序列或与含有如seq id no.8互补的序列，所述n基因探针含有如seq id no.9所述的序列或与含有如seq id no.9互补的序列。

9、此外，本发明还提供一种用于新冠病毒omicron突变株核酸检测试剂盒，其特征在于，包括pcr反应液，所述pcr反应液包括上述检测新冠s基因的引物和探针组合。

10、可选地，在所述pcr反应液中：

11、所述n679k上游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

12、所述n679k下游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

13、所述n679k探针的浓度为0.05～0.5μm；和/或，

14、所述q954h上游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

15、所述q954h下游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

16、所述q954h探针的浓度为0.05～0.5μm。

17、可选地，所述pcr反应液中还含有dntps、ph为8.0～9.0的tris-hcl、kcl 和1～5mm的mgcl2、甜菜碱中的至少一种；和/或，

18、所述用于新冠病毒omicron突变株核酸检测试剂盒还包括所述pcr酶液，所述pcr酶液包括0.5～5u的taq酶、0.5～5u的taq酶封闭剂、0.5～5u的逆转录酶、 1～10u的尿嘧啶-n-糖基化酶和1～10u的rna酶抑制剂；和/或，

19、所述用于新冠病毒omicron突变株核酸检测试剂盒还包括阳性对照品；和 /或，

20、所述用于新冠病毒omicron突变株核酸检测试剂盒还包括阴性对照品。

21、可选地，在所述pcr反应液中，所述dntps含量为0.1～1mm；和/或，

22、在所述pcr反应液中，所述tris-hcl含量为10-50mm；和/或，

23、在所述pcr反应液中，所述kcl的含量为20～80mm；和/或，

24、在所述pcr反应液中，所述mgcl2的含量为1～5mm；和/或，

25、在所述pcr反应液中，所述甜菜碱的含量为1mm～50mm；和/或，

26、所述dntps包括datp、dutp、dgtp和dctp；和/或，

27、所述阳性对照品为使用数字pcr定量的2e5拷贝/毫升的omicron假病毒；和/或，

28、所述阴性对照品为纯水。

29、此外，本发明还提供一种用于新冠病毒omicron突变株核酸检测试剂盒，包括pcr反应液，所述pcr反应液包括第一组合、第二组合中的至少一种；以及，第三组合、第四组合中的至少一种。

30、可选地，在所述pcr反应液中：

31、所述n基因引物对的上游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

32、所述n基因引物对的下游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

33、所述n基因探针的浓度为0.05～0.5μm；和/或，

34、所述内标引物对的上游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

35、所述内标引物对的下游引物的浓度为0.1～1μm；和/或，

36、所述内标探针的浓度为0.05～0.5μm。

37、此外，本发明提供一种检测新冠病毒omicron突变株的方法，所述检测新冠病毒omicron突变株的方法包括：

38、采用上述检测新冠s基因的引物和探针组合或上述用于新冠病毒omicron 突变株核酸检测试剂盒进行实时定量pcr扩增，根据扩增的结果对判断是否存在omicron突变株。

39、本发明中，通过选取omicron突变株s基因中特异且保守的n679k、q954h 进行检测，有效的针对新冠病毒进行了病毒分型，检测的特异性佳、灵敏度高，有效减少漏检可能。