一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用的制作方法

本发明涉及医药微生物领域，具体涉及一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用。

背景技术：

1、胆囊结石是一种临床常见病和多发病，其会诱发胆囊发生慢性炎症，也是胆囊癌的危险因素。近年来我国胆结石人群的患病率逐渐上升，达到10％-15％。胆囊结石从类型上可分为：胆固醇结石、色素性结石和混合型结石。其中胆固醇结石超过80％。胆结石的发病机制复杂，目前尚未完全清楚。

2、微生物与人类的健康和疾病息息相关，寄居于其体内或体表的微生物，与人体相互作用并维持着一定的平衡。有时外科感染相关疾病(比如胆囊炎，胆道感染等)因存在手术禁忌症或者无法立即手术，需待感染控制后进一步择期手术治疗，有的甚至采取非手术保守治疗，这些情况下就需要精准有效的抗感染治疗方案。以往我们更多的是根据经验性用药，药效及治疗效果很难保证，而细菌培养因为存在培养时间长、培养条件苛刻等因素，最终造成治疗延误、住院时间延长、病死率增加。

3、随着研究的不断深入，许多证据表明肠道和胆汁细菌与胆结石的形成密切相关。细菌及其代谢产物参与结石的形成，细菌本身甚至是结石的重要构成成分。此外，胆汁和结石中的细菌群落并不完全相同。2021年serra等人基于培养方法的研究证实了胆汁真菌念珠菌属(candida)的存在(j.infect.public health，2021，14，206-213)。

4、目前大多数真菌和细菌仍难以培养，尤其是真菌。经典培养的方法对微生物可培养的特殊条件具有高度的选择性，不仅需要消耗大量的时间和精力，而且限制了对特定环境中微生物群落丰富性和多样性的认识。一直以来尚无关于胆石真菌群落的报道。

技术实现思路

1、为此，本发明提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用，以解决现有胆囊结石诊断复杂、胆囊结石相关菌落研究较少等问题。

2、为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、根据本发明的第一方面提供一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，其特征在于，所述标志物为neodevriesiaceae、neodevriesia、neodevriesia bulbillosa、glomerellaceae、colletotrichum、colletotrichum sublineola、epicoccum和didymellaceae中的两种或多种。

4、进一步的，所述应用为基于微生物菌群标志物构建预测评估胆囊结石药物疗效的模型。

5、进一步的，所述应用为评价治疗胆囊结石药物的有效性。

6、进一步的，所述应用为制备诊断胆囊结石的产品。

7、进一步的，所述应用是微生物菌群标志物匹配不少于1种，则认为有胆囊结石的风险。

8、一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，所述方法包括从胆结石病人的胆汁和胆石中检测分离到的不少于372种真菌，其中，能注释到种水平的不少于225种，建立胆囊结石病人胆囊中不少于225种真菌基因库。

9、进一步的，所述方法包括样本收集、微生物总dna的提取、真菌高通量测序、测序数据分析、测序数据预处理、微生物群落alpha和beta多样性、真菌物种注释和统计分析。

10、根据本发明的第二方面提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库，所述基因库建立在9个门、36个纲、82个目、174个科、277个属上。

11、根据本发明的第三方面提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库进行胆囊结石风险预测的方法，所述方法包括真菌基因库的建立、待测样本的处理、待测样本中微生物总dna的提取、真菌高通量测序、测序数据分析和真菌基因库匹配。

12、本发明具有如下优点：

13、本发明首次提供了一种胆囊结石患者胆汁和胆石真菌物种组成目录，为后续研究胆囊结石微生态提供了基础；本发明真菌库中的真菌主要来源于胆汁，这为后续胆结石的微生物干预预防/治疗提供微生态见解和新思路。

14、本发明的真菌库中，选出来8中具有特异性功能的菌种，可以在胆囊结石的诊断及其预后评估中的应用。

技术特征：

1.一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，其特征在于，所述标志物为neodevriesiaceae、neodevriesia、neodevriesia bulbillosa、glomerellaceae、colletotrichum、colletotrichum sublineola、epicoccum和didymellaceae中的两种或多种。

2.一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用是微生物菌群标志物匹配不少于一种，则认为有胆囊结石的风险。

3.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为基于微生物菌群标志物构建预测评估胆囊结石药物疗效的模型。

4.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为评价治疗胆囊结石药物的有效性。

5.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为制备诊断胆囊结石的产品。

6.一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，其特征在于，所述方法包括从胆结石病人的胆汁和胆石中检测分离到的不少于372种真菌，其中，能注释到种水平的不少于225种，建立胆囊结石胆囊胆汁和胆石的不少于225种真菌基因库。

7.根据权利要求6所述一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，其特征在于，所述方法包括样本收集、微生物总dna的提取、真菌高通量测序、测序数据分析、测序数据预处理、微生物群落alpha和beta多样性、真菌物种注释和统计分析。

8.一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库，其特征在于，所述基因库建立在9个门、36个纲、82个目、174个科、277个属上。

9.一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库进行胆囊结石风险预测的方法，其特征在于，所述方法包括真菌基因库的建立、待测样本的处理、待测样本中微生物总dna的提取、真菌高通量测序、测序数据分析和真菌基因库匹配。

技术总结
本发明公开了一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用，具体涉及医药微生物领域。一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，为Neodevriesiaceae、Neodevriesia、Neodevriesiabulbillosa、Glomerellaceae、Colletotrichum、Colletotrichumsublineola、Epicoccum和Didymellaceae中的两种或多种。一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，包括从胆结石病人的胆汁和胆石中检测分离到的不少于372种真菌，其中，能注释到种水平的不少于225种，建立胆囊结石胆囊胆汁和胆石的不少于225种真菌基因库。本发明首次提供了一种胆囊结石患者胆汁和胆石真菌物种组成目录，为后续研究胆囊结石微生态提供了基础；本发明真菌库中的真菌主要来源于胆汁，这为后续胆结石的微生物干预预防/治疗提供微生态见解和新思路。

技术研发人员：刘雁军,胡俊清,李毅,张彤彤,唐几超,张鑫鹏,杨开金
受保护的技术使用者：成都市第三人民医院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12