一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用

本发明涉及分子生物，具体涉及一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6及其引物和应用。

背景技术：

1、谷子(setaria italica)是起源于我国黄河流域的古老作物，一万多年前由青狗尾草(setaria viridis)驯化而来，如今在我国北方干旱、半干旱地区，仍然是重要粮食作物。并且谷子具有耐旱、耐贫瘠、适应性强等特点，被誉为“五谷之首”。另外，谷子种质资源具有丰富的遗传多样性，蕴藏着多种可利用的优异基因。

2、盐碱胁迫下谷子的特点之一是叶片颜色发生改变，主要由鲜绿色变为黄绿色，严重时产生失绿的情况。不同品种的谷子在盐碱胁迫下叶色变化也有差异，盐碱敏感型品种较耐盐碱品种变黄情况更为严重。因此叶色的变化可以作为谷子苗期耐盐碱性的一个鉴定指标。因此研究在盐碱胁迫下控制谷子苗期叶片颜色变化的基因及其位功能等，对培育耐盐碱品种，加快谷子育种进程，扩大可利用耕地面积，保证粮食安全具有深远意义。

3、目前筛选耐盐碱品种主要是在盐碱处理后根据多种生理指标进行初步划分，此过程干扰因素多且繁复，筛选结果易受多种因素的影响。随着分子标记辅助育种技术的发展，此技术已经逐步在选育品种中得到了广泛的应用。分子标记应用有简单序列重复(simplesequence repeat,ssr)、单核苷酸多态性(snp分子标记)和indel多态性分子标记等。indel分子标记在整个基因组中数量多，高密度分布，灵敏度高，突变频率较低，易于基因分型，是一种二态性标记，可以用于区分不同品种间的关系。虽然目前谷子中ssr分子标记应用更广泛但是在生物体基因组中的密度低，遗传稳定性也低。

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本发明提供了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6及其引物和应用，所述7bp的indel标记sidmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为“ccggagc”，indel标记sidmr6与谷子盐碱敏感度紧密连锁，indel标记sidmr6存在时，包含该indel标记的谷子样本在盐碱胁迫下，其相应的性状表现为盐碱敏感状，indel标记sidmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为耐盐碱状。

2、本发明提供了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6，所述7bp的indel标记sidmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：ccggagc。

3、进一步地，所述indel标记sidmr6的核苷酸存在时，包含该indel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且pcr引物可正常扩增。

4、进一步地，所述indel标记sidmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为叶色偏绿呈现耐盐碱状且pcr引物无法扩增。

5、本发明还提供了用于扩增indel标记sidmr6的引物对，所述引物对包括sidmr6-f和sidmr6-r；

6、所述sidmr6-f的序列如seq id no.1所示；

7、所述sidmr6-r的序列如seq id no.2所示。

8、本发明还提供了一种包含上述indel标记sidmr6的试剂盒。

9、进一步地，所述试剂盒还包括权利要求4所述的引物对，dna提取试剂，pcr反应的必要试剂。

10、本发明还提供了一种检测上述indel标记sidmr6的方法，包括如下步骤：

11、s1，从待测谷子样本中制备dna；

12、s2，扩增包含indel标记sidmr6的dna序列；

13、s3，凝胶电泳跑胶验证。

14、本发明还提供了一种所述indel标记sidmr6在植物耐盐碱分子辅助育种中的应用。

15、进一步地，所述植株包括但不限于谷子和拟南芥。

16、本发明还提供了一种扩增indel标记sidmr6的引物对在谷子耐盐碱分子辅助育种中的应用。

17、与现有技术相比，本发明的有益效果在于：

18、1、本发明提供的indel标记sidmr6，其位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp的核苷酸由ccggagc突变为–，当indel标记sidmr6的核苷酸存在时(ccggagc)，包含该indel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且pcr引物可正常扩增，而当indel标记sidmr6的核苷酸缺失时(–)，包含该indel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏绿呈现耐盐碱状且pcr引物无法扩增。

19、2、本发明中与谷子盐碱敏感度紧密连锁的indel标记sidmr6，为耐盐碱谷子育种奠定了基础。

技术特征：

1.一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6，其特征在于，所述7bp的indel标记sidmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：ccggagc。

2.根据权利要求1所述的与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6，其特征在于，所述indel标记sidmr6的核苷酸存在时，包含该indel标记的谷子样本在盐碱胁迫下叶色偏黄呈现盐碱敏感状且pcr引物可正常扩增。

3.根据权利要求2所述的与谷子盐碱敏感度紧密连锁indel标记sidmr6，其特征在于，所述indel标记sidmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为叶色偏绿呈现耐盐碱状且pcr引物无法扩增。

4.一种用于扩增权利要求1所述indel标记sidmr6的引物对，其特征在于，所述引物对包括sidmr6-f和sidmr6-r；

5.一种包含权利要求1所述indel标记sidmr6的试剂盒。

6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括权利要求4所述的引物对，dna提取试剂，pcr反应的必要试剂。

7.一种检测权利要求1所述indel标记sidmr6的方法，其特征在于，包括如下步骤：

8.一种权利要求1所述indel标记sidmr6在植物耐盐碱分子辅助育种中的应用。

9.根据权利要求8所述所述indel标记sidmr6在谷子耐盐碱分子辅助育种中的应用，其特征在于，所述植株包括但不限于谷子和拟南芥。

10.一种权利要求4所述的引物对在谷子耐盐碱分子辅助育种中的应用。

技术总结
本发明涉及分子生物技术领域，具体公开了一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁InDel标记SiDmr6及其引物和应用，所述7bp的InDel标记SiDmr6位于谷子xiaomi基因组第三号染色体的5801933bp，其核苷酸序列为：CCGGAGC，扩增该InDel标记SiDmr6的引物为SiDmr6‑F和SiDmr6‑R。本发明提供的InDel标记SiDmr6与谷子盐碱敏感度紧密连锁，InDel标记SiDmr6存在时，包含该InDel标记的谷子样本在盐碱胁迫下，其相应的性状表现为盐碱敏感状，InDel标记SiDmr6缺失时，盐碱胁迫下谷子样本表现为耐盐碱状。

技术研发人员：李旭凯,杨宇琭,程金金,郄倩茹,王兴春
受保护的技术使用者：山西农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13