用于确定抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的方法和系统与流程

本技术涉及用于鉴定多种微生物样品(例如多种微生物感染)的方法和系统，以及确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性的方法，例如，提供与使用一种或多种组合物抑制多种微生物样品生长成功可能性相关的信息。本技术还描述了向用户提供关于多种微生物样品的信息的方法，例如但不限于关于用于抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的信息。

背景技术：

1、传染病可影响多个器官系统，并造成显着的发病率、死亡率和经济影响。感染原通常表现为复杂的多种微生物感染，而不是单一病原体感染。在体内，这些多种微生物感染通过各种相互作用相互配合，既改变了生物体易感的抗生素类型，又改变了治疗感染所需的抗生素水平以及单个病原体的毒力。

2、本技术描述了用于确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性的方法，例如，与使用一种或多种组合物抑制多种微生物样品生长成功可能性相关的信息。本技术还描述了提供与一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性相关的信息的方法。

3、本发明描述了检测和鉴定细菌的非培养方法，例如基于多重pcr的方法(基于dna)(m-pcr)。例如，m-pcr不需要生长并且靶向尿路致病菌种。m-pcr提供与培养物相当的半定量信息，并以例如<9999个细胞/ml、10000至49999个细胞/ml、50000至99999个细胞/ml和>100000个细胞/ml等范围呈现。同样，细胞的数量/ml与cfu的数量相当。通过m-pcr鉴定的绝大多数尿路病原体的浓度>100000个细胞/ml，这表明检测并不是由于pcr的灵敏度增加所致；相反，这是由于suc无法检测到细菌。不可培养生物体的浓度与可培养生物体的浓度相当。在一项针对有症状患者的大型前瞻性试验中，发现通过m-pcr检测到的这些尿路病原体与症状有关。

4、本发明还描述了混合抗生素敏感性测试(p-ast)(美国专利号10,160,991，其说明书通过引用整体并入本文)，其涉及在抗生素存在的情况下同时培养所有检测到的细菌，然后测量敏感性。因此，p-ast考虑了共生细菌物种之间的相互作用，并且可以作为抗生素敏感性的更准确的预测因子。

5、本发明还描述了基因型抗生素抗性(abr)测试，其中测试多种微生物感染的细菌的特定遗传标记。应用多种微生物感染对特定抗生素产生抗性的几率来确定适当的治疗方案。

6、本发明描述了所述方法和系统用于鉴定尿液中的多种微生物感染的用途、鉴定或提供治疗所述尿液中的多种微生物感染的治疗方案的用途。例如，本发明提供了允许快速鉴定uti的方法和系统以及快速鉴定用于uti治疗方案的方法和系统。本发明不限于与尿液相关的多种微生物感染。

技术实现思路

1、本文公开了确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品中生物体生长的适宜性的方法，例如，提供与用一种或多种组合物成功抑制多种微生物样品生长的可能性相关的信息。本技术还描述了向用户提供关于多种微生物样品的信息的方法，例如但不限于关于用于抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的信息(例如，关于用特定组合物或治疗方案成功抑制多种微生物感染生长的可能性的统计或信息等)。本发明还描述了用于向用户提供所述信息的文档、演示文稿或其他媒体。

2、本发明的特征还在于用于检测和鉴定多种微生物样品(例如，多种微生物感染)的生物体的方法，用于确定样品中多种微生物样品(例如，多种微生物感染)对抗生素或其他治疗剂的敏感性或抗性的表型混合敏感性试验，以及抗性基因(例如可能指示对特定治疗的抗性的遗传标记)的鉴定。总之，这些数据可以应用于特定已知的多种微生物样品(例如，多种微生物感染)的抗生素/治疗敏感性或抗性数据库，以便提供与多种微生物样品(例如，多种微生物感染)的一种或多种治疗方案成功可能性相关的信息。本发明的特征还在于用于鉴定多种微生物感染和鉴定或提供多种微生物感染的治疗方案的方法和系统。本发明的特征还在于用于治疗多种微生物感染的方法和系统。

3、本文的方法的特征在于：(1)检测和鉴定多种微生物感染的生物体(例如，细菌或其他感染原)，(2)进行混合抗生素敏感性试验，用于确定样品中多种微生物感染对抗生素或其他治疗剂的敏感性或抗性，以及(3)鉴定多种微生物感染中的感染原中的抗性基因，例如，可以指示对特定抗生素或其他治疗剂或治疗的抗性的遗传标记。可以一起应用来自(1)、(2)和(3)的数据(例如，使用针对特定已知的多种微生物感染的抗生素/治疗敏感性或抗性的数据库)，以便为多种微生物感染提供一种或多种治疗方案。

4、在一些实施方案中，生物体是细菌。本发明不限于细菌感染原并且可以包括病毒、真菌、原生动物、细菌或其组合。

5、本发明描述了一种用于提供治疗患者多种微生物感染或疑似多种微生物感染的治疗方案的方法。在一些实施方案中，所述方法包括对从患者中多种微生物感染原获得的样品的一部分进行基因鉴定测试，以检测和鉴定样品中的一种或多种生物体。所述方法还可以包括对所述样品的一部分进行遗传抗性标记测试，以检测和鉴定所鉴定的生物体中的一种或多种抗性基因(例如，赋予对一种或多种治疗剂抗性的抗性基因)。所述方法还可以包括对样品的一部分进行混合表型抗生素抗性测试(混合敏感性测试)，其中表型抗生素抗性测试进行以下之一或两者：鉴定多种微生物感染对其具有抗性的一种或多种治疗剂，和/或鉴定多种微生物感染对其敏感的一种或多种治疗剂。在表型抗生素抗性测试之前，未首先分离样品中多种微生物感染的一种或多种生物体。所述方法还可以包括将来自基因鉴定测试、遗传抗性标记测试和混合抗生素敏感性测试的结果应用于数据库，例如数据库的预定阈值。该分析鉴定出一种或多种可有效治疗多种微生物感染的治疗剂(例如，“治疗方案”)。

6、本发明的特征还在于用于治疗有需要的患者中多种微生物感染或疑似多种微生物感染的方法。在一些实施方案中，所述方法包括对从患者中多种微生物感染原获得的样品的一部分进行基因鉴定测试，以检测和鉴定样品中的一种或多种生物体。所述方法还可以包括对所述样品的一部分进行遗传抗性标记测试，以检测和鉴定所鉴定的生物体中的一种或多种抗性基因(例如，赋予对一种或多种治疗剂抗性的抗性基因)。所述方法还可以包括对所述样品的一部分进行混合表型抗生素抗性测试，其中表型抗生素抗性测试进行以下任一或两者：鉴定多种微生物感染对其具有抗性的一种或多种治疗剂，和/或鉴定多种微生物感染对其敏感的一种或多种治疗剂。在表型抗生素抗性测试之前，未首先分离样品中的多种微生物感染的一种或多种生物体。所述方法还可以包括将来自基因鉴定测试、遗传抗性标记测试和混合抗生素抗性测试的结果应用于数据库，例如数据库的预定阈值。该分析鉴定出一种或多种可有效治疗多种微生物感染的治疗剂(例如，“治疗方案”)。所述方法还可以包括向患者施用已鉴定的至少一种治疗剂，其中所述至少一种治疗剂对治疗所述多种微生物感染有效。

7、指示哪些治疗剂对治疗多种不同的多种微生物感染有效的数据库可以通过对表型抗生素抗性测试、多种不同多种微生物感染的遗传抗性标记测试的结果进行汇编来生成。

8、在某些实施方案中，治疗方案可包含一种适用的治疗剂。在一些实施方案中，治疗方案包含两种或更多种适用的治疗剂。在一些实施方案中，治疗方案包含三种或更多种适用的治疗剂。在一些实施方案中，治疗方案包含四种或更多种适用的治疗剂。在一些实施方案中，治疗方案包含五种或更多种适用的治疗剂。

9、参考本文的任何实施方案，所述方法还可包括编译数据集，所述数据集包括选自以下的一个或多个数据点：(i)表型抗生素抗性测试的结果，(ii)基因鉴定测试的结果，(iii)遗传抗性标记测试的结果，(iv)预计多种微生物感染对其具有增加的抗性的治疗剂，(v)预计多种微生物感染对其具有降低的抗性的治疗剂，(vi)建议的治疗剂，以及(vii)建议的治疗剂的制剂。

10、在某些实施方案中，所述方法还包括生成传达数据集的报告。在某些实施方案中，报告以图表和/或表格和/或简图为特征。在某些实施方案中，所述方法还包括向医疗专业人员提供报告，其中所述报告传达对患者的治疗的建议。

11、在某些实施方案中，所述方法还包括测量样品中存在的生物体的数量或浓度。在一些实施方案中，所述方法还包括超广谱β-内酰胺酶(esbl)测试。在一些实施方案中，所述方法还包括测试与艰难梭菌(clostridium difficile)相关的基因。在一些实施方案中，所述方法还包括确定多种微生物感染的生物体的微生物抑制浓度(mic)。

12、在某些实施方案中，基因鉴定测试包括pcr、荧光原位杂交(fish)、培养、质谱、电化学生物传感、自动生化鉴定、流式细胞术或其组合。在某些实施方案中，遗传抗性标记测试包括pcr或测序。在某些实施方案中，混合表型抗生素抗性测试包括：将所述样品的一部分的级分引入到一个或多个培养基样品中，每个培养基样品包含治疗剂，将所述培养基样品与所述级分一起孵育(例如，在适合生长的条件下)，并且随后在孵育后测量培养基样品中的生物体的活力(viability)。在某些实施方案中，培养基样品位于试管、培养板孔、琼脂板或显微镜载玻片中。在某些实施方案中，生物体的活力通过光密度(od)、荧光或化学发光来测量。

13、在某些实施方案中，样品具有至少一种抗性标记。在某些实施方案中，样品具有至少2种抗性标记。在某些实施方案中，样品具有至少3种抗性标记。在某些实施方案中，至少一种抗性标记是meca基因、vana/b基因、tem基因、shv基因、oxa基因、ctx-m基因、kpc基因、ndm基因、oxa基因、vim基因、imp基因或其组合。在某些实施方案中，所述一种或多种抗性基因是erma+ermb、tem、ctx-m组1、shv、veb、oxa-1、ctx-m组2、ctx-m组9、ctx-m组8/25、per-1、per-2、ges、blandm-1、vim、kpc、imp-2组、imp-1组、oxa-23、imp-16、imp-7、oxa-72、oxa-40、oxa-58、oxa-48、ndm、blaoxa-48、qnra、qnrb、meca、ampc、fox、acc、dha、mox/cmy、bil/lat/cmy、vana1、vana2、vanb、vanc1或vanc2-c3-2。

14、可测试和/或存在于多种微生物感染中的生物体的非限制性实例包括以下中的一种或其组合：鲍曼不动杆菌(acinetobacter baumannii)、沙氏放线菌(actinotignumschaalii)、尿气球菌(aerococcus urinae)、尿气球菌(aerococcus urinae)、广栖别样斯卡多维亚菌(alloscardovia omnicolens)、白色念珠菌(candida albicans)、光滑念珠菌(candida glabrata)、近平滑念珠菌(candida parapsilosis)、热带念珠菌(candidatropicalis)、衣原体(chlamydia)、弗氏柠檬酸杆菌(citrobacter freundii)、克氏柠檬酸杆菌(citrobacter koseri)、艰难梭菌(clostridium difficile)、里氏棒状杆菌(corynebacterium riegelii)、产气克雷伯菌(klebsiella aerogenes)、粪肠球菌(enterococcus faecalis)、大肠杆菌(escherichia coli)、产酸克雷伯菌(klebsiellaoxytoca)、肺炎克雷伯菌(klebsiella pneumoniae)、摩氏根氏菌(morganella morganii)、结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis)、生殖支原体(mycoplasma genitalium)、人型支原体(mycoplasma hominis)、淋病奈瑟菌(neisseria gonorrhea)、成团泛菌(pantoeaagglomerans)、奇异变形杆菌(proteus mirabilis)、斯氏普罗威登斯菌(providenciastuartii)、铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa)、粘质沙雷氏菌(serratiamarcescens)、金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)、凝固酶阴性葡萄球菌(coagulase-negative staphylococcus)、无乳链球菌(streptococcus agalactiae)、化脓性链球菌(streptococcus pyogenes)、草绿色链球菌(viridans group streptococcus)、阴道毛滴虫(trichomonas vaginalis)、解脲支原体(ureaplasma urealyticum)、hhv-6、hhv-7、bk病毒、jc病毒、hsv 1&2、腺病毒或cmv。

15、在一些实施方案中，治疗剂是以下中的一种或其组合：青霉素、四环素、头孢菌素、喹诺酮类、林可霉素、大环内酯类、磺胺类、糖肽类抗生素、氨基糖苷类、碳青霉烯类、安沙霉素、安那霉素、脂肽、磷霉素、单环β-内酰胺类、硝基呋喃、恶唑烷酮、两性霉素b、艾沙康唑、伊曲康唑、米卡芬净、泊沙康唑、伏立康唑、西多福韦、阿糖腺苷、磷甲酸、阿昔洛韦、伐昔洛韦或其组合。

16、在一些实施方案中，多种微生物感染包含2种或更多种生物体。在一些实施方案中，多种微生物感染包含3种或更多种生物体。在一些实施方案中，多种微生物感染包含4种或更多种生物体。在一些实施方案中，多种微生物感染包含5种或更多种生物体。在一些实施方案中，多种微生物感染包含6种或更多种生物体。在一些实施方案中，多种微生物感染包含7种或更多种生物体。

17、在某些实施方案中，多种微生物感染中两种或更多种生物体的存在改变了多种微生物感染对已知对单独存在于多种微生物感染中的至少一种生物体有效的抗生素或治疗剂的敏感性。

18、本发明还提供了用于为患有或疑似患有多种微生物感染的患者制备治疗方案的工作流程方法。所述方法可包括本文所述的一个或多个步骤，例如对样品的一部分进行基因鉴定测试、对样品的一部分进行遗传抗性标记测试、以及对样品的一部分进行混合抗生素抗性测试。

19、在某些实施方案中，样品包括尿液、血液、血浆、脑脊液、唾液、痰液、肺灌洗液、阴道分泌物、伤口灌洗液、活检组织、伤口拭子、直肠拭子、鼻拭子、组织、粪便、精子样品、精液样品或前列腺液。

20、参考本文的任何实施方案，本文描述的步骤可以以任何顺序或同时执行。

21、本文描述的任何特征或特征的组合都包括在本发明的范围内，只要任何这样的组合中包括的特征不是相互矛盾的，这将从上下文、本说明书和本领域普通技术人员的知识中显而易见。本发明的其他优点和方面在以下详细的描述和权利要求中是显而易见的。

22、附图的几个视图的简要说明

23、本发明的特征和优点将从结合附图给出的以下详细描述中变得显而易见，其中：

24、图1显示了特定细菌之间的互利共生的示意图。

25、图2显示了某些抗性基因同时出现的频率。相关性的强度由连接基因的边缘的宽度表示。仅显示大于0.1的相关性。

26、图3显示了多种微生物感染被确定为对抗生素表型敏感但基因型抗性的频率之间的比较(反之亦然)，例如，表型和基因型敏感性结果不一致的频率(n＝764名有多种微生物感染症状的患者和表型数据)。

27、图4显示了包含针对特定的多种微生物感染的一种或多种治疗方案的报告的实施例。

28、图5显示了基于本发明的方法(“指导uti测试”)治疗的患者、经验治疗的患者和未经治疗的患者的症状缓解的比较。

29、图6显示了通过培养或pcr检测出各种细菌呈阳性的患者数量(所有患者，n＝2511)。

30、图7显示了研究中多种微生物感染中检测到的细菌。

31、图8显示了在68.6％(1710/2493)细菌呈阳性的患者中检测到的细菌分布，显示了单一微生物、多种微生物和聚生体混合物中生物体的分布。

32、图9显示了聚生体中最常见的细菌之间关系的网络图。

33、图10显示了单一微生物感染和多种微生物感染以及聚生体中革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的检出率。

34、图11显示了多种微生物样品与单一微生物样品中抗生素抗性的优势比，以及多种微生物样品中细菌物种数量每次增加的抗性优势比。

35、图12显示生物体相互作用对抗生素抗性的影响。向上的箭头表示抗性增加。向下的箭头表示抗性减小(灵敏度增加)。

36、图13显示了大肠杆菌(e.coli)和肺炎克雷伯菌(k.pneumoniae)相互作用对氨必西林/舒巴坦、头孢克洛和四环素的抗性的影响(p＝0.05)。

37、图14描述了一个示例性的抗生素源板，其具有孔内容物和抗生素浓度(μg/ml)。nitro＝呋喃妥因，cipro＝环丙沙星，mero＝美罗培南，ceftriaxone＝头孢曲松，tmp/smx＝甲氧苄啶+磺胺甲恶唑，pip/tazo＝哌拉西林+唑巴坦，levo＝左氧氟沙星，cepoxitin＝头孢西丁，tetra＝四环素，amp/sulb＝氨必西林+舒巴坦，amp＝氨必西林，vanco＝万古霉素。

38、图15描述了一个示例性的抗生素源板，其具有孔内容物和抗生素浓度(μg/ml)。cefazolin＝头孢唑林，cefepime＝头孢吡肟，ceftazidime＝头孢他啶，gentamicin＝庆大霉素，amox/clav＝阿莫西林+克拉维酸，cefaclor＝头孢克洛。

39、图16显示了通过多重聚合酶链式反应(m-pcr)检测到的抗生素抗性基因(abr)的存在与通过混合抗生素敏感性测试(p-ast)检测到有症状的尿路感染(uti)患者尿液样品的抗生素敏感性之间的一致性。虚线表示所有样品的加权平均一致性(60％)。缩写：combo，组合抗生素，包括氨必西林/舒巴坦、阿莫西林/克拉维酸盐和哌拉西林/他唑巴坦。

40、图17显示了对美罗培南、哌拉西林/他唑巴坦或万古霉素敏感或具有抗性的abr基因的患者(具有多种微生物感染或单一微生物感染)的数量。

41、图18显示了通过混合抗生素敏感性测试(p-ast)的抗生素抗性和所分析的所有14种抗生素的抗生素抗性(abr)基因的存在。还显示了在研究中检测到的不同聚生体的每个患者的检测频率和相关的临床发现的平均数。临床发现被定义为以下一种或多种症状或异常实验室结果，包括尿失禁、排尿困难、肉眼血尿、疼痛/骨盆不适、尿液浑浊或尿液气味重、下尿路症状(luts)和异常尿检或试纸结果。

42、图19显示了通过多重聚合酶链式反应检测到的抗生素抗性(abr)基因的存在与使用混合抗生素敏感性测试(p-ast)检测来自有症状的尿路感染(uti)患者的尿液样品的抗生素敏感性之间的总体一致性。

43、术语

44、如本文所用，术语“最高单剂相互作用原理”是指一种统计模型，其中多种微生物感染的抗性被预测为具有最高抗性的细菌的抗性。例如，如果物种a的抗性概率为20％，物种b的抗性概率为50％，则细胞池的抗性概率为50％。

45、如本文所用，术语“联合原理”是指一种统计模型，其中物种a和物种b的多种微生物感染由物种a的一个菌落(或一种遗传变异体)和物种b的一个菌落(或一种遗传变异体)组成，如果物种a的菌落具有抗性，或者如果物种b的菌落具有抗性，则该多种微生物感染具有抗性。例如，如果将抗生素应用于多种微生物感染，它可能会杀死物种a，但如果物种b存活下来，则该多种微生物感染被称为具有抗性。例如，如果物种a的抗性概率为20％，物种b的抗性概率为50％，则细胞池的抗性概率为：p(细胞池抗性)＝p(a)+p(b)-p(a和b)

46、如本文所用，术语“逻辑加性模型”是指一种统计模型，其中在逻辑模型中评估物种a和物种b对多种微生物感染的抗性的效应。物种a的效应是物种a存在时相对于不存在时的抗性优势比；类似地，物种b的效应是物种b存在时相对于不存在时的抗性优势比。加性模型将两个物种的效应预测为对数优势比之和；或两个单独优势比的乘积。例如，如果背景抗性为50％，则在没有相互作用的情况下，预期的多种微生物感染(物种a和物种b)抗性为20％；如果背景抗性为20％，则预期的多种微生物感染抗性为50％。

47、本方法可以使用选自可用于治疗患者的大量抗生素的多种抗生素来进行。抗生素的类别(也称为抗微生物剂或抗菌剂)包括但不限于青霉素类、四环素类、头孢菌素类、喹诺酮类、林可霉素类、大环内酯类、磺胺类、糖肽类抗生素、氨基糖苷类、碳青霉烯类、安沙霉素类、安那霉素类、脂肽类、单环β-内酰胺类、硝基呋喃类、恶唑烷酮类和多肽类。

48、青霉素类抗生素可包括但不限于青霉素、甲氧西林、阿莫西林、氨必西林、氟氯西林、青霉素g、青霉素v、羧苄西林、哌拉西林、替卡西林、苯唑西林、双氯西林、阿洛西林、氯唑西林、美洛西林、替莫西林和萘夫西林。此外，青霉素类抗生素通常与β-内酰胺酶抑制剂联合使用，以提供更广谱的活性；这些组合抗生素包括阿莫西林/克拉维酸、氨必西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦和克拉维酸/替卡西林。四环素类抗生素包括但不限于四环素、多西环素、地美环素、米诺环素和土霉素。头孢菌素类抗生素可包括但不限于头孢羟氨苄、头孢拉定、头孢唑啉、头孢氨苄、头孢吡肟、头孢洛林、氯碳头孢、头孢替坦、头孢呋辛、头孢丙烯、头孢西丁、头孢克洛、头孢布烯、头孢曲松、头孢噻肟、头孢泊肟、头孢地尼、头孢克肟、头孢妥仑、头孢唑肟、头孢哌酮、头孢噻吩、头孢孟多(cefamanadole)、头孢洛林酯、头孢托罗(cetobiprole)和头孢他啶。头孢菌素类抗生素通常与β-内酰胺酶抑制剂联合使用，以提供更广谱的活性；这些组合抗生素包括但不限于阿维巴坦/头孢他啶和头孢洛扎/他唑巴坦(ceftolozane/tazobactam)。喹诺酮类抗生素包括但不限于洛美沙星、氧氟沙星、诺氟沙星、加替沙星、环丙沙星、莫西沙星、左氧氟沙星、吉米沙星、西诺沙星、萘啶酸、曲伐沙星、依诺沙星、戈帕沙星、替马沙星和司帕沙星。林可霉素类抗生素可包括但不限于克林霉素和林可霉素。大环内酯类抗生素可包括但不限于阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、替利霉素、地红霉素、罗红霉素、醋竹桃霉素、螺旋霉素和非达霉素。磺酰胺类抗生素可包括但不限于磺胺甲恶唑、柳氮磺胺吡啶、磺胺米隆、磺胺醋酰胺、磺胺嘧啶、磺胺嘧啶银、磺胺二甲氧嘧啶、磺胺、磺胺异恶唑、偶氮磺胺和磺胺异恶唑。磺酰胺类抗生素常与甲氧苄啶联合使用以提高杀菌活性。糖肽类抗生素可包括但不限于达巴万星、奥利万星、特拉万星、替考拉宁和万古霉素。氨基糖苷类抗生素可包括但不限于巴龙霉素、妥布霉素、庆大霉素、阿米卡星、卡那霉素、新霉素、奈替米星、链霉素和壮观霉素。碳青霉烯类抗生素包括但不限于亚胺培南、美罗培南、多尼培南、厄他培南和亚胺培南/西司他丁。安沙霉素类抗生素可包括但不限于格尔德霉素、除莠霉素和利福昔明。脂肽类抗生素可以包括但不限于达托霉素。单环β-内酰胺类抗生素可包括但不限于氨曲南。硝基呋喃类抗生素可包括但不限于呋喃唑酮和呋喃妥因。恶唑烷酮抗生素可包括但不限于利奈唑胺、泼斯唑利、雷得唑来和托雷唑胺。多肽类抗生素可包括但不限于杆菌肽、粘菌素和多粘菌素b。

49、不属于任何上述组别的其他抗生素包括但不限于氯法齐明、氨苯砜、卷曲霉素、环丝氨酸、乙胺丁醇、乙硫异烟胺、异烟肼、吡嗪酰胺、利福平、利福布丁、利福喷汀、链霉素、胂那明(arsphenamine)、氯霉素、磷霉素、夫西地酸、甲硝唑、莫匹罗星、平西霉素、奎努普丁/达福普汀、甲砜霉素、替加环素、替硝唑和甲氧苄啶。

50、另外，本发明公开的方法的范围包括包含尚未已知的或尚未得到监管机构批准的抗生素。目前要求保护的测定可以用任何抗菌剂进行并且不限于本文公开的抗生素。