胸腺细胞组合物和其使用方法与流程

背景技术：

1、胸腺是主要的淋巴器官，其在免疫系统中起着核心作用。胸腺的微环境为淋巴细胞(例如t细胞)等效应细胞的成熟发育提供了独特的训练场地。本领域众所周知，胸腺细胞与效应细胞之间的复杂相互作用可决定效应细胞的表型和功能。一些胸腺细胞-效应细胞相互作用被调节，使得胸腺细胞表达的因子的识别促进效应细胞的存活。相比之下，其它胸腺细胞-效应细胞相互作用可能导致效应细胞死亡。通过控制这种相互作用，胸腺在建立一系列效应细胞方面发挥着关键作用，所述效应细胞能够对外来侵入者产生激活的免疫反应，同时建立对自身的耐受性。

2、仍需要产生胸腺细胞、胸腺细胞产物的改进方法，以及富含可分化为功能性胸腺上皮细胞的功能性胸腺细胞的细胞群。

技术实现思路

1、本公开提供胸腺细胞产物和其制造方法。本公开的胸腺产物是通过以下制备：(i)产生一个或多个胸腺细胞群；(ii)从每个胸腺细胞群中提取rna并测序；(iii)分析rna序列以鉴定每个胸腺细胞群内的亚群，从而为每个胸腺细胞群生成测试胸腺图；(iv)将每个测试胸腺图与参考胸腺图进行比较；(v)通过选择亚群比率(spr)或相对ctec比率(rctr)为约0.7至约1.4的测试胸腺图来鉴定胸腺细胞产物。在一些方面，每个胸腺细胞群内的细胞亚群选自未成熟胸腺上皮细胞(itec)、ctec-高细胞、ctec-低细胞、aire+mtec-高细胞、mtec-低细胞、角质细胞样mtec细胞、纤毛细胞、髓鞘细胞、肌样细胞、神经内分泌细胞和/或簇细胞/离子细胞。在一些方面，spr为约0.7至1.4。在一些方面，spr为itec spr、ctec-高spr、ctec-低spr、aire+mtec-高spr、mtec-低spr、角质细胞样mtec spr、纤毛spr、髓鞘spr、肌样spr、神经内分泌spr和/或簇细胞/离子细胞spr。在一些实施例中，spr为itec spr。作为非限制性实例，itec spr为1。

2、在一些实施例中，rctr为约0.7至1.14。作为非限制性实例，rctr为1。

3、用于制备胸腺细胞产物的本公开的胸腺细胞群通过干细胞分化来制备。

4、在一些实施例中，参考胸腺图使用人类胸腺，例如成人或胎儿胸腺来生成。

5、在一些实施例中，胸腺细胞群的itec亚群可包括以下中的一者或多者的表达：igkc(ensg00000211592)、anax2、lima1(ensg00000050405)、egfr(ensg00000146648)、ascl1(ensg00000139352)、hes1(ensg00000114315)、jund(ensg00000130522)、fos(ensg00000170345)、arid5b(ensg00000150347)、irf1(ensg00000125347)、mafb(ensg00000204103)、ifi16(ensg00000163565)、foxc1(ensg00000054598)、stat1(ensg00000115415)、junb(ensg00000171223)、egfr1、zfp36(ensg00000128016)、jun(ensg00000177606)、fosb(ensg00000125740)、ier2(ensg00000160888)、pax9(ensg00000198807)和/或hif1a(ensg00000100644)。

6、在一些实施例中，胸腺细胞群的ctec亚群可包括以下中的一者或多者的表达：psma3(ensg00000100567)、fabp5(ensg00000164687)、aprt(ensg00000198931)、lsm6(ensg00000164167)、ctsv(ensg00000136943)、snrpe(ensg00000182004)、echs1(ensg00000127884)、hspe1(ensg00000115541)、ran(ensg00000132341)、tma7(ensg00000232112)、timm13(ensg00000099800)、ldhb(ensg00000111716)、eci1(ensg00000167969)、gcsh(ensg00000140905)、nop58(ensg00000055044)、mrpl11(ensg00000174547)、stoml2(ensg00000165283)、ing2(ensg00000168556)、tomm7(ensg00000196683)、mrps34(ensg00000074071)、mrpl14(ensg00000180992)、mrpl57(ensg00000173141)、imp3(ensg00000177971)、mzt2a(ensg00000173272)和xrcc6(ensg00000196419)。

7、在一些实施例中，胸腺细胞群的角质细胞样mtec亚群可包括以下中的一者或多者的表达：cd24(ensg00000272398)、elf3(ensg00000163435)、cldn4(ensg00000189143)、mal2(ensg00000147676)、asah1(ensg00000104763)、tmem123(ensg00000152558)、tmbim6(ensg00000139644)、lgals3(ensg00000131981-)、myl12b(ensg00000118680)、acadvl(ensg00000072778)、krt19(ensg00000171345)、sat1(ensg00000130066)、rab25(ensg00000132698)、wfdc2(ensg00000101443)、vamp8(ensg00000118640)、spint1(ensg00000166145)、serpinb1(ensg00000021355)、cdh1(ensg00000039068)、gsn(ensg00000148180)、sdc4(ensg00000124145)、mgst2(ensg00000085871)、cast(ensg00000153113)、b4galt1(ensg00000086062)、perp(ensg00000112378)和dmkn(ensg00000161249)。

8、本公开提供体外产生胸腺细胞的方法。这些方法可包括在可溶性因子、矿物质或其组合存在下培养细胞群。此类方法可诱导细胞群分化或成熟为胸腺细胞。细胞群还可被工程化以表达细胞表面受体或细胞内因子。在一些实施例中，细胞群可以是多能干细胞(psc)、定形内胚层(de)细胞、第三咽袋内胚层(ppe)细胞、前部前肠内胚层(afe)细胞。

9、胸腺细胞是以下中的一者或多者：未成熟胸腺上皮细胞(itec)、ctec-高细胞、ctec-低细胞、aire+mtec-高细胞、mtec-低细胞、角质细胞样mtec细胞、纤毛细胞、髓鞘细胞、肌样细胞、神经内分泌细胞和簇细胞/离子细胞，或其组合。可溶性因子包括但不限于生长因子、细胞因子、转运蛋白、激素或其组合。作为非限制性实例，可溶性因子是生长因子，如表皮生长因子(egf；ensg00000138798)。可溶性因子是细胞因子，例如巨噬细胞抑制因子(mif；ensg00000240972)。可溶性因子还可以是转运蛋白，例如乳运铁蛋白(ltf；ensg00000012223)。

10、在一些实施例中，在矿物质存在下培养本公开的细胞。矿物质是铁、镁、钙、锰、钼、磷、钾、钠、硫、锌、氯化物、铬、铜、氟化物或碘。在一个方面，矿物质是铁。本公开的细胞被工程化以表达细胞表面受体或细胞内因子，用于产生或维持胸腺细胞的目的。细胞表面受体为cd74(ensg00000019582)、整合素β1(itgb1；ensg00000150093)和/或表皮生长因子受体(egfr；ensg00000146648)。细胞内因子为eno1(ensg00000074800)。

11、本公开还提供体外维持胸腺细胞群的方法。所述方法可包括(i)在可溶性因子或矿物质存在下培养胸腺细胞群；(ii)在一种或多种支持细胞存在下培养胸腺细胞群；和/或(iii)工程化所述胸腺细胞群以表达细胞表面受体或细胞内因子。

12、在一种或多种支持细胞存在下培养本公开的细胞。支持细胞是内皮细胞、间充质干细胞、巨噬细胞、树突状细胞(dc)、上皮细胞、成纤维细胞、基质细胞、脂肪细胞、成纤维细胞、血管平滑肌细胞(vsmc)或淋巴内皮细胞。在一些实施例中，支持细胞是间充质干细胞。在一些方面，支持细胞是内皮细胞。