本发明涉及用于测定神经调节蛋白-1(nrg1)融合多核苷酸的液态活检测定法，特别是其用于诊断或治疗疾病(例如癌症)的用途。本发明还公开一种新型神经调节蛋白-1(nrg1)融合多核苷酸。
背景技术：
1、nrg1融合基因虽然罕见，但其是可操作的致癌性驱动因子且存在于实体瘤之中。在dhanasekaran等人(nature communications,2014,5:5893)、以及在jonna等人(clincancer res,2019,25(16):4966-4972)中揭示各种nrg1融合基因。除了罕见之外，nrg1融合物的另一特征是它们可能由涉及nrg1的不可预测的染色体重排事件所引起。
2、鉴定nrg1融合物的标准方法是通过对实体瘤的活检进行分子筛选，其通常涉及对皮肤物理完整性的具影响力的破坏，以及可能对内部器官的具影响力的破坏以达到研究中的肿瘤，并且可能仍然不能鉴定许多nrg1融合物的存在。因此，需要新的测定方法来测定和诊断癌症中的nrg1融合多核苷酸，特别是新型nrg1融合多核苷酸。
技术实现思路
1、本发明涉及测定液态活检样本中一种或多种的nrg1融合多核苷酸是否存在，以及使用此测定法来诊断、预测和治疗癌症。
2、本发明提供：
3、-一种用于测定样本中是否存在nrg1融合多核苷酸的方法，包含：
4、1)提供液态活检样本，以及
5、2)测定该样本中是否存在该nrg1融合多核苷酸，
6、其中该nrg1融合多核苷酸是nrg1多核苷酸与第二多核苷酸的融合物，该第二多核苷酸不编码nrg1；
7、-一种用于测定样本中nrg1融合多核苷酸的含量或浓度的方法，包含进行本发明的方法，并且当存在nrg1融合多核苷酸时，则测定其含量或浓度；
8、-一种用于测定样本中是否存在两种以上nrg1融合多核苷酸的方法，该方法包含：
9、1)提供液态活检样本，以及
10、2)测定样本中是否存在两种以上nrg1融合多核苷酸，其中该nrg1融合多核苷酸是nrg1多核苷酸与第二多核苷酸的融合物，其中该第二多核苷酸不编码nrg1；
11、-一种用于测定液态活检样本中是否存在nrg1融合多核苷酸的试剂盒，包含(a)正向和反向多核苷酸引物对，其特异性地与该nrg1融合多核苷酸杂交，和/或(b)多核苷酸探针，其特异性地与该nrg1融合多核苷酸杂交；
12、-一种测定受试者是否患有癌症或是否容易发展为癌症的方法，其中该方法包含对受试者的样本进行本发明的方法，从而测定受试者是否患有癌症或是否容易发展为癌症；
13、-一种使用本发明的方法来治疗被鉴定出患有癌症的受试者的癌症的方法，包含向受试者施用治疗有效量的癌症治疗，从而治疗受试者的癌症；以及
14、-一种用于使用本发明的方法来治疗被鉴定出患有癌症的受试者的癌症的方法的物质或组合物。
15、在本申请的说明书和权利要求中，词语“包含”和“含有”及其变体，如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”，表示“包含但不限于”，不排除其他成分、整体或步骤。此外，除非上下文另有要求，否则单数包括复数。特别是在使用不定冠词的地方应注意，除非上下文另有要求，否则本说明书预期复数和单数。
16、本发明的每个方面的公开特征可以如结合任何其他方面所描述的。在本申请的范围内，明确意图在于，在前述段落中、权利要求书中和/或以下说明书和附图中对各个方面、实施例、实例和替代进行阐述，特别是其个体特征可以独立地或以任何组合的方式采用。即，可以使用任何方式和/或结合方法来结合所有实施例和/或任何实施例的特征，除非这样的特征不兼容。
1.一种用于测定样本中是否存在nrg1融合多核苷酸的方法，所述方法包含：
2.如权利要求1所述的方法，其中在所述nrg1融合多核苷酸中，所述第二多核苷酸位于所述nrg1多核苷酸的5'端。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述nrg1多核苷酸包含egf样结构域。
4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述nrg1多核苷酸与所述第二多核苷酸之间的融合物为符合读框融合物。
5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二多核苷酸选自pvalp多核苷酸、vapb多核苷酸、cadm1多核苷酸、cd44多核苷酸或slc3a2多核苷酸、vtcn1多核苷酸、cdh1多核苷酸、cxadr多核苷酸、gtf2e2多核苷酸、csmd1多核苷酸、ptn多核苷酸、st14多核苷酸、thbs1多核苷酸、agrn多核苷酸、app多核苷酸、wrn多核苷酸、daam1多核苷酸，asph多核苷酸、notch2多核苷酸、cd74多核苷酸、sdc4多核苷酸、slc4a4多核苷酸、zfat多核苷酸以及dscaml1多核苷酸。
6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述nrg1多核苷酸包含：(i)seq id no:14的序列，(ii)与seq id no:14具有至少约70％序列一致性的序列，或(iii)包含(i)或(ii)的至少约20个连续核苷酸的片段。
7.如权利要求5或6所述的方法，其中
8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述nrg1融合多核苷酸为：
9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述nrg1融合多核苷酸包含seq id no:19、27、41、62、74、83、102、109、120、146、154、176、201、217、225、240、260、298、325、353、364、376、384、413、432、468或469的序列。
10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述nrg1融合多核苷酸为dna或rna。
11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包含从样本中分离出一种或多种的无细胞多核苷酸、无细胞dna(cfdna)、无细胞rna(cfrna)、循环性肿瘤rna(ctrna)、循环性肿瘤细胞(ctc)、囊泡rna、外泌体、细胞外囊泡和肿瘤教育血小板。
12.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中当样本中存在nrg1融合多核苷酸时，则所述方法进一步包含扩增所述nrg1融合多核苷酸。
13.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过对所述nrg1融合多核苷酸进行测序或使用对nrg1融合多核苷酸特异性地杂交的多核苷酸探针来测定是否存在nrg1融合多核苷酸。
14.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本取自受试者，所述受试者除了nrg1融合多核苷酸之外，不包含任何进一步的致癌性突变。
15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液态活检样本取自或衍生自具有实体瘤或实体癌的受试者。
16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本取自患有选自以下的癌症的受试者：腺癌，特别是黏液腺癌、胰腺癌，特别是胰腺腺癌或肾细胞癌、胰管腺癌、肉瘤、膀胱癌、结肠癌、直肠癌、结肠直肠癌、胆囊癌、头颈部癌、前列腺癌、子宫癌、乳腺癌、卵巢癌、肝癌、子宫内膜癌、肺癌，特别是非小细胞肺癌或侵袭性黏液腺癌。
17.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本取自具有原发癌或原发肿瘤、复发性癌或复发性肿瘤或转移癌或转移肿瘤的受试者。
18.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本取自哺乳动物，优选为人类受试者。
19.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本选自血液、血清、血浆、胸腔积液、唾液、尿液、精液、痰、阴道分泌物、羊水、腹膜液、脑脊髓液、骨髓、无细胞灌洗液及其他生物流体。
20.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样本的体积为约0.1ml至约12ml。
21.一种用于测定样本中nrg1融合多核苷酸的含量或浓度的方法，包含进行如前述权利要求中任一项所述的方法，并且当存在nrg1融合多核苷酸时，则测定其含量或浓度。
22.一种用于测定样本中是否存在两种以上nrg1融合多核苷酸的方法，所述方法包含：
23.一种用于测定液态活检样本中是否存在nrg1融合多核苷酸的试剂盒，包含(a)正向和反向多核苷酸引物对，所述多核苷酸引物对特异性地与所述nrg1融合多核苷酸杂交，和/或(b)多核苷酸探针，所述多核苷酸探针特异性地与所述nrg1融合多核苷酸杂交。
24.一种测定受试者是否患有癌症或是否容易发展为癌症的方法，其中所述方法包含对受试者的样本进行如权利要求1至22中任一项所述的方法，从而测定受试者是否患有癌症或是否容易发展为癌症。
25.一种使用如权利要求24所述的方法来治疗被鉴定出患有癌症的受试者的癌症的方法，包含向受试者施用治疗有效量的癌症治疗，从而治疗受试者的癌症。
26.一种用于使用如权利要求24所述的方法来治疗被鉴定出患有癌症的受试者的癌症的方法中的物质或组合物。