新型TIM-4结合剂的生成和表征的制作方法

本公开涉及与含t细胞免疫球蛋白和粘蛋白域4(tim-4)特异性结合的组合物以及相关方法。相关申请的交叉引用本技术要求2021年8月10日提交的美国临时专利申请第63/231,455号的优先权和权益，其全部内容特此以引用的方式整体并入。以电子方式提交的文本文件的描述本技术含有通过efs-web随此以电子方式提交的xml格式的序列表。所述xml副本创建于2021年8月9日，名为skx-002序列表，并且大小为47,466字节。所述序列表以引用的方式整体并入本文中。

背景技术：

1、含t细胞免疫球蛋白和粘蛋白域4(tim-4)尤其是在例如抗原呈递细胞上选择性表达的磷脂酰丝氨酸受体。tim-4已被证明在inkt细胞、b1细胞和肿瘤细胞上表达。迄今为止，研究已指出所述分子的各种生物学功能，包括参与免疫相关疾病。例如，tim-4可通过调节各种免疫反应(包括病毒感染、过敏、自身免疫和肿瘤免疫)而在维持体内平衡方面发挥重要作用。

2、因此，仍然需要调节tim-4活性的试剂。

技术实现思路

1、因此，在各个方面，本公开涉及与tim-4特异性结合的组合物。此外，在各个方面，本公开涉及使用与tim-4特异性结合的组合物的方法，例如用于治疗或预防癌症或自身免疫疾病。

2、在各个方面，本公开涉及一种与tim-4特异性结合的组合物，其中所述组合物为或包含：(a)包含cdr1、cdr2和cdr3的单链抗体或其片段，其中：cdr1为fwteitdvnr(seq idno:1)或fwteitdvnr(seq id no:5)、或wmpvhdfsnf(seq id no:9)、或fwteitdvnr(seq idno:13)或其变体；cdr2为yetttpswnl(seq id no:2)或wpglfyayds(seq id no:6)、或ekfnmnpsdn(seq id no:10)、或yetttpswnl(seq id no:14)或其变体；并且cdr3为kvavmtmaeanrrgtyss(seq id no:3)或qtlafayndsdwfevykg(seq id no:7)、或kfnnhsmvpqwfhaiplk(seq id no:11)、或saelpdhhgdlfyvmken(seq id no:15)或其变体；或(b)肽，并且所述肽选自：qcyanhmycndsiavyhfqm(seq id no:17)或其变体；lssrpiqchglpcvltsglg(seq id no:22)或其变体；mhpqihpdqtqfgnqgiria(seq id no:30)或其变体；irlilrnqvycvswqlsvin(seq id no:23)或其变体；flprffqwlcephwsadivd(seqid no:24)或其变体；vyldpclvslwtrsqvsidg(seq id no:25)或其变体；wgvnqnvsgctklvdqrllf(seq id no:26)或其变体；yiqgfrhmmvsdipvvesfq(seq id no:27)或其变体；saryslqvlrqlhcfsidli(seq id no:28)或其变体；rfclgryqflinpqlhltvyv(seqid no:29)或其变体；saelpdhhgdlfyvmken(seq id no:35)或其变体；kvavmtmaeanrrgtyss(seq id no:36)或其变体；kfnnhsmvpqwfhaiplk(seq id no:37)或其变体；qtlafayndsdwfevykg(seq id no:38)或其变体。

3、在一些实施方案中，cdr1为fwteitdvnr(seq id no:1)或其变体，cdr2为yetttpswnl(seq id no:2)或其变体，并且cdr3为kvavmtmaeanrrgtyss(seq id no:3)或其变体，其中所述变体具有约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

4、在一些实施方案中，cdr1为fwteitdvnr(seq id no:5)或其变体，cdr2为wpglfyayds(seq id no:6)或其变体，并且cdr3为qtlafayndsdwfevykg(seq id no:7)或其变体，其中所述变体具有约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

5、在一些实施方案中，cdr1为wmpvhdfsnf(seq id no:9)或其变体，cdr2为ekfnmnpsdn(seq id no:10)或其变体，并且cdr3为kfnnhsmvpqwfhaiplk(seq id no:11)或其变体，其中所述变体具有约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

6、在一些实施方案中，cdr1为fwteitdvnr(seq id no:13)或其变体，cdr2为yetttpswnl(seq id no:14)或其变体，并且cdr3为saelpdhhgdlfyvmken(seq id no:15)或其变体，其中所述变体具有约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

7、在一些实施方案中，单链抗体或其片段还包含并置在根据式(fw1)-(cdr1)-(fw2)-(cdr2)-(fw3)-(cdr3)-(fw4)的cdr之间的可变区框架(fw)序列，其中重链可变区中的可变区fw序列为重链可变区fw序列，并且其中轻链可变区中的可变区fw序列为轻链可变区fw序列。

8、在一些实施方案中，可变区fw序列是人类的。

9、在一些实施方案中，单链抗体包含以下氨基酸序列：qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasfwteitdvnrwfrqapgkerefvayetttpswnl yadsvkgrftisrdnskntlylqmnslraedtavyycarkvavmtmaeanrrgtysswg qgtlvtvssgpggq(seq id no:4)，或与seq id no:4具有至少约90％、或至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性的氨基酸序列。

10、在一些实施方案中，单链抗体包含以下氨基酸序列：qvqlvesgggvvqpgrslrlscaaswmpvhdfsnfwfrqapgkerefvaekfnmnpsdn yadsvkgrftisrdnskntlylqmnslraedtavyycarkfnnhsmvpqwfhaiplkwg qgtlvtvssgpggq(seq id no:8)，或与seq id no:8具有至少约90％、或至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性的氨基酸序列。

11、在一些实施方案中，单链抗体包含以下氨基酸序列：qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasfwteitdvnrwfrqapgkerefvawpglfyayds yadsvkgrftisrdnskntlylqmnslraedtavyycarqtlafayndsdwfevykgwg qgtlvtvssgpggq(seq id no:12)，或与seq id no:12具有至少约90％、或至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性的氨基酸序列。

12、在一些实施方案中，单链抗体包含以下氨基酸序列：qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasfwteitdvnrwfrqapgkerefvayetttpswnl yadsvkgrftisrdnskntlylqmnslraedtavyycarsaelpdhhgdlfyvmkenwg qgtlvtvssgpggq(seq id no:16)，或与seq id no:16具有至少约90％、或至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性的氨基酸序列。

13、在一些实施方案中，所述肽为或包含：qcyanhmycndsiavyhfqm(seq id no:17)或其变体，其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

14、在一些实施方案中，所述肽为或包含：saelpdhhgdlfyvmken(seq id no:35)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

15、在一些实施方案中，所述肽为或包含：kvavmtmaeanrrgtyss(seq id no:36)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

16、在一些实施方案中，所述肽为或包含：kfnnhsmvpqwfhaiplk(seq id no:37)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

17、在一些实施方案中，所述肽为或包含：qtlafayndsdwfevykg(seq id no:38)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

18、在一些实施方案中，所述肽为或包含：lssrpiqchglpcvltsglg(seq id no:22)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

19、在一些实施方案中，所述肽为或包含：mhpqihpdqtqfgnqgiria(seq id no:30)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

20、在一些实施方案中，所述肽为或包含：irlilrnqvycvswqlsvin(seq id no:23)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

21、在一些实施方案中，所述肽为或包含：flprffqwlcephwsadivd(seq id no:24)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

22、在一些实施方案中，所述肽为或包含：vyldpclvslwtrsqvsidg(seq id no:25)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

23、在一些实施方案中，所述肽为或包含：wgvnqnvsgctklvdqrllf(seq id no:26)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

24、在一些实施方案中，所述肽为或包含：yiqgfrhmmvsdipvvesfq(seq id no:27)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

25、在一些实施方案中，所述肽为或包含：saryslqvlrqlhcfsidli(seq id no:28)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

26、在一些实施方案中，所述肽为或包含：rfclgryqflinpqlhltvyv(seq id no:29)或其变体；其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

27、在各种实施方案中，肽还包含另外的肽。

28、在各种实施方案中，组合物包含肽的二聚体，并且在一些实施方案中，组合物包含肽的三聚体。在一些实施方案中，肽与基本上由甘氨酸和丝氨酸残基构成的接头连接。在一些实施方案中，接头为或包含(ggs)n，其中n为1、或2、或3、或4、或5。例如，在一些实施方案中，接头为或包含ggsggsggsg(seq id no:21)或其变体，其中所述变体包含约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，所述突变选自取代或缺失。

29、在各种实施方案中，组合物进一步包含靶向部分。例如，在一些实施方案中，靶向部分针对肿瘤细胞。在一些实施方案中，靶向部分针对肿瘤相关抗原(taa)，例如her2、psa、trp-2、epcam、gpc3、间皮素(msln)和egfr。

30、在各种实施方案中，本公开提供一种包含编码单链抗体或其片段或肽的核酸序列的多核苷酸。

31、在一些实施方案中，本公开提供一种载体或宿主细胞，其包含具有编码单链抗体或其片段或肽的核酸序列的多核苷酸。

32、在方面中，本公开提供一种药物组合物，其包含前述实施方案中任一者的组合物和药学上可接受的赋形剂或载体。

33、在方面中，本公开提供一种用于治疗或预防癌症的方法，其包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。在一些实施方案中，癌症为实体肿瘤或血液癌。在一些实施方案中，癌症选自以下中的一者或多者：血管癌、眼部肿瘤、基底细胞癌；胆道癌；膀胱癌；骨癌；脑和中枢神经系统癌症；乳腺癌；腹膜癌；宫颈癌；绒毛膜癌；结肠和直肠癌；结缔组织癌症；消化系统癌症；子宫内膜癌；食道癌；眼癌；头颈癌；胃癌(包括胃肠道癌)；成胶质细胞瘤；肝癌；肝细胞瘤；上皮内赘瘤；肾(kidney/renal)癌；喉癌；白血病；肝癌；肺癌(例如小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌和肺鳞癌)；黑色素瘤；骨髓瘤；神经母细胞瘤；口腔癌(嘴唇、舌、口和咽)；卵巢癌；胰腺癌；前列腺癌；成视网膜细胞瘤；横纹肌肉瘤；直肠癌；呼吸系统癌症；唾液腺癌；肉瘤(例如卡波西氏肉瘤)；皮肤癌；鳞状细胞癌；胃癌；睾丸癌；甲状腺癌；子宫或子宫内膜癌；泌尿系统癌症；外阴癌；淋巴瘤，包括霍奇金氏淋巴瘤(hodgkin's lymphoma)和非霍奇金氏淋巴瘤，以及b细胞淋巴瘤(包括低级/滤泡性非霍奇金氏淋巴瘤(nhl)；小淋巴细胞(sl)nhl；中级/滤泡性nhl；中级弥漫性nhl；高级免疫母细胞性nhl；高级淋巴母细胞性nhl；高级小无裂细胞nhl；巨大肿块疾病nhl；套细胞淋巴瘤；aids相关淋巴瘤；和瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(waldenstrom's macroglobul inemia)；慢性淋巴细胞性白血病(cll)；急性淋巴母细胞性白血病(all)；毛细胞白血病；慢性成髓细胞性白血病；以及其它癌症和肉瘤；和移植后淋巴增生性病症(ptld)，以及与瘢痣病、水肿(例如与脑肿瘤相关)和梅格斯氏综合征(meigs’syndrome)相关的异常血管增生。

34、在方面中，本公开提供一种用于治疗或预防自身免疫疾病或病症的方法，其包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。在一些实施方案中，所述自身免疫疾病或病症选自移植物抗宿主病、移植排斥(例如预防同种异体移植排斥)、多发性硬化症、糖尿病、狼疮、乳糜泻、克罗恩氏病(crohn's disease)、溃疡性结肠炎、格林-巴利综合征(guillain-barre syndrome)、硬皮病、古德帕斯丘氏综合征(goodpasture'ssyndrome)、韦格纳氏肉芽肿病(wegener's granulomatosis)、自身免疫性癫痫、拉斯穆森氏脑炎(rasmussen's encephalitis)、原发性胆汁性硬化、硬化性胆管炎、自身免疫性肝炎、阿狄森氏病(addison's disease)、桥本氏甲状腺炎(hashimoto's thyroiditis)、纤维肌痛、美尼尔氏综合征(meniere’s syndrome)、恶性贫血、类风湿性关节炎、全身性红斑狼疮、皮肌炎、舍格伦氏综合征(sjogren's syndrome)、红斑狼疮、多发性硬化症、重症肌无力、赖特氏综合征(reiter's syndrome)和格雷夫氏病(grave's disease)。

35、在一些实施方案中，自身免疫疾病或病症为移植物抗宿主病。

36、在方面中，本公开提供一种用于诱导例如凋亡细胞或肿瘤细胞的吞噬作用的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。

37、在方面中，本公开提供一种用于诱导或增加例如凋亡细胞和/或肿瘤细胞的吞噬作用的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。

38、在方面中，本公开提供一种用于抑制或减少例如凋亡细胞和/或肿瘤细胞的吞噬作用的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。

39、在方面中，本公开提供一种用于诱导或增加例如凋亡细胞和/或肿瘤细胞的自噬的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。

40、在方面中，本公开提供一种用于抑制或减少例如凋亡细胞和/或肿瘤细胞的自噬的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物。

41、在方面中，本公开提供一种用于诱导或增加t细胞增殖(例如凋亡细胞或肿瘤细胞的增殖)的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一者的组合物接触(例如离体，例如与同种异体或自体细胞)。

42、在方面中，本公开提供一种用于抑制或减少tim-4与一种或多种结合配偶体(例如但不限于ampkα1或tim-1、或磷脂酰丝氨酸(ps)、或白细胞单免疫球蛋白(ig)样受体5(lmir5))的结合的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一者的组合物接触(例如离体，例如与同种异体或自体细胞)。

43、在方面中，本公开提供一种用于抑制或减少肿瘤生长和/或诱导或增加免疫耐受性的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一者的组合物接触(例如离体，例如与同种异体或自体细胞)。

44、在方面中，本公开提供一种用于抑制或减少t细胞(例如活化t细胞)的tim-4结合的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一者的组合物接触(例如离体，例如与同种异体或自体细胞)。

45、在方面中，本公开提供一种用于增加免疫耐受性的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一个的组合物接触。在实施方案中，免疫耐受性的增加增加了移植耐受性。

46、在方面中，本公开提供一种减少、抑制、遏制、改善或延迟th1介导的免疫反应的方法，所述方法包括向有需要的患者施用有效量的本实施方案中任一者的组合物或使细胞与本实施方案中任一者的组合物接触。在实施方案中，免疫耐受性的增加增加了移植耐受性。

47、在下面的描述中阐述了本公开的一个或多个实施例的细节。根据以下附图、对若干个实施例的详细描述以及根据所附权利要求书，本公开的其它特征或优点将变得显而易见。本公开的细节阐述在下面的随附描述中。尽管与本文描述的方法和材料类似或等同的方法和材料可用于本公开的实践或测试，但现在对说明性的方法和材料进行描述。根据说明书和权利要求书，本公开的其它特征、目的和优点将变得显而易见。在说明书和所附权利要求书中，单数形式也包括复数，除非上下文明确另有规定。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科技术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常所理解相同的含义。