一种肉用型鸭胸肌率相关SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及生物技术和家禽育种领域，具体涉及一种肉用型鸭胸肌率显著相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、本发明所述肉用型鸭为可作为肉用的鸭品种，包括兼用型地方麻鸭品种、北京鸭以及樱桃谷鸭等。肉用型鸭在常规育种中主要考虑到胸肌产肉率(即胸肌率)，胸肌率的大小直接决定该品种商品代饲养的经济效益。与国外品种相比，国内肉用型鸭的胸肌率普遍偏小，市场竞争力明显不如国外肉用型鸭。随着分子生物技术的发展，利用与性状关联的分子标记进行标记辅助选择可以加快目标性状的遗传进展，提高育种效率。为了加快国内肉用型鸭胸肌率的选育进度，需要对国内肉用型鸭的胸肌率筛选可靠的分子标记。

2、目前常规育种方法就是通过系谱和表型计算育种值，根据育种值大小进行选种选配。这种方法在育种实践中有一定的效果，但当选育到一定阶段，遗传进展会逐渐降低，选育效果逐渐变差。

3、因鉴于此，特提出此发明。

技术实现思路

1、目前随着分子生物学技术的发展，可以从基因组层面对个体进行基因分型，结合表型挖掘显著影响特定表型的分子标记。在育种中可以利用这些重要的分子标记，结合系谱和表型值进行分子标记辅助选择，提高选择效果。对于特定品种和特定性状，关键就是找到对表型具有重要影响且能够快速鉴定的分子标记。本研究通过测定肉用型鸭群体上市日龄时的胸肌率，并对每个个体采血、基因组重测序，通过gwas方法找到与胸肌率显著关联的分子标记，对该分子标记与表型进行统计分析，该位点不同基因型间胸肌率差异显著。

2、本发明通过测定肉用型鸭的胸肌率，并对每个个体采血、基因组重测序，通过gwas方法找到与胸肌率显著关联的分子标记，对该分子标记与表型进行统计分析，该位点不同基因型间鸭胸肌率差异显著。

3、本发明的第一方面，提供了一种与肉用型鸭胸肌率相关的snp(单核苷酸多态性)分子标记，其特征在于，所述snp分子标记包含snp位点，所述snp位点位于肉用型鸭nc_051772.1染色体上第140666858位点，该位点核苷酸碱基为g或a，该位点基因型为gg，ga或aa。

4、进一步的，所述snp位点aa基因型个体的胸肌率显著高于gg基因型和ga基因型个体的胸肌率，ga基因型个体的胸肌率明显高于gg基因型个体的胸肌率。

5、在一些具体实施方式中，所述snp分子标记的碱基序列如seq id no:3所示。

6、本发明还提供了一种鉴定或扩增权利要求1-3任一项所述snp分子标记的引物对。

7、在一个具体实施方式中，所述引物对的上游引物的核苷酸序列如seq idno:1所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no:2所示。

8、本发明提供了一种评价肉用型鸭胸肌率的方法，其特征在于，所述方法包括检测所述snp分子标记中所述snp位点的基因型，所述snp位点aa基因型个体的胸肌率显著高于gg基因型和ga基因型个体的胸肌率，ga基因型个体的胸肌率明显高于gg基因型个体的胸肌率。

9、优选的，所述方法包括以下步骤：

10、(4)提取待测鸭基因组总dna；

11、(5)以(1)的总dna为模板，利用所述引物对进行pcr扩增；

12、(6)将pcr扩增产物测序，判定待测鸭的所述snp位点的基因型。

13、本发明还提供了所述肉用型鸭胸肌率相关snp分子标记在肉用型鸭品种选育中的应用，其特征在于，所述应用包含对肉用型鸭胸肌率的评价。

14、本发明创造有如下有益效果：

15、本发明的研究利用全基因组关联分析首次发现肉用型鸭nc_051772.1染色体上存在一个与胸肌率显著相关的snp(g/a)，该位点显著影响肉用型鸭胸肌率，aa基因型表现为优异基因型。

16、因此，本发明提供了包含该snp和其侧翼序列的分子标记(seq id

17、no:3)和一对上下游引物(seq id no:1和seq id no:2)，对该分子标记进行基因分型，根据分型结果实施分子标记辅助选择，为选育或培育具有较快生长速度、较高产肉率的肉用型鸭提供可靠手段。

技术特征：

1.一种肉用型鸭胸肌率相关snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记上存在snp位点，所述snp位点位于肉用型鸭nc_051772.1染色体上第140666858位，该位点基因型为gg，ga或aa。

2.根据权利要求1所述肉用型鸭胸肌率相关snp分子标记，其特征在于，所述snp位点aa基因型个体的胸肌率显著高于gg基因型和ga基因型个体的胸肌率，ga基因型个体的胸肌率明显高于gg基因型个体的胸肌率。

3.根据权利要求1所述肉用型鸭胸肌率相关snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的碱基序列如seq id no:3所示。

4.一种鉴定权利要求1-3任一项所述snp分子标记的引物对。

5.根据权利要求4所述引物对，其特征在于，其上游引物的序列如seq id no:1所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no:2所示。

6.一种评价肉用型鸭胸肌率的方法，其特征在于，所述方法包括检测权利要求1-3任一项所述snp位点的基因型，所述snp位点aa基因型个体的胸肌率显著高于gg基因型和ga基因型个体的胸肌率，ga基因型个体的胸肌率明显高于gg基因型个体的胸肌率。

7.根据权利要求6所述方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.权利要求1-3任一项所述肉用型鸭胸肌率相关snp分子标记在肉用型鸭品种选育中的应用，其特征在于，所述应用包含对肉用型鸭胸肌率的评价。

技术总结
本发明涉及生物技术和家禽育种领域，具体公开了一种与肉用型鸭胸肌率相关的分子标记及其应用，所述分子标记包含一个G→A的单核苷酸多态性(SNP)突变位点，该SNP突变位于鸭1号染色体NC_051772.1的第140666858位点。该突变位点显著影响肉用型鸭胸肌率，其中AA基因型胸肌率显著高于GG基因型和GA基因型胸肌率；利用该位点实施分子标记辅助选择，能够提高肉用型鸭胸肌率的选育效率，加快肉鸭育种进程。

技术研发人员：刘宏祥,李慧芳,沈永杰,朱春红,张丽华,章双杰,陆晓,戴敏,王兴,费国浩,陈晓颖,宋道利,王胜,王志成,宋卫涛,徐文娟,陶志云
受保护的技术使用者：江苏省家禽科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13