一种与鸭胸肌缩醛磷脂含量性状相关的分子标记及其应用

本发明涉及动物遗传育种，特别涉及一种与鸭胸肌缩醛磷脂含量性状相关的分子标记及其应用。

背景技术：

1、肉类是食用价值很高的食品，随着生活水平的提高，人们对肉产品的需求已经不仅仅局限于数量，对肉品质的要求越来越高。肉品质的评价包括感官品质、营养价值和保健功能。

2、缩醛磷脂是一类甘油磷脂，在甘油的sn-1位连接有烯醚键的脂肪醇，sn-2位通常连接具有不饱和脂肪酰基，以及磷酸胆碱或乙醇胺作头基。作为细胞膜的结构成分，缩醛磷脂广泛分布在哺乳动物细胞中，并发挥有益的生物活性，例如预防氧化损伤，维持线粒体功能，抑制炎症，减少动脉粥样硬化病变水平，并抑制神经细胞中的神经元凋亡。因此，缩醛磷脂被认为是具有健康益处的潜在功能性成分，且在新鲜肉类、鱼类和贝类中含量丰富。连城白鸭是我国优良的地方鸭种，被评为“唯一药用鸭”，“鸭中国粹”，且经靶向脂质组学检测显示其胸肌缩醛磷脂含量显著高于北京鸭。

3、分子标记辅助育种技术已经广泛应用于动植物的新品种培育，且通过全基因组关联分析可获得与目标性状紧密联系的分子标记，利用这些分子标记对目标性状进行早期选择，可极大程度地节省育种成本并加快遗传进展。然而，目前却没有与提高鸭肉缩醛磷脂含量相关的分子标记。

技术实现思路

1、本发明所要解决的问题是如何高通量鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量。

2、为了解决以上技术问题，本发明提供了检测鸭基因组中snp的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用：

3、(1)鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量；

4、(2)鸭育种；

5、(3)制备鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量的产品；

6、(4)制备鸭育种的产品；

7、所述snp为鸭21号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为g或a，为序列表中序列1的第80位核苷酸。

8、上述应用中，所述snp的基因型为gg、aa或ga，所述gg是所述snp为g的纯合型，所述aa是所述snp为a的纯合型，所述ga是snp为g和a的杂合型；所述snp的基因型为aa和ga的待测鸭的鸭胸肌缩醛磷脂含量高于所述snp的基因型为gg和ga的待测鸭。

9、上述应用中，所述物质可为通过下述至少一种方法确定所述snp位点的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片。其中，snp芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白dna结合反应的芯片，及基于荧光分子dna结合反应的芯片。

10、本发明提供的鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量的方法，包括检测待测鸭基因组中snp的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量，所述snp为鸭21号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为g或a，为序列表中序列1的第80位核苷酸。

11、上述方法中，所述snp的基因型为gg、aa或ga，所述gg是所述snp为g的纯合型，所述aa是所述snp为a的纯合型，所述ga是snp为g和a的杂合型；所述snp的基因型为aa和ga的待测鸭的鸭胸肌缩醛磷脂含量高于所述snp的基因型为gg的待测鸭。

12、本文中，所述待测鸭可为品种鸭，也可为两种鸭品种的杂交后代，如北京鸭与连城白鸭杂交得到的后代。

13、所述北京鸭为母本，所述连城白鸭为父本。

14、本发明还提供了鸭育种的方法，所述方法包括检测鸭基因组中前文所述snp的基因型，选择所述snp的基因型为gg的鸭作为亲本进行育种，所述gg是所述snp为g的纯合型，所述方法育种的目标包括选育鸭胸肌缩醛磷脂含量高的鸭。

15、作为一种实施方法，鸭育种的方法可包括如下步骤：

16、(1)以待测鸭的基因组dna为模板，采用引物组进行pcr扩增；

17、(2)完成步骤(1)后，进行测序，确定待测鸭所述snp的基因型；

18、(3)选择aa和ga基因型鸭进行高鸭胸肌缩醛磷脂含量的鸭育种。

19、所述引物组由引物f1和引物r1组成；所述引物f1为核苷酸序列是序列表中序列2的单链dna分子；所述引物r1为核苷酸序列是序列表中序列3的单链dna分子。

20、本发明还提供了上述鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量的方法在鸭育种中的应用。

21、本发明还提供了一种产品，所述产品含有前文所述检测鸭基因组中snp的多态性或基因型的物质，所述产品为任一种：

22、c1)检测鸭胸肌缩醛磷脂含量相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

23、c2)鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量的产品；

24、c3)用于鸭育种的产品。

25、上述应用或产品中，所述物质可为如下d1)、d2)或d3)：

26、d1)所述物质为扩增包括所述snp在内的鸭基因组dna片段的引物组合物；

27、d2)所述物质为含有d1)所述引物组合物的pcr试剂；

28、d3)所述物质为含有d1)所述引物组合物或d2)所述pcr试剂的试剂盒。

29、上述应用或产品中，所述引物组合物由引物f1和引物r1组成；

30、所述引物f1为核苷酸序列是序列表中序列2的单链dna分子；

31、所述引物r1为核苷酸序列是序列表中序列3的单链dna分子。

32、上述应用、方法和产品中，所述引物组合物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如32p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。

33、可将检测所述snp多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与鸭胸肌缩醛磷脂含量相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量高的产品。

34、本发明还提供了一种dna分子，所述dna分子的核苷酸序列是序列表中的序列1。

35、上述的dna分子的应用也属于本发明的保护范围之内。所述应用具体为在如下任一中的应用：

36、(1)鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量；

37、(2)鸭育种；

38、(3)制备鉴定或辅助鉴定鸭胸肌缩醛磷脂含量的产品；

39、(4)制备鸭育种的产品。

40、本发明所述的分子标记是通过全基因组关联(gwas)分析得到，其核酸序列如seqid no.1所示，在鸭基因组21号染色体第7366333处有一个g>a的核苷酸单碱基突变，该突变显著影响了鸭胸肌缩醛磷脂含量性状。

41、本发明的有益效果为：本发明的snp分子标记与鸭肉中癸醛含量相关，是一个新的分子标记，通过确定待测鸭snp的基因型对鸭肉中癸醛含量进行早期选择，能够节省生产成本，增加鸭肉中癸醛含量产量并加快遗传进展，更好地服务于鸭的育种，具有很大的经济应用价值和科研价值。