一种基于KASP的糙果苋鉴定方法与流程

本发明属于植物鉴定，具体涉及一种基于kasp的糙果苋鉴定方法。

背景技术：

1、苋属杂草繁殖力强，种子产量高，每株可产生种子高达百万粒，是农田中恶性杂草种属之一，给我们农业生产及环境安全带来极大危害。2011年我国将苋属的异株苋亚属列入我国禁止进境植物检疫性有害生物名录，糙果苋是最具代表性的苋属异株苋亚属种类之一，原产北美，是美国大豆、玉米田间常见的危害性杂草，在口岸截获频率较高，并且在口岸外来杂草监测过程中也经常发现，该杂草传入我国将会对生态平衡、农业生产造成巨大危害。我国进口粮谷中经常携带大量苋属杂草种子，除了糙果苋外，还混在着国内已有分布的苋属其它种类的种子。因为苋属种子较小，仅1mm左右，与形态上同属近似种难以区分，因此，如何快速准确发现和鉴别进口粮谷中的糙果苋种子是预防该种传入的关键。随着基因测序技术的发展，基因组数据越来越丰富。单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，snp)普遍分布在植物基因组中，被广泛应用于性状基因的精细定位、分子辅助育种等。竞争性等位基因特异性pcr(kompetitive allele-specific pcr，kasp)技术是近些年来发展起来的一种主要基于snp的高通量基因分型技术。

2、但是，现有技术中缺乏快速、准确鉴定糙果苋的方法。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种基于kasp的糙果苋鉴定方法，该方法能够快速、准确地鉴定糙果苋，为海关口岸糙果苋的鉴定提供支持。

2、本发明的目的采用如下技术方案实现：

3、来源于糙果苋的基因片段，序列如seq id no:1所示。

4、与所述基因片段相关的snp位点，位于权利要求1所述基因片段第305bp位点，其碱基是a。

5、本发明还提供所述基因或snp位点在鉴定糙果苋方面的应用。

6、本发明还提供一种用于鉴定糙果苋的组合物，通过检测糙果苋中所述基因片段中snp位点来鉴定糙果苋，所述snp位点位于所述基因片段第305bp位，其碱基是a。

7、在本发明中，所述组合物包括上游引物at-2-1f、上游引物at-2-2f和下游引物at-2-r1，所述上游引物at-2-1f的序列如seq id no:2第22-41位核苷酸所示，所述上游引物at-2-2f的序列如seq id no:3第22-41位核苷酸所示，所述下游引物at-2-r1的序列如seqid no:4所示。

8、在本发明中，所述上游引物at-2-1f的5′端添加有fam荧光基团的接头序列，所述上游引物at-2-2f的5′端添加有hex荧光基团的接头序列。

9、在本发明中，所述fam荧光基团的接头序列为：5'-gaaggtgaccaagttcatgct-3'，所述hex荧光基团的接头序列为：5'-gaaggtcggagtcaacggatt-3'。

10、本发明还提供一种鉴定糙果苋的试剂盒，包括所述组合物。

11、本发明还提供一种鉴定或辅助鉴定糙果苋的方法，包括如下步骤：

12、(1)提取待检样品基因组dna；

13、(2)以所述基因组dna为模板，以权利要求4中组合物为引物，进行kasp反应；

14、(3)根据基因分型结果，确定是否为糙果苋。

15、有益效果：对苋属植物进行全基因组测序研究，通过序列比对发现，在其中一段序列上糙果苋与其他10种苋属相比较存在稳定的snp位点，据此设计特异性识别糙果苋的kasp引物，从而快速、准确地鉴定糙果苋，为海关口岸糙果苋的鉴定提供支持。

技术特征：

1.来源于糙果苋的基因片段，其特征在于，所述基因片段的序列如seq idno:1所示。

2.与权利要求1所述基因片段相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点位于权利要求1所述基因片段第305bp位点，其碱基是a。

3.权利要求1所述基因或权利要求2所述snp位点在鉴定糙果苋方面的应用。

4.一种用于鉴定糙果苋的组合物，其特征在于，通过检测糙果苋中权利要求1所述基因片段中snp位点来鉴定糙果苋，所述snp位点位于权利要求1所述基因片段第305bp位，其碱基是a。

5.根据权利要求4所述组合物，其特征在于，包括上游引物at-2-1f、上游引物at-2-2f和下游引物at-2-r1，所述上游引物at-2-1f的序列如seq id no:2第22-41位核苷酸所示，所述上游引物at-2-2f的序列如seq id no:3第22-41位核苷酸所示，所述下游引物at-2-r1的序列如seq id no:4所示。

6.根据权利要求5所述组合物，其特征在于，所述上游引物at-2-1f的5′端添加有fam荧光基团的接头序列，所述上游引物at-2-2f的5′端添加有hex荧光基团的接头序列。

7.根据权利要求6所述组合物，其特征在于，所述fam荧光基团的接头序列为：5'-gaaggtgaccaagttcatgct-3'，所述hex荧光基团的接头序列为：5'-gaaggtcggagtcaacggatt-3'。

8.一种鉴定糙果苋的试剂盒，其特征在于包括权利要求4所述组合物。

9.一种鉴定或辅助鉴定糙果苋的方法，其特征在于包括如下步骤：

技术总结
本发明提供一种基于KASP的糙果苋鉴定方法，属于植物鉴定技术领域。本发明提供来源于糙果苋的基因片段，序列如SEQ ID NO:1所示。本发明还提供与所述基因片段相关的SNP位点，位于所述基因片段第305bp位点，其碱基是A。本发明还提供一种用于鉴定糙果苋的组合物，通过检测糙果苋中所述基因片段中SNP位点来鉴定糙果苋，所述SNP位点位于所述基因片段第305bp位，其碱基是A。所述组合物包括上游引物At‑2‑1f、上游引物At‑2‑2f和下游引物At‑2‑r1。采用本发明KASP引物，可以快速、准确地鉴定糙果苋，为海关口岸糙果苋的鉴定提供支持。

技术研发人员：吴晶,李井干,伏建国,余本渊,杨晓军,徐梅,朱宏斌,李洋,郭静
受保护的技术使用者：南京海关动植物与食品检测中心
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15