鳞砗磲微卫星DNA分子标记

本发明属于分子生物学dna标记，具体涉及一种鳞砗磲微卫星dna分子标记、检测引物、试剂盒及其应用。

背景技术：

1、微卫星也称简单重复序列(simple sequence repeat,ssr)，是以1–6个核苷酸碱基(bp)为重复单位(motif)组成的5-40个简单串联重复序列(short tandem repeat)。微卫星由核心序列和侧翼序列组成，其核心序列由于重复单元数的不同而使微卫星呈现多态性，侧翼序列通常为保守的特异单拷贝序列。微卫星标记正是基于核心序列的高度变异性和侧翼序列的保守性而设计引物，根据特定物种核心序列的重复数不同(多态性)进行相关分析。微卫星标记具有分布广泛、多态性信息容量高、呈共显性、符合孟德尔分离规律、易于pcr扩增等优点，已经被广泛应用于海洋生物的群体遗传结构分析、亲权鉴定、遗传连锁图谱构建、功能基因定位和遗传育种等领域。

2、鳞砗磲(tridacna squamosa)是一种中型规格砗磲种类，最大能生长至30-40cm，外壳有明显棱鳞，由外壳边缘成直行生长一直伸展至外壳底部，是珊瑚礁生态系统的主要关键框架生物之一。鳞砗磲已被列入国家一级保护动物，并被世界自然保护联盟红色名录列为易危物种。为了保护鳞砗磲的野生资源，制定相应的保护策略，对其进行群体遗传多样性、群体遗传结构分析等相关工作已经非常迫切。到目前为止，还未见针对鳞砗磲这一物种进行微卫星标记开发的报道和正式发表。因此，需要开发一些多态性高、扩增稳定、特异性强的微卫星标记用于其群体遗传结构和保护相关的遗传分析。

技术实现思路

1、本发明目的是提供鳞砗磲的微卫星位点及多态性引物，即提供3个稳定性高、特异性强的鳞砗磲多态性微卫星位点，以及相应的多态性微卫星引物，为鳞砗磲群体遗传结构分析、亲权鉴定及分子标记辅助育种提供有效的工具。

2、本发明通过构建鳞砗磲微卫星(ca)16、(ga)16富集文库，筛选鳞砗磲多态性微卫星引物及利用20个鳞砗磲野生个体对这些微卫星位点进行遗传多态性检测，确定了鳞砗磲3个多态性丰富的微卫星标记：ts101、ts102、ts103，其核苷酸序列分别如seq id no.1～3所示。

3、因此，本发明的第一个目的是提供一种鳞砗磲微卫星dna分子标记，所述微卫星分子标记包括核苷酸序列分别如seq id no.1～3所示的ts101、ts102、ts103。

4、本发明的第二个目的是提供一种上述的鳞砗磲微卫星dna分子标记的扩增引物组，所述扩增引物组包括：如seq id no.4～5所示的用于扩增微卫星分子标记ts101的引物对、如seq id no.6～7所示的用于扩增微卫星分子标记ts102的引物对、如seq id no.8～9所示的用于扩增微卫星分子标记ts103的引物对。

5、本发明的第三个目的是提供一种试剂盒，所述的试剂盒包括上述的扩增引物组，还包括用于pcr扩增的酶、缓冲液、dntp和无菌水。

6、本发明的第四个目的是提供上述的微卫星分子标记、扩增引物组或试剂盒在鳞砗磲遗传分析中的应用。

7、优选的，所述的遗传分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析、聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种。

8、本发明的第五个目的是提供上述的微卫星分子标记、扩增引物组或试剂盒在鳞砗磲亲权鉴定中的应用。

9、本发明的第六个目的是提供上述的微卫星分子标记、扩增引物组或试剂盒在鳞砗磲分子标记辅助育种中的应用。

10、优选的，所述的应用，包括如下步骤：

11、(1)提取鳞砗磲的基因组dna；

12、(2)以鳞砗磲的基因组dna为模板，使用上述的扩增引物组进行pcr扩增得到扩增产物；

13、(3)将扩增产物进行检测，根据检测结果进行微卫星位点多态性评估。

14、步骤(3)中所述的检测包括克隆测序、毛细管荧光电泳或聚丙烯酰氨凝胶电泳。

15、本发明首次提供了3个鳞砗磲的微卫星位点及扩增这3个微卫星位点的引物序列和扩增方法，可应用于鳞砗磲的群体遗传结构分析、亲权鉴定及分子标记辅助育种等领域的研究，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。

技术特征：

1.一种鳞砗磲微卫星dna分子标记，其特征在于，所述微卫星分子标记包括核苷酸序列分别如seq id no.1～3所示的ts101、ts102、ts103。

2.一种权利要求1所述的鳞砗磲微卫星dna分子标记的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括：如seq id no.4～5所示的用于扩增微卫星分子标记ts101的引物对、如seq id no.6～7所示的用于扩增微卫星分子标记ts102的引物对、如seq id no.8～9所示的用于扩增微卫星分子标记ts103的引物对。

3.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的扩增引物组。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，还包括用于pcr扩增的酶、缓冲液、dntp和无菌水。

5.权利要求1所述的微卫星分子标记、权利要求2所述的扩增引物组或权利要求3所述的试剂盒在鳞砗磲遗传分析中的应用。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述的遗传分析包括遗传多样性分析、群体遗传结构分析、基因流分析、聚类分析和构建分子指纹图谱中的一种或多种。

7.权利要求1所述的微卫星分子标记、权利要求2所述的扩增引物组或权利要求3所述的试剂盒在鳞砗磲亲权鉴定中的应用。

8.权利要求1所述的微卫星分子标记、权利要求2所述的扩增引物组或权利要求3所述的试剂盒在鳞砗磲分子标记辅助育种中的应用。

9.根据权利要求5-8任一项所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：

10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，步骤(3)中所述的检测包括克隆测序、毛细管荧光电泳或聚丙烯酰氨凝胶电泳。

技术总结
本发明公开了鳞砗磲微卫星DNA分子标记。所述微卫星分子标记包括TS101、TS102、TS103，所述微卫星分子标记TS101、TS102、TS103的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～3所示。本发明首次提供了3个鳞砗磲的微卫星位点及扩增这3个微卫星位点的引物序列和扩增方法，可应用于鳞砗磲的群体遗传结构分析、亲权鉴定及分子标记辅助育种等领域的研究，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。

技术研发人员：马海涛,喻子牛,于冬梅,张跃环,李军,秦艳平,高红梅
受保护的技术使用者：中国科学院南海海洋研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16