一种与鸡蛋壳颜色相关的SNP位点及应用

背景技术：

1、禽类蛋壳颜色作为最直观的感官评价指标，通常以绿壳颜色更受欢迎。静原鸡是宁夏优良的地方鸡种，主要产粉壳和绿壳颜色鸡蛋，而市场需求量大的绿壳蛋产量的增加可以提高静原鸡产业的经济效益。蛋壳颜色是可遗传的性状，具有较高的遗传力。蛋壳颜色由蛋壳色素的沉积决定，主要有原卟啉-ⅸ、胆绿素-ⅸ、胆绿素的锌螯合物三种色素，按不同比例混合可形成不同的蛋壳颜色。多数研究表明蛋壳腺和血液均具有合成蛋壳色素的功能，原卟啉主要在蛋壳腺合成，而胆绿素主要由衰老红细胞中的血红素降解而来。已有研究表明，鸡的绿壳性状是由显性单基因(oocyan,o)控制的质量性状,为了定位o基因,z.wang等[5]对溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1b3(slco1b3)基因组序列重测序发现,该基因5′侧翼区存在一个鸡逆转录病毒eav-hp插入序列,这一变异导致绿壳蛋鸡壳腺的异常表达,产生大量的oatp1b3蛋白，使胆绿素沉积至蛋壳。粉壳鸡蛋蛋壳颜色的形成机理尚未完全明确，是否产生褐壳鸡蛋由一个呈不完全显性的基因控制，有多个基因共同作用调控。h.rome等运用600k affymetrix snp芯片定位影响鸡蛋壳颜色的qtl，检测到与蛋壳颜色性状相关的qtls 39个，其中直接影响蛋壳颜色的qtls 22个,这些qtls数量大且分布范围广,充分证明蛋壳颜色由微效多基因控制。由zheng等[8]利用候选基因关联分析表明溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1a2(slc01a2)和溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1c1(slco1c1)与褐壳蛋的颜色深浅显著相关。富含亮氨酸的重复蛋白8(lrrc8)家族基因参与了多种生物学过程如细胞粘附、细胞运输等过程，可能参与了粉壳蛋蛋壳颜色形成过程的生物过程。此外1号染色体上的磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型γ(pik3c2g)基因、三磷酸腺苷结合盒c亚家族9成员(abcc9)基因和1,4,5-三磷酸肌醇ⅱ型受体(itpr2[12])基因等也鉴定到是影响绿壳蛋蛋壳颜色的重要基因。近年来随着组学技术的发展，全基因组关联分析的广泛应用,为人们提供了精确定位影响蛋壳颜色qtl的机会。但对于静原鸡蛋壳颜色形成机制的报道较少，且与静原鸡蛋壳颜色形成相关的分子标记仍未被挖掘。

技术实现思路

1、针对现有技术存在的问题，本发明提供通过gwas分析结合转录组分析策略鉴别到了影响鸡蛋壳颜色的显著snp，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，可提前预测种鸡的蛋壳颜色。同时可根据育种目标通过优选snp位点的优势等位基因型来选育不同蛋壳颜色的种鸡，为静原鸡养殖带来巨大经济效益。

2、首要目的在于确定与鸡蛋壳颜色相关的snp分子标记。所述snp标记为包含如下对应于鸡基因组(gallus gallus，grcg6a，ensembl release-104)参考序列上的任一位点：

3、

4、

5、在一个优选方案中，所述snp标记包含上述的全部分子标记位点。

6、本发明的另一目的在于，提供一种检测上述snp分子标记方法，其特征在于，包括如下步骤：

7、1)提取样品基因组dna；

8、2)对上述基因组dna进行测序，获得测序reads；

9、3)将上述测序reads比对到鸡基因组；

10、4)基于比对结果，确定上述snp位点的基因型。

11、在一个优选方案中，所述测序为一代测序、二代测序，或三代测序。

12、本发明的另一目的在于，提供上述的分子标记在辅助判断鸡蛋壳颜色中的应用，包括如下步骤：

13、1)提取鸡基因组dna；

14、2)对上述基因组dna进行测序，获得测序reads；

15、3)将上述测序reads比对到鸡基因组；

16、4)基于比对结果，确定权利要求1或权利要求3所述snp位点的基因型。

17、5)根据步骤4)确定的snp位点基因型推测鸡蛋壳颜色。

18、在一个优选案例中，当20号染色体第10829854位碱基和/或20号染色体第10839766位碱基为ct时，判断蛋壳颜色可能为绿色；当20号染色体第10829854位碱基和/或20号染色体第10839766位碱基为cc时，判断蛋壳颜色可能为粉色。

19、本发明的另一目的在于提供一种针对鸡蛋壳颜色的分子辅助育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：检测如如前所述snp标记位点的基因型，根据欲获得的蛋壳颜色选择保留相应的基因型的种鸡。

20、在一个优选案例中，具体包括以下步骤：

21、1)提取待测鸡的基因组dna；

22、2)对上述基因组dna进行测序，获得测序reads；

23、3)将上述测序reads比对到鸡基因组；

24、4)基于比对结果，确定权利要求1或权利要求3所述snp位点的基因型；

25、5)根据欲获得的蛋壳颜色选择保留相应的基因型的种鸡。

26、在一个优选方案中，前述测序为一代测序、二代测序，或三代测序。

27、在一个优选案例中，前述与鸡蛋壳颜色相关的snp为20号染色体第10829854位碱基c>t突变，和/或20号染色体第10839766位碱基c>t突变。

28、在一个优选案例中，欲在群体中获得较多绿壳蛋鸡，则保留在20号染色体第10829854位碱基和/或20号染色体第10839766位碱基为ct的种鸡；欲在群体中获得较多粉壳蛋鸡，则保留在20号染色体第10829854位碱基和/或20号染色体第10839766位碱基为cc的种鸡。

29、本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：

30、首先，确定了新的与鸡蛋壳颜色相关的snp分子标记，并开发了相应检测方法。

31、第二，通过检测本发明所述的snp位点基因型，可提前预测种鸡的蛋壳颜色。

32、第三，本发明根据育种目标通过优选snp位点的优势等位基因型可选育不同蛋壳颜色的种鸡。

技术特征：

1.与鸡蛋壳颜色相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp标记位于鸡染色体上，具体为包含如下任一位点：

2.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述蛋壳颜色为粉色或绿色。

3.如权利要求1或2所述的分子标记，其特征在于，所述标记为20号染色体第10829854位碱基c>t突变，和/或20号染色体第10839766位碱基c>t突变。

4.一种辅助判断鸡蛋壳颜色的方法，其特征在于，包括如下步骤：

5.如权利要求4所述的检测方法，其特征在于，所述测序为一代测序、二代测序，或三代测序。

6.一种针对鸡蛋壳颜色的育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：检测如权利要求1或权利要求3所述snp标记位点的基因型，根据欲获得的蛋壳颜色选择保留相应的基因型的种鸡。

7.根据权利要求6所述的针对鸡蛋壳颜色的育种方法，其特征在于，所述检测snp标记位点的基因型的方法包括以下步骤：

8.根据权利要求6所述的针对鸡蛋壳颜色的育种方法，其特征在于，所述测序为一代测序、二代测序，或三代测序。

9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述鸡群体包括静原鸡及其合成系。

10.权利要求1或3所述的snp分子标记在针对鸡蛋壳颜色育种中的应用。

技术总结
本发明提供了与鸡蛋壳颜色相关的SNP位点，所述SNP标记的位点为鸡参考基因组GRCg6a版本1、3、4、5、7、8、9、12、17、20、27号染色体上的位点。本发明通过检测目标位点的SNP基因型，可提前预测种鸡的蛋壳颜色。同时可根据育种目标通过优选SNP位点的优势等位基因型来选育不同蛋壳颜色的种鸡。

技术研发人员：张娟,邓占钊,何亮宏,赵志成,马天佑,曹国伟,杨海宏,张国俊,蒋秋斐,陈亚飞,马丽娜,李勇
受保护的技术使用者：宁夏大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15