滩羊肩部弯曲数性状相关的SNP分子标记及其筛选方法与应用与流程

本发明涉及分子生物学和分子标记，具体涉及滩羊肩部弯曲数性状相关的snp分子标记及其筛选方法与应用。

背景技术：

1、滩羊是中国特有的裘皮用绵羊，是国家二级保护品种，主要分布于宁夏回族自治区。滩羊皮（滩羊二皮毛）被誉为中国裘皮之冠，其为滩羊产后30天左右、毛长达7-8cm时屠宰的羔羊身上剥取的皮，其毛绒弯柔且长，一般为6-9个弯曲，色泽广润洁白如雪，具较高的经济价值。在滩羊选育工作中，挑选具有优良的毛股弯曲数的种公羊作为选育工作的关键，其对提高二毛皮品质有着极其重要的作用。因此寻求一种快速、有效的方法，能够提高二毛皮品质的育种手段非常重要。

2、在传统的选育中，大多基于表型测定通过毛股弯曲数来判断个体是否为优质种羊。基于前人研究，崔保国等对初生侧部弯曲数及二毛期侧部弯曲数性状的遗传力进行了评估，发现其遗传力分别为0.04和0.12。杨生龙等对滩羊串字花品系初生毛弯曲数和二毛弯曲数的遗传力评估分别为0.1和0.097，由此可见毛股弯曲数属于低遗传力性状，通过传统选育方法很难达到理想效果。随着分子生物学的发展，分子标记辅助选择逐渐应用到育种实践中，结合全基因组关联分析技术，若能识别到与弯曲数相关的关键突变位点，将有效的提高育种工作的效率。

技术实现思路

1、本发明提供一种滩羊肩部毛股弯曲数性状相关的snp分子标记及其筛选方法与应用，通过检测snp分子标记，能够快速低成本、有效地预测滩羊肩部弯曲数，在提高滩羊二毛皮品质方面有重要意义。

2、本发明提供与绵羊肩部毛股弯曲数性状相关的snp分子标记，包括以下分子标记中一种或多种：

3、1）chr7:47350932位点的snp分子标记：位于绵羊第7号染色体第47350932位，该处碱基为a或g;

4、2）chr7:46557077位点的snp分子标记：位于绵羊第7号染色体第46557077位，该处碱基为g或c；

5、3）chr7:46005476位点的snp分子标记：位于绵羊第7号染色体第46005476位，该处碱基为a或g;

6、4）chr26:40112982位点的snp分子标记：位于绵羊第26号染色体第40112982位，该处碱基为g或a；

7、5）chr26: 40114992位点的snp分子标记：位于绵羊第26号染色体第40114992位，该处碱基为t或c；

8、6）chr4: 90834709位点的snp分子标记：位于绵羊第4号染色体第90834709位，该处碱基为t或g；

9、7）chr7:45988123位点的snp分子标记：位于绵羊第7号染色体第45988123位，该处碱基为c或t；

10、8）chr7:46001467位点的snp分子标记：位于绵羊第7号染色体第46001467位，该处碱基为a或t；

11、9）chr14:35593428位点的snp分子标记：位于绵羊第14号染色体第35593428位，该处碱基为a或g；

12、10）chr14:37442177位点的snp分子标记：位于绵羊第14号染色体第37442177位，该处碱基为a或g。

13、本发明是一种与绵羊羊毛弯曲数性状相关的分子标记，所述分子标记可以用于滩羊肩部弯曲数性状选择，滩羊肩部弯曲数性状分子标记辅助选择。

14、根据所述与绵羊肩部弯曲数性状相关的snp分子标记，所述chr7:47350932位点的snp分子标记含有如seq id no.1所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.1所示序列的第48位。和/或，所述chr7:47350932位点的snp分子标记含有如seq id no.2所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.2所示序列的第60位。和/或，所述chr7:47350932位点的snp分子标记含有如seq id no.3所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.3所示序列的第81位。和/或，所述chr7:47350932位点的snp分子标记含有如seqid no.4所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.4所示序列的第101位；

15、和/或，所述chr26: 40114992位点的snp分子标记含有如seq id no.5所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.5所示序列的第43位。和/或，所述chr26: 40114992位点的snp分子标记含有如seq id no.6所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.6所示序列的第61位。和/或，所述chr26: 40114992位点的snp分子标记含有如seq idno.7所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.7所示序列的第81位。和/或，所述chr26: 40114992位点的snp分子标记含有如seq id no.8所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.8所示序列的第101位。

16、和/或，所述chr14:35593428位点的snp分子标记含有如seq id no.9所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.9所示序列的第41位。和/或，所述chr14:35593428位点的snp分子标记含有如seq id no.10所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.10所示序列的第57位。和/或，所述chr14:35593428位点的snp分子标记含有如seq idno.11所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.11所示序列的第79位。和/或，所述chr14:35593428位点的snp分子标记含有如seq id no.12所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.12所示序列的第101位。

17、和/或，所述chr7:46001467位点的snp分子标记含有如seq id no.13所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.13所示序列的第45位。和/或，所述chr7:46001467位点的snp分子标记含有如seq id no.14所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.14所示序列的第62位。和/或，所述chr7:46001467位点的snp分子标记含有如seq idno.15所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.15所示序列的第80位。和/或，所述chr7:46001467位点的snp分子标记含有如seq id no.16所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.16所示序列的第101位。

18、和/或，所述chr14:37442177位点的snp分子标记含有如seq id no.17所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.17所示序列的第44位。

19、和/或，所述chr14:37442177位点的snp分子标记含有如seq id no.18所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.18所示序列的第54位。和/或，所述chr14:37442177位点的snp分子标记含有如seq id no.19所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.19所示序列的第67位。和/或，所述chr14:37442177位点的snp分子标记含有如seq idno.20所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.20所示序列的第101位。

20、和/或，所述chr7:45988123位点的snp分子标记含有如seq id no.21所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.21所示序列的第39位。和/或，所述chr7:45988123位点的snp分子标记含有如seq id no.22所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.22所示序列的第43位。和/或，所述chr7:45988123位点的snp分子标记含有如seq idno.23所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.23所示序列的第74位。和/或，所述chr7:45988123位点的snp分子标记含有如seq id no.24所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.24所示序列的第101位。

21、和/或，所述chr7:46557077位点的snp分子标记含有如seq id no.25所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.25所示序列的第32位。和/或，所述chr7:46557077位点的snp分子标记含有如seq id no.26所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.26所示序列的第46位。和/或，所述chr7:46557077位点的snp分子标记含有如seq idno.27所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.27所示序列的第40位。和/或，所述chr7:46557077位点的snp分子标记含有如seq id no.28所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.28所示序列的第101位。

22、和/或，所述chr7:46005476位点的snp分子标记含有如seq id no.29所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.29所示序列的第33位。和/或，所述chr7:46005476位点的snp分子标记含有如seq id no.30所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.30所示序列的第49位。和/或，所述chr7:46005476位点的snp分子标记含有如seq idno.31所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.31所示序列的第71位。和/或，所述chr7:46005476位点的snp分子标记含有如seq id no.32所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.32所示序列的第101位。

23、和/或，所述chr4:90834709位点的snp分子标记含有如seq id no.33所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.33所示序列的第46位。和/或，所述chr4:90834709位点的snp分子标记含有如seq id no.34所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.34所示序列的第57位。和/或，所述chr4:90834709位点的snp分子标记含有如seq idno.35所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.35所示序列的第50位。和/或，所述chr4:90834709位点的snp分子标记含有如seq id no.36所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.36所示序列的第101位。

24、和/或，所述chr26:40112982位点的snp分子标记含有如seq id no.37所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.37所示序列的第33位。和/或，所述chr26:40112982位点的snp分子标记含有如seq id no.38所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq idno.38所示序列的第41位。和/或，所述chr26:40112982位点的snp分子标记含有如seq idno.39所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.39所示序列的第38位。和/或，所述chr26:40112982位点的snp分子标记含有如seq id no.40所示的核苷酸序列；多态性位点位于如seq id no.40所示序列的第101位。

25、根据所述与绵羊肩部弯曲数性状相关的snp分子标记，chr7:47350932位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ag基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

26、或，chr7:46557077位点的snp分子标记，gg基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，gc基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，cc基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

27、或，chr7:46005476位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ag基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

28、或，26:40112982位点的snp分子标记，gg基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ga基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，aa基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

29、或，26:40114992位点的snp分子标记，tt基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，tc基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，cc基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

30、本发明还提供一种引物，用于扩增所述snp分子标记。

31、本发明还提供所述引物的检测产品，所述检测产品为检测试剂、试剂盒或基因芯片。

32、本发明还提供所述snp分子标记、所述引物、或所述检测产品在以下任一项中的应用：

33、（1）在检测或辅助检测绵羊肩部弯曲数中的应用；

34、（2）在绵羊肩部弯曲数的早期预测中的应用；

35、（3）在绵羊分子标记辅助育种中的应用；

36、（4）在绵羊种质资源改良中的应用；

37、（5）在筛选多肩部弯曲数绵羊中的应用；

38、（6）在绵羊肩部弯曲数基因分型中的应用；

39、（7）在鉴定和/或筛选肩部弯曲数性状中的应用。

40、根据所述应用，鉴定和/或筛选多肩部弯曲数绵羊；

41、和/或，所述绵羊为滩羊；

42、和/或，chr7:47350932位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ag基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

43、和/或，chr7:46557077位点的snp分子标记，gg基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，gc基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，cc基因型绵羊具有较少的肩部毛股弯曲数；

44、和/或，chr7:46005476位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ag基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

45、和/或，26:40112982位点的snp分子标记，gg基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ga基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，aa基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

46、和/或，26:40114992位点的snp分子标记，tt基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，tc基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，cc基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数；

47、和/或，chr4:90834709位点的snp分子标记，tt基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，tg基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

48、和/或，chr7:45988123位点的snp分子标记，cc基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ct基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，tt基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

49、和/或，chr7:46001467位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，at基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，tt基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

50、和/或，chr14:35593428位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ag基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，gg基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

51、和/或，chr14:37442177位点的snp分子标记，aa基因型绵羊具有更多的肩部弯曲数，ac基因型绵羊具有较多的肩部弯曲数，cc基因型绵羊具有较少的肩部弯曲数。

52、和/或，所述snp位点参考基因组版本号为ovis aries (assembly ars-ui_ramb_v2.0)；

53、和/或，包括以下步骤：

54、1）提取待测绵羊的基因组dna；

55、2）以待测绵羊的基因组dna为模板，利用所述引物进行pcr扩增反应；

56、3）分析pcr扩增产物。

57、本发明还提供了一种分子标记辅助选育肩部弯曲数高的滩羊毛的方法：利用chr4:90834709分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为tt、tg>gg，故保留t/t基因型的滩羊个体。

58、利用chr7:47350932分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为aa>ag>gg，故保留a/a基因型的滩羊个体。

59、利用chr7:46557077分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为gg>gc>cc，故保留g/g基因型的滩羊个体。

60、利用chr7:46005476分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为aa>ag>gg，故保留a/a基因型的滩羊个体。

61、利用chr7:45988123分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为cc、ct>tt，故保留c/c基因型的滩羊个体。

62、利用chr7:46001467分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为aa、at>tt，故保留a/a基因型的滩羊个体。

63、利用chr14:35593428分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为aa、ag>gg，故保留a/a基因型的滩羊个体。

64、利用chr14:37442177分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为aa、ac>cc，故保留a/a基因型的滩羊个体。

65、利用chr26:40112982分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为gg>ga>aa，故保留g/g基因型的滩羊个体。

66、利用chr26:40114992分子标记的多态性，不同基因型对弯曲数的影响为tt>tc>cc，故保留t/t基因型的滩羊个体。

67、本发明还提供一种基于全基因组关联分析筛选绵羊弯曲数性状相关候选标记的方法，所述方法包括以下步骤：

68、采用多个绵羊个体的血液样品，进行10x重测序，经过前期基因型数据处理，获得snp标记，利用收集到的绵羊弯曲数性状数据，基于gmat软件全基因组关联分析方法进行分析，筛选与弯曲数性状相关联的显著snp位点及注释基因，整合基因功能注释筛选绵羊弯曲数性状相关的snp分析标记。

69、根据所述基于全基因组关联分析筛选绵羊弯曲数性状相关候选标记的方法，每个样本数据量不小于30g；

70、和/或，全基因组关联测序数据经过质控后，利用gmat软件基于lmm模型进行关联分析，挖掘出与绵羊肩部弯曲数性状显著相关的snps；

71、和/或，所述绵羊为滩羊；

72、和/或，使用plink1.9软件对基因型数据进行质控，质控条件包括以下任一或任几项：

73、（1）保留常染色体上的snp 位点；

74、（2）剔除缺失率大于10%的位点；

75、（3）剔除次等位基因频率小于0.05的位点；

76、（4）剔除不符合哈代-温伯格检验p值小于10-6的位点。

77、根据所述基于全基因组关联分析筛选绵羊弯曲数性状相关候选标记的方法，用于筛选以下任一个或几个位点的snp分子标记；chr7:47350932、chr7:46557077、chr7:46005476、chr26:40112982、chr26:40114992、chr4:90834709、chr7:45988123、chr7:46001467、chr14:35593428和chr14:37442177。

78、本发明提供的10个与滩羊肩部弯曲数性状相关的snp分子标记组合，包括下列10个snp标记中的至少1个或几个组合，所述分子标记的snp位点为：位于4号染色体上第90834709位（chr4:90834709）。

79、位于7号染色体上第47350932位（chr7:47350932）、第4655707（chr7:46557077）、第46005476位（chr7:46005476）、第45988123位（chr7:45988123）、第46001467位（chr7:46001467）。位于14号染色体上第35593428位（chr14:35593428）、第37442177位（chr14:37442177）。位于26号染色体上第40112982位（chr26:40112982）和第40114992位（chr26:40114992）的突变。所述snp位点的多态性为t和g、a和g、c和g、a和g、c和t、a和t、a和g、a和c、a和g、c和t。

80、本发明的有益效果：

81、运用本发明所述snp标记，通过分子标记辅助育种，可以保留有利基因型个体，淘汰不利基因型个体，可显著提高群体弯曲数性状，从而达到提高滩羊二毛皮品质的目的。