与猪肉质性状基因LMOD1相关的SNP分子标记、引物对及其应用

本发明涉及猪分子标记，具体涉及一种与猪肉质性状基因lmod1相关的snp分子标记、引物对及其应用。

背景技术：

1、中国是猪生产大国，无论是生猪养殖规模还是猪肉消费量均居世界第一。肉质性状是生猪育种产业的重要经济性状，猪肉品质的高低直接影响猪场的生产和经济效益。肉质遗传力在0.25～0.42之间，大多为中遗传力性状。目前能够利用并阐明其对肉质性状影响机制的关键基因仍然不足。因此，寻找控制猪肉质性状的关键分子遗传标记，并将其用于分子标记辅助育种，对提高猪的肉质性状，增加经济效益具有重要意义。

2、lmod1最初是在桥本氏甲状腺炎的血清表达筛查中被鉴定为64kda自身抗原，是一种蛋白质编码基因，该蛋白具有假定的跨膜区域和2种类型的串联重复块。研究表明在甲状腺、眼肌、骨骼肌和卵巢中表达水平最高。lmod1表达的增加可能与格雷夫斯病和甲状腺相关眼病有关。lmod1可以通过mtor磷酸化参与fak-akt/mtor途径进而增强细胞的侵袭、迁移能力。

3、有研究表明lmod1是一种与弥漫性胃癌相关的癌基因，可以通过调节fak-akt/mtor途径来诱导胃癌细胞迁移，并通过影响胃癌细胞的上皮细胞-间充质转化(emt)促进胃癌腹膜转移的发生和发展。也有研究表明lmod1在维持肌动蛋白细胞骨架和平滑肌的正常收缩中也起重要作用。

4、然而，关于lmod1基因能否提高猪肉品质，这一分子机制尚未见报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服上述技术不足，提供了一种与猪肉质性状基因lmod1相关的snp分子标记、引物对及其应用，本发明发掘了第10号染色体lmod1基因中的一个snp与猪肉质性状关联，可作为猪肉质性状筛选和猪选育的分子标记。

2、第一方面，本发明提供了一种与猪肉质性状基因lmod1相关的snp分子标记，所述猪肉质性状为猪肌内脂肪含量性状；所述snp分子标记位于猪第10号染色体lmod1基因第1号内含子中，其核苷酸序列如序列表seq id no.1所示，在该序列的第299bp处存在g299-a299碱基突变。

3、进一步的，序列seq id no.1中第299bp处的g或a碱基多态性位点，表现为gg、ga或aa三种基因型，其中，a等位基因为优势等位基因。

4、第二方面，本发明提供了一种如第一方面所述的snp分子标记在猪肉质性状筛选和/或猪育种中的应用。

5、第三方面，本发明提供了一种用于扩增如第一方面所述的snp分子标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

6、第四方面，本发明提供了一种如第三方面所述的引物对在猪肉质性状筛选和/或猪育种中的应用。

7、第五方面，本发明提供了一种利用如第一方面所述的snp分子标记进行猪肉质性状快速选育的试剂盒，包含如第三方面所述的引物对。

8、第六方面，本发明提供了一种猪肉质性状筛选和/或猪选育的方法，包括以下步骤：

9、s1、提取猪的基因组dna；

10、s2、以步骤s1得到的基因组dna作为模板，采用如权利要求4所述的引物对进行pcr扩增，得到如权利要求1所述的snp分子标记并纯化；

11、s3、对步骤s2纯化后的snp分子标记进行测序分析，保留该序列第299bp处携带有a等位基因的个体，淘汰携带有g等位基因的个体。

12、进一步的，步骤s1中，从待测猪的耳缘组织中提取基因组dna。

13、进一步的，步骤s2中，pcr反应体系50μl，体系中各组分为：基因组dna 100ng、pcrmix 25μl、上述上下游引物各1μl、加ddh2o补至总体积50μl；pcr的运行程序为：98℃预变性45s；98℃变性10s，61℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸5min；4℃保存。

14、与现有技术相比，本发明的有益效果包括：本发明首次发掘了猪lmod1基因相关的snp分子标记与猪的肉质性状，具体为猪肌内脂肪含量性状相关，因此可将该分子标记用于筛选猪肉质性状和选育，即提供了猪lmod1基因相关的snp分子标记在猪肉质性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪肉质性状的早期筛选，筛选方法简单快速。

技术特征：

1.一种与猪肉质性状基因lmod1相关的snp分子标记，其特征在于，所述猪肉质性状为猪肌内脂肪含量性状；所述snp分子标记位于猪第10号染色体lmod1基因第1号内含子中，其核苷酸序列如序列表seq id no.1所示，在该序列的第299bp处存在g299-a299碱基突变。

2.根据权利要求1所述的与猪肉质性状基因lmod1相关的snp分子标记，其特征在于，序列seq id no.1中第299bp处的g或a碱基多态性位点，表现为gg、ga或aa三种基因型，其中，a等位基因为优势等位基因。

3.如权利要求1或2任一项所述的snp分子标记在猪肉质性状筛选和/或猪育种中的应用。

4.一种用于扩增如权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

5.如权利要求4所述的引物对在猪肉质性状筛选和/或猪育种中的应用。

6.一种利用如权利要求1所述的snp分子标记进行猪肉质性状快速选育的试剂盒，其特征在于，包含如权利要求4所述的引物对。

7.一种猪肉质性状筛选和/或猪选育的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述猪肉质性状筛选和/或猪选育的方法，其特征在于，步骤s1中，从待测猪的耳缘组织中提取基因组dna。

9.根据权利要求7所述猪肉质性状筛选和/或猪选育的方法，其特征在于，步骤s2中，pcr反应体系50μl，体系中各组分为：基因组dna 100ng、pcr mix 25μl、上述上下游引物各1μl、加ddh2o补至总体积50μl；pcr的运行程序为：98℃预变性45s；98℃变性10s，61℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸5min；4℃保存。

技术总结
本发明公开了一种与猪肉质性状基因LMOD1相关的SNP分子标记、引物对及其应用，涉及猪分子标记技术领域。其中所述猪肉质性状为猪肌内脂肪含量性状；所述SNP分子标记位于猪第10号染色体LMOD1基因第1号内含子中，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第299bp处存在G299‑A299碱基突变。本发明还提供了一种用于扩增上述SNP分子标记的引物对以及利用上述SNP分子标记进行猪肉质性状筛选和/或猪选育的方法。本发明首次发掘了猪LMOD1基因中的一个SNP分子标记与猪的肌内脂肪含量性状相关，因此可以用于猪标记辅助选择育种，即提供了猪LMOD1基因中的一个SNP分子标记在猪肉质性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪肉质性状育种的早期筛选，筛选方法简单快速。

技术研发人员：徐忠,李亚赛,梅书棋,彭先文,乔木,吴俊静,周佳伟,张宇,冯越,李梓芃,孙华,宋忠旭,赵海忠,李良华
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/25