与鸡屠体性状相关的CYP27A1单核苷酸多态性分子标记及应用

本发明涉及生物，特别是涉及与鸡屠体性状相关的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记及应用。

背景技术：

1、鸡是一种家禽，家鸡源出于野生的原鸡，其驯化历史至少约4000年，但直到1800年前后鸡肉和鸡蛋才成为大量生产的商品。鸡的种类有火鸡、乌鸡、野鸡等。在我国湖北、江西、山东、河南、甘肃等省都发现有四千多年前的鸡骨或陶鸡。黄羽肉鸡由我国地方黄羽鸡种与引进肉鸡品种杂交选育而成，具有优良特质，例如鸡肉的均匀度、一致性高，胸、腿肌发达，屠宰、冰鲜后成品率高以及品相优良，科学研究价值和经济价值较高。腹脂、腿重、半净膛率、全净膛率等性状是鉴定鸡的屠体性能的关键指标。

2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)，在人类可遗传的变异中snp最为常见，占所有已知多态性的90％以上，它是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，例如单个碱基的转换、颠换、插入或缺失。目前，许多研究已经证明基因结构中的snps会对动物实际生产带来一定影响。snp可用于分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection,mas)，提高选种准确性和选育效果。开发新的与屠体性能指标相关的snp分子标记，可以为具有优良屠体性能的鸡的选育提供技术支持。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供与鸡屠体性状相关的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明发掘了cyp27a1基因中与鸡屠体性状相关联的snp位点，从而为优良屠体性能鸡的选育提供了新的单核苷酸多态性分子标记。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种与鸡屠体性状相关的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记，所述cyp27a1单核苷酸多态性分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示；所述cyp27a1单核苷酸多态性分子标记存在snp1、snp2和snp33个单核苷酸多态性位点；

4、所述snp1位于nc_052579.1:g21963641位点，存在g>a突变；

5、所述snp2位于nc_052579.1:g21963567位点，存在a>g突变；

6、所述snp3位于nc_052579.1:g21963433位点，存在a>c突变。

7、进一步地，所述snp1的基因型为gg、ga或aa；所述snp2的基因型为aa、ag或gg；所述snp3的基因型为aa、ac或cc。

8、本发明还提供一种扩增上述的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记的引物对，所述引物对的上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，所述引物对的下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

9、本发明还提供上述的引物对在制备鉴别鸡屠体性状的试剂盒中的应用。

10、本发明还提供一种鉴别鸡屠体性状的试剂盒，包括上述的引物对。

11、本发明还提供上述的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记、引物对或试剂盒在鉴别鸡屠体性状中的应用。

12、进一步地，所述鸡的品种为麻黄鸡。

13、本发明还提供一种鉴别鸡屠体性状的方法，包括以下步骤：

14、提取待检鸡的基因组dna，以所述基因组dna为模板，利用上述的引物对进行pcr扩增，获得扩增产物；

15、对所述扩增产物进行测序，检测snp1、snp2和snp33个单核苷酸多态性位点的基因型，根据基因型检测结果鉴别所述待检鸡的屠体性状：

16、所述snp1的基因型为gg时，其鸡肌间脂肪宽、腹脂和腹脂率大于ga基因型和aa基因型；

17、所述snp2的基因型为aa时，其腿重和腿比率大于gg基因型；

18、所述snp3的基因型为cc时，其腿重大于aa基因型；

19、所述snp1位于nc_052579.1:g21963641位点，存在g>a突变；

20、所述snp2位于nc_052579.1:g21963567位点，存在a>g突变；

21、所述snp3位于nc_052579.1:g21963433位点，存在a>c突变。

22、进一步地，所述pcr扩增的扩增体系包括：模板dna2μl、2×es taq master mix 25μl、上游引物1μl、下游引物1μl和ddh2o 1μl；

23、所述pcr扩增的反应程序包括：94℃预变性2min；94℃变性30s，61.2℃退火30s，72℃延伸30s，33个循环；72℃最终延伸2min。

24、进一步地，所述鸡的品种为麻黄鸡。

25、本发明公开了以下技术效果：

26、本发明通过分析cyp27a1基因，发现该基因有多个与鸡屠体性能显著相关的snp位点，并且通过试验证实，该分子标记nc_052579.1:g21963641g>a位点与肌间脂肪宽、腹脂和腹脂率均存在显著相关(p<0.05)；nc_052579.1:g21963567a>g位点与腿重和腿比率均存在显著相关(p<0.05)；nc_052579.1:g21963433a>c位点与腿重存在显著相关(p<0.05)。本发明提供的分子标记可以准确地鉴别鸡屠体性状，从而为优良屠体性能鸡的选育提供了技术支持。

技术特征：

1.一种与鸡屠体性状相关的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记，其特征在于，所述cyp27a1单核苷酸多态性分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示；所述cyp27a1单核苷酸多态性分子标记存在snp1、snp2和snp33个单核苷酸多态性位点；

2.根据权利要求1所述的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记，其特征在于，所述snp1的基因型为gg、ga或aa；所述snp2的基因型为aa、ag或gg；所述snp3的基因型为aa、ac或cc。

3.一种扩增权利要求1所述的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，所述引物对的下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。

4.一种如权利要求3所述的引物对在制备鉴别鸡屠体性状的试剂盒中的应用。

5.一种鉴别鸡屠体性状的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物对。

6.一种如权利要求1或2所述的cyp27a1单核苷酸多态性分子标记、权利要求3所述的引物对或权利要求5所述的试剂盒在鉴别鸡屠体性状中的应用。

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述鸡的品种为麻黄鸡。

8.一种鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的扩增体系包括：模板dna 2μl、2×es taq master mix 25μl、上游引物1μl、下游引物1μl和ddh2o 1μl；

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述鸡的品种为麻黄鸡。

技术总结
本发明公开了与鸡屠体性状相关的CYP27A1单核苷酸多态性分子标记及应用，涉及生物技术领域。该CYP27A1单核苷酸多态性分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述CYP27A1单核苷酸多态性分子标记存在SNP1、SNP2和SNP33个单核苷酸多态性位点；该SNP1位于NC_052579.1:g21963641位点，存在G>A突变；该SNP2位于NC_052579.1:g21963567位点，存在A>G突变；该SNP3位于NC_052579.1:g21963433位点，存在A>C突变。本发明提供的分子标记可以准确地鉴别鸡屠体性状，从而为优良屠体性能鸡的选育提供技术支持。

技术研发人员：蔡柏林,何彤,周震,聂庆华,林铎,蔡丹凤,郭素茵,罗雪辉
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/4/22