一种与湖羊尾脂重性状相关的分子标记及其检测方法

本发明属于分子标记及其育种的，具体涉一种与湖羊尾脂重性状相关的分子标记及其检测方法。

背景技术：

1、绵羊尾部脂肪属于白色脂肪，在极端恶劣的环境中能够通过消耗尾部脂肪来提供能力，起到“保命”作用(safdarian m，zamiri mj，hashemi m,noorolahi h.relationshipsof fat-tail dimensions with fat-tail weight and carcass characteristics atdifferent slaughter weights of torki-ghashghaii sheep.meat sci.2008nov；80(3)：686-9.)。但是随着集约化舍饲养羊生产系统的完善和人们消费观念的改变，过多的尾部脂肪沉积将会影响饲料效率、肉质、动物的交配和正常运动等(wang x y，fang c，he h y，caoh，liu ll，jiang l，ma y h，liu w j.2021c.identification of key genes in sheepfat tail evolution based on rna-seq.gene，781.)。尾脂重是绵羊的重要经济性状，是衡量尾部脂肪沉积程度的直接指标，并且属中高等遗传力性状，受遗传控制且能够通过选择改良。同时分子标记辅助选择(marker-assisted selection,mas)被广泛应用于畜禽的选种选育工作中，因此筛选与绵羊尾脂重相关的分子标记，从遗传角度减少绵羊尾部脂肪沉积对提高养羊业经济效益具有重大意义。

2、肿瘤抑制候选基因5(tusc5，也称为脑内皮细胞衍生基因-1或bec-1)是一种在棕色脂肪组织(bat)转录组分析中发现的含有cd225结构域的抗冻基因，在脂肪细胞成熟中起着重要作用(oort pj et al.characterization of tusc5,an adipocyte gene co-expressed in peripheral neurons.mol cell endocrinol.2007sep 30；276(1-2)：24-35.)。研究报道tusc5基因在鼠的脂肪组织中高度表达，可以增强脂肪细胞分化，脂肪酸摄取和脂滴中脂肪酸的储存，从而抑制异位脂质沉积并提高全身的胰岛素敏感性。(shibata,t,molecular cloning and characterization of rat brain endothelial cellderived gene-1(tumor suppressor candidate 5)expressing abundantly in adiposetissues.mol cell.endocrinol.263,38–45.)，但是tusc5基因与湖羊的尾部脂肪沉积有没有关系，有何关系并不清楚，本发明以衡量尾部脂肪沉积的直接指标尾脂重为目标性状，通过pcr扩增、dna测序和序列分析，探讨其不同基因型与湖羊尾脂重性状的相关性，以期为减少绵羊尾部脂肪沉积提供一个新的分子标记。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与湖羊尾脂重性状相关的分子标记、其检测方法和应用。本发明的分子标记是从湖羊tusc5基因中扩增得到，其具体核苷酸序列如seq id no.1所示。通过扩增湖羊tusc5基因的dna序列并测序，筛选tusc5基因的多态性位点，分析不同的基因型与湖羊尾脂重性状的相关性，并建立湖羊尾脂重性状相关的分子标记的检测方法，为减少尾部脂肪沉积，增加养羊业经济效益提供一个新的分子标记。

2、为实现上述目的，本发明采用以下的技术方案为：

3、一种与湖羊尾脂重性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如seq idno.1所示，该序列的第191bp位的y示c或t，由于上述序列在第286位碱基处有一个c/t突变，从而导致了湖羊tusc5基因在该位点的c/t多态性。

4、seq id no.1：tgcccttcaaggtgatatccgaggggcaccgggaagccttg caccccctctcatcctcccgggccagctccaggcgggcgtcctccacagccaccacctcgtatgcccaggacggagaagttcccaaagattatctcatccttgccatcgcctcctgcttctgccccgtctggcccctcaacctcatgccyctcatcttttccatcatggtaagtgctgctcttcatcgctgggttggggctggttttggtcagcagccatgcttccctggcaggcaccagtcaccctacctagggtgttgagagaaaaactgggatcccggggggtggggaggggagactccccatcttagccggcctattactcccccttggagaggggtccagcgcccccggagcttcagtttcctgtcctccttcatctctgctcctggacatcacagcttgactttgcacacatccctgctgggaaggggatcccagagaggtgcccagagctaaatcctgcccagaaaggacagccagcttgggggtccggcctttgcaggggccgggggctttgtcgcaaggagtcattcctgagtggggctgtgaatcagcagagattgcagccaatatggggtctcagggccccgtgttctcaggaggggagccaggcatcacctccccaccccatccccagggcctcctgggtgttctaacagcttctggca

5、一种用于检测上述分子标记的pcr引物对，优选地，其包括核苷酸序列如seq idno.2所示的上游引物m-f和核苷酸序列如rseq id no.3所示的下游引物m-r。

6、一种用于检测上述分子标记的kaspar引物对，其包括如seq id no.4所示的正向引物a1、如seq id no.5所示的正向引物a2和如seq id no.6所示的反向引物c。

7、一种检测上述分子标记的试剂盒，所述试剂盒中包含了检测上述分子标记的pcr引物对或kaspar引物对。

8、一种检测上述分子标记的方法，具体检测方法包括如下步骤：

9、a)使用上述的pcr引物对、kaspar引物对或包含上述引物对的试剂盒，对湖羊基因组dna进行扩增；

10、b)对步骤a)获得的扩增产物的多态性位点进行鉴定。

11、其中，在步骤b)中，上述分型鉴定的方法包括但不限于直接测序法、探针法、基因芯片法、高分辨率溶解曲线法。

12、如上所述的方法，优选地，在步骤a)中，pcr引物对如seq id no.2和seq id no.3所示，在步骤b)中，基因分型鉴定采用直接测序法。

13、利用上述引物检测分子标记的方法，包括如下步骤：

14、a)以湖羊血液为样品提取基因组dna，利用核苷酸序列如seq id no.4、seq idno.5和seq id no.6所示的引物对进行高通量水浴pcr扩增；

15、b)扩增结束后，利用bmg pherastar仪器检测荧光信号并查看分型结果。

16、如上所述的分子标记、pcr引物对、kaspar引物对或试剂盒的检测方法在育种中的应用，通过对待测湖羊的基因组dna中检测本发明的分子标记，并分析多态性位点的类型，从而可以确定湖羊的尾脂重性状的高低，进而筛选出尾脂重较低的湖羊，当基因型为tt型时，其具有较低的尾脂重。

17、如上所述的分子标记及其多态性位点、pcr引物对、kaspar引物对或试剂盒的检测方法在湖羊辅助育种中的应用，所述应用为挑选出具有尾脂重较低的湖羊品种。通过利用上述的引物对或试剂盒对湖羊的基因组dna中进行扩增和检测，确定待测样品的tusc5基因的基因型，从而可以从中选育在尾脂性状方面具有优势型的湖羊群体。

18、本发明的有益效果在于：

19、本发明提供了一种与湖羊尾脂重性状相关的分子标记，具体为seq id no.1片段的第191位的t/c的多态性位点，该位点具有tt基因型的湖羊具有相对较轻的尾脂重。本发明还提供了检测该分子标记的引物对或检测试剂盒或检测方法在湖羊尾脂重性状相关检测中的应用，通过测定该分子标记的多态性基因型来有效鉴别是否为优势尾脂重性状型的湖羊，为尾脂重较低型湖羊的选育提供有效的检测手段。本发明通过对该分子标记的多态性位点的检测，可用于选留基因为tt纯合型湖羊作为种羊用于育种，用以加快筛选尾脂重较轻的湖羊，有助于提高湖羊养殖业的经济效益。