本文提供了筛查子宫内膜癌(ec)的技术，并且特别但不仅仅是检测子宫内膜癌和各种子宫内膜癌亚型的存在的方法、组合物和相关用途。
背景技术：
1、尽管子宫内膜癌(ec)是美国和许多其它发达国家最常见的妇科恶性肿瘤，但缺乏早期检测ec的方法(参见siegel,r.l.等人,cancer statistics,2016.ca cancer j clin,2016.66(1):第7-30页；parkin,d.等人,global cancer statistics,2002.ca cancer jclin.,2005.55(2):第74-108页)。虽然低风险的早期ec预后良好，5年总生存率(os)>95％，但被诊断为iii期或iv期时的5年os分别变为68％和17％(参见fridley,b.l.等人,plosone,2010.5(9):第e12693页)。大多数ec都是低级别子宫内膜样组织学，并且之前都有增生前体；然而，更具侵袭性的3级子宫内膜样、浆液性、透明细胞和癌肉瘤组织学占新诊断的ec的10-15％，并且可能是高度致命的(参见felix,a.s.等人,cancer causes control,2010.21(11):第1851-6页；moore,k.n.和a.n.fader,clin obstet gynecol,2011.54(2):第278-91页；cancer genome atlas research,n.等人,nature,2013.497(7447):第67-73页；hussein,y.r.等人,int j gynecol pathol,2016.35(1):第16-24页)。早期检测可增加治愈的机会(参见mariani,a.等人,gynecologic oncology,2008.109(1):第11-18页)。
2、需要改进检测ec和各种ec亚型的方法。
3、本发明满足了这些需要。
技术实现思路
1、已经将甲基化dna作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在许多情况下，dna甲基转移酶在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cpg)岛位点处添加甲基至dna，作为基因表达的表观遗传控制。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。dna甲基化可能是比rna或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具(laird(2010)nat rev genet 11:191-203)。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，甲基化标志物提供了极好的特异性，并且比单独dna突变具有更广泛的信息和更灵敏(zou等人(2007)cancer epidemiol biomarkersprev 16:2686-96)。
2、当应用于动物模型和人类细胞系时，对cpg岛的分析产生了重要的发现。例如，zhang和同事发现来自同一cpg岛的不同部分的扩增子可能具有不同的甲基化水平(zhang等人(2009)plos genet 5:e1000438)。此外，甲基化水平在高度甲基化与未甲基化序列之间呈双峰分布，这进一步证明了dna甲基转移酶活性的二元开关样模式(zhang等人(2009)plos genet 5:e1000438)。对鼠体内组织和体外细胞系的分析表明，只有约0.3％的高cpg密度启动子(hcp，定义为在300个碱基对区域内具有>7％ cpg序列)被甲基化，而低cpg密度区域(lcp，定义为在300个碱基对区域内具有<5％ cpg序列)往往以动态组织特异性模式频繁甲基化(meissner等人(2008)nature 454:766-70)。hcp包括普遍存在的看家基因和高度调控的发育基因的启动子。在>50％甲基化的hcp位点中，有几个已建立的标志物，例如wnt2、ndrg2、sfrp2和bmp3(meissner等人(2008)nature 454:766-70)。
3、已经将dna甲基转移酶在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cpg)岛位点处对dna的表观遗传甲基化作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。dna甲基化可能是比rna或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，异常的甲基化标志物比单独dna突变具有更广泛的信息和更灵敏，并且提供了极好的特异性。
4、有几种方法可用于搜索新的甲基化标志物。虽然基于微阵列的cpg甲基化询问是一种合理的高通量方法，但这种策略偏向于已知的感兴趣区域，主要是已确立的肿瘤抑制启动子。在过去十年中，已经开发了用于全基因组dna甲基化分析的替代方法。有三种基本方法。第一种采用通过识别特定甲基化位点的限制酶消化dna，然后是几种可能的分析技术，这些技术提供的甲基化数据仅限于酶识别位点或用于在定量步骤中扩增dna的引物(例如甲基化特异性pcr；msp)。第二种方法使用针对甲基胞嘧啶或其它甲基化特异性结合结构域的抗体富集基因组dna的甲基化部分，然后进行微阵列分析或测序以将片段映射至参考基因组。这种方法不提供片段内所有甲基化位点的单核苷酸分辨率。第三种方法首先是对dna进行亚硫酸氢盐处理，将所有未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，然后是限制酶消化，并在与接头配体偶联后对所有片段进行完整测序。限制酶的选择可以富集cpg密集区域的片段，减少在分析过程中可能映射至多个基因位置的冗余序列的数目。
5、在中高读取覆盖率下rrbs在单核苷酸分辨率下产生所有cpg岛的80-90％和大多数肿瘤抑制启动子的cpg甲基化状态数据。在癌症病例对照研究中，对这些读数的分析可鉴定差异甲基化区域(dmr)。在之前对胰腺癌样本的rrbs分析中，发现了数百个dmr，其中许多从未与致癌作用相关联，并且许多未注释。对独立组织样品集的进一步验证研究证实了在性能方面具有100％灵敏度和特异性的标志物cpg。
6、ec自发脱落肿瘤细胞(参见chin,a.b.等人,american journal of obstetricsand gynecology,2000.182(6):第1278-1282页)并且通过微创方法检测ec生物标志物是一种很有前景的方法(参见kinde,i.等人,science translational medicine,2013.5(167):第167ra4页；bakkum-gamez,j.n.等人,gynecologic oncology,2015.137(1):第14-22页；wentzensen,n.等人,international journal of cancer,2014.135(8):第1860-1868页；fiegl h,g.c.等人,cancer epidemiol biomarkers prev,2004.13(5):第882-8页)；然而，需要优化标志物、标准化收集方法和提高特异性。dna甲基化是ec致癌作用的早期事件(参见tao,m.h.和j.l.freudenheim,epigenetics,2010.5(6):第491-8页)；在与ec相邻的看起来形态正常的子宫内膜中rassf1甲基化(参见fiegl h,g.c.等人,cancer epidemiolbiomarkers prev,2004.13(5):第882-8页；pijnenborg,j.等人,annals of oncology,2007.18(3):第491-497页；suehiro,y.等人,clinical cancer research,2008.14(11):第3354-3361页；arafa,m.等人,histopathology,2008.53(5):第525-532页)；mlh1甲基化发生在非典型增生中(参见suehiro,y.等人,clinical cancer research,2008.14(11):第3354-3361页；horowitz,n.等人,gynecologic oncology,2002.86(1):第62-68页；xiong,y.等人,gynecologic oncology,2006.103(1):第321-328页；banno k,y.m.等人,oncolrep,2006.16(6):第1189-96页；zighelboim,i.等人,clinical cancer research,2007.13(10):第2882-2889页；guida m,s.f.等人,eur j gynaecol oncol.,2009.30(3):第267-70页)。这些和其它基因被确定为在ec中甲基化(参见fiegl h,g.c.等人,cancer epidemiolbiomarkers prev,2004.13(5):第882-8页；suehiro,y.等人,clinical cancer research,2008.14(11):第3354-3361页；zighelboim,i.等人,clinical cancer research,2007.13(10):第2882-2889页；wentzensen,n.等人,international journal of cancer,2014:页码[电子出版比印刷先进]；tao mh,f.j.,dna methylation in ec.epigenetics,2010.5(6):第491-8页；integrated genomic characterization of endometrialcarcinoma.nature,2013.497(7447):第67-73页；huang,y.-w.等人,gynecologiconcology,2010.117(2):第239-247页；xiong,y.等人,gynecologic oncology,2005.99(1):第135-141页；sasaki,m.等人,cancer research,2001.61(1):第97-102页；sasaki,m.等人,molecular and cellular endocrinology,2003.202(1-2):第201-207页)，并且从坏死肿瘤细胞释放的游离甲基化dna是一个有吸引力的目标，并已在各种生物体液中检测到，包括唾液、血浆、腹膜液、粪便、乳头抽吸物、尿液、胰液和阴道液(参见bakkum-gamez,j.n.等人,gynecologic oncology,2015.137(1):第14-22页；fiegl h,g.c.等人,cancerepidemiol biomarkers prev,2004.13(5):第882-8页；duffy mj,n.r.等人,eur jcancer,2009.45(3):第335-46页；ahlquist,d.a.等人,gastroenterology,2012.142(2):第248-256页；duffy,m.j.等人,eur jcancer,2009.45(3):第335-46页；kisiel,j.b.等人,clinical cancer research,2015.21(19):第4473-4481页)。
7、本文提供了筛查ec的技术，并且特别但不仅仅是检测ec和各种ec亚型(例如透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的存在的方法、组合物和相关用途。
8、实际上，如实施例i、ii和iii中所述，在鉴定本发明实施方案的过程中进行的实验鉴定了一组新的差异甲基化区域(dmr)，用于区分子宫内膜癌来源的dna与非肿瘤对照dna。
9、这类实验列出并描述了499种新的dna甲基化标志物，可将ec组织(以及ec组织的各种亚型)与良性子宫内膜组织区分开来(参见表1、8和22，实施例1、2和3)。
10、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分ec组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
11、●aff3、aim1_a、amigo3_a、bmp4_b、c17orf107_a、c1orf70_b、c5orf52、cldn7、dido1_a、eef1a2、emx2os、fev、fkbp11_a、gdf6、gdf7_a、jsrp1_a、kctd15_a、klhl21、lrrc8d_a、nbpf8、max.chr10.130339363-130339534、max.chr10.22624479-22624553、max.chr14.103021656-103021718、max.chr8.145103829-145103992、max.chr8.145104263-145104422、mdfi_b、miat_a、mmp23b、ndrg2、obscn_a、pcolce、pycard、sept9_b、slc6a3_a、slc8a3_b、sqstm1、vill、znf302、znf323_a、znf506和znf90(参见表2，实施例1)；
12、●emx2os、cyth2、c17orf107_a、dido1_a、gdf6、nbpf8、max.chr14.103021656-103021718、jsrp1_a、gata2_b和sfmbt2_b(参见表3，实施例1)；
13、●sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表15，实施例1)；以及
14、●emx2os、cyth2、nbpf8、max.chr10.22624479-22624553(参见表20，实施例1)。
15、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下标志物和/或标志物组，用于检测血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)中的ec：
16、●ankrd35、arl5c、arrb1、bcl2l11_a、bcl2l11_b、bcl2l11_c、bzrap1、c16orf54、c17orf101、c6orf132、cacna2d4、dedd2、eps15l1、faim2、fam125b、fam189b、fam78a、foxp4、gypc_a、gypc_b、iffo1_a、iffo1_b、itpka、klf16、limd2、loc389333、loc440925_a、loc646278、lyl1、lyplal1、max.chr11.32355226-32355251、max.chr14.102172621-102172686、max.chr14.105512122-105512239、max.chr15.95128144-95128248、max.chr16.11327016-11327312、max.chr3.187676577-187676668、max.chr4.174430676-174430847、max.chr8.145900783-145900914、max.chr8.80804237-80804301、n4bp3、ncor2、nfatc1_a、nfatc1_b、nkx2-6、nr2f6、osm、palld_c、pik3cd、prkar1b、rad52、stx16_a、suclg2、tnfrsf1b、tnfrsf4、zdhhc18和znf671_a(参见表9，实施例1)。
17、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分透明细胞ec组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
18、●dido1_a、ndrg4、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、emx2os、sept9_b、nbpf8、eef1a2、aim1_a、bmp4_b、max.chr8.145103829-145103992、obscn、pycard、gdf6、mdfi_b、miat_a、scl8a3、znf323_a、sqstm1、aff3、c1orf70、gdf7_a、jsrp1_a、lrrc8d_a、fev和max.chr8.145104263-145104422(参见表4，实施例1)；
19、●znf323_a、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、dido1_a、mdfi_b、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、sept9_b和stx16_a(参见表11，实施例1)；
20、●sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、mdfi_b、gdf7_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2os、lrrc34、nbpf8、sept9_b、eef1a2、lrrc41_c、vill和mpz_a(参见表16，实施例1)；以及
21、●max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和obscn_b(参见表25，实施例3)。
22、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下标志物和/或标志物组，用于检测血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)中的透明细胞ec：
23、●sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、mdfi_b、dll4、gdf7_a、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2、mmp23b、emx2os、max.chr17.73073716-73073814、nbpf8、sept9_b、loc440925_a、stx16_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c和nfic。
24、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分癌肉瘤ec组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
25、●emx2os、dido1_a、sbno2、amigo3_a、pcolce、cldn7、cyth2、obscn_a、ahsa2、dll4、emx2、max.chr14.74100620-74100870、lrrc4、ppp2r5c_a、sqstm1、max.chr17.73073716-73073814、cyp11a1、acoxl_a和aim1_b(参见表5，实施例1)；
26、●emx2os和lrrc34(参见表13，实施例1)；
27、●znf506、znf90、max.chr8.145103829-145103992、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和vill(参见表18，实施例1)；以及
28、●trh、max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和st3gal2_b(参见表25，实施例3)。
29、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下标志物和/或标志物组，用于检测血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)中的癌肉瘤ec：
30、●sfmbt2_b、smtn、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、dll4、max.chr10.22624479-22624553、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、emx2os、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic和vill(参见表13，实施例1)。
31、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分浆液性ec组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
32、●emx2os、kank1、c1orf70_b、amigo3_a、dido1_a、lrrc41_c、nfic、fkbp11_a、c17orf107_a、smtn、lrrc41_b、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr7.104624356-104624730、miat_b(参见表7，实施例1)；
33、●max.chr7.104624356-104624730、emx2os和lrrc41_c(参见表12，实施例1)；
34、●max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、emx2os、lrrc41_c和vill(参见表17，实施例1)；以及
35、●emx2os和lrrc41_d(参见表25，实施例3)。
36、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下标志物和/或标志物组，用于检测血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)中的浆液性ec：
37、●sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、cyp11a1、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、gdgf6、dll4、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、miat_b、kank1、emx2os、nbpf8、loc440925_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c、nfic、vill、mpz_a(参见表12，实施例1)。
38、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分子宫内膜样ec组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
39、●max.chr10.130339363-130339534、sfmbt2_c、cyth2、slc6a3、vill、emx2os、max.chr10.22624479-22624553、gdf6、znf90、znf506、jsrp1_a、c5orf52、sfmbt2_b、nbpf8、rhbdl1_a、dido1_a、kank1和gata2_b(参见表6，实施例1)；
40、●max.chr8.145103829-145103992、cyth2、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、sbno2、nbpf8和vill(参见表14，实施例1)；以及
41、●sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表19，实施例1)。
42、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下标志物和/或标志物组，用于检测血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)中的子宫内膜样ec：
43、●sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、dll4、max.chr10.22624479-22624553、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、kank1、sbno2、c5orf52、emx2o6、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic、vill和mpz_a(参见表14，实施例1)。
44、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分子宫内膜样ec 1级组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
45、●tspyl5、trh、jam3、fam19a5、ptgdr、sfmbt2_e、jsrp1_b和arl5c(参见表26，实施例3)。
46、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分子宫内膜样ec 2级组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
47、●tspyl5、mpz_b、trh、cntn4、fam19a5、glt1d1、ryr2_f、ptgdr、emx2os、max.chr10:22624470-22624553、spdya_b、sfmbt2_e和jsrp1_b(参见表26，实施例3)。
48、从这499种新的dna甲基化标志物中，进一步的实验鉴定了以下能够区分子宫内膜样ec 3级组织与良性子宫内膜组织的标志物和/或标志物组：
49、●tspyl5、mpz_b、trh和ptgdr(参见表26，实施例3)。
50、如本文所述，这项技术提供了对ec总体和各种类型ec(例如透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)具有高辨别力的许多甲基化dna标志物和其子集(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种标志物的集合)。实验将选择过滤器应用于候选标志物以鉴定提供高信噪比和低背景水平，从而为ec筛查或诊断提供高特异性的标志物。
51、在一些实施方案中，这项技术涉及评估生物样品(例如子宫内膜组织样品、血液样品)中本文鉴定的一种或多种标志物的存在和甲基化状态。这些标志物包含如本文所讨论，例如，如表1、8和22中提供的一个或多个差异甲基化区域(dmr)。在这项技术的实施方案中评估甲基化状态。因此，在测量基因甲基化状态的方法中不限制本文提供的技术。例如，在一些实施方案中，通过基因组扫描方法测量甲基化状态。例如，一种方法涉及限制性界标基因组扫描(kawai等人(1994)mol.cell.biol.14:7421-7427)并且另一实例涉及甲基化敏感性随机引物pcr(gonzalgo等人(1997)cancer res.57:594-599)。在一些实施方案中，特定cpg位点处甲基化模式的变化通过用甲基化敏感性限制酶消化基因组dna，随后对感兴趣区域进行dna分析(southern analysis)(消化-dna法)来监测。在一些实施方案中，分析甲基化模式的变化涉及基于pcr的方法，所述方法涉及在pcr扩增之前用甲基化敏感性限制酶或甲基化依赖性限制酶消化基因组dna(singer-sam等人(1990)nucl.acids res.18:687)。此外，已报告利用亚硫酸氢盐处理dna作为甲基化分析的起点的其它技术。这些包括甲基化特异性pcr(msp)(herman等人(1992)proc.natl.acad.sci.usa 93:9821-9826)和从亚硫酸氢盐转化的dna扩增的pcr产物的限制酶消化(sadri和hornsby(1996)nucl.acids res.24:5058-5059；以及xiong和laird(1997)nucl.acids res.25:2532-2534)。已开发pcr技术用于检测基因突变(kuppuswamy等人(1991)proc.natl.acad.sci.usa 88:1143-1147)和定量等位基因特异性表达(szabo和mann(1995)genes dev.9:3097-3108；以及singer-sam等人(1992)pcr methods appl.1:160-163)。这类技术使用内部引物，其与pcr生成的模板退火并紧邻待测定的单个核苷酸的5'端终止。如美国专利no.7,037,650中所述的使用“定量ms-snupe测定”的方法用于一些实施方案中。
52、在评估甲基化状态时，甲基化状态通常表示为在特定位点(例如，在单个核苷酸、特定区域或基因座、更长的感兴趣序列，例如，高达约100-bp、200-bp、500-bp、1000-bp的dna子序列或更长序列)处甲基化的单个dna链相对于包含该特定位点的样品中的dna总群体的分数或百分比。传统上，未甲基化核酸的量是通过pcr使用校准器来确定。然后，用亚硫酸氢盐处理已知量的dna，并使用实时pcr或其它指数扩增，例如quarts测定(例如，由美国专利no.8,361,720以及美国专利申请公布no.2012/0122088和2012/0122106提供，以引用的方式并入本文中)来确定所得到的甲基化特异性序列。
53、例如，在一些实施方案中，方法包括通过使用外部标准来生成未甲基化靶标的标准曲线。标准曲线由至少两个点构建，并将未甲基化dna的实时ct值与已知的定量标准相关联。然后，由至少两个点和外部标准构建甲基化靶标的第二条标准曲线。这个第二条标准曲线将甲基化dna的ct与已知的定量标准相关联。接着，确定甲基化和未甲基化群体的测试样品ct值，并根据前两个步骤产生的标准曲线计算dna的基因组当量。感兴趣位点处的甲基化百分比由甲基化dna的量相对于群体中dna的总量计算，例如(甲基化dna的数目)/(甲基化dna的数目+未甲基化dna的数目)×100。
54、本文还提供了用于实施所述方法的组合物和试剂盒。例如，在一些实施方案中，对一种或多种标志物具有特异性的试剂(例如，引物、探针)单独或成组提供(例如，用于扩增多个标志物的引物对组)。还可提供用于进行检测测定的额外试剂(例如，用于进行quarts、pcr、测序、亚硫酸氢盐或其它测定的酶、缓冲液、阳性和阴性对照)。在一些实施方案中，试剂盒含有能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)。在一些实施方案中，提供了含有一种或多种对于实施方法而言必需的、足够的或有用的试剂的试剂盒。还提供了含有试剂的反应混合物。还提供了含有多种试剂的预混试剂组，这些试剂可以相互添加和/或添加至测试样品中以完善反应混合物。
55、在一些实施方案中，本文所述的技术与可编程机器相关联，该可编程机器被设计用于执行由本文所述的方法提供的一系列算术或逻辑运算。例如，这项技术的一些实施方案与计算机软件和/或计算机硬件相关联(例如，在其中执行)。在一个方面，这项技术涉及一种计算机，该计算机包括一种形式的存储器、用于执行算术和逻辑运算的元件以及用于执行一系列指令(例如，本文提供的方法)以读取、操作和存储数据的处理元件(例如，微处理器)。在一些实施方案中，微处理器是系统的一部分，用于：确定甲基化状态(例如，一种或多种dmr，例如表1、8和22中提供的dmr 1-499)；比较甲基化状态(例如，一种或多种dmr，例如表1、8和22中提供的dmr 1-499)；生成标准曲线；确定ct值；计算甲基化的分数、频率或百分比(例如，一种或多种dmr，例如表1、8和22中提供的dmr 1-499)；鉴定cpg岛；确定测定或标志物的特异性和/或灵敏度；计算roc曲线和相关的auc；序列分析；皆如本文所述或本领域已知。
56、在一些实施方案中，微处理器或计算机在算法中使用甲基化状态数据来预测癌症部位。
57、在一些实施方案中，软件或硬件组件接收多个测定的结果并基于多个测定的结果确定单个值结果以向用户报告，指示癌症风险(例如，确定如表2、18和27中提供的多个dmr的甲基化状态)。相关实施方案基于来自多个测定的结果的数学组合(例如加权组合、线性组合)计算风险因子，例如确定多个标志物(例如，如表1、8和22中提供的多个dmr)的甲基化状态。在一些实施方案中，dmr的甲基化状态定义了一个维度并且可以在多维空间中具有值并且由多个dmr的甲基化状态定义的坐标是例如向用户报告的结果，例如与癌症相关风险。
58、一些实施方案包含存储媒体和存储器组件。存储器组件(例如，易失性和/或非易失性存储器)可用于存储指令(例如，如本文提供的方法的实施方案)和/或数据(例如工件，例如甲基化测量、序列和与之相关的统计描述)。一些实施方案涉及还包括cpu、图形卡和用户界面(例如，包括例如显示器的输出装置和例如键盘的输入装置)中的一个或多个的系统。
59、与这项技术相关的可编程机器包括常规的现存技术和正在开发或有待开发的技术(例如，量子计算机、化学计算机、dna计算机、光学计算机、基于自旋电子学的计算机等)。
60、在一些实施方案中，这项技术包含用于传输数据的有线(例如，金属电缆、光纤)或无线传输媒体。例如，一些实施方案涉及通过网络(例如，局域网(lan)、广域网(wan)、自组织网络、互联网等)进行数据传输。在一些实施方案中，可编程机器作为对等体存在于这样的网络上，并且在一些实施方案中可编程机器具有客户端/服务器关系。
61、在一些实施方案中，数据存储在例如硬盘、闪存、光学媒体、软盘等计算机可读存储媒体上。
62、在一些实施方案中，本文提供的技术与协同操作以执行如本文所述的方法的多个可编程装置相关联。例如，在一些实施方案中，多台计算机(例如，通过网络连接)可以并行工作以收集和处理数据，例如，在集群计算或网格计算或一些其它依赖于完整计算机(具有板载cpu、存储器、电源、网络接口等)通过常规网络接口(例如以太网、光纤)或无线网络技术连接到网络(私有、公共或互联网)的分布式计算机架构的执行中。
63、例如，一些实施方案提供了一种包括计算机可读媒体的计算机。该实施方案包括耦合到处理器的随机存取存储器(ram)。处理器执行被存储在存储器中的计算机可执行程序指令。这样的处理器可以包括微处理器、asic、状态机或其它处理器，并且可以是多种计算机处理器中的任一种，例如来自santa clara(california)的intel公司和schaumburg(illinois)的motorola公司的处理器。这样的处理器包括或可以与媒体，例如计算机可读媒体通信，所述媒体存储指令，在由处理器执行时，这些指令使处理器执行本文所述的步骤。
64、计算机可读媒体的实施方案包括但不限于能够为处理器提供计算机可读指令的电子、光学、磁性或其它存储或传输装置。合适媒体的其它实例包括但不限于软盘、cd-rom、dvd、磁盘、存储芯片、rom、ram、asic、配置的处理器、所有光学媒体、所有磁带或其它磁性媒体，或计算机处理器可以从中读取指令的任何其它媒体。此外，各种其它形式的计算机可读媒体可以向计算机传输或携带指令，包括路由器、私有或公共网络、或其它有线和无线传输装置或信道。指令可以包含来自任何合适的计算机编程语言的代码，包括例如c、c++、c#、visual basic、java、python、perl和javascript。
65、在一些实施方案中，计算机连接到网络。计算机还可能包括许多外部或内部装置，例如鼠标、cd-rom、dvd、键盘、显示器或其它输入或输出装置。计算机的实例是个人计算机、数字助理、个人数字助理、蜂窝电话、移动电话、智能电话、寻呼机、数字平板电脑、膝上型计算机、互联网设备和其它基于处理器的装置。一般来说，与本文提供的技术的各方面相关的计算机可以是在任何操作系统上操作的任何类型的基于处理器的平台，例如microsoftwindows、linux、unix、mac os x等，能够支持一个或多个包含本文提供的技术的程序。一些实施方案包括执行其它应用程序(例如，应用程序)的个人计算机。应用程序可以含在存储器中并且可以包括例如文字处理应用程序、电子表格应用程序、电子邮件应用程序、即时消息应用程序、演示应用程序、因特网浏览器应用程序、日历/组织器应用程序和任何其它能够由客户端装置执行的应用程序。
66、本文所述的与这项技术相关联的所有这类组件、计算机和系统可以是逻辑的或虚拟的。
67、因此，本文提供了与从受试者获得的样品中筛查ec和/或各种形式的ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的方法相关的技术，所述方法包括测定从受试者获得的样品(例如子宫内膜组织)(例如血液样品)中标志物的甲基化状态，并且当标志物的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的标志物的甲基化状态时，将所述受试者鉴定为患有ec和/或特定形式的ec，其中标志物包含差异甲基化区域(dmr)中的碱基，所述dmr选自由表1、8和22中提供的dmr 1-499组成的组。
68、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有ec：aff3、aim1_a、amigo3_a、bmp4_b、c17orf107_a、c1orf70_b、c5orf52、cldn7、dido1_a、eef1a2、emx2os、fe v、fkbp11_a、gdf6、gdf7_a、jsrp1_a、kctd15_a、klhl21、lrrc8d_a、nbpf8、max.chr10.130339363-130339534、max.chr10.22624479-22624553、max.chr14.103021656-103021718、max.chr8.145103829-145103992、max.chr8.145104263-145104422、mdf i_b、miat_a、mmp23b、ndrg2、obscn_a、pcolce、pycard、sept9_b、slc6a3_a、slc8a3_b、sqstm1、vill、znf302、znf323_a、znf506和znf90(参见表2，实施例1)。
69、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有ec：emx2os、cyth2、c17orf107_a、dido1_a、gdf6、nbpf8、max.chr14.103021656-103021718、jsrp1_a、gata2_b和sfmbt2_b(参见表3，实施例1)。
70、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有ec：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表15，实施例1)。
71、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有ec：emx2os、cyth2、nbpf8、max.chr10.22624479-22624553(参见表20，实施例1)。
72、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有ec：ankrd35、arl5c、arrb1、bcl2l11_a、bcl2l11_b、bcl2l11_c、bzrap1、c16orf54、c17orf101、c6orf132、cacna2d4、dedd2、eps15l1、faim2、fam125b、fam189b、fam78a、foxp4、gypc_a、gypc_b、iffo1_a、iffo1_b、itpka、klf16、limd 2、loc389333、loc440925_a、loc646278、lyl1、lyplal1、max.chr11.32355226-32355251、max.chr14.102172621-102172686、max.chr14.105512122-105512239、max.chr15.95128144-95128248、max.chr16.11327016-11327312、max.chr3.187676577-187676668、max.chr4.174430676-174430847、max.chr8.145900783-145900914、max.chr8.80804237-80804301、n4bp3、ncor2、nfatc1_a、nfatc1_b、nkx2-6、nr2f6、osm、palld_c、pik3cd、prkar1b、rad52、stx16_a、suclg2、tnfrsf1b、tnfrsf 4、zdhhc18和znf671_a(参见表9，实施例1)。
73、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有透明细胞ec：dido1_a、ndrg4、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、emx2os、sept9_b、nbpf8、eef1a2、aim1_a、bmp4_b、max.chr8.145103829-145103992、obscn、pycard、gdf6、mdfi_b、miat_a、scl8a3、znf323_a、sqstm1、aff3、c1orf70、gdf7_a、jsrp1_a、lrrc8d_a、fev和max.chr8.145104263-145104422(参见表4，实施例1)。
74、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有透明细胞ec：znf323_a、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、dido1_a、mdfi_b、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、sept9_b和stx16_a(参见表11，实施例1)。
75、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有透明细胞ec：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、mdfi_b、gdf7_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2os、lrrc34、nbpf8、sept9_b、eef1a2、lrrc41_c、vill和mpz_a(参见表16，实施例1)。
76、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有透明细胞ec：max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和obscn_b(参见表25，实施例3)。
77、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有透明细胞ec：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、mdfi_b、dll4、gdf7_a、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2、mmp23b、emx2os、max.chr17.73073716-73073814、nbpf8、sept9_b、loc440925_a、stx16_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c和nfic。
78、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有癌肉瘤ec：emx2os、dido1_a、sbno2、amigo3_a、pcolce、cldn7、cyth2、obscn_a、ahsa2、dll4、emx2、max.chr14.74100620-74100870、lrrc4、ppp2r5c_a、sqstm1、max.chr17.73073716-73073814、cyp11a1、acoxl_a和aim1_b(参见表5，实施例1)。
79、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有癌肉瘤ec：emx2os和lrrc34(参见表13，实施例1)。
80、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有癌肉瘤ec：znf506、znf90、max.chr8.145103829-145103992、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和vill(参见表18，实施例1)。
81、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有癌肉瘤ec：trh、max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和st3gal2_b(参见表25，实施例3)。
82、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有癌肉瘤ec：sfmbt2_b、smtn、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、dll4、max.chr10.22624479-22624553、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、emx2os、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic和vill(参见表13，实施例1)。
83、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有浆液性ec：emx2os、kank1、c1orf70_b、amigo3_a、dido1_a、lrrc41_c、nfic、fkbp11_a、c17orf107_a、smtn、lrrc41_b、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr7.104624356-104624730、miat_b(参见表7，实施例1)。
84、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有浆液性ec：max.chr7.104624356-104624730、emx2os和lrrc41_c(参见表12，实施例1)。
85、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有浆液性ec：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、emx2os、lrrc41_c和vill(参见表17，实施例1)。
86、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有浆液性ec：emx2os和lrrc41_d(参见表25，实施例3)。
87、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有浆液性ec：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、cyp11a1、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、gdgf6、dll4、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、miat_b、kank1、emx2os、nbpf8、loc440925_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c、nfic、vill、mpz_a(参见表12，实施例1)。
88、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样ec：max.chr10.130339363-130339534、sfmbt2_c、cyth2、slc6a3、vill、emx2os、max.chr10.22624479-22624553、gdf6、znf90、znf506、jsrp1_a、c5orf52、sfmbt2_b、nbpf8、rhbdl1_a、dido1_a、kank1和gata2_b(参见表6，实施例1)。
89、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样ec：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、sbno2、nbpf8和vill(参见表14，实施例1)。
90、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样ec：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表19，实施例1)。
91、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是血液样品(例如，血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品)并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样ec：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、dll4、max.chr10.22624479-22624553、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、kank1、sbno2、c5orf52、emx2o6、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic、vill和mpz_a(参见表14，实施例1)。
92、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样1级ec：tspyl5、trh、jam3、fam19a5、ptgdr、sfmbt2_e、jsrp1_b和arl5c(参见表26，实施例3)。
93、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样2级ec：tspyl5、mpz_b、trh、cntn4、fam19a5、glt1d1、ryr2_f、ptgdr、emx2os、max.chr10:22624470-22624553、spdya_b、sfmbt2_e和jsrp1_b(参见表26，实施例3)。
94、在一些实施方案中，其中从受试者获得的样品是子宫内膜组织并且以下标志物中的一种或多种的甲基化状态不同于在未患ec的受试者中测定的一种或多种标志物的甲基化状态指示所述受试者患有子宫内膜样3级ec：tspyl5、mpz_b、trh和ptgdr(参见表26，实施例3)。
95、这项技术涉及鉴定和区分ec和/或各种形式的ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)。一些实施方案提供了包括测定多种标志物，例如包括测定2种至11种至100种或120种或499种标志物的方法。
96、这项技术不限于所评估的甲基化状态。在一些实施方案中，评估样品中标志物的甲基化状态包括确定一种碱基的甲基化状态。在一些实施方案中，测定样品中标志物的甲基化状态包括确定多种碱基的甲基化程度。此外，在一些实施方案中，标志物的甲基化状态包含相对于标志物的正常甲基化状态增加的标志物甲基化。在一些实施方案中，标志物的甲基化状态包含相对于标志物的正常甲基化状态减少的标志物甲基化。在一些实施方案中，标志物的甲基化状态包含相对于标志物的正常甲基化状态不同的标志物甲基化模式。
97、此外，在一些实施方案中，标志物是100个或更少碱基的区域，标志物是500个或更少碱基的区域，标志物是1000个或更少碱基的区域，标志物是5000个或更少碱基的区域，或在一些实施方案中，标志物是一个碱基。在一些实施方案中，标志物在高cpg密度启动子中。
98、这项技术不受样品类型的限制。例如，在一些实施方案中，样品是粪便样品、组织样品(例如子宫内膜组织样品)、血液样品(例如血浆、白细胞、血清、全血)、排泄物或尿液样品。
99、此外，在用于确定甲基化状态的方法中不限制这项技术。在一些实施方案中，分析包括使用甲基化特异性聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或靶标捕获。在一些实施方案中，测定包括使用甲基化特异性寡核苷酸。在一些实施方案中，这项技术使用大规模平行测序(例如，下一代测序)来确定甲基化状态，例如，边合成边测序、实时(例如，单分子)测序、珠乳液测序(bead emulsion sequencing)、纳米孔测序等。
100、这项技术提供了用于检测dmr的试剂，例如，在一些实施方案中提供了一组寡核苷酸，其包含由seq id no：1-499提供的序列(参见表1、8和22)。在一些实施方案中，提供了包含与在dmr中具有碱基的染色体区域互补的序列的寡核苷酸，例如对dmr的甲基化状态敏感的寡核苷酸。
101、这项技术提供了用于鉴定ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：aff3、aim1_a、amigo3_a、bmp4_b、c17orf107_a、c1orf70_b、c5orf52、cldn7、dido1_a、eef1a2、emx2os、fev、fkbp11_a、gdf6、gdf7_a、jsrp1_a、kctd15_a、klhl21、lrrc8d_a、nbpf8、max.chr10.130339363-130339534、max.chr10.22624479-22624553、max.chr14.103021656-103021718、max.chr8.145103829-145103992、max.chr8.145104263-145104422、mdfi_b、miat_a、mmp23b、ndrg2、obscn_a、pcolce、pycard、sept9_b、slc6a3_a、slc8a3_b、sqstm1、vill、znf302、znf323_a、znf506和znf90(参见表2，实施例1)。
102、这项技术提供了用于鉴定ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os、cyth2、c17orf107_a、dido1_a、gdf6、nbpf8、max.chr14.103021656-103021718、jsrp1_a、gata2_b和sfmbt2_b(参见表3，实施例1)。
103、这项技术提供了用于鉴定ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表15，实施例1)。
104、这项技术提供了用于鉴定ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os、cyth2、nbpf8、max.chr10.22624479-22624553(参见表20，实施例1)。
105、这项技术提供了用于鉴定ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：ankrd35、arl5c、arrb1、bcl2l11_a、bcl2l11_b、bcl2l11_c、bzrap1、c16orf54、c17orf101、c6orf132、cacna2d4、dedd2、eps15l1、faim2、fam125b、fam189b、fam78a、foxp4、gypc_a、gypc_b、iffo1_a、iffo1_b、itpka、klf16、limd2、loc389333、loc440925_a、loc646278、lyl1、lyplal1、max.chr11.32355226-32355251、max.chr14.102172621-102172686、max.chr14.105512122-105512239、max.chr15.95128144-95128248、max.chr16.11327016-11327312、max.chr3.187676577-187676668、max.chr4.174430676-174430847、max.chr8.145900783-145900914、max.chr8.80804237-80804301、n4bp3、ncor2、nfatc1_a、nfatc1_b、nkx2-6、nr2f6、osm、palld_c、pik3cd、prkar1b、rad52、stx16_a、suclg2、tnfrsf1b、tnfrsf4、zdhhc18和znf671_a(参见表9，实施例1)。
106、这项技术提供了用于鉴定透明细胞ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：dido1_a、ndrg4、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、emx2os、sept9_b、nbpf8、eef1a2、aim1_a、bmp4_b、max.chr8.145103829-145103992、obscn、pycard、gdf6、mdfi_b、miat_a、scl8a3、znf323_a、sqstm1、aff3、c1orf70、gdf7_a、jsrp1_a、lrrc8d_a、fev和max.chr8.145104263-145104422(参见表4，实施例1)。
107、这项技术提供了用于鉴定透明细胞ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：znf323_a、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、dido1_a、mdfi_b、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、sept9_b和stx16_a(参见表11，实施例1)。
108、这项技术提供了用于鉴定透明细胞ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、mdfi_b、gdf7_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2os、lrrc34、nbpf8、sept9_b、eef1a2、lrrc41_c、vill和mpz_a(参见表16，实施例1)。
109、这项技术提供了用于鉴定透明细胞ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和obscn_b(参见表25，实施例3)。
110、这项技术提供了用于鉴定透明细胞ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、mdfi_b、dll4、gdf7_a、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2、mmp23b、emx2os、max.chr17.73073716-73073814、nbpf8、sept9_b、loc440925_a、stx16_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c和nfic(参见表11，实施例1)。
111、这项技术提供了用于鉴定癌肉瘤ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os、dido1_a、sbno2、amigo3_a、pcolce、cldn7、cyth2、obscn_a、ahsa2、dll4、emx2、max.chr14.74100620-74100870、lrrc4、ppp2r5c_a、sqstm1、max.chr17.73073716-73073814、cyp11a1、acoxl_a和aim1_b(参见表5，实施例1)。
112、这项技术提供了用于鉴定癌肉瘤ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os和lrrc34(参见表13，实施例1)。
113、这项技术提供了用于鉴定癌肉瘤ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：znf506、znf90、max.chr8.145103829-145103992、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和vill(参见表18，实施例1)。
114、这项技术提供了用于鉴定癌肉瘤ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：trh、max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和st3gal2_b(参见表25，实施例3)。
115、这项技术提供了用于鉴定癌肉瘤ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、smtn、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、dll4、max.chr10.22624479-22624553、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、emx2os、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic和vill(参见表13，实施例1)。
116、这项技术提供了用于鉴定浆液性ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os、kank1、c1orf70_b、amigo3_a、dido1_a、lrrc41_c、nfic、fkbp11_a、c17orf107_a、smtn、lrrc41_b、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr7.104624356-104624730、miat_b(参见表7，实施例1)。
117、这项技术提供了用于鉴定浆液性ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：max.chr7.104624356-104624730、emx2os和lrrc41_c(参见表12，实施例1)。
118、这项技术提供了用于鉴定浆液性ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、emx2os、lrrc41_c和vill(参见表17，实施例1)。
119、这项技术提供了用于鉴定浆液性ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：emx2os和lrrc41_d(参见表25，实施例3)。
120、这项技术提供了用于鉴定浆液性ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、cyp11a1、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、gdgf6、dll4、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、miat_b、kank1、emx2os、nbpf8、loc440925_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c、nfic、vill、mpz_a(参见表12，实施例1)。
121、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：max.chr10.130339363-130339534、sfmbt2_c、cyth2、slc6a3、vill、emx2os、max.chr10.22624479-22624553、gdf6、znf90、znf506、jsrp1_a、c5orf52、sfmbt2_b、nbpf8、rhbdl1_a、dido1_a、kank1和gata2_b(参见表6，实施例1)。
122、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、sbno2、nbpf8和vill(参见表14，实施例1)。
123、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表19，实施例1)。
124、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、dll4、max.chr10.22624479-22624553、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、kank1、sbno2、c5orf52、emx2o6、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic、vill和mpz_a(参见表14，实施例1)。
125、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样1级ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：tspyl5、trh、jam3、fam19a5、ptgdr、sfmbt2_e、jsrp1_b和arl5c(参见表26，实施例3)。
126、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样2级ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：tspyl5、mpz_b、trh、cntn4、fam19a5、glt1d1、ryr2_f、ptgdr、emx2os、max.chr10:22624470-22624553、spdya_b、sfmbt2_e和jsrp1_b(参见表26，实施例3)。
127、这项技术提供了用于鉴定子宫内膜样3级ec的各种标志物组，例如，在一些实施方案中，标志物包含具有如下注释的染色体区域：tspyl5、mpz_b、trh和ptgdr(参见表26，实施例3)。
128、提供了试剂盒实施方案，例如一种试剂盒，所述试剂盒包括能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)；以及对照核酸，所述对照核酸包含来自选自由dmr 1-499(来自表1、8和22)组成的组的dmr的序列并且具有与未患ec的受试者相关的甲基化状态。在一些实施方案中，试剂盒包括亚硫酸氢盐试剂和如本文所述的寡核苷酸。在一些实施方案中，试剂盒包括能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)；以及对照核酸，所述对照核酸包含来自选自由dmr 1-499(来自表1、8和22)组成的组的dmr的序列并且具有与患有ec的受试者相关的甲基化状态。一些试剂盒实施例包括用于从受试者获得样品(例如，粪便样品；子宫内膜组织样品；血液样品)的样品收集器；能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)；以及如本文所述的寡核苷酸。
129、这项技术涉及组合物(例如，反应混合物)的实施方案。在一些实施方案中，提供了一种组合物，所述组合物包含：包含dmr的核酸，以及能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)。一些实施方案提供包含核酸的组合物，所述核酸包含dmr和如本文所述的寡核苷酸。一些实施方案提供包含核酸的组合物，所述核酸包含dmr和甲基化敏感性限制酶。一些实施方案提供包含核酸的组合物，所述核酸包含dmr和聚合酶。
130、提供了额外的相关方法实施方案，用于筛查从受试者获得的样品(例如，子宫内膜组织样品；血液样品；粪便样品)中的ec和/或各种形式的ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)，例如一种方法，所述方法包括确定样品中的标志物的甲基化状态，所述标志物包含如dmr 1-499(来自表1、8和22)中的一个或多个的dmr中的碱基；将来自受试者样品的标志物的甲基化状态与来自未患ec(例如，ec、透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的受试者的正常对照样品的标志物的甲基化状态进行比较；以及确定受试样品和正常对照样品的甲基化状态差异的置信区间和/或p值。在一些实施方案中，置信区间为90％、95％、97.5％、98％、99％、99.5％、99.9％或99.99％，并且p值为0.1、0.05、0.025、0.02、0.01、0.005、0.001或0.0001。方法的一些实施方案提供了使包含dmr的核酸与能够以甲基化特异性方式修饰核酸的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)反应的步骤，以产生例如以甲基化特异性方式修饰的核酸；对以甲基化特异性方式修饰的核酸进行测序，以提供以甲基化特异性方式修饰的核酸的核苷酸序列；将以甲基化特异性方式修饰的核酸的核苷酸序列与来自未患ec和/或一种形式的ec的受试者的包含dmr的核酸的核苷酸序列进行比较，以鉴定这两个序列的差异；以及当存在差异时，将受试者鉴定为患有ec(例如，ec和/或一种形式的ec：透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)。
131、这项技术提供了用于筛查从受试者获得的样品中的ec的系统。系统的示例性实施方案包括例如用于筛查从受试者获得的样品(例如子宫内膜组织样品；血浆样品；粪便样品)中的ec和/或和/或ec类型(例如透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的系统，该系统包括：分析组件，所述分析组件被配置用于确定样品的甲基化状态；软件组件，所述软件组件被配置用于将样品的甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态进行比较；以及警报组件，所述警报组件被配置用于向用户发出关于ec相关的甲基化状态的警报。在一些实施方案中，警报由软件组件确定，所述软件组件接收多个测定的结果(例如，确定多种标志物，如例如表1、8和22中提供的dmr的甲基化状态)并基于多个结果计算值或结果以进行报告。一些实施例提供与本文提供的每个dmr相关联的加权参数的数据库，用于计算值或结果和/或警报以向用户(例如，如医师、护士、临床医生等)报告。在一些实施方案中，报告了来自多个测定的所有结果，并且在一些实施方案中，一个或多个结果用于提供评分、值或结果，所述评分、值或结果基于来自多个测定的一个或多个结果的复合物，其指示受试者中的癌症风险。
132、在系统的一些实施方案中，样品包含含有dmr的核酸。在一些实施方案中，该系统还包括用于分离核酸的组件、用于收集样品的组件，例如用于收集粪便样品的组件。在一些实施方案中，系统包含含有dmr的核酸序列。在一些实施方案中，数据库包含来自未患ec和/或特定类型ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的受试者的核酸序列。还提供了核酸，例如一组核酸，每个核酸具有包含dmr的序列。在一些实施方案中，该组核酸中每个核酸具有来自未患ec和/或特定类型ec的受试者的序列。相关系统实施方案包括如所述的一组核酸和与该组核酸相关的核酸序列数据库。一些实施方案还包括能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)。并且，一些实施方案还包括核酸测序仪。
133、在某些实施方案中，提供了用于表征来自人类患者的样品(例如，子宫内膜组织样品；血液样品；粪便样品)的方法。例如，在一些实施方案中，这类实施方案包括从人类患者的样品获得dna；测定dna甲基化标志物的甲基化状态，所述dna甲基化标志物包含选自由表1、8和22的dmr 1-499组成的组的差异甲基化区域(dmr)中的碱基；以及将一种或多种dna甲基化标志物的所测定的甲基化状态与未患ec和/或特定类型ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec，浆液性ec)的人类患者的一种或多种dna甲基化标志物的甲基化水平参考进行比较。
134、这类方法不限于来自人类患者的特定类型的样品。在一些实施方案中，样品是子宫内膜组织样品。在一些实施方案中，样品是血浆样品。在一些实施方案中，样品是粪便样品、组织样品、子宫内膜组织样品、血液样品(例如白细胞样品、血浆样品、全血样品、血清样品)或尿液样品。
135、在一些实施方案中，这类方法包括测定多种dna甲基化标志物。在一些实施方案中，这类方法包括测定2至11种dna甲基化标志物。在一些实施方案中，这类方法包括测定12至120种dna甲基化标志物。在一些实施方案中，这类方法包括测定2至499种dna甲基化标志物。在一些实施方案中，这类方法包括测定样品中的一种或多种dna甲基化标志物的甲基化状态，包括确定一种碱基的甲基化状态。在一些实施方案中，这类方法包括测定样品中的一种或多种dna甲基化标志物的甲基化状态，包括确定多种碱基处的甲基化程度。在一些实施方案中，这类方法包括测定正向链的甲基化状态或测定反向链的甲基化状态。
136、在一些实施方案中，dna甲基化标志物是100个或更少碱基的区域。在一些实施方案中，dna甲基化标志物是500个或更少碱基的区域。在一些实施方案中，dna甲基化标志物是1000个或更少碱基的区域。在一些实施方案中，dna甲基化标志物是5000个或更少碱基的区域。在一些实施方案中，dna甲基化标志物是一个碱基。在一些实施方案中，dna甲基化标志物在高cpg密度启动子中。
137、在一些实施方案中，分析包括使用甲基化特异性聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或靶标捕获。
138、在一些实施方案中，测定包括使用甲基化特异性寡核苷酸。在一些实施方案中，甲基化特异性寡核苷酸选自由seq id no:1-499(表1、8和22)组成的组。
139、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：aff3、aim1_a、amigo3_a、bmp4_b、c17orf107_a、c1orf70_b、c5orf52、cldn7、dido1_a、eef1a2、emx2os、fev、fkbp11_a、gdf6、gdf7_a、jsrp1_a、kctd15_a、klhl21、lrrc8d_a、nbpf8、max.chr10.130339363-130339534、max.chr10.22624479-22624553、max.chr14.103021656-103021718、max.chr8.145103829-145103992、max.chr8.145104263-145104422、mdfi_b、miat_a、mmp23b、ndrg2、obscn_a、pcolce、pycard、sept9_b、slc6a3_a、slc8a3_b、sqstm1、vill、znf302、znf323_a、znf506和znf90(参见表2，实施例1)。
140、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os、cyth2、c17orf107_a、dido1_a、gdf6、nbpf8、max.chr14.103021656-103021718、jsrp1_a、gata2_b和sfmbt2_b(参见表3，实施例1)。
141、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表15，实施例1)。
142、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os、cyth2、nbpf8、max.chr10.22624479-22624553(参见表20，实施例1)。
143、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：ankrd35、arl5c、arrb1、bcl2l11_a、bcl2l11_b、bcl2l11_c、bzrap1、c16orf54、c17orf101、c6orf132、cacna2d4、dedd2、eps15l1、faim2、fam125b、fam189b、fam78a、foxp4、gypc_a、gypc_b、iffo1_a、iffo1_b、itpka、klf16、limd2、loc389333、loc440925_a、loc646278、lyl1、lyplal1、max.chr11.32355226-32355251、max.chr14.102172621-102172686、max.chr14.105512122-105512239、max.chr15.95128144-95128248、max.chr16.11327016-11327312、max.chr3.187676577-187676668、max.chr4.174430676-174430847、max.chr8.145900783-145900914、max.chr8.80804237-80804301、n4bp3、ncor2、nfatc1_a、nfatc1_b、nkx2-6、nr2f6、osm、palld_c、pik3cd、prkar1b、rad52、stx16_a、suclg2、tnfrsf1b、tnfrsf4、zdhhc18和znf671_a(参见表9，实施例1)。
144、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：dido1_a、ndrg4、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、emx2os、sept9_b、nbpf8、eef1a2、aim1_a、bmp4_b、max.chr8.145103829-145103992、obscn、pycard、gdf6、mdfi_b、miat_a、scl8a3、znf323_a、sqstm1、aff3、c1orf70、gdf7_a、jsrp1_a、lrrc8d_a、fev和max.chr8.145104263-145104422(参见表4，实施例1)。
145、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：znf323_a、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、dido1_a、mdfi_b、max.chr14.103021656-103021718、mmp23b、sept9_b和stx16_a(参见表11，实施例1)。
146、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、mdfi_b、gdf7_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2os、lrrc34、nbpf8、sept9_b、eef1a2、lrrc41_c、vill和mpz_a (参见表16，实施例1)。
147、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和obscn_b(参见表25，实施例3)。
148、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、sqstm1、znf323_a、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、ndrg2、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、mdfi_b、dll4、gdf7_a、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、emx2、mmp23b、emx2os、max.chr17.73073716-73073814、nbpf8、sept9_b、loc440925_a、stx16_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c和nfic(参见表11，实施例1)。
149、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os、dido1_a、sbno2、amigo3_a、pcolce、cldn7、cyth2、obscn_a、ahsa2、dll4、emx2、max.chr14.74100620-74100870、lrrc4、ppp2r5c_a、sqstm1、max.chr17.73073716-73073814、cyp11a1、acoxl_a和aim1_b(参见表5，实施例1)。
150、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os和lrrc34(参见表13，实施例1)。
151、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：znf506、znf90、max.chr8.145103829-145103992、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和vill(参见表18，实施例1)。
152、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：trh、max.chr7:104624386-104624529、emx2os、dido1_b和st3gal2_b(参见表25，实施例3)。
153、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、smtn、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、cyp11a1、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、dido1_a、gdf6、dll4、max.chr10.22624479-22624553、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、emx2os、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic和vill(参见表13，实施例1)。
154、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os、kank1、c1orf70_b、amigo3_a、dido1_a、lrrc41_c、nfic、fkbp11_a、c17orf107_a、smtn、lrrc41_b、lrrc8d_a、obscn_a、max.chr7.104624356-104624730、miat_b(参见表7，实施例1)。
155、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：max.chr7.104624356-104624730、emx2os和lrrc41_c(参见表12，实施例1)。
156、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、lrrc8d_a、obscn_a、dido1_a、emx2os、lrrc41_c和vill(参见表17，实施例1)。
157、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：emx2os和lrrc41_d(参见表25，实施例3)。
158、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf90、cldn7、lrrc41_b、max.chr7.104624356-104624730、cyp11a1、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、gdgf6、dll4、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、miat_b、kank1、emx2os、nbpf8、loc440925_a、itpka、eef1a2、fev、lrrc41_c、nfic、vill、mpz_a(参见表12，实施例1)。
159、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：max.chr10.130339363-130339534、sfmbt2_c、cyth2、slc6a3、vill、emx2os、max.chr10.22624479-22624553、gdf6、znf90、znf506、jsrp1_a、c5orf52、sfmbt2_b、nbpf8、rhbdl1_a、dido1_a、kank1和gata2_b(参见表6，实施例1)。
160、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：max.chr8.145103829-145103992、cyth2、dido1_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、sbno2、nbpf8和vill(参见表14，实施例1)。
161、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、znf90、max.chr8.145103829-145103992、cyth2、max.chr8.145104263-145104422、obscn_a、max.chr10.22624479-22624553、jsrp1_a、emx2os、nbpf8和mpz_a(参见表19，实施例1)。
162、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：sfmbt2_b、smtn、sqstm1、znf506、znf90、cldn7、lrrc41_b、fkbp11_a、max.chr8.145103829-145103992、ahsa2、cyth2、gata2_b、lrrc8d_a、max.chr8.145104263-145104422、dido1_a、gdf6、max.chr10.130339363-130339534、dll4、max.chr10.22624479-22624553、miat_a、pycard、bmp4_b、jsrp1_a、max.chr14.103021656-103021718、miat_b、kank1、sbno2、c5orf52、emx2o6、lrrc34、nbpf8、loc440925_a、itpka、nfic、vill和mpz_a(参见表14，实施例1)。
163、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：tspyl5、trh、jam3、fam19a5、ptgdr、sfmbt2_e、jsrp1_b和arl5c(参见表26，实施例3)。
164、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：tspyl5、mpz_b、trh、cntn4、fam19a5、glt1d1、ryr2_f、ptgdr、emx2os、max.chr10:22624470-22624553、spdya_b、sfmbt2_e和jsrp1_b(参见表26，实施例3)。
165、在一些实施方案中，具有选自由以下组成的组的注释的染色体区域构成dna甲基化标志物：tspyl5、mpz_b、trh和ptgdr(参见表26，实施例3)。
166、在一些实施方案中，这类方法包括确定两种dna甲基化标志物的甲基化状态。在一些实施方案中，这类方法包括确定在表1、8和/或22的一行中提供的一对dna甲基化标志物的甲基化状态。
167、在某些实施方案中，这项技术提供了用于表征从人类患者获得的样品(例如，子宫内膜组织样品；白细胞样品；血浆样品；全血样品；血清样品；粪便样品)的方法。这类方法包括确定样品中的dna甲基化标志物的甲基化状态，所述dna甲基化标志物包含选自由表1、8或22的dmr 1-499组成的组的dmr中的碱基；将来自患者样品的dna甲基化标志物的甲基化状态与来自未患ec和/或特定形式ec(例如，透明细胞ec、癌肉瘤ec、子宫内膜样ec、浆液性ec)的人类受试者的正常对照样品的dna甲基化标志物的甲基化状态进行比较；以及确定人类患者和正常对照样品的甲基化状态差异的置信区间和/或p值。在一些实施方案中，置信区间为90％、95％、97.5％、98％、99％、99.5％、99.9％或99.99％，并且p值为0.1、0.05、0.025、0.02、0.01、0.005、0.001或0.0001。
168、在某些实施方案中，这项技术提供了用于表征从人类受试者获得的样品(例如，子宫内膜组织样品；白细胞样品；血浆样品；全血样品；血清样品；粪便样品)的方法，所述方法包括使包含dmr的核酸与能够以甲基化特异性方式修饰dna的试剂(例如，甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂)反应，以产生以甲基化特异性方式修饰的核酸；对以甲基化特异性方式修饰的核酸进行测序，以提供以甲基化特异性方式修饰的核酸的核苷酸序列；将以甲基化特异性方式修饰的核酸的核苷酸序列与来自未患ec的受试者的包含dmr的核酸的核苷酸序列进行比较，以鉴定这两个序列的差异。
169、在某些实施方案中，这项技术提供了用于表征从人类受试者获得的样品(例如，子宫内膜组织样品；血浆样品；粪便样品)的系统，所述系统包括：分析组件，所述分析组件被配置用于确定样品的甲基化状态；软件组件，所述软件组件被配置用于将样品的甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态进行比较；以及警报组件，所述警报组件被配置用于基于甲基化状态的组合确定单个值并向用户发出关于ec相关的甲基化状态的警报。在一些实施方案中，样品包含含有dmr的核酸。
170、在一些实施方案中，这类系统还包括用于分离核酸的组件。在一些实施方案中，这类系统还包括用于收集样品的组件。
171、在一些实施方案中，样品是粪便样品、组织样品、子宫内膜组织样品、血液样品(例如血浆样品、白细胞样品、全血样品、血清样品)或尿液样品。
172、在一些实施方案中，数据库包含含有dmr的核酸序列。在一些实施方案中，数据库包含来自未患ec的受试者的核酸序列。
173、基于本文所含的教导内容，额外实施方法对于相关领域的技术人员来说将是显而易见的。