感染的早期诊断的制作方法

在本发明的一些实施方案中，本发明涉及与细菌和病毒感染相关的特征和决定子(determinant)的鉴定。更具体地，发现蛋白质trail在症状发作后不超过两天进行分析时是特别准确的决定子。抗生素是世界上最常用的一类处方药物，具有250-300亿美元的全球市场。抗生素也是世界上滥用最多的药物，其中占全部药物的很大一部分(40-70％)被错误地开具处方。一种类型的抗生素滥用是在非细菌性疾病(诸如病毒感染)的情况下施用药物，其中抗生素是无效的。例如，根据美国疾病控制与预防中心cdc的数据，在美国每年有超过6000万个错误的抗生素处方用于治疗流感。抗生素处方过量的保健和经济后果包括：(i)全球不必要开具的抗生素成本，估计每年超过100亿美元；(ii)因不必要的抗生素治疗而产生的副作用，其降低了保健质量，引起并发症和延长的住院治疗(例如过敏反应，抗生素相关性腹泻，肠道酵母等)和(iii)因过度使用而出现的细菌耐药菌株。微生物病原体对抗生素的抗性正在世界范围内以增速增加(“cdc-getsmart:fastfactsaboutantibioticresistance”2013；“europeansurveillanceofantimicrobialconsumptionnetwork(esac-net)”2014；“cdc-aboutantimicrobialresistance”2013；“threatreport2013|antimicrobialresistance|cdc”2013)，并具有与抗生素抗性病原体引起的感染相关的发病率和死亡率的同时增加(“threatreport2013|antimicrobialresistance|cdc”2013)。仅在美国，每年至少有200万人感染抗生素抗性细菌，并且这些感染直接造成至少23,000人死亡(“threatreport2013|antimicrobialresistance|cdc”2013)。在欧盟，估计每年有400,000名患者出现耐药细菌菌株，其中有25,000名患者死亡(“whoeurope-dataandstatistics”2014)。因此，世界卫生组织警告，治疗覆盖将在10年内不足，使世界面临进入“抗生素后时代”的风险，其中抗生素将不再有效对抗传染性疾病(“who|antimicrobialresistance”2013)。cdc将这一现象视为“在21世纪世界上最紧迫的健康问题之一”(“cdc-aboutantimicrobialresistance”2013)。抗生素处方不足也不少见。例如，在美国，高达15％的成人细菌性肺炎住院患者接受了延迟的abx治疗或无abx治疗，即使在这些情况下，早期治疗可以挽救生命并减少并发症。传染病诊断技术具有减少与抗生素滥用相关的相关健康和经济负担的潜力。理想情况下，这种技术应该：(i)准确区分细菌和病毒感染；(ii)是快速的(在几分钟内)；(iii)能够区致病菌和分作为身体自然菌群一部分的非致病菌；(iv)区分混合的共感染和纯病毒感染；和(v)可适用于无法获得病原体的病例(如窦炎、肺炎、中耳炎、支气管炎等)。正确鉴定细菌患者是非常重要的，因为这些患者需要抗生素治疗，并且在某些情况下需要更积极的管理(住院治疗、额外的诊断测试等)。细菌患者的误分类增加了发病率和死亡率的几率。因此，需要增加区分细菌和病毒感染的诊断测试的灵敏性，即使以降低特异性为代价。另外的
背景技术：
：包括美国专利申请号20080171323、wo2011/132086和wo2013/117746。发明概述根据本发明一些实施方案的一个方面，提供了将显示感染症状的受试者划入细菌感染的方法，所述方法包括测量源自症状发作后不超过两天的受试者的血液样品中trail的量，其中当trail的量低于第一预定水平时，划入细菌感染。根据本发明一些实施方案的一个方面，提供了确定显示病原体感染症状的受试者中的治疗方案的方法，包括测量血液样品中trail的量，所述血液样品源自症状发作后不超过两天的受试者，其中当trail的量低于第一预定水平时，向受试者推荐抗菌剂。根据本发明的一些实施方案的一个方面，在此提供了对受试者的感染类型进行分类的方法，其包括：(a)分析受试者样品中特定病原体的存在；和(b)测量受试者样品中trail的量，其中特定病原体的存在和trail的量指示感染类型。根据本发明一些实施方案的一个方面，在此提供了区分受试者的慢性阻塞性肺病(copd)或哮喘的感染性恶化状态和非感染性恶化状态的方法，包括测量源自受试者的血液样品中的tnf-相关的凋亡诱导配体(trail)的量，其中所述量指示copd或哮喘的恶化状态的感染性。根据本发明的一些实施方案的一个方面，在此提供了治疗显示感染症状的受试者的方法，其包括：(a)如本文所述确定治疗方案；和(b)根据确定的结果治疗受试者。根据本发明一些实施方案的一个方面，在此提供了诊断显示感染症状的受试者中的感染的方法，所述方法包括测量源自症状发作后不超过两天的受试者的血液样品中ip10的量，其中所述ip10量指示感染。根据本发明的一些实施方案，所述细菌感染是链球菌感染。根据本发明的一些实施方案，trail的量高于第二预定水平，划入病毒感染。根据本发明的一些实施方案，trail的量高于第二预定水平，向受试者推荐抗病毒剂。根据本发明的一些实施方案，所述特定病原体选自流感、呼吸道合胞病毒(rsv)、鼻病毒和a组链球菌。根据本发明的一些实施方案，所述感染类型包括病原体感染或非病原体感染。根据本发明的一些实施方案，步骤(a)在步骤(b)之后进行。根据本发明的一些实施方案，步骤(b)在步骤(a)之后进行。根据本发明的一些实施方案，所述水平是70pg/ml。根据本发明的一些实施方案，所述受试者具有正常水平的肌酸激酶。根据本发明的一些实施方案，所述第一预定水平和第二预定水平是相同的。根据本发明的一些实施方案，所述第一预定水平和第二预定水平是不相同的。根据本发明的一些实施方案，所述感染的症状包括发热。根据本发明的一些实施方案，病原体感染的症状包括发热。根据本发明的一些实施方案，所述样品源自自症状发作后不超过一天的受试者。根据本发明的一些实施方案，所述样品是全血或其级分。根据本发明的一些实施方案，所述级分包含血清。根据本发明的一些实施方案，血液级分样品包含选自淋巴细胞、单核细胞和粒细胞的细胞。根据本发明的一些实施方案，所述方法进一步包括分析c反应蛋白(crp)和干扰素γ诱导的蛋白10(ip10)中的水平。根据本发明的一些实施方案，所述方法还包括分析选自下组的多肽水平：干扰素γ诱导的蛋白质10(ip10)，白细胞介素6(il-6)和i型白细胞介素1受体(il1ra)。根据本发明的一些实施方案，所述方法还包括分析选自下组的多肽水平：干扰素γ诱导的蛋白质10(ip10)，白细胞介素6(il-6)，i型白细胞介素1受体(il1ra)，c-反应蛋白(crp)和降钙素原(pct)。根据本发明的一些实施方案，使用侧向流动免疫测定法测量trail。根据本发明的一些实施方案，使用与trail特异性结合的抗体测量trail。根据本发明的一些实施方案，所述抗体是单克隆抗体。根据本发明的一些实施方案，所述治疗包括向受试者施用治疗有效量的抗菌剂。根据本发明的一些实施方案，所述抗菌剂是抗生素。根据本发明的一些实施方案，当所述量高于预定水平时，划入病毒感染。根据本发明的一些实施方案，当所述量低于预定水平时，排除感染。根据本发明的一些实施方案，所述方法还包括分析选自trail，白细胞介素6(il-6)和i型白细胞介素1受体(il1ra)的多肽水平。根据本发明的一些实施方案，所述方法还包括分析选自下组的多肽水平：干扰素γ诱导的蛋白质10(ip10)，白细胞介素6(il-6)，i型白细胞介素1受体(il1ra)，c-反应蛋白(crp)和降钙素原(pct)。除非另有定义，本文所使用的所有技术和/或科学术语具有与本发明所属领域普通技术人员之一通常理解的相同含义。尽管在本发明的实施方案的实践或测试中可以使用与本文中描述的那些类似或等同的方法和材料，但下面描述示例性方法和/或材料。如有冲突，以专利说明书，包括定义为准。此外，材料、方法和实施例仅是说明性的并且无意构成必要限制。附图的几个视角的简述在本文中参考附图仅作为实例描述本发明的一些实施方案。现在详细地具体参考附图，要强调，所示细节是举例方式并且用于说明性论述本发明的实施方案的目的。在这方面，附图描述使本领域技术人员清楚如何实施本发明的实施方案。在附图中：图1：临床研究工作流程。图2：参加临床研究的患者的年龄和性别分布。图3：参加临床研究的传染病患者的生理系统的分布。图4：参加临床研究的传染病患者的主要临床综合征的分布。图5：参加临床研究的传染病患者的最高体温的分布。图6：参加临床研究的传染病患者的症状开始的时间分布。图7：从参加临床研究的传染病患者中分离的病原体。图8：trail在细菌、病毒和非-感染患者(n=765)中差异表达。红线和圆圈分别对应于组中值和平均值。图9：呈现不同感染类型的儿科患者的血清trail水平。蓝盒子呈现第一至第三四分位数。红线对应于组中值。rsv-呼吸道合胞病毒；hmpv-人类偏肺病毒；肠道病毒包括：轮状病毒、星状病毒、肠道腺病毒、诺如病毒gi和gii。图10：trail是用于早期诊断细菌和病毒感染的有用标志物。在细菌和病毒患者中，在症状发作的不同天数，trail、crp、pct、ip-10、il-6的平均血清水平和trail-crp-ip-10特征评分。图11：细菌-病毒共感染(混合)患者中的trail水平降低，与纯细菌感染患者相似。如所示，具有不同感染类型的患者的血清trail水平。本发明的具体的实施方案的描述在本发明的一些实施方案中，本发明涉及鉴定与感染相关的特征和决定子。在详细解释本发明的至少一个实施方案之前，要理解的是，本发明在其应用中不一定局限于下列说明书中阐述或通过实施例例举的细节。本发明能有其它实施方案或以各种方式实践或进行。正确鉴定细菌患者是非常重要的，因为这些患者需要抗生素治疗，并且在某些情况下需要更积极的管理(住院治疗、额外的诊断测试等)。细菌患者的误分类增加了发病率和死亡率的几率。临床挑战是将这些患者与具有相似症状但不需要抗生素治疗的病毒感染患者区分开来。循环宿主蛋白，例如c-反应蛋白(crp)，通常用于支持感染的诊断。这些生物标志物的血液水平响应于病毒感染而适度升高，并且在较高程度上响应细菌感染，具有一定程度的重叠。此外，一些病毒类型(例如，腺病毒和流感)可引起crp水平的显著增加，类似于各种细菌感染。本发明人先前鉴定了tnf相关的凋亡诱导配体(trail)，作为可以准确区分细菌和病毒感染的新型生物标志物。与已知的生物标志物不同，trail具有独特的感染响应动力学，因为其血清水平响应细菌感染而降低，并且响应病毒感染而增加(图8)。例如，在233名发热儿童(78名细菌和155名病毒)和15名非感染性对照的亚组群中，与对照相比，trail水平在病毒患者中增加，而在细菌患者中降低(平均值±sd[pg/ml]]：细菌44±32；病毒153±110；对照78±29；图9)。对于所有11种评估的病毒株，病毒和细菌患者中trail水平之间的差异是统计学显著的(测试p值<0.001；图9)。在细菌性疾病的情况下延迟或不进行抗生素治疗是非常常见的(所有细菌感染的24％-40％)，并且可导致与疾病相关的并发症，导致发病率和死亡率增加。因此，及时识别细菌感染患者对于指导正确的患者管理具有重要意义。因此，本发明人评估了trail在疾病进展的不同阶段的表现。重要的是，发现在症状出现后的第一天，患有细菌感染的患者的trail水平已经显著不同(图10)。将其与目前使用的生物标志物如crp或降钙素原(pct)进行比较，其在症状发作后仅2-3天达到它们在细菌和病毒患者之间的最大差异表达(图10)。此外，trail在区分具有细菌和病毒感染的患者中的准确度水平在使用不同trail截止值的症状发作后的最初几天中更高(表5a和b)。因此，根据本发明的第一个方面，在此提供了将显示感染症状的受试者划入细菌感染的方法，所述方法包括测量源自症状发作后不超过两天的受试者的血液样品中trail的量，其中当trail的量低于第一预定水平时，划入细菌感染。本发明人还已经显示，在症状发作后的第一天，感染患者中的ip10水平已经显著不同(图10)。根据具体的实施方案，细菌感染是a组链球菌细菌感染。根据本发明的另一个方面，在此提供了确定显示病原体感染症状的受试者中的治疗方案的方法，包括测量血液样品中trail的量，所述血液样品源自症状发作后不超过两天的受试者，其中当trail的量低于第一预定水平时，向受试者推荐抗菌剂。本文公开的方法用于鉴定具有感染或特定感染类型的受试者。所述的感染类型意在包括细菌感染、病毒感染、混合感染(即细菌和病毒共感染)、无感染(即非感染性)。在具体的实施方案中，所公开的方法用于划入细菌感染。在进一步的实施方案中，所公开的方法用于划入病毒感染或排除病毒感染。本发明的一些方法用于区分具有细菌感染、病毒感染、混合感染(即，细菌和病毒共感染)的受试者、具有非传染病的患者和健康个体。本发明的一些方法也可用于监测或选择患有感染的受试者的治疗方案。在各个方面，所述方法区分细菌感染的受试者与患有非传染病的受试者或健康受试者；病毒感染的受试者与细菌感染的受试者；细菌感染的受试者与具有病毒和细菌感染二者(混合感染)的受试者，以及病毒感染的受试者与具有病毒和细菌感染二者的受试者。混合感染的受试者是指具有细菌和病毒共感染的受试者。在另一个实施方案中，所述方法用于区分患有慢性阻塞性肺病(copd)恶化的细菌和病毒病因。在还另一个实施方案中，所述方法用于区分慢性阻塞性肺病(copd)的感染性恶化状态和非感染性恶化状态，如下文进一步描述的。在进一步的实施方案中，所述方法与测定结合使用以确定特定病毒/细菌的存在，如下文进一步描述的。感染可以是急性或慢性感染。慢性感染是一种缓慢发展并长时间持续的感染。可以导致慢性感染的病毒包括丙型肝炎和hiv。急性和慢性感染之间的一个区别在于，在急性感染期间，免疫系统经常产生针对传染因子的igm+抗体，而感染的慢性期通常特征在于igm-/igg+抗体。此外，急性感染引起免疫介导的坏死过程，而慢性感染通常引起炎症介导的纤维化过程和瘢痕(例如肝中的丙型肝炎)。因此，急性和慢性感染可能引发不同的潜在免疫机制。如本文所用，术语“感染”意指由病毒或细菌起源的传染因子导致的状态。细菌感染可以是革兰氏阳性、革兰氏阴性细菌或非典型性细菌的结果。术语“革兰氏阳性细菌"是通过革兰氏染色染为深蓝色的细菌。革兰氏阳性细菌由于细胞壁中大量的肽聚糖而能够保留结晶紫染色。术语“革兰氏阴性细菌"是在革兰氏染色方案中不保留结晶紫染料的细菌。术语“非典型细菌”是不属于经典的“革兰氏”组之一的细菌。它们通常(尽管不总是)是细胞内细菌病原体。它们包括但不限于支原体属种(mycoplasmasspp.)、军团菌属种(legionellaspp.)、立克次体属种(rickettsiaespp.)和衣原体属种(chlamydiaespp.)。“划入”感染，意味着受试者具有所述类型的感染。“排除”感染，意味着受试者没有所述类型的感染。本发明该方面的受试者可以存在多种病原体，包括但不限于腺病毒、冠状病毒、副流感病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒a/b、肺炎衣原体、肺炎支原体、嗜肺军团菌，轮状病毒、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、星状病毒、肠道腺病毒、诺如病毒gi和gii、博卡病毒1/2/3/4、肠病毒、cmv病毒、ebv病毒、a组链球菌或大肠杆菌。本发明考虑的示例性病原体包括但不限于流感、呼吸道合胞病毒(rsv)、鼻病毒和a组链球菌。受试者(例如儿童)可能出现特定的临床综合症-例如，下呼吸道感染(lrti)感染、上呼吸道感染(urti)、无可识别来源的发热(fws)或严重的细菌感染(sbi)如尿路感染(尿路感染)、感染性休克、菌血症、肺炎或脑膜炎。“测量(measuring)或(measurement)”，或者“检测(detecting)或(detection)”，是指评估临床或受试者衍生样品中决定子的存在，不存在，数量或量(可以是有效量)，包括推导出这些决定子的定性或定量浓度水平。在本发明的上下文中的“样品”是从受试者分离的生物样品，并且可以包括，例如但不限于，全血、血清、血浆、唾液、粘液、呼气、尿液、csf、痰、汗液、粪便、头发、精液、活组织检查、鼻漏液、组织活检、细胞学样本、血小板、网织红细胞、白细胞、上皮细胞或全血细胞。在具体的实施方案中，样品是血液样品，例如血清或包含血细胞的样品。在具体的实施方案中，样品缺乏红细胞。根据本发明的这个方面，样品源自症状发作后不超过72小时，不超过60小时，不超过48小时，不超过36小时，不超过一个24小时或甚至不超过12小时的受试者。样品可以是新鲜的或冷冻的样品。在本发明的上下文中，“受试者”可为哺乳动物(例如，人、狗、猫、马、牛、绵羊、猪或山羊)。根据另一个实施方案，受试者是鸟(例如，鸡、火鸡、鸭或鹅)。根据具体的实施方案，受试者是人。受试者可为男性或女性。受试者可为成年人(例如，大于18、21或22岁或儿童(例如，小于18、21或22岁)。在另一个实施方案中，受试者是青少年(12至21岁)、婴儿(29天至小于2岁)或新生儿(出生至生命的前28天)。受试者可能出现的示例性症状包括但不限于发热，恶心，头痛，喉咙痛，流鼻涕，皮疹和/或肌肉酸痛。根据具体的实施方案，受试者未显示出具有心脏病发作的迹象(例如具有正常水平的肌酸激酶、肌钙蛋白或血清肌红蛋白，和/或具有正常的ecg或ekg)。根据本发明的一个方面，多肽trail的水平用于划入细菌感染。trail：由该基因编码的蛋白质是属于肿瘤坏死因子(tnf)配体家族的细胞因子。本发明考虑测量该蛋白质的可溶性和/或膜形式。在一个实施方案中，仅测量该蛋白质的可溶形式。该基因的其他名称包括但不限于apo2l、tnf相关的凋亡诱导配体、tnfsf10和cd253。该蛋白质与tnf受体超家族的几个成员结合、例如tnfrsf10a/trailr1、tnfrsf10b/trailr2、tnfrsf10c/trailr3、tnfrsf10d/trailr4、并且还可能结合tnfrsf11b/opg。关于trail的其他信息在下面的表1中提供。表1蛋白质符号全基因名称refseqdna序列refseq蛋白质trail肿瘤坏死因子超家族成员10nc_000003.12nc_018914.2nt_005612.17np_001177871.1np_001177872.1np_003801.1trail的示例性氨基酸序列如seqidno：4-8所示。在具体的实施方案中，trail是由试剂盒r&dsystem，人trail/tnfsf10quantikineelisa试剂盒目录号#dtrl00的抗体识别的蛋白质。trail水平在病毒感染中增加(与非传染病相比)，并且在细菌感染中减少(与非传染病相比)。因此，当trail水平高于预定水平时，指示感染是病毒感染并且可以划入病毒感染(或者可以排除细菌感染)。当trail水平低于预定水平时，指示感染是细菌感染并且可以划入细菌感染(或者可以排除病毒感染)。例如，如果确定的trail的多肽浓度高于预定的第一阈值，则可以排除细菌感染。任选地，该方法还包括确定受试者是否患有病毒感染(即，划入病毒感染)。如果trail的多肽浓度高于预定的第二阈值，则划入病毒感染。在另具体的实施方案中，本发明包括确定受试者是否没有病毒感染(即排除病毒感染)。如果确定的trail的多肽浓度低于预定的第一阈值，则排除病毒感染。任选地，该方法还包括确定受试者是否患有细菌感染(即，划入细菌感染)。如果trail的多肽浓度低于预定的第二阈值，则划入细菌感染。更具体地，100-1000pg/ml的trail水平通常指示病毒感染，而0-85pg/ml通常指示细菌感染。如果trail水平低于85pg/ml、70pg/ml、60pg/ml或更优选50、40、30或20pg/ml，通常可以划入细菌感染，并且如果trail水平高于100、120、140或优选150pg/ml，则排除细菌感染。可以分析用于早期检测细菌感染的其他多肽包括但不限于crp和ip10。因此，可以测量trail和crp，可以测量trail和ip10，或者可以测量trail、crp和ip10。关于crp和ip10的信息在下面的表2中提供。表2蛋白质符号全基因名称refseqdna序列refseq蛋白质crpc-反应蛋白，正五聚蛋白相关nc_000001.11nt_004487.20nc_018912.2np_000558.2ip-10趋化因子(c-x-c基序)配体10nc_000004.12nc_018915.2nt_016354.20np_001556.2crp：c-反应蛋白；另外的crp别名包括但不限于rp11-419n10.4和ptx1。人crp的示例性氨基酸序列如下文seqidno：1所示。crp水平通常在感染中增加(与非传染病相比)，且细菌感染中crp水平与病毒感染相比更高。因此，当crp水平高于预定水平时，指示感染是细菌感染并且可以划入细菌感染(或者可以排除病毒感染)。当crp水平低于预定水平时，指示感染是病毒感染并且可以划入病毒感染(或者可以排除细菌感染)。0-40μg/ml的crp水平通常指示病毒感染，而40-400μg/ml通常指示细菌感染。如果crp水平高于50、60、70或更优选80μg/ml，则通常可以划入细菌感染，并且如果crp水平低于30并且更优选20μg/ml则排除细菌感染。ip10：该基因编码cxc亚家族的趋化因子和受体cxcr3的配体。该基因的其他名称包括但不限于：cxcl10、γ-ip10、inp10和趋化因子(cxc基序)配体10。ip10的示例性氨基酸序列如seqidno：16所示。在具体的实施方案中，ip10是被试剂盒(r&dsystems,humancxcl10/ip-10quantikineelisakitcatalogue＃dip100)的抗体识别的蛋白质。ip10水平在感染中增加(与非传染性疾病相比)，且ip10水平在病毒感染中与细菌感染相比更高。因此，当ip10的水平高于预定水平时，指示感染是病毒感染并且可以划入病毒感染(或者可以排除细菌感染)。当ip10水平低于预定水平时，指示感染是细菌感染并且可以划入细菌感染(或者可以排除病毒感染)。300-2000pg/ml的ip-10水平通常指示病毒感染，而160-860pg/ml通常指示细菌感染。由于已经显示ip-10水平在症状发作后的第一天感染患者中显著不同(图10)，本发明人进一步考虑单独的ip-10可以用作早期感染的标志物。可以组合每种上述鉴定的多肽的浓度(例如通过预定的数学函数)以计算得分，并且可以将得分与预定的参考值进行比较，如下文进一步描述的。在国际专利申请il2015/050823中提供了关于产生通用以及具体用于crp、ip10和trail的预定数学函数的进一步信息，其内容通过引用并入本文。可用于计算得分的统计分类算法包括但不限于支持向量机(svm)，逻辑回归(logreg)，神经网络，贝叶斯网络和隐马尔可夫模型。参考值可以相对于来自群体研究的数字或值，包括但不限于，具有相同感染的此类受试者，具有相同或相似年龄范围的受试者，相同或相似种族群体中的受试者，或参考值可以相对于接受感染治疗的受试者的起始样品。这些参考值可以从统计分析和/或从数学算法和计算的感染指数获得的群体的风险预测数据导出。还可以使用算法和统计和结构分类的其他方法来构建和使用参考决定子指数。在本发明的一个实施方案中，参考值是来自一个或多个没有感染的受试者(即健康和/或非感染个体)的对照样品中决定子的量(即水平)。在另一个实施方案中，在这种测试之后，对这些受试者进行监测和/或定期重新测试诊断相关的时间段(“纵向研究”)，以验证持续的感染不存在。这个时间段可以是从初始测试日期开始的一天，两天，两天到五天，五天，五天到十天，十天或十天或更多天以确定参考值。此外，可以使用适当库存的历史对象样本中的决定子的回顾性测量来建立这些参考值，从而缩短所需的研究时间。参考值还可以包括源自受试者的决定子的量，所述受试者由于感染的治疗和/或疗法而显示出改善。参考值还可以包括源自已通过已知技术确认感染的受试者的决定子的量。细菌感染的参考值指数值的实例是在统计学上显著数目的被诊断为患有细菌感染的受试者中该决定子的平均浓度或中值浓度。病毒感染的参考值的实例是在统计学上显著数目的被诊断为患有病毒感染的受试者中该决定子的平均浓度或中值浓度。在另一个实施方案中，参考值是指数值或基线值。指数值或基线值是来自一个或多个没有感染的受试者的有效量的决定子的复合样品。基线值还可以包括来自受试者的样品中的决定子的量，所述受试者已在感染的治疗或疗法中显示出改善。在该实施方案中，为了与受试者衍生的样品进行比较，类似地计算决定子的量并将其与指数值进行比较。任选地，选择被鉴定为具有感染的受试者以接受治疗方案以减缓进展或消除感染。另外，可以在测试样本中测量决定子的量并且与“正常对照水平”进行比较，利用诸如参考限，辨别限或风险定义阈值的技术来定义截止点和异常值。“正常对照水平”是指通常在未患感染的受试者中发现的一种或多种决定子或组合决定子指数的水平。这样的正常对照水平和截止点可以基于决定子是单独使用还是在与其他决定子组合成指数的公式中使用而变化。或者，正常对照水平可以是来自先前测试的受试者的决定子模式的数据库。可以通过检测随时间从受试者获得的有效量的(可以是一种或多种)样品中的决定子并比较检测的决定子的量来监测治疗方案的有效性。例如，可以在受试者接受治疗之前获得第一样品，并且在受试者治疗之后或期间获取一个或多个后续样品。例如，本发明的方法可用于区分细菌、病毒和混合感染(即，细菌和病毒共感染)。这将允许患者得到分层和相应地治疗。在本发明的具体的实施方案中，如下提供对于受试者的治疗推荐(即，选择治疗方案)：根据公开的方法中的任何一种的方法鉴定受试者中的感染类型(即，细菌、病毒、混合感染或无感染)，并且如果受试者被鉴定为具有细菌感染或混合感染，则推荐受试者接受抗生素治疗；或者如果受试者被鉴定为具有病毒感染，则推荐抗病毒治疗。本发明考虑的抗生素的实例包括但不限于达托霉素；吉米沙星；特拉万星；ceftaroline；非达霉素；阿莫西林；氨苄西林；巴氨西林；羧苄西林；氯唑西林；双氯西林；氟氯西林；美洛西林；萘夫西林；苯唑西林；青霉素g；青霉素v；哌拉西林；匹氨西林；匹美西林；替卡西林；氨曲南；亚胺培南；多尼培南；美罗培南；厄他培南；克林霉素；林可霉素；普那霉素；喹奴普丁；头孢乙腈（cephacetrile）；头孢羟氨苄（氨羟苄头孢菌素）；头孢氨苄（苯甘孢霉素）；头孢来星（氨基苯乙酰头孢菌素）；头孢洛宁（烟酰头孢菌素）；头孢噻啶（cephaloradine）；头孢噻吩（先锋霉素）；头孢匹林（cephapirin）；头孢曲嗪；头孢氮氟；头孢西酮；头孢唑啉（唑啉头孢菌素）；头孢拉定（环烯头孢菌素）；头孢沙定；头孢替唑；头孢克洛；头孢孟多；头孢美唑；头孢尼西；头孢替坦；头孢西丁；头孢丙烯（头孢罗齐）；头孢呋辛；头孢唑喃；头孢卡品；头孢达肟；头孢地尼；头孢托仑；头孢他美；头孢克肟；头孢甲肟；头孢地嗪；头孢噻肟；头孢咪唑；头孢泊肟；头孢特仑；头孢布烯；头孢噻呋；头孢噻林；头孢唑肟；头孢曲松；头孢哌酮；头孢他啶；头孢克定；头孢吡肟；头孢瑞南；头孢噻利；头孢唑兰；头孢匹罗；头孢喹肟；第五代；头孢吡普；头孢洛林；未分类的；头孢氯嗪；头孢洛仑；头孢帕罗；头孢卡奈；头孢屈洛；头孢吡酮；头孢三唑；头孢维曲；头孢替林；cefmepidium；头孢维星；头孢噁唑；头孢罗替；头孢舒米；头孢呋汀；头孢噻氧；阿奇霉素；红霉素；克拉霉素；地红霉素；罗红霉素；泰利霉素；阿米卡星、；庆大霉素；卡那霉素；新霉素；奈替米星；巴龙霉素；链霉素；妥布霉素；氟甲喹；萘啶酸；噁喹酸；吡罗米酸；吡哌酸；罗索沙星；环丙沙星；依诺沙星；洛美沙星；那氟沙星；诺氟沙星；氧氟沙星；培氟沙星；芦氟沙星；巴洛沙星；加替沙星；格帕沙星；左氧氟沙星；莫西沙星；帕珠沙星；司帕沙星；替马沙星；妥舒沙星；贝西沙星；克林沙星；吉米沙星；西他沙星；曲伐沙星；普卢利沙星；磺胺甲；噻二唑；磺胺甲噁唑；磺胺异噁唑；甲氧苄啶-磺胺甲噁唑；地美环素；多西环素；米诺环素；土霉素；四环素；替加环素；氯霉素；甲硝唑；替硝唑；呋喃妥因；万古霉素；替考拉宁；特拉万星；利奈唑胺；环丝氨酸2；利福平；利福布丁；利福喷丁；杆菌肽；多粘菌素b；紫霉素；卷曲霉素。如果划入病毒感染，则可以用抗病毒剂治疗受试者。抗病毒剂的实例包括但不限于阿巴卡韦；阿昔洛韦；无环鸟苷；阿德福韦；金刚烷胺；安普那韦；安普利近；阿比朵尔；阿扎那韦；阿曲普拉；balavir；波普瑞韦尔特；西多福韦；可比韦；度鲁特韦；地瑞那韦；地拉韦啶；地达诺新；二十二烷醇；依度尿苷；依法韦仑；恩曲他滨；恩夫韦地；恩替卡韦；ecoliever；泛昔洛韦；福米韦生；福沙那韦；膦甲酸；膦乙酸；融合抑制剂；更昔洛韦；伊巴他滨；imunovir；碘苷；咪喹莫特；茚地那韦；肌苷；整合酶抑制剂；iii型干扰素；ii型干扰素；i型干扰素；干扰素；拉米夫定；洛匹那韦；洛韦安；马拉维诺；吗啉双胍；甲吲噻腙；奈非那韦；奈韦拉平；nexavir；奥司他韦；聚乙二醇干扰素alfa-2a；喷昔洛韦；帕拉米韦；普来可那立；鬼臼毒素；雷特格韦；逆转录酶抑制剂；利巴韦林；金刚乙胺；利托那韦；pyramidine；沙奎那韦；索非布韦；司他夫定特拉匹韦；替诺福韦；替诺福韦二吡呋酯；替拉那韦；三氟尿苷；三协唯；曲金刚胺；特鲁瓦达；traporved；伐昔洛韦；缬更昔洛韦；vicriviroc；阿糖腺苷；viramidine；扎西他滨；扎那米韦；齐多夫定；rnai抗病毒剂；单克隆抗体respigams；神经氨酸酶阻滞剂。在另一个实施方案中，本发明的方法可用于促进另外的靶向诊断，例如病原体特异性pcr、胸部x-射线、培养等。例如，根据本发明的实施方案指示病毒感染的诊断可促进使用另外的病毒特异性多重pcr，而根据本发明的实施方案指示细菌感染的诊断可促进使用细菌特异性多重pcr。因此，可以降低不必要的昂贵诊断学的成本。在具体的实施方案中，如下提供对于受试者的诊断测试推荐：根据任何公开的方法鉴定受试者中的感染类型(即，细菌、病毒、混合感染或无感染)，并且如果受试者被鉴定为具有细菌感染或混合感染，则推荐确定细菌感染来源的测试；或者如果受试者被鉴定为具有病毒感染，则推荐确定病毒感染来源的测试。在测量上文提到的多肽决定子的同时，本发明人还考虑测量至少一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种，十种或更多种另外的(不同的)决定子(多肽，rna或其他)，其中所述至少一种另外的决定子描述于美国专利申请号20080171323，wo2011/132086和wo2013/117746以及pct申请il2015/051024和pct申请il2015/051201和临时申请号62/302,849中，其各自的内容通过引用并入本文。本发明人考虑的其他多肽决定子是其中描述的rna决定子的多肽对应物。在一个实施方案中，至少一种另外的决定子描述于下表3中。表3蛋白质符号全基因名称refseqdna序列refseq蛋白质il1r/il1r1/il1rai型白细胞介素1受体nc_000002.12nt_005403.18nc_018913.2np_000868.1np_001275635.1saa/saa1血清淀粉样蛋白a1nc_000011.10nc_018922.2nt_009237.19np_000322.2np_001171477.1np_954630.1trem1骨髓细胞上表达的触发受体1nc_000006.12nt_007592.16nc_018917.2np_001229518.1np_001229519.1np_061113.1trem2骨髓细胞上表达的触发受体2nc_000006.12nt_007592.16nc_018917.2np_001258750.1np_061838.1rsad2含有自由基s-腺苷甲硫氨酸结构域2nc_000002.12nt_005334.17nc_018913.2np_542388.2ngal脂质运载蛋白2nc_000009.12nc_018920.2nt_008470.20np_005555.2mmp8基质金属肽酶8nc_000011.10nt_033899.9nc_018922.2np_001291370.1np_001291371.1np_002415.1mx1mx发动蛋白-样gtp酶1nc_000021.9nt_011512.12nc_018932.2np_001171517.1np_001269849.1np_002453.2新蝶呤2-氨基-6-(1,2,3-三羟基丙基)-1h-嘌呤-4-酮iupac名称n/an/a降钙素原(pct)例如seqidno:19-22降钙素相关多肽αnc_000011.10nc_018922.2nt_009237.19np_001029124.1np_001029125.1np_001732.1il-6例如seqidno:23-24白细胞介素6nc_000007.14nt_007819.18nc_018918.2np_000591.1更具体地，在分析trail多肽的同时，还可以分析至少一种、至少两种、至少三种、至少四种以下多肽：干扰素γ诱导的蛋白质10(ip10)、白细胞介素6(il-6)和i型白细胞介素1受体(il1ra)。在另一个实施方案中，还可以分析crp和/或pct。更具体地，在分析ip10多肽的同时，还可以分析至少一种、至少两种、至少三种、至少四种以下多肽：trail、白细胞介素6(il-6)和i型白细胞介素1受体(il1ra)。在另一个实施方案中，还可以分析crp和/或pct。考虑的多肽组合包括但不限于：根据本发明的这个方面，为了区分不同的感染类型(或划入细菌感染)，测量不超过30个决定子，测量不超过25个决定子，不超过20个决定子是测量，测量不超过15个决定子，测量不超过10个决定子，测量不超过5个决定子，测量不超过4个决定子，测量不超过3个决定子，测量不超过2个决定子或只测量trail。可根据本发明的方面测量的其他决定子包括病原体(细菌或病毒)特异性rna或多肽决定子。这可以进行以帮助鉴定特定病原体。测量可以与上述测量同时进行或连续进行。根据本发明的另一个方面，在此提供了区分受试者的慢性阻塞性肺病(copd)或哮喘的感染性恶化状态和非感染性恶化状态的方法，包括测量源自所述受试者的血液样品中的tnf相关凋亡诱导配体(trail)的量，其中所述量指示copd或哮喘的恶化状态的感染性。慢性阻塞性肺病(copd)是特征在于长期气流不畅的阻塞性、炎性肺病。主要症状包括短促呼吸和产生痰的咳嗽。copd是一种进行性疾病，其随着时间而恶化。copd的恶化被定义为疾病的自然过程中的事件，其特征在于患者的基线呼吸困难、咳嗽和/或痰的变化超出正常的日常变化；其通常急性发作；并且有必要改变常规药物。恶化可能呈现以下体征：增加的呼吸功，如快速呼吸、心率快、出汗、颈部肌肉的活跃使用、皮肤呈蓝色，以及在非常严重的恶化中的困窘和好斗行为。用听诊器检查肺部，可以听到啰音。本发明该方面的方法寻求指导预防性治疗，区分稳定的疾病与恶化，copd或哮喘的恶化与其他症状恶化的原因，并区分细菌和病毒的恶化病因以指导正确的治疗。目前，恶化是临床的排除诊断，导致患者的治疗不足和过度治疗，从而导致过多的发病率和医疗保健费用。在本发明的一些实施方案中，trail血清水平与copd患者中的细菌，病毒或混合感染相关。因此，它可以区分感染相关的恶化与copd患者症状恶化的其他原因。在另一个实施方案中，它可以区分copd患者的恶化的细菌和病毒病因，其进而允许选择适当的治疗方案(例如在细菌感染的情况下的抗生素治疗；或者在非细菌感染的情况下的吸入支气管扩张剂或皮质类固醇)。在另一个实施方案中，它可以区分copd患者中的混合细菌-病毒共感染和纯病毒感染。在本发明的一些实施方案中，trail血清水平与哮喘患者中的细菌，病毒或混合感染有关。因此，它可以区分哮喘患者中的感染相关恶化与症状恶化的其他原因。在另一个实施方案中，它可以区分哮喘患者中恶化的细菌和病毒病因，这进而允许选择合适的治疗方案。在另一个实施方案中，它可以区分哮喘患者中的混合细菌-病毒共感染和纯病毒感染。如上所述，本发明的测定还可以与另外的微生物测试结合进行，例如基于核酸扩增的测试(naat)，其分析特定病原体的存在。对特定病原体的存在的测试可能受困于降低的临床效用，因为这些测试不能区分微生物的致病菌株和可以作为天然微生物群的一部分存在而不引起感染的潜在的定殖者。能够区分检测到的微生物的携带和致病性的生物标志物可以作为具有高临床价值的补充诊断。两种类型诊断的组合为医生提供了有价值的信息，其可以指导患者的正确治疗。例如，特定细菌的qpcr检测以及基于生物标志物的致病性构象允许医生开具正确的抗生素类型。另一方面，鉴定特定细菌但具有基于生物标志物的携带构象可以防止医生开具不必要的抗生素治疗。基于患者对感染的免疫应答的生物标志物对细菌或病毒携带(作为身体天然微生物群的一部分的微生物)不敏感，因为它们不引起免疫应答。因此，它们是充当靶向病原体的方法(基于naat，培养等)的补充诊断的理想候选者。靶向病原体的诊断测试的另一个重要限制是难以鉴定混合的细菌和病毒共感染。例如，通过基于naat的方法(例如，pcr)鉴定呼吸道病毒株可以导致医生避免抗生素治疗。然而，在许多情况下，在病毒感染之上存在继发性细菌感染，如果不进行治疗则可导致发病率和死亡率。在确定的原发病毒感染的情况下可以指示潜在的继发细菌感染的基于宿主的生物标志物可以补充靶向诊断，并指导医生开具适当的抗生素治疗。如实施例部分所示，本发明人证明，与具有纯细菌感染的患者相似，trail水平在具有混合感染的患者中下降(图11)。因此，trail可用作有效的生物标志物，作为靶向诊断的补充用于在细菌-病毒共感染的情况下指导抗生素治疗。因此，根据本发明的仍另一个方面，在此提供了对受试者的感染类型进行分类的方法，包括：(a)分析受试者样品中特定病原体的存在；和(b)测量受试者样品中trail的量，其中特定病原体的存在和trail的量指示感染类型。用于分析特定病原体的方法可以包括使用基于多核苷酸的测定(例如基于pcr的测定)，其能够检测对该病原体类型特异性的基因产物。其他方法包括本领域已知的培养测定。根据本发明的这个方面，trail可以在rna水平或蛋白质水平测量，如本文进一步描述的。在具体的实施方案中，确定trail的量是在特定病原体的存在的阳性结果之后进行的。在这种设置中，trail的水平可用于区分鉴定的微生物(细菌或病毒)的携带和致病性。在其他实施方案中，trail用于在鉴定患者样品中的病毒株后区分混合的细菌-病毒共感染和纯病毒感染。在一些实施方案中，测量trail的rna或蛋白质水平可以在与靶向诊断相同的装置上同时进行。在其他实施方案中，测量trail水平可用于促进另外的靶向诊断，例如病原体特异性pcr。例如，根据本发明的实施方案指示病毒感染的诊断可促进使用另外的病毒特异性多重pcr，而根据本发明的实施方案指示细菌感染的诊断可促进使用细菌特异性多重pcr。因此，可以降低不必要的昂贵诊断成本。对于本文所述的所有方面，测量多肽水平的方法是本领域熟知的，并且包括例如基于蛋白质抗体，适体或分子印记的免疫测定。多肽决定子可以以任何合适的方式检测，但通常通过使来自受试者的样品与结合所述决定子的抗体接触，且然后检测反应产物的存在或不存在来检测。抗体可以是单克隆抗体，多克隆抗体，嵌合抗体或前述的片段，如上面详细讨论的，并且检测反应产物的步骤可以用任何合适的免疫测定法进行。来自受试者的样品通常是如上所述的生物样品，并且可以是用于进行上述方法的生物样品的相同样品。在一个实施方案中，特异性结合决定子的抗体(直接或间接)连接至产生信号的标记，包括但不限于放射性标记、酶标记、半抗原、报告染料或荧光标记。根据本发明的一些实施方案进行的免疫测定可以是均相测定或非均相测定。在均相测定中，免疫反应通常涉及特异性抗体(例如，抗决定子抗体)，标记的分析物和感兴趣的样品。在抗体与标记的分析物结合后，直接或间接修饰由标记产生的信号。免疫反应和其程度的检测都可以在均相溶液中进行。可以使用的免疫化学标记包括自由基、放射性同位素、荧光染料，酶，噬菌体或辅酶。在非均相测定方法中，试剂通常是样品，抗体和产生可检测信号的工具。可以使用上文描述的样品。可以将抗体固定在支持物上，例如珠子(例如蛋白质a和蛋白质g琼脂糖珠子)，平板或载玻片，并与怀疑含有抗原的样本在液相中接触。然后将支持物与液相分离，并使用产生这种信号的工具检查载体相或液相的可检测信号。信号与分析物在样品中的存在相关。产生可检测信号的工具包括使用放射性标记，荧光标记或酶标记。例如，如果待检测的抗原含有第二结合位点，则可以将与该位点结合的抗体与可检测基团缀合，并在分离步骤之前加入到液相反应溶液中。固体支持物上可检测基团的存在指示测试样品中存在抗原。合适的免疫测定的实例是寡核苷酸、免疫印迹、免疫荧光方法、免疫沉淀、化学发光方法、电化学发光(ecl)或酶联免疫测定。本领域技术人员将熟悉众多具体免疫测定形式及其变形，其可用于实施本文公开的方法。通常参见e.maggio,enzyme-immunoassay,(1980)(crcpress,inc.,bocaraton,fla.)；也参见授予skold等人的美国专利号4,727,022，名称为“methodsformodulatingligand-receptorinteractionsandtheirapplication”，授予forrest等人的美国专利号4,659,678，名称为“immunoassayofantigens”，授予david等人的美国专利号4,376,110，名称为“immunometricassaysusingmonoclonalantibodies”，授予litman等人的美国专利号4,275,149，名称为“macromolecularenvironmentcontrolinspecificreceptorassays”，授予maggio等人的美国专利号4,233,402，名称为“reagentsandmethodemployingchanneling”，和授予boguslaski等人的美国专利号4,230,767，名称为“heterogenousspecificbindingassayemployingacoenzymeaslabel”。也可以使用流式细胞术用抗体检测决定子。本领域技术人员将熟悉可用于实施本文公开的方法的流式细胞术技术(shapiro2005)。这些包括但不限于cytokinebeadarray(bectondickinson)和luminex技术。可以根据已知技术将抗体缀合至适合用于诊断测定的固体支持物(例如珠，例如a蛋白或g蛋白琼脂糖，小球，平板，载玻片或由诸如乳胶或聚苯乙烯的材料形成的孔)，例如被动结合。如本文所述的抗体同样可根据已知技术缀合至可检测的标记或基团，例如放射性标记(例如，35s、125i、131i)、酶标记(例如，辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶)和荧光标记(例如，荧光素、alexa、绿色荧光蛋白、罗丹明)。抗体还可用于检测决定子蛋白质、多肽、突变和多态性的翻译后修饰，例如酪氨酸磷酸化、苏氨酸磷酸化、丝氨酸磷酸化、糖基化(例如，o-glcnac)。这种抗体特异性地检测一个或多个目的蛋白质中的磷酸化氨基酸，并且可用于本文所述的免疫印迹、免疫荧光和elisa测定。这些抗体是本领域技术人员众所周知的，并且可商购获得。也可以使用反射(reflector)基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱法(maldi-tof)中的亚稳离子来确定翻译后修饰(wirthu.和mullerd.2002)。对于已知具有酶活性的决定子-蛋白质、多肽、突变和多态性，可以使用本领域已知的酶测定在体外确定活性。这种测定除了其他之外包括但不限于激酶测定、磷酸酶测定、还原酶测定。酶活性动力学的调节可以通过测量速率常数km使用已知算法来确定，例如希尔图、米-曼方程、线性回归图如lineweaver-burk分析和scatchard图。在具体的实施方案中，本发明抗体是单克隆抗体。用于检测决定子的抗体的合适来源包括可商购的来源，例如abazyme，abnova，assaypro，和zeptometrix。然而，技术人员可以常规地制备针对本文所述的任何多肽决定子的抗体。可以通过检验来检测标记的存在，或使用监测特定探针或探针组合的检测器来检测所述检测试剂标记。典型的检测器包括分光光度计、光电管和光电二极管、显微镜、闪烁计数器、照相机、胶片等以及其组合。本领域技术人员熟悉可从各种商业来源广泛获得的许多合适的检测器，并且可用于实施本文公开的方法。通常，将包含结合的标记部分的底物的光学图像数字化以用于随后的计算机分析。一般参见immunoassayhandbook[theimmunoassayhandbook，第三版，2005]。还可以与上述多肽一起测量传统的实验室风险因子和额外的临床参数，以进一步提高识别标志的准确性。“传统实验室风险因素”包括从受试者样品分离或衍生的生物标志物，并且其目前在临床实验室中进行评估，并用于传统的全面风险评估算法，如绝对中性粒细胞计数(缩写为anc)、绝对淋巴细胞计数(缩写为alc)、白细胞计数(缩写为wbc)、中性粒细胞%(定义为作为中性粒细胞的白细胞分数并缩写为neu(％))、淋巴细胞％(定义为作为淋巴细胞的白细胞分数并缩写为lym(％))、单核细胞％(定义为作为单核细胞的白细胞分数并缩写为mon(％))、钠(缩写为na)、钾(缩写为k)、胆红素(缩写为bili)。“临床参数”包括受试者健康状况或其他特征的所有非样本或非分析物生物标志物，例如但不限于年龄(age)、种族(race)、性别(sex)、核心体温(缩写为“温度”)、症状初始出现后的最大核心体温(缩写为“最高温度”)、距症状初始出现的时间(缩写为“从症状起的时间”)或家族史(缩写为famhx)。患者的医学背景条件例如慢性肺病和糖尿病可能影响其对感染的免疫应答，这通过基于免疫的诊断的诊断准确性的变化来反映(参见下文的实施例1)。因此，关于患者背景临床状况的信息可以潜在地与蛋白质生物标志物分类器预测结果整合，以改善患者诊断。试剂盒本发明的一些方面还包括以试剂盒形式包装在一起的决定子检测试剂，例如抗体。该试剂盒可以在单独的容器中包含抗体(或者已经与固体基质结合或者与用于将它们结合到基质的试剂分开包装)，对照制剂(阳性和/或阴性)和/或可检测的标记如荧光素、绿色荧光蛋白、罗丹明、花菁染料、alexa染料、荧光素酶、放射性标记等。可检测标记可以连接至结合识别决定子的抗体的fc部分的第二抗体。用于进行测定的说明书(例如，书面、磁带、vcr、cd-rom等)可以包括在试剂盒中。本发明该方面的试剂盒可包含有助于检测决定子的其他组分，例如进行检测反应所必需的酶、盐、缓冲液等。例如，可以将决定子检测试剂(例如抗体)固定在固体基质例如多孔条带或阵列上以形成至少一个决定子检测位点。多孔条带的测量或检测区域可包括多个位点。测试条还可以包含用于阴性和/或阳性对照的位点。可选地，对照位点可以位于与测试条分开的条带上。任选地，不同的检测位点可含有不同量的固定化检测试剂，例如，第一检测位点中的量较高，且后续位点中的量较少。在添加测试样品后，显示可检测信号的位点数量提供了样品中存在的决定子量的定量指示。检测位点可以以任何适当可检测的形状配置，并且通常为跨越测试条宽度的条或点的形状。“用于测量trail的单克隆抗体”的实例包括但不限于：小鼠，单克隆(55b709-3)igg；小鼠，单克隆(2e5)igg1；小鼠，单克隆(2e05)igg1；小鼠，单克隆(m912292)igg1κ；小鼠，单克隆(iiif6)igg2b；小鼠，单克隆(2e1-1b9)igg1；小鼠，单克隆(rik-2)igg1，κ；小鼠，单克隆m181igg1；小鼠，单克隆vi10eigg2b；小鼠，单克隆mab375igg1；小鼠，单克隆mab687igg1；小鼠，单克隆hs501igg1；小鼠，单克隆克隆75411.11小鼠igg1；小鼠，单克隆t8175-50igg；小鼠，单克隆2b2.108igg1；小鼠，单克隆b-t24igg1；小鼠，单克隆55b709.3igg1；小鼠，单克隆d3igg1；山羊，单克隆c19igg；兔，单克隆h257igg；小鼠，单克隆500-m49igg；小鼠，单克隆05-607igg；小鼠，单克隆b-t24igg1；大鼠，单克隆(n2b2)，igg2a，κ；小鼠，单克隆(1a7-2b7)，igg1；小鼠，单克隆(55b709.3)，igg和小鼠，单克隆b-s23*igg1。可通过使用不同的测量技术和样品来区分可溶性trail和膜trail。例如，可以在无细胞样品如血清或血浆中(但不限于此)测量可溶性tral，使用侧向流动免疫测定(lfia)(但不限于此)，如下文进一步描述的。可以使用基于细胞的测定在包含细胞的样品中测量膜trail，包括但不限于流式细胞术、elisa和其他免疫测定。侧向流动免疫测定(lfia)：这是允许在护理点(poc)快速测量分析物的技术，其基本原理如下所述。根据一个实施例，lfia用于手持设备的环境中。该技术基于一系列毛细管床，例如多孔纸或烧结聚合物的块。这些元件中的每一个都具有自发输送流体(例如尿液)的能力。第一元件(样品垫)充当海绵并容纳过量的样品液。一经浸泡，液体迁移到第二元件(缀合物垫)，制造商已经在其中储存了所谓的缀合物：在盐-糖基质中的干燥形式的生物活性颗粒(见下文)，其包含保证靶分子(例如抗原)与其固定在颗粒表面上的化学伴侣(例如抗体)之间的优化化学反应的所有有关事物。当样品流体溶解所述盐-糖基质时，它也溶解所述颗粒，并且在一个组合运输作用中，样品和缀合物在流过多孔结构时混合。这样，分析物与颗粒结合，同时进一步迁移通过第三毛细管床。该材料具有一个或多个区域(通常称为条带)，其中已由制造商固定第三分子。当样品-缀合物混合物到达这些条带时，分析物已经结合在颗粒上，并且第三“捕获”分子与复合物结合。不久之后，当越来越多的液体已通过条带时，颗粒积聚且条纹区域变色。通常存在至少两个条带：一个(对照)条带捕获任何颗粒，从而显示反应条件和技术正常工作，第二条带包含特异性捕获分子并且仅捕获其上已经固定分析物分子的那些颗粒。在通过这些反应区之后，流体进入最终的多孔材料(即芯)，其仅用作废物容器。横向流动测试可以作为竞争测定或夹心测定操作。lfia可以采用不同的形式。用于lfia的条带包含四个主要组件。在描述形式类型之前给出了每个的简要描述。样品施加垫：它由纤维素和/或玻璃纤维制成，并将样品施加在该垫上以开始测定。其功能是将样品输送到横向流动测试条(lfts)的其他组件。样品垫应能够以平滑、连续和均匀的方式运输样品。样品施加垫有时设计用于在样品运输之前对样品进行预处理。该预处理可包括分离样品组分，去除干扰，调节ph等。缀合物垫：它是分配标记的生物识别分子的位置。缀合物垫的材料应在与移动的液体样品接触时立即释放标记的缀合物。标记的缀合物应在横向流动条的整个寿命期间保持稳定。缀合物的分配、干燥或释放的任何变化都可以显著改变测定结果。标记的缀合物的制备不良会不利地影响测定的灵敏度。玻璃纤维、纤维素、聚酯和一些其他材料用于制造lfia的缀合物垫。缀合物垫材料的性质对标记的缀合物的释放和测定的灵敏度具有影响。硝酸纤维素膜：它对于确定lfia的灵敏度非常关键。可获得不同等级的硝酸纤维素膜。在这片膜上绘制测试和对照线。因此理想的膜应该为捕获探针(抗体，适体等)提供支持和良好的结合。在测试和对照线上的非特异性吸附可显著影响测定结果，因此良好的膜将以测试和对照线区域中较小的非特异性吸附为特征。硝酸纤维素膜的芯吸速率可影响测定灵敏度。这些膜易于使用，价格低廉，并且提供对蛋白质和其他生物分子的高亲和力。生物试剂的适当分配，干燥和封闭在改进测定灵敏度方面发挥作用。吸附垫：它在条带的末端用作水槽。它还有助于保持液体在膜上的流速并阻止样品的回流。容纳液体的吸附容量可以在分析结果中起重要作用。所有这些组件都固定或安装在背衬卡上。用于背衬卡的材料非常灵活，因为除了提供用于适当组装所有组件的平台之外，它们与lfia无关。因此，背衬卡充当支持物，并且使条带易于操作。lfia的主要步骤是(i)针对靶分析物的抗体的制备；(ii)标记的制备；(iii)生物识别分子的标记；(iv)在将试剂分配到其适当的垫后，将所有组件组装到背衬卡上；(v)施加样本和获得结果。夹心形式：在典型的形式中，标记(酶或纳米颗粒或荧光染料)包被的抗体或适体固定在缀合物垫上。这是临时的吸附，其可以通过任何缓冲溶液的流动冲洗掉。针对靶分析物的一抗或适体固定在测试线上。针对标记的缀合物抗体/适体的二抗或探针固定在对照区。将含有分析物的样品施加到样品施加垫上，并且其随后迁移到条带的其他部分。在缀合物垫，靶分析物被固定的标记抗体或适体缀合物捕获，并导致标记的抗体缀合物/分析物复合物的形成。该复合物现在到达硝酸纤维素膜并在毛细管作用下移动。在测试线，标记的抗体缀合物/分析物复合物被分析物的另一种一抗捕获。使得分析物夹在标记的抗体和一抗之间，形成标记的抗体缀合物/分析物/一抗复合物。过量标记的抗体缀合物将通过二抗在对照区捕获。缓冲液或过量溶液进入吸收垫。测试线上的颜色强度对应于靶分析物的量，并用光学条带读取器测量或目视检查。对照线上出现颜色确定条带功能正常。竞争形式：这种形式最适合不能同时结合两种抗体的低分子量化合物。测试线上没有颜色指示分析物的存在，而在测试线和对照线都出现颜色指示阴性结果。竞争形式有两种布局。在第一种布局中，将含有靶分析物的溶液施加到样品施加垫上，并且预先固定的标记的生物分子(抗体/适体)缀合物被水合并开始与移动的液体一起流动。测试线含有预固定的抗原(待检测的相同分析物)，其特异性结合标记的缀合物。对照线含有预先固定的二抗，其具有与标记的抗体缀合物结合的能力。当液体样品到达测试线时，在样品溶液中不存在靶分析物或以使得标记的抗体缀合物的一些位点为空的量存在靶分析物的情况下，则预先固定的抗原将与标记的缀合物结合。样品溶液中的抗原和固定在条带测试线上的抗原竞争结合标记的缀合物。在另一种布局中，标记的分析物缀合物分配在缀合物垫，而分析物的一抗则分配在测试线。在施加分析物溶液之后，在分析物和标记的分析物之间发生竞争以与在测试线处的一抗结合。多重检测形式：多重检测形式用于检测多于一种的靶物质，并且在含有等于待分析靶物质的数量的测试线的条带上进行测定。非常希望在相同的条件设定下同时分析多种分析物。多重检测形式在临床诊断中非常有用，其中要检测多种分析物，这些分析物在决定疾病阶段时是相互依赖的。用于此目的的侧向流动条可以以各种方式构建，即通过增加传统条带上的长度和测试线，制成其他结构如星形或t形。lfia的条带形状将由靶分析物的数量决定。已经报道了用于dna序列的多重检测的基于微阵列的lfia的小型化版本具有几个优点，例如较少的测试试剂消耗，需要较小的样品体积和更好的灵敏度。标记：任何用作标记的材料都应该可以在非常低的浓度下检测到，并且在与生物识别分子缀合后应保持其性质。预期该缀合也不改变生物识别探针的特征。易于与生物分子缀合并且在较长时间段内的稳定性是良好标记的理想特征。低至10-9m的标记浓度是光学可检测的。在测定完成后，一些标记产生直接信号(作为来自金胶体的颜色)，而其他标记需要额外的步骤以产生分析信号(因为酶在与合适的底物反应后产生可检测的产物)。因此，在lfa中优选给出直接信号的标记，因为耗时少且程序减少。金纳米颗粒：胶体金纳米颗粒是lfa中最常用的标记。胶体金是惰性的且给出非常完美的球形颗粒。这些颗粒对生物分子具有非常高的亲和力，并且可以容易地官能化。金纳米颗粒的光学性质取决于尺寸和形状。可以通过使用合适的化学添加剂来调节颗粒的尺寸。它们的独特特征包括环境友好的制备，对蛋白质和生物分子的高亲和力，增强的稳定性，极高的电荷转移值和良好的光学信号。比色lfa中金纳米颗粒的光学信号可以通过沉积银，金纳米颗粒和酶来放大。磁性颗粒和聚集体：有色磁性颗粒在测试线产生颜色，其通过光学条带读取器测量，但来自磁性颗粒的磁信号也可用作检测信号并由磁性测定读数器记录。与光信号相比，磁信号可以稳定更长的时间，并且它们将lfa的灵敏度提高10到1000倍。荧光和发光材料：荧光分子作为标记广泛用于lfa，且荧光量用于定量样品中分析物的浓度。通过使用有机荧光团如罗丹明作为lfa中的标记来完成蛋白质的检测。纳米材料的当前研发已经转向制造量子点，其显示出非常独特的电学和光学性质。这些半导体颗粒不仅是水溶性的，而且由于尺寸接近，也可以容易地与生物分子组合。由于其独特的光学性质，量子点已成为有机荧光染料的替代品。与金纳米颗粒一样，qd显示出与尺寸依赖性的光学性质，并且可以监测广谱波长。单个光源足以激发所有不同尺寸的量子点。qd具有高的光稳定性和吸收系数。上转换磷光体(ucp)的特征在于它们在红外区域中的激发和在高能量可见区域中的发射。与其他荧光材料相比，它们具有不显示任何自发荧光的独特优势。由于它们在ir区域中的激发，它们不使生物分子光降解。其主要优点在于从易于获得的散装材料生产。尽管ucp报告子制备的批次间差异会影响lfa中分析的灵敏度，但是观察到在相同的生物条件设定下进行分析时，与金纳米颗粒或有色乳胶珠相比，它们可以将分析信号的灵敏度提高10到100倍。酶：酶也用作lfa中的标记。但它们在lfa中增加了在完成测定后施加合适的底物的一个步骤。由于酶促反应，该底物将在测试和对照线产生颜色。在酶的情况下，选择合适的酶底物组合是获得用于条形读数器的有色产物或用于用于电化学检测的电活性产物的一个必要要求。换言之，检测的灵敏度取决于酶底物组合。胶体碳：胶体碳是相对便宜的标记，并且其生产可以很容易地扩大规模。由于它们的黑色，可以容易地以高灵敏度检测碳纳米颗粒。胶体碳可以用多种生物分子进行功能化，以检测低分子量和高分子量分析物。检测系统：在金纳米颗粒或其他产色标记的情况下，可以通过在测试和对照线处目视检查颜色来完成定性或半定量分析。视觉检查的主要优点是“是”或“否”的快速定性答案。这种关于临床分析中分析物存在的快速回复具有很高的重要性。在因为耗时很长而无法等待来自中心实验室的测试结果的情形下，这些测试帮助医生在医院的病人附近做出即时决定。但是为了量化，使用光学条带读取器来测量在条带的测试和对照线产生的颜色强度。这是通过将条带插入条带读取器中来实现的，并且通过成像软件同时记录强度。条带的光学图像也可以用照相机记录，且然后使用合适的软件处理。程序包括将条带正确放置在照相机下方，并将受控量的光投射到要观察的区域上。这种系统使用单色光，并且可以调节光的波长以获得在测试和对照线与背景之间的良好对比度。为了提供良好的定量和可重复的结果，检测系统应该对不同的颜色强度敏感。光学标准可用于校准光学读取器设备。在时间消耗，结果解释和变量调整方面，自动化系统具有优于手动成像和处理的优势。在荧光标记的情况下，荧光条带读取器用于记录测试和对照线的荧光强度。当用荧光条带读数器检测时，测试线的荧光亮度随着人血清中硝化血浆铜蓝蛋白浓度的增加而增加。光电传感器也用于lfia中的检测，其中胶体金暴露于发光二极管并记录所得的光电子。测量由酶和底物的反应产生的化学发光，作为对靶分析物的量的响应。磁性条带读数器和电化学检测器也被报道为lfts中的检测系统，但它们并不非常常见。检测器的选择主要由分析中使用的标记决定。“用于测量crp的单克隆抗体”的实例包括但不限于：小鼠，单克隆(108-2a2)；小鼠，单克隆(108-7g41d2)；小鼠，单克隆(12d-2c-36)，igg1；小鼠，单克隆(1g1)，igg1；小鼠，单克隆(5a9)，igg2aκ；小鼠，单克隆(63f4)，igg1；小鼠，单克隆(67a1)，igg1；小鼠，单克隆(8b-5e)，igg1；小鼠，单克隆(b893m)，igg2b，λ；小鼠，单克隆(c1)，igg2b；小鼠，单克隆(c11f2)，igg；小鼠，单克隆(c2)，igg1；小鼠，单克隆(c3)，igg1；小鼠，单克隆(c4)，igg1；小鼠，单克隆(c5)，igg2a；小鼠，单克隆(c6)，igg2a；小鼠，单克隆(c7)，igg1；小鼠，单克隆(crp103)，igg2b；小鼠，单克隆(crp11)，igg1；小鼠，单克隆(crp135)，igg1；小鼠，单克隆(crp169)，igg2a；小鼠，单克隆(crp30)，igg1；小鼠，单克隆(crp36)，igg2a；兔，单克隆(epr283y)，igg；小鼠，单克隆(kt39)，igg2b；小鼠，单克隆(n-a)，igg1；小鼠，单克隆(n1g1)，igg1；单克隆(p5a9at)；小鼠，单克隆(s5g1)，igg1；小鼠，单克隆(sb78c)，igg1；小鼠，单克隆(sb78d)，igg1和兔，单克隆(y284)，igg。用于测量决定子的多克隆抗体包括但不限于通过主动免疫以下一种或多种而从血清产生的抗体：兔、山羊、绵羊、鸡、鸭、豚鼠、小鼠、驴、骆驼、大鼠和马。检测剂的实例包括但不限于：scfv、dsfv、fab、svh、f(ab')2、环肽、haptamers、单结构域抗体、fab片段、单链可变片段、affibody分子、affilins、nanofitins、anticalins、avimers、darpins、kunitz结构域、fynomers和monobody。在具体的实施方案中，试剂盒不包含特异性识别多于50、20、15、10、9、8、7、6、5或4种多肽的多种抗体。在其他实施方案中，本发明的阵列不包含特异性识别多于50、20、15、10、9、8、7、6、5或4种多肽的多种抗体。本发明的一些方面还可用于在许多环境中筛选患者或受试者群体。例如，健康维护组织、公共卫生实体或学校健康计划可以筛选一组受试者以鉴定需要干预的那些，如上所述，或用于收集流行病学数据。保险公司(例如，健康、人寿或伤残)可在确定承保范围或定价的过程中筛选申请人，或者筛选现有客户用于可能的干预。在这种群体筛选中收集的数据，特别是当被诸如感染的状况的任何临床进展限制时，将在例如健康维护组织、公共卫生计划和保险公司的操作中具有价值。这种数据阵列或数据集可以存储在机器可读介质中并且用于许多健康相关的数据管理系统中以提供改进的保健服务、成本有效的保健、改进的保险操作等。参见，例如，美国专利申请号2002/0038227；美国专利申请号us2004/0122296；美国专利申请号us2004/0122297；和美国专利号5,018,067。这种系统可以直接从内部数据存储器访问数据或者从一个或多个数据存储站点远程访问数据，如本文进一步详述的。机器可读存储介质可以包括用机器可读数据或数据阵列编码的数据存储材料，当使用编程有用于使用数据的指令的机器时，所述数据存储材料能够用于多种目的。可以在可编程计算机上执行的计算机程序中实现对本发明的生物标志的有效量的测量和/或由那些生物标志得到的风险评价，所述计算机尤其包括处理器、数据存储系统(包括易失性和非易失性存储器和/或存储元件)、至少一个输入设备和至少一个输出设备。程序代码可以应用于输入数据以执行上述功能并生成输出信息。根据本领域已知的方法，输出信息可以应用于一个或多个输出设备。计算机可为例如传统设计的个人计算机、微型计算机或工作站。每个程序都可以以高级过程式或面向对象的编程语言实现，以与计算机系统通信。但是，如果期望，程序可以以汇编语言或机器语言实现。语言可以是编译或解释语言。每个这样的计算机程序都可以存储在可由通用或专用可编程计算机读取的存储介质或设备(例如，rom或磁盘或本公开内容中其它地方定义的其它)上，用于在由计算机读取存储介质或设备时配置和操作计算机以执行本文所述的过程。在本发明的一些方面中使用的健康相关的数据管理系统还可被认为实现为配置有计算机程序的计算机可读存储介质，其中如此配置的存储介质使得计算机以特定的和预先确定的方式操作以执行本文描述的各种功能。在其一些实施方案中，本发明的多肽决定子可以用于产生那些没有感染的受试者的“参考决定子谱”。本文公开的决定子还可以用于产生取自具有感染的受试者的“受试者决定子谱”。可以将受试者决定子谱与参考决定子谱进行比较，以诊断或鉴定具有感染的受试者。可以比较不同感染类型的受试者决定子谱以诊断或鉴定感染类型。在本发明的一些实施方案中，本发明的参考和受试者决定子谱可以包含在机器可读介质中，例如但不限于，诸如可由vcr读取的那些的模拟磁带、cd-rom、dvd-rom、usb闪存介质等。这种机器可读介质还可以包含另外的测试结果，例如但不限于临床参数和传统实验室危险因子的测量结果。可选地或另外地，机器可读介质还可以包含诸如病史和任何相关家族史的受试者信息。机器可读介质还可以含有与其它疾病风险算法和计算的指数有关的信息，例如本文所述的那些。治疗方案的有效性可以通过随着时间的过去检测从受试者获得的样品的有效量(可为一种或多种)的决定子并比较检测的决定子的量来监控。例如，可以在受试者接受治疗之前获得第一样品，并且在受试者治疗之后或期间采取一个或多个后续样品。例如，本发明的方法可用于区分细菌、病毒和混合感染(即，细菌和病毒共感染)。这将允许患者得到相应地分层和治疗。在本发明的具体实施方案中，如下提供对于受试者的治疗推荐(即，选择治疗方案)：根据公开的方法中的任何一种的方法鉴定受试者中的感染类型(即，细菌、病毒、混合感染或无感染)，并且如果受试者被鉴定为具有细菌感染或混合感染，则推荐受试者接受抗生素治疗；或者如果受试者被鉴定为具有病毒感染，则推荐抗病毒治疗。在另一个实施方案中，本发明的方法可用于推动另外的靶向诊断，例如病原体特异性pcr、胸x-射线、培养等。例如，根据本发明的实施方案指示病毒感染的诊断可推动使用另外的病毒特异性多重pcr，而根据本发明的实施方案指示细菌感染的诊断可推动使用细菌特异性多重pcr。因此，人们可以降低不必要的昂贵诊断学的成本。在具体的实施方案中，如下提供对于受试者的诊断测试推荐：根据任何公开的方法鉴定受试者中的感染类型(即，细菌、病毒、混合感染或无感染)，并且如果受试者被鉴定为具有细菌感染或混合感染，则推荐测试以确定细菌感染的来源；或者如果受试者被鉴定为具有病毒感染，则推荐测试以确定病毒感染的来源。本发明的性能和准确性度量如上文所指出的，可以多种方式评估本发明的性能以及因此绝对和相对临床有用性。在各种性能评估中，本发明的一些方面意图是提供临床诊断和预后的准确性。诊断或预后测试、测定或方法的准确性涉及测试、测定或方法区分具有感染的受试者的能力，基于受试者是否具有决定子水平的“显著改变”(例如，临床上显著的和诊断上显著的)。“有效量”是指测量适当数目的决定子(其可为一种或多种)以产生与对于该一种或多种决定子的预定截止点(或阈值)不同的“显著改变”(例如，决定子的表达或活性水平)，并且因此表明受试者具有该一种或多种决定子是其指示的感染。决定子水平的差异优选是统计学上显著的。如下文所指出的，并且不受本发明的任何限制，实现统计学显著性，并且因此优选的分析、诊断和临床准确性，可能需要在小组(panel)中一起使用几种决定子的组合并与数学算法组合以实现统计学上显著的决定子指数。在疾病状态的分类诊断中，改变测试(或测定)的截止点(cutpoint)或阈值通常改变灵敏度和特异性，但是是以定性反比关系的。因此，在评估建议的评估受试者状况的医学测试、测定或方法的准确性和有用性中，人们应始终考虑灵敏度和特异性两者，并注意在报告灵敏度和特异性处的截止点是什么，这是因为灵敏度和特异性在截止点范围内可显著变化。实现这一点的一种方式是通过使用matthews相关系数(mcc)度量标准，所述度量标准取决于灵敏度和特异性两者。当使用本发明的一些方面时，对于大多数分类风险度量，优选使用诸如roc曲线下面积(auc)的统计量，包括所有潜在的截止点值，而对于连续风险度量，优选使用拟合优度和对观察结果或其它黄金标准的校准的统计量。预定水平的可预测性是指所述方法提供可接受水平的临床或诊断准确性。使用这样的统计量，“可接受的诊断准确性程度”在本文中定义为测试或测定(例如，在本发明的一些方面中用于确定临床上显著的决定子存在的测试，其因此表明存在感染类型)，其中auc(用于测试或测定的roc曲线下面积)为至少0.60，期望地为至少0.65，更期望地为至少0.70，优选为至少0.75，更优选为至少0.80，且最优选为至少0.85。“非常高的诊断准确性程度”是指测试或测定，其中auc(用于测试或测定的roc曲线下面积)为至少0.75，0.80，期望地为至少0.85，更期望地为至少0.875，优选至少0.90，更优选至少0.925，且最优选至少0.95。可选地，所述方法预测感染或对治疗的反应的存在或不存在，总准确性为至少75％，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的总准确性。可选地，所述方法预测细菌感染或对治疗的反应的存在，灵敏度为至少75％，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的灵敏度。可选地，所述方法预测病毒感染或对治疗的反应的存在，特异性为至少75％，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的特异性。可选地，所述方法排除细菌感染的存在或划入病毒感染，具有至少75％的npv，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的npv。可选地，所述方法划入细菌感染的存在或排除病毒感染，具有至少75％ppv，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的ppv。可选地，所述方法预测病毒感染或对治疗的反应的存在，特异性为至少75％，更优选80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的特异性。可选地，所述方法以大于0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9或1.0的mcc预测感染或对治疗的反应的存在或不存在。通常，当相关医学学会和医学实践尚未明确定义疾病类别时，在治疗用途的阈值尚未确定，或者不存在用于诊断未病(pre-disease)的黄金标准的情况下，确定诊断准确性的可选方法通常用于连续度量。对于连续的风险度量，计算的指数的诊断准确性度量一般基于曲线拟合和预测的连续值与实际观测值(或历史指数计算值)之间的校准，并利用诸如r平方、hosmer-lemeshowp-值统计量和置信区间的度量。基于历史观察群的预测报告使用这种算法的预测值并不罕见，包括置信区间(通常为90％或95％ci)，如在通过genomichealth,inc.(redwoodcity,california)商业化的未来乳腺癌复发风险的测试中。通常，通过定义诊断准确性程度，即roc曲线上的截止点，定义可接受的auc值以及确定构成本发明的决定子的有效量的相对浓度的可接受范围允许本领域技术人员以预定水平的可预测性和性能使用决定子来鉴定、诊断或预测受试者。此外，其它未列出的生物标志将与决定子非常高度相关(对本申请来说，当它们具有0.5或更高的测定系数(r2)时，任何两个变量将被认为是“非常高度相关的”)。本发明的一些方面包括上述决定子的这种功能和统计学等价物。此外，这种另外的决定子的统计学效用基本上取决于多种生物标志之间的互相关联，并且将经常需要任何新的生物标志在小组内操作以阐明潜在生物学的含义。在本发明的一些实施方案中，可以在本发明的实践中检测列出的决定子中的一种或多种。例如，可以检测二(2)、三(3)、四(4)、五(5)、十(10)、十五(15)、二十(20)、四十(40)或更多种决定子。在一些方面，可以检测本文列出的所有决定子。可以从中检测决定子的数目的优选范围包括由选自1，和特别是2、3、4、5、6、7、8、9、10、20或40之间的任何最小值定界的范围。特别优选的范围包括2至5(2-5)、2至10(2-10)、2至20(2-20)或2至40(2-40)。决定子小组的构建决定子的分组可以包括在“小组”中，也称为“决定子-识别标志”、“决定子识别标志”或“多决定子识别标志”。在本发明的上下文中的“小组”是指包括一种或多种决定子的一组生物标志(无论它们是决定子、临床参数还是传统实验室危险因子)。小组还可以包含另外的生物标志，例如临床参数，传统实验室危险因子，已知存在或与感染相关，结合本文列出的选定组的决定子。如上文所指出的，当单独且不作为决定子的多生物标志小组的成员使用时，列出的许多个别决定子、临床参数和传统实验室危险因子在可靠区分个别正常受试者、处于具有感染的危险中的受试者(例如，细菌、病毒或共感染)中几乎没有或没有临床用途，且因此不能可靠地单独用于在这三种状态之间对任何受试者进行分类。即使在这些群体的每一个中它们的平均测量结果中存在统计学上显著的差异的情况下，如通常在充分给予动力的(sufficientlypowered)研究中发生的，这种生物标志可能仍然将其适用性限于个别受试者，并且对该受试者的诊断或预后预测几乎没有贡献。统计学显著性的一个常用度量是p-值，其表明观察单独偶然产生的概率；优选地，这样的p-值为0.05或更小，表示目标观察偶然产生的概率为5％或更小。这样的p-值显著地取决于所进行的研究的实力。尽管存在这种个别决定子性能，以及仅结合传统临床参数和很少的传统实验室危险因子的公式的一般性能，但本发明人已经注意到，两种或更多种决定子的某些特定组合也可以用作多生物标志小组，其包含已知涉及一种或多种生理学或生物学途径的决定子的组合，并且这种信息可以通过使用各种公式组合并在临床上有用，包括统计学分类算法和其它，结合并在许多情况下扩展组合的性能特征超出个别决定子的那种。这些具体组合显示出可接受的诊断准确性水平，并且当来自多种决定子的足够信息在训练的公式中组合时，它们经常可靠地实现可从一个群体移动到另一个群体的高水平诊断准确性。如何将两个较不特异或较低性能的决定子组合成用于预期适应症的新颖和更有用的组合的一般概念是本发明的一些实施方案的关键方面。当使用正确的数学和临床算法时，与个别组分相比，多个生物标志可以产生显著的性能改善；这在灵敏度和特异性两者中经常是明显的，并且导致更大的auc或mcc。性能的显著改善可意味着在不同的准确性度量例如总准确性、auc、mcc、灵敏度、特异性、ppv或npv中1％、2％、3％、4％、5％、8％、10％或高于10％的增加。其次，在现有的生物标志中经常存在新的未被察觉的信息，这是因为其是通过新的公式实现提高的灵敏度或特异性水平所必需的。即使对于通常被认为自身具有次优临床性能的生物标志，这种隐藏的信息也可能适用。实际上，单独测量的单个生物标志的高假阳性率方面的次优性能可能非常好地作为生物标志结果中含有一些重要的另外信息的指示物-在没有与第二个生物标志的组合和数学公式的情况下，将无法阐明的信息。另一方面，限制测量的诊断决定子(例如，蛋白质生物标志)的数目经常是有用的，这是因为这允许显著的成本降低并减少所需的样品体积和测定复杂性。因此，即使当两个识别标志具有相似的诊断性能(例如，相似的auc或灵敏度)时，包含较少蛋白的一个可具有显著的实用性和能力以付诸实施。例如，与10个蛋白相比包括5个蛋白并且表现相似的识别标志在现实生活临床环境中具有许多优点，并且因此是期望的。因此，在保持相似水平的准确性的同时能够减少识别标志中包含的蛋白数目是有价值的和发明。在此上下文下，类似的准确性水平可意味着，在不同的准确性度量例如总准确性、auc、mcc、灵敏度、特异性、ppv或npv中，正或负1％、2％、3％、4％、5％、8％或10％；识别标志基因数目的显著减少包括将基因数目减少2、3、4、5、6、7、8、9、10或超过10个基因。本领域已知的若干统计学和建模算法可用于辅助决定子选择的选择方案并最优化组合这些选择方案的算法。统计学工具如因子和交叉生物标志(cross-biomarker)相关/协方差分析允许对小组构建的更多原理方法。可以有利地使用数学聚类和分类树，其示出了决定子之间的欧氏标准化距离。也可采用这种统计学分类技术的途径知情接种(pathwayinformedseeding)，如基于根据个别决定子在特定途径或生理功能中的参与选择所述个别决定子的许多合理方法。最终，诸如统计学分类算法的公式可以直接用于选择决定子并生成和训练将来自多种决定子的结果组合成单个指数所必需的最佳公式。经常使用技术，如前向(根据零潜在解释参数)和后向选择(根据所有可用的潜在解释参数)，并且使用信息标准如aic或bic来定量小组性能和诊断准确性与使用的决定子数目之间的权衡。在前向或后向选择的小组上的个别决定子的位置可以与其为算法提供增量信息内容密切相关，因此贡献的顺序高度依赖于小组中的其它组成决定子。临床算法的构建可以使用任何公式将决定子结果组合成可用于本发明实践的指数。如上所述，但不限于此，除了各种其它指标之外，这种指数可指示概率、可能性、绝对或相对风险、从一种疾病状态转变到另一种疾病状态的时间或速率，或对感染的未来生物标志测量进行预测。这可以针对特定时间段或范围，或针对剩余终生风险，或者仅作为相对于另一参考受试者群体的指数提供。尽管这里描述了各种优选的公式，但是除了本文和上述定义中提到的那些之外的若干其它模型和公式类型是本领域技术人员众所周知的。所使用的实际模型类型或公式本身可以基于其在训练群体中的结果的性能和诊断准确性特征从潜在模型的范围内选择。公式本身的细节通常可来自相关训练群体中的决定子结果。除了其它用途之外，这种公式可意图将从一种或多种决定子输入导出的特征空间映射到一组受试者类(例如，用于预测受试者的类成员资格为正常、具有感染)，以使用贝叶斯方法得出对风险概率函数的估计，或估计类-条件概率，然后使用贝叶斯规则产生类概率函数，如在前一种情况中那样。优选的公式包括广泛种类的统计学分类算法，且特别是判别式分析的使用。判别式分析的目标是从先前鉴定的一组特征中预测类成员资格。在线性判别式分析(lda)的情况下，鉴定特征的线性组合，其通过一些标准最大化组间的分离。可以使用具有不同阈值的基于本征基因(eigengene)的方法(elda)或基于多变量方差分析(manova)的步进算法鉴定lda的特征。可以执行前向、后向和步进算法，其基于hotelling-lawley统计量最小化不分离的概率。基于本征基因的线性判别式分析(elda)是shen等人(2006)开发的一种特征选择技术。所述公式使用修改的本征分析在多变量框架中选择特征(例如，生物标志)，以鉴定与最重要的本征向量相关联的特征。“重要的”被定义为那些本征向量，其解释了试图相对于某个阈值进行分类的样本之间差异的最大方差。支持向量机(svm)是一种分类公式，其试图找到一个分开两个类的超平面。这一超平面含有支持向量，恰好离开超平面边界距离的数据点。在数据当前维度中不存在分开超平面的可能情况下，通过采取始变量的非线性函数将数据投影到更大的维度，极大地扩展维度(venables和ripley，2002)。虽然不是必需的，但svm的特征的过滤经常改进预测。可以使用非参数kruskal-wallis(kw)检验鉴定支持向量机的特征(例如，生物标志)，以选择最佳单变量特征。随机森林(rf，breiman，2001)或递归分区(recursivepartitioning)(rpart，breiman等人，1984)也可以单独使用或组合使用，以鉴定最重要的生物标志组合。kw和rf都要求从总数中选择许多特征。rpart使用可用生物标志的子集创建单个分类树。可使用其它公式，以在将个别决定子测量的结果呈现给预测公式之前将它们预处理成更有价值的信息形式。最值得注意的是，根据群体的平均值使用常见的数学变换如对数或逻辑函数将生物标志结果标准化为正态或其它分布情况等都是本领域技术人员众所周知的。特别重要的是基于临床决定子的一组标准化，例如自症状以来的时间、性别、种族或性别，其中具体公式仅用于一类中的受试者或连续组合临床决定子作为输入。在其它情况下，基于分析物的生物标志可以组合成计算的变量，随后将其呈现给公式。除了可能标准化的一个受试者的个别参数值之外，根据d'agostino等人，(2001)jama286：180-187中概述的技术，或其它类似的标准化和再校准技术，对所有受试者或任何已知受试者类别的总体预测公式本身可基于对群体预期的流行和平均生物标志参数值的调整来再校准或以其它方式调整。这种流行病学调整统计学可通过提供给模型的过去数据的记录连续捕获、确认、改进和更新，所述数据可为机器可读的或其它方式，或偶尔通过对存储的样品的回顾性查询或参考这些参数和统计学的历史研究。可为公式再校准或其它调整的对象的另外的实例包括关于优势比的局限性的pepe,m.s.等人,2004、与roc曲线有关的cook,n.r.,2007的研究中使用的统计学。最后，分类器公式本身的数值结果可通过其对实际临床群体和研究结果以及观察到的终点的参考进行转化后处理，以校准绝对风险并为分类器的不同数值结果或风险公式提供置信区间。有多种方式(和公式)将两种生物标志物组合成一种预测性评分。例如，使用对每个生物标志物各一个的双截止值，产生二元分离模式，其可以在细菌，病毒和混合(细菌-病毒共感染)患者之间进行分离。对于一些生物标志物，添加另一个截止值还可以通过生成由六个单元组成的分离模式来识别健康患者。可选地，细菌和病毒患者之间的分离可以基于两种生物标志物之间的比率。使用两个生物标记之间的比率的限定截止值产生分离细菌和病毒区域的线。组合两种生物标志物的另一种方式是使用统计分类算法，其可以产生各种独特的分离超平面，其以高水平的准确度、以独立于截止值的方式区分两组患者。重要的是，与使用限定的截止值和二元/六单元分离模式获得的二元结果(仅细菌或病毒结果)相比，独立于截止值的模型(例如使用统计分类算法生成)可以提供可能性得分(例如，90％的细菌感染机会)。因此，它可以提供可以指导正确的患者管理的额外临床信息。统计分类算法的示例包括人工神经网络(ann)，支持向量机(svm)，贝叶斯网络(bn)，k-最近邻(knn)和逻辑回归。因此，本发明的某些实施方案包括组合两种多肽，第一种是trail，且第二种选自包括例如crp、pct、il-6、ip-10、mx1、il1ra的一系列多肽，用于早期划入细菌感染。在另一个实施方案中，分离是基于使用限定的截止值的两种生物标志物之间的比率。在又一个实施方案中，使用统计分类算法以独立于截止值的方式进行两种生物标志物的组合。一些决定子可表现出取决于患者年龄的趋势(例如，群体基线可随年龄而上升或下降)。人们可以使用“年龄依赖性标准化或分层”方案以对年龄相关的差异进行调整。执行年龄依赖性标准化、分层或不同的数学公式可以用于改善区分不同类型感染的决定子的准确性。例如，本领域技术人员可以产生拟合随年龄而变的每种决定子的群体平均水平的函数，并使用它来标准化不同年龄的个别受试者水平的决定子。另一个例子是根据他们的年龄对受试者分层，并独立确定每个年龄组的年龄特异性阈值或指数值。在本发明的上下文中，可使用以下统计学术语：“tp”是真阳性，意味着准确反映所测试的活性(tested-foractivity)的阳性测试结果。例如，在本发明的上下文中，tp为例如但不限于正确地对细菌感染进行分类本身。“tn”是真阴性，意味着准确反映所测试的活性的阴性测试结果。例如，在本发明的上下文中，tn为例如但不限于正确地对病毒感染进行分类本身。“fn”是假阴性，意味着看起来阴性、但未能揭示情况的结果。例如，在本发明的上下文中，fn为例如但不限于将细菌感染错误地分类为病毒感染。“fp”是假阳性，意味着错误地分类于阳性类别的测试结果。例如，在本发明的上下文中，fp为例如但不限于将病毒感染错误地分类为细菌感染。“灵敏度”通过tp/(tp+fn)或疾病受试者的真阳性分数计算。“特异性”通过tn/(tn+fp)或非疾病或正常受试者的真阴性分数计算。“总准确性”通过(tn+tp)/(tn+fp+tp+fn)计算。“阳性预测值”或“ppv”通过tp/(tp+fp)或所有阳性测试结果的真阳性分数计算。它固有地受到疾病的流行和意图测试的群体的测试前概率(pre-testprobability)的影响。“阴性预测值”或“npv”通过tn/(tn+fn)或所有阴性测试结果的真阴性分数计算。它也固有地受到疾病的流行和意图测试的群体的测试前概率的影响。参见，例如，o’marcaighas,jacobsonrm,“estimatingthepredictivevalueofadiagnostictest,howtopreventmisleadingorconfusingresults,”clin.ped.1993,32(8):485-491，其讨论了测试的特异性、灵敏度和阳性和阴性预测值，所述测试例如临床诊断测试。“mcc”(mathwes相关系数)计算如下：mcc=(tp*tn–fp*fn)/{(tp+fn)*(tp+fp)*(tn+fp)*(tn+fn)}^0.5，其中tp、fp、tn、fn分别是真阳性、假阳性、真阴性和假阴性。注意，mcc值在-1和+1之间变化，分别表示完全错误和完美分类。mcc为0表示随机分类。已经显示mcc对于将灵敏度和特异性结合到单个度量标准中是有用的(baldi，brunak等人，2000)。在不平衡的类大小的情况下，它也可用于测量和最优化分类准确性(baldi，brunak等人，2000)。经常，对于使用连续诊断测试测量的二元疾病状态分类方法，灵敏度和特异性根据pepe等人,“limitationsoftheoddsratioingaugingtheperformanceofadiagnostic,prognostic,orscreeningmarker,”am.j.epidemiol2004,159(9):882-890通过接收者操作特征(roc)曲线总结，并且由曲线下面积(auc)或c-统计量总结，一种允许只用单个值在测试(或测定)截止点的整个范围内表现测试、测定或方法的灵敏度和特异性的指示物。还参见，例如，shultz，“clinicalinterpretationoflaboratoryprocedures,”第14章，teitz,fundamentalsofclinicalchemistry,burtis和ashwood(eds.),第4版1996,w.b.saunderscompany,第192-199页；和zweig等人，“roccurveanalysis:anexampleshowingtherelationshipsamongserumlipidandapolipoproteinconcentrationsinidentifyingsubjectswithcoronoryarterydisease,”clin.chem.,1992,38(8):1425-1428。使用似然函数、优势比、信息理论、预测值、校准(包括拟合优度)和重新分类测量的可选方法根据cook,“useandmisuseofthereceiveroperatingcharacteristiccurveinriskprediction,”circulation2007,115:928-935总结。“准确性”是指测量或计算的量(测试报告值)与其实际(或真实)值的一致程度。临床准确性与真实结果(真阳性(tp)或真阴性(tn)与错误分类结果(假阳性(fp)或假阴性(fn))相比的比例有关，且可表示为灵敏度、特异性、阳性预测值(ppv)或阴性预测值(npv)、matheus相关系数(mcc)，或似然、优势比、接收者操作特征(roc)曲线、曲线下面积(auc)以及其它度量。“公式”、“算法”或“模型”是采用一个或多个连续或分类输入(此处称为“参数”)并计算输出值的任何数学方程、算法、分析或程序化过程或统计学技术，有时被称为“指数”或“指数值”。“公式”的非限制性实例包括总和、比率和回归算子，例如系数或指数、生物标志值转化和标准化(包括但不限于基于临床决定子的那些标准化方案，例如性别、年龄或种族特点)、规则和指南、统计学分类模型以及对历史群体训练的神经网络。在组合决定子中特别有用的是线性和非线性方程和统计学分类分析，以确定在受试者样品中检测到的决定子水平与受试者具有感染或某种类型感染的概率之间的关联。在小组和组合构建中，特别重要的是结构和语法统计学分类算法，以及指数构建方法，其利用模式识别特征，包括已确立的技术，如互相关联，主成分分析(principalcomponentsanalysis)(pca)，因素转动(factorrotation)，逻辑回归(logreg)，线性判别式分析(lda)，本征基因线性判别式分析(elda)，支持向量机(svm)，随机森林(rf)，递归分区树(rpart)，以及其它相关的决策树(decisiontree)分类技术，shrunkencentroids(sc)，stepaic，kth-nearestneighbor，boosting，决策树，神经网络，贝叶斯网络和隐马尔可夫模型等。其它技术可用于存活和事件发生所需的时间危害分析，包括本领域技术人员众所周知的cox、weibull、kaplan-meier和greenwood模型。这些技术中的许多或者与决定子选择技术结合是有用的，例如前向选择、后向选择或逐步选择、给定大小的所有潜在小组的完整列举、遗传算法，或者它们本身在它们自己的技术中可包括生物标志选择方法。这些可以与信息标准相结合，例如akaike的信息标准(aic)或bayes信息标准(bic)，以定量另外的生物标志和模型改进之间的权衡，并有助于最小化过度拟合(overfit)。使用这样的技术如bootstrap、leave-one-out(loo)和10-倍交叉验证(10-倍cv)，得到的预测模型可在其它研究中验证，或者在它们最初被训练的研究中交叉验证。在各个步骤，可以根据本领域已知的技术通过值置换(valuepermutation)来估计错误发现率。“健康经济效用函数”是一种公式，它得自在诊断或治疗干预引入护理标准之前和之后，理想化适用患者群体中一系列临床结果的预期概率的组合。它包括对这种干预的准确性、有效性和性能特征，以及与每种结果相关的成本和/或价值测量(效用)的估计，其可得自护理的实际健康系统成本(服务、供应品、设备和药物等)和/或作为导致每一结果的每个质量调整寿命年(qualityadjustedlifeyear)(qaly)的估计可接受值得出。跨越所有预测结果，对一个结果预测的群体大小乘以各自结果的预期效用的乘积的总和是给定护理标准的总健康经济效用。(i)对具有干预的护理标准计算的总健康经济效用与(ii)对没有干预的护理标准的总健康经济效用相比之间的差异导致干预的健康经济成本或价值的总体度量。这本身可在被分析的整个患者组间(或仅在干预组间)分配，以获得每单位干预的成本，并指导诸如市场定位、定价和卫生系统接受度假设的决策。这种健康经济效用函数通常用于比较干预的成本-效益，但也可被转化以估计卫生保健系统愿意支付的每qaly的可接受值，或者新的干预所需的可接受的成本效益临床性能特征。对于本发明的诊断(或预后)干预，由于每个结果(在疾病分类诊断测试中可为tp、fp、tn或fn)具有不同的成本，所以健康经济效用函数基于临床情况和个体结果成本和价值可优先支持灵敏度超过特异性、或ppv超过npv，并且因此提供了另一种健康经济性能和价值的度量，其可与更直接的临床或分析性能度量不同。这些不同的测量和相对权衡通常将仅在完美测试的情况下汇合，具有零错误率(也就是说，零预测的受试者结果错误分类或fp和fn)，其所有性能度量将优先于不完美，但是程度不同。“分析准确性”指测量过程本身的可再现性和可预测性，并且可在诸如变异系数(cv)、pearson相关以及相同样品或对照用不同时间、用户、设备和/或试剂的一致和校准检验的测量中总结。vasan，2006中也总结了评价新生物标志中的这些和其它考虑因素。“性能”是与诊断或预后测试的总体有用性和质量相关的术语，除了其他之外包括临床和分析准确性、其它分析和过程特征，例如使用特征(例如，稳定性，易用性)、健康经济价值以及测试组分的相对成本。这些因素中的任何一个都可为优良性能并因此测试的有用性的来源，并且可通过相关的适当“性能度量标准”例如auc和mcc、结果发生所需的时间、贮存期限等来测量。“统计学上显著的”意味着改变大于可能预期单独偶然发生的改变(其可为“假阳性”)。统计学显著性可以通过本领域已知的任何方法确定。常用的显著性度量包括p-值，其表示假设数据点仅是偶然的结果，获得至少与给定数据点一样极端的结果的概率。在p-值为0.05或更小时，结果经常被认为是高度显著的。在本发明的上下文中，可使用以下缩写：抗生素(abx)、不利事件(ae)、任意单位(a.u.)、全血细胞计数(cbc)、病例报告表(crf)、胸x-射线(cxr)、电子病例报告表(ecrf)、美国食品药品监督管理局(fda)、良好临床实践(gcp)、胃肠道(gi)、胃肠炎(ge)、国际协调会议(internationalconferenceonharmonization)(ich)、传染病(id)、体外诊断(ivd)、下呼吸道感染(lrti)、心肌梗死(mi)、聚合酶链反应(pcr)、口服(per-oss)(p.o)、经直肠(p.r)、护理标准(soc)、标准操作程序(sop)、尿道感染(uti)、上呼吸道感染(urti)。如本文所用的，术语“约”指±10％。术语“包含(comprises)”、“包含(comprising)”、“包括(includes)”、“包括(including)”、“具有(having)”和它们的词形变化指“包括但不限于”。术语“由……组成”指“包括且限于”。术语“基本上由……组成”指组合物、方法或结构可包括另外的成分、步骤和/或部件，但只有当另外的成分、步骤和/或部件不实质上改变请求保护的组合物、方法或结构的基本和新颖特征时。如本文所用的，单数形式“一(a)”、“一个(an)”和“所述(the)”包括复数参考，除非上下文另有明确说明。例如，术语“化合物”或“至少一种化合物”可包括多种化合物，包括其混合物。在整个申请中，本发明的各种实施方案可以范围形式呈现。应理解的是，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，且不应该被解释为对本发明范围的硬性限制。因此，应该认为范围的描述具体公开了该范围内的所有可能的子范围以及个别数值。例如，应该认为，对诸如1至6的范围的描述具有具体公开的子范围，例如从1到3、从1到4、从1到5、从2到4、从2到6、从3到6等，以及在该范围内的个别数字，例如，1、2、3、4、5和6。无论范围的宽度如何，这都适用。无论何时在本文中指示数值范围，其都意图包括在所指示的范围内的任何引用的数字(分数或整数)。短语在第一指示数字至第二指示数字之间“变化/变化(ranging/rangesbetween)”和“从”第一指示数字“到”第二指示数字在本文中可互换使用，并且意味着包括第一和第二指示数字以及它们之间的所有分数和整数数字。如本文所用的，术语“方法”是指用于完成给定任务的方式、手段、技术和程序，包括但不限于化学、药理学、生物学、生物化学和医学领域的从业者已知的那些方式、手段、技术和程序，或化学、药理学、生物学、生物化学和医学领域的从业者易于从已知的方式、手段、技术和程序开发的那些方式、手段、技术和程序。如本文所用的，术语“治疗”包括消除、基本上抑制、减缓或逆转状况的进展，基本上改善状况的临床或美学症状，或基本上防止状况的临床或美学症状的出现。要理解的是，为了清楚起见，在分开的实施方案的上下文中描述的本发明的某些特征也可在单个实施方案中组合提供。相反，为了简洁起见，在单个实施方案的上下文中描述的本发明的各种特征也可分开提供或以任何合适的子组合提供或者适当时在本发明的任何其它描述的实施方案中提供。在各种实施方案的上下文中描述的某些特征不被认为是那些实施方案的必要特征，除非所述实施方案在没有那些要素的情况下不起作用。尽管已经结合其具体实施方案描述了本发明，但显然许多替代、修改和变化对于本领域技术人员来说将是显而易见的。因此，意图包含落入所附权利要求的精神和广泛范围内的所有这些替代、修改和变化。本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均整体引入本说明书中作为参考，其程度如同每个个别的出版物、专利或专利申请被具体和个别地指出引入本文作为参考一样。另外，本申请中任何参考文献的引用或确定不应被解释为承认这样的参考文献可用作本发明的现有技术。在使用章节标题的范围内，它们不应被解释为必定是限制性的。如上所述和如下面的权利要求部分所请求保护的本发明的各种实施方案和方面在以下实施例中找到实验支持。实施例现在参考以下实施例，其与以上描述一起以非限制性方式说明本发明的一些实施方案。通常，本文使用的命名法和本发明中使用的实验室程序包括分子、生物化学、微生物学和重组dna技术。这种技术在文献中有详尽的解释。参见，例如，"molecularcloning:alaboratorymanual"sambrook等人,(1989);"currentprotocolsinmolecularbiology"volumesi-iiiausubel,r.m.,ed.(1994);ausubel等人,"currentprotocolsinmolecularbiology",johnwileyandsons,baltimore,maryland(1989);perbal,"apracticalguidetomolecularcloning",johnwiley&sons,newyork(1988);watson等人,"recombinantdna",scientificamericanbooks,newyork;birren等人(eds)"genomeanalysis:alaboratorymanualseries",vols.1-4,coldspringharborlaboratorypress,newyork(1998)；如列于美国专利号4,666,828;4,683,202;4,801,531;5,192,659和5,272,057中的方法；"cellbiology:alaboratoryhandbook",volumesi-iiicellis,j.e.,ed.(1994);"cultureofanimalcells-amanualofbasictechnique"byfreshney,wiley-liss,n.y.(1994),thirdedition;"currentprotocolsinimmunology"volumesi-iiicoliganj.e.,ed.(1994);stites等人(eds),"basicandclinicalimmunology"(8thedition),appleton&lange,norwalk,ct(1994);mishell和shiigi(eds),"selectedmethodsincellularimmunology",w.h.freemanandco.,newyork(1980)；在专利和科学文献中广泛描述了可用的免疫测定，参见，例如，美国专利号3,791,932;3,839,153;3,850,752;3,850,578;3,853,987;3,867,517;3,879,262;3,901,654;3,935,074;3,984,533;3,996,345;4,034,074;4,098,876;4,879,219;5,011,771和5,281,521;"oligonucleotidesynthesis"gait,m.j.,ed.(1984);“nucleicacidhybridization"hames,b.d.和higginss.j.,eds.(1985);"transcriptionandtranslation"hames,b.d.和higginss.j.,eds.(1984);"animalcellculture"freshney,r.i.,ed.(1986);"immobilizedcellsandenzymes"irlpress,(1986);"apracticalguidetomolecularcloning"perbal,b.,(1984)和"methodsinenzymology"vol.1-317,academicpress;"pcrprotocols:aguidetomethodsandapplications",academicpress,sandiego,ca(1990);marshak等人,"strategiesforproteinpurificationandcharacterization-alaboratorycoursemanual"cshlpress(1996)；所有这些都引入本文作为参考，如同在此完全阐述一样。贯穿本文件自始至终提供了其它一般参考。其中的程序被认为是本领域众所周知的，并且是为了方便读者而提供的。其中包含的所有信息都引入本文作为参考。方法研究群体：2009年8月至2013年11月期间，从以色列hillel-yaffe和bnai-zion医疗中心(nct01917461)前瞻性招募了1002名疑似急性传染病的患者和非传染性对照。该研究得到了hillel-yaffe医疗中心机构审查委员会和bnai-zion医疗中心机构审查委员会的批准。该研究是根据goodclinicalpractice和赫尔辛基宣言的指南和建议进行的。适用时，从每个参与者或法定监护人处获得知情同意书。儿科患者(≤18岁)从儿科急诊科(ped)，儿科病房和外科部门招募，且成人(>18岁)从急诊科(ed)，内科部门和外科部门招募。适用时，从每个参与者或法定监护人处获得知情同意书。传染病群的算入标准包括：临床怀疑急性传染病，自症状发作的峰值发热>37.5℃，且症状持续时间≤12天。对照组的算入标准包括：非传染病(例如创伤、中风和心肌梗死)的临床印象或健康受试者。排除标准包括：登记前两周内任何急性传染病发作的证据；诊断为先天性免疫缺陷；目前采用免疫抑制或免疫调谐疗法治疗；活动性恶性肿瘤，已证实或疑似的人免疫缺陷病毒(hiv)-1、乙型肝炎病毒(hbv)或丙型肝炎病毒(hcv)感染。重要的是，为了使得能够广泛的一般化，登记时的抗生素治疗不导致从研究排除。登记过程和数据收集：对于每位患者，记录以下基线变量：人口统计学，体格检查，病史(例如，主诉、原疾病、长期施用的药物、合并症(comorbidities)、症状发作时间和峰值温度)，在登记时获得的全血细胞计数(cbc)，和化学小组(例如，肌酸酐、尿素、电解质和肝酶)。从每位患者获得鼻拭子用于进一步的微生物学调查，并获得血液样品用于蛋白质筛选和验证。在医生认为合适的情况下获得另外的样品(例如，分别在疑似尿道感染[uti]和胃肠炎[gi]的情况下的尿和粪便样品)。放射性测试随医生的意思获得(例如，胸x-射线用于疑似下呼吸道感染[lrti])。登记后30天，记录疾病过程和对治疗的反应。所有信息均记录在定制电子病例报告表(ecrf)中。微生物学调查：患者经历来自鼻拭子样品的两个多重-pcr诊断测定：(i)seeplex®rv15(n=713)，用于检测副流感病毒1、2、3和4、冠状病毒229e/nl63、腺病毒a/b/c/d/e、博卡病毒1/2/3/4、甲型和乙型流感病毒、偏肺病毒、冠状病毒oc43、鼻病毒a/b/c、呼吸道合胞病毒a和b、以及肠道病毒，和(ii)seeplex®pb6(n=633)，用于检测肺炎链球菌(streptococcuspneumoniae)、流感嗜血菌(haemophilusinfluenzae)、肺炎嗜衣原体(chlamydophilapneumoniae)、侵肺军团菌(legionellapneumophila)、百日咳博德特氏菌(bordetellapertussis)和肺炎枝原体(mycoplasmapneumoniae)。多重-pcr测定由合格的服务实验室进行。还根据患者的疑似临床综合征测试了患者的另外的病原体，包括：血培养(n=420)、尿培养(n=188)和粪便培养，用于志贺氏菌属种(shigellaspp.)、弯曲杆菌属种(campylobacterspp.)和沙门氏菌属种(salmonellaspp.)(n=66)；血清学测试(igm和/或igg)，用于巨细胞病毒(cmv)、eb病毒(ebv)、肺炎枝原体(mycoplasmapneumonia)和伯氏考克斯氏体(coxiellaburnetii)(q-热)(q-fever)(分别地，n=167、n=130、n=206、n=41)。建立参考标准：遵从诊断准确性报告标准(standardsforreportingofdiagnosticaccuracy)(stard；图1)1的推荐创建了严格的复合参考标准。首先，如上所述对每位患者进行彻底的临床和微生物学调查。然后，整个疾病过程中收集的所有数据都由三位医生的小组审查。对于成人患者(>18岁)，小组包括主治医生和两位传染病专科医生，而对于儿童和青少年(≤18岁)，包括主治儿科医生、传染病专家和资深主治儿科医生。每个小组成员为每位患者分配以下诊断标记之一：(i)细菌；(ii)病毒；(iii)没有明显的传染病或健康(对照)；和(iv)混合感染(细菌加病毒)。重要的是，小组成员对其同伴的标记和识别标志的结果不知情。样品，程序和蛋白质测量：将静脉血液样品在4℃下在现场储存长达5小时，且随后分成血浆，血清和总白细胞并储存在-80℃。将鼻拭子和粪便样品在4℃下储存长达72小时，且随后运送到经认证的服务实验室进行基于多重pcr的测定。使用商业elisa试剂盒(memeddiagnostics)测量trail蛋白。统计分析：初步分析基于接收者工作特性曲线下面积(auc)，灵敏度(tp/p)，特异性(tn/n)，阳性预测值(ppv=tp/[tp+fp])，阴性预测值(npv=tn/[tn+fn])，其中p，n，tp和tn分别对应于阳性(细菌患者)，阴性(病毒患者)，真阳性(正确诊断的细菌患者)和真阴性(正确诊断的病毒患者)。用matlab进行统计分析。结果患者特征：三名医生为每位患者独立分配标记(细菌，病毒，对照或不确定)。98名患者被标记为不确定，因为医生无法建立疾病病因或没有多数标记。所分析的群组的详细表征描述于图2-7中。简而言之，该队列在性别方面是平衡的(47％的女性，53％的男性)，并且包括56％的儿科患者(≤18岁)和44％的成人(>18岁)。患者表现出广泛的临床综合征(如rti、uti和全身感染)，最高温度(36-41.5℃)和距症状发作的时间(0-12天)。总共检测到56种病原物种，这些病原体是西方世界绝大多数急性传染病的原因。trail作为诊断细菌感染的诊断标志物由于不同于已知的生物标志物，trail是用于区分细菌和病毒感染的有价值的生物标志物，trail的血清水平响应于细菌感染而降低并且响应于病毒感染而增加(图8)。trail在区分细菌和病毒感染中的准确性水平取决于所使用的截止值。表4显示了两个示例性trail截止值(70和85pg/ml)的准确性度量。表4：使用所示的不同截止值，trail在区分具有细菌(n=319)和病毒(n=334)感染的患者中的准确性度量截止值灵敏度特异性ppvnpvtrail<70pg/ml0.830.780.780.79trail<85pg/ml0.90.660.820.80亚组分析本发明人进一步评估了trail区分各种患者亚组中的细菌和病毒感染的能力。根据几个类别(即，临床综合征；特定病原体；和年龄)对患者进行分层，并且使用示例性截止值计算trail的准确性度量。特定病原体的实例在评估的示例性trail截止值中，trail在区分大肠杆菌，a组链球菌或粪肠球菌与影响相同生理系统的病毒中表现出优异的性能(表5和6)。表5：trail在区分具有病毒和如所示的不同细菌感染患者中的准确性度量(trail截止值70pg/ml)。如所示，将细菌与影响相同生理系统的病毒进行比较细菌灵敏度特异性生理系统大肠杆菌0.890.83泌尿，全身a组链球菌0.930.79呼吸系统，全身，皮肤粪肠球菌1.000.83泌尿，全身表6：trail在区分具有如病毒和所示的不同细菌感染患者中的准确性度量(trail截止值85pg/ml)。如所示，将细菌与影响相同生理系统的病毒进行比较细菌灵敏度特异性生理系统大肠杆菌0.950.74泌尿，全身a组链球菌1.000.67呼吸系统，全身，皮肤粪肠球菌1.000.74泌尿，全身临床综合征的实例trail在具有各种临床综合征(包括严重细菌感染(sbi)，上呼吸道感染(utri)，下呼吸道感染(lrti)和无源发热(fws；表7))的患者中区分细菌和病毒感染中表现出优异的性能。表7：trail(截止值85pg/ml)在呈现不同临床综合征(sbi-严重细菌感染；utri-上呼吸道感染；lrti-下呼吸道感染；fws-没有来源的发烧)的患者中区分病毒和细菌感染的准确性度量临床综合征灵敏度特异性sbi0.900.47utri0.970.66lrti0.850.53fws0.920.72年龄trail准确性度量表现出一定程度的差异。例如，trail的敏感性在成人组(>18岁)中较高，而特异性在儿科组较高(<18岁的；表8；trail截止值70pg/ml)。表8：trail(截止值70pg/ml)在如所示的成人(n=251)和儿科(n=402)患者中区分病毒和细菌感染的准确性度量年龄组灵敏度特异性成人(>18)0.840.71儿童(<18)0.810.79trail特别适用于细菌感染的早期诊断在细菌性疾病的情况下，延迟或无抗生素治疗非常常见(所有细菌感染的24％-40％)4-7，并且可导致与疾病相关的并发症，导致发病率和死亡率增加8-10。因此，及时鉴别细菌感染患者对于指导正确的患者管理具有重要意义。因此，本发明人评估了trail在疾病进展的不同阶段的表现。有趣的是，发现在症状发作后的第一天，细菌和病毒感染患者中的trail水平已经显著不同(图10)。此外，使用不同trail截止值，trail在区分具有细菌和病毒感染的患者中的准确度水平在症状发作后的第一天中更高(表9和10)。表9：在如所示的症状发作后的不同天，trail(截止85pg/ml)区分病毒和细菌感染的准确性度量0-1天>1天0-2天>2天灵敏度0.930.890.920.89特异性0.670.660.690.64表10：在如所示的症状发作后的不同天，trail(截止70pg/ml)区分病毒和细菌感染的准确性度量0-1天>1天0-2天>2天灵敏度0.870.820.850.81特异性0.780.780.810.75尽管已经结合其具体实施方案描述了本发明，但显然许多替代、修改和变化对于本领域技术人员来说将是显而易见的。因此，意图包含落入所附权利要求的精神和广泛范围内的所有这些替代、修改和变化。本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均整体引入本说明书中作为参考，其程度如同每个个别的出版物、专利或专利申请被具体和个别地指出引入本文作为参考一样。另外，本申请中任何参考文献的引用或确定不应被解释为承认这样的参考文献可用作本发明的现有技术。在使用章节标题的范围内，它们不应被解释为必定是限制性的。参考文献1.bossuyt,p.m.等人，thestardstatementforreportingstudiesofdiagnosticaccuracy:explanationandelaboration.anninternmed138,w1–w12(2003).2.kunze,w.,beier,d.&groeger,k.adenovirusrespiratoryinfectionsinchildren.dotheymimicbacterialinfections(2010).3.oved,k.等人，anovelhost-proteomesignaturefordistinguishingbetweenacutebacterialandviralinfections.plosone10,e0120012(2015).4.craig,j.c.等人，theaccuracyofclinicalsymptomsandsignsforthediagnosisofseriousbacterialinfectioninyoungfebrilechildren:prospectivecohortstudyof15781febrileillnesses.bmj340,(2010).5.dedier,j.,singer,d.e.,chang,y.,moore,m.&atlas,s.j.processesofcare,illnessseverity,andoutcomesinthemanagementofcommunity-acquiredpneumoniaatacademichospitals.arch.intern.med.161,2099–2104(2001).6.caterino,j.m.,hiestand,b.c.&martin,d.r.qualityofcareinelderemergencydepartmentpatientswithpneumonia:aprospectivecohortstudy.bmcemergmed8,6(2008).7.houck,p.m.timingofantibioticadministrationandoutcomesformedicarepatientshospitalizedwithcommunity-acquiredpneumonia.archinternmed164,637–644(2004).8.zwart,s.等人，penicillinforacutesorethroat:randomiseddoubleblindtrialofsevendaysversusthreedaystreatmentorplaceboinadults.bmj320,150–154(2000).9.little,p.delayedprescribingofantibioticsforupperrespiratorytractinfection.bmj331,301–302(2005).10.spiro,d.m.等人，wait-and-seeprescriptionforthetreatmentofacuteotitismedia:arandomizedcontrolledtrial.jama296,1235–1241(2006).11.faucias&marstonhd.theperpetualchallengeofantimicrobialresistance.jama(2014).doi:10.1001/jama.2014.2465.12.cdc-getsmart:fastfactsaboutantibioticresistance.(2011).availableat:www(dot)cdc(dot)gov/getsmart/antibiotic-use/fast-facts(dot)html.(accessed:21stnovember2011).13.cdc-aboutantimicrobialresistance.(2011).availableat:www(dot)cdc(dot)gov/drugresistance/about(dot)html.(accessed:21stnovember2011).14.niemz,a.,ferguson,t.m.&boyle,d.s.point-of-carenucleicacidtestingforinfectiousdiseases.trendsbiotechnol.29,240–250(2011).15.craw,p.&balachandran,w.isothermalnucleicacidamplificationtechnologiesforpoint-of-carediagnostics:acriticalreview.labchip12,2469–2486(2012).16.kim,k.h.,shin,j.h.&kim,s.y.theclinicalsignificanceofnasopharyngealcarriagesinimmunocompromisedchildrenasassessed.thekoreanjournalofhematology44,220(2009).17.shin,j.h.,han,h.y.&kim,s.y.detectionofnasopharyngealcarriagesinchildrenbymultiplexreversetranscriptase-polymerasechainreaction.koreanjournalofpediatrics52,1358(2009).18.jung,c.l.,lee,m.a.&chung,w.s.clinicalevaluationofthemultiplexpcrassayforthedetectionofbacterialpathogensinrespiratoryspecimensfrompatientswithpneumonia.koreanjournalofclinicalmicrobiology13,40(2010).19.rhedin,s.等人，clinicalutilityofpcrforcommonvirusesinacuterespiratoryillness.pediatricspeds.2013-3042(2014).doi:10.1542/peds.2013-3042.20.bogaert,d.,degroot,r.&hermans,p.w.m.streptococcuspneumoniaecolonisation:thekeytopneumococcaldisease.lancetinfectdis4,144–154(2004).21.spuesens,e.b.m.等人，carriageofmycoplasmapneumoniaeintheupperrespiratorytractofsymptomaticandasymptomaticchildren:anobservationalstudy.plosmed10,e1001444(2013).22.salvi,s.thesilentepidemicofcopdinafrica.lancetglobhealth3,e6-7(2015).23.gold-theglobalinitiativeforchronicobstructivelungdisease.可得自：www(dot)goldcopd(dot)org/guidelines-global-strategy-for-diagnosis-management(dot)html.(访问于：2015年4月15日).24.who|thetop10causesofdeath.who可得自：www(dot)who(dot)int/mediacentre/factsheets/fs310/en/.(访问于：2015年3月17日).25.globalproblems,smartsolutions.cambridgeuniversitypress可得自：www(dot)cambridge(dot)org/il/academic/subjects/economics/public-economics-and-public-policy/global-problems-smart-solutions-costs-and-benefits.(访问于：2015年4月15日).26.hoogendoorn,m.economicimpactofcopd:empiricalandmodel-basedstudiesonthecost-effectivenessoftreatmentoptions.journalofneurophysiology-jneurophysiol(2011).27.hurst,j.r.等人，susceptibilitytoexacerbationinchronicobstructivepulmonarydisease.n.engl.j.med.363,1128–1138(2010).28.kim,v.等人，airwaywallthicknessisincreasedincopdpatientswithbronchodilatorresponsiveness.respir.res.15,84(2014).29.bhowmik,a.,seemungal,t.a.,sapsford,r.j.&wedzicha,j.a.relationofsputuminflammatorymarkerstosymptomsandlungfunctionchangesincopdexacerbations.thorax55,114–120(2000).30.molyneaux,p.l.等人，outgrowthofthebacterialairwaymicrobiomeafterrhinovirusexacerbationofchronicobstructivepulmonarydisease.am.j.respir.crit.caremed.188,1224–1231(2013).31.taylor,a.e.等人，defectivemacrophagephagocytosisofbacteriaincopd.eur.respir.j.35,1039–1047(2010).32.sethi,s.,evans,n.,grant,b.j.b.&murphy,t.f.newstrainsofbacteriaandexacerbationsofchronicobstructivepulmonarydisease.n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