一种用于肺癌诊断的靶蛋白及其用途、试剂盒的制作方法

文档序号:20785354发布日期:2020-05-19 21:38阅读:305来源:国知局
本发明涉及生物
技术领域
,尤其涉及一种用于肺癌诊断的靶蛋白及其用途、试剂盒。
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:肺癌是目前最常见的恶性肿瘤之一,也是全球发病率和死亡率增加最快的肿瘤。在全球范围内,肺癌在男性常见肿瘤中居首位,在女性常见肿瘤中居于二、三位。每年大概有120万患者被诊断为肺癌,110万人死于肺癌。肺癌依据其组织病理学可分为两大类:小细胞肺癌和非小细胞肺癌。非小细胞肺癌又包含鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌等。迄今为止,全球的肺癌筛查方案尚不成熟。因此,早期筛查和诊断己经成为肺癌防治急需解决的重大科学问题,肿瘤靶蛋白的发现和合理应用是肿瘤早期发现及个体化治疗的前提。目前有关肺癌的发病机制尚不清楚,研究显示直接从蛋白质整体水平入手来研究肺癌将有可能寻找出更合适的肺癌诊断的靶蛋白,为肺癌的诊断预防和治疗提供依据。tpm3基因是原肌球蛋白(troponmyosin,tm)基因家族中的一员,tm与肌钙蛋白作为复合体协同,影响肌球蛋白和肌动蛋白的结合,从而影响atp酶的活性,进而影响肌肉的收缩。在脊椎动物横纹肌收缩的钙依赖性调节中起中心作用。而关于tpm3.2作为肺癌诊断的靶蛋白及其用途,目前还未见报道。技术实现要素:为了解决上述
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中所提到的问题,本发明提供了一种用于肺癌诊断的靶蛋白及其用途、试剂盒,为肺癌的诊断提供一条新途径。一种用于肺癌诊断的靶蛋白,所述靶蛋白为tpm3.2。进一步地,所述tpm3.2来源于支气管肺泡灌洗液。本发明还公开了tpm3.2在制备肺癌诊断试剂或试剂盒中的应用。本发明还公开了一种用于肺癌诊断的试剂盒,包括胰酶、稀释液、流动相、标准品,所述标准品为tpm3.2。进一步地,所述稀释液为体积分数为0.1%的甲酸水溶液。进一步地,所述流动相包括a液、b液,所述a液为体积分数为0.1%的甲酸水溶液,所述b液为体积分数为0.1%的三氟乙酸乙腈溶液。本发明的有益效果是:本发明提供的靶蛋白用于诊断肺癌敏感性高,结果准确可靠,为肺癌的诊断提供一条新途径。具体实施方式下面结合实施例进一步说明本发明实质性内容。未具体描述的试验操作方法均为本领域技术人员公知的常规操作方法。一种用于肺癌诊断的靶蛋白,靶蛋白为tpm3.2,tpm3.2来源于支气管肺泡灌洗液。一种用于肺癌诊断的试剂盒,包括:胰酶;稀释液:体积分数为0.1%的甲酸水溶液;流动相:包括a液、b液,a液为体积分数为0.1%的甲酸水溶液,b液为体积分数为0.1%的三氟乙酸乙腈溶液;标准品:tpm3.2。支气管肺泡灌洗液(balf)蛋白组的检测方法如下:1.balf标本制备肺癌患者术前balf采集后立即放入4℃冰箱保存,备用。检测时,融解冰冻balf,离心,提取样品中的蛋白质。2.用胰酶将蛋白质酶解成肽段,然后基于液相色谱-串联质谱进行数据采集,采用proteomediscoverer2.1软件对质谱数据进行分析,得到蛋白定性和定量信息。实施例1.材料1.1制备支气管肺泡灌洗液(balf)样本取受试者balf10ml,在4度冰箱中静置2小时后离心(4000rpm,5min),取沉淀,置低温冰箱(负80度)或液氮保存,备用。1.2所需主要试剂与仪器试剂包括甲酸、乙腈、三氟乙酸,均购自上海化学试剂公司。仪器包括质谱仪,质谱仪为easy-nlc-qexactiveplus纳升液相色谱四极杆超高分辨轨道阱质谱仪(thermofisher公司)。2.检测方法2.1balf处理取balf样本,胰酶处理,酶解消化后的肽段溶液离心于收集管底部,超滤,浓缩仪干燥。真空冷冻离心干燥2-3h,得样品,备用。2.2液相色谱法fusion与easy-nlc1000液相色谱系统(thermofisherscientific,usa)连用,在分析前用体积分数为0.1%的甲酸水溶液复溶样品,并装载至c18反相柱(预柱:填料粒径3μm,孔径2cm×100μmid;分析柱:填料粒径1.9μm,孔径15cm×150μmid)上进行预分离,流动相:a液为体积分数为0.1%的甲酸水溶液、b液为体积分数为0.1%的三氟乙酸乙腈溶液,流速600nl/min。每个样品中不同的组分使用不同的线性梯度洗脱78min,具体见表1。表1:时间(mm:ss)持续时间(mm:ss)流速(nl/min)%a%b00:0000:0060095502:0002:0060093710:0008:00600901050:0040:00600802070:0020:00600703071:0001:00600109078:0007:0060010902.3质谱检测质谱分析采用dda模式(data-dependentacquisitionmode),一级使用orbitrap进行全扫描,扫描范围m/z:300-1400,扫描分辨率为120,000,agctargets:5e5ions,maxinjectiontime:100ms。二级质谱采集通过32%的高能碰撞解离(hcd)对母离子进行碎裂,碎片离子在iontrap中进行检测,firstmass为120m/z,分辨率30,000,agctargets为5e3ions,maxinjectiontime为35ms,动态排除18s。2.4生物信息学分析质谱得到的原始数据利用proteomediscoverer2.1(thermoscientific)内嵌的sequest进行搜库,数据库采用ncbi(nationalcenterforbiotechnologyinformation)人源蛋白参考序列数据库(referencesequence2017-11-01版本)。参数设置为:母离子质量偏差为20ppm,二级碎片离子质量偏差为0.5da;胰蛋白酶酶切位点允许两个漏切位点;动态修饰为proteinacetyl(proteinn-term),oxidation(m),carbamidomethyl(c);以及通过诱饵数据库(decoydatabase)控制肽段水平1%fdr(falsediscoveryrate);最后得到蛋白和肽段定性和定量信息。实验实例取受试者balf,经质谱检测得到tpm3.2蛋白肽段图谱,观察蛋白的质荷比得到诊断标准。阳性的判断为肺癌。结果显示,应用balf进行质谱检测tpm3.2蛋白图谱,肺癌检测敏感性为100%,特异性为83.3%(表2)。表2基于靶蛋白tpm3.2的肺癌质谱检测结果balf检测样本tpm3.2蛋白检测阳性率(%)肺癌100(6/6)良性病变83.3(5/6)以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,对于本领域的技术人员来说,其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。当前第1页12
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