诊断和预测肾功能下降的方法与流程

背景技术：

1、慢性肾病(ckd)是患者一生中肾功能的缓慢且进行性丧失。进行性肾功能下降的结果是永久性肾衰竭，最终导致终末期肾病(end-stage renal disease)(esrd；也称为终末期肾病(end-stage kidney disease)eskd)。

2、慢性肾病很普遍，通常与患者患有的其他疾患有关，诸如高血压或糖尿病。不幸的是，肾功能下降(rd)常常未被检测和未被诊断，直到疾病发展到晚期为止。随着肾功能衰竭进展，肾脏的功能变得严重受损，从而导致患者体内废物堆积达到有毒水平。慢性肾病的治疗旨在阻止或减缓疾病的进展。慢性肾功能下降对患者来说可能是毁灭性的，并且可能最终导致eskd，其将需要透析和肾移植。鉴定有肾功能下降风险的患者将改善早期治疗并减缓这种破坏性疾病的进展。

技术实现思路

1、鉴于慢性肾病的进行性特性及其严重程度，鉴定有进行性肾功能下降风险的患者将是有益的。

2、本公开至少部分基于某些保护性蛋白质的发现，所述蛋白质的水平可用于鉴定将进展为终末期肾病(eskd；在本文中也称为终末期肾病或esrd)的患者/受试者以及将受到保护的患者/受试者。

3、在第一方面，本公开提供了一种鉴定处于发展进行性肾功能下降风险的人受试者的方法，其中所述方法包括以下步骤：检测来自有需要的受试者的样品中的至少一种保护性蛋白质的水平，其中所述保护性蛋白质选自由以下组成的组：成纤维细胞生长因子20(fgf20)、血管生成素-2(angpt1)和肿瘤坏死因子配体超家族成员12(tnfsf12)；以及将所述保护性蛋白质的水平与所述保护性蛋白质的参考水平进行比较，其中所述参考水平是非进展者人受试者中的保护性蛋白质的水平。在某些实施方案中，保护性蛋白质是睾丸蛋白聚糖-2。在一些实施方案中，与参考水平相比保护性蛋白质的更低水平表明人受试者处于发展进行性肾功能下降的风险，或者与参考水平相比保护性蛋白质的同等或更高水平表明人受试者不处于发展进行性肾功能下降的风险。

4、在前述方面的一些实施方案中，检测保护性蛋白质的组合的水平，其中所述保护性蛋白质的组合选自由以下组成的组：fgf20和tnfsf12；fgf20和angpt1；以及tnfsf12和angpt1；或者其中所述保护性蛋白质的组合包括fgf20、tnfsf12和angpt1。在某些实施方案中，检测到的保护性蛋白质的组合包括睾丸蛋白聚糖-2。

5、在另一方面，本公开提供了一种鉴定处于发展进行性肾功能下降风险的人受试者的方法，其中所述方法包括以下步骤：检测来自有需要的受试者的样品中的至少一种保护性蛋白质的水平，其中所述保护性蛋白质选自由以下组成的组：(i)来自选自由富含半胱氨酸的分泌型酸性蛋白(sparc)、c-c基序趋化因子5(ccl5)、淀粉样βa4蛋白(app)、血小板因子-4(pf4)和angpt1组成的组的第一组保护性蛋白质的保护性蛋白质，和/或(ii)来自选自由dnajc19和tnfsf12以及fgf20组成的组的第二组保护性蛋白质的保护性蛋白质；以及将所述保护性蛋白质的水平与所述保护性蛋白质的参考水平进行比较，其中所述参考水平是非进展者人受试者中的保护性蛋白质的水平。在某些实施方案中，保护性蛋白质是与本文所述的一种或多种保护性蛋白质组合的睾丸蛋白聚糖-2。在一些实施方案中，与参考水平相比保护性蛋白质的更低水平表明人受试者处于发展进行性肾功能下降的风险，或者与参考水平相比保护性蛋白质的同等或更高水平表明人受试者不处于发展进行性肾功能下降的风险。

6、在前述方面的一些实施方案中，检测保护性蛋白质的组合的水平，其中保护性蛋白质的组合选自由以下组成的组：fgf20和第1组保护性蛋白质；fgf20和第2组保护性蛋白质；第1组保护性蛋白质和第2组保护性蛋白质；以及fgf20、第1组保护性蛋白质和第2组保护性蛋白质。在某些实施方案中，保护性蛋白质是与本文所述的一种或多种保护性蛋白质组合的睾丸蛋白聚糖-2。在某些实施方案中，非进展者是非糖尿病人受试者。

7、在任何上述方面的一些实施方案中，所述方法还包括如果受试者被鉴定为具有进行性肾功能下降的风险，则施用疗法以改善肾功能。在一个实施方案中，如果患者被鉴定为处于风险中，则向所述患者施用sglt2抑制剂。在一些实施方案中，疗法包括fgf20(例如重组fgf20)。在一些实施方案中，如果受试者被鉴定为具有进行性肾功能下降的风险，则疗法包括向所述受试者施用fgf20、fgf20的活性片段、fgf20模拟物或编码fgf20的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，疗法包括tnfsf12(例如重组tnfsf12)。在一些实施方案中，如果受试者被鉴定为具有进行性肾功能下降的风险，则疗法包括向所述受试者施用tnfsf12、tnfsf12的活性片段、tnfsf12模拟物或编码tnfsf12的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，疗法包括angpt1(例如重组angpt1)。在一些实施方案中，如果受试者被鉴定为具有进行性肾功能下降的风险，则疗法包括向所述受试者施用angpt1、angpt1的活性片段、angpt1模拟物或编码angpt1的核酸或其活性片段。在一些实施方案中，如果受试者被鉴定为具有进行性肾功能下降的风险，则疗法包括向所述受试者施用睾丸蛋白聚糖-2、睾丸蛋白聚糖-2的活性片段、睾丸蛋白聚糖-2模拟物或编码睾丸蛋白聚糖-2的核酸或其活性片段。

8、在一些实施方案中，人受试者患有肾功能受损、糖尿病或两者。在某些实施方案中，糖尿病是i型糖尿病或ii型糖尿病。在其他实施方案中，人类受试者是非糖尿病的。

9、在任何上述方面的一些实施方案中，样品是血浆样品。在一些实施方案中，使用免疫测定、质谱法、液相色谱(lc)分级分离、somascam、mesoscale平台或电化学发光检测来测定保护性蛋白质的水平。在一些实施方案中，免疫测定是elisa或蛋白质印迹分析。在一些实施方案中，质谱法是基质辅助激光解吸电离飞行时间(maldi-tof)、电感耦合等离子体质谱(icp-ms)、偏移触发的多路复用精确质量、高分辨率和绝对定量(tomahaq)、实时质谱直接分析(dart-ms)或二次离子质谱(sims)。在一些实施方案中，样品是血液样品、血清样品、血浆样品、淋巴样品、尿液样品、唾液样品、泪液样品、汗液样品、精液样品、阴道样品、支气管样品、粘膜样品或脑脊液(csf)样品。

10、在另一方面，本公开提供了一种用于鉴定或监测人受试者的进行性肾功能下降的蛋白质阵列，其中所述蛋白质阵列包含对人fgf20、人tnfsf12和人angpt1具有特异性的抗体或其抗原结合片段。

11、在另一方面，本文提供了一种用于鉴定或监测人受试者的进行性肾功能下降的蛋白质阵列，其中所述蛋白质阵列包含对人fgf20、人tnfsf12和人angpt1、人sparc、人ccl5、人app、人pf4、人angpt1、人dnajc19、人tnfsf12、睾丸蛋白聚糖-2或其组合具有特异性的抗体或其抗原结合片段。

12、在另一方面，本文提供了一种包含用于特异性地结合蛋白质生物标志物的多个探针的阵列，其中所述蛋白质生物标志物是人fgf20、人tnfsf12和人angpt1中的至少一者或多者。

13、在另一方面，本文提供了一种包含用于特异性地结合蛋白质生物标志物的多个探针的阵列，其中所述蛋白质生物标志物是人fgf20、人tnfsf12和人angpt1、人sparc、人ccl5、人app、人pf4、人睾丸蛋白聚糖-2和人dnajc19中的至少一者或多者。

14、在另一方面，本公开提供了一种包含如本文公开的蛋白质阵列的测试面板。

15、在另一方面，本公开提供了一种包含如本文公开的测试面板的药盒或测定装置。

16、在另一方面，本公开提供了一种抑制人受试者的进行性肾功能下降的进展的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的至少一种保护性蛋白质和/或保护性蛋白质的至少一种激动剂。

17、在另一方面，本公开提供了一种预防人受试者的肾功能下降的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的至少一种保护性蛋白质的激动剂和/或保护性蛋白质的至少一种激动剂。

18、在另一方面，本公开提供了一种预防治疗人受试者的肾功能下降的方法，所述方法包括向受试者施用治疗有效量的至少一种保护性蛋白质的激动剂和/或至少一种保护性蛋白质的激动剂。

19、在另一方面，本文提供了一种确定人类受试者是否具有增加的发展进行性肾病的风险的方法，所述方法包括从处于其风险的人受试者获得样品；检测所述受试者样品中至少一种保护性蛋白质的存在并测量其水平；将所述保护性蛋白质的受试者水平与所述保护性蛋白质的参考水平进行比较；基于所述受试者水平与所述参考水平的比较来确定所述受试者是否具有增加的发展进行性肾病的风险，其中所述受试者样品中所述保护性蛋白质以显著低于所述参考水平的水平存在表明所述受试者具有增加的发展进行性肾病的风险；以及向被鉴定为具有发展进行性肾病的风险的受试者施用疗法。所述方法还可包括监测所鉴定的受试者的保护性蛋白质的增加。

20、在任何上述方面的一些实施方案中，至少一种保护性蛋白质是fgf20、tnfsf12、angpt1、sparc、ccl5、app、pf4、睾丸蛋白聚糖-2和dnajc19中的一者或多者。在其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是fgf20、fgf20的活性片段、fgf20模拟物或编码fgf20的核酸或其活性片段。在各种其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是tnfsf12、tnfs12的活性片段、tnfsf12模拟物或编码tnfsf12的核酸或其活性片段。在某些其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是angpt1、angpt1的活性片段、angpt1模拟物或编码angpt1的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是sparc、sparc的活性片段、sparc模拟物或编码sparc的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是ccl5、ccl5的活性片段、ccl5模拟物或编码ccl5的核酸或其活性片段。在某些其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是app、app的活性片段、app模拟物或编码app的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是pf4、pf4的活性片段、pf4模拟物或编码pf4的核酸或其活性片段。在其他实施方案中，至少一种保护性蛋白质是dnajc19、dnajc19的活性片段、dnajc19模拟物或编码dnajc19的核酸或其活性片段。在某些实施方案中，至少一种保护性蛋白质是睾丸蛋白聚糖-2、睾丸蛋白聚糖-2的活性片段、睾丸蛋白聚糖-2模拟物或编码睾丸蛋白聚糖-2的核酸或其活性片段。

21、在其他实施方案中，核酸是在载体中。在其他实施方案中，人受试者先前被鉴定为处于发展进行性肾功能下降风险的进展者。

22、在另一方面，本公开提供了一种确定人受试者在限定时间段内肾功能下降的大致风险的方法，所述方法包括：a)从所述人受试者获得生物样品；b)检测所述生物样品中至少一种保护性蛋白质的水平，其中所述至少一种保护性蛋白质选自由fgf20、tnfsf12、angpt1、sparc、ccl5、app、pf4、睾丸蛋白聚糖-2和dnajc19组成的组；c)将关于所述保护性蛋白质的水平的数据与所述人受试者的临床数据特征(诸如egfr、uacr、临床化学实验室测量值、生命体征、患者人口统计学)相结合，以及d)如使用机器学习或统计建模的预后风险评分算法(例如kidneyintelx测试平台)所确定，确定所述人受试者的肾功能下降(rd)的大致风险。在某些实施方案中，使来自人受试者的样品与特异性地结合至保护性蛋白质的抗体或其抗原结合片段接触，并测量所述抗体与所述保护性蛋白质的结合以确定所述保护性蛋白质与所述抗体之间的结合水平。

23、在任何上述方面的一些实施方案中，所述方法进一步包括将生物样品中至少一种保护性蛋白质的水平与非进展者对照水平或正常白蛋白尿对照水平进行比较。在一些实施方案中，生物样品在第一时间点和第二时间点从人受试者获得。在其他实施方案中，第二时间点是在第二时间点之后约6个月、约12个月、约18个月、约24个月、约3年、约4年、约5年、约10年或约15年从人受试者获得。在某些其他实施方案中，所述方法进一步包括将在第一时间点从人受试者获得的生物样品中的至少一种保护性蛋白质的水平与在第二时间点从所述人受试者获得的生物样品进行比较。