质谱MRM扫描模式中多肽数据阳性与假阳性的判定方法与流程

本发明主要关于质谱数据判定，特别是关于质谱mrm扫描模式中多肽数据阳性与假阳性的判定方法。

背景技术：

1、三重四级杆质谱仪拥有短时间内对大量多肽进行定量的能力，目前对于蛋白组的研究，经过了非靶向蛋白质组的阶段，进而转到靶向蛋白质组研究的过程中，为了提高效率，存在着将非靶向的低通量方法转化为高通量的靶向方法的需求。而在方法转化的过程中，由于目标多肽在三重四级杆质谱仪的mrm数据中可能会出现保留时间预测不准、信号弱无法正确判定阳性信号、杂峰干扰等各种问题，因此在建立高通量mrm方法时，需要对目标多肽进行正确的判定。

2、现有技术中，sciex对于三重四级杆质谱仪通过mrm模式进行多肽信号扫描的既有方法（midas方法）概述如下：

3、1)、通过高分辨质谱仪进行数据采集，得到目标多肽的保留时间信息、碎片离子信息，同时得到rt预测多肽的保留时间信息与离子碎片信息（rt预测多肽一般为看家基因编码的稳定高表达的蛋白），构建多肽信息数据库。

4、2)、将高分辨质谱仪得到的碎片离子信息进行分析，选择信号最强的3至5个碎片离子，使用多肽的母离子质荷比与这些碎片离子的质荷比建立3至5个mrm离子对。

5、3)、使用与构建数据库时相同的lc梯度，对目标多肽和rt预测多肽进行mrm扫描，获得目标多肽在mrm方法下的碎片离子峰形和碎片离子的相对强弱，以及rt预测多肽的真实保留时间。

6、4)、建立短梯度、高通量的多肽mrm扫描方法，对目标多肽和rt预测多肽进行扫描。可以得到rt预测多肽在短梯度方法下的保留时间。进一步可以生成保留时间校正曲线，预测目标多肽在短梯度方法下的保留时间。

7、5)、通过目标多肽的预测保留时间、碎片离子的色谱行为以及碎片离子的相对强弱信息找到正确的目标多肽信号，确认真实准确的目标多肽保留时间。

8、在高通量mrm方法的建立过程中，判定目标多肽在短梯度mrm数据中的具体阳性信号是最困难的一点。现有技术通过碎片离子的色谱行为一致性（是否同时出峰、是否同时到达峰的定点、是否同时结束出峰）、碎片离子的相对强弱以及预测保留时间来进行阳性信号的判定。这种判定方法能够对大量多肽进行正确的判定。但有时也会出现判定不准确的情况，例如1.在目标多肽信号较弱时，其碎片离子的mrm信号波动会受到本底噪音和仪器自身波动的干扰而产生偏差，即便是阳性信号，也会出现因受到本底噪音干扰而色谱行为不一致的情况，从而导致无法正确对该阳性信号进行判定。例如2.保留时间预测的算法对大多数多肽都是适用的，但往往存在个别多肽，因其理化性质的特殊，或因保留时间过于特殊，比如实际rt早于所有rt预测多肽或晚于所有rt预测多肽而导致保留时间预测功能无法对其进行准确的rt预测。在这种情况下，传统方法的判定往往需要更多信息的辅助。

9、本技术方案通过引入目标多肽伴随峰的判定依据，提供额外一个维度的阳性信号的识别和假阳性信号的排除方法。为高通量mrm方法建立时确认目标多肽的阳性信号提供更可靠的判定。

10、前述背景技术知识的记载旨在帮助本领域普通技术人员理解与本发明较为接近的现有技术，同时便于对本技术发明构思及技术方案的理解，应当明确的是，在没有明确的证据表明上述内容在本专利申请的申请日前已公开的情况下，上述背景技术不应当用于评价本技术技术方案的新创性。

技术实现思路

1、为解决上述背景技术中提及的至少一种技术问题，本发明的目的旨在提供一种三重四级杆质谱仪mrm模式扫描多肽数据中阳性和假阳性的判定方法，通过对比分析原lc梯度下目标多肽与伴随峰的关联及新mrm方法中预测目标多肽与伴随峰的关联达到快速、准确判定目标多肽阳性信号的目的，适用于高通量mrm采集过程中无法判定目标多肽rt的情况。

2、质谱mrm扫描模式中多肽数据阳性与假阳性的判定方法，包括：

3、首先通过高分辨质谱仪获得样品中目标多肽及rt预测多肽的多肽信息，构建多肽信息数据库；

4、其次使用与构建数据库时相同的lc梯度，对目标多肽和rt预测多肽进行mrm扫描，获得目标多肽、rt预测多肽的多肽信息及伴随峰特征；

5、再次建立短梯度、高通量的多肽mrm扫描方法，对目标多肽和rt预测多肽进行扫描，获得短梯度下目标多肽、rt预测多肽的多肽信息及伴随峰的特征；

6、最后通过目标多肽的预测保留时间、碎片离子色谱行为、碎片离子相对强弱信息以及伴随峰特征找到目标多肽阳性信号。

7、作为对本技术技术方案的优化，所述mrm模式扫描多肽数据中阳性和假阳性的判定方法具体包括下述步骤：

8、s1、通过高分辨质谱仪获得样品中目标多肽及rt预测多肽的多肽信息，构建多肽信息数据库；

9、s2、对步骤s1所得峰信息进行分析，选择信号最强的3-5个碎片信息，使用多肽的母离子质荷比与这些碎片离子的质荷比建立3-5个mrm离子对；

10、s3、使用与步骤s1相同的lc梯度，对目标多肽和rt预测多肽进行mrm扫描，获得目标多肽、rt预测多肽的峰信息及目标多肽的伴随峰特征；

11、s4、建立短梯度、高通量的多肽mrm扫描方法，对目标多肽和rt预测多肽进行扫描得到rt预测多肽在短梯度方法下的保留时间，生成保留时间校正曲线，预测目标多肽在短梯度方法下的保留时间；

12、s5、通过目标多肽的预测保留时间、碎片离子色谱行为、碎片离子相对强弱信息以及伴随峰特征找到正确的目标多肽信号。

13、作为对本技术技术方案的优化，所述伴随峰指与目标多肽的保留时间接近且能够与噪音区分开的峰信号。

14、作为对本技术技术方案的优化，所述与目标多肽的保留时间接近指：|rt目标多肽-rt伴随峰|≤2min。

15、作为对本技术技术方案的优化，所述能够与噪音区分开指：intensity伴随峰≥仪器噪音均值的2倍。

16、作为对本技术技术方案的优化，所述短梯度、高通量的多肽mrm扫描方法使用与通过高分辨质谱仪获得样品峰信息时相同的lc梯度。

17、作为对本技术技术方案的优化，所述样品中目标多肽、rt预测多肽的峰信息包括：目标多肽的保留时间信息、碎片离子信息及rt预测多肽的保留时间信息、碎片离子信息。

18、作为对本技术技术方案的优化，所述短梯度、高通量的多肽mrm扫描方法包括高通量三重四级杆mrm方法。

19、作为对本技术技术方案的优化，所述目标多肽的伴随峰特征包括伴随峰的保留时间、相对强弱。

20、作为对本技术技术方案的优化，还包括以重标同位素验证判定得到的目标多肽的峰位是阳性信号。

21、前述所述质谱mrm扫描模式中多肽数据阳性与假阳性的判定方法在确定质谱数据中目标多肽时的应用。

22、作为对本技术技术方案的优化，所述应用包括：

23、当所述目标多肽的保留时间预测发生较大偏差时应用所述方法确定质谱数据中的目标多肽；和/或

24、当所述目标多肽的信号较弱时应用所述方法确定质谱数据中的目标多肽；和/或

25、当无法将目标多肽信号与噪音信号区分开时应用所述方法确定质谱数据中的目标多肽。

26、一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现上述质谱mrm扫描模式中多肽数据阳性与假阳性的判定方法的各个过程。

27、本技术的有益效果为：

28、本发明提供一种高通量三重四级杆mrm方法扫描多肽数据中的阳性信号的辅助判定方法，结合传统的判定方法，来帮助在三重四级杆质谱仪建立高通量多肽定量mrm方法的过程中，从复杂的mrm信号中正确识别阳性信号。本方法根据高分辨质谱仪采集到的目标多肽信息，来确认三重四级杆mrm模式下目标多肽的保留时间，通过对比分析原lc梯度下目标多肽与伴随峰的关联信息及新mrm方法中预测目标多肽与伴随峰的关联信息来对目标多肽真正的信号进行判定，在现有技术中通过不同碎片离子的色谱行为、不同碎片离子的相对强度进行判定的基础上，引入目标多肽的伴随峰来对目标多肽真正的信号进行判定，该伴随峰的判定依据的引入额外提供了一个维度的阳性信号的识别和假阳性信号的排除方法，从而为高通量mrm方法建立时确认目标多肽的阳性信号提供更可靠的判定。