1.一种确定群体中受到选择作用的位点的方法,所述选择作用包括人工选择作用和自然选择作用的至少一种,其特征在于,包括以下步骤:
(1)获得群体样本的核酸测序数据,所述群体样本来自一个物种的多个个体,任选的,所述群体样本来自一个物种多个个体的相同组织或者一个物种的多个个体的相同部位,所述群体样本能够依据n对预定指标划分成2n个一级亚群体,n为自然数;
(2)基于(1)中的核酸测序数据,检测以获得群体SNP数据,所述群体SNP数据包括多个一级亚群体SNP数据;
(3)基于(2)中的群体SNP数据,比较不同一级亚群体的多态性的差异,以确定受到选择作用的SNP,所述受到选择作用的SNP为所述受到选择作用的位点。
2.权利要求1的方法,其特征在于,在进行(3)之前或者进行(3)之后,包括:
基于所述群体SNP数据,对所述群体进行群体结构分析,获得群体结构分析结果;
任选的,进行所述群体结构分析包括构建系统发育树、主成分分析和STRUCTURE分析中的至少之一。
3.权利要求2的方法,其特征在于,基于所述群体结构分析结果,对所述群体样本进行划分,以获得的划分结果替代所述一级亚群体。
4.权利要求1-3任一方法,其特征在于,所述群体样本的核酸测序数据由组成群体样本的每个个体样本的核酸测序数据组成,每个个体样本的核酸测序数据不少于4G。
5.权利要求1-3任一方法,其特征在于,所述核酸测序数据为转录本测序数据。
6.权利要求1-3任一方法,其特征在于,所述预定指标是地理的和/或生物性状相关的。
7.权利要求1-3任一方法,其特征在于,每个所述一级亚群体包括至少10个个体。
8.权利要求1-3任一方法,其特征在于,所述一级亚群体包括至少一个二级亚群体;
任选的,一个所述二级亚群体包括至少10个个体。
9.权利要求1-3任一方法,其特征在于,所述基于群体SNP数据,比较不同一级亚群体多态性的差异,以确定受到选择作用的SNP,包括:
基于群体SNP数据,利用至少两种检验方法比较所述不同一级亚群体中的相同SNP位点的杂合度的差异,将得到至少两种检验方法支持的SNP位点确定为受到选择作用的SNP;
任选的,所述检验方法包括F统计量、分子变异分析和多层贝叶斯方法。
10.权利要求9的方法,其特征在于,所述利用至少两种检验方法来比较所述不同一级 亚群体中的相同SNP位点的杂合度的差异,将得到至少两种检验方法支持的SNP位点确定为受到选择作用的SNP,包括:
计算所述SNP位点在不同一级亚群体中的杂合度差异值,将杂合度差异值不小于阈值的SNP位点确定为受到选择作用的位点。
11.一种确定群体中受到选择作用的位点的装置,其特征在于,包括:
数据输入单元,用于输入数据;
数据输出单元,用于输出数据;
处理器,用于执行机器可执行程序,执行所述机器可执行程序包括完成权利要求1-10任一的方法;
存储单元,与所述数据输入单元、数据输出单元和处理器相连,用于存储数据,其中包括所述机器可执行程序。