用于预测大肠癌发病危险度的基因标志物及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明设及一种通过确认与大肠癌发病危险度具有显著的相关关系的特定的单 核巧酸多态性（SNP: single nucleotide polymo巧hism)碱基来预测大肠癌发病危险度的 方法、包含有能够确认上述SNP的多核巧酸、多肤、抗体或互补脱氧核糖核酸(cDNA)的大肠 癌发病危险度预测用组合物和包含该组合物的微阵列W及试剂盒。
【背景技术】
[0002] 大肠的结构是指从小肠末端起至肛口的脏器，其长度约为1.5米左右。大肠由上 行、横行、下行和S状结肠、直肠及肛口构成，大肠的主要功能是指通过从小肠接收消化后的 残留食物而吸收水分和电解质并将剩余残渣排出的功能。
[0003] 大肠癌为在上行结肠、横行结肠、下行结肠、S状结肠和直肠粘膜中发生的恶性肿 瘤，其包含有腺癌、淋己癌、肉瘤、扁平上皮癌等，其中腺癌(adenocarcinoma)的发生所占比 重较高。据悉，在韩国，分部位的大肠癌发生频率中，上行结肠和S状结肠各占25%，直肠占 20%。
[0004] 查看大韩民国的大肠癌，在70年代之前属于不易发生的疾病，但随着饮食生活的 西方化，目前呈现逐渐增加的趋势。根据统计局的死亡原因统计（国家核准统计第10154号） 和保健福祉部的癌症登记统计（国家核准统计第11744号），从2000年至2010年的10年之间， 大肠癌的发病率从10万人中21.8人上升至41.5人，死亡率从10万人中8.8人上升至15.4人， 几乎增加了 2倍，并且呈现继续增加的趋势。
[0005] 并且，当纵观与大韩民国相邻的亚洲国家中的中国和日本时，引用中国媒体的美 国自由亚洲电台（RF A)的报道中称，根据中国肿瘤登记中屯、发刊的< 2 013中国肿瘤年度报 告 >，癌症死亡者人数达到年内270万人，年平均有312万人得到了癌症确诊判定，呈现每年 增加的趋势。并且，报告称大肠癌之一的直肠癌的发病率在所有癌症中占据第Ξ位(第一 位：肺癌，第二位：胃癌，第Ξ位：直肠癌）。至于日本，根据2006年日本癌症发病率监测 (MCIJ:Monito;ring of (Mincer Incidence in Japan)的统计资料，报告称对于男性（胃癌： 55.3人/10万人、大肠癌:45.1人/10万人、肺癌:41.6人/10万人)和女性(乳腺癌:52人/10万 人，大肠癌:25.6人/10万人，胃癌:20.3人/10万人)而言，大肠癌的发病率在所有癌症中分 别占据第二位（International 化unal of Cencer(国际癌症杂志），2014，134,747-754)。
[0006] 目前，对于大肠癌来说，与其它消化系统癌症相同，外科手术是最为有效的治疗方 法，从一期初期阶段至Ξ期具有70%~90%的生存率，最后阶段四期中具有15%的生存率。
[0007] 大肠癌的主要危险因素大致可分为两种。第一种为环境因素，高龄、过度摄取肉 类、纤维质摄取不足、维生素摄取不足、巧摄取不足、饮酒、吸烟等被认为是其原因。第二种 为遗传因素，被认为在癌细胞发展到转移的各阶段中有4口(：、邸45、口53、11^1、15肥、1服4八及 SMD4等各种基因参与。
[000引另一方面，在人类的情况下，W约每1000碱基中一次的频率发生变异，运被称之为 单核巧酸多态性（SNP: single nucleotide polymorphism) ,5%多态性称之为常见多态 (common polymo巧hism)，l~5%多态性称之为罕见多态(rare polymo;rphism)。目前，为了 分析人类所有碱基序列，诸多实验方法等得到了发展，其中，目前为止全基因组关联研究 (Genome-wide association study:GWAS)被用于很多疾病的研究中。
[0009] GWAS一般在常见疾病（common disease)与常见变异（common variant)相关联的 假设下进行研究，但认为运种研究中会发生"遗传性缺失(missing heritabi 1 ity)"问题。 "遗传性缺失(missing heritabilityΓ是指因个别基因无法完全说明疾病或行动等的表 现型（phenotype)而出现的现象，其观点为疾病通过所有基因型的组合而决定。最近，为了 完善该遗传性缺失，普遍使用基因-环境相互作用、基因-基因相互作用分析等。
[0010] 但是，W往几乎没有作出关于利用基因 SNP多态性来诊断大肠癌危险度的研究报 告。
【发明内容】
[0011] 发明要解决的问题
[0012] 鉴于此，本发明人假设个人SNP变异会影响大肠癌的发病危险度，并分析了在大肠 癌患者和正常人的临床样本内SNP与大肠癌危险度之间的关联性后，找到了可W预测大肠 癌发病危险的单一 SNP生物标志物。另外，本发明人通过利用单一 SNP的基因 -基因相互作用 分析，构建了更加强有力的大肠癌预测模型，从而完成了本发明。
[0013] 用于解决问题的手段
[0014] 本发明的一目的在于提供一种通过对从患者获取到的基因样本，确认与大肠癌危 险度具有显著的相关关系的特定的SNP碱基，来预测大肠癌发病危险度的方法。
[0015] 本发明的一目的在于提供一种通过对从患者获取到的基因样本，确认与大肠癌危 险度具有显著的相关关系的特定的SNP碱基，来提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的 方法。
[0016] 本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核巧酸、 多肤或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用组合物。
[0017] 本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核巧酸、 多肤、其抗体或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用微阵列。
[0018] 本发明的另一目的在于提供一种包含有能够确认特定的SNP标志物的多核巧酸、 多肤、其抗体或其cDNA的大肠癌发病危险度预测用试剂盒。
[0019] 发明的效果
[0020] 本发明可通过提供易患大肠癌的基因型，从而提供能够通过早期诊断并预测大肠 癌危险人群来进行预防的信息。并且，本发明可提供能够预防大肠癌的早期诊断用组合物 的诊断试剂盒的开发及用于预测的信息提供方法。
【附图说明】
[0021] 图1表示六个脂联素基因 SNP之间的连锁不平衡(LD)。
[0022] 图2表示rs3865188与rs3774261之间的相互作用和人类血液内的脂联素数值之间 的相关关系。与rs3865188: AA和rs3774261: AA基因型组合群(血液内脂联素中央值:7.835μ g/ml)相比，对大肠癌呈现最高危险度的rs3865188: ΤΤ和rs3774261: GG基因型组合群(脂联 素数值中央值:4，800μg/ml)的血液内脂联素的量较少(显著性水平P = ο. 0017)。
【具体实施方式】
[0023] 大肠癌起因于环境因素和遗传因素，通过事先预测遗传因素来进行预防的方法能 有效预防大肠癌。本发明中提出了利用基因-基因相互作用来预测大肠癌的强有力的模型。
[0024] 本发明人将大肠癌患者325人和正常组977人作为对象，确认了 T-巧粘蛋白基因中 的SNP(rs3865188)与大肠癌危险度之间的关联性，进而分析了 rs3865188与作为T-巧粘蛋 白的配体的脂联素基因中的5肥^32241767^33821799^33774261^36773957)之间的相 互作用和大肠癌危险度之间的关联性。
[0025] 其结果，确认了 rs3865188为单一 SNP，其可用于预测大肠癌危险度，进一步通过 rs3865188和脂联素 SNP的组合，可预测最高4.257倍的较高的危险人群。另外，确认了运种 基因-基因组合与实际血液内的脂联素的量具有相关性。
[0026] 鉴于此，作为一方式，本发明提供一种提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的 方法，其包括W下步骤:对从患者获取到的基因样本，确认T-巧粘蛋白基因中的W序列号1 (NCBI refSNP ID:rs3865188)表示的序列的第27个碱基的多态性。
[0027] 作为优选方式，本发明提供一种提供用于预测大肠癌发病危险度的信息的方法， 其进一步包括W下步骤:对从患者获取到的基因样本，确认选自由脂联素 (adiponectin)基 因中的W序列号2(NCBI refSNP ID:rs2241767)表示的序列的第27个碱基的多态性、脂联 素基因中的W序列号3(NCBI refSNP ID:rs3821799)表示的序列的第27个碱基的多态性、 脂联素基因中的W序列号4(NCBI refSNP ID:rs3774261)表示的序列的第27个碱基的多态 性和脂联素基因中的W序列号5(NCBI refSNP ID:rs6773957)表示的序列的第27个碱基的 多态性组成的组中的一个W上的多态性。
[00巧]在本发明中，可知T-巧粘蛋白（T-ca化e;rin、H-ca化e;rin(H-巧粘蛋白）或CDH13)为 脂联素受体的同时也是LDL受体，并且作出了与大肠癌相关