1.一种分子标记辅助选择高抗稻瘟病水稻材料的方法，其特征在于，包括以下步骤：
以含有稻瘟病抗性基因pi40的水稻材料ng13为母本，常规感稻瘟病粳稻品种吉粳88为父本进行杂交，后代进行定向选择，选择农艺性状偏向粳稻品种吉粳88的后代单株，再利用分子标记进行检测，同时结合在稻瘟病高发区进行田间抗病鉴定，选育出具有高抗稻瘟病的吉粳88的新品种。
2.如权利要求1所述的选育方法，其特征在于，步骤(1)所述的定向选择利用含有稻瘟病抗性基因pi40的水稻材料ng13与感病材料吉粳88杂交后先自交，自交f2代进行性状选择及含稻瘟病抗性基因pi40的单株检测。选择性状优良且含有抗病基因的f2单株再与感病粳稻品种吉粳88进行一次回交，自交得到bc1f2，再进行性状选择及含稻瘟病抗性基因pi40的单株检测。选择性状优良且含有抗病基因pi40的bc1f2单株再与感病粳稻品种吉粳88进行二次回交，自交得到bc2f2，再进行性状选择及含稻瘟病抗性基因pi40的单株检测。选择性状优良且含有抗病基因的bc2f2单株一部分自交加代，另一部分再与感病粳稻品种吉粳88进行三次回交，自交得到bc3f2，再进行性状选择及含稻瘟病抗性基因pi40的单株检测。选择性状优良且含有抗病基因的bc3f2单株进行自交。bc2f2自交后代及bc3f2自交后代中，都进行田间表型性状选择及抗病基因pi40鉴定，选择到bc2f4及bc3f4含有抗病基因表型优良的株系，当地扩繁、测产、考种及稻瘟病抗性鉴定。