用于递送治疗性肽的组合物和方法

专利名称：：用于递送治疗性肽的组合物和方法
技术领域：
：本发明涉及用于定向递送生物治疗剂的方法和组合物。联邦政府资助的研究或开发本发明在NIH-MARCE授予的U54AI57168和NIH授予的UOlA1075526的美国政府支持下完成。美国政府在本发明中享有一定权利。电子提交的序列表的引用序列表的正式副本作为ASCII格式的序列表以电子形式通过EFS-Web提交，文件名为405777SEQLIST.txt，创建于2011年5月19日，大小为15KB，并且与本说明书同时提交。该ASCII格式文件所包括的序列表是本说明书的组成部分，并且通过引用以其整体结合到本文中。
背景技术：
：各种发酵食品和乳制品中的乳酸菌(LAB)被人安全地消费。这些LAB中的许多拥有“公认安全的”(GenerallyRecognizedasSafe,GRAS)的地位，并且可在无不良作用的情况下，以接近I万亿个细胞/克食品的水平消费。所选择的LAB成员是耐酸的，但却又是胆汁敏感性的，并且通过胃肠道时不能存活。因此，所选LAB的胆汁暴露可导致细胞完整性的破坏、透化和胞内蛋白质的释放。这类微生物可经口通过胃递送到小肠，用于在微生物因胆汁引起透化时，定向递送生物治疗性肽。另外，微生物在胆汁透化时死亡，因此在经口递送后，保持包含在胃肠道内。嗜热链球菌^Streptococcusthermophilus)是一种草绿色群iyiridansgroup)的革兰氏阳性乳酸菌。嗜热链球菌通常存在于包括酸奶、发酵乳和乳酪在内的发酵乳制品中。包含嗜热链球菌的市售乳制品可用作抗生素相关腹泻的疗法(Hickson，2007，335(7610):80)。难逾麗(jClostridiumdiiTicile,C.是医院细菌性腹湾最常见的原因，占抗生素相关腹泻病例的10-20%。艰难梭菌感染可导致无症状携带、轻度腹泻或暴发性假膜性结肠炎。这种厌氧细菌主要通过两种大的外毒素即毒素A和毒素B的作用引起肠损害。当体内引入肠腔时，经纯化的毒素A(TxA)引起肠分泌、肠上皮破坏和出血性结肠炎。TxA诱导性肠炎的机制涉及毒素与肠细胞受体结合，导致引起肠分泌和肠蠕动增强的感觉神经和肠神经活化、肥大细胞脱粒和粘膜被嗜中性粒细胞浸润。除其促炎和促分泌活性以外，TxA诱导细胞凋亡和非凋亡性细胞死亡，这可造成肠粘膜破坏。具体地讲，已经表明，TxA影响肠粘膜修复过程的重要方面，例如上皮细胞迁移、细胞凋亡和经上皮抗性的发展(Brito等(2005)DigDisandSci50(7):1271-1278)。谷氨酰胺(Gln)是肠细胞和结肠细胞两者的主要燃料，并且是在正常和应激两种状态下维持肠结构所必需的(Cario等，EurJClinInvest.2000年5月30(5):419429)。研究显示，谷氨酰胺补充(supplementation)防止绒毛萎缩和细菌移位(bacterialtranslocation)(与标准胃肠外营养有关的病况)(VanDerHulst等，Lancet1993341:1363)。谷氨酰胺在若干代谢途径中起关键作用。已认识到其在组织培养中的重要性，而且它是哺乳动物细胞中核苷酸、氨基糖和氨基酸生物合成的关键氮供体。预期当粘膜屏障功能常被破坏时，谷氨酰胺的可用性在持续性腹泻和营养不良期间将尤其重要。动物研究表明，富含谷氨酰胺的营养可减弱细菌移位、改善营养状况、减少肠损伤，并在甲氨蝶呤诱发性小肠结肠炎致死模型中导致存活得到改善。丙氨酰-谷氨酰胺(Ala-Gln)是稳定的谷氨酰胺衍生物，已经表明其在酸性水溶液中稳定得多(例如预期它们可面对患者的胃或肠)，并促使盐和水的吸收相当于葡萄糖(如果不是更好的话)的吸收(参见美国专利号5，561，111，其公开内容明确结合到本文中)。稳定的谷氨酰胺衍生物不仅仅可用于患腹泻的营养不良儿童，而且还可用于接受胃肠外(IV)流体或管喂食太长时间的患者或者因感染或化学疗法所致肠粘膜受损的患者。发明概述提供了用于定向递送生物治疗剂的方法和组合物。所述组合物包含胆汁敏感性嗜热链球菌细菌，其经修饰以在胆汁暴露后释放生物治疗剂。通过本文公开的嗜热链球菌细菌释放的生物治疗剂包括富含AQ和AQR的肽。本发明的方法包括将经修饰以在胆汁暴露后释放生物治疗剂的嗜热链球菌细菌给予受试者。给予嗜热链球菌细菌促进所需要的治疗反应。可对该细菌进行修饰以表达和释放富含AQ或AQR的肽，所述肽随后抑制细胞凋亡或减少粘膜损害。因此，本发明的方法应用于治疗或预防各种胃肠病症，包括艰难梭菌感染和抗生素相关腹写。若干附图简述已概括地以此方式对本发明进行了描述，现将参照附图进行描述，附图不必按比例绘制，其中:图1表示通过胞外β-半乳糖苷酶活性定量测定的在胆汁暴露后所选嗜热链球菌菌株的透化。图2说明用于在嗜热链球菌中表达富含AQ/AQR的肽的基本载体(pTRK989)。图3说明用于在嗜热链球菌中表达富含AQ/AQR的肽的载体。pTRK996编码AGRP-FHO,pTRK997编码AGRP-FHl，pTRK998编码AGRP-FH2。图4表示富含AQ的肽AGRP-FHO、AGRP-FHl和AGRP-FH2的FLAG-BAP蛋白质印迹。各种肽的表达可在白色框内所含区域看出。图5表明在24小时时,通过化学合成(Ala-gln)和生物合成(rAla-gln)的丙氨酰-谷氨酰胺体外促进IEC-6细胞单层中的迁移。图6说明通过用嗜热链球菌治疗，小鼠中使用UVA24的艰难梭菌感染减少。(A)计算每只小鼠(n^17只/组)相对于第O天体重的体重变化。与未治疗对照小鼠(三角形)相比，嗜热链球菌治疗的小鼠(圆形)显著较少地减轻体重(P=0.004，应用Wilksλ多变量检验)。计算数据包括死于感染或因样品收集而处以安乐死的小鼠的最终体重。(B)按照使用ELISA的检测，与对照(UVA24)相比，在第3天和第5天嗜热链球菌治疗的小鼠(St+UVA24)在盲肠内容物中显示出较低水平的TcdA/B。(C)感染后3天与对照相比，用嗜热链球菌治疗的小鼠的结肠具有显著较少的病理(P=0.006，采用MannWhitneyt检验)，而嗜热链球菌治疗的小鼠的盲肠组织显示较少病理(P=0.279)。(D)按方法中所述，对在第3和4天腹泻的发生率进行评分，并应用非配对t检验进行分析。图7表明，来自嗜热链球菌的分泌组分即乳酸减慢艰难梭菌生长。㈧在HEPES缓冲液不存在或存在下，将来自嗜热链球菌的经过滤的上清液加入BHI(50%v/v)中，接种(105UVA24)，孵育24小时，并用平板计数法计数。(B)以不同浓度将纯的L-乳酸加入BHI中，接种艰难梭菌，使之生长24小时，并对细菌计数。(C)采用ELISA，测定艰难梭菌土L-乳酸土HEPES缓冲液生长24小时的上清液(斜线柱)中TcdA/B的存在情况。图8报告了以下结肠裂解物中的细胞因子应答:用艰难梭菌(UVA24)+/-嗜热链球菌(St+UVA24)感染的小鼠在感染后第3天的结肠裂解物、暴露于抗生素(AbxO)+/-嗜热链球菌(St/AbxO)的小鼠的结肠裂解物和感染前正常小鼠(正常)+/_嗜热链球菌(St/正常O)的结肠裂解物。发明详述下面将参照附图，在下文中对本发明作更全面的描述，其中示出了一些但非全部的本发明的实施方案。实际上，这些发明可以许多不同的形式体现，不应解释为限于本文所给出的实施方案；更确切地说，提供这些实施方案，使得本公开内容可满足适用的法律要求。在全文中，同类数是指同类要素。本文给出的本发明的许多修改和其它实施方案可使这些发明所属领域技术人员想起具有前面描述和相关附图中提供的教导的益处。因此，要了解的是，本发明不限于所公开的具体实施方案，且修改和其它实施方案欲包括在随附权利要求书的范围内。虽然本文采用特定术语，但它们仅以通用和描述性含义使用，而非限制目的。概沭提供了用于定向递送生物治疗剂的方法和组合物，包括使用胆汁敏感性嗜热链球菌细菌将富含AQ/AQR的肽递送至肠上皮的方法和组合物。这类方法和组合物可用于治疗或预防由艰难梭菌感染所引起的肠损害。胆汁敏感性LAB可在抗生素治疗之前、期间和/或之后提供以将治疗性肽递送至肠道，同时避免机会性感染的顾虑。通过经胃的酸性环境而存活，本文公开的细菌可将治疗性肽直接递送至小肠。因此，提供各种细菌例如嗜热链球菌及其使用方法，所述方法通过将治疗剂或治疗性肽递送给有需要的受试者而促进肠修复。胆汁敏感性乳酸菌提供了导致将治疗剂定向递送至受试者的胃肠道的方法和组合物。本文所用的“释放”是指包含在细胞外膜内的组分流出进入环境中。术语“释放”要理解为包括天然存在的组分或异源组分(例如肽)跨细胞膜流出或部分流出，使得所释放的组分不再存在于细胞之内。术语“释放”要进一步理解为包括细胞组分的部分流出，例如释放可因细胞膜的透化或部分透化而产生。例如，在具体的实施方案中，本发明的微生物经口给予受试者，并通过胃而存活，其中微生物随后暴露于胆汁中，并释放胞内物质，包括目标生物治疗剂。在一些实施方案中，生物治疗剂的释放足以治疗或预防胃肠病症。本文所用“胆汁敏感性的”是指微生物在暴露于胆汁后变得透化并释放某些胞内组分的能力。术语“胆汁”是指由大多数脊椎动物的肝脏分泌的深绿色至黄褐色流体。本文所用“胆汁”意指包括胆汁盐和胆汁酸，包括但不限于胆酸、脱氢胆酸、鹅脱氧胆酸、脱氧胆酸、甘氨胆酸、乙醇酸(glycholicacid)、甘氨脱氧胆酸、牛磺胆酸、石胆酸、牛磺脱氧胆酸、鹅脱氧胆酸、熊脱氧胆酸、牛磺-24，25-二氢-夫地酸钠、甘氨二氢夫地酸钠(sodiumglycodihydrofusidate)、聚氧乙烯_9_月桂基醚或其任何组合。本文所用“暴露于胆汁”是指其中本文所述细菌与胆汁接触或本文所述细菌存在于胆汁存在的环境中的情况。暴露于胆汁可持续至少约I秒钟、约5秒钟、约15秒钟、约30秒钟、约I分钟、约3分钟、约5分钟、约15分钟、约30分钟、约45分钟、约I小时、约2小时、约3小时、约4小时、约5小时或足以透化胆汁敏感性细菌的膜的任何时间。在一些实施方案中，胆汁敏感性微生物在暴露于胆汁时不能存活。本文所用“不能存活”是指微生物或其部分不再能够繁殖或进行代谢功能的情况。在某些实施方案中，递送生物治疗剂所期望的胃肠部位的环境引起微生物的膜透化，其后生物不能存活。任何目标微生物都可用于本文所述的方法和组合物。在一些实施方案中，微生物包括细菌。在具体的实施方案中，微生物包括益生菌(probioticbacterium)。本文所用术语“益生的”是指当适量给予时赋予宿主健康益处的活微生物(FA02001:参见网址isapp.net/docs/ProbioticDefinition.pdf),有助于受试者肠道健康和均衡的至少一种生物。在具体的实施方案中，亦被称作“友好的”、“有益的”或“良好的”细菌，当被受试者摄入时，其促进健康肠道的维持，促进部分或完全减轻病症和/或疾病的一种或多种症状。在一些实施方案中，本文所述微生物是乳酸菌。本文所用“乳酸菌”意指选自以下属的预期细菌:气球菌属(Aerococcus)、肉杆菌属iCarnobacteriuni)、肠球菌属(Bnterococcus)、乳球菌属{Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属{Leuconostoc)、酒球菌属、0enococcus)、片球菌属ifediococcus)、链球菌属{Streptococcus)、蜜蜂球菌属(Molissococcus')、差异球菌属(Alloiococcus')、狡诈球菌属(ZbJiosigra/wJtt)、乳球形菌属、四联球菌属(Tetragenococcus)、漫_游球菌属(VagOcoccus)和威斯氏菌属{Weissella、(Holzapfel等(2001)Am.J.Clin.Nutr.73:365S-373S;Sneath等(1986)Bergey，sManualofSystematicBacteriology第2卷，Lippincott,Williams和Wilkins,Hagerstown,MD)。在某些实施方案中，待使用的微生物是链球菌。在具体的实施方案中，待使用的微生物是嗜热链球菌，例如嗜热链球菌LMD-9。本文公开的细菌可标为通过食品与药物管理局(FoodandDrugAdministration)核准的公认安全的(GRAS)。那些标为GRAS的生物被FDA视为安全的，因此豁免于美国联邦食品、药品和化妆品法案(FederalFood,Drug,andCosmeticAct)的食品添加剂限量要求。GRAS细菌可以是胆汁敏感性的，并可用于定向递送生物治疗剂。可对本发明的细菌进行修饰(例如遗传修饰)以表达目标肽。本文所用术语“重组细菌”或“重组细菌细胞”是指含有至少一种遗传变化的细菌或大量细菌细胞(其已用至少一个目标基因转化)，以及从如此改变的细胞传下来且包含遗传变化或目标基因的一个或多个细胞。因此，本文所用术语“修饰的”或“遗传修饰的”或“遗传修饰”是指遗传变化，例如核酸的缺失、添加或取代。在某些实施方案中，修饰产生在遗传上不同于野生型即天然存在的细菌的细菌。在一些实施方案中，遗传变化是细菌中插入目标编码序列。编码序列对于所述细菌可为同源或异源的。所谓“异源”欲指这样的序列，其起源于外来物种，或者如果来源于相同物种，则是通过刻意的人为干预自其天然形式在组成和/或基因组的基因座方面进行相当大的修饰。例如，与异源多核苷酸有效连接的启动子来自不同于从中获得多核苷酸的物种的物种，或者如果来自相同/类似物种，则其中一个或两者自其原有形式进行相当大的修饰，或者对于有效连接的多核苷酸，启动子不是天然启动子。在一些实施方案中，异源多核苷酸序列编码富含丙氨酰-谷氨酰胺(AQ)或丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸(AQR)的肽。治疗剂所谓“治疗剂”或“生物治疗剂”意指这样的物质，其治愈、缓解、消除或减轻感染任何病症或者人或动物体机能障碍的症状，或者预防或降低感染任何病症或者人或动物体机能障碍的可能性。生物治疗剂可以是任何肽、多肽、蛋白质、疫苗、细胞因子、细菌素、碳水化合物、脂质或当向受试者提供时起治疗剂作用的任何其它物质。本文公开的细菌已被修饰以表达用于递送到胃肠道内的特定部位的治疗性肽。所谓治疗性肽意指任何肽，例如当向受试者提供时起治疗剂作用的富含AQ/AQR的肽。1.富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽本文提供应用本文公开的各种富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽的组合物和方法。本文所用“富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽”或“富含AQ的肽”或“富含ALA-GLN的肽”包括已被修饰以提高其丙氨酰-谷氨酰胺和谷氨酰胺含量的生物合成的肽、寡肽和蛋白质。本文所用“富含丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸的肽”或“富含AQR的肽”或“富含ALA-GLN-ARG的肽”包括已被修饰以提高其丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸或谷氨酰胺/精氨酸含量的生物合成的肽、寡肽和蛋白质。在一些实施方案中，富含AQ的肽包含(GLN)、ALA(GLN)fl或(ALA_GLN)及其衍生物。这些肽可用作单独的肽，或经连接从而形成具有肽的重复单元的寡肽或蛋白质。或者，肽可与异类肽(unlikepeptide)连接以形成备选的肽、寡肽或蛋白质。在一些情况下，肽可以是含有类肽(likepeptide)和异类肽的寡肽或蛋白质或者与含有类肽和异类肽的寡肽或蛋白质连接。肽、寡肽、蛋白质或重复单元可含有蛋白酶切割位点或引导信号。蛋白酶切割位点可包括例如被胰蛋白酶或胰凝乳蛋白酶识别的位点。本文所用“富含AQ/AQR相关序列”或“富含AQ/AQR的多核苷酸序列”是指编码富含AQ或AQR(AQ/AQR)的多肽的多核苷酸序列。可通过例如本领域普遍已知的测序或质谱法测量AQ/AQR含量。富含AQ/AQR的多核苷酸序列的实例包括SEQIDNO:1、3、5、7、9或11。符号ALA在本文中被用来表示丙氨酸的缩写，符号GLN是谷氨酰胺缩写，符号ALA-GLN是二肽丙氨酰-谷氨酰胺。另外，本文所用ALA(GLN)fl表示在末端位置上具有丙氨酸和所连接的多个(η)谷氨酰胺单元的肽，而(ALA-GLN)i3表示由η个丙氨酰-谷氨酰胺亚单元组成的肽，(GLN)fl表示由η个谷氨酰胺亚单元组成的肽。另外，“η”记录肽中亚单元或单元的数目。通常，本发明的肽含有约I和20个之间的亚单元或单元(例如η为约1-约20)。正如本文所公开的一样，肽可以是独立的种类或寡肽或蛋白质的亚单元。本发明的富含AQ/AQR的肽包括SEQIDNO:2、4、6、8、10或12所给出的多肽序列、SEQIDNO:1、3、5、7、9或11所给出的核酸序列及其变体和片段。用于本发明的目的，术语“蛋白质”、“肽单元”和“多肽”可互换使用。本文所用富AQ活性或富AQR活性是指富含AQ/AQR的肽抑制细胞凋亡和减少粘膜破坏的能力。所谓“抑制”、“阻抑”、“减少”或“降低”细胞凋亡或粘膜破坏欲指细胞或粘膜损伤在统计学上低于合适对照中的细胞或粘膜损伤。在具体的实施方案中，按照本公开主题，当与合适对照比较时，抑制细胞凋亡或减少粘膜损伤导致细胞凋亡或粘膜损伤至少约95%降低、至少约90%降低、至少约80%降低、至少约70%降低、至少约60%降低、至少约50%降低、至少约40%降低、至少约30%降低、至少约20%降低、至少约10%降低或至少约5%降低。在其它实施方案中，当与合适对照比较时，抑制细胞凋亡或减少粘膜损伤导致降低约3%-约15%、约10%-约25%、约20%-约35%、约30%-约45%、约40%-约55%、约50%-约65%、约60%-约75%、约70%-约90%、约70%-约80%、约70%-约85%、约80%-约95%、约90%-约100%。在本文其它部分论述了细胞凋亡和粘膜损伤水平的测定方法。.片段和变体依上下文而定，“片段”是指多肽或蛋白质的氨基酸序列的一部分或者编码多肽或蛋白质的氨基酸序列的一部分的多核苷酸。片段可保持原蛋白质的活性，因此，这类“活性”片段包括例如富含AQ/AQR的蛋白质的片段。富含AQ/AQR的多核苷酸序列的片段，例如编码富含AQ/AQR的肽的SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的片段可编码有生物活性的蛋白质片段。富含AQ/AQR的蛋白质的片段包括SEQIDNO:2、4、6、8、10和12的片段。生物活性核苷酸片段可通过分离富含AQ/AQR的多核苷酸或多肽的一部分，表达富含AQ/AQR的肽的编码部分来制备，并且评价富含AQ/AQR的肽的编码部分的AQ/AQR水平。富含AQ/AQR相关多核苷酸的片段包括SEQIDNO:1、3、5、7、9和11的片段。富含AQ/AQR相关多核苷酸的片段包含至少约15、约20、约50、约75、约100、约200、约250、约300、约350、约400、约450、约500、约550、约600、约650、约700、约750、约800、约850、约900、约950、约1000个核苷酸或至多为存在于本文公开的全长富含AQ/AQR相关核苷酸序列的核苷酸总数。氨基酸序列的片段包括这样的肽，其包含与富含AQ/AQR的蛋白质或不完全长度蛋白质的氨基酸序列充分相同或者来源于富含AQ/AQR的蛋白质或不完全长度蛋白质的氨基酸序列，并且显示出富含AQ/AQR的蛋白质的至少一种活性(即与本文其它部分描述的AQ/AQR含量增加有关的活性)的氨基酸序列，但是其包括比本文公开的全长富含AQ/AQR的蛋白质少的氨基酸。富含AQ/AQR的蛋白质的生物活性部分可以是多肽，即长为例如约10、约25、约50、约100、约150、约200个连续氨基酸或至多为存在于本文公开的全长富含AQ/AQR的蛋白质(即SEQIDNO:2、4、6、8、10或12)中的氨基酸的总数。这类生物活性部分可通过重组技术制备，并且可针对全长富含AQ/AQR的蛋白质功能活性的一种或多种(例如抑制细胞凋亡和减少粘膜破坏)来进行评价。本文所用片段包含SEQIDNO:2、4、6、8、10或12的至少5个邻接氨基酸。然而，本发明包括其它片段，例如大于约6、约7、约8、约9、约10、约20、约50、约100、约200、约300、约400或大于约500个氨基酸的富含AQ/AQR的蛋白质的任何片段。在一些实施方案中，提供已被修饰以表达本文其它部分提供的富含AQ/AQR的核苷酸和氨基酸序列的变体的细菌。所谓“变体”欲指充分相同的序列。因此，本发明包括经修饰以表达与编码SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中富含AQ/AQR的蛋白质的核苷酸序列充分相同的富含AQ/AQR的核酸序列的细菌，或经修饰以表达SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的核苷酸序列或其互补序列的细菌。变体还包括由本文公开的富含AQ/AQR的多核苷酸序列编码的变体多肽。另外，本发明的多肽具有与SEQIDNO:2、4、6、8、10或12所示氨基酸序列充分相同的氨基酸序列。所谓“充分相同”欲指与第二种氨基酸序列或核苷酸序列相比，一种氨基酸序列或核苷酸序列含有足够或最低数目的等同或相同的氨基酸残基或核苷酸，因此提供共同的结构域和/或表明共同的功能活性，例如抑制细胞凋亡和减少粘膜破坏。保守变体包括因遗传密码简并而不同的核苷酸序列。总的说来，分别与SEQIDNO:2、4、6、8、10或12的任何氨基酸序列或SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的任何核苷酸序列具有至少约45%、55%或65%同一性、优选至少约70%或约75%同一性、更优选至少约80%、约85%或约90%、最优选至少约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或约99.5%序列同一性的氨基酸序列或核苷酸序列，在本文中被定义为充分相同。本发明所包括的变体蛋白质具有生物活性，即它们保持原富含AQ/AQR的序列所需功能活性，例如抑制细胞凋亡和减少粘膜破坏。参见例如Varcamonti等(2003)Appl.Environ.Microbiol.69:1287-1289。蛋白质的生物活性变体可因少至1-15个氨基酸残基、少至1-10个、例如6-10、少至5个、少至4、3、2个或甚至I个氨基酸残基而不同于该蛋白质。富含AQ/AQR的多肽可以多种方式改变，包括氨基酸取代、缺失、截短和插入。用于诱变和多核苷酸改变的方法是本领域众所周知的。参见例如Kunkel(1985)Proc.NatLAcad.Sc1.USA82:488-492；KunkeI等(1987)MethodsinEnzymol.154:367-382;美国专利号4，873,192;Walker和Gaastra,主编(1983)TechniquesinMolecularBiology(MacMillanPublishingCompany,NewYork)和其中引述的参考文献。至于不影响目标蛋白质的生物活性的氨基酸取代的指导可参见Dayhoff等(1978)AtlasofProteinSequenceandStructure(Natl.Biomed.Res.Found.,Washington,D.C.)的模型，通过引用结合到本文中。保守取代，例如可使一个氨基酸与另一个具有类似性质的氨基酸交换。本领域技术人员应理解的是本文公开的富含AQ/AQR的多肽的活性可通过常规筛选测定法评价，例如本文其它部分描述的测定法评价。例如，可改变本文公开的富含AQ/AQR的多肽以包括FLAG标签表位，例如DYKDDDDK(SEQIDNO:13)(Hopp，1988，Bio/Technology，6:1204-1210)。FLAG标签表位的加入可助于本文公开的富含AQ/AQR的肽的检测和纯化。FLAG和3xFLAG可用于蛋白质印迹法、免疫细胞化学、免疫沉淀、流式细胞术、蛋白质纯化和蛋白质-蛋白质相互作用、细胞超微结构和蛋白质定位的研究。这些小的亲水标签当与特异性和灵敏性抗FLAG抗体一起使用时，可改进重组融合蛋白的检测和纯化。FLAG系统可利于低丰度蛋白质的研究和不同蛋白质表达方案的优化。FLAG肽包括若干特定的单克隆和多克隆抗体和缀合物的结合部位，其各具有不同识别和结合特征。FLAG肽对于抗体和肠激酶(Ek)切割可能是可及的。考虑到FLAG标签表位的尺寸小，预期加入表位不会影响本文公开的肽的活性、分泌或转运。在两个多核苷酸或多肽序列的情况下，本文所用“序列同一性”或“同一性”是指当在规定的比较窗内比对最大一致性时是相同的两个序列的残基。当序列同一性的百分比用于指蛋白质时，公认的是不相同的残基位置常常因保守氨基酸取代而不同，其中氨基酸残基被具有类似化学性质(例如电荷或疏水性)的其它氨基酸残基取代，因此不改变分子的功能性质。当序列在保守取代方面不同时，可向上调整百分比序列同一性以对取代的保守性质进行校正。因这类保守取代不同的序列被称为具有“序列相似性”或“相似性”。用于进行这种调整的手段为本领域技术人员所熟知。通常这包括对作为一部分而不是完全错配的保守取代评分，从而提高百分比序列同一性。因此，例如，如果把相同的氨基酸规定为I分，把非保守取代规定为零分，则把保守取代规定为零与I之间的分数。计算保守取代的评分，如在程序PC/GENE(Intelligenetics,MountainView,California)中实施的。本文所用“序列同一性的百分比”意指通过比较窗内两个最佳比对序列而确定的值，其中与用于两个序列的最佳比对的参比序列(其不含添加或缺失)相比，比较窗中多核苷酸序列的部分可包含添加或缺失(即空位)。如下计算百分比:确定出现在两个序列中的相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数，得到匹配的位置数，将匹配的位置数除以比较窗的位置总数，并将结果乘以100，得到序列同一性的百分比。除非另有说明，否则本文提供的序列同一性/相似性值是指使用以下参数采用GAP10版得到的值:使用GAP权重(GAPWeight)为50、长度权重(LengthWeight)为3和nwsgapdna.cmp评分矩阵的核苷酸序列的％同一'丨生和％相似性；使用GAP权重为8、长度权重为2和BL0SUM62评分矩阵的氨基酸序列的％同一性和％相似性；或其任何等同程序。所谓“等同程序”欲指对于任何的两个目标序列，当与通过GAP10版产生的相应比对比较时，产生具有相同核苷酸或氨基酸残基匹配和相同百分比序列同一性的比对的任何序列比较程序。ii1.重组表达载体在载体优选表达载体中可包括编码本发明的治疗剂的核酸分子。“载体”是指能够转运其所连接的另一核酸的核酸分子。表达载体包括一个或多个调节序列，并指导与之有效连接的基因表达。所谓“有效连接”意指目标核苷酸序列与调节序列连接，使得允许该核苷酸序列表达(例如在体外转录/翻译系统中或当载体导入宿主细胞时在宿主细胞中)。术语“调节序列”欲包括可控的转录启动子、操纵基因、增强子、转录终止子和其它表达调控元件例如翻译控制序列(例如Shine-Dalgarno共有序列、起始和终止密码子)。例如根据所使用的宿主细胞，这些调节序列可不同。载体可在宿主细胞中自主复制(附加型载体)或可整合至宿主细胞的基因组中，并与宿主基因组一起复制(非附加型哺乳动物载体)。整合载体通常含有与细菌染色体同源的至少一个序列，其允许在载体和细菌染色体中同源的DNA之间发生重组。整合载体还可包含噬菌体或转座子序列。附加型载体或质粒是圆形的双链DNA环，其它DNA区段可与之连接。当采用重组DNA技术时，能够在宿主中稳定保持的质粒一般是优选的表达载体形式。本发明中所包括的表达构建体或载体包含本发明的核酸构建体，呈适于核酸在宿主细胞中表达的形式。本发明中包括在原核宿主细胞中的表达。本领域技术人员要理解的是，表达载体的设计可取决于以下这类因素:待转化宿主细胞的选择、所需蛋白质的表达水平等。可将本发明的表达载体导入宿主细胞中，从而产生由本文所述核酸编码的蛋白质或肽，包括融合蛋白或肽(例如富含AQ/AQR的肽、富含AQ/AQR的肽的突变体形式、富含AQ/AQR的融合肽等)。调节序列包括指导核苷酸序列的组成型表达的调节序列以及只在某些环境条件下指导核苷酸序列的诱导型表达的调节序列。细菌启动子是能够结合细菌RNA聚合酶并引发编码序列的下游(3’)(例如结构基因)转录为mRNA的任何DNA序列。启动子可具有转录起始区，其通常被置于接近编码序列的5’端。该转录起始区通常包括RNA聚合酶结合位点和转录起始位点。细菌启动子还可具有称为操纵基因的第二结构域，其可覆盖相邻的RNA聚合酶结合位点，在其上开始RNA合成。操纵基因允许负调节的(诱导型)转录，因为基因阻抑物可结合操纵基因，从而抑制特定基因的转录。在不存在负调节元件(例如操纵基因)时，可发生组成型表达。另外，正调节可通过基因激活蛋白结合序列实现，所述序列如果存在，则通常是RNA聚合酶结合序列的近端(5’)。基因激活蛋白的实例是分解代谢激活蛋白(CAP)，其有助于启动Iac操纵子在大肠杆菌{Escherichiacoif)中转录(Raibaud等(1984)Annu.Rev.Genet.18:173)。因此，所调节的表达可以是正的或负的，从而提高或降低转录。正调节和负调节元件的其它实例是本领域众所周知的。蛋白质表达系统中可包括的各种启动子包括但不限于T7/LacO杂合启动子、trp启动子、T7启动子、Iac启动子、p6启动子和噬菌体λ启动子。可使用任何合适的启动子实施本发明，包括天然启动子或异源启动子。异源启动子可以是组成型活性的或诱导型。Kullen和Klaenhammer的美国专利号6，242，194给出了异源启动子的非限制实例。编码代谢途径酶的序列提供特别有用的启动子序列。实例包括来源于糖代谢酶的启动子序列，例如半乳糖、乳糖(lac)(Chang等(1987)Nature198:1056)和麦芽糖。其它实例包括来源于生物合成酶的启动子序列例如色氨酸(trp)(Goeddel等(1980)NucleicAcidsRes.8:4057；Yelverton等(1981)NucleicAcidsRes.9:731;美国专利号4，738，921；EP0公布号36，776和121，775)。β-内酰胺酶(bla)启动子系统(ffeissmann,(1981)〃TheCloningofInterferonandOtherMistakes(干扰素的克隆和其它错D散子Interferon3(主编1.Gresser);卩遼菌体λPL(Shimatake等(1981)Nature292:128);阿拉伯糖-诱导型araB启动子(美国专利号5，028，530);以及T5(美国专利号4，689，406)启动子系统亦提供有用的启动子序列。另参见Balbas(2001)Mol.Biotech.19:251-267,其中论述了大肠杆菌表达系统。另外，非天然存在的合成启动子也起细菌启动子的作用。例如，可将一个细菌或噬菌体启动子的转录活化序列与另一个细菌或噬菌体启动子的操纵子序列连接在一起，产生合成的杂合启动子(美国专利号4，551，433)。例如，tac(Amann等(1983)Gene25:167；deBoer等(1983)Proc.Natl.Acad.Sc1.80:21)和trc(Brosius等(1985)J.Biol.Chem.260:3539-3541)启动子是trp-lac杂合启动子，由受Iac阻抑物调节的trp启动子和Iac操纵子序列两者组成。tac启动子具有作为诱导型调节序列的额外特征。因此，例如可通过加入异丙基-1-硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)，在细胞培养中诱导与tac启动子有效连接的编码序列的表达。此外，细菌启动子可包括具有结合细菌RNA聚合酶和启动转录能力的非细菌源的天然存在的启动子。非细菌源的天然存在的启动子还可与相容的RNA聚合酶偶联以在原核生物中产生一些基因的高水平表达。噬菌体T7RNA聚合酶/启动子系统是偶联的启动子系统的实例(Studier等(1986)J.Mol.BioL189:113;Tabor等(1985)Proc.Natl.Acad.Sc1.82:1074)。另外，杂合启动子也可由噬菌体启动子和大肠杆菌操纵基因区组成(ΕΡ0公布号267，851)。载体还可含有编码该启动子的阻抑物(或诱导物)的基因。例如，本发明的诱导型载体可通过表达编码LacI阻抑蛋白的基因，调节自Lac操纵基因(LacO)的转录。其它实例包括使用IexA基因以调节pRecA的表达以及使用trpO调节ptrp。可以使用增加阻抑程度(例如IacIq)或修饰诱导方式(例如λCI857，提供λpL热诱导型或λCl+，提供λPL化学诱导型)的这类基因的等位基因。除功能性启动子序列以外，有效的核糖体结合接点也可用于融合构建体的表达。在原核生物中，核糖体结合部位称为Shine-Dalgarno(SD)序列，包括起始密码子(ATG)和位于起始密码子上游3-11个核苷酸处长度为3-9个核苷酸的序列(Shine等(1975)Nature254:34)。SD序列被认为通过SD序列和细菌16SrRNA的3’端之间碱基的配对而促进mRNA与核糖体结合(Steitz等(1979)"GeneticSignalsandNucleotideSequencesinMessengerRNA(信使RNA中的遗传信号和核昔酸序列)，〃载于RegulationandDevelopment:GeneExpression(iISR.F.Goldberger,PlenumPress,NY)。治疗剂还可通过产生嵌合DNA分子(其编码包含信号肽序列片段的蛋白质)而从细胞中分泌，所述信号肽序列片段使富含AQ/AQR的肽在细菌中分泌(美国专利号4，336，336)。信号序列片段通常编码信号肽，所述信号肽由指导蛋白质从细胞中分泌的疏水氨基酸组成。蛋白质分泌到生长培养基(革兰氏阳性细菌)中，或分泌到位于细胞内膜和外膜之间的周质间隙(革兰氏阴性细菌)中。优选存在在信号肽片段和富含AQ/AQR的肽之间编码的加工位点，其可在体内或体外切割。编码合适的信号序列的DNA可来源于所分泌的细菌蛋白质的基因，例如大肠杆菌外膜蛋白质基因(ompA)(Masui等(1983)FEBSLett.151(I):159-164;Ghrayeb等(1984)EMBOJ.3:2437-2442)和大肠杆菌碱性磷酸酶信号序列(phoA)(Oka等(1985)Proc.Natl.Acad.Sc1.82:7212)。其它原核信号包括例如青霉素酶的信号序列Ipp或热稳定的肠毒素II前导序列。细菌例如嗜热链球菌一般利用起始密码子ATG，其指定氨基酸甲硫氨酸(其在原核生物中被修饰为N-甲酰甲硫氨酸)。细菌还识别备选的起始密码子，例如密码子GTG和TTG，其分别编码缬氨酸和亮氨酸。然而，当它们用作起始密码子时，这些密码子指导甲硫氨酸而不是它们正常编码的氨基酸的掺入。嗜热链球菌识别这些备选的起始位点，并掺入甲硫氨酸作为第一氨基酸。通常，被细菌识别的转录终止序列是位于翻译终止密码子3’的调节区，因此，与启动子一起，位于编码序列的侧翼。这些序列指导mRNA的转录,所述mRNA可翻译成由该DNA编码的多肽。转录终止序列常常包括能够形成茎环结构的DNA序列(约50个核苷酸)，所述茎环结构有助于终止转录。实例包括来源于具有强启动子的基因的转录终止序列，例如大肠杆菌中的trp基因以及其它生物合成基因。表达载体可具有用于插入治疗剂的编码序列的多个限制位点，使得它在调节区的转录调节之下。表达载体中还可包括确保将载体保持在细胞中的选择标记基因。优选的选择标记包括赋予药物(例如氨苄西林、氯霉素、红霉素、卡那霉素(新霉素)和四环素)抗性的选择标记(Davies等(1978)Annu.Rev.Microbiol.32:469)。选择标记还可允许细胞在基本培养基中或在毒性代谢物存在下生长，且可包括生物合成基因，例如在组氨酸、色氨酸和亮氨酸生物合成途径中的生物合成基因。调节区对本发明的宿主细胞和/或核苷酸序列可以是天然(同源)的，或可以是外源(异源)的。调节区也可以是天然的或合成的。如果调节区对宿主细胞是“外源”或“异源”的，则意指该调节区不存在于调节区所导入的天然细胞中。如果调节区对编码本发明的治疗剂的核苷酸序列是“外源”或“异源”的，则意指该调节区不是编码本发明治疗剂的有效连接的核苷酸序列的天然或天然存在的调节区。例如，调节区可来源于噬菌体。虽然使用异源调节区表达该序列可能是优选的，但是可使用天然区或同源区。可预期这类构建体在某些情况下改变治疗剂在宿主细胞中的表达水平。因此，即使正在表达天然肽，也可改变宿主细胞的表型。在制备表达盒时，可对各种DNA片段进行操作，以便在合适的方向上提供DNA序列，适当时在合适的读框上提供。为此目的，可使用衔接子或接头连接DNA片段，或者可涉及其它操作以提供方便的限制位点、除去过多的DNA、除去限制位点等。为此，可包括体外诱变、引物修复、限制酶切(restriction)、退火、再取代,例如转换和颠换。或者，可将上述组分一起置于转化载体中。如上所述，转化载体通常由选择标记组成，所述选择标记或在复制子中维持，或在整合载体中出现。可通过本领域已知方法将本发明的表达载体或氨基酸序列导入宿主细胞。所谓“导入”意指经由常规转化或转染技术，或通过噬菌体介导的感染导入原核细胞中。本文所用术语“转化”、“转导”、“缀合”和“原生质体融合”欲指用于将外源核酸(例如DNA)导入宿主细胞的各种本领域公认技术，包括磷酸钙或氯化钙共沉淀、DEAE-葡聚糖介导的转染、月旨转染或电穿孔。用于转化或转染宿主细胞的合适方法可参见Sambrook等(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual(第2版，ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NewYork)和其它实验室手册。将用于产生本发明的治疗剂或多肽的细菌细胞培养在合适培养基中，如Sambrook等(1989)MolecularCloning,LaboratoryManual(第2版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NewYork)中一般性描述的。本发明所包括的细菌菌株包括生物学上纯的细菌培养物的菌株，其包含至少一个本发明的核苷酸或氨基酸序列。这些菌株可包括但不限于:乳杆菌属、双歧杆菌属{Bifidobacterium)、嗜热链球菌。如上所述，在一个实施方案中，治疗剂是富含AQ/AQR的多肽。可使用异源或同源调节区，将这类多肽置于DNA构建体中。具体地讲，可使用P6启动子，表达富含AQ/AQR的多肽。虽然它可以在任何胆汁敏感性微生物中表达，但是在一个实施方案中，使用遗传修饰的嗜热链球菌细菌表达本文其它部分公开的富含AQ/AQR的多肽。治疗和预防的方法。提供了治疗和预防受试者的胃肠病症的方法，所述方法包括给予本文其它部分描述的细菌。在一些实施方案中，给予细菌，例如嗜热链球菌细菌，可在受试者中抑制细胞凋亡和减少与艰难梭菌释放的毒素A有关的粘膜破坏。在其它实施方案中，给予表达至少一种治疗剂的胆汁敏感性细菌，可在受试者中抑制细胞凋亡和减少与艰难梭菌释放的毒素A有关的粘膜破坏。在一些实施方案中，提供用于治疗和/或预防受试者的胃肠病症、治疗和/或预防与艰难梭菌感染有关的症状以及治疗肠局部性疼痛的方法。“治疗”在本文中定义为治愈、愈合、减轻、缓解、改变、医治、改善、改进或影响患有胃肠病症的受试者的病况或症状。待治疗的受试者可能患有胃肠病症或有发生胃肠病症的风险，包括例如患有艰难梭菌感染或有发生艰难梭菌感染的风险。在一个实施方案中，可在将抗生素给予患者之前、同时或之后给予重组胆汁敏感性细菌。给予细菌可用于预防或治疗目的。所谓“预防”是指预防性地提供细菌，即在任何症状之前提供细菌。预防性给予重组细菌起预防或减轻任何后续症状的作用。当治疗性提供时，在症状开始时或之后提供细菌。治疗性给予所述物质起减轻任何实际症状的作用。所谓“受试者”是指动物。在具体的实施方案中，受试者是哺乳动物，例如灵长类动物或人。在其它实施方案中，受试者包括驯养动物，例如猫科动物或犬科动物或农用动物，例如反刍动物、马、猪、家禽或绵羊。在具体的实施方案中，用本发明的药物制剂进行治疗的受试者是人。在一些实施方案中，进行治疗的人可以是新生儿、婴儿、幼童、青春期前的少年、青少年或成人。本发明的受试者可能患有胃肠病症的症状或可能有胃肠病症的风险(例如已进行抗生素治疗的受试者)。胃肠病症本发明的方法涉及治疗和/或预防胃肠病症。本文所用术语“胃肠病症”或“胃肠道病症”是指胃肠道或肠的疾病。胃肠病症包括例如由各种微生物引起的细菌感染，包括病毒例如轮状病毒、巨细胞病毒、肠腺病毒、诺沃克病毒、小RNA病毒、腺病毒、冠状病毒、杯状病毒(杯状病毒科(Caliciviridae))和牛病毒性腹泻病毒；细菌，例如肠产毒性大肠杆菌和侵袭性大肠杆菌、志贺氏菌属CS6i>e77a)、沙门氏菌属(537^9/76^773)、弧菌属{Vibrio、细菌(例如霍乱弧菌{Vibriocholerae))、艰难梭菌、产气荚膜梭菌{Clostridiumperfringens)'1!'{Enterococcusfaecium){Enterococcusfaecalis)、金黄色葡萄球菌{Staphylococcusaureus)和空肠弯曲杆菌{Campylobacterjejuni)；原生动物，例如微孢子虫577/7.)、隐孢子虫spp.)(例如小隐孢子虫iCryptosporidiumparvum))、贝氏等孢子球虫ijsosporabelli)、人酵母菌QilastocystisAominis)、脆双核阿米巴{Dientamoebafragilis)、结肠小袋虫{Balantiniumco7i)、贝氏等抱子球虫{IsoporaAe77i)、圆抱子球虫{CyIc1sporacayetanensis)、比氏肠胞微孢子虫{Enterocytozoonbieneusi)、溶组织内阿米巴(βηtamoebahistolytica)、兰伯贾第虫{GiardialambIia)(亦称肠兰伯式鞭毛虫{LambIia)和肠道脑胞内原虫intest1tnalis);以及螺虫，例如肠类圆线虫{Strongyloidessiercorayis)。抗生素介导的正常胃肠菌群的破坏可导致胃肠病症，包括真菌感染，例如侵袭性念珠菌病或艰难梭菌引起的抗生素相关性结肠炎。本发明的方法和组合物涉及炎症性胃肠病症的治疗。本文所用术语“炎症性胃肠病症”或“炎症性胃肠道病症”是指由免疫系统或免疫系统的细胞介导的胃肠道或肠疾病。炎症性胃肠病症包括例如炎性肠病(IBD)，例如克罗恩病(Crohn’sdiseas)和溃疡性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、显微镜下结肠炎、胶原性结肠炎、自身免疫性肠病、变应性胃肠疾病和嗜酸性胃肠疾病，以及腹泻、胃气胀、气胀、腹部绞痛、腹痛或便秘。在某些实施方案中，本发明的方法涉及肥胖症或肥胖症症状的治疗或预防，肥胖症症状包括IBD、腹泻、胃气胀、气胀、腹部绞痛、腹痛或便秘。参见例如KadookaY等(2010)EurJClinNutr.64(6):636-43，通过引用结合到本文中。在一些实施方案中，炎症的减少可包括刺激肠健全；降低肠通透性；改善粘蛋白合成、分泌和/或质量；改善肠上皮的成熟和分化；改善营养吸收；增加转移抗微生物活性的可溶性因子的产生；刺激、改善或支持感染抗性；支持针对病毒或细菌感染的细胞或体液应答；增加细胞毒性(抗病毒和抗肿瘤两者)；支持全身和/或粘膜接种应答；提高或支持细胞和/或体液免疫；提高或支持天然免疫(包括嗜中性粒细胞、吞噬细胞、巨噬细胞和天然杀伤细胞活性)；提高或支持适应性T细胞和B细胞免疫；刺激辅助T细胞I(Thl)细胞因子模式(提高IL-1、IL-2、IFN1、IL-12、TNF-α;人白细胞抗原-Dr(HLA-Dr)表达)；抑制炎症或产生全身和粘膜炎症介质(包括细胞因子和/或趋化因子)；通过降低总IgE和/或变应原特异性IgE而降低敏化；降低变应性细胞因子的产生；支持免疫球蛋白概况的Th2的产生及其组合。本文所用术语“促炎细胞因子”是指有利于炎症的免疫调节细胞因子。本发明的促炎细胞因子包括ILl-a、ILl-β、TNF-α、IL-2,IL-3、IL-6、IL-7、IL-9、IL-12,IL-16,IL-17、IL-18、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子(eotaxin)、KC、TNF-α、MIPla、MIP3a、LT、LIF、制癌蛋白或IFN-α、IFN-β、IFN-Y。本发明的方法和组合物包括降低促炎细胞因子产生的方法和组合物，其可降低或防止炎症反应或者预防或治疗炎症性胃肠道病症。本文所用促炎细胞因子产生水平的降低包括与合适对照相比时受试者中促炎细胞因子产生水平的任何统计显著性降低。这类降低可包括例如促炎细胞因子水平降低至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%ο测定细胞因子水平的方法是已知的，包括例如Leng，2008，/ABiolSciMedSci63(8):879-884。测定促炎细胞因子产生的方法包括多重微珠测定法(multiplexbeadassay)、ELISP0T和流式细胞术。参见例如Maecker,2005,SiCrImmunology6:13。本文所用“细胞凋亡”或“凋亡”是指保持细胞增殖和细胞消除间的平衡所必需的程序性细胞死亡。已知毒剂例如化学治疗药物、电离辐射、微生物和免疫介导的反应提高肠上皮细胞中的细胞凋亡率，导致上皮损伤。细胞凋亡由胞内半胱氨酸蛋白酶(称为胱天蛋白酶)家族实施。在艰难梭菌相关性腹泻中，由艰难梭菌释放的毒素A可在肠上皮细胞、月巴大细胞和内皮细胞中起诱导细胞凋亡的作用，其可促使肠粘膜破坏。本文所用“粘膜破坏”是指刺激、炎症、糜烂、溃疡、上皮损伤、水肿或粘膜细胞的嗜中性粒细胞浸润。测定细胞凋亡和粘膜破坏的方法描述于本文的其它部分。要了解的是，给予细菌可促进肠伤口愈合。可如本文其它部分所公开的，通过测量细胞凋亡和粘膜破坏来测定伤口愈合，例如通过测量细胞迁移。在一些实施方案中，给予本发明的细菌导致在不干扰胱天蛋白酶6或9活化的情况下，抑制由TxA诱导的胱天蛋白酶8活化。在其它实施方案中，给予本发明的细菌导致诱导热激蛋白(HSP)，例如HSP72。药物组合物在一些实施方案中，将表达本发明治疗剂的胆汁敏感性细菌菌株以营养药物组合物(nutraceuticalcomposition)例如营养补剂和/或食品添加剂的形式给予受试者。在具体的实施方案中，药物组合物包含已经修饰以表达富含AQ/AQR的肽(例如SEQIDNO:1和2所示多核苷酸和多肽)的细菌。在其它实施方案中，将提取物以药物组合物的形式给予受试者。如本文其它部分所述，给予可包括单剂量或多剂量给予。药物组合物可以是液体制剂或固体制剂。当药物组合物是固体制剂时，其可配制成片剂、口含片(suckingtablet)、咀嚼片、口香糖、胶囊剂、小药囊剂、散剂、颗粒剂、包衣颗粒、包衣片、肠包衣片、肠包衣胶囊、口溶条(meltingstrip)或膜。如果药物组合物是液体制剂，则其可配制成口服溶液剂、混悬剂、乳剂或糖浆剂。所述组合物还可包含独立选自(但不限于)以下的载体材料:乳酸发酵食品、发酵乳制品、抗性淀粉、膳食纤维、碳水化合物、蛋白质和糖基化蛋白质。药物组合物可作为人类消费的食品或农业或驯养动物消费的饲料产品递送。本文所用术语“药物组合物”可配制成食物组合物、膳食补充剂、功能食品、医药用食品或营养制品，只要达到所需作用，即治疗或预防胃肠病症。所述食物组合物可选自饮料、酸奶、果汁、冰淇淋、面包、饼干、薄脆饼干、谷类食物、健康条(healthbar)、涂味品(spreads)和营养制品。食物组合物还可包含载体材料，其中所述载体材料选自乳酸发酵食品、发酵乳制品、抗性淀粉、膳食纤维、碳水化合物、蛋白质和糖基化蛋白质。按照本发明使用的或按照本发明产生的本发明的药物组合物还可包含众所周知的其它物质，例如惰性溶媒或药学上可接受的辅助剂、载体、防腐剂等。本公开内容还包括本文公开的细菌彼此的组合和/或与可用于治疗胃肠道病症的一种或多种其它药剂的组合。例如，本发明的细菌可与有效剂量的常规抗生素组合给予，所述抗生素包括甲硝唑、头孢氨苄、环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、吉米沙星、巴洛沙星、加替沙星、格帕沙星、帕珠沙星、司帕沙星、替马沙星、依诺沙星、氟罗沙星、洛美沙星、那氟沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、曲伐沙星、托氟沙星、克林霉素、四环素、氯霉素、头孢西丁、头孢美唑、头孢替坦、多西环素、红霉素、亚胺培南、美罗培南、替卡西林、哌拉西林、美洛西林(mezocillin)、三唑巴坦、氨苄西林及其组合。术语“组合给予”是指活性剂同时给予和序贯给予两者。组合疗法不限于本文提供的药剂，而是包括用于治疗病症的任何组合物。治疗有效量所谓“治疗有效剂量”、“治疗有效量”或“有效量”意指当给予受试者时治疗或预防胃肠病症的本发明细菌的量。例如，给予治疗有效量的本发明的细菌可在患有艰难梭菌感染的受试者中抑制细胞凋亡和减少粘膜破坏。“积极的治疗反应”是指例如改善胃肠病症的至少一种症状的状况。有效量的治疗剂根据预定目的确定。术语“单位剂量“是指适用于受试者的物理独立单位，各单位含有经计算产生所需的与其给予(即合适的途径和治疗方案)相关的反应的治疗组合物的预定量。按照治疗次数和单位剂量两者的待给予的量，取决于待治疗的受试者、受试者的状态和所需保护。治疗组合物的确切量还取决于从业人员的判断，并且为每个个体所特有。一般而言，重组细菌的剂量可随例如患者的年龄、体重、身高、性别、一般医学状况和既往病史等因素而变化。在具体的实施方案中，可合乎需要的是，给予细菌的范围为约IO4-约IO12CFU、约IO5-约IO11CFU、约IO6-约101°CFU、约IO8-约101°CFU或约IO8-约IO12CFU。在本发明的一些实施方案中，所述方法包括给予多剂量的细菌。所述方法可包括给予约1、约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40或更多治疗有效剂量的包含本文所述细菌的组合物。在一些实施方案中，在约I天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约10天、约14天、约21天、约30天或约30天以上的时程内给予剂量。如此给予多剂量的组合物的频率和持续时间，使得降低或预防炎症反应，从而治疗或预防胃肠病症。此外，用治疗有效量的本发明的重组细菌治疗受试者可包括单一治疗或可包括系列治疗。还应理解的是，可在具体治疗进程中增加或减少用于治疗的细菌的有效剂量。剂量的改变可起因于本领域已知的和本文描述的用于检测炎症的诊断测定结果，并且从该结果来看是显然的。本文所用的冠词“一个”“一种”是指一个或多于一个(即至少一个)该冠词的语法客体。举例来说，“要素”意指一个或多个要素。本说明书中提及的所有出版物和专利申请表示本发明所属领域技术人员的水平。所有出版物和专利申请均通过引用结合到本文中，其程度就像每个出版物或专利申请具体而单独指明通过引用结合一样。虽然为了清楚理解的目的，通过示例和实例以某种详细程度对前述发明进行了描述，但可在随附权利要求书的范围内实施某些改变和修饰是显而易见的。保藏材料申请人:以美国典型培养物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,ATCC)，Manassas,VA20110USA,ATCC保藏号XXXXXX对嗜热链球菌LMD-9{StreptoccusthermophilusLMD-9)进行了保藏。申请人还进行了以下保藏:ATCC保藏号为XXXXXX的嗜热链球菌NCK2071、ATCC保藏号为XXXXXX的嗜热链球菌NCK2072，ATCC保藏号为XXXXXX的嗜热链球菌NCK2073。自本申请提交日期之前，在ATCC保藏的细菌培养物取自由NorthCarolinaStateUniversity,100SchaubHall,CampusBox7624,Raleigh,NorthCarolina,27695维持的保藏材料(deposits)。在本申请未决期间，向专利商标局局长及局长授权而定的人员提出请求时，可获得该保藏材料。在本申请任何权利要求的许可时，申请人将依照37C.F.R.§1.808使公众可获得该保藏材料。该保藏材料将在作为公共保藏机构的ATCC保藏机构维持达30年的时间，或在最新要求后5年，或专利可实施期限(哪个期限较长就维持该较长的期限)，且如果保藏材料在该期限内变得非存活的，则可更换。另外，申请人已符合或将符合37C.F.R.§§1.801-1.809的全部要求，包括在保藏时提供样品存活性的说明。申请人无权免除有关生物材料转移或其商业运输时法律所强加的任何限制。根据上文提供的描述，提供下列实施方案:按照第一个方面，提供经修饰以表达异源多肽的嗜热链球菌细菌，其中所述异源多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放出来。在一个实施方案中，异源多肽是治疗性多肽。在一个具体的实施方案中，异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。在又一个实施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:a)一种肽，其包含与SEQIDN0:2或8所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个的序列的核酸或与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸编码；和e)一种肽，其因一个或几个氨基酸而不同于SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中的任一个。在又一个实施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。在又一个实施方案中，前述实施方案中任一个的细菌在所述胆汁暴露后不能存活。在又一个实施方案中，前述实施方案中任一个的细菌是嗜热链球菌LMD-9、嗜热链球菌NCK2071、嗜热链球菌NCK2072或嗜热链球菌NCK2073。第二方面，提供制备嗜热链球菌细菌的方法，所述方法包括对所述细菌进行遗传修饰以表达异源多肽，其中所述多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放。在又一个实施方案中，所述异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。在又一个实施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:A)一种肽，其包含与SEQIDN0:2或8所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约97%、约98%或约99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个的序列的核酸或与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸编码；和e)一种肽，其因一个或几个氨基酸而不同于SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中的任一个。在又一个实施方案中，所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。在又Iv实施方案中，所述细囷在所述胆汁暴露后不能存活。在又一个实施方案中，前述实施方案中任一个的细菌是嗜热链球菌LMD-9、嗜热链球菌NCK2071、嗜热链球菌NCK2072或嗜热链球菌NCK2073。按照第三个方面，提供将异源多肽递送给受试者的方法，所述方法包括经口给予受试者前述实施方案中任一个的细菌。按照第四个方面，提供治疗或预防受试者的病症的方法，所述方法包括经口给予受试者治疗有效量的前述实施方案中任一个的细菌。在又一个实施方案中，受试者是动物，更具体地讲是哺乳动物。在另一个实施方案中，受试者是人。在又一个实施方案中，受试者是驯养动物。在再一个实施方案中，受试者是农用动物。在又一个实施方案中，受试者患有胃肠病症。在又一个实施方案中，所述病症是细菌感染，更具体地讲是艰难梭菌感染。在又一个实施方案中，以治疗有效量给予细菌，其中细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。按照第五个方面，提供包含本文所述细菌的药物组合物。按照第六个方面，提供包含本文所述重组细菌的食品或饲料产品。在又一个实施方案中，食品是乳制食品。按照第七个方面，提供用作药物的本文所述细菌。按照第八个方面，提供用于治疗或预防受试者的病症的本文所述细菌。在又一个实施方案中，所述病症是胃肠病症。在又一个实施方案中，细菌用于治疗细菌感染，更具体地讲是艰难梭菌感染。在备选的实施方案中，所述病症是炎性病症。细菌用于减少炎症。在一个实施方案中，细菌在所述受试者中减少一种或多种促炎细胞因子的产生，更具体地讲，胆汁敏感性嗜热链球菌细菌减少MIPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子、IL_lb、KC或LIF的产生。应当理解的是，以治疗有效量提供细菌，其中细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。按照第九个方面，提供本文所述细菌作为药物的用途。在一个实施方案中，药物用于治疗或预防受试者的病症。在一个实施方案中，药物用于治疗胃肠病症。在又一个实施方案中，所述病症是细菌感染，更具体地讲是艰难梭菌感染。在备选的优选实施方案中，所述病症是炎性病症。所述药物用于减少炎症。在一个实施方案中，药物在所述受试者中减少一种或多种促炎细胞因子的产生，更具体地讲，胆汁敏感性嗜热链球菌细菌减少MIPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子、IL-lb,KC或LIF的产生。按照第十个方面，提供治疗受试者的炎症性胃肠道病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。按照第十一个方面，提供减少受试者的炎症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。在又一个实施方案中，受试者患有炎症性胃肠病症，更具体地讲患有艰难梭菌感染。在另一个实施方案中，胆汁敏感性嗜热链球菌细菌在所述受试者中减少一种或多种促炎细胞因子的产生，更具体地讲，胆汁敏感性嗜热链球菌细菌减少MIPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子、IL-lb,KC或LIF的产生。应当理解的是，以治疗有效量提供细菌，其中细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。根据上文提供的描述，进一步提供下列实施方案:1.经修饰以表达异源多肽的嗜热链球菌细菌，其中所述异源多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放。2.实施方案I的细菌，其中所述异源多肽是治疗性多肽。3.实施方案I或2的细菌，其中所述异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。4.实施方案3的细菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:a)一种肽，其包含与SEQID勵:2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDN0:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一个所示核苷酸序列的多核苷酸编码；和e)一种肽，其由包含与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸编码。5.实施方案3的细菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。6.实施方案1-5中任一个的细菌，其中所述细菌在所述胆汁暴露后不能存活。7.实施方案1-6中任一个的细菌，其中所述嗜热链球菌选自:a)嗜热链球菌LMD-9，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；b)嗜热链球菌NCK2071，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；c)嗜热链球菌NCK2072，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；d)嗜热链球菌NCK2073，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；和e)一种益生的嗜热链球菌细菌。8.制备嗜热链球菌细菌的方法，所述方法包括对所述细菌进行遗传修饰以表达异源多肽，其中所述多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放。9.实施方案8的方法，其中所述异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。10.实施方案8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:a)一种肽，其包含与SEQID勵:2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDN0:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一个所示核苷酸序列的多核苷酸编码；和e)一种肽，其由包含与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸编码。11.实施方案8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。12.实施方案8-11中任一个的方法，其中所述细菌在所述胆汁暴露后不能存活。13.实施方案8-12中任一个的方法,其中所述嗜热链球菌选自:a)嗜热链球菌LMD-9，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；b)嗜热链球菌NCK2071，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；c)嗜热链球菌NCK2072，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；d)嗜热链球菌NCK2073，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；和e)一种益生的嗜热链球菌细菌。14.将异源多肽递送给受试者的方法，所述方法包括经口给予受试者实施方案1-7中任一个的细菌。15.治疗或预防受试者的病症的方法，所述方法包括经口给予受试者治疗有效量的实施方案1-7中任一个的细菌。16.实施方案14或15的方法,其中所述受试者是动物。17.实施方案16的方法，其中所述受试者是哺乳动物。18.实施方案17的方法，其中所述受试者是人。19.实施方案16的方法,其中所述受试者是驯养动物。20.实施方案16的方法，其中所述受试者是农用动物。21.实施方案15-20中任一个的方法，其中所述病症是胃肠病症。22.实施方案15-20中任一个的方法，其中所述病症是细菌感染。23.实施方案22的方法，其中所述细菌感染是艰难梭菌感染。24.实施方案14-23中任一个的方法，其中所述细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。25.药物组合物，其包含实施方案1-7中任一个的细菌。26.食品或饲料产品，其包含实施方案1-7中任一个的细菌。27.实施方案24的食品,其中所述食品是乳制食品。28.用作药物的实施方案1-7中任一个的细菌。29.用于治疗或预防受试者的病症的实施方案1-7中任一个的细菌。30.实施方案28或29的细菌，其中所述病症是细菌感染。31.实施方案30的细菌，其中所述细菌感染是受试者中的艰难梭菌感染。32.实施方案28-31中任一个的细菌，其中将所述细菌配制为以治疗有效量给予受试者，其中所述细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。33.实施方案1-7中任一个的细菌作为药物的用途。34.实施方案33的细菌的用途，其中所述药物用于治疗或预防受试者的病症。35.实施方案34的细菌的用途，其中所述病症是细菌感染。36.实施方案35的细菌的用途，其中所述细菌感染是艰难梭菌感染。37.治疗受试者的炎症性胃肠道病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。38.减少受试者的炎症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。39.实施方案37或38的方法，其中所述受试者患有炎症性胃肠病症。40.实施方案39的方法，其中所述炎症性胃肠病症是艰难梭菌感染。41.实施方案37-40中任一个的方法，其中所述胆汁敏感性嗜热链球菌细菌在所述受试者中减少一种或多种促炎细胞因子的产生。42.实施方案41的方法，其中所述促炎细胞因子选自:101&、103&、11^-16、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子、IL-1b、KC和LIF或其任何组合。43.实施方案37-42中任一个的方法，其中所述细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。通过说明的方式而非通过限制的方式来提供下列实施例。实验实施例1根据下文所示富含Gln的过客结构域(passengerdomain)的氨基酸序列，由GenScriptCorporation(Piscataway,NJ)构建含有富含Gln的寡妝AGRP-FHO、AGRP-FH1和AGRP-FH2的质粒pUC57-AGRP-FH0、pUC57-AGRP-FHl和pUC57_AGRP_FH2(表I)。3个寡肽的每一个含有FLAG标签表位(DYKDDDDK，SEQIDNO:13)。该表还含有编码的富含Gln的寡肽的分子量和等电点的信息。过客结构域的编码区用来构建下述嗜热链球菌表达载体。考虑长度、Gln含量和释放时可促进其降解的蛋白酶切割位点的存在情况，可设计质粒pUC57-AGRP-FH0、pUC57_AGRP_FHl和pUC57_AGRP_FH2中所含富含Gln的寡肽以改进稳定性。富含Gln的肽中也可包括其它氨基酸,例如在口服补液疗法(oralrehydrationtherapy)中与Gln具有协同作用的精氨酸。表1:用于益生菌的第一代富含AQ/AQR的肽权利要求1.经修饰以表达异源多肽的嗜热链球菌细菌，其中所述异源多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放。2.权利要求1的细菌，其中所述异源多肽是治疗性多肽。3.权利要求1或2的细菌，其中所述异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。4.权利要求3的细菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:a)一种肽，其包含与SEQID勵:2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一个所示核苷酸序列的多核苷酸编码；和e)一种肽，其由包含与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸编码。5.权利要求3的细菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。6.权利要求1-5中任一项的细菌，其中所述细菌在所述胆汁暴露后不能存活。7.权利要求1-6中任一项的细菌，其中所述嗜热链球菌选自:a)嗜热链球菌LMD-9，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；b)嗜热链球菌NCK2071，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；c)嗜热链球菌NCK2072，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；d)嗜热链球菌NCK2073，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；和e)一种益生的嗜热链球菌细菌。8.制备嗜热链球菌细菌的方法，所述方法包括对所述细菌进行遗传修饰以表达异源多肽，其中所述多肽在暴露于胆汁后从所述细菌中释放。9.权利要求8的方法，其中所述异源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。10.权利要求8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自:a)一种肽，其包含与SEQID勵:2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一种肽，其包含与SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一种肽，其包含与SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一种肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一个所示核苷酸序列的多核苷酸编码；和e)一种肽，其由包含与SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一个有至少约70%、约80%、约90%、约95%、约96%、约97%、约98%或约99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸编码。11.权利要求8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽选自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。12.权利要求8-11中任一项的方法，其中所述细菌在所述胆汁暴露后不能存活。13.权利要求8-12中任一项的方法，其中所述嗜热链球菌选自:a)嗜热链球菌LMD-9，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；b)嗜热链球菌NCK2071，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；c)嗜热链球菌NCK2072，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；d)嗜热链球菌NCK2073，已经以ATCC登记号ATCC-XXXX保藏；和e)一种益生的嗜热链球菌细菌。14.将异源多肽递送给受试者的方法，所述方法包括经口给予受试者权利要求1-7中任一项的细菌。15.治疗或预防受试者的病症的方法，所述方法包括经口给予受试者治疗有效量的权利要求1-7中任一项的细菌。16.权利要求14或15的方法，其中所述受试者是动物。17.权利要求16的方法，其中所述受试者是哺乳动物。18.权利要求17的方法，其中所述受试者是人。19.权利要求16的方法，其中所述受试者是驯养动物。20.权利要求16的方法，其中所述受试者是农用动物。21.权利要求15-20中任一项的方法，其中所述病症是胃肠病症。22.权利要求15-20中任一项的方法，其中所述病症是细菌感染。23.权利要求22的方法，其中所述细菌感染是艰难梭菌感染。24.权利要求14-23中任一项的方法，其中所述细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。25.药物组合物，其包含权利要求1-7中任一项的细菌。26.食品或饲料产品，其包含权利要求1-7中任一项的细菌。27.权利要求26的食品,其中所述食品是乳制食品。28.用作药物的权利要求1-7中任一项的细菌。29.用于治疗或预防受试者的病症的权利要求1-7中任一项的细菌。30.权利要求28或29的细菌，其中所述病症是细菌感染。31.权利要求30的细菌，其中所述细菌感染是受试者中的艰难梭菌感染。32.权利要求28-31中任一项的细菌，其中将所述细菌配制为以治疗有效量给予受试者，其中细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。33.权利要求1-7中任一项的细菌作为药物的用途。34.权利要求33的细菌的用途，其中所述药物用于治疗或预防受试者的病症。35.权利要求34的细菌的用途，其中所述病症是细菌感染。36.权利要求35的细菌的用途，其中所述细菌感染是艰难梭菌感染。37.治疗受试者的炎症性胃肠道病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。38.减少受试者的炎症的方法，所述方法包括将治疗有效量的分离的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌给予受试者。39.权利要求37或38的方法，其中所述受试者患有炎症性胃肠病症。40.权利要求39的方法，其中所述炎症性胃肠病症是艰难梭菌感染。41.权利要求37-40中任一项的方法，其中所述胆汁敏感性嗜热链球菌细菌在所述受试者中减少一种或多种促炎细胞因子的产生。42.权利要求41的方法，其中所述促炎细胞因子选自:MIPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊红粒细胞趋化因子、IL-lb,KC和LIF或其任何组合。43.权利要求37-42中任一项的方法，其中所述细菌的治疗有效量为约IO8-1O12CFU/天。全文摘要提供了用于定向递送生物治疗剂的方法和组合物。所述组合物包含经修饰以在胆汁暴露后释放生物治疗剂的胆汁敏感性嗜热链球菌细菌。通过本发明公开的嗜热链球菌细菌释放的生物治疗剂包括富含AQ和AQR的肽。本发明的方法包括将经修饰以在胆汁暴露后释放生物治疗剂的嗜热链球菌细菌给予受试者。给予嗜热链球菌细菌促进所需要的治疗反应。可对该细菌进行修饰以表达和释放富含AQ或AQR的肽，所述肽随后抑制细胞凋亡或减少粘膜损害。因此，本发明的方法应用于治疗或预防各种胃肠病症，包括艰难梭菌感染和抗生素相关腹泻。文档编号C12N1/06GK103221420SQ201180035686公开日2013年7月24日申请日期2011年5月19日优先权日2010年5月19日发明者T.R.克莱恩汉默,R.L.格兰特,G.L.科林,E.杜尔马斯,M.P.丁科,C.A.沃伦申请人:北卡罗莱纳州立大学,弗吉尼亚大学专利基金会