cfDNA末端修复的酶组合物、缓冲液试剂和测序文库的构建方法与流程

文档序号:21407396发布日期:2020-07-07 14:41阅读:来源:国知局

技术特征:

1.cfdna末端修复酶组合物,其特征在于,包括如下几种酶:

使cfdna在dntp存在下进行dna双链修复及3’端加a的酶ⅰ,所述的酶ⅰ为taqdna聚合酶及klenowfragment,exo-;

使cfdna5’端发生磷酸化修饰的酶ⅱ,所述的酶ⅱ为t4多聚核苷酸激酶(t4polynucleotidekinase,简称t4pnk)。

2.根据权利要求1所述的cfdna末端修复酶组合物,其特征在于,每50μl反应体系中含有:t4多聚核苷酸激酶2.5u;klenowfragment,exo-1u;taqdna聚合酶3u。

3.cfdna末端修复缓冲液试剂,其特征在于,包括tris-hcl、mgcl2、dtt、atp、datp、dgtp、dctp和dttp,其中的datp浓度是dgtp、dctp和dttp各成分的浓度的5-10倍。

4.根据权利要求3所述的cfdna末端修复缓冲液试剂,其特征在于,每50微升反应体系中,末端修复缓冲液试剂的组分和含量如下:100-105mmtris-hcl,18-20mmmgcl2,15-20mmdtt、18-20mmkcl、0.05-1%np40、0.05-1%tween20、1.5-2.5mmatp、0.2-0.5mmdgtp、0.2-0.5mmdctp和0.2-0.5mmdttp。

5.根据权利要求3所述的cfdna末端修复缓冲液试剂,其特征在于,末端修复时,每50ul反应体系中加入5ul的10×末端修复缓冲液,所述的10×末端修复缓冲液试剂的组分和含量如下:

组分含量tris-hcl(ph8.3)1mmgcl20.2mdtt0.2mkcl0.2matp20mmdatp20mmdttp2mmdctp2mmdgtp2mmnp400.7%v/vtween-200.7%v/v

6.含有如权利要求1或2所述酶组合物以及如权利要求3-4中的任意一项所述缓冲液试剂的cfdna末端修复试剂。

7.含有如权利要求6所述的cfdna末端修复试剂的cfdna末端修复试剂盒。

8.含有如权利要求6所述的cfdna末端修复试剂的cfdna建库试剂盒。

9.使用如权利要求6所述的cfdna末端修复试剂进行cfdna末端修复的方法,其特征在于,具体方法如下:在末端修复缓冲液试剂中用末端修复酶组合物处理cfdna以产生末端平齐化且3'端加a的cfdna;

所述的末端修复反应体系的ph值为8.0~8.3左右;

所述的反应条件为先在35~40℃反应10~15min;然后在60~70℃反应10~15min。

10.使用如权利要求6所述的cfdna末端修复试剂进行cfdna测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:

1)在末端修复缓冲液试剂中用末端修复酶组合物处理cfdna以产生5’端磷酸化且3’端加a的cfdna;

2)末端修复产物接头连接反应,在末端修复体系中直接加入mgi接头、t4连接酶及t4连接buffer,进行接头连接;

3)接头连接产物进行磁珠纯化,去除反应体系中的酶、盐离子及残余接头;

4)使用高保真dna聚合酶,对连接产物进行富集,反应结束后磁珠纯化;

所述的步骤1)中,

末端修复反应体系的ph值为8.0-8.3左右;

反应条件为先在35~40℃反应10~15min;然后在60~70℃反应10~15min。


技术总结
本发明提供了cfDNA末端修复酶组合物,包括如下几种酶:使cfDNA在dNTP存在下进行DNA双链修复及3’端加A的酶Ⅰ,所述的酶Ⅰ为Taq DNA聚合酶及Klenow Fragment,Exo‑;使cfDNA 5’端发生磷酸化修饰的酶Ⅱ,所述的酶Ⅱ为T4多聚核苷酸激酶(T4 Polynucleotide Kinase,简称T4 PNK)。本发明还提供了一种cfDNA末端修复缓冲液试剂。本发明还提供了使用上述的试剂进行cfDNA末端修复和构建cfDNA测序文库的方法。本发明具有如下技术效果:本发明的试剂酶用量少,成本低,且具有意想不到的更高的修复效率,适用于样本量较低的cfDNA进行末端修复。

技术研发人员:余丽萍
受保护的技术使用者:江苏康为世纪生物科技有限公司
技术研发日:2020.03.19
技术公布日:2020.07.07
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