一种熔点编码的结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及结核分枝杆菌，尤其是涉及一种熔点编码的结核分枝杆菌间隔寡核苷 酸分型方法。
【背景技术】
[0002] 结核分枝杆菌是引起结核病的病原菌，可侵犯全身器官，其中以肺结核最为常见， 已成为全球性重大公共卫生问题。结核分枝杆菌复合群包括人型结核分枝杆菌、牛分枝杆 菌、非洲分枝杆菌和田鼠分枝杆菌。传统上结核分枝杆菌复合群的分类是依据不同种的分 枝杆菌在生长、形态、生化特性上的差异进行分类，但这一分类方法已远远不能满足现代结 核病预防控制工作的需要。随着科技的进步和结核分枝杆菌基因组测序工作的完成，人们 对结核分枝杆菌种间基因的变异情况有了深入的理解。通过对结核分枝杆菌菌株基因型 的鉴定，可用于研宄结核病暴发流行、传染源的寻找和追踪、耐药菌株的传播和实验室污染 等，对于了解结核病的传播模式具有重要的意义。
[0003] 目前，被广泛应用于结核分枝杆菌的分型方法以Spoligotyping[1]、MIRU_VNTR [2] 和IS6110-RFLP[3]三种方法最具有代表性。目前国内外临床上常用的结核分枝杆菌的分 型方案通常是多种分型方法联合检测以同时保证临床检测的效率和分型结果的准确性 [4]。 首先，采用Spoligotyping分型方法对待检菌株的基因型进行初步划分，图谱不一致的两 个菌株则直接归类于不同间隔子寡核苷酸分型簇，即不同的基因型。具有相同图谱的菌株 则视为归属于同一分型簇；进而，采用VNTR和IS6110-RFLP分型方法对同种分型簇菌株 的基因型再次细分；最后，根据三种分型方法的结果共同确定待检菌株的基因型。因此， Spoligotyping已被公认为结核菌分型的一线方法[5]。
[0004] Spoligotyping分型方法，即间隔寡核苷酸分型方法，是通过识别结核分枝杆菌基 因组DNA间隔子序列来划分结核分枝杆菌的类型 [1]。Spoligotyping中的一个重要环节 是间隔子PCR产物的识别，传统的Spoligotyping采用固相膜杂交技术来识别间隔子PCR 产物。传统的固相膜杂交技术虽然具备检测流程成熟及试剂成本低廉的优点，但是需要较 多的人工操作、检测时间长，并且样本检测通量也不能够满足临床需要。这两个技术瓶颈 严重阻碍了 Spoligotyping的临床推广，对此科学工作者提出了采用基因芯片[6'7]、编码微 球 [8'9]和质谱检测[1°'11]等技术来替代固相膜杂交技术，目前已报道的Spoligotyping改进 技术虽然提高了通量，检测时间也大大缩短，但是这些技术均未摆脱PCR开管后处理的检 测模式，容易造成PCR产物的污染，并且由于需要一些大型仪器，难以在临床上得到广泛应 用。因此，开发更为快速、简便、高通量的间隔子PCR产物识别技术成为了 Spoligotyping 发展的关键。
[0005] 综上所述，开发出一种新型、高通量、易用且标准化的结核菌溯源新技术将对探索 和研宄我国结核病的流行和传播规律提供有力工具，为建立结核病监测网络，实现结核菌 感染的实时监控和传播途径的及时确认提供技术支撑，对于结核病的防控具有重要的意义 和价值。
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