支持通过光束对样品材料的改变，样品材料可包括在光处置之前已被添加的光敏试剂。该试剂可例如是用于显微调查并且分子或化学剂所耦合的染色剂，并且可通过光激活其来破坏染色区域。
[0048]用于在样品-ROI之外的样品材料的改变的光束可以特别包括高功率LED光束或激光光束，其具有允许高强度的空间良好定位施加的优点。
[0049]在典型情况下，施加的光束的功率密度高于大约0.1mW/μπι2，优选高于大约
1.0mff/ μ m2。当施加调制光束(例如脉冲激光)时，前述值指代在光施加的整个时间段上确定的平均功率密度。
[0050]通常，光束的光将有利地具有包括被生物组织良好吸收的波长的光谱。这样的波长可一般包括UV (紫外)光(大约10nm到380nm)和/或IR (红外)光(大约800nm到大约1_)，但是还包括可见光。IR光特别适合(生物)样品材料的消融。
[0051]在一个实施例中，光束可适于同时光照考虑中的整个样品。在另一实施例中，光引导系统可包括用于跨越样品或其部分扫描光束的扫描元件(例如可移动镜和/或可移动样品保持器)。在该情况下，光束仅一次到达样品的小的有限部分，其中在整个样品或其部分上顺序和反复地移动这些部分。
[0052]在前述实施例的每个中，必须注意光束不(或至少未以超过给定阈值的强度)到达在样品-ROI中的位置。如果光引导系统包括用于(完全或部分)抑制光束的生成和/或传播(如果其将到达在样品-ROI内的位置的话)的光控制元件的话，这可实现。
[0053]假如光束的上述扫描，光控制元件可控制光引导系统的扫描元件，使得其将光束仅引导到期望位置。替代地，扫描元件可被设计为扫描样品的整个区域，并且如果光束将被引导到在样品-ROI内的位置时，光控制元件抑制光束的生成(例如通过关闭光源)或光束的传播(例如通过闭合光闸)。
[0054]根据本发明的另一实施例，前述光控制元件可适于接收定义样品-ROI的位置数据。这允许样品隔离单元的灵活应用，如仅必须传输适当数据，以便使其隔离任何期望形状的样品-R0I。特别地，从每个样品隔离不同、个体的样品-ROI因此变得可能。
[0055]本发明的其它实施例包括以下特征中的至少一个:
-在样品-ROI的隔离之后生成样品-ROI和/或其余样品的图像。
-将样品-ROI从载体转移到单独保持器。
-利用隔离的样品-ROI执行分子测定，所述测定优选包括PCR步骤、测序步骤和/或微阵列杂交。
-样品ROI对应于已从样品的图像选择的“图像-R0I”(兴趣区域)。
[0056]已经提到的是，可特别在根据第一方面的方法中以及根据本发明的第二方面的装置中应用样品隔离单元和对应方法。因此可从该方法和装置的描述中获得关于样品隔离单元的另外信息。
[0057]本发明进一步涉及上述装置或样品隔离单元针对分子诊断、分子病理学，特别是针对肿瘤学应用、生物样品分析、化学样品分析、食品分析和/或法医分析的用途。可例如在直接或间接附着到目标分子的磁珠或荧光颗粒的帮助下完成分子诊断。
【附图说明】
[0058]根据下文描述的实施例，本发明的这些和其它方面将变得清楚，并且将参考下文描述的实施例来阐明本发明的这些和其它方面。
[0059]在图中:
图1示意性示出根据本发明的样品的检查；
图2示意性示出根据本发明的样品隔离单元；
图3和4示出非期望材料的消融之后的样品-ROI的照片。
[0060]在图中同样的参考数字指代相同或相似部件。
【具体实施方式】
[0061]患者材料(组织和细胞)的病理学诊断调查是很多治疗决策的基础，特别是在肿瘤学中。来自活检的标准、薄切片被呈现在显微镜载片上并且根据某些方案被染色以使组织的形态可视化。最近，针对疾病特有生物标记物的原位染色正被发展用于靶向药物的伴随诊断。可利用明视场显微镜完成评定。载片在调查之后需要被存储长时间段，作为备份，假如诊断需要被再评定的话。
[0062]数字病理学是新技术，其中通过数字扫描器替代显微镜，数字扫描器自动扫描被染色的组织切片并且以数字格式存储图像，该格式具有足够分辨率和颜色渲染，使得病理学家可从数字图像做出与他/她将在显微镜下直接做出的诊断相同的诊断。后者意味着数字图像可替代物理载片。替代载片来存储数字图像。原始活检样品当然也总是被存储。
[0063]居于上述形式的分析之后，还可利用如q-PCR和测序之类的分子方法(简称为“分子诊断”或“MDX”)来调查组织和细胞活检。该所谓的分子病理学随着新分子生物标记物的出现越来越重要。通常病理学家基于形态学信息决定运行分子测试以识别癌症组织的生物特性用于正确的治疗选择。因为很多分子生物标记物不能在组织上被原位定量，或至少不能以要求的精度被定量，所以在从活检获得的样品(通常来自已经从活检获得的断片)上执行单独的分子诊断测试(如PCR或测序)。在DNA或mRNA标记物的测量之前通过细胞溶解来处理该组织切片。因此，空间信息丢失。
[0064]肿瘤组织通常由很多不同细胞类型(不仅仅是癌细胞)构成，并且甚至癌细胞可在肿瘤的不同区域中在分子构成中区别很大。分子分析的结果将因此取决于被用作分子测试的样品的组织切片的精确成分。癌细胞被稀释得越多，测试结果将越不灵敏和不确定。此夕卜，在癌细胞群体内的异质性还将引起在MDX测定中的噪声，减小灵敏性和特异性以及再现性。
[0065]在不久的将来，还将变得重要的是，从具有癌组织薄切片的载片选择其他细胞类型，例如特别类型的免疫细胞；而且从来自除了癌之外的疾病的组织载片，还将需要选择特别细胞类型来执行分子诊断。
[0066]利用数字病理学，当前不存在在活检断片的子切片上运行分子测试的可能性。由于以不同起源的良性细胞(例如内皮、纤维原和免疫细胞)对目标细胞的稀释以及癌细胞异质性，在全部断片上的测试具有次优精度和灵敏度。利用常规病理学，不可能精确地标记用于分子分析的组织切片，因为用于分子测试的样品必须来自新的载片，由于被染色和检验的样品需要被存储。
[0067]尽管分子诊断信息对于癌症(和其它疾病)的正确诊断来说具有越来越大的重要性，但是其实际上未被病理学家频繁使用。如上文解释的，主要问题是从用于MDX测试的组织活检切片定义代表性、良好定义的样品。手动选择是不精确的，由于通常肿瘤组织(或其它疾病组织)的异质性以及组织切片相对于肿瘤(或其它疾病)位置的不精确位置。手动选择可能建立污染，对于放大甚至非常低的污染浓度的PCR来说尤其如此。手动选择不允许对被选择用于MDX的组织的良好注释。计算机辅助的组织选择遭受在接连载片之间的参考损失的问题，因为不能从被用于原位染色(其是用于选择的基础)的完全相同组织切片做出选择。
[0068]因此，存在需要基于病理学图像对用于分子测试的样品材料的精确选择。
[0069]为了解决该需要，提出一种新的方案，根据该方案首先从样品的图像选择样品中的兴趣区域(ROI)，并且然后从物理样品实际提取样品中的兴趣区域(ROI)，并且该兴趣区域(ROI)受到分子测定。
[0070]在该方案的示例性实施例中，根据某一临床指示，来对组织载片进行染色，例如利用HER2免疫组织化学或免疫荧光染色(IHC)或染色测定的组合。然后通过数字扫描器扫描载片，并且可通过计算机程序来分析得到的图像以识别和指示共有特征的区域。可将那些区域呈现给病理学家以进行确认和调整(如果必要的话)。从那些区域，可通过表现被选择用于MDX测试的样品的部分的软件程序来自动或半自动定义兴趣区域(被称为“样品-ROI”)。将典型的参数注释到该样品-R0I，如在给定示例中的HER2的平均表达，以及在细胞上的表达的统计学分布和在该选择中的细胞成分。可将该选择的样品-ROI的坐标传送到样品隔离单元，样品隔离单元负责用于MDX的样品的物理选择。可将选择的“样品-R0I”转移到转移设备或直接转移到被用于MDX测试的一次性设备。MDX测试可包括样品制备和分子分析，如qRT-PCR、qrt-PCR、测序或下一代测序、或微阵列杂交、或这些的组合。该分析的结果可最终与来自组织选择算法的信息相关并且可选地与组织的数字图像(其中还指示了被选择用于MDX的样品-R0I) —起被解析和呈现给病理学家。
[0071]图1示意性图示根据本发明的适合于根据描述的流程对身体组织的样品11的检查的装置1000。
[0072]检查在样品制备单元100处开始，其中在用作载体的显微镜载片10上制备身体组织的薄切片11。通常，通过从嵌入石蜡的活检切割大约4-8微米的薄切片来获得组织样品。将所谓的断片放置在显微镜玻璃载片10上在水膜上以从显微切片应力松弛，并且然后让其变干。
[0073]而且，样品11可以可选地通过适当染色剂12，例如通过苏木精&伊红(H&E)或IHC来染色。存在可获得用于不同应用的若干染色方案。可以在工作台上通过在包含试剂的不同溶液中浸泡具有断片的载片来手动执行染色方案，但是还可以以自动方式执行染色方案。
[0074]可以在显微镜载片10上打印或在显微镜载片10中雕刻一个或多个标记物M，其可稍后用作用于将图像坐标与载片10上的实际坐标相关的参考点。而且，具有样品11的载片10优选被覆盖有盖玻片(未示出)以便允许在稍后扫描期间的高图像质量。
[0075]在制备步骤之后，将具有样品11的载片10转移到图像生成单元200，图像生成单元200可特别是数字扫描显微镜。