二维MS/MS采集模式的制作方法

本申请要求2014年6月11日提交的英国专利申请号1410346.9和2014年9月4日提交的欧洲专利申请号14183486.1的优先权和权益。这些申请的全部内容通过引用并入本文。

背景技术：

已知在串联质谱仪，例如四极杆-飞行时间质谱仪(“Q-ToF”)，上采用数据依赖性采集(“DDA”)。根据这样的已知技术，在测量扫描中确定母离子或前体离子的质荷比。四极杆质量过滤器然后根据其质荷比顺序分离每个单独的母离子或前体离子，并将其加速进入碰撞室以产生产物离子。然后在飞行时间质量分析器中对产物离子进行质量分析。然而，当母离子或前体离子被分离时，其他母离子或前体离子被丢弃，导致低占空比。此外，根据该技术的母离子或前体离子选择导致一些偏差。例如，如果选择20个最强的前体离子，这将使数据偏向最丰富的物质。

在US 6717130(Micromass)中披露了对该方法的改进，其中不分离并且选择前体离子，而是通过将它们的检测时间与母体物质从色谱柱洗脱的时间相关联而将碎片离子分配于母离子。该技术提高了仪器的占空比，并最小化了偏置采集。然而，该技术遭受特异性限制，因为在碎裂点，母离子仅通过色谱彼此分离。

四极杆-飞行时间质谱仪的已知操作模式是以具有例如25Da的传输窗的低分辨率模式操作四极杆质量过滤器。然后，由四级质量过滤器传输的离子的质荷比范围以约25Da的步长且以不依赖于数据的方式顺序递增。离开四级质量过滤器的离子被加速到气室中并且通过飞行时间质量分析器对所得碎片离子进行质量分析。将来自每个25Da窗口的数据保持分离用于处理。这种技术在采集的性质上是无偏差的并且具有比利用较窄的质荷比分离窗口操作的装置改进的占空比。然而，该技术具有有限的前体离子特异性，因为任何给定的碎片离子可以属于在25Da窗口内传输的任何前体离子。

因此，希望提供改进的质谱方法和改进的质谱仪。

技术实现要素：

从第一方面，本发明提供了一种质谱方法，包括：

a)进行多个实验运行，其中每个实验运行包括：

i)将前体离子质量选择性地传输到碎裂或反应装置中，其中所传输的前体离子的质荷比作为时间的函数变化，

ii)在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子，

iii)在多个时间间隔对所述碎片或产物离子周期性地进行质量分析，其中在所述实验运行的开始与所述碎片或产物离子被质量分析的第一时间间隔之间提供延迟时间；

b)在所述实验运行的不同实验运行中提供不同的延迟时间；

c)识别在所述实验运行之一中在第一个时间间隔内分析的以及在所述实验运行的至少另一个中在不同时间间隔内分析的碎片或产物离子，作为感兴趣的碎片或产物离子；

d)使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。

预期实验之间的时间延迟变化可以用于精确地分析离子。例如，一个种类的离子可以在具有第一延迟时间的第一实验运行中在一个时间间隔中分析，但是可以在具有不同延迟时间的不同实验运行中在不同的时间间隔中分析。然后可以使用不同时间间隔的定时来精确地分析离子种类。

例如，第一时间间隔和不同时间间隔的定时可以被平均以确定然后用于识别感兴趣的碎片或产物离子的前体离子的平均定时。作为替代方案，可以确定定时的离子信号强度加权值(例如质心值)，然后将其用于识别感兴趣的碎片或产物离子的前体离子。

所述时间间隔中的所述第一个和所述不同的时间间隔可以是相邻的时间间隔。

该方法的步骤c)可以包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中还在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子，并且确定这些碎片或产物离子与不同的前体离子相关。然后，该方法的步骤d)可以包括使用所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。所述不同的时间间隔可以是相邻的时间间隔。

随着延迟时间变化，可以在不同的时间间隔内分析在相似时间离开碎裂或反应装置的碎片或产物离子。这使得能够更准确地识别它们各自的前体离子传输的时间，并且因此可以更准确地识别前体离子的质荷比，因为所传输的前体离子的质荷比作为时间的函数变化。

所述感兴趣的碎片或产物离子可以在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析，并且可以在至少另一个所述实验运行中在不同的时间间隔内分析。

该方法可以包括确定实验运行开始和检测所述每一个感兴趣的碎片或产物离子的时间间隔的定时之间的持续时间，并且使用每个所述持续时间来确定感兴趣的离子的相应前体离子的质荷比。实验运行是其中在不同时间间隔分析感兴趣的碎片离子的实验运行。

可以在第一时间间隔分析感兴趣的第一碎片或产物离子，并且可以将其确定为与第一前体离子相关，其中第一时间间隔的定时被用来确定第一前体离子被传输进入碎裂或反应装置中的时间，并且其中第一前体离子被传输的时间被用来确定该第一前体离子的质荷比。作为替代方案或另外地，可以在第二时间间隔分析第二不同的感性趣的碎片或产物离子并且将其确定为与第二不同前体离子相关，其中第二时间间隔的定时被用来确定第二前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其中第二前体离子被传输的时间被用来确定该第二前体离子的质荷比。

该方法可以包括对来自所述多个实验运行的质谱数据求和。

每个实验运行可以包括在实验运行开始之后在多个N时间间隔分析离子，并且可以对来自多个实验运行的光谱数据求和，以提供具有N个时间间隔的复合光谱数据，其中复合光谱数据的第n个时间间隔包括来自每个实验运行的第n个时间间隔的光谱数据。

所述感兴趣的碎片或产物离子可以被确定为具有所述复合光谱数据的不同时间间隔内的光谱数据的离子。

所述感兴趣的碎片或产物离子还可以具有在所述复合光谱数据的相同时间间隔内的光谱数据。

感兴趣的不同碎片或产物离子可以具有不同的质荷比。

可以通过将碎片或产物离子周期性地脉冲进飞行时间区域的飞行时间质量分析器分析碎片或产物离子，并且所述脉冲的随后的脉冲之间的持续时间可以对应于所述多个时间间隔。

前体离子可以通过质量过滤器或四级杆装置质量选择性地传输到碎裂或反应装置。

在所述实验运行的不同实验运行中提供不同的延迟时间的步骤可以包括提供随机延迟时间或预定的不同延迟时间。

从第二方面，本发明提供了一种质谱方法，包括：

a)进行多个实验运行，其中每个实验运行包括：

i)将前体离子传输到碎裂或反应装置中，其中所传输的前体离子的物理化学性质作为时间的函数变化，

ii)在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子，

iii)在多个时间间隔对所述碎片或产物离子周期性地进行质量分析，其中在所述实验运行的开始与所述碎片或产物离子被质量分析的第一时间间隔之间提供延迟时间；

b)在所述实验运行的不同实验运行中提供不同的延迟时间；

c)识别在所述实验运行之一中在第一个时间间隔内分析的以及在所述实验运行的至少另一个中在不同时间间隔内分析的碎片或产物离子，作为感兴趣的碎片或产物分析离子；并且

d)使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时来识别感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。

步骤c)可以包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中还在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子，并且确定这些碎片或产物离子与不同的前体离子相关。步骤d)可以包括使用所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。所述不同的时间间隔可以是相邻的时间间隔。

步骤c)任选地由识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为所述感兴趣的碎片或产物离子，并确定这些碎片或产物离子与不同的前体离子相关而组成。

前体离子可以通过离子迁移率分离器传输到所述碎裂或反应装置中，并且所述物理化学性质可以是离子迁移率。

本文描述的时间间隔可以是规则的时间间隔。

根据第二方面的方法可以具有与本发明的第一方面相关联的任何任选特征，除了其中前体离子不一定根据它们的质荷比选择性地传输，而是可以通过另一种物理化学性质选择性地传输。

例如，所述方法可以包括确定实验运行开始与检测所述感兴趣的碎片或产物离子中的每一个的时间间隔的定时之间的持续时间，并且使用每个所述持续时间确定感兴趣的离子的相应前体离子的物理化学性质(例如离子迁移率)值。实验运行是其中在不同时间间隔分析感兴趣的碎片离子的实验运行。

感兴趣的第一碎片或产物离子可以在第一时间间隔分析，并将其确定为与第一前体离子相关，其中第一时间间隔的定时被用来确定第一前体离子被传输到碎裂或反应装置的时间，并且其中第一前体离子被传输的时间被用来确定所述第一前体离子的物理化学性质的值。作为替代方案或另外地，可以在第二时间间隔分析第二不同的感兴趣的碎片或产物离子并且可以将其确定为与第二不同前体离子相关，其中第二时间间隔的定时被用来确定第二前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其中第二前体离子被传输的时间被用来确定第二前体离子的物理化学性质值。

本发明还提供一种被安排和配置成执行本文所述的任一种方法的质谱仪。

根据本发明的第一方面，提供了一种质谱仪，包括：

用于质量选择性地传输离子的装置；

碎裂或反应装置；

质量分析器；和

控制装置，其被安排并且配置成使得所述质谱仪执行多个实验运行，其中每个实验运行包括：

i)使前体离子质量选择性地传输通过所述装置并进入所述碎裂或反应装置，其中所传输的前体离子的质荷比作为时间的函数变化，

ii)在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子，

iii)在多个时间间隔在所述质量分析器中周期性地质量分析碎片或产物离子，其中在所述实验运行的开始与对所述碎片或产物离子进行质量分析的第一时间间隔之间提供延迟时间；

所述控制装置被进一步安排并且配置成：

在所述实验运行的不同实验运行中提供不同的延迟时间；

识别在所述实验运行之一中在第一个时间间隔内分析的以及在所述实验运行的至少另一个中在不同时间间隔内分析的碎片或产物离子，作为感兴趣的碎片或产物离子；并且

使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。

识别碎片或产物离子的步骤可以包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中还在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子，并且确定这些碎片或产物离子与不同的前体离子相关。使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时的步骤可以包括使用所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。所述不同的时间间隔可以是相邻的时间间隔。

任选地，识别感兴趣的碎片或产物离子的步骤包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子。

根据本发明的第二方面，提供了一种质量或离子迁移率光谱仪，包括：

用于根据物理化学性质选择性地传输离子的装置；

碎裂或反应装置；

质量分析器；和

控制装置，其被安排并且配置成使得所述质谱仪执行多个实验运行，其中每个实验运行包括：

i)将前体离子传输通过所述装置并进入所述碎裂或反应装置，其中所传输的前体离子的物理化学性质作为时间的函数变化，

ii)在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子，

iii)在多个时间间隔在所述质量分析器中周期性地质量分析碎片或产物离子，其中在所述实验运行的开始与对所述碎片或产物离子被质量分析的第一时间间隔之间提供延迟时间；

所述控制装置被进一步安排并且配置成：

在所述实验运行的不同实验运行中提供不同的延迟时间；

识别在所述实验运行之一中在第一个时间间隔内分析的以及在所述实验运行的至少另一个中在不同时间间隔内分析的碎片或产物离子，作为感兴趣的碎片或产物离子；并且

使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。

识别碎片或产物离子的步骤可以包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中还在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子，并且确定这些碎片或产物离子与不同的前体离子相关。使用所述第一时间间隔和/或所述不同时间间隔的定时的步骤可以包括使用所述不同时间间隔的定时来识别所述感兴趣的碎片或产物离子的相应前体离子。所述不同的时间间隔可以是相邻的时间间隔。

任选地，识别感兴趣的碎片或产物离子的步骤包括识别在至少一个所述实验运行中在相同的时间间隔内分析的以及在至少另一个所述实验运行中在不同的时间间隔内分析的碎片或产物离子作为感兴趣的碎片或产物离子。

从第三方面，本发明提供了一种质谱方法，包括：

将前体离子质量选择性地传输到碎裂或反应装置中，其中所传输的前体离子的质荷比作为时间的函数变化；

在所述碎裂或反应装置中碎裂或反应所述前体离子，以便产生碎片或产物离子；

在多个连续的时间间隔周期性地质量分析所述碎片或产物离子；

其中对于多个不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在开始时间T0与第一时间T1之间出现的第一多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第一时间T1相关联的每个碎片或产物离子的第一总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第一时间T1与第二稍后时间T2之间出现的第二多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第二时间T2相关联的每个碎片或产物离子的第二总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第二时间T2与第三稍后时间T3之间出现的第三多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第三时间T3相关联的每个碎片或产物离子的第三总和强度；

确定每个所述不同碎片或产物离子的峰，包括至少第一、第二和第三总和强度，它们作为它们相关联的第一T1、第二T2和第三T3时间的函数表示；

确定每个峰的平均或质心时间值，其表示所述碎片或产物离子被认为已经被分析的平均或质心时间；并且

使用每个碎片或产物离子的平均或质心时间来识别其相应的前体离子。

该方法使得能够减少采集的数据量。例如，理想情况下，来自每个推送的数据将通过具有与时间间隔速率相同的采样速率而保持分离。然而，这样的速率将导致大量的数据。这种方法能够减少数据点数量和减少文件大小，同时保留分辨碎片离子并使用它们识别其前体离子的能力。

WO 2013/171459披露了使用检测碎片离子的开始和结束时间来确定其前体离子出现的开始和结束时间。这使得能够在与这些母离子相关的碎片离子不重叠的情况下分辨重叠的母体离子光谱。然而，WO'459没有披露对于每个碎片离子对多个连续时间间隔的谱数据的强度求和，以确定每个碎片离子的总和强度并将其与时间值相关联。因此，该文件没有披露对于至少第二多个连续时间间隔和第三多个连续时间间隔重复该过程。因此，该文件没有披露从该数据确定峰，这种峰的质心，并且使用这样的质心来识别离子。对WO'459中的碎片离子数据求和以在较少的时间间隔提供总和的输出是不明显的，因为该发明的教导是准确地识别不同碎片被检测的开始和结束时间，使得它们的重叠母离子可以分辨。此外，如本发明第三方面所要求的，即使对这样的数据求和并形成峰，也不会确定碎片峰的平均或质心时间值，因为WO'459感兴趣的是对识别碎片峰的起始和结束时间，以便识别其相应的母离子的相应的开始和结束时间。

US 2011/186727披露了通过在传输到主处理器之前对来自不同TOF提取的高强度测量求和来减少从ADC到主处理器的数据吞吐量。然而，出于上述原因，这种数据求和技术在WO 2013/171459中没有使用。此外，US 2011/186727没有披露对于每种类型的离子，对在T0和T1之间的第一多个相应时间间隔中(即在连续的时间间隔中)获得的光谱数据的强度求和。该文献也没有披露对紧随在T1之后，即从T1到T2的时间段中的数据求和。该文献也没有披露对紧随在T2之后，即从T2到T3的时间段内的数据求和。因此，US 2011/186727没有确定每种类型的离子的峰，包括在T1、T2和T3的总和强度，或者确定这种峰的平均值或质心值。这是因为尽管US 2011/186727试图通过对一些数据求和来减少数据吞吐量，但是该文献不涉及如何在仍然分辨峰的同时减少数据，例如像关于本申请的图6所描述的。因此，US 2011/186727不在连续时间段T0-T1，T1-T2，T2-T3上对数据求和并且然后从这些求和的值形成峰，然后确定这种峰的质心或平均值。

根据本发明的方法，第一所述不同碎片或产物离子的平均或质心时间可以被用来确定其前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其前体离子被传输的时间可以被用来确定所述前体离子的质荷比。作为替代方案或另外地，第二所述不同碎片或产物离子的平均或质心时间可被用来确定其前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其前体离子被传输的时间可以被用来确定所述前体离子的质荷比。

可以在多个第一连续时间间隔期间对第一所述不同碎片或产物离子进行质量分析，并且可以在多个第二连续时间间隔期间对第二所述不同碎片或产物离子进行质量分析，并且所述第一和第二连续时间间隔可以部分重叠，使得第一和第二连续时间间隔中的一些时间间隔是相同的时间间隔并且第一和第二连续时间间隔中的一些时间间隔是非重叠时间间隔。

可选地，在所述开始时间T0与所述第一时间T1之间出现的所述第一多个连续时间间隔包括至少一些所述相同时间间隔和至少一些所述非重叠时间间隔。

作为替代方案或另外地，在所述第一时间T1与所述第二时间T2之间出现的所述第二多个连续时间间隔包括至少一些所述相同时间间隔和/或至少一些所述非重叠时间间隔；和/或

作为替代方案或另外地，在所述第二时间T2与所述第三时间T3之间出现的所述第三多个连续时间间隔包括至少一些所述相同时间间隔和/或至少一些所述非重叠时间间隔。

对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，可以对在第三时间T3和第四较晚时间T4之间出现的第四多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第四时间T4相关联的每个碎片或产物离子的第四总和强度；并且所述确定峰的步骤可以包括确定每个不同碎片或产物离子的峰，包括作为它们相关联的第一T1、第二T2、第三T3和第四T4的函数表示的第一、第二、第三和第四总和强度。

在所述第三时间T3与所述第四时间T4之间出现的第四多个连续时间间隔包括至少一些所述相同时间间隔和/或至少一些所述非重叠时间间隔。

可以对在不同时间范围之间出现的另外的多个连续时间间隔求和，以便确定与另外的时间相关联的碎片或产物离子的另外的相应总和强度。确定峰的步骤可以包括确定每个不同碎片或产物离子的峰，包括作为它们相关联的时间的函数表示的第一、第二、第三、第四和另外的总和强度。

确定每个峰的平均或质心时间值的步骤可以包括确定所述峰值的加权平均时间。

所述第一和/或第二和/或第三和/或第四和/或另外的多个连续时间间隔可以包括≥x个时间间隔，其中x选自：2、3、4、5、6、7、8、9、10、15或20。

时间间隔可以是规则的时间间隔。

所述不同的碎片或产物离子可以具有不同的质荷比。

可以通过将碎片或产物离子周期性地脉冲进飞行时间区域的飞行时间质量分析器分析碎片或产物离子，并且所述脉冲的随后的脉冲之间的持续时间可以对应于所述多个时间间隔。

前体离子可以通过质量过滤器或四级杆装置质量选择性地传输到碎裂或反应装置。

从第四方面，本发明提供了一种质量或离子迁移率光谱方法，包括：

将前体离子传输到碎裂或反应装置中，其中所传输的前体离子的物理化学性质作为时间的函数变化

在所述碎裂或反应装置中碎裂或反应所述前体离子，以便产生碎片或产物离子；

在多个连续的时间间隔周期性地质量分析所述碎片或产物离子；

其中对于多个不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在开始时间T0与第一时间T1之间出现的第一多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第一时间T1相关联的每个碎片或产物离子的第一总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第一时间T1与第二稍后时间T2之间出现的第二多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第二时间T2相关联的每个碎片或产物离子的第二总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第二时间T2与第三稍后时间T3之间出现的第三多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第三时间T3相关联的每个碎片或产物离子的第三总和强度；

确定每个所述不同碎片或产物离子的峰，包括至少第一、第二和第三总和强度，它们作为它们相关联的第一T1、第二T2和第三T3时间的函数表示；

确定每个峰的平均或质心时间值，其表示所述碎片或产物离子被认为已经被分析的平均或质心时间；并且

使用每个碎片或产物离子的平均或质心时间来识别其相应的前体离子。

前体离子可以通过离子迁移率分离器传输到所述碎裂或反应装置，并且所述物理化学性质可以是离子迁移率。

根据第四方面的方法可以具有与本发明的第三方面相关联的任何任选特征，除了其中前体离子不一定根据它们的质荷比选择性地传输，而是可以通过另一种物理化学性质选择性地传输。

例如，第一所述不同碎片或产物离子的平均或质心时间可以被用来确定其前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其前体离子被传输的时间可以被用来确定前体离子的物理化学性质值。作为替代方案或另外地，第二所述不同碎片或产物离子的平均或质心时间可被用来确定其前体离子被传输到碎裂或反应装置中的时间，并且其前体离子可以被用来确定前体离子的物理化学性质的值。

本发明的第三方面还提供一种质谱仪，包括：

用于质量选择性地传输离子的装置；

碎裂或反应装置；

质量分析器；和

控制装置，其安排并且配置成使所述质谱仪将前体离子质量选择性地传输通过所述装置并进入碎裂或反应装置，其中所传输的前体离子的质荷比作为时间的函数变化；

在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子；

在多个连续的时间间隔周期性地质量分析所述碎片或产物离子；

其中对于多个不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在开始时间T0与第一时间T1之间出现的第一多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第一时间T1相关联的每个碎片或产物离子的第一总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第一时间T1与第二稍后时间T2之间出现的第二多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第二时间T2相关联的每个碎片或产物离子的第二总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第二时间T2与第三稍后时间T3之间出现的第三多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第三时间T3相关联的每个碎片或产物离子的第三总和强度；

确定每个所述不同碎片或产物离子的峰，包括至少第一、第二和第三总和强度，它们作为它们相关联的第一T1、第二T2和第三T3时间的函数表示；

确定每个峰的平均或质心时间值，其表示所述碎片或产物离子被认为已经被分析的平均或质心时间；并且

使用所述每个碎片或产物离子的平均或质心时间来识别其相应的前体离子。

本发明的第四方面还提供一种质量或离子迁移率光谱仪，包括：

用于根据物理化学性质选择性地传输离子的装置；

碎裂或反应装置；

质量分析器；和

控制装置，其安排并且配置成使所述质谱仪将前体离子质量传输通过所述装置并进入碎裂或反应装置，其中所传输的前体离子的物理化学性质作为时间的函数变化；

在所述碎裂或反应装置中使所述前体离子碎裂或反应，以便产生碎片或产物离子；

在多个连续的时间间隔周期性地质量分析所述碎片或产物离子；

其中对于多个不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在开始时间T0与第一时间T1之间出现的第一多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第一时间T1相关联的每个碎片或产物离子的第一总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第一时间T1与第二稍后时间T2之间出现的第二多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第二时间T2相关联的每个碎片或产物离子的第二总和强度；

其中对于不同类型的碎片或产物离子中的每一个，对在第二时间T2与第三稍后时间T3之间出现的第三多个连续时间间隔中获得的光谱数据的强度求和，以便确定与第三时间T3相关联的每个碎片或产物离子的第三总和强度；

确定每个所述不同碎片或产物离子的峰，包括至少第一、第二和第三总和强度，它们作为它们相关联的第一T1、第二T2和第三T3时间的函数表示；

确定每个峰的平均或质心时间值，其表示所述碎片或产物离子被认为已经被分析的平均或质心时间；并且

使用所述每个碎片或产物离子的平均或质心时间来识别其相应的前体离子。

本文披露的光谱仪可以包括：

(a)选自以下的离子源：(i)电喷雾离子化(“ESI”)离子源；(ii)大气压光电离(“APPI”)离子源；(iii)大气压化学电离(“APCI”)离子源；(iv)基质辅助激光解吸电离(“MALDI”)离子源；(v)激光解吸电离(“LDI”)离子源；(vi)大气压电离(“API”)离子源；(vii)硅上的解吸电离(“DIOS”)离子源；(viii)电子轰击(“EI”)离子源；(ix)化学电离(“CI”)离子源；(x)场电离(“FI”)离子源；(xi)场解析(“FD”)离子源；(xii)电感耦合等离子体(“ICP”)离子源；(xiii)快速原子轰击(“FAB”)离子源；(xiv)液体二次离子质谱(“LSIMS”)离子源；(xv)解吸电喷雾电离(“DESI”)离子源；(xvi)镍-63放射性离子源；(xvii)大气压力矩阵辅助激光解吸电离离子源；(xviii)热喷雾离子源；(xix)大气取样辉光放电电离(“ASGDI”)离子源；(xx)辉光放电(“GD”)离子源；(xxi)冲击器离子源；(xxii)实时直接分析(“DART”)离子源；(xxiii)激光喷雾电离(“LSI”)离子源；(xxiv)音波喷雾电离(“SSI”)离子源；(xxv)基质辅助入口电离(“MAII”)离子源；(xxvi)溶剂辅助入口电离(“SAII”)离子源；(xxvii)解吸电喷雾电离(“DESI”)离子源；和(xxviii)激光消融电喷雾电离(“LAESI”)离子源；和/或

(b)一个或多个连续或脉冲离子源；和/或

(c)一个或多个离子引导件；和/或

(d)一个或多个离子迁移率分离设备和/或一个或多个场非对称离子迁移率光谱仪设备；和/或

(e)一个或多个离子阱或一个或多个离子捕获区；和/或

(f)选自以下的一个或多个碰撞、裂解或反应室(i)碰撞诱导解离(“CID”)碎裂设备；(ii)表面诱导解离(“SID”)碎裂设备；(iii)电子转移解离(“ETD”)碎裂设备；(iv)电子俘获解离(“ECD”)碎裂设备；(v)电子碰撞或冲击解离碎裂设备；(vi)光诱导解离(“PID”)碎裂设备；(vii)激光诱导解离碎裂设备；(viii)红外辐射诱导解离设备；(ix)紫外线辐射诱导解离设备；(x)喷嘴-分流器接口碎裂设备；(xi)源内碎裂设备；(xii)源内碰撞诱导解离碎裂设备；(xiii)热源或温度源碎裂设备；(xiv)电场诱导碎裂设备；(xv)磁场诱导碎裂设备；(xvi)酶消化或酶降解碎裂设备；(xvii)离子-离子反应碎裂设备；(xviii)离子-分子反应碎裂设备；(xix)离子-原子反应碎裂设备；(xx)离子-亚稳离子反应碎裂设备；(xxi)离子-亚稳分子反应碎裂设备；(xxii)离子-亚稳原子反应碎裂设备；(xxiii)用于使离子反应以形成加合物或产物离子的离子-离子反应设备；(xxiv)用于使离子反应以形成加合物或产物离子的离子-分子反应设备；(xxv)用于使离子反应以形成加合物或产物的离子-离子原子反应设备；(xxvi)用于使离子反应以形成加合物或产物离子的离子-亚稳离子反应设备；(xxvii)用于使离子反应以形成加合物或产物离子的离子-亚稳分子反应设备；(xxviii)用于使离子反应以形成加合物或产物离子的离子-亚稳原子反应设备；和(xxix)电子电离解离(“EID”)碎裂设备；和/或

(g)选自以下的质量分析器：(i)四级质量分析器；(ii)2D或线性四级质量分析器；(iii)保罗或3D四级质量分析器；(iv)潘宁阱质量分析器；(v)离子阱质量分析器；(vi)磁性扇形质量分析器；(vii)离子回旋共振(“ICR”)质量分析器；(viii)傅里叶变换离子回旋共振(“FTICR”)质量分析器；(ix)静电质量分析器，其被安排为产生具有四对数电势分布的静电场；(x)傅里叶变换静电质量分析器；(xi)傅里叶变换质量分析器；(xii)飞行时间质量分析器；(xiii)正交加速度飞行时间质量分析器；和(xiv)线性加速度飞行时间质量分析器；和/或

(h)一个或多个能量分析仪或静电能量分析仪；和/或

(i)一个或多个离子检测器；和/或

(j)一个或多个质量过滤器，其选自：(i)四级质量过滤器；(ii)2D或线性四级离子阱；(iii)保罗或3D四级离子阱；(iv)潘宁离子阱；(v)离子阱；(vi)磁性扇形质量过滤器；(vii)飞行时间质量过滤器；和(viii)维恩过滤器；和/或

(k)用于脉冲离子的设备或离子门；和/或

(1)用于将基本上连续的离子束转换成脉冲离子束的设备。

光谱仪可以包括：

(i)C-阱和质量分析器，其包括形成具有四级-对数电势分布的静电场的外部桶状电极和同轴的内部纺锤状电极，其中在第一操作模式中，离子被传输到C阱并且然后注入质量分析器中，并且其中在第二操作模式中，离子被传输到C-阱并且然后传输到碰撞室或电子转移解离设备，其中至少一些离子被碎裂成碎片离子，并且其中所述碎片离子然后在被注入所述质量分析器之前被传送到所述C-阱；和/或

(ii)堆叠的环形离子引导件，其包括多个电极，每个电极具有在使用中离子通过其中传输的孔并且其中所述电极的间隔沿着所述离子路径的长度增加，并且其中在所述离子引导件的上游区段中的电极中的孔具有第一直径，并且其中在所述离子引导件的下游区段中的电极中的孔具有小于所述第一直径的第二直径，并且其中在使用中向连续电极施加相反相位的AC或RF电压。

光谱仪可以包括被安排并且适配为向电极提供AC或RF电压的设备。AC或RF电压可以具有选自以下的振幅：(i)<50V峰峰值；(ii)50-100V峰峰值；(iii)100-150V峰峰值；(iv)150-200V峰峰值；(v)200-250V峰峰值；(vi)250-300V峰峰值；(vii)300-350V峰峰值；(viii)350-400V峰峰值；(ix)400-450V峰峰值；(x)450-500V峰峰值；和(xi)>500V峰峰值。

AC或RF电压可以具有选自以下的频率：(i)<100kHz；(ii)100-200kHz；(iii)200-300kHz；(iv)300-400kHz；(v)400-500kHz；(vi)0.5-1.0MHz；(vii)1.0-1.5MHz；(viii)1.5-2.0MHz；(ix)2.0-2.5MHz；(x)2.5-3.0MHz；(xi)3.0-3.5MHz；(xii)3.5-4.0MHz；(xiii)4.0-4.5MHz；(xiv)4.5-5.0MHz；(xv)5.0-5.5MHz；(xvi)5.5-6.0MHz；(xvii)6.0-6.5MHz；(xviii)6.5-7.0MHz；(xix)7.0-7.5MHz；(xx)7.5-8.0MHz；(xxi)8.0-8.5MHz；(xxii)8.5-9.0MHz；(xxiii)9.0-9.5MHz；(xxiv)9.5-10.0MHz；和(xxv)>10.0MHz。

所述光谱仪可以包括在离子源上游的色谱或其他分离设备。根据一个实施例，色谱分离设备包括液相色谱或气相色谱设备。根据另一个实施例，所述分离设备可以包括：(i)毛细管电泳(“CE”)分离设备；(ii)毛细电色谱(“CEC”)分离设备；(iii)基本上刚性的基于陶瓷的多层微流体基底(“瓷砖”)分离设备；或(iv)超临界流体色谱分离设备。

离子引导件可以保持在选自以下的压力下：(i)<0.0001毫巴；(ii)0.0001-0.001毫巴；(iii)0.001-0.01毫巴；(iv)0.01-0.1毫巴；(v)0.1-1毫巴；(vi)1-10毫巴；(vii)10-100毫巴；(viii)100-1000毫巴；和(ix)>1000毫巴。

分析物离子可以在电子转移解离碎裂设备中进行电子转移解离(“ETD”)碎裂。可以使分析物离子与离子引导件或碎裂设备内的ETD试剂离子相互作用。

为了实现电子转移解离，任选地(a)分析物离子被碎裂或被诱导解离并且在与试剂离子相互作用时形成产物或碎片离子；和/或(b)电子从一种或多种试剂阴离子或带负电荷的离子转移到一种或多种多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子，由此诱导多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子中的至少一些解离，并且形成产物或碎片离子；和/或(c)分析物离子被破碎或被诱导解离并且在与中性反应气体分子或原子或非离子反应气体相互作用时形成产物或碎片离子；和/或(d)电子从一种或多种中性、非离子或不带电的碱性气体或蒸汽转移到一种或多种多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子，由此至少一些多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子被诱导解离并形成产物或碎片离子；和/或(e)电子从一种或多种中性、非离子或不带电的超碱性试剂气体或蒸气转移到一种或多种多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子，由此至少一些多电荷分析物阳离子或带正电荷离子被诱导解离并形成产物或碎片离子；和/或(f)电子从一种或多种中性、非离子或不带电的碱金属气体或蒸汽转移到一种或多种多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子，由此至少一些多电荷分析物阳离子或带正电离子被诱导解离并形成产物或碎片离子；和/或(g)电子从一种或多种中性、非离子或不带电的气体、蒸汽或原子转移到一种或多种多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子，由此至少一些多电荷分析物阳离子或带正电离子被诱导解离并形成产物或碎片离子，其中所述一种或多种中性、非离子或不带电的气体、蒸气或原子选自：(i)钠蒸气或原子；(ii)锂蒸气或原子；(iii)钾蒸气或原子；(iv)铷蒸汽或原子；(v)铯蒸气或原子；(vi)钫蒸气或原子；(vii)C60蒸气或原子；和(viii)镁蒸气或原子。

多电荷分析物阳离子或带正电荷的离子可以包含肽、多肽、蛋白质或生物分子。

为了实现电子转移解离：任选地，(a)试剂阴离子或带负电荷的离子衍生自多芳烃或取代的多芳烃；和/或(b)试剂阴离子或带负电荷的离子衍生自由以下项组成的组：(i)蒽；(ii)9,10-二苯基蒽；(iii)萘；(iv)氟；(v)菲；(vi)芘；(vii)荧蒽；(viii)(ix)三联苯；(x)苝；(xi)吖啶；(xii)2,2'二吡啶基；(xiii)2,2'联喹啉；(xiv)9-蒽腈；(xv)二苯并噻吩；(xvi)1,10'-菲咯啉；(xvii)9'蒽腈；和(xviii)蒽醌；和/或(c)试剂离子或带负电荷的离子包括偶氮苯阴离子或偶氮苯自由基阴离子。

电子转移解离碎裂的过程可以包括使分析物离子与试剂离子相互作用，其中试剂离子包括二氰基苯，4-硝基甲苯或薁试剂离子。

本文所述的技术提供了小于数字化仓宽度(digitisation bin width)的改进的前体离子质量准确度。这可以用于改善在二维MSMS实验中前体离子测量的质荷比准确度。

附图说明

现在将仅通过示例并参考附图来描述本发明的各种实施例，其中：

图1示出了根据本发明的质谱仪的示意图；

图2和图3示出了根据本发明的第一方法，其中实验开始与分析之间的延迟时间是变化的；

图4示出了常规方法，其中实验开始与分析之间的延迟时间是恒定的；并且

图5和图6示出了根据本发明的第二方法。

具体实施方式

图1示出了根据本发明的质谱仪的实施例的示意图。质谱仪包括四级质量过滤器4、气室6和正交加速度飞行时间质量分析器8。在操作期间，将四级质量过滤器4设置为具有相对低的分辨率。例如，四级4可以在具有25Da的宽度的传输窗内传输前体离子2。由四级质量过滤器4传输的前体离子2被加速到气室6中，使得它们碎裂以产生碎片离子。然后，这些碎片离子在飞行时间质量分析器8中进行质量分析。

前体实验在T0通过使前体离子穿过四级质量过滤器4开始。在实验过程中，四级质量过滤器4随时间扫描，使得在四级质量过滤器4的传输窗中传输的质荷比的范围随时间变化。四级质量过滤器4以非偏置、数据独立的方式扫描，以便向前传输具有受限质荷比范围的前体离子。如上所述，然后将前体离子碎裂，并且在飞行时间质量分析器8中对所得到的碎片离子进行质量分析。飞行时间质量分析器8通过周期性地将碎片离子推送/脉冲到飞行时间区域中来操作。碎片离子根据飞行时间区域中的质荷比分离并且然后在检测器上检测。确定被推送/脉冲的离子与被检测的离子之间的持续时间并且将其用于计算离子的质荷比。

然后通过扫描四级质量过滤器4相应地多次来重复前体离子实验多次。

检测碎片离子的定时可以与其前体离子2由质量过滤器4传输的传输窗口的定时相关。气室6优选地通过使用行波或线性加速电场来维持暂时分离的碎片离子的保真度。

飞行时间采集系统操作为使得多个飞行时间谱可以被组合并且标记有有效的第一维时间或相对于某个其它开始事件的增量。在优选实施例中，开始事件是四级质荷比扫描的开始。

方法1

图2示出了根据本发明的第一方法。该方法可以是特别有利的，其中前体离子在相对快的时标(timescales)(例如1至100毫秒)上通过质荷比分离。图2示出了三个实验的飞行时间质量分析器的提取脉冲的定时相对于每个实验的开始时间T0(即每个实验运行中离子开始被四级质量过滤器4传输的时间)的三个图。可以看出，两个随后的提取脉冲之间的时间延迟是恒定的。在第一实验中，在实验开始与飞行时间质量分析器8的下一个提取脉冲之间存在第一时间延迟dt1。在第二实验中，在实验开始与飞行时间质量分析器8的下一个提取脉冲之间存在第二时间延迟dt2。时间延迟dt2小于时间延迟dt1。在第三实验中，在实验开始与飞行时间质量分析器8的下一个提取脉冲之间存在第三时间延迟dt3。时间延迟dt3小于时间延迟dt1和时间延迟dt2。尽管仅示出了三个实验，但是可以进行多于三个实验。

根据图2的方法，在前体m/z分离实验开始时间T0之后飞行时间质量分析器的第一提取脉冲/推送被分配n＝1的推送/脉冲数，并且其后的每次推送被分配增加整数直到N，其中整数N乘以随后推送之间的持续时间大于前体离子分离实验时间，即大于扫描四级质量过滤器的时间。被

将通过不同实验中的飞行时间质量分析器获得的数据积分。将在每个实验中从推送n＝1获得的数据组合，将在每个实验中从推送n＝2获得的数据组合，将在每个实验中推送n＝3的数据组合，等等，直到推送N。换句话说，将从任何给定实验的第n次推送获得的数据与来自其他实验的第n次推送的数据组合。这提供了二维数据集，其中推送数n有效地表示前体离子分离实验(即第一维度)内的时间并且在每个推送n处，整个碎片离子质荷比谱是可获得的并且由来自多个前体离子实验的组合数据构成。

如上所述，由于在不同的实验中推送次数n＝1从开始时间T0延迟不同的量，所以飞行时间采集定时与前体分离实验开始时间T0不同步。这意味着特定的推送数，例如推送数n＝100，可能会在不同的实验中对质量峰的略微不同的部分进行采样。

图3帮助示出了上述方法的优点并且示出了垂直堆叠并且与每个实验的开始时间T0对准的实验，而不是如图2中在时间上水平地示出。在图3中示出了五个实验，其中在实验T0开始和第一次推送n＝1之间的延迟时间在每个实验中是不同的。时间延迟的长度如所希望地在不同实验之间随机变化(尽管时间延迟具有小于两个后续脉冲之间的持续时间的持续时间)。通过每个实验中的飞行时间质量分析器分析第一组分(分量，component)和第二组分。在飞行时间质量分析器接收这两个组分，其由小于两个随后的推送器周期之间的持续时间的时间分离。因此，在一些实验中，通过在相同推送下的飞行时间质量分析器分析这两个组分，如在第一、第三和第五实验中可以看到的。然而，由于在每个实验中实验开始T0和第一次推送之间的延迟时间不同，所以在一些实验中，推送时间落在两个组分之间，并且因此在这些实验中，以不同的推送分析这两个组分，如可以在图3的第二和第四实验中看到。当来自不同实验的数据组合时，这允许分离最终数据中的这两个组分；如在一些实验中，在第M次推送中分析第一组分，并且在其他实验中在第(M-1)次推送中分析第一组分，并且在一些实验中，在第M次推送中分析第二组分，而在其他实验中，在第(M+1)次推送中分析第二组分。这由图3底部的总和图示出。将许多实验结合在一起允许准确测定前体质量。

上述实施例与采集数据的常规方式相反。

图4示出了对应于图3中那些的图，除了其中数据是以常规方式采集的。如图4所示，飞行时间采集系统与实验开始时间T0同步，使得在开始时间T0与飞行质量分析器的第一推送时间之间的时间延迟在每个不同的实验中是恒定的。因此，两个组分总是落在相同的仓中，并且在每个实验中通过相同的推送数(推送M)进行分析。这使得两个组分在最终组合数据中不可分离，如图4的最下面的曲线所示。

有可能通过使实验开始时间T0与采集系统同步来改进图4所示的同步方法，但是使得在开始时间T0和飞行质量分析器的第一推送时间之间的时间延迟在不同的实验中不同。将T0与推送数1之间的延迟时间改变已知量并且在组合过程期间考虑该已知量使得在至少一些实验中将两个组分分配给分开的仓。这将导致大于N个总仓或推送数，从而有效地改进数字化。然而，该方法不如关于图3所描述的优选，因为其需要附加的仪器控制并增加了二维数据文件大小。

关于图4描述的具有不同延迟时间的方法不同于关于图3描述的方法，因为在图3中，开始时间T0与飞行质量分析器的第一推送之间的时间延迟是随机的并且与采集系统不同步。

方法2

图5示出了根据本发明的另一种方法。该方法可以是特别有利的，其中前体离子在相对快的时标(例如50至大于1000毫秒)上通过质荷比分离。

图5示出了相对于前体离子实验的开始时间T0的飞行时间质量分析器推送的图。任何两个随后推送之间的持续时间是恒定的。根据该方法，将从多个连续推送获得的数据组合、求和、平均或积分，以便产生较不频繁的数据点或仓。在图5所示的实例中，将来自前六次推送的数据组合以在时间T1形成数据，其中时间T1对应于第六次推送的时间。将来自接下来的六个推送的数据组合以在时间T2形成数据，其中时间T2对应于第十二次推送的时间。将来自接下来六次推送的数据在时间T3组合以在时间T3形成数据，其中时间T3对应于第十八次推送的时间。将来自接下来六次推送的数据在时间T4组合以形成数据，其中时间T4对应于第二十四次推送的时间。

值得注意的是，相邻推送或ToF光谱可以组合到不同的最终仓中，这与传统的采集系统不同，在传统采集系统中，不同的组合光谱由与仪器扫描间时间或延迟相关联的许多推送分离。这改善了系统作为整体的占空比。

图6示出了可以如何分离在图5中居于相同时间仓的两个组分。图6中的上图示出了表示在部分重叠的时间段上接收的两个相等强度组分的两个部分重叠的矩形。第一组分开始在第一与第二推送之间被接收，并且在第十三和第十四推送之间被停止接收。第二组分在第四与第五推送之间开始被接收，并且在第十五和第十六推送之间停止被接收。所希望的是识别两个组分的质心或加权平均时间。

图6中的下图示出了可以如何确定两个组分的离散时间(例如，质心或加权平均时间)，即使第一和第二组分到达在时间T1被求和以形成数据的相同的六个推送中。在时间T0、T1、T2、T3和T4中的每一个处图6的下图中的绘图点表示在前一输出时间仓与当前输出时间仓之间的每个组分的求和响应。例如，仓时间T1处对于每个组分的响应等于在时间T0与T1之间(即，从前6次推送)来自图6中的上图的数据的总和。第二组分在时间T0与T1之间仅存在短初始时期，因此在T1返回相对低的值。相反，第一组分在时间T0与T1之间存在相对长的时间，因此在T1返回相对高的值。在仓时间T2处的响应等于在时间T1和T2之间(即从第七到第十二次推送)来自图6的上图的数据的总和。由于第一和第二组分在T1和T2之间存在整个持续时间，它们返回相同的响应。在仓时间T3处的响应等于在时间T2与T3之间(即从第十三到第十八次推送)的来自图6的上图的数据的总和。第一组分在时间T2与T3之间仅存在短初始时期，因此在T3返回相对低的值。相反，第二组分在时间T2与T3之间存在相对长的时间，因此在T3返回相对高的值。在仓时间T4处的响应等于在时间T3和T4之间(即从第十九到第二十四次推送)的来自图6的上图的数据的总和。在时间T3与T4之间不存在任何组分，因此两个组分在T4返回零值。

一旦已经检测到每个组分的峰并且其边界已经建立，则可以为该组分确定离散时间(例如，质心或加权平均时间)。例如，可以通过下面的等式确定加权平均时间，其中Tk是时间仓，并且Ik是相应仓中的强度值。强度仅仅是所检测到的峰的所有单独仓强度的总和。

关于图6中的下图描述的采集系统的积分/求和方法为在前缘和后缘处具有不同分布(轮廓，profile)的两个组分提供峰，因为在不同(重叠)的时间段上检测组分。可以为每个峰确定加权平均值，以便确定每个组分的不同且适合的时间测量(忽略由于图5和图6中的时间分配导致的系统性偏移)，尽管事实上两个组分居于相同的时间仓。不同的时间测量值在图6的下图中作为在时间T2的任一侧上的垂直线示出。这些不同的时间测量可以转化为组分的质荷比。

优选实施例的积分/求和技术与简单地以较少频率间隔对数据进行采样相反。如果仅仅在四个时间点T1、T2、T3和T4处测量并且采集数据，则每个组分的响应在每个仓中将是相同的，并且不可能确定每个组分的离散时间。

关于图5和图6描述的技术使得能够减少采集的数据量。例如，理想地，来自每个推送的数据将通过具有与推送器速率相同的采样速率而保持分离。然而，这样的推送器速率可以是每秒超过20,000次，这将导致大量的数据。关于图5和图6描述的方法使得能够减少数据点的数并且减小文件大小，同时保持与对应于推进器速率的快速采样率相关联的一些益处。

如图6所示，该方法对于其中前体分布的上升/下降时间小于第一维度仓宽度(即，时间仓)的系统特别有用，这对于诸如较低分辨率的扫描四级杆的装置是个可能的问题。

在关于图5和图6描述的方法中，ToF采集系统可以与前体分离实验的开始时间T0异步地或同步地操作。

虽然已经参照优选实施例描述了本发明，但是本领域技术人员将理解，在不脱离如所附权利要求中阐述的本发明的范围的情况下，可以进行形式和细节上的各种改变。

例如，已经就扫描低分辨率四级杆描述了实施例以便根据质荷比分离前体离子(即，第一维度分离器)。然而，预期可以使用替代的质荷比分离器，例如离子阱，磁扇区和飞行时间分离器。可以设想可以使用除了质荷比分离器之外的离子分离器，例如离子迁移率分离器。

已经就飞行时间质量分析器描述了用于分离碎片离子的分离器(第二维度分离器)。然而，尽管由于典型地较慢的时标而不太优选，分离器可以是除了ToF质量分析器之外的分离器或质量分析器。

在两种方法中，采集系统产生具两个维度均为m/z的二维数据集，一维前体m/z和另一维碎片离子m/z。前体离子m/z和碎片离子m/z之间的正交关系允许从碎片离子数据有效地再现前体离子质谱。

使用两种方法中哪一种的选择可以取决于与第一维中的前体离子分离相关联的时标和与ToF分离相关联的时标。

在两种方法中，该方法可以与未碎裂的前体离子测量扫描和/或ToFMS组合。